Вы находитесь на странице: 1из 61

Tом 39

СПЕЦВЫПУСК МОСКВА Vol. 39


ISSN 0208-0613
Институт молекулярной генетики
DOI:https://doi.org/10.17116/molgen2021390129
Национального исследовательского центра
«Курчатовский институт»
Молекулярная генетика, микробиология
и вирусология — научно-теоретический журнал
Выходит 4 раза в год 2021
Основан в январе 1983 года
Том 39
Статьи, публикуемые в журнале, полностью пе-
реводятся на английский язык и публикуются Спецвыпуск
в США издательством ALLERTON PRESS, INC.
НАУЧНО-ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ
Сведения о статьях, публикуемых в журнале, раз-
мещаются в следующих российских и международ-
ных базах данных и информационно-справочных
изданиях: Academic OneFile, BIOSIS, Biological
Abstracts, CSA, EMBASE, Expanded Academic, РЕДАКЦИОННАЯ КОЛЛЕГИЯ
Google Scholar, Health Reference Center Academic,
Journal Citation Reports/Science Edition (интегри-
рован в поисковую платформу Web of Science), Главный редактор С.В. КОСТРОВ
OCLC, SCImago, SCOPUS, Science Citation Index
Expanded (SciSearch), Summon by ProQuest, РИНЦ.
Зам. гл. редактора Ю.М. РОМАНОВА
Ответственный секретарь Т.С. ИЛЬИНА
Издательство «Медиа Сфера»:
127238 Москва,
Дмитровское ш., д. 46, корп. 2, этаж 4 В.И. АГОЛ, А.Д. АЛЬТШТЕЙН, А.П. АНИСИМОВ,
Тел.: (495) 482-4329
Факс: (495) 482-4312 В.А. ГВОЗДЕВ, А.Л. ГИНЦБУРГ, И.В. ДЕМИДЮК,
E-mail: info@mediasphera.ru
www.mediasphera.ru В.В. ДЕМКИН, A.V. KARLYSHEV (UK),
Адрес для корреспонденции: С.А. ЛИМБОРСКАЯ, С.А. ЛУКЬЯНОВ,
127238 Москва, а/я 54, «Медиа Сфера»
Отдел рекламы: (495) 482-0604
V.L. MOTIN (USA), Н.Ф. МЯСОЕДОВ,
E-mail: reklama@mediasphera.ru С.В. НЕТЕСОВ, Е.Д. СВЕРДЛОВ,
Отдел подписки: (495) 482-5336
E-mail: zakaz@mediasphera.ru Г.Б. СМИРНОВ, Н.И. СМИРНОВА,
В.З. ТАРАНТУЛ, М.М. ШМАРОВ
Редакция не несет ответственности за содержание
рекламных материалов. Точка зрения авторов ­может
не совпадать с мнением редакции. К публикации
принимаются только статьи, подготовленные в со-
ответствии с правилами для авторов. Направляя ста- РЕДАКЦИОННЫЙ СОВЕТ
тью в редакцию, авторы принимают условия догово-
ра публичной оферты. С правилами для авторов и до-
говором публичной оферты можно ознакомиться на
А.М. БОРОНИН (Пущино-на-Оке),
сайте: www.mediasphera.ru. Полное или частичное А.А. ПРОЗОРОВ (Москва),
воспроизведение материалов, опубликованных в жур-
нале, допускается только с письменного разрешения С.В. ШЕСТАКОВ (Москва)
издателя — издательства «Медиа Сфера».

Адрес редакции:
127238 Москва, а/я 54, «Медиа Сфера», редакция
журнала «Молекулярная генетика, микробиоло-
гия и вирусология»
Тел.: +7 (905) 739-3435
e-mail: molgenetika@yandex.ru
Зав. редакцией И.Х. Измайлова

Оригинал-макет изготовлен

издательством «Медиа Сфера»


Компьютерный набор и верстка:
О.В. Ненашева, Е.Л. Коган
Корректор: Е.М. Кулыгина

Решением Высшей аттестационной комиссии (ВАК) Министерства образования и науки РФ


журнал «Молекулярная генетика, микробиологии и вирусология» включен в Перечень веду-
Подписной индекс по каталогу «Почты России» — П9382 щих рецензируемых научных журналов и изданий, выпускаемых в Российской Федерации,
в которых рекомен­дована публикация основных результатов диссертационных исследований
Подписано в печать на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук.
Формат 60×90 1/8. Тираж 1500 экз.
Усл. печ. л. . Заказ
Отпечатано в ООО «ПКФ СОЮЗ-ПРЕСС»
Издательство МЕДИА СФЕРА Москва • MEDIA SPHERA Publishing GROUP Moscow
IХ МЕЖДУНАРОДНАЯ ШКОЛА
МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ ПО МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКЕ
«ГЕНОМИКА 21 ВЕКА – ОТ ИССЛЕДОВАНИЯ ГЕНОМОВ
К ГЕНЕТИЧЕСКИМ ТЕХНОЛОГИЯМ»

Тезисы докладов

НАЦИОНАЛЬНЫЙ «ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ»


ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР НАЦИОНАЛЬНОГО ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКОГО
«КУРЧАТОВСКИЙ ИНСТИТУТ» ЦЕНТРА «КУРЧАТОВСКИЙ ИНСТИТУТ»

15—19 марта 2021 г.


МОСКВА
ОРГАНИЗАЦИОННЫЙ КОМИТЕТ
Сопредседатели Оргкомитета:
М.В. Ковальчук, член-корреспондент РАН
Е.Д. Свердлов, академик РАН

Заместители председателей Оргкомитета:


С.В. Костров, член-корреспондент РАН
С.А. Лимборская, доктор биологических наук, профессор

Члены Оргкомитета:
Н.Ф. Мясоедов, академик РАН
Т.А. Коломин
А.Л. Коневега
Р.А. Санду
П.А. Сломинский
И.В. Спорыхина
Т.В. Тупицына
М.В. Патрушев
А.С. Яненко

В связи с пандемией школа была проведена в формате online. Техническое обеспечение


удаленного доступа к материалам школы — АО «Медиа Сфера» и Первый медицинский
канал, www.1med.tv
Содержание

ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

Абдукаримов Ш.С., Макамов А.Х., Бобохужаев Ш.У., Санамьян М.Ф., Буриев З.Т.
In silico анализ SSR-маркеров у хлопчатника, специфичных по 4-й хромосоме от вида G. barbadense L. . . . . . . . . . . . . . . 9

Абдуллаев А.Н., Убайдуллайева Х.А., Абдуллаев С.А., Султонова Ш.А., Болкиев А.А, Эшмурзаев Ж.Б.
Перспективы применения гормонов для видов винограда in vitro . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Алексеев В.Ю., Сорокань А.В., Благова Д.К.


Продуцирующие Cry-токсины эндофитные бактерии как альтернатива трансгенным растениям для защиты
от насекомых-вредителей. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Алиев А.М., Хрунин А.В.


Поиск геномных маркеров локальной адаптации в популяциях России с использованием
метода главных компонент . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Аминева Е.Ю., Ржевский С.Г., Гродецкая Т.А.


Генетическая паспортизация ясеня с использованием SSR-маркеров . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Астрейко М.О., Бебякова Н.А., Первухина О.А., Никонова Ю.М.


Роль полиморфизма A1166C гена AGT2R1 в развитии факторов сердечно-сосудистого риска. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Байрамова Э.М., Марченков А.М., Морозов А.А., Бедошвили Е.Д.


Идентификация и анализ генов семейства метакаспаз у Fragilaria radians . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

Барадиева Э.Ц., Смирнова Д.И., Класс А.Л., Филатова Е.В., Шрам С.И.
Оценка эффективности трансфекции кардиомиоцитов крысы Н9с2 комплексом CRISPR/Cas9 при получении
клеток с мутациями генов, ассоциированными с гипертрофической кардиомиопатией. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

Барлыбаева Я.А., Мингажева Э.Т., Валова Я.В., Прокофьева Д.С., Нургалиева А.Х., Фаисханова Р.Р., Хуснутдинова Э.К.
Изучение роли гена BARD1 в канцерогенезе яичников . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

Басерова В.Б., Дергунов А.Д.


In silico обнаружение взаимодействия димера холестерина со свободным от липида апобелком A-I . . . . . . . . . . . . . . . . 13

Батищева Н.М., Ягодина В.Д., Брыков В.А.


Оценка репродуктивной стратегии морского окуня Sebastes taczanowskii на основе микросателлитных локусов . . . . . . 14

Бахшиев А.Г.
Молекулярная диагностика фитоплазмы в растениях томата, вьюнка и в насекомых. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

Белова Л.Л., Кочергин-Никитский К.С., Смирнихина С.А.


Рекомбинантные аденоассоциированные вирусы как векторы доставки трансгенов в эпителиальные клетки трахеи
больного муковисцидозом. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

Бердышев И.М., Чухонцева К.Н., Карасева М.А., Демидюк И.В.


Эмфорин — сильный конкурентный медленносвязывающийся ингибитор протеализина. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

Блинова А.А., Иваченко Л.Е.


Использование множественных форм супероксиддисмутазы сои — результат экспрессии гена . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16

Бобровникова Л.А., Пахолкова М.С., Сидоров Р.А., Синетова М.А.


Neochlorella semenenkoi IPPAS C-1210 — взгляд на оптимизацию культивирования
и биотехнологический потенциал . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

Борисов Е.Е., Комаров П.А., Калмыкова А.И.


Теломерная роль РНК-связывающего белка Ars2 в герминальных тканях Drosophila. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17

Бочарова Е.С., Селезнев Д.Г., Маркевич Г.Н., Есин Е.В.


Филогения и дифференциальная экспрессия генов у симпатрических морфотипов гольца Salvelinus cf. malma
из озера Кроноцкое (Восточная Камчатка) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17

Брагинец А.Н., Жардецкий С.С.


Эффект штамма Pseudomonas mendocina 9-40/pACD на засухоустойчивость томатов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

4 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


СОДЕРЖАНИЕ

Бугаева Е.А., Бондарь Е.И., Олейник А.Г.


Родственные отношения и происхождение нейвы Salvelinus neiva. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

Бугаев-Макаровский Н.А.
Различия в профиле метилирования генов метаботропных рецепторов глутамата в головном мозге крыс . . . . . . . . . . . 19

Булавин И.В.
Генетическая близость растений Hyssopus officinalis L., культивируемых ex situ и in vitro . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

Валиева Л.В., Филиппенков И.Б., Ставчанский В.В., Денисова А.Е., Ремизова Ю.А., Губский Л.В., Мясоедов Н.Ф.,
Лимборская С.А., Дергунова Л.В.
Молекулярно-генетические эффекты АКТГ(6-9)PGP в ранние часы после обратимой церебральной ишемии
в дорсовентральной области лобной коры у крыс . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

Валова Я.В., Прокофьева Д.С., Мингажева Э.Т., Барлыбаева Я.А., Хуснутдинова Э.К.
Роль герминального варианта c.1486G>C в гене PALB2 в патогенезе рака яичников. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

Веселкина У.С., Луч А.П., Гончарова Е.А.


Исследование биологического материала летучих мышей на наличие вирусов семейства Coronaviridae . . . . . . . . . . . . . 21

Гацкая С.С., Евтушенко Е.В.


Экспрессия паралогов CENH3 в процессе онтогенеза гибридов секалотритикум. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

Гирнык А.Е., Вергун А.А.


Генетическая идентификация триплоидных гибридов Darevskia unisexualis x D. valentini из симпатрических
популяций Армении . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

Горина С.С., Смирнова Е.О., Мухтарова Л.Ш., Топоркова Я.Ю., Гречкин А.Н.
Изменение каталитических свойств цитохромов CYP74 методом сайт-направленного мутагенеза . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

Григорьева Е.И., Сидорчук Ю.В., Дейнеко Е.В.


Снижение агрегативности суспензионной клеточной культуры Arabidopsis thaliana за счет нарушения экспрессии
генов GAUT1 и GAUT7. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

Гришко Е.О., Евтушенко. Е.В.


Молекулярная организация центромерного хроматина ржи. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

Гусева О.Ю., Ржевский С.Г.


Оптимизация методики выделения ДНК из листьев дуба. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

Давыдова Ю.Д., Казанцева А.В., Еникеева Р.Ф., Хуснутдинова Э.К.


Вовлеченность генов MRAS и MIR135A2 в развитие депрессивности . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

Джаубермезов М.А., Екомасова Н.В., Габидуллина Л.Р., Хуснутдинова Э.К.


Генетическое наследие скифской эпохи. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

Дзреян В.А., Родькин С.В., Питинова М.А.


Экспрессия сигнальных белков и нейропротективная роль вальпроата натрия в спинномозговых ганглиях крысы
после перерезки седалищного нерва . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Дубинкин И.А., Хворых Г.В., Хрунин А.В.


Полногеномный поиск следов естественного отбора с использованием статистики популяционных ветвей. . . . . . . . . 25

Евстигнеева С.С., Телешева Е.М., Мокеев Д.И., Борисов И.В., Петрова Л.П., Шелудько А.В.
Генетические аспекты механочувствительности альфа-протеобактерий со смешанным жгутикованием Azospirillum
baldaniorum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

Елизарова В.С., Бебякова Н.А., Колтовая Н.А.


Использование в космической радиобиологии одноклеточных эукариот в качестве модельного организма . . . . . . . . . 26

Зайцев С.С., Хижнякова М.А., Евстифеев В.В., Хусаинов Ф.М., Равилов Р.Х., Морозова Д.Д., Федорова В.А.
Краткая геномная характеристика возбудителя инфекционного аборта пушных животных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

Заплатников Я.С., Башинская В.В., Мурланова Е.В., Мосейко В.В., Загородня О.А., Борисович Ю.Г., Коляда A.К.
Ассоциация генов факторов свертываемости крови с ишемическими инсультами в Украине. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 5


СОДЕРЖАНИЕ

Иванова А.С., Сивицкая Л.Н., Левданский О.Д., Куликова С.Л.


Применение массового параллельного секвенирования для диагностики лекарственно-устойчивой
эпилепсии у детей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

Иванова И.А., Плешакова Т.О., Иванов Ю.Д.


Мониторинг активности системы CRISPR/Cas13а методом атомно-силовой микроскопии. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

Казакова Е.А., Подлуцкий М.С., Подобед М.Ю., Бабина Д.Д., Сабуров В.О., Казаков Е.И., Горбатова И.В.,
Волкова П.Ю.
Анализ транскриптома проростков чернобыльского экотипа Arabidopsis thaliana после воздействия условий
моделируемого космического полета. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

Каримов Д.Д., Туктарова И.А., Насибуллин Т.Р., Тимашева Я.Р., Эрдман В.В.
Роль Alu-инсерций в выживаемости и долголетии человека. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

Кирьянов П.С.
Секвенирование генов 18S и 28S рибосомной РНК карельской березы. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

Кислицин В.Ю., Чулкин А.М., Рожкова А.М.


Нокаут гена cbhI, кодирующего целлобиогидролазу I мицелиального гриба Penicillium verruculosum . . . . . . . . . . . . . . . . 30

Кобец Е.В., Морозик П.М., Почкайло А.С., Руденко Э.В.


Генетические маркеры несовершенного остеогенеза у белорусских пациентов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

Кольцова М.А., Туранов С.В.


Оценка внутривидовой изменчивости гидробионтов по данным высокопроизводительного секвенирования
ДНК из водной среды: промежуточные результаты эксперимента . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

Кондратьева А.М., Гродецкая Т.А., Федулова Т.П.


Молекулярно-генетический анализ размноженных in vitro клонов тополя белого (Populus alba L., 1753). . . . . . . . . . . . . 32

Коноплина К.М., Кособокова Е.Н., Мальченкова А.А., Косоруков В.С.


Изучение влияния состава раствора для агроинфильтрации на уровень Agrobacterium-опосредованной
транзиторной экспрессии иммуноцитокина . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

Копылова Е.Е., Соколова Е.А., Кабанова Н.В., Рогачевская О.А., Быстрова М.Ф.
Получение клеточной линии с инактивированным геном, кодирующим IP3R2-рецептор человека . . . . . . . . . . . . . . . . 32

Косогова Т.М., Дзюба М.С.


Оптимизация качества воздуха закрытого помещения высшими растениями. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

Кузнецова В.А., Голохваст К.С.


Множественные формы оксидоредуктаз сои как молекулярные маркеры температурного стресса . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

Кузуб Н.А., Мосейко В.В., Смялковская В.В., Коляда А.К.


Взаимосвязь относительного числа копий митохондриальной ДНК и аллельной нагрузки V617F в гене JAK2 . . . . . . . 34

Левицкий С.Н., Бебякова Н.А., Курочкина Е.Л., Шабалина И.А., Радушин И.С., Вязникова Д.А.
Полиморфизм гена EDN1 и резевные возможности сердечно-сосудистой системы. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

Лукьянова А.А., Евсеев П.В., Мирошников К.А.


Валидация видоспецифичных систем детекции фитопатогенов картофеля. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

Лаврухин М.С., Ляпина А.М., Зайцев С.С., Федорова В.А.


Изучение влияния мутаций в гене, кодирующем S-белок SARS-CoV-2, на спектр MHC I Т-клеточных эпитопов у
представителей Canis lupus familiaris. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

Макамов А.Х., Абдукаримов Ш.С., Бобохужаев Ш.У., Санамьян М.Ф., Буриев З.Т.
In silico анализ некоторых SSR-маркеров специфичных по хромосоме 6 от вида хлопчатника G. barbadense L. . . . . . . . 36

Марченков А.М., Волокитина Н.А., Морозов А.А.


Разработка микроссателитных маркеров для популяционного анализа Fragilaria radians . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

Мингажева Э.Т., Муллагалеева Э.Ф., Валова Я.В., Прокофьева Д.С., Нургалиева А.Х., Фаисханова Р.Р.,
Хуснутдинова Э.К.
Скрининг варианта с.3700_3704delGTAAA в гене BRCA1. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

6 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


СОДЕРЖАНИЕ

Мишко А.Е., Сундырева М.А., Луцкий Е.О.


Разные уровни экспрессии генов PR-белков под влиянием биотических факторов в листьях винограда . . . . . . . . . . . . 37

Можаровская Л.В.
PR-9 белки Pinus sylvestris: структурно-функциональный анализ. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

Морозов А.А., Галачьянц Ю.П., Марченков А.М., Захарова Ю.Р.


Сложно детектируемая бактериальная контаминация в культурах диатомей. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .38

Мосейко В.В., Коляда А.К., Кузуб Н.А., Романенко М.С., Вайсерман А.М.
Половые различия в составе микробиоты кишечника человека на уровне типов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

Огурцов И.Б., Иваченко Л.Е.


Множественные формы малатдегидрогеназ семян Glycine max. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

Одегов Д.О., Корчагин В.И., Мартиросян И.А.


Генетический полиморфизм и дифференциация ящериц комплекса Darevskia raddei. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

Орлова Е.А., Жданова С.Н., Огарков О.Б.


Генотипирование NAT2 у больных туберкулезом в Восточной Сибири . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

Пантелеев С.В., Можаровская Л.В., Баранов О.Ю.


Секвенирование митохондриального генома фитопатогенного гриба Phoma sp.1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

Питерский М.В., Ходаков О.А.


Оптимизация филогенетического анализа на примере кластеризации нуклеотидных
последовательностей ВИЧ-1. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

Платова С.Е., Старунов В.В., Новикова Е.Л.


Элементы Hedgehog-сигналинга в постларвальном развитии и регенерации аннелиды Pygospio elegans (Spionidae,
Annelida).. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

Плюта В.А., Кокшарова О.А., Попова А.А., Падий Д.А., Сидорова Д.Е., Хмель И.А.
Генетический контроль устойчивости бактерий к летучим органическим соединениям. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42

Рассказова П.М., Евсеев П.В., Мирошников К.А.


Алгоритм подбора видоспецифических праймеров для ПЦР-диагностики бактериальных
патогенов картофеля. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

Ремизова Ю.А., Филиппенков И.Б., Ставчанский В.В., Денисова А.Е., Валиева Л.В., Губский Л.В., Мясоедов Н.Ф.,
Лимборская С.А., Дергунова Л.В.
АКТГ(4-7)PGP (семакс) как нейропротектор клеток мозга при церебральной ишемии в период терапевтического
окна: фармакотранскриптомный подход . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

Ржевский С.Г., Гродецкая Т.А.


Апробация молекулярных маркеров генов, отвечающих за реакцию на холодовой стресс у тополя. . . . . . . . . . . . . . . . . 43

Родькин С.В., Дзреян В.А., Хайтин А.М.


Исследование экспрессии и локализации белка АРР в нейронах рака Astacus leptodactylus при аксотомии. . . . . . . . . . . 44

Рожкова А.В., Носова Е.В., Филиппенков И.Б., Дергунов А.Д., Лимборская С.А., Дергунова Л.В.
Характеристика циклических РНК генов, играющих роль в метаболизме липопротеинов высокой плотности
и атерогенезе. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

Романишко Е.Л., Михайлова М.Е., Шейко Р.И.


ДНК-диагностика полиморфизма генов, ассоциированных с репродуктивными качествами свиней. . . . . . . . . . . . . . . 45

Рутенко О.А., Туранов С.В., Картавцев Ю.Ф.


Особенности организации митогеномов опистоцентровых рыб (Zoarcoidei, Opisthocentridae). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

Савельева О.Н., Карунас А.С., Федорова Ю.Ю., Гатиятуллин P.Ф., Эткина Э.И., Хуснутдинова Э.К.
Роль полиморфных вариантов генов гистаминового метаболического пути в развитии бронхиальной астмы. . . . . . . . 46

Самодуров Д.Е., Сидорчук Ю.В., Дейнеко Е.В.


Вариабельность экспрессии гена gfp в линиях транспластомных растений табака N. tabacum L.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 7


СОДЕРЖАНИЕ

Светлова А.О., Карасева М.А, Демидюк И.В.


Бактериотоксичность протеализинподобной протеазы S из Photorhabdus luminescens. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .46

Сидорова М.К., Калабушева Е.П., Ульянов С.В., Роговая О.С., Риппа А.Л., Терских В.В., Разин С.В., Воротеляк Е.А.
Исследование потенциальных регуляторных элементов локуса кератиновых генов II типа с помощью анализа
пространственной организации генома. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .47

Смирнова Е.О., Горина С.С., Топоркова Я.Ю., Гречкин А.Н.


Эпоксиалкогольсинтазы представителей разных таксонов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

Суспицына А.Д., Соколова О.А., Калмыкова А.И.


Роль ядерной периферии в функционировании теломер в герминальных тканях Drosophila . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

Сухова М.М., Соколова О.А., Моргунова В.В., Калмыкова А.И.


Роль инсуляторного белка BEAF32 в регуляции экспрессии теломерных повторов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

Тарасов С.С., Крутова Е.К.


Разработка технологии трансплантации генов на примере генов антиоксидантной защиты растений. . . . . . . . . . . . . . .49

Тимашева Я.Р., Насибуллин Т.Р., Туктарова И.А., Эрдман В.В., Галиуллин Т.Р.. Заплахова О.В., Бахтиярова К.З.
Полигенный анализ ассоциаций генетических маркеров рассеянного склероза. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

Токмакова А.Д., Дворякова Е.А., Лукьянова А.А., Мирошников К.А.


Геномный ПЦР-фингерпринтинг возбудителей бактериальной мягкой гнили растений. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

Топоркова Я.Ю., Смирнова Е.О., Горина С.С., Гречкин А.Н.


Ферменты cyp74 — представители древних цитохромов Р450. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

Туранов С.В.
Разработка набора олигонуклеотидов для идентификации сахалинского осетра Acipenser mikadoi Hilgendorf, 1892
с помощью ПЦР . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

Умаров Б.Р.
Генотипическая характеристика клубеньковых бактерий сои с помощью RFLP- и RAPD-анализа 16S рДНК
участка генома. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

Усманов Д.Э., Буриев З.Т., Убайдуллаева Х.А., Имамходжаева А.С., Абдукаримов Ш.С., Собиров Б.М.,
Абдурахмонов И.Ю.
Биоинформатический анализ миРНК GH_SRNA5DPA12 хлопчатника. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

Фадеев В.В., Моисеева Е.М., Гусев Ю.С., Мазилов С.И., Чумаков М.И.
Редактирование генов взаимодействия и слияния мембран гамет кукурузы. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

Фадеева Н.А., Бебякова Н.А., Афиногенова О.А., Хромова А.В., Сумарокова А.В.
Тонус сосудов у женщин с вариантом rs2070744 гена NOS3. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

Федорова Ю.Ю., Карунас А.С., Савельева О.Н., Камышников И.А., Хуснутдинова Э.К.
Анализ ассоциации полиморфных вариантов генов, участвующих в метаболизме гистамина, c развитием
аллергического ринита. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

Филиппенков И.Б., Ставчанский В.В., Глазова Н.Ю., Себенцова Е.А., Валиева Л.В., Ремизова Ю.А., Левицкая Н.Г.,
Мясоедов Н.Ф., Лимборская С.А., Дергунова Л.В.
Антистрессовое действие аналогов меланокортина связано с коррекцией профиля экспрессии генов в гиппокампе
крыс после острого стресса . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

Чапров К.Д., Суханова Ю.С.


Влияние белков семейства синуклеинов на дофаминовую трансмиссию. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

Эрдман В.В., Туктарова И.А., Тимашева Я.Р., Насибуллин Т.Р.


Профиль экспрессии генов негативных регуляторов mTOR-сигналинга при старении и долголетии. . . . . . . . . . . . . . . .55

Ягодина В.Д., Батищева Н.М., Брыков В.А.


Влияние нулевых аллелей на генетическое разнообразие и популяционную структуру
Apostichopus japonicus Selenka, 1867 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56

Алфавитный указатель авторов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

8 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

Тезисы докладов

IN SILICO АНАЛИЗ SSR-МАРКЕРОВ ния, развития семян, прорастания и до общего роста.


У ХЛОПЧАТНИКА, СПЕЦИФИЧНЫХ ПО 4-Й Y.-B. Li и соавт. (2016) определили ответ гена тиоре-
ХРОМОСОМЕ ОТ ВИДА G. BARBADENSE L. доксина gbNRX1 G. barbadense на Verticillium dahliae.
Ш.С. Абдукаримов1, А.Х. Макамов1, В области маркера Gh117 идентифицированы
Ш.У. Бобохужаев2, М.Ф. Санамьян2, З.Т. Буриев1 16 генов и 17 транскриптов, из которых полипротеин
Gag/Pol был обнаружен на основе ампликона, состо-
1
Центр Геномики и биоинформатики АН РУз, 111215,
Ташкентская область, Узбекистан;
ящего из 2553 пар нуклеотидов. Этот белок синтези-
2
Национальный университет Узбекистана им. М. Улугбека,
руется генами gag и pol. Ген gag (orf1) кодирует основ-
100174, Ташкент, Узбекистан; e-mail: sharofiddinabdukarimov@ ные белки, ген pol (orf2) кодирует домены протеазы,
gmail.com обратной транскриптазы, РНКазы H и интегразы.
IN SILICO ANALYSIS OF SSR MARKERS SPECIFIC ***
FOR CHROMOSOME 4 FROM THE COTTON
G. BARBADENSE L.
ПЕРСПЕКТИВЫ ПРИМЕНЕНИЯ ГОРМОНОВ
Sh.S. Abdukarimov1, A.Kh. Makamov1, Sh.U. ДЛЯ ВИДОВ ВИНОГРАДА IN VITRO
Bobokhuzhaev2, M.F. Sanamyan2, Z.T. Buriev1
1
Center of Genomics and Bioinformatics of the Academy of А.Н. Абдуллаев, Х.А. Убайдуллайева,
Sciences the Republic of Uzbekistan, 111215, Tashkent region, С.А. Абдуллаев, Ш.А. Султонова, А.А Болкиев,
Uzbekistan; Ж.Б. Эшмурзаев
2
National University of Uzbekistan named after M. Ulugbek,
Центр геномики и биоинформатики АН РУз, 111215,
100174, Tashkent, Uzbekistan; e-mail: sharofiddinabdukarimov@
Ташкентская обл., Республика Узбекистан; e-mail:
gmail.com
adhamabdullaev1994@mail.com
Проведен in silico анализ SSR-маркеров BNL2572,
Gh107 и Gh117, молекулярно подтверждающих заме- PROSPECTS FOR APPLICATION OF HORMONES
щение 4-й хромосомы моносомных гибридов F1, по- FOR GRAPE SPECIES IN VITRO
лученных межвидовой гибридизацией (Mo10xPima A.N. Abdullaev, Kh.A. Ubaidullaeva, S.A. Abdullaev,
3-79, Mo60xPima 3-79, Mo75xPima 3-79). Для ПЦР-­ Sh.A. Sultonova, A.A. Bolkiev, J.B. Eshmurzaev
анализа in silico использованы биоинформатическая Center of Genomics and Bioinformatics of the Academy of Sciences
of the Republic of Uzbekistan, 111215, Tashkent region, Republic
программа Unipro UGENE 1.21.0, а также файлы of Uzbekistan; e-mail: adhamabdullaev1994@mail.com
FASTA генома G. barbadense L. и соответствующих
маркеров. Геном хлопчатника был скачан по ссылке Виноградарство — одна из самых прибыльных
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10770. Для опре- отраслей сельского хозяйства. В связи с растущим
деления последовательностей генов (белков) в обла- спросом на высокоурожайные, устойчивые к болез-
сти расположения маркера использовано веб-прило- ням и вредителям сорта, одними из наиболее акту-
жение AUGUSTUS. При прогнозировании важных альных проблем в сельском хозяйстве являются обо-
генов (белков) на основе нуклеотидной последова- гащение генофонда сельскохозяйственных культур
тельности этих генов (белков) применен алгоритм с использованием биотехнологических методов, по-
Protein BLAST базы данных NCBI BLAST. вышение урожайности и выращивание качественной
В результате анализа в области марке- продукции для мирового рынка. В частности, искус-
ра BNL2572 были идентифицированы 9 генов ственные регуляторы или фиторегуляторы, контро-
и 10 транскриптов. Из них семейство генов SAUR лирующие рост и развитие растений, являются мощ-
(малых РНК, активируемых ауксином) было опреде- ными инструментами контроля онтогенеза растений.
лено на основе ампликона, состоящего из 318 пар ну- Поэтому они широко используются в биотехнологии
клеотидов. Эти гены у хлопчатника слабо изучены, сельскохозяйственных культур и прикладной ботани-
но известно, что гены SAUR регулируют пролифера- ке. В настоящее время существует множество типов
цию клеток и рост гипокотилей растений. У хлопчат- питательных сред, которые различаются в основном
ника они участвуют в удлинении волокна. минеральным содержанием. Примерами являются
В области маркера Gh107 обнаружены 6 генов Готре, Уайт, Хеллер, Морель и другие среды. Пи-
и 7 транскриптов. Из них тиоредоксиноподобный тательная среда по рецепту Мурасига—Скуга (МС)
3-1 белок был обнаружен на основе ампликона, со- особенно распространена, ее отличительной особен-
стоящего из 564 пар нуклеотидов. Они выполняют ностью является высокое содержание азота и калия
важные функции, начиная от фотосинтеза, цвете- по сравнению с другими средами. Следовательно, од-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 9


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ним из наиболее важных этапов культивирования in кает во внутренние ткани растений пшеницы и кар-
vitro является укоренение микробиотов — процесс, тофеля и его инсектицидный эффект против злако-
который зависит от многих факторов, включая харак- вой тли и колорадского жука (соответственно) обу-
теристики сорта, количество субкультур и концентра- словлен как синтезом токсинов, так и стимуляцией
цию фитогормонов. В нашем исследовании 6-бензи- транскрипции PR генов растений-хозяев.
ламинопурин МС был добавлен в питательную среду Другой подход связан с получением продуциру-
в дозе 0,5, 1,0, 2,0—0,4 мг на литр, что свидетельствует ющих Cry-белки рекомбинантных линий на основе
о развитии корней (2,0 мг/л) на просторах. Жирные известных эндофитных штаммов, обладающих ком-
кислоты в помещении с эффектом ауксина для уко- плексным действием на растения. Так, на основе
ренения в микросреде также наблюдались и в кормах штамма B. subtilis 26Д (основа биопрепарата «Фито-
с концентрацией 2,0 мг/л лучших (ИМК). При этом спорин»), нами получен штамм B. subtilis 26ДCryChS−,
количество корней за 15 дней составило 2,8, длина несущий в хромосоме ген инсектотоксина из штамма
корня — 18 мм, а к 30-м суткам укоренение увеличи- B. thuringiensis В-5351. Помимо характерной для мате-
лось на 95%. Вещества с ауксиновой природой (2,4 Д, ринского штамма высокой эндофитности (2·105 кле-
ИУК, ИМК) используются в имплантатах для стиму- ток/г) и фунгистатической активности, штамм про-
ляции образования корней. Ауксин особенно важен являет инсектицидную активность.
на ранних стадиях образования корней. Создан метод Исследование генов бактерий, кодирующих ток-
бесполого размножения растений (in vitro в пробир- сины, и генов, определяющих способность бактерий
ке), генетически идентичных исходной копии. В на- к симбиозу с растениями, необходимо для разработ-
стоящее время центр адаптирует корневые саженцы ки высокоэффективных биопрепартов.
к почвенной среде путем выращивания in vitro мест- Работа выполнена в рамках проекта РНФ №20-
ных сортов изюма, тойфи, ризамата. 76-00003.

*** ***

ПРОДУЦИРУЮЩИЕ CRY-ТОКСИНЫ ПОИСК ГЕНОМНЫХ МАРКЕРОВ ЛОКАЛЬНОЙ


ЭНДОФИТНЫЕ БАКТЕРИИ КАК АЛЬТЕРНАТИВА АДАПТАЦИИ В ПОПУЛЯЦИЯХ РОССИИ
ТРАНСГЕННЫМ РАСТЕНИЯМ ДЛЯ ЗАЩИТЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА ГЛАВНЫХ
ОТ НАСЕКОМЫХ-ВРЕДИТЕЛЕЙ КОМПОНЕНТ
В.Ю. Алексеев, А.В. Сорокань, Д.К. Благова А.М. Алиев, А.В. Хрунин
Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра ФГБУ «Институт молекулярной генетики» Национального
РАН, 450054, Уфа, Россия; e-mail: fourtyanns@gmail.com исследовательского центра «Курчатовский институт», 123182,
Москва, Россия; e-mail: aidaraliev@gmail.com
PRODUCING CRY-TOXINS ENDOPHYTIC
BACTERIA AS AN ALTERNATIVE TO TRANSGENIC PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS OF GENOMIC
PLANTS TO PROTECT AGAINST INSECT PESTS MARKERS OF LOCAL ADAPTATION IN POPULATIONS
FROM RUSSIA
V.Yu. Alekseev, A.V. Sorokan, D.K. Blagova
Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Scientific Center, RAS, A.M. Aliev, A.V. Khrunin
450054, Ufa, Russia; e-mail: fourtyanns@gmail.com Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
«Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia; e-mail: aidaraliev@
gmail.com
С середины 90-х годов XX века до настояще-
го времени большинство трансгенных культур Метод главных компонент распределяет всю ге-
со встроенной системой защиты от вредителей нетическую вариацию вдоль нескольких осей — глав-
представлено сортами, несущими гены Cry- и Vip- ных компонент (ГК). В популяционной геномике
токсинов Bacillus thuringiensis. Их использование они могут соответствовать отдельным эволюцион-
имеет ряд проблем: неустойчивость наследования ным событиям, например фактам расхождения по-
признака и содержания продукта генов, развитие пуляций, а наиболее ассоциированные с ними мар-
устойчивости вредителей к инсектотоксинам. За- керы — находиться под действием естественного от-
частую B. thuringiensis и Cry-токсины рассматрива- бора. Используя программу PCAdapt, мы провели
ются в том же ключе, что и химические пестициды. поиск следов отбора в полногеномных данных попу-
При этом их экологическая роль и их связь с расте- ляций из европейской части России (русские, вепсы,
ниями уходят на задний план. коми) и западной Сибири (ханты, манси, ненцы).
Однако обнаруживаются эндофитные штаммы По результатам анализа было выявлено более 700 ло-
B. thuringiensis, способные продуцировать свои ме- кусов-кандидатов (FDR<0,05). Далее все полимор-
таболиты во внутренних тканях растений, а также физмы были соотнесены с отдельными ГК и была
праймировать их защитные механизмы. Нами было проведена их генная аннотация. Локусы, ассоци-
показано, что штамм B. thuringiensis В-5351 прони- ированные с первой ГК, маркировали дифферен-

10 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

циацию западносибирских и европейских популя- близкий к пределу разрешающей способности мето-


ций, локусы второй — отделение от всех остальных да гель-электрофореза.
ижемских коми и т.д. Среди генов, вклад которых Подводя итог, следует заключить: все использо-
в дифференциацию европейских и сибирских попу- ванные полиморфные локусы, кроме ­FEMSATL_4
ляций мог быть сопряжен с действием отбора, бы- и  FEMSATL_16, стоит рекомендовать в качестве мар-
ли: GALNT13, CDRT4, NIP7P1, XRCC6P1, ZSCAN12, керов для генетической паспортизации ясеня.
ARHGAP22 и MCPH1. Для популяции ижемских ко-
ми таковыми были ­CDKAL1 и LINC00390, для север- ЛИТЕРАТУРА
ных русских — KSR2, PKHD1 и WWOX, для вепсов — 1. Lefort F, Brachet S, Frascaria Lacoste N, Edwards KJ, Douglas GC. Iden-
APC. Функциональная оценка отобранных генов tification and characterization of microsatellite loci in ash (Fraxinus excelsi-
or L.) and their conservation in the olive family (Oleaceae). Molecular Ecol-
не выявила групп, сверхпредставленных в составе ogy. 1999;8:6:1088-1089.
тех или иных биологических процессов. Последнее
позволяет предполагать, что в большинстве случа- ***
ев локальная адаптация осуществляется через под-
стройку отдельных элементов (генов) сразу несколь- РОЛЬ ПОЛИМОРФИЗМА A1166C ГЕНА AGT2R1
ких (многих) метаболических путей к особенностям В РАЗВИТИИ ФАКТОРОВ СЕРДЕЧНО-
среды обитания. СОСУДИСТОГО РИСКА
Исследование выполнено при финансовой поддерж- М.О. Астрейко, Н.А. Бебякова, О.А. Первухина,
ке РФФИ в рамках научного проекта №20-04-00824. Ю.М. Никонова
*** ФГБОУ ВО «Северный государственный медицинский
университет» Минздрава России, 163000, Архангельск, Россия;
e-mail: astreiko.mo@gmail.com
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ПАСПОРТИЗАЦИЯ ЯСЕНЯ
С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ SSR-МАРКЕРОВ A ROLE OF GENE AGT2R1’S POLYMORPHISM A1166C
IN THE DEVELOPMENT OF CARDIOVASCULAR RISK’S
Е.Ю. Аминева, С.Г. Ржевский, Т.А. Гродецкая FACTORS
ФГБУ «Всероссийский НИИ лесной генетики, селекции и M.O. Astreiko, N.A. Bebyakova, O.A. Pervukhina, Yu.M.
биотехнологии», 394087, Воронеж, Россия; e-mail: elena.
Nikonova
pardaeva@mail.ru
Northern State Medical University, 163000, Arkhangelsk, Russia,
GENETIC PASSPORTIZATION OF ASH USING SSR- e-mail: astreiko.mo@gmail.com
MARKERS Лидирующие позиции в структуре хронических
E.Yu. Amineva, S.G. Rzhevsky, T.A. Grodetskaya неинфекционных заболеваний занимает артериаль-
All-Russian Research institute of Forest Genetics, Breeding and ная гипертензия (АГ). Известно, что генетические
Biotechnology, 394087, Voronezh, Russia; e-mail: elena.pardaeva@
факторы риска играют значимую роль в инициации
mail.ru
данного заболевания. Среди генов-кандидатов од-
В настоящее время для паспортизации древес- ним из основных считается ген рецептора 1-го типа
ных растений часто применяют методы молекуляр- ангиотензина II (AGT2R1), а также его полиморфизм
ной генетики, в том числе микросателлитные мар- А1166С (rs5186).
керы (SSR). В исследование были включены 246 молодых
Для проведения генетической паспортизация ясе- людей (130 девушек и 116 юношей) без выявлен-
ня ДНК экстрагировали из молодых листьев модифи- ной кардиоваскулярной патологии. Средний воз-
цированным СТАБ-методом. Для визуализации по- раст — 19,2 года (95% ДИ 18,5—19,8). У всех было
лученной ДНК и определения степени ее деградации проведено генотипирование полиморфизма А1166С
проводили электрофорез в 0,7% агарозном геле с до- гена AGT2R1 методом пиросеквенирования. Оце-
бавлением SYBRGreen. Протестировано 10 пар прай- нивали факторы риска формирования вазоконстрик-
меров к специфическим микросателлитным локу- ции до и после дозированной физической нагрузки
сам [1]. Продукты ПЦР разделяли методом электро- по Мартине—Кушелевскому. Определяли уровень ва-
фореза в 2% агарозном геле. зоактивных эндотелиальных факторов: оксида азота,
У всех исследованных локусов наблюдали по- эндотелина-1 и ангиотензина II. Оценивали тип ге-
лиморфизм по количеству продуктов и их размеру. модинамической реакции на физическую нагрузку.
В локусах FEMSATL_1, FEMSATL_2, FEMSATL_5, У молодых людей с генотипом 1166СС в гене
FEMSATL_8, FEMSATL_11, FEMSATL_19, FEMS- ­AGT2R1 значительно чаще, чем у гетерозигот и го-
ATL_10, FEMSATL_12 выявлены разделившиеся мозигот по дикому аллелю А, выявлены факторы
двойные и тройные продукты. У остальных локусов риска формирования вазоконстрикции. Данный ге-
(FEMSATL_4, FEMSATL_16), давших в рамках чув- нотип ассоциирован с такими факторами сердеч-
ствительности метода одиночные продукты ампли- но-сосудистого риска, как гипертоническая реакция
фикации, выявили полиморфизм размера продуктов, на нагрузку, нестабильность СДД, уровень адаптаци-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 11


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

онного потенциала, свидетельствующий о функцио- ОЦЕНКА ЭФФЕКТИВНОСТИ ТРАНСФЕКЦИИ


нальном напряжении сердечно-сосудистой системы, КАРДИОМИОЦИТОВ КРЫСЫ Н9С2
и с дисбалансом вазоактивных эндотелиальных фак- КОМПЛЕКСОМ CRISPR/CAS9 ПРИ ПОЛУЧЕНИИ
торов в сторону вазоконстрикции. КЛЕТОК С МУТАЦИЯМИ ГЕНОВ,
АССОЦИИРОВАННЫМИ
*** С ГИПЕРТРОФИЧЕСКОЙ КАРДИОМИОПАТИЕЙ

ИДЕНТИФИКАЦИЯ И АНАЛИЗ ГЕНОВ Э.Ц. Барадиева1, Д.И. Смирнова1, 2, А.Л. Класс1,


СЕМЕЙСТВА МЕТАКАСПАЗ У FRAGILARIA Е.В. Филатова1, С.И. Шрам1
RADIANS 1
Институт молекулярной генетики Национального
исследовательского центра «Курчатовский институт», 123182,
Э.М. Байрамова, А.М. Марченков, А.А. Морозов, Москва, Россия;
Е.Д. Бедошвили Российский химико-технологический университет им.
2

Д.И. Менделеева, 125047, Москва, Россия; e-mail: dasha-sm98@


Лимнологический институт СО РАН, 664033, Иркутск, Россия;
mail.ru
e-mail: bairamovaelvira@gmail.com

IDENTIFICATION AND ANALYSIS OF THE METACASPASE EVALUATION OF THE EFFICIENCY OF TRANSFECTION


GENE FAMILY IN FRAGILARIA RADIANS OF H9C2 RAT CARDIOMYOCYTES BY THE CRISPR/CAS
COMPLEX IN THE DERIVING OF CELLS WITH GENE
E.M. Bayramova, A.M. Marchenkov, A.A. Morozov, MUTATIONS ASSOCIATED WITH HYPERTROPHIC
Ye.D. Bedoshvili CARDIOMYOPATHY
Limnological Institute, Siberian Branch of the Russian Academy of
E.C. Baradieva1, D.I. Smirnova1, 2, A.L. Klass1, E.V. Filatova1,
Sciences, 664 033, Irkutsk, Russia; e-mail: bairamovaelvira@gmail.
com S.I. Shram1
1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
Метакаспазы относятся к семейству цистеиновых «Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia;
протеаз C14, участвующих в программируемой кле- 2
D. Mendeleev University of Chemical Technology of Russia,
точной гибели, и являются аналогами каспаз живот- 125047, Moscow, Russia; e-mail: dasha-sm98@mail.ru
ных. У диатомовых водорослей эта группа ферментов
представлена метакаспазами класса III, характеризу- В настоящее время считают, что в большинстве
ющимися наличием двух доменов — p10 на N-конце случаев за развитие гипертрофической кардиомио-
и p20 на C-конце. патии (ГКМП) отвечают различные мутации в генах,
Раннее в геноме пресноводной диатомеи Fragi- кодирующих белки саркомера сердечной мышцы.
laria radians с помощью полногеномного секвени- Применение клеточных моделей может быть адек-
рования были обнаружены 8 предполагаемых генов ватным и удобным инструментом для выяснения
метакаспаз. Цель настоящей работы — определение патогенетической значимости той или иной мута-
с помощью секвенирования по методу Сэнгера точ- ции. В связи с этим нами развивается подход, осно-
ной нуклеотидной последовательности, кодирую- ванный на внесении ГКМП-ассоциированных му-
щей части этих генов и специфических мотивов ме- таций в геном клеток постоянной линии кардио-
такаспаз класса III. миоцитов крысы Н9с2 с применением технологии
В ходе работы была исследована интрон-эк- CRISPR/Cas9. В данном исследовании на приме-
зонная организация генов. Также мы обнаружили, ре редактирования гена Mybpc3 (внесение мутации
что из 8 предполагаемых метакаспазных генов F. ra- Q1233X, rs397516037) нами была произведена оценка
dians неповрежденный домен p10 (с аминокислотным эффективности трансфекции клеток Н9с2 компонен-
мотивом QTSAD) кодируют только три гена (14822, тами комплекса CRISPR/Cas9, упакованными в ли-
18835, 10107). Полноразмерный домен p20 (опреде- посомы липофектамина. Для визуализации комплек-
ляемый с помощью консервативных мотивов DLP, са использовали флуоресцентно-меченную цианином
SGHG, DCC) кодируют пять генов (14822, 18835, 5 ssDNA (ssDNA-cy5). Согласно данным сканирую-
10107, 23175, 22059), в то время как три гена (5582, щей лазерной микроскопии, через 24 ч после транс-
7884, 12375) кодируют лишь два консервативных фекции в клетках (преимущественно в цитоплазме)
мотива DLP и DCC домена p20. Важно отметить, обнаруживаются множественные включения диа-
что мотивы SGHG и DCC составляют каталитиче- метром 0,5—5,0 мкм, содержащие ssDNA-cy5. Дан-
скую диаду активного центра протеазы и их отсут- ные проточной цитофлуорометрии указывают на то,
ствие может указывать на то, что данные гены коди- что все клетки в культуре содержат значительное ко-
руют функционально неактивные белки. личество ssDNA-cy5. В дальнейшем с использовани-
ем методов FACS и секвенирования ДНК планиру-
*** ется получение клонов клеток, содержащих гетеро-
и гомозиготные ГКМП-ассоциированные мутации
в целевых генах, и дальнейшее всестороннее изуче-
ние их фенотипа.

12 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

Работа выполнена при финансовой поддержке Рос- выборках больных РЯ и здоровых доноров из Ре-
сийского фонда фундаментальных исследований (про- спублики Башкортостан позволят определить ча-
ект №19-015-00343). стоту встречаемости инсерции c.1967_1969dupGTC/
BARD1 и дать оценку его вклада в патогенез РЯ у жи-
*** телей исследуемого региона.
Исследование поддержано программой разви-
ИЗУЧЕНИЕ РОЛИ ГЕНА BARD1 тия биоресурсных коллекций ФАНО. Работа вы-
В КАНЦЕРОГЕНЕЗЕ ЯИЧНИКОВ полнена при финансовой поддержке грантов РФФИ
Я.А. Барлыбаева1, Э.Т. Мингажева1, 2, Я.В. Валова1, 3, №182909129 «Спектр и частота патогенных мута-
Д.С. Прокофьева1, А.Х. Нургалиева1, ций в генах, ассоциированных с наследственным раком
Р.Р. Фаисханова4, Э.К. Хуснутдинова1, 2 яичников у женщин разного этнического происхожде-
ния»; №20-34-90003 «Анализ новых генов-кандидатов
Башкирский государственный университет, кафедра генетики и
1

фундаментальной медицины, 450076, Уфа, Россия;


развития рака яичников у женщин из Республики Баш-
2
Институт биохимии и генетики — обособленное структурное
кортостан. Аспиранты».
подразделение ФГБНУ «Уфимский федеральный
исследовательский центр» РАН, 450054, Уфа, Россия; ***
3
ФБУН «Уфимский НИИ медицины труда и экологии человека»,
450106, Уфа, Россия; IN SILICO ОБНАРУЖЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ
4
ГБУЗ «Республиканский клинический онкологический диспансер», ДИМЕРА ХОЛЕСТЕРИНА СО СВОБОДНЫМ
450054, Уфа, Россия; е-mail: kiramova.yanguzel@mail.ru ОТ ЛИПИДА АПОБЕЛКОМ A-I
STUDY OF THE ROLE OF THE BARD1 GENE IN OVARIAN В.Б. Басерова, А.Д. Дергунов
CARCINOGENESIS
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр
Ya.A. Barlybaeva1, E.T. Mingazheva1, 2, Ya.V. Valova1, 3, терапии и профилактической медицины» Минздрава России,
A.Kh. Nurgaleeva1, D.S. Prokofiev1, R.R. Faiskhanova4, 101990, Москва, Россия; e-mail: veron1996@rambler.ru
E.K. Khusnutdinova1, 2
IN SILICO STUDY REVEALS CHOLESTEROL
Bashkir State University, Department of Genetics and Fundamental
1

Medicine, 450076, Ufa, Russia; DIMERIZATION DRIVES INTERACTION WITH LIPID-FREE


APOLIPOPROTEIN A-I
Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Federal Research
2

Center of the Russian Academy of Sciences, 450054, Ufa, Russia; V.B. Baserova, A.D. Dergunov
Federal Institution of Science «Ufa Research Institute of
3 National Medical Research Center for Therapy and Preventive
Occupational Health and Human Ecology», 450106, Ufa, Russia; Medicine, 101990, Moscow, Russia; e-mail: veron1996@rambler.ru
4
State Autonomous Institution of Health Republican Clinical
Связывание мономера мицеллообразующего ли-
Oncology Center of the Ministry of Health of the Republic of
Bashkortostan, 450054, Ufa, Russia; е-mail: kiramova.yanguzel@mail.ru пида с белком эффективно при превышении связы-
вания над мицеллообразованием. Требуется сопо-
Рак яичников (РЯ) занимает одно из лидирующих ставление известных экспериментальных данных
мест в структуре онкологических заболеваний репро- о взаимодействии свободного от липида апобелка
дуктивной сферы у женщин. РЯ — это сложное мно- A-I человека (апоA-I) с холестерином (ХС) с низкой
гофакторное заболевание. Генетическая предраспо- концентрацией мицеллообразования ХС (30 нМ).
ложенность является одним из основных факторов Нами проведено молекулярное моделирование вза-
риска. В последние годы широко используемыми ме- имодействия мономера и димера апоA-I с мономе-
тодами поиска новых генов, вовлеченных в патоге- ром и четырьмя конформерами димера ХС при ди-
нез заболеваний, стали технологии секвенирования меризации холестерина в структуре апобелка анало-
нового поколения (NGS). гично димеризации в органических растворителях.
В результате ранее проведенного таргетно- Использованы кристаллические структуры укоро-
го секвенирования образцов ДНК больных на- ченного с N-конца Δ(1-43) тетрамера апоA-I (PDB
следственным РЯ у 1 пациентки в 10 экзоне ге- ID: 1AV1, структура B) и укороченного с С-конца
на BARD1 нами был впервые обнаружен вероятно Δ(185-243) димера апоA-I (PDB ID: 3R2P, структу-
патогенный нонсенс-вариант c.1967_1969dupGTC ра M). Энергия связывания мономера ХС с мономе-
(p.Gly656_Pro657insArg) в гетерозиготном состоянии. ром, димером и тетрамером апобелка, возраставшая
Ген BARD1 кодирует белок, который взаимодейству- от −10 до −28 кДж/моль при увеличении самоассо-
ет с N-концевой областью белка BRCA1 и необходим циации, была недостаточной для снятия термоди-
для формирования стабильной структуры последнего. намического ограничения связывания вследствие
С учетом важной роли гена BARD1 в репара- мицеллообразования ХС (−52,8 кДж/моль). Участ-
ции, а также функциональной значимости обна- ки связывания частично перекрывались с посту-
руженного варианта c.1967_1969dupGTC, данный лированными ХС-связывающими мотивами. Тер-
ген выступает в качестве важного гена-кандида- модинамическое ограничение снималось в модели
та РЯ. Дальнейшие исследования на расширенных совместного связывания димера ХС с мономером

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 13


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

и димерами апоA-I. Неперекрывающиеся и невза- ных окуней. Эти данные позволят провести сравне-
имодействующие участки связывания ХС в моно- ние уровней полиандрии у различных видов в пре-
мере и димере апоA-I в структурах В и М могут свя- делах одного рода и проследить эволюцию механиз-
зывать до 14 и 6 молекул ХС соответственно. Со- мов полового отбора.
ответствующие значения энергий взаимодействия
−64,5 и −67,0 кДж/моль превышают свободную энер- ***
гию мицеллообразования ХС.
Предположено, что димеры ХС могут одновре- МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА
менно взаимодействовать с мономером и димером ФИТОПЛАЗМЫ В РАСТЕНИЯХ ТОМАТА,
свободного от липида апоA-I, накапливающимся ВЬЮНКА И В НАСЕКОМЫХ
вследствие локального ацидоза в атероме. Экстра- А.Г. Бахшиев
клеточное связывание ХС с апобелком может явить-
Институт генетики, физиологии и защиты растений, Кишинев,
ся новым механизмом транспорта ХС апобелком, по- Республика Молдова; email: aighiuni93@mail.ru
мимо участия апоA-I в ABCA1-опосредованном эф-
флюксе ХС из макрофага. MOLECULAR DIAGNOSIS OF PHYTOPLASMA
IN TOMATO AND BINDWEED PLANTS AND INSECTS
*** A.G. Bahsiev
Institute of Genetics, Physiology and Plant Protection, Chisinau,
ОЦЕНКА РЕПРОДУКТИВНОЙ СТРАТЕГИИ Republic of Moldova; email: aighiuni93@mail.ru
МОРСКОГО ОКУНЯ SEBASTES TACZANOWSKII
НА ОСНОВЕ МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ЛОКУСОВ Столбур — это широко распространенная бо-
Н.М. Батищева, В.Д. Ягодина, В.А. Брыков лезнь, вызванная патогеном ‘Candidatus Phytoplasma
solani’, который поражает преимущественно флоэ-
Национальный научный центр морской биологии им.
А.В. Жирмунского ДВО РАН, Приморский край, 690041,
му растений разных видов, в том числе многих эко-
Владивосток, Россия; e-mail: batishchevanata@gmail.com номически важных сельскохозяйственных культур.
На распространение инфекции влияет ряд факто-
MICROSATELLITE DNA ASSESSMENT ров, таких как применение неверных агротехниче-
OF THE REPRODUCTIVE STRATEGY OF THE WHITE- ских приемов, обилие сорняков, на которых зимуют
EDGED ROCKFISH, SEBASTES TACZANOWSKII
насекомые-векторы, неблагоприятные метеороло-
N.M. Batishcheva, V.D. Iagodina, V.A. Brykov гические условия. Одним из известных резервуаров
Zhirmunsky Institute of Marine Biology, National Scientific Center инфекции ‘Ca. P. Solani’ является вьюнок. Изучение
of Marine Biology, Far Eastern Branch, Russian Academy of
Sciences, Primorsky region, 690041, Vladivostok, Russia, e-mail:
цепи «культурное растение—насекомое—сорняк» —
batishchevanata@gmail.com один из ключевых способов оценки эпидемиологи-
ческой ситуации в регионе для успешной борьбы
Полиандрия — широко распространенное яв- с распространением инфекции. Цель исследования
ление в животном мире. Данные о количестве по- заключалась в идентификации патогена в растени-
ловых партнеров позволяют пролить свет не только ях томата, насекомых-векторах, а также в растениях
на эволюцию моделей полового отбора и поведения, вьюнка. Исследования проводились в течение двух
но и на скорость генетического дрейфа, видообра- лет. Сбор образцов томата и насекомых осущест-
зования и поддержания генетического разнообра- влялся в течение всего сезона вегетации, а образцов
зия в популяции. Виды рода Sebastes характеризуют- вьюнка — в начале и в конце сезона вегетации тома-
ся внутренним оплодотворением, живорождением та. ДНК была выделена из плодоножек томата с по-
и наличием полиандрии у некоторых из них. Био- мощью щелочного экспресс-метода, разработанного
логия Sebastes taczanowskii относительно хорошо из- Guo и соавт. (2003), а из растений вьюнка и насеко-
учена, но генетические аспекты репродуктивной си- мых — с использованием DNAzol. Для нестед-ПЦР
стемы до сих пор полностью не исследованы. Пять использовались специфичные праймеры cpn421F/R
микросателлитных локусов ДНК были использова- и cpn200F/R, созданные на основе нуклеотидной
ны для предварительной оценки уровня полиандрии последовательности шаперонинового гена ‘Ca. P. so-
у S. taczanowskii. Десять самок и выборки их потом- lani’. Молекулярная диагностика выявила присут-
ства были статистически проанализированы. Более ствие инфекции ‘Ca. P. solani’ приблизительно у 70%
половины самок спаривались более чем с одним сам- проанализированных растений томата. Уровень за-
цом. Вероятно, полиандрия является весьма распро- ражения фитоплазмой насекомых был значитель-
страненной стратегией у морского окуня, обитающе- но ниже, составляя 15,5%. Патоген ‘Ca. P. solani’
го на территории Дальнего Востока, а также важным в растениях вьюнка не был обнаружен ни в начале,
фактором в регулировании генетического разнообра- ни в конце сезона вегетации. Таким образом, полу-
зия и продуктивности. Полученные данные важны ченные данные показывают, что ‘Ca. P. solani’ при-
для понимания полового поведения дальневосточ- сутствует в томатах и насекомых, но вьюнок не яв-

14 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ляется промежуточным хозяином при передаче ин- высокоэффективные серотипы — рААВ 9 эффектив-
фекции. В дальнейшем будут исследованы другие ность 50% трансдукции 3E+04 MOI, а максималь-
дикорастущие растения для определения вида со- ная (~100%) — 1,25E+05 MOI, рААВ 6 эффектив-
рняков, способствующих распространению фито- ность 50% — 4E+05 MOI, а максимальная (~73%) —
плазмы в регионе. 1E+06 MOI.
В работе была оптимизирована методика сборки
*** и очистки рААВ. Отобраны наиболее эффективные
серотипы для трансдукции эпителиальных клеток
РЕКОМБИНАНТНЫЕ трахеи, которые в дальнейшем будут использованы
АДЕНОАССОЦИИРОВАННЫЕ ВИРУСЫ для доставки компонентов CRISPR-Cas9 для коррек-
КАК ВЕКТОРЫ ДОСТАВКИ ТРАНСГЕНОВ ции мутации F508del в гене CFTR.
В ЭПИТЕЛИАЛЬНЫЕ КЛЕТКИ ТРАХЕИ БОЛЬНОГО
МУКОВИСЦИДОЗОМ ***

Л.Л. Белова, К.С. Кочергин-Никитский,


ЭМФОРИН — СИЛЬНЫЙ КОНКУРЕНТНЫЙ
С.А. Смирнихина
МЕДЛЕННОСВЯЗЫВАЮЩИЙСЯ ИНГИБИТОР
ФГБНУ «Медико-генетический научный центр им. акад. Н.П. ПРОТЕАЛИЗИНА
Бочкова», 115478, Москва, Россия; e-mail: lubavushko@gmail.com
И.М. Бердышев, К.Н. Чухонцева, М.А. Карасева,
RECOMBINANT ADENO-ASSOCIATED VIRUSES И.В. Демидюк
AS VECTORS FOR DELIVERY OF TRANSGENES
INTO TRACHEAL EPITHELIAL CELLS OF A PATIENT ФГБУ «Институт молекулярной генетики» НИЦ «Курчатовский
WITH CYSTIC FIBROSIS институт», 123182, Москва, Россия; e-mail: igorqetu@mail.ru

L.L. Belova, K.S. Kochergin-Nikitsky, S.A. Smirnikhina EMPHORIN — STRONG COMPETITIVE SLOW-BINDING
Research Center for Medical Genetics, 115478 Moscow, Russia; PROTEOLYSIN INHIBITOR
e-mail: lubavushko@gmail.com
I.M. Berdyshev, K.N. Chukhontseva, M.A. Karaseva,
Рекомбинантные аденоассоциированные вирусы I.V. Demidyuk
(рААВ) применяются в качестве векторов для коррек- Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
ция генетических патологий, таких как муковисци- «Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia; e-mail: igorqetu@
mail.ru
доз. рААВ обладают рядом достоинств: простота си-
стемы, низкая иммуногенность, длительное перси- Эмфорин (M4in) — недавно обнаруженный у бак-
стирование ДНК в клетках без встраивания в геном терии Serratia proteamaculans белковый ингибитор
клетки-хозяина и пр. Важной особенностью являет- металлопротеаз, прототип нового, неохарактеризо-
ся разнообразие серотипов ААВ, благодаря тропным ванного семейства. Гены эмфориноподобных инги-
свойствам подходящих, для трансдукции широкого биторов (ЭПИ) у бактерий колокализованы с гена-
диапазона типов клеток и тканей. Для работы бы- ми протеализинподобных протеаз (ППП), которые,
ли выбраны три серотипа ААВ — 5, 6 и 9, имеющие вероятно, вовлечены во взаимодействие бактерий
тропность к тканям легких, в том числе к эпители- с животными и растениями, а также в патогенез
альным клеткам трахеи и альвеол. и в межбактериальную конкуренцию. Таким обра-
Цель исследования — разработка методик сбор- зом, действие ЭПИ на ППП, по-видимому, являет-
ки и очистки рААВ 5, 6 и 9 серотипов с репортерным ся элементом регуляции взаимодействия бактерий
геном GFP и трансдукция ими эпителиальных кле- с широким кругом живых организмов.
ток трахеи больного муковисцидозом (CFTE29o-). Нами были получены препараты рекомбинант-
Получение выбранных серотипов рААВ проводи- ного M4in и протеализина (PLN) — ППП из S. pro-
ли методом трансфекции клеточной линии HEK293T teamaculans, что позволило исследовать влияние M4in
трехплазмидной системой, состоящей из упаковоч- на кинетику катализируемого PLN гидролиза пептид-
ной плазмиды, несущей гены rep и cap; плазмиды, ного субстрата с внутренним тушением флуоресцен-
несущей вспомогательные гены; плазмиды, содер- ции 2-аминобензоил-Arg-Ser-Val-Ile-Lys(2,4-дини-
жащей трансген GFP. Сбор вируса осуществляли трофенила). Анализ кинетических зависимостей по-
спустя 72 ч после трансфекции. Для очистки ис- казал, что M4in является медленносвязывающимся
пользовали преципитацию вирионов в 40% раство- обратимым ингибитором, образование комплекса
ре PEG 8000 с последующим ультрацентрифугирова- фермент—ингибитор происходит в одну медленную
нием при 160 тыс. g в градиенте сахарозы. Получен- стадию, а константа ингибирования (Ki) составля-
ные рААВ имели физический титр более 1E+12 вг/ ет 52±14 пМ.
мл, определенный методом количественной ПЦР. Проведенная методом иммуноблоттинга оцен-
После 48 ч инкубации клетки CFTE29o- анализиро- ка содержания M4in в S. proteamaculans показала,
вали методами флуоресцентной микроскопии и про- что концентрация ингибитора в бактериальной
точной цитофлуориметрии. Определили наиболее клетке значительно (более чем в 1000 раз) превы-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 15


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

шает Ki. Это указывает на способность M4in эф- Таким образом, изучение МФ ферментов позво-
фективно подавлять активность соответствующих ляет выявить реализацию информации, записанную
протеаз в цитоплазме, где он локализован соглас- в геноме.
но полученным ранее данным иммуноэлектронной
микроскопии. ***
Таким образом, нами впервые показано, что M4in
является сильным конкурентным медленносвязы- NEOCHLORELLA SEMENENKOI IPPAS C-1210 —
вающимся и действующим по одностадийному ме- ВЗГЛЯД НА ОПТИМИЗАЦИЮ
ханизму ингибитором, способным защитить бакте- КУЛЬТИВИРОВАНИЯ
риальную клетку от нежелательной активности соб- И БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКИЙ ПОТЕНЦИАЛ
ственных или экзогенных металлопротеаз. Л.А. Бобровникова1, 3, М.С. Пахолкова2,
Р.А. Сидоров3, М.А. Синетова3
***
Московский государственный университет им.
1

М.В. Ломоносова, Москва, Россия;


ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МНОЖЕСТВЕННЫХ ФОРМ
Северный Арктический федеральный университет им.
2
СУПЕРОКСИДДИСМУТАЗЫ СОИ — РЕЗУЛЬТАТ М.В. Ломоносова, Архангельск, Россия;
ЭКСПРЕССИИ ГЕНА
Институт физиологии растений им. К.А. Тимирязева РАН,
3

А.А. Блинова , Л.Е. Иваченко


1 1, 2 Москва, Россия; e-mail: lidia.bo@yahoo.com
1
ФГБНУ ФНЦ «Всероссийский научно-исследовательский NEOCHLORELLA SEMENENKOI IPPAS C-1210 —
институт сои», 675027, Благовещенск, Россия; INSIGHT INTO CULTIVATION OPTIMISATION
2
ФГБОУ ВО Благовещенский государственный педагогический AND BIOTECHNOLOGICAL POTENTIAL
университет, 675000, Благовещенск, Россия; e-mail: baa@vniisoi.ru
L.A. Bobrovnikova1, 3, M.S. Pakholkova2, R.A. Sidorov3,
THE USAGE OF MULTIPLE FORMS OF SOYBEAN M.A. Sinetova3
SUPEROXIDE DISMUTASE — THE RESULT OF GENE
1
Lomonosov Moscow State university, Moscow, Russia;
EXPRESSION 2
Northern (Arctic) Federal University, Arkhangelsk, Russia;
A.A. Blinova , L.E. Ivachenko
1 1, 2 3
Timiryazev Institute of Plant Physiology of RAS, Moscow, Russia;
e-mail: lidia.bo@yahoo.com
1
All-Russian Scientific Research Institute of Soybeans, 675027,
Blagoveshchensk, Russia;
Микроводоросли имеют огромный потенциал
2
Blagoveshchensk State Pedagogical University, 675000,
Blagoveshchensk, Russia; e-mail: baa@vniisoi.ru
в таких областях промышленности, как пищевая,
энергетическая, фармацевтическая и сельскохозяй-
Внутривидовое разнообразие отражает взаи- ственная, благодаря их способности синтезировать
модействие между генетическим потенциалом ви- многочисленные ценные органические соединения.
да и факторами окружающей среды. Ведущую роль В нашем исследовании были исследованы экофи-
в поддержании внутриклеточного гомеостаза в адап- зиологические и биохимические характеристики но-
тации к стрессорам играют ферменты. Белки-фер- вого Chlorella-подобного вида Neochlorella semenenkoi
менты — это результат экспрессии генов. Многие штамма IPPAS C-1210. Штамм был выделен из прес-
ферменты функционируют в виде множественных новодного озера Иссык в Казахстане.
форм (МФ). По уровню изменению МФ ферментов Нами была исследована реакция культуры на из-
можно глубже понять функционирование генов в от- менение параметров культивирования (pH, темпера-
вет на разнообразные воздействия факторы окружа- тура, засоление, наличие разных источников азота
ющей среды. и углерода в среде, азотное, фосфорное, серное, маг-
Важным ферментом антиоксидантной систе- ниевое и железное голодание). Нами были измерены
мы является супероксиддисмутаза (СОД), в которой темпы роста, продуктивность и изменение биохими-
функционируют в виде нескольких изоформ, имею- чекого состава (содержание крахмала, белка, липи-
щих различную локализацию: Mn-СОД (митохон- дов и пигментов) в клетках IPPAS C-1210.
дрии, пероксисомы), Cu-Zn-СОД (­цитозоль, хлоро- Нами были подобраны оптимальные условия
пласт, пероксисомы) и Fe-СОД (хлоропласт). культивирования с целью достижения максималь-
В семенах сои ((Glycine max (L.) Merrill) в сортах ных показателей продуктивности биомассы. Опти-
селекции ФНЦ ВНИИ сои при воздействии различ- мум температур находится около 30 °C, оптимальный
ных факторов было выявлено 21 МФ СОД (СОД1— pH — слабощелочной, в пределах 8—9. Наибольший
СОД21). Так, при влиянии низких температур было прирост биомассы наблюдался при росте на среде
обнаружено 15 МФ, а при высоких — 12 МФ. При за- с добавлением мочевины в качестве источника азо-
ражении грибковой инфекцией Cercospora sojina Ha- та. Штамм способен к росту в миксотрофных и гете-
ra было обнаружено 12 форм, а при Septoria glycines ротрофных условиях на средах с добавлением глюко-
Hemmi — 11 МФ, имеющих различную электрофо- зы или ацетата в качестве источника углерода. Более
ретическую подвижность. того, было обнаружено, что клетки штамма IPPAS

16 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

C-1210 переключают свой метаболизм при азотном роль в биологии теломер. Данная работа направ-
голодании с аккумуляции крахмала на накопление лена на изучение роли белка Ars2 в функциониро-
липидов. При магниевом голодании штамм, наобо- вании теломер в герминальных тканях дрозофи-
рот, начинал в больших количествах аккумулировать лы. При дисфункции Ars2 наблюдается накопление
крахмал, при этом содержание липидов оставалось транскриптов HeT-A в яичниках, часть которых на-
на низком уровне. капливается в ядре рядом с теломерами. Полноге-
Основываясь на полученных нами результатах, номный анализ хроматин-ассоциированных РНК
мы можем заключить, что Neochlorella semenenkoi IP- говорит об уникальной теломер-специфичной ро-
PAS C-1210 может быть хорошим штаммом-проду- ли Ars2 в регуляции экспрессии теломерных по-
центом липидов, пригодным для последующего мас- второв в процессе оогенеза. Анализ хроматина ука-
штабирования в биотехнологической промышлен- зывает на участие Ars2 в транскрипционном сай-
ности. ленсинге теломерных повторов. Мы предполагаем,
Работа выполнена на базе «Научно-производствен- что Ars2 участвует в котранскрипционном узнава-
ного биотехнологического комплекса для проведения ра- нии теломерных транскриптов и передаче сигнала
бот по изучению, сохранению и практическому приме- к хроматиновым комплексам, что приводит к пода-
нению культивируемых клеток и органов высших рас- влению транскрипции теломерных повторов в про-
тений и микроводорослей» при финансовой поддержке цессе оогенеза.
Мегагранта Правительства Российской Федерации Работа поддержана грантом РФФИ 19-04-00254.
(Соглашение №075-15-2019-1882).
***
***
ФИЛОГЕНИЯ И ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ
ТЕЛОМЕРНАЯ РОЛЬ РНК-СВЯЗЫВАЮЩЕГО ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ У СИМПАТРИЧЕСКИХ
БЕЛКА ARS2 В ГЕРМИНАЛЬНЫХ ТКАНЯХ МОРФОТИПОВ ГОЛЬЦА SALVELINUS CF. MALMA
DROSOPHILA ИЗ ОЗЕРА КРОНОЦКОЕ (ВОСТОЧНАЯ
Е.Е. Борисов1 ,2, П.А. Комаров1, А.И. Калмыкова1 КАМЧАТКА)
1
НИЦ «Курчатовский институт» — Институт молекулярной Е.С. Бочарова1, Д.Г. Селезнев2, 3, Г.Н. Маркевич4
генетики, 123182, Москва, Россия; Е.В. Есин3—5
2
Московский государственный университет им. 1
ФГБУН «Институт биологии развития им. Н.К. Кольцова» РАН,
М.В. Ломоносова, факультет биоинженерии и биоинформатики, 119334, Москва, Россия;
119192, Москва, Россия; e-mail: borisovevgenij5@gmail.com
ФГБУН «Институт биологии внутренних вод им. И.Д.
2

TELOMERE ROLE OF ARS2 RNA-BINDING PROTEIN IN Папанина» РАН, 152742, Борок, Россия;
THE DROSOPHILA GERMLINE ФГБУН «Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н.
3

Северцова» РАН, 119071, Москва, Россия;


E.E. Borisov , P.A. Komarov , A.I. Kalmykova
1, 2 1 1
4
ФГБУ «Кроноцкий государственный заповедник», 684000,
1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre Елизово, Россия;
«Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia; 5
ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт
2
Faculty of Bioengineering and Bioinformatics Lomonosov Moscow рыбного хозяйства и океанографии», 107140, Москва, Россия;
State University, 119192, Moscow, Russia; e-mail: e-mail: bocharova.ekaterina@gmail.com
borisovevgenij5@gmail.com
PHYLOGENY AND GENE DIFFENTIAL EXPRESSION
Теломеры Drosophila поддерживаются за счет IN SYMPATHRIC MORPHOTYPES OF CHARR
транспозиций специализированных ретротранс- SALVELINUS CF. MALMA FROM THE KRONOTSKOYE
позонов без участия теломеразы, что является при- LAKE (EAST KAMCHATKA)
мером возникновения функциональных аналогий E.S. Bocharova1, D.G. Seleznev2, 3, G.N. Markevich4,
в природе. Контроль гомеостаза теломер в герми- E.V. Esin3—5
нальных тканях особенно важен для поддержания 1
FGBUN IDB RAS, 119334, Moscow, Russia;
стабильности генома. Известен ряд путей, кон- 2
FGBUN IBIW RAS, 152742, Borok, Russia;
тролирующих экспрессию теломерных повторов 3
FGBUN IPEE RAS, 119071, Moscow, Russia;
и состояние хроматина в клетках зародышевого пу- 4
FGBU Kronotsky Reserve, 684000, Elizovo, Russia;
ти D. melanogaster: Piwi-interacting RNA (piRNA), 5
FGBNU VNIRO, 107140, Moscow, Russia; e-mail: bocharova.
ряд транскрипционных факторов, деаденилазный ekaterina@gmail.com
комплекс. РНК-связывающий белок Ars2 (Arsenic
Resistance Protein 2) был идентифицирован как не- Гольцы рода Salvelinus способны давать нача-
гативный регулятор экспрессии основного тело- ло целому «пучку» морфотипов при заселении но-
мерного повтора HeT-A (Healing Transposon) у дро- вых озер изначально мономорфным предком. Наи-
зофилы и TERRA (telomeric repeat-containing RNA) большее разнообразие симпатрических морф описа-
у человека, что указывает на его консервативную но для гольца Salvelinus cf. malma из бассейна озера

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 17


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

Кроноцкое. Каждый адаптивный морфотип кроноц- допроводной отстоявшейся воды. Через 14 дней ве-
ких гольцов обладает своими экологическими осо- гетации растения были разделены на 2 части — опыт-
бенностями: типом питания и местообитания, про- ные и контрольные. Опытные растения были обра-
должительностью жизни и скоростью роста, местом ботаны 20 мл бактериальной суспензии P. mendocina
и сроком нереста. Наиболее контрастные морфоло- 9-40/pACD (концентрация клеток — 106), контрольная
гические различия связаны с размером и положе- часть — 20 мл водопроводной воды. Затем все растения
нием рта. В наших исследованиях экспрессии ге- подвергли засухе (полив не проводился). Уже по ис-
нов в кранио-фациальной области головы были ис- течении 6 дней после обработки наблюдали разни-
пользованы пять морфотипов и предковая форма цу в росте и развитии исследуемых растений. Часть
(мальма) в момент перехода на внешнее питание. из них была изъята для измерения длины корней. Рас-
Основные различия дифференциальной экспрес- тения, обработанные суспензией исследуемых бакте-
сии генов наблюдаются по факторам скорости осте- рий, имели в 1,2 раза больше длину стебля и в 1,3 раза
огенеза и дифференциации обонятельных отделов больше длину корней по сравнению с растениями, ко-
ЦНС, медиаторам транскрипции/трансляции, регу- торые поливались водопроводной водой. При этом от-
ляторам скорости межклеточного и внутриклеточ- мечался более здоровый внешний вид опытных рас-
ного транспорта, факторам метаболизма АТФ. Ме- тений. На 10-е сутки у контрольных растений наблю-
тод многомерного шкалирования показал отделение дались признаки увядания, в то время как у опытных
предковой формы и двух рыбоядных кроноцких форм продолжили рост и развитие надземной части (увели-
от литоральных бентосоядных, а также вторичное чение высоты в 1,4 раза). В результате эксперимента
разделение трех бентосоядных морфотипов. Фило- достоверно показано, что среднее время гибели у кон-
генетический анализ, проведенный на основе попар- трольных растений составило 14 сут, у опытных —
ного сравнения сайтов SNP, полученных при RAD- 20 сут (увеличение в 1,4 раза).
секвенировании как консервативной, так и некон-
сервативной ДНК, показал, что кроноцкие формы ***
разделяются на три клады с поддержкой более 96%:
рыбоядных, бентосоядных литоральных и глубоко- РОДСТВЕННЫЕ ОТНОШЕНИЯ
водных морфотипов. И ПРОИСХОЖДЕНИЕ НЕЙВЫ SALVELINUS NEIVA
Проект выполнен при финансовой поддержке РНФ, Е.А. Бугаева1, Е.И. Бондарь1, 2, А.Г. Олейник2
проект №18-74-10085. 1
Дальневосточный федеральный университет, 690922,
Владивосток, Россия;
*** 2
Национальный научный центр морской биологии им.
А.В. Жирмунского ДВО РАН, 690041, Владивосток, Россия;
ЭФФЕКТ ШТАММА PSEUDOMONAS MENDOCINA e-mail: bugaeva-ea@yandex.ru
9-40/PACD НА ЗАСУХОУСТОЙЧИВОСТЬ
ТОМАТОВ RELATIONSHIPS AND ORIGIN OF NEIVA CHARR
SALVELINUS NEIVA
А.Н. Брагинец, С.С. Жардецкий Е.А. Bugaeva1, Е.I. Bondar1, 2, А.G. Oleinik2
Белорусский государственный университет, кафедра генетики, 1
Far Eastern Federal University, 690922, Vladivostok, Russia;
220030, Минск, Беларусь; e-mail: braginets_anastasiya@mail.ru 2
A.V. Zhirmunsky National Scientific Center of Marine Biology, Far
Eastern Branch, Russian Academy of Sciences, 690041,
EFFECT OF STRAIN PSEUDOMONAS MENDOCINA 9-40/ Vladivostok, Russia; e-mail: bugaeva-ea@yandex.ru
PACD ON THE DRY RESISTANCE OF TOMATOES
A.N. Braginets, S.S. Zhardzetski Дивергенция фенотипически разных и часто гео-
BSU, department of genetics, 220030, Minsk, Belarus; e-mail: графически изолированных форм представляет суще-
braginets_anastasiya@mail.ru ственную проблему для таксономии и филогении голь-
цов рода Salvelinus. Происхождение, родственные от-
Цель данной работы — изучение эффекта от об- ношения и таксономический статус озерных гольцов
работки штаммом бактерий P. mendocina 9-40/pACD Северо-Восточной Азии, многие из которых описаны
растений в плане повышения их устойчивости к от- как отдельные виды, активно дискутируются. На осно-
сутствию влаги в почве. Плазмида pACD содержит ве анализа девяти микросателлитных локусов (мсД-
ген acdS, продукт которого (фермент 1-аминоцикло- НК) и нуклеотидных последовательностей контроль-
пропан-1-карбоксилатдезаминаза) снижает уровень ного региона митохондриальной ДНК (­CR мтДНК)
стрессового этилена у растений. Для эксперимента были оценены родственные связи нейвы Salvelinus nei-
использовали растения томатов (сорт «БУМ»). Семе- va, узкоареального вида из озер бассейна реки Охота.
на проращивали в чашках Петри на влажной филь- Тестировались гипотезы о принадлежности S. neiva к: (1)
тровальной бумаге. Через 7 дней проростки были вы- Арктической филогенетической группе гольца Таран-
сеяны в грунт (стаканчики объемом 150 мл). Полив ца; (2) Берингийской группе северной мальмы S. mal-
осуществлялся строго одинаковым количеством во- ma malma; (3) Евразийской группе арктического голь-

18 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ца. По данным анализа CR мтДНК S. neiva относится риантов. Не обнаружено корреляции и между коли-
к Берингийской группе, однако мсДНК подтвержда- чеством CpG-островков и распределением консер-
ют филогенетическую близость S. neiva с Арктической вативных доменов в белках мГлуР. Можно предпо-
группой. Несоответствие между мтДНК и мсДНК сви- ложить, что нормальная регуляция уровня экспресии
детельствует об исторической интрогрессии мтДНК генов мГлуР не зависит от профиля их метилирова-
от S. malma malma к S. taranetzi. Настоящее исследо- ния, в то время как метилирование CpG-островков
вание представляет собой пример исторической ги- может играть важную роль при «экстренной» регуля-
бридизации и интрогрессии на самых южных грани- ции уровня экспрессии — например, при развитии
цах распространения Арктической группы S. taranetzi. нейродегенерации. Вероятно, наиболее важно мети-
Исследование частично поддержано Российским лирование для мГлуР4, затем — для мГлуР1 и мГлуР2,
фондом фундаментальных исследований (проект 20- а для мГлуР8 метилирование не играет никакой ро-
04-00205). ли вовсе.

*** ***

РАЗЛИЧИЯ В ПРОФИЛЕ МЕТИЛИРОВАНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКАЯ БЛИЗОСТЬ РАСТЕНИЙ


ГЕНОВ МЕТАБОТРОПНЫХ РЕЦЕПТОРОВ HYSSOPUS OFFICINALIS L., КУЛЬТИВИРУЕМЫХ
ГЛУТАМАТА В ГОЛОВНОМ МОЗГЕ КРЫС EX SITU И IN VITRO
Н.А. Бугаев-Макаровский И.В. Булавин
ФГБУН «Институт теоретической и экспериментальной ФГБУН «Ордена Трудового Красного Знамени Никитский
биофизики» РАН, 142290, Пущино, Россия; e-mail: ботанический сад — Национальный научный центр РАН»,
bugaevmakarovskiy0.0@gmail.com 298648, Ялта, Россия; e-mail: labgennbs@yandex.ru

DIFFERENCES IN GENE METHYLATION PROFILE GENETIC SIMILARITY OF HYSSOPUS OFFICINALIS L.


OF METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTORS IN RAT’S PLANTS GROWN EX SITU AND IN VITRO
BRAIN I.V. Bulavin
N.A. Bugaev-Makarovskiy The Labour Red Banner Order Nikita Botanical Gardens — National
Institute of theoretical and experimental biophysics RAS, 142290, Scientific Center of the RAS, 298648, Yalta, Russia; e-mail:
Puschino, Russia; e-mail: bugaevmakarovskiy0.0@gmail.com labgennbs@yandex.ru

В головном мозге крыс экспрессируются мета- Биотехнологические методы являются важным


ботропные рецепторы глутамата (мГлуР) 3 групп: компонентом управления генетическими ресурсами
мГлуР1-5, мГлуР7, мГлуР8. Характер распростране- растений, которые позволяют сохранить как редкие
ния мГлуР по структурам головного мозга и колеба- природные виды, так и полезные селекционные ге-
ния уровня их экспрессии при нейродегенеративных нотипы, в том числе эфиромасличных растений, ис-
явлениях позволяют ожидать существенных измене- пользуемых в медицине, парфюмерии, кулинарии
ний профиля метилирования генов, особенно в про- и т.д. Для клонального микроразмножения in vitro
мотерном регионе. Однако биоинформатический ана- ключевым моментом является поддержание генети-
лиз с помощью программы Promoter 2.0 Prediction ческой стабильности материала. Считается, что ре-
Server и алгоритмов для поиска CpG-островков базы генерация in vitro из меристемы или почек дает иден-
данных UCSC Genome Browser дал неожиданный ре- тичные клоны, при этом обсуждается влияние регу-
зультат. В 1-й группе у мГлуР1 предсказаны 2 сайта ме- ляторов роста питательной среды на генетическую
тилирования в промоторном регионе и 3 в области эк- сферу введенного в культуру in vitro материала. Поэ-
зона 1, а у мГлуР5 — только 1 CpG-островок в области тому целью нашей работы являлось определение ге-
промотора. Во 2-й группе у мГлуР2 и мГлуР3 практи- нетической близости между растениями Hyssopus offi-
чески совпадают сайты метилирования в экзоне 1, од- cinalis L. (сорт Никитский белый), культивируемыми
нако у мГлуР3 нет сайтов метилирования в промото- ex situ на коллекционных участках НБС-ННЦ, и реге-
ре, а у мГлуР2 их 2. В 3-й группе у мГлуР4 предсказаны нерантами, полученными in vitro из сегментов побе-
14 сайтов метилирования в экзонах (в том числе на эк- га с узлом на модифицированной среде Мурасиге—
зонах 2 и 3) и 2 сайта метилирования в промоторной Скуга (МС), дополненной 6-бензиламинопурином
области, однако у мГлуР7 предсказано только 2 CpG- (БАП). Для скрининга использовали 6 праймеров
островка на экзоне 1 и не выявлено сайтов метилиро- ISSR (UBC807, 818, 836, GR215, HB12, X10), кото-
вания в промоторном регионе. Выделяется мГлуР8, рые формировали воспроизводимые полосы с коли-
у которого отсутствуют CpG-островки как в промото- чественной вариацией от 2 (UBC807) до 8 (GR215).
ре, так и в экзонах, несмотря на достаточно высокое Размер образованных ампликонов находился в пре-
содержение GC-пар (38,86%). При этом не обнаруже- делах от 250 по (HB12) до 1750 по (X10). Согласно
но корреляции между обогащенностью генов сайтами нашим результатам праймеры продуцировали моно-
метилирования и количеством возможных сплайс-ва- морфные полосы для всех исследованных образцов

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 19


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

растений H. officinalis ex situ и in vitro, полиморфизм ственно активировало экспрессию генов данных сиг-
между ними не обнаружен. нальных каскадов. Таким образом, нейропротектив-
ные эффекты АКТГ(6-9)PGP могут быть следствием
*** корректирующего воздействия пептида на профиль
экспрессии генов иммунной системы в ранние часы
МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЭФФЕКТЫ после ишемии.
АКТГ(6-9)PGP В РАННИЕ ЧАСЫ ПОСЛЕ ОБРАТИМОЙ Работа выполнена при поддержке гранта РНФ
ЦЕРЕБРАЛЬНОЙ ИШЕМИИ В ДОРСОВЕНТРАЛЬНОЙ №19-14-00268.
ОБЛАСТИ ЛОБНОЙ КОРЫ У КРЫС
***
Л.В. Валиева1, И.Б. Филиппенков1, В.В. Ставчанский1,
А.Е. Денисова2, Ю.А. Ремизова1, 2, Л.В. Губский2,
РОЛЬ ГЕРМИНАЛЬНОГО ВАРИАНТА c.1486G>C В
Н.Ф. Мясоедов1, С.А. Лимборская1, Л.В. Дергунова1
ГЕНЕ PALB2 В ПАТОГЕНЕЗЕ РАКА ЯИЧНИКОВ
1
ФГБУ «Институт молекулярной генетики» Национального
исследовательского центра «Курчатовский институт», 123182, Я.В. Валова1, 2, Д.С. Прокофьева1, Э.Т. Мингажева1, 3,
Москва, Россия; Я.А. Барлыбаева1, Э.К. Хуснутдинова1, 3
2
ФГАОУ ВО «Российский национальный исследовательский
Башкирский государственный университет, кафедра генетики и
1
медицинский университет им. Н.И. Пирогова» Минздрава
фундаментальной медицины, 450076, Уфа, Россия;
России, 117997, Москва, Россия; e-mail: lia97@mail.ru
2
ФБУН «Уфимский НИИ медицины труда и экологии человека»,
MOLECULAR-GENETIC EFFECTS OF ACTH(6-9)PGP 450054, Уфа, Россия;
IN THE EARLY HOURS AFTER TRANSIENT CEREBRAL 3
Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра
ISCHEMIA IN RAT DORSOLATERAL PREFRONTAL CORTEX РАН, 450106, Уфа, Россия; е-mail: q.juk@ yandex.ru
L.V. Valieva1, I.B. Filippenkov1, V.V. Stavchansky1,
THE ROLE OF THE GERMLINE VARIANT c.1486G>C
A.E. Denisova2, Yu.A. Remizova1, 2, L.V. Gubsky2,
IN THE PALB2 GENE IN THE PATHOGENESIS
N.F. Myasoedov1, S.A. Limborska1, L.V. Dergunova1
OF OVARIAN CANCER
1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
«Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia; Ya.V. Valova1, 3, D.S. Prokofieva1, E.T. Mingazheva1, 2,
Ya.A. Barlybaeva1, E.K. Khusnutdinova1, 2
2
Pirogov Russian National Research Medical University (RNRMU),
117997, Moscow, Russia; e-mail: lia97@mail.ru Bashkir State University, Department of Genetics and Fundamental
1

Medicine, 450076, Ufa, Russia;


2
Institute of Biochemistry and Genetics, 450054, Ufa, Russia;
Ишемический инсульт является одной из основ- 3
Ufa Research Institute of Occupational Health and Human
ных причин инвалидизации и смертности взросло- Ecology, 450106, Ufa, Russia; е-mail: q.juk@ya.ru
го населения в мире. Известно, что наибольший эф-
фект лечения инсульта достигается в ранние часы Рак яичников (РЯ) занимает шестое место
(до 6 ч) после окклюзии сосуда, когда восстановле- в структуре онкологических заболеваний у женщин
ние клеток мозга еще возможно. Применение совре- и имеет один из самых высоких показателей смерт-
менных молекулярно-генетических подходов позво- ности среди новообразований женских половых ор-
ляет существенно детализировать механизмы нейро- ганов. Этио­логия и патогенез РЯ окончательно не из-
протективного действия различных физиологически учены, однако, по оценкам, 25% всех случаев РЯ мо-
активных веществ для данного временно́го проме- гут быть вызваны наследственными генетическими
жутка. В условиях модели обратимой церебральной мутациями.
ишемии (tMCAO), выполненной под контролем маг- PALB2 считается одним из генов-кандидатов раз-
нитно-резонансной томографии, нами были полу- вития наследственного и спорадического рака мо-
чены результаты полногеномного RNA-Seq-анализа лочной железы и яичников с умеренной пенетрант-
действия синтетического производного меланокор- ностью. Патогенные варианты PALB2 были связаны
тинов — АКТГ(6-9)PGP. Этот пептид обладает рядом с 3-кратным увеличением риска развития РЯ.
протективных физиологических эффектов и имеет Цель данной работы — поиск варианта c.1486G>C
перспективы применения в терапии инсульта. Инъ- в гене PALB2, ранее обнаруженный нами в результа-
екции 100 мкг/кг АКТГ(6-9)PGP приводили к мо- те таргетного секвенирования образцов ДНК боль-
дуляции экспрессии 322 генов (>1,5 раза; padj<0,05) ных наследственным РЯ (НРЯ). Материалом для ис-
в дорсовентральной области лобной коры, содержа- следования послужили образцы ДНК, выделенные
щей зону ишемической пенумбры, через 4,5 ч после из венозной крови 264 пациенток с РЯ и 332 здоро-
tMCAO. Более 70% этих генов (RT1-Ba, C1s, Map3k1, вых женщин. Поиск мутации проводили методом
Ptprc, Egfr и др.) снизили свою экспрессию под дей- анализа кривых плавления с высокой разрешающей
ствием пептида и были главным образом связаны способностью (HRM).
с сигнальными путями иммунного ответа (Focal ad- В ходе проведенного исследования мутация
hesion-PI3K-Akt-mTOR, Complement system и др.). c.1486G>C в гене PALB2 была обнаружена только
В это время действие ишемии, наоборот, преимуще- у пациентки с НРЯ, но не выявлена в общей выборке

20 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

больных РЯ (n=264) и в контроле (n=332). По функ- Цель работы — выявление наличия в образцах
циональной роли обнаруженный вариант представ- тканей летучих мышей Дальнего Востока и Маньч-
ляет собой миссенс-мутацию и на уровне белка при- журии возбудителей альфа-, бета- и гамма-корона-
водит к замене аспарагиновой кислоты на гистидин. вирусной инфекции.
По этнической принадлежности носительница му- Были получены гомогенизированные образцы тка-
тации татарка. Начало заболевания произошло в пе- ней органов летучих мышей, обитающих на террито-
риод постменопаузы. риях Дальнего Востока и Маньчжурии. Из образцов
Таким образом, наши данные указывают на низ- были выделены нуклеиновые кислоты (НК), проведе-
кую частоту встречаемости варианта c.1486G>C в ге- на реакция обратной транскрипции с целью получе-
не PALB2 среди женщин из Республики Башкорто- ния комплементарной ДНК. Поиск участков нуклео-
стан. тидных последовательностей геномов коронавирусов
Исследование поддержано программой разви- родов альфа, бета или гамма в нативном материале
тия биоресурсных коллекций ФАНО. Работа вы- проводился путем постановки полимеразной цепной
полнена при финансовой поддержке грантов РФФИ реакции (ПЦР) с родовыми праймерами (парные ко-
№182909129 «Спектр и частота патогенных мута- роткие одноцепочечные, искусственно синтезиро-
ций в генах, ассоциированных с наследственным раком ванные последовательности НК коронавирусов, со-
яичников у женщин разного этнического происхожде- ответствующие началу участка генома, специфично-
ния»; №20-34-90003 «Анализ новых генов кандидатов го для конкретного рода). Для установления наличия
развития рака яичников у женщин из Республики Баш- в образцах таргетных ампликонов проводился элек-
кортостан. Аспиранты». трофорез в агарозном геле, далее отбирались образцы,
содержащие ампликоны длиной 500 пар нуклеотидов.
*** Было исследовано 100 образцов тканей лету-
чих мышей. Альфа-коронавирусы были обнаруже-
ИССЛЕДОВАНИЕ БИОЛОГИЧЕСКОГО ны в 27 образцах, бета-коронавирусы — в 32 и гам-
МАТЕРИАЛА ЛЕТУЧИХ МЫШЕЙ НА НАЛИЧИЕ ма-коронавирусы — в 12, что свидетельствует о том,
ВИРУСОВ СЕМЕЙСТВА CORONAVIRIDAE что дикие летучие мыши, обитающие на территории
У.С. Веселкина1, А.П. Луч2, Е.А. Гончарова3 Дальнего Востока и Маньчжурии, являются перено-
счиками альфа-, бета- и гамма-коронавирусов, ко-
Национальный исследовательский университет ИТМО, 197101,
1

Санкт-Петерург, Россия;
торые потенциально опасны для человека. Следую-
2
Санкт-Петербургский государственный технологический
щим этапом работы планируется проведение высоко-
институт (Технический университет), 190013, Санкт-Петербург, производительного секвенирования для определения
Россия; нуклеотидных последовательностей полученных ам-
3
Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт пликонов и дальнейшего поиска новых коронавиру-
эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, 197101, Санкт- сов с внесением данных в GenBank, NCBI.
Петербург, Россия;
***
EXAMINATION OF CORONAVIRIDAE FAMILY MEMBERS
PRESENCE IN BATS
ЭКСПРЕССИЯ ПАРАЛОГОВ CENH3 В ПРОЦЕССЕ
U.S. Veselkina1, A.P. Luch2, E.A. Goncharova3
ОНТОГЕНЕЗА ГИБРИДОВ СЕКАЛОТРИТИКУМ
1
St. Petersburg National Research University of Information
Technologies, Mechanics and Optics, 197101, Saint Petersburg, С.С. Гацкая, Е.В. Евтушенко
Russia;
Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН, 630090,
2
SPSIT (St. Petersburg State Institute of Technology), 190013, Saint
Новосибирск, Россия; e-mail: jait@mail.ru
Petersburg, Russia;
3
St. Petersburg Pasteur Institute, 197101, Saint Petersburg, Russia EXPRESSION PATTERNS OF CENH3 PARALOGS DURING
ONTOGENESIS OF SECALOTRITICUM HYBRIDS
В 2020—2021 гг. существенное влияние на все S.S. Gatzkaya, E.V. Evtushenko
страны мира оказала пандемия, вызванная вирусом Institute of Molecular and Cellular Biology SB RAS, 630090,
SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coro- Novosibirsk, Russia; e-mail: jait@mail.ru
navirus), относящегося к семейству Coronaviridae. Ре-
зервуаром для вирусов семейства Coronaviridae явля- Центромерный вариант гистона H3 (CENH3)
ются летучие мыши, которые также, возможно, ста- играет ключевую роль в правильном функциониро-
ли источником вируса SARS-CoV-2. Следовательно, вании центромер. У злаков трибы Triticeae обнаруже-
в настоящий момент актуальна проблема распростра- но два варианта гена: αCENH3 и βCENH3. Они отли-
ненности среди летучих мышей возбудителей коро- чаются размером, гетерогенностью аминокислотного
навирусной инфекции, в том числе вирусов предста- состава в NTT-домене и различной экзон-интрон-
вителей родов альфа- и бета-коронавирусов, которые ной структурой. В настоящей работе мы определя-
являются вирулентными для людей. ли тканеспецифичные профили транскрипции па-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 21


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ралогов CENH3 в процессе онтогенеза в двух сортах, ляются вследствие обратного скрещивания партено-
«Imperial» и «Короткостебельная 69», культивируе- генетических самок с самцами двуполых видов в зо-
мой ржи S. cereale, а также у ржано-пшеничных ги- не частичного перекрытия их ареалов. При этом мор-
бридов секалотритикум (Secalotriticum Верасень×Ми- фологическая идентификация полиплоидов Darevskia
хась и Верасень×Дубрава) и их родительских видов затруднена, поскольку они обладают сложным про-
(ржи S. cereale ‘Верасень’ и Triticale ‘Михась’ и ‘Дубра- межуточным фенотипом. В данной работе проведе-
ва’). Использование гибридных форм позволяет срав- но микросателлитное генотипирование предполагае-
нить работу генов CENH3 в условиях собственной ро- мых гибридов D. unisexualis x D. valentini из популяции
дительской и гибридной цитоплазматической среды. Кучак Армении. В результате, пять особей были иден-
Выявлено, что оба гена экспрессируются на всех ста- тифицированы как триплоиды и две — как диплоиды.
диях индивидуального развития, и профили экспрес- Секвенирование выявленных аллелей подтвердило ги-
сии у родительских видов и гибридов секалотритикум бридную природу исследованных особей. Все алле-
идентичны. Уровни экспрессии αCENH3, как прави- ли содержали микросателлитные кластеры и однону-
ло, на порядок превышают соответствующие значе- клеотидные замены во фланкирующих микросател-
ния βCENH3. После прорастания уровни транскрип- лит областях, которые позволяли дифференцировать
ции генов CENH3 значительно снижаются (в среднем аллели согласно их происхождению от родительских
в 8 раз ниже в ткани листьев, чем в ткани колеопти- видов. Было установлено, что триплоидные гибриды
лей), и многократно увеличиваются в генеративных в исследованных локусах содержали два аллеля пар-
тканях по сравнению с вегетативными (в 2—3 раза теновида D. unisexualis и один аллель двуполого вида
выше в пыльниках, чем в колеоптилях). Сохранение D. valentini, а диплоидные особи содержали два алле-
активности генов CENH3 у секалотритикум на од- ля D. valentini. Изучение полиплоидных видов имеет
ном уровне с родительскими видами свидетельствует большое значение для характеристики прогрессивных
о том, что гибридная цитоплазма не оказывает вли- этапов сетчатой эволюции скальных ящериц, а иден-
яния на данный показатель. Аналогичные профили тификация и дифференциация гибридных особей не-
транскрипции получены для сортов культивируемой обходима при популяционно-генетических исследо-
ржи, причем в отношениях уровней транскрипции α ваниях смешанных популяций.
и β CENH3 выявлены тканеспецифичные колебания. Исследование выполнено при поддержке гранта
Поддержано грантом РФФИ 20-04-00699 А. РНФ №19-14-00083.
***
***

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ ИЗМЕНЕНИЕ КАТАЛИТИЧЕСКИХ СВОЙСТВ


ТРИПЛОИДНЫХ ГИБРИДОВ DAREVSKIA ЦИТОХРОМОВ CYP74 МЕТОДОМ САЙТ-
UNISEXUALIS X D. VALENTINI НАПРАВЛЕННОГО МУТАГЕНЕЗА
ИЗ СИМПАТРИЧЕСКИХ ПОПУЛЯЦИЙ АРМЕНИИ С.С. Горина, Е.О. Смирнова, Л.Ш. Мухтарова,
А.Е. Гирнык , А.А. Вергун
1 1, 2 Я.Ю. Топоркова, А.Н. Гречкин
Казанский институт биохимии и биофизики — обособленное
1
ФГБУН «Институт биологии гена» РАН, 119334, Москва,
структурное подразделение ФИЦ КазНЦ РАН, 420111, Казань,
Россия;
Россия; e-mail: gsvetlana87@gmail.com
2
ФГБОУ ВО «Московский педагогический государственный
университет» (МПГУ), 119991, Москва, Россия; e-mail: CONVERSION OF THE CATALYTIC PROPERTIES
nasstenochka@mail.ru OF CYTOCHROMES CYP74 BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS
GENETIC IDENTIFICATION OF DAREVSKIA UNISEXUALIS S.S. Gorina, E.O. Smirnova, L.S. Mukhtarova,
X D. VALENTINI TRIPLOID HYBRIDS FROM SYMPATRIC Ya.Yu. Toporkova, A.N. Grechkin
POPULATIONS OF ARMENIA Kazan Institute of Biochemistry and Biophysics, FRC Kazan
Scientific Center, Russian Academy of Sciences, 420111, Kazan,
A.E. Girnyk , А.A. Vergun
1 1 ,2
Russia; e-mail: gsvetlana87@gmail.com
1
Institute of Gene Biology of the Russian Academy of Sciences,
119334, Moscow, Russia;
2
Federal State Budgetary Educational Institution of Higher Education
Ферменты CYP74 принадлежат к атипичным ци-
«Moscow Pedagogical State University», 119991, Moscow, Russia; тохромам Р450, которым для каталитической актив-
e-mail: nasstenochka@mail.ru ности не требуются молекулярный кислород и окис-
лительно-восстановительные партнеры. Донором
Полиплоидные виды составляют большинство кислорода и электронов выступают субстраты — ги-
однополых видов рептилий. Однако партеногенети- дроперекиси полиеновых жирных кислот. К ферментам
ческие ящерицы рода Darevskia в большинстве своем CYP74 относятся две дегидратазы (алленоксидсинтаза
являются диплоидами, возникшими в результате меж- (АОС) и дивинилэфирсинтаза (ДЭС)) и две изомера-
видовой гибридизации генетически близких двуполых зы (гидропероксидлиаза (ГПЛ) и эпоксиалкогольсин-
видов. Триплоидные гибриды скальных ящериц появ- таза (ДЭС)), при участии которых в растениях синте-

22 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

зируется обширный спектр биологически активных Ранее уже предпринимались попытки снизить
метаболитов. Поскольку ферментам CYP74 для ката- агрегативность суспензий химическим и механиче-
лиза не требуется кислород, то аминокислотные остат- ским способами, однако эти методы оказались не­
ки, формирующие каталитический центр, отличают- эффективными за счет неуниверсальности или не-
ся от таковых характерных для моноооксигеназ Р450. продолжительного эффекта. На сегодняшний день
За последние годы в ходе наших работ были получены причины склонности растительных клеток образо-
мутантные формы ферментов CYP74 огурца (CsHPL/ вывать агрегаты остаются не до конца изученными,
EAS L93F/G283A, CsHPL/EAS/AOS L98F/A287G), ку- однако известно, что немалое участие в этом процес-
курузы (ZmAOS1 F95L), томата (LeAOS3 F108L), льна се принимают пектины клеточных стенок. Для реше-
(LuAOS F155L, LuDES F291V, LuDES A287G), мха фи- ния проблемы мы предлагаем нарушить экспрессию
скомитреллы (PpAOS2 F93L), спаржи (AoDES L98F) генов GAUT1 и GAUT7, чьи белковые продукты игра-
и др. с частичной или полной конверсией каталитиче- ют ведущую роль в синтезе пектиновых полимеров.
ской активности. Таким образом, полученные данные Нами получена трансгенная линия A. thaliana
указывают, что на изменение типа катализа в большей экотипа Columbia-0 с геном зеленого флуоресцент-
степени влияют замены в сайте «F/L toggle» и гидропе- ного белка (GFP), которая будет служить исходной
роксид-связывающем домене. линией для геномного редактирования. А также вы-
Работы по культивированию мха P. patens браны таргетные последовательности в геноме, к ко-
и его молекулярно-биологические исследования проводи- торым подобраны gRNA для сайт-направленного но-
лись при финансовой поддержке гранта МК-903.2020.4. каутирования целевых генов с использованием систе-
Изучение катализа мутантных форм проводилось мы CRISPR/Cas-9.
при финансовой поддержке гранта РНФ 20-14-00338.
Биоинформационный анализ ферментов CYP74 прово- ***
дился при финансовой поддержке государственного за-
дания Федерального исследовательского центра «Ка- МОЛЕКУЛЯРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ
занский научный центр Российской академии наук». ЦЕНТРОМЕРНОГО ХРОМАТИНА РЖИ
Е.О. Гришко, Е.В. Евтушенко
***
ФГБУН «Институт молекулярной и клеточной биологии» СО
РАН, 630090, Новосибирск, Россия; e-mail: gr33151@yandex.ru
СНИЖЕНИЕ АГРЕГАТИВНОСТИ
СУСПЕНЗИОННОЙ КЛЕТОЧНОЙ КУЛЬТУРЫ MOLECULAR ORGANIZATION OF RYE CENTROMERIC
ARABIDOPSIS THALIANA ЗА СЧЕТ НАРУШЕНИЯ CHROMATIN
ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ GAUT1 И GAUT7 E.O. Grishko, E.V. Evtushenko
Е.И. Григорьева , Ю.В. Сидорчук , Е.В. Дейнеко
1 2 2 Institute of molecular and cellular biology of the Siberian Branch of
the Russian Academy of Sciences (IMCB RAS), 630090,
1
ФГАОУ ВО «Новосибирский национальный исследовательский Novosibirsk, Russia; e-mail: gr33151@yandex.ru
государственный университет», 630090, Новосибирск, Россия;
2
ФГБУН «ФИЦ Институт цитологии и генетики» СО РАН,
Центромероспецифичный гистон H3 (CENH3)
630090, Новосибирск, Россия; e-mail: grigoreva.eln@mail.ru замещает канонический гистон H3, являясь универ-
сальным маркером центромеры на уровне нуклео-
REDUCTION OF AGGREGATION PROPERTIES
сом и хроматина. В большинстве диплоидных гено-
OF ARABIDOPSIS THALIANA’S SUSPENSION CELL
мов растений этот вариант гистона кодируется одним
CULTURES’ BY IMPAIRING EXPRESSION OF GAUT1
геном, включая виды, подвергшиеся полногеномной
AND GAUT7 GENES
дупликации в ходе эволюции. Тем не менее у ряда
E.I. Grigoryeva1, Yu.V. Sidorchuk2, E.V. Deineko2 диплоидных растений имеются два гена CENH3. Ге-
1
Novosibirsk State University, 630090, Novosibirsk, Russia; номы многих видов семейства Poaceae — пшеницы
2
Institute of Cytology and Genetics Siberian Branch of Russian Triticum urartu, ячменя Hordeum vulgare, ржи Secale ce-
Academy of Science, 630090, Novosibirsk, Russia; e-mail: reale, эгилопсов Aegilops tauschii, Aegilops speltoides, со-
grigoreva.eln@mail.ru держат два гена CENH3. Анализ данных секвенирова-
ния генома ржи подтвердил наличие генов-парало-
Растительные суспензионные клеточные культу- гов (αCENH3 и βCENH3) и дал возможность выяснить
ры обладают обширным рядом преимуществ, что де- молекулярную структуру геномного локуса CENH3.
лает их перспективными продуцентами рекомби- Непрямое иммуноокрашивание хромосом ржи сорта
нантных белков. Однако существенный их недоста- Империал с использованием антител, специфичных
ток — низкий выход целевого продукта. Причиной к αCENH3 и βCENH3, и последующая визуализация
этого, предположительно, является склонность рас- сигналов методами широкопольной и конфокальной
тительных клеток образовывать агрегаты. Поэтому микроскопии показали, что αCENH3 и βCENH3 ло-
снижение агрегативности суспензионных культур кализуются на центромерах интерфазных ядер и хро-
может привести к повышению их продуктивности. мосом на различных стадиях митоза. Таким образом,

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 23


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

обе копии CENH3 ржи, возникшие вследствие дупли- ВОВЛЕЧЕННОСТЬ ГЕНОВ MRAS И MIR135A2
кации, сохраняют свои первоначальные функции, В РАЗВИТИЕ ДЕПРЕССИВНОСТИ
а белки, кодируемые ими, включаются в центромеры.
Ю.Д. Давыдова, А.В. Казанцева, Р.Ф. Еникеева,
Исследования выполнены при финансовой поддерж-
Э.К. Хуснутдинова
ке Российского фонда фундаментальных исследований
(проект №20-04-00699а). Институт биохимии и генетики Уфимского федерального
исследовательского центра РАН, 450054, Уфа, Россия; e-mail:
julia.dmitrievna@list.ru
***
THE INVOLVEMENT OF MRAS AND MIR135A2 GENES
ОПТИМИЗАЦИЯ МЕТОДИКИ ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК IN DEPRESSION LEVEL
ИЗ ЛИСТЬЕВ ДУБА Yu.D. Davydova, A.V. Kazantseva, R.F. Enikeeva,
E.K. Khusnutdinova
О.Ю. Гусева, С.Г. Ржевский
Institute of Biochemistry and Genetics of the Ufa Federal Research
ФГБУ «Всероссийский НИИ лесной генетики, селекции и Centre of the Russian Academy of Sciences, 450054, Ufa, Russia;
биотехнологии», 394087, Воронеж, Россия; e-mail: ilgis@lesgen.vrn.ru e-mail: julia.dmitrievna@list.ru

OPTIMIZATION OF THE TECHNIQUE FOR DNA Для изучения основного эффекта полимор-
ISOLATION FROM OAK LEAVES фных локусов генов MR AS (rs9818870) и MI-
O.Yu. Guseva, S.G. Rzhevsky R135A2 (rs10459194), участвующих в микроРНК-о-
All-Russian Research institute of Forest Genetics, Breeding and посредованной регуляции экспрессии генов,
Biotechnology, 394087, Voronezh, Russia; e-mail: ilgis@lesgen.vrn.ru и ген-средовых взаимодействий в развитии депрес-
сивности у 1052 здоровых индивидов (80,23% жен-
В связи с проблемой усыхания дубрав, в данный щин, средний возраст 19,98±1,80 года) нами бы-
момент активно разрабатываются меры по восста- ло проведено определение уровня депрессивно-
новлению насаждений дуба. Сохранение желаемых сти по шкале депрессии Бека, генотипирование
хозяйственно-ценных признаков растения проис- полиморфных локусов (Real-Time PCR) и стати-
ходит только при вегетативном размножении, одна- стическая обработка данных (PLINK v.1.9). В ре-
ко традиционное черенкование дуба практически не- зультате линейного регрессионного анализа бы-
возможно уже в раннем возрасте. Во Всероссийском ла выявлена ассоциация аллеля rs10459194*C
НИИ лесной генетики, селекции и биотехнологии с повышенной депрессивностью в общей выборке
проводятся исследования по оптимизации клональ- (β=0,71, p=0,03). При анализе ген-средовых вза-
ного микроразмножения дуба черешчатого. Введение имодействий было установлено, что такие фак-
образцов в культуру in vitro сопровождается их гене- торы, как «число детей в семье» (β=1,69, p=0,03),
тической паспортизацией, что необходимо для даль- «порядок рождения» (β=1,12, p=0,02) и «недоно-
нейшей оценки устойчивости генотипа. шенность» (β=2,73, p=0,04) модулируют ассоциа-
Однако при работе с дубом возникают сложности цию аллеля rs10459194*C, тогда как «неполная се-
на стадии выделения ДНК, так как его листья богаты мья» (β=2,70, p=0,02) и «недоношенность» (β=4,29,
смолянистыми и дубильными веществами. Для работ p=0,01) — ассоциацию аллеля rs9818870*T с повы-
по генотипированию дуба была проведена оптимиза- шенным уровнем депрессивности. Таким образом,
ция методики выделения ДНК. В качестве основы ис- в работе продемонстрирована вовлеченность ге-
пользовалась методика c СTAB-буфером [1]. Установ- нов MRAS и MIR135A2 в развитие депрессивности
лено, что получить качественный препарат ДНК по- под действием особенностей пренатального раз-
могают следующие модификации: 1) использование вития и детско-родительских отношений, которые
как можно более молодых листьев; 2) гомогенизация могут выступать в качестве триггеров для измене-
малой навески листовой ткани (5—10 мг); 3) для гомо- ния эпигенетической регуляции.
генизации помимо 500 мл буфера выделения с СTAB
прибавляется равный объем 5% раствора поливинил- ***
пирролидона; 4) после гомогенизации образцы под-
вергаются более длительному инкубированию (50— ГЕНЕТИЧЕСКОЕ НАСЛЕДИЕ СКИФСКОЙ ЭПОХИ
60 мин при 60 °С). Данные меры позволяют добиться М.А. Джаубермезов1, 2, Н.В. Екомасова1, 2,
повышения выхода качественной ДНК для дальней- Л.Р. Габидуллина1, Э.К. Хуснутдинова1, 2
шего проведения молекулярно-генетических анализов.
Башкирский государственный университет, кафедра генетики и
1

фундаментальной медицины, 450076, Уфа, Россия;


ЛИТЕРАТУРА 2
Институт биохимии и генетики — обособленное структурное
1. Doyle JJ. A Rapid DNA Isolation Procedure for Small Quantities of Fresh подразделение ФГБНУ «Уфимский федеральный
Leaf Tissue. Phytochemistry Bull. 1987;19:11-15. исследовательский центр» РАН, 450054, Уфа, Россия; e-mail:
murat-kbr@mail.ru
***

24 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

SCYTHIAN ERA GENETIC HERITAGE стондеацетилазы HDAC1 возрастает через 1 ч после


M.A. Dzhaubermezov , N.V. Ekomasova ,
1, 2 1, 2 перерезки седалищного нерва (аксотомии), факто-
L.R. Gabidullina1, E.K. Khusnutdinova1, 2 ра транскрипции E2F1 — через 4 ч, проапоптоти-
Department of Genetics and Fundamental Medicine, Bashkir State
1
ческого белка р53 — через 24 ч. Вероятно, эти бел-
University, 450076, Ufa, Russia; ки готовят последующие изменения других белков
2
Institute of Biochemistry and Genetics — Subdivision of the Ufa и общую реакцию клеток DRG ганглиев на пере-
Federal Research Centre of Russian Academy of Sciences, 450054,
резку седалищного нерва. Через 7 сут повышается
Ufa, Russia
уровень маркеров дегенерации и регенерации аксо-
Скифы — древние кочевники евразийских степей на АРР и GAP-43. Ингибирование гистондеацети-
железного века (VIII век до н.э. — IV век н.э.). Модель лаз HDAC1 и HDAC2 вальпроатом натрия защища-
полиэтнического населения популяции скифов была ет глиальные клетки DRG ганглиев крыс от апопто-
поддержана в современных работах, посвященных ге- за, вызванного аксотомией. Инъекции вальпроата
нетической структуре данных исторических культур в течение 7 сут снижают уровень проапоптотических
(Unterlander и соавт., 2017; Damgaard и соавт., 2018). белков E2F1, p53 и caspase 3 в DRG крыс, а также на-
В ходе выполнения работы нами были отобраны копление АРР в нейронах, повышают уровень GAP-
костные останки (зубы) 9 индивидов из скифской 43 и предотвращают вызванное аксотомией сниже-
и сарматской культуры, была выделена ДНК и про- ние уровня ацетилирования гистонов H3 и H4, кото-
ведено полное секвенирование Y-хромосомы в 5 муж- рое может привести к снижению белкового синтеза
ских образцах. Было показано, что образцы ДНК в клетке. Метод двойной иммунофлуоресцентной ми-
из скифской и сарматской культуры принадлежали кроскопии показал, что перерезка седалищного нерва
к четырем различным гаплогруппам Y-хромосомы: вызывает транслокацию HDAC1 и белка р53 из ядра
Q1c-L332 (MJ-38), R1a1e-CTS1123 (LS-13), в цитоплазму в первые 24 ч после аксотомии. Таким
R1a-Z645 (MJ-39 и MJ-42), E2b1-PF6746 (MJ-40). образом, наши данные свидетельствуют о вовлечен-
Проведенный скрининг с использованием 2646 об- ности HDAC1 в вызванное аксотомией поврежде-
разцов из современных популяция Северной Евразии ние нейронов DRG и глиальных клеток, а ингиби-
показал, что гаплогруппа R1a1e-CTS1123 встречает- тор HDAC вальпроат натрия демонстрирует нейро-
ся только в субпопуляции казанских татар с часто- протективную активность в аксотомированных DRG.
той 1,9%; гаплогруппа E2b1-PF6746 была обнаружена Исследуемые белки могут служить в качестве по-
в популяцииях балкарцев (0,8%), кабардинцев (0,7%) тенциальных молекулярных мишеней при разработ-
и коми (4%); гаплогруппа Q1c-L332 не была нами об- ке нейропротективных фармакологических агентов.
наружена ни в одной из исследованных популяций. Работа выполнена при финансовой поддержке гран-
Исследование выполнено в рамках государственно- та Минобрнауки РФ №0852-2020-0028 и стипендии
го задания Министерства науки и высшего образования Президента Российской Федерации для молодых ученых.
РФ (FZWU-2020-0027).
***
***
ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК СЛЕДОВ
ЭКСПРЕССИЯ СИГНАЛЬНЫХ БЕЛКОВ ЕСТЕСТВЕННОГО ОТБОРА
И НЕЙРОПРОТЕКТИВНАЯ РОЛЬ ВАЛЬПРОАТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ СТАТИСТИКИ
НАТРИЯ В СПИННОМОЗГОВЫХ ГАНГЛИЯХ ПОПУЛЯЦИОННЫХ ВЕТВЕЙ
КРЫСЫ ПОСЛЕ ПЕРЕРЕЗКИ СЕДАЛИЩНОГО
И.А. Дубинкин1, 2, Г.В. Хворых1, А.В. Хрунин1
НЕРВА
1
ФГБУ «Институт молекулярной генетики» Национального
В.А. Дзреян, С.В. Родькин, М.А. Питинова исследовательского центра «Курчатовский институт», 123182,
Москва, Россия;
Южный федеральный университет, лаборатория молекулярной
нейробиологии, 344090, Ростов-на-Дону, Россия; e-mail:
2
ФГБОУ ВО «Российский химико-технологический университет
dzreyan2016@mail.ru им. Д.И. Менделеева», 125047, Москва, Россия

THE EXPRESSION OF SIGNALING PROTEINS GENOME-WIDE STUDY OF SIGNATURES OF NATURAL


AND PROTECTIVE ROLE OF SODIUM VALPROATE SELECTION USING POPULATION BRANCH STATISTIC
IN THE RAT DORSAL ROOT GANGLIA AFTER SCIATIC I.A. Dubinkin1, 2, G.V. Khvorykh1, A.V. Khrunin1
NERVE TRANSECTION 1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
V.A. Dzreyan, S.V. Rodkin, M.A. Pitinova «Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia;
Southern Federal University, Laboratory of Molecular Neurobiology,
2
D. Mendeleev University of Chemical Technology of Russia,
344090, Rostov-on-Don, Russia; e-mail: dzreyan2016@mail.ru 125047, Moscow, Russia

Иммуноблоттинг показал, что в аксотомирован- В работе осуществлен поиск следов естественного


ных ганглиях дорзальных корешков спинного моз- отбора в геномных данных популяций хантов, манси
га крысы (dorsal root ganglia — DRG) экспрессия ги- и ненцев. К исходным данным, представленным ком-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 25


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

бинациями аллельных вариантов однонуклеотидных Sp245 смежными хромосомными генами, задейство-


полиморфных локусов (ОНП), полученным с помо- ваны в механосенсинге и механотрансдукции. Были
щью ДНК-микрочипов Omni, была применена ста- получены производные штамма Sp245 и его Fla-Laf-
тистика популяционных ветвей (PBS). Она исполь- мутанта Sp245.1063 (flhB1::Omegon-Km) с увеличен-
зует попарные значения Fst между фокусной и двумя ной дозой HSHK—RR. Оказалось, что мутация в ге-
референсными популяциями, чтобы оценить степень не, кодирующем белок FlhB, или увеличение чис-
эволюционного своеобразия фокусной популяции. ла копий гена, кодирующего HSHK—RR, влияют
В качестве референсных популяций выступили евро- на подвижность и ультраструктуру клеток, динами-
пейцы и китайцы из проекта HapMаp. 50 ОНП с наи- ку изменения размера клеток и характера жгутико-
большим значением PBS были отобраны; гены, в кото- вания при смене механических свойств среды. Полу-
рых они расположены, приняты в качестве генов-кан- чены флуоресцентно-меченные производные иссле-
дидатов. Количество генов-кандидатов составило 22, дованных штаммов азоспирилл, подобраны условия
22, 25 для хантов, манси и ненцев соответственно. для исследования формирования и микроструктуры
При этом 17 из них были общими для всех трех попу- биопленок in planta.
ляций, а суммарное количество всех генов-кандида- Работа выполнена при финансовой поддержке РФ-
тов составило 32. Также, с целью включения в анализ ФИ (грант 20-04-00006_а).
протяженных участков повышенных значений PBS,
был проведен расчет методом скользящего среднего. ***
Анализ генов, содержащих ОНП из верхних 0,1 и 1%
распределения PBS, на сверхпредставленность в био- ИСПОЛЬЗОВАНИЕ В КОСМИЧЕСКОЙ
логических процессах выявил группы, связанные с ме- РАДИОБИОЛОГИИ ОДНОКЛЕТОЧНЫХ
таболизмом липидов, функционированием аппарата ЭУКАРИОТ В КАЧЕСТВЕ МОДЕЛЬНОГО
Гольджи и развитием речи. ОРГАНИЗМА
Исследование выполнено при финансовой поддерж- В.С. Елизарова1, Н.А. Бебякова1, Н.А. Колтовая2
ке РФФИ в рамках научного проекта №20-04-00824. 1
ФГБОУ ВО «Северный государственный медицинский
университет» Минздрава России, 163000, Архангельск, Россия;
***
Объединенный институт ядерных исследований, ЛРБ, 141980,
2

Дубна, Россия; e-mail: nika-elizarova@yandex.ru


ГЕНЕТИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ
МЕХАНОЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ АЛЬФА- USING SINGLE-CELLED EUCARYOTES AS A MODEL
ПРОТЕОБАКТЕРИЙ СО СМЕШАННЫМ ORGANISM IN SPACE RADIATION BIOLOGY
ЖГУТИКОВАНИЕМ AZOSPIRILLUM V.S. Elizarova1, N.A. Bebyakova1, N.А. Koltovaya2
BALDANIORUM 1
Northern State Medical University, 163000, Arkhangelsk, Russia;
2
Joint Institute for Nuclear Research, 141980, Dubna, Russia;
С.С. Евстигнеева, Е.М. Телешева, Д.И. Мокеев,
e-mail: nika-elizarova@yandex.ru
И.В. Борисов, Л.П. Петрова, А.В. Шелудько
В связи с длительными космическими экспеди-
Институт биохимии и физиологии растений и микроорганизмов
РАН, 410049, Саратов, Россия; e-mail: stels20295@yandex.ru
циями на Международную космическую станцию,
с появлением в ближайшем будущем пилотируе-
GENETIC ASPECTS OF MECHANOSENSITIVITY мых миссий на Луну и Марс возникает вопрос о ме-
IN THE ALPHAPROTEOBACTERIA WITH MIXED дицинской подготовке космонавтов. Установлено,
FLAGELLATION AZOSPIRILLUM BALDANIORUM что во время космических путешествий воздействие
S.S. Evstigneeva, E.M. Telesheva, D.I. Mokeev, I.V. Borisov, микрогравитации, радиации и стресса иного рода мо-
L.P. Petrova, A.V. Shelud’ko жет изменить микробиом и привести к нарушению
Institute of Biochemistry and Physiology of Plants and иммунорегуляторных механизмов человека. Поэтому
Microorganisms, Russian Academy of Sciences, 410049, Saratov,
необходимо проведение микробиологических иссле-
Russia; e-mail: stels20295@yandex.ru
дований на моделях для того, чтобы выявить степень
Стимулирующие рост растений бактерии Azospi- влияния космических факторов на микроорганизмы.
rillum baldaniorum Sp245 отвечают на смену плотности Было проведено исследование чувствительности ла-
среды изменениями характера жгутикования (син- бораторного штамма дрожжей к мутагенному дей-
тез полярного [Fla] или латеральных [Laf] жгутиков) ствию ускоренных ионов азота. Показано, что уско-
и образа жизни (образование колоний и биопленок). ренные ионы азота имеют более высокий биологиче-
Однако механизмы восприятия механических сигна- ский эффект по сравнению с редко ионизирующим
лов у азоспирилл изучены недостаточно. Целью ра- γ-излучением. Это касается как летального, так и му-
боты являлась проверка гипотезы о том, что предпо- тагенного эффектов. Относительная биологическая
лагаемая мультисенсорная гибридная гистидинки- эффективность летального действия — 3,5±0,7, мута-
наза — регулятор ответа (HSHK—RR) и компонент генного действия — 4,4±0,6. Секвенирование генома
FlhB системы сборки Fla, кодируемые A. baldaniorum показало, что подавляющую долю мутаций составля-

26 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ют однонуклеотидные делеции как в случае спонтан- АССОЦИАЦИЯ ГЕНОВ ФАКТОРОВ


ного возникновения, так и при облучении. Однако СВЕРТЫВАЕМОСТИ КРОВИ С ИШЕМИЧЕСКИМИ
с увеличением дозы облучения возрастает доля про- ИНСУЛЬТАМИ В УКРАИНЕ
тяженных делеций.
Я.С. Заплатников2, В.В. Башинская1,
***
Е.В. Мурланова1, В.В. Мосейко1, О.А. Загородня2,
Ю.Г. Борисович2, A.К. Коляда1
КРАТКАЯ ГЕНОМНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА 1
Молекулярно-диагностическая лаборатория ТОВ «Диаген»;
ВОЗБУДИТЕЛЯ ИНФЕКЦИОННОГО АБОРТА 2
УНЦ «Институт биологии и медицины» КНУ им. Т. Шевченко,
ПУШНЫХ ЖИВОТНЫХ Киев, Украина

С.С. Зайцев1, М.А. Хижнякова1, В.В. Евстифеев2, ASSOCIATION OF COAGULATION FACTORS GENES
Ф.М. Хусаинов2, Р.Х. Равилов3, Д.Д. Морозова3, POLYMORPHISMS WITH ISCHEMIC STROKE IN UKRAINE
В.А. Федорова1 Ya.S. Zaplatnikov2, V.V. Bashinskaya1, E.V. Murlanova1,
V.V. Moseiko1, O.A. Zagorodnya2, Yu.G. Borisovich2,
1
СарНИВИ-филиал ФГБНУ ФИЦВиМ, 410028, Саратов, Россия;
A.K. Koliada1
2
ФГБНУ «ФЦТРБ-ВНИВИ», 420075, Казань, Россия; 1
Molecular Diagnostic Laboratory LTD, «Diagen»;
3
ФГБОУ ВО Казанская ГАВМ, 420029, Казань, Россия; e-mail:
zaytsev-sergey@inbox.ru ESC «Institute of Biology and Medicine» of the Taras Shevchenko
2

National University, Kiev,Ukraine


BRIEF GENOMIC CHARACTERISTIC FOR INFECTIOUS
ABORTION AGENT OF FUR ANIMALS В данной работе проанализирована ассоциация
S.S. Zaytsev , M.A. Khizhnyakova , V.V. Evstifeev ,
1 1 2 полиморфных вариантов генов коагуляционных фак-
F.M. Khusainov2, R.Kh. Ravilov2, D.D. Morozova3, V.A. Feodorova1 торов (F2, F5, F7 и F13A1) с возникновением ишеми-
1
Federal Research Center for Virology and Microbiology, Branch in ческих инсультов у населения Украины.
Saratov, 410028, Saratov, Russia; Всего исследованы образцы крови 161 человека.
2
FSBSI «FCTRBS-ARRVI», 420075, Kazan, Russia; В том числе 73 неродственных пациентов с ишеми-
3
Kazan State Academy of Veterinary Medicine by N.E. Bauman, ческим атеротромботическим инсультом (37 муж-
420029, Kazan, Russia; e-mail: zaytsev-sergey@inbox.ru чин и 36 женщин, средний возраст 66,1±10,3 года)
Цель нашей работы — молекулярно-генетическая и 88 здоровых добровольцев (19 мужчин, 67 женщин,
характеристика и филогенетический анализ этиоло- средний возраст 64,4±11,6 года). Методами ПЦР в ре-
гического фактора хламидийной инфекции во время альном времени исследовали полиморфизмы генов
вспышки, зарегистрированной на территории зверо- F5 (rs6025), F7 (rs6046) и F13A1 (rs5985).
водческого хозяйства у пушных зверей. Биоматери- Результаты. Анализ частот генотипов в кон-
ал от абортировавших животных (лисицы) пассиро- трольной выборке исследуемой популяции выя-
вали на куриных эмбрионах с последующим полно- вил, что все изученные аллели распределены по за-
геномным секвенированием на платформах MinlON кону Харди—Вайнберга, за исключением полимор-
(Oxford Nanopore Technologies) и lllumina HiSeq 2500. физма в гене фактора V Лейдена (F5). Все частоты
В результате гибридной сборки был получен контиг генотипов, кроме F5, соответствуют европейско-
размером 1171449 bp, замкнутый в кольцевую хромо- му населению согласно базе данных 1000 Genomes.
сому и обладающий наибольшей гомологией с гено- Ассоциации и отношение шансов (OR) между ге-
мами штаммов Chlamydia psittaci Rostinovo-70, GR9, нами факторов свертываемости крови и ишемиче-
WS/RT/E30 и GIMC2004:CpsAP23, доступных в ба- скими инсультами рассчитывались с использова-
зе NCBl GenBank. Однако, в отличие от последних, нием полиномиальной логистической регрессии
анализируемый геном не содержал криптической (Mgl). Модель Mgl выявила статистически значи-
плазмиды. Выравнивание семи генов «домашнего хо- мую связь между полиморфизмами в генах факто-
зяйства» (gatA/oppA/hflX, gidA/enoA/hemN/fumC) с ре- ров свертывания крови и ишемическими инсульта-
ференсными последовательностями из базы данных ми: F5 rs6025 (OR=0,52, 95% CI 0,49—0,55; p=0,035),
PubMLST не выявило полиморфизма в указанных ло- F7 rs6046 (OR=0,92, 95% CI 0,97—0,87; p=0,049),
кусах при сопоставлении аллельного профиля. В ре- F13A1 rs5985 (OR=1,26, 95% CI 1,32—1,2; p=0,034).
зультате мы определили принадлежность изучаемого Анализ связи между негенетическими факторами
генома к клональному комплексу, соответствующему и заболеванием с использованием линейной ре-
28 сиквенс-типу (ST28). Таким образом, мы впервые грессии выявил значимую взаимосвязь между ише-
сообщаем о случае обнаружения C. psittaci у предста- мическими инсультами, злоупотреблением алкого-
вителей вида Vulpes vulpes с клиническими проявле- ля (OR=0,4, 95% CI 0,42—0,38; p=0,013) и курением
ниями генитальной хламидийной инфекции. (OR=0,37, 95% CI 0,39—0,35; p=0,0097).
Работа выполнена при поддержке проекта РНФ
№17-16-01099. ***
***

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 27


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ПРИМЕНЕНИЕ МАССОВОГО ПАРАЛЛЕЛЬНОГО дуемой группы и улучшения алгоритма поиска па-


СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ тогенных вариантов.
ЛЕКАРСТВЕННО-УСТОЙЧИВОЙ ЭПИЛЕПСИИ
У ДЕТЕЙ ***

А.С. Иванова1, Л.Н. Сивицкая1, О.Д. Левданский1, МОНИТОРИНГ АКТИВНОСТИ СИСТЕМЫ


С.Л. Куликова2 CRISPR/CAS13А МЕТОДОМ АТОМНО-СИЛОВОЙ
1
Институт генетики и цитологии НАН Беларуси, 220072, Минск, МИКРОСКОПИИ
Беларусь;
2
РНПЦ Неврологии и нейрохирургии, 220014, Минск, Беларусь; И.А. Иванова, Т.О. Плешакова, Ю.Д. Иванов
e-mail: a.s.ivanova97@gmail.com ФГБНУ «Научно-исследовательский институт биомедицинской
MASSIVE PARALLEL SEQUENCING FOR THE DIAGNOSIS химии им. В.Н. Ореховича», Москва, Россия; e-mail:
i.a.ivanova@bk.ru
OF DRUG-RESISTANT EPILEPSY IN CHILDREN
A.S. Ivanova1, L.N. Sivitskaya1, A.D. Liaudanski1, MONITORING SYSTEM ACTIVITY CRISPR / CAS13А
S.L. Kulikova2 BY ATOMIC-FORCE METHOD MICROSCOPIES
1
Institute of Genetics and Cytology of the National Academy of I.A. Ivanova, T.O. Pleshakova, Yu.D. Ivanov
Sciences of Belarus, 220072, Minsk, Belarus; Institute of Biomedical Chemistry (IBMC) Moscow, Russia; e-mail:
2
Republican Research and Clinical Center of Neurology and i.a.ivanova@bk.ru
Neurosurgery; 220014, Minsk, Belarus; e-mail: a.s.ivanova97@
gmail.com
Визуализация функционирующих систем с высо-
ким пространственно-временным разрешением яв-
Эпилепсия — распространенное неврологическое ляется важной целью структурной биологии и био-
заболевание, характеризующееся предрасположен- физики. Динамическое поведение белков может быть
ностью к возникновению эпилептических присту- изучено с помощью флуоресцентной микроскопии
пов. Наиболее высокая заболеваемость наблюдает- одиночных молекул и нанометрии оптических ло-
ся в детском возрасте, при этом примерно у 20—30% вушек, но сами молекулы белка при наблюдениях
детей эпилепсия протекает в лекарственно-устой- не видимы [1]. Исследования с использованием ме-
чивой форме. В таких случаях для подбора адекват- тода атомно-силовой микроскопии позволяют про-
ной терапии особую важность имеет уточненный водить визуализацию отдельных молекул как нукле-
диагноз, основанный на установлении конкретного иновых кислот, так и белков. Уже показана визуали-
генетического дефекта, который вызывает эпилепти- зация процесса расщепления ДНК, опосредованного
ческую активность. Cas9 [2]. АСМ данные предоставили сведения о функ-
Цель работы — проведение секвенирования кли- циях комплекса CRISPR-Cas9, включая сложную
нического экзома пациентов с лекарственно-устой- сборку, поиск целевой ДНК, расщепление цепи и вы-
чивой эпилепсией для обнаружения патогенных ва- пуск продукта, что существенно улучшило понима-
риантов, обусловливающих развитие этого заболе- ние механизма инструмента генетического редакти-
вания. рования [2].
Секвенирование клинического экзома прово- В нашей работе предложен подход для монито-
дилось с использованием панели генов TruSight One ринга активности в системе CRISPR-Cas13a на ос-
Sequencing Panel (Illumina Inc., США) на приборе нове измерений амплитуды флуктуаций высот мо-
NextSeq (Illumina Inc., США). лекулярного комплекса в процессе каталитического
На данный момент исследованы 11 пациентов цикла. Для реализации подхода предлагается схема,
в возрасте от 3 до 8 лет. В 4 (36,4%) случаях установ- включающая следующие этапы по визуализации: еди-
лена вероятная причина заболевания. Все верифи- ничной молекулы Cas13a; предварительно собранной
цированные варианты имеют статус de novo. Среди системы Cas13-РНК; процесса связывания Cas13-
них — однонуклеотидные варианты, приводящие РНК с целевой ДНК в отсутствии Mg 2+ (во избежа-
к замене аминокислотных остатков (в генах CACNA1A ние Mg2+-зависимого расщепления ДНК); процесса
и GABRA1) или к обрыву синтеза белка (STXBP1), расщепления целевой ДНК с помощью Cas13-РНК
а также делеция, ведущая к сдвигу рамки считыва- (инициация реакции путем добавления Mg2+).
ния (MECP2).
В 3 (27,3%) случаях предполагается возмож- ЛИТЕРАТУРА
ная причина, требующая верификации альтерна- 1. Uchihashi T, Kodera N, Ando T. Guide to video recording of structure dy-
тивным методом и проведения функционально- namics and dynamic processes of proteins by high-speed atomic force mi-
croscopy. Nat Protoc. 2012;7:1193-1206.
го анализа. 2. Shibata M, Nishimasu H, Kodera N, et al. Real-space and real-time dynam-
Таким образом, был подтвержден диагноз и най- ics of CRISPR-Cas9 visualized by high-speed atomic force microscopy. Nat
дена причина лекарственно-устойчивой эпилепсии Commun. 2017;8:1430.

в более чем 1/3 случаев. Считаем актуальным про-


***
должать исследование с целью расширения иссле-

28 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

АНАЛИЗ ТРАНСКРИПТОМА ПРОРОСТКОВ РОЛЬ Alu-ИНСЕРЦИЙ В ВЫЖИВАЕМОСТИ


ЧЕРНОБЫЛЬСКОГО ЭКОТИПА ARABIDOPSIS И ДОЛГОЛЕТИИ ЧЕЛОВЕКА
THALIANA ПОСЛЕ ВОЗДЕЙСТВИЯ УСЛОВИЙ
Д.Д. Каримов1 ,2, И.А. Туктарова1, Т.Р. Насибуллин1,
МОДЕЛИРУЕМОГО КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА
Я.Р. Тимашева1, В.В. Эрдман1
Е.А. Казакова1, М.С. Подлуцкий1, М.Ю. Подобед1, 1
Институт биохимии и генетики Уфимского федерального
Д.Д. Бабина1, В.О. Сабуров2, Е.И. Казаков2, исследовательского центра Российской академии наук, 450054,
И.В. Горбатова1, П.Ю. Волкова1 Уфа, Россия;
2
ФБУН УфНИИ медицины труда и экологии человека, 450106,
1
ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт
Уфа, Россия; e-mail: lich-tsar@mail.ru
радиологии и агроэкологии», 249032, Обнинск, Россия;
2
МРНЦ им. А.Ф. Цыба — филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» ROLE OF Alu-INSERTIONS IN HUMAN SURVIVAL
Минздрава России, 249031, Обнинск, Россия; e-mail: AND LONGEVITY
elisabethafeb19@gmail.com
D.D. Karimov1, 2, I.A. Tuktarova1, T.R. Nasibullin1, Ya.R.
THE TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF ARABIDOPSIS Timasheva1, V.V. Erdman1
THALIANA SEEDLINGS OF THE CHERNOBYL ECOTYPE Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Branch of the Russian
1

AFTER EXPOSURE TO SIMULATED SPACE FLIGHT Academy of Sciences, 450054, Ufa, Russia;
CONDITIONS 2
Ufa Research Institute of Occupational Health and Human
E.A. Kazakova , M.S. Podlutskii , M.Yu. Podobed ,
1 1 1 Ecology, 450106, Ufa, Russia, e-mail: lich-tsar@mail.ru
D.D. Babina1, V.O. Saburov2, E.I. Kazakov2,
Увеличение с возрастом нестабильности гено-
I.V. Gorbatova1, P.Yu. Volkova1
ма рассматривается в рамках изучения причин ста-
1
Russian Institute of Radiology and Agroecology, 249032, Obninsk,
Russia; рения организма. Одним из пусковых механизмов
2
A. Tsyb MRRC — branch of the National Medical Research такой нестабильности выступает активация Alu-
Radiological Center of the Ministry of Health of the Russian ретроэлементов (Alu-РЭ). С целью выявления роли
Federation, 249031, Obninsk, Russia; e-mail: elisabethafeb19@ Alu-РЭ в выживаемости и долголетии человека про-
gmail.com веден анализ ассоциаций с возрастом полиморфизма
Для освоения космического пространства и его ис- по типу инсерция-делеция в генах-кандидатах старе-
пользования в рамках межпланетных миссий важен ния и долголетия, участвующих в ключевых клеточ-
поиск возможностей увеличения устойчивости рас- ных процессах. Материалом для исследования по-
тений к условиям космоса. В рамках данного иссле- служили образцы ДНК, собранных у 2000 индиви-
дования предпринята попытка оценить возможность дов в возрасте от 1 до 113 лет, сохранных физически
увеличения стрессоустойчивости к моделируемым и принадлежащих к этнической группе татар. Резуль-
космическим условиям проростков A. thaliana, вырос- таты генотипирования 15 локусов анализировали
ших из семян растений, хронически облученных в зо- с помощью попарного сравнения в контрастных воз-
не отчуждения Чернобыльской АЭС. Для этого в де- растных группах, вероятность достижения возраста
кабре 2020 г. проростки A. thaliana Чернобыльского и выживаемость в старческой группе и среди долго-
экотипа и дикого типа Col-8 на 13-й день прорастания жителей оценивали путем построения логит-модели.
подвергали сочетанному действию излучения (прото- Установлено, что риск умереть в возрасте долголетия
ны с энергией 100 МэВ, суммарная поглощенная доза выше у носителей генотипа HECW1*I/D. Наиболее
для каждого образца 10 Гр) и моделируемой микрогра- выраженным протективным эффектом в отношении
витации (3D-клиностатирование, скорость вращения достижения возраста долголетия обладают генотипы
прибора 60 об/мин). Далее образцы растений немед- LAMA2*I/D, CDH4*D/D и аллель CDH4*D. Таким об-
ленно замораживали для дальнейшего анализа транс- разом, можно предположить, что гетерозиготное со-
криптома методом высокопроизводительного секве- стояние гена HECW1, участвующего в контроле кле-
нирования РНК на платформе Illumina NovaSeq 6000. точного цикла путем усиления проапоптотической
На настоящий момент образцы были успешно секве- активности белка р53, способствует повышению ве-
нированы, данные обработаны методами биоинфор- роятности смерти среди долгожителей ввиду эффек-
матики и определены дифференциально экспрессиру- та «дозы аллеля». Alu-делеция в генах белков клеточ-
ющиеся гены (log2FC>2, FDR adjusted p-value <0,05). ной адгезии может способствовать сохранению ста-
Результаты работы помогут выявить молекулярные бильности в системе межклеточных взаимодействий
пути, отвечающие на действие моделируемого косми- на поздних этапах онтогенеза и повышать шансы до-
ческого пространства, в проростках Чернобыльского стижения возраста долголетия.
экотипа A. thaliana и найти детерминанты радиоадап- Работа выполнена при поддержке мегагранта Пра-
тации для получения устойчивых к космическим ус- вительства Российской Федерации (№2020-220-08-
ловиям растений. 2197).
При поддержке гранта РНФ (проект №20-74-
00101). ***
***

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 29


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

СЕКВЕНИРОВАНИЕ ГЕНОВ 18S И 28S THE KNOCKOUT OF CELLOBIOGIDROLASE 1 GENE


РИБОСОМНОЙ РНК КАРЕЛЬСКОЙ БЕРЕЗЫ OF FILAMENTOUS FUNGUS PENICILLIUM
VERRUCULOSUM
П.С. Кирьянов V.Yu. Kislitsin, A.M. Chulkin, A.M. Rozhkova
ГНУ «Институт леса НАН Беларуси», 246050, Гомель, Беларусь; Research Center of Biotechnology RAS, 119071, Moscow, Russia;
e-mail: PKirjanov@yandex.ru e-mail: kislitsin.val@gmail.com
SEQUENCING OF 18S AND 28S GENES OF CURLY BIRCH Мицелиальный гриб Penicillium verruculosum яв-
RIBOSOMAL RNA ляется продуцентом гликозил-гидролаз, с преоблада-
P.S. Kiryanov нием в комплексе целлобиогидролазы (ЦБГ) I. С ис-
Forest research institute, 246050, Homel, Belarus; e-mail: пользованием сильного промотора гена cbh1 была
PKirjanov@yandex.ru разработана система для экспрессии рекомбинант-
ных белков. Однако ряд промышленных задач пред-
Гены рибосомной ДНК являются одним из наи- полагает создание реципиентного штамма, в котором,
более изученных участков генома у различных живых с одной стороны, будут использованы генетические
организмов. До настоящего времени изучение локу- элементы экспрессии гена cbh1, а с другой — будет
сов рДНК карельской березы, в качестве баркодин- элиминирована базовая активность ЦБГI.
гового маркера, было выполнена только на основа- Был проведен нокаут гена cbh1 в штамме P. verruc-
нии секвенирования внутренних транскрибируемых ulosum B1-221-6 (niaD+) методом CRISPR-Cas. Транс-
спейсеров и гена 5,8S РНК, составляющих менее 10% формация протопластов штамма 221-6 осуществля-
от размера всего повторяющегося мотива тандемных лась двумя плазмидами одновременно. Плазмида
повторов (О.Ю. Баранов, 2017 г.). 1 содержала ген нуклеазы Cas9 и ген направляющей
Таким образом, целью данной работы явилось РНК со спейсером на ген cbh1. Плазмида 2 несла по-
на основании данных высокопроизводительного секве- следовательность направляющей РНК со спейсером
нирования охарактеризовать структурную организацию на ген niaD для селекции трансформантов.
генов 18S и 28S рибосомной РНК карельской березы. После котрансформации из 8 колоний была вы-
Пробоподготовку образцов проводили по стан- делена геномная ДНК для амплификации фраг-
дартным методикам, используемым в отношении ментов генов cbh1 и niaD. У всех клонов в гене niaD
древесных растений. Высокопроизводительное секве- наблюдалась мутация в предполагаемом сайте.
нирование кДНК библиотек выполняли на базе Ion Ген cbh1 был амплифицирован в 3 колониях из 8.
PGM Torrent System (Thermo Fisher Scientific, США). Во всех вариантах амплификатов наблюдались му-
По результатам de novo сборки прочтений тации в заданной позиции.
для каждой из кДНК-библиотек было получено Трансформанты были ферментированы в колбах
от 28 до 32 тыс. последовательностей разной длины на стандартной ферментационной среде с 4% микро-
и уровня прочтения, в которых были идентифициро- кристаллической целлюлозы. Проведенные анализы
ваны транскрипты 18S и 28S РНК. Их консенсусные культуральной жидкости показали отсутствие белка
последовательности были задепонированы в между- ЦБГI. Однако авицелазная активность у большин-
народной базе данных GeneBank NCBI (номера за- ства клонов не уменьшилась, что вероятно связано
писей MT122805 (18S) и MT122799 (28S)). с увеличением содержания ЦБГII.
Ген 18S рРНК. Общий размер гена для карельской Таким образом, при применении адаптирован-
березы составил 1809 н.о. Долевое участие нуклеотид- ного метода CRISPR-Cas к редактированию генома
ных оснований (плюсовая цепь) составило: А — 24,8%, гриба P. verruculosum был получен штамм P. verruculo-
Ц — 22,2%, Г — 27,6%, Т — 25,5%, ГЦ — 49,8%. sum DniaDDcbh1, с одновременным нокаутом генов
Ген 28S рРНК. Общий размер гена для карельской niaD и cbh 1, кодирующих нитратредуктазу и ЦБГI
березы составил 3397 н.о. Долевое участие нуклеотид- соответственно.
ных оснований (плюсовая цепь) составило: А — 23,2%, Работа поддержана грантом РФФИ №18-29-07070.
Ц — 25,1%, Г — 31,9%, Т — 19,8%, ГЦ — 56,9%.
Исследование выполнено при поддержке гранта БР- ***
ФФИ Б20М-060.
ГЕНТИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ НЕСОВЕРШЕННОГО
*** ОСТЕОГЕНЕЗА У БЕЛОРУССКИХ ПАЦИЕНТОВ
НОКАУТ ГЕНА cbhI, КОДИРУЮЩЕГО Е.В. Кобец1, П.М. Морозик1, А.С. Почкайло2,
ЦЕЛЛОБИОГИДРОЛАЗУ I МИЦЕЛИАЛЬНОГО Э.В. Руденко2
ГРИБА PENICILLIUM VERRUCULOSUM 1
Институт генетики и цитологии НАН Беларуси, 220072, Минск,
В.Ю. Кислицин, А.М. Чулкин, А.М. Рожкова Беларусь;
2
Белорусская медицинская академия последипломного
ФИЦ Биотехнологии РАН, 119071, Москва, Россия; e-mail:
образования (БелМАПО), 220013, Минск, Беларусь
kislitsin.val@gmail.com

30 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

GENETIC MARKERS OF OSTEOGENESIS IMPERFECTA ESTIMATION OF THE INTRASPECIFIC VARIABILITY


IN BELARUSIAN PATIENTS IN AQUATIC ORGANISMS ACCORDING TO HIGH-
1
K.V. Kobets1, P.M. Marozik1, A.S. Pachkaila2, THROUGHPUT DNA SEQUENCING DATA: PRELIMINARY
E.V. Rudenka2 EXPERIMENTAL RESULTS
Institute of Genetics and Cytology of the National Academy of M.A. Koltsova1, S.V. Turanov2, 3
Sciences of Belarus, 220072, Minsk, Belarus; 1
Far Eastern Federal University, 690922, Vladivostok, Russia;
2
Belarusian Medical Academy of Postgraduate Education 2
A.V. Zhirmunsky National Scientific Center of Marine Biology, Far
(BelMAPO), 220013, Minsk, Belarus Eastern Branch, Russian Academy of Sciences, 690041,
Vladivostok, Russia;
Несовершенный остеогенез (НО) — это редкое
Far Eastern State Technical Fisheries University, 690087,
3
наследственное заболевание (1:10 000—20 000 чело- Vladivostok, Russia; e-mail: satinneck@gmail.com
век) соединительной ткани, которое проявляется на-
рушением минерализации, искривлением и укоро- ДНК из водной среды все чаще используется
чением костей. для мониторинга морских сообществ, имея в сравне-
Показано, что изменение в последовательности нии с традиционными методами ряд преимуществ,
кодирующей части генов COL1A1 и COL1A2 негативно обеспечивающих снижение затрат и повышенную чув-
сказывается на формировании четвертичной структу- ствительность. Метод перспективен для оценки вну-
ры коллагена, приводит к искажению структуры витков тривидовой изменчивости. Его также можно исполь-
альфа-спиралей или укорочению его фибрилл, ухуд- зовать для одновременного обнаружения множества
шая прочность и последующую минерализацию в со- таксонов. В данной работе с целью оценки внутриви-
ставе костной ткани, вследствие чего развивается НО. довой изменчивости гидробионтов на основе данных
Для определения патогенных мутаций генов высокопроизводительного секвенирования был по-
­COL1A1 и COL1A2 было проведено NGS 92 образ- ставлен эксперимент с привлечением ДНК из водной
цов пациентов с НО на кастомной панели. среды и проведено индивидуальное генотипирование
Всего в белок-кодирующей последовательности гидробионтов с использованием участка митохондри-
генов коллагена COL1A1 и COL1A2 выявлено 34 му- ального гена COI. Объекты исследования — три вида
тации у 58 пациентов. гидробионтов, собранных из двух точек зал. Петра Ве-
В последовательности гена COL1A1 выяв- ликого Японского моря: б. Восток (3 особи Hexagram-
лены: у 29 пациентов ранее описанные 16 мута- mos octogrammus, 8 Pholidapus dybowskii, 16 Pandalus lat-
ций (c.G4321C, c.3532-2T>C, c.G3505A, c.C3433T, irostris) и б. Витязь (4, 6 и 22 особи соответственно).
c.C3421T, c.3162delT, c.C2644T, c.1920dupC, c.G1588A, Гидробионты были рассажены в соответствии с ло-
c.1354-12 G>A, c.C1081T, c.G752T, c.750+1G>A, кальностью поимки в два отдельных аквариума объ-
c.C613G, c.386delC, c.370-1G>A) и у 12 пациентов емом 150 л. Взята проба воды (900 мл). Затем выпол-
9 ранее неописанных мутаций (c.G4123A, c.A4103G, нен сбор средовой ДНК от гидробионтов путем экс-
c.C3982A, c.2550delA, c.2238delT, c.2114delA, c.G868C, понирования их в отдельных аквариумах объемом
c.G662A, c.G3653A). 1,2 л. От каждого животного после усыпления брали
В белок-кодирующей последовательности ге- ткань для генетического анализа с последующим выде-
на COL1A2 выявлены: у 8 пациентов 4 описанных лением из нее тотальной ДНК. На ее основе проводи-
(c.G1478T, c.G1892A, c.G2314A, c.C2687T) и у 9 па- ли генотипирование образцов по фрагменту COI дли-
циентов 5 ранее неизвестных мутаций (c.1036-2A>G, ной 320 п.о. Последовательности вида H. octogrammus
c.G1856A, c.G2359A, c.G2387C, c.G2809T). содержали 3 гаплотипа в трех изменчивых сайтах. Ма-
трица последовательностей вида P. dybowskii содержала
*** один изменчивый сайт с двумя гаплотипами. У пред-
ставителей вида P. latirostris обнаружено два гаплоти-
ОЦЕНКА ВНУТРИВИДОВОЙ ИЗМЕНЧИВОСТИ па с одним изменчивым сайтом. Географическая ком-
ГИДРОБИОНТОВ ПО ДАННЫМ понента в распределении гаплотипов по выборкам
ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО присутствует у H. octogrammus и P. latirostris. На сле-
СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДНК ИЗ ВОДНОЙ СРЕДЫ: дующем этапе работы планируется выяснить, спосо-
ПРОМЕЖУТОЧНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ бен ли фрагмент COI длиной 320 п.о, давать адекват-
ЭКСПЕРИМЕНТА ные оценки внутривидовой изменчивости, сопостави-
М.А. Кольцова1, С.В. Туранов2, 3 мые с данными более длинного стандартизированного
участка 650 п.о.
1
Дальневосточный федеральный университет, 690922,
Владивосток, Россия;
Работа выполнена при поддержке гранта Прези-
2
ФГБУН «Национальный научный центр морской биологии им.
дента РФ (MK-305.2019.4).
А.В. Жирмунского» ДО РАН, 690041, Владивосток, Россия;
***
3
ФГБОУ ВО «Дальрыбвтуз», 690087, Владивосток, Россия;
e-mail: satinneck@gmail.com

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 31


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ Транзиторная трансформация целых растений та-


РАЗМНОЖЕННЫХ IN VITRO КЛОНОВ ТОПОЛЯ бака Nicotiana benthamiana с помощью Agrobacterium
БЕЛОГО (POPULUS ALBA L., 1753) tumefaciens методом агроинъекции в последние годы
приобрела большую популярность как способ полу-
А.М. Кондратьева, Т.А. Гродецкая, Т.П. Федулова
чения сложных гликозилированных белков. Одним
ФГБУ «Всероссийский научно-исследовательский институт из способов повышения эффективности продукции
лесной генетики, селекции и биотехнологии», 394087, Воронеж,
Россия; e-mail: kondratyeva_anya@mail.ru
целевого белка в растениях с использованием дан-
ного метода является оптимизация состава раствора
MOLECULAR GENETIC ANALYSIS OF IN VITRO для агроинфильтрации.
PROPAGATED POPLAR CLONES (POPULUS ALBA L., 1753) В настоящей работе изучали влияние некоторых
A.M. Kondratyeva, T.A. Grodetskaya, T.P. Fedulova химических добавок к среде для агроинфильтрации
All-Russian Research Institute of Forest Genetics, Breeding and на продукцию в N. benthamiana потенциального тера-
Biotechnology, 394087, Voronezh, Russia; e-mail: kondratyeva_ певтического иммуноцитокина (ИЦ) на основе ин-
anya@mail.ru
терферона-α2b человека и антитела против опухоле-
Выращивание растений in vitro имеет значительные вого антигена HER2.
преимущества перед традиционными методами и явля- Агробактерии A. tumefaciens, трансформирован-
ется перспективным для использования в лесовосста- ные плазмидами тяжелой и легкой цепей ИЦ, а также
новлении. Тополь белый (Populus alba L., 1753) является плазмидой с геном белка p19 из вируса карликовой
многообещающим древесными растениями, так как ха- кустистости томатов для подавления посттранскрип-
рактеризуется высоким регенерационным потенциа- ционного сайленсинга трансгена, вводили методом
лом. Объектом исследования являлись размноженные агроинъекции в листья N. benthamiana. Влияние хи-
in vitro клоны тополя белого, произрастающие в Семи- мических добавок к среде для агроинфильтрации:
лукском лесопитомнике ВНИИЛГИСбиотех. Анализ ацетосирингона, сурфактанта Pluronic F-68, липо-
образцов был проведен по девяти микросателлитным евой кислоты, аскорбиновой кислоты, повидона, —
локусам, на основании которого были составлены ге- на уровень продукции ИЦ исследовали методом ста-
нетические формулы и паспорта исследованных образ- тистического планирования эксперимента. Эффек-
цов. У одного из образцов выявлены три аллеля с моле- тивность продукции ИЦ определяли методом ИФА.
кулярной массой от 165 до 220 пар нуклеотидов в локусе Показано, что значимо повышали выход ИЦ
ORPM30, что может свидетельствовать о его трипло- ацетосирингон (600 мкМ) и сурфактант Pluronic
идной природе. Локусы PMGC2060 и WPMS5 у иссле- F-68 (0,2%), тогда как липоевая кислота (0—5 мкМ)
дованных образцов характеризуются одним аллелем и повидон (0—0,5 г/л) не оказывали значимого вли-
(140 и 310 пар нуклеотидов соответственно). Остальные яния на выход в данных диапазонах концентра-
изученные локусы показали наличие двух ПЦР-про- ций, а аскорбиновая кислота в концентрации 25 —
дуктов для каждого. Выявлено, что все исследованные 50 мМ значимо снижала выход. При использовании
образцы тополя белого характеризуются уникальны- полученного в результате работы состава раствора
ми генотипами. для агроинфильтрации выход ИЦ составил более
500 мкг/г, что является достаточным технологиче-
*** ским уровнем для практической продукции реком-
бинантных белков в растениях.
ИЗУЧЕНИЕ ВЛИЯНИЯ СОСТАВА РАСТВОРА Работа выполнялась в рамках программы исследо-
ДЛЯ АГРОИНФИЛЬТРАЦИИ НА УРОВЕНЬ ваний, запланированных в ФГБУ «НМИЦ онкологии им.
AGROBACTERIUM-ОПОСРЕДОВАННОЙ Н.Н. Блохина» Минздрава России (тема НИР: «Разра-
ТРАНЗИТОРНОЙ ЭКСПРЕССИИ ботка технологий дизайна, получения и применения пер-
ИММУНОЦИТОКИНА сонализированных противоопухолевых терапевтических
К.М. Коноплина, Е.Н. Кособокова, вакцин», рег. №АААА-А18-118032290146-5).
А.А. Мальченкова, В.С. Косоруков
***
ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России,
115478, Москва, Россия; e-mail: k.konoplina@ronc.ru
ПОЛУЧЕНИЕ КЛЕТОЧНОЙ ЛИНИИ
STUDY ON EFFECT OF AGROINFILTRATION SOLUTION С ИНАКТИВИРОВАННЫМ ГЕНОМ,
COMPOSITION ON THE LEVEL OF AGROBACTERIUM- КОДИРУЮЩИМ IP3R2-РЕЦЕПТОР ЧЕЛОВЕКА
MEDIATED TRANSIENT EXPRESSION OF AN
IMMUNOCYTOKINE
Е.Е. Копылова, Е.А. Соколова, Н.В. Кабанова,
О.А. Рогачевская, М.Ф. Быстрова
K.M. Konoplina, E.N. Kosobokova, A.A. Malchenkova,
V.S. Kosorukov ФГБУН ФИЦ ПНЦБИ ИБК РАН, 142290, Пущино, Россия;
e-mail: ikopylov76@gmail.com
N.N. Blokhin NMRCO, 115478, Moscow, Russia;
e-mail: k.konoplina@ronc.ru

32 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

GENERATION OF THE CELL LINE WITH INACTIVATED Сегодня, когда мир борется с COVID-19, пробле-
HUMAN IP3R2-RECEPTOR мы качества воздуха окружающей среды особенно ак-
E.E. Kopylova, E.A. Sokolova, N.V. Kabanova, туальны. Микрофлора воздуха закрытых помещений
O.A. Rogachevskay, M. F. Bystrova отличается от микрофлоры атмосферного воздуха,
Institute of Cell Biophisics of the Federal Research Center она богата различными микроорганизмами, в том чис-
«Pushchino Scientific Center for Biological Research RAS», 142290, ле многими условно-патогенными и патогенными.
Pushchino, Russia; e-mail: ikopylov76@gmail.com
Известно, что со времени открытия фитонцидов
Для редактирования гена, кодирующего IP3R2- Б. Токиным накоплен большой фактический мате-
рецептор, вовлеченный в сигнальные каскады, ис- риал об антимикробных и противовирусных веще-
пользовалась система CRISPR/Cas9. В ходе работы ствах высших растений.
была создана экспрессионная кассета, кодирующая Изучая пути оптимизации качества воздуха за-
элементы системы CRISPR/Cas9, для внесения дву- крытых помещений с помощью высших растений,
нитевых разрывов в локус IP3R2. Она конструирова- выяснили, что исследуемые комнатно-оранжерейные
лась на основе вектора pGuide‑it‑tdTomato, кодирую- растения (Chlorophytum comosum, Dracaena cinnabari,
щего sgRNA под управлением U6 промотора, нуклеазу Pelargōnium hortorum) характеризуются как неприхот-
Cas9 и красный флуоресцентный белок tdTomato. По- ливые и относительно засухоустойчивые. Анатоми-
лученной конструкцией трансфецировались клетки ли- ческое строение листьев доказывает, что структура
нии HEK293, по красной флуоресценции отбирались позволяет данным растениям адаптироваться к раз-
отдельные клетки, из которых селектировались кле- нообразным условиям существования (трихомы, вы-
точные моноклоны. Для выявления мутаций в индиви- росты-шипики, восковой налет, кутикула, «кранц-­
дуальных моноклонах был использован анализ, осно- анатомия» листа...). Исследования показали, что сре-
ванный на специфическом гидролизе in vitro амплифи- ди изучаемых растений, наибольшей фитонцидной
цированных фрагментов геномной ДНК, содержащих активностью обладают Chlorophytum comosum, летучие
выбранный протоспейсер, комплексом Cas9-sgRNA. выделения которого на 58,0% ингибируют развитие
Из 42 проанализированных рекомбинантных клеточ- микрофлоры воздуха, Dracaena cinnabari — на 50,0%
ных моноклонов в 9 было обнаружено наличие биал- и Pelargōnium hortorum — на 39,0%.
лельных мутаций IP3R2. Для идентификации клеток Качество воздуха исследуемого помещения со-
со значащими биаллельными мутациями были секве- гласно шкале А.И. Шафира (для летнего и зимне-
нированы клонотеки фрагментов геномной ДНК, со- го режимов) характеризуется как «чистый» воздух,
держащих предположительный сайт мутаций. Секве- что указывает на необходимость постоянного дей-
нирование индивидуальных ДНК‑клонов клонотек ствия факторов оздоровления воздушной среды.
выявило многообразные индели, образованные в про-
цессе репарации двухнитевых разрывов путем негомо- ***
логической рекомбинации ДНК-концов. В результате
работы мы получили три рекомбинантных клеточных МНОЖЕСТВЕННЫЕ ФОРМЫ ОКСИДОРЕДУКТАЗ
моноклона с различными биаллельными мутациями, СОИ КАК МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ
приводящими к смещению открытой рамки считыва- ТЕМПЕРАТУРНОГО СТРЕССА
ния IP3R2 на обоих аллелях и инактивации кодируе- В.А. Кузнецова1, К.С. Голохваст1, 2
мого им рецептора. Полученные моноклоны с инак- 1
Федеральный исследовательский центр «Всероссийский
тивированным IP3R2-рецептором используются в фи- институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова»,
зиологических экспериментах для выяснения его роли 190000, Санкт-Петербург, Россия;
в регуляции уровня внутриклеточного кальция. 2
ФГБУН «Сибирский федеральный научный центр
Работа поддержана грантом РНФ-18-14-00347. агробиотехнологий» РАН, 630501, Новосибирская область,
Новосибирский район, р.п. Краснообск, Россия; e-mail:
*** kuzvika3385@yandex.ru

MULTIPLE FORMS OF SOYBEAN OXIDOREDUCTASES AS


ОПТИМИЗАЦИЯ КАЧЕСТВА ВОЗДУХА ЗАКРЫТОГО MOLECULAR MARKERS OF TEMPERATURE STRESS
ПОМЕЩЕНИЯ ВЫСШИМИ РАСТЕНИЯМИ
V.A. Kuznetsova1, K.S. Golokhvast1, 2
Т.М. Косогова, М.С. Дзюба 1
Federal Research Center All-Russian «Institute of Plant Genetic
Resources named after N.I. Vavilov», 190000, St. Petersburg,
ГОУ ВО ЛНР «Луганский государственный педагогический Russia;
университет», 91011, Луганск; e-mail: inbotanlit87@list.ru 2
FSBSI «Siberian Federal Scientific Center of Agrobiotechnology» of
OPTIMIZATION OF INDOOR AIR QUALITY BY HIGHER the Russian Academy of Sciences, 630501, Novosibirsk region,
Novosibirsk region, working village Krasnoobsk, Russia; e-mail:
PLANTS
kuzvika3385@yandex.ru
T.M. Kosogova, M.S. Dzyuba
GOU VO LPR «Lugansk State Pedagogical University», 91011, Последние годы в России производству сои уде-
Lugansk; e-mail: inbotanlit87@list.ru ляется большое внимание. Во многих регионах стра-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 33


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ны наблюдаются температурные условия в период ве- ках. Мы исследовали изменения относительного ко-
гетации, поэтому очень важно создавать новые сорта личества копий митохондриальной ДНК (мтДНК)
сои, обладающие устойчивостью к воздействию тем- в цельной крови носителей мутации V617F.
пературного фактора. Гипо- и гипертермия приводит В исследовании принимали участие 45 носите-
к образованию активных форм кислорода (АФК), лей мутации и 66 здоровых людей. Для определения
что способствует развитию окислительного стресса аллельной нагрузки V617F был использован метод
в растениях сои. Антиоксидантными ферментами, пиросеквенирования. Относительное число копий
участвующими в регуляции АФК, являются оксидо- мтДНК оценивалось с помощью метода ПЦР в ре-
редуктазы. Изменение структуры этого класса энзи- альном времени.
мов приводит к появлению новых множественных Мы обнаружили, что носители мутации V617F
форм и, соответственно, новых признаков протека- имеют меньшее количество копий мтДНК в срав-
ния адаптации к температурным воздействиям. В ре- нении со здоровыми людьми (mean=11,8, medi-
зультате индукции стрессовых генов при акклимати- an=8 и mean=12,8, median=12 соответственно,
зации сои могут появиться новые формы оксидоре- p=0,02). Также было показано наличие отрицатель-
дуктаз, обладающие разной активностью, при этом ной корреляции между аллельной нагрузкой V617F
происходит активная перестройка генома. В резуль- и относительным числом копий мтДНК (p=0,001).
тате воздействия гипо- и гипертермии нами выявле- Таким образом, относительное число копий мтД-
ны 18 форм пероксидаз, 12 форм каталаз, 21 форма НК можно рассматривать в качестве потенциально-
супероксиддисмутаз и 19 форм полифенолоксидаз, го маркера при диагностике миелопролифератив-
что показывает способность оксидоредуктаз к высо- ных заболеваний.
кому полиморфизму и свидетельствует об адаптивной ***
реакции сои на температурный стресс. Полученный
высокий полиморфизм можно использовать для соз- ПОЛИМОРФИЗМ ГЕНА EDN1 И РЕЗЕВНЫЕ
дания новых продуктивных сортов сои, что позво- ВОЗМОЖНОСТИ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ
лит возделывать эту ценную культуру во многих ре- СИСТЕМЫ
гионах России.
С.Н. Левицкий, Н.А. Бебякова, Е.Л. Курочкина,
*** И.А. Шабалина, И.С. Радушин, Д.А. Вязникова
ФГБОУ ВО «Северный государственный медицинский
ВЗАИМОСВЯЗЬ ОТНОСИТЕЛЬНОГО ЧИСЛА университет (Архангельск)» Минздрава России, 163000,
КОПИЙ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК Архангельск, Россия; e-mail: sergeylevitski@yandex.ru
И АЛЛЕЛЬНОЙ НАГРУЗКИ V617F В ГЕНЕ JAK2 EDN1 GENE POLYMORPHISM AND CARDIOVASCULAR
Н.А. Кузуб1, В.В. Мосейко1, В.В. Смялковская1, 2, RESECTION CAPABILITIES
А.К. Коляда1 S.N. Levitsky, N.А. Bebyakova, E.L. Kurochkina,
I.A. Shabalina, I.S. Radusin, D.A. Vyaznikova
1
Лаборатория «Диаген», 08131, Софиевская Борщаговка,
Киевская область, Украина; Northern State Medical University (Arkhangelsk, Russia) Ministry of
Health of the Russian Federation, 163000, Arkhangelsk, Russia;
2
Киевский национальный университет им. Т. Шевченко, 03022,
e-mail: sergeylevitski@yandex.ru
Киев, Украина; e-mail: nataliiakuzub@gmail.com
Одним из самых изученных полиморфизмов ге-
RELATION BETWEEN RELATIVE MITOCHONDRIAL DNA на EDN1 является трансверсия G>T в 5665-м нукле-
COPY NUMBER AND V617F ALLELE LOAD IN THE JAK2 отиде, приводящая к замене Lys198Asn (rs5370). Име-
GENE
ются данные об ассоциации данного полиморфизма
N.O. Kuzub1, V.V. Moseyko1, V.V. Smialkovska1, 2, с уровнем вазоконстрикции и артериального давле-
O.K. Koliada1 ния, индексом массы тела у европейцев.
Laboratory «Diagen», 08131, Sofiivska Borschagivka, Kyiv region,
1
В результате молекулярно-генетического иссле-
Ukraine;
дования были выявлены все аллели и генотипы из­
Taras Shevchenko National University of Kyiv, 03022, Kyiv,
2

Ukraine; e-mail: nataliiakuzub@gmail.com учаемого полиморфизма. Преобладающим генотипом


явился генотип GG, а наиболее редким является ге-
Возникновение соматической мутации V617F в ге- нотип TT. Распределение генотипов соответствова-
не JAK2 является основной причиной развития ми- ло закону равновесия Харди—Вайнберга.
елопролиферативных заболеваний. В свою очередь, Было установлено, что наличие полиморфного
высокая аллельная нагрузка этой мутации связана генотипа Lys198Asn гена EDN1 в обследуемой попу-
с возникновением осложнений у пациентов и худ- ляции приводило к незначительному нарушению ба-
шим прогнозом лечения. Предыдущие исследования ланса вазоактивных эндотелиальных факторов в сто-
показали, что наличие V617F приводит одновременно рону увеличения концентрации EDN1. Однако нали-
к повышению уровня окислительного фосфорилиро- чие полиморфного генотипа Lys198Asn не оказывало
вания и уменьшения количества митохондрий в клет- существенного влияния на функционирование сер-

34 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

дечно-сосудистой системы и ее адаптационных воз- ***


можностей в популяции молодого населения Европей-
ского Севера. При этом наличие аллеля Т приводило ИЗУЧЕНИЕ ВЛИЯНИЯ МУТАЦИЙ В ГЕНЕ,
к увеличению количества обследуемых, у которых на- КОДИРУЮЩЕМ S-БЕЛОК SARS-COV-2,
блюдались напряжение работы сердечно-сосудистой НА СПЕКТР MHC I Т-КЛЕТОЧНЫХ ЭПИТОПОВ
системы и снижение ее функциональных резервов. У ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ CANIS LUPUS FAMILIARIS
Можно предположить, что ключевым механиз- М.С. Лаврухин1, А.М. Ляпина1, С.С. Зайцев1,
мом в аспекте влияния EDN1 на формирование пред- В.А. Федорова1
расположенности к сердечно-сосудистым нарушени- 1
СарНИВИ-филиал ФГБНУ ФИЦВиМ, 410028, Саратов, Россия;
ям является его взаимодействие с рецепторами, хо- e-mail: lyapina_anna@inbox.ru
тя эксперименты с блокадой EDN-рецепторов также
показали противоречивые результаты. STUDY OF THE INFLUENCE OF MUTATIONS
IN THE GENE ENCODING THE SARS-COV-2 S-PROTEIN
*** ON THE SPECTRUM OF MHC CLASS I T-CELL EPITOPES
IN REPRESENTATIVES OF CANIS LUPUS FAMILIARIS
ВАЛИДАЦИЯ ВИДОСПЕЦИФИЧНЫХ СИСТЕМ M.S. Lavrukhin1, A.M. Lyapina1, S.S. Zaytsev1,
ДЕТЕКЦИИ ФИТОПАТОГЕНОВ КАРТОФЕЛЯ V.A. Feodorova1
1
Federal Research Center for Virology and Microbiology, Branch in
А.А. Лукьянова1, 2, П.В. Евсеев1, К.А. Мирошников1 Saratov, 410028, Saratov, Russia
1
ФГБУ «Институт биоорганической химии им. академиков
М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова» РАН, 119234, Москва,
Цель данной работы — анализ влияния несино-
Россия; нимичных замен в нуклеотидной последовательности
2
МГУ им. М.В. Ломоносова, 119991, Москва, Россия; e-mail: S-белка SARS-CoV-2 на спектр T-клеточных эпито-
a.al.lukianova@gmail.com пов, имеющих сродство к молекулам MHC I класса
животных-компаньонов. Нами были проанализиро-
VALIDATION OF SPECIES-SPECIFIC DETECTION ASSAYS
ваны 9 аминокислотных последовательностей таргет-
OF POTATO PHYTOPATOGENS
ного белка, несущих разное число мутаций, по срав-
A.A. Lukianova1, P.V. Evseev2, K.A. Miroshnilov1 нению с референтной последовательностью штамма
1
Institute Shemyakin—Ovchinnikov Institute of bioorganic hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019 из базы данных GisAid
chemistry, Russian Academy of Sciences, 119234, Moscow, Russia;
(Асс. ID: EPI_ISL_402124). Для всех последователь-
2
Lomonosov Moscow State University, 119991, Moscow, Russia;
e-mail: a.al.lukianova@gmail.com ностей с помощью биоинформатических подходов
были предсказаны T-клеточные эпитопы с высоким
Pectobacteriaceae — семейство фитопатогенных (percentile rank ≤1,0) сродством к продуктам 3 аллелей
бактерий, способных поражать широкий спектр хо- генов MHC класса I вида Canis lupus familiaris (DLA-
зяев. В частности, ряд представителей этой группы 88), от 195 до 199 потенциальных эпитопа для каждо-
способны инфицировать клубни и сосудистую систе- го варианта белка. Нами установлено, что появление
му картофеля, являясь возбудителями мягкой гнили несинонимичных замен в выбранных штаммах прак-
и черной ножки. Требуется разработка современных тически не влияло ни на количество потенциальных
методов контроля этих болезней, которые вызывают иммунодоминантных эпитопов S-белка, ни на про-
существенные потери урожая. В частности, необхо- цент перекрытия исследуемых аллелей. В то же время
дима возможность быстрой видоспецифичной детек- было отмечено, что замены приводили к появлению
ции патогена как для оценки заражения партий се- новых уникальных эпитопов по сравнению с пред-
менного картофеля, так и для подбора методов про- сказанными для референтного штамма. Максималь-
филактики распространения заражения, в частности, ное число новых пептидов коррелировало с макси-
при использовании фаготерапии. мальным числом несинонимичных замен в нуклео-
Цель данной работы — разработка нового ме- тидной последовательности: в последовательности
тода детекции на основе ПЦР в реальном времени с 4 заменами было определено 13 новых эпитопов,
для идентификации видов Pectobacterium в соответ- один из которых перекрывал все 3 исследуемые ал-
ствии с современной таксономией. Для этого был ис- лели. Нами показано, что мутации могут приводить
пользован алгоритм поиска локальных гомологий, к возникновению более иммуногенных вариантов
позволивший найти уникальные участки в геномах спайк-белка и, соответственно, более эффективно-
P. parmentieri, P. atrosepticum, P. brasiliense и P. versatile. му иммунному ответу, элиминирующему вирус из ма-
Для выделенных уникальных участков диагностики кроорганизма.
на наборе из 109 штаммов для каждой тест-системы Исследование выполнено при финансовой поддержке
была доказана специфичность, возможность прово- РФФИ в рамках научного проекта №20-04-60349 «Ви-
дить детекцию непосредственно в растительных об- русы».
разцах, а также высокая эффективность (>90%) и чув-
ствительность реакции (102—103 копий/мл). ***

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 35


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

IN SILICO АНАЛИЗ НЕКОТОРЫХ SSR-МАРКЕРОВ РАЗРАБОТКА МИКРОССАТЕЛИТНЫХ МАКЕРОВ


СПЕЦИФИЧНЫХ ПО ХРОМОСОМЕ 6 ОТ ВИДА ДЛЯ ПОПУЛЯЦИОННОГО АНАЛИЗА
ХЛОПЧАТНИКА G. BARBADENSE L. FRAGILARIA RADIANS
А.Х. Макамов1, Ш.С. Абдукаримов1, А.М. Марченков, Н.А. Волокитина, А.А. Морозов
Ш.У. Бобохужаев2, М.Ф. Санамьян2, З.Т. Буриев1 Лимнологический институт СО РАН, 664033, Иркутск, Россия;
1
Центр Геномики и биоинформатики АН РУз, 111215, e-mail: marchenkov.am@gmail.com
Ташкентская область, Узбекистан;
DEVELOPMENT OF FRAGILARIA RADIANS-SPECIFIC
2
Национальный Университет Узбекистан им. М. Улугбек,
100174, Ташкент, Узбекистан; e-mail: amakamov@gmail.com MICROSATELLITE MARKERS FOR THE POPULATION
GENETIC ANALYSIS
Ключевые слова: хлопчатник, in silico PCR, BLAST, маркер SSR,
геном, ген, белок. A.M. Marchenkov, N.A. Volokitina, A.A. Morozov
Limnological Institute, Siberian Branch of the Russian Academy of
IN SILICO ANALYSIS OF SOME SSR-MARKERS SPECIFIC Sciences, 66403, Irkutsk, Russia; e-mail: marchenkov.am@gmail.
FOR CHROMOSOME 6 FROM COTTON SPECIES com
G. BARBADENSE L. Fragilaria radians является одним из доминирую-
A.Kh. Makamov1, Sh.S. Abdukarimov1, щих видов в составе фитопланктона оз. Байкал. В на-
Sh.U. Bobokhuzhaev2, M.F. Sanamyan2, Z.T. Buriev1 стоящее время популяционная структура вида F. ra-
1
Center of Genomics and Bioinformatics of the Academy of dians в оз. Байкал не исследована. Ранее нами бы-
Sciences the Republic of Uzbekistan, Uzbekistan, 111215, Tashkent ли получены данные о невозможности использовать
region, Uzbekistan;
маркерные гены 18S рРНК, rbcL и ITS для исследо-
2
National University of Uzbekistan named after M. Ulugbek,
100174, Tashkent, Uzbekistan; e-mail: amakamov@gmail.com
вания популяции F. radians.
Цель работы — выбор и тестирование микроса-
Описаны результаты in silico анализа маркера SSR теллитных маркеров для возможного дальнейшего
TMB1538, который подтвердил наличие замещен- их использования в исследовании популяции F. ra-
ной хромосомы 6 в моносомных растениях поколений dians обитающих в оз. Байкале.
F1 и BC1F1, полученных межвидовой гибридизацией Микросателлитные маркеры были выбраны с по-
(Mo34 x Pima3-79, Mo92 x Pima 3-79). Длина амплифи- мощью QDD Pipeline (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.
цированного маркера TMB1538 составляет 198 пар ос- gov/24785154/). Из результатов анализа были удале-
нования. Для идентификации генов и белков во флан- ны пары праймеров, способные садиться на более
кирующей области этого маркера 50 000 нуклеотидов чем один геномный локус, а также пары, предска-
были добавлены с обеих сторон маркера TMB1538 с ис- занные из низкокачественных контигов. Оконча-
пользованием программы UGENE 1.21.0. Всего в разде- тельный набор состоял из 20 203 пар на 1930 локусов.
ле поиска веб-приложения AUGUSTUS было помеще- Праймеры выбирали на микросателлитные локу-
но 100 198 нуклеотидных последовательностей и были сы имеющие повторы от 2 до 5 нуклеотидов, а дли-
идентифицированы приблизительные белки. на локусов составляла от 450 до 1500 п.н. Таким об-
Полученные результаты идентифицировали 18 ге- разом, было выбрано 16 пар праймеров, из которых
нов и 20 транскриптов в этой области. Семейство ге- успешно амплифицировалось 9.
нов PUB, ответственных за синтез белка, содержаще- Нами были использованы четыре моноклональ-
го U-бокс-домен, было идентифицировано в обла- ных культуры F. radians выделенных из трех котло-
сти из 1056 пар нуклеотидов. Эти гены положительно вин оз. Байкала (южной, средней и северной). Один
влияют на различные абиотические стрессы (засоле- из 9 протестированных оказался вариабельным и по-
ние, засуха, жара и холод) хлопчатника. На 6-й хро- казал, что штамм, отобранный из северной котлови-
мосоме хлопчатника вида G. barbadense L. обнаруже- ны оз. Байкал, отличается от штаммов южной и сред-
ны 7 представителей этого семейства генов (от GbPU- ней котловин. Поскольку тестирование проводилось
B39A до GbPUB45A) (H. Lu и соавт., 2020). лишь только на четырех моноклонах и использовали
Кроме того, в 708 нуклеотидной паре был обнару- только один вариабельный локус, то при масштаби-
жен белок, подобный At5g43190, F-бокс/келч-повтор. ровании с большей выборкой и при увеличении ко-
Этот белок участвует в росте и развитии растений личества локусов количество популяции может уве-
во время вегетативных и репродуктивных процес- личиться.
сов. Белок синтезируется семейством генов F-бокса.
У хлопчатника эти гены обнаружены S. Zhang и со- ***
авт. (2019).

***

36 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

СКРИНИНГ ВАРИАНТА с.3700_3704DELGTAAA полнена при финансовой поддержке грантов РФФИ


В ГЕНЕ BRCA1 №182909129 «Спектр и частота патогенных мута-
ций в генах, ассоциированных с наследственным раком
Э.Т. Мингажева1, 2, Э.Ф. Муллагалеева1,
яичников у женщин разного этнического происхожде-
Я.В. Валова1, 3, Д.С. Прокофьева1, А.Х. Нургалиева1,
ния»; №20-34-90003 «Анализ новых генов-кандидатов
Р.Р. Фаисханова4, Э.К. Хуснутдинова1, 2
развития рака яичников у женщин из Республики Баш-
Башкирский государственный университет, кафедра генетики и
1
кортостан. Аспиранты».
фундаментальной медицины, 450076, Уфа, Россия;
2
Институт биохимии и генетики — обособленное структурное ***
подразделение ФГБУН «Уфимский федеральный
исследовательский центр» РАН, 450054, Уфа, Россия;
РАЗНЫЕ УРОВНИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ PR-
3
ФБУН «Уфимский НИИ медицины труда и экологии человека»,
450106, Уфа, Россия; БЕЛКОВ ПОД ВЛИЯНИЕМ БИОТИЧЕСКИХ
4
ГБУЗ «Республиканский клинический онкологический ФАКТОРОВ В ЛИСТЬЯХ ВИНОГРАДА
диспансер», 450054, Уфа, Россия; е-mail: elvira.f91@mail.ru
А.Е. Мишко, М.А. Сундырева, Е.О. Луцкий
SCREENING OF THE c.3700_3704DELGTAAA VARIANT ФГБНУ Северо-Кавказский федеральный научный центр
IN THE BRCA1 GENE садоводства, виноградарства, виноделия, 350901, Краснодар,
Россия; e-mail: mishko-alisa@mail.ru
E.T. Mingazheva1, 2, E.F. Mullagaleeva1, Ya.V. Valova1, 3,
D.S. Prokofieva1, A.Kh. Nurgaleeva1, R.R. Faiskhanova4, DIFFERENT LEVELS OF PR-PROTEIN GENES EXPRESSION
E.K. Khusnutdinova1, 2 IN GRAPE LEAVES CAUSED BY BIOTIC FACTORS
Bashkir State University, Department of Genetics and Fundamental
1

Medicine, 450076, Ufa, Russia;


A.E. Mishko, M.A. Sundyreva, E.O. Lutskiy
North Caucasian Federal Scientific Center of Horticulture,
Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Federal Research
2
Viticulture, Wine-making, 350901, Krasnodar, Russia; e-mail:
Center of the Russian Academy of Sciences, 450054, Ufa, Russia;
mishko-alisa@mail.ru
Federal Institution of Science «Ufa Research Institute of
3

Occupational Health and Human Ecology», 450106, Ufa, Russia Синтез PR-белков является одним из механиз-
4
State Autonomous Institution of Health Republican Clinical мов системной приобретенной устойчивости расте-
Oncology Center of the Ministry of Health of the Republic of
ний, направленной на подавление негативного воздей-
Bashkortostan, 450054, Ufa, Russia; е-mail: elvira.f91@mail.ru
ствия фитопатогенов. У винограда выделяют несколь-
Рак яичников (РЯ) является одним из наиболее ча- ко семейств PR-белков, отвечающих за различные пути
сто встречающихся и агрессивных гинекологических сдерживания заболеваний. В настоящей работе были
опухолей у женщин. Данная патология имеет много- исследованы уровни экспрессии генов трех семейств
факторный характер. Одним из важных факторов ри- PR-белков — PR2 (бета-1,3-глюканазы), PR3 (хити-
ска РЯ выступает наследственная предрасположен- назы), PR10 (подобные рибонуклеазам) — в листьях
ность. В первую очередь, развитие РЯ связывают с му- двух сортов винограда в ответ на биотический стресс.
тациями в высокопенетрантных генах BRCA1 и BRCA2. В качестве стрессоров использовали споры патоген-
Цель данной работы — поиск варианта ного гриба Plasmopara viticola (милдью) и клеточную
с.3700_3704delGTAAA (p.Val1234GlnfsTer8) в гене суспензию естественного симбионта винограда Sac-
BRCA1, ранее обнаруженный нами в результате тар- charomyces cerevisiae (винные дрожжи). Были выбраны
гетного секвенирования образцов ДНК больных на- высокоустойчивый к милдью сорт «Восторг» и воспри-
следственным РЯ. Материалом для исследования по- имчивый сорт «Мускат белый». Полученные результа-
служили образцы ДНК 264 больных РЯ и 332 здоро- ты показали, что в целом экспрессия исследуемых ге-
вых индивидов. Поиск варианта проводили методом нов PR-белков была выше у высокоустойчивого со-
анализа кривых плавления с высокой разрешающей рта «Восторг» по сравнению с сортом «Мускат белый».
способностью (HRM). Максимальные значения были выявлены у «Востор-
В результате скрининга нами была обна- га» на 2-е сутки после инфицирования патогеном. Экс-
ружена только одна носительница варианта прессия генов белков семейства PR10 у «Муската бело-
с.3700_3704delGTAAA/BRCA1 в группе больных РЯ го» снижалась при заражении. После обработки листьев
1/264 (0,4%). По этнической принадлежности паци- симбионтами S. cerevisiae уровень экспрессии генов
ентка русская. У данной женщины в пременопаузе белков PR2 и PR3 увеличился относительно контроля
диагностирована билатеральная серозная аденокар- на 2-е сутки у двух сортов винограда, а показатели син-
цинома высокой степени злокачественности. теза PR10-белков существенно не изменились. Таким
Таким образом, наши данные указывают на низкую образом, в листьях высокоустойчивого сорта «Восторг»
частоту встречаемости варианта с.3700_3704delGTAAA/ наблюдали более интенсивную активацию иммунных
BRCA1 среди больных РЯ из Республики Башкорто- процессов при воздействии биотических стрессоров,
стан. в отличие от восприимчивого сорта «Мускат белый».
Исследование поддержано программой разви-
тия биоресурсных коллекций ФАНО. Работа вы- ***

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 37


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

PR-9 БЕЛКИ PINUS SYLVESTRIS: СТРУКТУРНО- ELUSIVE BACTERIAL CONTAMINATION IN DIATOM


ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ CULTURES
A.A. Morozov1, Yu.P. Galachyants1, A.M. Marchenkov1,
Л.В. Можаровская Yu.R. Zakharova1
Институт леса НАН Беларуси, 246050, Гомель, Беларусь; e-mail: Limnological Institute Siberian Branch of the Russian Academy
milamozh@yandex.ru of Sciences, Irkutsk, Russia; e-mail: morozov@lin.irk.ru

STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF PINUS Ранее мы опубликовали геномную сборку для ди-
SYLVESTRIS PR-9 PROTEINS атомеи Fragilaria radians, собранную из библиотек
L.V. Mozharovskaya с разных секвенаторов (454 Roche и Illumina). Кон-
Forest Institute of the NAS of Belarus, 246050, Gomel, Belarus; троль чистоты использованных аксеничных куль-
e-mail: milamozh@yandex.ru тур проводился эпифлуоресцентной микроскопией
с окраской DAPI. Тем не менее анализ сборки F. ra-
Среди белков, ассоциированных с патогенезом, dians Vancaester и соавт. показал, что значительная
к PR-9 относятся пероксидазы III класса. Целью ис- доля последовательностей в опубликованной сборке
следования являлось изучение особенностей струк- принадлежит Sphingomonas sp. и, скорее всего, свиде-
турно-функциональной организации PR-9 белков тельствует о контаминации культуры этой бактерией.
P. sylvestris, в том числе, в присутствии инвазии Fusar- Анализ исходных данных позволил выделить
ium spp. В условиях опыта (при сохранении контро- контаминированные библиотеки, а также обнару-
ля) проводилось заражение Fusarium sp. проростков жить контаминацию метабаркодинговым амплико-
P. sylvestris. Ткани корня и гипокотиля использовали ном в одной из библиотек, не содержащих геном-
для получения препаратов мРНК, NGS транскрипто- ной ДНК Sphingomonas. Был проведен метабаркодинг
мов выполняли на базе Ion Torrent. имеющейся в лаборатории живой культуры и пока-
Для транслируемого наиболее представлен- зано, что она тоже контаминирована.
ного PR-9 транскрипта контрольного варианта Если рассмотреть результаты хронологически,
в NCBI максимальный уровень гомологии: 79,6% то из одной и той же культуры сначала были полу-
с PRX09 Ginkgo biloba и 77,6% с PX18 Picea abies. Из­ чены контаминированные библиотеки, затем не-
учена структурная организация белка: наличие 8 кон- контаминированные, а затем контаминация была
сервативных Cys-остатков, Pro-мотив PXPX пред- обнаружена снова. В течение всего этого времени
ставлен P147-A-P-T150. 3D-модель: 13 α-спиралей, фор- эпифлуоресцентная микроскопия не обнаруживала
мирующих дистальный (α1-α5) и проксимальный присутствия бактерий. Культура не подвергалась до-
(α6,7, α10-α13) Ca2+-связывающие домены и 2 анти- полнительной аксенизации, что объяснило бы выми-
параллельных β-цепи (Β-домен с α8 и α9). Предска- рание контаминанта; кроме того, неочевидно, поче-
заны Ca2+- и гем-связывающие сайты. Отмечены из- му в гипотетической вторичной контаминации уча-
менения в гидрофобности в субстрат-связывающих ствует та же бактерия, что и в первичной. По нашей
областях, что может влиять на сродство к субстрату. рабочей гипотезе, большую часть времени бактерии
В условиях инфицирования PR-9 локусы отлича- существуют в культуре в настолько низкой числен-
лись по структурной организации от описанного вы- ности, что это не детектируется микроскопически-
ше транскрипта. Наиболее представленный транс- ми методами. При определенной комбинации усло-
крипт гомологичен на 85% с PX3 P. abies. 3D модель: вий бактерии размножаются до детектируемой моле-
13 α-спиралей и 2 β-цепи, но вместо дистального кулярно-генетическими методами (но все еще очень
Ca2+- — Na+-связывающий домен. Присутствие сай- низкой) численности.
тов связывания Ca2+ и Na+, вероятно, регулирует ка-
талитическую активность фермента. Сайт связывания ***
гема в качестве субстрата принимает IAA, для кото-
рой описано участие в защите растений от патогенов. ПОЛОВЫЕ РАЗЛИЧИЯ В СОСТАВЕ
Исследование выполнено при финансовой поддерж- МИКРОБИОТЫ КИШЕЧНИКА ЧЕЛОВЕКА
ке БРФФИ (проект №Б20М-015). НА УРОВНЕ ТИПОВ
В.В. Мосейко1, 2, А.К. Коляда1, 2, Н.А. Кузуб1, 2,
***
М.С. Романенко1, 3, А.М. Вайсерман1
СЛОЖНО ДЕТЕКТИРУЕМАЯ БАКТЕРИАЛЬНАЯ
1
ГУ «Институт геронтологии им. Д.Ф. Чеботарева НАМН
Украины», Киев, Украина;
КОНТАМИНАЦИЯ В КУЛЬТУРАХ ДИАТОМЕЙ 2
Генетическая лаборатория, ООО «Diagen», Киев, Украина;
А.А. Морозов1, Ю.П. Галачьянц1, А.М. Марченков1, 3
Национальная медицинская академия последипломного
Ю.Р. Захарова1 образования им. П.Л. Шупика, Киев, Украина; e-mail:
moseykovlad@gmail.com
ФГБУН «Лимнологический институт» СО РАН, 664033,
1

Иркутск, Россия; e-mail: morozov@lin.irk.ru

38 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

SEX DIFFERENCES IN THE PHYLUM-LEVEL HUMAN GUT маркеров, являются ферменты, которые присутству-
MICROBIOTA COMPOSITION ют в клетках в виде множественных форм. Именно
V.V. Moseiko1, 2, O.K. Kolyada1, 2, N.O. Kuzub1, 2, они создают пластичность биохимических процес-
M.S. Romanenko1, 3, O.M. Vaiserman1 сов организма к условиям среды.
1
D.F. Chebotarev State Institute of Gerontology, Kyiv, Ukraine; Важная роль принадлежит малатдегидрогена-
2
Genetic Laboratory, Ltd. «Diagen», Kyiv, Ukraine; зе, функционирующей на последней стадии цик-
3
P.L. Shupyk National Medical Academy of Postgraduate Education, ла Кребса.
Kyiv, Ukraine; e-mail: moseykovlad@gmail.com ФГНБУ ФНЦ ВНИИ сои (Благовещенск) со-
здана большая коллекция сортов сои. При выращи-
Исследовались половые различия в составе ми- вании коллекции семян новых сортов сои (МК-100,
кробиоты кишечника у взрослого населения Укра- Нега-1, Грация, Персона) (Glycine max (L.) Merrill)
ины. Образцы кала были взяты у участников ис- в оптимальных условиях, выявлена высокая гетеро-
следования в период с 17 марта 2017 г. по 9 декабря генность малатдегидрогеназы: от 5 форм (Персона)
2020 г. у 2301 человека (1515 женщин; 786 мужчин). до 8 форм (Грация).
Каждый из участников исследования подписал Выращивание в условиях водного стресса, вы-
форму информированного согласия перед включени- званного неоднократным затоплением почвы на от-
ем в исследование. Критериями исключения из про- носительно продолжительное время в течение ве-
токола исследования были: а) проблемы со здоро- гетации, привело к снижению количества множе-
вьем, включая текущие инфекционные заболевания ственных форм (1—3 формы), что свидетельствует
или рак, когнитивные нарушения, диабет 1-го типа о снижении энергетического обмена.
или неадекватно контролируемый диабет 2-го типа; Таким образом, изучение множественных форм
б) текущее потребление пребиотиков, пробиотиков, ферментов, в том числе малатдегидрогеназ откры-
антибиотиков или иммунодепрессантов; c) отказ дать вает новые перспективы для дальнейшего исследо-
информированное согласие. вания генетических и молекулярных основ устойчи-
Было обнаружено, что относительная числен- вости растений к стрессу.
ность основных бактериальных типов, таких как Ac-
tinobacteria, Bacteroidetes и Firmicutes, а также соотно- ***
шение F/B значительно различаются между полами.
Интересно, что эта половая разница была даже бо- ГЕНЕТИЧЕСКИЙ ПОЛИМОРФИЗМ
лее выраженной в старшей возрастной группе (50+) И ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ЯЩЕРИЦ КОМПЛЕКСА
по сравнению с молодыми и взрослыми. Это неожи- DAREVSKIA RADDEI
данный результат, поскольку предполагается, что по- Д.О. Одегов1, 2, В.И. Корчагин1, И.А. Мартиросян1
ловые различия зависят от гормонального статуса, 1
ФБГУН «Институт биологии гена» РАН, 119334, Москва,
особенно у женщин. Россия;
2
ФГБОУ ВО «Российский государственный аграрный
*** университет — МСХА им. К.А. Тимирязева», 127550, Москва,
Россия; e-mail: odegov.dima@list.ru
МНОЖЕСТВЕННЫЕ ФОРМЫ
МАЛАТДЕГИДРОГЕНАЗ СЕМЯН GLYCINE MAX GENETIC POLYMORPHISM AND DIFFERENTIATION
OF DAREVSKIA RADDEI LIZARD COMPLEX
И.Б. Огурцов, Л.Е. Иваченко D.O. Odegov1, 2, V.I. Korchagin1, I.A. Martirosyan1
ФГБОУ ВО «Благовещенский государственный педагогический Institute of Gene Biology Russian Academy of Sciences, 119334,
1

университет», 675000, Благовещенск, Россия; e-mail: ilya_ Moscow, Russia;


borisovich.93@mail.ru 2
Federal State Budgetary Educational Institution of Higher Education
«Russian State Agrarian University — Moscow Timiryazev
MULTIPLE FORMS OF MALATE DEHYDROGENASES Agricultural Academy», 127550, Moscow, Russia; e-mail: odegov.
OF CULTIVATED SOYBEAN SEEDS dima@list.ru
I.B. Ogurtsov, L.E. Ivachenko1
Blagoveshchensk State Pedagogical University, 675000, Комплекс Darevskia raddei распространен
Blagoveshchensk, Russia; e-mail: ilya_borisovich.93@mail.ru
в Армении, Азербайджане, Грузии, Турции и Ира-
Геном и транскриптом растений относительно не. D. raddei характеризуется значительным разно-
стабильны, тогда как протеом постоянно меняется, образием морфологических и цитологических при-
реагируя на воздействия экзогенных и эндогенных знаков, а также условиями обитания. Гибридизация
факторов. Идентификация белков, кодируемых ге- D. raddei («материнский» вид) с D. valentini привела
нами, является важнейшим направлением современ- к образованию 4 партеновидов. В связи со значитель-
ной функциональной геномики растений. Белки яв- ным разнообразием комплекса, обсуждается вопрос
ляются одним из первых продуктов экспрессии гена. таксономического статуса подвида D. raddei nairensis,
Белками, отвечающими требованиям генетических обитающего на территории Армении. В работе про-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 39


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ведены анализ и оценка генетического полиморфиз- ки к их частотам в Северной Швеции (0,28 и 0,53),
ма 5 популяций D. rad. nairensis и 6 популяций D. rad. а аллеля 590G — к распределению среди азиатов
raddei из Армении. Методом фрагментного анализа (0,67). Необходимо генотипирование NAT2 в вы-
проанализировано 104 особи по 11 микросателлит- борке большего объема, чтобы подтвердить обна-
ным локусам. В зависимости от локуса было выявле- руженные для населения Восточной Сибири зако-
но 7—45 аллелей, формирующих по каждому локусу номерности. Сравнение частот аллелей и генотипов
10—67 генотипов. Популяции комплекса D. raddei от- между контрольной и ТБ-группами не выявило раз-
личаются по количеству и частоте встречаемости еди- личий, однако больные ТБ значимо чаще, чем здо-
ничных аллелей для каждого локуса, а также по ча- ровые (χ2>4,2, p<0,05), имеют гетерозиготные ва-
стоте выявленных генотипов. Внутрипопуляционный рианты 282C/T (53% против 23%) и 590G/A (45%
уровень аллельного разнообразия и ожидаемой гете- против 12%). С помощью веб-сервера NAT2PRED
розиготности варьирует незначительно. D. rad. raddei по полученным комбинациям SNP мы определили
не имеет строгой популяционной дифференциации, фенотип ацетилирования пациентов: большинство
в то время как для D. rad. nairensis характерна выра- оказались медленными ацетиляторами (65% — кон-
женная популяционная структура. Неожиданным ре- троль, 72% — ТБ), быстрый тип встречался в 8 и 3%
зультатом является кластеризация особей D. rad. rad- случаев соответственно. Представленный способ
dei из популяции Гош с D. rad. nairensis. Изучение по- определения фенотипа ацетилирования путем гено-
лиморфизма комплекса raddei позволит определить типирования NAT2 можно рекомендовать для вве-
статус D. rad. nairensis, объяснить природу образова- дения в практику противотуберкулезных диспансе-
ния 4 партеновидов при одинаковой схеме гибриди- ров для персонифицированного подхода в лечении
зации родительских видов. пациентов с ТБ изониазидом.
Исследование выполнено при поддержке гранта
РНФ №19-14-00083. ***

*** СЕКВЕНИРОВАНИЕ МИТОХОНДРИАЛЬНОГО


ГЕНОМА ФИТОПАТОГЕННОГО ГРИБА PHOMA SP.1
ГЕНОТИПИРОВАНИЕ NAT2 У БОЛЬНЫХ
С.В. Пантелеев, Л.В. Можаровская, О.Ю. Баранов
ТУБЕРКУЛЕЗОМ В ВОСТОЧНОЙ СИБИРИ
ГНУ «Институт леса НАН Беларуси», 246001, Гомель, Беларусь,
Е.А. Орлова, С.Н. Жданова, О.Б. Огарков e-mail: forinstnanb@gmail.com
1
ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и
SEQUENCING OF THE MITOCHONDRIAL GENOME
репродукции человека», 664003, Иркутск, Россия; e-mail:
elizaveta.a.orlova@gmail.com OF THE PHYTOPATHOGENIC FUNGUS PHOMA SP.1
S.V. Panteleev, L.V. Mozharovskaya, O.Yu. Baranov
NAT2 GENOTYPING IN PATIENTS WITH TUBERCULOSIS Forest Institute of NAS of Belarus, 246001, Gomel, Belarus, e-mail:
IN EASTERN SIBERIA forinstnanb@gmail.com
E.A. Orlova, S.N. Zhdanova, O.B. Ogarkov
Scientific Institution Scientific Centre for Family Health and Human Фома-подобные грибы являются хозяйствен-
Reproduction Problems, 664003, Irkutsk, Russia; e-mail:
но значимыми патогенами и возбудителями фомо-
elizaveta.a.orlova@gmail.com
за широкого спектра сельскохозяйственных и лес-
NAT2 ацетилирует изониазид — препарат перво- ных растений.
го ряда против туберкулеза (ТБ). Полиморфизм ге- Геномные исследования видов рода Phoma ве-
на NAT2 влияет на скорость инактивации препара- дутся в Китае (Институт микробиологии Китайской
та. Для успешной терапии целесообразно определять академии наук — Phoma sp. XZ068), Японии (RIK-
генотип пациента (быстрый или медленный ацети- EN Center for Life Science Technologies — Phoma her-
лятор). С целью изучить распределение генотипов barum strain JCM 15942) и Австралии (Университет
и типов ацетилирования среди больных (32 челове- Кертин — Phoma sp. RAV-16-625 и Phoma betae), од-
ка) и здоровых (26 человек) из Восточной Сибири, нако к настоящему времени результаты аннотации
мы определили нуклеотидную последовательность их геномов не завершены.
гена NAT2 секвенированием по Сэнгеру. Часто- Объектами данного исследования являлись чи-
ты аллелей полиморфизмов G191A, T341C, A803G стые культуры фитопатогенного гриба Phoma sp.1.
и G857A соответствуют глобальному распределению, (NCBI: KM387394.1), изолированные в 2014 г. с по-
а аллелей T (0,28), C (0,51), G (0,66) полиморфизмов садочного материала ели обыкновенной с призна-
C282T, C481T и G590A ниже, чем глобально-рас- ками фомоза.
пространенные (0,33, 0,59 и 0,72 соответственно), Секвенирование трех мтДНК-обогащенных
однако различия не достигают статистической зна- библиотек Phoma sp.1 осуществлялось на базе ге-
чимости из-за малого объема выборки. Наблюдае- номного секвенатора Ion PGM Torrent с исполь-
мые частоты аллелей 282T и 481C наиболее близ- зованием чипов Ion 314v2 и набора реагентов Ion

40 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

PGM Sequensing 200 Kit v2. Метрика качества зации. После этого было оценено количество ошибок
данных, получаемых в автоматическом режиме для всех методов кластеризации относительно данных
при помощи программного обеспечения Ion Tor- типирования. Затем, для последовательностей с субти-
rent Suite показала, что для трех ДНК-библиотек пами А и B, взятых из узлов с наибольшей поддержкой
получено 340 275, 305 726 и 182 253 ассемблиро- bootstrap, выделенных в течение одного года, в одном
ванных прочтений («ридов») с показателем каче- городе, с помощью инструмента BLAST (NCBI) были
ства Q>20 (вероятность ошибки секвенирования найдены родственные последовательности и проведен
не более 1%). новый филогенетический анализ с помощью метода
Первичная сборка данных секвенирования бы- максимального правдоподобия, совершившего наи-
ла выполнена с использованием программного па- меньшее количество ошибок относительно данных ти-
кета Lasergene (DNASTAR, Израиль) и протокола пирования. Основываясь на генетических дистанциях,
de novo. По результатам сборки была получена за- временных и географических критериях, положениях
кольцованная последовательность («контиг») разме- штаммов на филогенетическом дереве, было установле-
ром порядка 31916 н.о., характеризующаяся высоким но, что некоторые штаммы, циркулировавшие на тер-
(225,3) усредненным уровнем прочтения. Сравни- ритории УФО, были занесены в Узбекистан.
тельный анализ полученного контига с депозитами
NCBI GenBank показал, что он относится к митохон- ***
дриальной ДНК.
ЭЛЕМЕНТЫ HEDGEHOG-СИГНАЛИНГА
*** В ПОСТЛАРВАЛЬНОМ РАЗВИТИИ
И РЕГЕНЕРАЦИИ АННЕЛИДЫ PYGOSPIO
ОПТИМИЗАЦИЯ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОГО ELEGANS (SPIONIDAE, ANNELIDA)
АНАЛИЗА НА ПРИМЕРЕ КЛАСТЕРИЗАЦИИ
С.Е. Платова1, В.В. Старунов2, 3, Е.Л. Новикова1
НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
ВИЧ-1
1
Санкт-Петербургский государственный университет, кафедра
эмбриологии, Санкт-Петербург, Россия;
М.В. Питерский, О.А. Ходаков 2
Санкт-Петербургский государственный университет, кафедра
зоологии беспозвоночных, Санкт-Петербург, Россия;
Екатеринбургский научно-исследовательский институт вирусных
инфекций ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора; 620030, Зоологический институт РАН, лаборатория эволюционной
3

Екатеринбург, Россия; e-mail: virus@eniivi.ru морфологии Санкт-Петербург, Россия

OPTIMIZATION OF PHYLOGENETIC ANALYSIS ELEMENTS OF HEDGEHOG-SIGNALING IN POSTLARVAL


ON THE EXAMPLE OF CLUSTERING OF HIV-1 DEVELOPMENT AND REGENERATION OF ANNELID
NUCLEOTIDE SEQUENCES PYGOSPIO ELEGANS (SPIONIDAE, ANNELIDA).
M.V. Piterskiy, O.A. Khodakov S.E. Platova1, V.V. Starunov2, 3, E.L. Novikova1
ERIVI FBRI SRC VB «Vector» Rospotrebnadzor, 620030,
1
St. Petersburg State University, Department of Embryology, Saint
Yekaterinburg, Russia; e-mail: virus@eniivi.ru Petersburg , Russia;
2
St. Petersburg State University, Department of Invertebrate
В настоящее время для проведения филогенети- Zoology, Saint Petersburg, Russia;
ческого анализа используют различные алгоритмы 3
Institute of Zoology RAS, laboratory of evolutionary morphology,
кластеризации. Однако эти алгоритмы недостаточ- Saint Petersburg, Russia
но универсальны. При анализе некоторых наборов
данных необходимо специально подбирать метод, Pygospio elegans — это небольшая, гетеромно сег-
наиболее адекватно способный сгруппировать дан- ментированная полихета из семейства Spionidae, об-
ные для построения правдоподобного филогенетиче- ладающая прекрасными регенерационными потен-
ского дерева. Это особенно важно при изучении ви- циями. В рамках изучения молекулярных механиз-
русов, геном которых имеет высокую мутационную мов, контролирующих восстановительные процессы
и рекомбинационную изменчивость, например, ге- P. elegans, мы обратили внимание на консервный путь
ном вируса иммунодефицита человека (ВИЧ). сигналинга Hedgehog — важнейший компонент меж-
Мы проанализировали 239 нуклеотидных после- клеточной коммуникации животных. Роль этого сиг-
довательностей участка гена pol ВИЧ-1, кодирую- нального пути в развитии аннелид является объектом
щего ферменты жизненного цикла вируса (обратная изучения сравнительно недолго. Изучение паттерна
транскриптаза, протеаза), выделенных от пациентов экспрессии генов компонентов Hedgehog-сигналинга
Уральского федерального округа (УФО). На первом может дать представление об их эволюции и позво-
этапе мы провели типирование штаммов с использо- лит делать предположения об их функциях в процес-
ванием базы данных Стэндфордского университета сах роста и регенерации у аннелид.
(https://hivdb.stanford.edu/hivdb/by-mutations/). Далее В ходе нашей работы нам удалось выявить экспрес-
для них был проведен филогенетический анализ с ис- сию генов Pel-hh и Pel-ptc в ассоциации с тканями эк-
пользованием всех доступных нам методов кластери- тодермальной части кишки и нервной системы, а так-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 41


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

же в задней зоне роста и при закладке сегментов в ходе АЛГОРИТМ ПОДБОРА ВИДОСПЕЦИФИЧЕСКИХ
передней регенерации. Выявленная динамика экспрес- ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ПЦР-ДИАГНОСТИКИ
сии согласуется с уже имеющими данными о работе БАКТЕРИАЛЬНЫХ ПАТОГЕНОВ КАРТОФЕЛЯ
этого сигнального пути в процессе развития животных.
П.М. Рассказова1, 2, П.В. Евсеев2,
Исследование поддержано бюджетной программой
К.А. Мирошников2
АААА-А19-119020690076-7.
1
Московский физико-технический институт, Долгопрудный,
*** 141701, Москва, Россия;
2
Институт биоогранической химии им. академиков
ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОНТРОЛЬ УСТОЙЧИВОСТИ М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова, 117997, Москва, Россия;
БАКТЕРИЙ К ЛЕТУЧИМ ОРГАНИЧЕСКИМ e-mail: rasskazova.pm@phystech.edu
СОЕДИНЕНИЯМ
ALGORITHM FOR THE SELECTION OF SPECIES-SPECIFIC
В.А. Плюта1, О.А. Кокшарова2, А.А. Попова1, PRIMERS FOR PCR DIAGNOSTICS OF BACTERIAL
Д.А. Падий3, Д.Е. Сидорова1, И.А. Хмель1 PATHOGENS OF POTATOES
1
ФГБУ НИЦ «Курчатовский институт» — ИМГ, 123182, Москва, P.M. Rasskazova1, 2, P.V. Evseev2, K.A. Miroshnikov2
Россия; 1
Moscow Institute of Physics and Technology, Dolgoprudny,
2
НИИ ФХБ им. А.Н. Белозерского, 119992, Москва, Россия; 141701, Moscow, Russia;
3
ФГБОУ ВО «Российский химико-технологический университет
2
Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry,
им. Д.И. Менделеева», 125047, Москва, Россия 117997, Moscow, Russia; e-mail: rasskazova.pm@phystech.edu

GENETIC CONTROL OF BACTERIAL RESISTANCE Видоспецифическая диагностика, бактериофаги,


TO VOLATILE ORGANIC COMPOUNDS Pectobaceriaceae. Картофель (Solanum tuberosum) —
V.A. Plyuta1, O.A. Koksharova2, A.A. Popova1, D.A. Pady3, сельскохозяйственная культура, имеющая большое
D.E. Sidorova1, I.A. Khmel1 значение для людей по всему миру. К сожалению,
1
NRC «Kurchatov Institute» — IMG, 123182, Moscow, Russia; большая часть урожая страдает от инфекций, вызван-
2
A.N. Belozersky Institute of Physico-Chemical Biology MSU, ных бактериями семейства Pectobaceriaceae.
119992, Moscow, Russia; Чтобы избежать больших потерь, плоды можно
3
D. Mendeleev University of Chemical Technology of Russia, обрабатывать фаговыми препаратами. Они неток-
125047, Moscow, Russia сичные, обладают высокой эффективностью дей-
ствия. Для диагностики используется метод ПЦР,
Летучие органические соединения (ЛОС), вы- для которого необходимо подобрать видоспецефи-
деляемые микроорганизмами, играют важную роль ческие праймеры.
в жизнедеятельности организмов, включая их меж- Для подбора этих праймеров ранее был предложен
видовое взаимодействие. биоинформатический алгоритм из 3 этапов, позволяю-
Некоторые ЛОС почвенных бактерий, в том числе щий находить видоспецифические последовательности.
кетоны, способны оказывать ингибирующее действие Задачей настоящей работы стала его автоматизация.
на цианобактерии. Для исследования механизмов дей- 1-й этап — подготовительный: сбор геномов, со-
ствия кетона 2-нонанона на цианобактерии Synechococ- здание баз данных, нарезка целевого генома на корот-
cus elongatus PCC 7942 с помощью транспозонного му- кие фрагменты. Для разрезания генома мы использо-
тагенеза были получены мутанты, устойчивых к 2-но- вали скрип, написанный на языке Python.
нанону. В полученных мутантных штаммах S. elongatus 2-й этап — поиск: проводится выравнивание це-
были идентифицированы поврежденные гены, которые левого генома по базам данных, для того чтобы най-
кодируют белки, участвующие в биогенезе и функци- ти последовательности, общие для вида.
онировании клеточной стенки цианобактерий (Synp- 3-й этап — анализ: отображение набора после-
cc7942_1362, Synpcc7942_0351, Synpcc7942_0732) и бе- довательностей, оставшихся после второго этапа,
лок, участвующий в стрессовой реакции на уровне ре- в целевом геноме, выбираются отрезки для создания
стрикции-модификации ДНК (Synpcc7942_0726). праймеров ПЦР.
Показано, что гены, ответственные за различ- Нами был разработан пайплайн для командной
ные системы репарации ДНК: SOS-репарацию (re- строки Linux, автоматизирующий этапы 1 и 2. С по-
cA, lexA), эксцизионную репарацию (uvrA, uvrB) и ре- мощью него были найдены видоспецифические по-
парацию окислительных повреждений (mutS, mutY следовательности фитопатогена Pectobacterium par-
и mutT), — не играют существенной роли в регуля- mentieri. Этап 3, сделанный в биоинформатической
ции устойчивости клеток к действию исследуемых программе Geneious, и предварительные экспери-
ЛОС с разной химической структурой. менты показывают возможность использования най-
Работа частично финансировалась грантами РФФИ денных последовательностей для дискриминацион-
№18-34-00396-мол_а, 18-04-00375-а и 19-04-00495-а. ной ПЦР-диагностики этого фитопатогена.

*** ***

42 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

АКТГ(4-7)PGP (СЕМАКС) КАК НЕЙРОПРОТЕКТОР сии генов в лобной коре, измененного воздействи-
КЛЕТОК МОЗГА ПРИ ЦЕРЕБРАЛЬНОЙ ИШЕМИИ ем ишемического повреждения.
В ПЕРИОД ТЕРАПЕВТИЧЕСКОГО ОКНА: Работа выполнена при поддержке гранта РНФ
ФАРМАКОТРАНСКРИПТОМНЫЙ ПОДХОД №19-14-00268.
Ю.А. Ремизова1, 2, И.Б. Филиппенков1, ***
В.В. Ставчанский1, А.Е. Денисова2, Л.В. Валиева1,
Л.В. Губский2, Н.Ф. Мясоедов1, С.А. Лимборская1, АПРОБАЦИЯ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ
Л.В. Дергунова1 ГЕНОВ, ОТВЕЧАЮЩИХ ЗА РЕАКЦИЮ
1
ФГБУ «Институт молекулярной генетики» Национального НА ХОЛОДОВОЙ СТРЕСС У ТОПОЛЯ
исследовательского центра «Курчатовский институт», 123182,
Москва, Россия; С.Г. Ржевский, Т.А. Гродецкая
2
ФГАОУ ВО «Российский национальный исследовательский ФГБУ «Всероссийский научно-исследовательский институт
медицинский университет им. Н.И. Пирогова» Минздрава лесной генетики, селекции и биотехнологии», Воронеж, Россия;
России, 117997, Москва, Россия; e-mail: utoshkautoshka@gmail. e-mail: ilgis@lesgen.vrn.ru
com
APPROBATION OF MOLECULAR MARKERS OF GENES
ACTH(4-7)PGP (SEMAX) AS A NEUROPROTECTOR RESPONSE TO COLD STRESS IN POPLARS
OF BRAIN CELLS IN CEREBRAL ISCHEMIA DURING
S.G. Rzhevsky, T.A. Grodetskaya
THE THERAPEUTIC WINDOW:
A PHARMACOTRANSCRIPTOMIC APPROACH All-Russian Research Institute of Forest Genetics, Breeding and
Biotechnology, Voronezh, Russia; e-mail: ilgis@lesgen.vrn.ru
Yu.A. Remizova , I.B. Filippenkov , V.V. Stavchansky ,
1, 2 1 1

A.E. Denisova2, L.V. Valieva1, L.V. Gubsky2, В данной работе представлено исследование ре-
N.F. Myasoedov1, S.A. Limborska1, L.V. Dergunova1 акции на охлаждение, проведенное на 8 генотипах
1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre тополя, из различных морфолого-систематических
«Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia; групп. В ходе исследования осуществлено искус-
2
Pirogov Russian National Research Medical University (RNRMU), ственное охлаждение распустившихся веток (до тем-
117997, Moscow, Russia; e-mail: utoshkautoshka@gmail.com пературы +4 °C, в течение 6 ч). Далее из листьев выде-
Ишемический инсульт является частой причи- лялась РНК и было проведено измерение экспрессии
ной смерти в развитых странах. Он обусловлен ло- генов CBL1 и CBL2, зарекомендовавших себя в каче-
кальным снижением кровотока, вызванным тром- стве маркеров абиотического стресса.
бом или эмболом. Особое значение имеет изучение Электрофорез продемонстрировал наличие
генетических систем, определяющих механизмы специфических продуктов амплификации только
формирования и поддержания терапевтического у 4 образцов: видов тополь волосистоплодный, то-
окна — временно́го промежутка в 3—6 ч от момента поль Максимовича, тополь китайский (из секции
окклюзии, в течение которого можно оказать наибо- бальзамические тополя) и сорта тополь Ивантеев-
лее эффективное лечение. В настоящем исследова- ский (гибрид тополя душистого из данной секции).
нии под контролем магнитно-резонансной томогра- Гибриды, производные от тополя белого и тополя
фии и с помощью полногеномного секвенирования черного, с данными праймерами дали неспецифиче-
РНК (RNA-Seq) были выявлены дифференциаль- ские продукты. Таким образом, подобранные прай-
но экспрессированные гены (ДЭГ) в условиях ише- меры являются универсальными для анализа генов
мии и под действием пептида АКТГ(4-7)PGP (се- CBL1 и CBL2 у представителей секции бальзамиче-
макс), обладающего нейропротективными свойства- ских тополей и некоторых их гибридов.
ми. Так, в условиях модели tMCAO через 4,5 ч после Вследствие охлаждения выявлено повышение экс-
окклюзии (90 мин) правой средней мозговой арте- прессии у опытных экземпляров тополя Максимовича
рии у крыс в образцах дорсовентральной области и снижение у тополя волосистоплодного. Различная
лобной коры было зафиксировано изменение экс- реакция генов семейства CBL может быть обусловле-
прессии 1281 ДЭГ (>1,5 раза, padj<0,05) относитель- на генотипическими особенностями представителей.
но ложно­оперированных животных. При этом боль- Для выявления общих тенденций реагирования рас-
шинство генов повысили экспрессию при ишемии. сматриваемых генов на стрессовое воздействие необ-
Семакс (100 мкг/кг) через 4,5 ч после tMCAO моду- ходимо дальнейшее исследование, включающее опре-
лировал активность 131 ДЭГ, 92 из которых (RT1- деление изменения экспрессии в динамике.
Ba, RT1-Db1, Cd74, C3, Map3k1, Gpsm1, Cacng5 и др.)
были активированы действием ишемии. Интересно, ***
что семакс в значительной степени снижал уровень
мРНК данных генов, противодействуя их активации
после tMCAO. Таким образом, в период терапевти-
ческого окна нейропротективный эффект семакса
может быть связан с коррекцией профиля экспрес-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 43


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ИССЛЕДОВАНИЕ ЭКСПРЕССИИ ХАРАКТЕРИСТИКА ЦИКЛИЧЕСКИХ РНК ГЕНОВ,


И ЛОКАЛИЗАЦИИ БЕЛКА АРР В НЕЙРОНАХ ИГРАЮЩИХ РОЛЬ В МЕТАБОЛИЗМЕ
РАКА ASTACUS LEPTODACTYLUS ЛИПОПРОТЕИНОВ ВЫСОКОЙ ПЛОТНОСТИ
ПРИ АКСОТОМИИ И АТЕРОГЕНЕЗЕ
С.В. Родькин, В.А. Дзреян, А.М. Хайтин А.В. Рожкова1, Е.В. Носова1, И.Б. Филиппенков1,
Академия биологии и биотехнологии, Южный федеральный А.Д. Дергунов2, С.А. Лимборская1, Л.В. Дергунова1
университет, Ростов-на-Дону, Россия; e-mail: rodkin_stas@mail.ru 1
ФГБУ «Институт молекулярной генетики» НИЦ «Курчатовский
институт», 123182, Москва, Россия;
THE STUDY OF APP PROTEIN EXPRESSION 2
ФГБУ «НМИЦ ТПМ» Минздрава России, 101990, Москва,
AND LOCALIZATION IN ASTACUS LEPTODACTYLUS Россия; e-mail: avrojk@yandex.ru
CRAYFISH NEURONS AFTER AXOTOMY
S.V. Rodkin, V.A. Dzreyan, A.M. Khaitin CHARACTERISTICS OF CIRCULAR RNAS OF THE GENES
Academy of Biology and Biotechnology, Southern Federal THAT PLAY A ROLE IN HIGH-DENSITY LIPOPROTEIN
University, Rostov-on-Don, Russia; e-mail: rodkin_stas@mail.ru METABOLISM AND ATHEROGENESIS
A.V. Rozhkova1, E.V. Nosova1, I.B. Filippenkov1,
Нейротравма — один из основных факторов ин- A.D. Dergunov2, S.A. Limborska1, L.V. Dergunova1
валидности и смерти в мире. Мы изучали экспрес- 1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
сию и локализацию белка APP с использованием ан- «Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia; e-mail: avrojk@
yandex.ru;
тител, распознающих С- или N-концы АРР (C-APP 2
National Research Centre for Preventive Medicine; 10,
и N-APP), в аксотомированных нейронах рака As- Petroverigsky street, 101990, Moscow, Russia
tacus leptodactylus. АРР — это древний эволюцион-
но консервативный белок, играющий важную роль Антиатерогенную роль липопротеинов высо-
в различных клетках у животных. Продукты про- кой плотности (ЛПВП) связывают с их участием
теолитического распада АРР обладают самостоя- в обратном транспорте холестерина (ХС) из пери-
тельной активностью и участвуют в разных клеточ- ферических тканей в клетки печени. Ранее мы вы-
ных процессах. АРР накапливается в поврежденных явили отрицательную корреляцию ХС-ЛПВП с со-
нейронах при ишемическом и травматическом воз- держанием транскриптов 10 генов (ABCA1, BMP1,
действиях. Объекты исследования — изолирован- CUBN, HDLBP, LCAT, LDLR, PRKACG, PRKACB,
ный аксотомированный рецептор растяжения ра- SCARB1 и ZDHHC8), участвующих в метаболизме
ка (РРР), состоящий из механорецепторного ней- ЛПВП, и 11 генов (CSF2RB, CSF1R, ITGB3, IL18R1,
рона (МРН), окруженного глиальными клетками ITGAM, PRKCQ, SREBF1, TLR5, TLR8, TNFRSF1A,
(ГК), и ганглии брюшной нервной цепочки (БНЦ) TNFRSF1B), вовлеченных в атерогенез. С исполь-
с перерезанными коннективами. Методы иссле- зованием баз данных circBase, exoRBase, CircNet
дования — иммунофлуоресцентная микроскопия и CircInteractome обнаружены циклические (цикло)
и иммуноблоттинг. В наших экспериментах на РРР РНК для этих генов за исключением генов PRKACG
C-APP и N-APP обнаруживались исключительно и TLR8. ЦиклоРНК — новый и активно исследуе-
в МРН, но не в ГК. В интактных МРН, сохраняю- мый тип некодирующих РНК, способных взаимо-
щих связь с БНЦ, C-APP локализовался главным действовать с микроРНК (миРНК) и препятство-
образом в перикарионе и меньше в ядре и дендри- вать опосредованной ими репрессии мРНК. Вы-
тах. Через 4 и 8 ч после аксотомии флуоресценция явленные циклоРНК включали преимущественно
С-APP значительно возрастала в этих частях МРН, экзоны кодирующей области, нетранслируемых об-
а также появлялась в аксоне. Аналогичная динамика ластей соответствующих мРНК и интронные обла-
наблюдалась и для N-APP, но в ядре N-APP отсут- сти кодирующих их генов. Число циклоРНК для от-
ствовал как в интактных, так и в аксотомированных дельных генов варьировало от 1 до 94, а их длина —
препаратах. По данным иммуноблоттинга, на БНЦ от 46 до 95 610 нуклеотидов. В препаратах РНК,
наблюдалась сходная картина в цитоплазматической выделенных из мононуклеарных клеток 31 пациен-
и ядерной фракциях. Таким образом, появление та с различающимся содержанием ХС-ЛПВП, с по-
C-APP, но не N-APP, в ядре нейрона при аксото- мощью ПЦР в реальном времени исследовано со-
мии указывает на проникновение в ядро AICD, про- держание отдельных циклоРНК для генов HDLBP,
дукта протеолиза APP. Увеличение уровня C-APP TNFRSF1A, LCAT, ABCA1. Уровень циклоРНК ис-
и N-APP в соме, аксоне и дендритах свидетельству- следованных генов заметно варьировал. Так, ана-
ет о повышенном синтезе этого белка в перикарио- лиз 10 циклоРНК гена ABCA1с наибольшим числом
не и транспорте его на периферию. сайтов связывания для миРНК показал, что их со-
держание относительно соответствующей мРНК
*** варьировало от 0,5 до 22,23%. Для одной циклоР-
НК гена ABCA1 была обнаружена значимая поло-
жительная корреляция с уровнем соответствующей

44 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

мРНК (p=0,015). Возможно, выявленные циклоР- ОСОБЕННОСТИ ОРГАНИЗАЦИИ


НК участвуют в регуляции экспрессии соответству- МИТОГЕНОМОВ ОПИСТОЦЕНТРОВЫХ РЫБ
ющих генов. (ZOARCOIDEI, OPISTHOCENTRIDAE)

***
О.А. Рутенко1, 2, С.В. Туранов1, 3, Ю.Ф. Картавцев1
1
ФГБУ «Национальный научный центр морской биологии им.
ДНК-ДИАГНОСТИКА ПОЛИМОРФИЗМА ГЕНОВ, А.В. Жирмунского» ДО РАН, 690041, Владивосток, Россия;
АССОЦИИРОВАННЫХ С РЕПРОДУКТИВНЫМИ
2
ФГАУО ВО «Дальневосточный федеральный университет»,
690922, Владивосток, Россия;
КАЧЕСТВАМИ СВИНЕЙ 3
ФГБОУ ВО «Дальрыбвтуз», 690087, Владивосток, Россия;
Е.Л. Романишко, М.Е. Михайлова, Р.И. Шейко e-mail: orutenko@gmail.com
ГНУ «Институт генетики и цитологии НАН Беларуси, 220072, MITOGENOME OF OPISTOCENTRAL FISH (ZOARCOIDEI,
Минск, Беларусь; e-mail: lenaramanishko@mail.ru
OPISTHOCENTRIDAE): PATTERNS OF ORGANIZATIONS
DNA-TESTING OF POLYMORPHISM OF GENES O.A. Rutenko1, 2, S.V. Turanov1, 3, Yu.Ph. Kartavtsev1, 2
ASSOCIATED WITH REPRODUCTIVE QUALITIES OF PIGS 1
A.V. Zhirmunsky National Scientific Center of Marine Biology, Far
E.L. Ramanishka, M.E. Mikhailova, R.I. Shejko Eastern Branch, Russian Academy of Sciences, 690041,
Vladivostok, Russia;
The Institute of Genetics and Cytology the National Academy of
Sciences of Belarus, 220072, Minsk, Belarus; e-mail:
2
Far Eastern Federal University, 690922, Vladivostok, Russia;
lenaramanishko@mail.ru Far Eastern State Technical Fisheries University, 690087,
3

Vladivostok, Russia; e-mail: orutenko@gmail.com


Репродуктивные качества свиноматок являются
важнейшими качествами в свиноводстве. Поэтому вы- Опистоцентровые — широко распространенные
явление ДНК-маркеров, влияющих на показатели вос- виды морских рыб дальневосточных морей, входя-
производства, является актуальным. В качестве таких щие в состав подотряда бельдюговидные (Zoarcoidei),
маркеров исследуют полиморфизм (rs80958376 G/A) одного из самых многочисленных подотрядов холод-
в гене CDK20. Циклинзависимая киназа 20 (CDK20) новодной фауны. Данные о полных митохондриаль-
представляет собой белок, связанный с делением кле- ных геномах безусловно будут необходимы для про-
ток и фосфорилированием белка, что обеспечивает мо- ведения филогенетических и биогеографических ис-
лекулярную основу для его анализа. Также интересен следований, как в рамках семейства Opisthocentridae,
полиморфизм (rs322167972 A/G) в 3 экзоне гена LIF. так и всего подотряда.
Лейкемия-ингибирующий фактор (LIF) представляет Методом высокопроизводительного секвениро-
собой многофункциональный цитокин, который ока- вания впервые были получены 11 последователь-
зывает влияние на выживаемость клетки, что имеет осо- ностей полных митохондриальных геномов 6 видов
бенное значение в процессе имплантации эмбриона. опистоцентровых рыб. Длина последовательностей
Его рассматривают в качестве гена-кандидат плодови- варьировала от 16 516 до 16 525 пар оснований. Рас-
тости в том числе и у свиней. Ген коактиватора 1 ядер- положение всех элементов обычное для позвоноч-
ных рецепторов (NCOA1), кодирует белок NCOA1, кото- ных животных.
рый взаимодействует с эстрогеновым рецептором, сти- У всех полученных геномов наблюдалось пере-
мулируя его транскрипционную активность. крытие рамок считывания между парами генов tR-
Цель — изучение полиморфизмов в генах CDK20 NA-Ile — tRNA-Gln, tRNA-Gln — tRNA-Met, ATP8 —
(rs80958376), LIF (rs322167972) и NCOA1 (rs335362002) ATP6, ATP6 — COX3, ND4L — ND4 и ND5 — ND6. Раз-
с целью улучшения репродуктивных качеств пле- ница по длине в несколько нуклеотидов отмечена
менных свиней. Были разработаны методики для в участках, кодирующих малую и большую субъеди-
идентификации исследуемых полиморфизмов в ге- ницы РНК. Не полные стоп-кодоны присутствуют
нах CDK20, LIF и NCOA1. Все исследованные живот- во всех последовательностях, однако безногий описто-
ные были гетерозиготные по гену CDK20. Частота центр Pholidapus dybowskii (Steindachner, 1880) выделя-
встречаемости предпочтительного аллеля А по гену ется по сравнению с остальным использованием тер-
LIF больше у свиней породы беларусская мясная — минирующего триплета TAG в гене ND1. GC-состав
55,6% и у ландраса — 53,8%, а у свиней породы дю- каждого гена по отдельности достаточно однородный,
рок — 3,8%. Частота встречаемости аллеля A1 по ге- однако отмечены значимые межвидовые отличия это-
ну NCOA1, у животных породы белорусская мясная — го показателя в участках ND3, ND4, ND5 и ND6, что со-
22,2%, у породы дюрок — 12,8%. Все исследованные ответствует более высокому присутствию несинони-
животные породы ландрас были с генотипом A2A2. мичных замен в этих генах, в отличие от самых кон-
Работа выполняется в рамках задания «Разрабо- сервативных, кодирующих субъединицы цитохрома.
тать метод идентификации полиморфных вариантов По нашим данным опистоцентровые рыбы имеют
генов, влияющих на репродуктивные признаки свиней». низкие значения полиморфизма мтДНК, за исключе-
нием глазчатого опистоцентра Opisthocentrus ocellatus
*** (Tilesius, 1811). Значимо большие величины его нукле-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 45


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

отидного разнообразия и генетических расстояний от- ВАРИАБЕЛЬНОСТЬ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА gfp


носительно других таксонов могут свидетельствовать В ЛИНИЯХ ТРАНСПЛАСТОМНЫХ РАСТЕНИЙ
о большей эволюционной пластичности и адаптивно- ТАБАКА N. TABACUM L.
сти к условиям окружающей среды или же о криптиче-
Д.Е. Самодуров1, Ю.В. Сидорчук2, Е.В. Дейнеко2
ском видовом разнообразии внутри этого вида.
Работа выполнена при поддержке гранта Прези-
1
ФГБОУ «Новосибирский государственный аграрный
университет», 630039, Новосибирск, Россия;
дента РФ (MK-305.2019.4). 2
ФГБУН ФИЦ «Институт цитологии и генетики» СО РАН,
630090, Новосибирск, Россия; e-mail: danilsamad22@gmail.com
***
VARIABILITY OF THE gfp GENE EXPRESSION
РОЛЬ ПОЛИМОРФНЫХ ВАРИАНТОВ ГЕНОВ IN TRANSPLASTOMIC TOBACCO LINES N. TABACUM L.
ГИСТАМИНОВОГО МЕТАБОЛИЧЕСКОГО ПУТИ D.E. Samodurov1, Y.V. Sidorchuk2, E.V. Deineko2
В РАЗВИТИИ БРОНХИАЛЬНОЙ АСТМЫ 1
Federal State Budgetary Educational Institution of Higher Education
«Novosibirsk State Agrarian University», 630039, Novosibirsk, Russia;
О.Н. Савельева , А.С. Карунас , Ю.Ю. Федорова ,
1 1, 3 2
2
Institute of Cytology and Genetics, Russian Academy of Sciences,
P.Ф. Гатиятуллин3, 4, Э.И. Эткина3,
630090, Siberian Branch, Novosibirsk, Russia; danilsamad22@
Э.К. Хуснутдинова1, 3 gmail.com
1
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный университет»,
450076, Уфа, Россия;
Создание транспластомных растений является при-
Институт биохимии и генетики УФИЦ РАН, 450054, Уфа, Россия;
2 влекательной альтернативой трансформации ядерного
генома. Большое число копий генома хлоропластов, до-
3
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный медицинский
университет» Минздрава России, 450008, Уфа, Россия; стигающее, например, у табака 10 000 на клетку, может
4
ГБУЗ «Республиканская детская клиническая больница», обеспечивать высокий уровень наработки целевых ре-
450106, Уфа, Россия; e-mail: olyasavelie@yandex.ru; carunas@list.ru комбинантных белков, до 40—60% от общего раствори-
мого белка (ОРБ). У ядерных трансформантов данный
THE ROLE OF HISTAMINE PATHWAY GENETIC показатель редко превышает 1%. Интеграция трансгена
POLYMORPHISMS IN THE PATHOGENESIS OF ASTHMA
в хлоропластный геном по принципу гомологичной ре-
O.N. Savelieva1, A.S. Karunas2, 3, Yu.Yu. Fedorova2, комбинации снимает вопрос эффекта положения, а ма-
R.F. Gatiyatullin3, 4, E.I. Etkina3, E.K. Khusnutdinova1, 2
теринский тип наследования трансгена решает пробле-
1
Bashkir State University, 450076, Ufa, Russia;
му экологической безопасности. Однако далеко не всег-
Institute of Biochemistry and Genetics UFRC RAS, 450054, Ufa, Russia;
2
да у транспластомных растений наблюдается высокий
3
Bashkir State Medical University, 450008, Ufa, Russia; уровень экспрессии трансгена и выхода целевого бел-
4
Republican Children’s Clinical Hospital, 450106, Ufa, Russia ка. Проведена сравнительная оценка вариабельности
Гистамин является одним из основных медиаторов уровня экспрессии репортерного гена gfp по количеству
аллергического воспаления. Цель данной работы — из- его продукта в тканях транспластномных и ядерных
учение полиморфных вариантов генов гистаминово- трансформантов табака. Средний уровень накопления
го метаболического пути ALDH7A, MAOB, PSAP, AD- белка GFP у транспластомных растений табака соста-
CYAP1 у больных бронхиальной асмой (БА) и здоро- вил 0,11±0,01% от ОРБ, в то время как у контрольных
вых индивидов. В работе использованы образцы ДНК ядерных трансформантов этот показатель был в 4 раза
350 больных БА и 363 здоровых индивидов различной выше — 0,47±0,05%. Стандартные методы отбора гомо-
этнической принадлежности в возрасте 2—18 лет из Ре- пластидных трансформантов не увеличили уровень на-
спублики Башкортостан. Генотипирование выполнено копления целевого белка. Для решения проблемы низ-
методом ПЦР в реальном времени. Установлена ассо- кого выхода рекомбинантного белка разрабатывается
циация аллеля rs13182402*A гена альдегиддегидрогена- метод трансформации генома пропластид в каллусных
зы ALDH7A с развитием БА у русских (p=0,04, OR=2,26). культурах табака, а также метод отбора гомопластомных
Ген моноаминоксидазы B MAOB локализован на X хро- форм с помощью ПЦР в реальном времени.
мосоме, поэтому анализ ассоциаций проведен с уче-
том половых различий. Обнаружена ассоциация алле- ***
ля rs1799836*G гена MAOB с БА у мальчиков русской
этнической принадлежности (p=0,03, OR=2,82). Выяв- БАКТЕРИОТОКСИЧНОСТЬ
лены более высокие значения IgE у детей с генотипом ПРОТЕАЛИЗИНПОДОБНОЙ ПРОТЕАЗЫ S
rs11000016*CC гена просапозина PSAP по сравнению ИЗ PHOTORHABDUS LUMINESCENS
с носителями генотипа rs11000016*CT (p=0,03). А.О. Светлова, М.А. Карасева, И.В. Демидюк
Работа выполнена с использованием «Коллекции
ФГБУ «Институт молекулярной генетики» Национального
биоматериалов человека ИБГ УФИЦ РАН» при под- исследовательского центра «Курчатовский институт», 123182,
держке гранта РФФИ №19-315-90055. Москва, Россия

***

46 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

BACTERIOTOXICITY OF PROTEASEIN-LIKE PROTEASE S BY THE ANALYSIS OF CHROMATIN DISTANT


FROM PHOTORHABDUS LUMINESCENS INTERACTIONS
A.O. Svetlova, M.A. Karaseva, I.V. Demidyuk M.K. Sidorova1, E.P. Kalabusheva2, S.V. Ulianov1,
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre O.S. Rogovaya2, A.L. Rippa2, V.V. Terskikh2, S.V. Razin1,
«Kurchatov Institute», Moscow, Russia E.A. Vorotelyak2
1
Institute of Gene Biology Russian Academy of Sciences, Moscow,
Russia;
Протеаза S (PrtS) из бактерии Photorhabdus lu-
2
Koltzov Institute of Developmental Biology of Russian Academy of
minescens относится к группе протеализинподобных
Sciences, Moscow, Russia; e-mail: margo.sidorova.1999@mail.ru
протеаз (ППП). Показано, что PrtS вызывает мелани-
зацию и подавляет иммунный ответ насекомых, т.е., Особая программа экспрессии кератинов ха-
вероятно, участвует в патогенезе, но прямых доказа- рактерна для каждого типа и каждой стадии диф-
тельств этого нет. В то же время информация о дру- ференцировки эпителия. Переключение экспрес-
гих бактериальных ППП, позволяет предположить, сии сопровождается изменением пространствен-
что данные ферменты являются антибактериальными ной организации генома, в частности, сближением
токсинами, потенциальными эффекторами неуста- промоторов и энхансеров — регуляторных обла-
новленной системы межбактериальной конкуренции. стей, маркированных гистоном H3, ацетилиро-
Однако гипотеза базируется на косвенных данных. ванным по лизину-27 (Н3K27ac) и монометили-
Мы осуществили экспрессию гена фермен- рованным по лизину-4 (H3K4me1). В данной ра-
та в клетках E. coli T7 Express lysY/Iq, используя век- боте исследована пространственная организация
тор pET-DUET-1. В плазмиде находятся промотор кератинового локуса 12q13.13 в нескольких лини-
РНК-полимеразы фага Т7 под управлением лактозно- ях клеток человека: эпидермальных кератиноци-
го оператора и копия гена репрессора LacI, что, наряду тах, находящихся на разных стадиях дифференци-
с особенностями штамма, обеспечивает строгий кон- ровки, ИПСК (индуцированных плюрипотентных
троль экспрессии. Благодаря этому, клетки E. coli, не- стволовых клетках), фибробластах, НаСаТ и А431.
сущие вектор с геном активной PrtS, удается культи- Данные соотнесены с транскрипционным профи-
вировать. Однако после добавления в среду индукто- лем (полученным методом RNAseq с обогащением),
ра нормальный рост культуры продолжается около 2 ч, профилем связывания архитектурного петлеобра-
а затем клетки погибают в течение 1 ч. Электрофоре- зующего белка CTCF и транскрипционного факто-
тический анализ демонстрирует, что после индукции ра р63 (ChIP-seq). Мы обнаружили, что топология
PrtS накапливается в клетках преимущественно в фор- локуса 12q13.13 значительно изменяется по мере
ме предшественника, а затем переходит в зрелую фор- дифференцировки кератиноцитов и переключения
му, что вызывает гибель. При этом введение в ген му- экспрессии кератина 5, характерного для базаль-
тации, инактивирующей каталитический центр фер- ного слоя эпидермиса, на кератин 1, специфичный
мента, полностью подавляет цитотоксический эффект. для шиповатого слоя. По результатам анализа дан-
Таким образом, на примере PrtS нами впервые ных депозитория ENCODE мы выявили две потен-
продемонстрирована бактериотоксичность ППП, циальные зоны контроля локуса (locus control re-
которая определяется протеолитической активно- gion, LCR1 и LCR2), ответственные за регуляцию
стью. Этот результат свидетельствует в пользу гипо- экспрессии кератинов и образующие консерватив-
тезы об участии протеаз этой группы в межбактери- ную петлю, наблюдаемую у всех эпидермальных ке-
альной конкуренции. ратиноцитов. Потенциальная энхансерная актив-
ность LCR1 и LCR2 подтверждена данными профи-
*** лирования транскриптома и связывания активатора
p63. Кроме того, мы выявили, что активность кера-
ИССЛЕДОВАНИЕ ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ тиновых генов коррелирует с наличием контакта ге-
РЕГУЛЯТОРНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ ЛОКУСА на с областью LCR2. Наши данные демонстрируют
КЕРАТИНОВЫХ ГЕНОВ II ТИПА С ПОМОЩЬЮ изменения пространственной организации локуса
АНАЛИЗА ПРОСТРАНСТВЕННОЙ 12q13.13, профиля транскриптома и профиля свя-
ОРГАНИЗАЦИИ ГЕНОМА зывания р63 по мере переключения экспрессии ке-
М.К. Сидорова1, Е.П. Калабушева2, С.В. Ульянов1, ратиновых генов.
О.С. Роговая2, А.Л. Риппа2, В.В. Терских2, Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ
С.В. Разин1, Е.А. Воротеляк2 20-04-00778.
1
Институт биологии гена РАН, Москва, Россия; ***
2
Институт биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН, Москва,
Россия; e-mail: margo.sidorova.1999@mail.ru

POTENTIAL REGULATORY ELEMENTS OF THE HUMAN


KERATIN TYPE II GENE LOCUS IDENTIFIED

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 47


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ЭПОКСИАЛКОГОЛЬСИНТАЗЫ РОЛЬ ЯДЕРНОЙ ПЕРИФЕРИИ


ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ РАЗНЫХ ТАКСОНОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ТЕЛОМЕР
В ГЕРМИНАЛЬНЫХ ТКАНЯХ DROSOPHILA
Е.О. Смирнова, С.С. Горина, Я.Ю. Топоркова,
А.Н. Гречкин А.Д. Суспицына1, 2, О.А. Соколова1,
Казанский институт биохимии и биофизики — обособленное А.И. Калмыкова1
структурное подразделение ФГБУН «Федеральный 1
НИЦ «Курчатовский институт» — Институт молекулярной
исследовательский центр «Казанский научный центр РАН», генетики, Москва, Россия;
420111, Казань, Россия; e-mail: yelena.smirnova@aiesec.net 2
Московский государственный университет им.
М.В. Ломоносова, факультет биотехнологии, Москва, Россия;
EPOXYALCOHOL SYNTHASES OF ANIMALS AND PLANTS
e-mail: anastasia.suspitsina@gmail.com
E.O. Smirnova, S.S. Gorina, Ya.Yu. Toporkova,
A.N. Grechkin THE ROLE OF NUCLEAR PERIPHERY IN TELOMERE
Kazan Institute of Biochemistry and Biophysics, FRC Kazan FUNCTIONING IN THE DROSOPHILA GERMLINE
Scientific Center of RAS, 420111 Kazan, Russia A.D. Suspitsyna1, 2, O.A. Sokolova1, A.I. Kalmykova1
Ферменты семейства CYP74 ранее считались рас- 1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
тительными. Сюда относились алленоксидсинтазы «Kurchatov Institute», Moscow, Russia;
(АОС), гидропероксидлиазы (ГПЛ) и дивинилэфир- Biotechnology Faculty, Lomonosov Moscow State University,
2

Moscow, Russia; e-mail: anastasia.suspitsina@gmail.com


синтазы (ДЭС). Однако не так давно были обнару-
жены ферменты, обладающие сходными с предста- Пространственная организация хроматина имеет
вителями семейства CYP74 последовательностями, важное значение в функционировании генома. Ядер-
структурами и механизмами каталитического дей- ная ламина играет ключевую роль в этом процессе.
ствия. Но описаны они были не у растений, а у жи- С ней ассоциированы важные регуляторные белки:
вотных, протеобактерий, бурых и зеленых водоро- Jil1-киназа — модификатор состояния хроматина, бе-
слей. По требованиям номенклатуры цитохромов лок Ago2 — компонент системы РНК-интерферен-
Р450, они относятся к другим семействам. В связи ции и хроматиновый белок, роль которого до конца
с этим было введено понятие клана CYP74. К нему не изучена. Нарушения функций ламинов приводит
отнесли еще одну группу ферментов — эпоксиалко- к декомпактизации и транскрипционной активации
гольсинтазы (ЭАС). До недавнего времени данные гетерохроматина.
ферменты были обнаружены у ланцетника, бурой во- Теломеры — геномные структуры на концах ли-
доросли Ectocarpus siliculosus и актинии Nematostella нейных хромосом — расположены на периферии ядра
vectensis. Кроме того, ЭАС активность была обнару- во многих типах клеток у разных организмов. Ядер-
жена у ГПЛ подсемейства CYP74C и некоторых фер- ная мембрана не только обеспечивает внутриядерную
ментов из подсемейства CYP74B. В 2018 г. была оха- топологию теломер, но и влияет на репарацию и ре-
рактеризована и описана первая растительная эпок- пликацию теломерной ДНК. Заболевания, вызван-
сиалкогольсинтаза, относящаяся именно к семейству ные дефектами в путях, контролируемых ламинами
CYP74. Обнаружен данный фермент был у плаунка и теломерами, имеют схожие проявления и напоми-
Selaginella moellendorffii. Продукты реакции ЭАС пред- нают физиологические признаки старения. Особен-
ставителей разных таксонов различаются по стерео- но важен процесс поддержания функциональных те-
химии. ЭАС животных (в то числе и дуалистичного ломер в клетках зародышевого пути для сохранения
фермента ланцетника Branchiostoma belcheri) проду- целостности генома в ряду поколений.
цируют эпоксиспирты с цис-дизамещенным эпокси- Данная работа посвящена изучению роли белков,
дом. А эпоксиспирты, синтезированные при участии ассоциированных с периферией ядра, в поддержа-
ЭАС плаунка, бурой водоросли E. Siliculosus, фермен- нии гомеостаза теломер в герминальных клетках Dro-
тов из подсемейств CYP74B и С содержат транс-диза- sophila melanogaster. Теломеры D. melanogaster удлиня-
мещенное эпоксидное кольцо. По-видимому, обра- ются без участия теломеразы, за счет транспозиции
зование эпоксиспиртов с цис-конфигурацией эпок- ретроэлементов, среди которых основным являет-
сидного кольца является особенностью животных ся HeT-A. Мы показали, что герминальный нокдаун
ферментов с ЭАС активностью. ламинов — DmO и LamC, а также киназы Jil1, при-
Исследование фермента ланцетника Branchiosto- водил к снижению уровня транскриптов ретротранс-
ma belcheri выполнено при финансовой поддержке РФ- позона НеТ-А в яичниках дрозофилы. Мы исследо-
ФИ в рамках научного проекта №20-34-70126 «Ста- вали влияние факторов ядерной периферии на ста-
бильность». бильность теломер с помощью иммуноокрашивания
H2Av — формы гистона Н2, ассоциированной с раз-
*** рывами ДНК. В норме теломеры не содержат сиг-
налов H2Av, однако мутация белка Ago2, партнера
ламинов, приводила к появлению множественных
разрывов в теломерах, несмотря на сохранение их ло-

48 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

кализации на периферии ядра. Появление разрывов BEAF32 на ранних этапах оогенеза позволяет экс-
теломерной ДНК напрямую связано с дестабилиза- прессию TART и продукцию ревертазы, необходи-
цией генома в целом, преждевременным старением мой для удлинения теломер.
и появлением раковых клеток.
***
***
РАЗРАБОТКА ТЕХНОЛОГИИ ТРАНСПЛАНТАЦИИ
РОЛЬ ИНСУЛЯТОРНОГО БЕЛКА BEAF32 ГЕНОВ НА ПРИМЕРЕ ГЕНОВ
В РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ТЕЛОМЕРНЫХ АНТИОКСИДАНТНОЙ ЗАЩИТЫ РАСТЕНИЙ
ПОВТОРОВ
С.С. Тарасов, Е.К. Крутова
М.М. Сухова1, 2, О.А. Соколова1, В.В. Моргунова1, ФГБОУ ВО «Нижегородская государственная
А.И. Калмыкова1 сельскохозяйственная академия», 609107, Нижний Новгород,
Россия; e-mail: tarasov_ss@mauil.ru
1
НИЦ «Курчатовский институт» — Институт молекулярной
генетики, Москва, Россия;
DEVELOPMENT OF GENE TRANSPLANTATION
2
Московский государственный университет им. М.В. TECHNOLOGY BASED ON THE EXAMPLE OF PLANT
Ломоносова, факультет биотехнологии, Москва, Россия; e-mail:
ANTIOXIDANT DEFENSE GENES
mary.sukhova13@gmail.com
S.S. Tarasov, E.K. Krutova
THE ROLE OF BEAF32 INSULATOR PROTEIN Nizhny Novgorod State Agricultural Academy, 609107, Nizhny
IN REGULATION OF TELOMERIC REPEAT EXPRESSION Novgorod, Russia; e-mail: tarasov_ss@mauil.ru
M.M. Sukhova1, 2, O.A. Sokolova1, V.V. Morgunova1, В качестве объектов исследования использова-
A.I. Kalmykova1
ли прорастающие семена и проростки гороха (Pi-
RC «Kurchatov Institute» — Institute of Molecular Genetics,
1

Moscow, Russia;
sum sativum) и люцерны (Medicágo sativa). На расте-
Faculty of Biotechnology, Moscow State University Lomonosov,
2 ния действовали гипотермией и ультразвуком, после
Moscow, Russia; e-mail: mary.sukhova13@gmail.com определяли активность супероксиддисмутазы (СОД),
каталазы (КАТ) и экспрессию некоторых их генов.
Теломеры — это нуклеопротеиновый комплекс Для разработки технологии трансплантации генов ра-
на концах линейных хромосом, который предотвра- ботали с нуклеотидными последовательностями рас-
щает их деградацию и слияние. Поддержание тело- тений в https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore и https://
мер у Drosophila melanogaster происходит с помощью phytozome.jgi.doe.gov/, вирусов в https://www.genome.
транспозиций теломерных ретротранспозонов. По- jp/virushostdb/, CRISPR кассет в https://crispr.i2bc.
вторы TART кодируют обратную транскриптазу, кото- paris-saclay.fr/.
рая осуществляет присоединения к теломерам основ- Было установлено подавляющее влияние ги-
ного структурного элемента — НеТ-А. Изучение меха- потермии и ультразвука на активность исследуе-
низмов регуляции экспрессии теломерных повторов мых ферментов и экспрессию их генов, как семян,
важно для понимания принципов контроля длины так и проростков гороха. В семенах люцерны актив-
теломер. Данная работа направлена на исследование ность СОД оказалось выше контроля, а активность
роли архитектурных белков в регуляции экспрессии КАТ не отличалась от контроля. У проростков карти-
теломерных повторов в герминальных тканях дро- на активности исследуемых ферментов и экспрессии
зофилы. Инсуляторный белок BEAF32 (Boundary их генов была схожа с таковой в семенах.
Element-Associated Factor 32 kDa) — один из ключе- Для усиления устойчивости гороха к действию
вых компонентов архитектурной организации гено- стресс факторов предлагается заменить его гены
ма Drosophila. Мы показали, что BEAF32 связыва- антиоксидантной защиты на таковые люцерны.
ется с промотором TART, но не НеТ-А, в яичниках Для этого моделировали вектор доставки на осно-
дрозофилы. BEAF32 также взаимодействует с про- ве аденовируса, в котором его природные рецепто-
мотором TART, входящим в состав трансгенной кон- ры заменялись рецепторами горохового вируса, дела-
струкции TART-lacZ. В ноль-мутантах BEAF32 на- лись вставки, содержащие сведения о направляющей
блюдается активация транскрипции TART только РНК, Cas12 нуклеазы, спейсерных последовательно-
в яичниках, но не в других тканях. Таким образом, стей комплементарных областям геномного редакти-
белок BEAF32 выполняет роль тканеспецифичного рования. Аденовирус также содержал донорный(е)
репрессора транскрипции TART. Иммуноокрашива- ген(ы) люцерны и CRISPR/Cas12 системы позволя-
ние выявило, что BEAF32 присутствует в хромати- ющий создать «липкие концы» для его вставки после
не всех клеток яичника, но его количество снижено рестрикции горохового гена(ов).
на ранних этапах оогенеза. Именно в этой зоне на-
блюдается экспрессия TART и трансгена TART-lacZ. ***
Мы предполагаем, что BEAF32 репрессирует промо-
тор TART в ходе оогенеза, но снижение количества

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 49


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ПОЛИГЕННЫЙ АНАЛИЗ АССОЦИАЦИЙ ГЕНОМНЫЙ ПЦР-ФИНГЕРПРИНТИНГ


ГЕНЕТИЧЕСКИХ МАРКЕРОВ РАССЕЯННОГО ВОЗБУДИТЕЛЕЙ БАКТЕРИАЛЬНОЙ МЯГКОЙ
СКЛЕРОЗА ГНИЛИ РАСТЕНИЙ
Я.Р. Тимашева1, 2, Т.Р. Насибуллин1, А.Д. Токмакова1, Е.А. Дворякова1, 2,
И.А. Туктарова1, В.В. Эрдман1, Т.Р. Галиуллин2, А.А. Лукьянова1, 2, К.А. Мирошников1
О.В. Заплахова2, К.З. Бахтиярова2 Институт биоорганической химии им. М.М. Шемякина и
1

1
Институт биохимии и генетики Уфимского федерального Ю.А. Овчинникова РАН, 117997, Москва, Россия;
исследовательского центра РАН, 450054, Уфа, Россия; Московский государственный университет им.
2

2
Башкирский государственный медицинский университет, М.В. Ломоносова, 119234, Москва, Россия; e-mail: anna.zem@
450007, Уфа, Россия; e-mail ianina_t@mail.ru mail.ru
Ключевые слова: Pectobacterium, мягкая гниль, бактериофаги,
POLYGENIC ANALYSIS OF THE GENETIC MARKERS фаготерапия, таксономия.
OF MULTIPLE SCLEROSIS
Y.R. Timasheva1, 2, T.R. Nasibullin1, I.A. Tuktarova1, GENOMIC PCR FINGERPRINTING OF BACTERIA
V.V. Erdman1, T.R. Galiullin2. O.V. Zaplakhova2, CAUSING PLANT SOFT ROT
K.Z. Bakhtiiarova2 A.D. Tokmakova1, E.A. Dvoryakova1, 2, A.A. Lukianova1, 2,
1
Institute of Biochemistry and Genetics Ufa Federal Research Centre K.A. Miroshnikov1
of Russian Academy of Sciences, 450054, Ufa, Russia; 1
Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, RAS,
2
Bashkir State Medical University, 450007, Ufa, Russia; e-mail 119121, Moscow, Russia;
ianina_t@mail.ru 2
Lomonosov Moscow State University, 119234, Moscow, Russia;
e-mail: anna.zem@mail.ru
Рассеянный склероз (РС) — хроническое деми-
елинизирующее заболевание, развивающееся в ре- Soft Rot Pectobacteriaceae (SRP) — фитопатогенные
зультате сочетанного влияния генетических и сре- бактерии, вызывающие мягкую (мокрую) гниль рас-
довых факторов. В ходе полногеномных исследо- тений. В частности, некоторые представители этого
ваний идентифицировано более 400 генетических семейства способны приводить к потере свыше 25%
вариантов, ассоциированных с РС. Наша цель со- урожая картофеля, несмотря на соблюдения условий
стояла в поиске комплексных генетических мар- хранения. Обработка клубней суспензией бактерио-
керов РС с использованием полигенного подхо- фагов показывает многообещающие результаты в ка-
да. Группу исследования составили 644 пациента честве средства биоконтроля бактериозов картофе-
с РС и 1382 представителя группы контроля. По- ля. Однако, важным ограничением применения фа-
лигенный эффект исследуемых локусов на риск говых препаратов является высокая специфичность,
РС анализировали при помощи алгоритма APSam- из-за которой необходимо точно установить видо-
pler. Для оценки статистической значимости ис- вой состав патогенов в каждом конкретном случае.
пользовали пермутационный тест. В группе рус- Для SRP экспресс-идентификация существенно ос-
ских женщин наиболее значимо ассоциирован- ложняется разнообразием штаммовых групп и от-
ным с РС было сочетание RPS6KB1 rs180515*T/T сутствием методов экспресс-диагностики, отвечаю-
+ CD40 rs6074022*C/T (OR=0,27, p perm=0,0005), щих современным представлениям о таксономии се-
у русских мужчин — RPS6KB1 rs180515*C/ мейства. Метод геномного фингерпрининга целевых
C+PVT1 rs759648*C (OR=7,96, pperm=0,0008); у жен- патогенов, в частности BOX-PCR, может быть опти-
щин татар — MANBA rs228614*A/A+PVT1 rs759648*A+ мальным решением проблемы. Благодаря уникально-
CD40 rs6074022 (OR=0,1, pperm=0,001), у мужчин та- сти распределения амплифицированных фрагментов
тар — RPS6KB1 rs180515*C+ CLEC16A rs12708716*G/ в геле для каждого образца этот метод позволяет раз-
G+ CD58 rs2300747*G (OR=14,88, p perm=0,0016), личать бактерии на уровне групп штаммов.
у женщин башкир — PVT1 r s759648* C+ Цель данной работы — разработка систе-
CD58 rs23000747*A+ CD40 rs6074022*T/T (OR=4,92, мы идентификации P. carotovorum и близких видов
pperm=0,001), у мужчин башкир — SOX8 rs2744148*A+ на основе BOX-PCR. Для этого были получены BOX-
CD40 rs6074022*T (OR=0,06, pperm=0,002). Получен- фингерпринты более чем 200 штаммов лабораторной
ные данные свидетельствуют о наличии этноспец- коллекции пектобактерий.
ифических комплексных маркеров РС. В результате исследования было показано на-
Исследование выполнено при поддержке мегагран- личие четко дифференцируемых групповых фраг-
та Правительства Российской Федерации (№2020- ментных карт для многих видов SRP, в том числе,
220-08-2197). для P. versatile, P. carotovorum и P. polaris.
Таким образом, этот метод хорошо подходит
*** для дифференциации уже имеющихся и выделен-
ных де-ново бактерий различных групп SRP.

***

50 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

ФЕРМЕНТЫ CYP74 — ПРЕДСТАВИТЕЛИ ДРЕВНИХ РАЗРАБОТКА НАБОРА ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ


ЦИТОХРОМОВ Р450 ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ САХАЛИНСКОГО
ОСЕТРА ACIPENSER MIKADOI HILGENDORF, 1892
Я.Ю. Топоркова, Е.О. Смирнова, С.С. Горина,
С ПОМОЩЬЮ ПЦР
А.Н. Гречкин
Казанский институт биохимии и биофизики — обособленное С.В. Туранов1, 2
структурное подразделение ФИЦ КазНЦ РАН, 420111, Казань, 1
ФГБУН «Национальный научный центр морской биологии им.
Россия; e-mail: yanchens@yandex.ru А.В. Жирмунского» Дальневосточного отделения Российской
академии наук, 690041, Владивосток, Россия;
THE CYP74 ENZYMES — REPRESENTATIVES OF ANCIENT 2
ФГБОУ ВО «Дальрыбвтуз», 690087, Владивосток, Россия;
CYTOCHROMES P450 e-mail: sturcoal@mail.ru
Ya.Yu. Toporkova, E.O. Smirnova, S.S. Gorina,
A.N. Grechkin THE DEVELOPMENT OF PCR OLIGONUCLEOTIDE KIT
Kazan Institute of Biochemistry and Biophysics, FRC Kazan FOR THE IDENTIFICATION OF THE SAKHALIN
Scientific Center of RAS, 420111, Kazan, Russia; e-mail: yanchens@ STURGEON ACIPENSER MIKADOI HILGENDORF, 1892
yandex.ru S.V. Turanov1, 2
Ферменты CYP74 являются неклассическими A.V. Zhirmunsky National Scientific Center of Marine Biology, Far
1

Eastern Branch, Russian Academy of Sciences, 690041,


цитохромами Р450, которым не требуется молеку- Vladivostok, Russia;
лярный кислород и окислительно-восстановитель- Far Eastern State Technical Fisheries University, 690087,
2

ные партнеры. Мы предполагаем, что ферменты Vladivostok, Russia; e-mail: sturcoal@mail.ru


CYP74 являются представителями древних цитохро-
мов Р450, сохранившихся до наших дней благодаря Осетровые (сем. Acipenseridae) — ценные промыс-
переключению с защитных функций (преобразова- ловые рыбы, объект аквакультуры. Род Acipenser на-
ние гидроперекисей жирных кислот, образованных считывает около 20 видов, 12 из которых отмечены
в результате действия АФК, в менее опасные продук- для российской территории. Одним из наиболее ред-
ты) на сигнальные функции, приобретенные про- ких является сахалинский осетр A. mikadoi Hilgendorf,
дуктами CYP74. Эту гипотезу подтверждают следу- 1892. В настоящее время вид находится на грани ис-
ющие факты. Локализация современных CYP74 рас- чезновения. Ввиду малой численности редких и ис-
тений связана с хлоропластами — потомками первых чезающих видов рыб, наиболее подходящими для мо-
фотосинтезирующих организмов. С точки зрения ниторинга их видового и генетического разнообразия
эволюции, делеция 9-аминокислотного фрагмента представляются неинвазивные подходы, в том числе
(присутствующего только у CYP74) более вероятна, использование ДНК из окружающей среды. Метод хо-
чем их случайная вставка с появлением новой функ- рошо зарекомендовал себя в данной области и успеш-
ции. Отсутствие кислорода предшествовало его по- но апробирован для мониторинга нескольких видов
явлению в атмосфере в качестве доступного субстра- редких и исчезающих осетров. В настоящей работе
та. На независимо построенных филогенетических приводятся результаты разработки праймеров, спе­
деревьях ферменты CYP74 (обнаруженные у живот- цифичных для митохондриальной ДНК вида A. mika-
ных, растений, водорослей и протеобактерий) со- doi. Сформирована матрица из 15 последовательно-
браны в отдельную монофилетическую ветвь. Дан- стей полных митохондриальных геномов от 3 видов
ная модель не требует привлечения дополнительных осетровых рыб, ареалы которых могут пересекаться:
эволюционных механизмов, эффективность кото- A. mikadoi, A. dauricus и A. schrenckii. Также к анали-
рых не может быть подтверждена; так, для объясне- зу привлечен A. medirostris, который является генети-
ния присутствия CYP74 у животных было выдвинуто чески наиболее близким сахалинскому осетру, но от-
предположение о горизонтальном переносе соответ- дален от него географически. С помощью алгоритма
ствующих генов от растений посредством протеобак- скользящего окна выявлены наиболее изменчивые
терий. По сравнению с монооксигеназной реакция фрагменты митохондриального генома данных осе-
CYP74 не требует дополнительных участников; пред- тров: 16S рРНК, COI, ND1 и D-loop. Поиск видоспеци-
положение о поступательном развитии от двухком- фичных праймеров проведен в программе DECIPHER.
понентной системы к сложному реакционному ком- Каждую пару праймеров проверяли на спеифичность
плексу оправданно. с помощью Primer-BLAST. В качестве референса от-
Филогенетические исследования проводились дельно в разных запусках использовали класс Acti-
при финансовой поддержке гранта РНФ 20-14- nopterygii, а также сем. Acipenseridae. Дополнительно
00338. Структурный анализ ферментов CYP74 про- выполнена проверка праймеров с использованием
водился при финансовой поддержке гос. задания локальных референсных последовательностей пол-
ФИЦ КазНЦ РАН. ного митохондриального генома представителей рода
Acipenser. В итоге наиболее удачным для безошибоч-
*** ной идентификации сахалинского осетра видится ис-
пользование сочетания пар праймеров, разработанных

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 51


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

на основе фрагментов D-loop и COI. В настоящее вре- разные рестрикционные сайты в 16S рДНК участке
мя праймеры проходят экспериментальную проверку. генома. Полученные результаты RAPD-, REP- и ER-
Работа выполнена при поддержке гранта Прези- IC-анализов показали, что все выделенные штаммы
дента РФ (MK-305.2019.4). можно разделить на три основные группы.

*** ***

ГЕНОТИПИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ миРНК GH_


КЛУБЕНЬКОВЫХ БАКТЕРИЙ СОИ С ПОМОЩЬЮ SRNA5DPA12 ХЛОПЧАТНИКА
RFLP- И RAPD-АНАЛИЗА 16S рДНК УЧАСТКА
Д.Э. Усманов, З.Т. Буриев, Х.А. Убайдуллаева,
ГЕНОМА
А.С. Имамходжаева, Ш.С. Абдукаримов,
Б.Р. Умаров Б.М. Собиров, И.Ю. Абдурахмонов
Узбекский государственный университет мировых языков, Центр геномики и биоинформатики Академии наук Республики
кафедра естественных наук, Ташкент, Узбекистан; e-mail: Узбекистан, 111215, Ташкентская обл., Кибрайский р-н,
b.r.umarov@mail.ru Узбекистан, e-mail: dilshodusmonov1987@gmail.com

Таксономия азотфиксирующих бактерий, ко- BIOINFORMATIC ANALYSIS OF MIRNA GH_


торые образуют симбиотические ассоциации с бо- SRNA5DPA12 COTTON
бовыми растениями, в последние годы стала силь- D.E. Usmanov, Z.T. Buriev, Kh.A. Ubaidullaeva,
но изменяться. Функции генов клубеньков (nod) — A.S. Imamkhodzhaeva, Sh.S. Abdukarimov, B.M. Sobirov,
I.Yu. Abdurakhmonov
во взаимодействии между ризобиями и бобовыми.
Center for Genomics and Bioinformatics of the Academy of
Гены nod являются ключевыми бактериальными де-
Sciences of the Republic of Uzbekistan, 111215, Tashkent region,
терминантами обмена сигналами между двумя сим- Kibray district, Uzbekistan, e-mail: dilshodusmonov1987@gmail.com
биотическими партнерами. Продукт гена nodС пред-
ставляет собой белок, участвующий в первой стадии Как известно, открытие малых РНК произошло
образовании клубеньков, в дальнейшем осуществля- в конце 1990-х годов. Согласно функциям, их клас-
ются другие функции (nod) генов, которые выводят- сифицировали в 2 класса: siRNA и miRNA. Если siR-
ся из организма и служат сигналами, посылаемыми NA — это малые интерферирующие РНК растений,
от бактерии к растению. Растение отвечает развити- то miRNA — это молекулы, способные полностью
ем корневого клубенька. или частично комплементарно связываться с мРНК
В этом исследовании бактерии, выделенные генов-мишеней, приводить к их разрушению и та-
из клубеньков сои, выращенной в полевых услови- ким образом ингибировать процесс трансляции.
ях, были генетически охарактеризованы с использо- Им стали уделять большее внимание, так как выяв-
ванием праймеров REP и BOX A1R, генов нодуляции лено, что они являются наиважнейшим регулято-
и N(2)-фиксации (PCR-RFLP и секвенирование генов ром клеточных процессов и играют ключевую роль
nodC и nifH). Восемнадцать штаммов ризобий, выде- в подавлении экспрессии генов. Контроль мРНК
ленных из клубеньков сои, были охарактеризованы с помощью miRNA позволяет создать специфиче-
по базам данных NCBI и сравнены с типовыми штам- скую стратегию модуляции экспрессии генов расте-
мами, представляющими Bradyrhizobium japonicum, ний, а также делает возможным улучшение, напри-
Bradyrhizobium elkanii и Sinorhizobium fredii. Кластер- мер, агротехнических свойств сельскохозяйствен-
ный анализ 16S рДНК участков, проведенный с при- ных культур, в частности, некоторых представителей
менением трех эндонуклеаз рестрикции, показал, рода Gossypium. Так как хлопчатник является важ-
что все выделенные изоляты клубеньковых бактерий ной сельскохозяйственной культурой, многие ра-
сои значительно отличались от штаммов Bradyrhizo- боты исследователей направлены на создание ран-
bium elkanii и Sinorhizobium fredii, генетическое разно- неспелых генотипов, на улучшение качества волок-
образие было определено среди изолятов Bradyrhi- на, повышение урожайности растений, усиление
zobium japonicum. Анализ RFLP 16S рДНК участка устойчивости к влиянию абиотических и биотиче-
генома четко показал существование двух дивергент- ских факторов. В данный момент для нас большой
ных групп среди выделенных клубеньковых бакте- интерес представляет исследование молекулярных
рий Bradyrhizobium. После идентификации на уров- основ активности miRNA на стадиях формирования
не видов все изоляты были дополнительно охарак- волокна хлопчатника. Объектом наших исследова-
теризованы с помощью RAPD и rep-PCR-анализов. ний является малая РНК Gh_sRNA5dpa12, выявлен-
И RAPD, и rep-PCR генерирует высокоспецифич- ная на стадий развития волокна хлопчатника. На-
ные и воспроизводимые структуры, которые обеспе- ми предпринята попытка провести сравнительный
чивают точную дифференциацию. Среди штаммов биоинформатический анализ геномов арабидопсиса
Bradyrhizobium japonicum этими двумя методами об- (Arabidopsis thaliana), с диплоидными (Gossypium ar-
наружен высокий уровень разнообразия, выявлены boreum L., G. raimondii L.), и тетраплоидным (G. hir-

52 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

sutum L.) видами хлопчатника. Биоинформатиче- ТОНУС СОСУДОВ У ЖЕНЩИН С ВАРИАНТОМ


ский анализ выполнялся с использованием раздела rs2070744 ГЕНА NOS3
BLSTn базы данных генов NCBI и филогенетическо-
Н.А. Фадеева, Н.А. Бебякова, О.А. Афиногенова,
го дерева генов SEQUENCHER 5.4 и FRS с использо-
А.В. Хромова, А.В. Сумарокова
ванием программ CLUSTW, PAUP. На основе ана-
лиза данных генов миРНК Gh_sRNA5dpa12 генома ФГБОУ ВО «Северный государственный медицинский
университет», Архангельск, Россия; e-mail: tascha1811@
A. thaliana сделано заключение, что целевым геном rambler.ru
для нее является ген FRS10, один из членов семей-
ства генов FRS. При сопоставлении генома A. thali- VASCULAT TONE IN WOMEN WITH THE VARIANT
ana с геномом хлопчатника G. hirsutum сходство со- rs2070744 OF THE GENE NOS3
ставило 70,29%. N.A. Fadeeva, N.A. Bebyakova, O.A. Afinogenova,
A.V. Khromova, A.V. Sumarokova
*** Northern State Medical University, Arkhangelsk, Russia; e-mail:
tascha1811@rambler.ru
РЕДАКТИРОВАНИЕ ГЕНОВ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ Перспективным подходом для выделения
И СЛИЯНИЯ МЕМБРАН ГАМЕТ КУКУРУЗЫ группы повышенного риска формирования вазо-
В.В. Фадеев, Е.М. Моисеева, Ю.С. Гусев, констрикции является анализ полиморфизма ге-
С.И. Мазилов, М.И. Чумаков нов-кандидатов. Одним из таких генов является
ген эндотелиальной синтазы оксида азота (NOS3).
Институт биохимии и физиологии растений и микроорганизмов
РАН, 410049, Саратов, Россия; e-mail: vvf2593@gmail.com
Были обследованы 116 практически здоровых жен-
щины в возрасте 18—22 лет, постоянно прожива-
EDITING THE MAIZE GAMETE MEMBRANE ющих на территории Арктического региона. Ис-
INTERACTION GENES следование проводили в фолликулярную и люте-
V.V. Fadeev, E.M. Moiseeva, Yu.S. Gusev, S.I. Mazilov, иновую фазы овариально-менструального цикла.
M.I. Chumakov Генотипирование полиморфного варианта –786T>C
Institute of Biochemistry and Physiology of Plants and (rs2070744) гена NOS3 проводили методом пиро-
Microorganisms, Russian Academy of Sciences, 410049, Saratov, секвенирования. Для оценки функционального со-
prospect Entuziastov, 13, Russia; e-mail: vvf2593@gmail.com
стояния ССС у женщин применялась проба Мар-
Целью эксперимента было создание и применение тине—Кушелевского. Тонус сосудов определяли
CRISPR/Cas9-конструкций для нокаутирования генов реографическим методом, оценивали по индексу
Zm_gex2 и Zm_gsc1 и их перенос в генетически маркиро- периферического сопротивления (ИПС). Статисти-
ванную линию кукурузы Коричневый маркер (не гапло- ческий анализ выполнен с использованием пакета
индуктор). Гены взаимодействия (Zm_gex2) и слияния прикладных программ SPSS statistics. Преобладаю-
(Zm_gcs1) мембран гамет кукурузы, впервые описанные щими были генотипы, содержащие дикий вариант
нами в 2017 г. (Волохина и соавт., 2017), могут быть свя- аллеля — Т, а наиболее редким вариантом — гено-
заны с явлениями гиногенеза (формирования зароды- тип СС. ИПС как до нагрузки, так и после нее в фа-
ша из неоплодотворенной яйцеклетки) и гаплоиндук- зы овариально-менструального цикла у женщин
ции (Чумаков, 2018). На основе вектора pRGEB-32BAR с генотипами ТТ и СТ полиморфизма –786Т>С ге-
было создано несколько CRISPR/Cas9-конструкций на NOS3 не выходил за пределы нормы и был прак-
с тремя гид-РНК к гену Zm_gex2 и двумя гид-РНК к ге- тически одинаков, тогда как в группе СС высокий
ну Zm_gcs1, которые переносились в геном кукурузы ИПС (более 90) наблюдался в фолликулярную фазу
методом агробактериальной трансформации in planta. после нагрузки, а в лютеиновую — как до нагрузки,
Встройка CRISPR/Cas9-конструкций была обнаруже- так и после нее. Полученные данные свидетельству-
на методом ПЦР в 16 из 88 объединенных (по 10 шт.) ют о том, что у женщин-гомозигот по мутантному
образцов и подтверждена в 7 образцах из проверенных аллелю С наблюдается тенденция к вазоконстрик-
74 индивидуальных растений. ции, особенно в лютеиновую фазу, где повышенный
Исследование поддержано грантами РФФИ №20- уровень ИПС наблюдается не только после физиче-
016-00020а (Zm_gex2) и №20-316-80020/20 (Zm_gcs1). ской нагрузки, но и в условиях покоя.

ЛИТЕРАТУРА ***
1. Волохина И.В., Моисеева Е.М., Гусев Ю.С., Гуторова О.В., Чума-
ков М.И. Анализ генов слияния гамет у гапло-индуцирующей линии
кукурузы ЗМС-П. Онтогенез. 2017;2:134-139.
2. Чумаков М.И. Матроклинная гаплоидия и взаимодействие гамет у ку-
курузы (обзор). Генетика. 2018;54:10:1120-1124.

***

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 53


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

АНАЛИЗ АССОЦИАЦИИ ПОЛИМОРФНЫХ АНТИСТРЕССОВОЕ ДЕЙСТВИЕ АНАЛОГОВ


ВАРИАНТОВ ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ МЕЛАНОКОРТИНА СВЯЗАНО С КОРРЕКЦИЕЙ
В МЕТАБОЛИЗМЕ ГИСТАМИНА, С РАЗВИТИЕМ ПРОФИЛЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ
АЛЛЕРГИЧЕСКОГО РИНИТА В ГИППОКАМПЕ КРЫС ПОСЛЕ ОСТРОГО
СТРЕССА
Ю.Ю. Федорова1, А.С. Карунас1, 2, О.Н. Савельева3,
И.А. Камышников3, Э.К. Хуснутдинова1, 3 И.Б. Филиппенков1, В.В. Ставчанский1,
1
Институт биохимии и генетики УФИЦ РАН, 450054, Уфа, Н.Ю. Глазова1, Е.А. Себенцова1, Л.В. Валиева1,
Россия; Ю.А. Ремизова1, Н.Г. Левицкая2, Н.Ф. Мясоедов1,
2
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный медицинский С.А. Лимборская1, Л.В. Дергунова1
университет» Минздрава России, 450008, Уфа, Россия; 1
ФГБУ «Институт молекулярной генетики» Национального
3
ФГБОУ ВО «Башкирский государственный университет», исследовательского центра «Курчатовский институт», 123182,
450076, Уфа, Россия; e-mail: fedorova-y@yandex.ru Москва, Россия;
2
ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им.
ASSOCIATION ANALYSIS OF GENE POLYMORPHISMS М.В. Ломоносова», 119991, Москва, Россия; e-mail:
INVOLVED IN THE HISTAMINE METABOLISM filippenkov@img.msk.ru
WITH ALLERGIC RHINITIS
Yu.Yu. Fedorova1, A.S. Karunas1, 2, O.N. Savelieva3, ANTISTRESS EFFECT OF MELANOCORTIN ANALOGS
I.A. Kamyshnikov3, E.K. Khusnutdinova1, 3 ASSOCIATED WITH CORRECTION OF GENE EXPRESSION
1
Institute of Biochemistry and Genetics UFRC RAS, 450054, Ufa, PATTERNS IN RAT HIPPOCAMPUS AFTER ACUTE STRESS
Russia; I.B. Filippenkov1, V.V. Stavchansky1, N.Yu. Glazova1,
2
Bashkir State Medical University, 450008, Ufa, Russia; E.A. Sebentsova1, L.V. Valieva1, Ju.A. Remizova1,
3
Bashkir State University, 450076, Ufa, Russia; e-mail: fedorova-y@ N.G. Levitskaya2, N.F. Myasoedov1, S.A. Limborska1,
yandex.ru L.V. Dergunova1
1
Institute of Molecular Genetics of National Research Centre
Гистамин — это медиатор аллергических реакций «Kurchatov Institute», 123182, Moscow, Russia;
немедленного типа, участвующий в развитии мно- 2
Lomonosov Moscow State University, 119991, Moscow, Russia;
гих заболеваний, в том числе и аллергического ри- e-mail: filippenkov@img.msk.ru
нита (АР). Цель исследования — изучение ассоци-
ации полиморфных вариантов генов аминоксида- Природные меланокортины (МК) активно исполь-
зы 1 AOC1 и гистамин N-метилтрансферазы HNMT зуются при разработке лекарств с нейропротективными
с развитием АР. В качестве материала исследования свойствами. В данной работе были изучены поведен-
использованы образцы ДНК 455 больных АР, 298 де- ческие эффекты и молекулярно-генетические механиз-
тей из которых имели сопутствующий диагноз — мы действия синтетических аналогов МК — АКТГ(4-7)
атопическая бронхиальная астма (БА). В контроль- PGP (семакс) и АКТГ(6-9)PGP в норме и в условиях
ную группу вошли 287 детей без бронхолегочных, острого иммобилизационного стресса (ОИС). Введе-
аллергических и аутоиммунных заболеваний. Гено- ние крысам пептидов (100 мкг/кг) за 30 мин до ОИС
типирование проведено с использованием метода значительно ослабляло стресс-вызванные изменения
ПЦР-ПДРФ. Выявлено, что аллель rs1049793*С гена поведения животных. С помощью высокопроизводи-
AOC1 является маркером повышенного риска разви- тельного секвенирования РНК (RNA-Seq) с примене-
тия АР в целом (p=0,02, OR=1,69) и АР с сопутству- нием алгоритма «TopHat+Cufflinks+DeSeq2» мы иден-
ющей БА (p=0,01, OR=1,92) у русских. Обнаружена тифицировали 1359 дифференциально экспрессируе-
ассоциация аллеля rs1801105*T гена HNMT с умерен- мых генов (ДЭГ) (>1,5; Padj<0,05) в гиппокампе крыс
ным повышением общего IgE у детей, больных АР через 4,5 ч после ОИС по сравнению со здоровыми жи-
с БА (p=0,02, OR=1,75). вотными. Введение семакса приводило к модуляции
Работа выполнена с использованием «Коллекции более 1500 ДЭГ, а введение АКТГ(6-9)PGP — менее
биоматериалов человека ИБГ УФИЦ РАН» при под- 400 ДЭГ через 4,5 ч после ОИС. При этом было выявле-
держке гранта РФФИ №19-315-90055. но 246 общих ДЭГ, экспрессия которых изменялась со-
направленно под действием обоих пептидов в условиях
*** ОИС. В частности, пептиды модулировали экспрессию
генов, связанных с метаболизмом и трансляцией РНК
(Rps13, Rpl9, Srsf1, Tcf7l1), репликацией ДНК (Pole4,
Anapc15), функциями иммунной (Cd63, Psma5, Psmb4,
Hsp90aa1) и нервной (Chrna4, Vdac3, Grik3) систем. Кро-
ме того, пептиды повышали уровни экспрессии генов,
которые были снижены через 4,5 ч после ОИС, и нао-
борот, аналоги МК снижали уровни экспрессии генов,
которые были активированы после ОИС. Таким обра-
зом, антистрессовое действие производных МК может

54 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

быть связано с коррекцией профиля экспрессии генов, Анализ синуклеинов in vitro поддержан грантом РНФ
нарушенного действием ОИС. (№19-14-00064), работы на нокаутных животных —
Работа выполнена при поддержке гранта РНФ грантом РФФИ (№19-315-90049), содержание мышей
№19-14-00268. осуществлялось при поддержке гранта Министерства
науки и высшего образования РФ (№075-15-2020-795).
***
***
ВЛИЯНИЕ БЕЛКОВ СЕМЕЙСТВА СИНУКЛЕИНОВ
НА ДОФАМИНОВУЮ ТРАНСМИССИЮ ПРОФИЛЬ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ НЕГАТИВНЫХ
РЕГУЛЯТОРОВ mTOR-СИГНАЛИНГА
К.Д. Чапров, Ю.С. Суханова
ПРИ СТАРЕНИИ И ДОЛГОЛЕТИИ
Институт физиологически активных веществ РАН, 142432,
Черноголовка, Россия; e-mail: chaprov@ipac.ac.ru В.В. Эрдман, И.А. Туктарова, Я.Р. Тимашева,
Т.Р. Насибуллин
PROTEINS OF THE SINUCLEIN FAMILY AFFECT
DOPAMINE TRANSMISSION Институт биохимии и генетики Уфимского федерального
исследовательского центра РАН, 450054, Уфа, Россия; e-mail:
K.D. Chaprov, Yu.S. Sukhanova danivera@mail.ru
Institute of Physiologically Active Compounds Russian academy of
sciences, 142432, Chernogolovka, Russia; e-mail: chaprov@ipac. GENE EXPRESSION PROFILE OF NEGATIVE REGULATORS
ac.ru OF MTOR SIGNALING IN AGING AND LONGEVITY
Синаптическая передача нервного импульса по- V.V. Erdman, I.A. Tuktarova, Y.R. Timasheva, T.R. Nasibullin
средством дофамина (ДА) используется во многих ней- Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Branch of the Russian
Academy of Sciences, 450054, Ufa, Russia; e-mail: danivera@mail.ru
ронных сетях и ее нарушения приводят к развитию не-
врологических и психических заболеваний. Роль белка Долголетие является показателем высокоа-
альфа-синуклеина (SNCA) в оптимизации ДА транс- даптивного фенотипа, в основе которого лежит сба-
миссии подтверждена целым рядом исследований, лансированная работа эволюционно консерватив-
а при нарушении функции SNCA с возрастом разви- ных сигнальных путей, контролирующих широкий
вается синаптическая патология. О влиянии двух дру- спектр биологических процессов. Один из ключе-
гих белков семейства синуклеинов на процессы дегене- вых регуляторов множественных клеточных про-
рации ДА нейронов во взрослом мозге известно мало. цессов — это mTOR-сигналинг, ингибирование ко-
В работе было изучено влияние синуклеинов на эф- торого выступает триггером старения. Цель иссле-
фективность захвата, меченного тритием ДА в препа- дования заключалась в оценке уровня экспрессии
ратах очищенных синаптических везикул, выделенных генов, участвующих в негативной регуляции mTOR-
с помощью последовательного ультрацентрифугирова- сигнального пути, на разных этапах онтогенеза чело-
ния из дорзальных стриатумов бессинуклеиновых мы- века. Материалом послужили 130 образцов РНК, по-
шей (тройной нокаут SNCA-/-_SNCB-/-_SNCG-/-). лученных из лимфоцитов периферической венозной
Было показано, что в отсутствие синуклеинов наблю- крови здоровых индивидов в возрасте от 22 до 100 лет.
далось существенное снижение эффективности захва- Сравнительный анализ экспрессии 30 генов ингиби-
та ДА синаптическими везикулами (на 40%), при этом торов mTOR-сигналинга выполнен с учетом возрас-
захват ДА синаптосомами не менялся. Добавление ре- та. В группе лиц старческого возраста (80—89 лет)
комбинантных синуклеинов повышало уровень захва- по сравнению с контролем (22—57 лет) снижен уро-
та ДА во фракциях синаптических везикул in vitro. Наи- вень экспрессии генов MTOR, PRKAB2, TSC1, CA-
более выраженным эффектом обладал бета-синуклеин B39L, YWHAQ (FR≤2, p<0,05). У долгожителей (90—
(SNCB). Способность SNCB восстанавливать эффек- 100 лет), в сравнении с лицами старческого возраста,
тивность захвата ДА была независимо подтверждена in повышена экспрессия гена ULK2 (FR=3,17, p=0,04).
vivo путем лентивирусной доставки конструкта, коди- Таким образом, в преклонном возрасте снижается
рующего белок SNCB. После стереотаксических уни- экспрессия ряда генов, отвечающих за подавление
латеральных инъекций в область черной субстанции, mTOR-сигналинга путем активации mTORС1-пути.
где расположены тела ДА нейронов, синтезированный Это может опосредовать прогрессию клеточного ста-
SNCB транспортировался по нигростриарному тракту рения, развитие возрастных заболеваний и в целом
в дорсальный стриатум и был детектирован в синапти- формирование старческого фенотипа. Однако среди
ческих везикулах. Эффективность захвата ДА синапти- лиц старше 90 лет экспрессия этих генов схожа с та-
ческими везикулами из стриатумов полушария с восста- ковой у лиц среднего возраста, а обусловленное по-
новленным уровнем SNCB была статистически досто- вышенной активностью гена ULK2 поддержание про-
верно выше, чем из контрольного полушария. цесса аутофагии, необходимого для утилизации по-
Полученные данные являются первым экспери- врежденных молекул, способствует долгожительству.
ментальным доказательством роли SNCB в оптими- Работа выполнена в рамках госзадания (­№­АААА- А21-
зации захвата ДА синаптическими везикулами. 121011990119-1) и при финансовой поддержке мега-

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 55


ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

гранта Правительства Российской Федерации (№2020- где является одним из важнейших объектов ак-
220-08-2197). вакультуры благодаря широкому использованию
в медицине. Однако ценность трепанга способ-
*** ствовала его ненормированному вылову, что в ито-
ге привело к сокращению численности популяций
ВЛИЯНИЕ НУЛЕВЫХ АЛЛЕЛЕЙ и генетического разнообразия этого животного
НА ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ в местах его обитания. Для изучения генетическо-
И ПОПУЛЯЦИОННУЮ СТРУКТУРУ го разнообразия используются молекулярные мар-
APOSTICHOPUS JAPONICUS SELENKA, 1867 керы, одними из которых являются микросателли-
В.Д. Ягодина, Н.М. Батищева, В.А. Брыков ты. Одним из недостатков этих маркеров является
наличие нулевых аллелей, которые влияют на ко-
Национальный научный центр морской биологии им.
А.В. Жирмунского ДВО РАН, Приморский край, 690041,
нечный результат. В нашем исследовании мы из-
Владивосток, Россия; e-mail: iagodinavd@gmail.com учили действие нуль-аллелей на оценку генети-
ческого разнообразия и популяционную структу-
EFFECT OF NULL ALLELES ON GENETIC DIVERSITY ру Apostichopus japonicus из залива Петра Великого
AND POPULATION STRUCTURE OF APOSTICHOPUS с использованием 5 микросателлитных локусов.
JAPONICUS SELENKA, 1867
В результате корректировки первичных данных ко-
V.D. Iagodina, N.M. Batishcheva, V.A. Brykov эффициент инбридинга существенно уменьшается.
Zhirmunsky Institute of Marine Biology, National Scientific Center Присутствие нулевых аллелей в 1,5—2 раза снижа-
of Marine Biology, Far Eastern Branch, Russian Academy of
Sciences, Primorsky region, 690041, Vladivostok, Russia; e-mail:
ло значение наблюдаемой гетерозиготности и ве-
iagodinavd@gmail.com ло к отклонению от равновесия Харди—Вайнбер-
га Генетические дистанции между выборками из-
Apostichopus japonicus Selenka, 1867 широко рас- менялись незначительно, что связано с небольшим
пространен в прибрежных водах восточной Азии, числом локусов.

« « «

56 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


АЛФАВИТНЫЙ УКАЗАТЕЛЬ АВТОРОВ

Алфавитный указатель авторов

Абдукаримов Ш.С., 9, 36, 52 Гречкин А.Н., 22, 48, 51 Копылова Е.Е., 32


Абдуллаев А.Н., 9 Григорьева Е.И., 23 Корчагин В.И., 39
Абдуллаев С.А., 9 Гришко Е.О., 23 Кособокова Е.Н., 32
Абдурахмонов И.Ю., 52 Гродецкая Т.А., 11, 32, 43 Косогова Т.М., 33
Алексеев В.Ю., 10 Губский Л.В., 20, 43 Косоруков В.С., 32
Алиев А.М., 10 Гусев Ю.С., 53 Кочергин-Никитский К.С., 15
Аминева Е.Ю., 11 Гусева О.Ю., 24 Крутова Е.К., 49
Астрейко М.О., 11 Давыдова Ю.Д., 24 Кузнецова В.А., 33
Афиногенова О.А., 53 Дворякова Е.А., 50 Кузуб Н.А., 34, 38
Бабина Д.Д., 29 Дейнеко Е.В., 23, 46 Куликова С.Л., 28
Байрамова Э.М., 12 Демидюк И.В., 15, 46 Курочкина Е.Л., 34
Барадиева Э.Ц., 12 Денисова А.Е., 20, 43 Лаврухин М.С., 35
Баранов О.Ю., 40 Дергунов А.Д., 13, 44 Левданский О.Д., 28
Барлыбаева Я.А., 13, 20 Дергунова Л.В., 20, 43, 44, 54 Левицкая Н.Г., 54
Басерова В.Б., 13 Джаубермезов М.А., 24 Левицкий С.Н., 34
Батищева Н.М., 14, 56 Дзреян В.А., 25, 44 Лимборская С.А., 20, 43, 44, 54
Бахтиярова К.З., 50 Дзюба М.С., 33 Лукьянова А.А., 35, 50
Бахшиев А.Г., 14 Дубинкин И.А., 25 Луцкий Е.О., 37
Башинская В.В., 27 Евсеев П.В., 35, 42 Луч А.П., 21
Бебякова Н.А., 11, 26, 34, 53 Евстигнеева С.С., 26 Ляпина А.М., 35
Бедошвили Е.Д., 12 Евстифеев В.В., 27 Мазилов С.И., 53
Белова Л.Л., 15 Евтушенко Е.В., 21, 23 Макамов А.Х., 9, 36
Бердышев И.М., 15 Екомасова Н.В., 24 Мальченкова А.А., 32
Благова Д.К., 10 Елизарова В.С., 26 Маркевич Г.Н., 17
Блинова А.А., 16 Еникеева Р.Ф., 24 Мартиросян И.А., 39
Бобохужаев Ш.У., 9, 36 Есин Е.В., 17 Марченков А.М., 12, 36, 38
Бобровникова Л.А., 16 Жардецкий С.С., 18 Мингажева Э.Т., 13, 20, 37
Болкиев А.А., 9 Жданова С.Н., 40 Мирошников К.А., 35, 42, 50
Бондарь Е.И., 18 Загородня О.А., 27 Михайлова М.Е., 45
Борисов Е.Е., 17 Зайцев С.С., 35 Мишко А.Е., 37
Борисов И.В., 26 Заплатников Я.С., 27 Можаровская Л.В., 38, 40
Борисович Ю.Г., 27 Заплахова О.В., 50 Моисеева Е.М., 53
Бочарова Е.С., 17 Захарова Ю.Р., 38 Мокеев Д.И., 26
Брагинец А.Н., 18 Иванов Ю.Д., 28 Моргунова В.В., 49
Брыков В.А., 14, 56 Иванова А.С., 28 Морозик П.М., 30
Бугаев-Макаровский Н.А., 19 Иванова И.А., 28 Морозов А.А., 12, 36, 38
Бугаева Е.А., 18 Иваченко Л.Е., 16, 39 Морозова Д.Д., 27
Булавин И.В., 19 Имамходжаева А.С., 52 Мосейко В.В., 27, 34, 38
Буриев З.Т., 9, 36, 52 Кабанова Н.В., 32 Муллагалеева Э.Ф., 37
Быстрова М.Ф., 32 Казаков Е.И., 29 Мурланова Е.В., 27
Вайсерман А.М., 38 Казакова Е.А., 29 Мухтарова Л.Ш., 22
Валиева Л.В., 20, 43, 54 Казанцева А.В., 24 Мясоедов Н.Ф., 29, 43, 54
Валова Я.В., 13, 20, 37 Калабушева Е.П., 47 Насибуллин Т.Р., 29, 50, 55
Вергун А.А., 22 Калмыкова А.И., 17, 48, 49 Никонова Ю.М., 11
Веселкина У.С., 21 Камышников И.А., 54 Новикова Е.Л., 41
Волкова П.Ю., 29 Карасева М.А., 15, 46 Носова Е.В., 44
Волокитина Н.А., 36 Каримов Д.Д., 29 Нургалиева А.Х., 13, 37
Воротеляк Е.А., 47 Картавцев Ю.Ф., 45 Огарков О.Б., 40
Вязникова Д.А., 34 Карунас А.С., 46, 54 Огурцов И.Б., 39
Габидуллина Л.Р., 24 Кирьянов П.С., 30 Одегов Д.О., 39
Галачьянц Ю.П., 38 Кислицин В.Ю., 30 Олейник А.Г., 18
Галиуллин Т.Р., 50 Класс А.Л., 12 Орлова Е.А., 40
Гатиятуллин P.Ф., 46 Кобец Е.В., 30 Падий Д.А., 42
Гацкая С.С., 21 Кокшарова О.А., 42 Пантелеев С.В., 40
Гирнык А.Е., 22 Колтовая Н.А., 26 Пахолкова М.С., 16
Глазова Н.Ю., 54 Кольцова М.А., 31 Первухина О.А., 11
Голохваст К.С., 33 Коляда А.К., 27, 34, 38 Петрова Л.П., 26
Гончарова Е.А.,21 Комаров П.А., 17 Питерский М.В., 41
Горбатова И.В., 29 Кондратьева А.М., 32 Питинова М.А., 25
Горина С.С., 22, 48, 51 Коноплина К.М., 32 Платова С.Е., 41

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК 57


АЛФАВИТНЫЙ УКАЗАТЕЛЬ АВТОРОВ

Плешакова Т.О., 28 Сидоров Р.А., 16 Умаров Б.Р., 52


Плюта В.А., 42 Сидорова Д.Е., 42 Усманов Д.Э., 52
Подлуцкий М.С., 29 Сидорова М.К., 47 Фадеев В.В., 53
Подобед М.Ю., 29 Сидорчук Ю.В., 23, 46 Фадеева Н.А., 53
Попова А.А., 42 Синетова М.А., 16 Фаисханова Р.Р., 13, 37
Почкайло А.С., 30 Смирнихина С.А., 15 Федорова В.А., 27, 35
Прокофьева Д.С., 13, 20, 37 Смирнова Д.И., 12 Федорова Ю.Ю., 46, 54
Равилов Р.Х., 27 Смирнова Е.О., 22, 48, 51 Федулова Т.П., 32
Радушин И.С., 34 Смялковская В.В., 34 Филатова Е.В., 12
Разин С.В., 47 Собиров Б.М., 52 Филиппенков И.Б., 20, 43, 44, 54
Рассказова П.М., 42 Соколова Е.А., 32 Хайтин А.М., 44
Ремизова Ю.А., 24, 43, 54 Соколова О.А., 48, 49 Хворых Г.В., 25
Ржевский С.Г., 10, 24, 43 Сорокань А.В., 10 Хижнякова М.А., 27
Риппа А.Л., 47 Ставчанский В.В., 20, 43, 54 Хмель И.А., 42
Рогачевская О.А., 32 Старунов В.В., 41 Ходаков О.А., 41
Роговая О.С., 47 Султонова Ш.А., 9 Хромова А.В., 53
Родькин С.В., 25, 44 Сумарокова А.В., 53 Хрунин А.В., 10, 25
Рожкова А.В., 44 Сундырева М.А., 37 Хусаинов Ф.М., 27
Рожкова А.М., 30 Суспицына А.Д., 48 Хуснутдинова Э.К., 13, 20, 24, 37, 46, 54
Романенко М.С., 38 Суханова Ю.С., 55 Чапров К.Д., 55
Романишко Е.Л., 45 Сухова М.М., 49 Чулкин А.М., 30
Руденко Э.В., 30 Тарасов С.С., 49 Чумаков М.И., 53
Рутенко О.А., 45 Телешева Е.М., 26 Чухонцева К.Н., 15
Сабуров В.О., 29 Терских В.В., 47 Шабалина И.А., 34
Савельева О.Н., 46, 54 Тимашева Я.Р., 29, 50, 55 Шейко Р.И., 45
Самодуров Д.Е., 46 Токмакова А.Д., 50 Шелудько А.В., 26
Санамьян М.Ф., 9, 36 Топоркова Я.Ю., 22, 48, 51 Шрам С.И., 12
Светлова А.О., 46 Туктарова И.А., 29, 50, 55 Эрдман В.В., 29, 50, 55
Себенцова Е.А., 54 Туранов С.В., 31, 45, 51 Эткина Э.И., 46
Селезнев Д.Г., 17 Убайдуллайева Х.А., 9, 52 Эшмурзаев Ж.Б., 9
Сивицкая Л.Н.,28 Ульянов С.В., 47 Ягодина В.Д., 14, 56

58 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ, 2021, СПЕЦВЫПУСК


Договор (публичная оферта)*
г. Москва «______ »__________________ _____ г.

Общество с ограниченной ответственность «Издательство Медиа Сфера», именуемое в дальнейшем


«Издатель», в лице генерального директора Немцовой Н.В., действующей на основании устава, с од-
ной стороны, предлагает неопределенному кругу лиц, являющимися авторами, соавторами, иными
правообладателями, имеющими право распоряжаться исключительным правом на результат интел-
лектуальной деятельности (далее — Автор), с другой стороны, далее совместно именуемые Стороны,
заключить настоящий договор (далее — Договор) о нижеследующем.

1. ПРЕДМЕТ ДОГОВОРА
1.1. Автор предоставляет Издателю права на использование авторского произведения, направленно-
го для безвозмездной публикации в один из издаваемых Издателем журналов (далее — Статьи),
в установленных Договором пределах и на определенный Договором срок.
1.2. В
 соответствии с п.3 ст.438 ГК РФ настоящий Договор считается заключенным Автором с Изда-
телем с момента направления Автором Статьи для публикации в один их журналов, издаваемых
Издателем, перечень которых приведен в приложении №1 к настоящему Договору.
1.3. Автор гарантирует, что он является действительным правообладателем исключительных прав на
Статью, что Статья является оригинальным произведением, не публиковавшимся ранее и не пре-
доставленным для публикации в другие печатные и/или электронные издания.

2. ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ИЗДАТЕЛЮ ПРАВА НА ИСПОЛЬЗОВАНИЕ СТАТЬИ


2.1. П
 о настоящему Договору Автор на безвозмездной основе предоставляет Издателю следующие права:
2.1.1. Право на воспроизведение Статьи или ее отдельных частей в любой материальной форме,
в том числе на бумажных или электронных носителях в виде отдельного произведения ли-
бо в составных произведениях, в том числе в составе журналов, сборников, базах данных.
2.1.2. Право на распространение путем продажи и иного отчуждения Статьи или отдельных ее ча-
стей, воспроизведенных в соответствии с п.2.1.1. Договора.
2.1.3. Доведение Статьи и отдельных ее частей до всеобщего сведения таким образом, что любое
лицо может получить доступ к произведению из любого места и в любое время по собствен-
ному выбору (доведение до всеобщего сведения).
2.1.4. Право на перевод или другую переработку Статьи и использование производного произве-
дения в соответствии с п.2.1.1, 2.1.2., 2.1.3. Договора.
2.1.5. Право сублицензирования — предоставление прав использования Статьи и отдельных ее
частей, установленные пп.2.1,1, 2.1.2, 2.1.3, 2.1.4 Договора, третьим лицам.
2.1.6. Права использование Статьи или ее отдельных частей, установленные Договором, допуска-
ются на территории Российской Федерации и всех других государств, где осуществляется
охрана авторских прав.
2.2. Права, указанные в п.2.1. Договора, предоставляются Издателю на следующих условиях:
2.2.1. На условиях исключительной лицензии, срок действия которой начинается с даты пере-
дачи Статьи для публикации и действует в течение всего срока действия исключительных
прав Автора, если Статья была опубликована Издателем.
 период действия условий исключительной лицензии Автор не вправе передавать третьим лицам
В
права на Статью, предоставленные Издателю в соответствии с п.2.1. Договора.
2.2.2. Н
 а условиях исключительной лицензии, срок действия которой начинается с даты передачи Ста-
тьи для публикации и действует в течение года, если Статья не будет опубликована Издателем.
В период действия условий исключительной лицензии Автор не вправе передавать третьим лицам
права на Статью, предоставленные Издателю в соответствии с п.2.1. Договора.
После истечения срока действия условий исключительной лицензии, Издатель продолжает пользо-
ваться правами на Статью, предоставленными п.2.1. Договора, на условиях неисключительной ли-
цензии в течение всего срока действия исключительных прав Автора.
В период действия условий неисключительной лицензии Автор может передавать права на Статью,
указанные в п.2.1. Договора, любым третьим лицам по своему усмотрению.
3. ОТВЕТСТВЕННОСТЬ СТОРОН
3.1. Стороны в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения своих обязательств по настоя-
щему Договору несут ответственность в соответствии с нормами действующего законодательства
Российской Федерации.

4. РАЗРЕШЕНИЕ СПОРОВ
4.1. В
 о всем остальном, что не предусмотрено настоящим Договором, Стороны руководствуются дей-
ствующим законодательством Российской Федерации.
Все споры, связанные с заключением, толкованием, исполнением и расторжением договора, будут
разрешаться Сторонами путем переговоров.
4.2. П
 ри наличии неурегулированных разногласий Сторон споры разрешаются в суде по месту нахож-
дения Издателя в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации.

5. ЗАКЛЮЧИТЕЛЬНЫЕ ПОЛОЖЕНИЯ
5.1. В
 случае предъявления к Издателю требований, связанных с нарушением исключительных автор-
ских и иных прав интеллектуальной собственности третьих лиц при создании Статьи или в связи
с заключением Автором настоящего Договора, Автор обязуется:
— немедленно, после получения уведомления Издателя, принять меры к урегулированию споров
с третьими лицами, при необходимости вступить в судебный процесс на стороне Издателя и пред-
принять все зависящие от него действия с целью исключения Издателя из числа ответчиков;
— возместить Издателю понесенные судебные расходы, расходы и убытки, вызванные примене-
нием мер обеспечения иска и исполнения судебного решения, и выплаченные третьему лицу
суммы за нарушение авторских, исключительных и иных прав интеллектуальной собственно-
сти, а также иные убытки, понесенные Издателем в связи с несоблюдением Автором гарантий,
предоставленных им по настоящему Договору.
5.2. В
 соответствии со ст. 6. ФЗ «О персональных данных» №152-ФЗ от 27 июля 2006 года в период
с момента заключения настоящего Соглашения и до прекращения обязательств Сторон по насто-
ящему Соглашению Автор выражает согласие на обработку Издателем следующих персональных
данных Автора: фамилия, имя, отчество; индивидуальный номер налогоплательщика (ИНН); да-
та и место рождения; сведения о гражданстве; реквизиты документов, удостоверяющих личность;
адреса места регистрации и фактического места жительства; адреса электронной почты; почто-
вый адрес с индексом; номера контактных телефонов; номера факсов; сведения о местах работы.
5.3. Издатель вправе производить обработку указанных персональных данных в целях исполнения
настоящего Договора, в том числе выполнения информационно-справочного обслуживания Ав-
тора. Под обработкой персональных данных понимаются действия (операции) с персональными
данными, включая сбор, систематизацию, накопление, хранение, уточнение (обновление, изме-
нение), использование, распространение (в том числе передача третьим лицам), обезличивание,
блокирование и уничтожение персональных данных.
5.4. Автор вправе отозвать согласие на обработку персональных данных, направив Издателю соответ-
ствующее уведомление в случаях, предусмотренных законодательством РФ.

Издатель: __________________________________________________________________________
___________________________________________________________________________________

*Для журналов, выпускаемых издательством «Медиа Сфера», а именно: 1. Анестезиология и реаниматология; 2. Архив патологии;
3. Вестник оториноларингологии; 4. Вестник офтальмологии; 5. Вопросы курортологии, физиотерапии и лечебной физической куль-
туры; 6. Доказательная гастроэнтерология; 7. Доказательная кардиология; 8. Журнал «Вопросы нейрохирургии» имени Н.Н. Бурден-
ко; 9. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова; 10. Кардиологический вестник; 11. Кардиология и сердечно-сосудистая
хирургия; 12. Клиническая дерматология и венерология; 13. Лабораторная служба; 14. Молекулярная генетика, микробиология и ви-
русология; 15. Онкология. Журнал им. П.А. Герцена; 16. Оперативная хирургия и клиническая анатомия; 17. Проблемы репродукции;
18. Проблемы эндокринологии; 19. Профилактическая медицина; 20. Российская ринология; 21. Российская стоматология; 22. Рос-
сийский вестник акушера-гинеколога; 23. Стоматология; 24. Судебно-медицинская экспертиза; 25. Флебология; 26. Хирургия. Жур-
нал им. Н.И. Пирогова; 27. Эндоскопическая хирургия.

Вам также может понравиться