Cours de 8ocferioIogie

MedicoIe
Olivier Gaillot Olivier Gaillot
19 Septembre 2007 19 Septembre 2007
Facult Faculte e de M de Me edecine de Rennes decine de Rennes
ObjectiIs de l`enseignement de
Bacteriologie (DCEM 1)
1. Bactriologie gnrale :
- classification, structure, diversit
- relations htes/bactries et virulence.
2. Dmarches diagnostiques.
3. Principales bactries dintrt mdical.
4. Diagnostic des infections, par appareil.
Rforme de l'enseignement du 2e cycle (arrt du 10 octobre 2000)
Module 7 Sant et environnement - maladies transmissibles
Planning des enseignements (1)
1. Relations hte-bactries
2. Anatomie et physiologie bactrienne
3. Principe du diagnostic des infections bactriennes
4. Mode daction des antibiotiques
5. Mcanismes de la rsistance aux antibiotiques
6. Staphylocoques
7. Streptocoques et entrocoques
8. Listriose, diphtrie, maladie de Whipple
9. Tuberculose et lpre
Planning des enseignements (2)
10. Escherichia coli
11. Salmonelles, shigelles, yersinioses digestives
12. Cholera, infections Campylobacter et Helicobacter
13. Pseudomonas aeruginosa et Legionella pneumophila
14. Neisseria, Haemophilus, Bordetella pertussis
15. Maladies sexuellement transmissibles
16. Chlamydioses, brucellose, rickettsioses
17. Infections bactries anarobies
18. Les agents du bioterrorisme
19. Diagnostic molculaire
20. Recommandations officielles
et les travaux pratiques
www.microbes-edu.org
Les relations de l`Homme avec les
microorganismes (1)
1. Lindiffrence
ex. les microorganismes marins
2. Le commensalisme et le mutualisme
La relation est contrle par limmunit (naturelle ou acquise)
lquilibre est maintenu jusqu la mort
un dsquilibre peut survenir, conduisant linfection
- rupture des barrires
- immunodpression/suppression
- rencontre avec un pathogne virulent.
Les relations de l`Homme avec les
microorganismes (2)
3. Le parasitisme et linfection
gurison et limination du germe, sans squelle
gurison et limination du germe, squelles ou effet distance
ex. rhumatisme articulaire aigu et Streptococcus pyogenes
gurison avec persistance du germe, sans squelle
ex. toxoplasmose
persistance du microorganisme et squelles ou effet distance
ex. infection herptique, virus des hpatites et cancer du foie
mort de lhte
Les deIenses de l`hte contre les
microorganismes
Pour ne pas tre envahi par les milliards de microorganismes qui
tentent de simplanter sur ses tguments, chaque individu
dispose dun puissant systme de dfense mis en place au
cours de lvolution et qui ne le cde en complexit quau
systme nerveux.
Les deIenses de l`hte contre les
microorganismes
Pour ne pas tre envahi par les milliards de microorganismes qui tentent de simplanter sur ses
tguments, chaque individu dispose dun puissant systme de dfense mis en place au cours de
lvolution et qui ne le cde en complexit quau systme nerveux.
1. Dfenses non spcifiques :
limmunit naturelle
- la peau, les muqueuses
- la raction inflammatoire non spcifique
2. Dfenses spcifiques :
limmunit acquise
- immunit humorale
- immunit cellulaire
chaque mcanisme de dfense de lhte, les microorganismes pathognes
rpondent par des stratgies dchappement ou de rsistance.
Les deIenses non speciIiques :
(1) la peau
1. Une barrire efficace contre lagression microbienne
- pas de passage des bactries travers la peau intacte
- [gravit des infections cutanes chez les brls]
Les deIenses non speciIiques :
(1) la peau
2. Capable de limiter sa colonisation par les pathognes
- scheresse, acidit (pH 5), temprature < 37C, desquamation rapide,
- production de lysozyme (dgradant le peptidoglycane),
- production de lipides toxiques par les glandes sudoripares et les
follicules pileux,
- effet de barrire de la flore rsidente (bactries Gram +),
- prsence dun tissu lymphode associ (SALT) :
lymphocytes,
kratinocytes (phagocytose, production de cytokines, maintien
de lacidit cutane).
Autres deIenses non speciIiques (1)
1. La carence en fer
- fer ionis tissulaire :10-18 M. Croissance bactrienne si 10-5.
- rsulte de la chlation par des protines trs affines, intra-cellulaires
(ferritine) et extracellulaires (transferrine, lactoferrine).
2. Les mouvements physiologiques
- le pristaltisme, la toux, lternuement, le flux urinaire,
- le mouvement muco-ciliaire de lpithlium respiratoire.
Autres deIenses non speciIiques (2)
3. Le pH et la composition des secrtions
- lacidit cutane, urinaire, vaginale et gastrique,
- lalcalinit duodnale,
- la bile, les larmes, les secrtions prostatiques, etc.
4. La fivre
- inhibition de la croissance des microorganismes
- augmentation de la phagocytose, et de la prolifration lymphocytaire.
La 2e ligne de deIense : phagocytes et
complement (1)
1. La raction inflammatoire
- Libration de facteurs chimiotactiques par des cellules stimules lors
dune lsion tissulaire (ex., mastocytes, plaquettes)
vasodilatation, extravasation de protines de linflammation,
stase sanguine et modifications de lendothlium vasculaire qui devient
adhrent (slectines, ICAM) et franchissable par les phagocytes.
afflux de phagocytes circulants vers le foyer infectieux.
2. La phagocytose
- Adhsion puis internalisation et dgradation du germe.
- Expression des antignes la surface des phagocytes mononucls ;
prsentation aux cellules de la rponse immunitaire spcifique.
La 2e ligne de deIense : phagocytes et
complement (2)
3. Le complment (voie alterne)
- plus de 25 protines sriques
- cascade enzymatique initie par certains structures bactriennes
(exemple: LPS, LTA, polyosides capsulaires) en labsence danticorps.
3 actions contribuant la destruction de lagent infectieux
+ Lyse directe (complexe dattaque de la membrane)
+ Opsonisation directe ou indirecte (C3b)
+ Chimiotactisme (C3a, C5a)
Les deIenses speciIiques
Anticorps (immunit mdiation humorale)
et
Lymphocytes T cytotoxiques et macrophages activs
(immunit mdiation cellulaire)
L`immunite a mediation humorale
(rappel succinct)
1. Active contre les germes multiplication extracellulaire
2. Cintique dapparition des anticorps pendant linfection
- primo-infection : IgM et IgA (8-10 jours), puis IgG
- r-infection : IgG seulement
L`immunite a mediation humorale
(rappel succinct)
3. Mode daction des anticorps pendant linfection
- IgG et IgM : protection tissulaire et sanguine
- IgA : protection au niveau des muqueuses.
opsonisation des bactries (IgG) qui facilite la phagocytose
neutralisation de facteurs de pathognicit
ex. exotoxines bactriennes, adhsine.
Les relations de l`Homme avec les
microorganismes (2)
3. Le parasitisme et linfection
gurison et limination du germe, sans squelle
gurison et limination du germe, squelles ou effet distance
ex. rhumatisme articulaire aigu et Streptococcus pyogenes
gurison avec persistance du germe, sans squelle
ex. toxoplasmose
persistance du microorganisme et squelles ou effet distance
ex. infection herptique, virus des hpatites et cancer du foie
mort de lhte
Les deIenses de l`hte contre les microorganismes
(1)
1. Dfenses non spcifiques :
limmunit naturelle
- la peau, les muqueuses
- la raction inflammatoire non spcifique
Pour ne pas tre envahi par les milliards de microorganismes qui tentent de
simplanter sur ses tguments, chaque individu dispose dun puissant systme de
dfense mis en place au cours de lvolution et qui ne le cde en complexit quau
systme nerveux.
Les deIenses de l`hte contre les microorganismes
(2)
2. Dfenses spcifiques :
limmunit acquise
- immunit humorale
- immunit cellulaire
chaque mcanisme de dfense de lhte, les microorganismes
pathognes rpondent par des stratgies dchappement ou de
rsistance.
Les deIenses non speciIiques : la peau (1)
1. Une barrire efficace contre lagression microbienne
- pas de passage des bactries travers la peau intacte
- gravit des infections cutanes chez les brls +++
Les deIenses non speciIiques : la peau (2)
2. Capable de limiter sa colonisation par les pathognes
- - s s cheresse, acidit cheresse, acidit (pH 5), temp (pH 5), temp rature < 37 rature < 37 C, C, desquamation rapide desquamation rapide
- production de lysozyme (dgradant le peptidoglycane),
- - production de lipides toxiques par les glandes sudoripares et l production de lipides toxiques par les glandes sudoripares et les follicules pileux, es follicules pileux,
- effet de barrire de la flore rsidente (bactries Gram +),
- - pr pr sence d sence d un tissu lympho un tissu lympho de associ de associ ( (SALT SALT) ) : :
lymphocytes, lymphocytes,
k k ratinocytes ratinocytes (phagocytose, production de cytokines, maintien de l (phagocytose, production de cytokines, maintien de l acidit acidit cutan cutan e). e).
Autres deIenses non speciIiques (1)
1. La carence en fer
- fer ionis tissulaire :10-18 M. Croissance bactrienne si 10-5.
- rsulte de la chlation par des protines trs affines, intra-
(ferritine) et extracellulaires (transferrine, lactoferrine).
2. Les mouvements physiologiques
- le pristaltisme, la toux, lternuement, le flux urinaire,
- le mouvement muco-ciliaire de lpithlium respiratoire.
Autres deIenses non speciIiques (2)
3. Le pH et la composition des secrtions
- lacidit cutane, urinaire, vaginale et gastrique,
- lalcalinit duodnale,
- la bile, les larmes, les secrtions prostatiques, etc.
4. La fivre
- inhibition de la croissance des microorganismes
- augmentation de la phagocytose, et de la prolifration lymphocytaire.
La 2e ligne de deIense : phagocytes et complement
(1)
1. La raction inflammatoire
- Libration de facteurs chimiotactiques par des cellules stimules lors
dune lsion tissulaire (ex., mastocytes, plaquettes)
vasodilatation, extravasation de protines de linflammation, stase
sanguine et modifications de lendothlium vasculaire qui devient adhrent
(slectines, ICAM) et franchissable par les phagocytes.
afflux de phagocytes circulants vers le foyer infectieux.
La 2e ligne de deIense : phagocytes et complement
(2)
2. La phagocytose
- adhsion puis internalisation et dgradation du germe.
- expression des antignes la surface des phagocytes mononucls ;
prsentation aux cellules de la rponse immunitaire spcifique.
La 2e ligne de deIense : phagocytes et complement
(3)
3. Le complment (voie alterne)
- plus de 25 protines sriques
- cascade enzymatique initie par certains structures bactriennes (ex.,
LPS, LTA, polyosides capsulaires) en labsence danticorps.
3 actions contribuant la destruction de lagent infectieux
. Lyse directe (complexe dattaque de la membrane)
. Opsonisation directe ou indirecte (C3b)
. Chimiotactisme (C3a, C5a)
Les deIenses speciIiques
Anticorps (immunit mdiation humorale)
et
Lymphocytes T cytotoxiques et macrophages activs
(immunit mdiation cellulaire)
L`immunite a mediation humorale (1)
(rappel succinct)
1. Active contre les germes multiplication extracellulaire
2. Cintique dapparition des anticorps pendant linfection
- primo-infection : IgM et IgA (8-10 jours), puis IgG
- r-infection : IgG seulement
L`immunite a mediation humorale (2)
(rappel succinct)
3. Mode daction des anticorps pendant linfection
- IgG et IgM : protection tissulaire et sanguine
- IgA : protection au niveau des muqueuses.
opsonisation des bactries (IgG) qui facilite la phagocytose
neutralisation de facteurs de pathognicit
ex. exotoxines bactriennes, adhsine.
L`immunite a mediation cellulaire (1)
1. Cellules effectrices
- les lymphocytes T cytotoxiques CD8+
action cytolytique directe action cytolytique directe
production de cytokines (activation de macrophages) production de cytokines (activation de macrophages)
- - Les macrophages activ Les macrophages activ s s
Efficace contre les germes multiplication intracellulaire, inaccessibles aux
immunoglobulines, elle permet la destruction directe de cellules infectes.
ex. infections mycobactries, Listeria, Legionella, Chlamydia
L`immunite a mediation cellulaire (2)
2. Le granulome immunologique
- recrutement de macrophages activs sur le site infectieux,
- isolement du foyer et destruction des cellules infectes
3. Lhypersensibilit retarde
Rponse cellulaire rapide et intense lors dune rinfection
Germes multiplication extracellulaire
Ingestion et inactivation par le macrophage
Prsentation de peptides bactriens en association
avec des molcules de classe II du CMH
Stimulation des LT auxilliaires (Th1 et Th2, CD4+)
Th1: production dIFN- activation des macrophages
Th2: stimulation des LB production danticorps
Germes multiplication intracellulaire
Entre et division dans le cytoplasme du macrophage
Prsentation de peptides bactriens associs des
molcules de classe I du CMH
Stimulation des LT cytotoxiques (CD8+)
Destruction des cellules prsentant le complexe
peptide bactrien-molcule de classe I
Pouvoir pathogene des microorganismes
Generalites (1)
1. Le postulat de Koch : une dfinition de la virulence
Pour quun microorganisme puisse tre considr comme cause dune
maladie, les critres suivants doivent tre remplis :
- Prsence du microorganisme dans tous les cas de la maladie.
- Le microorganisme doit tre pouvoir tre isol en culture pure.
- Administr un animal prdispos, il doit reproduire la maladie.
- Il doit pouvoir tre isol des lsions observes chez lanimal.
Pouvoir pathogene des microorganismes
Generalites (2)
2. Infection symptomatique et asymptomatique
3. tude de la virulence
- modles exprimentaux, DL50 et DI50
- dterminisme gntique de la virulence.
4. Pathognes obligatoires et opportunistes
-Yersinia pestis, Mycobacterium tuberculosis
- Neisseria meningitidis, Staphylococcus aureus
- -Pseudomonas Pseudomonas aeruginosa aeruginosa, , Legionella Legionella pneumophila pneumophila
Suget immunocomp Suget immunocomp tent tent
Commensal Commensal
Commensal Commensal
Pathog Pathog ne ne
Pathog Pathog ne ne
Immunit
Immunit
Pathogne
opportuniste
Suget immunod Suget immunod prim prim
ViruIence du germe
ViruIence du germe
Principales etapes du processus inIectieux :
1. l`adhesion
1. tape quasi-obligatoire du processus infectieux
exception : intoxications alimentaires
2. Permet la colonisation d'un tgument de l'hte
Principales etapes du processus inIectieux :
1. l`adhesion
3. L'adhsion implique une adhsine et un rcepteur
- Gram ngatif : l'adhsine est localise la partie distale d'un pilus ou fimbria ;
elle reconnat des sucres lis des protines ou des lipides.
Principales etapes du processus inIectieux :
1. l`adhesion
3. L'adhsion implique une adhsine et un rcepteur
- Gram ngatif : l'adhsine est localise la partie distale d'un pilus ou fimbria ;
elle reconnat des sucres lis des protines ou des lipides.
- Gram positif : pas de pili, mais les bactries sont capables de s'entourer de
protines comme le C3b, la fibronectine, le collagne, la fibrine.
La bactrie ainsi recouverte s'attache aux cellules de l'hte exprimant des
protines transmembranaires spcifiques : les intgrines.
Les bactries adhrentes possdent un rpertoire dadhsines.
Principales etapes du processus inIectieux :
2. l`acquisition des nutriments: l`exemple du Ier
1. Fixation de la lactoferrine ou de la transferine sur un
rcepteur bactrien spcifique
ex. Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori
2. Fixation de lhme sur un rcepteur bactrie spcifique
ex. Vibrio cholerae
Principales etapes du processus inIectieux :
2. l`acquisition des nutriments: l`exemple du Ier
3. Scrtion de sirophore et synthse dun complexe
membranaire pour le complexe siderophore-Fer
ex. larobactine de Escherichia coli
4. Une tape frquente : la lyse de cellules cibles.
ex. la plupart des hmolysines, la toxine diphtrique
Principales etapes du processus inIectieux :
3. l`envahissement tissulaire
Les protases dgradant le tissu conjonctif
facilitation de la propagation tissulaire des bactries
Exemples :
- hyaluronidases de S. aureus et S. pyogenes
- lastases de Pseudomonas aeruginsosa
- collagnases de Clostridium perfringens
Principales Principales e etapes du processus inIectieux tapes du processus inIectieux : :
4. l 4. l` `invasion cellulaire invasion cellulaire
1. 1. tape non obligatoire du processus infectieux tape non obligatoire du processus infectieux
2. 2. Recherche d'un Recherche d'un sanctuaire sanctuaire l l abri de la r abri de la r ponse humorale ponse humorale
- - survie et multiplication survie et multiplication
- - moyen de transport moyen de transport
Principales Principales e etapes du processus inIectieux tapes du processus inIectieux : :
4. l 4. l` `invasion cellulaire invasion cellulaire
3. 3. Des m Des m canismes bien caract canismes bien caract ris ris s s in vitro in vitro
- - mod mod les cellulaires, marquages sp les cellulaires, marquages sp cifiques cifiques
- - g g nes d'invasion identifi nes d'invasion identifi s chez les principaux pathog s chez les principaux pathog nes intracellulaires nes intracellulaires
L'entre des bactries s'accompagne d'une rorganisation du cytosquelette de
la cellule hte
L L exemple de exemple de Listeria Listeria monocytogenes monocytogenes
Macrophage infecte par L. monocvtogenes
1. internalisation
Macrophage infecte par L. monocvtogenes
2. echappement et multiplication
Macrophage infecte par L. monocvtogenes
3. Polvmerisation de lactine
Macrophage infecte par L. monocvtogenes
hffp://cmgm.sfonford.edu/fheriof/movies.hfm
Macrophage infecte par L. monocvtogenes
hffp://cmgm.sfonford.edu/fheriof/movies.hfm
Macrophage infecte par L. monocvtogenes
hffp://cmgm.sfonford.edu/fheriof/movies.hfm
Resistance a la reponse de l`hte
1. Rsistance des bactries lingestion par les phagocytes
- la capsule bactrienne qui empche lopsonisation
- coagulases - les systmes de secrtion de type III
Cytosol bactrien Protine effectrice
membrane interne
peptidoglycane
membrane externe
membrane cellulaire
Cytosol de la cellule hte
protines scrtes de type III
formant un pore
Resistance a la reponse de l`hte
2. Rsistance aux effecteurs microbicides des phagocytes
- inhibition de la fusion phagolysosomiale
ex. Chlamydia trachomatis
- chappement du phagolysosome
ex. Listeria, Shigella
- synthse denzymes dtoxifiants le contenu du phagolysosome
ex. mycobactries, Brucella, Legionella
- survie dans le phagolysosome
ex. Mycobacterium leprae, Coxiella, Salmonella
Sfrofegies de survie
infroceIIuIoire
Sfrofegies de survie
infroceIIuIoire
Enfree dons
une vocuoIe
Adhesion
Morf bocferienne
Survie dons Ie
phogoIysosome
SoImoneIIo
Inhibifion
de Io fusion
phogoIysosomoIe
ChIomydio
Echoppemenf
dons Ie cyfopIosme
Lisferio
Resistance a la reponse de l`hte
3. Rsistance la rponse humorale
- C5a peptidases
- IgA protases
- variation antignique
4. Rsistance aux antibiotiques
Les toxines
1. Molcules bactriennes toxiques et diffusibles
- Elles exercent leurs effet distance du foyer initial
- parfois en labsence du germe producteur
Les toxines
2. Endotoxine : libre lors de la lyse microbienne
- Gram - exclusivement
- le lipide A est le support des effets biologiques (TNF)
petite dose, il stimule les dfenses immunitaires
haute dose, responsable du choc endotoxinique haute dose, responsable du choc endotoxinique
La toxine cholerique CTX
Les toxines
3. Exotoxines : secrtes pendant la croissance microbienne
- toxines formant des pores dans les membranes biologiques
lyse des cellules cibles
ex. toxine de Clostridium perfringens
- toxines de type A-B (associations de sous-units A et B)
ex. toxines diphtrique, cholrique, ttanique
- les superantignes
Superantigenes
1. Molcules qui activent jusqu 1/5e des LT auxiliaires (au lieu
de 1/10 000 dans le cas dun antigne)
modification de lhomostasie immunitaire
2. Exemples :
- entrotoxines et toxine du syndrome du choc toxique (TSST-1) de
Staphylococcus aureus.
- toxines rythrognes de Streptococcus pyogenes.
Superantigenes
3. Mode daction :
Superantigenes
3. Mode daction :
Prsentation sans internalisation pralable par les cellules
prsentatrices en association avec des molcules de classe II.
Activation intense des LT auxiliaires
production massive dIL-2
production massive de TNF et autres cytokines
choc majeur