Открыть Электронные книги
Категории
Открыть Аудиокниги
Категории
Открыть Журналы
Категории
Открыть Документы
Категории
ОБЩАЯ ГЕНЕТИКА
Учебное пособие
Казань 2016
2
УДК 611:018(075.8)
ББК 28.05+28.06
Печатается по решению
Центрального координационно-методического совета
Казанского государственного медицинского университета.
Авторы:
Исламов Р.Р., Кошпаева Е.С., Колочкова Е.В., Бойчук Н.В.
Под общей редакцией: проф. Исламова Р.Р.
Рецензенты:
Зав. кафедрой гистологии, цитологии и эмбриологии Казанского
государственного медицинского университета проф. Челышев Ю.А.
Зав. кафедрой биологии Башкирского государственного
медицинского университета проф. Викторова Т.В.
Часть 1
СТРУКТУРА И ЭКСПРЕССИЯ ГЕНА
Формируемые компетенции
• Лечебный факультет, дисциплина «Биология» – ОПК-1, ОПК-7
• Педиатрический факультет, дисциплина «Биология» – ОК-4,
ПК-20, ПК-21
• Стоматологический факультет, дисциплина «Биология» – ОПК-
1, ОПК-7
• Медико-профилактический факультет, дисциплина «Биология,
экология» – ОК-7, ПК-6
• Медико-биологический факультет, дисциплина «Биология» -
ОК-1, ПК-27, дисциплина «Биология, эволюционная биология» – ОК-
1, ПК-2
Оснащение занятия
1. Мультимедийная презентация по теме
2. Таблицы:
• Генетический код
• Транскрипция
• Трансляция
• Строение и регуляция экспрессии гена эукариот
3. Микроскопы
• Прямой световой монокулярный
• Прямой световой бинокулярный
4. Микропрепараты. Иммуногистохимическое выявление
продуктов экспрессии генов терминальной дифференцировки.
• Поперечный срез спинного мозга крысы.
Иммуногистохимическое выявление холинацетилтрансферазы в
двигательных нейронах.
• Поперечный срез быстрой и медленной скелетной мышцы
морской свинки.
• Иммуногистохимическое выявление тяжёлых цепей быстрого
миозина в мышечных волокнах.
ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ ОБЗОР
Ген – участок ДНК, с которого копируется РНК. Термин «ген»
был предложен в 1909 году датским ботаником Вильгельмом
Йогансеном. В 1920 году Ганс Винклер ввёл понятие генома –
совокупность генов, заключённых в гаплоидном наборе хромосом
организмов одного биологического вида. Геном человека длиной 3,3
млрд п.н. расшифрован в 2003 году, содержит примерно от 20000 до
25000 генов. Окончательное количество генов не установлено.
СТРУКТУРА ГЕНА
Размеры генов варьируют от 250 п.н. (ген IGF2 – инсулин-
подобный фактор роста II, 67 аминокислот) до 2 200 000 п.н. (ген
DMD – дистрофин, 3685 аминокислот). Общепринятая модель
строения гена — экзон-интронная структура (рис. 1-1).
Экзон – последовательность ДНК, которая представлена в
зрелой РНК. В составе гена должен присутствовать как минимум
один экзон (гены тРНК, гистонов). Максимальное количество
экзонов представлено в гене мышечного белка титина – 364 экзона. В
среднем в гене сдержится 8 экзонов.
• Фактор инициации транскрипции 5'-ACTT(T/C)TG-3' входит в
состав первого экзона.
• Фактор терминации транскрипции (менее определённая
последовательность) входит в состав последнего экзона.
Интрон – последовательность ДНК, включённая между
экзонами, не входит в состав зрелой РНК. Интроны имеют
определенные нуклеотидные последовательности, определяющие их
границы с экзонами: на 5' конце — GU последовательность, на 3'
конце – AG. Интроны содержат регуляторные элементы экспрессии
гена и могут кодировать регуляторные РНК (miRNA).
Сигнал полиаденилирования 5'-AATAAA-3' входит в состав
последнего экзона, начинается сразу после стоп-кодона (ТАА, TAG,
TGA). Поли(А) сайты защищают мРНК от деградации.
5'- и 3'-фланкирующие последовательности. Копирование гена
происходит в направлении 5' → 3'; на флангах (границах) находятся
6
Классификация генов
Гены по компартментной локализации в клетке разделяются на
ядерные и митохондриальные. Среди ядерных генов принято
различать:
• Белок кодирующие гены:
Гены «домашнего хозяйства» (репликация, репарация, синтез
белка, синтез АТФ).
Гены терминальной дифференцировки кодируют
специфическиебелки в конкретном клеточном типе и его фенотипах.
Гены факторов транскрипции контролируют активность генов
«домашнего хозяйства» и генов клеточной дифференцировки.
• Белок некодирующие гены:
11
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНА
Это реализация наследственной информации, закодированной в
гене, в функциональный продукт – РНК или белок. Экспрессия генов
включает процессы транскрипции, процессинга (кэпирование,
сплайсинг, полиаденилирование), экспорта зрелой РНК в
цитоплазму, трансляции мРНК (синтез белка на рибосомах),
деградации мРНК.
Транскрипция (от лат. transcriptio – переписывание) – синтез
РНК на матрице ДНК. Транскрипция состоит из стадий инициации,
элонгации и терминации.
• ДНК упакована в ядре в составе эухроматина или
гетерохроматина. Чтобы белки активаторы и ферменты
транскрипции достигли своих сайтов связывания на ДНК, хроматин
должен «раскрыться». Это достигается эпигенетическими
процессами, например, метилирование/деметилирование ДНК,
ацетилирование/деацетилирование гистонов.
• РНК полимераза II связывается с промотором в точке
инициации транскрипции через основные факторы транскрипции.
Основные факторы транскрипции (рис. 1-3). TFIID – первый
белок, прикрепляющийся к ТАТА-боксу промотора гена и
определяющий правильную точку начала транскрипции. TFIIA,
TFIIB, pol II TFIIF, TFIIE, TFIIH и TFIIJ последовательно
связываются с TFIID, обеспечивая связь РНК-полимеразы II с ДНК.
Специфические факторы транскрипции требуются для
актива-ции транскрипционной машины. Регуляторные белки
взаимодействуют с цис-элементами (энхансерами), расположенными
за пределами промотора. Благодаря гибкости молекулы ДНК
образуются петли ДНК, позволяющие взаимодействовать энхансеру
и промотору с последующей активацией транскрипции гена. К этим
факторам относятся рецепторы стероидных и тиреоидных гормонов,
ретиноидов, витамина D, CREB (белок, взаимодействующий с
цАМФ-чувствительным элементом), c-Myc, АР-1 (c-Jun/c-Fos).
Синтез первичного транскрипта (про-мРНК) осуществляется с
помощью РНК полимеразы II, которая движется по ДНК матрице в
направлении от 3' к 5' концу. Синтез РНК протекает по правилу
12
RW, 2004].
Полирибосома (полисома) – комплекс нескольких рибосом,
расположенных на одной молекуле мРНК. Полирибосомы, как и
отдельные рибосомы, находятся в цитоплазме в свободном состоянии
или прикреплены к мембранам эндоплазматической сети. Свободные
полирибосомы синтезируют белки и ферменты для самой клетки
(конститутивный синтез), а полирибосомы гранулярной
эндоплазматической сети – предназначенные для хранения или
выведения из клетки (синтез на экспорт).
Митохондриальные рибосомы (60S) состоят из 45S и 35S СЕ,
содержащих соответственно 16S и 12S рРНК, кодируемые
митохондриальной ДНК. Эта ДНК содержит последовательности для
митохондриальных мРНК и тРНК. Большинство ферментов,
участвующих в трансляции митохондриальной мРНК, кодируется
ядерной ДНК.
Синтез белка на рибосомах ЭС. Зрелая мРНК из ядра
экспортируется в цитоплазму и соединяется с рибосомами. Молекула
мРНК продвигается сквозь рибосому в направлении от 5'- к 3'-концу,
и её нуклеотидная последовательность транслируется в
соответствующую последовательность аминокислот синтезируемой
белковой цепи. Синтез полипептидной цепи включает следующие
этапы (рис. 1-7):
Синтез белка начинается со стартового или инициаторного AUG-
кодона, который распознаётся рибосомой и привлекает
инициаторную аминоацил-тРНК, транспортирующую метионин.
Синтез сигнального пептида.
Прикрепление рибонуклеопротеиновой частицы к сигнальному
пептиду.
Взаимодействие рибонуклеопротеиновой частицы со своим
рецептором в мембране ЭС.
Связывание рибосомы с транслоконом.
Сигнальная пептидаза отрезает сигнальный пептид.
Элонгация полипептидной цепи.
Терминирующие кодоны (UAA, UAG, UGA) контролируют
отделение от рибосомы готового полипептида и мРНК.
Терминирующие кодоны не имеют соответствующих тРНК.
Антибиотики, ингибирующие трансляцию белка. Различия
между рибосомами бактерий (50S и 30S) и млекопитающих (60S и
40S) обуславливает избирательное взаимодействие антибиотиков
18
Посттрансляционная модификация
После синтеза на рибосоме белки подвергаются
посттрансляционной модификации, завершающей процесс
экспрессии гена и вместе с альтернативным сплайсингом
увеличивающей разнообразие белков в клетке. Известно более
двухсот вариантов посттрансляционной модификации белков,
19
ДЕГРАДАЦИЯ мРНК
Регуляция экспрессии генов на транскрипционном и
посттранскрипционном уровнях происходит с помощью механизма
РНК-интерференции. РНК-интерференция – подавление экспрессии
генов (деградация мРНК), индуцированное короткими
интерферирующими РНК (siRNA – short interfering RNA). К коротким
интерферирующим РНК относятся малая интерферирующая РНК
(siRNA – small interfering RNA) и микроРНК (miRNA – microRNA)
(рис. 1-9).
Рис. 1-9. Деградация мРНК [из: Fire A. Z., Mello C. C., 2006].
ПРАКТИЧЕСКИЕ НАВЫКИ
1. Центральная догма молекулярной биологии Френсиса
Крика
Основными звеньями центральной догмы молекулярной
биолгии, сформулированной Френсисом Криком в 1958 году,
являются:
- генетический код (64 кодона),
- антипараллельные (смысловая и антисмысловая) нити ДНК,
- комплементарность мРНК антисмысловой нити,
- антикодон тРНК, распознающий кодон мРНК,
- 20 аминокислот, где каждая имеет свою тРНК.
Согласно догме реализация наследственной информации
происходит в направлении: ДНК→мРНК→белок, что является
универсальным механизмом экспрессии гена для всех эукариот (рис.
1-10).
(1) ГЦЦ-ААУ-ЦУГ-УГГ-ГУЦ-АЦГ-ЦЦА
(2) ЦГГ-ТТА-ГАЦ-АЦЦ-ЦАГ-ТГЦ-ГГТ
(3) ала-иле-лей-три-фен-тре-про
2. ВИРТУАЛЬНАЯ ЛАБОРАТОРИЯ.
ИММУНОГИСТОХИМИЯ
1. Введение
24
1. Иммуногистохимическое выявление
холинацетилтрансферазы в двигательных нейронах спинного
мозга.
(В) Терминатор
(Г) Энхансер
(Д) Промотор
4. Укажите событие, которое НЕ происходит при процессинге
молекулы про-мРНК:
(А) кэпирование
(Б) полиаденирование
(В) удаление нуклеотидов на 3'-конце
(Г) сплайсинг
(Д) транскрипция
5. Изучите рисунок. Как называется структура, обозначенная
цифрой 1?
(А) Промотор
(Б) Интрон
(В) Экзон
(Г) Инсулятор
(Д) Терминатор
6. Фермент РНК-полимераза всегда ведет синтез РНК в
направлении:
(А) 5' → 3' на каждой из цепей ДНК
(Б) 3' → 5' на каждой из цепей ДНК
(В) 5' → 3' на смысловой и 3' ? 5' на антисмысловой цепях ДНК
(Г) 3' → 5' на смысловой и 5' ? 3' на антисмысловой цепях ДНК
(Д) 5' → 3' на антисмысловой цепи ДНК
7. Геном человека содержит:
(А) 100000 генов
(Б) 25000 генов
(В) 50000 генов
(Г) 6000 генов
(Д) 12000 генов
8. Как называется участок молекулы ДНК, с которым
связывается фермент РНК-полимераза?
(А) Кодон
(Б) Промотор
36
(В) Экзон
(Г) Триплет
(Д) Интрон
9. Представим, что РНК-зонд имеет последовательность 5'-
ААГЦУ-3'. С какой последовательностью нуклеотидов в
вирусной РНК будет связываться этот зонд?
(А) 5'-ТТЦГА-3'
(Б) 5'-УУЦГА-3'
(В) 5'-АГЦУУ-3'
(Г) 5'-ГГАТЦ-3'
(Д) 3'-ТТЦГА-5'
10. РНК-интерференцию обеспечивает:
(А) мяРНК
(Б) микроРНК
(В) тРНК (Г) рРНК (Д) мРНК
СПРАВОЧНИК ТЕРМИНОВ
Аллель – набор из двух или более генов, занимающих
одинаковые позиции (локусы) в гомологичных хромосомах.
Анемия – любое состояние, при котором количество
эритроцитов, содержание гемоглобина и гематокрит снижены
относительно нормы; это относится к концентрации переносящего
кислород материала в определённом объёме крови.
Антикодон – триплет неспаренных нуклеотидов в составе тРНК,
узнаёт соответствующий кодон мРНК и спаривается с ним. Так тРНК
переводит последовательность нуклеотидов в последовательность
аминокислот в ходе синтеза полипептидной цепи.
Вырожденность (избыточность) – свойство генетического кода,
кодирование одной и той же аминокислоты несколькими вариантами
нуклеотидных триплетов.
Ген – единица наследственности (участок ДНК), занимающая
специфическое место (локус) в хромосоме, способна к
самовоспроизведению в клеточном цикле.
структурный г. – ген, представленный в виде ряда нуклеоти-
дов, кодирует последовательность аминокислот полипептидной цепи
или РНК.
экспрессия г. – считывание генетического кода с матрицы ДНК
и трансляция полученной информации в виде последовательности
ами- нокислот в полипептидной цепи белка или РНК. Экспрессия г.
проте- кает по схеме: транскрипция (синтез первичного транскрипта
на мат- рице ДНК) → процессинг (образование мРНК) → трансляция
(считы- вание информации с мРНК) → сборка полипептидной цепи
(включе- ние аминокислот в полипептидную цепь на рибосомах) →
посттранс- ляционная модификация – добавление к полипептиду
разных хими- ческих группировок, например, фосфатных
(фосфорилирование, карбоксильных (карбоксилирование) и т.д.).
Генетический код – способ кодирования последовательности
аминокислот в молекуле полипептидной цепи при помощи
последовательности нуклеотидов.
Гистоны – ядерные белки, участвующие в сборке и организации
нитей ДНК в виде хромосом. При этом г. нейтрализуют (за счёт
поло- жительных зарядов аминокислотных остатков) отрицательно
заряженные фосфатные группы ДНК, что делает возможной плотную
упаковку ДНК. Различают 5 типов г.: H1/Н5, H2A, H2B, H3, H4.
40
интерферирующей РНК).
фланкирующая последовательность (англ. flanking – фланки-
рующий) ДНК – любая последовательность нуклеотидов,
расположен- ная рядом (на фланге) с другой последовательностью. К
5'- и 3'-концу основной полинуклеотидной цепи прилегают 5'- и 3'-
ф.п. ДНК, соот- ветственно.
Инициация – серия молекулярных событий, приводящих к
запуску экспрессии генов.
Интрон – некодирующая последовательность между экзонами.
После синтеза РНК на ДНК-матрице (транскрипция)
последовательности РНК, комплементарные последовательностям
интронов, удаляются при помощи специальных ферментов, а
оставшиеся последовательности сближаются (сплайсинг).
Кодон – последовательность из трёх смежных нуклеотидов
(трип- лет), кодирующая какую-либо аминокислоту или терминацию
трансляции. Последовательность кодонов определяет
последовательность аминокислот в полипептидной цепи
кодируемого белка.
Кэпирование – первый этап процессинга (созревания) РНК. К.
происходит во время синтеза молекулы пре-мРНК в ядре, когда
транскрипт достигает длины 25–30 нуклеотидов. В ходе к.
происходит присоединение к 5'-концу транскрипта 7-метилгуанозина
и метилирование остатков рибозы двух первых нуклеотидов. К.
защищает 5'-конец первичного транскрипта от действия рибонуклеаз,
специфически разрезающих фосфодиэфирные связи в направлении
5”-3'. К. осуществляется тремя ферментами: РНК-трифосфатазой,
гуанилтрансферазой и гуанил-7-метилтрансферазой.
Мутация — стойкое изменение генетического материала,
происходящее под влиянием внешней или внутренней среды. В
основном м. возникают в ходе репликации, репарации,
рекомбинации ДНК. Спонтанные м. возникают самопроизвольно на
протяжении всей жизни оргаизма. Индуцированные м. –
наследуемые изменения генома, возникающие в результате
мутагенных воздействий.
Нуклеотид – 1. Соединение пуринового или пиримидинового ос-
нования, сахара (обычно рибозы или дезоксирибозы) и фосфатной
группы. 2. В широком смысле любое соединение, содержащее
гетероцикл, связанный с фосфорилированной молекулой сахара с
помощью N-гликозидной связи. Нуклеотиды – фосфатные эфиры
42
нуклеозидов.
Нуклеозид – соединение сахара (обычно рибозы или
дезоксирибозы) с пуриновым или пиримидиновым основанием с
помощью N-гликозидной связи.
Полиаденилирование – ферментативное присоединение
остатков аденина с образованием “полиаденильного хвоста” к 3'-
концу мРНК во время её процессинга перед выходом в цитоплазму;
мРНК гистонов не претерпевают п.
Полинуклеотид – цепь из нуклеотидов, в которой ковалентные
фосфодиэфирные связи соединяют 5' атом углерода одного
нуклеотида с 3' атомом углерода следующего нуклеотида цепи.
Последовательность нуклеотидов в цепи кодирует наследственную
информацию.
Промотор – специфический сайт молекулы ДНК, с которого
начинается синтез полимера. П. определяет место прикрепления
РНК-полимеразы и интенсивность (частоту) транскрипции мРНК.
Процессинг (посттранскрипционные модификации РНК) – сово-
купность процессов превращения первичного транскрипта РНК в
зрелую РНК.
Репрессия – подавление активности генов, чаще всего путём
бло- кирования их транскрипции.
Рибозим (от «рибонуклеиновая кислота» и «энзим») – молекула
РНК, обладающая каталитической активностью. Р. способны
расщеплять самих себя или другие молекулы РНК; формирование
пептидной связи при образовании молекулы белка происходит при
помощи рРНК рибосомы; малые ядерные РНК (мяРНК) участвуют в
сплайсинге (созревании РНК).
РНК (рибонуклеиновая кислота) – макромолекула, состоящая
из остатков рибонуклеозидов, соединённых фосфатом в
направлении от 3'-гидроксила одного остатка к 5'-гидроксилу
следующего.
РНК-полимераза – ДНК-зависимая РНК-полимераза,
осуществляющие синтез молекул РНК на матрице ДНК, то есть
осуществляющая транскрипцию.
Сайленсер – участок ДНК, с которым связываются молекулы
реп- рессоры, что приводит к снижению или к полному подавлению
синте- за РНК РНК-полимеразой.
Сайт – участок молекулы ДНК или белка.
Сплайсинг – один из этапов процессинга пре-мРНК, в
43
ЛИТЕРАТУРА
Основная
1. Биология. Ярыгин В.Н. «ГЭОТАР-Медиа», 2011.- Т.1 – 736с.;
Т.2- 560с.
2. Биология. Пехов А.П. «ГЭОТАР-Медиа», 2011.- 656c.
3. Молекулярная биология клетки. Учебное пособие под ред. Р.Р.
Исламова, КГМУ, 2015.- 38с.
Дополнительная
1. Молекулярная биология клетки. Б. Альбертс, Д. Брей, Дж.
Льюис, М. Рэфф, К. Робертс, Дж. Уотсон. «Регулярная и хаотическая
динамика. Институт компьютерных исследований», 2013.- Т.1 –
808с., Т.2 – 992с., Т.3 – 1052с.
2. Биология индивидуального развития. Л.И. Корочкин.
Издательство Московского университета, 2002.- 264с.
3. Геном, клонирование, происхождение человека. Л.И.
Корочкин. Изд. «Век-2», 2004.-224с
45
Оглавление стр.
Компетенции...........................................................................................
3
Теоретический
обзор...............................................................................5
Структура
гена.........................................................................................5
Экспрессия
гена..................................................................................11
Деградация
мРНК.................................................................................20
Практические
навыки...........................................................................23
Типовые тестовые
вопросы................................................................35
Вопросы для
самоконтроля..................................................................37
Справочник
терминов.........................................................................39
46