10 de febrero del 2012

ITSL

FORMATOS DE ARCHIVOS DE SECUENCIA

Ensayo sobre el tema formatos de archivos de secuencia

| Israel Cisneros Barajas

INTRODUCCIN

Los archivos de secuencia pueden ser relacionados hoy en da de una manera muy importante pues gracias a ellos se llega a una correcta compatibilidad con los distintos archivos para su final ejecucin, pues la mayora de programas dependen de su compatibilidad con cada aplicacin para que la computadora pueda leerlo de una forma correcta el cual muchos de esos programas estn en internet de forma gratuita o de forma privada. Cabe mencionar que gracias a la secuencia de archivos podemos nosotros reproducir como msica, mirar imgenes y poder reproducir videos gracias a la extensin de archivos que ms adelante mencionare.

Para entender un poco sobre el tema analizaremos algunos conceptos importantes de los tipos de archivos y archivos de secuencias. En computacin existen bsicamente dos tipos de archivos, los archivos ASCII y los archivos binarios. El vocablo ASCII es un acrnimo para American Standard Code for Information Interchange. Es un estndar que asigna un valor numrico a cada carcter, con lo que se pueden representar los documentos llamados de Texto Plano, es decir, los que son legibles por seres humanos. Los archivos binarios son todos los dems. Como ejemplos tenemos:

Archivos BINARIOS:

De imagen: .jpg, .gif, .tiff, .bmp (Portable bitmap), .wmf (Windows Meta File), .png (Portable Network Graphics), .pcx (Paintbrush); entre muchos otros De video: .mpg, .mov, .avi, .gif Comprimidos o empaquetados: .zip, .Z, .gz, .tar, .lhz Ejecutables o compilados: .exe, .com, .cgi, .o, .a Procesadores de palabras: .doc Planillas de clculo: xls, wks, xlm

Archivos ASCII :

Archivos fuente: .f, .c, .p Formatos de texto: .tex, .txt, .html Formatos de intercambio: .rtf, .ps, .uu Dentro de los archivos ASCII de uso comn por los programas de bioinformtica estn los siguientes: De secuencias: .seq De secuencias mltiples: .aln, .msf (Multiple Sequence Format, secuencias alineadas), .rsf (Rich Sequence Format, estos archivos pueden incluir una o ms secuencias relacionadas o no).

QUE SON LOS ARCHIVOS? Los archivos tambin denominados ficheros (file); es una coleccin de informacin (datos relacionados entre s), localizada o almacenada como una unidad en alguna parte de la computadora. Los archivos son el conjunto organizado de informaciones del mismo tipo, que pueden utilizarse en un mismo tratamiento; como soporte material de estas informaciones.

ARCHIVOS Los archivos como coleccin de datos sirve para la entrada y salida a la computadora y son manejados con programas.

Los archivos pueden ser contrastados con Arrays y registros; Lo que resulta dinmico y por esto en un registro se deben especificar los campos, l nmero de elementos de un arrays (o arreglo), el nmero de caracteres en una cadena; por esto se denotan como "Estructuras Estticas".

En los archivos no se requiere de un tamao predeterminado; esto significa que se pueden hacer archivos de datos ms grandes o pequeos, segn se necesiten. Cada archivo es referenciado por su identificador (su nombre.).

CARACTERSTICAS DE LOS ARCHIVOS Las principales caractersticas de esta estructura son: Independencia de las informaciones respecto de los programas La informacin almacenada es permanente Un archivo puede ser accedido por distintos programas en distintos momentos Gran capacidad de almacenamiento.

En la siguiente descripcin, se presentan las extensiones de archivo ms frecuentes: act Cdigo fuente escrito en lenguaje de programacin Actor. drv Los archivos con esta extensin corresponden a los llamados "controladores" y contienen informacin que permite configurar los perifricos del ordenador: impresora, escner, monitor, disco duro, unidad lectora de disco compacto, etc. pdf Identifica archivos cuyo contenido est en formato PDF. Este formato debe su nombre al acrnimo del ingls Portable Document Format y permite transferir documentos como folletos, trpticos y en general, aquellos que contengan diseo grfico y utilicen fuentes tipogrficas especiales, con la seguridad de que se vern en la forma adecuada, sin importar el tipo de equipo que se utilice. Este formato fue creado por Adobe Systems, Inc, pero existen otros programas no propietarios que generan este tipo de archivos. agf Extensin utilizada en los archivos Atlas Geographyc File. dwg Grfico vectorial creado por el programa Autodesk AutoCAD. png (Portable Network Graphics). Grficos Portables de Red. Formato grfico muy completo especialmente pensado para redes. ai Grfico vectorial creado con el programa Adobe Ilustrator. dxf Grfico vectorial creado con el programa Autodesk AutoCAD. ps Archivos conocidos como PostScript y aunque es un archivo de texto plano, nicamente puede ser leido por una Impresora PostScript o con la ayuda de un visualizador como los que se describen en la tabla. Postscript, creado por la empresa Adobe, es utilizado para difundir documentos listos para imprimir, es decir, documentos que ya tienen un formato y no ser necesario editar. Este formato, junto con el PDF, se ha convertido en un estndar para la difusin de documentos en Internet. aiff Extensin que identifica archivos de audio en formato aiff, el cual es un estndar para el manejo de sonido en equipos Macintosh y es tan importante como su similar "wav", utilizado en Windows. eps A estos archivos se les conoce como PostScript Encapsulado (PS comprimido) y se diferencian de los del tipo PS en que su peso es inferior. Se utilizan para enviar archivos no modificables a travs de Internet. psd Grfico creado con el programa Adobe Photoshop.

asx Es un archivo que se puede usar para crear un listado de reproduccin (playlist) que contenga diferentes tipos de archivos y en diferentes resoluciones, siempre y cuando cada archivo sea reproducible por el reproductor Windows Media Player. Para obtener una reproduccin ptima y sin 'saltos' de imagen al cambiar de un vdeo a otro, se recomienda que se utilice la misma resolucin y formato en todos los videos. El archivo se puede crear en el Bloc de notas y se deber guardar como nombre.asx, el cual contendr el playlist de todos los videos. exe Este tipo de archivo, utilizado en la plataforma MS-DOS y Windows, contiene un programa que se ejecuta de manera automtica al hacer doble clic sobre su icono (en Windows) o al escribir su nombre seguido de un intro (en MS-DOS). qt Identifica archivos cuyo contenido fue creado en el programa Quick Time. Este formato tiene la capacidad de manejar audio, animacin, vdeo y capacidades interactivas; fue creado por la empresa Apple e inicialmente se desarroll para la plataforma Macintosh. Actualmente tambin se utiliza con Windows y Unix y es un estndar para el manejo de vdeo. (Igual que mov) asm Cdigo fuente en lenguaje de programacin ensamblador. fhd Archivo grfico creado con la aplicacin Freehand raw formato de imagen en bruto utilizado en las cmaras digitales para la fotografa profesional, que contiene toda la informacin original capturada por la cmara. au Esta extensin identifica archivos en un formato au, el cual fue uno de los primeros que permitieron almacenar y reproducir audio con calidad aceptable. Este formato fue desarrollado por la empresa NeXt Machine Sound System y en la actualidad ha sido desplazado por otros formatos como el "wav". (Igual que ulawy mulaw) fla Archivo generado por el programa Flash de Macromedia. Estos archivos pueden ser editados para crear dibujos inanimados o animados, as como imgenes o ambos. riff Identifica archivos que contienen audio en formato WAVE. Este formato, diseado por Microsoft, es un estndar para el manejo de audio en la plataforma Windows y permite obtener una alta calidad en el almacenamiento y reproduccin de audio, aunque su principal desventaja es el elevado peso de los archivos que genera.

avi Esta extensin identifica archivos que contienen vdeo digital. El formato AVI es el estndar utilizado en la plataforma Windows. Su principal desventaja es que genera archivos algo pesados. fon Esta extensin identifica archivos que contienen fuentes tipogrficas. Por ejemplo, en Windows existen estilos diferentes como: Arial, Times New Roman, Impact, Helvtica, Book antiqua, etc. En el ambiente Windows, la mayora de las fuentes tipogrficas se encuentran en la carpeta .FONTS y tienen extensiones como .fon y .ttf. rar Archivo comprimido con el programa compresor WinRAR. Para poder extraer los archivos que contiene necesitaremos este programa o cualquier otro compatible con este formato. bak Archivos para copias de seguridad. Estos archivos se generan tras utilizar algunos programas que modifican la configuracin del sistema operativo y en ellos se guarda la configuracin original. gif Esta extensin identifica archivos que contienen imgenes en formato gif. Este formato fue diseado por Compu Serve y debe su nombre a las siglas del ingls Graphic Interchange Format (Formato Grfico de Intercambio). Un archivo de imagen con este formato puede almacenar hasta 256 colores, por lo que generalmente son diseos sencillos, como rayas, tramados, dibujos animados simples, etc. y por su bajo peso y caracterstica multiplataforma, se utiliza extensamente en Internet. rmi Extensin que identifica archivos de audio en formato MIDI. Este formato debe su nombre al acrnimo del trmino ingls Musical Instrument Digital Interface y es un estndar para la transmisin de informacin musical entre instrumentos electrnicos y ordenadores. Algunas de sus caractersticas son: no almacena con suficiente nitidez sonidos complejos como la voz humana y los archivos que genera son de poco peso. (igual que mid. y .midi) bas Archivo con cdigo fuente de lenguaje de programacin BASIC. gz Esta extensin se utiliza en archivos que estn compactados con el programa Gzip. El programa Gzip es de libre distribucin y es elaborado por Free Software Foundation, fundacin que est realizando un sistema operativo similar a Unix para su distribucin gratuita. sit Esta extensin, utilizada principalmente en equipos Macintosh, identifica archivos comprimidos mediante el programa Stuffit.

bat Esta extensin, utilizada en ambientes MS-DOS y Windows, identifica archivos conocidos como bath o de lotes. hlp Esta extensin, usada en Windows, se utiliza para identificar archivos de ayuda (help). snd Extensin que identifica archivos que se utilizaban en ordenadores Amiga para almacenar y reproducir audio. Este formato tiene una calidad similar a la del formato wav y actualmente se encuentra en desuso. bin Identifica archivos comprimidos y se utiliza principalmente en equipos Macintosh. Los archivos de gran tamao requieren ser comprimidos para su transporte y, para poderse utilizar nuevamente, deben ser descomprimidos. hqx Identifica archivos comprimidos en formato hqx. Este formato es utilizado principalmente en equipos Macintosh y a diferencia de su similar "bin", la informacin ha sido convertida en formato ASCII para as asegurar su transferencia por alguna red. Es conveniente sealar que los archivos de gran tamao requieren ser comprimidos para su transportacin y para poderse utilizar nuevamente requieren descomprimirse. swf Objeto del programa Macromedia Flash. Archivo en formato optimizado (no editable) para ser "colgado" en Internet. bmp Grfico en formato Bip MaP (mapa de bits) que puede ser abierto en la aplicacin Paint Brush diseada para el sistema operativo Microsoft Windows. hpg Lenguaje grfico de Hewlett Packard para trazadores.

tga Grfico en formato TARGA. cdr Archivo generado por el programa Corel Draw, el cual sirve para crear dibujos e imgenes con gran calidad. htm Esta extensin identifica archivos cuyo contenido est en lenguaje HTML. Este lenguaje es el utilizado para mostrar la informacin en la Web. La extensin htm es compatible con DOS. tiff (Tagged Image File Format) Formato de archivo de imgenes etiquetadas. Se trata de un formato de imagen de alta resolucin basado en etiquetas. TIFF se utiliza para el intercambio universal de imgenes digitales. Formato de archivos de grficos por trama ampliamente utilizado y desarrollado por Aldus y Microsoft, que maneja monocromtico, escala de grises, color de 8 y 24 bits.

cfg Identifica archivos de configuracin. Estos archivos almacenan la configuracin de programas instalados en el ordenador, por ejemplo, en el caso de los juegos, estos archivos se refieren al color de la pantalla, la funcin de cada tecla, los sonidos, etc. html Esta extensin identifica archivos cuyo contenido est en lenguaje HTML. Este lenguaje es el utilizado para mostrar la informacin hipertextual en la Web. tmp Extensin que identifica archivos temporales. Este tipo de archivos se crean durante la ejecucin de las aplicaciones y se almacenan en el disco duro del ordenador. Normalmente son eliminados cuando se cierra el programa que los gener. cgi Identifica archivos que contienen programas escritos en Perl y que estn adaptados para funcionar en Internet. Este tipo de archivos, requieren para su funcionamiento, estar instalados en un servidor que tenga habilitado el programa Perl. img Imagen de disco creada en un entorno MAC. Tambin puede corresponder a un grfico creado con el programa Ventura Publisher o GEM Paint. txt Identifica archivos que contienen solo texto. class Este tipo de archivo es el paso intermedio entre el cdigo fuente y un programa compilado en lenguaje Java. Esta extensin la utilizan los applets de Java. El archivo .class es independiente de la pgina HTML. Poseen sintaxis que permite realizar los ms variados efectos. Estos archivos no se pueden editar a menos que sean descompilados. ink Segunda extensin de un archivo que utilizan algunos virus. La extensin del archivo enviado generalmente es doble, por ejemplo: documento.jpg.pif, o facturas.xls.ink. Las segunda extensin de este archivo generalmente es: .ink, .pif, .bat o .com. ulaw Esta extensin identifica archivos en un formato au, el cual fue uno de los primeros que permitieron almacenar y reproducir audio con calidad aceptable. Este formato fue desarrollado por la empresa NeXt Machine Sound System y en la actualidad ha sido desplazado por otros formatos como el "wav". (Igual que au y mulaw) com Esta extensin, utilizada en ambientes MS-DOS y Windows, identifica archivos que ejecutan programas.

jpeg Esta extensin identifica archivos que contienen imgenes en formato jpeg. Este formato es utilizado para almacenar y presentar fotos e imgenes sin movimiento. A diferencia de su similar "gif", permite el manejo de un mayor nmero de colores. Jpeg es un estndar para el manejo de imgenes en Internet. voc Este formato, desarrollado por la empresa Sound Blaster, es similar al wav, pero en la actualidad est en desuso. cpt Extensin utilizada por archivos que contienen imgenes generadas en el programa Corel Photopaint. Este programa est diseado para editar imgenes y est incorporado al Corel Draw. jpg Al igual que el anterior, esta extensin identifica archivos que contienen imgenes en formato jpeg. vxd Controlador de dispositivo virtual. Son usados internamente por Microsoft Windows css Extensin de los archivos de hojas de estilo en cascada. lit Es una extensin para libro electrnico que se puede leer con Microsoft Reader. wav Identifica archivos que contienen audio en formato WAVE. Este formato, diseado por Microsoft, es un estndar para el manejo de audio en la plataforma Windows y permite obtener una alta calidad en el almacenamiento y reproduccin de audio, aunque su principal desventaja es el elevado peso de los archivos que genera. dat Archivo de datos. Este archivo contiene normalmente datos para formar "bases de datos". Se genera automticamente por algunos programas y en l se almacena informacin referente a dicho programa para uso interno del mismo. En general, este tipo de archivos no son editables. La edicin de este tipo de archivo con extensin DAT, puede hacerse normalmente con un editor de textos. mid Extensin que identifica archivos de audio en formato MIDI. Este formato debe su nombre al acrnimo del termino ingls Musical Instrument Digital Interface y es un estndar para la transmisin de informacin musical entre instrumentos electrnicos y computadoras. Algunas de sus caractersticas son: no almacena con suficiente nitidez sonidos complejos como la voz humana y los archivos que genera son de poco peso. (Igual que midi y rmi) wbc Coleccin de fotos para el programa Webshots.

dbf Debe su nombre al acrnimo del trmino en ingls Data Base File y se utiliza para identificar archivos que contienen bases de datos. midi Igual que el anterior, es un extensin que identifica archivos de audio en formato MIDI. wbz Archivo de fotografas (WebShots) dib Formato de grficos multiplataforma. mov Identifica archivos cuyo contenido fue creado en el programa Quick Time. Este formato tiene la capacidad de manejar audio, animacin, vdeo y capacidades interactivas; fue creado por la empresa Apple e inicialmente se desarroll para la plataforma Macintosh. Actualmente tambin es utilizado en Windows y Unix y es un estndar para el manajo de vdeo. (Igual que qt) wma Extensin de Windows Media Audio, formato propietario desarrollado por Microsoft. Es un formato que est orientado ms a la difusin (broadcasting) a travs de Internet. dir Archivo creado con el programa Macromedia Director. mp3 Identifica archivos que contienen sonido en formato MPEG Audio Stream, Layer III. Se trata de un formato no propietario. Este formato tiene la capacidad de almacenar audio con calidad similar a la de un disco compacto. Su ventaja radica en que se reduce considerablemente el peso de los archivos generados (normalmente la proporcin es de 1/10). Por este motivo, mp3 se ha convertido en el formato ms utilizado para la distribucin de msica en Internet. xls Libros u hojas de clculo creados con Microsoft Excel. dll Debe su nombre al acrnimo del trmino en ingls Dinamic Link Library e identifica archivos que contienen enlaces dinmicos. Estos archivos son pequeos programas, utilizados por otros ms grandes, y permiten la comunicacin con los perifricos (teclado, ratn, impresora, escner, etc.) conectados a la computadora. La gran ventaja del uso de los dll es el ahorro de memoria RAM, ya que se cargan nicamente cuando se les requiere. mpeg Identifica archivos que contienen vdeo en formato MPEG. Este formato toma su nombre de Moving Pictures Expert Group, que es grupo integrado por ms de 70 compaas e instituciones de todo el mundo, entre las que destacan Sony, Philips y Apple; que se han unido con la finalidad de conformar un estndar para el manejo de video digital en CD, televisin por cable, transmisin directa por satlite y televisin de alta definicin. (Igual mpg)

zip Identifica archivos comprimidos en formato ZIP. Este formato es uno de los ms utilizados en ambientes MS-DOS y Windows. Existe un tipo especial de archivos zip que terminan con la extensin .exe. dng Formato para edicin de imgenes de Adobe. Digital Negative Specification. mpg Identifica archivos que contienen vdeo en formato MPEG. Este formato toma su nombre de Moving Pictures Expert Group, grupo integrado por ms de 70 compaas e instituciones de todo el mundo, entre las que destacan Sony, Philips y Apple; que se han unido con la finalidad de conformar un estndar para el manejo de video digital en CD, televisin por cable, transmisin directa por satlite y televisin de alta definicin. (Igual mpeg) doc Esta extensin identifica archivos que contienen textos con formato, generalmente creados con el programa Microsoft Word. mulaw Esta extensin identifica archivos en un formato au, el cual fue uno de los primeros que permitieron almacenar y reproducir audio con calidad aceptable. Este formato fue desarrollado por la empresa NeXt Machine Sound System y en la actualidad ha sido desplazado por otros formatos como el "wav". (Igual que au y ulaw).

La manera bsica de organizar un conjunto de registros, que forman un archivo, es utilizando una organizacin secuencial. Los archivos secuenciales es la forma de guardar los registros de un archivo. En los archivos secuenciales podemos guardar los registros en forma ordenada uno tras el otro. Los archivos secuenciales pueden ser almacenados en discos magnticos, un archivo secuencial puede tener registros fijos o variables. Una ventaja de los archivos secuenciales es que proveen la mejor utilizacin del espacio y tambin son rpidos cuando los registros son ingresados secuencialmente. La declaracin del archivo y la definicin del registro depender del lenguaje de programacin que se va a utilizar, los as comunes son los archivos ASCII y binarios. A si mismo cabe mencionar un ejemplo de secuencia de archivos: Registro 1 Registro 2 Registro I-1 Registro I-2 Registro N-1 Registro N Para leer un archivo secuencial, el sistema siempre comienza al principio del archivo y lee un registro a la vez hasta llegar al registro que se desea.

CONCLUSIONES
Como conclusin tengo que la importancia en los registros para llevar un buen orden de nuestros datos no importa la forma como se haga, porque los registros estn organizados en forma de listas y un archivo organizado secuencialmente es el conjunto de registros. Sobre la importancia de los tipos de archivos y su formato para poder ser ejecutados por una computadora o cualquier dispositivo mvil cabe sealar que muchas veces son complementos que sirven para que funcione correctamente el programa y puedan ser ledos por la computadora ya sean archivos binarios o archivos ascii.

Referencia
Miguel Vega Guzman de http://www.hipertexto.info/documentos/archivos.htm Librerias de Microsoft de http://msdn.microsoft.com/library/spa/default.asp?url=/library/SPA/vbcon/html/vbconPr ojectItemsInVisualBasic.asp Nueva fase de http://www.nuevafase.com/informatica/extensiones/