Fisica biologica Energia, informacion, vida Fisica biologica Energia, informacion, vida Philip Nelson University of Pennsylvania con

la colaboracion de Marko Radosavljevic y Sarina Bromberg EDITORIAL REVERTE, S. A. BARCELONA - BOGOTA - BUENOS AIRES - CARACAS - MEXICO Titulo de la obra original: Biological Physics. Energy, Information, Life. Edicion original en lengua inglesa publicada por W. H. Freeman and Company, New York and Basingstoke 41 Madison Avenue, New York, NY 10010, USA Houndmills, Basingstoke RG21 6XS England Copyright c 2004 by W. H. Freeman and Company All Right Reserved Version espanola por Prof. Dr. David Jou Mirabent Catedratico de Fisica de la Materia Condensada Universidad Autonoma de Barcelona (Espana) Propiedad de EDITORIAL REVERTE, S. A. Loreto, 13-15. Local B 08029 Barcelona. ESPANA Tel: (34) 93 419 33 36 Fax: (34) 93 419 51 89

e-mail: reverte@reverte.com www.reverte.com Reservados todos los derechos. La reproduccion total o parcial de esta obra, por cualquier medio o procedimiento, comprendidos la reprografia y el tratamiento informatico, queda rigurosamente prohibida, salvo excepcion prevista en la ley. Asimismo queda prohibida la distribucion de ejemplares mediante alquiler o prestamo publicos, la comunicacion publica y la transformacion de cualquier parte de esta publicacion (incluido el diseno de la cubierta) sin la previa autorizacion de los titulares de la propiedad intelectual y de la Editorial. La infraccion de los derechos mencionados puede ser constitutiva de delito contra la propiedad intelectual (Art. 270 y siguientes del Codigo Penal). El Centro Espanol de Derechos Reprograficos (CEDRO) vela por el respeto a los citados derechos. Edicion en espanol: c Editorial Reverte, S. A., 2005 ISBN: 84-291-1837-3 Deposito Legal: B-24466-2005 Impreso en Espana - Printed in Spain Impreso por Alvagraf, S. L. 08120 La Llagosta (Barcelona) Indice analitico Al estudiante xvii Al profesor xxii Agradecimientos xxvi Parte I Misterios, metaforas, modelos Capitulo 1 Lo que sabian los Antiguos 3

1.1 Calor 3 1.1.1 El calor es una forma de energia 4 1.1.2 Un poco de historia 6 1.1.3 Avance: el concepto de energia libre 8 1.2 Como la vida genera orden 10 1.2.1 El rompecabezas del orden biologico 10 1.2.2 El flujo osmotico como paradigma de la transduccion de energia libre 13 1.2.3 Avance: el desorden como informacion 15 1.3 Excursion: comercio, filosofia, pragmatica 16 1.4 Como mejorar en los examenes (y descubrir nuevas leyes fisicas) 19 1.4.1 La mayoria de las magnitudes fisicas tiene asociadas dimensiones 19 1.4.2 El analisis dimensional puede ayudar a detectar errores y recordar definiciones 21 1.4.3 El analisis dimensional puede ayudar a formular hipotesis 23 1.4.4 Convenios de notacion relacionados con el flujo y la densidad 23 1.5 Otras ideas clave de Fisica y Quimica 24 1.5.1 Las moleculas son pequenas 24 1.5.2 Las moleculas son distribuciones espaciales particulares de atomos 26 1.5.3 Las moleculas tienen energias internas bien definidas 27 1.5.4 Los gases a bajas densidades obedecen a una ley universal 28 Vision de conjunto 29 Via 2 32 Problemas 33 viii Indice analitico Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas 37 2.1 Fisiologia celular 40 2.1.1 Grandes rasgos de la anatomia interna 41 2.1.2 Grandes rasgos de la anatomia externa 45

2.2 Lista de los constituyentes moleculares 47 2.2.1 Moleculas pequenas 48 2.2.2 Moleculas de tamano intermedio 51 2.2.3 Moleculas grandes 53 2.2.4 Ensamblajes macromoleculares 55 2.3 Tendiendo el puente: dispositivos moleculares 58 2.3.1 La membrana plasmatica 59 2.3.2 Motores moleculares 60 2.3.3 Enzimas y proteinas reguladoras 61 2.3.4 Flujo global de informacion en las celulas 62 Vision de conjunto 65 Via 2 66 Problemas 67 Parte I I Difusion, disipacion, impulso Capitulo 3 La danza de las moleculas 71 3.1 Los aspectos probabilisticos de la vida 72 3.1.1 Distribuciones discretas 72 3.1.2 Distribuciones continuas 73 3.1.3 Promedio y varianza 76 3.1.4 Reglas de suma y de multiplicacion 78 3.2 Descifrando la ley de los gases ideales 81 3.2.1 La temperatura refleja la energia cinetica media del movimiento termico 81 3.2.2 La distribucion completa de las velocidades moleculares es experimentalmente mensurable 85 3.2.3 La distribucion de Boltzmann 86 3.2.4 Las barreras de activacion controlan las tasas de reaccion 89 3.2.5 Relajacion al equilibrio 91

3.3 Excursion: una leccion sobre la herencia 92 3.3.1 La influencia de Aristoteles 93 3.3.2 Identificando el portador fisico de la informacion genetica 93 3.3.3 La sintesis de Schrodinger: la informacion genetica es estructural 100 Vision de conjunto 106 Via 2 108 Problemas 109 Indice analitico ix Capitulo 4 Caminos aleatorios, friccion y difusion 113 4.1 Movimiento browniano 114 4.1.1 Un poco mas de historia 114 4.1.2 Los caminos aleatorios conducen a un comportamiento difusivo 116 4.1.3 La ley de difusion es independiente del modelo 123 4.1.4 La friccion esta relacionada cuantitativamente con la difusion 124 4.2 Excursion: el papel de Einstein 127 4.3 Otros caminos aleatorios 128 4.3.1 La conformacion de los polimeros 128 4.3.2 Perspectiva: caminos aleatorios en Wall Street 132 4.4 Mas sobre la difusion 134 4.4.1 La difusion rige el mundo subcelular 134 4.4.2 La difusion obedece a una ecuacion sencilla 135 4.4.3 Prediccion estadistica precisa de procesos aleatorios 138 4.5 Funciones, derivadas y serpientes bajo la alfombra 139 4.5.1 Las funciones describen los detalles de relaciones cuantitativas 139 4.5.2 Una funcion de dos variables puede ser representada como un paisaje 141 4.6 Aplicaciones biologicas de la difusion 142 4.6.1 La permeabilidad de las membranas artificiales es difusiva 142

4.6.2 La difusion establece un limite fundamental al metabolismo bacteriano 145 4.6.3 La relacion de Nernst establece la escala de los potenciales de membrana 146 4.6.4 La resistencia electrica de una disolucion refleja la disipacion por friccion 149 4.6.5 La difusion a partir de un punto da un perfil gaussiano que se va ensanchando 150 Vision de conjunto 152 Via 2 155 Problemas 162 Capitulo 5 La vida en via lenta: El mundo a bajo numero de Reynolds 167 5.1 Friccion en fluidos 168 5.1.1 Particulas suficientemente pequenas pueden permanecer en suspension indefinidamente 168 5.1.2 La tasa de sedimentacion depende de la viscosidad del disolvente 170 5.1.3 Mezclar un liquido viscoso es dificil 171 5.2 Bajos numeros de Reynolds 173 5.2.1 Una fuerza critica delimita el regimen fisico dominado por la friccion 173 5.2.2 El numero de Reynolds cuantifica la importancia relativa de la friccion y la inercia 176 5.2.3 Las propiedades de una ley dinamica con respecto a la inversion temporal indican su caracter disipativo 179 5.3 Aplicaciones biologicas 182 5.3.1 Natacion y bombeo 182 5.3.2 .Agitar o no agitar? 188 x Indice analitico 5.3.3 Forrajear, atacar, huir 189 5.3.4 Redes vasculares 190 5.3.5 Arrastre viscoso en la horquilla de replicacion del DNA 193

5.4 Excursion: el caracter de las leyes fisicas 196 Vision de conjunto 197 Via 2 199 Problemas 202 Capitulo 6 Entropia, temperatura y energia libre 209 6.1 Como medir el desorden 210 6.2 Entropia 213 6.2.1 El postulado estadistico 213 6.2.2 La entropia es una constante multiplicada por el valor maximo del desorden 215 6.3 Temperatura 216 6.3.1 El calor fluye de modo que maximiza el desorden 216 6.3.2 La temperatura es una propiedad estadistica de los sistemas en equilibrio 218 6.4 La Segunda Ley 221 6.4.1 La entropia aumenta espontaneamente cuando eliminamos una restriccion 221 6.4.2 Tres observaciones 224 6.5 Sistemas abiertos 225 6.5.1 La energia libre de un subsistema refleja la competencia entre entropia y energia 226 6.5.2 Las fuerzas entropicas pueden ser expresadas como derivadas de la energia libre 228 6.5.3 La transduccion de energia libre tiene eficiencia maxima cuando se lleva a cabo en pasos pequenos y controlados 229 6.5.4 La biosfera como maquina termica 232 6.6 Sistemas microscopicos 233 6.6.1 La distribucion de Bolzmann deriva del postulado estadistico 233 6.6.2 Interpretacion cinetica de la distribucion de Boltzmann 235 6.6.3 El principio de minima energia libre tambien se aplica a subsistemas microscopicos 239

6.6.4 La energia libre determina las poblaciones de sistemas complicados de dos estados 241 6.7 Excursion: gEl plegamiento del RNA como un sistema de dos estadosh 242 Vision de conjunto 246 Via 2 249 Problemas 256 Capitulo 7 Fuerzas entropicas en accion 263 7.1 Interpretacion microscopica de las fuerzas entropicas 264 7.1.1 Estudio a volumen constante 264 7.1.2 Estudio a presion constante 265 Indice analitico xi 7.2 Presion osmotica 266 7.2.1 La presion osmotica de equilibrio sigue la ley de los gases ideales 266 7.2.2 La presion osmotica produce una fuerza de deplecion entre moleculas grandes 270 7.3 Mas alla del equilibrio: flujo osmotico 273 7.3.1 Las fuerzas osmoticas surgen de la rectificacion del movimiento browniano 274 7.3.2 El flujo osmotico esta relacionado cuantitativamente con la permeacion forzada 278 7.4 Interludio repulsivo 280 7.4.1 Las interacciones electrostaticas son cruciales para el funcionamiento adecuado de la celula 280 7.4.2 La ley de Gauss 282 7.4.3 Las superficies cargadas estan rodeadas por nubes de iones que las neutralizan 284 7.4.4 La repulsion de superficies con cargas del mismo signo surge de la compresion de sus nubes de iones 289 7.4.5 Las superficies con cargas opuestas se atraen por liberacion de contraiones 292 7.5 Propiedades especiales del agua 293

7.5.1 El agua liquida contiene una red movil de puentes de hidrogeno 293 7.5.2 La red de puentes de hidrogeno afecta a la solubilidad de moleculas pequenas en agua 297 7.5.3 El agua genera una atraccion entropica entre objetos apolares 300 Vision de conjunto 301 Via 2 304 Problemas 312 Capitulo 8 Fuerzas quimicas y autoagregacion 317 8.1 Potencial quimico 318 8.1.1 mide la disponibilidad de particulas de una especie 318 8.1.2 La distribucion de Boltzmann tiene una generalizacion sencilla que incorpora el intercambio de particulas 321 8.2 Reacciones quimicas 322 8.2.1 Hay equilibrio quimico cuando las fuerzas quimicas se contrarrestan 322 8.2.2 G proporciona un criterio universal para el sentido de las reacciones quimicas 325 8.2.3 Interpretacion cinetica de equilibrios complejos 330 8.2.4 La sopa primordial no estaba en equilibrio quimico 332 8.3 Disociacion 332 8.3.1 Los enlaces ionicos y parcialmente ionicos se disocian facilmente en agua 332 8.3.2 Las fuerzas de los acidos y de las bases reflejan sus constantes de equilibrio de disociacion 333 8.3.3 La carga de las proteinas varia con el ambiente 335 8.3.4 La electroforesis puede proporcionar una medida sensible de la composicion de las proteinas 337 xii Indice analitico 8.4 Autoagregacion de anfifilos 339

8.4.1 Las emulsiones se forman cuando las moleculas anfifilicas reducen la tension interficial aceite-agua 340 8.4.2 Las micelas se autoagregan subitamente al llegar a una concentracion critica 342 8.5 Excursion: sobre el ajuste de los modelos a los datos 346 8.6 Autoagregacion en las celulas 347 8.6.1 Las bicapas se forman por autoagregacion de anfifilos de dos colas 347 8.6.2 Perspectiva: plegamiento y agregacion molecular 352 8.6.3 Otra visita a la cocina 355 Vision de conjunto 357 Via 2 360 Problemas 362 PARTE III Moleculas, maquinas, mecanismos Capitulo 9 Transiciones cooperativas en macromoleculas 367 9.1 Modelos de elasticidad de los polimeros 368 9.1.1 Por que funciona la fisica (cuando funciona) 369 9.1.2 Cuatro parametros fenomenologicos caracterizan la elasticidad de una varilla larga y fina 371 9.1.3 Los polimeros se oponen al alargamiento con una fuerza entropica 373 9.2 Estirando macromoleculas individuales 377 9.2.1 La curva fuerza-extension puede ser medida para moleculas individuales de DNA 377 9.2.2 Un sistema de dos estados explica cualitativamente el alargamiento del DNA a fuerzas bajas 379 9.3 Valores propios para el impaciente 382 9.3.1 Matrices y valores propios 382 9.3.2 Producto de matrices 385 9.4 Cooperatividad 386

9.4.1 La tecnica de la matriz de transferencia permite un tratamiento mas preciso de la cooperatividad de curvatura 386 9.4.2 El DNA tambien presenta elasticidad lineal de alargamiento a fuerzas aplicadas moderadas 390 9.4.3 La cooperatividad en sistemas con mas dimensiones da lugar a transiciones infinitamente abruptas 391 9.5 Conmutacion termica, quimica y mecanica 392 9.5.1 La transicion helice-ovillo puede ser observada mediante luz polarizada 392 9.5.2 Tres parametros fenomenologicos describen una transicion helice-ovillo dada 395 9.5.3 Calculo de la transicion helice-ovillo 398 9.5.4 El DNA tambien presenta una transicion de gfusionh cooperativa 402 9.5.5 Una fuerza mecanica aplicada puede inducir transiciones estructurales cooperativas en macromoleculas 403 Indice analitico xiii 9.6 Alosteria 405 9.6.1 La hemoglobina enlaza cooperativamente cuatro moleculas de oxigeno 405 9.6.2 La alosteria hace intervenir a menudo desplazamientos relativos de subunidades moleculares 408 9.6.3 Perspectiva: subestados de las proteinas 409 Vision de conjunto 411 Via 2 414 Problemas 427 Capitulo 10 Enzimas y maquinas moleculares 433 10.1 Panorama de los dispositivos moleculares hallados en las celulas 434 10.1.1 Terminologia 434 10.1.2 Los enzimas presentan cinetica de saturacion 435 10.1.3 Todas las celulas eucarioticas contienen motores ciclicos 437

10.1.4 Las maquinas de un solo tiempo contribuyen a la locomocion celular y la organizacion espacial 440 10.2 Maquinas puramente mecanicas 442 10.2.1 Las maquinas macroscopicas pueden ser descritas por un paisaje de energia 442 10.2.2 Las maquinas microscopicas pueden cruzar barreras de energia 446 10.2.3 La ecuacion de Smoluchowski da el ritmo de las maquinas microscopicas 448 10.3 Desarrollo de los principios mecanicos a escala molecular 456 10.3.1 Tres ideas 457 10.3.2 La coordenada de reaccion proporciona una descripcion reducida util de un proceso quimico 457 10.3.3 Los enzimas catalizan una reaccion enlazandose al estado de transicion 460 10.3.4 Los motores mecanoquimicos se desplazan mediante caminos aleatorios por un paisaje bidimensional 465 10.4 Cinetica de enzimas y de maquinas reales 466 10.4.1 La ley de Michaelis-Menten describe la cinetica de enzimas sencillos 468 10.4.2 Modulacion de la actividad de los enzimas 471 10.4.3 La quinesina bicefala como trinquete perfecto y fuertemente acoplado 472 10.4.4 Los motores moleculares pueden moverse incluso sin acoplamiento fuerte o sin golpe de potencia 481 10.5 Perspectiva: otros motores moleculares 486 Vision de conjunto 487 Via 2 490 Problemas 500 Capitulo 11 Maquinas en membranas 505 11.1 Efectos electroosmoticos 506 11.1.1 Antes de los Antiguos 506 11.1.2 Las diferencias de concentracion de iones producen potenciales de Nernst 506

11.1.3 El equilibrio de Donnan puede producir un potencial de membrana en reposo 511 xiv Indice analitico 11.2 Bombeo de iones 513 11.2.1 Los potenciales de membrana observados en las celulas eucarioticas revelan que estas se hallan lejos del equilibrio de Donnan 513 11.2.2 La hipotesis de la conductancia ohmica 515 11.2.3 El bombeo activo mantiene los potenciales de estado estacionario de la membrana y evita grandes presiones osmoticas 518 11.3 Las mitocondrias como fabricas 524 11.3.1 Barras conductoras y ejes propulsores distribuyen energia en las fabricas 524 11.3.2 El telon de fondo bioquimico de la respiracion 526 11.3.3 El mecanismo quimiosmotico identifica la membrana mitocondrial interna como una central de conversion de energia 528 11.3.4 Pruebas del mecanismo quimiosmotico 530 11.3.5 Perspectiva: las celulas utilizan acoplamientos quimiosmoticos en muchos otros contextos 534 11.4 Excursion: gAlimentando el motor flagelarh, por H. C. Berg y D. Fung 536 Vision de conjunto 538 Via 2 540 Problemas 542 Capitulo 12 Impulsos nerviosos 545 12.1 El problema de los impulsos nerviosos 546 12.1.1 Fenomenologia del potencial de accion 547 12.1.2 La membrana celular puede ser considerada como un circuito electrico 550 12.1.3 Las membranas con conductancia ohmica llevan a una ecuacion lineal de cable sin soluciones del tipo de onda viajera 555 12.2 Mecanismo simplificado del potencial de accion 559

12.2.1 El rompecabezas 559 12.2.2 Analogia mecanica 560 12.2.3 Un poco mas de historia 563 12.2.4 La evolucion temporal de un potencial de accion sugiere la hipotesis de compuertas reguladas por el voltaje 566 12.2.5 Las compuertas reguladas por el voltaje conducen a una ecuacion no lineal del cable con soluciones ondulatorias viajeras 569 12.3 El mecanismo completo de Hodgkin-Huxley y su base molecular 574 12.3.1 Cada conductancia ionica sigue una evolucion temporal caracteristica cuando el potencial de membrana varia 574 12.3.2 La tecnica de pinzamiento zonal permite estudiar el comportamiento de canales de un solo ion 579 12.4 Nervios, musculos, sinapsis 587 12.4.1 Las celulas nerviosas estan separadas por sinapsis estrechas 587 12.4.2 La conexion neuromuscular 589 12.4.3 Perspectiva: computacion neuronal 590 Indice analitico xv Vision de conjunto 591 Via 2 594 Problemas 595 Epilogo 599 Apendice A Lista global de simbolos y unidades 601 Notacion 601 Nombres de magnitudes 602 Dimensiones 607 Unidades 608 Apendice B Valores numericos 611

Constantes fundamentales 611 Valores 611 Valores especializados 613 Creditos 617 Bibliografia 619 Indice alfabetico 631

xvii Al estudiante Este libro se dirige a estudiantes de Ciencias de la vida que esten dispuestos a utilizar el calculo y a estudiantes de Ciencias Fisicas y de Ingenieria que deseen reflexionar sobre las celulas. Creo que, en el futuro, todos los estudiantes de cada uno de estos dos grupos necesitaran saber el nucleo esencial de los conocimientos del otro. Empece a preguntarme como estos dos grupos, tan diversos, podrian superar el sindrome de la Torre de Babel. Lentamente fui advirtiendo que, aunque cada disciplina conlleva su inmensa carga de detalles experimentales y teoricos, aun asi las fuentes primordiales de sus caudales son accesibles y provienen de un mismo manantial, un punado de ideas simples y generales. Vi que, pertrechado con estas pocas ideas, es posible comprender una buena parte de la investigacion de frontera. Este libro explora estas ideas comunes primordiales y no duda en dejar las mas especializadas para un aprendizaje posterior. Tambien me di cuenta de que mi propia educacion como estudiante de licenciatura habia pospuesto muchas ideas basicas al ultimo ano de mis estudios (o incluso a estudios posteriores) y que muchos de los programas siguen teniendo este caracter: construimos meticulosamente un edificio matematico sofisticado antes de introducir muchas de las ideas realmente grandes. Mis colegas y yo nos hemos ido convenciendo de que este enfoque no sirve para las necesidades de nuestros estudiantes. Muchos de nuestros estudiantes

de licenciatura empezaron a investigar desde el primer ano y necesitaban cuanto antes una vision de conjunto. Muchos otros han desarrollado programas interdisciplinares propios y quizas nunca llegaran a nuestros cursos avanzados especializados. En este libro, espero hacer accesible la vision de conjunto a cualquier estudiante que haya cursado la Fisica y el Calculo del primer curso (mas un recordatorio de la Quimica y la Biologia de bachillerato), y que desee ir un poco mas alla. Cuando ya empezamos a estar formados, deberiamos estar en condicion de leer trabajos actuales en Science y Nature. Naturalmente, no comprenderemos todos los detalles, pero si las ideas esenciales. Cuando empezamos a ofrecer este curso, quedamos sorprendidos de ver que tambien muchos estudiantes de doctorado deseaban seguirlo. En parte, esto reflejaba su propia educacion compartimentada: los estudiantes de Fisica deseaban leer la parte de Biologia y verla integrada con sus otros conocimientos; los de Biologia querian lo mismo, pero con la Fisica. Para nuestra sorpresa, hallamos que el curso se hacia popular entre estudiantes de todos los niveles, desde primeros anos hasta el tercer ano, con los ultimos profundizando mas en los detalles. Como consecuencia de esto, muchas de las secciones de este libro han incorporado unas adiciones denominadas gVia 2h que se dirigen a este grupo con mas experiencia matematica. xviii Al estudiante Ciencias Fisicas y Ciencias de la Vida. A comienzos del siglo XX ya estaba claro que, en terminos quimicos, no somos muy diferentes de una sopa de lata. Pese a ello, podemos hacer muchas cosas complicadas y divertidas que no hacen las sopas de lata. En aquel momento, se disponia de muy pocas ideas correctas sobre como los organismos vivientes producian orden, hacian trabajo y efectuaban calculos a partir de los alimentos .tan solo un monton de metaforas inadecuadas inspiradas en la tecnologia del momento. Hacia mitad de siglo, empezo a resultar claro que las respuestas a muchas de esas cuestiones se hallarian en el estudio de moleculas muy grandes. Ahora que empezamos el siglo XXI, ironicamente, !la situacion se ha invertido! El problema es ahora que !tenemos demasiada

informacion sobre dichas macromoleculas! Nos estamos ahogando en informacion: !necesitamos una estructura, un marco, en el que organizar billones de datos! Algunos cientificos de la vida desdenan la Fisica como greduccionistah, tendente a menospreciar los detalles que hacen que los sapos, por ejemplo, sean diferentes de las estrellas de neutrones. Otros, en cambio, creen que justo ahora resulta esencial disponer de un marco unificador para tener una vision de conjunto. Creo que la tension entre las ciencias de desarrollo/historia/complejidad y las universalistas/ahistoricas/reduccionistas ha sido tremendamente fructifera y que el futuro sera de aquellos que puedan transitar fluidamente entre ambos tipos de consideraciones. Dejando a un lado la Filosofia, es un hecho que el ultimo par de decadas ha contemplado una revolucion de las tecnicas fisicas de explorar el nanomundo de las celulas, interrogarles fisicamente y examinar cuantitativamente los resultados. Por ultimo, un monton de ideas fisicas subyacentes tras los modelos simplificados presentados en los libros de biologia celular estan superando los examenes necesarios para ser confirmadas o rechazadas. Al mismo tiempo, incluso algunos mecanismos no necesariamente utilizados por la naturaleza han demostrado tener un inmenso valor tecnologico. .Por que tantas matematicas? Lo dije en hebreo, lo dije en holandes, lo repeti en aleman y en griego; !pero olvide por completo (y mucho lo siento) que usted solo habla y entiende el ingles! .Lewis Carroll, The Hunting of the Snark Los estudiantes de Ciencias de la Vida podrian preguntarse si todas las formulas matematicas de este libro son realmente necesarias. Mi premisa es que la manera de asegurarse de que una teoria es correcta es efectuar predicciones cuantitativas a partir de modelos simplificados, y compararlas con los resultados experimentales. Los capitulos siguientes proporcionan

muchas de las herramientas para llevar a termino estas ideas. En ultimo termino, quisiera que usted pueda enfrentarse a un problema poco familiar, escoger la herramienta adecuada y resolver el problema. Soy bien consciente de que ello no es facil, al menos al principio. En realidad, es cierto que a veces los fisicos exageran los analisis matematicos. En cambio, el punto de vista de este libro es que las ecuaciones hermosas son generalmente un medio, y no un fin en si mismas, en nuestro esfuerzo por conocer la naturaleza. HabiAl estudiante xix tualmente, las herramientas mas simples, como el analisis dimensional, bastan para hacerse una primera idea de que esta ocurriendo. Solo cuando se es un buen cientifico se alcanza la recompensa de efectuar algun calculo matematico realmente elaborado y ver que sus predicciones toman vida en un experimento. Los otros cursos de fisica y de matematicas le daran la formacion basica necesaria para conseguirlo. Caracteristicas del libro. Al redactar este libro, he intentado seguir algunos principios. La mayoria de ellos son tecnicos y aburridos, pero hay cuatro que vale la pena mencionar aqui: 1. Siempre que ha sido posible, relacionar las ideas con fenomenos cotidianos. 2. Decir que esta pasando. En lugar de dar tan solo una lista de pasos, he intentado explicar porque estamos haciendolos, y como podriamos haber conjeturado que un paso resultaria util. Este enfoque exploratorio (orientado a descubrir) hace intervenir mas palabras de las que encontrara habitualmente en los libros de Fisica. El objetivo es ayudarle a efectuar la dificil transicion de escoger usted mismo sus propios pasos. 3. Evitar las cajas negras. La temida frase gpuede demostrarse que ...h casi nunca aparece en la Via 1. Casi todos los resultados matematicos mencionados son realmente deducidos, o llevados hasta un punto en que le resulte factible abordarlos como problemas propuestos. Cuando no pude obtener un resultado mediante un analisis a este nivel, opte generalmente por omitirlo. 4. Evitar los datos fantasma. Cuando vemos un objeto que parece una grafica, casi siempre

es realmente una grafica. Es decir, los puntos son realmente datos de laboratorio obtenidos por algun investigador, generalmente citado. Las curvas son algunas funciones matematicas reales, habitualmente deducidas en el texto (o en algun ejercicio). Los esquemas que parecen graficas, han sido claramente identificados como tales. De hecho, cada figura contiene una indicacion un poco pedante que revela su categoria logica, de manera que es posible decir que son datos reales, que son reconstrucciones y que son simples esquemas ilustrativos. En general, los graficos reales no son tan hermosos como los datos fantasma. Necesitamos enfrentarnos a resultados reales para poder desarrollar nuestras capacidades criticas. En efecto, algunas teorias sencillas no funcionan tan bien como podriamos pensar al verlas en clase. En cambio, algunos ajustes aparentemente poco impresionantes de la teoria al experimento apoyan realmente conclusiones importantes; se necesita practica para discernir los rasgos verdaderamente importantes. Muchos capitulos contienen una seccion titulada gExcursionh. Dichas secciones exceden la linea argumental general. Algunas son articulos breves de investigadores lideres sobre sus experimentos, y otras son breves ensayos historicos o culturales. Tambien hay dos apendices. Tomese un momento para examinarlos. Incluyen una lista de todos los simbolos utilizados en el texto para representar magnitudes fisicas, definiciones de las diversas unidades, y valores numericos de muchas magnitudes fisicas, algunas de las cuales resultaran especialmente utiles para resolver los problemas. .Por que la historia? Este no es un libro de historia pero, aun asi, vera que examinamos muchos resultados relativamente antiguos. (Mucha gente cree que gantiguoh significa gantes de Interneth, pero en este caso lo utilizo en el sentido algo mas clasico de gantes de la xx Al estudiante televisionh). No utilizamos estos aspectos algo antiguos para dar una patina de academicismo, sino que un afan recurrente de este libro es poner de manifiesto como medidas fisicas

han desvelado a menudo la existencia y la naturaleza de dispositivos moleculares en las celulas, mucho antes de que los ensayos bioquimicos tradicionales hubieran podido identificarlos con precision. Los pasajes historicos documentan estudios de esos casos; en algunos de ellos, !el intervalo entre una cosa y la otra ha durado decadas! Incluso en la actualidad, con nuestro arsenal inmensamente sofisticado de biologia molecular, la estrategia experimental tradicional de gbloquear un gen y ver que tipo de raton saleh puede resultar mucho mas lenta y dificil de realizar e interpretar que un enfoque mas directo de gentrar y manipularh. De hecho, el menu de nuevas herramientas extremadamente ingeniosas para aplicar fuerzas fisicas al funcionamiento de las celulas o sus constituyentes (hasta el nivel de una sola molecula) y medir cuantitativamente sus respuestas ha crecido rapidamente en la ultima decada, y ofrece oportunidades sin precedentes para deducir indirectamente que debe estar ocurriendo a nivel molecular. Los cientificos capaces de integrar las lecciones de los enfoques bioquimico y biofisico seran los primeros que puedan acceder a la vision de conjunto. Saber como esto ha ocurrido en el pasado nos ayuda a prepararnos para nuestro turno. Aprender este tema. Si su formacion previa en Fisica es un curso de primer ano de universidad en Fisica o Quimica, este libro tendra un gusto ligeramente diferente del de los textos que ha leido hasta ahora. Este tema esta evolucionando rapidamente; mi presentacion no ha consistido en redactar unos resumenes petreos y autoritarios sobre un tema fijo y bien establecido, ni debe ser asi, sino que he intentado transmitirle la excitacion de un campo en progreso, al que podra efectuar nuevas contribuciones sin tener que aventurarse en la jungla de los formalismos elaborados durante una decada. Si su formacion previa es en Ciencias de la Vida, puede que este acostumbrado a un estilo docente que insiste en la presentacion de los hechos. Pero en este libro se supone que muchas de las afirmaciones, y la mayoria de las formulas, se siguen de las anteriores, de una manera que usted podria y deberia comprobar. De hecho, observara a menudo las palabras

nosotros, nuestro, intentemos, a lo largo del texto. Habitualmente, en el estilo cientifico, esto es una manera pomposa de decir yo, mio, miradme; pero en este libro se refieren a un equipo formado por usted y por mi. Es necesario que usted intente advertir cuales de estos enunciados son informaciones nuevas y cuales son deducciones que puedan ser obtenidas a partir de los conocimientos previos. A veces he indicado algunos pasos logicos especialmente importantes en preguntas indicadas como gSu turnoh. La mayoria de ellas son lo suficientemente breves para que las pueda responder en el lugar correspondiente, antes de proseguir. Es esencial que las trabaje para poder adquirir las habilidades necesarias para construir nuevos argumentos fisicos. Cada vez que en el texto introducimos una formula, dedique un momento a examinarla y a reflexionar si es razonable. Si dice x = yz/w, .tiene sentido que al aumentar w deba disminuir x? .Funcionan bien las unidades? Al principio, le guiare en estos pasos, pero posteriormente los debera realizar por si mismo, automaticamente. Cuando vea que utilizamos alguna tecnica matematica con la que no este familiarizado, acuda a su profesor lo antes posible, en lugar de dejarlo para mas tarde. Otro recurso util es el libro de Shankar (Shankar, 1995)1. 1. Vea la seccion de bibliografia al final del libro. Al estudiante xxi Mas alla de las cuestiones del texto, hallara problemas al final de los capitulos. No son tan faciles como los de la Fisica de primer curso; a menudo necesitara un poco de sentido comun, un juicio cualitativo sensato, e incluso algunos consejos de su profesor para poderlos enfocar adecuadamente. Al principio, la mayoria de los estudiantes .!y no solo usted!. se sienten incomodos con este enfoque, pero al final estas habilidades se contaran entre lo mas valioso de lo que pueda haber aprendido, haga lo que haga despues en la vida. Delante de usted se abre un mundo de alta tecnologia, y le resultara una mina haber adquirido la agilidad de resolver problemas cuantitativos abiertos. Los problemas se iran haciendo mas dificiles a medida que avance en el texto, de manera que haga los primeros aunque le parezcan sencillos.

Algunas secciones y problemas estan indicados con este simbolo, y estan reservados a una audiencia relativamente madura. Naturalmente, indico este camino para que le entren ganas de seguirlo, tanto si su profesor se lo indica como si no se lo indica. Las secciones de gVia 2h suponen desarrollos matematicos un poco mas avanzados, y forjan vinculos entre lo que esta aprendiendo o aprendera en otros cursos de Fisica. Tambien anuncian algunas de las referencias bibliograficas citadas. La via principal (Via 1) no reposa sobre estas secciones, sino que es autocontenida. Incluso los lectores capacitados para seguir la gVia 2h deberian omitir estas secciones en una primera lectura. Muchos estudiantes hallan en este curso un reto considerable. Los estudiantes de Fisica deben digerir mucha terminologia biologica; los de Biologia deben desempolvar sus conocimientos de matematicas. No resulta facil, pero vale la pena: los temas interdisciplinarios como este se encuentran entre los mas fertiles y excitantes. He observado que los estudiantes que han quedado mas satisfechos acostumbran a ser los que trabajan en equipo con algun otro estudiante de una formacion diferente y hacen juntos los problemas, ensenandose mutuamente. !Intentelo! V2 xxii Al profesor Hace pocos anos, mi departamento pregunto a sus estudiantes de licenciatura que cosas creian necesarias y no se las estabamos ofreciendo. Una de las respuestas fue gun curso de Fisica Biologicah. Nuestros estudiantes no podian evitar observar los excitantes articulos en The New York Times, los articulos de portada de Physics Today, y muchos otros, y querian un papel en la accion. Este libro emergio como resultado de su peticion. Hacia la misma epoca, muchos de mis amigos en otras universidades estaban empezando a trabajar en este campo y se hallaban vivamente interesados en dar un curso de estas caracteristicas, pero no se sentian a gusto con los libros existentes. Algunos eran brillantes, pero ya tenian bastantes anos; ninguno parecia incorporar los hermosos resultados recientes

sobre maquinas moleculares, autoagregacion, y manipulacion y observacion de moleculas individuales, que estaban revolucionando el campo. Mis amigos y yo nos sentiamos amilanados por la inmensa extension de la bibliografia y nuestra limitada penetracion en el campo; necesitabamos una sintesis. Este libro es mi intento de responder a dicha necesidad. El libro tambien sirve para introducir buena parte del material conceptual que subyace a los jovenes campos de la nanotecnologia y los materiales blandos. No resulta sorprendente, ya que las maquinas moleculares y supramoleculares de cada una de nuestras celulas son motivo de inspiracion para la nanotecnologia, y los polimeros y las membranas que las constituyen inspiran mucha ciencia actual de materiales. Este texto ha sido redactado pensando en una gran diversidad de publicos. Esta basado en un curso que he ensenado en una clase que reunia estudiantes de licenciaturas de Fisica, Biologia, Bioquimica, Biofisica, Ciencia de Materiales, e Ingenierias Quimica, Mecanica y Bioingenieria. Espero que el libro resulte util como texto principal o auxiliar para cursos en cualquier departamento de Ciencias o Ingenieria. Mis estudiantes tambien diferian ampliamente en experiencia, desde segundo curso hasta estudiantes de doctorado. Puede que usted no quiera trabajar con un grupo tan diverso, pero ha funcionado en nuestra universidad en Penn. Para resultar accesible a todos ellos, el curso esta dividido en dos secciones; la de los postgraduados tenia problemas y examenes mas dificiles y sofisticados. La estructura del libro refleja bien esta division, con numerosas secciones de gVia 2h y problemas que cubren material mas avanzado. Estas secciones, situadas al final de los capitulos, estan indicadas mediante un simbolo especial: , y son ampliamente independientes la una de la otra, de manera que puede asignarlas a la carta. Recomiendo que todos los estudiantes las omitan en la primera lectura. V2 Al profesor xxiii Los unicos requisitos para el nucleo del material de la Via 1 son el Calculo y la Fisica de primer curso, y un recuerdo distante de la Biologia y la Quimica de bachillerato. Los

conceptos del Calculo son utilizados con una cierta libertad, pero poca tecnica; solo se necesita resolver las ecuaciones diferenciales mas sencillas. Es mas importante aun que el estudiante posea o adquiera soltura en manejar numeros, efectuar estimaciones, seguir la pista de las unidades y llevar a cabo deducciones breves. El material y problemas de la Via 2 deberia ser adecuado para estudiantes de ultimos cursos de licenciatura y primer ano de postgraduado. Para un curso de un semestre para estudiantes con poca experiencia, probablemente querra omitir los capitulos 9 o 10 (o quizas el 11 y el 12). Para estudiantes con mas experiencia, en cambio, quizas decidira repasar brevemente los capitulos iniciales y dedicar mas tiempo a los capitulos avanzados. Al ensenar este curso, tambien asigno lecturas suplementarias de algunos textos estandar de Biologia Celular. Esta contiene inevitablemente montones de nomenclatura y de figuras; tanto los estudiantes como el profesor deben hacer una inversion en aprender estas cosas. Los reditos son claros e inmediatos: no solo permiten comunicarse con los profesionales que estan llevando a cabo trabajos excitantes en muchos campos, sino que tambien resultan cruciales para saber que problemas fisicos son relevantes en la investigacion biomedica. Me he esforzado especialmente para mantener una terminologia y una notacion unificadas, una tarea dificil, al cubrir disciplinas tan diversas. En el Apendice A, se resume toda la notacion; mientras que el Apendice B contiene muchos valores numericos utiles, algunos mas de los que son utilizados en el texto. (Puede que estos datos le resulten utiles cuando resuelva problemas en casa o en un examen). Mas detalles sobre como utilizar este libro como base de un curso completo pueden ser hallados en la Instructorfs Guide, disponible de W. H. Freeman and Company. Dicha guia tambien contiene las soluciones de todos los problemas y de las preguntas de Su turno, demostraciones sugeridas en clase, y los programas de ordenador utilizados para generar muchas de las graficas que acompanan al texto. Puede utilizar su propio programa para proponer problemas basados en ordenador, hacer demostraciones en clase, y otras cosas

por el estilo. Las erratas observadas en este libro apareceran en http://www.whfreeman.com/biologicalphysics .Por que no aparece mi tema predilecto? Un jardin esta acabado cuando ya no queda nada por quitar. .Aforismo Zen. Probablemente tambien sea uno de mis temas predilectos, pero el texto refleja el intento insobornable de seguir unas pocas maximas: . Limitarse a ofrecer un curso y no una enciclopedia. El libro corresponde a lo que realmente consigo cubrir (es decir, a lo que los estudiantes consiguen realmente aprender) en un semestre tipico de 42 horas, mas un 20 % adicional para permitir una mayor flexibilidad. xxiv Al profesor . Seguir una linea de desarrollo unificada. . Mantener un equilibrio entre resultados recientes y temas clasicos importantes. Escoger aquellos temas que abren mas puertas en Fisica, Biologia, Quimica e Ingenieria. . No mencionar practicamente la Fisica Cuantica, que nuestros estudiantes encontraran justo despues de este curso. Afortunadamente, una gran parte de la Fisica Biologica importante (incluyendo todo el tema de biomateriales blandos) no requiere una utilizacion profunda de las idea cuanticas. . Restringir la discusion a problemas concretos en que la vision fisica conduzca a predicciones cuantitativas falsables y donde se disponga de datos de laboratorio. Cada capitulo presenta algunos datos experimentales reales. . Escoger problemas que iluminen y sean iluminados por grandes ideas. Es lo que quieren los estudiantes .por esto estudian ciencias. Ciertamente hay otros temas que satisfacen todos estos criterios pero que no son cubiertos en este libro. Espero sus sugerencias sobre cuales incluir en la proxima edicion. Por debajo de los puntos anteriores subyace la firme determinacion de presentar las ideas fisicas en su belleza y su importancia originales. El respeto a estas ideas fundacionales

me ha impedido relegarlas al estatus utilitario, tan en boga, de una simple caja de herramientas para ayudar a otras disciplinas. Algunos temas aparentemente dilatorios que van mas alla de lo estrictamente necesario para explicar los fenomenos biologicos, reflejan esta conviccion. Criticas habituales. Esto es un libro, no una monografia. Soy consciente de que la presentacion de muchos temas sutiles en este libro difumina algunos detalles importantes. No he intentado establecer prioridades historicas, salvo en las secciones tituladas ghistoriah. Los experimentos descritos han sido escogidos simplemente porque satisfacen cierto imperativo pedagogico y parecen tener interpretaciones particularmente directas. La citacion de trabajos originales es un poco aleatoria, excepto en lo que se refiere a mis propias contribuciones, aunque en algunas ocasiones no consegui detenerme en el punto justo. .Es esto realmente fisica? .Deberia ser ensenado en un departamento de Fisica? Si ha llegado hasta aqui, probablemente ya tenga una opinion preconcebida. Pero le reto a que plantee esta pregunta a sus colegas. El texto intenta demostrar no solo que muchos de los fundadores de la Biologia Molecular tenian una formacion en Fisica, sino que tambien, a la inversa, el estudio de la vida ha aportado historicamente nuevas visiones y estimulos a la fisica. Esto tambien es verdad a nivel pedagogico. Muchos estudiantes hallan las ideas de la Fisica Estadistica especialmente vividas en el contexto de las Ciencias de la Vida. De hecho, algunos estudiantes se matriculan en mi curso despues de los cursos de Fisica Estadistica o de Quimica Fisica; me dicen que esto les ayuda a organizar todas las piezas de una manera nueva y util. Mas importante aun, he encontrado un grupo de estudiantes que estaban interesados en estudiar Fisica pero se echaron atras cuando sus departamentos de Fisica no les ofrecieron conexiones con la excitacion de las Ciencias de la Vida. Es hora de ofrecerles lo que necesitan. Al mismo tiempo, es posible que sus colegas de Ciencias de la Vida le pregunten:

g.Necesitan nuestros estudiantes tanta Fisica?h. La respuesta no se halla en el pasado, sino Al profesor xxv en el futuro. Sus colegas pueden disfrutar con la lectura de articulos muy elocuentes sobre este tema (Alberts, 1998; Hopfield, 2002) y con el amplio informe del NRC (National Research Council, 2003). Este libro intenta demostrar que hay un enfoque fisico cuantitativo y versatil de los problemas, y que, pese a no ser la unica caja de herramientas en la mente de los cientificos experimentados, es una de las mas poderosas. Necesitamos ensenarselo a todos, no solo a los posgraduados de Ciencias Fisicas. Creo que la reciente insularidad de la Fisica es tan solo una aberracion pasajera y que solo sera posible prosperar si se renueva los vinculos entre ambos lados, otrora tan intensos. Para terminar. Tuve la enorme suerte de acceder a la Fisica Estadistica a partir de las excelentes clases de Sam Treiman (1925-1999), fue un gran cientifico y uno de los lideres espirituales de un gran departamento. De vez en cuando, aun regreso a mis notas de dicho curso. Y alli esta el, como lo estuvo en aquel tiempo. PARTEI Misterios, metaforas, modelos Transduccion de energia libre. [Dibujo de Eric Sloane, de Eric Sloane, Diary of an early American boy (Funk and Wagnalls, New York, 1962)] 3 CAPITULO1 Lo que sabian los Antiguos Aunque no hay relacion directa entre la cerveza y la Primera Ley de la termodinamica, la influencia de la experiencia profesional de Joule en la tecnologia de la fabricacion de cerveza sobre su trabajo cientifico resulta claramente discernible. .Hans Christian von Baeyer,

Warmth disperses and time passes El modesto objetivo de este libro es conducir al lector desde mitades del siglo XIX, donde acostumbran a terminar los cursos de Fisica de primer ano, a los titulares de los periodicos que puede haber leido esta misma manana. Es un largo camino. Para llegar a tiempo al destino fijado, nos tendremos que cenir con determinacion a unas pocas cuestiones centrales en que interviene la interrelacion entre energia, informacion y vida. Asi, conseguiremos erigir un marco basado en unos pocos principios que nos permitira empezar a profundizar en estas cuestiones. Naturalmente, no se trata de limitarnos a enunciar un punado de ideas cruciales. Si asi fuera, este libro podria haber cabido en una simple tarjeta de visita. El placer, la profundidad, el arte de nuestro tema estriban en los detalles de como los organismos vivos solucionan, dentro del marco de las leyes fisicas, los retos con que se enfrentan. El objetivo de este libro es mostrar al lector algunos de estos detalles. Cada capitulo del libro se abre con una pregunta de tipo biologico y un conciso enunciado que sintetiza una idea fisica relevante para el tratamiento de dicha cuestion. Reflexione sobre ellas a medida que vaya leyendo el capitulo. Pregunta biologica: .Como pueden estar los organismos vivos tan altamente ordenados? Idea fisica: El flujo de energia puede producir un incremento de orden. 1.1 CALOR Los organismos vivos se alimentan, crecen, se reproducen y calculan. Las maneras en que hacen todas estas cosas parecen completamente diferentes de las maquinas artificiales. Una diferencia clave se halla en el papel de la temperatura. Por ejemplo, si enfriamos un aspirador, o incluso un televisor, a un grado Celsius, estos aparatos siguen funcionando co4 Capitulo 1 Lo que sabian los Antiguos rrectamente, pero si lo intentamos con un saltamontes, o incluso con una bacteria, veremos que los procesos biologicos practicamente se detienen. (Al fin y al cabo, este es el principal objetivo de los frigorificos.) Comprender la interrelacion entre calor y trabajo sera una obsesion central de este libro. En este capitulo desarrollaremos algunas ideas plausibles pero

preliminares sobre esta interrelacion; la segunda parte de este libro afinara estas ideas hasta convertirlas en herramientas precisas y cuantitativas. 1.1.1 El calor es una forma de energia Cuando una piedra de masa m cae libremente, su altura z y su velocidad v cambian conjuntamente, de manera que la magnitud E = mgz + permanece constante, donde g es la aceleracion de la gravedad en la superficie de la Tierra. Ejemplo: Demuestre la afirmacion anterior. Solucion: Debemos demostrar que la derivada temporal es igual a 0. Suponiendo que v es la velocidad vertical en la direccion hacia arriba , tenemos v = Aplicar la regla de la cadena del calculo da = mv(g + Pero la aceleracion, es siempre igual a .g en la caida libre. Por consiguiente, = 0 a lo largo del movimiento: la energia es una constante. Gottfried Leibniz obtuvo este resultado en 1693. El primer termino de E (es decir, mgz) es llamado energia potencial de la piedra, y el segundo ( ) su energia cinetica. Llamaremos energia mecanica de la piedra a la suma de ambos terminos. Expresamos la constancia de E diciendo que gla energia se conservah. Supongamos ahora que la piedra en cuestion aterriza en el barro en z = 0. Justo en el instante anterior al aterrizaje, su energia cinetica es diferente de cero, de manera que tambien lo es E. Un instante despues, la piedra yace en reposo en el barro y su energia mecanica total es cero. Aparentemente, la energia mecanica no se conserva en presencia de barro. Cualquier estudiante de Fisica de primer ano aprende por que ocurre esto: un misterioso efecto de gfriccionh en el barro drena la energia mecanica de la piedra. El genio de Isaac Newton estriba en parte en haber observado que las leyes del movimiento se pueden comprender mejor en el contexto de los movimientos de los obuses de canon y de los planetas, donde complicaciones como los efectos de friccion son apenas apreciables: en ellos, la conservacion de la energia, tan enganosamente falsa en la Tierra, se manifiesta con

maxima claridad. Todavia se tardo un par de siglos hasta que otros investigadores llegaran a un enunciado preciso de la idea mas sutil de que En otras palabras, la magnitud realmente conservada no es la energia mecanica, sino la energia total, la suma de la energia mecanica mas el calor. Pero, .que es la friccion? .Que es el calor? A nivel practico, si la energia se conserva, si no puede ser creada ni destruida, .por que debemos procurar no gmalgastarlah? En efecLa friccion convierte energia mecanica en energia termica. Cuando esta se toma adecuadamente en consideracion, la energia se conserva. (1.1) 1 2 --mv2 dE dt -----z. dz dt ----- . dE dt -----dz dt ----- ). dv dt ----- , dE

dt -----1 2 --mv2 1.1 Calor 5 to, .que significaria gmalgastarh? Deberemos profundizar un poco mas antes de llegar a comprender la idea 1.1.1 La idea 1.1 afirma que la friccion no es un proceso de perdida de energia, sino de conversion de energia, tal como en la caida de una piedra la energia potencial se convierte en energia cinetica. Puede que haya visto otros ejemplos de conversion de energia en algunos ejercicios escolares que exploran los caminos que puede seguir la energia desde que sale del Sol hasta que se convierte en trabajo util, como por ejemplo el trabajo de subir una colina (figura 1.1). Un aspecto que quizas el maestro no haya mencionado es que, en principio, todas las conversiones de energia de la figura 1.1 tienen dos sentidos, de ida y de vuelta: la luz del Sol puede generar electricidad en una celula solar, y dicha energia puede ser parcialmente reconvertida a luz mediante una bombilla, y asi en muchos otros casos. La palabra clave es aqui parcialmente. Pero de esta manera nunca recuperaremos toda la energia original. 1. A lo largo de este libro, las referencias ecuacion n E m, idea n E m y reaccion n E m se refieren a una secuencia de elementos ordenados. Asi, la ecuacion 1.2 viene tras la idea 1.1; no hay una idea 1.2. Figura 1.1: (Diagrama) Diversas maneras de subir una colina. Cada flecha representa un proceso de conversion de energia. 1.1 Calor 7 La teoria del calor como fluido tenia superficialmente un cierto sentido. Un cuerpo grande necesita mas calor para aumentar en un grado su temperatura que un cuerpo pequeno, tal como un balon grande necesita mas aire que uno pequeno para aumentar su presion

interna en, digamos, 1,1 veces la presion atmosferica. Sin embargo, actualmente pensamos que la teoria de Franklin de la electricidad era exactamente correcta, mientras que la teoria del calor como fluido estaba completamente equivocada. .Como se produjo este cambio de actitudes? Un contemporaneo de Franklin, Benjamin Thompson, tambien estaba intrigado por el problema del calor. Tras dejar apresuradamente las colonias americanas en 1775 (trabajaba como espia para los britanicos), Thompson llego a ser general de estado mayor en la corte del Duque de Baviera. En el curso de sus obligaciones, Thompson se ocupo de la manufactura de armamento. Un fenomeno curioso en el barrenado de los canones suscito su curiosidad. Dicho barrenado necesita una gran cantidad de trabajo, suministrado en aquella epoca por caballos, y tambien genera una gran cantidad de calor por rozamiento. Si el calor fuera un fluido, seria de esperar que la friccion lo transfiriese de un cuerpo a otro, tal como el cepillar un gato deja el animal y el cepillo con cargas electricas opuestas. !Pero la barrena no se enfria mientras el tubo del canon se calienta! Los dos se calientan. Ademas, la teoria del calor como fluido parece implicar que, tarde o temprano, el fluido calorifico del canon se agotaria y no se podria generar mas calor por rozamiento. Pero no era esto lo que Thompson observaba: un tubo de canon podia generar suficiente calor para hacer hervir el bano de agua que lo rodeaba. Este podia ser sustituido por agua fria, que tambien llegaria a hervir, y asi hasta el infinito. Un tubo nuevo de canon no calentaba mejor ni peor el agua que uno que ya hubiera hecho hervir muchos litros. Thompson tambien peso las virutas de metal procedentes de la perforacion del canon y hallo que su masa mas la del canon era igual a la masa original del tubo: no se habia perdido sustancia material. Lo que Thompson advirtio, en cambio, fue que la produccion de calor cesa cuando se deja de hacer trabajo mecanico sobre el sistema, observacion que resultaba sugerente. Pero trabajos posteriores, presentados independientemente en 1847 por James Joule y Hermann von Helmholtz, fueron mucho mas alla. Estos autores elevaron la observacion cualitativa

de Thompson a una ley cuantitativa: El calor producido por friccion es una constante multiplicada por el trabajo mecanico efectuado contra el rozamiento, es decir (Calor producido) = (Energia mecanica suministrada) ~ (0,24 cal/J). (1.2) Detengamonos a examinar mejor los detalles de esta formula. Expresamos el calor en calorias: una caloria es aproximadamente la cantidad de calor necesaria para calentar un gramo de agua un grado Celsius.3 La energia mecanica suministrada, o trabajo realizado, es la fuerza aplicada (en este caso, por el caballo) multiplicada por la distancia (recorrida por el caballo), y la expresamos en julios, tal como en la Fisica de primer curso. Al multiplicar el trabajo por la constante 0,24 cal/J obtenemos una magnitud expresada en calorias. La formula afirma que esta magnitud es la cantidad de calor producida. 3. La definicion moderna de caloria tiene en cuenta el equivalente mecanico del calor: en la actualidad, se define la caloria como la cantidad de energia termica producida al convertir exactamente 4,184 J de trabajo mecanico en calor. (La gCaloriah que aparece en los textos de nutricion es en realidad mil veces la caloria de los fisicos, es decir, una kilocaloria.) 1.1 Calor 9 forma particular de energia mecanica, en concreto, la energia cinetica de las moleculas individuales que constituyen un cuerpo. En esta perspectiva, un cuerpo caliente tiene mucha energia almacenada en una agitacion (imperceptible) de sus moleculas (invisibles). Ciertamente tendremos que trabajar duro para justificar nuestras afirmaciones sobre lo imperceptible y lo invisible, pero, antes de ello, debemos tratar un problema mas directo. La ecuacion 1.2 se llama a veces el gequivalente mecanico del calorh. La discusion de la seccion 1.1.1 deja claro, sin embargo, que en esta frase hay una ligera confusion semantica: el calor no es completamente equivalente a trabajo mecanico, porque no puede ser convertido completamente en este. En el capitulo 3 exploraremos la vision que fue emergiendo

lentamente a finales del siglo XIX, segun la cual la energia termica es la fraccion de la energia total atribuible a movimientos moleculares aleatorios (en que todas las moleculas se agitan en direcciones aleatorias) y, por lo tanto, es diferente de la energia cinetica organizada de una piedra que cae (en que todas las moleculas tienen la misma velocidad media). Asi pues, el caracter aleatorio del movimiento termico debe ser la clave de su baja calidad. En otras palabras, proponemos que la diferencia entre energia de alta calidad y de baja calidad es una cuestion de organizacion. Todos sabemos que un sistema ordenado tiende a degradarse hasta convertirse en un embrollo aleatorio y desorganizado. Volver a restablecer el orden siempre parece requerir trabajo, tanto en sentido coloquial (apilar monedas segun sus valores requiere trabajo) como en sentido estricto. Por ejemplo, un acondicionador de aire consume energia electrica para suprimir movimientos moleculares aleatorios del aire de la habitacion mientras calienta, en cambio, el mundo exterior mas de lo que enfria la habitacion. La idea del parrafo anterior puede resultar interesante, pero dificilmente la calificariamos de hipotesis fisica comprobable. Necesitamos una medida cuantitativa de la energia util de un sistema, la parte de su energia total que puede ser realmente controlada para convertirla en trabajo util. Uno de los objetivos principales del capitulo 6 sera hallar dicha medida, que denominaremos energia libre e indicaremos mediante el simbolo F. Ya podemos deducir que nos espera: la idea que estamos apuntando es que F es menor que la cantidad total de energia E en una cantidad relacionada con la aleatoriedad, o desorden, del sistema. En terminos mas precisos, en el capitulo 6 mostraremos como caracterizar este desorden mediante una magnitud denominada entropia y designada mediante la letra S. Resultara que la energia libre esta dada por la sencilla formula F = E . TS (1.4) donde T es la temperatura del sistema. Podemos establecer ahora un poco mas claramente la propuesta de que F mide la energia util de un sistema:

Segun la ecuacion 1.4, una disminucion de energia libre puede proceder tanto de una disminucion de la energia E (las rocas tienden a caer), o de un aumento de entropia S (el desorden tiende a aumentar). Un sistema mantenido a una temperatura fija T puede llevar a cabo espontaneamente un proceso si el efecto neto de este es reducir la energia libre F del sistema. Por ello, si la energia libre del sistema ya se halla en un minimo, no puede ocurrir ningun cambio espontaneo. (1.5) 10 Capitulo 1 Lo que sabian los Antiguos Tambien podemos utilizar la ecuacion 1.4 para clarificar la idea de la gcalidadh de energia: la energia libre de un sistema es siempre menor que su energia mecanica. Si el desorden es pequeno, sin embargo, de manera que TS es mucho menor que E, entonces F . E; decimos asi que el contenido energetico del sistema es de galta calidadh. (En terminos todavia mas precisos, deberiamos analizar los cambios de energia y de entropia; vea la seccion 6.5.4). De nuevo, la ecuacion 1.4 y la idea 1.5 son provisionales, ni tan siquiera hemos definido todavia la magnitud S. Sin embargo, deberian parecer, al menos, razonables. En particular, tiene sentido que el segundo termino a la derecha de la ecuacion 1.4 deba estar multiplicado por T, porque los sistemas mas calientes tienen mas movimiento termico y, por lo tanto, deberian estar mas influidos que los frios por la tendencia a maximizar el desorden. En los capitulos 6 y 7 formularemos estas ideas con mayor precision. En el capitulo 8 ampliaremos la idea de energia libre para incluir formas quimicas de energia, que tambien son de calidad elevada. 1.2 COMO LA VIDA GENERA ORDEN 1.2.1 El rompecabezas del orden biologico Las ideas de la seccion anterior tienen un cierto atractivo intuitivo. Cuando dejamos caer

una gota de tinta en un vaso de agua, la tinta se va mezclando, en un proceso que estudiaremos con detalle en el capitulo 4. Nunca vemos, en cambio, que una mezcla de tinta y agua se separe espontaneamente. En el capitulo 6 formularemos esta intuicion con mayor precision, estableciendo un principio denominado la Segunda Ley de la termodinamica que afirma, a grandes lineas, que en un sistema aislado el desorden molecular nunca decrece espontaneamente. Parece que nos hallemos frente a un compromiso. Por un lado, acabamos de concluir que una mezcla de hidrogeno, carbono, oxigeno, nitrogeno, fosforo y trazas de otros pocos elementos, dejados a si mismos y aislados en un matraz, nunca se organizaran espontaneamente para dar un organismo vivo. En cambio, incluso la bacteria mas elemental esta llena de estructuras exquisitas (capitulo 2). Los sistemas fisicos tienden indefectiblemente hacia mayor desorden, pero la Tierra esta llena de vida, aunque hace mucho tiempo estaba desierta. .Como se las arregla un organismo para permanecer vivo y dejar descendencia y evolucionar incluso a organismos mas sofisticados? En terminos categoricos, nuestro rompecabezas es: .debemos suponer que los organismos vivos estan en cierta forma fuera de la jurisdiccion de las leyes fisicas? A finales del siglo XIX, muchos cientificos prestigiosos todavia contestaban con un gsih a esta pregunta. Su doctrina era llamada gvitalismoh. En la actualidad, el vitalismo ha seguido el mismo camino que la teoria del calor como fluido, a medida que han ido emergiendo respuestas a la paradoja de como los seres vivos generan orden. Esbozar unos pocos detalles de estas respuestas, e ilustrar sus pruebas cuantitativas precisas, es el objeto de este libro. Alcanzar este objetivo nos tomara algun tiempo, pero ya podemos proponer las ideas principales de una respuesta en el lenguaje desarrollado hasta ahora. Resulta alentador observar que las criaturas vivas obedecen al menos algunas de las mismas leyes fisicas que la materia no animada, incluso aquellas en que interviene el calor.

14 Capitulo 1 Lo que sabian los Antiguos mucha energia termica en el mundo exterior. El flujo osmotico sacrifica orden molecular para organizar movimiento termico aleatorio en movimiento mecanico a gran escala contra un peso. Podemos expresar el argumento anterior aplicando el lenguaje introducido en la seccion 1.1.3. En la idea 1.5 introdujimos la idea de que la maquina osmotica se desplazara espontaneamente en la direccion que reduce su energia libre F. Segun la ecuacion 1.4, F puede decrecer incluso si la energia potencial del peso aumenta, siempre y cuando la entropia aumente en una cantidad compensatoria suficiente. Pero en el parrafo anterior hemos dicho que, a medida que los embolos se desplazan hacia la derecha, el desorden (y por tanto la entropia) aumenta. Asi pues, la idea 1.5 predice que los embolos se desplazaran hacia la derecha, siempre y cuando el peso no sea excesivo. Supongamos ahora que tiramos fuertemente del embolo izquierdo, como en la figura 1.3b. Esta vez, un desplazamiento del embolo hacia la derecha aumentaria tanto la Figura 1.3: (Esquema) Maquina que transduce energia libre. Un cilindro lleno de agua esta dividido en dos camaras mediante una membrana semipermeable. La membrana esta fijada en el cilindro. Dos embolos se deslizan libremente, permitiendo que los volumenes de ambas camaras varien a medida que moleculas de agua (puntos negros) cruzan la membrana. Sin embargo, la distancia entre los dos embolos permanece fija, porque el agua entre ellos es incompresible. Las moleculas de azucar (circulos blancos) permanecen confinadas en la camara de la derecha. (a) Flujo osmotico: cuando dejamos libres los embolos, el agua cruza la membrana y les obliga a desplazarse hacia la derecha, elevando por lo tanto el peso, siempre que este no sea excesivo. Las moleculas de azucar se distribuyen entonces por todo el volumen aumentado de agua, a la derecha. (b) Osmosis inversa: sin embargo, si

tiramos con una fuerza suficiente, los embolos se desplazaran hacia la izquierda, incrementando la concentracion de la disolucion de azucar en la camara de la derecha y generando calor. membrana semipermeable carga pequena a b carga grande desplazamiento de los embolos azucar 1.3 Excursion: comercio, filosofia, pragmatica 17 Las citas anteriores fueron escogidas para ilustrar una tension fructifera entre estas dos culturas: . El impulso de los fisicos es contemplar el bosque, y no los arboles, para ver lo que de universal y simple hay en cualquier sistema. . Tradicionalmente, los biologos han estado mas inclinados a subrayar que, en el mundo vivo inherentemente complejo, accidentes congelados de la historia .mas que leyes universales. dominan con frecuencia lo que vemos. En dicho mundo, a menudo son los detalles lo que realmente importa. Estas perspectivas son complementarias; se necesita la agilidad de utilizar en cualquier momento el enfoque que resulte mas apropiado y la voluntad de mantener abierta la posibilidad de que el otro tambien pueda resultar valioso. .Como podemos sintetizar estos dos enfoques? La figura 1.4 indica la estrategia esencial. El primer paso es contemplar el rico tejido de los fenomenos que nos rodean. A continuacion,

ignorar selectivamente casi todo sobre ellos, reduciendo el tejido a unos pocos hilos. Este proceso supone (a) seleccionar un sistema modelo simplificado pero real para un estudio detallado y (b) representar el sistema sencillo mediante un modelo matematico igualmente simple, con tan pocos ingredientes y relaciones independientes como sea posible. Los pasos (a) y (b) no son deductivos; les podemos aplicar palabras como misterio e intuicion. Figura 1.4: (Representacion conceptual) Un enfoque para la comprension de los fenomenos naturales. construccion de modelos analisis matematico predicciones cuantitativas experimentalmente comprobables hechos observados modelo fisico 1.4 Como mejorar en los examenes (y descubrir nuevas leyes fisicas) 19 . Finalmente, observar una relacion entre dos circulos de ideas nos puede llevar a formular nuevas preguntas que posteriormente revelaran su importancia. Por ejemplo, incluso despues del descubrimiento de James Watson y Francis Crick de que la molecula de DNA era una frase muy larga escrita en un alfabeto con cuatro letras (capitulo 3), la atencion no se concentro inmediatamente en la importancia de hallar el diccionario, o codigo, que relacionara las secuencias de dichas letras con el alfabeto de aminoacidos, con 20 letras, que constituye las proteinas. Interpretar el problema como una transferencia de informacion condujo a George Gamow, un fisico interesado en Biologia y Cosmologia, a escribir un influyente articulo en 1954 planteando esta pregunta y sugiriendo que

responderla podria resultar menos dificil de lo que parecia a primera vista. Podria parecer que ya no necesitamos contentarnos con modelos simples. .No pueden seguir las grandes computadoras los detalles precisos de cualquier proceso? Si y no. Muchos procesos de bajo nivel pueden ser seguidos actualmente a escala molecular, pero nuestra capacidad para obtener una imagen detallada incluso de sistemas sencillos es muy limitada, en parte por el rapido crecimiento de complejidad computacional cuando estudiamos grandes numeros de particulas. Sorprendentemente, sin embargo, muchos sistemas fisicos tienen gpropiedades emergentesh no visibles en la dinamica compleja de sus moleculas individuales. Las ecuaciones sencillas que estudiaremos intentan encapsular estas propiedades y a menudo consiguen captar las caracteristicas mas importantes del conjunto del sistema complejo. Algunos ejemplos tratados en este libro seran la poderosa propiedad de invariancia hidrodinamica de escala, explorada en el capitulo 5, el comportamiento de campo medio de los iones en el capitulo 7 y la elasticidad de macromoleculas en el capitulo 9. La necesidad de explotar esta simplicidad y regularidad en el comportamiento colectivo de muchos actores semejantes se acentua, incluso, cuando empezamos a estudiar sistemas aun mayores que los considerados en este libro. 1.4 COMO MEJORAR EN LOS EXAMENES (Y DESCUBRIR NUEVAS LEYES FISICAS) La ecuacion 1.2 y la discusion subsiguiente utilizaban algunas ideas simples en que intervienen unidades. A los estudiantes se les presenta a menudo las unidades y las ideas de analisis dimensional como unas simples precauciones, lo cual resulta lamentable. El analisis dimensional es mucho mas que una simple precaucion: es un atajo intuitivo, un modo de organizar y clasificar los numeros y las situaciones, e incluso de adivinar nuevas leyes de la Fisica. Los cientificos en activo saben que, confrontados a una situacion desconocida, el analisis dimensional tiene que ser siempre el primer paso. 1.4.1 La mayoria de las magnitudes fisicas tiene asociadas dimensiones Las magnitudes fisicas tienen en general dimensiones abstractas que nos dicen que clase

de cosa representan. Cada tipo de dimension puede ser medido utilizando un conjunto de unidades distintas cuya eleccion es arbitraria. Antes, la gente usaba el tamano del pie del rey. Este libro utilizara predominantemente el Systeme International dfUnites, o unidades 24 Capitulo 1 Lo que sabian los Antiguos . Usaremos a menudo los simbolos N para indicar un numero de cosas discretas (un entero adimensional), V para referirnos a un volumen (en unidades SI, m3), y q para denotar una cantidad de carga electrica (en unidades SI, coul). . Las tasas de cambio de estas magnitudes seran en general indicadas por dN/dt (con unidades s.1), Q (el caudal, o tasa de variacion del volumen, con unidades m3 s.1), e I (la corriente electrica, con unidades coul s.1), respectivamente. . Si en una habitacion de 1000 m3 de volumen tenemos cinco bolas, diremos que la densidad numerica (o concentracion) de bolas en la habitacion es de c = 0,005 m.3. Las densidades de magnitudes dimensionales se denotan tradicionalmente por el simbolo , y un subindice indica de que tipo de magnitud se trata. Asi, la densidad de masa es m (unidades kg m.3), mientras que la densidad de carga sera q (unidades coul m.3). . Analogamente, si tenemos cinco piezas de ajedrez en un tablero de 1 m2, la densidad numerica superficial es 5 m.2. Analogamente, la densidad superficial de carga q tiene por unidades coul m.2. . Supongamos que dejamos caer azucar por un embudo y que cada segundo caen 40 000 granos a traves de una apertura de 1 cm2 de area. Diremos que el flujo numerico (o simplemente gflujoh) de granos de azucar a traves de la apertura es j = (40 000 s.1)/(10.2 m)2 = 4 E 108 m.2s.1. Analogamente, los flujos de magnitudes dimensionales se indican mediante subindices; asi, jq es el flujo de carga electrica (con unidades coul m.2 s.1) y analogamente en otros casos. Si accidentalmente usamos la densidad numerica en una formula que requiere la densidad de masa, podremos observar que en las unidades de nuestra respuesta faltara el factor de kg; esta discrepancia es la clave que nos indica que debemos volver atras y buscar el error.

1.5 OTRAS IDEAS CLAVE DE FISICA Y QUIMICA Nuestra historia se basara en una serie de puntos conocidos por los Antiguos. 1.5.1 Las moleculas son pequenas Las moleculas comunes, como el agua, tienen que ser muy pequenas; jamas percibimos calidad granular alguna en el agua. Pero, .cuan pequenas son exactamente? Una vez mas miramos hacia Benjamin Franklin. Hacia 1773, la atencion de Franklin se centro, entre muchas otras cosas, en laminas de aceite. Lo que le intrigo fue el hecho de que una cierta cantidad de aceite solo pudiera extenderse sobre agua una cierta area determinada. Extenderse mas supondria que la lamina se romperia en fragmentos. Franklin advirtio que una cierta cantidad de aceite de oliva siempre cubria aproximadamente la misma area de agua; en concreto, descubrio que una cucharadilla de te llena de aceite (. 5 cm3) cubria medio acre de un estanque (. 2000 m2). Franklin razono que, si el aceite estuviera compuesto por pequenas particulas irreductibles, solo podria extenderse hasta que estas particulas formaran una sola capa, o gmonocapah, en la superficie del agua. Es facil ir un paso mas alla que Franklin y encontrar el grosor de la capa y, de ahi, el orden de magnitud del tamano de una molecula. Dividiendo el volumen de aceite por el area de la capa, obtenemos que el tamano lineal de una molecula de aceite 1.5 Otras ideas clave de Fisica y Quimica 27 1.5.3 Las moleculas tienen energias internas bien definidas En la seccion 1.1.2 hemos aludido brevemente a la energia quimica almacenada en una cerilla. En efecto, los atomos que constituyen una molecula tienen una cantidad definida de energia almacenada, que decimos que reside en los enlaces quimicos entre los atomos. La energia de los enlaces quimicos tiende hacia valores mas bajos, tal como lo hace cualquier otra forma de energia almacenada (por ejemplo, la energia potencial del peso de la figura 1.3). De hecho, la energia de los enlaces quimicos es una contribucion mas a la magnitud E que aparece en la formula de la energia libre F = E . TS (ecuacion 1.4). Las moleculas

prefieren generalmente librarse a reacciones que liberan calor (exotermicas) mas que a aquellas que aceptan calor (endotermicas). Pero podemos hacer que adopten estados de mayor energia si les transferimos energia desde el exterior. Por ejemplo, podemos descomponer el agua (hidrolizarla) haciendo pasar corriente electrica a traves de ella. En terminos mas precisos, demostraremos en el capitulo 8 que las reacciones quimicas tienen lugar en la direccion que tiende a reducir la energia libre, tal como en la maquina osmotica. Figura 1.5: (Esquemas de estructuras moleculares) (a) La molecula indicada es quiral. (b) Para demostrar esta propiedad, en este panel indicamos la imagen especular de (a). (c, d) Ninguna version girada de (a) coincide con su imagen especular (b), aunque (b) tiene los mismos atomos, los mismos enlaces y los mismos angulos de enlace que (a). Sin embargo, si la molecula original hubiera tenido dos grupos identicos (por ejemplo, dos grupos blancos en lugar de uno blanco y uno negro), la molecula hubiera sido no quiral: en este caso, (b) hubiera coincidido con (a). a b c d Problemas 33 PROBLEMAS 1.1 Dinamica del calor a. Un acondicionador de aire enfria una habitacion, extrayendo energia termica. Sin embargo, consume energia electrica. .Hay contradiccion con la Primera Ley? b. .Podria disenar un dispositivo de alta tecnologia que, situado en la ventana, convirtiera continuamente la energia termica no deseada de su habitacion en electricidad, que venderia entonces a la compania electrica? Expliquelo.

1.2 Experimento de Thompson Hace mucho tiempo, la gente no utilizaba unidades SI. a. Benjamin Thompson afirmo que su barrena de perforacion de canones podria calentar 25,5 libras de agua fria hasta el punto de fusion en 2,5 horas. Supongamos que el agua gfriah se halla a 20o C; halle la potencia suministrada por los caballos al sistema en vatios. (Indicacion: Un kilogramo de agua pesa 2,2 libras; es decir, la gravedad tira de el con una fuerza de 1kg ~ g = 2,2 libras.) b. James Joule hallo en realidad que 1 libra de agua aumentaba su temperatura en 1 grado Fahrenheit, o 0,56o C, despues de suministrarle un trabajo de 770 libras por pie. .Cuan cercano se hallaba al valor moderno del equivalente mecanico de calor? 1.3 Metabolismo Metabolismo es un termino generico para el conjunto de todas las reacciones quimicas que rompen y gquemanh comida, liberando de este modo energia. He aqui algunos datos relativos al metabolismo e intercambio de gases en humanos. La tabla indica la energia liberada, el oxigeno consumido y el dioxido de carbono liberado al metabolizar un gramo del alimento dado. a. Calcule el rendimiento de energia por litro de oxigeno consumido para cada tipo de alimento y observe que es aproximadamente constante. Asi, podemos determinar el ritmo metabolico de una persona simplemente midiendo su ritmo de consumo de oxigeno. En cambio, el cociente CO2/O2 es diferente para los diversos grupos de alimentos; esta circunstancia nos permite hacer una estimacion de que esta siendo utilizado realmente como fuente de energia, comparando el oxigeno inhalado con el dioxido de carbono exhalado. b. Un adulto medio en reposo consume unos 16 litros de O2 por hora. La liberacion correspondiente de calor es denominada el gritmo metabolico basalh (RMB). Calculelo en kcal/hora y en kcal/dia. Alimento kcal/g litros O2/g litros CO2/g

Hidratos de Carbono Grasas Proteinas Alcohol 4,1 9,3 4,0 7,1 0,81 1,96 0,94 1,46 0,81 1,39 0,75 0,97 37 CAPITULO2 Que hay en el interior de las celulas La arquitectura es el juego sabio, correcto y magnifico, de las formas agrupadas en la luz. .Le Corbusier, 1887-1965 En el capitulo 1 hemos expuesto una incompatibilidad aparente entre las leyes fisicas y el mundo vivo (la generacion aparentemente espontanea de orden en los seres vivos) y propusimos un esbozo de reconciliacion (los seres vivos ingieren energia de alta calidad y excretan energia de baja calidad). Con ese trasfondo fisico ya estamos en condiciones de

contemplar con mayor detalle la organizacion de una celula viva, donde las mismas ideas apareceran una y otra vez. En este capitulo abordamos esquematicamente el contexto de los diversos fenomenos que nos ocuparan en el resto del libro: . Cada dispositivo que estudiaremos es un objeto fisico; su contexto espacial consiste en su lugar en la celula con relacion con los otros objetos. . Cada dispositivo tambien participa en diversos procesos; su contexto logico consiste en su papel en estos procesos en relacion con el papel de los demas dispositivos. Ciertamente, en este capitulo introductorio tan solo podemos aranar la superficie de este tema vastisimo.1 Sin embargo, resulta util reunir algunas imagenes reveladoras de los principales personajes de nuestra historia, de manera que podamos volver a ellos cuando vayan apareciendo en los capitulos posteriores. Las figuras 2.1-2.4 dan una vision de conjunto de los tamanos relativos de los objetos que estudiaremos. Este capitulo tiene un sabor diferente de los demas, ya que, por mencionar solo un aspecto, no contiene formulas, ni intentaremos justificar la mayoria de las afirmaciones que apareceran en el. La mayoria de las figuras tendran pies detallados, cuyo significado puede que no le resulte claro hasta que los estudie con detalle en un capitulo posterior. No se preo1. Si no esta familiarizado con la terminologia de este capitulo, probablemente desee complementar su lectura con la de los capitulos introductorios de cualquier libro sobre Biologia celular; vea, por ejemplo, la lista indicada al final de este capitulo. 38 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas Figura 2.1: (Iconos) Dramatis personae. Tamanos relativos aproximados de los protagonistas de nuestra historia. El fago T2 es un virus que infecta bacterias, por ejemplo, a la Escherichia coli. Una gran parte de este libro esta dedicada a fenomenos relevantes a escalas de longitud que van desde los protozoos hasta la helice de DNA. [Adaptado de Kornberg, 1989] globulo

blanco 0,01 mm protozoo 0,1 mm pulga 1 mm E. coli 1m fago T2 0,1 m microtobulo 25 nm DNA 2 nm atomos en el DNA 0,2 nm Figura 2.2: (Dibujo, basado en imagenes de microscopio optico) Tamanos relativos. (a) Cinco celulas bacterianas Escherichia coli (ampliadas en la figura 2.3). (b) Dos celulas de levadura de panaderia. (c) Globulo rojo humano. (d) Globulo blanco humano (linfocito). (e) Espermatozoide humano. (f) Celula epitelial (piel) humana. (g) Celula muscular estriada humana (miofibrilla). (h) Neurona humana (celula nerviosa). [De Goodsell, 1993] b c d e f

g h a 10 m 39 cupe por eso. En este momento, su objetivo debe ser terminar este capitulo conociendo una buena parte del vocabulario que utilizaremos posteriormente. Tambien deberia terminarlo con una intuicion general de la jerarquia de escalas en una celula y un cierto sentido de como emergen los principios que rigen cada escala, pero que tienen un caracter diferente de los de la escala inferior contigua. Finalmente, las estructuras exquisitas de las paginas siguientes practicamente nos empiezan ya a plantear preguntas: .Como puede una celula tener en cuenta tantos factores cuando no hay nadie en ella que gobierne la fabrica? Esta pregunta tiene una respuesta muy larga, naturalmente. Entre las muchas ideas fisicas relevantes para esta cuestion, sin embargo, hay tres que dominaran este capitulo y el resto del libro: Pregunta biologica: .Como organizan las celulas su miriada de procesos quimicos y de sustancias reaccionantes? Ideas fisicas: a. Las membranas bicapa se agregan espontaneamente a partir de sus moleculas componentes; la celula las utiliza para estructurarse en compartimientos separados. b. Las celulas utilizan transporte activo para transportar materiales sintetizados a destinos particulares. c. Los procesos bioquimicos son altamente especificos. La mayoria de ellos son mediados por enzimas que seleccionan una molecula blanco particular y no se ocupan de las demas moleculas. Figura 2.3: (Dibujo, basado en imagenes de microscopio electronico) Tamanos relativos. (a) Diversas moleculas y macromoleculas (ampliadas en la figura 2.4). (b) Celula bacteriana (vea las figuras 2.1 y 2.2a). Las estructuras visibles incluyen flagelos (que sobresalen hacia la derecha), el nucleoide

(region blanca central), y la pared celular rigida y gruesa. Los flagelos impulsan la bacteria mediante un mecanismo estudiado en el capitulo 5; a su vez, son impulsados por motores analizados en el capitulo 11. (c) Virus de la inmunodeficiencia humana. (d) Virus bacteriano, o fago. [De Goodsell, 1993] ca b d 0,1 m 42 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas simple (figura 2.5). Las celulas eucarioticas son mayores que las procarioticas y tienen un diametro de aproximadamente 10 m. Tambien estan limitadas por una membrana plasmatica, aunque la pared celular puede estar ausente (en las celulas animales) o presente (en plantas y hongos). Las celulas eucarioticas contienen diversos compartimentos internos bien definidos (ejemplos de organulos), cada uno de los cuales esta limitado por una o mas membranas parecidas a la membrana plasmatica.3 En particular, las celulas eucarioticas se Figura 2.4: (Dibujo, basado en datos estructurales) Tamanos relativos de los objetos mostrados en el panel (a) de la figura 2.3. (a) Atomo de carbono. (b) Glucosa, molecula simple de azucar. (c) ATP, un nucleotido. (d) Molecula de clorofila. (e) RNA de transferencia o tRNA. (f) Un anticuerpo, proteina utilizada por el sistema inmunitario. (g) Ribosoma, un complejo de proteinas y RNA. (h) Virus de la poliomielitis. (i) Miosina, una maquina molecular estudiada en el capitulo 10. (j) DNA, un acido nucleico. En el capitulo 9 analizaremos las propiedades mecanicas de moleculas largas como esta. (k) Actina F, un elemento del citoesqueleto. (l) Diez enzimas (maquinas proteicas) que intervienen en la glicolisis, que es una serie de reacciones quimicas acopladas que producen ATP, la moneda de intercambio energetico celular, a partir de la glucosa. En el capitulo 11 estudiaremos

la produccion de ATP. (m) Piruvato deshidrogenasa, un complejo enzimatico grande, analizado tambien en el capitulo 11. [De Goodsell, 1993] 3. Una definicion de organulo es una estructura o subcompartimiento discreto de una celula, especializado en desempenar una funcion particular. a b c d e f g h ij k l m 10 m 2.1 Fisiologia celular 43 distinguen por la presencia de un nucleo. Dicho nucleo contiene el material genetico, que se condensa en cromosomas visibles durante la division celular (seccion 3.3.2); el resto del contenido celular se denomina citoplasma. El nucleo pierde su definicion durante la division, y a continuacion se vuelve a formar. Estructuras limitadas por membranas en celulas eucarioticas. Ademas de un nucleo, las celulas eucarioticas contienen mitocondrias, organulos en forma de salchicha de aproximadamente 1 m de ancho (figura 2.6). Las mitocondrias efectuan las etapas finales Figura 2.5: (Micrografia electronica) Celula de levadura, un eucariota sencillo a punto de dividirse.

El nucleo (n) esta en proceso de division. Algunos poros de la superficie nuclear resultan claramente visibles. Tambien se muestra una vacuola (v) y diversas mitocondrias (m, parte inferior izquierda). La muestra fue preparada por congelacion ultrarrapida, corte del bloque congelado y posterior calentamiento suave en una camara de vacio para eliminar las capas exteriores de hielo. A continuacion se efectuo una replica en una mezcla carbon-platino de la superficie asi obtenida y finalmente se examino con un microscopio electronico. [De Dodge, 1968] m 1m v n 44 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas del metabolismo de los alimentos y la conversion de su energia quimica en moleculas de ATP, la moneda de cambio de la energia interna celular (vea el capitulo 11). Las mitocondrias se dividen independientemente de la celula en que se hallen. Cuando la celula se divide, cada celula hija obtiene algunas de las mitocondrias intactas de la celula madre. Las celulas eucarioticas tambien contienen otras diversas clases de organulos: . El reticulo endoplasmatico es una estructura laberintica pegada al nucleo. Sirve de fabrica principal para la sintesis de las estructuras membranosas de la celula, asi como de la mayoria de los productos destinados a ser exportados al exterior de la celula. . A su vez, los productos del reticulo endoplasmatico son enviados a un conjunto de organulos denominados el aparato de Golgi para un procesado posterior, modificacion, ordenacion y empaquetamiento. . Las plantas verdes contienen cloroplastos. Al igual que las mitocondrias, los cloroplastos fabrican la molecula ATP que transporta energia interna. Sin embargo, en lugar de metabolizar los alimentos, obtienen energia de alta calidad capturando luz solar.

. Las celulas de los hongos, como por ejemplo las levaduras, asi como las de las plantas, contienen tambien zonas internas de almacenamiento denominadas vacuolas (vea la figura 2.5). Al igual que la propia celula, las vacuolas tambien mantienen una diferencia de potencial electrostatico a traves de las membranas que las limitan (vea el problema 11.3). La parte del citoplasma no contenida en ningun organulo limitado por membranas se denomina colectivamente citosol celular. Figura 2.6: (Esquema; micrografia electronica de barrido) (a) Situacion de las diversas estructuras internas de la mitocondria. La particulas ATP sintetasas son maquinas moleculares donde tiene lugar la produccion de ATP (vea el capitulo 11). Estan localizadas en la membrana mitocondrial interna, que actua como separacion entre un compartimiento interior (la matriz) y el espacio intermembranal. (b) Interior de una mitocondria. La muestra ha sido sometida a congelacion ultrarrapida, fracturada, y grabada para mostrar las numerosas convoluciones de la membrana interior (flechas). [(a) Adaptado de Kart, 2002. (b) De Tanaka, 1980] b 0,1 m matriz DNA membrana exterior membrana interior espacio intermembranal enzimas ATP sintetasas a 2.1 Fisiologia celular 45 Ademas, las celulas producen una diversidad de vesiculas (pequenas bolsas). Las vesiculas pueden formarse por endocitosis, un proceso que tiene lugar cuando una parte de

la membrana celular exterior engulle algun objeto o fluido exterior y se repliega sobre si misma para formar un compartimento interno. La vesicula resultante se funde entonces con vesiculas internas que contienen enzimas digestivos que rompen su contenido. Otra clase de vesiculas son las vesiculas secretoras, bolsitas que contienen productos destinados a ser liberados al exterior de la celula. Una clase particularmente importante de vesiculas secretoras son las vesiculas sinapticas, que poseen neurotransmisores en los extremos de las celulas nerviosas. Cuando son estimuladas por la llegada de un impulso electrico, las vesiculas sinapticas se funden con la membrana exterior de la celula nerviosa (figura 2.7), liberan su contenido y estimulan de esta manera la celula siguiente en una ruta neuronal (vea el capitulo 12). Otros elementos. Ademas de las estructuras limitadas por membranas que acabamos de indicar, las celulas eucarioticas construyen otras estructuras que son visibles con el microscopio optico. Por ejemplo, durante la mitosis, los cromosomas se condensan en objetos individuales, cada uno de ellos con una forma y tamano caracteristicos (figura 2.8). Otra clase de estructuras, los elementos del citoesqueleto, apareceran en la seccion 2.2.4. 2.1.2 Grandes rasgos de la anatomia externa Aunque muchas celulas tienen formas sencillas de esfera o de ladrillo, algunas pueden tener una anatomia externa mucho mas rica. Por ejemplo, la forma fantasticamente complicada y ramificada de las celulas nerviosas (como la de la cubierta de este libro) les permite Figura 2.7: (Micrografia electronica de transmision) Fusion de vesiculas sinapticas con la membrana de una celula nerviosa (linea continua superior) en la union, o sinapsis, entre una neurona (arriba) y una fibra muscular (abajo). A la izquierda, una vesicula ha llegado pero todavia no se ha fundido; en el centro, hay dos en proceso de fusion, liberando su contenido; a la derecha hay una casi completamente incorporada a la membrana celular. La fusion de vesiculas es el acontecimiento clave

en la transmision de impulsos nerviosos desde una neurona a la siguiente (vea el capitulo 12). [Imagen digital cedida por cortesia de J. Heuser] 100 nm 46 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas conectar con sus vecinas de una forma correspondientemente complicada. Cada celula nerviosa, o neurona, tiene un cuerpo celular central (el soma) con un conjunto de proyecciones ramificadas (o procesos). Los procesos de una neurona se subdividen en pequenas glineas de entradah, las dendritas, y una glinea de salidah, el axon. Toda la estructura ramificada tiene un solo compartimiento interior lleno de citoplasma. Cada axon termina en uno o varios terminales axonicos (o botones) que contienen vesiculas sinapticas. Una estrecha hendidura, o sinapsis, separa el terminal axonico de una neurona de las dendritas de la neurona siguiente. En el capitulo 12 estudiaremos la transmision de informacion a lo largo del axon de una neurona a otra. Algunos otros elementos de la anatomia externa de una celula son transitorios. Por ejemplo, consideremos la celula mostrada en la figura 2.9. Esta celula es un fibroblasto; su mision es reptar entre otras celulas, dejando un rastro de proteinas que forma los tejidos conectivos. Otras celulas reptantes son los osteoblastos, que depositan materiales minerales para formar los huesos, y las celulas de Schwann y oligodendroglia, que se envuelven alrededor de los axones nerviosos produciendo capas de aislante electrico. El fibroblasto de la figura 2.9 tiene muchas protrusiones en su borde anterior. Algunas de estas protrusiones, denominados filopodios, tienen forma de dedos, de aproximadamente 0,1 m de diametro y diversos micrometros de longitud. Otras, los lamelipodios, tienen forma de lamina. Los organismos unicelulares, como las amebas, se impulsan mediante protrusiones mas gruesas denominadas seudopodos. Todas estas protrusiones se forman y se retraen rapidamente, buscando, por ejemplo, otras celulas con moleculas de senalizacion adecuadas en sus superficies. Cuando encuentra una de estas superficies, la celula reptante

se adhiere a ella y estira hacia ella el resto de su cuerpo. De esta manera, la reptacion de las celulas puede conducir a la construccion de tejidos multicelulares complejos: cada celula busca un vecino proximo y se adhiere a el. Otras celulas especializadas, como las que recubren los intestinos humanos, tienen centenares de finisimas proyecciones digitales, denominadas microvilli, con el fin de aumentar el area de su superficie para absorber rapidamente el alimento. Otras celulas tienen proyecciones de una forma semejante (cilios y flagelos eucarioticos) que oscilan activamente hacia atras y hacia delante (figura 2.10). Por ejemplo, el protozoo Paramecium tiene Figura 2.8: (Esquema) Uno de los 46 cromosomas de una celula humana somatica (ordinaria, no germinal). Justo antes de la mitosis, cada cromosoma esta formado por dos copias llamadas cromatidas, cada una de las cuales consiste en fibras densamente plegadas denominadas cromatina. Cada fibra de cromatina consiste en una larga molecula de DNA arrollada alrededor de una cadena de proteinas denominadas histonas que forman complejos llamados particulas de nucleosoma. [De Nelson & Cox, 2000.] cromosoma mitotico (dos cromatidas, cada una de 600 nm de diametro) fibra de cromatina (30 nm de diametro) nucleosomas (10 nm de diametro) DNA (2 nm de diametro) 2.2 Lista de los constituyentes moleculares 47 cilios que lo impulsan a traves de los fluidos; un poco a la inversa, las celulas estacionarias que recubren nuestros pulmones se van limpiando mediante un transporte continuo de una capa de mucus desde su base hacia arriba. En el capitulo 5 estudiaremos este proceso. En

la figura 2.10 se muestra otra aplicacion de los cilios: estos apendices llevan particulas de comida a la gbocah un animal unicelular. Otra clase de pequenas caracteristicas anatomicas incluye la estructura fina de las dendritas de una neurona. Frecuentemente, la sinapsis real no hace intervenir el cuerpo principal de la dendrita, sino una diminuta espina dendritica que se proyecta de ella (las pequenas protuberancias que se pueden apreciar en la ilustracion de la cubierta de este libro). 2.2 LISTA DE LOS CONSTITUYENTES MOLECULARES Tal como prometimos al empezar este capitulo (en el mapa de ruta, pagina 40), haremos ahora una breve visita al mundo quimico a partir del cual surgen todas las hermosas estructuras biologicas indicadas anteriormente. No nos preocuparemos demasiado de los detalles quimicos de las moleculas indicadas en esta seccion. Sin embargo, es necesario un cierto minimo de terminologia para expresar las ideas que estudiaremos. Figura 2.9: (Micrografia electronica de barrido) Celula reptando. En el borde anterior de esta celula de fibroblasto (parte superior izquierda), filopodios, lamelipodios y arrugas se proyectan desde la superficie celular. La celula repta extendiendo su borde anterior hacia la izquierda. [Imagen digital cedida por cortesia de J. Heath] filopodio arruga 10 m lamelipodio 48 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas 2.2.1 Moleculas pequenas Del aproximadamente un centenar de atomos quimicamente diferentes, nuestro cuerpo

esta formado mayoritariamente por tan solo seis: azufre, fosforo, carbono, hidrogeno, nitrogeno y oxigeno. Otros atomos (como el sodio y el cloro) estan presentes en menor cantidad. Un cambio sutil comunica a muchas de estas sustancias monoatomicas una propiedad clave: en el agua, los atomos neutros de cloro (abreviadamente Cl) toman un electron adicional de sus alrededores y se transforman en iones cloruro (Cl.). Otros atomos neutros pierden uno o mas electrones en agua, tal como los atomos de sodio (abreviados Na) que se convierten en iones sodio (Na+). De las moleculas pequenas que se encuentran en las celulas, la mas importante es el agua, que constituye el 70% de la masa de nuestro cuerpo. En el capitulo 7 exploraremos algunas de sus notables propiedades. Otra importante molecula inorganica, es decir, que no contiene carbono, es el acido fosforico (H3PO4); en el agua, esta molecula se separa formando fosfato inorganico doblemente cargado tambien denominado Pi) y dos iones hidrogeno cargados positivamente (denominados protones). (Estudiaremos mas cuidadosamente la disociacion del fosfato en el problema 8.6.) Un grupo importante de moleculas organicas (que contienen carbono) tiene atomos enlazados formando anillos: . Los azucares sencillos comprenden la glucosa y la ribosa (compuestos con un anillo) y la sacarosa (azucar de cana, con dos anillos). Figura 2.10: (Micrografia electronica de barrido) El ciliado Didinium, un animal unicelular que se encuentra en agua dulce en reposo. La gbocah del Didinium esta al final de una pequena proyeccion, rodeada por un anillo de cilios. En el capitulo 5 estudiaremos como los cilios impulsan un flujo de fluido. [De Shih & Kessel, 1982] 10 m (HPO4 2., 2.2 Lista de los constituyentes moleculares 49

. Las cuatro bases del DNA (vea la seccion 2.2.3) tambien tienen una estructura de anillo. Una clase (las pirimidinas: citosina y timina) tiene un anillo; la otra (las purinas: guanina y adenina) tiene dos. Vea la figura 2.11. . Para construir el RNA se utiliza un conjunto ligeramente diferente de cuatro bases: la timina es sustituida por una molecula parecida, con un solo anillo, el uracilo. Las estructuras en anillo de estas moleculas les dan una forma fija y rigida. Las bases son anillos planos. Uniendo una base a un azucar simple (ribosa o desoxirribosa) y a un fosfato, da un nucleotido. Por ejemplo, el nucleotido formado por la base adenina, el azucar ribosa y un solo fosfato es denominado monofosfato de adenosina, o AMP. Las moleculas correspondientes con dos o tres grupos de fosfato en fila son denominadas difosfato de adenosina (ADP) y trifosfato de adenosina (ATP), respectivamente (figura 2.12). Dichas moleculas son llamadas a veces genericamente trifosfatos de nucleosido (o NTP). Los trifosfatos de nucleosido, como el ATP, transportan una gran cantidad de energia almacenada, debida en parte a la auto-repulsion de grandes cargas electricas (equivalentes a tres protones) mantenidas muy proximas las unas a las otras por los enlaces quimicos de la molecula. (En el capitulo 8 estudiaremos el concepto de energia quimica almacenada y de su utilizacion.) De hecho, las celulas utilizan el ATP como una moneda energetica de Figura 2.11: (Estructura molecular) J. Watson y F. Crick demostraron la complementariedad de los pares de bases del DNA. Las lineas de puntos indican puentes de hidrogeno (vea el capitulo 7). Las formas y estructuras quimicas de las bases permiten la formacion optima de puentes de hidrogeno entre la adenina (A) y la timina (T) y entre la guanina (G) y la citosina (C); en estos apareamientos, los atomos capaces de formar puentes de hidrogeno pueden aproximarse entre si sin distorsionar la geometria de las bases. [Caricatura de Larry Gonick, de Gonick & Wheelis, 1991] 50 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas intercambio casi universal; mantienen altas concentraciones interiores de ATP que seran

consumidas por las diversas maquinas moleculares cuando sea necesario.4 Hay dos clases mas de moleculas pequenas que tambien nos interesan especialmente. La primera de ellas, los acidos grasos, tienen una estructura simple: consisten en una cadena de atomos de carbono (por ejemplo, quince para el acido palmitico, derivado del aceite de palma) con un grupo carboxilo (.COOH) en su extremo. Los acidos grasos son en parte importantes como bloques constitutivos de los fosfolipidos que seran mencionados en la seccion 2.2.2. Finalmente, los aminoacidos son un grupo de unos 20 bloques constitutivos con los cuales estan formadas las proteinas (figura 2.13). Como se muestra en la figura, cada aminoacido tiene un esqueleto central comun, con un genchufeh en un extremo (el grupo carboxilo) y una gtoma de corrienteh en el otro (el grupo amino .NH2). Ligado al extremo del atomo de carbono central (denominado el carbono ), hay un grupo lateral (genericamente designado como R en la figura 2.13a) que determina la identidad del aminoacido. Por ejemplo, la alanina es el aminoacido con el grupo lateral .CH3. La sintesis de proteinas consiste en ir conectando sucesivamente la toma del aminoacido siguiente (o residuo) con el enchufe del anterior mediante la reaccion Figura 2.12: (Diagramas de estructura molecular) El trifosfato de adenosina es hidrolizado en muchos procesos bioquimicos. Un ATP y una molecula de agua son descompuestos, dando ADP, fosfato inorganico (Pi) y un proton H+. Una reaccion semejante, que da la misma cantidad de energia libre, descompone el ATP en monofosfato de adenosina (AMP), un compuesto con un grupo fosfato y pirofosfato, o PPi. En el capitulo 8 estudiaremos el almacenamiento de energia quimica, y en el capitulo 10 los motores moleculares alimentados por ATP. [Adaptado de Alberts et al., 1997] H2O + O O PO OOO O

PO O enlaces fosfoanhidrido fosfato inorganico (Pi) energia necesaria energia liberada ribosa ATP adenina ribosa ADP adenina P CH2 O O H++ P + O O O HO P O O P O O

OO CH2 4. Las celulas tambien utilizan trifosfato de guanosina (GTP) y un punado de otras moleculas pequenas para funciones semejantes. Los nucleotidos tambien sirven como moleculas de senalizacion celular interna. Una forma modificada del AMP, denominada AMP ciclico o cAMP, es particularmente importante en esta funcion. 2.2 Lista de los constituyentes moleculares 51 de condensacion de la figura 2.13a, dando asi lugar a un polimero denominado un polipeptido. El enlace C.N formado en este proceso se denomina el enlace peptidico. En la seccion 2.2.3 y en el capitulo 9 esbozaremos como los polipeptidos se convierten en proteinas funcionales. 2.2.2 Moleculas de tamano intermedio Un gran numero de moleculas de tamano intermedio puede formarse a partir del punado de atomos utilizados por los organismos vivos. Sorprendentemente, solo una infima parte de estas son utilizadas realmente por los organismos vivos. De hecho, la lista de posibles compuestos de masa inferior a 25 000 veces la del agua incluiria probablemente miles de millones, pero tan solo poco mas de un centenar de estas (y sus polimeros) dan razon de la mayor parte del peso de cualquier celula (vea la Tabla 2.1). La figura 2.14 muestra una molecula tipica de fosfolipido. Los fosfolipidos se forman uniendo una o dos cadenas de acidos grasos (gcolash), mediante una molecula de glicerol, a un fosfato y por lo tanto a un ggrupo de cabezah. Tal como se dira en la seccion 2.3.1 y en el capitulo 8, los fosfolipidos se autoagregan formando finas membranas, entre las que Figura 2.13: (Diagramas de estructuras moleculares) (a) Formacion de un polipeptido a partir de aminoacidos mediante la reaccion de condensacion, esencialmente la inversa de la reaccion de hidrolisis

mostrada en la figura 2.12. Los cuatro atomos del recuadro gris constituyen el enlace peptidico. (b) Segmento corto de una cadena polipeptidica, que muestra tres residuos (monomeros de aminoacido) conectados por dos enlaces peptidicos. Los residuos consisten en un esqueleto comun, al cual estan fijados diversos grupos laterales. Los residuos mostrados son, respectivamente, histidina, cisteina y valina. En los capitulos 7 y 8 estudiaremos las interacciones entre los residuos, que determinan la estructura de la proteina; en el capitulo 9 discutiremos brevemente la distribucion compleja resultante de los subestados de proteina. [Adaptado de Alberts et al., 2002] C COOH CH CH3 CH3 CH2 CH2 CH NH+ SH H C RO H C H H2O a b NCC+

R OH HHO H NCC H HRO H NCCN R HHO OH H OH H C H H2N extremo amino extremo carboxilo NN H C C HN HC C O O C H

52 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas se incluyen la que rodea cada celula. Las moleculas de fosfolipido tienen nombres largos pero informativos; por ejemplo el dipalmitoil-1 fosfatidilcolina (o DPPC) consiste en dos (di) cadenas de acido palmitico unidas mediante un fosfato a un grupo de cabeza colina. Analogamente, la mayoria de las grasas esta formada por tres cadenas de acidos grasos, cada una de las cuales esta unida por un enlace quimico a uno de los tres atomos de carbono de una molecula de glicerol, para formar un triglicerido. La union se realiza mediante una reaccion de condensacion semejante a la indicada en la figura 2.13. Tabla 2.1: Composicion molecular de las celulas bacterianas, en peso. Clase de molecula Porcentaje del peso total de la celula Moleculas pequenas iones y otras moleculas inorganicas pequenas azucares acidos grasos aminoacidos individuales nucleotidos individuales agua Moleculas intermedias y grandes proteinas RNA DNA lipidos polisacaridos (74 % del peso total de la celula) 1,2 1 1

0,4 0,4 70 (26 % del peso total de la celula) 15 6 1 2 2 [De Alberts et al., 1997] Figura 2.14: (Estructura) Representacion espacial compacta de una molecula de fosfolipido. Dos colas de hidratos de carbono (derecha) se unen con un grupo cabeza (izquierda) mediante grupos fosfato y glicerol (centro). Moleculas como esta se autoagregan en membranas bicapa (figura a color 2 y figura 2.20), que a su vez forman las divisiones entre los compartimientos de la celula. En el capitulo 8 estudiaremos la autoagregacion. [De Goodsell, 1993] colas hidrofobicas grupo polar de cabeza 1 nm 2.2 Lista de los constituyentes moleculares 53 2.2.3 Moleculas grandes Las celulas producen moleculas gigantes como polimeros, largas cadenas de unidades semejantes. Polinucleotidos. Al igual que los aminoacidos pueden unirse en cadenas polipeptidicas, las cadenas de nucleotidos pueden unirse entre si formando polinucleotidos. Un polinucleotido formado por nucleotidos que contengan ribosa se denomina un acido ribonucleico (o RNA); la cadena analoga con desoxirribosa se denomina una molecula de acido desoxirribonucleico o DNA. La intuicion de Watson y Crick (seccion 3.3.3) fue que no

solo las bases planas del DNA se ajustan entre si con gran precision, como piezas de rompecabezas (figura 2.11), sino que tambien encajan netamente en un apilamiento helicoidal (figura 2.15). En esta helice, las bases apuntan hacia dentro y los grupos fosfato y azucar forman dos esqueletos en el exterior. Las celulas no fabrican RNA de doble hebra, pero un RNA de una sola hebra puede tener fragmentos cortos que complementen otros de la cadena, situacion que da lugar a estructuras parcialmente plegadas (figura 2.16). Cada una de nuestras celulas contiene aproximadamente un metro de DNA, dividido en 46 fragmentos. Manipular unos hilos tan largos sin convertirlos en un embrollo totalmente inutil no resulta facil. Parte de la solucion es un esquema jerarquico de empaquetamiento: el DNA esta ligado a gbolash de proteina para formar complejos denominados nucleosomas. A su vez, los nucleosomas se enrollan en estructuras de orden superior, y asi sucesivamente hasta el nivel de los cromosomas condensados (figura 2.8).5 Polipeptidos. En la seccion 2.2.1 mencionamos la formacion de polipeptidos. El mensaje genetico del DNA solo codifica la estructura primaria de los polipeptidos, o secuencia lineal de sus aminoacidos. Tras la sintesis de la cadena polipeptidica lineal, esta se pliega en una estructura tridimensional elaborada .una proteina. tal como las que se ven en la figura 2.4f, i, k, l. La clave para comprender este proceso es observar que los residuos individuales aminoacidos de una proteina pueden atraerse o repelerse entre si. En capitulos posteriores estudiaremos como la estructura primaria del polipeptido determina la estructura final tridimensional plegada de la proteina. (En cambio, todos los monomeros que componen el DNA estan cargados negativamente, de manera que se repelen uniformemente entre si: el DNA no puede plegarse espontaneamente por si mismo.) El nivel mas bajo de plegamiento (la estructura secundaria) hace intervenir interacciones entre residuos proximos entre si a lo largo de la cadena polipeptidica. Un ejemplo que nos interesara en el capitulo 9 es la helice alfa, mostrada en la figura 2.17. En el nivel superior sucesivo, las estructuras secundarias (junto con otras regiones desordenadas) se juntan para dar la estructura terciaria de la proteina, la forma global conjunta visible en

los ejemplos de la figura 2.4. Una proteina sencilla consiste en una sola cadena de 20400 aminoacidos, plegados en una estructura terciaria que es densa, aproximadamente esferica, y con unos pocos nanometros de diametro (una proteina gglobularh). Algunas proteinas mas complejas consisten en multiples subunidades de cadenas polipeptidicas, dispuestas habitualmente en una forma simetrica: la estructura cuaternaria. Un ejemplo famoso es la hemoglobina, el transportador de oxigeno en nuestra sangre (capitulo 9) que tiene cuatro subunidades. Muchos canales de membrana (vea la seccion 2.3.1) tambien estan formados por cuatro subunidades. 5. Tambien se han hallado formas mas simples de empaquetamiento de DNA en celulas procarioticas. 54 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas Polisacaridos. Los polisacaridos forman una tercera clase de biopolimeros, con los acidos nucleicos y las proteinas. Son largas cadenas de moleculas de azucar. Algunos, como el glucogeno, son utilizados para almacenar energia a largo plazo; otros ayudan a las celulas a identificarse entre si. Cuando se entrelazan con peptidos cortos, los polisacaridos tambien pueden formar redes bidimensionales resistentes, la capa de peptidoglicano que confiere a las paredes de las celulas bacterianas su resistencia. Figura 2.15: (Estructura obtenida a partir de coordenadas atomicas) Imagen estereo de la doble helice de DNA. Para ver la imagen, empiece situando la nariz a unos pocos centimetros de la pagina (si es miope, quitese las gafas). Imagine que esta mirando un objeto lejano a traves de la pagina. Si es necesario, haga girar la pagina unos pocos grados, de manera que los dos puntos cercanos a los centros de cada panel queden alineados horizontalmente. Espere hasta que ambos puntos se fundan en uno solo. Concentrese en mantener fundidos los dos puntos a medida que va apartando lentamente la pagina

de la nariz. Cuando la pagina este suficientemente lejos para que sus ojos puedan enfocarla, la imagen tridimensional saltara de la pagina frente a sus ojos. La estructura tiene unos 2 nm de ancho. La porcion mostrada consiste en doce pares de bases apilados verticalmente. Cada par de bases es una placa casi plana, horizontal, de unos 0,34 nm de grosor. El apilamiento se va torciendo ligeramente mas de una revolucion completa desde la parte inferior a la superior. [De Dickerson et al., 1982] 1 nm 2.2 Lista de los constituyentes moleculares 55 2.2.4 Ensamblajes macromoleculares En la seccion anterior hemos mencionado que cadenas individuales de proteinas pueden formar confederaciones con formas definidas: la estructura cuaternaria de un conjunto de proteinas. Otra posibilidad es la construccion de una disposicion lineal de subunidades de Figura 2.16: (Estructura obtenida a partir de coordenadas atomicas) Una hebra de RNA utiliza el apareamiento de bases y otras interacciones para formar una estructura tridimensional unica. La molecula mostrada es un RNA de transferencia de la levadura; fija el aminoacido fenilalanina, lo transporta al ribosoma y lo libera (vea la figura 2.24). Los nucleotidos planos apilados se muestran como estructuras en forma de barras, en su mayoria en el interior; los atomos del esqueleto de azucares y fosfatos son en cambio representados por esferas, para poner de manifiesto la estructura en doble helice de algunas partes de la molecula plegada. Hebras mas largas de RNA pueden tener zonas de pares de bases complementarios, conduciendo a estructuras plegadas mas complejas que la mostrada en esta figura. En la seccion 6.7 estudiaremos como el plegamiento y desplegamiento del RNA pueden ser controlados por fuerzas exteriores.

1 nm 56 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas polipeptidos que se extienden por una distancia arbitrariamente larga. Tales disposiciones pueden ser interpretadas como polimeros cuyos monomeros son, ellos mismos, proteinas. Dos ejemplos nos resultaran de particular interes en el capitulo 10: microtubulos y actina F. Figura 2.17: (Estructura molecular a partir de datos cristalograficos) Segmento de la estructura en helice alfa. Se indican nueve residuos sucesivos. El grupo lateral de cada residuo ha sido sustituido por una sola bola, marcada R1, ., R9. Cada residuo tiene un atomo de hidrogeno enlazado a uno de los nitrogenos de la cadena. Cada uno de estos hidrogenos es atraido por un oxigeno situado cuatro unidades mas alla en la cadena, para formar un puente de hidrogeno (lineas finas). Los puentes de hidrogeno ayudan a estabilizar la estructura helicoidal ordenada frente a la ruptura termica. En el capitulo 9 estudiaremos la formacion y perdida de estructuras ordenadas parecidas a esta bajo cambios en las condiciones ambientales. La estructura indicada es gdextrogirah en el siguiente sentido: escoja alguna direccion a lo largo del eje de la helice, por ejemplo, hacia arriba de la figura. Apunte su pulgar derecho en esta direccion: a medida que avanza en la direccion del pulgar, el esqueleto peptidico gira alrededor del eje en el mismo sentido en que apuntan los otros dedos de la mano (sentido opuesto al que presentarian si hubiera escogido la mano izquierda). FALTA FIGURA N N N O

O O O H C C C C C C N R5 R6 R7 R8 R9 R4 R1 R2 R3 H H H 0,2 nm 58 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas Los filamentos de actina (tambien denominados actina gfilamentosah o actina F) forman una segunda clase de elementos del citoesqueleto. Las fibras de actina F tienen tan

solo 7 nm de diametro, pero pueden alcanzar varios micrometros de longitud (figura 2.4k). Una fina red de estos filamentos esta debajo de la superficie de la celula, formando el cortex de actina de la celula. Los filopodios, lamelipodios y microvilli estan llenos de fibras de actina que se entrelazan entre si para formar haces rigidos que ayudan a impulsar estas proyecciones hacia el exterior de la celula. Finalmente, los filamentos de actina proporcionan las gviash a lo largo de las cuales se desplazan motores unimoleculares para producir la contraccion muscular (capitulo 40). Ejemplos de conjuntos de proteinas aun mas elaborados incluyen los caparazones que rodean los virus y el flagelo bacteriano en forma de latigo (vea la figura 2.3 de la pagina 39). 2.3 TENDIENDO EL PUENTE: DISPOSITIVOS MOLECULARES Tenemos ahora un catalogo de hermosas estructuras celulares, pero casi no hemos dicho nada sobre como estan formadas a partir de las moleculas de la seccion 2.2, ni tampoco sobre como las celulas desarrollan las muchas otras actividades caracteristicas de la vida. Para empezar a tender un puente a traves de esta separacion, dedicaremos esta seccion a esbozar algunos de los dispositivos moleculares utilizados por las celulas. La unidad de las Figura 2.19: (Esquema; micrografia electronica). (a) Modelo que muestra como una quinesina arrastra una vesicula a lo largo de un microtubulo. En el capitulo 10 estudiaremos el funcionamiento de este motor molecular. (b) Micrografia que parece mostrar la situacion representada en (a). Las flechas indican los puntos de conexion. Neuronas de medula espinal de rata fueron congeladas ultrarapidamente y grabadas para producir la muestra. [(a) Adaptado de Kandel et al., 2000. (b) Imagen cedida por cortesia de N. Hirokawa; vea Hirokawa et al., 1989] a vesicula microtubulo

quinesina b 100 nm MT 60 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas 2.3.2 Motores moleculares Como acabamos de mencionar, los filamentos de actina forman las gviash a lo largo de las cuales se desplazan los motores proteicos que generan las contracciones musculares (capitulo 10). Se conocen muchos otros ejemplos de motores moleculares que se deslizan por las celulas. La figura 2.19 muestra como una vesicula es arrastrada a lo largo de un microtubulo hacia su destino en un terminal axonico. Este transporte axonal suministra las proteinas necesarias al terminal axonico, asi como los ingredientes a partir de los cuales se construiran las vesiculas sinapticas. Una familia de motores proteicos de una sola molecula denominada quinesina proporcionan la fuerza motriz para este y otros movimientos, por ejemplo, el arrastre de los cromosomas hacia las dos mitades de una celula que se esta dividiendo. En efecto, tinendo selectivamente tanto los microtubulos como la quinesina (adhiriendo marcadores fluorescentes a cada una de ellas), se logra demostrar que en general se hallan juntas en la celula (figura a color 3). Incluso resulta posible seguir el avance de las moleculas individuales de quinesina cuando se desplazan a lo largo de microtubulos individuales (figura a color 4). En estos experimentos, las moleculas de quinesina empieFigura 2.20: (Dibujo basado en datos estructurales) Seccion transversal de un fragmento de mitocondria (figura 2.6) en que muestra sus dos membranas. Cada una de ellas consiste en una bicapa lipidica (figura a color 2) con proteinas inmersas en ella (o ligadas a ella). El citoplasma celular circundante aparece en la parte inferior de la figura. (Su propia membrana plasmatica esta igualmente poblada con proteinas inmersas.) La membrana mitocondrial externa esta atravesada por proteinas integrales de membrana

que forman canales (marcadas con p). La membrana mitocondrial interna contiene complejos proteinicos que intervienen en la fabricacion de ATP. En el capitulo 11 estudiaremos una de estas, el complejo F0-F1 (indicado con una f). Una parte de la matriz mitocondrial aparece en la parte superior izquierda. [De Goodsell, 1993] 10 nm matriz membrana interna membrana externa citoplasma p f 2.3 Tendiendo el puente: dispositivos moleculares 61 zan a desplazarse en cuanto se anade un suministro de moleculas de ATP y se detienen cuando el ATP se ha consumido o es eliminado. Los cilios mencionados en la seccion 2.1.2 tambien estan alimentados por motores que se desplazan. Cada cilio contiene un haz de microtubulos. Un motor molecular denominado dineina se une a un microtubulo y se desplaza a lo largo de su vecino, induciendo asi un movimiento relativo entre ellos. Ondas coordinadas de actividad de dineina producen ondas viajeras de curvatura en el cilio, que hacen que este se mueva ritmicamente. Otros motores generan movimiento rotacional. Entre los ejemplos se incluye el motor que impulsa el flagelo bacteriano (figura 2.3b; vea los capitulos 5 y 11) y el que impulsa la sintesis de ATP en las mitocondrias (capitulo 11). En lugar de ser alimentados directamente por ATP, estos dos motores utilizan como gcombustibleh un desequilibrio quimico entre los lados de la membrana en la cual se encuentran. En ultimo termino, este desequilibrio procede de la actividad metabolica de la celula.

2.3.3 Enzimas y proteinas reguladoras Los enzimas son dispositivos moleculares cuya funcion es fijar moleculas determinadas, en condiciones determinadas, y promover cambios quimicos determinados. La misma molecula de enzima no es modificada ni consumida en este proceso: es un catalizador o ayudante, para un proceso que en principio podria ocurrir por si solo. Los enzimas pueden romper grandes moleculas, tal como en la digestion, o construir grandes moleculas a partir de moleculas pequenas. Una caracteristica de los enzimas inmediatamente aparente a partir de sus estructuras es su forma complicada y bien definida (figura a color 5). En el capitulo 7 iniciaremos una discusion acerca del papel desempenado por la forma en la esFigura 2.21: (Esquema) (a) Canal ionico pasivo, como los que dan lugar a la parte ohmica de las conductancias de membrana (vea el capitulo 11). (b) Bomba sodio-potasio (tambien estudiada en el capitulo 11). El esquema ha sido simplificado: en realidad, se cree que la bomba enlaza tres iones Na+ y un ATP antes de su cambio conformacional principal, que expulsa los iones Na+. A continuacion enlaza dos iones K+, libera ADP y fosfato, hace entrar los iones K+ y los libera. En este punto, la bomba esta lista para empezar un nuevo ciclo. [Adaptado de Kandel et al., 2000] Na+ Na+ K+ ATP ADP+Pi lado extracelular membrana plasmatica lado citoplasmatico ab

2.3 Tendiendo el puente: dispositivos moleculares 63 seccion 2.3.2, la DNA polimerasa esta formada por proteinas. El DNA contiene genes, que consisten en regiones reguladoras y regiones codificadoras que especifican las secuencias de aminoacidos de las diversas proteinas que se necesitan. Un organismo complejo puede tener decenas de miles de genes diferentes, en tanto que la E. coli tiene menos de 5 000 (el organismo mas sencillo conocido, Mycoplasma genitalium, tiene menos de 500). Ademas de los genes, el DNA contiene un rico conjunto de secuencias reguladoras para el enlace de las proteinas reguladoras junto con tramos inmensos que no tienen ninguna funcion conocida. 2. Otra maquina molecular denominada RNA polimerasa lee la copia maestra en un proceso denominado transcripcion (figura 2.23). La RNA polimerasa es una combinacion de motor de desplazamiento y de enzima; se acopla con el DNA cerca del inicio Figura 2.22: (Esquema) Flujo de informacion en una celula. A veces, el producto de la traduccion es una proteina reguladora, que interacciona con el genoma de la celula, y da a lugar asi a un bucle de retroaccion. [Adaptado de Calladine & Drew, 1997] Figura 2.23: (Dibujo, basado en datos estructurales) Transcripcion del DNA a RNA mensajero por la RNA polimerasa, un motor que se desplaza. La polimerasa lee el DNA a medida que va recorriendo la hebra de DNA, y va sintetizando mRNA al moverse. [De Goodsell, 1993] cromosomas que contienen DNA membrana nuclear poros nucleares transcripcion copia del DNA en mRNA traduccion

ribosoma nueva proteina DNA 10 nm RNA polimerasa mRNA 64 Capitulo 2 Que hay en el interior de las celulas de un gen, hace pasar la cadena polimerica a traves de una rendija y simultaneamente va anadiendo monomeros sucesivos a un gtranscritoh creciente hecho de RNA (seccion 2.2.3). El transcrito tambien se denomina RNA mensajero, o mRNA. En las celulas eucarioticas, el mRNA sale del nucleo a traves de poros de la membrana nuclear (vea la figura 2.5) y entra en el citosol. La energia necesaria para hacer funcionar la RNA polimerasa procede de los mismos nucleotidos que van siendo anadidos, que llegan en la forma NTP rica en energia (seccion 2.2.1); al incorporar el nucleotido en el transcrito creciente, la polimerasa arranca dos de los tres grupos fosfato de cada NTP (figura 2.12). 3. En el citosol, un complejo de dispositivos denominados colectivamente ribosoma, se enlaza con el transcrito y se desplaza a lo largo de el, construyendo sucesivamente un polipeptido a partir de las instrucciones codificadas en el transcrito. El ribosoma efectua esta traduccion orquestando el enlace secuencial de moleculas de RNA de transferencia (o tRNA) (vea la figura 2.16), cada una de las cuales se enlaza con un triplete particular de monomeros (bases) del transcrito y cada una de las cuales transporta el correspondiente monomero aminoacido (residuo) que debe ser anadido a la cadena polipeptidica en formacion (figura 2.24). Figura 2.24: (Dibujo, basado en datos estructurales) La informacion del RNA mensajero es traducida a una secuencia de aminoacidos que forman una nueva proteina por la accion combinada de una 50 maquinas moleculares. En particular, la amino

acil-tRNA sintasa suministra los RNA de transferencia, cargados con aminoacidos, a los ribosomas, los cuales construyen las nuevas proteinas a medida que van leyendo el RNA mensajero. No se indican algunas proteinas auxiliares menores, los factores de iniciacion, elongacion y transcripcion, que ayudan a los ribosomas a llevar a cabo su trabajo. [De Goodsell, 1993]