Численные методы

фотоники

Преподаватель: Рожков Михаил Александрович, к.ф.-м.н.

MARozhkov@itmo.ru
Методы моделирования
• Готовые пакеты и решения
• Атомистическое моделирование: Метод молекулярной динамики и
методы квантовой химии
• Метод конечных элементов
• Моделирование и проектирование приборов
• И другие…
• Задачи, решаемые в специализированном математическом
программном обеспечении (MATLAB, Mathematica, MathCAD, …)
• Программы на неспециализированных языках
программирования (C++/C#, Python, …)
Молекулярная динамика
Потенциал межатомного взаимодействия

Простейшая форма
потенциала
Леннарда-Джонса
Потенциал межатомного взаимодействия
Для описания более сложных взаимодействий необходимо
описание других межатомных взаимодействий.
• Внутремолекулярные: растяжение, изгиб, кручение.
• Межмолекулярные: Ван-дер-Ваальсовые (притяжение и
отталкивание), электростатические, взаимное положение в
пространстве.
Межатомные потенциалы в общем виде могут быть описаны
разложением в ряд:
Классификация потенциалов
• Парные потенциалы (LJ, Morse, Buckingham, …):

• Многочастичные потенциалы (EAM, MEAM, Tersoff, SW, AIREBO,

ReaxFF, BOP):

• Непараметрические потенциалы:
Классификация потенциалов
Комбинация различных подходов
• AIREBO

• ReaxFF

• Stillinger-Weber
Что внутри файла потенциала? (Si.sw)
# DATE: 2007-06-11 CONTRIBUTOR: Aidan Thompson, athomps@sandia.gov CITATION: Stillinger and Weber, Phys Rev B, 31, 5262, (1985)
# Stillinger-Weber parameters for various elements and mixtures
# multiple entries can be added to this file, LAMMPS reads the ones it needs
# these entries are in LAMMPS "metal" units:
# epsilon = eV; sigma = Angstroms
# other quantities are unitless

# format of a single entry (one or more lines):

# element 1, element 2, element 3,
# epsilon, sigma, a, lambda, gamma, costheta0, A, B, p, q, tol

# Here are the original parameters in metal units, for Silicon from:
# Stillinger and Weber, Phys. Rev. B, v. 31, p. 5262, (1985)

Si Si Si 2.1683 2.0951 1.80 21.0 1.20 -0.333333333333 7.049556277 0.6022245584 4.0 0.0 0.0
 Что внутри файла потенциала?
(1989_SiGe.tersoff)
• # Parameters for Si-Ge interactions from CITATION: J.
Tersoff, Phys. Rev. B 39, 5566 (1989)
• # This is the first multi-element Tersoff model# Parameter
values verified by Lucas Hale.
• # The values in SiCGe.tersoff file of August 22, 2018
LAMMPS distribution are comparable, with higher
precisions used here for the derived mixing parameters.
• # Note that the value of n has no effect when B=0.#
Identical values in openKIM model
MO_350526375143_001 parameter file.
• # Values are in LAMMPS "metal" units.
e1 e2 e3 m gamma lambda3 c d costheta0 n beta lambda2 B R D lambda1 A
Si Si Si 3.0 1.0 0.0 100390 16.217 -0.59825 0.78734 1.1e-6 1.7322 471.18 2.85 0.15 2.4799 1830.8
Ge Ge Ge 3.0 1.0 0.0 106430 15.652 -0.43884 0.75627 9.0166e-7 1.7047 419.23 2.95 0.15 2.4451 1769.0

Si Ge Ge 3.0 1.0 0.0 100390 16.217 -0.59825 0.78734 1.1e-6 1.71845 444.7177249755846 2.8995677766844428 0.1500223597109387 2.4625 1799.634740718238

Si Si Ge 3.0 1.0 0.0 100390 16.217 -0.59825 0.0 0.0 0.0 0.0 2.8995677766844428 0.1500223597109387 0.0 0.0
Si Ge Si 3.0 1.0 0.0 100390 16.217 -0.59825 0.0 0.0 0.0 0.0 2.85 0.15 0.0 0.0

Ge Si Si 3.0 1.0 0.0 106430 15.652 -0.43884 0.75627 9.0166e-7 1.71845 444.7177249755846 2.8995677766844428 0.1500223597109387 2.4625 1799.634740718238
Ge Si Ge 3.0 1.0 0.0 106430 15.652 -0.43884 0.0 0.0 0.0 0.0 2.95 0.15 0.0 0.0

Ge Ge Si 3.0 1.0 0.0 106430 15.652 -0.43884 0.0 0.0 0.0 0.0 2.8995677766844428 0.1500223597109387 0.0 0.0
 Что внутри файла потенциала? (Pt_u3.eam)
DATE: 2007-06-11 CONTRIBUTOR: Stephen Foiles, foiles@sandia.gov
CITATION: Foiles et al, Phys Rev B, 33, 7983 (1986)
COMMENT: Pt functions (universal 3), SM Foiles et al, PRB, 33, 7983 (1986)
78 195.09 3.9200 FCC (atomic number, mass, lattice constant, lattice type)
500 5.0100200400801306e-04 500 1.0707070707070721e-02 5.3000000000000114e+00 (Nrho, drho, Nr, dr, cutoff)
0. -4.8256532387839535e-01 -8.2163069483085494e-01 (F(rho),Z(r), rho(r))
-1.1184672638766031e+00 -1.3913023282712871e+00 -1.6478367404515737e+00 …
-1.8922209123812408e+00 -2.1270046425573668e+00 -2.3518118673440256e+00 …
-2.5692311780562278e+00 -2.7807647208236403e+00 -2.9870891892343252e+00 …
-3.1887362585777481e+00 -3.3861326223263433e+00 -3.5796268226704626e+00 …
-3.7695078528599879e+00 -3.9560184285805349e+00 -4.1393646896262055e+00 …
-4.3197234427424007e+00 -4.4972476688606662e+00 -4.6720707786854518e+00 …
… … …
Nrho и Nr — это количество табличных значений в последующих массивах,
drho и dr — интервал плотности и пространства расстояний для значений в этих массивах
Где взять потенциалы?
• Interatomic Potentials Repository
(https://www.ctcms.nist.gov/potentials/)
• OpenKIM (https://openkim.org/model-developer-directory/)
• EAM potential (https://sites.google.com/site/eampotentials/)
• KIFF Database – Reactive Force Field (http://kiff.vfab.org/reax)
• Научные публикации (https://scholar.google.ru/)
 Схема работы МД

Начальные
Позиции
скорости и и скорости атомов
позиции атомов
множество шагов
спустя

Метод
Результат
молекулярной
моделирования
динамики

Потенциал
Межатомного
взаимодействия
Схема работы МД
• Законы классической механики
• Позиции атомов ri Вычисление F(x)
• Скорости атомов Vi
• Приложенные силы Fi
• Функция потенциальной энергии V(r)
…
Схема численного
интегрирования
Схема интегрирования Верле

1. Рассчитать

2. Получить при

3. Рассчитать
Примеры вычисляемых параметров
• Давление

• Кинетическая энергия (kT/2 для каждой степени свободы)

• Температура
Наиболее используемое
ПО для МД
Список наиболее популярного ПО для МД
• LAMMPS
• AMBER
• NAMD
• GROMACS
• CHARMM
• CP2K
• Material Studio
Более полный список со сравнением можно посмотреть на WikiPedia
(https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_software_for_molecular_me
chanics_modeling)
Почему лучше использовать LAMMPS
• Открытость пакета и хорошая документация;
• Множество исследователей по всему миру работают в LAMMPS
=> можно получить помощь по своей задаче;
• Широкий инструментарий (потенциалы, модули, и т.д.);
• Отличная параллелизация и масштабирование;
• Бесплатный;
• Доступно встраивание в другие пакеты/методы моделирования;
 Примеры работы с
молекулярной динамикой
Метод молекулярной динамики
Примеры применений:
• Наблюдение за ростом структур на подложке;
• Анализ динамики дефектов в наноструктурах и получение их
полей напряжений;
• Изучение структуры, а также тепловых, упругих и механических
характеристик новых материалов;
• Анализ каталитической активности;
• Анализ сборки вирусов;
• И другие…
 Аллотропия углерода

Рисунок 1 – Основные аллотропные

модификации углерода [1]:
a) Алмаз;
b) Графит;
c) Лонсдейлит;
d) C60 (фуллерены);
e) C540;
f) C70;
g) Аморфный углерод;
h) однослойная углеродная нанотрубка

1Аллотропия углерода [Электронный ресурс] : офиц. сайт., 2001. URL: https://ru.wikipedia.org/wiki/Аллотропия_углерода 22

 Графен
•Базисом являются 2 атома A и B, векторами
трансляции - а1 и а2
(см. рис. 2);
•Расстояние между ближайшими соседями
составляет 1,42 Å;
•Постоянная решетки равна 2,46 Å;
•Запрещенная зона: Eg = 0 эВ.
•Обладает высокой прочностью, пластичностью,
теплопроводностью, подвижностью носителей
заряда и др.

Рисунок 2 – Базис и вектора трансляции в

кристаллической решетке графена [1]
1Katsnel’son, M.I. Graphene: carbon in two dimensions / Cambridge University Press. - Cambridge, 2012. - 364 p.
23
 Применение
• - полупроводниковая техника,
• - электросбережение,
• - биосенсорика молекул,
• - литиевые батареи,
• - конструкционные материалы,
• - медицина (графен способствует восстановлению костной ткани),
• - экология (может связывать радиоизотопы в загрязненной воде, и конденсировать
их, превращая в твердые вещества),
• - катализ,
• - теплоотвод,
• - гибкие экраны для современных устройств.

24
Структурные единицы (СЕ)

Структурные единицы (СЕ),

содержащие дефектные
углеродные кольца и
соответствующие
дисклинационные схемы

25
Межзеренные интерфейсы (МИ) в графене

Построение МИ с помощью СЕ 26
 Межзеренные интерфейсы (МИ) в графене

3,5

3,0
Погонная энергия, эВ/Å

2,5

2,0

1,5

1,0

0,5

Энергии и атомные структуры межкристаллитных границ в графене

27
Псевдографеновые кристаллы (ПГК)

Сборка ПГК при помощи МИ

28
 Псевдографеновые кристаллы (ПГК)

4-7 A 4-7 B 4-8 9-5-5-5A

5-7 A 5-7 B 5-8-5 A 9-5-5-5B

5-8-5 B 5-8-5 С 5-8-5 D 9-5-5-5C

29
 Псевдографеновые кристаллы (ПГК)

9-4-5A 9-4-5B 10-5-5-5-5A 10-5-5-5-5B

10-4-5A 10-4-5B 10-4-5C 10-4-5D

4-10-4B 4-10-4C
30
 Энергии ПГК
1,4

1,2

1
ΔE, эВ/атом

0,8

0,6

0,4

0,2

Диаграмма энергий псевдографенов 31

 Энергии ПГК
1,6

1,4

1,2

1,0
ΔE, эВ/атом

0,8

0,6

0,4

0,2

0,0

Диаграмма энергий псевдографенов 32

 Optimized potentials
• For high strain area
classical potentials have a
strange results.
• To avoid this problem we
need to optimize
interatomic potentials:
edit cutoff radius.
• From 1.7Å to 2.0Å for
AIREBO potential
• From 1.95Å to 2.1Å for
Tersoff potential AIREBO Tersoff
Deformation along X-direction
(armchair direction)
https://arxiv.org/pdf/1704.01604.pdf
Deformation along X-direction

AIREBO Tersoff
 Elastic constants
DFT simulation results MD simulation results
Graphene 1 (x) 2 (x) 6 (xy) Graphene Tersoff Airebo lcbop
1 (x) 992,8384 179,0949 0 E11 1149 868 893
2 (y) 179,0949 992,8384 0 E22 1181 826 909
6 (xy) 0 0 406,8718 ν21 -0,16 0,251 0,226
Young’s Modulus E = 960 ГПа ν12 -0,157 0,347 0,197
Poisson Ratio ν = 0,180
5-7 PGC Tersoff Airebo lcbop
57A PGC 1 (x) 2 (x) 6 (xy)
1 (x) 927,2813 192,536705 0 E11 853 860 851
2 (y) 188,0379 970,5 0 E22 850 840 831
6 (xy) 0 0 421,5977 ν21 0,015 0,282 0,265
ν12 = 0.194 ; ν21 = 0.208 ; E1 = 890 𝐺𝑃𝑎 ;E2 = 931 𝐺𝑃𝑎 ; G = 422 GPa ν12 0,0577 0,231 0,191

57B PGC 1 (x) 2 (x) 6 (xy) 5-7 PGC Tersoff Airebo lcbop
1 (x) 896,6869 192,0612 0 E11 579 940 776
2 (y) 196,2538 957,7074 0
E22 635 941 -
6 (xy) 0 0 345,4364
ν21 0,292 0,109 0,270
ν12=0.205 ; ν21=0.214 ; E1=857 GPa ;E2=916 GPa ; G = 345 GPa ν12 0,399 0,074 -
Моделирование композита «YSZ-керамика/графен»

Результаты моделирования деформации модели композита «YSZ-керамика - графен» с

порой диаметром 3Å в графеновом нановключении при температуре 500°С
а) сжатие 15%, б) растяжение 15%, в) сдвиг XZ 15%, г) сдвиг YZ 15%.
Красные атомы – кислород, синие – цирконий, желтые – иттрий, голубые – углерод.

37
Метод молекулярной динамики
• Метод, позволяющий наблюдать динамическую
эволюцию системы при помощи потенциалов
межатомного взаимодействия;
• Траектории атомов и молекул рассчитываются
путем численного решения уравнений Ньютона
(классическая механика);
• Позволяет моделировать наносистемы от
нескольких атомов вплоть до самых крупных (до 1
мкм);
• Большие системы требуют существенных
вычислительных мощностей;
Метод молекулярной динамики
Плюсы:
• Наблюдение за явлениями в динамике на длительном промежутке времени (до 1
мкс);
• Позволяет анализировать системы из большого количества атомов;
• Позволяет вычислять множество физических свойств изучаемых материалов и
систем.
Минусы:
• Зависимость между качеством модели/размером модели/временем
моделирования;
• Накопление ошибок при численном интегрировании;
• Не все физические процессы могут проанализированы с необходимой точностью;
• Невозможность анализирование электронные свойства (необходимо учитывать
квантовые эффекты и процессы).