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= S : to subject
min
T
x vetor de variveis a otimizar (variveis de deciso) (os fluxos )
S matriz de coeficientes
b vetor de coeficientes conhecidos
c vetor de pesos
c
T
x funo objetivo; combinao linear das variveis de deciso.
SOLVER LP DO MATLAB: LINPROG
Resolver problemas de programao linear (LP) da forma
Sintaxe:
x = linprog(f,A,b,Aeq,beq,lb,ub)
informar A=[] e b=[]I se no houver restries de desigualdade
Informar Aeq=[] e beq=[] se no houver restries de igualdade
Substituir f por -f para encontrar o mximo
help linprog para mais detalhes e opes!
ub x lb
beq x Aeq
b x A
x f
T
x
=
: subject to
min
onde f, x, b, beq, lb, e ub so vetores e A e Aeq so matrizes
SOLVER LP DO MATLAB: LINPROG
ACHAR X QUE MINIMIZE F(X):
f = [-5; -4; -6]
A = [1 -1 1
3 2 4
3 2 0];
b = [20; 42; 30];
lb = zeros(3,1);
>> [x,fval,exitflag,output,lambda] =
linprog(f,A,b,[],[],lb)
Optimization terminated.
x =
0.0000
15.0000
3.0000
ANLISE DE FLUXO METABLICO (AFM)
Programao Linear (otimizao) para resolver sistemas subdeterminados de modelos de
redes metablicas
Funo Objetivo baseada em Objetivo Celular assumindo, como maximizao de
crescimento
Formulao LP:
Taxa de crescimento, , representada como uma combinao linear de fluxos
intracelulares dos precursores de biomassa.
Limites de fluxos so representados por restries fsico-qumicas ou termodinmicas nos
fluxos de reao
As condies extra-celulares limitam os fluxos (e.g. disponibilidade de O
2
)
A termodinmica restringe a direo em que ocorre uma reao: reversvel ou irreversvel
A soluo o conjunto de fluxos que maximiza o crescimento celular e satisfaz os limites
e as restries estequiomtricas
U L
T
v
v v v
Sv
: to subject
v w max
=
=
0
MAX e MIN estimados a partir de
observaes experimentais
predizer por Prog. Linear:
taxa de crescimento e
consumo de nutrientes
ANLISE DE FLUXO METABLICO
DA FERMENTAO DE CIDO
CTRICO POR CANDIDA LIPOLYTICA
Um exemplo de AFM
REDE METABLICA SIMPLIFICADA
Exceto pela converso de glicose a piruvato, todos os coeficientes so 1 ou -1.
Abreviaes: G6P, glicose-6-phosfato; Pyr, piruvato; AcCoA, acetil-CoA; OAA, oxaloacetato;
CIT, citrato; ICT, isocitrato; OGT, -cetoglutarato; SUC, succinato; MAL, malato; GOX, glioxilato.
Linhas tracejadas: reaes de transporte
Lnhas slidas: reaes intra-celulares.
REAES
Pode ser
eliminada
REAES
REAES
REAES
APLICAO DE OTIMIZAO NO-LINEAR
Parametrizao de Modelos
PROGRAMAO NO-LINEAR (NLP)
Otimizao de uma funo objetivo no-linear com restries
de igualdade e desigualdade no-lineares;
Forma NLP padro:
O sistema deve ter mais variveis do que restries de
igualdade (problema sub-determinado)
x vetor de variveis a serem determinadas (variveis de deciso)
h(x) vetor de funes de restries de igualdade
g(x) vetor de funes de restries de desigualdades
f(x) funo objetivo escalar
0 x g
0 x h
x
x
=
) (
) (
: subject to
) ( min f
Mnimos Quadrados No-Linear:lsqnonlin
x = lsqnonlin(@fun,x0,lb,ub)
onde fun uma funo definida pelo usurio que retorna o vetor F(x),
x0 o chute inicial (ponto inicial , e lb e ub so os limites de x
Otimizao No-linear com Restrio : fmincon
onde x, b, beq, lb, e ub so vetores, A e Aeq so matrizes
c(x) e ceq(x) so funes que retornam vetores e
f(x) uma funo que retorna um escalar
x = fmincon(@fun,x0,A,b,Aeq,beq,lb,ub,@cfun)
onde fun a funo para f(x) e cfun uma funo que retorna c(x) e ceq(x)
f = fun(x) [c,ceq] = cfun(x)
NLP SOLVERS DO MATLAB: LSQNONLIN E FMINCON
ub x lb
beq x Aeq
b x A
x ceq
x c
x f
x
=
=
0 ) (
0 ) ( : s.t.
) ( min
2 2
3
2
2
1
2
1
2
) ( ) ( ) ( ) ( ) ( min x f x f x f x f x f
n
n
i
i
x
+ + + + =
=
K
(
(
(
(
=
) (
) (
) (
) (
) (
3
2
1
x f
x f
x f
x f
x F
n
M
EXEMPLO DE FERMENTAO EM BATELADA
Problema de estimao de parmetros para fermentao de
penicilina
Equaes do modelo
Crescimento modelado por equao logstica:
onde y
1
a concentrao celular, k
1
a constante de crescimento & k
2
a
constante de encerramento (nutriente limitante)
A produo de penicilina modelada por
onde y
2
a concentrao de penicilina, k
3
a constante de produo & k
4
a
constante de degradao (hidrlise)
Estimao Dinmica de Parmetros
Utilizar os dados experimentais de duas bateladas de fermentao de penicilina
Ache os valores para os parmetros desconhecidos (k
1
, k
2
, k
3
, k
4
) que
minimizam a soma dos quadrados dos erros
|
|
\
|
=
2
1
1 1
1
1
k
y
y k
dt
dy
2 4 1 3
2
y k y k
dt
dy
=
DADOS DE BATELADAS
Concentrao Concentrao Concentrao Concentrao
Penicilina Penicilina Penicilina Penicilina
Tempo
(horas) (% peso seco) (unid/mL) (% peso seco) (unid/mL)
0 0,4 0 0,18 0
10 0 0,12 0
22 0,99 0,0089 0,48 0,0089
34 0,0732 1,46 0,0642
46 1,95 0,1446 1,56 0,2266
58 0,523 1,73 0,4373
70 2,52 0,6854 1,99 0,6943
82 1,2566 2,62 1,2459
94 3,09 1,6118 2,88 1,4315
106 1,8243 3,43 2,0402
118 4,06 2,217 3,37 1,9278
130 2,2758 3,92 2,1848
142 4,48 2,8096 3,96 2,4204
154 2,6846 3,58 2,4615
BATELADA 1 BATELADA 2
SOLUO
Carregar e plotar os dados experimentais:
Escolher o chute inicial, integrar o modelo, e plotar os perfis simulados:
Estimar valores para os parmetros que minimizam a soma do quadrado dos erros
entre medies e estimaes do modelo:
>> pendat = xlsread('penicillin.xls');
>> tdat = pendat(:,1);
>> ydat = pendat(:,2:end);
>> plot(tdat,ydat,'o');
>> xlabel('Time [h]');
>> ylabel('Concentration');
>> k0 = [0.1 4 0.01 0.01];
>> y0 = [0.29 0];
>> ts = [min(tdat) max(tdat)];
>> dy = @(t,y,k) [k(1)*y(1)*(1-y(1)/k(2)); k(3)*y(1)-k(4)*y(2)];
>> [tsim,ysim] = ode45(dy,ts,y0,[],k0);
>> hold on, plot(tsim,ysim,':');
>> options = optimset('Display','iter');
>> k = lsqnonlin(@simerr,k0,[],[],options,dy,ts,y0,tdat,ydat);
>> [tsim,ysim] = ode45(dy,ts,y0,[],k);
>> plot(tsim,ysim);
EXERCCIO MATLAB: SIMERR.M
function e = simerr(k0,dy,ts,y0,tdat,ydat)
% Integra o modelo
sol = ode45(dy,ts,y0,[],k0);
% Resolve nos pontos experimentis
y = deval(sol,tdat)';
% Erro entre dados e predio
e = ydat - y;
% Descronbrir que experimentos no tm.
n = find(isnan(ydat));
% Atribuir erro zero a pontos
% experimentais ausentes
if ~isempty(n)
e(n) = zeros(size(n));
end
TERMODINMICA
ENERGIA LIVRE DE GIBBS
Um pouco de fundamentos
TERMODINMICA
As transformaes de energia esto sujeitas a duas leis da termodinmica:
1
a
Lei da Termodinmica: energia pode ser transferida e transformada mas
no pode ser criada nem destruda (a energia do universo constante).
2
a
Lei da Termodinmica: cada transferncia ou transformao de energia
realizada aumenta a desordem do universo (todos os processos aumentam a
entropia do universo).
A entropia de um sistema pode diminuir mas a entropia do sistema +
vizinhana sempre crescer. Combinando-se a primeira e a segunda lei da
termodinmica, tem-se que a energia do universo constante mas a sua
qualidade (forma) no.
TERMODINMICA: O CUSTO DA ORGANIZAO
TERMODINMICA: O CUSTO DA ORGANIZAO
Os organismos vivos altamente organizados no violam a segunda lei da
termodinmica pois so sistemas abertos (e.g., sistemas nos quais energia pode
ser transferida para a vizinhana):
assimilam molculas complexas como alimentos e extraem energia
qumica para criar e manter ordem;
retornam para o ambiente molculas mais simples, com menos energia
(CO
2
e H
2
O) e calor.
TERMODINMICA: O METABOLISMO CELULAR
TERMODINMICA: O METABOLISMO CELULAR
Os processos metablicos podem ser simplificados ignorando-
se as reaes e os caminhos que operam em escalas for a da
janela de interesse.
ENERGIA LIVRE DE GIBBS : ANABOLISMO E
CATABOLISMO
A quantidade de energia que est disponvel para realizar trabalho descrita
pelo conceito de energia livre de Gibbs (G)
ENERGIA LIVRE DE GIBBS : ANABOLISMO E CATABOLISMO
A quantidade de energia que est disponvel para realizar trabalho descrita
pelo conceito de energia livre de Gibbs (G).
Os organismos vivem s custas de energia e nem toda energia est disponvel
para realizar trabalho. Note-se que a energia pode ser transformada, mas parte
dela dissipada como calor, indisponvel para a realizao de trabalho
ENERGIA LIVRE DE GIBBS : ANABOLISMO E
CATABOLISMO
A quantidade de energia que est disponvel para realizar trabalho descrita pelo
conceito de energia livre de Gibbs (G).
Os organismos vivem s custas de energia e nem toda energia est disponvel para
realizar trabalho. Note-se que a energia pode ser transformada, mas parte dela
dissipada como calor, indisponvel para a realizao de trabalho.
O metabolismo celular responsvel pela transformao dos nutrientes (e luz no caso
de organismos fotossintticos) em produtos
ENERGIA LIVRE DE GIBBS : ANABOLISMO E
CATABOLISMO
Quando uma reao ocorre
espontaneamente, o decrscimo de
energia livre de Gibbs corresponde
quantidade mxima de trabalho,
w
max
, que pode ser produzido:
G = w
max
Para uma reao que no
espontnea, G positivo e w
max
l
u
l
a
d
e
m
o
n
s
t
r
a
h
a
b
i
l
i
d
a
d
e
e
m
s
e
a
j
u
s
t
a
r
a
o
a
m
b
i
e
n
t
e
h
o
s
t
i
l
,
r
e
d
u
z
i
n
d
o
o
c
o
n
s
u
m
o
d
e
A
T
P
n
o
s
p
r
o
c
e
s
s
o
s
d
e
m
a
n
u
t
e
n
o
c
e
l
u
l
a
r
Obtm mais energia pela completa oxidao do substrato
ATP formado na fosforilao oxidativa
Processo de crescimento celular comea com a formao de precursores
metablicos (1); blocos de construo so sintetizados (2) a partir destes
precursores; e depois polimerizados em macromolculas (3)
(1) CO
2
e NADH so obtidos como co-produtos
(2) NADPH e ATP so requeridos
ENERGIA EM PROCESSOS AERBIOS
biomassa + Y
xc
CO
2
+ Y
X,NADH
NADH (1+Y
XC
) CH
2
O
Y
X,ATP
ATP Y
X,NADPH
NADPH = 0
SNTESE DE BIOMASSA
CATLISE ENZIMTICA
Controle do fluxo metablico
A CATLISE ENZIMTICA
A maioria das reaes requer energia para ter incio.
Esta energia extra necessria para desestabilizar ligaes qumicas, inclusive para
reaes exergnicas, chamada de energia de ativao.
Existem substncias que reduzem esta energia de ativao, e so conhecidas como
catalisadores.
As enzimas reduzem a energia de ativao mas no modificam a energia livre de
Gibbs.
ANALOGIA COM PLANTAS QUMICAS
Nos dois SISTEMAS, h um grande nmero de PRODUTOS
sintetizados e decompostos, simultaneamente.
Ambos so ALTAMENTE INTEGRADOS e utilizam energia
derivada de reaes para possibilitar a ocorrncia de outras
reaes. (Catablicas Anablicas)
O conceito de FLUXO METABLICO equivalente ao de
VAZES em plantas industriais.
Os dois SISTEMAS possuem uma srie de FEEDBACKs (enlaados
e em cascata) para garantir FLEXIBILIDADE e RESILINCIA frente
a novas demandas e mudanas ambientais.
No Metabolismo, o feedback inibe o acmulo excessivo de
intermedirios metablicos e mantm o crescimento
balanceado
ANALOGIA COM PLANTAS QUMICAS
Vrias questes colocadas em controle de processos qumicos
tambm se aplicam regulao metablica
(a) H interao das malhas feedback?
(b) Como desacoplar as malhas feedback?
(c) Como esto integradas as malhas?
(d) Quais so os efeitos do recilco de metablitos e das enzimas?
ANALOGIA COM PLANTAS QUMICAS
ANALOGIA COM PLANTAS QUMICAS
TRANSPORTE DE NUTRIENTES: O PRIMEIRO PASSO
Inicia o processo formao de macromolculas e estruturas
celulares, atravs das vias catablicas e anablicas.
Tambm permite a eliminao de produtos finais do seu
metabolismo, assim como substncias txicas do citoplasma
para o espao extracelular.
TRANSPORTE DE METABLITOS
REGULAO DA ATIVIDADE ENZIMTICA
Controle da concentrao de metablitos
Atividade: Inibio (e ativao) feedback (respostas extremamente rpidas)
Sntese: Represso e induo (desrepresso) da sntese enzimtica
(respostas lentas), otimizando a concentrao da enzima na clula
INIBIO E ATIVAO ENZIMTICA
Enzimas isofuncionais que catalisam a primeira reao de uma etapa comum so normalmente sensveis
a um dos produtos finais do caminho metablico: mecanismo de inibio cooperativa ou sinrgica.
INIBIO E ATIVAO ENZIMTICA
Na inibio feedback cumulativa (mecanismo mais sofisticado), ua nica enzima exibe mltiplos stios
alostricos respondendo a cada um dos vrios produtos.
INIBIO E ATIVAO ENZIMTICA
Os metablitos reguladores podem tanto ativar quanto inibir (effectors ou ligands).
PROENZIMA
Algumas enzimas j nascem ativas.
Outras nascem inativas: proenzimas.
Para ativ-las, a clula quebra um fragmento peptdico
Vrias enzimas digestivas enquadram-se nesta classe.
CONTROLE FEEDBACK
Algumas enzimas(alostricas) ligam-se a molculas
ditas REGULADORAS, que afetam a enzima positiva ou
negativamente
Reguladores positivos: aceleram a reao alterando o stio
para que o substrato ligue-se mais rapidamente
Reguladores negativos: desaceleram a reaoimpedindo o
substrato de se combinar ao stio ativo
Controle Feedback: o produto final age como um
regulador Feedback, desacelerando a primeira enzima
do caminho metablico.
REGULADOR FEEDBACK
Inibio Feedback: malha feedback negativo
para reaes enzimticas
Quanto mais um produto produzido pela
enzima, mais inibida se torna a enzima para
criar mais produto;
As reaes catalisadas por enzimas ocorrem
em caminho bioqumico: o produto de uma
reao o substrato da reao seguinte,
levando ao produto metablico final.
Quando a concentrao deste produto atinge
nveis elevados, a rota inibida.
REGULADOR FEEDBACK
O produto da reao final na rota metablica reage com a
enzima da primeira reao no stio alostrico, que modifica a
conformao da enzima
CONTROLE FEEDBACK
Enzimas: Reduzem Energia de Ativao
AS VLVULAS: ENZIMAS
Inibio
da atividade
enzimtica
AO: LIGAO ENZIMA-SUBSTRATO
AO: LIGAO ENZIMA-SUBSTRATO
Analogia Chave-Fechadura: fechadura = enzima, chave = substrato.
MODELOS DE ATUAO ENZIMTICA
TEORIA DE AJUSTE INDUZIDO
Enzima no rgida, muda conforme o substrato
CO-ENZIMA
Prepara o stio ativo para atividade cataltica
ATIVIDADE ENZIMTICA
Temperatura e pH afetam a ao enzimtica
ATIVIDADE
ATIVIDADE ENZIMTICA
SATURAO
INIBIDORES
No-especificos - desnaturao, pH, temperatura
INIBIDOR NO-COMPETITIVO
No-competitivo:
estrutura diferente da do
substrato, destorce a
enzima, alterando a
conformao do stio ativo.
o seu efeito no revertido
pela adio de mais
substrato
INIBIDOR-COMPETITIVO
Mimetiza o substrato, bloqueando o stio ativo. Pode ser removido
INIBIDORES COMPETITIVOS
Efeito revertido pelo aumento da concentrao de substrato
Enzyme Inhibitors
INIBIDORES ENZIMTICOS
Irreversvel ligao covalente ao stio ativo
INIBIDORES ENZIMTICOS
Regulador feedback - usado para controle de uma
SEQUNCIA DE REAES um produto de reao pode
bloquear uma enzima inicial
REGULADOR FEEDBACK
Um produto agindo como regulador negativo. Um produto
final liga-se enzima E1, quando h produto suficiente.
ALTERAES NAS VIAS BIOSSINTTICAS INCREMENTAR A
PRODUO DE METABOLITOS
Incrementar a produo de um dado metabolito atravs da
estimulao da atividade de enzimas reguladoras da sntese
de um dado metabolito ou pela ativao da expresso dos
genes que as codificam.
ALTERAES NAS VIAS BIOSSINTTICAS INCREMENTAR A
PRODUO DE METABOLITOS
Incrementar a produo de um dado metabolito atravs da
estimulao da atividade de enzimas reguladoras da sntese
de um dado metabolito ou pela ativao da expresso dos
genes que as codificam.
De uma maneira geral, exequvel incrementar a produo
de metabolitos melhorando a sua produo atravs de:
Aumento da atividade enzimtica;
Induo da expresso de genes reguladores;
Bloqueio das vias competitivas;
Bloqueio do catabolismo
METABOLOMICA
Considerada como a ligao entre o potencial gentico -
gentipo e o produto dos genes fentipo, a metabolmica
analisa o metabolismo de cada organismo elucidando a
funo de cada gene e o relacionamento entre os genes.
METABOLOMICA
Considerada como a ligao entre o potencial gentico -
gentipo e o produto dos genes fentipo, a metabolmica
analisa o metabolismo de cada organismo elucidando a
funo de cada gene e o relacionamento entre os genes.
Metaboloma definido como o conjunto de todos os
metabolitos que so produzidos e/ou modificados por um
organismo.
REGULAO DA GLICLISE
O Fluxo no caminho metablico pode ser regulado de diversas formas:
1. Disponibilidade de Substrato
2. Concentrao de enzimas responsveis pelas etapas limitantes do
processo
3. Regulao alostrica de enzimas
4. Modificao covalente de enzimas (e.g. fosforilao)
Das 10 etapas do caminho glicoltico, 3 envolvem grandes Gs, e so
essencialmente irreversveis: Etapa 1 (fosforilao da glicose), 3
(fosforilao da g6P) e 10 (transferncia de forfato de
fosfoenolpiruvato para ADP).
Gliclise
http://advan.physiology.org/cgi/content/full/29/2/128-a#SEC3
CONTROLE DE FLUXO METABLICO
Rede regulatria
O controle do fluxo metablico se encontra distribudo ao longo do
caminho, atravs das enzimas.
Teoria do Controle Metablico Anlise de
Sensibilidade
MCA uma forma de investigar COMO, para um dado caminho
metablico, as taxas de reao e concentrao de intermedirios
so controladas pelas protenas que constituem este caminho.
ANLISE DO CONTROLE METABLICO (MCA)
A hiptese bsica que todo o controle das taxas de reao
de um sistema metablico quantitativamente distribudo
entre todas as enzimas que constituem a rede metablica.
Esta abordagem contrasta com assumir uma protena que
limite a taxa
ANLISE DO CONTROLE METABLICO (MCA)
Aplicvel apenas a condies de estado estacionrio (ou pseudo
estado-estacionrio) as concentraes do primeiro substrato e
do produto final de cada caminho metablico podem ser mantidas
constante tanto pelo controle das condies ambientais ou como
resultado da regulao intracelular.
Um estado estacionrio estvel definido unicamente pelas
atividades das enzimas catalisadoras dos passos individuais do
caminho
FUNDAMENTOS DO CONTROLE METABLICO (MCA)
atividades das enzimas = parmetros do sistema
propriedades que so determinadas pelos valores destes
parmetros (p.ex. fluxo atravs do caminho metablico ou
concentrao de intermedirios intracelulares) = variveis
do sistema
Um dos objetivos da MCA relacionar as variveis do
sistema metablico com os seus parmetros
FUNDAMENTOS DO CONTROLE METABLICO (MCA)
n reaes e m metablitos
1. S a matriz mn de coeficientes estequiomtricos, para n
reaes e mmetablitos.
2. v funo das taxas de reao, dependentes de c e p.
3. c um vetor m-dimensional de concentraes de metablitos
4. p um vetor p-dimensional de parmetros, onde p o nmero
de metablitos cujas concentraes so controladas
EXTERNAMENTE.
MCA RELAO COM ANLISE DE SENSIBILIDADE
) p , c ( S
dt
) t ( dc
=
A anlise MCA LISTA coeficientes para um dado caminho
metablico.
Estes COEFICIENTES so obtidos calculando-se as derivadas parciais
e dados experimentais para o caminho especfico.
MCA Resultados
c
J
e
v
e
c
SINK (ns estveis): Re(
1
)<0 e Re(
2
)<0
SELAS (instvel): Re(
1
)<0 e Re(
2
)>0
SOURCES (instveis): Re(
1
)>0 e Re(
2
)>0
ESPIRAIS:
1
e
2
so complexos conjugados. Se
Re( )<0 estvel, e Re( )>0 instvel.
Anlise de Estabilidade
Anlise de Bifurcao
Anlise do comportamento qualitativo das solues de equaes diferenciais
com a variaes de um parmetro.
uma propriedade dos autovalores da Matriz Jacobiana: Parte real negativa
ESTVEL.
Existem duas formas de There are two ways in which stability can change as
a parameter varies:
Bifurcao
Bifurcao
Bifurcao
3
) , ( x x x f x = =
&
O ponto de equilbrio :
3
0 ) , (
e e
x x x f = =
=
=
=
e
e
e
x
x
x 0
,
e e
x
x
x
f
e
+ =
2
3
Jacobiana
e e
x + =
2
3
CICLO CELULAR
COMPONENTES MOLECULARES DO CICLO CELULAR
Componente mais importante de clulas eucariotas: cyclin-
dependent protein kinases, heterodimeros consistindo de uma
subunidade cataltica (Cdk) e uma subunidade regulatria (ciclina).
A Cdk s est ativa em um complexo com a ciclina, exercendo sua
ao na fosforilao de outras protenas
Sua atividade necessria para iniciar a replicao de DNA e a mitose
celular
G1 GAP 1
S Sntese: ocorre
replicao de DNA
G2 GAP 2
M Mitose: ocorre a
diviso nuclear (os
cromossomos se
separam) e a diviso
citoplamtica
(citocinese).
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
********** MODEL NAME
Novak-Tyson Model
********** MODEL NOTES
Novak-Tyson cell cycle model, described in J. theor. Biol. (1998)
195, 69-85
********** MODEL STATES
d/dt(Cyclin) = (R1-R2-R3)/compartment
d/dt(YT) = (R4-R5-R6-R7+R8+R3)/compartment
d/dt(PYT) = (R5-R8-R9-R10+R11)/compartment
d/dt(PYTP) = (R12-R11-R13-R14+R9)/compartment
d/dt(MPF) = (R6-R4-R12-R15+R13)/compartment
d/dt(Cdc25P) = (R16)/compartment
d/dt(Wee1P) = (R17)/compartment
d/dt(IEP) = (R18)/compartment
d/dt(APCstar) = (R19)/compartment
Cyclin(0) = 0.0172
YT(0) = 0.011599999999999999
PYT(0) = 0.00089999999999999998
PYTP(0) = 0.019800000000000002
MPF(0) = 0.072999999999999995
Cdc25P(0) = 0.94989999999999997
Wee1P(0) = 0.94989999999999997
IEP(0) = 0.24199999999999999
APCstar(0) = 0.31319999999999998
********** MODEL PARAMETERS
compartment = 1
Ka = 0.1
Kb = 1
Kc = 0.01
Kd = 1
Ke = 0.1
Kf = 1
Kg = 0.01
Kh = 0.01
k1 = 0.01
k3 = 0.5
V2p = 0.005
V2pp = 0.25
V25p = 0.017
V25pp = 0.17
Vweep = 0.01
Vweepp = 1
kcak = 0.64
kpp = 0.004
kas = 2
kbs = 0.1
kcs = 0.13
kds = 0.13
kes = 2
kfs = 0.1
kgs = 2
khs = 0.15
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
********** MODEL VARIABLES
k2 = V2p+APCstar*(V2pp-V2p)
kwee = Vweepp+Wee1P*(Vweep-Vweepp)
k25 = V25p+Cdc25P*(V25pp-V25p)
********** MODEL REACTIONS
R1 = k1*compartment
R2 = k2*Cyclin *compartment
R3 = k3*Cyclin *compartment
R4 = kpp*MPF *compartment
R5 = kwee*YT *compartment
R6 = kcak*YT *compartment
R7 = k2*YT *compartment
R8 = k25*PYT *compartment
R9 = kcak*PYT *compartment
R10 = k2*PYT *compartment
R11 = kpp*PYTP *compartment
R12 = kwee*MPF *compartment
R13 = k25*PYTP *compartment
R14 = k2*PYTP *compartment
R15 = k2*MPF *compartment
R16 = (kas*MPF*(1-Cdc25P)/(1+Ka-Cdc25P)-
kbs*Cdc25P/(Kb+Cdc25P))*compartment
R17 = (kes*MPF*(1-Wee1P)/(1+Ke-Wee1P)-
kfs*Wee1P/(Kf+Wee1P))*compartment
R18 = (kgs*MPF*(1-IEP)/(1+Kg-IEP)-
khs*IEP/(Kh+IEP))*compartment
R19 = (kcs*IEP*(1-APCstar)/(1+Kc-APCstar)-
kds*APCstar/(Kd+APCstar))*compartment
********** MODEL FUNCTIONS
********** MODEL EVENTS
********** MODEL MATLAB FUNCTIONS
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
>> warning off
>> sbmodel('novaktyson2.txt')
SBmodel
=======
Name: Novak-Tyson Model
Number States: 9
Number Variables: 3
Number Parameters: 27
Number Reactions: 19
Number Functions: 0
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
>> warning off; installSB('quick)
>> sbmodel('novaktyson2.txt')
SBmodel
=======
Name: Novak-Tyson Model
Number States: 9
Number Variables: 3
Number Parameters: 27
Number Reactions: 19
Number Functions: 0
>> sbedit(Sbmodel)
CICLO CELULAR DE EUCARIOTA
S. CEREVISIAE
S. CEREVISIAE
S. CEREVISIAE
S. CEREVISIAE
(Danilo e Porro, 2007).
EXPERIMENTO COM CAMPO ELTRICO
S. CEREVISIAE
0
10
20
30
40
50
Nenhuma Uma Duas Trs Quatro Cinco 6 ou mais
n de cicatrizes
F
r
e
q
u
n
c
i
a
(
e
m
%
) Sem potencial
Com potencial
OBSERVAES EXPERIMENTAIS
Corte (%) Final (%)
Sem
potencial
51,2 16,1
Com
potencial
49,5 64,6
Frao de clulas
gemulantes
0
10
20
30
40
50
Nenhuma Uma Duas Trs Quatro Cinco 6 ou mais
n de cicat rizes
F
r
e
q
u
n
c
i
a
(
%
)
Experimento 1
Experimento 2
0
10
20
30
40
50
Nenhuma Uma Duas Trs Quatro Cinco 6 ou mais
n de cicatrizes
F
r
e
q
u
n
c
i
a
(
e
m
%
) Sem pot encial
Com potencial
R
e
s
p
o
s
t
a
s
C
e
l
u
l
a
r
e
s
a
P
o
t
e
n
c
i
a
l
E
l
t
r
i
c
o
CONSIDERAES PARA MODELAGEM
Tamanho celular varia com a idade;
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
(Danilo e Porro, 2007).
Tamanho celular varia com a idade;
Massa de start varia com idade e meio;
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
CONSIDERAES PARA MODELAGEM
PREMISSAS DO MODELO
Tamanho celular varia com a idade;
Massa de start varia com idade e meio;
Clulas mais velhas tm menor atividade celular
(senescncia);
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
(Powell et al, 2000)
decaimento metablico com a idade
)
1
1
( 1
)) ( (
id id
K k L
id
e
F
+
=
i
id i
i
F
S K
S
m
dt
dm
+
=
max
S X id total
Y F
S K
S
m
dt
dS
/
max
+
=
PREMISSAS DO MODELO
Tamanho celular varia com a idade;
Massa de start varia com idade e meio;
Clulas mais velhas tm menor atividade celular
(senescncia);
Clulas de mesma idade tm mesma taxa de
crescimento;
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
PREMISSAS DO MODELO
Tamanho celular varia com a idade;
Massa de start varia com idade e meio;
Clulas mais velhas tm menor atividade celular
(senescncia);
Clulas de mesma idade tm mesma taxa de
crescimento;
Diviso assimtrica;
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
PREMISSAS DO MODELO
Tamanho celular varia com a idade;
Massa de start varia com idade e meio;
Clulas mais velhas tm menor atividade celular
(senescncia);
Clulas de mesma idade tm mesma taxa de
crescimento;
Diviso assimtrica;
Nmero de clulas com idade >
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
0
10
20
30
40
50
Nenhuma Uma Duas Trs Quatro Cinco 6 ou mais
n de cicat rizes
F
r
e
q
u
n
c
i
a
(
%
)
Experiment o 1
Experiment o 2
MODELANDO A EVOLUO DA POPULAO
(Hartzis e Porro, 2006)
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
CLASSES DA POPULAO
Classificao das clulas por classes (idades)
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
Classificao das clulas por classes (idades)
Cada classe composta de um conjunto idntico de clulas:
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
CLASSES DA POPULAO
Classificao das clulas por classes (idades)
Cada classe composta de um conjunto idntico de clulas:
Filhas (clulas sem cicatriz);
Clulas com 1 cicatriz (sofreram 1 diviso);
Clulas com 2 cicatrizes (sofreram 2 divises);
...
Clulas com >4 cicatrizes (clulas com >4 <3% da
populao)
verificado experimentalmente e confirmado na
literatura (Vanoni et al., 1983; Mariani et al.,
1986 apud Hartzis & Porro, 2006)
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
CLASSES DA POPULAO
Classificao das clulas por classes (idades)
Cada classe composta de um conjunto idntico de clulas:
Crescimento e diviso celulares: calculados para 1 clula da
classe etria
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
CLASSES DA POPULAO
Classificao das clulas por classes (idades)
Cada classe composta de um conjunto idntico de clulas:
Crescimento e diviso celulares: calculados para 1 clula da
classe etria
A massa desta clula representa a massa mdia de cada clula
da classe.
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
CLASSES DA POPULAO
Classificao das clulas por classes (idades)
Cada classe composta de um conjunto idntico de clulas:
Crescimento e diviso celulares: calculados para 1 clula da
classe etria
A massa desta clula representa a massa mdia de cada clula
da classe.
Cada classe apresenta um tempo mdio de duplicao.
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
CLASSES DA POPULAO
m
1
N
1
PD
X
S K
S
m
dt
dm
i
i
+
=
max
X
Evento:
Diviso
m
me
/m
filha
= 1/0.6
XX
N
2
PD
= N
2
+ N
1
1 2
1 1 2 2
2
* *
N N
m N m N
m
+
+
=
N
F
PD
= N
F
+ N
1
1
1 1
* *
N N
m N m N
m
F
F F
F
+
+
=
N
1
PD
= 0
CRESCIMENTO, DIVISO, IDADE, SENILIDADE
)
1
) 1 (
( 1 (
0
A
A
Q m m
i
i
k
S S
+ =
S LM
S
e
m m
*
0
1
1
0
+
=
)
1
1
( 1
)) ( (
id id
K k L
id
e
F
+
=
h
h
M M
mitose filha
1
=
Start mitose
M M 6 , 1 =
) 1 ( Pot K Pot K K
sp cp
+ =
) 1 (
/ / /
Pot Y Pot Y Y
Ssp X Scp X S X
+ =
O potencial eltrico no
interfere em
max
.
C
i
c
l
o
C
e
l
u
l
a
r
e
P
o
p
u
l
a
o
M
i
c
r
o
b
i
a
n
a
Cazzador e Mariani (1988)
(Powell et al, 2000)