Universidad Central de Venezuela Facultad de Medicina Escuela Luis Razetti Ctedra de Bioqumica

TEMA 2 ESTRUCTURA Y FUNCIN DE LAS PROTENAS Mdulo I: Estructura y Funcin de los aminocidos

Noviembre, 2009

2 Objetivos generales del Tema 2 Describir la estructura de las protenas y sus aminocidos constituyentes Explicar con ejemplos la relacin que existe entre la estructura de las protenas y la funcin biolgica que desempean. Explicar las propiedades cido-base de los aminocidos y las protenas. Describir los mtodos de separacin de protenas.

Estructura y propiedades de los aminocidos Objetivos 1) Reconocer la frmula general de los aminocidos 2) Describir las caractersticas de los tipos de cadena lateral de los aminocidos 3) Clasificar los aminocidos segn las caractersticas de su cadena lateral 4) Describir las propiedades cido-base de los aminocidos. 5) Definir punto isoelctrico (pI) de los aminocidos. 6) Representar la curva de titulacin de los aminocidos Contenidos Carbono alfa, grupo amino, grupo carboxilo y cadena lateral (R) Cadenas alifticas, aromticas, cidas y bsicas Polaridad, carga elctrica, grupos aromticos, propiedades cido-base Ionizacin de los grupos alfa amino, alfa carboxilo y cadenas laterales Carga del aminocido Representacin de pH versus equivalentes de base aadidos a soluciones de aminocidos monoamino-monocarboxlico, aminocidos diamino-monocarboxlico y aminocidos monoamino-dicarboxlico. Identificacin de pKs y pI Ionizacin de los grupos alfa amino, alfa carboxilo y cadenas laterales a la concentracin de H+ Suma algebraica de cargas de los grupos alfa amino, alfa carboxilo y cadenas laterales

7) Interpretar la curva de titulacin de los aminocidos 8) Representar las formas inicas de los aminocidos a diferentes pH 9) Calcular la carga neta de los aminocidos a diferentes pH y el punto isoelctrico

Actividad de Aprendizaje

3 Asiste a las clases tericas del tema. Consulta alguno de los siguientes libros: Champe, P., Harvey, R. y Ferrier, D. (2005) Bioqumica. 3ra ed. Mxico: Editorial Mc Graw Hill. Devlin, Thomas. (2004). Bioqumica. Libro de texto con aplicaciones clnicas. 4ta ed. Editorial Revert S.A. Mathews-Van Holde-Ahern. (2003). Bioqumica. 3ra ed. Editorial Addison Wesley. McKee, T. y McKee, J.R (2009) Bioqumica. 4ta ed. Madrid: Editorial Mc Graw Hill. Murray, R.; Bender, D.; Botham, K.; Kennelly, P. Rodwell, V. y Weil, P. (2010) HARPER, Bioqumica ilustrada. 28o ed. Mxico: McGraw Hill. Nelson, D. y Cox, M. (2005). Lehninger. Principios de Bioqumica. 4ta ed. Editorial Omega. Smith, C.; Marks, A. y Lieberman, M. (2006). Bioqumica bsica de Marks. Un enfoque clnico. 2da ed. McGraw Hill-Interamericana. Voet, D.; Voet, J. y Pratt, C. (2007). Fundamentos de Bioqumica. La vida a nivel molecular. 2da ed. Editorial Mdica Panamericana. Puedes utilizar cualquier libro de Bioqumica ya que ste tema se encuentra en todos ellos.

Actividad de Prctica Realiza la prctica del mdulo I: Titulacin de Aminocidos. Realiza los siguientes ejercicios de prctica. 1. Partiendo de la frmula general de los aminocidos: 1.1 Identifica los grupos ionizables Trata cada uno por separado: R-NH3+y R-COOH. En este caso R es todo el resto del aminocido.

4 1.1 Escribe la reaccin de ionizacin del R-NH3+: R-NH3+ +

1.2 Cul es la base conjugada y la forma cida sin disociar? 1.3 Qu sucede si aumenta la concentracin de H+? 1.4 Qu sucede si disminuye la concentracin de H+? 1.5 Escriba la reaccin de ionizacin del R-COOH R-COOH +

1.6 . Cul es la base conjugada y la forma cida sin disociar?. 1.7. Qu sucede a este grupo si aumenta la concentracin de H+? 1.8. Qu sucede a este grupo si disminuye la concentracin de H+? 1.9. Escribe la ecuacin de Henderson-Hsselbalch Sustituye en la ecuacin de Henderson-Hsselbalch las formas de base conjugada (aceptora de protones) y de cido sin disociar (donadora de protones) para cada uno de los grupos ionizables. Cada uno de estos grupos ionizables tiene un respectivo valor de pK en cada aminocido. Todos los grupos R-COOH en los aminocidos tienen valores semejantes entre s (cercanos a 2) e igualmente ocurre con los grupos R-NH3+ (cercanos a 9). Recuerde que la ionizacin de un grupo comienza aproximadamente a un valor pH cercano a 2 unidades de por debajo de su pK y alcanza un 100% de ionizacin aproximadamente a 2 unidades de pH por encima de su pK. 1.10. Cul es el porcentaje de ionizacin del grupo R-NH3+, a un pH igual a su pK? 1.11 Cul es el porcentaje de ionizacin del grupo R-COOH, a un pH igual a su pK? 2. Ahora trabajemos con ambos grupos ionizables presentes en la misma molcula, por ejemplo la glicina: pK1= 2,35 pK2= 9,78

5 2.1 Escribe la estructura inica en la cual se encuentra la glicina en una solucin de pH muy bajo. La concentracin de H+ es muy alta. Ambos grupos estn "protonados". Fjate que en este caso el grupo -NH3+ se encuentra con una carga positiva, que es su forma "protonada", pero la forma "protonada" del grupo -COOH no tiene carga. Entonces cada molcula de glicina tiene carga neta +1 y el conjunto de todas las que se encuentren en una solucin a pH muy bajo, tiene la misma carga. Si se comienza a agregar una base como NaOH, la cual es una base fuerte que se disocia completamente segn la reaccin: NaOH Na+ + OH-

Los grupos OH- se comienzan a unir con los H+ y forman agua: NaOH Na+ + OH- + H+ HOH El efecto neto que produce esto es una diminucin de la concentracin de H +, lo cual provocar que el grupo -COOH comience a perder protones porque es un cido ms fuerte (aunque de todas maneras dbil) que el grupo -NH 3+. Recuerda que el grupo -COOH tiene un pK menor que el grupo -NH3+. A medida que el pH aumenta, tambin aumenta la disociacin del grupo -COOH. 2.2. Representa las formas inicas del aminocido glicina a un pH igual al pK del grupo carboxilo. 2.3 Cul es la carga neta que tendrn de las molculas de glicina?. 2.4 Si aumenta mas el pH, llega el momento en el cual todos los grupos carboxilos estarn disociados (habrn perdido un protn cada uno). Dibuja la forma inica molecular en la cual se encuentra la glicina a un pH 7, el cual es aproximadamente intermedio entre los valores de pK de los grupos carboxilo y amino. 2.5 Cul es la carga neta que a este pH tendrn las molculas de glicina?. 2.6 Cuando el pH llegue a estar aproximadamente a 2 unidades por debajo del pK del grupo amino, comienza su disociacin. Dibuje las formas inicas de la glicina a un pH igual al pK del grupo amino. Recuerda que a este pH ya todo el grupo carboxilo se encuentra disociado: 2.7 Cul es la carga neta que a este pH tendrn molculas de glicina?. 2.8 Dibuja la forma inica de la glicina a un pH 12: 2.9 Cul es la carga neta que a este pH tendrn las molculas de glicina?.

6 El punto isoelctrico es un valor de pH al cual el aminocido no tiene carga neta. Este valor se puede calcular. Para el caso de la glicina, y de los otros aminocidos que tienen un grupo amino y uno carboxlico, es igual a la semisuma de los pK de ambos grupos.

Debes poder dibujar las formas moleculares a pH muy bajo, muy alto, igual a cada uno de los pK y al punto isoelctrico del aminocido. Es fcil si comprende lo que esta pasando. 3. Ahora consideremos un aminocido con un grupo disociable extra en la cadena lateral o R. Por ejemplo uno que tenga un grupo carboxilo extra en la cadena lateral, como el cido glutmico: pK1= 2,19 pKR= 4,28 pK2= 9,66

El cual, para simplificar vamos a representar as, solo tomando en cuenta los grupos disociables:

Al agregar base (OH) a la solucin, se ir disociando paulatinamente, comenzando por el grupo que tiene el pK mas bajo. Es decir el cido ms fuerte (aunque todava dbil), el que tiene menos afinidad por los protones que es la razn por la cual se comienza a disociar primero. 3.1 Dibuja la forma inica en la cual se encuentra el cido glutmico a pH 1: 3.2 Dibuja las formas inicas a un pH igual al pK1 y calcule la carga neta. 3.3 Dibuja las formas inicas a un pH igual al pKR y calcule la carga neta. 3.4 Dibuja las formas inicas a un pH igual al pK2 y calcule la carga neta. 3.5 Identifique un intervalo de pH al cual el glutamato no tenga carga neta. 3.6 Los dos pK ms cercanos al punto en el cual el aminocido no tiene carga son los que se tomarn en cuenta para calcular el pI. Calclelo.

7 4. Ahora consideremos un aminocido con un grupo amino extra en la cadena lateral: la arginina pK1= 2,17 pK2= 9,04 pKR= 12,48 El cual vamos a representar as, tomando en cuenta solo los grupos disociables: Al agregar una base (OH), se ir disociando paulatinamente, comenzando por el grupo que tiene el pK mas bajo. Es decir el cido ms fuerte (aunque todava dbil), el que tiene menos afinidad por los protones que es la razn por la cual se comienza a disociar primero. 4.1Dibuja la forma en la cual se encuentra la arginina a pH 1: 4.2 Dibuja las formas a pH igual al pK1 y calcula la carga neta. 4.3 Dibuja las formas a pH igual al pK2 y calcula la carga neta. 4.4 Dibuja las formas a pH igual al pKR y calcula la carga neta. 4.5 Identifique un intervalo de pH al cual la arginina no tenga carga neta. 4.6 Los dos pK ms cercanos al punto en el cual el aa no tiene carga son los que se tomarn en cuenta para calcular el pI. Calclalo. El clculo de la carga neta que tienen los aminocidos a un determinado pH, permite predecir hacia cul de los polos migrar si son colocados en un campo elctrico. Igualmente permite predecir si sern retenidos o no en una resina de intercambio inico.

VALORES DE pK ALGUNOS AMINOCIDOS Aminocido Acido asprtico Acido glutmico Alanina Arginina Glicina Histidina Leucina Lisina Serina pK1 COOH 2,09 2,19 2,34 2,17 2,34 1,87 2,36 2,17 2,21 pK2 -NH3+ 9,82 9,67 9,69 9,04 9,6 9,17 9,60 9,04 9,15 pKR 3,86 4,25 12,48 6,0 12,48

5. Identifica las cadenas laterales de los aminocidos que pueden interactuar con el agua (polares). Dibuja algunas de esas interacciones. 6. Identifica las cadenas laterales de los aminocidos que no pueden interactuar con el agua (no polares).

7. Cul o cules de las siguientes formas inicas de la alanina no pueden existir?

8. En los siguientes dibujos hay 8 errores. Encuntrelos:

9. Dibuja la curva de titulacin aproximada de los aminocidos cido asprtico y tirosina. Indique en la grfica los puntos isoelctricos. 10. Indica la carga neta (positiva, negativa o neutra) de los aminocidos glicina, cido asprtico, lisina e histidina a: pH=1; pH=2,1; pH=4; pH=10. 11. Indica los valores de pI para los aminocidos Glicina, Alanina, Serina, Treonina y Acido Glutmico a partir de sus valores de pKa. 12. Se tiene una mezcla de los aminocidos lisina e histidina:

9 a. Cmo podra separarlos mediante una cromatografa de intercambio inico en una columna cargada con una resina intercambiadora de cationes?

13. Mediante una electroforesis sobre papel se ha separado una mezcla de serina, cido asprtico y lisina. Una de dichas separaciones se realiz a pH 1 y la otra a pH 12. A continuacin se muestran los resultados: A qu pH se llevo a cabo cada electroforesis? Representa la forma inica predominante de los aminocidos presente en cada electroforesis Representa mediante un esquema el resultado de la electroforesis si sta se hubiera realizado a pH 7.

14. El siguiente grfico muestra la curva de titulacin de un aminocido: a) Representa las formas inicas predominantes en los puntos A, B, C y D. b) Cul es el rango de pH en que el aminocido presenta carga neta negativa y capacidad buffer? c) Cul es la forma inica comn presente en los puntos B y C?. Explique d) Calcula su pI.

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Investiga en lnea
Pgina donde se pueden ver las curvas de titulacin de todos los aminocidos: http://cti.itc.virginia.edu/~cmg/Demo/markPka/markPkaApplet.html Pgina en espaol con una excelente animacin de la ionizacin de los aminocidos: http://av.bmbq.uma.es/av_biomo/Mat2c.html