Xylomic

Rmy Petit & Camille Lepoittevin

Xylomic
Une des 6 plateformes de Xyloforest Fait le lien fort-arbre-bois-fibre
Deux units impliques :
UMR BIOGECO (INRA & Univ. Bordeaux 1) UR AGPF (INRA Orlans)
Fort

Arbre

Bois

Fibre

Contexte
Variations de lenvironnement

Gnotypes, base des programmes damlioration gntique

Bois
Cernes daccroissement , comprendre la Rsistance la cavitation, croissance comprendre la tolrance la scheresse

Objectifs
Comprendre :
les dterminants environnementaux et gntiques de la variabilit du bois. les processus biologiques et cologiques impliqus dans llaboration du bois.

Identifier des gnotypes performants pour la sylviculture, en se basant sur le programme damlioration long terme.

Lambition de Xylomic
Construire une plateforme technique de classe mondiale sur la gnomique des arbres et le phnotypage fin des proprits du bois.

Objectifs spcifiques
Analyses gnomiques :
Projet Gnome-Transcriptome : extraction dADN (>10,000 individus), gnotypage robotis, squenage 3me gnration

Analyses phnotypiques : projet Genobois :

proprits chimiques (SPIR), micro-densitomtrie (Rayon X), xylologie, dendrocologie haut dbit projet Caviplace : rsistance la scheresse par tude de la cavitation

Exemples dquipement
Systme de gnotypage haut dbit (>3000 gnotypes/jour) Reconstruction de pdigres, traabilit, SAM

Exemples dquipement
Robots pour lautomatisation des broyages :
de bois pour lanalyse des proprits chimiques (SPIR) daiguilles, de feuilles pour lextraction dADN

Augmentation des dbits

Mthode actuelle

Exemples dquipement
Prototype pour caractriser la rsistance la scheresse (cavitron) en relation avec lanatomie du bois

Phnotypage des capacits photosynthtiques et hydrauliques en condition contrle

Mise en uvre
Gnome-Transcriptome : Cestas
o 1 IR + 1AI o 1,36 M dinvestissements

Gnobois : Cestas & Orlans

o 0,48 M

Caviplace : Talence
o 0,39 M

Exemple de projet en cours

Projet NOVEL TREE Breeding strategies, FP7-211868
01/05/2008 30/04/2012 www.noveltree.eu

15 partenaires publics et privs, 4.1 M

Objectifs (Pin maritime, Pin sylvestre, Epicea, Peuplier) :

Trouver des critres de slection adapts la foresterie durable Dvelopper des outils de phnotypage et de gnotypage haut dbit Identifier des polymorphismes allliques lis des caractres dintrt Concevoir de nouvelles stratgies damlioration gntique Optimiser le dploiement des nouvelles varits

Exemple de projet en cours

Projet NOVEL TREE Breeding strategies, FP7-211868
01/05/2008 30/04/2012 www.noveltree.eu

Ralisations :
Phnotypage :
1800 arbres du programme damlioration Pin maritime mesurs pour les proprits chimiques et mcaniques du bois et pour la croissance mesure de la cavitation sur 200 arbres dun pedigree de cartographie

Gnotypage :
Dtection ~10 000 mutations dans le gnome des populations Aquitaines de pin maritime Gnotypage pour ~1000 gniteurs du programme damlioration

Analyses en cours :
Etude des interactions gnotype environnement Recherche de marqueurs molculaires impliqus dans la variation de la tolrance la scheresse, de la qualit du bois, de la croissance Rflexion sur les mthodes de slection adaptes des objectifs multiples