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En la segunda parte del Discurso del Mtodo, Descartes establece una comparacin entre la construccin de una ciudad (o las leyes de un Estado) y las reglas que habra de tener un mtodo adecuado de investigacin racional. La idea expuesta es que, as como un Estado est mejor regido cuando las leyes son pocas, pero bien cumplidas (o la ciudad cuando ha sido construda por un slo arquitecto), as un mtodo racional de obtencin de conocimiento ser mejor si contiene pocas reglas, a condicin de no faltar ni una sola vez a su observacin. Adems, Descartes tambin nos dice que si estas leyes las hace un solo legislador, ser mejor que si intervien muchos, lo que significa que el trabajo de anlisis desarrollado por una sola persona, si el tema de investigacin es de su inters, es preferible al realizado por muchas sobre temas generales (metfora de la Ciudad), lo que se traduce en la necesidad de examinar uno mismo todas las ideas que se acepten como verdaderas. Nos encontramos aqu con un argumento que es uno de los ejes que subyacen en el Discurso, a saber, la preferencia de lo simple a lo complejo: rasgo propio del pensamiento matemtico, pues el principio de simplicidad es una caracterstica que debe exigirse a las demostraciones matemticas (y, dicho sea de paso, tambin las teoras cientficas). Descartes, pues, nos est aclarando el porqu de la simplicidad de su mtodo racional. Segn Descartes, la simplicidad es una caracterstica esencial de la verdad. En su definicin de ideas verdaderas (llamadas, y no por casualidad, naturalezas simples), se encuentra contenida esta caracterstica, pues la claridad y la distincin son los rasgos bsicos que la intuicin detecta en aqullas, y, por otra parte, sabemos que la segunda regla del mtodo, el anlisis, determina la importancia de reducir lo complejo a ideas simples. La razn avanza, a partir de las ideas simples, deductivamente, con la garanta que da la coherencia como criterio de verdad, pero sobre la base firme, proporcionada por la intuicin, al captar con evidencia (primera regla) las ideas claras y distintas.
Segn Descartes, el xito de su mtodo se encuentra, no slo en el hecho de que sus reglas sean pocas, sino en la necesidad de observarlas estrechamente, esto es, de seguir rigurosamente los pasos que propone, en el orden correcto. La primera regla, la de la evidencia, como ya hemos dicho, garantiza la verdad de las ideas de partida. Despus, la deduccin, de inspiracin matemtica, cuya secuencia natural est representada por el anlisis-sntesis (segunda y tercera reglas) nos aseguran la coherencia de nuestros razonamientos y la divisin de los complejos en simples, as como la posterior reconfiguracin o reunin de estas ideas, produciendo nuevo conocimiento. La ltima regla, la del recuento, no tiene por objeto sino asegurar el sistematismo de todo el proceso.
La introduccin del mtodo se realiza a continuacin de la crtica de la lgica, el lgebra y el anlisis. Brevemente, la crtica es sta: en el caso de la lgica, su uso se ha confundido, hacindonos creer que sirve para la obtencin de nuevo conocimiento, cuando en realidad se limita a dar coherencia a lo que ya se sabe. En los otros dos casos, Descartes sostiene que el anlisis geomtrico fatiga mucho la imaginacin sin ejercitar el entendimiento, lo que significa que est tan obligada a la consideracin de figuras que se aparta de las exigencias de claridad de la razn (la imaginacin es en Descartes una facultad claramente separada del entendimiento. En las Meditaciones Metafsicas expone su utilidad para la figuracin, trabajar con figuras, lo que la liga a lo emprico y sensorial). En el caso del lgebra, Descartes la considera un saber que, debido a su complejidad y la rigidez de sus reglas, limita y encorseta el ingenio (la razn), en lugar de desarrollarlo.