Contents

Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v
About the Editor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxi
List of Contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxiii

CHAPTER 1.
1.
2.

3.

4.

5.

6.
7.

8.

9.

Searching for a Second Genesis

Andr Brack

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
What Are We Looking for?. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
2.1. The Singularities of Carbon Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
2.2. Clays Instead of Carbon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
2.3. The Singularities of Liquid Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
The Ingredients of Primitive Terrestrial Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
3.1. Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
3.2. The Production of Organic Molecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
3.3. Was Carbon Homochirality Mandatory? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Creating a Cellular Life in a Test Tube . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
4.1. Prebiotic RNA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
4.2. Prebiotic Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
4.3. Membranes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Life Simpler Than a Cell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
5.1. The RNA World . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
5.2. RNA Surrogates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
5.3. A Primitive Life Based on Autocatalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
5.4. Beginnings of Vesicular Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
The Search for Early Life Fossils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
The Search for Life in the Solar System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
7.1. Life on Mars and the SNC Meteorites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
7.2. Europa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
7.3. Titan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
The Search for Life Beyond the Solar System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
8.1. The Search for Rocky Earth-Like Exoplanets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
8.2. Detecting Extrasolar Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

Section I: Cosmochemistry of Molecules of Life

CHAPTER 2.

Cosmochemistry of the Biogenic Elements

C, H, N, O, and S
Bruce Fegley, Jr., Laura Schaefer

1.
2.
3.
4.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Elemental Abundances in the Solar Nebula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Evolution and Thermal Structure of the Solar Nebula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Processing of Presolar Gas and Grains in the Solar Nebula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

ix

24
25
28
30

Contents
5.

6.

7.

8.
9.

Thermochemical Equilibrium (Condensation) Calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

5.1. Computational Methods and Nomenclature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2. Results of Condensation Calculations for Sulfur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3. Condensation Calculations for Elements Dissolving in Solid Solutions . . . . . . . . . . . . .
Overview of Nebular Chemistry of the Elements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1. Refractory Elements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2. Major Elements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3. Volatile Elements. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4. Phosphorus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5. Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.6. Low Temperature Ices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Cosmochemistry of Carbon and Nitrogen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.1. Carbon Cosmochemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.2. Nitrogen Cosmochemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Grain Catalyzed Conversion of CO to Organic Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Carbon and Nitrogen in Meteorites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.1. Enstatite Chondrites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.2. Ordinary Chondrites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.3. Carbonaceous Chondrites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 3.

31
31
33
33
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37
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38
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41
41
43
43
46
47
47
47
48

The Stellar Stew: Distribution of Extraterrestrial

Organic Compounds in the Universe
J. Michelle Kotler, C. Doc Richardson, Nancy W. Hinman, Jill R. Scott

1.
2.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Interstellar Medium Organic Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. Diffuse Molecular Clouds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Dense Dark Molecular Clouds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Hot Molecular Cores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3. Interplanetary Dust Particles, Asteroids/Chondritic Meteorites, and Comets . . . . . . . . . . . . .
3.1. Interplanetary Dust Particles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Asteroids and Chondritic Meteorites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. Comets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4. Planetary Bodies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. The Kuiper Belt and Centaurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Giant Planets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3. Saturns Icy Moons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4. Titan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.5. Triton . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.6. Galilean Satellites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.7. The Terrestrial Planets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8. SNC Meteorites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 4.

51
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58
59
59
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67
68
68
69
69
69
70
71
72
73

Mechanisms of Organic Reactions in

Interstellar Medium
Jean-Claude Guillemin

1.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

xi

Contents
2.

The Interstellar Medium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

2.1. Interstellar Environments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Detected Species in the ISM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Candidates for the ISM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3. Chemistry in the Interstellar Medium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1. Solid State or Gas Phase Chemistry? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Reaction Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. The Hydrogen Molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4. The Chemistry of Carbon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.5. Reactions with Nitrogen Atom or Nitrogen Derivatives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.6. Reactions with Oxygen Atom or Oxygen Derivatives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.7. Reactions with Nitrogen or Oxygen Atom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.8. Sulfur and Silicon Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.9. Deuterium Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.10. Shock Waves . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.11. Photochemistry in Interstellar Ices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4. Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 5.

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82
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87
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89
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92
92
93
93
93
93
94
94

Role of Radiation Chemistry in the Origin of Life,

Early Evolution and in Transportation Through
Cosmic Space
Z.P. Zagrski

1.

2.

3.

4.

5.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
1.1. Timing of the Review . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
1.2. Astrobiology and Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
Chemical Foundations of Astrobiology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
2.1. High-Energy Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
2.2. Basics of Radiation Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
2.3. Units in Radiation Chemistry and Radiobiology, Dosimetry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
2.4. Radiation Chemistry in the Gas Phase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
2.5. Aqueous Radiation Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
2.6. Radiation Chemistry of Solid and Rigid Matter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
2.7. Comparison of Radiation Chemistry with Photochemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Elements of Radiobiology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
3.1. Relations of Radiobiology to Astrobiology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
3.2. Human Radiobiology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
3.3. Radiobiology of Microorganisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Sources of Ionizing Radiation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
4.1. Radioactive Isotopes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
4.2. Ionizing Radiation Background in Outer Space . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
4.3. Man-Made Sources of Ionizing Radiation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
4.4. Experimental Simulation of High-Energy Induced Effects,
in Objects Exposed in Space . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
4.5. Software and Hardware in Prebiotic Chemical Transformations . . . . . . . . . . . . . . 133
Selected Aspects of Radiation Chemistry in AstrobiologySpecial Cases
Related to the Presence of Ionizing Radiation in the Universe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
5.1. Panspermia Hypothesis, Denitions of Life and Radiation
Sterilization in Outer Space . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

xii

Contents
5.2.

Origin of Some Meteorites in View of Ionizing Radiation

Interactions in the Universe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3. Interaction of Ionizing Radiation with Hypothetical Alternative
Form of Life in the Universe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.4. Role of Radiation Chemistry in the Origin of Chirality,
Related to Astrobiology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6. Conclusions and Outlook . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 6.

141
145
146
149
150

Extraterrestrial Organic Matter as Recorded

in Meteorites
V. K. Pearson, R. C. Wilson, I. Gilmour

1.
2.

3.

4.

5.
6.
7.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Analysis of Chondritic Organic Matter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. Structural Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Isotope Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Carboxylic Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4. Amino Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.5. Amines and Amides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.6. N-Heterocycles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.7. Sulphonic and Phosphoric Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.8. Alcohols, Aldehydes, Ketones, and Sugars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.9. Aliphatic Hydrocarbons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.10. Aromatic Hydrocarbons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Chondritic Macromolecular Material (IOM) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1. Structural Characterization of the IOM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Isotopic Characterization of the IOM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. In-Situ Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Formation of Chondritic Organic Material . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Catalytic Synthesis in the Solar Nebula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. The Interstellar-Parent Body Hypothesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Interplanetary Dust Particles and Micrometeorites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Martian Meteorites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 7.

155
156
156
157
157
159
160
161
161
162
162
162
163
163
164
165
165
165
166
167
168
169
169

High-Molecular-Weight Complex Organics in

Interstellar Space and Their Relevance to
Origins of Life
Kensei Kobayashi, Takeo Kaneko, Jun-Ichi Takahashi,
Yoshinori Takano, Satoshi Yoshida

1.
2.
3.
4.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Possible Endogenous Formation of Bioorganic Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Organic Compounds in Space . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Possible Formation of Amino Acids in ISDs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Formation of Amino Acid Precursors in Simulated IDP Environments . . . . . . . . . . .
4.2. Energy Yields of Amino Acid Precursors in ISD Environments . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3. Characterization of Complex Organic Compounds Formed from
a Mixture of Carbon Monoxide, Ammonia and Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

175
176
177
178
178
178
179

xiii

Contents
5.

Possible Scenario of the Generation of Amino Acid Homochirality via

Extraterrestrial Complex Organic Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
6. A Novel Scenario of Chemical Evolution from Interstellar Complex Organic
Compounds to Terrestrial Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185

Section II: From Simple Molecules to Primitive

Terrestrial Life
CHAPTER 8.

Abiotic Organic Synthesis Beneath

the Ocean Floor
Nils G. Holm, Anna Neubeck, Magnus Ivarsson, Ccile Konn

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Apatite: A Phosphate Mineral That May Be Formed in the Ocean Floor . . . . . . . . . . . . . .
Ribose and the Formose Reaction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Stabilization of Pentoses by Borate Minerals. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Purines and Amino Acids May Be Formed in the Same General
Abiotic Environments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Formation of Purine Nucleotides Is Favored by High pH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Aldehydes Are Intermediates in Abiotic Reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Subduction at the Mariana Forearc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Oceanic Plates Are Conveyor Belts of Organic Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Entire Ocean Floor Is of Interest to Abiotic Organic Geochemistry . . . . . . . . . . . . . . .
Concluding Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 9.

187
189
190
190
191
191
192
192
193
194
195
196

On the Limits Imposed to Life by the Hyperarid

Atacama Desert in Northern Chile
Benito Gmez-Silva

1.
2.
3.
4.

Initial Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Atacama Desert in Northern Chile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Soil Organic Matter: Evidence of Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Heterotrophic Bacteria in Atacama Soils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Abundance of Heterotrophic Bacteria in Atacama Soils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Diversity of Heterotrophic Species in Atacama Soils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Photosynthetic Life in the Atacama Desert: The Cyanobacterial Factor . . . . . . . . . . . . . . . .
5.1. Cyanobacterial Communities Along the Aridity Gradient of Atacama . . . . . . . . . . . .
5.2. Organic Carbon in Hypolithic and Nonhypolithic Soils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3. Species Diversity of Lithobiontic Communities from Atacama . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.4. Cyanobacterial Communities of the Coastal Atacama . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.5. Cyanobacterial Communities in Halite Rocks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.6. Endolithic Cyanobacteria in Gypsum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6. Abiotic Factors Affecting Lithobiontic Life in the Atacama . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1. The Sunlight Factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2. The Moisture Factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7. Final Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

199
200
201
201
202
202
203
204
204
204
205
205
208
208
208
209
210
210

xiv

Contents

CHAPTER 10.

The Role of Clay Interactions in

Chemical Evolution
A. Negrn-Mendoza, S. Ramos-Bernal, F. G. Mosqueira

1.
2.

3.
4.

5.

6.

7.

8.

9.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1. Prebiotic Scenarios in Nature for Chemical Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Structure and Composition of Clay Minerals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. The Tetrahedral Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. The Octahedral Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. The TO-Type Layer Silicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4. The TOT-Type Layer Silicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.5. Expanding and Nonexpanding Clay Minerals. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.6. Cation Exchange Capacity (CEC) of a Clay Mineral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.7. Specic Surface Areas of Some Clay Minerals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Capability of Some Clay Minerals to Concentrate Solutes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Abundance and Origin of Clay Minerals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Formation of Clay Minerals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Clay Minerals as Active Constituents of Soils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Adsorption Properties of Clay Minerals Relevant to Prebiotic Chemistry . . . . . . . . . . . . . . .
5.1. Adsorption Process in Clay Minerals and Its Relevance in
Chemical Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2. Nucleic Acid Components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3. Amino Acids, Peptides, and Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.4. Sugars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.5. Adsorption of Fatty Acids and Porphyrins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Catalytic Properties of Clay Minerals Related to Chemical Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1. Type of Chemical Reactions Catalyzed by Clays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2. Synthesis of Monomers from Simple Precursors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3. Synthesis of Bio-Polymers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Protection Role of Clay Minerals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.1. Purines and Pyrimidines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.2. Nucleic Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Sources of Energy for Reactions in Heterogeneous Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.1. Why These Sources Can Be Used in Simulated Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.2. Triboelectric Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3. CavitationThe Origin of Sonochemical Processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.4. Ionizing Radiation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.5. Biased Processes in Clays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Concluding Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 11.

214
214
214
215
215
215
215
215
216
216
217
217
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224
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225
225
229
229
229
230
230
230
230
231
231
232
233

Mineral-Induced Peptide Formation

Juraj Bujdk, Daniel Fitz, Bernd Michael Rode

1.
2.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Peptide Synthesis Under Primitive Earth ConditionsAn Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. Melting Processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Condensation Reagents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Clay Minerals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4. Hydrothermal Vents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.5. Salt-Induced Peptide Formation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

238
238
238
238
239
239
239

xv

Contents
3.

4.

5.

6.
7.
8.

Clay
3.1.
3.2.
3.3.
3.4.
3.5.

Mineral Catalyzed Peptide Bond Formation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Clay Minerals and Their Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Clay Mineral Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Clay Catalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Amino Acids Reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Energy Rich Reactants and Energy Rich Compounds in
the Presence of Clays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Peptide Bond Formation on Silica and Alumina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Chemistry of Silica and Silica Gels. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. The Reaction Mechanism on Silica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3. Chemistry of Alumina, Aluminum Hydroxides and Related Compounds . . . . . . . . . .
4.4. Reaction Mechanism on Alumina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.5. Amino Acid Reactions on Silica and AluminaComparison with
Clay Mineral Catalyzed Reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Salt-Induced Peptide Formation (SIPF) Reaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.1. Introduction to the SIPF Reaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2. General Features and Reaction Mechanism of the SIPF Reaction . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3. Plausibility of the SIPF Reaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.4. Properties of the SIPF Reaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.5. Mutual Amino Acid Catalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.6. Stereoselectivity of the SIPF Reaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Biohomochirality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Where Did the Amino Acids Come From? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Concluding Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 12.

239
239
240
241
242
246
247
247
247
248
248
249
250
250
251
252
253
255
256
257
259
259
260

The Origin of Homochirality

Wolfram H.-P. Thiemann, Jan Hendrik Bredehft

1.
2.
3.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
A Short History of the Search for the Origin of HomochiralityThe Highlights . . . . . . . .
General Classication of Theoretical and Experimental Attempts to
Find a Base for Simulating the Generation of Homochirality on Earth . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1. Random/Chance Process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Parity Violating Energy Difference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. Circularly Polarized Light (CPL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4. Other (Exotic) Mechanisms (Gravity, Magnetism, Electric Field,
Earth Rotation) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4. Amplication of Small Enantiomeric Excesses as a Necessary
Mechanism to Arrive at Recent Homochirality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Outlook: Space Missions on the Search for Homochirality beyond Earth . . . . . . . . . . . . . . .
6. Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 13.

263
264
266
267
269
274
276
278
280
281
281

An Ecosystems First Theory of the Origin of

Life Based on Molecular Complementarity
Robert Root-Bernstein

1.
2.
3.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285
Summary of Our Ecosystems-First Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286
In the Beginning There Was Chemical Diversity and Molecular Complementarity . . . . . . 287

xvi

Contents
4. Molecular Complementarity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Molecular Complementarity Prunes Chemical Diversity and
Buffers Emerging Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6. Molecular Complementarity and the Evolution of Organized Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7. The Need for Modularity in Hierarchical Organization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8. Composomes, Their Diversity and Replication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9. Evolution of Composomal Function and Metabolism . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10. Semipermeability and the Origins of Transporters and Receptors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11. The Evolution and Dissemination of Linearly Encoded Replication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
12. The Origin of the Genetic Code and Homochirality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13. Various Implications of the Ecosystems-First Theory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14. Summary of Some of the Basic Principles of Prebiotic Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
15. Conclusions: The Evolution of Life Is Not Random and Is a Network, Not a Tree. . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 14.

289
290
292
293
295
296
298
301
304
306
308
310
311

Microbial Signatures in the Precambrian Files

Elizabeth Chacn-Baca

1.

2.

3.

4.

5.

6.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1. The Oldest Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2. The Quest for Biosignatures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Stromatolites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. What Are Stromatolites? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. The Dual Nature of Stromatolites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Analyzing Stromatolites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4. Microbial Mats as Precursors of Stromatolites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.5. Stromatolites Through Time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Microfossils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1. Cyanobacterial Microfossils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Microfossils Preserved in a Late Cretaceous Chert . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Microbial Ichnofossils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. What Is a Microbial Ichnofossil? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Traces from Endolithic Cyanobacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Biochemical Record of Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.1. Biomarkers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2. Stable Isotopes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Concluding Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

315
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320
322
322
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327
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329
331
331
331
333
333
335
335
335

Section III: Search and Detection of Life Elsewhere

CHAPTER 15.

Search for Habitable Planets

Antgona Segura, Lisa Kaltenegger

1.
2.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Characteristics of a Habitable Planet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. The Solar System: Lessons on Planetary Habitability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. The Habitable Zone. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. The Parent Star . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4. How Likely Is It to Form Habitable Planets? Answers from Planet
Formation Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

341
342
342
343
344
345

xvii

Contents
3.

Signatures from a Habitable Planet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

3.1. Clouds and Non-Biological Surface Signatures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. Biosignatures. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4. Evolution of a Habitable Planet: Lessons from Earths Geologic History . . . . . . . . .
3.5. How to Interpret Biomarkers and False Positives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.6. Signatures from Planets Around Stars of Different Spectral Types . . . . . . . . . . . . . . . .
4. The Search for Habitable Planets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Instruments for Detection of Earth-Sized Planets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3. Instruments for Characterization of Habitable Planets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Habitable Planets on the Known Exoplanetary Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6. Concluding Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 16.

345
346
347
348
350
350
351
352
353
354
354
355
356
356

Analytical Astrobiology: The Role of Raman

Spectroscopy in Biomarker Speciation for
Extraterrestrial Life Detection
Howell G. M. Edwards

1.

Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2. Raman Spectroscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2. Case Studies of Raman Spectroscopic Applications to Extremophilic
Terrestrial Mars Analogues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. Endoliths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Halotrophs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Volcanic Rock Colonization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3. Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 17.

361
362
362
371
371
372
372
373
373

Solid Carbonaceous and Organic Matter in

Space, Macromolecular Complexes, Biomarkers,
and Microarray-Based Instrumentation for
In Situ Detection
Vctor Parro, Guillermo Muoz-Caro

1.
2.
3.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Presence of Solid Carbonaceous/Organic Matter in Space . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Carbon Chemistry in the Interstellar/Circumstellar Medium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1. Carbonaceous Matter in the Diffuse Interstellar Medium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Organics of Prebiotic Interest Produced in Experimental Simulations of
Ice Photoprocessing in the Dense Interstellar Medium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4. Carbon Chemistry in the Solar Nebula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Minor Bodies of the Solar System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Presence of Organics Made from UV-Photoprocessing of Ice in
Small Solar System Bodies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3. The Formation of Solid Carbon in the Solar Nebula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Delivery of Exogenous Organic Matter to the Early Earth and Mars . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

376
377
378
378
379
379
380
381
381
382

xviii

Contents
6.

Molecular Organic Inventory for Astrobiology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

6.1. Prebiotic Organics and Biomarkers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2. Preservation of Molecules, Macromolecules and Biomarkers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3. Present Life Molecular Biomarkers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4. Past Life Molecular Biomarkers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5. Stability of Organic Matter in Planetary Bodies, the Case of Mars . . . . . . . . . . . . . . .
7. Extraction Methods for Molecular Biomarkers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.1. Extraction of Hydrophobic Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.2. Extraction of Hydrophilic Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.3. Macromolecular Complexes, Colloids, Organomineral Particles . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8. Bioafnity-Based Systems for the Detection of Prebiotic and

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387
387
387

Biological Molecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.1. AntibodyAntigen Interaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.2. Other Bioafnity Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3. Target Biomarkers and Antigens from Terrestrial Analogues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.4. Antibody Microarray Immunoassays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9. Immunoarray-Based Instrumentation for In Situ Analysis in Astrobiology . . . . . . . . . . . . . .
9.1. Selection of Biomarkers for Antibody Production . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.2. Detection Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.3. Critical Steps for Automation of the Microarray Immunoassay . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.4. Antibody Microarray-Based Life Detector System for Astrobiology . . . . . . . . . . . . . . .
10. Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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397
397
398

CHAPTER 18.

Titan: New Insights from Cassini-Huygens

Franois Raulin

1.
2.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Titan Before Cassini-Huygens . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. Historical Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Voyager Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Post-Voyager and Pre-Cassini-Huygens Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3. Cassini-Huygens . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1. The Development of the Mission . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. The Cassini Orbiter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. The Huygens Probe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4. The Mission. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4. Main Properties, Formation, Internal Structure and

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404
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407
408
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411

General Astrobiological Aspects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

4.1. Main Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Models of Formation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3. Models of Internal Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4. Astrobiology of Titan: General Aspects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Similarities with the Early Earth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.1. Atmosphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2. Methane Cycle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3. Geological Processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6. Organic Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1. Gas-Phase Atmosphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2. Aerosols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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418
418
420

xix

Contents
6.3. Surface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4. Subsurface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7. Habitability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.1. Life on Titan? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.2. Life in Titan? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8. Future . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

CHAPTER 19.

422
423
423
423
424
424
426

The Ocean of Europa and Implications for

Habitability and the Origin of Life
Kevin P. Hand

1.

2.

3.

4.

5.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1. Habitability versus Origins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2. Contamination? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.3. Plausible Models for Origins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Modern Ocean of Europa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1. Surface of Ice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Thick Outer Layer of Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3. Near-Surface Conducting Layer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4. Density Constraints . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Chemistry of the Europan Surface and Subsurface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1. Radiolytic Processing of the Europan Surface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Surface Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. Constraints on Ocean Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Origins in an Ice-Covered Ocean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1. Seaoor Hydrothermal Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. The Primordial Scoop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3. Weird Life? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Future Missions and Prospects for the Detection of Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465