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pour la programmation. Contrle des processus Rseau Dautres outils bien pratiques...
Lenvironnement UNIX/Linux
D. Puthier1
1
ESIL, 2008
D. Puthier
UNIX/Linux
Prambules Notions de base pour lutilisation du shell Fichiers et rpertoires Expressions rgulires Redirection Les ltres Quelques lments pour la programmation. Contrle des processus Rseau Dautres outils bien pratiques...
PLAN
Prambules. Commandes de base pour lutilisation du shell. Fichiers et rpertoires. Expressions rgulires. Redirection. Les ltres. Quelques lments pour la programmation. Contrle des processus.
D. Puthier UNIX/Linux
Prambules Notions de base pour lutilisation du shell Fichiers et rpertoires Expressions rgulires Redirection Les ltres Quelques lments pour la programmation. Contrle des processus Rseau Dautres outils bien pratiques...
Architecture dun ordinateur Quest ce quun systme dexploitation ? Pourquoi utiliser Linux ? Gratuit ? libre ? Historique Caractristiques principales de Linux Les ingrdients (composants) de Linux : Installation
Prambules
D. Puthier
UNIX/Linux
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Architecture dun ordinateur Quest ce quun systme dexploitation ? Pourquoi utiliser Linux ? Gratuit ? libre ? Historique Caractristiques principales de Linux Les ingrdients (composants) de Linux : Installation
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Architecture dun ordinateur Quest ce quun systme dexploitation ? Pourquoi utiliser Linux ? Gratuit ? libre ? Historique Caractristiques principales de Linux Les ingrdients (composants) de Linux : Installation
Assure les communications entre les ressources matrielles et les applications diverses (explorateur, traitement de texte,...).
Programme -> requte vers OS (Operating system == systme dexploitation) -> pilote -> matriel. Limite la redondance (sinon chaque application devrait assurer linterface avec le matriel)
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Constituants du systme :
le noyau (kernel)
Gestion des processus (programmes). Gestion de la mmoire Gestion des entres-sorties Communication avec le matriel
La coquille (shell) -> permet de donner des instructions au systme dexploitation. Le systme de chiers (FS, File System) qui permet de stocker et dorganiser les chiers.
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Windows + :
Dj install ! Quasi universel (95% des PCs) Tradition de simplicit dutilisation Tous les priphriques sont adapts pour Windows (imprimantes, appareils photo numriques, balladeur MP3...), au moins temporairement,...
Windows - :
Systme extrmement verrouill : condentialit ? ? ? Trs cher (OS + programmes) Instable (beaucoup damliorations avec windows seven) Vulnrables aux attaques Gestion des processus peu volue
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Linux + :
Gratuit ! ! ! Open source : code source disponible et modiable (pour les dveloppeurs...). Les tches effectues par les applications sont bien identies (condentialit, libert). Mode de dveloppement collaboratif ! ! ! Contrle n des processus <-> stabilit Dispose de nombreux logiciels gratuits et trs aboutis.
Internet Explorer --> Mozilla-Firefox, Konqueror,... Microsoft Word --> Openoffice Writer Microsoft Excel --> OpenOffice Calc Microsoft Powerpoint --> OpenOffice impress Notepad --> Kate, emacs, vi ... Photoshop --> The Gimp Access --> Mysql, PhpMyAdmin... Windows media player --> kaffeine, xine, Mplayer... Logiciel audio: Amarok, juk... Visualisation dimage: digiKam, kuickshow... Dessin 3D: Blender...
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Linux + (suite) :
Systme scuris (virus quasi inexistant, pas de spyware). Firewall intgr (shorewall). Documentation exhaustive.
Linux - :
Compatibilit des priphriques (linux est boud par certains constructeurs). Ncessite parfois quelques paramtrages aprs linstallation. Comptences en informatique requise ( ? ?).
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Gratuit ? libre ?
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Historique
Quelques repres chronologiques :
1969 : Ken Thomson et Dennis Ritchie (Bell Labs AT&T) dveloppent UNIX. 1973 : 1re version dUNIX en langage C. 1978 : Unix V7 (ofcielle). 1991 : Freax (Linus Torvalds) 1994 : Linux V1.0 (Intgre le noyau dvelopp par Linus Torvalds et les outils GNU dvlopps par Richard matthew Stallman). 1996 : dbut du projet KDE dinterface graphique 1997 : dbut du projet GNOME comme projet concurrent de KDE
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Systme multi-utilisateurs
Utilisateur standard (droits rduits) Super-utilisateur (root) > tous les droits sur tous les chiers
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http ://www.ubuntu.fr
Graver le CD, linsrer, partitionner le disque* (-> dual boot) WUBI : Installation en tant quapplication windows (WUBI, -> dual boot) En utilisant VirtualBox (virtualisation, possibilit de lancer le systme ubuntu depuis windows). * Prfrable de faire une partition / et une partition /home.
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes
Attention : distinction entre les lettres majuscules et les lettres minuscules (sensible la casse).
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes
En rgle gnrale, elle renseigne : Le nom de lutilisateur courant La machine utilise Le dossier courant Elle peut tre modie dans le chier /home/monLogin/.bashrc.
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes
SYNOPSIS tail [-c [+]N[bkm]] [-n [+]N] [-fqv] [--bytes=[+]N[bkm]] [--lines=[+]N] [--follow] [--quie [--version] [fichier...] tail [{-,+}Nbcfklmqv] [fichier...] DESCRIPTION Cette page de manuel documente la version GNU de tail ([NDT] tail = queue). ...
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes
On trouvera dans laide une section SYNOPSIS > vue densemble des options du programme. Dans cette section, le principe pour les arguments est le suivant : Tout ce qui se trouve entre crochets est facultatif. Ce qui nest pas entre crochet est ncessaire. Tout ce qui se trouve entre accolade correspond un choix (souvent exclusif). La rubrique OPTIONS explique linuence de chacune des options sur le droulement du programme.
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes
Pour effectuer une recherche dans laide on tapera la chaine de caractre recherche prcde du caractre / (ex : /OPTIONS pour rechercher le terme OPTIONS. Pour aller la prochaine occurrence on utilisera la touche n (next) pour se rendre loccurrence prcdente on utilisera <shift> + n. On utilisera <ctrl> + < et <ctrl> + <shift>+< pour se rendre la n et au dbut du chier daide respectivement. On utilisera q pour quitter laide (quit).
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Quelques bonnes habitudes Linvite de commande (prompt) Aide sur les commandes
Recherche de termes travers les chiers daide. On pourra utiliser la commande man avec loption -k. On recherchera alors loccurrence dune chane de caractres donne dans tous les paragraphes description des chiers daide. On obtiendrait le mme rsultat avec la commande apropos
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
Fichiers et rpertoires
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
/bin Programmes systme (binaries). /boot Noyau, Bootmanager. /dev Fichiers des priphriques (devices). /etc Fichiers de conguration. /home Rpertoires des utilisateurs. /lib Librairies partages. /mnt Rpertoire de montage pour cdrom, oppy... (mount). /opt Installations supplmentaires. /proc Informations sur le systme et les processus en cours (process). /root Rpertoire personnel de root. /sbin Programmes systme pour le root. /tmp Donnes temporaires. /usr Programmes des utilisateurs. /var Fichiers divers et certains chiers de logs (variable)
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
Le rpertoire home.
Contient les dossiers de travail et de conguration de chacun des utilisateurs /home/puthier, /home/dupont, /home/duchsmock, ... Il peut tre symbolis par : Si je suis connect en tant que puthier : == /home/puthier Si je suis connect en tant que martin : == /home/martin
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
home puthier
tutu.txt
Documents
toto.txt
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En criture relative .. signie rpertoire suprieur Ex : On se trouve dans le rpertoire Document. On dsigne le chier tutu.txt - chemin relatif au chier tutu.txt : ../tutu.txt - chemin absolu du chier tutu.txt : /home/puthier/tutu.txt
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
En ecriture relative ./ signie le rpertoire courant Ex : On se trouve dans le rpertoire Document. ./toto.txt <=> toto.txt
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cd /home
ou
cd ~
En relatif :
cd ../..
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cd /
En relatif :
cd ../../..
NB : Pensez toujours utiliser la compltion (touche tabulation)
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pwd, print working directory (afcher le rpertoire courant) Ex : on se trouve dans Document
[puthier@mamachine] pwd /home/puthier/Documents
ls, list (lister les chiers et dossiers dun rpertoire) Ex : on se trouve dans Document
[puthier@mamachine] ls toto.txt [puthier@mamachine] ls tutu.txt [puthier@mamachine] ls tutu.txt /home/puthier ~
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Les options de ls ls -l : (long) afche les droits, les tailles et les dates de cration/modication des chiers et rpertoires ls -a : (all) afche tous les chiers et rpertoires, mme les chiers/dossiers cachs (leurs noms commencent par .) ls -R : (recursive) afche tous les chiers et le contenu des dossiers. ls sort=time : trie les chiers par date de cration ls sort=size : trie les chiers par tailles ls -1 : prsente les nom des chiers/dossiers en une seule colonne On peut combiner les options des commmandes :
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NB : Les caractres joker. Permettent de dsigner un ensemble de chiers ? : Dsigne un caractre quelconque (prsent). * : Dsigne un ensemble de caractres quelconques (prsents ou absents).
file2.txt
file.txt f.sh
file.txt
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du (disk usage) afcher la taille totale des chiers contenus dans un rpertoire :
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
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NB : Sous Unix et windows le retour la ligne est cod diffremment dans les chiers :
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[puthier@mamachine] ls -l /home/puthier/
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Ex : chier week.html
16K week.html
Enlever les droits de lecture sur le chier week.html pour tous sauf lutilisateur et le groupe :
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la commande wc (word count) afche 3 valeurs : le nombre de lignes le nombre de mots (spars par des blancs) le nombre doctets
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Organisation des chiers sous Linux Chemins relatifs et absolus Oprations sur les dossiers Oprations sur les chiers
[puthier@mamachine] tail -4 GSE7671_family.soft 376 -1.02 15393 377 NULL NULL 378 NULL NULL 379 0.008 1111
la commande head. Afche les n premires lignes dun chier.
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Copier un chier :
cp <origine> <destination>
Exemple (le chier garde le nom toto.txt) :
cp toto.txt ..
Exemple (copie avec changement de nom) :
cp toto.txt ../titi.txt
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mv <origine> <destination>
Exemple (le chier est dplac et conserve son nom original) :
mv /home/puthier/Documents/toto.txt /tmp
Exemple (le chier est deplac et renomm) :
mv /home/puthier/Documents/toto.txt /tmp/f.txt
mv est utilis pour renommer les chiers
mv file.old.txt file.new.txt
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La fonction cut :
Pour les chiers contenant plusieurs colonnes, il est utile de pouvoir extraire certaines dentre elles.
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Dnition
Expressions rgulires
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Dnition
Dnition
Elles permettent de dcrire une motif au sein dune chane de caractres. .
[a z ] [A Z ] [ABc ] [ABab]
$ x* x+ x{n,m}
un caractre quelconque. une lettre minuscule (interval, ex : [u w ]). une lettre majuscule (interval, ex : [A E ]). A ou B ou c. Toute lettre diffrente de a et b. Dbut de ligne. Fin de ligne. 0 ou n fois le caractres x. 1 ou n fois le caractre x. Le caractre x rpt entre n et m fois. Caractre dchappement.
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Dnition
Exemples
Toute chane nissant par .txt Une chane dbutant par une majuscule. Quatre 6 caractres suivis de .txt Une chane dbutant par une majuscule et nissant par .txt Une chane de caractres vide. Une chane ne contenant pas de chiffres et se terminant par .sh
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Redirection
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On utilise des oprateurs pour rediriger un chier vers lentre dun processus ou rediriger les sorties dun processus. < Suivi du nom du chier indique sa redirection vers un processus donn. > : redirection de la sortie standard dun processus vers un chier (celui-ci
est cras). >> : redirection de la sortie standard dun processus vers un chier (ajout) 2 > : redirection de lerreur standard vers un chier.
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Exemple 1 : les noms des chiers prsents dans /tmp sont stocks dans le chier tmp.txt
echo "123" > f1.txt echo "456" > f2.txt cat f*.txt >> result.txt cat result.txt
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Ces processus peuvent senchaner. Un tel enchainement est symbolis par le caractre | (tube ou pipe).
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Exemple denchanement : [puthier@mamachine] cat file_test.txt Martine Alain Julien Aline Aline Robert
[puthier@mamachine] cat file_test.txt | sort | uniq Alain Aline Julien Martine Robert
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Exemple denchanement :
[puthier@mamachine] Martine Alain Julien Aline Aline Robert cat file_test.txt
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Les ltres
D. Puthier
UNIX/Linux
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Dnition
Un ltre est une commande capable de lire un ux sur son entre standart, deffectuer un traitement et dcrire le rsultat sur sa sortie standard. On peut les enchaner avec des tubes.
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Exemple de ltres :
grep, sort, tr, sed, wc, head, tail, paste, awk, (perl), ...
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La commande grep
La commande grep : (general regular expression processor) permet de ltrer lentre via lutilisation dune expression regulire. Son entre peut tre un chier ou un ux.
Exemple (notez loption -E pour lutilisation dexpressions rgulires tendues) :
[puthier@mamachine] echo -e "456\n567\n775" |grep -E "^.5" 456
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*** A noter largument -vinvert-match (afche les lignes ne contenant pas le motif.
[puthier@mamachine] 456 echo -e "123\n456"|grep -vE "^1"
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La commande sort
La commande sort (tri).
sort [-t separateur] [-kPOS1[,POS2]] [-nr] <fichier>
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La commande tr
Transpose ou limine des caractres (translate).
[puthier@mamachine] tr url URL < week.html > result.txt [puthier@mamachine] echo "ABCDE"|tr -d A BCDE
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La commande sed : "stream editor". etant donn un ux, recherche loccurence dune expression rgulire et effectue les modications.
Exemple
[puthier@mamachine] echo -e "ABCDEF\nDEFAA" ABCDEF DEFAA [puthier@mamachine] echo -e "ABCDEF\nDEFAA" | sed s/A/F/g FBCDEF DEFFF
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Les variables
En plus dun ensemble de fonctions trs diverses le script shell permet de dclarer des variables et dispose de structures de contrle et de structure permettant deffectuer des boucles.
Cration dune variable. Exemple
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Les boucles
Exemple dutilisation de variables : les boucles.
[puthier@mamachine] ls *.txt f1.txt f2.txt f3.txt [puthier@mamachine] for i in *.txt;do mv $i $i.tmp;done [puthier@mamachine] ls *.tmp f1.txt.tmp f2.txt.tmp f3.txt.tmp [puthier@mamachine] ls *.bmp |wc -l 12 [puthier@mamachine] for i in *.bmp; do convert $i $i.jpg;done [puthier@mamachine] ls *.jpg |wc -l 12
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Backquoting
[puthier@mamachine] for i in seq 1 4; do touch tp.file.$i.txt;done tp.file.1.txt tp.file.2.txt tp.file.3.txt tp.file.4.txt [puthier@mamachine] for i in *.txt;do n=echo $i | sed s/tp\.//; mv $i $n;done file.1.txt file.2.txt file.3.txt file.4.txt [puthier@mamachine] rm -f ls --color=none| grep -v 4 file.4.txt [puthier@mamachine] for i in cat file.4.txt; do ...;done
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Dnition
Lorsque vous lancez une commande ou un programme, vous dmarrez un processus. A ces processus sont associs un PID (Process ID : nombre unique permettant de les identier. Les commandes top et ps permettent de lister ces processus. La commande kill permet de tuer ces processus.
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La commande top
Loption -u permet de ne prsenter que les processus dun utilisateur donn.
[puthier@mamachine] top -u puthier PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM 4406 puthier 15 0 656m 165m 29m S 11 8.2 4359 puthier 15 0 33364 16m 12m R 0 0.8 11559 puthier 15 0 2380 1064 764 R 0 0.1 3813 puthier 18 0 3224 1460 1184 S 0 0.1 3875 puthier 15 0 2500 388 268 S 0 0.0 ...
dun processus peut aussi tre effectu via la commande kill.
Dans top la touche k permet de choisir un processus dtruire (indiquer son PID). larrt
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Lorsquon lance un processus on peut le mettre directement en arrire plan avec le caractre .
[puthier@mamachine] kate& # Le processus se lance en arrire plan.
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La commande nohup
Une commande est associe un terminal. Si on ferme le terminal, les processus qui en dpendent sont tus. Pour viter cela, il faut utiliser nohup.
[puthier@mamachine] nohup macommande&
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Un point fort
Rseau
La communication rseau est trs bien intgre dans unix (ftp, ssh, http,...).
[puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] [puthier@mamachine] ...
ftp tagc.univ-mrs.fr # ou lftp, ncftp ssh 10.1.1.53 ssh -X 10.1.1.53 # avec affichage graphique. curl http://tagc.univ-mrs.fr # recupration des sources dun page web. wget http://tagc.univ-mrs.fr/welcome/IMG/logo_inserm.gif #rcupration d curlftpfs ftp://tagc.univ-mrs.fr
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On peut ensuite visualiser avec un logiciel permettant de lire le format pdf (evince, kpdf, acrobat reader,...).
[puthier@mamachine] kpdf leNomDuDocument.pdf
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<ctrl> + a : dbut de ligne <ctrl> + e : n de ligne <ctrl> + < dbut de document <ctrl> + > n de document <ctrl> + g annuler <ctrl> + x <ctrl> + s sauver <ctrl> + x <ctrl> +c quitter alt + x : choisir une fonction (ex : replace-string)
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EMBOSS : The European Molecular Biology Open Software Suite. Suite logicielle dveloppe par lEBI et linstitut Sanger. Actuellement : environ 160 programmes couvrant les principaux domaines de la Bioinformatique (alignements de squences, recherche dans des banques de donnes, dition et visualisation de squences, analyses de squences, identication de motifs protiques...)
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Sous Unix/Linux en ligne de commande. Grce une interface graphique : Jemboss (Java), Kaptain (KDE GUIs for EMBOSS) Grce une interface web (Emboss-explorer).
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[puthier@mamachine] wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/ current_release/knowledgebase/taxonomic_divisions/ uniprot_sprot_human.dat.gz [puthier@mamachine] gunzip uniprot_sprot_human.dat.gz [puthier@mamachine] mv uniprot_sprot_human.dat u_s_hs.dat [puthier@mamachine] dbiflat -dbname uniprot_hs -directory /home/puthier/EMBOSS/ -filenames u_s_hs.dat -idformat SWISS -fields acnum,seqvn,des,taxon,keyword
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Le format USA
Permet de manipuler de faon standardise les noms de squences sans ambiguit. Les squences peuvent tre stockes dans une banques de donnes, dans un chier, ou un rpertoire.
La syntaxe USA prcise
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La fonction seqret
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Quelques commandes...
[puthier@mamachine] wossname seq allversusall Sequence similarity data from all-versus-all comparison backtranambig Back-translate a protein sequence to ambiguous nucleotide sequence backtranseq Back-translate a protein sequence to a nucleotide sequence biosed Replace or delete sequence sections compseq Calculate the composition of unique words in sequences consambig Create an ambiguous consensus sequence from a multiple alignment cpgplot Identify and plot CpG islands in nucleotide sequence(s) cpgreport Identify and report CpG-rich regions in nucleotide sequence(s) cutseq Removes a section from a sequence degapseq Removes non-alphabetic (e.g. gap) characters from sequences descseq Alter the name or description of a sequence diffseq Compare and report features of two similar sequences distmat Create a distance matrix from a multiple sequence alignment domainseqs Adds sequence records to a DCF file dotmatcher Draw a threshold dotplot of two sequences dotpath Draw a non-overlapping wordmatch dotplot of two sequences dottup Displays a wordmatch dotplot of two sequences dreg Regular expression search of nucleotide sequence(s) edialign Local multiple alignment of sequences einverted Finds inverted repeats in nucleotide sequences emma Multiple sequence alignment (ClustalW wrapper) emowse Search protein sequences by digest fragment molecular weight D. Puthier UNIX/Linux entret Retrieves sequence entries from flatfile databases and files
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http://framablog.org/index.php/post/2007/04/11/ Stallman-en-grande-forme-conference-ENST-03-avril-20
Unix RefCard Unix Refcard (the One Page Linux Manual) Linux : Initiation et utilisation (J.P. Armspach, P. Colin, F. Ostr-Waerzeggers) Introduction aux scripts-shell (A. Robbins, N.H.F Beebe) Les TD Linux (D. Puthier) ...
D. Puthier UNIX/Linux
http://www.ai.univ-paris8.fr/~djedi/poo/unix-refcard
http://homepage.powerup.com.au/~squadron/linux_manua
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Merci ! !
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