UNIVERSITE MOHAMED I TRAVAUX DIRIGES 2000-2001

FACULTE DES SCIENCES

OUJDA PEPTIDES ET PROTEINES
Département de Biologie

Pp29. L’hydrolyse partielle d’une protéines aboutit à un certain nombre de peptides. Un de ces
peptides est purifié pour déterminer sa séquence en acides aminés. Plusieurs expériences ont été
effectuées :
a) Une hydrolyse acide totale suivie d’une chromatographie montrent que le peptide a la
composition suivante : Ala + Arg + 2 Ser + Lys + Phe + Met + Pro.
b) Le traitement par le fluorodinitrobenzène (FDNB) suivi d’une hydrolyse acide totale donnent
le dinitrophenylalanine (DNP-Ala) et ε -dinitrophenyllysine (ε -DNP-Lys) comme seuls DNP-
résidus.
c) La carboxypeptidase A et la carboxypeptidase B restent sans effet sur le peptide.
d) L’action de bromure de cyanogène (BrCN) coupe le polypeptide en deux peptides. Un
contient : Ser + Trp + Pro, l’autre contient : Ser + Arg + Ala + Phe + Lys + l’homosérine.
e) La chymotrypsine libère trois peptides :
P1 : Ser + Pro.; P2 : Met + Trp. ; P3 : Phe + Lys + Ser + Arg + Ala.
f) L’action de la trypsine donne aussi trois peptides :
P’1 : Ala + Arg. ; P’2 : Lys + Ser. ;P’3 : Phe + Trp + Met + Ser + Pro.
1. Déduire à partir de ces données la séquence en acides aminés du polypeptide. Justifier chaque
étape de votre raisonnement.
2. Classer les acides aminés de ce peptide en fonction de la nature de leurs chaînes latérales.
3. Donner les structures chimiques détaillées des peptides P1 et P’1
4. Calculer les pHi des peptides P1 et P’1.
5. Comment peut-on séparer P1 et P’1 sur une colonne échangeuse d’ions? Justifier.
6. Donner le résultat de l’expérience (f), si on attaque le peptide par l’anhydride maléique avant
l’action de la trypsine.
On donne :
pKa (α -NH2) pKa (α -COOH) pKa (R)
Sérine 9.15 2.21
Proline 10.60 1.99
Alanine 9.69 2.34
Arginine 9.04 2.17 12.48

Pr8. Un mélange de 3 hormones extraites de la glande

pituitaire postérieure est déposé sur une colonne
échangeuse d'ions type carboxylate. Le chromatogramme
obtenu après élution par un tampon borate pH 9 est donné
ci-contre.

a) La colonne est-elle échangeuse d'anions ou de cations ?

b) Justifier l'ordre des pies d'élution obtenus à partir des
formules des 3 peptides :

(1) Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-GlyNH2

S S

(2) Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Lys-GlyNH2
 S S

(3) Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-GlyNH2

S S

EXERCICES FACULTATIFS
Pp25. Un peptide est composé de deux chaînes liées par de pont disulfure. Sa séquence en présence du
β -mercaptoethanol est la suivante :
Chaîne 1 Nt-Glu-Ala-Cys-Arg-Cys-Trp-Tyr-Lys-Cys-Ct
Chaîne 2 Nt-Cys-Tyr-Gly-Cys-Arg-Gln-Cys-Ct
L'action de la trypsine suivie de celle de la chymotrypsine sur le peptide en absence du β -
mercaptoethanol donnent 4 fragments suivants :
- (Glu, 2Cys, Ala, Tyr, Arg); - (Gly, 2 Cys, Arg, Gln); - (2Cys, Trp); - Tyr et Lys libres
a) Indiquer la position des ponts disulfures dans le peptide en absence du β -mercaptoethanol.
b) On fait agir l'anhydride maléique sur ce peptide en absence du β -mercaptoethanol.. Donner les
fragments obtenus après action de la trypsine.
Pr22. La thrombine, une serine protéase, est obtenue par l’action du facteur X sur la prothrombine
(proenzyme inactif), un tétrapeptide acide est isolé. Dans le but de le séquencer, on a réalisé les
expériences suivantes :
- L’hydrolyse acide complète suivie d’une chromatographie sur papier montre que le peptide est
composé de deux acides aminés neutres et de 2 Glu.
- L’action de l’hydrazine libère entre autres produits un acide aminé intact. Après purification, une
solution contenant 7,02 g de cet acide aminé chlorhydraté est titrée par une solution de KOH 0,1 N,
quand on ajoute 600 ml, l'acide aminé est complètement sous sa forme zwittérionique.
- Le traitement du tétrapeptide par la méthode d’Edman conduit au dérivé PTH-Leu.
1) Déduire des renseignements fournis par ces expériences, la séquence du tétrapeptide en justifiant
chaque étape de votre raisonnement.
2) Etabir sa structure chimique détaillée.
3) Démontrer que son pHi = 1/2(pK1 + pK2) .
4) Calculer le pourcentage de la forme ionique prédominante du tétrapeptide aux pH : 1; 3,28 et 7.
Dessiner les plaques d’électrophporèse obtenues dans ces conditions.
La thrombine intervient dans les réactions de coagulation du sang, elle dégrade le fibrinogène
en fibrine. Il existe trois formes α, β et γ . Dans le but de déterminer la structure et le poids
moléculaire de la forme α , on a réalisé une électrophorèse en présence de sodium dodécyl sulfate
(SDS) sur gel de polyacrylamide à pH 7. En utilisant des protéines témoins, le profil de la plaque
obtenu après révélation est le suivant :
A B C D E
Dépôts

A : Pepsine, PM = 35 000
B : Désoxyribonucléase I PM = 31 000
C : Glucagon, PM = 4 000
D : Thrombine α en présence de SDS
E : Thrombine α en présence de SDS et du β -mercaptoéthanol

5) Reproduire sur votre copie d’examen le schéma de la plaque d’électrophorèse et compléter les
légendes. Justifier.
6) Déduire le poids moléculaire de la thrombine α .
7) Donner la structure de la thrombine α . Justifier.
Réponses : 1) Nt-Leu-Glu-Glu-Val-Ct; 2), 3) Voir cours; 4) pH1 : 95,43% de P+ et 4.57 % de P+-;
pH = 3.28 : 90,2% P+- et 9.8% P-+-; pH = 7 : 99.75% de P--- et 0.25% de P---; 5) Voir cours; 6) PM =
35000; 7) Thrombine est composée de 2 chaînes liées de ponts disulfure.