4.

1 Introduccin
La hidrlisis total de las protenas da lugar a veinte Aminocidos, que son los llamados Aminocidos proteicos. Los aminocidos son los monmeros de las protenas, que a su vez son polmeros lineales de aminocidos. En ocasiones, la hidrlisis de una protena da lugar a aminocidos con estructura diferente a la de estos veinte. Se trata, por lo general, de modificaciones postraduccionales, esto es, modificaciones qumicas de los aminocidos proteicos llevadas a cabo sobre la molcula completa de protena. Hay asimismo Aminocidos no proteicos, que teniendo una estructura qumica de aminocido, no forman parte de las protenas. La estructura de los aminocidos proteicos es siempre la misma. Se trata de un tomo de carbono saturado, que recibe el nombre de carbono -, sustitudo por: Un grupo amino, -NH2, que aparece como su forma protonada -NH3+ Un grupo carboxilo, -COOH, que aparece como su forma disociada -COOUn hidrgeno, -H Una cadena lateral, que es la que distingue unos aminocidos de otros. En este caso es un grupo metilo -CH3, correspondiente al aminocido Alanina. Obsrvese que tanto el grupo amino como el carboxilo aparecen ionizados; amino como -NH3+ y carboxilo como -COO-. En un caso, el grupo amino aparece sustitudo asimismo por la cadena lateral, formando pues una amina secundaria; es el caso de la Prolina.

4.2 Estereoisomera
Con una nica excepcin entre los veinte aminocidos, el carbono aparece sustitudo por cuatro grupos diferentes. Se trata, por lo tanto, de un carbono asimtrico o quiral, y presenta isomera ptica. Convencionalmente, los ismeros en torno al carbono se denominan L- y D-, por similitud con el gliceraldehido. Veamos las estructuras de L-gliceraldehido (izq.) y L-alanina (der.). La comparacin se establece as: L-gliceraldehido Carbono 2: Aldehido (C1) : L-Alanina Carbono : Carboxilo:

Hidroxilo (C2): Hidrgeno (C2): Alcohol primario (C3):

Amino: Hidrgeno: Cadena lateral:

Todos los aminocidos proteicos pertenecen a la serie L-. Se encuentran Daminocidos en la pared celular de las bacterias y en algunos antibiticos peptdicos. Comparemos ahora la estructura de L-alanina(izq.) y D-alanina (der.) La nica excepcin a esta regla est constituda por la Glicina, el ms simple de todos los aminocidos, en el que la cadena lateral es un tomo de hidrgeno, y por tanto, su carbono no es quiral. En adelante, mientras no se especifique lo contrario, se entiende que todos los aminocidos nombrados pertenecen a la serie L-.

4.3 Clasificacin

4.4.1 Aminocidos alifticos 4.4.2 Aminocidos aromticos 4.4.3 Hidroxiaminocidos 4.4.4 Tioaminocidos 4.4.4 Aminas secundarias 4.4.4 Aminocidos dicarboxlicos 4.4.4 Aminocidos dibsicos

Los modelos de aminocidos se presentan con su forma inica a pH 7 (ver ms adelante)

Aminocidos alifticos
NOMBRE Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina Abrev. 3 Gly Ala Val Leu Ile Abrev. 1 G A V L I

Aminocidos aromticos
NOMBRE Abrev. 3 Abrev. 1

Fenilalanina Tirosina Triptfano

Phe Tyr Trp

F Y W

Hidroxiaminocidos
NOMBRE Serina Treonina Abrev. 3 Ser Thr Abrev. 1 S T

Tioaminocidos
NOMBRE Cistena Metionina Abrev. 3 Cys Met Abrev. 1 C M

Aminas secundarias
NOMBRE Prolina Abrev. 3 Pro Abrev. 1 P

Aminocidos dicarboxlicos
NOMBRE cido asprtico cido glutmico Asparragina Glutamina Abrev. 3 Asp Glu Asn Gln Abrev. 1 D E N Q

Aminocidos dibsicos
NOMBRE Lisina Arginina Histidina Abrev. 3 Lys Arg His Abrev. 1 K R H

4.4 Comportamiento cido-base

Todos los aminocidos poseen al menos dos grupos disociables, uno cido (el carboxilo -COOH) y otro bsico (el amino -NH2). Algunos poseen adems una cadena lateral susceptible de disociacin cido base: Asp, Glu, Tyr, Cys, Lys, Arg

e His. La Tabla 1 adjunta nos da los valores de pKa para los grupos disociables de todos los aminocidos. Es conveniente conocer las distintas formas inicas que adoptan los aminocidos en funcin del pH. Para ello, veremos tres ejemplos: el aminocido valina, cuya cadena lateral no es susceptible de disociacin cido-base; el cido asprtico, que posee un grupo cido (carboxilo) en la cadena lateral; y el aminocido lisina, con un grupo bsico (amino) en la cadena lateral . Veamos en primer lugar la titulacin de un aminocido neutro, cuya cadena lateral no es susceptible de disociacin cido-base.
pH 1

A pH 1, todos los grupos aparecen protonados: carboxilo como -COOH y amino como -NH3+. El aminocido tiene una carga positiva neta.

Valina

pH 7

A pH 7, el carboxilo se disocia (-COO-) y el amino sigue protonado (-NH 3+); el aminocido tendr simultneamente carga positiva y negativa (zwitterion).

pH 13

A pH 13, el carboxilo sigue disociado (-COO-) y el amino pierde el protn ( NH2); el aminocido queda con una carga negativa.

Veamos a continuacin las formas inicas de un aminocido dicarboxlico en funcin del pH.
pH 1

A pH 1, todos los grupos aparecen protonados: los dos carboxilos como COOH y amino como -NH3+. El aminocido tiene una carga positiva neta.

cido asprtico

pH 3 A pH 3, el carboxilo de la cadena lateral y el grupo amino, aparecen protonados ( -COOH y -NH3+ ) y el alfa-carboxilo disociado (-COO-). El aminocido est en torno a su punto isoelctrico. pH A pH 7, los dos carboxilos estn disociados (-COO-) y el amino sigue

7 protonado (-NH3+); el aminocido tendr simultneamente dos cargas negativas y una positiva (una negativa neta).

pH 13

A pH 13, los dos carboxilos siguen disociados (-COO-) y el amino pierde el protn (-NH2); el aminocido queda con dos cargas negativas netas.

Veamos por ltimo las formas inicas de un aminocido dibsico.

pH 1

A pH 1, todos los grupos aparecen protonados: el carboxilo como -COOH y los dos aminos como -NH3+. El aminocido tiene dos cargas positivas netas.

pH 7

A pH 7, el alfa-carboxilo disociado (-COO-) y los dos aminos protonados -NH3+ ). El aminocido tiene una carga positiva neta.

Lisina pH 9.5 A pH 9.5, el carboxilo sigue disociado (-COO-) y el amino de la cadena lateral sigue protonado (-NH3+); el alfa-amino aparece como (-NH2). El aminocido estar prximo a su punto isoelctrico. pH 13

A pH 13, el carboxilo sigue disociado (-COO-) y los dos aminos han perdido el pr otn (-NH2); el aminocido queda con una carga negativa neta.

4.5 Aminocidos no proteicos

Algunos intermediarios metablicos, as como ciertos neurotransmisores, tienen estructura de aminocido aunque no aparecen en las protenas. Son los llamados aminocidos no proteicos.

As, tenemos la Ornitina y la Citrulina, intermediarios del ciclo de la urea; as como Homocistena y Homoserina, intermediarios de distintos procesos metablicos. Tenemos asimismo la DOPA (dihidroxifenilalanina), precursor metablico de la sntesis de catecolaminas, hormonas tiroideas y melanina. Se conocen tambin entre las biomolculas los llamados -aminocidos (omegaaminocidos), en los que el grupo amino sustituye al ltimo carbono en lugar de sustituir al carbono alfa-. Por ejemplo, la -Alanina y el -Aminobutirato (GABA), importante neutransmisor inhibitorio del sistema nervioso central. Todos ellos se presentan como la forma inica ms abundante a pH 7.

4.6 Modificaciones postraduccionales

Algunos aminocidos son modificados qumicamente despus de haber sido integrados en la cadena polipeptdica, y a veces estos aminocidos modificados aparecen en los hidrolizados de protena. Se trata de las llamadas modificaciones postraduccionales, ya que se realizan despus del proceso de traduccin o sntesis proteica. Muy a menudo se obtiene en los hidrolizados de protena el aminocido Cistina, que en realidad se trata de dos cistenas unidas a travs de un disulfuro. Como veremos, la formacin de disulfuros entre las cadenas laterales de cistena tiene una gran importancia en la determinacin de la estructura tridimensional de las protenas. En el colgeno tiene lugar habitualmente la hidroxilacin de residuos de prolina y lisina, dando lugar, respectivamente a 4-Hidroxiprolina y 5-Hidroxilisina, una transformacin enzimtica en la que es fundamental la participacin del cido ascrbico. Algunos factores de la coagulacin sangunea presentan una modificacin postraduccional consistente en un residuo de cido glutmico carboxilado, el cido -carboxiglutmico. Esta modificacin aade carga negativa adicional a dichos factores. Entre ellos destaca particularmente la protrombina. En el proceso de carboxilacin es fundamental la presencia de vitaminas K. En la Elastina, una protena estructural presente en los tejidos elsticos, las cadenas laterales de cuatro lisinas suelen dar lugar a un entrecruzamiento que en los hidrolizados de protena aparece como Desmosina. De la misma manera que hemos visto en otras secciones, estas estructuras se presentan como su forma inica ms habitual a pH 7.

4.7 Oligopptidos
La condensacin del grupo -carboxilo de un aminocido con el grupo -amino de otro, con prdida de una molcula de agua, hace que los dos aminocidos queden unidos por un Enlace peptdico o Enlace amida (en Bioqumica preferimos la primera de estas dos denominaciones). Los compuestos resultantes reciben el nombre de Pptidos, con un prefijo indicativo del nmero de aminocidos que entran en su composicin. As, hablamos de dipptidos (2 aminocidos), tripptidos (3 aminocidos), tetrapptidos (4 aminocidos), etc. En general, denominamos oligopptidos cuando se trata de un nmero relativamente pequeo (en la prctica, hasta unos 40 aminocidos) y de polipptidos cuando el grado de polimerizacin es mucho mayor (que puede llegar hasta 1000 aminocidos). Todas las protenas tienen una estructura polipeptdica, es decir, todas estn compuestas por uno o varios polipptidos. Pero conviene no confundir el trmino polipptido con protena. stas, como veremos, pueden estar formadas por uno o varios polipptidos. El enlace peptdico establecido tiene una serie de propiedades interesantes. Para ilustrarlas veamos el tripptido Alanil-alanil-alanina. La unin peptdica tiene polaridad, dado que se establece entre grupos distintos (un amino y un carboxilo). Por lo tanto, en un extremo del pptido queda un grupo amino (-NH2) libre; es el Ntrmino o trmino amino: Mientras que en el extremo opuesto del pptido queda un grupo carboxilo (-COOH) libre; es el C-trmino o trmino carboxilo: Convencionalmente, las cadenas polipeptdicas se numeran desde el N-trmino, dando el nmero 1 al aminocido que lo ocupa, y as sucesivamente hasta llegar al C-trmino. En el caso de este tripptido tendramos: Residuo 1 (Cuando estn formando parte de un polipptido, los aminocidos reciben el nombre de residuos o restos): Residuo 2: Residuo 3: Veamos ahora de forma pormenorizada la estructura del enlace peptdico: En primer lugar, vemos que el enlace peptdico -CO-NH- es una estructura plana. Esto se debe a que el enlace peptdico tiene carcter de doble enlace, estando impedida por tanto la rotacin en torno al mismo (vase el mdulo 5, Protenas, para ms detalles). Los dos carbonos : se sitan en trans- respecto al enlace peptdico, siendo esta disposicin general en todas las protenas (con algunas excepciones que ya veremos). El plano determinado por los dos carbonos , el grupo -CO- y el grupo -NH-, es decir, seis tomos: recibe el nombre de plano peptdico.

Podemos observar que las cadenas laterales (en este caso, los grupos metilo de la alanina) se sitan asimismo en trans- unas con otras. La cadena lateral tiene una importancia muy grande en cuanto a la configuracin del pptido. Para apreciar este particular, veamos sucesivamente la estructura de varios pptidos constitudos a partir de diferentes aminocidos:

Gly-Gly-Gly-Gly-Gly-Gly (6 Gly) Asp-Asp-Asp-Asp-Asp-Asp (6 Asp) Lys-Lys-Lys-Lys-Lys-Lys (6 Lys) Ile-Ile-Ile-Ile-Ile-Ile (6 Ile) Pro-Pro-Pro-Pro-Pro-Pro (6 Pro) Ser-Ser-Ser-Ser-Ser-Ser (6 Ser) Val-Val-Val-Val-Val-Val (6 Val)

Obsrvese en todos ellos los principios estructurales que sealbamos para el caso de 3 Ala: la coplanaridad de los tomos de la unin peptdica, la situacin en trans- del enlace peptdico, y las diferencias en conformacin general debidas a la cadena lateral de cada aminocido. La configuracin geomtrica del enlace peptdico es normalmente en trans-. Ahora bien, los pptidos formados a partir del aminocido prolina suelen presentar con cierta frecuencia una configuracin en cis-. Veamos ejemplos de fenilalanil-(cis)prolil-arginina y de valil-(trans)-prolil-valina. En estas representaciones no aparecen los tomos de hidrgeno. A diferencia de los polisacridos, en los que vemos la repeticin sucesiva AAAAA.... o en todo caso ABABABABAB...., los polipptidos no presentan ms que en casos excepcionales una estructura repetitiva. A primera vista, la estructura de los pptidos puede parecer aleatoria, pero no lo es. El orden en que entran los aminocidos en un polipptido viene determinado por la informacin gentica, y es por lo tanto nico. La secuencia de un polipptido es lo que conocemos como su Estructura Primaria.

Oligopptidos de inters biolgico

Dejando aparte las protenas, que veremos en el siguiente mdulo, los oligopptidos se utilizan ampliamente en el organismo como seales qumicas. Presentaremos algunos a ttulo de ejemplo. TRH, hormona liberadora de tirotropina. Es un factor hipotalmico de secuencia piroglutamil-histidil-prolinamida. En este oligopptido podemos ver una caracterstica muy comn entre los mismos: el bloqueo del grupo -NH2 terminal por la propia cadena lateral de cido glutmico (cido piroglutmico) y el bloqueo del grupo -COOH terminal, que aparece como amida -CONH2.

Muchas otras hormonas tienen naturaleza peptdica. As, por ejemplo, la Oxitocina neurohipofisaria, nonapptido estimulador de la contraccin uterina. O bien la insulina, hormona pancretica que consta de dos cadenas polipeptdicas unidas por dos disulfuros, encargada de la homeostasis de la glucosa junto con otra hormona pancretica, el glucagon, cuya estructura es tambin polipeptdica. Tambin son oligopptidos muchos neutrotransmisores, como las encefalinas, a saber, Leucin-encefalina (secuencia YGGFL) y Metionin-encefalina (secuencia YGGFM), que son los agonistas fisiolgicos de los receptores opiceos. Las drogas opiceas de abuso (morfina, herona, etc.) lo son por su parecido estructural con estos pptidos. Otro oligopptido de gran importancia funcional es el Glutatin (GSH), cuya forma reducida aparece en pantalla. Se trata del -glutamil-cisteinil-glicina. El papel reductor se debe al grupo -SH libre de la cistena central. Cuando se oxida, dos molculas de glutatin se unen para formar el Glutatin oxidado (GSSG) a travs de un disulfuro establecido entre las dos cistenas. El glutatin participa en una gran cantidad de procesos redox intracelulares, relacionados generalmente con destoxificacin y mantenimiento de la hemoglobina en estado ferroso.