Clase de Alape miercoles,

Tenemos que empezar por lo que no dio la Dra. Cortes ayer. Vamos a empezar por ácidos
nucléicos (capitulo 8 Lehninger)después de organización genómica y expresión génica
(Cap 24 IDEM).

Deben recordar de química orgánica ¿que son nucleótidos? Los nucleótidos son las
unidades estructurales de los ácidos nucleicos. No solamente tiene esa función. Pero esta es
la mas importante y la única que se va estudiar aquí. Cada nucleótido esta constituido por
una base nitrogenada que puede ser una base púrica o una base pirimídica. Un azucar que
es una pentosa (ribosa o desoxiribosa). Y al menos un grupo fosfato. Hay nucleotidos
difosfatos o trifosfatos que tienen pegados varios fosfatos .
Las bases nitrogenadas se llaman pirimídicas por que tiene una estructura similar a
la de la purina o la pirimidina. El anillo pirimidico tiene solo anillo y la estructura de la
purina tiene dos anillos. Por lo que las bases nitrogenadas que constituyen los acidos
nucleicos con purinas son la adenina y guanina ; y la citosina, Uracilo y timina constituyen
las pirimidicas.
(Nemotecnia: A.GUA. PURIA).
La pentosa (azúcar) puede ser Ribosa (ADN) y desoxiribosa (ARN) , la diferencia esta en el
carbono 2. La diferencia esta en la presencia o ausencia de un grupo hidroxilo. Por lo
demas son dos pentosas iguales. Y por ello se llaman dependiendo de la base que tengan
desoxirribonucleotidos (dAMP, dGMP, dCMP).

Los acidos nucleicos son químicamente hetero-polímeros de nucleótidos. Unidos a través

de enlaces fosfodiester. El grupo fosfato esta solo como un puente esterificado a ambos
lados. En la posición 5´a la 3´del siguiente. Están unidos a través de enlaces fosfodiester
que se forman entre el hidroxilo en la posición 3´del azúcar y el hidroxilo en la posición 5
´del azucar. Tenemos una cadena que es azucar-fosfato-azucar-fosfato. Y las bases
nitrogenedas quedan proyectadas hacia los lados de esa cadena.
Las bases en el ARN (adenina, guanina, uridina, citidina). En el ADN no hay uridina, hay
timidina. Ambos son heteropolimeros de nucleotidos. Al ver notaremos que son moléculas
con polaridad. Observamos que tenemos un extremo 3´ y uno 5´.
Las bases nitrogenadas pueden presentar tautomeria ceto-enolica. Esto se da por
resonancia. El grupo ceto se convierten a enolico.
Es importante por que las bases nitrogenadas tienen cierta complementariedad. En
cuanto a la capacidad de formar puentes de hidrógeno. Si se observa la estructura de la
timina, se observa un grupo ceto, mientras que la adenina tiene un nitrogeno y un grupo
amino. Razón por la cual estructuralmente la timina y la adenina son complementarias.
Como tienen dobles enlaces en los anillos son moléculas planas, y de naturaleza
hidrofóbica, por que tiene electrones en los orbitales π deslocalizados tanto arriba como
abajo en el plano. Si vemos una base nitrogenada desde arriba por dentro es un anillo
hidrofóbico pero hacia los lados tiene grupos hidrofílicos. Esto nos ayuda a comprender la
complementariedad de las bases. Es importante recordar que entre citosina y guanina se
pueden formar 3 puentes de hidrógeno. En ambos casos la distancia en los anillos son las
mismas.
NOTA: esa complementariedad ocurre en la forma ceto.
 Vamos a hablar del ARN que esta formado por una sola cadena de poli-
ribonucleótidos. Las moléculas de ARN no son moléculas sin una estructura tridimensional.
Al igual que las proteínas se pueden plegarse y formar estructuras tridimensionales
complejas que son estabilizadas por la formación de puentes de hidrógeno entre las bases
complementarias (se pliegan y complementan entre sí). La formación de puentes de
hidrógeno intra-catenarios permite la formación en el ARN de estructuras tridimensionales.
En la células eucariotas hay varios tipos de ARN:

El primer tipo es el ARN mensajero. Es sintetizado en el núcleo. Y es sintetizado

dependiendo de la secuencia de ADN, del segmento que se va a producir. El proceso de
síntesis de ARN se conoce con transcripción.
Luego de ser sintetizado es transportado al citoplasma y ahí sirve como machote
para la síntesis de proteínas. Son como los moldes para las proteínas que se necesitan a
nivel celular. Los ARNm tiene vidas media relativamente cortas. Hay excepciones , si una
proteína es muy necesaria, el ARNm que se necesita sera muy estable. Constituyen el 5%
del total de los ARN celulares.

El ARN de transferencia, son los encargados de acarrear los aminoácidos hasta los
ribosomas, durante la síntesis de las proteínas. Participan en el proceso de síntesis proteica
como adaptadores. Los aminoácidos no interactúan directamente con el ARNm, sino que lo
hace con los ARNt. Vida media larga, son el 15% de los ARN.

El ARN ribosomal tiene una función estructural forma parte de las estructura de los
ribosomas y participan en la función catalítica. Son necesarios para que se sinteticen los
enlaces peptidicos. Son de vida media larga y son los mas abundantes. (no da porcentaje,
por lo menos en el audio. Utilizando la logica, 80% )

Da el ejemplo de la fabrica......

Los ARN de transferencia tiene un vida media mas larga. Al igual que los ARN
ribosomales. Recordando que ambos son ricos en nucleotidos raros o modificados, por lo
que son menos fácilmente reconocidos por las ribonucleasas celulares.

En la célula eucariota hay un cuarto tipo de ARN y son ARN nucleares pequeños. Están en
el núcleo. Participan en el procesamiento en los ARNm. En las células procariotas no hay
ARNnp, por que no hay núcleo.

Con respecto al ADN, cual es su función? Portar la información hereditaria. Se

demostró alrededor de los 40 (Avery, Malloy, McCartney), con un experimento clásico.
Hay una bacterias que tienen una cápsula (recubrimiento de CHO, que les permite evadir la
fagocitosis). Si uno le inyecta la bacteria (neumococo) capsulado el ratón se muere. Pero si
le inyecta neumococos no capsulados, a los cuales se les había eliminado la capacidad de
producir dicha cápsula, al ratón no le pasa nada. Si se le inyecta al ratón los neumococos
capsulados que habian sido neutralizadas por calor, y al ratón no le pasaba nada. Pero si
utilizaban bacterias que no producían cápsula mezcladas con bacterias muertas que si
producían cápsula. Lo que hacia es aislar el ADN de las bacterias que si producían cápsula,
y ponerlo en las que no producían ADN. El ADN tiene la información para producir la
cápsula. Esta es la razón por la cual se da en la naturaleza la resistencia a antibióticos en las
bacterias.
En los años 50 se llego al descubrimiento de que el ADN consta de 2 hebras de poli-
nucleótidos complementarias y orientación antiparalelas ,que se mantiene equidistantes
para formar una doble hélice.Los nucleótidos de las hebras forman puentes de hidrógeno
entre sí.
Watson y Creek plantearon que el ADN forma una doble hélice dextrógena , donde las
bases nitrogenadas están orientadas hacia el interior de la hélice. Y como la bases quedan
una sobre las otras, se es6tablecen interacciones hidrofóbicas entre las bases contiguas, y
los puentes de hidrógeno entre las bases opuestas son las fuerzas que mantiene y estabilizan
la estructura de la doble hélice. Normalmente en condiciones fisiológicas la forma
predominante de las bases es la forma Ceto.
Entonces el ADN y su estructura es lo optimo para ser el material hereditario. Primero por
que es fácilmente replicable (dos mitades complementarias por lo que en cada hebra se
conoce la secuencia de nucleótidos), y es fácilmente reparable (muy alta por que si se daña
una hebra o nucleótidos, se lee con la otra hebra y se repara). No todo los seres vivientes
usan el ADN como material hereditario. Todos los eucariotas y procariotas usan el ADN, y
algunos virus usan el ARN.
NOTA: Hay otras estructuras conformacionales del ADN, solo las menciona ADN Z, y
ADN A.
La conformación de ADN en vivo es el B. Y se observa un surco mayor y uno
menor. Las interacciones entre proteínas y el ADN, se da por el contacto entre las primeras
y los nucleótidos accesados a través del surco mayor.
Hay conceptos que son de importancia como el de desnaturalización y
renaturalización de las proteínas. Es como abrir un zipper. Los segmentos tienden a
renaturalizarse por complementariedad de secuencias, y uno puede buscar segmentos
específicos a través de oligonucleótidos como sondas para identificar segmentos de ADN.
Es importante el concepto de gen que es una molécula de ADN que esta formada de
dos partes, una secuencia codificante que va a ser transcrita y una reguladora que determina
que tanto es transcrito. Por lo que la secuencia reguladora se conoce como promotor. Como
producto de la transcripción se va a sintetizar un ARN algunos de los cuales van a ser
ARNm. Pero no en todos los casos. Por lo que el concepto de gen CORRECTO va a ser un
segmento de ADN que codifica para un producto funcional.
El genoma es todo tanto el ADN intergénico y los genes. Y en el caso de los
eucariotas hablamos de genoma nuclear y genoma mitocondrial. Menciona que es
importante leer el artículo sobre esto en la página.
Nota: hace un desmadre a la hora de explicar esto por o que me voy a tomar la libertad de
ponérselos diferente.... cual

comparación entre la organización de los genomas en ambos tipos de organismos.

procariotas son eubacterias ,arquibacterias y Eucariotas son hongos, protozoarios,

algunas algas. animales y plantas
Menor cantidad de ADN Mayor cantidad
Generalmente una sola molécula de ADN
Cromosomas lineales
circular
Poco ADN intergénico. Alrededor del 5%. ADN intergénico 95%.
Ubicado en el núcleo, mitocondria (molécula
Ubicado en el citoplasma.
de ADN circular genoma pequeño) .
La mayor parte de las proteínas
mitocondriales están codificadas en el
No núcleo. Todo se realiza en el citoplasma.
genoma nuclear.solamente 13 proteínas estan
en el genoma mitocondrial.

En eucariotas se da un proceso en ADN durante el cual segmento del mismo son

transcrito pero no traducido. A este proceso se le conoce como editaje. Los segmentos que
son transcritos y no son traducidos se llaman Intrones y los segmentos de ADN que son
transcritos y traducidos se llaman Exones. El ADN intergénico es el que separa los genes.
La función de los intrones es desconocida. Pero su presencia le confiere una gran
versatilidad a los genes. Hay dos hipótesis con respecto a los intrones. Una dice que no
existian en la celulas ancestrales y que fueron adquiridos en la evolución, y otra que plantea
que siempre han estado ahí, y que las bacterias los utlizaron como algo ventajosos. La
mayor evidencia orienta a que son adquisición moderna de la vida. Recordar que los
intrones son ADN génico no codificante. Es una diferencia importante entre procariotas y
eucariotas. El numero de intrones es muy variable.
Es importante mencionar que los promotores en genes eucariotas pueden ser muy
grandes , hasta 5000 pares de bases. En procariotas son mas pequeños (100-500pb). Son
regiones que son reconocidas por proteínas que van a determinar si un gen se expresa o no
se expresa en un momento dado. La región promotora esta en el extremo 5´ de los genes,
esto se define así por convención. En el ARN maduro hay sitios que no son traducidas
como las colas. La mayoría de los genes eucariotas tiene intrones. Los intrones a menudo
son mas grande que los exones. Pero el tamaño y numero de intrones es muy variable.

Da como ejemplo el Factor VIII de la coagulación humana, que tiene 200 mil nucleotidos.

Les comentaba que las proteínas de multiples dominios se habian originado por
recombinacion de los genes ancestrales. Hay una relación entre un exón y un dominio. A
menudo un exón codifica para un dominio particular. Los genes por lo tanto tienen
ancestros comunes, y a la vez puede haber ocurrido recombinación y al mismo tiempo un
gen muy parecido pero no igual. Ese barajamiento ha producido que las proteinas se hagan
mas complicadas o especificas. Esto referido a usos mas “elevados evolutivamente”. Los
genes de los genomas se han originado en este proceso.
El genoma humano son 3.2 x109 pares de bases. Mas de 150 textos del tamaño de
directorios telefónicos. Los genes son aproximadamente el 3% del genoma. En promedio
tiene de 5 o 6 exones cada gen. Y un tamaño de 8000 pares de bases. El tamaño de los
genes es muy variable. De los genes un 50 % son conocidos como elementos
transponibles. Se le llama también genes saltarines. El genoma no es estático. Eso da
variabilidad. Hay regiones ricas en genes que están separadas por grandes regiones de ADN
intergénico. La densidad es variable. 35 000 genes. Mucho son homólogos con genes
bacterianos. No todas las proteínas tiene intrones, un ejemplo de ellos son las histonas. El
14 % del genoma es el encargado de la expresión génica. Un 20 % son enzimas. Muchos de
lo genes son receptores o participan en procesos de transducción de señal. Proteínas
estructurales y hay otras sin clasificar.
Un 21% de las proteínas del genoma humano se consideran proteínas conservadas
por que están presentes en bacterias y otros organismos. Un 30 % solo se comparten con
eucariotas. Un 25% solamente solo en vertebrados.
Menciona que en el genoma hay algunos genes que están en copias únicas, y hay otros que
son varias copias. Existen Pseudogenes que son copias como las que mencionamos, muy
similares a su versión funcional predecesora y que sufren algún cambio y no son viables
para producir un producto funcional.
Con respecto alo genes que codifican para ARN están los genes para cada tipo de ARN.
Hay algunos que están en múltiples copias. Como los que codifican para los ARN
ribosomales.
Dentro de ADN intergénico se encuentran regiones muy repetidas, estas regiones se
clasifican en dos categorías ADN moderadamente repetido y ADN altamente repetido. En
el moderadamente repetido tenemos ADN funcional que incluye las familias génicas y
mucho sin función conocida. Hay ADN altamente repetido tiene secuencias de 15 a 300
pares de bases, sin función aparente. Esto le confieren patrones individuales a los
individuos. Se le considera como las huellas dactilares genéticas. Hay segmentos que están
asociados a las transposiciones, con enzimas asociadas.

Es importante conocer la organización del núcleo. Es un compartimento delimitado por una

envoltura nuclear que tiene poros. Esta envoltura cambia durante el ciclo. Cada
cromosomas es una molécula de ADN. Una célula mide de 15 a 20 micrómetros. El núcleo
mide de 5 a 10 micrómetros y adentro 46 moléculas de ADN cada una de 1 a 2 cm. Deben
estar muy bien empacados. Estan condensados al máximo. Cuando se dividen el sitio donde
está unidas las 2 cromátides hermanas es el centrómero y los lados se conocen como
telomeros. El ADN no esta solo esta asociado a proteínas pequeñas, conocidas como
histonas. El nucleosoma es 4 tipos de histonas (H2a,H2b, H3,H4) dos de cada una y
forman un “barril octamérico” alrededor del cual se una el ADN dando dos vueltas.
Tambien existe un histona H1, que sirve como un tapón que une al ADN con las histonas.
Los nucleosomas se acomodan formando una fibra de cromatina secundaria que esta
formada por un grupo de nucleosomas. Hay histonas involucradas. (ver las fotos a
microscopio electronico). Luego se forman asas y bucles. Se compacta y se hace como 10
mil veces mas corto. Las histonas son proteínas exclusivas de eucariotas. Los genes de las
histonas se encuentran en multiples copias. No tienen intrones y los genes de las histonas
tiene una secuencia muy conservada entre los diferentes eucariotas. Cumplen una funcion
muy critica. Hacen contacto en toda su superficie con ADN, y otras histonas. Si ocurrieran
mutaciones en esos genes, van a dar como consecuencia la no viabilidad de la célula. Son
genes muy conservados la secuencias de los genes. Sufren modificaciones post-
traduccionales muy importantes para su función. Pueden ser fosforiladas, acetiladas, ello
por que son proteínas básicas. Compuestas por aminoácidos básicos por lo que tiene cargas
positivas. Los ácidos nucleicos están cargados negativamente. Muchas interacciones son de
carácter electroestáticas. La eliminación de la carga puede alterar la función de las histonas.
Las histonas son proteínas que están sujetas a muchas modificaciones post-traduccionales
que afectan su interacción con el ADN. Lo cual puede alterar la expresión génica. De esta
manera se induce la expresión de ciertos genes.
Se conoce hace muy poco que los cromosomas están ubicados en posiciones
particulares no en cualquier lugar.
Repaso de conceptos:

Las proteínas desde el punto de vista estructural se pueden transformar en familias,

todas las proteínas de una misma familia comparten por lo menos un mismo dominio y
tienen, ancestros comunes. Las primeras células ancestrales eran simples con un número
modesto de proteínas y con muchas proteínas de un solo dominio, sin embargo los genes
han sufrido múltiples duplicaciones a lo largo de la evolución. Cuando el genoma se
duplica siempre hay errores y después de múltiples duplicaciones hay cambios en el
genoma y uno de los cambios que más ocurre es la duplicación de los genes entonces,
genes que codifican para una proteína se duplican en el proceso de la duplicación del
material genético, entonces se estima que de los 1000 genes que tenían las células
ancestrales, a partir de estos genes se generaron proteínas con múltiples dominios.

Las proteínas de la misma familia se dice que son homologas y provienen de un

ancestro común, y tienen una estructura tridimensional similar y pueden tener funciones
similares o relacionas.

El sitio activo de las proteínas es el sitio relacionado directamente con una función,
son sitios de interacción e involucran los “motiffs”.

La desnaturalización proteica es la perdida total o parcial de la estructura

conformacional y usualmente lleva a la perdida de la actividad biológica, porque se
desacomoda el sitio activo y ya no puede hacer contacto con su ligando. La
desnaturalización puede ocurrir por un aumento en la temperatura, cambios pH ya que
cambia la carga, agentes reductores que actúan sobre puentes disulfuro. La
desnaturalización puede ser reversible o irreversible dependiendo del agente
desnaturalizante. La renaturalización o agregación (precipitación) de una proteína depende
de la temperatura y concentración. Dentro de la célula las chaperonas se encargan de evitar
la agregación y facilitan plegamiento de las proteínas.

Otro concepto sobre las proteínas presente en el Leningher es con respecto a la

relación entre estructura cuaternaria y regulación de la función de las proteínas, ejemplo:
mioglobina y hemoglobina que poseen un grupo Hemo. La mioglobina es una proteína que
almacena oxigeno en el músculo, es de un solo dominio tipoα. La hemoglobina es un
heterotetramero que consta de dos tipos de subunidades 2α y 2β cada una de estas es una
homo proteína que se parece a la mioglobina. Sin embargo sus funciones son distintas ya
que la afinidad del oxigeno de la mioglobina es mayor que la de la hemoglobina y la
afinidad de la hemoglobina varia del ambiente en que se encuentra y funciona como un
transportador porque lo une en altas concentraciones de O2 y lo suelta donde se requiera.

También otro concepto importante es de modificaciones post – traduccionales,

(traducción significa síntesis de proteínas), entre los cambios reversibles tenemos la
formación puentes de disulfuro, la unión de cofactores, unión de grupos prostéticos, la
glicosilación de las proteínas, que ocurren en el aparato de Golgi o en el RE y terminan en
el aparato de Golgi, esto ocurre en las proteínas de la vía secretoria, la fosforilacion que es
la adición de grupos fosfato, en los residuos de aa. Que tienen grupos hidroxilo que son
serina, treonina y tirosina o sea estos tres aa, son fosforilables. Un grupo fosfato tiene una
carga negativa y cuando estos aa. se fosforilan se forma un grupo ester entre el hidroxilo y
el fosfato, en un enlace covalente. Entonces el grupo R de S, T y Y adquiere una carga
negativa lo que implica que la estructura sufre un cambio dramatico, y es un mecanismo de
regulación muy común. La fosforilacion es catalizada enzimaticamente por unas enzimas
que se llaman protein-kinasas, y las enzimas que desfoforilan son las protein-fosfatasas.

Otro modificación post-traduccional reversible es la acetilación, que es el la adición

de grupos acetilo que es catalizados por acetilasas que es revertido por acción de las
desacetilasas y ocurre en residuos de lisina. La lisina es un aminoácido básico, ya que,
tienen un grupo amino en el grupo R que esta cargado positivamente a pH fisiológico al
acetilarse la lisina pasa a formar un grupo amida con el grupo acetilo, entonces la
acetilación implica un cambio en la carga del grupo R porque se pierda la carga positiva al
acetilarse el grupo amino de la lisina, lo que puede implicar cambios conformacionales
importantes, por lo que es un mecanismo de regulación muy importante para el control de
la expresión de los genes al acetilar unas proteínas llamadas histonas.

Otras modificaciones post-traduccionales son irreversibles que son aquellas

modificaciones que ocurren en las proteínas después de que han sido sintetizadas y que
implican la síntesis o ruptura de enlaces covalentes. La proteólisis parcial o limitada
implica la ruptura del enlace peptídico. Las proteínas pueden sufrir activación por medio de
esta proteólisis, como por ejemplo las proteínas de la cascada de la coagulación que se
encuentran inactivas en la circulación y se activan cuando hay daño al endotelio por medio
de proteólisis, igualmente las proteínas del complemento, también la caspasas usadas en la
apóptosis. Generalmente las proteínas reguladas de esta manera participan en funciones de
alto riesgo.

Otra modificación post-traduccional irreversible es la ubiquitinación de las

proteínas, que ocurre para eliminar proteínas dañadas, es decir la ubiquitinación es la
etiqueta para que las proteínas dañadas sean eliminadas por las proteasas, la ubiquitina se
une covalentemente a las proteínas en residuos de lisina.

La hidroxilación de las lisinas y de las prolinas también es una modificación

irreversible.
 El último concepto es la flexibilidad de la estructura tridimensional de las proteínas
y muchas tienen diferentes conformaciones de acuerdo a la modificación sufrida, esa
flexibilidad es importante para que lleve a cabo su función. Un uso farmacológico es en el
caso del virus del HIV donde drogas impiden el cambio conformacional de una proteasa
impidiendo que lleve a cabo su función.

Si se regula la estructura conformacional de la proteína se regula su función, como

por ejemplo en el caso de las enzimas donde un cambio conformacional puede llevar a que
se afecte la interacción con el sustrato.