Лекция 3

Конформация белков: принципы формирования

1. Связи, определяющие конформацию белковых молекул
 ковалентные связи:
 пептидная
 дисульфидная
 нековалентные взаимодействия:
 ионные взаимодействия
 водородная связь
 гидрофобные взаимодействия
 ван-дер-ваальсовы взаимодействия
2. Уровни пространственной организации белковых молекул
 первичная структура белков
 вторичная структура белков
 третичная структура белков
 четвертичная структура белков
Лекция 3
Белки
Конформация и функции белков

 При всем разнообразии функций, функционирование белков всегда базируется на высоко

специфическом — как у ключа с замком – взаимодействии белка с обрабатываемой молекулой.
 Для специфического взаимодействия (для узнавания обрабатываемой молекулы) белку
необходима достаточно «твёрдая» пространственная структура.
 Даже небольшие изменения в конформации белков часто ведут к потере или резкому
изменению их активности.
Лекция 3
Белки
Структура и свойства пептидной связи

 Плоская связь: четыре атома пептидной

связи лежат в одной плоскости;
 «Полуторная» связь
 Затруднено вращение вокруг связи -С-N-
 Возможно вращение вокруг связей -Cα-C-
и –N-Сα-
 Атом кислорода карбоксильной группы и
атом водорода аминогруппы находятся
транс-положении относительно связи -
C-N-
Лекция 3
Белки
Образование дисульфидной связи
Лекция 3
Белки
Слабые нековалентные взаимодействия водородная связь

 Водородная связь - это взаимодействие между двумя электроотрицательными атомами полярных или
заряженных функциональных групп разных молекул посредством атома водорода: А−Н ... В (A и B –
электроотрицательные атомы: (-О, -S или -N-; чертой обозначена ковалентная связь, тремя точками -
водородная связь).
 Водородная связь обусловлена электростатическим притяжением атома водорода (несущим положительный
заряд δ+) к атому электроотрицательного элемента, имеющего отрицательный заряд δ−.
 Водородные связи - образуются между полярными (гидрофильными) незаряженными группами радикалов
аминокислот, имеющими подвижный атом водорода, и группами с электроотрицательным атомом (-О, -S или -
N-).
Лекция 3
Белки
Слабые нековалентные взаимодействия: электростатические
взаимодействия или ионные связи

 Ион это частица, образующаяся в результате  Электростатические взаимодействия или

отдачи или принятия электрона. ионные связи образуются между
отрицательно заряженной карбоксильной
 Ионной связью, называется химическая группой (-COO-), находящейся в радикалах
связь, образующаяся между ионами: кислых аминокислот (аспарагиновой и
положительно заряженным ионом – глутаминовой), и положительно заряженной
катионом - (Na+) и отрицательно заряженным амино- или иминогруппой (-NH3+),
ионом - анионом (Cl-). находящихся в радикалах оснОвных
аминокислот (аргинина, лизина, гистидина).
Лекция 3
Белки
Слабые нековалентные взаимодействия: гидрофобные взаимодействия

 Группы, которые могут образовывать  Гидрофобные взаимодействия

водородные связи с молекулами воды, возникают в результате контакта между
называются гидрофильными. неполярными радикалами,
 Гидрофильные соединения хорошо неспособными разорвать водородные
растворимы в воде. связи между молекулами воды.
 Молекулы или части молекул,  Молекулы воды вытесняются на
неспособные образовывать водородные поверхность гидрофильных молекул.
связи с водой называются
гидрофобными группами.
 Гидрофобные группы – плохо или
совсем не растворимы в воде.
Лекция 3
Белки
Слабые нековалентные взаимодействия
Лекция 3
Белки
Уровни пространственной организации белков

Уровни структурной организации

белковых молекул
 первичная структура – последовательность
аминокислотных остатков, связанных
полипептидной связью;
 вторичная структура – локальные
упорядоченные структуры в молекуле белка
(a-спираль и один тяж b-структуры);
 третичная структура – полная укладка в
пространстве одной полипептидной цепи
(белковая глобула);
 четвертичная структура – укладка
полипептидных цепей, имеющих третичную
структуру, (субъединиц) в пространстве.
Лекция 3
Белки
Первичная структура белка

Первичная структура белка - специфическая последовательность аминокислот в

полипептидной цепи (цепях) и положение сульфидных связей (если они есть).
Свойства первичной структуры:
 последовательность аминокислот в первичной структуре белка строго определена
и носит уникальный характер;
 первичная структура белка является основой для формирования последующих
структур белка за счёт взаимодействия радикалов аминокислотных остатков
полипептидной цепи,
Лекция 3
Белки
Типы взаимодействий в молекуле белка

Типы взаимодействий в молекуле

белков:
 ионные или электростатические
взаимодействия;
 водородные связи;
 гидрофобные взаимодействия;
 дисульфидные связи;
 ван-дер-ваальсовы взаимодействия;

 Все эти типы взаимодействий принимают

участие в формировании, поддержании и
стабилизации пространственной структуры
(конформации) белковых молекул.
 Они действуют между отдельными атомами и
группами атомов.
 Силы, которые способствуют формированию
пространственной структуры белков и
удерживающие её в стабильном состоянии,
являются очень слабыми силами.
 Огромное число атомов в молекулах белков
приводит к тому, что суммарная энергия этих
слабых взаимодействий становится сравнима с
энергией ковалентных связей.
Белки
Закономерности формирования вторичной и третичной
структуры белков: фолдинг белков
• В водном растворе за счёт теплового движения аминокислоты в
полипептидной цепи легко проворачиваются вокруг α-углеродных
атомов, стремясь минимизировать свободную энергию белковой нити в
водном окружении.
• Выигрыш в энергии достигается двумя путями:
1) образованием максимального количества внутримолекулярных
связей (водородных, ионных, ван-дер-ваальсовых): так образуются
элементы вторичной и надвторичной структуры белковой молекулы;
2) экранированием гидрофобных аминокислот цепи от их
взаимодействия с водным окружением: гидрофобный эффект является
движущей силой белкового фолдинга (свертывания) и образования
третичной структуры белка.
Лекция 3
Белки
Вторичная структура белка: α-спираль

 a-спираль – образуется водородными связями между

группами N-H одной пептидной связи и кислородом группы
С=О, принадлежащей другой пептидной связи,
расположенной через три аминокислотных остатка над
первой в следующем витке спирали.
 Радикалы аминокислот расположены снаружи
свернутого в тугую спираль пептидного остова.
 Внутримолекулярные водородные связи в a-спирали
ориентированы вдоль оси спирали.
 L-аминокислоты, входящие в состав природных белков,
обеспечивают образование правой спирали (закрученной
по часовой стрелке ).
 Спираль не может образовываться в тех участках цепи,
где рядом стоят аминокислоты с одинаково или
противоположно заряженными радикалами, аминокислоты
с громоздкими радикалами или там, где встроен пролин.
Лекция 3
Белки
Вторичная структура белка: β-складка

Вторая конформация, в которой сочетается

минимальность длины цепи с
максимальностью числа водородных связей
между атомами разных пептидных групп, – это
β-структура (β-лист или β-складка),
образованная несколькими расположенными
параллельно участками пептидной цепи.
Каждый из участков цепи расположены
линейно относительно друг друга, но они могут
иметь параллельную или антипараллельную
направленность.
Стабильность такому β-листу обеспечивают
водородные связи между аминокислотными
остатками, которые ориентированы
перпендикулярно направлению полипептидного
остова.
Радикалы аминокислотных остатков
поочерёдно располагаются над и под β-листом.

β-складка
Лекция 3
Белки
Конформация белков: третичная структура

 Третичная структура - пространственное

строение полипептидной цепи.
 Структурно состоит из элементов
вторичной структуры, стабилизированных
слабыми нековалентными
взаимодействиями между
функциональными группами радикалов
аминокислот:
- дисульфидные связи;
- водородные связи;
- ионные связи;
- гидрофобные взаимодействия.
Лекция 3
Белки
Третичная структура белковой молекулы

При взаимодействии с окружающими

молекулами воды полипептидная цепь
сворачивается следующим образом:
- радикалы неполярных аминокислот
оказываются изолированными от водного
раствора, так как из-за отсутствия полярных
групп не образуют водородных связей с
водой;
- радикалы полярных и заряженных
аминокислот повернуты в сторону воды и их
полярные группы, образующие водородные
связи с водой, оказываются но поверхности
белковой молекулы.
Лекция
Белки
Третичная структура: ленточная модель

В ленточной модели
третичной структуры белка:
 красным цветом изображены
α-спирали;
 жёлтым цветом изображены
β-складки;
 серым цветом изображены
неструктурированные участки
полипептидной цепи.
Лекция 3
Белки
Третичная структура белков

Третичная структура белков – это трёхмерная структура полипептидной цепи, которая

определяется первичной и вторичной структурой и характеризуется наличием
биологической активности.
Лекция 3
Белки
Третичная структура белков

Альбумин куриного яйца

 Состоит преимущественно из
a-спиралей, чередующихся с
неструктурированными участками.
 Эти участки позволяют белку
сворачиваться в компактную
глобулу.
Лекция 3
Белки
Третичная структура белков

Мембранный белок порин

 Состоит преимущественно из
b-структур, представляет собой
пустотелый цилиндр.
 Встраиваясь в мембрану (стенку)
клетки, он пропускает внутрь
клетки определенные
органические молекулы.
 На рисунке показана одна из
таких молекул, аминоспирт
H2NC(CH2OH)3 – вещество,
участвующее в передаче нервных
импульсов.
Лекция 3
Белки
Третичная структура белков

Молекула миозина
 Состоит из двух переплетённых
a-спиралей (фибриллярная
часть), которые соединены с
двумя глобулами.
 Белок характеризуется наличием
доменной структуры.
 Доменами называют области в
третичной структуре белка,
которым свойственна
определенная автономия
структурной организации.
 Нередко домены выполняют и
собственные задачи, тогда такие
домены носят название
функциональных доменов.
Лекция 3
Белки
Четвертичная структура белков

 Четвертичная структура - способ укладки в

пространстве отдельных полипептидных
цепей, обладающих одинаковой или разной
третичной структурой.

 Взаимодействие полипептидных цепей при

формировании четвертичной структуры
происходит за счет образования
водородных и ионных связей, а также
гидрофобных взаимодействий.

 Каждая отдельно взятая полипептидная

цепь, получившая название протомера или
субъединицы, чаще всего не обладает
биологической активностью.

 Биологическая активность белка

проявляется только при наличии
четвертичной структуры.
Лекция 3
Белки
Четвертичная структура белков

Гемоглобин
 состоит из четырех субъединиц:
двух α-субъединиц, содержащих по
141 остатку аминокислот;
двух β-субъединиц, содержащих по
146 остатков аминокислот.
 субъединицы уложены
приблизительно в виде тетраэдра;
 с каждой субъединицей связана
одна молекула гема;
Лекция 3
Белки
Четвертичная структура белков

Образование четвертичной структуры молекулы белка ферритина

Третичная структура каждой из субъединиц ферритина представляет собой
структуру из 4-х параллельно уложенных цепей.
При объединении субъединиц в единый ансамбль образуется четвертичная
структура, в которую может входить до 24 молекул ферритина.
Лекция 4
Белки

1. Физико-химические свойства белков

 кислотно-основные свойства белков
 растворимость белков
 денатурация и ренатурация белков
 2. Классификация белков
 фибриллярные и глобулярные белки
 простые и сложные белки
3. Функции белков
Лекция 4
Белки

1. Физико-химические свойства белков

 кислотно-основные свойства белков
 растворимость белков
 денатурация белков
2. Классификация белков
 фибриллярные и глобулярные белки
 простые и сложные белки
3. Функции белков
Лекция 4
Белки
Кислотно-основные свойства белков

 Подобно аминокислотам, белки сочетают в себе, как основные, так и

кислотные свойства, т. е. являются амфотерными веществами.

 Амфотерные свойства белковых молекул обусловлены наличием в их

структуре заряженных функциональных групп:
 - отрицательно заряженных остатков глутаминовой и аспарагиновой кислот;
 - положительно заряженных остатков аргинина, лизина и гистидина;
 свободных положительно заряженной N-концевой аминогруппы и отрицательно заряженной
C-концевой карбоксильной группы полипептидной цепи;
 если белок содержит бОльшее количество положительно заряженных аминокислотных
остатков, то он имеет суммарный положительный заряд (q = +1) при нейтральных значениях
рН, такие белки называют оснОвными белками; основные белки – гидрофильные белки.
 если белок содержит бОльшее количество отрицательно заряженных аминокислотных остатков,
то он имеет суммарный отрицательный заряд (q = -1) при нейтральных значениях рН, такие
белки называют кислыми белками; кислые белки – гидрофильные белки.
 если белок содержит эквивалентное количество положительно и отрицательно заряженных
аминокислотных остатков, то его суммарный равен нулю (q = 0), такие белки называют
нейтральными белками; нейтральные белки плохо растворяются в воде.
Лекция 4
Белки
Растворимость белков

1. Каждый белок обладает определённой растворимостью, зависящей от

природы самого белка и состава растворителя.
2. Растворимость белка зависит от:
а) аминокислотного состава, который определяет заряд белковой молекулы: чем
больше белок содержит полярных и заряженных аминокислотных радикалов, тем
выше его растворимость;
б) наличие гидратного слоя (полярные и заряженные радикалы аминокислот
связывают диполи воды, которые и образуют вокруг молекулы белка гидратный
слой).
3. Добавление к водному раствору белка водоотнимающих веществ
(спирт, ацетон) вызывает разрушение гидратного слоя и белок выпадает
в осадок.
Лекция 4
Белки
Денатурация белков
1. Нативный белок - это белок, который обладает
конформацией, обусловливающей специфическую
биологическую функцию молекулы.

2. Денатурация белков - это разрушение четвертичной,

третичной и частично вторичной структур путём разрыва
слабых нековалентных взаимодействий (водородных,
ионных, гидрофобных) и дисульфидных связей,
сопровождающееся потерей функции белка.

3. Денатурация, осуществляемая в мягких условиях,

часто оказывается обратимой, т. е. при удалении
денатурирующего агента происходит восстановление
(ренатурация) нативной конформации белковой
молекулы.

4. Следует различать денатурацию и деградацию белков.

При деградации происходит фрагментация первичной
структуры и образование фрагментов белковой
макромолекулы, т. е. образуются биологически
неактивные олигопептиды.
Лекция 4
Белки
Классификация белков по составу
Лекция 4
Белки
Фибриллярные белки1. Для того чтобы выполнять структурные функции
(волосяной покров, укрепление стенок клетки,
цитоскелет клетки и т.п.), белок должен обладать
вытянутой нитевидной структурой и не растворяться в
воде. Такие белки называются фибриллярными.

2. Существование вытянутой нитевидной структуры

белка возможно только при условии высокой степени
структурированности его молекулы, т. е. формировании
вторичной структуры (α-спиральной или β-складчатой)
практически на всём протяжении полипептидной цепи
(более 80%).

3. В первичной структуре должны преобладать неполярные

и незаряженные аминокислоты. Высокая степень
структурированности фибриллярных белков не
позволяет им сворачиваться в компактные
структуры (глобулы). Поэтому гидрофобные радикалы
аминокислотных остатков развёрнуты в сторону воды, что
обеспечивает нерастворимость фибриллярных белков в
воде.

4. α-структурные фибриллярные белки, сложенные из

длинных перевитых правых α-спиралей. В комплексе они
лежат параллельно друг другу и слегка закручены одна
вокруг другой так, что каждая из них образует левую
суперспираль.
Лекция 4
Белки
Функции белков: структурная

Роговые образования – волосы, ногти, перья состоят, в основном, из белка кератина.

Это фибриллярный белок, его третичная структура на 80% представлена α-спиралями и
β-тяжами.
Его основное отличие – заметное содержание остатков цистеина, образующего
дисульфидные мостики, что придает высокую упругость (способность восстанавливать
исходную форму после деформации) волосам, а также шерстяным тканям.
Лекция 4
Белки
Фибриллярные белки: коллаген
Надмолекулярная структура
фибриллярного белка коллагена

1. Молекула коллагена построена из трёх полипептидных

цепей.

2. Каждая полипептидная цепь содержит около 1000

аминокислотных остатков (35% - глицин, 21% - пролин или
оксипролин, 11% - аланин.

3. Каждая полипептидная цепь имеет конформацию плотной

(3 аминокислотных остатка на виток) левозакрученной
спирали (спирализация 1-го порядка).

4. Эти три спирали перевиты друг с другом, в результате

чего образуется тройная суперспираль коллагена
(спирализация 2-го порядка), которая принципиально
отличается от α-спирали. Это очень слабо закрученная
(один оборот на 1000 нм) правая спираль.

5. Между спиралями 1-го порядка за счёт пептидных групп

образуются водородные связи.

6. На примере коллагена можно видеть, что в образовании

фибриллярных белков могут участвовать как α-спирали, так
и β-структуры.
Лекция 4
Белки
Глобулярные белки: рибонуклеаза А

 Для осуществления каталитической

(ферментативной) функции белок должен связываться с
трехмерным субстратом, т. е. место связывания в
молекуле белка, должно быть трехмерным. Это
возможно только при условии, что сам белок имеет
трехмерную третичную (глобулярную) структуру.

 Глобулярная структура обеспечивает растворимость

белков в воде, так как большинство реакций протекает в
цитоплазме клетки. Действительно, гидрофобные
радикалы аминокислотных остатков могут быть
спрятаны внутрь глобулы, а в воду экспонированы
гидрофильные остатки.

 Для обеспечения компактной трехмерной структуры

белок должен обладать элементами вторичной
Структура рибонуклеазы А представлена одной структуры небольшой протяженности, соединенных
цепью, содержащей 128 аминокислотных неструктурированными участками полипептидной
остатков), и построена преимущественно из b- цепи. Эти участки позволяют белку сворачиваться в
слоёв. компактную глобулу.
Основные принципы формирования третичной
структуры: S–S-мостики (4 мостика) вместе с
большим числом водородных связей (72 связи)
служат каркасом молекулы и скрепляют
структуру в плотную глобулу.
Лекция
Белки
Функции белков
Лекция 4а
Белки
Функции белков: запасающая

Структура альбумина куриного яйца

Простыми белками называются белки, которые

при гидролизе дают только аминокислоты.

Пример простого белка глобулярной

структуры – альбумин куриного яйца.

Выполняет запасающую (питательную)

функцию.

Полимерная цепь альбумина собрана, в

основном, из аланина, аспаргиновой
кислоты, глицина, и цистеина, чередующихся
в определенном порядке.

Благодаря повышенному содержанию

аспарагиновой кислоты, этот белок хорошо
растворим в воде.

Третичная структура содержит α-спирали,

соединенные одиночными цепями.
Лекция 4
Белки
Функции белков: защитная
Структура глобулина крови

Пример простого белка глобулярной структуры –

глобулина крови млекопитающих.

Выполняет защитную функцию.

Третичная структура содержит β-структуры,

соединенные одиночными цепями.

После контакта организма с чужеродным белком

(антигеном), клетки иммунной системы
начинают вырабатывать иммуноглобулины
(антитела), которые накапливаются в сыворотке
крови.

На первом этапе основную работу совершают

участки цепей, содержащие концевые -NH2. Это
области захвата антигенов. В процессе синтеза
иммуноглобулина эти участки формируется
таким образом, чтобы их строение и
конфигурация максимально соответствовали
структуре приблизившегося антигена.

Таким образом, для каждого антигена в качестве

иммунного ответа создается строго индивидуальное
антитело (глобулин).
Лекция
Белки
Функции белков: двигательная

Структура миозина
Состоит из двух переплетённых
a-спиралей (фибриллярная часть),
которые соединены с двумя глобулами.
Белок характеризуется наличием доменной
структуры.
Фибриллярный домен выполняет
сократительную функцию.
Глобулярные домены – ферментативную
функцию, и тем самым обеспечивает
молекулу энергией, которая необходима
для выполнения сократительных движений.
Лекция 4
Белки
Функции белков: транспортная (простые белки)

Структура порина
 Транспортный белок особого типа не
переносит сами вещества, а выполняет
функции «транспортного регулировщика» ,
пропуская определенные вещества сквозь
мембрану (внешнюю стенку клетки). Такие
белки чаще называют мембранными.
 Он имеют форму пустотелого цилиндра
и, встраиваясь в стенку мембраны,
обеспечивает перемещение некоторых
полярных молекул или ионов внутрь летки.
 Третичная структура белка содержит
β-структуры, соединенные одиночными
цепями.
Лекция 4
Белки
Функция белков: транспортная (сложные белки)
Структура гемоглобина
Состоит из четырех субъединиц:
двух α-субъединиц, содержащих по 141 остатку
аминокислот;
двух β-субъединиц, содержащих по 146 статков
аминокислот.

Субъединицы уложены приблизительно в виде

тетраэдра.
С каждой субъединицей связана одна молекула
гема.
Гем представляет собой плоскую структуру,
состоящую их четырёх пиррольных колец, в
центре координации которых находится атом
железа.
Атом Fe связан в порфирине с двумя атомами N
химическими связями, и с двумя другими –
координационными связями (обозначены
пунктиром).

Основное «достоинство» гемоглобина состоит в

том, что присоединение кислорода и
последующее его отщепление при передаче
различным тканям и органам проходит быстро.

Вторая функция гемоглобина – перенос

выдыхаемого СО2, но в процессе временного
связывания углекислоты участвует не атом
железа, а -NH2 группы белка.
Лекция 4
Белки
Функции белков: транспортная (сложные белки)

Структура миоглобина

Миоглобин - хромопротеид, содержащийся в

мышцах.
Миоглобин является дыхательным пигментом
мышечной ткани.
Третичная структура миглобина имеет много
общего с третичной структурой каждой
субъединицы гемоглобина. Такое сходство
связано с тем, что обе молекулы выполняют
сходную функцию, связывание и транспорт
кислорода.
Молекула миоглобина состоит из одной
полипептидной цепи (153 аминокислоты).
Примерно 75% аминокислот образуют 8
правых α-спиралей.
Плоскость гемма своей неполярной частью
(метильные и винильные группы) погружена в
гидрофобный карман молекулы миоглобина.
Он значительно легче гемоглобина
связывается скислородом, но труднее отдает
его.