Gntique humaine

M. Jean-Louis Mandel, membre de linstitut (Acadmie des Sciences), professeur

Enseignement Une srie de 5 cours a t donne au Collge en mars 2008 sur un thme de trs grande actualit : volution du gnome humain et gnes soumis slection positive . Des variations gntiques apparaissent chaque gnration et la plupart disparaissent ou restent extrmement rares, mais certaines vont augmenter de frquence, jusqu la fixation ventuelle dans certaines populations, sous leffet de la drive gntique et de pression de slection ngative (pour les variants dltres) ou positive (pour les variants ayant une valeur adaptative). Depuis plus de 50 ans, ces phnomnes ont t tudi chez lhomme pour des protines puis pour des gnes candidats montrant des proprits particulires : polymorphisme important (gnes HLA) ou montrant une grande variation de frquence dans diverses populations (et il faut rappeler videmment les travaux des professeurs au Collge de France, Jacques Ruffi et Jean Dausset). Depuis une dizaine dannes, on constate une explosion des connaissances, grce au squenage du gnome humain et de certains primates (chimpanz en 2005, macaque rhsus en 2007) et ltude systmatique du polymorphisme du gnome humain (projet HapMap, caractrisant en 2007 plus de 3 millions de Single Nucleotide Polymorphisms et leur organisation en haplotypes dans 4 populations humaines), et aux spectaculaires dveloppements technologiques qui sous-tendent ces grands projets, et qui permettent des tudes cibles sur des gnes et des populations particulires. Le squenage en cours du gnome dhomme de Nandertal va apporter galement des donnes prcieuses. Cette srie de cours a prsent les approches mthodologiques utilises pour identifier des gnes soumis slection positive, et discut certains des rsultats les plus marquants obtenus dans les dernires annes, en soulignant dans certains cas les controverses quant leur interprtation.

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Le premier cours a prsent lorganisation en haplotypes des polymorphismes du gnome et son interprtation, et les types de mesures permettant destimer, pour diffrentes chelles de temps depuis la sparation de lanctre commun au chimpanz et lhomme, la probabilit dune slection positive dans une rgion du gnome : proportion de changements fonctionnels (affectant la squence protique) au cours de lvolution des primates, distribution des frquences de polymorphismes, et notamment des allles drivs (ceux qui ne correspondent pas la squence dduite de lanctre commun des hominids et du chimpanz), et enfin, pour lanalyse des volutions plus rcentes, diffrences de frquence alllique entre populations et longueur des haplotypes communs (cf. Sabeti et al., Science 2006 ; Nielsen et al., Nat. Rev. Genet. 2007). Les exemples classiques (tudis au cours des 50 dernires annes) de slection dans les rgions dendmie paludenne de mutations affectant les gnes globine et responsables dhmoglobinopathies (anmie falciforme, thalassmies) ou la glucose 6 phosphate deshydrognase (G6PD), illustrent le fait que selon les cas, un mme variant peut confrer un avantage slectif ou tre au contraire dltre. Lanalyse approfondie des haplotypes permet maintenant destimer lge de ces variants. Un cours a t consacr aux dcouvertes rcentes concernant des gnes et leurs variants associs aux diffrences de couleurs de peau, dyeux ou de cheveux. La dcouverte du rle du gne SLC24A5 dans la pigmentation de la peau humaine est particulirement frappante, car dbutant par lanalyse dun mutant classique de pigmentation dans le poisson zbre (le mutant golden), puis lidentification dun homologue humain du gne, dfinissant une grande rgion de trs faible diversit gntique dans la population europenne, et la prsence dune mutation inactivant ce gne dans cette population (Lamason et al., 2005). Lhypothse gnralement admise est celle de la balance entre la protection contre leffet mutagnique des UV dans des rgions trs ensoleilles, favorisant une peau fonce, et le rle des UV dans la transformation de la vitamine D (antirachitique), favorisant une peau claire dans des rgions peu ensoleilles. Des tudes ultrieures ont montr limplication dun gne similaire (SLC45A2) dans le mme phnotype. Rcemment, il a t montr quune combinatoire de polymorphismes dans 6 gnes est associe aux variations de pigmentation de la peau, des yeux et des cheveux, sans permettre une prdiction individuelle exacte de ces phnotypes (Sulem et al., 2007). Le gne EDAR (rcepteur de lectodysplasine) impliqu dans le dveloppement de la peau, des cheveux et des glandes sudoripares, montre galement des caractristiques indiquant une slection positive dans certaines populations. Un cours a t consacr ladaptation gntique aux conditions alimentaires dans les populations humaines. On observe une forte slection de variants non codants modifiant la rgulation de lexpression de la lactase dans la population europenne, mais aussi dans dautres populations pratiquant une agriculture pastorale, o le lait est devenu un apport alimentaire important (la slection de variants diffrents est une exemple de convergence volutive). Pour lamylase (implique dans la digestibilit de lamidon), cest la variation du nombre de copies

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du gne qui parat confrer une avantage slectif. Enfin, les tudes rcentes de polymorphismes prdisposant au diabte de type 2 (Sladek et al., 2007) sont en faveur de la thrifty gene hypothesis qui propose que des variants permettant de limiter la dpense nergtique dans des priodes de restriction alimentaire ont t slectionns, et prdisposent aux maladies mtaboliques (diabte, obsit) dans le mode de vie actuel. Un autre cours a t consacr aux tudes, aux interprtations parfois controverses, impliquant des phnomnes de slection dans lvolution des fonctions cognitives pour les gnes FOXP2 (dans lvolution du langage) et les gnes ASPM et MCPH1, dont des mutations rares sont associes des microcphalies monogniques. Il est intressant de noter que des tudes impliquent galement le gne FOXP2 dans la vocalisation ultrasonique chez les souris, et dans lapprentissage de chants doiseau (modle du mandarin, ou zebra finch). Les approches systmatiques de recherche de rgions soumises slection positive sur lensemble du gnome ont t prsentes et leurs limitations discutes (cf. Sabeti et al., Nature 2007, et Barreiro et al., de lquipe de L. Quintana-Murci, Nature Genet. 2008). Le dernier cours a port sur lapparition ou la disparition de gnes au cours de lvolution des grands primates. Ainsi, lapparition de la vision trichromate apparat corrle la perte de nombreux gnes de rcepteurs olfactifs ou de lorgane vomronasal (gne TRPC2). La datation de linactivation dans lvolution humaine dun gne myosine (MYH16) dont lexpression est spcifique de muscles masticatoires, et du rle de cet vnement dans la gracilisation de la mchoire des hominids et dans le dveloppement de lencphale, sont trs controverss (Stedman et al., 2004, McCollum et al., 2006), illustrant les difficults de ces approches. Un cours au Collge et une confrence lUniversit et CHU Bordeaux 2 ont port sur : Myopathies centronuclaires: un lien inattendu entre phosphoinositides et des protines impliques dans le remodelage membranaire (dynamine 2, amphiphysine) (cf. ci-dessous, rapport sur les travaux de recherche). Un cours (4 h) sur la gntique des maladies communes (multifactorielles) a t donn lUniversit de Strasbourg, et une confrence lUniversit Victor Segalen Bordeaux 2 sur Maladies monogniques, du gne aux malades et aux familles . Un colloque intitul Actualits dans le domaine des maladies monogniques : mcanismes physiopathologiques, approches thrapeutiques a t organis dans le cadre des enseignements de la chaire les 15 et 16 avril 2008, lamphithtre Guillaume Bud. Ce colloque soutenu par lAssociation Franaise contre les Myopathies, qui a fait galement partie de lenseignement national pour les internes de la spcialit de gntique mdicale, a t suivi par un public nombreux et attentif. Son programme a montr, au travers de 20 confrences, comment ltude des mcanismes physiopathologiques de maladies monogniques a permis de proposer et dvelopper des stratgies thrapeutiques, allant dans plusieurs cas discuts au cours du colloque jusqu des essais cliniques. Les exposs ont galement illustr la diversit des modles exprimentaux utiliss : modles cellulaires, modles de souris

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gntiquement modifies reproduisant les mutations observes chez lhomme, mais aussi utilisation dorganismes tels que le nmatode C. elegans et la drosophile, permettant des cribles gntiques (pour la recherche de gnes pouvant modifier le phnotype) ou pharmacologiques. Les aspects prcliniques dtudes physiopathologiques et de cibles thrapeutiques potentielles ont t abords notamment pour le syndrome de retard mental avec X fragile (modles drosophile et souris ayant abouti lidentification de rcepteurs au glutamate mGluR comme cible thrapeutique ; J.-L. Mandel, IGBMC, Illkirch/Strasbourg), la myopathie de Duchenne (modles nmatode et souris, Laurent Segalat, CGMC CNRS, Lyon/ Villeurbanne), lataxie de Friedreich (modles souris, Hlne Puccio, IGBMC Illkirch/Strasbourg), les myopathies dues un dficit en alpha-sarcoglycane (modle souris, Isabelle Richard CNRS/Gnthon, Evry), et le syndrome CADASIL de dmence vasculaire impliquant le gne NOTCH3 (modle souris, Anne Joutel, INSERM/Paris 7). Le passage de ltude physiopathologique des essais cliniques en cours a t illustr par 1) Bart Loeys (Universit de Gand), pour le syndrome de Marfan impliquant la voie de signalisation du TGF, avec des rsultats prometteurs dutilisation dune thrapie pharmacologique (losartan) ; 2) Frdric Becq (CNRS, Universit de Poitiers) et Olivier Morand (Actelion Pharmaceuticals, Suisse), pour la proposition, partir de ltude de modles cellulaires, de lutilisation dune molcule, le miglustat (utilis dans le traitement de la maladie de Gaucher), pour un traitement spcifique des patients atteints de mucoviscidose et porteurs de la mutation la plus frquente, F508 ; 3) Jean Bastin (CNRS/Necker-Enfants Malades) pour la correction de dficits gntiques du mtabolisme oxydatif mitochondrial par le bzafibrate ; 4) Nicolas Lvy (INSERM/CHU Timone Marseille), qui partir de modles cellulaires et de souris a propos lutilisation dun traitement combin par statines et aminobiphosphonates pour inhiber la prnylation des formes tronques de prlamine 1 responsables de la progeria, une maladie exceptionnellement rare entranant un vieillissement acclr ; 5) Arnold Munnich (INSERM/Universit Descartes) qui a dcrit un premier essai clinique dun chlateur du fer dans lataxie de Friedreich. Thomas Voit (Institut de Myologie, Paris) a prsent les proprits dune molcule (PTC124) permettant un readthrough traductionnel de mutations non-sens, mutations retrouves frquemment dans de trs nombreuses maladies gntiques, et les stratgies dessais cliniques chez des patients atteints de mucoviscidose ou de myopathie de Duchenne et porteurs de telles mutations. Des approches de thrapie gnique ont t prsentes : 1) pour la myopathie de Duchenne avec la stratgie de saut dexon pour rtablir une phase de lecture dans lARN messager dystrophine, par Gert-Jan Van Ommen (Center for Human Genetics, Leiden), qui dveloppe une stratgie par oligonuclotides anti-sens, qui a fait lobjet dune premire tude clinique avec des rsultats biologiques encourageants ; et Luis Garcia (Institut de Myologie, INSERM), qui utilise un vecteur viral (AAV), et galement la correction de cellules souches ; 2) pour ladrnoleucodystrophie, une maladie dmyelinisante gravissime, par Nathalie Cartier (INSERM/Hpital SaintVincent-de-Paul) qui dveloppe avec Patrick Aubourg la thrapie gnique utilisant un vecteur lentiviral, et qui a prsent les premires donnes de lessai clinique en

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cours, le premier pour ce type de vecteur. Alain Fischer (INSERM/Hpital Necker Enfants Malades), pionnier dans le domaine de la thrapie gnique, a bross un tableau des dficits immunitaires monogniques, et montr comment la comprhension des mcanismes permet de dfinir des approches thrapeutiques rationnelles par supplmentation des molcules dficientes, immunomodulation par des cytokines, thrapie cellulaire ou gnique. Philippe Coubes (Centre Gui de Chauliac/CNRS/INSERM Montpellier) a montr de manire spectaculaire comment, grce aux progrs dans le domaine des neurosciences, des approches neurochirurgicales de neuromodulation lectrique du cerveau permettent dobtenir des rsultats thrapeutiques importants dans des maladies gntiques du tonus (dystonie) ou du mouvement (dyskinsie). Des aspects plus gnraux de la problmatique du dveloppement thrapeutique pour les maladies rares que sont les maladies monogniques ont t prsents par Philippe Moullier (INSERM et CHU Nantes, et College of Medicine, Gainesville FL USA) : Etudes prcliniques en thrapie gnique ; Sgolne Aym (Orphanet, INSERM SC11, Paris) : Des thrapies pour les maladies gntiques, succs et revers du rglement sur les mdicaments orphelins ; Bernard Barataud (Gnthon, Evry) : Gnthon, de la cartographie du gnome lAutorisation de Mise sur le March : le chemin du mdicament. Enfin, une douzaine de communications par affiche sur les thmes du colloque ont t prsentes par de jeunes chercheurs, qui ont fait lobjet de discussions animes. Recherche Le groupe de recherche en gntique humaine fait partie du dpartement de Neurobiologie et Gntique de lIGBMC (Institut de Gntique et Biologie Molculaire et Cellulaire, UMR 7104 du CNRS, Unit Inserm U596 et Universit Louis Pasteur de Strasbourg). Il se consacre essentiellement ltude des mcanismes gntiques et physiopathologiques de maladies monogniques neurologiques ou musculaires. Des aspects de recherche clinique sont galement dvelopps dans le laboratoire hospitalier de diagnostic gntique du CHU de Strasbourg, dirig par J.-L. Mandel. Jean-Louis Mandel a t nomm en juin 2008 directeur de lInstitut Clinique de la Souris (ICS), une trs importante plateforme technologique associe lIGBMC et implique dans la cration et le phnotypage de souris gntiquement modifies. Jean-Louis Mandel est plus particulirement impliqu dans les thmatiques suivantes : 1) Syndrome de retard mental avec chromosome X fragile et fonction de la protine FMRP (avec Herv Moine, CR1 CNRS). 2) Myopathies myotubulaire et centronuclaires et analyse fonctionnelle dune nouvelle famille de phosphoinositides phosphatases : les myotubularines (quipe codirige avec Jocelyn Laporte, promu DR2 INSERM en 2007, et labellise quipe FRM 2007). Jocelyn Laporte a t galement laurat dun Prix du comit Alsace de la Fondation pour la Recherche Mdicale.

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3) En collaboration avec le Pr Hlne Dollfus (EA3949 et Equipe AVENIR/ INSERM ; Facult de Mdecine de Strasbourg), nous menons une tude gntique du syndrome de Bardet-Biedl. Yvon Trottier (DR2 INSERM) dirige depuis 2006 lquipe qui se consacre aux mcanismes pathogniques des maladies neurodgnratives causes par des expansions de polyglutamine, dont la maladie de Huntington et lataxie spinocrbelleuse de type 7. Lquipe dirige par Michel Knig (PU-PH) se consacre lidentification de gnes impliqus dans des formes dataxies rcessives, et aux tudes de corrlation gnotype/phnotype pour cette pathologie trs htrogne. Hlne Puccio (promue DR2 INSERM en 2007) et son quipe sintressent aux mcanismes physiopathologiques de lataxie de Friedreich. Hlne Puccio est laurate du prestigieux ERC starting grant du Conseil Europen de la Recherche pour son projet Comprendre les mcanismes molculaires impliqus dans les ataxies rcessives lies des dficits mitochondriaux : implication du mtabolisme des noyaux fer-soufre . Lquipe dAndr Hanauer (MCU) tudie les mcanismes du syndrome de Coffin-Lowry (retard mental syndromique li au chromosome X, impliquant la protine kinase Rsk2). Stanislas du Manoir (CR1 INSERM) et son quipe dveloppent des stratgies dtude des rarrangements chromosomiques (amplifications, dltions) prsents dans des tumeurs solides, dans le but notamment didentifier des oncognes impliqus dans la progression tumorale ou des marqueurs gnomiques associs au pronostic vital. 1) Syndrome de retard mental avec chromosome X fragile et fonction de la protine FMRP (thme codirig par H. Moine et J.-L. Mandel). Le syndrome X-fragile reprsente la forme la plus frquente de retard mental monognique. Ce syndrome rsulte dune expansion instable de rptitions CGG dans le gne FMR1, entranant sa rpression transcriptionnelle. FMR1 code pour la protine FMRP (Fragile X Mental Retardation Protein) qui lie des ARN messagers au sein de complexes ribonucloprotiques associs aux polysomes et joue un rle de rgulation de la traduction et/ou de transport de ces ARNm. Afin de caractriser la fonction et les mcanismes daction de cette protine, nous avons entrepris didentifier et caractriser des ARNm se liant FMRP et pouvant constituer des cibles de son action. Nous avons montr antrieurement que FMRP se lie de manire spcifique et avec une forte affinit aux ARNm contenant un motif structural de type G(uanine)-quartet (Schaeffer et al., 2001). Nous avions retrouv ce motif dans lARNm de la phosphatase PP2A et suggr un rle de FMRP dans le contrle traductionnel de cette importante protine rgulatrice (Castets et al., 2005). Nos travaux rcents suggrent que linteraction de FMRP

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avec son propre ARNm, au niveau dun G-quartet prsent dans la rgion codante (exon 15), peut moduler lpissage alternatif du gne FMR1. En effet, ce G-quartet prsente des proprits activatrices de lpissage et la liaison de FMRP avec ce motif pourrait constituer une boucle dautorgulation (Didiot et al., 2008). En collaboration avec B. Bardoni (CNRS, Nice), nous avons caractris un nouvel ARNm li par FMRP, lARNm SOD1. Lquipe de B. Bardoni a observ que lexpression de la protine superoxyde dismutase 1 code par ce gne tait diminue dans le cerveau des souris dficientes en FMRP. Nous avons montr que lARNm SOD1 ne contient pas de motif G-quartet et FMRP, en se liant un motif structur en tige-boucle prsent au niveau du site dinitiation de la traduction, stimulerait la traduction de cet ARNm (rsultats soumis). Le mcanisme daction de FMRP sur ses diffrents ARNm cibles est encore mal compris. Nous avons rcemment montr exprimentalement la prsence de motifs G-quartet et leur liaison par FMRP au niveau de la rgion 3 non traduite de deux gnes importants pour la plasticit synaptique et prcdemment proposs comme cible de FMRP (rsultats non publis). Nous avons entrepris danalyser et comparer limpact de FMRP sur le mtabolisme de ces deux ARNm en culture de neurones primaires de souris : traduction, localisation, stabilit. En collaboration avec lquipe du Dr C. Branlant (CNRS Nancy) nous avons mis en vidence une nouvelle interaction entre FMRP et le complexe SMN dassemblage de particules ribonucloprotiques du spliceosome (Piazzon et al., 2008). Le complexe SMN est dficient dans une importante pathologie du motoneurone, lamyotrophie spinale (SMA). Nous avons rcemment ranalys lassociation propose par plusieurs laboratoires entre FMRP et le complexe RISC (RNA induced silencing complex). Nous avons montr que FMRP : 1) nest pas ncessaire lactivit RISC dans les cellules, 2) prsente des proprits de localisation intracellulaire et dassociation aux polysomes distinctes de celles du complexe RISC. Nous concluons une implication de FMRP et RISC dans des voies fonctionnelles distinctes. FMRP contribuerait lefficacit de formation des granules de stress (article en prparation). 2) Myopathies myotubulaire et centronuclaires et analyse fonctionnelle de la voie des myotubularines (quipe codirige par J. Laporte et J.-L. Mandel, avec A. Buj-Bello). Les myopathies centronuclaires (CNM) regroupent des myopathies rares caractrises par une grande proportion de fibres musculaires atrophiques noyaux centraux (les noyaux tant normalement priphriques). Les CNM sont regroupes en trois classes, et nous avons particip lidentification de tous les gnes impliqus jusqu prsent. La forme lie au chromosome X, appele myopathie myotubulaire, est la plus svre et se traduit par une hypotonie gnralise qui entrane souvent la mort du patient dans la premire anne. Elle est due des mutations dans le gne

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MTM1 codant pour la myotubularine (Laporte et al., 1996), dont nous avons par la suite montr quelle dfinit une nouvelle famille de phosphoinositides phosphatases, agissant sur le PI3P et le PI3,5P2 (Blondeau et al., 2000, Laporte et al., 2003). Les formes autosomiques dominantes (ADCNM) dbutent ladolescence ou lge adulte, et sont gnralement dues des mutations de la dynamine 2, une protine implique notamment dans les mcanismes dendocytose et de trafic membranaire (Bitoun et al., 2005). Les formes infantiles autosomiques rcessives (ARCNM) sont de svrit intermdiaire et nous avons rcemment montr que certaines familles sont mutes dans le gne BIN1 codant pour lamphiphysine 2, une protine interagissant avec la dynamine (Nicot et al., 2007). Nous avons poursuivi, en collaboration avec P. Guicheney (Paris), V. Biancalana (Strasbourg) et des cliniciens, ltude des mutations dans la dynamine 2, dont certaines sont associes une forme de neuropathie priphrique de CharcotMarie-Tooth et tentons dtablir des corrlations gnotype-phnotype. Ltude dune grande famille avec myopathie centronuclaire dominante due une mutation dynamine 2 non dcrite antrieurement, a montr galement des signes de neuropathie priphrique et de dficit cognitif peu svres, suggrant un recouvrement phnotypique entre myopathie et neuropathie, et une action sur le systme nerveux central, pour certaines mutations de la dynamine 2 (EchanizLaguna et al., 2007). Nous avons poursuivi la recherche de gnes impliqus dans les myopathies centronuclaires rcessives. Les familles recrutes tant peu informatives pour une analyse de liaison, nous avons opt pour une recherche de gnes candidats identifis par analyse bio-informatique, complmente dans les familles consanguines, par cartographie dhomozygotie sur puces SNPs. Lamphiphysine 2 tait un bon candidat fonctionnel car cette protine rgule le trafic membranaire comme la myotubularine (Cao et al., 2007 et 2008) et la dynamine 2, et un mutant de drosophile montre une faiblesse musculaire associe des anomalies des tubules-T. Par squenage direct, et laide de cartographie par homozygotie, nous avons trouv 4 variants ltat homozygote dans des familles consanguines, dont deux mutations non sens (Nicot et al., 2007, et rsultats non publis). Les mutations faux-sens diminuent la fonction de tubulation des membranes alors quun des codons stop prmaturs produit une protine stable qui ne peut plus se lier avec un interacteur prcdemment connu de lamphiphysine 2, la dynamine 2. La deuxime mutation stop, identifie trs rcemment dans une nouvelle famille, est en cours danalyse. Ce travail a donc rvl un lien molculaire et fonctionnel entre 2 formes de myopathies centronuclaires. Nous avons poursuivi dautre part nos travaux sur la physiopathologie de la forme lie au chromosome X, par ltude du modle souris de dficience en myotubularine que nous avons construit antrieurement (Buj-Bello et al., 2002). Une tude transcriptomique globale au cours du dveloppement de la pathologie musculaire dans ce modle, ainsi que dans des biopsies musculaires de patients (en collaboration

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avec A. Beggs, Harvard Med. School) a montr des anomalies importantes (particulirement dans le modle souris) de lexpression de certains gnes impliqus dans la rgulation de lhomostasie calcique. Nous avons confirm ces anomalies au niveau protique, et montr que certaines dentre elles survenaient prcocment au cours du dveloppement de la pathologie. Nous avons observ dautre part des anomalies prcoces de lorganisation des tubules T, et avons entrepris, en collaboration avec Vincent Jacquemond (Universit Lyon 1/CNRS, Villeurbanne) une tude lectrophysiologique des courants calciques des fibres musculaires des souris dficientes en myotubularine, qui montrent certaines altrations prcoces dans lvolution de la pathologie (manuscrit en prparation). Les anomalies de lorganisation des tubules T et de la fonctionnalit du couplage excitation contraction pourraient rendre compte de limportante hypotonie musculaire observe chez les patients. Ceci permet de relier fonctionnellement les 3 protines connues mutes dans les myopathies centronuclaires, la fois par leur interaction avec les phosphoinositides, et par leur rle dans lorganisation des tubules T. Nous avons aussi poursuivi une approche de thrapie gnique laide de vecteur AAV (adeno-associated virus) exprimant la myotubularine, en collaboration avec le Gnthon (Evry). Des rsultats trs positifs ont t obtenus sur notre modle souris. En effet une seule injection intramusculaire dans des souris dj atteintes de faiblesse musculaire amliore de manire spectaculaire ltat pathologique du muscle, corrige le positionnement des noyaux et augmente la masse musculaire ainsi que la force, un niveau quasi-normal (Buj-Bello et al., 2008). Lutilisation de la mme approche pour surexprimer la myotubularine suggre que cette protine rgule lhomostasie du sarcolemme, la membrane plasmique des fibres musculaires (Buj-Bello et al., 2008). Nous testons maintenant par la mme approche la capacit de protines homologues la myotubularine (MTMR1 et MTMR2) amliorer le phnotype des souris Mtm1 KO, ce qui permettrait terme denvisager une thrapie par rexpression des gnes homologues et ainsi diminuer la rponse immunitaire. Sur un plan plus fondamental, ceci apportera galement des informations prcieuses sur les mcanismes de spcificit musculaire lies aux mutations du gne MTM1, son plus proche homologue MTMR2 tant mut dans une forme rcessive svre de neuropathie priphrique dmylinisante, avec atteinte des cellules de Schwann (Chojnowski et al., 2007) et donc nous permettre de discriminer entre les alternatives de spcificit dexpression ou lie la structure de la protine. En collaboration avec lquipe de T. Ogata (Tokyo), nous avons montr que le gne CXorf6, adjacent au gne MTM1, est mut dans des cas danomalies du dveloppement gnital masculin (hypospadias) (Fukami et al., 2007). Le gne CXorf6 code pour une protine avec un domaine de type mastermind, a des proprits transactivatrices sur un gne de la voie Notch, le gne Hes3, et son inhibition augmente la production de testostrone par des cellules de Leydig tumorales (Fukami et al., 2008).

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3) Analyse gntique du syndrome de Bardet-Biedl (collaboration avec le Pr H. Dollfus) Le syndrome de Bardet-Biedl (BBS), de transmission autosomique rcessive, associe rtinite pigmentaire, obsit, polydactylie, anomalies rnales et atteinte cognitive. Il est caractris par une tonnante htrognit gntique, contrastant avec la spcificit de la prsentation clinique. De 2000 2005, 9 gnes (dnomms BBS1 9) avaient t identifis par des quipes amricaines et anglaises, dont les mutations ne rendent compte que denviron 50 % des patients. Lidentification de ces gnes, codant pour des protines de types trs divers et dont les fonctions taient initialement inconnues, a permis de relier le syndrome BBS des dfauts dans lassemblage ou la fonction de structures cilies (cil primaire) et du centrosome. Nous participons une tude initie par le Prof. Hlne Dollfus (Facult de Mdecine de Strasbourg), visant notamment identifier de nouveaux gnes BBS. Lutilisation dune approche de cartographie par homozygotie dans des familles consanguines, laide de puces SNP (single nucleotide polymorphism) , en collaboration avec lquipe de bioinformatique dOlivier Poch lIGBMC nous a permis didentifier en 2005-2006 deux nouveaux gnes (BBS10 et BBS12) particulirement importants. BBS10 est un gne majeur, dont les mutations sont retrouves chez plus de 20 % des patients (Stoetzel et al., 2006), et BBS12 rend compte de 5-6 % des familles. De manire surprenante, alors que 8 des 9 gnes BBS prcdemment identifis sont trs conservs dans lvolution, entre tous les organismes cilis (de lhomme au nmatode, et mme lalgue Chlamydomonas), les gnes BBS10 et BBS12 codent pour des protines spcifiques des vertbrs et dont la squence protique volue beaucoup plus rapidement que pour les autres gnes BBS ( lexception du gne BBS6). BBS10 et BBS12 appartiennent, comme BBS6 la superfamille des chaperonines de type II (Stoetzel et al., 2007). Nous avons montr que ces 3 gnes dfinissent une branche spcifique des vertbrs au sein de cette superfamille dont les autres membres ont une origine beaucoup plus ancienne (Stoetzel et al., 2007). Le phnotype indistinguable des patients porteurs de mutations dans des gnes BBS diffrents suggre que les protines correspondantes pourraient tre impliques dans des complexes macromolculaires (labsence de lun ou lautre dentre eux ayant alors le mme effet ngatif sur la fonction du complexe). Des travaux rcents paraissent confirmer une telle hypothse pour 7 protines BBS prsentes de manire stoechiomtrique dans un complexe nomm BBSome (Nachury et al., 2007). Les protines BBS6, 10 et 12 sont absentes de ce complexe, et on peut donc faire lhypothse dun complexe chaperonin-like qui contiendrait ces 3 protines. Des tudes sont entreprises dans cette direction, en collaboration galement avec lquipe de D. Moras lIGBMC. La cration de mutants avec inactivation conditionnelle des gnes BBS10 et 12 chez la souris est en cours, qui devraient notamment permettre de rpondre au problme du mcanisme (central ou priphrique) de lobsit lie aux mutations BBS. Des rsultats rcents obtenus par V. Marion et H. Dollfus suggrent que les protines BBS et le cil primaire jouent un rle important dans la diffrenciation des pradipocytes et dans ladipogense (rsultats soumis).

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La stratgie didentification de nouveaux gnes BBS se poursuit (il reste environ 25 % de patients ne correspondant aucun des gnes connus). Les analyses effectues sur des familles consanguines pour lesquelles le gne nest pas encore identifi nous permettent dexclure la prsence dun gne pouvant expliquer plus de 10 % des cas, et suggrent au contraire une extrme htrognit. Ceci complique lidentification de nouveaux gnes, en labsence de grandes familles informatives, car il existe de nombreuses rgions candidates (sur la base des tudes dhomozygotie) de grande taille, et contenant donc de trs nombreux gnes. Nous avons rcemment entrepris une nouvelle approche base sur lobservation quune proportion en gnral faible de mutations responsables de perte de fonction correspondent des dltions touchant plusieurs exons du gne cible. La trs haute densit de puces ADN utilisables pour lanalyse de SNPs et de dosage gnique devrait permettre la dtection de telles dltions, notamment en slectionnant les rgions dhomozygotie chez des patients issus de familles consanguines. Une vingtaine de familles avec syndrome de Bardet-Biedl et sans mutation dans les gnes connus sont actuellement en cours danalyse sur des puces contenant 1,8 million de positions analysables (puces 6.0 dAffymetrix). Maladies expansion de polyglutamine (Yvon Trottier, avec K. Mrienne) Lquipe de Y. Trottier tudie la physiopathologie de la maladie de Huntington (MH) et lataxie spinocrbelleuse de type 7 (SCA7). Ces maladies neurodgnratives hrditaires sont dues une expansion de rptitions CAG codant pour un homopolymre de glutamines (polyQ) dans des protines cibles spcifiques de chaque maladie. Lexpansion de polyQ (au-del denviron 39 rsidus) confre aux protines mutes de nouvelles proprits neurotoxiques, qui mnent entre autres leur accumulation et leur agrgation dans le noyau des neurones, entrainant une drgulation de lexpression de certains gnes et une dysfonction puis une mort neuronale, avec une spcificit datteinte des neurones qui diffre selon la maladie. Lquipe sintresse aux proprits structurales et dagrgation des polyQ. En collaboration avec le Dr A. Podjarny (IGBMC), nous cherchons lucider la structure spatiale de polyQ, un motif retrouv dans un grand nombre de protines, mais dont la fonction reste inconnue. Notre stratgie consiste dterminer la structure de polyQ de longueur dtermine interagissant avec un partenaire, en loccurrence un anticorps monoclonal anti-polyQ, que nous avions caractris antrieurement (Trottier et al., 1995, Trottier 2003). Nous avons dj lucid la structure de lanticorps dans deux configurations diffrentes. Cette tape prliminaire nous guide actuellement dans lanalyse des cristaux forms par le complexe polyQ:anticorps. Cette stratgie doit nous permettre de rvler la structure de la polyQ, mais aussi celle de lanticorps, ce qui devrait fournir une base pour gnrer par modlisation des inhibiteurs de lagrgation. Dautre part, sur la base de nos travaux antrieurs (Klein et al., 2007), nous avons conu un

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polypeptide ayant des proprits anti-agrgation in vitro. Nous poursuivons ltude du potentiel thrapeutique de ce polypeptide dans un modle drosophile de maladie polyQ en collaboration avec le Dr Herv Tricoire (CNRS/U. Paris 7). galement dans une perspective thrapeutique, nous tudions deux molcules chimiques qui semblent prvenir laccumulation ainsi que lagrgation des protines mutes. Les analyses sont effectues in vitro dans un modle cellulaire et dans un modle souris. Nous nous intressons galement aux mcanismes daction de ces molcules. Ce projet est issu dune collaboration avec le Dr Anne Bertolotti (Cambridge, UK) (Rousseau et al., 2004 ; Dehay et al., 2007) et le Dr Nicolas Winssinger (ISIS, Strasbourg). Afin didentifier les mcanismes de dysfonction et de dgnrescence neuronale, nous tudions depuis plusieurs annes un modle souris SCA7, qui rcapitule la dgnrescence rtinienne observe chez les patients. La rtine de ces souris se dveloppe normalement jusqu 3 semaines dge, puis lactivit mesure par lectrortinogramme (ERG) diminue progressivement et saccompagne danomalies morphologiques des photorcepteurs : une perte des segments externes et internes, une disparition des cils connecteurs associe une rapparition de centrosomes ou de cils primaires prinuclaires, une altration de larchitecture du noyau avec une dcondensation de la chromatine (Helmlinger et al., 2004 ; Yefimova et al., manuscrit en prparation). Ltude du profil transcriptionnel de la rtine des souris SCA7 a rvl une forte rpression des gnes spcifiques des photorcepteurs, notamment des facteurs de transcription (Nrl, Crx, Nr2e3) qui contrlent la diffrenciation des photorcepteurs (Abou-Sleymane et al., 2006 ; Helmlinger et al., 2006 ). Ces donnes suggrent que lataxine-7 mute compromet le programme gntique de diffrenciation des photorcepteurs. Ces photorcepteurs non diffrencis et non fonctionnels survivent nanmoins jusqu un stade tardif de la pathologie, o lactivit ERG est absente. Plusieurs voies pathogniques pourraient participer cette ddiffrenciation et sont actuellement ltude dans notre laboratoire. Premirement, lataxine-7 mute sagrge dans les photorcepteurs et cause un stress en activant la voie Jnk/ c-Jun (Mrienne et al., 2003). Nous avons montr que c-Jun rgule le facteur Nrl, et que linactivation gntique de c-Jun retarde la rtinopathie des souris SCA7 (Mrienne et al., 2007). Deuximement, comme lataxine-7 fait partie du complexe TFTC qui rgule la transcription en actylant les histones (Helmlinger et al., 2004), il semble que lataxine-7 mute causerait une dysfonction de TFTC qui mnerait la dcondensation gnrale de la chromatine (par hyperactylation) et la drgulation des gnes spcifiques aux photorcepteurs (Helmlinger et al., 2006). Troisimement, nous avons rcemment observ une activation microgliale importante aux stades prcoces de la rtinopathie de ces souris. Nous tentons actuellement de savoir quel est le rle de lactivation de la microglie : soit la scrtion de facteurs de survie, menant peut-tre les photorcepteurs se ddiffrencier, ou bien la phagocytose de la couche des segments des photorcepteurs.

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Quatrimement, nous avons constat que la rtinopathie saccompagne dun stress oxydatif prcoce important. Le rle du stress oxydatif, qui est aussi prsent dans la pathogense de la maladie de Huntington (MH), est actuellement ltude dans la rtinopathie de ce modle SCA7. Lexpansion CAG dans le locus HD mut montre une forte instabilit -avec une tendance un allongement additionnel- dans le striatum, la rgion cible principale de la pathologie, et peu dinstabilit dans le cervelet, une rgion pargne. Comme les tudes corrlatives gnotype-phnotype antrieures ont rvl que plus lexpansion est longue, plus la pathologie est prcoce et svre, il est probable que linstabilit et lallongement de lexpansion CAG dans le striatum contribue la dgnrescence slective de cette rgion du cerveau. K. Mrienne tudie les mcanismes menant linstabilit slective de lexpansion CAG dans le striatum. Physiopathologie de lataxie de Friedreich (quipe H. Puccio) Lquipe de H. Puccio sintresse aux mcanismes physiopathologiques de lataxie de Friedreich (AF), par la construction et ltude de modles murins et de modles cellulaires. Lataxie de Friedreich est une maladie autosomique rcessive, gravement invalidante, caractrise par une dgnrescence spino-crbelleuse et une cardiomyopathie hypertrophique. Elle est due la diminution quantitative dune protine mitochondriale, la frataxine, qui entrane un dficit fonctionnel des protines fer-soufre (Fe-S) et une accumulation intramitochondriale de fer. Cette quipe a cr depuis plusieurs annes des modles souris de lataxie de Friedreich, par inactivation conditionnelle spatio-temporelle (systme Cre-Lox) du gne de la frataxine (Puccio et al., 2001 ; Simon et al., 2004). Ces modles conditionnels reproduisent lessentiel des caractristiques physiopathologiques et biochimiques de la pathologie humaine. Dans la levure, la mitochondrie joue un rle central pour la biosynthse de tous les noyaux Fe-S, indpendant de leur localisation cellulaire. Cependant, chez les mammifres, le rle central de la mitochondrie reste controvers puisquune machinerie cytosolique dassemblage des centres Fe-S indpendante a t propose. A travers les diffrents modles murins gnrs, nous avons rcemment montr que la frataxine est ncessaire pour la biogense denzymes Fe-S nuclaires et cytosoliques, et quil nexiste donc pas de machinerie de biosynthse des noyaux Fe-S chez les mammifres compltement indpendante de la mitochondrie (Martelli et al., 2007). Ces rsultats ouvrent la porte sur de nouvelles pistes physiopathologiques, notamment la voie de rparation dADN. Une collaboration avec lquipe de Pr R. Lill (Marburg, Allemagne) a permis de montrer que la protine cytosolique huNbp35, une P-loop NTPase, est essentielle pour les protines noyau Fe-S cytosoliques et nuclaires et joue un rle dans la rgulation du fer (Stehling et al., 2008). Lensemble de ces rsultats dmontre lexistence dune machinerie complexe pour lassemblage des protines noyau Fe-S qui est peu tudie chez les

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mammifres. Ltude fondamentale sur le mtabolisme des protines Fe-S propose dans le cadre de notre projet ERC permettra la comprhension des consquences dun dficit du mtabolisme Fe-S de la mitochondrie dans les cellules neuronales. La frataxine (FXN) est une protine mitochondriale synthtise sous forme dun prcurseur de 210 acides amins. Son import et sa maturation dans la mitochondrie impliquent deux clivages N-terminaux. Cependant, le site final de clivage de la forme mature m-FXN est sujet de controverses. En effet, trois formes diffrentes de la protine mature ont t dcrites : depuis 1998, une protine commenant lacide amin 56 (m56-FXN) et deux autres rcemment dcrites en 2007, dbutant lacide amin 78 ou 81 respectivement (m78-FXN- and m81-FXN). Par une analyse de spectromtrie de masse (en collaboration avec Manuela Argentini, IGBMC), nous avons dmontr que m81-FXN tait la forme mature majoritaire in vivo, et que les deux autres formes dcrites nexistaient pas sous forme endogne (Schmucker et al., 2008). Nous avons galement dmontr que la forme m78-FXN est capable de restaurer la survie cellulaire de cellules dficientes en frataxine. De plus, par des essais de mutagnse dirige, nous avons dtermin que la maturation se faisait en deux tapes et que les formes m56-FXN et m78-FXN pouvaient tre produites en conditions cellulaires lorsque que la maturation normale de la protine tait perturbe. Les lignes cellulaires de patients sont peu utiles pour des analyses biochimiques car phnotypiquement normales puisquelles sont issues de cellules pargnes par la maladie (lymphoblastes et fibroblastes). Ltablissement de lignes cellulaires directement partir des souris mutantes constitue donc un excellent systme pour tudier les anomalies biochimiques lies labsence totale de frataxine, donc plus svre, ainsi que pour un criblage grande chelle de molcules potentiellement thrapeutiques. Nous avons utilis des lignes cellulaires murines portant un allle dinactivation conditionnelle de la frataxine en combinaison avec lexpression dune recombinase EGFP-Cre (en collaboration avec Brigitte Kieffer, IGBMC) pour isoler par cytomtrie de flux des cellules murines compltement dltes pour la frataxine. Ce systme nous a permis de montrer que labsence totale en frataxine dans des fibroblastes conduit la mort cellulaire, probablement par un arrt du cycle cellulaire, soulignant une nouvelle fois le rle important de la frataxine (CarelleCalmels et al., soumis). Nous avons gnr un modle cellulaire par une stratgie dantisens par ribozyme, qui prsente un dfaut de prolifration cellulaire et certaines caractristiques molculaires de lAF. Dans le but didentifier de nouvelles molcules potentiellement thrapeutiques, en collaboration avec la plateforme de criblage du genople AlsaceLorraine, nous avons recherch des molcules susceptibles de restaurer le retard de croissance cellulaire par criblage robotis des molcules de la chimiothque Prestwick (1 500 molcules) (Carelle-Calmels, en prparation). Le criblage sest

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effectu en 3 tapes : criblage initial, confirmation et dose-rponse. Aprs confirmation, nous avions identifi 48 molcules ayant un effet positif sur la croissance des cellules dficientes en frataxine. Malheureusement, aucune des molcules na t retenue lors de la courbe dose-rponse. Un criblage plus grande chelle est envisag pour augmenter les chances de russite. Rcemment, lanomalie gntique responsable dune myopathie mitochondriale avec acidose lactique a t identifie : une mutation du gne ISCU menant une anomalie dpissage de son ARN messager. Ce gne est impliqu dans lassemblage des noyaux Fe-S et est un partenaire direct de la frataxine. En accord avec le rle de IscU, un dficit en succinate dshydrognase et aconitase ainsi quune surcharge en fer est observe dans les muscles des patients. Nous avons rcemment gnr un modle murin dficient en frataxine dans le muscle squelettique. Ce modle musculaire montre que labsence totale de frataxine dans le muscle induit une myopathie mitochondriale avec des fibres musculaires de tailles varies, la prsence de noyaux centraux, des fibres rouges dchiquetes (ragged red fibers), des dpts mitochondriaux de fer et un dficit spcifique des protines noyau Fe-S ainsi quune acidose lactique (Wattenhofer-Donz, manuscrit en prparation). Il est intressant de noter un cas clinique report dans la littrature dun garon avec un diagnostic molculaire de lAF prsentant en plus des signes cliniques et lectrophysiologiques dAF, une myopathie mitochondriale svre avec une prolifration mitochondriale et une structure anormale des fibres musculaires. Ceci suggre quil serait peut-tre intressant dlargir le phnotype associ la perte de fonction en frataxine, en la recherchant dans des myopathies mitochondriales nonexpliques. Le Dr Marie Wattenhofer-Donz, qui tudie ce modle, est titulaire dun poste ATER du Collge de France pour les annes 2006-2008. Gntique molculaire des ataxies rcessives (quipe M. Koenig) Lquipe avait prcdemment identifi les gnes impliqus dans des formes dataxie avec apraxie oculomotrice (AOA1/gne aprataxine en 2001 ; AOA2/gne senataxine en 2004) ainsi que plusieurs familles avec une forme trs rare dataxie avec apraxie oculomotrice due une mutation fondatrice dans le gne MRE11 (Fernet et al., 2005, Khan et al., 2008). Ces gnes codent pour trois protines nuclaires, dont les deux premires sont impliques dans la rparation des cassures de lADN. Lanalyse clinique de patients AOA2 confirms par lidentification de mutations du gne de la snataxine nous permet de mieux dfinir cette nouvelle forme dataxie, en particulier lge de dbut toujours suprieur 8 ans et lassociation avec une lvation de lalpha-ftoprotine srique qui en font de trs bons critres dorientation diagnostique, et didentifier une lvation modre de lalphaftoprotine chez les porteurs htrozygotes (Anheim et al., 2008, Tazir et al., soumis, Gazulla et al., soumis). Dautres loci dataxie rcessive ont t identifis par analyse de liaison dans des familles consanguines avec dautres formes dataxie, et la recherche des gnes muts a t entreprise (Gribaa et al., 2007). Nous avons ainsi particip lidentification du gne du syndrome de Marinesco-Sjgren, qui

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associe une ataxie prcoce, une cataracte et un retard du dveloppement psychomoteur, en collaboration avec lquipe du Pr A.-E. Lehesjoki (Helsinki) (Anttonen et al., 2005). Nous avons plus rcemment identifi un nouveau gne dataxie rcessive par lanalyse dune grande famille consanguine dorigine algrienne (Lagier-Tourenne et al., 2008). Les patients de quatre autres familles se sont avrs avoir des mutations du mme gne. Ce gne code pour une kinase mitochondriale, ADCK3, implique dans la rgulation de la synthse du coenzyme Q10, un lipide essentiel au transport des lectrons dans la chane respiratoire mitochondriale. Cette ataxie est donc la cinquime forme dataxie rcessive due un dficit dune protine mitochondriale, confirmant que le dysfonctionnement de cette organelle en gnral et de la chane respiratoire en particulier, est la cause directe des mcanismes dgnratifs des voies crbelleuses et spinocrebelleuses dans un nombre important de cas. Lanalyse rtrospective des patients avec mutations ADCK3 confirme la prsence dun dficit modr en coenzyme Q10 dans les fibroblastes en culture et dune lvation modre des lactates sanguins, au moins lors dun exercice musculaire. Nous avons tudi lexpression dADCK4, qui est le paralogue le plus proche dADCK3, dans les lignes de patients muts pour ADCK3. La divergence entre les gnes ADCK3 et 4 a probablement commenc au moment de la duplication gnomique lie lapparition des vertbrs. La divergence avec les autres membres de la famille ADCK (ADCK1, 2 et 5) est beaucoup plus ancienne puisque dj prsente chez les bactries. Nous avons trouv la place dune surexpression compensatrice attendue dADCK4, une co-rpression de ce dernier en prsence de mutations ADCK3, et une corrlation entre le niveau de rpression dADCK4 et le taux rsiduel en coenzyme Q10. Ces rsultats suggrent quADCK4 est galement impliqu dans la rgulation de la synthse du coenzyme Q10 (Lagier-Tourenne et al., 2008). Lanalyse bioinformatique de la squence ADCK3 et des protines apparentes montre galement quelles forment une famille de kinases ancestrales ayant de lointaines similitudes avec les phosphoinositide-kinases et les choline-kinases, suggrant que le substrat dADCK3 nest pas ncessairement, ou probablement pas, une protine. Llucidation de la fonction dADCK3 devrait permettre didentifier un mcanisme primitif de rgulation de la synthse de lATP (chane respiratoire) par lATP lui-mme (co-substrat de la kinase) et dclairer par un angle nouveau lorigine des mcanismes de rgulation biologique par les kinases. Syndrome de Coffin-Lowry et kinase RSK2 (quipe A. Hanauer) Lquipe tudie les bases molculaires du syndrome de Coffin-Lowry (retard mental syndromique li au chromosome X, comportant notamment des anomalies squelettiques progressives) et le rle de la kinase RSK2 mute dans ce syndrome et de ses homologues RSK1, 3 et 4. Des souris invalides pour le gne RSK2 ont t cres prcdemment par lquipe. Elles prsentent un retard de croissance osseuse (Yang et al., 2004), des anomalies de la dentition (manuscrit en cours de

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prparation) et des dficits dapprentissage et de mmoire spatiale (Poirier et al., 2006). Lquipe a rcemment mis en vidence des anomalies de la voie dopaminergique au niveau du cortex de ces souris. Une tude par chromatographie HPLC, en collaboration avec le groupe de Michael Gruss (Universit de Magdebourg) de diffrents neurotransmetteurs a en effet rvl une augmentation des concentrations en dopamine (+ 45 %, p = 0,001) au niveau du cortex, mais non de lhippocampe. Tous les autres neurotransmetteurs taient prsents des taux normaux. Ce rsultat a conduit lquipe explorer lexpression et la phosphorylation de diffrents acteurs de la voie dopaminergique. Nous avons montr que le taux de la forme phosphoryle (active) sur la srine 31 de la tyrosine hydroxylase (TH), lenzyme limitante de la synthse des catcholamines, tait significativement augment dans le cortex de la souris KO-RSK2 alors que le taux de protine TH totale est similaire chez les souris KO et les souris WT. La srine 31 est essentiellement phosphoryle par la kinase ERK, et nous avons montr que le niveau des formes phosphoryles (actives) de ERK1/2 tait nettement augment chez les souris mutantes (+ 50 %). Nous avons galement observ des augmentations significatives des niveaux dexpression du transporteur de la dopamine (DAT) et du rcepteur dopamine DRD2 chez les souris mutantes. Cette tude confirme enfin la fonction inhibitrice exerce par RSK2 sur la voie Ras-ERK (elle avait dj t rapporte auparavant, mais base sur des tudes in vitro). Lensemble de ces rsultats ont t publis (Marques Pereira et al., 2008). Les travaux en cours portent sur la caractrisation des consquences de cette drgulation du systme dopaminergique pour la transmission synaptique. Lquipe a par ailleurs collabor une tude portant sur les consquences de linactivation de RSK2 pour la croissance axonale des motoneurones. Cette tude a montr que la survie de motoneurones (spinaux) de souris KO-RSK2 en culture tait normale, mais que les axones avaient une longueur significativement plus importante que les axones de motoneurones WT. La surexpression dune forme constitutivement active de RSK2 dans les motoneurones conduisait, au contraire, une rduction de la croissance axonale. Comme dans le cadre de notre tude sur le systme dopaminergique, une augmentation de 30-40 % de lactivit de ERK1/2 a aussi t constate dans les motoneurones dficients pour RSK2 par rapport des motoneurones WT. Finalement, en appliquant un inhibiteur pharmacologique de MEK des cultures de motoneurones dficients pour RSK2, lexcs de croissance axonale a pu tre corrig. Lensemble des rsultats suggre que dans des conditions physiologiques normales RSK2 rgule ngativement lallongement des axones via la voie de signalisation MAPK/ERK. Une drgulation de la croissance des neurites pourrait ainsi contribuer au dficit fonctionnel du systme nerveux des patients CLS et des souris dficientes pour RSK2. Ces rsultats ont t rapports dans une publication qui vient dtre accepte dans le Journal of Cell Biology (Fisher et al., in press). Les tudes en cours portent sur la croissance des neurites de neurones corticaux et hippocampiques, ainsi que sur la morphognse de leurs pines dendritiques.

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Finalement, une comparaison des transcriptomes dhippocampe de souris invalides pour RSK2 et de souris sauvages a t ralise. Elle a rvl des diffrences dexpression significatives pour une cinquantaine de gnes. La validation dune dizaine de ces gnes par RT-PCR quantitative et par Western-blot a dj t ralise. Parmi les gnes valids dont lexpression est nettement augmente dans lhippocampe de souris dficientes pour RSK2, on trouve notamment un rcepteur ionotropique, le facteur de transcription RunX et un facteur dinitiation de la traduction jouant un rle trs important dans la traduction locale au niveau des dendrites. La validation des autres gnes est en cours. La recherche de nouveaux gnes de retard mental li au X par ltude de translocation X-autosome chez des femmes avec retard mental, qui avait t poursuivie ces dernires annes, a t arrte. Le dernier cas tudi a montr que le point de cassure sur le chromosome X tait localis dans une rgion dpourvue de gnes, mais que le point de cassure autosomique interrompait le gne CDKL3 (une protine kinase cdc2-related), faisant de ce gne exprim dans le cerveau un candidat pour des formes autosomiques de retard mental (Dubos et al., 2008). Rarrangements gnomiques dans les tumeurs solides (quipe S. du Manoir) Lquipe du Dr S. du Manoir dveloppe des stratgies dtude des rarrangements chromosomiques (amplifications, dltions) des tumeurs solides par CGH array et analyse du transcriptome. Afin didentifier des marqueurs gnomiques pronostiques associs des paramtres cliniques comme la survie, trois tudes ont t entreprises pour cribler les aberrations chromosomiques par CGH sur puces. Ces tudes rtrospectives construites sur des cohortes trs homognes concernent des carcinomes de lovaire (coll. N. Arnold), des cancers du poumon de type pidermodes et adnocarcinomes (coll. N. Martinet, Nancy). Notre tude pidmiologique concernant une srie de 1 200 cancers du poumon opr au CHU de Nancy depuis 1988 (constituant la tumorothque de Nancy) confirme le besoin de marqueurs pronostics pour les patients de stade I-II dont 45 % meurent de rcurrence (publication soumise). Nous avons ralis deux tudes rtrospectives (Adnocarcinomes : 73 cas et Epidermodes : 76 cas) de cancers du poumon de stade I-II stratifies en deux groupes (survie < 25 mois et > 60 mois) par CGH-array. Nous avons dvelopp une approche statistique originale pour identifier les rgions associes au pronostic. Pour les adnocarcinomes, une amplification est prsente uniquement chez les courts surviveurs et plusieurs rgions de gains et pertes sont trouves prfrentiellement chez ceux-ci. Pour les formes pidermodes, la rgion la plus amplifie est situe en 3q et contient le gne SOX2 (manuscrit en prparation). Plusieurs rgions sont associes au mauvais pronostic. Pour les deux histologies, une sgrgation partielle est obtenue sur la base de ces aberrations. Ces signatures gnomiques seront valides par un ensemble de procdures statistiques. Une confirmation par Q-PCR des aberrations trouves devrait permettre de dfinir un set minimal de rgions qui pourrait tre la base dun prototype de test pronostique. Lexpression des gnes candidats slectionnes

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par des filtres bibliographiques et bioinformatiques dans ces rgions gnomiques sera value dans des tumeurs humaines primaires et dans des tests de croissance tumorale / micromtastase in vivo (souris Nudes). Nous sommes impliqus dans un programme visant faciliter linterprtation de donnes de CGH sur puces dans le cadre de la description daneusomies segmentales pour des patients souffrant de retards mentaux, (programme DHOS en collaboration avec P. Jonveaux, Nancy), et dans le cadre dune action du GIS maladies rares (en particulier, une tude initie par le Prof. Hlne Dollfus, Facult de Mdecine de Strasbourg, visant identifier de nouveaux gnes du syndrome de Bardet-Biedl). Pour faciliter linterprtation des donnes des puces Agilent dans le contexte du retard mental, nous avons dvelopp un programme automatis, fournissant aux cliniciens une liste ordonne des aberrations numriques ayant le plus de chances dtre causales du retard mental (sur la base de critres comme la taille et le contenu en gnes) et devant tre confirmes de faon prioritaire. Dans le cadre de notre plateforme CGH-array, 190 cancers colorectaux ont t tudis, 164 cancers du poumon (PNES-poumon) et 98 VADS (tude du groupe de B. Wasylyk, IGBMC). Ce travail visait identifier une signature molculaire pronostique de lapparition ultrieure de mtastases dans les cancers VADS par lexploration du transcriptome et des aberrations gnomiques. Cette tude publie par le groupe de B. Wasylyk (Rickman D.S. et al., 2008) rapporte plusieurs aberrations gnomiques associes la progression mtastatique et pourraient tre la base du dveloppement marqueurs pronostiques et de cibles thrapeutiques dans les cancers VADS mtastatiques. Liste des publications du groupe de gntique humaine de ligbmc (depuis juillet 2007) Publications parues dans des revues de niveau international avec comit de lecture 2007
Cao C., Laporte J., Backer J.M., Wandinger-Ness A., Stein M.-P. Myotubularin lipid phosphatase binds the hVPS15/hVPS34 lipid kinase complex on endosomes. Traffic (2007) 8 : 1052-1067. Echaniz-Laguna A., Nicot A.S., Carr S., Franques J., Tranchant C., Dondaine N., Biancalana V., Mandel J.L., Laporte J. Subtle central and peripheral nervous system abnormalities in a family with centronuclear myopathy and a novel dynamin 2 gene mutation. Neuromuscular disorders (2007) 17 : 955-959. Gribaa M., Salih M., Anheim M., Lagier-Tourenne C., Hmida D., Drouot N., Mohamed A., Elmalik S., Kabiraj M., Al-Rayess M., Almubarak M., Btard C., Goebel H. and Knig M. A new form of childhood onset, autosomal recessive spinocerebellar ataxia and epilepsy is localized at 16q21-q23. Brain (2007) 130 : 1921-1928. Klein F., Pastore A., Masino L., Zeder-Lutz G., Nierengarten H., Oulad-Abdelghani M., Altschuh D., Mandel J.L. and Trottier Y. Pathogenic and non-pathogenic polyglutamine tracts have similar structural properties: towards a length dependent toxicity gradient. J. Mol. Biol. (2007) 371 : 235-244.

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Articles de synthse et chapitres de livres

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JEANLOUIS MANDEL

Confrences donnes par J.-L. Mandel (depuis juillet 2007) Confrences grand public
50e anniversaire de lassociation genevoise (INSIEME) de parents de personnes avec handicap mental. Genve, le 24 mai 2008. 50 ans de recherche gntique dans le domaine de la dficience mentale . Universit de Tous les Savoirs. Paris le 23 juin 2008. Gnome et mdecine prdictive .

Confrences scientifiques, participation des congrs

Confrence Des molcules la cognition : Un hommage Jean-Pierre Changeux (Institut Pasteur, Paris) du 17 au 19 septembre 2007. Genetics of mental retardation . Assises de gntique humaine et mdicale (Lille) du 17 au 19 janvier 2008. Modrateur de session. Strasbourg-Weizmann symposium on Transmembrane signaling (IGBMC, Strasbourg-Illkirch) 11 et 12 fvrier 2008 (co-organisateur). Myopathies centronuclaires : un lien inattendu entre phosphoinositides, dynamine 2 et amphiphysine lUniversit Bordeaux 2, le 19 fvrier 2008. Confrence Maladies monogniques, du gne aux malades et aux familles Universit Victor Segalen Bordeaux 2, le 19 fvrier 2008. Colloque Actualits dans le domaine des maladies monogniques : mcanismes physiopathologiques, approches thrapeutiques au Collge de France (Paris) 15 et 16 avril 2008. De la drosophile la souris : lexemple du syndrome X fragile (organisateur du colloque). VIII National medical genetics congress (anakkale - Turkey) du 6 au 9 mai 2008. Fragile X syndrome : from diagnostic applications to pathomechanisms . Colloque inaugural IFR148 Sciences et ingnierie en biologie Sant , Brest le 4 juin 2008. Maladies gntiques : aspects physiopathologiques et pistes thrapeutiques . Colloque AFSTAL (Association Franaise des Sciences et Techniques de lAnimal de Laboratoire) Bonnes pratiques animales : partager lthique au quotidien Strasbourg, 4 au 6 juin 2008. Les modles gntiques animaux en recherche mdicale .