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Un último punto pero fundamental es tratado por Heredia: el plan de estudios; allí las
innovaciones son abundantes, se introduce un régimen lectivo semestral reemplazando el
régimen anual que desde sus inicios había caracterizado al Colegio de Medicina. Como continúa
considerando esencial el conocimiento de la Física y la Filosofía, se exige como condición previa
para matricularse en la Facultad de Medicina contar con el bachillerato en Filosofía y
Matemáticas. El énfasis en la enseñanza práctica se acentúa y los alumnos se incorporan a la
práctica en hospitales desde el segundo año en la Facultad.
Esta última medida la vincula a la supresión del bachillerato ya que al contar al término de sus
estudios teóricos con cinco años de práctica lo considera innecesario. Una discordancia extraña
es la existente entre los seis años que plantea Heredia para toda la carrera, pero que en el
Reglamento ya aprobado se convierte en siete años, sin contar con el régimen de internado
hospitalario, el cual se implanta por la misma época pero como un modo de suplir las carencias
de médicos auxiliares.