Вы находитесь на странице: 1из 23

БИОХИМИЯ, 2011, том 76, вып. 5, с.

613 – 635

УДК 577.352.5

ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ
СПЕКТРОСКОПИЯ В БИОЛОГИИ,
ХИМИИ И МЕДИЦИНЕ
Обзор
© 2011 г. И.В. Перевощикова1,2, Е.А. Котова1, Ю.Н. Антоненко1*
1
НИИ физикохимической биологии им. А.Н. Белозерского
МГУ им. М.В. Ломоносова, 119991 Москва; факс: (495)9393181,
электронная почта: antonen@genebee.msu.ru
2
Department of Biomedical Sciences, University of Veterinary Medicine,
Vienna, Austria
Поступила в редакцию 15.10.10
После доработки 24.11.10

Описаны метод флуоресцентной корреляционной спектроскопии (ФКС) и его приложения. ФКС исполь!
зуется для исследования процессов, связанных с изменением подвижности молекул и комплексов, и позво!
ляет изучать такие процессы, как агрегация частиц, связывание флуоресцирующих молекул с надмолеку!
лярными комплексами, липидными везикулами и так далее, причем диапазон размеров изучаемых объек!
тов очень широк – от молекул красителей до наночастиц, размер которых достигает сотен нанометров. Рас!
смотренные приложения ФКС охватывают разные области изучения – от простых химических систем
(раствор–мицелла) до тонких процессов регуляции на уровне живых клеток. Показана простота и доступ!
ность как методических основ, так и теоретической базы ФКС. Наиболее полно отражены приложения,
связанные с искусственными и природными мембранами. В отличие от родственного метода динамическо!
го светорассеяния метод ФКС в настоящее время мало известен в России, несмотря на то что он активно
используется зарубежом. Цель работы – дать толчок развитию ФКС в России и помочь этому методу занять
более заметное место в современной российской науке.
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: флуктуации флуоресценции, корреляционная спектроскопия, диффузия, агрегация,
связывание, наночастицы, биополимеры, везикулы, лиганды, рецепторы, конформационные изменения,
сворачивание белков и нуклеиновых кислот.

Современную науку характеризирует посте! отдельных частиц, возникающих в результате


пенный переход от изучения объектов на макро! броуновского движения в освещенном лазером
уровне (вещества в целом) к изучению свойств малом объеме пространства (конфокальном
нанообъектов и даже одиночных молекул. Этот объеме). Современные объективы позволяют
общий тезис особенно применим к современ! сфокусировать лазерный луч в пятно размером,
ной биохимии и биофизике, где в последнее составляющим доли микрона, и регистрировать
время используются такие методы изучения сигнал от объема ~10–15 л. Временнáя зависи!
биомолекул, как атомно!силовая микроскопия, мость интенсивности свечения F(t) флуоресци!
флуоресцентная микроскопия отдельных моле! рующих молекул в растворе или частиц некой
кул, измерение активности одиночных каналов дисперсной фазы характеризуется появлением
и некоторые другие. Метод флуоресцентной скачков (или пиков) сигнала на фоне практи!
корреляционной спектроскопии (ФКС) осно! чески постоянного (низкоамплитудного) сигна!
ван на регистрации флуктуаций флуоресценции ла базового уровня. Каждый скачок соответ!
ствует прохождению отдельной частицы через
конфокальный объем. Важно отметить, что
П р и н я т ы е с о к р а щ е н и я : ФКС (FCS) – флуоресцент! амплитуда флуктуаций флуоресценции опреде!
ная корреляционная спектроскопия (fluorescence correla!
tion spectroscopy), ДНФ – 2,4!динитрофенол, TMRE – тет! ляется числом молекул флуорофора, связанных
раметилродаминэтиловый эфир, τd – время диффузии, с одной частицей, и не зависит от размера час!
PCH – photon counting histrogram, G(τ) – автокорреляци! тицы. Стандартная обработка временнóй зави!
онная функция. симости флуктуаций флуоресценции в виде ав!
* Адресат для корреспонденции. токорреляционной функции (G(τ)) позволяет

613
614 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

получить информацию о двух важных парамет! зии и концентрации частиц. Именно этим мате!
рах: времени диффузии частиц (τd), которое матическим преобразованием и обусловлено
прямо пропорционально их размеру, и числе название метода. Первоначально он был разра!
частиц в конфокальном объеме (N). Традицион! ботан для изучения кинетики химических реак!
но ФКС используется для исследования процес! ций. В 1972 г. Магде с соавт. [28] показали при!
сов, связанных с изменением подвижности мо! годность нового метода для исследования хими!
лекул и комплексов, а именно: агрегации час! ческой реакции связывания бромида этидия
тиц, взаимодействия флуоресцирующих моле! (EtBr) с двунитевой молекулой ДНК:
кул с надмолекулярными комплексами, липид!
ными везикулами и так далее, причем диапазон
размеров изучаемых объектов очень широк – от .
молекул красителей до наночастиц размером,
составляющим сотни нанометров. EtBr – Это маленькая флуоресцирующая мо!
Метод ФКС активно применяется в зару! лекула, которая может встраиваться между ос!
бежных лабораториях, но по не очень ясным нованиями ДНК, что сопровождается увеличе!
причинам мало известен в настоящее время в нием ее квантового выхода флуоресценции в 20
России, несмотря на то что во второй половине раз.
1970!х гг. на территории СССР в Институте хи! Первоначально установка включала в себя
мической и биологической физики АН ЭССР в аргоновый лазер с длиной волны 514,5 нм. Флуо!
Таллине была создана установка ФКС мирового ресценция собиралась параболическим зерка!
уровня [1, 2], с помощью которой в дальнейшем лом, проходила через раствор К2Cr2O7 для отде!
были получены принципиально новые результа! ления от возбуждающего света, после чего соби!
ты [3–7]. На фоне обширной иностранной лите! ралась на фотоэлектронный умножитель. Ана!
ратуры по ФКС, включающей в себя наряду с логовый сигнал флуоресценции затем анализи!
экспериментальными и теоретическими статья! ровался 100!канальным коррелятором. Типич!
ми большое число обзоров [8–21], имеется лишь ные концентрации препаратов составляли 5 мкМ
считанное число современных публикаций на EtBr и 5 нМ ДНК массой 20 кДа из тимуса те!
русском языке [22–27], причем одна из этих ра! ленка.
бот полностью выполнена в английской лабора! Размеры области наблюдения составляли
тории [24]. Метод ФКС по своей сути очень 5 мкм в поперечном и 150 мкм в продольном
близок к методу фотонной корреляционной направлениях. Таким образом, в поле зрения на!
спектроскопии (его еще называют методом ди! ходилось 104 молекул. Обработка сигнала флук!
намического светорассеяния), который очень туаций флуоресценции коррелятором давала ав!
широко используется в России для измерения токорреляционную функцию с временами диф!
размеров наночастиц в суспензии. фузии 10–100 мс. В описанной системе флук!
Цель настоящего обзора – восполнить не! туации флуоресценции возникали в результате
достаток информации о методе ФКС в России. двух процессов: свободной диффузии флуорес!
Авторы, собравшие у себя в лаборатории прибор цирующих молекул в объеме наблюдения и вза!
ФКС, на собственном опыте убедились в эффек! имодействия флуоресцирующих молекул с
тивности и плодотворности данного подхода. ДНК, приводящего к разгоранию флуоресцен!
ции. Анализ автокорреляционных функций, по!
лученных для различных концентраций EtBr,
ИСТОРИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ позволил оценить константы связывания и рас!
РАЗВИТИЯ МЕТОДА пада комплексов, которые составили 1,5 · 107
М–1 · с–1 и 27 с–1 соответственно [28].
ФКС – Экспериментальный метод, осно! Последующие теоретические и эксперимен!
ванный на статистической обработке флуктуа! тальные разработки метода [29–31] обеспечивали
ций флуоресценции в условиях регистрации ма! использование ФКС для определения констант
лого числа молекул красителя. В противополож! химических реакций, концентрации частиц, аг!
ность другим методикам, регистрирующим регации молекул, вращательного и поступатель!
флуоресцентный сигнал, в методе ФКС наибо! ного движения в двух! и трехмерном простран!
лее информативен не сам сигнал интенсивности ствах [5, 6, 29–36]. Значительным успехом стало
флуоресценции, а его отклонение от среднего применение метода для изучения диффузии ли!
значения, т.е. флуктуации флуоресценции. По! пидов в мембранах [35, 37, 38]. Был определен
следующее автокоррелирование временнóго сиг! коэффициент диффузии D = 9,9 · 10–8 см2/с флуо!
нала интенсивности флуоресценции позволяет ресцентной молекулы йодида 3,3'!диоктадеци!
получить информацию о коэффициенте диффу! линдокарбоцианина (DiI) в искусственной би!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 615

слойной липидной мембране, сформированной ющего света, с одной стороны, осуществляется


из яичного лецитина и холестерина в соотноше! двухфотонное возбуждение молекул, а с другой
нии 2 : 1 (молярное соотношение). Однако пер! стороны, может происходить их необратимое
вые приборы имели плохое соотношение сиг! выцветание. Эти свойства двухфотонного воз!
нал–шум главным образом из!за низкой буждения дают большие преимущества для из!
чувствительности детектора, нахождения боль! мерений внутри клеток [41, 42]. В противопо!
шого числа частиц в освещенном лазером объе! ложность этому при однофотонном возбужде!
ме и недостаточного подавления фонового сиг! нии значительное количество флуоресцирую!
нала. щих молекул, находящихся кверху и книзу от
Огромным шагом вперед стали работы Риг! конфокального объема, подвержены выгора!
лера и коллег [39], в которых техника регистра! нию. В случае двухфотонного лазерного возбуж!
ции одиночных молекул была совмещена с кон! дения не требуется конфокальной диафрагмы и
фокальным принципом. Это позволило изучать весь поток фотонов флуоресценции образца
процессы не только в водном растворе, но и в сразу попадает на фотоэлектронный умножи!
интактных клетках [9, 39, 40]. тель, затем на усилитель и далее на плату корре!
Современный прибор ФКС (рис. 1) в случае ляции. К сожалению, большая стоимость лазе!
однофотонного лазерного источника возбужда! ров, используемых для двухфотонного возбуж!
ющего света устроен таким образом, что лазер! дения, существенно сдерживает их практичес!
ный луч проходит через систему линз и расши! кое применение.
ряется в диаметре до 6–8 мм. После этого воз! В 1974 г. Коппель [43] впервые провел ста!
буждающий свет направляется в объектив мик! тистический анализ стандартных отклонений
роскопа через дихроическое (селективное) зер! для экспериментальных автокорреляционных
кало и фокусируется в образце. Обычно исполь! кривых. Рассмотрение влияния различных фак!
зуется водно!иммерсионный объектив с число! торов (свойства детектора, размер и форма кон!
вой апертурой (NA) NA > 0,9. Флуоресценция фокального объема, концентрация частиц в
образца собирается этим же объективом и про! конфокальном объеме, интенсивность лазерно!
ходит через дихроическое зеркало, которое от! го излучения и многие другие) на регистрируе!
деляет его от возбуждающего света. Дополни! мый сигнал привело к дальнейшему развитию
тельно для выделения длины волны флуорес! теоретического анализа [40, 44, 45]. Разработа!
ценции используются эмиссионные фильтры. ны различные приложения метода ФКС для
Конфокальная диафрагма (пинхол (pinhole)) на анализа частиц с одинаковыми или близкими
плоскости изображения ограничивает прохож! коэффициентами диффузии [46–49]. Все это
дение флуоресцентного сигнала так, что собира!
ется свет только от конфокального объема. На
представленной схеме в качестве диафрагмы ис!
пользуется торец световода. Затем фотоны
флуоресценции попадают на детектор, предпочти!
тельно лавинный фотодиод или фотоумножи!
тель, работающий в режиме регистрации оди!
ночных фотонов. Далее сигнал преобразуется
специальной компьютерной платой с функцией
коррелятора. С помощью подбора диаметра
конфокальной диафрагмы удалось уменьшить
размеры конфокальной области регистрации до
0,32 мкм в поперечном и 1,53 мкм в продольном
направлениях [39].
В некоторых современных приборах ФКС
используется двухфотонное возбуждение, кото!
рое обеспечивает возможность возбуждения на
удвоенной длине волны по сравнению с обыч!
ным спектром возбуждения флуоресценции
красителя (рис. 2). Вероятность поглощения
двух фотонов одной молекулой пропорциональ!
на квадрату интенсивности излучения. Это при!
водит к выделению очень маленького объема
пространства вблизи фокальной плоскости, где Рис. 1. Принцип работы прибора для флуоресцентной кор!
в силу максимальной интенсивности возбужда! реляционной спектроскопии

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


616 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

а б ку выделение из шума сигнала флуоресценции


может иметь разную степень эффективности.
S S Его размер и форма определяются как характе!
h v/2
hv hv F
h vF ристиками сфокусированного возбуждающего
h v/2 света, так и системой конфокальной регистра!
ции флуоресценции. Более того, параметры
S S конфокального объема зависят от свойств об!
разца (показателя преломления среды, фотофи!
зических свойств флуорофора), а также от тол!
щины покровного стекла и других эксперимен!
тальных условий [50]. Обычно конфокальный
объем представляют в виде эллипсоида, с коор!
динатами r0 в поперечном и z0 продольном на!
правлениях (рис. 4).
Все вышеперечисленные параметры влияют
на пространственную функцию распределения
вероятности обнаружения пробной частицы,
которая и определяет границы конфокального
объема. Эта функция часто задается в виде гаус!
совского распределения вероятности, и в этом
случае за конфокальный объем можно прини!
мать эллипсоид, ограниченный параметрами
Рис. 2. Освещенная область, полученная с использованием
однофотонного (а) и двухфотонного (б) лазерного возбуж!
размера, которые входят в распределение Гаусса
дения (т.е. z0 и r0). Кроме того, используют понятие
объема наблюдения, или эффективного объема,
который определяется как область простран!
расширило области применения метода для изу! ства, где вероятность обнаружения маркерной
чения различных биологических объектов. молекулы превышает 1/e2 от максимального
Сегодня ФКС совместно с другими метода! уровня. В случае гауссовского распределения
ми конфокальной флуоресцентной микроско! размер конфокального объема больше размера
пии представляет собой стандартный подход, эффективного объема в 23/2 раза [51]:
сочетающий в себе простоту исполнения и вы!
сокое временнóе и пространственное разреше!
ние, позволяющее регистрировать сигналы на . (1)
уровне отдельных молекул.

Можно выделить следующие основные ме!


ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ тоды определения размеров конфокального
И ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ МЕТОДА объема [51]: измерение серии автокорреляцион!
ных функций диффузии флуоресцирующих мо!
Конфокальный объем и способы его определе; лекул в растворе с известной концентрацией;
ния. Важным элементом современной реализа! измерение автокорреляционной функции диф!
ции метода ФКС является использование кон! фузии флуоресцирующих молекул с известным
фокального принципа, который нашел широкое коэффициентом диффузии; измерение сигнала
применение в современной микроскопии. Тер! интенсивности флуоресценции флуоресцирую!
мин «конфокальный» означает «софокусный» – щих сфер (размеры сферы меньше размеров
в плоскости, оптически сопряженной с фокаль! конфокального объема), фиксированных на
ной плоскостью объектива, помещается конфо! покровном стекле.
кальная диафрагма (пинхол). Графически этот Согласно первому подходу регистрируются
принцип показан на рис. 3. автокорреляционные функции диффузии моле!
Область пространства, которая дает детекти! кул флуоресцентного красителя с известной
руемый сигнал от флуоресцентного маркера концентрацией в серии разведений. Тогда эф!
(молекулы) в рамках вышеприведенной опти! фективный объем вычисляется по формуле
ческой системы, принято называть конфокаль!
ным объемом, составлющим ~1 фл (10–15 л). Такое
определение конфокального объема, однако, не , (2)
дает строгого определения его границ, посколь!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 617

а б в

ФЭУ ФЭУ ФЭУ

КД КД КД

Л Л Л

СЗ СЗ СЗ

Лазер(ы) Лазер(ы) Лазер(ы)

Расширитель пучка Расширитель пучка Расширитель пучка


Объектив Объектив Объектив

Т+ Т+ Т0 Т+
Т0 Объект Объект Т0 Объект
Т– Т– Т–

Рис. 3. Принцип конфокальной фильтрации сигнала. Луч лазера (непрерывная линия) с помощью селективного зеркала
(СЗ) направляется в объектив микроскопа и фокусируется в точку Т0 в глубине исследуемого объекта. Флуоресценция, из!
лучаемая из этой точки (штриховая линия), собирается объективом и фокусируется линзой Л в сопряженной фокальной
плоскости объектива, проходя через отверстие в конфокальной диафрагме (КД) к фотоэлектронному умножителю (ФЭУ)
(а). Флуоресценция, излучаемая из точек Т+ (б) и Т– (в), дефокусирована на КД и к ФЭУ не проникает. Тем самым обес!
печивается подавление флуоресценции, испускаемой из точек образца, расположенных выше и ниже фокуса объектива

где N – число флуоресцирующих молекул в кон! ления зависит от точности определения коэф!
фокальном объеме, с – молярная концентрация фициента диффузии в воде общепринятого
вещества, NА – число Авогадро. флуоресцентного маркера родамина 6G, значения
Преимуществом данного подхода является которого в литературе различаются от 250 до
то, что он не зависит от оптических характерис! 426 мкм2/с при 22° [39, 52–54].
тик прибора и, следовательно, не требует допу!
щений о функции распределения света в конфо!
кальном объеме. Однако этот метод трудоемок и
требователен к фотофизическим свойствам об!
разцов. Традиционно используемые красители,
такие как родамин 6G и сульфородамин В, не
могут быть использованы для калибровки при!
бора таким методом в связи с их быстрой и зна!
чительной адсорбцией на поверхность стекла.
Второй метод основан на предположении,
Z0
что распределение вероятности регистрации
частицы в конфокальном объеме можно ап!
проксимировать функцией Гаусса в трехмерном
пространстве. Тогда аппроксимация экспери! r0
ментальной автокорреляционной кривой (см.
ниже) позволит определить время диффузии
флуоресцирующих молекул τd. Зная коэффици!
ент диффузии вещества, размер эффективного
объема можно вычислить по формуле

Vэф = π3/2k(4Dτd)3/2, (3)

где k = z0/r0.

Основным достоинством этого метода явля! Рис. 4. Форма и параметры конфокального объема (темная
ется быстрота калибровки. Но точность опреде! область)

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


618 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

Независимо от методологии ФКС конфо!


кальный объем может быть определен с по! . (5)
мощью сканирования сигнала интенсивности
флуоресценции по фиксированным на покров!
ном стекле флуоресцирующим сферам с разме! Нормированная автокорреляционная функ!
рами, меньшими геометрических параметров ция принимает значения от нуля до единицы.
конфокального объема. На рис. 5 показаны та! Получены аналитические выражения для
кие измерения для флуоресцирующих сфер диа! функции G(τ) в случае свободного движения
метром 100 нм в трех направлениях (у–х, z–x и частицы в трехмерном пространстве [29], дви!
z–y) [51]. жения частицы в потоке жидкости [31, 55], про!
Автокорреляционная функция. Как следует из текания химической реакции, приводящей к из!
названия, оценка корреляции основана на на! менению светимости частицы [11, 29]. Для слу!
хождении коррелирующих (похожих, связан! чая трехмерной диффузии справедливо следую!
ных) величин при их измерении в некотором щее выражение:
временнóм интервале T. Это достигается путем
сравнения интенсивности сигнала в моменты
времени t и (t + τ) на протяжении всего времени
, (6)
регистрации сигнала (рис. 6). Строгое определе!
ние автокорреляционной функции G(τ) задается
уравнением

где τd – время диффузии, т.е. время, в течение


которого частица находится внутри конфокаль!
ного объема до своего выхода вследствие сво!
бодной диффузии; N – среднее число частиц в
, (4) конфокальном объеме; r0, z0 – геометрические
параметры конфокального объема.
Число флуорофоров в конфокальном объеме
где F(t) – функция интенсивности флуоресцен! обратно пропорционально значению автокор!
ции от времени t. реляционной функции в пределе малых времен,
В литературе часто используется нормиро! т.е. при τ → 0 [29]:
ванная автокорреляционная функция, которая
получается путем деления уравнения (4) на мно! . (7)
житель <F(t)2>:

4 4 4

5 5
z, мкм
z, мкм

3
y, мкм

2 6 6

1 7 7
1 2 3 4 3 4 5 6 4 5 6 7
х, мкм у, мкм

Рис. 5. Измерение размеров конфокального объема путем сканирования интенсивности флуоресценции неподвижных
сфер. Серые контуры соответствуют 90, 50 и 13,5% максимальной интенсивности флуоресценции. На краях рисунка по!
казаны экспериментально полученные границы конфокального объема в соответствующих плоскостях (модифицирован!
ный рисунок из работы [51])

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 619

32 000 а Это простое соотношение верно не только


для случая гауссовского распределения вероят!
Флуоресценция, фотон/с

ности обнаружения частицы, но также и в об!


30 000
щем случае для более сложных распределений.
Из уравнения (7) следует, что флуктуации ин!
тенсивности флуоресценции затухают при уве!
личении числа частиц в конфокальном объеме.
28 000 Гистограмма распределения интенсивностей
флуоресценции. Временнáя зависимость флуо!
ресценции может быть проанализирована не
26 000 только с помощью вычисления автокорреляци!
онной функции, но и с помощью гистограммы
0 20 40 60
распределения интенсивностей флуоресценции
(photon counting histogram (РСН)). По определе!
Время, с нию это распределение соответствует зависи!
τ мости частоты встречаемости сигнала данной
б величины (P(F)) от значения самой величины,
т.е. F. Гистограмма показывает вероятность на!
F (t) хождения молекул с определенной интенсив!
Флуоресценция

ностью флуоресценции в конфокальном объеме


относительно всего числа зарегистрированных
событий. Таким образом, в отличие от автокор!
реляционного преобразования, РСН анализи!
рует распределение интенсивностей флуорес!
– ценции частиц, оказавшихся в конфокальном
F F (t + τ)
объеме за время наблюдения, а не их подвиж!
ность.
Основные закономерности PCH могут быть
Время поняты в упрощенной системе, когда конфо!
кальный объем представляет собой область
пространства с однородной вероятностью обна!
в ружения частицы. В случае частиц одинаковой
0,06 яркости вероятность попадания N частиц в кон!
фокальный объем описывается распределением
Автокорреляция G(τ)

Пуассона:
0,04

, (8)
0,02
где λ – среднее число частиц за время наблюде!
ния. В силу принятого выше условия однород!
0,00 ной вероятности обнаружения частицы внутри
10–5 10–3 10–1 101 выделенного объема PCH должна также соответ!
τ, с ствовать в данном случае распределению Пуас!
сона. Однако неравномерное распределение ве!
роятности обнаружения частицы, а также слу!
Рис. 6. Принцип автокорреляционной обработки сигнала чайная траектория движения частицы в конфо!
флуктуаций флуоресценции. а – Типичная зависимость кальном объеме вносят искажения в гистограм!
интенсивности флуоресценции родамина 6G (R6G) от вре! му распределения интенсивности, что приводит
мени при возбуждении 532 нм. б – Показана часть данных
из панели а в другом временнóм масштабе. Нижняя запись к заметным отклонениям от распределения Пу!

сдвинута относительно верхней на время τ. F – средний ассона.
уровень сигнала. Для нахождения значения автокорреля! В случае двухфотонного возбуждения, когда
ционной функции при данном значении τ необходимо распределение вероятности обнаружения части!
суммировать произведения величин сигналов, показанных
на этих двух строчках. в – Результирующая автокорреляци! цы хорошо описывается функцией Гаусса, выве!
онная функция флуктуаций флуоресценции R6G (точки) и дены математические алгоритмы нахождения
ее аппроксимация по уравнению (6) (кривая) функции для аппроксимации эксперименталь!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


620 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

но полученных гистограмм и проведена провер! ОБЛАСТИ ПРИМЕНЕНИЯ


ка данного подхода на некоторых эксперимен! ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ КОРРЕЛЯЦИОННОЙ
тальных примерах [48, 56–58]. Показано, что СПЕКТРОСКОПИИ
данный подход позволяет оценивать яркость
частиц даже в системе, где присутствует смесь Изучение взаимодействия и агрегации биоло;
частиц с близкими коэффициентами диффузии, гически активных молекул. Определение под!
но различной яркостью [47, 49, 59]. Как уже от! вижности (коэффициента диффузии) флуорес!
мечалось выше, установки, имеющие двухфо! цирующих частиц, представляющих собой флуо!
тонное возбуждение, являются все еще большой ресцентно!меченные биополимеры, является
редкостью. В силу этого мы не стали подробно наиболее распространенным приложением ме!
обсуждать публикации, касающиеся анализа тода ФКС в биологии. Поскольку время диффу!
PCH при двухфотонном возбуждении. зии τd обратно пропорционально коэффициенту
Проанализируем лишь одну из ключевых ра! диффузии,
бот, которая поможет получить представление о
возможностях данной разновидности ФКС. , (10)
Этот подход был применен для определения
стехиометрии связывания флуоресцентно!ме!
ченного лиганда ретиноидного Х!рецептора, и, следовательно, прямо пропорционально раз!
локализованного в ядерной мембране клеток меру частицы,
[60]. Серия контрольных измерений была про!
ведена in vitro и in vivo в целях вычисления зави!
(11)
симости яркости одной молекулы флуоресцент!
ного маркера GFP от концентрации препарата.
Показано, что в широком диапазоне концентра!
ций светимость одной молекулы флуорофора (k – постоянная Больцмана, T – температура, η –
остается постоянной как в растворе, так и в вязкость раствора, R – радиус частицы), этот па!
ядерной мембране и составляет ~4000 фотонов в раметр будет изменяться при агрегации изучае!
1 с на одну молекулу. В случае гетерогенной сис! мых молекул или при образовании комплексов с
темы (мономер–димер) регистрируемое значе! другими полимерами. Измерение τd было ис!
ние яркости частицы (εapp) будет промежуточ! пользовано для исследования белок!белковых,
ным между значениями яркости мономерной белок!липидных, лиганд!рецепторных взаимо!
(ε1) и димерной (ε2) форм и вклад каждого сорта действий, а также агрегации биомолекул под
комплексов в общую яркость будет зависеть от влиянием различных факторов. Исследование
числа частиц соответственно мономерной (N1) и таких взаимодействий включает в себя анализ
димерной (N2) форм: автокорреляционных функций флуктуаций
флуоресценции свободного флуоресцирующего
лиганда (как правило, небольшого размера) и
комплекса этого лиганда с биомолекулами (рис. 7).
. (9)
Для исследования агрегации амфипатичес!
ких биополимеров, способных образовывать
мицеллы в водном растворе, в качестве флуорес!
Клетки линии COS были трансфицированы цирующих маркеров используются накаплива!
с последующей экспрессией в них GFP!мечен! ющиеся в мицеллах липофильные красители,
ного лиганда для ретиноидного Х!рецептора например октадецилродамин Б (R18). Анализ
ядерной мембраны. Увеличение концентрации автокорреляционных функций позволил опре!
лиганда приводило к увеличению яркости делить число агрегации (N) липополисахарида
комплекса лиганд–рецептор, что свидетель! (LPS: E. coli 0111:B4) в водном растворе [62]:
ствовало об олигомеризации рецептора. Однако
значение яркости комплекса оказалось проме!
жуточным между соответствующими значения! , (12)
ми для мономерной и двумерной форм GFP, что
авторы объясняли низкой концентрацией, не до!
статочной для полной димеризации рецептора. где cmc – критическая концентрация мицелло!
Добавка к клеткам активатора рецептора 9!цис! образования, [LPS] – общая концентрация ли!
ретиноевой кислоты вызывала быструю диме! пополисахарида, [Mic] – концентрация мицелл.
ризацию, что хорошо согласуется с данными, На основе измерений амплитуды автокорре!
полученными для этого рецептора in vitro [61]. ляционной функции R18 рассчитывали число

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 621

1,2

0,8

Автокорреляция G(τ)
τ2
τ1
0,4

0,0
10–7 10–5 10–3 10–1
τ, с

Рис. 7. Взаимодействие флуоресцентно!меченного лиганда с нефлуоресцирующим партнером, приводящее к сдвигу авто!


корреляционной функции в сторону больших времен диффузии τd вследствие образования комплексов и уменьшения ко!
эффициента диффузии связанного лиганда

мицелл в конфокальном объеме Np,lim, и далее ной формы составил (5,8 ± 0,65) · 10–11 м2/с, что
вычисляли концентрацию мицелл в растворе по из расчета глобулярной структуры белка соответ!
формуле ствует радиусу 4,3 ± 0,5 нм. После завершения
процесса агрегации время диффузии было на
, (13) 2–3 порядка больше, чем в начале эксперимен!
та. Определение размеров таких комплексов из
данных автокорреляционной функции затруд!
где Vf – конфокальный объем. Эксперименталь! нено, так как флуктуации флуоресценции боль!
но определенное значение N = 168 ± 4 оказалось шой амплитуды вносят существенный вклад в
постоянным в широком диапазоне концентра! форму автокорреляционной функции. Авторы
ций липополисахарида (0,7–150 мкМ). отмечают, что метод ФКС имеет большую
Более прямым способом регистрации агре! чувствительность, поэтому для измерений с ис!
гации биополимеров является измерение увели! пользованием этого метода требуются гораздо
чения времени диффузии τd в условиях, когда более низкие концентрации белков, чем для
флуоресцентная метка ковалентно связана с аналогичных измерений методом светорассея!
данным полимером. Таким способом изучали ния.
агрегацию белка β!амилоида в растворе [63–65] Метод анализа автокорреляционных функ!
и агрегацию белка α!синуклеина in vitro [66]. Аг! ций и измерения коэффициентов диффузии
регация α!синуклеина играет ключевую роль в совместно с методом измерения анизотропии
болезни Паркинсона, причем мутантные белки, флуоресценции применили также для изучения
обнаруживаемые у больных, обладают большей взаимодействия с молекулами ДНК таких бел!
склонностью к агрегации, чем дикий тип [67]. ков, как активатор транскрипции NtrС [68] и
Авторы показали, что под действием белков се! 7!аминоактиномицин Д [23]. К достоинствам
мейства иммунофилинов агрегация α!синукле! данного подхода помимо высокой чувствитель!
ина, меченного красителем Bodipy, существенно ности относится возможность проводить изме!
ускоряется, что приводит к увеличению време! рения в широком диапазоне значений рН, кон!
ни диффузии (τd) меченого α!синуклеина. Из! центраций солей и температуры. Показано, что
меренный коэффициент диффузии мономер! константы диссоциации NtrС существенно за!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


622 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

висят от солевого буфера и отличаются на два


порядка (0,014 и 5,8 нМ) для 15 и 600 мМ аце! , (16)
тата калия соответственно. Следует отметить,
что анизотропию флуоресценции можно изме!
рять на приборе ФКС, который в данном слу! где [P]mem – концентрация связанного белка,
чае используется как микрофлуориметр [25]. [Р]tot – исходная концентрация белка, [L]асс –
Такой подход позволил измерить константы общая концентрация липида. Общее количество
связывания 7!аминоактиномицина Д с ДНК белка не меняется, т.е.
[23].
Рассмотрим подробнее способ оценки свя! N0 = αNv + Np .
зывания меченого лиганда с рецептором, имею!
щим существенно меньший коэффициент диф! Тогда
фузии. Примером такой системы является взаи!
модействие меченых антигенов с антителами к
ним [69–71], меченых олигонуклеотидов с ДНК . (17)
и РНК [72, 73] или белков с липидными везику!
лами [74–77]. Ранее уже обсуждалось, что ос!
новными параметрами автокорреляционной Величину Ар можно вычислить путем ап!
функции являются время диффузии τd и кон! проксимации экспериментальных автокорреля!
центрация частиц в конфокальном объеме N. В ционных кривых диффузии белка, связанного с
системе, состоящей из молекул, имеющих раз! липосомами, двухкомпонентным уравнением
личные значения τd, вклад каждого вида частиц (14), а N0 – путем аппроксимации автокорреля!
(i = 1, 2, 3, …, M) в значение автокорреляцион! ционной функции диффузии свободного флуо!
ной функции будет выражаться следующим об! ресцентного белка в растворе уравнением (6).
разом: Таким образом были измерены константы свя!
зывания фрагмента белка MARCKS (myristoylat!
ed alanine!rich C!kinase substrate) с липосомами
различного липидного состава и проведено
сравнение результатов измерений с данными,
полученными с помощью традиционной мето!
дики определения связывания радиоактивно
, (14) меченного белка с использованием последую!
щего центрифугирования комплексов [74]. Дан!
ные хорошо согласовывались между собой. В
где Ni – среднее число частиц, qi – нормирован! других работах ФКС применили для измерения
ная интенсивность флуоресценции, Gi(τ) – авто! связывания с липосомами других важных бел!
корреляционная функция i!го компонента [78]. ков [79–81], а также связывания белков с при!
В случае системы, состоящей из двух видов час! родными мембранами [40].
тиц (например, свободного флуоресцентно!ме! Среди большого разнообразия биологически
ченного белка P и комплекса этого белка с ли! активных молекул, обладающих яркой флуорес!
посомами V), амплитуды автокорреляционных ценцией, значительный интерес представляют
функций представляются в виде фотосенсибилизаторы – соединения, способ!
ные при поглощении кванта света генерировать
активные формы кислорода (cинглетный кис!
, лород и свободные радикалы), посредством ко!
торых осуществляется фотодинамическое воз!
(15) действие [82]. Согласно результатам многочис!
ленных исследований важной стадией биологи!
, ческого действия фотосенсибилизаторов явля!
ется связывание с плазматической мембраной
клеток [83]. Метод ФКС позволяет не только
где Nр и Nv – числа частиц свободного белка и получать количественную информацию о свя!
липосом соответственно, N' – число частиц зывании фотосенсибилизаторов как с искус!
комплексов липосом со связанным белком, α – ственными [84], так и с природными [27, 85]
среднее число молекул белка на одну липосому. мембранами, но и исследовать его механизм. В
С помощью такого подхода можно рассчи! частности, с применением ФКС установлено,
тать константы связывания белка с липосомами: что одним из существенных факторов связыва!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 623

ния с фосфолипидными мембранами фотосен! ций при различных положениях конфокального


сибилизаторов ряда металлофталоцианинов яв! объема относительно плоскости мембраны (ось z)
ляется взаимодействие центрального атома ме! [95, 96]. Путем аппроксимации зависимости τd
талла в молекуле фталоцианина с фосфатной от z предложенной авторами функцией находит!
группой фосфолипида [84, 85]. ся значение коэффициента диффузии частицы в
Интересным примером исследования ли! мембране с точностью, существенно превыша!
ганд!рецепторных систем методом ФКС являет! ющей таковую при однократном измерении τd.
ся изучение взаимодействия различных флуо! К настоящему моменту накоплен уже боль!
ресцирующих лигандов с рецепторами, при! шой опыт применения ФКС к живым системам.
крепленными к нефлуоресцирующим искус! Примером может служить работа, в которой по!
ственным сферам нанометрового диапазона. казано, что автокорреляционная функция флуо!
Этот подход применили в работе, где изучалось ресцентно!меченного кальмодулина (Alexa 488
взаимодействие эстрогеновых β!рецепторов с calmodulin) в цитоплазме клеток HEK293 суще!
флуоресцентно!меченным белком – коактива! ственно сдвинута в сторону больших времен по
тором этих рецепторов (SRC!1) в присутствии сравнению с таковой для выделенного кальмо!
17!β!эстрадиола и тамоксифена [86]. Анализ ав! дулина в водном растворе и отличается наличи!
токорреляционных функций свободного лиган! ем нескольких диффузионных компонентов
да и комплекса лиганд–рецептор–сфера позво! [17]. Это, очевидно, связано с большей вяз!
лил рассчитать равновесные константы диссо! костью цитоплазмы и образованием комплек!
циации. сов белка с различными клеточными компонен!
Метод ФКС применяется для измерения не тами, что и приводит к уменьшению коэффици!
только подвижности частиц в растворе, эмуль! ента диффузии в цитоплазме.
сии или суспензии, но и двумерной диффузии В сочетании с методом FRAP метод ФКС
частиц в искусственных и клеточных мембранах был применен для изучения движения олиго!
[18, 87, 88]. Так, с помощью ФКС определены нуклеотидов в ядре культивируемых миобластов
коэффициенты диффузии флуоресцентно!ме! крысы [97]. Были определены коэффициенты
ченных липидов в липидном бислое и изучено диффузии флуоресцентно!меченных олигодез!
влияние холестерина на их движение в составе окситимидина и олигодезоксиаденина длиной
мембран гигантских липосом [89, 90]. К особен! 43 нуклеотида [97]. Методом ФКС показали, что
ностям данной системы относится формирова! большая часть обоих видов олигонуклеотидов
ние доменов, имеющих разное фазовое состоя! движется в ядре с коэффициентом диффузии
ние, что естественно проявляется в существенно 4 · 10–7 см2/с, что совпадает с коэффициентами
различной подвижности липидов, зависящей от диффузии в водном растворе. Также удалось за!
их местоположения в липосоме. Путем регист! регистрировать большую фракцию внутриядер!
рации сигнала ФКС в различных местах мемб! ного олигодезокситимидина (45%), которая в
раны неподвижно лежащей липидной везикулы отличие от олигодезоксиаденина давала вторую
получены следующие значения коэффициентов медленную компоненту с коэффициентом диф!
диффузии для липофильного красителя Dil!C20: фузии
1 · 10–7 см2/с. Как было впоследствии
D = 3 · 10–8 cм2/с в жидкой фазе и D = 2 · 10–9 показано, эта медленная компонента соответ!
см2/с для фазы, которая обогащена холестери! ствует комплексу олигодезокситимидина с по!
ном. Существенно, что полученные значения лиаденином внутриядерной РНК. Методом
хорошо соответствовали результатам измерений FRAP для олигодезокситимидина не удалось за!
методом восстановления флуоресценции после регистрировать две компоненты, и значение ко!
фотообесцвечивания (FRAP). эффициента диффузии в этом случае оказалось
Метод ФКС применялся также для измере! промежуточным между аналогичными значени!
ния диффузии липидов и белков в плазматичес! ями для быстрой и медленной компонент, изме!
ких мембранах клеток [91–93]. Эти работы ренными методом ФКС. В случае олигодезокси!
подтвердили ранее выявленные аномалии при аденина значения коэффициентов диффузии,
диффузии в клеточных мембранах, связанные с измеренные двумя методами, хорошо согласо!
наличием неподвижных субдоменов мембраны, вывались между собой.
наличием так называемых рафтов, а также ФКС активно применяется для изучения
структур, связанных с цитоскелетом [94]. взаимодействия лигандов с рецепторами на
Измерение диффузии частиц в мембране природных мембранах. Так, было исследовано
требует прецизионного расположения мембра! взаимодействие флуоресцентно!меченного про!
ны в центре конфокального объема. Предложен инсулина С с рецепторами на плазматической
метод оптимизации таких экспериментов путем мембране нескольких линий клеток человека
измерения серии автокорреляционных функ! [40]. Константы сродства оказались в диапазоне

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


624 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

десятых долей наномоля в зависимости от типа но отличается от резонансного переноса энер!


клеток. Специфичность взаимодействия была гии (FRET), который также часто применяется
показана путем блокирования связывания под для выявления образования межмолекулярных
действием специфических ингибиторов. В бо! комплексов и внутримолекулярных взаимодей!
лее поздней работе было изучено взаимодей! ствий. В этом случае сигнал кросскорреляции
ствие рецепторов ростовых факторов фибро! означает одновременное появление двух видов
бластов (Fgfr1 и Fgfr4) с их лигандом Fgf8 in vivo в метки в конфокальном объеме.
клетках Danio rerio [98]. Для этого на стадии эмб! Использование метода ФКС для изучения ки;
риогенеза в клетки вводились мРНК соответ! нетики химических реакций биологически актив;
ствующих белков, конъюгированных с флуорес! ных молекул. Как было описано ранее, в своем
центными белками. Были измерены коэффици! первоначальном представлении метода ФКС
енты диффузии изученных Fgfr рецепторов в Магде с соавт. [28] продемонстрировали воз!
плазматической мембране, а также константы можность изучения кинетики химических реак!
их сродства с Fgf8. Исследования лиганд!рецеп! ций с участием биомолекул, а именно: взаимо!
торных комплексов в клетках методом ФКС бы! действия ДНК с молекулой бромида этидия.
ли недавно обобщены в подробном обзоре [16]. Рассмотрим подробнее теорию ФКС примени!
Метод ФКС применялся также для диагно! тельно к мономолекулярной реакции изомери!
стики различных заболеваний, например ВИЧ! зации:
инфекции и туберкулеза [99, 100]. При иденти!
фикации ВИЧ!инфекции метод ФКС совмести! [11].
ли с методом изотермической амплификации
ДНК/РНК, который позволяет избирательно
увеличивать концентрацию РНК ВИЧ!1. В ра! Примем, что состояние А вещества флуорес!
боте использовали флуоресцентно!меченный цирующее, состояние В – нефлуоресцирующее
олигонуклеотидный праймер, специфичный в (квантовые выходы флуоресценции QA = Q, QB = 0)
отношении участка гена gag ВИЧ!1 для синтеза и коэффициенты диффузии молекул не меня!
ДНК с анализируемой РНК матрицы. В резуль! ются в процессе изомеризации (DA = DB = D).
тате специфической гибридизации и удлинения Тогда изменение концентраций А и В будет про!
цепи ДНК в ходе реакции амплификации уве! исходить за счет процессов диффузии и хими!
личивалось время диффузии флуоресцентно! ческой реакции:
меченной молекулы, что и регистрировалось
методом ФКС. Такая модификация метода изо!
термической амплификации ДНК/РНК имеет
ряд преимуществ. Во!первых, можно следить за
процессом в режиме реального времени по уве!
личению времени диффузии флуоресцентной , (18)
молекулы. Во!вторых, процесс можно анализи!
ровать параллельно в большом количестве ис!
следуемых проб. В!третьих, не требуется откры!
вания реакционных систем, что исключает риск
загрязнения. В случае изучения кинетики амп!
лификации генома возбудителя туберкулеза ис!
пользовали процедуру полимеразной цепной
реакции вместо изотермической амплификации
ДНК/РНК [100].
Интересной модификацией метода ФКС яв! . (19)
ляется одновременное измерение флуоресцен!
ции двух независимых красителей (так называе!
мая двухцветовая ФКС, или dual!color FCS) Решение этих уравнений [29] дает следую!
[101]. Это позволяет проводить очень точные щее выражение для автокорреляционной функ!
измерения гибридизации олигонуклеотидов, ции:
несущих две различные флуоресцентные метки.
Появление сигнала кросскорреляции свиде!
тельствует об образовании комплексов между
двумя нуклеотидами. Следует отметить, что дан! , (20)
ный способ не требует переноса энергии с одно!
го красителя на другой и тем самым существен!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 625

где N = (CA + CB)V – общее число молекул А и В ласти рН >8 процесс протонирования поверхно!
в объеме наблюдения, K = kAB /KBA = CB /CA – стного красителя включает в себя взаимодей!
константа равновесия химической реакции, ствие протона со всей поверхностью мембраны
τR = (kAB + kBA)–1 – время релаксации химичес! (т.е. мембрана работает как антенна, собираю!
кой реакции. щая протоны), тогда как при более низких зна!
Уравнение (20) содержит два компонента, чениях рН протонирование красителя происхо!
один из которых аналогичен приведенному в дит без участия мембраны, т.е. так же, как и в
уравнении (6), описывающему автокорреляци! растворе.
онную функцию для трехмерной диффузии, а Была измерена кинетика образования комп!
другой соответствует вкладу химической реак! лексов ионов калия с флуоресцентно!меченным
ции. Для временнóго промежутка τ << τR,τd амп! К+!индикатором TAC!К+ методом ФКС [105].
литуда автокорреляционной функции обратно При образовании комплекса индикатора с ио!
пропорциональна числу флуоресцирующих мо! нами калия происходил переход из нефлуорес!
лекул А (G(τ→0) = 1/NA, NA = CAVконф). Если ско! цирующего состояния свободного индикатора
рость химической реакции больше времени во флуоресцирующее состояние индикатора,
диффузии (τR << τd), то для временных ` проме! связанного с ионами калия:
жутков, бóльших τR, автокорреляционная функ!
ция определяется преимущественно диффузией
(уравнение (6)), причем в этом случае G(τ→0) = ,
= 1/N, т.е. амплитуда автокорреляционной
функции зависит от общего числа молекул, что где kа – константа образования комплекса и kd –
связано с быстрыми переходами между состоя! константа распада комплекса. Анализ автокор!
ниями А и В. реляционных функций при разных концентра!
Переход молекулы из флуоресцирующего циях ионов калия в растворе позволил опреде!
состояния в нефлуоресцирующее может быть лить константы ассоциации и диссоциации
связан с протонированием–депротонировани! комплекса (0,0020 ± 0,0003 мМ–1 · мс–1 и 0,12 ±
ем молекулы, как в случае зеленого флуоресци! ± 0,02 мс–1 соответственно).
рующего белка (GFP) [102]. Анализ автокорре! Методом ФКС была изучена кинетика взаи!
ляционных функций GFP при разных значени! модействия пиронина Y и пиронина B с β!цик!
ях рН показал, что время перехода составляет лодекстрином [106]. При добавлении циклодек!
300 мкс при рН 7 и уменьшается до 45 мкс при стрина происходил сдвиг автокорреляционной
рН 5; при этом 80% молекул переходят в нефлуо! функции в область больших времен (от 250 до
ресцирующее состояние. При щелочных значе! 400 мкс) и появилась быстрая компонента G(τ) в
ниях рН зарегистрировано время перехода 340 диапазоне 0,1–1 мкс. Показано, что связывание
мкс, не связанное с протонированием–депрото! обоих красителей было быстрым и лимитирова!
нированием. Авторы предполагают, что мерцание лось диффузией. Основной вклад в различие их
флуоресценции белка при рН 8–11 связано с равновесных констант связывания вносило раз!
внутримолекулярным переносом протона или из! личие в скоростях диссоциации комплексов.
менением конформационного состояния белка. Были измерены также коэффициенты диффу!
В работе [103] была рассмотрена более прос! зии свободных красителей и их комплексов с
тая система – переходы между флуоресцирую! циклодекстринами.
щим и нефлуоресцирующим состояниями кра! С помощью метода ФКС можно следить за
сителя флуоресцеина в водном растворе. В част! образованием водородных связей, приводящим
ности, характерное время перехода из депрото! к сворачиванию биополимеров. Например,
нированной двухзарядной флуоресцирующей ФКС использовали для изучения кинетики об!
формы в однопротонированную анионную сла! разования петли короткоцепочечной молекулы
бофлуоресцирующую форму при рН 9,4 состав! ДНК [107]. К одному концу молекулы ДНК ко!
ляло 5,4 мкс. В последующей работе этой же ла! валентно присоединялся флуоресцентный кра!
боратории метод ФКС применили для изучения ситель (родамин 6G), а к другому – тушитель
латеральной подвижности протонов на поверх! флуоресценции родамина DABCYL. Таким об!
ности липидной мембраны, а также процесса разом, флуоресценция была яркой в разверну!
отрыва–присоединения протонов к липидной том состоянии ДНК и существенно затушенной
поверхности [104]. Для этого использовали два при образовании шпильки. Формула (20) была
флуоресцентно!меченных липида на основе преобразована для двумерного движения и ис!
фосфатидилэтаноламина: один представлял со! пользована для вычисления кинетических пара!
бой конъюгат с флуоресцеином, а другой – с метров химической реакции образования вто!
орегоновым зеленым. Было показано, что в об! ричной структуры ДНК:

2 БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


626 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

Измерена автокорреляционная функция белка,


ответственного за перенос жирных кислот в ки!
шечнике (intestinal fatty acid binding protein),
, (21) точнее его цистеинового мутанта в положении
60 с ковалентно пришитым флуоресцеином
Val60Flu [110]. Показано, что уравнение (6), со!
ответствующее чисто диффузионной динамике
где р – доля молекул в развернутом состоянии, частиц, плохо описывает наблюдаемую G(τ) бел!
1/τR = k– + k+, k– – константа скорости перехо! ка в растворе. При этом измеряемое значение τd
да из закрытого (свернутого) состояния в от! лишь ненамного превышало значение τd для
крытое, k+ – константа скорости перехода из сво! свободных молекул красителя (71 и 55 мкс соот!
бодного в свернутое состояние. Так как время ветственно). В то же время уравнение (20), кото!
диффузии молекулы ДНК (τd = 150 мкс) попада! рое включает в себя наряду с диффузионной
ло в диапазон времен реакции τR = 5 мкс – 1 мс, компонентой еще и реакцию первого порядка,
то для вычисления τR исследовали контрольный отражающую конформационную динамику бел!
образец ДНК, в котором отсутствовал тушитель ка, очень точно описывало G(τ) белка. При этом
флуоресценции родамина 6G, т.е. автокорреля! значение τd, определенное для данного белка,
ционная функция характеризовала только диф! уже достаточно хорошо соответствовало частице
фузионную компоненту. Для фрагмента ДНК из такой большой молекулярной массы (120 мкс).
21 нуклеотида τR = 134 мкс при 10° и τR = 28 мкс Компонента, включающая в себя конформаци!
при 45°. онную динамику τR (35 мкс), существенно зави!
Методом ФКС изучалась аналогичная систе! села от рН и исчезала при закислении, что объ!
ма, однако вместо тушения флуоресценции из! яснялось денатурацией данного белка. В работе
меряли перенос энергии с одного конца молеку! [111] подобный подход применили для изучения
лы РНК на другой (FRET) [108]. Для этого ис! динамики небольшой белковой субъединицы
пользовали пару красителей Cy3 и Cy5. Кон! оксоглутаратдегидрогеназы из E. coli. Было вы!
формационная динамика РНК приводила к по! явлено несколько характерных времен сворачи!
явлению флуктуаций сигнала FRET в миллисе! вания данного белка, причем самое короткое
кундном диапазоне, которые зависели от кон! время составило 500 нс. Авторы отметили, что
центрации ионов магния и натрия. Авторы сде! это время оказалось более коротким, чем пред!
лали вывод, что процесс ассоциации–диссоциа! сказывалось теорией «стохастического клубка»
ции ионов не вносит вклад в наблюдаемую внут! биополимера.
римолекулярную динамику молекулы РНК. Су! Применение метода ФКС для изучения движе;
щественно, что в данной работе молекулы РНК ния отдельных молекул в проточных системах.
были иммобилизованы на стекле, покрытом Метод ФКС может быть применен для опреде!
стрептавидином, с помощью дополнительно ления скоростей потоков флуоресцентно!ме!
пришитой молекулы биотина. ченных частиц, в том числе биологически важ!
В работе [109] метод ФКС применили для ных молекул [55, 112–114]. Формула для авто!
изучения суперспирализации плазмидной ДНК корреляционной функции при движении час!
длиной 2686 пар оснований (плазмида pUC18). тиц в потоке с определенной скоростью имеет
В данном случае источником флуктуаций флуо! вид [55]
ресценции плазмиды, меченной родамином 6G
по одному основанию, была конформационная
динамика данной протяженной молекулы, , (22)
пространственные размеры которой превышали
размеры конфокального объема. Кольцевая
ДНК может иметь форму окружности, а также
спирализоваться и формировать дополнитель!
ные петли. Оказалось, что автокорреляционная . (23)
функция ДНК без петель хорошо описывается
простым уравнением диффузии, наличие петель
приводит к появлению дополнительной компо! В этом уравнении τd и τflow – соответственно
ненты G(τ), которая соответствует быстрым пе! времена прохода частицы через конфокальный
реходам между различными конформациями объем путем свободной диффузии и под
ДНК. действием постоянного потока жидкости. Зна!
ФКС применяется для изучения конформа! чение τflow может быть использовано для оценки
ционной динамики не только ДНК, но и белков. скорости потока жидкости:

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 627

ми от скорости потока и размера частиц были


, (24) проанализированы в работе [115]. Было показа!
но, что с увеличением размера частицы при по!
стоянной скорости потока ширина и площадь
где r0 – радиус конфокальной плоскости. пика увеличиваются. Авторы предложили ис!
пользовать данную зависимость для определе!
Практически поток обычно задается с по! ния размера частиц, движущихся в потоке с
мощью расположения резервуара с разбавлен! определенной скоростью.
ным раствором флуоресцентно!меченнного Смешивание препаратов непосредственно в
препарата на различной высоте. Перепад давле! конфокальном объеме с помощью микрофлю!
ния создает стационарный поток со скоростью идных устройств (microfluidics) открывает новые
V, пропорциональной разности давлений. По! возможности для изучения кинетики быстрых
казано, что скорость потока максимальна в взаимодействий. Так, была показана модифика!
центре канала и приближается к нулю около его ция микроячейки, в которой два реагирующих
стенок [55] в соответствии с параболическим препарата разделены буферным раствором та!
профилем скорости в сечении канала, который ким образом, что смешивание происходит толь!
задается уравнением Пуазейля для ламинарного ко в фокусе лазерного луча [117]. Ячейка имеет
потока: пять входов и один выход. В центральный канал
подается раствор А с одним видом биомолекул,
, (25) в перпендикулярном направлении подается
раствор Б с другим видом биомолекул. В диаго!
нальном направлении осуществляется поток
где η – вязкость раствора, l – длина канала, d – раствора А без биомолекул, что и предотвраща!
полуширина канала. В работе [55] в качестве ет преждевременное смешивание препаратов из
флуоресцентного маркера для определения ско! растворов А и Б. Метод ФКС позволил пол!
рости потока использовался уридинтрифосфат, ностью охарактеризовать гидродинамические
ковалентно меченный тетраметилродамином условия в такой ячейке и провести оценку ско!
(10–10 М). рости смешивания двух растворов по реакции
Установка ФКС с проточным капилляром тушения флуоресцентно!меченного декстрана
очень напоминает устройство проточного ци! под действием йодида калия (характерное время
тофлуориметра и может использоваться по су! смешивания 0,1 мс).
ществу в этих же целях [115]. Однако, несмотря Существует и более сложный вариант ФКС,
на внешнее сходство, между ними имеются су! который специально был разработан для более
щественные различия, которые заключаются в полной характеристики потоков жидкости. Речь
геометрии сфокусированного возбуждающего идет о двухфокусной (dual focus) кросскорреля!
света. У проточного цитофлуориметра пятно ционной установке, которая позволяет опреде!
возбуждающего света имеет большие размеры и лять не только скорость потока, но и направле!
яркость освещения внутри пятна более равно! ние движения частиц. Оптическая схема в этом
мерна, в результате чего достигаемая яркость случае принципиально отличается от представ!
свечения существенно меньше, чем в ФКС. По ленной на рис. 3 наличием двух объемов наблю!
этой причине с помощью проточного цито! дения, разнесенных друг от друга на расстояние
флуориметра удобно изучать целые окрашенные ~2 мкм [112]. При каждом измерении записыва!
клетки, тогда как выделенные органеллы (суб! ются две кросскорреляционные кривые, соот!
микронного размера) обычно имеют недоста! ветствующие корреляции сигналов флуоресцен!
точную яркость. Метод ФКС, напротив, облада! ции в первом и втором конфокальных объемах в
ет достаточной чувствительностью для регистра! направлении потока и против него. Кросскор!
ции свечения отдельных молекул флуорофора. реляционная функция движения в направлении
Применение потока жидкости в ячейке в це! потока имеет пик, соответствующий прохожде!
лях увеличения числа регистрируемых событий нию одной и той же частицы сначала через пер!
при прохождении частиц через конфокальный вый, а затем через второй конфокальный объем.
объем описано в работе, где регистрировали Если поток направлен перпендикулярно векто!
флуоресцентно!меченные одно! и двунитевые ру, соединяющему два конфокальных объема,
молекулы ДНК [116]. Были определены ампли! кросскорреляция сигналов будет отсутствовать
туды пиков флуоресценции, что позволило про! [112].
вести популяционный анализ суспензии ДНК ФКС применяется и в сочетании с капил!
при различных температурах. Зависимости ши! лярным электрофорезом [118–121], позволяю!
рины пиков сигнала ФКС и площади под пика! щим разделять заряженные вещества в электри!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011 2*


628 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

ческом поле. Теоретически в стандартном мето! го колхицина с тубулином [124, 125]. Если в
де ФКС для надежной дискриминации двух растворе присутствуют только молекулы флуо!
флуоресцирующих веществ необходимо иметь ресцирующего лиганда, запись сигнала флуо!
не менее чем восьмикратное различие в их мо! ресценции в зависимости от времени представ!
лекулярной массе М (в силу того что D ~M–1/3), ляет собой прямую с небольшими отклонения!
тогда как электрофоретическая подвижность ми от среднего значения. При добавлении к это!
пропорциональна отношению заряда к массе, му раствору частиц, способных связать несколь!
т.е. более чувствительна к изменению массы мо! ко молекул флуоресцирующего лиганда, в запи!
лекулы [119]. Однако измерения подвижности в си интенсивности флуоресценции появляются
электрическом поле серии молекул ДНК прак! пики с высокой амплитудой, характерной для
тически показали отсутствие зависимости под! образования комплексов. Поскольку частицы,
вижности от длины, тогда как коэффициент связавшие разное число флуоресцирующих мо!
диффузии, измеренный методом ФКС, заметно лекул, различаются по яркости, авторы предла!
менялся в зависимости от длины молекул в со! гают анализировать не число образовавшихся
ответствии с моделью жесткого цилиндра [120]. комплексов, т.е. пиков, а суммарную площадь
Одно из практически значимых применений под пиками на графике зависимости интенсив!
ФКС в билогических исследованиях – изучение ности флуоресценции от времени. Контрольные
скорости потока крови в сосудах. Наличие ав! измерения показали линейную зависимость
тофлуоресцирующих компонентов крови, таких этого параметра от числа частиц, на которых
как эритроциты, позволяет проводить исследо! сорбировался флуоресцирующий лиганд [124].
вания без дополнительной модификации био! Такой анализ применяется при определении
молекул или введения маркеров. Совместно с константы связывания лиганда [124].
лазерной сканирующей микроскопией метод Аналогичный подход использовали для ана!
ФКС применили для определения скорости лиза связывания катионного полимера поли[(2!
кровотока в сосудах мозга эмбриона рыбки D. диметиламино)этилметакрилата] (pDMAEMA)
rerio [122]. Для визуализации сосудов в данном с флуоресцентно!меченным олигонуклеотидом
эксперименте во всех эндотелиальных клетках (Rh!ON) [126]. Как известно, комплексы ДНК с
кровеносных сосудов экспреcсировали GFP. катионными полимерами более эффективно
После фиксации эмбриона был выбран одиноч! осуществляют трансфекцию по сравнению со
ный сосуд, в котором проводились дальнейшие свободной ДНК. Состав комплексов pDMAEMA–
измерения скорости потока методом ФКС. По! Rh!ON исследован как функция соотношения
лученное значение скорости (1,67 мм/с) хорошо зарядов катионов и анионов ϕ(+/–). Авторы по!
согласовывалось со значениями скоростей для казали, что в комплексах катионного полимера
сосудов сердца D. rerio [123]. с олигонуклеотидом, имеющих ϕ < 1, происхо!
Анализ пиков флуоресценции в суспензии яр; дит тушение флуоресценции в связи с высокой
ких частиц. Обработка сигнала флуоресценции в концентрацией олигонуклеотида на одной це!
виде автокорреляционной функции не всегда почке полимера. Дальнейшее увеличение кон!
является оптимальным вариантом анализа сис! центрации полимера приводит к увеличению
темы методом ФКС. Так, в случае смеси частиц, числа пиков высокой амплитуды, что связано с
существенно различающихся по яркости, G(τ) распределением молекул олигонуклеотида меж!
будет практически полностью определяться ду цепочками полимера в концентрации, не
вкладом ярких частиц. Кроме того, в суспензии достаточной для самотушения. При достижении
частиц большого размера (липосомы, выделен! определенного соотношения зарядов, когда
ные митохондрии и т.д.) при их низкой концен! каждой цепочке полимера будет соответство!
трации воспроизводимое измерение G(τ) связа! вать одна молекула олигонуклеотида, дальней!
но с накоплением сигнала на протяжении дли! шее увеличение концентрации полимера не
тельного времени (вплоть до нескольких часов), приведет к увеличению числа пиков, что и на!
что затрудняет решение этой задачи. Поэтому блюдалось авторами при ϕ = 15 [126]. Этим ме!
при работе с такого рода системами предложили тодом исследовали также связывание других ка!
использовать другой вариант анализа – подсчет тионных полимеров [127].
числа и амплитуды пиков флуоресценции в из! Подобный вариант метода ФКС, включаю!
начальной временнóй записи сигнала. Такой щий в себя анализ пиков сигнала флуоресцен!
подход очень характерен для анализа электро! ции, применяли и для исследования вытекания
физиологических данных и имеет развитый ма! флуоресцентного красителя из замкнутых ли!
тематический аппарат. пидных везикул (липосом) под действием раз!
В частности, анализ пиков применили для личных факторов [128–132]. Ван ден Богаарт с
изучения связывания флуоресцентно!меченно! соавт. [129, 133] предложили модифицирован!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 629

ный вариант анализа пиков, который включал в нально неактивный белок. На основе соотноше!
себя регистрацию сигнала двух флуоресцентных ния белок–липид рассчитали, что в одной липо!
маркеров, различающихся по спектральным соме присутствует ~10 молекул белка, образую!
свойствам. Свой вариант анализа авторы назва! щих каналы. Тогда эффективность встраивания
ли двухцветовым анализом пиков флуоресцен! составляет <10%.
ции (dual color fluorescence burst analysis Применение данного подхода может быть
(DCFBA)). Один гидрофильный маркер находил! очень эффективным и в случае изучения ли!
ся внутри липосом, тогда как второй был липо! ганд!рецепторных систем. Для этого необходи!
фильным и находился в липидном бислое. Если мо приготовить липосомы с встроенным в них
воздействие не приводило к формированию пор флуоресцентно!меченным рецепторным бел!
в мембране и целостность липосом сохранялась, ком, и лиганд при этом тоже должен иметь
сигналы интенсивности флуоресценции двух флуоресцентую метку, спектрально отличную от
маркеров совпадали по времени и продолжи! метки рецептора. При этом необходимо, чтобы
тельности, так как оба маркера двигались сов! сродство лиганда к рецептору было достаточно
местно в каждой липосоме. В случае если к ли! высоким и исключающим фоновый сигнал
посомам добавляли каналообразующий агент и флуоресценции свободного лиганда в растворе.
образовывались поры, размер которых был Данный подход применили для вычисления
больше размера молекул гидрофильного марке! константы связывания флуоресцентно!мечен!
ра, последний выходил из липосом и сигналы ного белка SecA с флуоресцентно!меченным
флуоресценции больше не совпадали (рис. 8). белком канала SecYEG секреторной системы
Анализ пиков позволил определить концен! E. coli. Путем изменения концентрации немече!
трацию молекул!маркеров внутри липосом, ко! ного лиганда (SecA) была получена константа
торая рассчитывалась по следующей формуле связывания Кass = 4 нМ [129, 134].
для каждого пика: Выше уже обсуждалась возможность приме!
нения проточного капилляра для анализа пиков
сигнала флуоресценции. Альтернативой этому
является использование принудительного пере!
, (26) мешивания раствора суспензии частиц. В нашей
лаборатории анализ пиков сигнала флуоресцен!
ции применили для анализа связывания потен!
циалзависимых красителей с выделенными ми!
тохондриями [26, 135]. Так как размеры митохон!
где Iliposome, Isize!marker – флуоресцентный сигнал дрий существенно больше размеров липосом, в
липосом и молекул внутренних маркеров соот! этом случае анализ G(τ) затруднен или даже не!
ветственно, причем значение Iliposome больше не! возможен в силу лабильности препарата выде!
которого значения Ioffset на временнóм проме! ленных митохондрий. Было показано, что ана!
жутке t1–t2; возведение в степень 3/2 в знамена! лиз пиков существенно улучшается в случае пе!
теле связано с тем, что флуоресцентная метка ремешивания суспензии митохондрий. На рис. 9
находится на поверхности липосом, тогда как приведены примеры записей флуоресценции
молекулы!маркеры находятся в растворе внутри тетраметилродамина этилового эфира (TMRE) в
липосом. суспензии митохондрий без перемешивания
Данный подход применили при изучении (левая сторона) и в условиях перемешивания
механочувствительного канала MscL [133]. Этот (правая сторона). На средней записи, сделанной
белок был встроен в липосомы, окрашенные ли! в условиях энергизации митохондрий, пики
пофильной меткой DiO и нагруженные флуо! флуоресценции TMRE проявляются наиболее
ресцентно!меченными молекулами!маркерами отчетливо. При деэнергизации происходит па!
различного размера. Показано, что для соедине! дение мембранного потенциала митохондрий,
ний размерами 2–3 нм (белки молекулярной приводящее к выходу катионного красителя во
массой до 7 кДа) концентрация молекул!марке! внешнюю среду (нижние записи на рис. 9). Дан!
ров внутри липосом уменьшалась по мере от! ный подход может быть применен для анализа
крывания канала MscL. Результаты исследований связывания с митохондриями не только гидро!
отдельных липосом методом DCFBA использо! фобных соединений, но и таких сравнительно
вали для оценки степени встраивания белка гидрофильных веществ, как флуоресцентно!ме!
MscL в липосомы. Показано, что только 50% ченный ATP [136], а также различных заряжен!
всего количества липосом теряет свое содержи! ных фталоцианинов [85].
мое при активации канала. Это значит, что при! Следует отметить, что перемешивание сус!
мерно половина липосом несет в себе функцио! пензии частиц для увеличения числа регистри!

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


630 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

60 а
40

20

120 б
80

40

60 а
40

20

120 б
80

40

60 а

40

20

120 б

80

40

0
0,0 0,1 0,2 0,3

Время, с

` зависимости интенсивности флуоресценции липосом, нагруженных двумя флуоресцентными марке!


Рис. 8. Временные
рами. а – Для липофильной метки, б – одновременно измеренная зависимость для гидрофильной метки (модифициро!
ванный рисунок из работы [129])

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 631

руемых событий может быть заменено на пере! наночастиц [139], а также изучения динамики
мещение конфокального объема внутри ячейки. белков и лиганд!рецепторного взаимодействия
Этого можно добиться либо путем синхронизо! в живых клетках [19].
ванного движения лазерного луча и положения
конфокальной диафрагмы (как это осуществля! Рассмотренные приложения метода ФКС
ется в конфокальном микроскопе), либо путем охватывают самые разные области исследова!
перемещения столика микроскопа. Такой вари! ний – от простых химических систем (раст!
ант ФКС был реализован еще на заре возникно! вор–мицелла) до тонких процессов регуляции
вения самого метода [137] и успешно применял! на уровне живых клеток. Наиболее полно в об!
ся для изучения олигомеризации белков в раст! зоре отражены приложения, касающиеся искус!
воре [138], регистрации траектории движения ственных и природных мембран. Это связано со

а б
2 2 Неэнергизованное 3 Энергизованное
состояние состояние
100 кГц

+ сукцинат

3
+ митохондрии + ДНФ
ротенон

4 1

СH3СH2COO
1
20 с • •
(СH3)2N O N(СH3)2
4 Деэнергизованное
ТМRE состояние

1 МГц
2

50 мс

Рис. 9. а – Зависимость интенсивности флуоресценции от времени для суспензии митохондрий, окрашенных TMRE
(0,3 мкМ) в отсутствие перемешивания. 1 – Контрольная запись в растворе TMRE, 2 – неэнергизованное состояние ми!
тохондрий в присутствии ротенона, 3 – энергизованное состояние после добавления сукцината, 4 – деэнергизованное
состояние после добавления ДНФ. б – Схематическое представление цепи событий взаимодействия красителя TMRE с
отдельной митохондрией в различных энергетических состояниях. в – Зависимость интенсивности флуоресценции от
времени для суспензии митохондрий, окрашенных TMRE (0,03 мкМ) в условиях перемешивания. 1 – Митохондрии и ро!
тенон, 2 – добавка сукцината, 3 – добавка ДНФ

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


632 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

сферой первичных научных интересов авторов зии, яркости частиц, степени их агрегации, кон!
обзора. Однако мы старались описать наиболее центрации комплексов и, наконец, кинетике
характерные примеры и из других приложений. межмолекулекулярного и внутримолекулярного
Наша главная задача – показать на данных при! взаимодействия [12].
мерах широкие возможности данного метода, Если настоящий обзор вызвал интерес у чи!
чтобы читатели могли оценить его примени! тателя в плане конкретного применения данно!
мость для изучения конкретных систем. го подхода, то возникает вопрос о практической
Отличительное свойство метода ФКС – вы! реализации измерения ФКС. Иными словами,
сокая чувствительность. Это позволяет работать насколько сложно сделать такой прибор у себя в
при концентрациях флуоресцентного маркера лаборатории? Опыт авторов показал, что задача
~1 нМ в объемах измерения от 10 до 1000 мкл, изготовления такого прибора достаточно реаль!
т.е. типичное измерение требует ~10–13 моля ве! на при наличии соответствующих блоков. Среди
щества. В то же время ФКС вряд ли можно при! них главными являются флуоресцентный мик!
равнивать к прямым методам измерения флуо! роскоп, лазер, ФЭУ (или высокочувствитель!
ресценции отдельных молекул, поскольку по ный светодиод) и коррелятор. Лазер, ФЭУ и
своей сути за типичное время измерений (1 мин) коррелятор являются стандартными компонен!
анализируется статистика для большого ансамб! тами достаточно распространенной установки
ля молекул (характерное значение ~103 моле! по измерению динамического светорассеяния.
кул), что позволяет проводить усреднение как Кроме того, в отличие от газовых лазеров совре!
свойств самого используемого маркера (яркос! менные твердотельные лазеры (особенно зеле!
ти, подвижности и т.д.), так и параметров его ный) уже достаточно распространены и характе!
взаимодействия с другими компонентами сис! ризуются большим временем безотказной не!
темы. Следовательно, данным методом не могут прерывной работы. Наладка установки ФКС
быть напрямую решены такие задачи (типичные при наличии вышеописанных блоков подробно
для регистрации одиночных молекул), как описана в литературе [11, 13]. Собственный
изучение «мерцания» (blinking) флуоресцен! опыт авторов обзора показал, что даже в отсут!
ции, идентификация множественных интерме! ствие навыков работы с оптическими прибора!
диатов реакций, в том числе различных конфор! ми наладка самодельного прибора ФКС занима!
мационных состояний на прямом и обратном ет всего несколько дней. Следует отметить так!
путях реакции [140–144]. Таким образом, метод же, что компании, выпускающие конфокальные
ФКС стоит на полпути исследования интеграль! микроскопы, наладили выпуск приставок, поз!
ных свойств вещества в целом и индивидуаль! воляющих проводить измерения ФКС. Авторы
ных свойств отдельных молекул со всеми выте! будут считать свою задачу выполненной, если
кающими из этого преимуществами и недостат! прочтение данного обзора убедит читателей в
ками. необходимости практического поиска возмож!
Чувствительность метода ФКС можно оха! ностей конструирования прибора ФКС (или его
рактеризовать на примере сравнительного из! приобретения) и его применения в своей экспе!
учения взаимодействия меченых олигонуклео! риментальной работе. Метод ФКС, безусловно,
тидов с ДНК. Показано, что чувствительность должен занять более заметное место в современ!
ФКС примерно соответствует чувствительности ной российской науке.
измерений взаимодействия по радиоактивной
метке, однако ФКС не требует работы с радио!
активностью и не требует физического разделе! Авторы выражают благодарность проф.
ния компонентов. Для применения метода ФКС Д.Б. Зорову (НИИ физико!химической биоло!
достаточно существенно меньшего количества гии им. А.Н. Белозерского МГУ им. М.В. Ломо!
вещества по сравнению с используемым при из! носова) за плодотворное обсуждение обзора и
мерениях методами кругового дихроизма или проф. Петре Швилле (Технический университет
калориметрии. Кроме того, ФКС дает дополни! Дрездена) за предоставление макетов некоторых
тельную информацию о коэффициентах диффу! рисунков.

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 633

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Каск П., Кяндлер Т. (1978) Изв. АН ЭССР, 27, 73–78. 35. Koppel, D.E., Axelrod, D., Schlessinger, J., Elson, E.L.,
2. Каск П., Кяндлер Т., Сирк А., Кару Т., Липпмаа Э. and Webb, W.W. (1976) Biophys. J., 16, 1315–1329.
(1979) Изв. АН ЭССР, 28, 221–226. 36. Aragon, S.R., and Pecora, R. (1976) J. Chem. Phys., 64,
3. Кяндлер Т., Каск П., Пиксарв П., Сирк А., Липпмаа 1791–1803.
Э. (1982) Изв. АН ЭССР, 31, 314–319. 37. Webb, W.W. (1976) Q. Rev. Biophys., 9, 49–68.
4. Кяндлер Т.Э. (1985) Флуоресцентная корреляционная 38. Fahey, P.F., Koppel, D.E., Barak, L.S., Wolf, D.E., Elson,
спектроскопия в исследовании динамики химических E.L., and Webb, W.W. (1977) Science, 195, 305–306.
систем. Дис. канд. физ.!мат. наук, Тартуский государ! 39. Rigler, R., Mets, U., Widengren, J., and Kask, P. (1993)
ственный университет, Тарту. Eur. Biophys. J., 22, 169–175.
5. Kask, P., Piksarv, P., Mets, U., Pooga, M., and Lippmaa, 40. Rigler, R., Pramanik, A., Jonasson, P., Kratz, G., Jansson,
E. (1987) Eur. Biophys. J., 14, 257–261. O.T., Nygren, P., Stahl, S., Ekberg, K., Johansson, B.,
6. Kask, P., Piksarv, P., Pooga, M., Mets, U., and Lippmaa, Uhlen, S., Uhlen, M., Jornvall, H., and Wahren, J. (1999)
E. (1989) Biophys. J., 55, 213–220. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 13318–13323.
7. Kask, P. (1987) Stud. Biophys., 118, 7–24. 41. Denk, W., Strickler, J.H., and Webb, W.W. (1990) Science,
8. Fluorescence Сorrelation Spectroscopy: Theory and Applica 248, 73–76.
tions (Rigler, R., and Elson, E., eds), 2001, Springer, N.Y. 42. Schwille, P., Haupts, U., Maiti, S., and Webb, W.W. (1999)
9. Eigen, M., and Rigler, R. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. Biophys. J., 77, 2251–2265.
USA, 91, 5740–5747. 43. Koppel, D. E. (1974) Phys. Rev. A, 10, 1938–1945.
10. Schwille, P. (2001) Cell. Biochem. Biophys., 34, 383–408. 44. Kask, P., Gunther, R., and Axhausen, P. (1997) Eur.
11. Krichevsky, O., and Bonnet, G. (2002) Rep. Prog. Phys., Biophys. J., 25, 163–169.
65, 251–297. 45. Qian, H. (1990) Biophys. Chem., 38, 49–57.
12. Hess, S.T., Huang, S., Heikal, A.A., and Webb, W.W. 46. Meseth, U., Wohland, T., Rigler, R., and Vogel, H. (1999)
(2002) Biochemistry, 41, 697–705. Biophys. J., 76, 1619–1631.
13. Sengupta, P., Balaji, J., and Maiti, S. (2002) Methods, 27, 47. Kask, P., Palo, K., Ullmann, D., and Gall, K. (1999) Proc.
374–387. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 13756–13761.
14. Enderlein, J., Gregor, I., Patra, D., and Fitter, J. (2004) 48. Chen, Y., Muller, J.D., So, P.T., and Gratton, E. (1999)
Curr. Pharm. Biotechnol., 5, 155–161. Biophys. J., 77, 553–567.
15. Gosch, M., and Rigler, R. (2005) Adv. Drug Deliv. Rev., 57, 49. Chen, Y., Muller, J.D., Tetin, S.Y., Tyner, J.D., and
169–190. Gratton, E. (2000) Biophys. J., 79, 1074–1084.
16. Briddon, S.J., and Hill, S.J. (2007) Trends Pharmacol. Sci., 50. Enderlein, J., Gregor, I., Patra, D., Dertinger, T., and
28, 637–645. Kaupp, U.B. (2005) Chemphyschem., 6, 2324–2336.
17. Kim, S.A., Heinze, K.G., and Schwille, P. (2007) Nat. 51. Ruettinger, S., Buschmann, V., Kramer, B., Erdmann, R.,
Methods, 4, 963–973. Macdonald, R., and Koberling, F. (2007) Proc. SPIE,
18. Machan, R., and Hof, M. (2010) Biochim. Biophys. Acta, 6630, 66300D.
1798, 1377–1391. 52. Sachl, R., Mikhalyov, I., Hof, M., and Johansson, L.B.
19. Petrasek, Z., Ries, J., and Schwille, P. (2010) Methods (2009) Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 4335–4343.
Enzymol., 472, 317–343. 53. Petrasek, Z., and Schwille, P. (2008) Biophys. J., 94,
20. Garcia!Saez, A.J., and Schwille, P. (2010) Biochim. 1437–1448.
Biophys. Acta, 1798, 766–776. 54. Gendron, P.O., Avaltroni, F., and Wilkinson, K.J. (2008) J.
21. Serdyuk, I.N., Zaccai, N.R., and Zaccai, J. (2007) in Fluoresc., 18, 1093–1101.
Methods in Molecular Biophysics: Structure, Dynamics, 55. Gosch, M., Blom, H., Holm, J., Heino, T., and Rigler, R.
Function, Cambridge University Press, Cambridge. (2000) Anal. Chem., 72, 3260–3265.
22. Сухарев В.И., Векшин Н.Л. (2000) Биоорган. химия, 26, 56. Muller, J.D., Chen, Y., and Gratton, E. (2000) Biophys. J.,
723–727. 78, 474–486.
23. Ковалев А.Е., Яковенко А.А., Векшин Н.Л. (2004) Био 57. Qian, H., and Elson, E.L. (1990) Biophys. J., 57, 375–380.
физика, 49, 1030–1037. 58. Eid, J.S., Muller, J.D., and Gratton, E. (2000) Rev. Sci.
24. Татаркова С.А., Ллойд К., Хайра С.К., Берк Д. (2003) Instrum., 71, 361–368.
Квант. электроника, 33, 357–362. 59. Chen, Y., Muller, J.D., Ruan, Q., and Gratton, E. (2002)
25. Векшин Н.Л. (2006) Флуоресцентная спектроскопия Biophys. J., 82, 133–144.
биополимеров, Фотон!век, Пущино. 60. Chen, Y., Wei, L.N., and Muller, J.D. (2003) Proc. Natl.
26. Перевощикова И.В., Сорочкина А.И., Зоров Д.Б., Ан! Acad. Sci. USA, 100, 15492–15497.
тоненко Ю.Н. (2009) Биохимия, 74, 814–824. 61. Egea, P.F., Rochel, N., Birck, C., Vachette, P., Timmins,
27. Страховская М.Г., Антоненко Ю.Н., Пашковская P.A., and Moras, D. (2001) J. Mol. Biol., 307, 557–576.
А.А., Котова Е.А., Киреев В., Жуховицкий В.Г., Кузне! 62. Yu, L., Tan, M., Ho, B., Ding, J.L., and Wohland, T.
цова Н.А., Южакова О.А., Негримовский В.М., Рубин (2006) Anal. Chim. Acta, 556, 216–225.
А.Б. (2009) Биохимия, 74, 1603–1614. 63. Tjernberg, L.O., Pramanik, A., Bjorling, S., Thyberg, P.,
28. Magde, D., Elson, E.L., and Webb, W.W. (1972) Phys. Rev. Thyberg, J., Nordstedt, C., Berndt, K.D., Terenius, L.,
Lett., 29, 705–708. and Rigler, R. (1999) Chem. Biol., 6, 53–62.
29. Elson, E.L., and Magde, D. (1974) Biopolymers, 13, 1–27. 64. Sengupta, P., Garai, K., Sahoo, B., Shi, Y., Callaway, D.J.,
30. Magde, D., Elson, E.L., and Webb, W.W. (1974) and Maiti, S. (2003) Biochemistry, 42, 10506–10513.
Biopolymers, 13, 29–61. 65. Garai, K., Sureka, R., and Maiti, S. (2007) Biophys. J., 92,
31. Magde, D., Webb, W.W., and Elson, E.L. (1978) L55–L57.
Biopolymers, 17, 361–376. 66. Gerard, M., Debyser, Z., Desender, L., Kahle, P.J., Baert,
32. Ehrenberg, M., and Rigler, R. (1974) Chem. Phys., 4, 390–401. J., Baekelandt, V., and Engelborghs, Y. (2006) FASEB J.,
33. Ehrenberg, M., and Rigler, R. (1976) Q. Rev. Biophys., 9, 20, 524–526.
69–81. 67. Conway, K.A., Harper, J.D., and Lansbury, P.T. (1998) Nat.
34. Aragon, S.R., and Pecora, R. (1975) Biopolymers, 14, 119–138. Med., 4, 1318–1320.

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


634 ПЕРЕВОЩИКОВА и др.

68. Sevenich, F.W., Langowski, J., Weiss, V., and Rippe, K. 100. Walter, N.G., Schwille, P., and Eigen, M. (1996) Proc.
(1998) Nucl. Acids Res., 26, 1373–1381. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 12805–12810.
69. Lagerkvist, A.C., Foldes!Papp, Z., Persson, M.A., and 101. Schwille, P., Meyer!Almes, F.J., and Rigler, R. (1997)
Rigler, R. (2001) Protein Sci., 10, 1522–1528. Biophys. J., 72, 1878–1886.
70. Tetin, S.Y., Swift, K.M., and Matayoshi, E.D. (2002) Anal. 102. Haupts, U., Maiti, S., Schwille, P., and Webb, W.W.
Biochem., 307, 84–91. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 13573–13578.
71. Varriale, A., Staiano, M., Iozzino, L., Severino, L., 103. Persson, G., Thyberg, P., and Widengren, J. (2008)
Anastasio, A., Cortesi, M.L., and D’Auria, S. (2009) Biophys. J., 94, 977–985.
Protein Pept. Lett., 16, 1425–1428. 104. Sanden, T., Salomonsson, L., Brzezinski, P., and Widengren,
72. Kinjo, M., and Rigler, R. (1995) Nucl. Acids Res., 23, J. (2010) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107, 4129–4134.
1795–1799. 105. Magzoub, M., Padmawar, P., Dix, J.A., and Verkman,
73. Schwille, P., Oehlenschlager, F., and Walter, N.G. (1996) A.S. (2006) J. Phys. Chem. B, 110, 21216–21221.
Biochemistry, 35, 10182–10193. 106. Al Soufi, W., Reija, B., Novo, M., Felekyan, S.,
74. Rusu, L., Gambhir, A., McLaughlin, S., and Radler, J. Kuhnemuth, R., and Seidel, C.A. (2005) J. Am. Chem.
(2004) Biophys. J., 87, 1044–1053. Soc., 127, 8775–8784.
75. Yu, L., Ding, J.L., Ho, B., and Wohland, T. (2005) 107. Bonnet, G., Krichevsky, O., and Libchaber, A. (1998)
Biochim. Biophys. Acta, 1716, 29–39. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 8602–8606.
76. Posokhov, Y.O., Rodnin, M.V., Lu, L., and Ladokhin, A.S. 108. Kim, H.D., Nienhaus, G.U., Ha, T., Orr, J. W., Williamson,
(2008) Biochemistry, 47, 5078–5087. J.R., and Chu, S. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99,
77. Antonenko, Y.N., Perevoshchikova, I.V., Davydova, L.I., 4284–4289.
Agapov, I.A., and Bogush, V.G. (2010) Biochim. Biophys. 109. Shusterman, R., Gavrinyov, T., and Krichevsky, O. (2008)
Acta, 1798, 1172–1178. Phys. Rev. Lett., 100, 98–102.
78. Clamme, J.P., Azoulay, J., and Mely, Y. (2003) Biophys. J., 110. Chattopadhyay, K., Saffarian, S., Elson, E.L., and Frieden,
84, 1960–1968. C. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 14171–14176.
79. Pramanik, A., Thyberg, P., and Rigler, R. (2000) Chem. 111. Neuweiler, H., Johnson, C.M., and Fersht, A.R. (2009)
Phys. Lipids, 104, 35–47. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 106, 18569–18574.
80. Takakuwa, Y., Pack, C.G., An, X.L., Manno, S., Ito, E., 112. Dittrich, P.S., and Schwille, P. (2002) Anal. Chem., 74,
and Kinjo, M. (1999) Biophys. Chem., 82, 149–155. 4472–4479.
81. Rhoades, E., Ramlall, T.F., Webb, W.W., and Eliezer, D. 113. Kuricheti, K.K., Buschmann, V., and Weston, K.D.
(2006) Biophys. J., 90, 4692–4700. (2004) Appl. Spectrosc., 58, 1180–1186.
82. Красновский А.А. (2004) Биофизика, 49, 305–321. 114. Brister, P.C., Kuricheti, K.K., Buschmann, V., and
83. Valenzeno, D.P. (1987) Photochem. Photobiol., 46, 147–160. Weston, K.D. (2005) Lab. Chip., 5, 785–791.
84. Pashkovskaya, A.A., Maizlish, V.E., Shaposhnikov, G.P., 115. Edel, J.B., and de Mello, A.J. (2003) Anal. Sci., 19,
Kotova, E.A., and Antonenko, Y.N. (2008) Biochim. 1065–1069.
Biophys. Acta, 1778, 541–548. 116. Okagbare, P.I., and Soper, S.A. (2009) Analyst., 134,
85. Пашковская A.A., Перевощикова И.В., Майзлиш 97–106.
В.Е., Шапошников Г.П., Котова E.A., Антоненко 117. Park, H.Y., Qiu, X., Rhoades, E., Korlach, J., Kwok,
Ю.Н. (2009) Биохимия, 74, 1252–1259. L.W., Zipfel, W.R., Webb, W.W., and Pollack, L. (2006)
86. Allen, N.W., and Thompson, N.L. (2006) Cytometry A, 69, Anal. Chem., 78, 4465–4473.
524–532. 118. Van Orden, A., and Keller, R.A. (1998) Anal. Chem., 70,
87. van den Bogaart, G., Hermans, N., Krasnikov, V., de Vries, 4463–4471.
A.H., and Poolman, B. (2007) Biophys. J., 92, 1598–1605. 119. LeCaptain, D.J., and Van Orden, A. (2002) Anal. Chem.,
88. Ramadurai, S., Holt, A., Krasnikov, V., van den Bogaart, 74, 1171–1176.
G., Killian, J.A., and Poolman, B. (2009) J. Am. Chem. 120. Bayer, J., and Radler, J.O. (2006) Electrophoresis, 27,
Soc., 131, 12650–12656. 3952–3963.
89. Schwille, P., Korlach, J., and Webb, W.W. (1999) 121. Fogarty, K., and Van Orden, A. (2009) Methods, 47,
Cytometry, 36, 176–182. 151–158.
90. Korlach, J., Schwille, P., Webb, W.W., and Feigenson, 122. Pan, X., Yu, H., Shi, X., Korzh, V., and Wohland, T.
G.W. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 8461–8466. (2007) J. Biomed. Opt., 12, 14–34.
91. Wawrezinieck, L., Rigneault, H., Marguet, D., and Lenne, 123. Malone, M.H., Sciaky, N., Stalheim, L., Hahn, K.M.,
P.F. (2005) Biophys. J., 89, 4029–4042. Linney, E., and Johnson, G.L. (2007) BMC Biotechnol., 7,
92. Humpolickova, J., Gielen, E., Benda, A., Fagulova, V., 40.
Vercammen, J., Vandeven, M., Hof, M., Ameloot, M., and 124. Van Craenenbroeck, E., Matthys, G., Beirlant, J., and
Engelborghs, Y. (2006) Biophys. J., 91, L23–L25. Engelborghs, Y. (1999) J. Fluoresc., 9, 325–331.
93. Wenger, J., Conchonaud, F., Dintinger, J., Wawrezinieck, 125. Van Craenenbroeck, E., and Engelborghs, Y. (2000) J.
L., Ebbesen, T.W., Rigneault, H., Marguet, D., and Lenne, Mol. Recognit., 13, 93–100.
P.F. (2007) Biophys. J., 92, 913–919. 126. Van Rompaey, E., Sanders, N., De Smedt, S.C.,
94. Chiantia, S., Ries, J., and Schwille, P. (2009) Biochim. Demeester, J., Van Craenenbroeck, E., and Engelborghs,
Biophys. Acta, 1788, 225–233. Y. (2000) Macromolecules, 33, 8280–8288.
95. Przybylo, M., Sykora, J., Humpolickova, J., Benda, A., 127. Van Rompaey, E., Engelborghs, Y., Sanders, N., De
Zan, A., and Hof, M. (2006) Langmuir, 22, 9096–9099. Smedt, S.C., and Demeester, J. (2001) Pharm. Res., 18,
96. Machan, R., and Hof, M. (2010) Int. J. Mol. Sci., 11, 928–936.
427–457. 128. van den Bogaart, G., Mika, J.T., Krasnikov, V., and
97. Politz, J.C., Browne, E.S., Wolf, D.E., and Pederson, T. Poolman, B. (2007) Biophys. J., 93, 154–163.
(1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 6043–6048. 129. van den Bogaart, G., Kusters, I., Velasquez, J., Mika, J.T.,
98. Ries, J., Yu, S.R., Burkhardt, M., Brand, M., and Krasnikov, V., Driessen, A.J., and Poolman, B. (2008)
Schwille, P. (2009) Nat. Methods, 6, 643–645. Methods, 46, 123–130.
99. Oehlenschlager, F., Schwille, P., and Eigen, M. (1996) 130. van den Bogaart, G., Guzman, J.V., Mika, J.T., and
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 12811–12816. Poolman, B. (2008) J. Biol. Chem., 283, 33854–33857.

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011


ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ КОРРЕЛЯЦИОННАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ 635

131. Pashkovskaya, A., Kotova, E., Zorlu, Y., Dumoulin, F., 137. Meyer, T., and Schindler, H. (1988) Biophys. J., 54,
Ahsen, V., Agapov, I., and Antonenko, Y. (2010) 983–993.
Langmuir, 26, 5726–5733. 138. Berland, K.M., So, P.T., Chen, Y., Mantulin, W.W., and
132. Smith, P.B., Dendramis, K.A., and Chiu, D.T. (2010) Gratton, E. (1996) Biophys. J., 71, 410–420.
Langmuir, 26, 10218–10222. 139. Levi, V., Ruan, Q., Kis!Petikova, K., and Gratton, E.
133. van den Bogaart, G., Krasnikov, V., and Poolman, B. (2003) Biochem. Soc. Trans., 31, 997–1000.
(2007) Biophys. J., 92, 1233–1240. 140. Lu, H.P. (2005) Acc. Chem. Res., 38, 557–565.
134. Kusters, I., van den Bogaart, G., de Wit, J., Krasnikov, V., 141. Novoderezhkin, V.I., Rutkauskas, D., and van Grondelle,
Poolman, B., and Driessen, A. (2010) Methods Mol. Biol., R. (2006) Biophys. J., 90, 2890–2902.
619, 131–143. 142. Osad’ko, I.S. (2006) Phys.Usp., 49, 19–51.
135. Perevoshchikova, I.V., Zorov, D.B., and Antonenko, Y.N. 143. Mukhopadhyay, S., and Deniz, A.A. (2007) J. Fluoresc.,
(2008) Biochim. Biophys. Acta, 1778, 2182–2190. 17, 775–783.
136. Perevoshchikova, I.V., Zorov, S.D., Kotova, E.A., Zorov, 144. Hilario, J., and Kowalczykowski, S.C. (2010) Curr. Opin.
D.B., and Antonenko, Y.N. (2010) FEBS Lett., 584, Chem. Biol., 14, 15–22.
2397–2402.

FLUORESCENCE CORRELATION
SPECTROSCOPY IN BIOLOGY, CHEMISTRY,
AND MEDICINE
I. V. Perevoshchikova1,2, E. A. Kotova1,
Y. N. Antonenko1*
1
A. N. Belozersky Institute of PhysicoChemical Biology,
M. V. Lomonosov Moscow State University, Moscow 119991,
Russia; fax: (495)9393181, Email: antonen@genebee.msu.ru
2
Department of Biomedical Sciences, University of
Veterinary Medicine, Vienna, Austria
Received October 15, 2010
Revision received November 24, 2010

The review describes the method of fluorescence correlation spectroscopy (FCS) and its applications. This experi!
mental approach is based on recording fluorescence fluctuations arising from the Brownian motion of fluorescent par!
ticles in a small confocal detection volume. Being responsive to changes in mobility of fluorescent particles, FCS is
used to study a variety of processes associated with alteration of particle size, e.g., binding of ligands to membrane
vesicles or supercomplexes, aggregation of macromolecules, etc. The size of fluorescent particles detectable by FCS
ranges from a few angstroms (dimensions of single dye molecules) to hundreds of nanometers (dimensions of
nanoparticles). Applications of FCS comprise diverse processes beginning from solution/micelles interconversion up
to sophisticated regulations in living cells. The present review concentrates preferentially on FCS use in studying arti!
ficial and natural membranes. In contrast to a closely related method of dynamic light scattering, at present FCS is
poorly known in Russia, though widely employed in foreign laboratories. The goal of this review is to promote
development of FCS in Russia so that this technique could occupy the position it deserves in modern Russian science.
Key words: fluorescence fluctuations, correlation spectroscopy, diffusion, aggregation, binding, nanoparticles,
biopolymer, vesicle, ligand, receptor, conformational change, nucleic acid and protein folding

БИОХИМИЯ том 76 вып. 5 2011

Вам также может понравиться