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PROTENAS, ESTRUCTURA Y FUNCIN Las protenas, debido a su importancia nutricional, se han convertido en foco de estudio de los tecnlogos de alimentos en el mundo. La palabra protena significa ser primero, lo que indica la importancia de estos compuestos para la vida. Las protenas desempean un papel muy importante en las funciones biolgicas de los seres vivos. Mencionaremos slo algunas de ellas. Catlisis enzimtica. Casi todas las reacciones qumicas que se llevan a

cabo en las clulas vivas estn catalizadas por macromolculas proteicas llamadas enzimas. Transporte. Muchos compuestos son transportados por protenas dentro

de los organismos vivos. Un ejemplo clsico es el transporte de oxgeno por la hemoglobina. Estructurales. Muchas protenas forman parte del tejido conectivo de los

animales, como son la piel, el pelo y otros tejidos rgidos estructurales; por ejemplo, el colgeno, la elastina, la queratina. Constituyentes de la sangre. La sangre est constituida por distintas

protenas que desempean funciones diversas. Hormonas. Algunas hormonas, como la insulina, estn constituidas por

aminocidos. Proteccin inmune. Los anticuerpos son protenas altamente especficas

que reconocen a sustancias extraas, como virus y bacterias, proporcionando, de esta forma, proteccin a los organismos. Contraccin muscular. La contraccin muscular se lleva a cabo con la

participacin de protenas, como la miosina y actina. Por su composicin, las protenas pueden ser: Conjugadas. Estn constituidas por un componente polipeptdico asociado a otro no peptdico que puede ser orgnico o inorgnico, al cual se le denomina grupo prosttico. Este grupo puede ser un carbohi-drato y constituye una
Recopilado por: Luz del Carmen Ornelas Hernndez. Profesora de Bioqumica. Instituto Tecnolgico de Morelia

2 glicoprotena; un ion metlico, que conforma una metaloprotena; una flavina, que origina una flavoprotena, etc. No conjugadas. Son protenas constituidas solamente por aminocidos.

Por su solubilidad y forma, las protenas se clasifican en: Fibrosas. Estn constituidas por cadenas polipeptdicas largas y entrelazadas, formando una especie de cuerdas que integran hilos o filamentos plurimoleculares y, por lo general, son insolubles en agua. Estas protenas se encargan de la contraccin muscular y constituyen la estructura de los organismos. Globulares. Son protenas cuyas cadenas polipeptdicas estn curvadas

sobre s mismas, de tal manera que constituyen estructuras mucho ms compactas que las fibrosas. Estas son, generalmente, ms solubles que las fibrosas, pero tambin son mucho ms delicadas.

Aminocidos Los aminocidos son los monmeros y principales constituyentes de las protenas. Un aminocido es un compuesto que tiene en su misma estructura un grupo carboxilo y un grupo amino. Todos los aminocidos constituyentes de protenas son -aminocidos porque los grupos carboxilo y amino se en-cuentran en el carbono alfa (C) de la molcula. La prolina es un -aminocido debido a que el grupo amino interacciona y forma un anillo heterocclico. Con excepcin de la glicina, todos los -aminocidos presentan un carbono asimtrico y, por tanto, existen en dos formas pticamente activas: ismeros D y L, en similitud con la estructura qumica del gliceraldehdo. Los aminocidos que tienen actividad biolgica son los de la configuracin L. Estructura de los aminocidos Los aminocidos tienen estructura tetradrica debido a que el carbono alfa presenta una hibridacin sp3

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C6 C6

1s2, 2s2, 2px1, 2py1 1s2, 2s1, 2px1, 2py1, 2pz1

(estado basal) (estado excitado) (estado hbrido)

C6 1s2, 2(sp3)1, 2(sp3)1, 2(sp3)1, 2(sp3)1

NOTA. Recordemos: Configuracin de los orbitales sp. Los tomos de carbono que forman hibridaciones sp2 (la hibridacin ocurre entre el orbital 2s y dos orbitales 2p y queda un orbital p sin hibridar) pueden formar compuestos con enlaces dobles. Forman un ngulo de 120 y su molcula es de forma triangular plana. A los enlaces simples se les conoce como enlaces sigma () y los enlaces dobles estn compuestos por un enlace y un enlace .

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El C del grupo carboxilo tiene una hibridacin SP2 y la forma de la molcula de dicho grupo es trigonal plana. Hibridacin sp Se define como la combinacion de un orbital S y un P, para formar 2 orbitales hbridos, con orientacion lineal. Este es el tipo de enlace hbrido, con un ngulo de 180 y que se encuentra existente en compuestos con triples enlaces como los alquinos como el acetileno.

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5 Cuando un tomo de C tiene cuatro sustituyentes diferentes fijos a l formando una molcula asmetrica, se dice que el C es quiral, un centro de quiralidad o un estereocentro. Si una molcula contiene un C asimtrico, existen dos estereoismeros, se trata de imgenes especulares que no se pueden superponer una a la otra o enantimeros, como se muestra en la figura. Las formas de los aminocidos, menos la glicina presentan dos enantimeros L y D. Los enantimeros L y D pueden distinguirse entre s experimentalmente debido a que rotan el plano de la luz polarizada en direcciones opuestas. Por esta razn los enantimeros se llaman a veces ismeros pticos. Los aminocidos son molculas que existen en sus formas de imagen de espejo, en sus formas levgira y dextrgira. Todas las protenas en su forma natural en los organismos en la tierra, utilizan las formas L, un enigma bautizado como el problema de la no- identidad

Aminocidos y el efecto del pH En solucin acuosa, los -aminocidos estn ionizados y forman lo que a veces se conoce como una sal interna o zwitterion: Un zwitterin (del aleman "zwitter" "hbrido", "hermafrodita") es un compuesto qumico que es elctricamente neutro pero que tiene cargas formales positivas y negativas sobre tomos diferentes.

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El grupo carboxilo pierde un protn quedando cargado negativamente, mientras que el grupo amino adquiere una carga positiva al aceptar un protn. La proximidad inmediata del grupo carboxilo al grupo amino propicia esta ionizacin y genera que los aminocidos tengan un momento dipolar alto que hace que la mayora de ellos sean muy solubles en agua. Para cada aminocido y para la mayora de las protenas hay una concentracin peculiar de iones de hidrgeno cuando las cargas negativas estn exactamente balanceadas por cargas positivas. En dicho pH, conocido como punto isoelctrico, no se mueve cuando se les somete a electroforesis y poseen entonces su solubilidad mnima. Ya que los aminocidos y las protenas aceptan fcilmente o liberan H+ (dependiendo del pH de la solucin), actan como amortiguadores y tienen tendencia a resistir grandes cambios en el pH cuando un cido se agrega o es removido de una solucin. En clulas y en plasma sanguneo, las protenas desempean un papel vital en los cambios de pH al funcionar como amortiguadores, evitando que dichos cambios ocurran; esto es importante porque la actividad de algunas enzimas se afecta grandemente por el pH. Clasificacin de los aminocidos De acuerdo con los grupos radicales, podemos clasificar los aminocidos como sigue:
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Aminocidos alifticos

Glicina (Gly G) Alanina (Ala A) Valina (Val V)

Leucina (Leu L) Isoleucina (Ile I)

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8 Aminocidos con grupos hidroxilo o azufre en sus cadenas

Serina (Ser S) Cistena (Cys C) Treonina (Thr T)

Metionina (Met M)

Aminocidos aromticos

Fenilalanina (Phe F) Tirosina (Tyr Y)

Triptfano (Trp W)

Aminocidos bsicos

Histidina (His H)

Lisina (Lys K)

Arginina (Arg R)

Aminocidos cidos y sus amidas correspondientes

Aspartato (Asp D) Glutamato (Glu E) Asparragina (Ans N)

Glutamina (Gln Q)

Iminocido

Prolina (Pro P)

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9 Selenocistena. El aminocido nmero 21. Fue descubierto en 1986. Est presente en el ARNm codificado con las bases nitrogenadas UGA, codn conocido por el nombre de palo, que generalmente codifica para la terminacin de la traduccin proteica, pero en conjuncin con un fragmento del ARNm denominado SecIS (Secuencia de Insercin de la Selenocistena) codifica para la insercin de dicho aminocido en la cadena peptdica. El fragmento SecIS se localiza en arqueobacterias y eucariotas en la seccin 3'UTR ,y en bacterias inmediatamente despus del codn palo. Pirrolisina aminocido nmero 22 se encuentra en bacterias metanognicas.
Aminoacido 21: Selenocistena Abreviatura: Sec Smbolo: U Codon: UGA Aminoacido 22:Pirrolisina Abreviatura: Pyl Smbolo: O Codn: UAG

Protenas El hito inicial de la bioqumica moderna se halla en los trabajos del qumico alemn Emil Fischer (1852-1919). Entre sus numerosas contribuciones se encuentran aquellas de 1902 en que demostr la composicin aminocida de las protenas y formul la hiptesis del enlace peptdico, a la que tambin llegaba independientemente, ese mismo ao, Hofmeister. Muy importantes tambin fueron sus estudios sobre la forma de accin de las enzimas el trmino enzima lo haba introducido el fisilogo alemn Khne en 1878. Fischer conclua que la accin de una enzima era especfica en relacin con un substrato: la enzima era al substrato como la llave a la cerradura. Fischer recibi el Premio Nobel de Qumica en 1902.
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Dos aos antes, el norteamericano Sumner haba hecho la primera contribucin sobre la naturaleza qumica de las enzimas, haba cristalizado la ureasa, una protena. Recibi el Premio Nobel de Qumica en 1946. Las protenas de todas las especies biolgicas, desde virus, bacterias, hongos, vegetales, hasta el hombre, estn constituidas de solamente veinte aminocidos, cuya diversidad biolgica se debe a las combinaciones posibles de esa veintena de aminocidos. A una combinacin determinada de amino-cidos se le conoce como estructura primaria de una protena. Estos aminocidos se unen entre s por medio de enlaces peptdicos o enlaces amdicos (el grupo -carboxilo de un aminocido se une con el -amino de otro aminocido) como se muestra

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Estas cadenas de aminocidos no presentan ramificaciones y sus extremos son diferentes, tomndose el extremo amnico como el inicio de la cadena polipeptdica y el grupo carboxilo como el final. Si se observa, hay una secuencia que se repite constantemente:

Esta secuencia repetitiva constituye la columna vertebral o espina dorsal de una protena en donde los grupos R varan de acuerdo con el aminocido de que se trate. Por medio de tcnicas de difraccin de rayos X se ha encontrado que el enlace peptdico C - N tiene carcter de doble enlace (40%), debido a la resonancia existente entre O - C - N. A causa de esta resonancia, el enlace C - N de las protenas es ms corto que en otros compuestos orgnicos e inorgni-cos. Esto le da al enlace peptdico una rigidez y no puede rotar libremente. Los dipolos que se forman entre C = O y N - H estn en posicin trans.

Normalmente los enlaces peptdicos son de configuracin trans, ya que la cis es


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12 poco estable. En los C se observa que los radicales tambin estn en posicin trans, sobre todo si stos son muy voluminosos, lo que provocara un impedimento estrico. Los cuatro tomos del enlace peptdico (O = C - N - H) y los dos tomos de C contiguos estn en un mismo plano espacial; en otras palabras, el enlace peptdico es coplanar. Esta ordenacin planar es rgida y es el resultado de la estabilidad del enlace peptdico a travs de su resonancia. Existen aminocidos de la serie D y aminocidos que no son a.a. que tienen funcin biolgica importante.

Estructura de las protenas Las propiedades y caractersticas de las protenas, ya sean inmunolgicas, hormonales, enzimticas, dependen fundamentalmente de la conformacin en que se encuentren; es decir, para que una protena realice su funcin biolgica es necesario que tenga una conformacin especfica y nica. La destruccin de dicha conformacin trae consigo la prdida de su actividad biolgica.

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13 1) Estructura primaria La estructura primaria est determinada por la secuencia de aminocidos; es decir, por el nmero, clase de aminocidos y por el orden como estn enlazados. Las protenas ms frecuentes son cadenas lineales de 100 a 300 aminocidos, aunque algunas cadenas proteicas llegan a rebasar los 800, como la miosina o la fosforilasa. Los aminocidos de una secuencia se enumeran empezando por el extremo amnico libre, que es el mismo orden como se ensamblan durante la sntesis biolgica de las protenas. La naturaleza y propiedades de los aminocidos ordenados en la estructura primaria condiciona a las estructuras de orden superior. Conocer la secuencia de aminocidos es importante porque nos permite determinar el mecanismo de accin de dicha protena.

Esta es la estructura primaria de la hexoquinasa de la levadura Sacharomyces cerevisiae

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Se sabe tambin que la estructura tridimensional depende de las atracciones o repulsiones de los grupos radicales de los aminocidos que la constituyen y esto permite descubrir las leyes que rigen los plegamientos de las cadenas polipeptdicas. Las alteraciones en la secuencia de aminocidos trae como consecuencia una protena con una estructura tridimensional diferente, lo que a su vez ocasiona una anomala en su funcin y esto se manifiesta como una enfermedad; por ejemplo, la anemia falciforme, la hemofilia o cualquiera otra de las enfermedades conocidas como errores innatos del metabolismo. La secuencia de aminocidos se deduce a partir de la secuencia de nucletidos que constituyen al RNA mensajero, el cual, a su vez, es transcrito a partir del DNA gnico que codifica la biosntesis de una protena.

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2) Estructura secundaria Linus Pauling y Robert Corey predijeron la estructura de la hlice 6 aos antes que se pudiera visualizar en la reconstruccin por rayos X. Con este hecho se demostr que la conformacin de una cadena polipeptdica se puede predecir si las propiedades de sus componentes se conocen de forma precisa y rigurosa. En 1951 propusieron dos estructura llamadas -hlice y hoja plegada , recibiendo Linus Pauling el Premio Nobel de qumica en 1954 por sus estudios en la estructura de las protenas. La estructura secundaria se refiere a la posicin relativa de las cadenas polipeptdicas en el espacio, las cuales se estabilizan por medio de puentes de hidrgeno entre los aminocidos que la constituyen. En esta estructura se incluyen la -hlice, lmina plegada-, hlice de colgena, estructura al azar y el giro . -Hlice dextrgira. La gran mayora de las protenas tiende a formar hlices- en las que una vuelta completa de la hlice contiene aproximadamente 3.6 aminocidos, quedando los radicales orientados en forma perpendicular hacia el exterior del eje central. Las hlices presentan la menor energa libre y, por tanto, son las formas ms estables de estructura secundaria de una protena. Los
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16 carbonilos e iminos de los enlaces peptdicos de la -hlice tienen la capacidad de formar puentes de hdrgeno intramoleculares participando todos ellos.

Estos puentes de hidrgeno son paralelos al eje de la hlice y a pesar de que su energa en forma individual es muy baja, su alto nmero en cada protena contribuye de manera importante a la estabilidad de la estructura, por ello se dice que son cooperativos. La -hlice se favorece y estabiliza por la presencia de los aminocidos: alanina, leucina, fenilalanina, tirosina, triptfano, cistena, metionina, histidina, asparagina, glutamina y valina; mientras que la prolina y la hidroxiprolina, por tener su grupo amino constituyendo una estructura cclica, confiere rigidez, lo que impide la formacin de la -hlice. El segundo tipo de la estructura secundaria es la conformacin laminar- y se presenta en la familia de las protenas llamadas queratinas. En esta estructura cada cadena polipeptdica adopta una conformacin en zig-zag extendida, de tal manera que pueden existir varias molculas de protenas alineadas, paralela o antiparalelamente, produciendo lminas plegadas que se unen transversalmente por puentes de hidrgeno intermoleculares. Todos los enlaces peptdicos
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17 contribuyen a la formacin de puentes de hidrgeno, lo que le da gran estabilidad a este tipo de estructura. Los grupos radicales de los aminocidos se localizan por encima o por debajo de los planos en zig-zag. Las cadenas polipept-dicas paralelas se desarrollan en direccin N terminal al C terminal, mientras que en la antiparalela las cadenas se extienden en direccin opuesta.

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18 Otro tipo de estructura secundaria se presenta en las hlices de la colgena, una protena fibrosa y muy rgida que se encuentra abundantemente en el tejido conectivo de los animales superiores. Debido a su alto contenido de prolina e hidroxiprolina, la protena no adquiere la conformacin de -hlice, sino que forma una estructura que consiste en una triple hlice de cadenas polipeptdicas; cada una de las hlices es una cadena enrollada hacia la izquierda y se mantienen unidas por puentes de hidrgeno intermoleculares. El colgeno realiza una serie de funciones muy amplia, es la protena ms abundante en la mayora de los vertebrados. Las fibras de colgeno forman la matriz de los huesos sobre la que precipitan los constituyentes minerales, estas fibras constituyen la mayor parte de los tendones. Bsicamente el colgeno mantiene unidos a la mayora de los animales.

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19 La unidad bsica de la fibra de colgeno es la molcula de tropocolgeno una hlice triple de tres cadenas polopeptdicas, cada una de ellas con

aproximadamente 1000 residuos.

Las cadenas individuales son hlices a la izquierda con aproximadamente 3.3 residuos por vuelta. Tres de estas cadenas se enredan a la derecha unas alrededor de las otras. La composicin de aminocidos del colgeno es bastante particular. La glicina representa, en moles, proximadamente 1/3 de los aminocidos presentes. Tambin contienen cantidades muy elevadas de prolina, y de hidroxiprolina (hasta el 10%), y es una de las pocas protenas que contiene hidroxilisina. La presencia de hidroxiprolina suele utilizarse como criterio analtico para evaluar la cantidad de colgeno (tejido conectivo) presente en productos crnicos picados. El examen del modelo revela que cada tercer residuo que debe encontrarse en el centro de la triple hlice solo puede ser glicina, esta formacin tambin resulta favorecida por la presencia de prolina o hidroxiprolina en la molcula de tropocolgeno. Un conjunto que se repite es Gly-X-Y donde X suele ser prolina e Y prolina o hidroxiprolina. Estructura al azar. Cuando no existen puentes de hidrgeno que restrinjan la libre rotacin de la cadena, la protena puede adquirir conformaciones que estn controladas por factores como tempe-ratura, pH, presencia de sales y la naturaleza del disolvente en que se encuentre. A la conformacin de las protenas en este estado de libertad se le designa al azar y normalmente se alcanza cuando hay un proceso de desnaturalizacin del polipptido. La mayora de las protenas tienen formas compactas y globulares, que requieren cambios en la direccin de sus cadenas polipptdicas. Los cambios de direccin se llevan a cabo por medio de un elemento estructural llamado giro inverso, giro beta o vuelta en horquilla. En otros casos la inversin de las cadenas se lleva a cabo por estructuras llamadas bucles o bucles . Las cadenas polipeptdicas pueden cambiar de direccin por medio de giros inveros o bucles llamados giro inverso como se muestra en el esquema.
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Los Giros frecuentemente son propiciados por los aminocidos glicina y prolina.

Estructura supersecundaria. En diferentes protenas globulares se observan asociaciones locales tipicas, formadas por hojas plegadas (paralela o antiparalela), conectadas entre s mediante segmentos al azar o en -hlice. Estas asociaciones locales se denominan estructuras supersecundarias. Por ejemplo, en muchas
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21 protenas se encuentran segmentos de hoja plegada- separados entre s por un segmento -helicoidal; este grupo se denomina unidad . Las estructuras supersecundarias se consideran como ordenamientos intermedios entre

estructuras secundaria y terciaria, como se muestra en la figura.

Meandro

Estructura de Rossman

La mayora de las protenas no presentan un solo tipo de estructura secundaria, sino que contienen diferentes porcentajes de 2 3 de ellas en forma combinada. En muchas protenas se presentan ciertas combinaciones de estructuras secundarias y con frecuencia desempean funciones semejantes. llaman Estas combinaciones o se

motivos

estructuras

supersecundarias. As por ejemplo una hlice separada de otra hlice por una vuelta o giro constituye la unidad Hlice-vuelta-hlice. Este motivo se encuentra en muchas protenas que se unen al DNA. Hay cadenas polipeptdicas que se pliegan en dos o ms regiones compactas que pueden estar conectadas por un segmento flexible de la cadena polipeptdica. Estas unidades globulares compactas llamadas dominios, tienen un tamao entre 30 y 400 residuos de aminocidos.

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El VIH tiene un diametro de aproximadamente 100 nm. Su parte exterior es la cubierta", una membrana que originalmente perteneca a la clula de donde el virus emergi. En la cubierta se encuentra una protena del virus, la gp41, o "glicoprotena transmembrana". Conectada a la gp41 est la gp120, la cual puede unirse al receptor CD4 localizado en la superficie de los linfocitos T para penetrar en ellos
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Al identificar la regin de ligadura gp120 CD4 del virus, que no muta, descubrieron su taln de Aquiles, de manera que pueden desarmar el virus diseando una Abzima (anticuerpo cataltico monoclonal) que se produce de manera natural en los pacientes enfermos de Lupus eritematoso (otra enfermedad inmunolgica donde el sistema inmune ataca al propio tejido y clulas del organismo)

3) Estructura terciaria La estructura terciaria da cuenta de la

conformacin global de la cadena polipeptdica. Esta estructura se

refiere al modo como la


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24 cadena polipeptdica se curva o se pliega sobre s misma para formar una estructura compacta caracterstica de las protenas globulares. En las protenas fibrosas cada cadena peptdica tiene forma de hebra alargada. En muchas protenas, los aminocidos que componen esta hebra tienen estructura secundaria de -hlice dextrgira (miosina, -queratina del cabello), pero la hebra presenta una torsin longitudinal levgira que le permite trenzarse con otras hebras paralelas. Las fuerzas que le dan estabilidad a la estructura terciaria son los enlaces disulfuro, fuerzas de atraccin ion-ion entre las cadenas laterales, fuerzas de atraccin ion-dipolo, puentes de hidrgeno de los enlaces peptdicos que ocurren en las regiones helicoidales y laminares, interacciones entre grupos prostticos, interacciones hidrofbicas e interacciones hidroflicas. En general, esta estructura se adopta espontneamente porque representa un mnimo de energa libre. 4) Estructura cuaternaria La estructura cuaternaria no existe en todos los polipptidos y se refiere a la asociacin de 2 o ms cadenas de protenas (monmeros) para integrar la protena completa. Esta asociacin resulta estable debido a la forma de los monmeros, que les permite encajar coordinadamente en un todo y a las fuerzas que los mantiene unidos: hidrofbicas, polares, puentes de hidrgeno y puentes disulfuro.

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En las protenas fibrosas la estructura cuaternaria est constituida por la asociacin de varias hebras que integran una fibra o soga. As, la miosina o la tropomiosina constan de dos hebras en -h-lice enrolladas en una fibra levgira. La -queratina (fibrona de la seda) presenta varias hebras plegadas en hoja orientadas en forma antiparalela. El colgeno est formado por 3 hebras helicoidales levgiras, que se entrelazan para formar una fibra dextrgira. En las protenas globulares se asocian, en nmero discreto, varios monmeros que pueden ser idnticos, semejantes o diferentes. Por ejemplo, la hexocinasa de levadura consta de dos monmeros iguales que integran una unidad; las distintas hemoglobinas humanas la integran cuatro monmeros iguales 2 a 2. Ventajas de la estructura cuaternaria Una de las funciones que presentan algunos oligmeros es la de regular

algunas rutas metablicas por interconversin de las enzimas que catalizan dichas rutas entre estados asociados y disociados, que pueden ser activos o inactivos. Por ejemplo, la cinasa de las protenas, que regula la formacin del

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27 complejo de iniciacin de la traduccin, est constituida por un tetrmero inactivo R2C2 que se activa por medio del cAMP, como se muestra.

PKA (Protein Kinasa dependiente de AMPc o Protein Cinasa)

Otro aspecto importante de las estructuras oligomricas es el de

cooperatividad. La hemoglobina refleja un grado muy intenso de cooperatividad positiva, se sabe que cada interaccin de O2 hemo facilita la siguiente, con un factor de promocin de alrededor de 400 para la ltima molcula de oxgeno que se fija:

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Otra ventaja de la estructura oligomrica es la generacin de formas hbridas de una

protena. Cuando las distintas polipeptdicas cadenas se

asocian para formar un oligmero, hay

ocasiones en las que stas se asocian en diferentes proporciones y forman estructuras hbridas

oligomricas llamadas

isoenzimas

que catalizan la misma reaccin qumica, pero lo hacen en diferente magnitud o con

diferente eficiencia; por ejemplo, la lactato deshidrogenasa (LDH) es un tetrmero que puede existir en cinco formas hbridas: H4, H3M, H2M2, HM3 y M4. La unidad M predomina en msculo esqueltico, la unidad H predomina en el corazn. Catalizan la reaccin:

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Asociaciones supramoleculares Existen asociaciones de molculas proteicas con carcter indefinido que no son consideradas como partculas discretas. Por ejemplo, la fibrina; los monmeros de esta protena se unen mediante enlaces covalentes y forman la red caracterstica del trombo o cogulo sanguneo, los microtbulos. Otros ejemplos ms complejos incluyen asociaciones de protenas con otros tipos de biomolculas: con azcares en los proteoglicanos y los pptidoglicanos; con lpidos en las membranas biolgicas; con cidos nucleicos en los ribosomas, los virus o los nucleosomas. En la siguiente pgina encontraras un banco de datos de protenas con 49 426 estructuras de protenas http://www.rcsb.org/pdb/ El estudio de la estructura de las protenas progres rpidamente con la incorporacin de la ultracentrifugacin, inventada en 1928 por el sueco Svedberg (haba recibido Premio Nobel de Qumica en 1926 por su trabajo sobre sistemas coloidales) y de la cromatografa, desarrollada por el ruso Tswett. En 1930 el qumico alemn Staudinger (Premio Nobel de Qumica en 1953) sugiri la idea de macromolculas proteicas.
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30 Desnaturalizacin de las protenas La conformacin original de las protenas globulares est sujeta a alteraciones por diversos agentes qumicos, fsicos o fisicoqumicos, sin que esto cambie la secuencia de aminocidos. Esta prdida de la conformacin original se llama desnaturalizacin y, generalmente, va acompaada de una prdida de la funcin o actividad biolgica. Por esto es importante manejar adecuadamente las protenas (enzimas): mantenerlas a una temperatura y pH convenientes, evitar agitacin brusca, etc. Es preciso, por consiguiente, seguir estos pasos:

Todas las manipulaciones deben efectuarse a baja temperatura para evitar la desnaturalizacin trmica. Las protenas deben almacenarse en congelamiento a temperaturas de 20 a -80 C. Deben utilizarse amortiguadores para mantener el carcter poliinico de las protenas.

Deben evitarse los manejos bruscos como las sacudidas.

Enzimas. Enzimas. Clasificacin y nomenclatura Las enzimas son catalizadores formados por la clula, pero capaces de funcionar in vitro si las condiciones son apropiadas. La mayora son de naturaleza proteica, aunque se han encontrado molculas de RNA que poseen actividades enzimticas llamadas ribozimas. Las ribozimas incluyen: la ribozima cabeza de martillo,

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31 ribozima VS (es una ribozima que rompe enlaces fosfodiester) y ribozima de horquilla.

En las enzimas las molculas del sustrato se unen a un sitio particular de la enzima, denominado sitio activo, donde tiene lugar la catlisis. La estructura tridimensional de este sitio activo, donde solo puede entrar un determinado sustrato (ni siquiera sus

ismeros) es lo que determina la especificidad de las enzimas. El acoplamiento es tal que E. Fisher (1894) enunci: "el sustrato se adapta al centro activo o cataltico de una enzima como una llave a una cerradura". Existe la hiptesis del ajuste inducido en la cual la enzima modifica su estructura al aceptar al sustrato.

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Reaccin catalizada por la Triosa fosfato Isomerasa La enzima proporciona una jaula o lugar de unin en el que se mantiene el sustrato.

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Se muestran otros sitios activos de enzimas, en donde los aminocidos del sitio activo son cidos y bsicos.
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Una reaccin enzimtica ocurrir si una solucin de la enzima es agregada a su sustrato, mantenidos a una temperatura y un pH adecuados.

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Las enzimas Poseen tres caractersticas: 1) Las enzimas tienen un enorme poder cataltico. Son los catalizadores ms eficientes que se conocen; bastan cantidades muy pequeas (micromoleculares) para acelerar una reaccin en forma impresionante. 2) Las enzimas son muy especficas. Una enzima cataliza normalmente una sla reaccin qumica o un grupo de reacciones estrechamente relacionadas. El grado de especificidad del sustrato es muy elevado y a veces absoluto. Esto significa que, prcticamente, cada enzima acta sobre un determinado sustrato para formar un producto nico. 3) La actividad cataltica de muchas enzimas est regulada. La accin de

muchas enzimas es regulada; es decir, puede cambiar alternativamente de un estado de baja actividad a otro de gran actividad. Esta forma de regulacin puede ser mediante enzimas alostricas, por enzimas controladas por protenas reguladoras o enzimas modificadas covalentemente: a) Enzimas alostricas. Son enzimas que aparte del sitio activo tienen otro, llamado sitio alostrico al cual se une un compuesto para regular su actividad. A este compuesto se le conoce como modulador y puede ser positivo cuando aumenta la actividad de la enzima o negativo cuando disminuye la actividad de la enzima.

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36 Fosfofructoquinasa-1 (PFK-1, de

Phosphofructokinase-1) es la principal enzima reguladora de la gluclisis. Es una enzima alostrica compuesta de cuatro subunidades y controlada por varios activadores e inhibidores. PFK-1 cataliza la fosforilacin de la fructosa -6 fosfato con gasto de una molcula de ATP para formar fructosa-1,6-bifosfato y.

b) Enzimas controladas por protenas. Algunas enzimas estn controladas por protenas reguladoras que pueden estimularlas o inhibirlas. La actividad de muchas enzimas est regulada por la calmodulina, una protena a la cual se le une el calcio y la transforma de una forma inactiva a otra activa. Posteriormente, esta calmodulina activada se une a otras protenas o enzimas, modificando as su actividad.

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El complejo Ca+2 -calmodulina, al igual que ocurre en otras rutas, activa una serie de kinasas que en ltima instancia fosforilan factores de transcripcin, que regulan la expresin gnica. La enzima fosfodiesterasa de AMPc, se haya bajo regulacin por parte de este complejo.

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c) Enzimas modificadas covalentemente. La modificacin covalente constituye un mecanismo de regulacin enzimtica. Por ejemplo, la actividad de las enzimas que sintetizan y degradan el glucgeno estn reguladas por la introduccin de un grupo fosforilo unido a un residuo de serina. Este es un ejemplo de modificacin covalente de enzimas por fosforilacin-desfosforilacin. En las enzimas de vas degradativas, las formas fosforiladas son ms activas. En los procesos biosintticos ocurre lo contrario.

Algunas enzimas son biosintetizadas en forma de precursores inactivos llamados zimgenos, y son activadas en un lugar fisiolgicamente apropiado. La sintesis de enzimas en forma de zimogenos es uno de los mecanismos de seguridad conque cuenta el organismo para su supervivencia. Esta activacin puede ser por la ruptura de un enlace peptdico; por ejemplo, el Quimotripsingeno que se transforma en Quimotripsina o las enzimas que intervienen en los procesos de coagulacin, muchas de ellas son zimgenos.

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ZIMGENO Quimotripsingeno Pepsingeno Tripsingeno Procarboxipeptidasa Proelastasa

ENZIMA ACTIVA , Quimotripsina Pepsina Tripsina Carboxipeptidasa Elastasa

LUGAR DE SNTESIS Pncreas Estmago Pncreas Pncreas Pncreas

Nomenclatura de las enzimas Algunas enzimas tienen nombres triviales como pepsina, renina, quimiotripsina. Sin embargo, la mayora de las enzimas se nombran con la terminacin asa, tomando en cuenta el tipo de reaccin que catalizan; por ejemplo, la ureasa, que cataliza la hidrlisis de la urea. En 1965 se elabor un esquema de nomenclatura en el cual las enzimas se dividen en seis clases principales tomando en cuenta el tipo de reaccin que catalizan. Esta clase se divide en subclases y subsubclases, de tal manera que cada enzima tiene cuatro dgitos: el primero se refiere a la clase principal, el

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40 segundo y el tercero se refieren a la subclase y subsubclase, respectivamente, y el ltimo representa el nmero particular de la enzima.

Nomenclatura de enzimas Clase principal 1. Oxidorreductasas Agregan Tipo de reaccin catalizada o sustraen electrones, oxgeno o

hidrgeno. Ejemplo: oxida-sas, deshidrogenasas. 2. Transferasas Transfieren un grupo de tomos de una molcula a otra o dentro de la misma molcula. Toda enzima que catalice la formacin de un enlace sin gasto de ATP se debe llamar sintasa y se clasifica como transfe-rasa. 3. Hidrolasas Rompen una molcula en dos por accin del agua. 4. Liasas Remueven grupos no hidrolticamente. Se

incluyen reacciones en las que se elimina agua para formar dobles enlaces o en las que se agrega agua para quitar dobles enlaces, tambin rompen enlaces C-C, C-N,C-O. 5. Isomerasas Llevan a cabo redistribucin de tomos o de grupos de tomos dentro de una molcula interconvirtiendo diversos isomeros, ejemplo: cis
trans, L D, aldehdo cetona.

6. Ligasas

Unen dos molculas formando un enlace a expensas del ATP como molcula de alta energa (sintetasas).

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Ejemplo:

1.

Oxidorreductasa 1.1 Provoca el rompimiento o deshidrogenacin entre H - C- OH


1.1.1

Utiliza como coenzima el NAD Nmero particular de la lactato deshidrogenasa.

1.1.1.27

En la siguiente direccin puedes acceder para encontrar la nomenclatura de acuerdo a la Unin Internacional de Bioqumica

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

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Las siguientes reacciones muestran la participacin de enzimas de cada clase. 1. Oxidorreductasa

2. Transferasa

2.

Hidrolasa

4. Liasa

5. Isomerasa

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6. Ligasa

LAS COENZIMAS Y SUS FUNCIONES Muchas enzimas requieren de la cooperacin de sustancias no proteicas llamadas cofactores para realizar su actividad. Una enzima sin su cofactor se denomina apoenzima la enzima completa con su cofactor se denomina holoenzima.

Hay cofactores inorgnicos que a menudo son iones, como Zn2+, Mg2+, Mn2+, Fe2+, Cu2+, K+, Na+; y cofactores orgnicos a los cuales se les llama coenzimas, stas son de particular importancia en la nutricin de los mamferos, ya que la mayora son vitaminas hidrosolubles o se forman a partir de ellas. Mencionaremos algunas y el tipo de reaccin en que participan.

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Coenzimas
Coenzima Nicotinamida adenindinucletido + (NAD ) Nicotinamida adenindinucletido + fosfato (NADP ) Flavinadenindinucletido (FAD); flavinmononucletido (FMN) Grupo heme del citocromo (cuando contiene hierro) Coenzima A Ejemplo de enzima Lactato deshidrogenasa Sintetasa de los ac. grasos Succinato deshidrogenasa Citocromo a1a3 Oxidorreduccin Acetil CoA carboxilasa Activacin y transferencia de grupos acilo Electrones cido pantotnico Tipo de reaccin Grupo transferido Precursor de la vitamina Niacina

Oxidorreduccin

H+(electrones)

Oxidorreduccin

H+(electrones)

Niacina Riboflavina (B2)

Oxidorreduccin

H+(electrones)

cido lipoico

Piruvato Transferencia de grupos deshidrogenasa acilo Piruvato Transferencia de grupos deshidrogenasa acilo Carboxilasa del piruvato Transaminasas Fijacin de CO2 Transaminacin de aminocidos y otras reacciones Metabolismo de fragmentos de un carbono Especializada CO2 Tiamina (B1) Biotina (H) Piridoxal (B6)

Pirofosfato de tiamina

Biotina

Fosfato de piridoxal Timidilato sintasa

- NH2

cido tetrahidroflico Coenzimas de cobalamina

- CH3; - CH2 -; cido flico o CHO B12

Las coenzimas poseen estructuras orgnicas complejas que no pueden sintetizarse por algunos organismos, en particular los mamferos. Las vitaminas
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45 hidrosolubles, aquellas que normalmente se denominan como el complejo vitamnico B, son precursores metablicos de diversas coenzimas razn por la que estas vitaminas son tan importantes en el metabolismo.

Principales coenzimas, caractersticas y ejemplos: El dinucltido de nicotinamida y adenina NAD+ derivado de la vitamina niacina. La porcin nicotinamida es el extremo reactivo del NAD+ ya que es capaz de

reducirse y de este modo servir como agente oxidante como se muestra en el esquema

En donde R corresponde al resto de la molcula. En la reaccin se aaden al anillo de nicotinamida dos electrones y un protn. La reaccin puede considerarse ms exacta como la transferencia de un in hidruro
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La principal fuente de electrones para la biosntesis reductora es el NADPH.H+ (el dinucletido de nicotinamida y adenina fosfato reducido) el NADPH:H+
+

y el

NADH.H son idnticos respectivamente excepto que el primero tiene un grupo fosfato esterificado en el C 2 del azcar, los dos son equivalentes en su tendencia termodinmica a aceptar electrones ya que poseen estndares de reduccin iguales, sin embargo las enzimas que actan en direccin catablica suelen usar el NADH.H+ mientras que las que actan en rutas anablicas usan el NADPH.H+ El NADPH.H+ no es reconocido por las enzimas de cadena respiratoria por tanto no puede ser oxidado para la produccin de ATP.

Coenzimas de flavina. El dinucletido de flavina y adenina o FAD es una de las dos coenzimas derivadas de la vitamina B2 o riboflavina. La otra es la ms sencilla, mononucletido de flavina FMN o riboflavina fosfato. La parte funcional de ambas coenzimas es el sistema del anillo isoaloxazina que acta como aceptor de dos electrones. Los compuestos que tienen anillos de este tipo se denominan flavinas en la riboflavina y sus derivados, el sistema de anillo est unido al ribitol una versin de cadena abierta de la ribosa con el C aldehido reducido a nivel de alcohol. El C 5 del ribitol est unido al fosfato en el FMN, y el FAD es un derivado adenililado del FMN.

Las enzimas que utilizan una coenzima de flavina se denominan flavoprotenas. El FMN y FAD experimentan reacciones de transferencia de electrones

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prcticamente idnticas. Las enzimas flavoproteicas se unen perfectamente al NAD y FAD.

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48 Las flavinas experimentan reacciones de xido-reduccin de dos electrones, teniendo una especie estable reducida de un semiquinona como se muestra en la figura. electrn, un radical libre de

Pirofosfato de Tiamina. Dado que la tiamina fue la primera de las vitaminas B que se identific, se le denomina tambin vitamina B1. La estructura de la vitamina es compleja, pero su conversin en la forma de coenzima, el pirofosfato de tiamina o TPP comporta simplemente una pirofosforilacin dependiente de ATP como se observa en el siguiente esquema.

DESCARBOXILACIONES El pirofosfato de tiamina es la coenzima de todas las descarboxilaciones de los -cetocidos, contiene dos anillos en su estructura una pirimidina sustituida y un tiazol.

El pirofosfato de tiamina en la reaccin de la piruvato deshidrogenasa. El TPP es la coenzima de la reaccin de la piruvato deshidrogenasa y otras descarboxilaciones no oxidativas de cetocidos.

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La reaccin clave es el ataque por el carbanin del TPP sobre el C carbonilo del piruvato, y va seguido de la descarboxilacin no oxidativa del piruvatounido a la coenzima. Acido Lipoico. (lipoamida). En la oxidacin del piruvato, el siguiente aceptor del aldehido generado por el TPP es el cido lipoico que es el disulfuro interno del cido 6,8-ditiooctanoico. La coenzima se une a su apoenzima a travs de un
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50 enlace amida que liga el grupo carbonilo del cido lipoico a un grupo -amino de lisina, as pues la especie reactiva es una amida, denominada lipoamida.

La transferencia de la porcin aldehido activa desde el TPP al azufre del C 6 de la lipoamida, realiza la oxidacin simultanea del aldehido acoplada a la reduccin del otro azufre. Ello genera un grupo acilo que se transfiere a la la coenzima A. As pues la lipoamida es a la vez un transportador electrnico y un transportador de grupos acilo. Fosfato de piridoxal. La vitamina B 6 se descubri en los aos 1930, se aisl en forma de piridoxina a la que se dio este nombre por su semejanza estructural con la piridina. El piridoxal fosfato (PP) es la forma predominante de la
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51 coenzima

Transaminacin y descarboxilacin Las necesidades nutricionales de vitamina B 6 son tan bajas que rara vez se observan estados de carencia en el ser humano. El frmaco antimicrobiano contra el bacilo tuberculoso isoniazida reacciona covalentemente con el piridoxal haciendo que ste no pueda fosforilarse por la piridoxal quinasa. El piridoxal fosfato es una coenzima muy verstil adems de su intervencin en las reacciones de transaminacin participa en las descarboxilaciones de los aminocidos. Los mecanismos de accin de esta coenzima se deben a Esmond Snell en 1940. Todas las enzimas que necesitan Pirofosfato actan a travs de la formacin de una base de Schiff entre el aminocido y la coenzima. Todas las reacciones conocidas de las enzimas Pirofosfato pueden describirse de la misma forma: formacin de una base de Schiff plana o intermediario aldimina, seguido por la formacin de un carbanin estabilizado por resonancia con una estructura quinonoide como se muestrav en la figura.

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Biotina. En los animales la reaccin anaplertica ms importante, en especial en higado y rin, es la carboxilacin reversible del piruvato dependiente del ATP para dar oxalacetato. Esta reaccin la cataliza la piruvato carboxilasa.

La piruvato carboxilasa es una protena tetramrica que lleva cuatro molculas de Biotina, cada una de las cuales est unida covalentemente a travs de un enlace amida en el que participa el grupo -amido de un residuo de lisina.

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La piruvato carboxilasa acta a travs de un mecanismo en dos pasos, empezando con una carboxilacin de la biotina dependiente del ATP, para dar Ncarboxibiotina, este derivado transfiere el grupo carboxilo directamente al piruvato como se muestra en el esquema anterior.

Coenzimas del cido flico. Las coenzimas derivadas de la vitamina cido flico participan en la generacin y utilizacin de los grupos funcionales de un solo carbono, metilo, metileno, y formilo. La vitamina fue descubierta en los aos 1930, se observ que la vitamina es abundante en los vegetales de hojas verdes como las espinacas.

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Qumicamente el cido flico se forma a partir de tres grupos distintos: un anillo de pteridina (6-metilpteridina), el cido p-aminobenzoico (PABA) y el cido glutmico.

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56 El tetrahidrofolato en el metabolismo de las unidades de un carbono. La funcin coenzimtica del tetrahidrofolato consiste en la movilizacin y utilizacin de grupos funcionales de un carbono. Estas reaciones estn implicadas en el metabolismo de la serina, glicina, metionina e histidina, en la biosntesis de nucletidos de purina y del grupo metilo de la timina. El tetrahidrofolato une unidades de un carbono con diferentes niveles de oxidacin: en forma de metileno, metilo y formilo. Los grupos de un carbono en el tetrahidrofolato pueden transportarse en el N-5 o N-10 o formar un puente entre: N-5 y N-10

En la figura siguiente se muestran algunas de las reacciones en donde intervienen grupos funcionales de un solo carbono, formimino, metenil, formil, metilen, y metil aductos de un carbono del tetrahidrofolato.

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Coenzima A. Coenzima A y activacin de grupos acilo. La coenzima A (A por acilo) participa en la activacin de grupos acilo en general, entre ellos el grupo acetilo procedente del piruvato. La coenzima deriva metablocamente del ATP, mercaptoetilamina y la vitamina el cido pantotnico.

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58 El tiol libre en la porcin -mercaptoetilamina es la parte de la molcula de la coenzima que tiene actividad funcional; el resto aporta lugares de unin de enzimas. En los derivados acilados, como la acetil-CoA el grupo acilo est ligado al grupo tilo para formar un tioester de energa elevada.

El carcter de energa elevada de los tioesteres se debe a que el enlace C-S desestabiliza la molcula del tioester, en comparacin con el enlace C-O del ester que es ms estable, de manera que la G aumenta.

Una de las reacciones importantes en donde acta la coenzima A es en el complejo multienzimtico piruvato deshidrogenasa y en la -oxidacin de los cidos grasos.

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59 Adenosil cobalamina, Metil cobalamina. Coenzimas de la vitamina B12. La

vitamina B12 se descubri mediante los estudios de la anemia perniciosa. La sustancia activa del hgado que se denomin vitamina B12, estaba presente en ste en cantidades muy pequeas por lo que tuvieron que pasar muchos aos hasta que se aisl la cantidad suficiente para poder caracterizarla. En 1964 Hodgkin recibi el premio novel por completar la determinacin de la estructura mediante rayos X. En el esquema se muestra la estructura de la vitamina B12.

El cobalto metlico est combinado con un anillo tetrapirrlico denominado anillo de corrina. El cobalto tambin est ligado a una base heterocclica, el 5,6 dimetilbenzimidazol (DMB). Formas coenzimticas de la vitamina B12, se conocen dos formas de la vitamina B12 con actividad coenzimtica: la 5-

adenosilcobalamina fue descubierta en 1964 por H.A. Barker, la metilcobalamina o metil-B12. Tanto la adenosilcobalamina como la

metilcobalamina contienen un enlace covalente C-Co que hace que sean verdaderos productos organometlicos.
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Actualmente se conocen unas 15 reacciones diferentes en las que se requiere vitamina B12 la mayoria de la cuales se producen en unas pocas especies de bacterias que llevan a cabo fermentaciones especializadas. En los mamferos tan solo dos reacciones se producen en grado significactivo en su metabolismo. La sntesis de metionina a partir de homocisteina como se muestra en el esquema anterior y la isomerizacin de la metilmalonil-CoA para dar lugar a Succinil-CoA.

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61 Es de inters tambin la participacin de la metil- B12 en la sntesis de metano por las bacterias metanognicas.

Methanogenesis The flammable gas methane is the product of the energy-generating metabolism of the methanogenic Archaea. Most of the methanogenesis on earth occurs in anaerobic habitats where intermediates in the breakdown of organic matter are converted to methane. You can observe the accumulation of methane in sediments in the Volta experiment. Some methanogenesis on earth today (and perhaps most of it on the ancient earth) occurs in geothermal habitats such as hydrothermal vents. This diagram shows the pathway for methanogenesis by the

"hydrogenotrophic" methanogens, which use the substrates hydrogen and carbon dioxide to make methane.

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Diagram of Methanogenesis

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cido ascrbico. El colgeno realiza una serie de funciones muy amplia, es la protena ms abundante en la mayora de los vertebrados. Las fibras de colgeno forman la matriz de los huesos sobre la que precipitan los constituyentes minerales, estas fibras constituyen la mayor parte de los tendones. Bsicamente el colgeno mantiene unidos a la mayora de los animales. La unidad bsica de la fibra de colgeno es la molcula de tropocolgeno una hlice triple de tres cadenas polopeptdicas, cada una de ellas con

aproximadamente 1000 residuos.

Las cadenas individuales son hlices a la izquierda con aproximadamente 3.3 residuos por vuelta. Tres de estas cadenas se enredan a la derecha unas alrededor de las otras. El examen del modelo revela que cada tercer residuo que debe encontrarse en el centro de la triple hlice solo puede ser glicina, esta formacin tambien resulta favorecida por la presencia de prolina o molcula de tropocolgeno. Un conjunto que se repite es: hidroxiprolina en la

Glicina-prolina-hidroxiprolina.

Biosntesis de prolina, hidroxiprolina y colgeno. Una funcin metablica importante de la prolina es su incorporacin a precursores polipeptdicos de
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64 colgeno y otras protenas del tejido conjuntivo en las que acta como precursor de la hidroxiprolina. Los residuos de hidroxiprolina se generan mediante una modificacin posterior a la traduccin. El precursor de colgeno no hidroxilado se denomina procolgeno. En este polipptido, un residuo de prolina es el sustrato de la procolgeno prolina

hidroxilasa. Esta enzima poco habitual requiere Fe, cido ascrbico, oxgeno molecular y cetoglutarato el cual se oxida a succinato. El cido ascrbico reduce al O2 con la incorporacin de un tomo al succinato y el otro termina en el grupo hidroxilo de la hidroxiprolina como se observa en la reaccin. Esta reaccin tiene un inters especial ya que representa una de las pocas funciones bien definidas del cido ascrbico, o vitamina C. La carencia de

vitamina C o escorbuto, comporta defectos de la funcin del tejido conjuntivo y parece probable que estos problemas se deban a una sntesis o maduracin defectuosa del colgeno en el tejido

conjuntivo.

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Parte de la dureza del colgeno se debe al entrecruzamiento de las molculas de tropocolgeno mediante una reaccin de cadenas laterales de lisina. Algunas cadenas laterales de lisina se oxidan para dar lugar a derivados aldehidos que reaccionan con otro residuo de lisina madiante una condensacin aldoholica y deshidratacin para dar lugar a un entrecruzamiento como se muestra en el siguiente esquema.

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