ENZIMOLOGA

Principios generales de la accin enzimtica

Las reacciones qumicas que ocurren en los organismos vivos presentan casi siempre una energa de activacin tan elevada, que en condiciones compatibles con la vida ocurriran a velocidades casi nulas, con lo cual la vida (al menos en las condiciones actuales) sera prcticamente imposible. Como consecuencia, una de las principales adquisiciones evolutivas de los seres vivos fue la aparicin de protenas con actividad cataltica (enzimas), que al disminuir la energa de activacin de las reacciones hacen posible no slo que stas se produzcan a gran velocidad, sino que se lleven a cabo en condiciones moderadas de presin, temperatura, pH, etc., compatibles con la vida.

 Las

enzimas son, generalmente, protenas globulares con actividad cataltica. La enorme variedad de reacciones que comprende la vida son mediadas, casi todas ellas, por estos catalizadores biolgicos. La enorme variedad de reacciones bioqumicas que comprende la vida son mediadas, casi todas ellas, por una serie de catalizadores biolgicos notables conocidos como enzimas. Las enzimas son producidas nicamente por organismos vivos.

ENZIMAS

Aunque las enzimas se hallan sometidos a las mismas leyes naturales que gobiernan el comportamiento de otras sustancias, se diferencian de los catalizadores qumicos ordinarios en varios aspectos importantes:

Velocidades de reaccin ms elevadas Condiciones de reaccin ms suaves: temperaturas por debajo de 50C, a la presin atmosfrica y a valores de pH casi neutros. Mayor especificidad de reaccin: especificidad muy grande, tanto respecto a las identidades de sus sustratos (reactantes) como de sus productos Capacidad para la regulacin: propiedad fundamental para la relacin entre la actividad enzimtica y la homeostasis de los organismo vivos

NOMBRES TRADICIONALES

En los primeros das de la bioqumica, las enzimas recibieron nombres que slo seguan el gusto de sus descubridores. Frecuentemente el nombre dado no daba ninguna clave hacia la funcin que desempeaba (Vgr. Tripsina). Con frecuencia se aplicaban diferentes nombres a la misma enzima, o peor an, el mismo nombre a enzimas con actividades muy diferentes. Los enzimas, habitualmente se designaban, y as se sigue haciendo hoy en muchos casos, aadiendo el sufijo"-asa al nombre del sustrato de la enzima o a una frase que describa la accin cataltica de la enzima. As, "ureasa cataliza la hidrlisis de la urea y "alcohol deshidrogenasa cataliza la oxidacin de los alcoholes a sus correspondientes aldehdos.

NOMINACIN DE ENZIMAS
En un esfuerzo para eliminar esta confusin y proporcionar reglas para designar racionalmente el nmero rpidamente creciente de enzimas nuevas, la Intemational Union of ,Biochemistry (IUB) adopt un esquema para la clasificacin funcional sistemtica y la nomenclatura de los enzimas. Los enzimas se clasifican y designan de acuerdo con la naturaleza de las reacciones qumcas que catalizan. Existen seis clases principales de reacciones que catalizan los enzimas (Ver Tablas), as como subclases y sub-subclases dentro de las clases.

Enzimas. Clasificacin 1

1. Oxidorreductasas. Son aquellas enzimas que catalizan las reacciones de oxidorreduccin, o sea, la transferencia de electrones o sus equivalentes entre un donante y un aceptor. Pueden ser:
Deshidrogenasas: Separan tomos de hidrgeno del sustrato. Oxidasas: Oxidan el sustrato al aceptar sus electrones. Otras ms son oxigenasas, reductasas, peroxidasas, e hidroxilasas.

2. Transferasas. Catalizan la transferencia de un grupo qumico entre un donante y un aceptor; se excluyen aqullas que transfieren electrones o sus equivalentes, pues pertenecen a la clase anterior, y aqullas en que el aceptor del grupo es el agua, pues pertenecen a la clase siguiente. Ejemplos de tales grupos incluyen amino, carboxil, carbonil, metil, fosforil, y acil (RC=O). Nombres triviales comunes para este tipo de enzimas incluyen frecuentemente el prefijo trans. Algunos ejemplos son, transmetilasas, transaminasas y transcarboxilasas. 3. Hidrolasas. Catalizan la ruptura de enlaces qumicos con la participacin de las molculas del agua. Las hidrolasas incluyen a las esterasas, fosfatasas, glucosidasas, lipasas y peptidasas.

Enzimas. Clasificacin 2
4. Liasas. Catalizan reacciones en las cuales se produce la adicin o sustraccin de grupos qumicos (e.g., H2O, CO2, y NH3) a dobles enlaces o para formar dobles enlaces. Decarboxilasas, hidratasas, dehidratasas, deaminasas, y sintasas son ejemplos de liasas. 5. Isomerasas. Este es un grupo heterogneo de enzimas. Las isomerasas catalizan varios tipos de rearreglos intramoleculares que llevan ese nombre. Las epimerasas catalizan la inversin de carbonos asimtricos. Las mutasas la transferencia intramolecular de grupos funcionales 6. Ligasas. Catalizan la unin covalente de 2 sustratos mediante la energa de hidrlisis de nuclesidos trifosfatados, generalmente el ATP. Los nombres de muchas ligasas incluyen el nombre sintetasa. Varias otras ligasas reciben el nombre de carboxilasas.

1: oxidoreductasas, 2: transferasas, 3: hidrolasas, 4: liasas, 5: isomerasas, 6: ligasas.

Distribucin de todas las enzimas conocidas por su nmero de clasificacin en el Sistema EC

NOMBRE RECOMENDADO Y SISTEMTICO

A cada enzima se le asignan dos nombres, y cuando se quiere llegar a la mxima claridad en la especificidad de la enzima, se le debe agregar una clasificacin de cuatro nmeros. El nombre recomendado, resulta conveniente para el empleo diario y es, con frecuencia, el nombre trivial de la enzima empleado previamente. El nombre sistemtico se emplea cuando debe hacerse mnima la ambigedad: consiste en el nombre del (de los) sustrato(s) seguido de una palabra que acabe en " -asa" y que especifica el tipo de reaccin que cataliza la enzima, de acuerdo con la clasificacin del grupo principal. Por ejemplo, la enzima cuyo nombre recomendado es carboxipeptidasa A tiene el nombre sistemtico de peptidil-L-amino cido hdrolasa.

EC 3.4.17.1.

En el caso de la enzima mencionada, carboxipeptidasa A, debera agregarse el nmero de clasificacin EC 3.4.17.1. (EC significa Comisin de Enzimas, Enzyme Commission),

El primer nmero (3) ndica la clase principal a la que pertenece la enzima (Hidrolasas) El segundo nmero (4) ndica la subclase (acta sobre el enlace peptdico), El tercer nmero (17) designa la sub-subclase metalo-carboxipeptidasas; la carboxipeptidasa A tiene un ion Zn2+ unido que es esencial para su actividad cataltica El cuarto nmero (1) es el nmero de serie de la enzima asignado arbitrariamente en la sub-subclase.

ENZIMAS NOMENCLATURA - Ejemplo

ATP + D-Glucosa ADP + D-Glucosa-6-fosfato

IUB - ATP:glucosa fosfotransferasa

E.C. 2.7.1.1
2 - clase - Transferasa 7 - subclase - Fosfotransferasas 1 - sub-subclase - Fosfotransferasa que utiliza un grupo hidroxilo como receptor 1 - indica que la D-glucose es el receptor del grupo fosfato

Nombre trivial: Hexocinasa

Zimgenos o Proenzimas
Son precursores inactivos de las enzimas. Un zimgeno es una molcula que necesita ser activada para convertirse en una enzima activa, por lo que es ms exacto decir que los zimgenos son precursores de enzimas, que decir que son enzimas inactivas. Las enzimas digestivas, algunos factores de la coagulacin y otras protenas son sintetizadas como zimgenos. La sntesis de enzimas en forma de zimgenos es uno de los mecanismos de seguridad con que cuenta el organismo para su supervivencia. Por ejemplo, la sntesis de enzimas digestivas en forma inactiva es un mecanismo de seguridad para las clulas que sintetizan esas enzimas, ya que las enzimas proteolticas sintetizadas como zimgenos no son activadas hasta que abandonan la clula y son secretadas al tracto gastrointestinal.

Isoenzimas o Isozimas

Las isoenzimas o isozimas son enzimas que difieren en la secuencia de aminocidos, pero que catalizan la misma reaccin qumica. Estas enzimas suelen mostrar diferentes parmetros cinticos (i.e. diferentes valores de KM), o propiedades de regulacin diferentes. La existencia de las isoenzimas permite el ajuste del metabolismo para satisfacer las necesidades particulares de un determinado tejido o etapa del desarrollo. En bioqumica, las isoenzimas son isoformas (variantes estructurales estrechamente relacionadas) de las enzimas. En muchos casos, son codificadas por genes homlogos que han divergido con el tiempo. De forma estricta, las aloenzimas representan enzimas de diferentes alelos de un mismo gene y las isoenzimas representan enzimas de diferentes genes cuyos productos catalizan la misma reaccin.

CATLISIS ENZIMTICA

Muchas protenas son enzimas, es decir, se unen a algunas molculas y catalizan reacciones especficas. El sufijo asa al final del nombre de una protena la identifica como una enzima, Vgr. Ribonucleasa, es la protena enzima que degrada el RNA (cido ribonucleico) por hidrlisis; Peptidasa, es la protena enzima que rompe, por hidrlisis, los enlaces peptdicos La molcula blanco que se une a la superficie de la enzima en un sitio especfico recibe el nombre de Sustrato de la enzima. Las reacciones catalizadas por las enzimas son reacciones que ocurriran de todas maneras espontneamente pero a velocidades muy lentas; las enzimas no son sustancias mgicas - las reacciones que catalizan deben ser qumicamente posibles. Las enzimas pueden acelerar las reacciones en que participan por factores que van de 106 a 1014 veces.

ENZIMAS. ESPECIFICIDAD

La mayor parte de las enzimas funcionan in vivo (en la clula) catalizando una reaccin particular sobre un sustrato especfico, esto conforma la especificidad de sustrato

La especificidad de accin determina que la enzima cataliza slo una de las posibles transformaciones del sustrato. La estreo especificidad de las enzimas es tambin muy elevada, tanto respecto a la unin de sustratos quirales como respecto a las reacciones que catalizan. La estreo especificidad de los enzimas procede de su quiralidad inherente, pues como ya sabemos las protenas estn constituidas slo por L-aminocidos.

Sin embargo, las enzimas pueden actuar sobre varios sustratos estructuralmente relacionados, aunque con diferentes eficiencias. Tambin es cierto que un misma molcula puede servir como sustrato a varios tipos de enzimas diferentes.

ESPECIFICIDAD DE SUSTRATO Las enzimas son especficas en las reacciones que catalizan, como se dice habitualmente: una enzima-un sustrato. La mayor parte de las enzimas funcionan in vivo (en la clula) catalizando una reaccin particular sobre un sustrato especfico. La especificidad puede darse en varios grados:

Especificidad absoluta: Se da cuando la enzima slo acta sobre un sustrato. Especificidad de grupo: Se da cuando la enzima reconoce un determinado grupo de molculas. Especificidad de clase: Es la menos especfica, dado que la actuacin de la enzima no depende del tipo de molculas, sino del tipo de enlace.

FACTORES QUE AFECTAN LA ACTIVIDAD

ENZIMTICA

Influencia de la temperatura: Existe una temperatura ptima para la cual la actividad enzimtica es mxima. Influencia del pH: Todas las enzimas tienen dos valores lmites de pH entre las cuales son efectivas. Traspasados estos valores, la enzima se desnaturaliza y deja de actuar. Entre estos lmites existe un pH ptimo en el cual la enzima posee una mxima eficacia. Concentracin del sustrato: En una reaccin enzimtica, al incrementar la concentracin de sustrato, para una concentracin de enzima constante se produce un aumento de velocidad de reaccin. Si la concentracin de sustrato es excesiva, la velocidad de reaccin no aumentar, debido a que se produce una saturacin de la enzima, cuyas molculas se hallan todas en forma de complejo enzima-sustrato. Inhibidores: Son sustancias que disminuyen la actividad de la enzima. Pueden ser:

Irreversibles: Tienen lugar cuando el inhibidor se fija permanentemente al centro activo de la enzima alterando su estructura. Reversibles: Tienen lugar cuando no se inutiliza el centro activo, sino que slo impide temporalmente su normal funcionamiento. Competidores: Se debe a la presencia de una sustancia similar al sustrato por lo que se puede competir en la fijacin al centro activo. No competidores: Es debida a un inhibidor que se une a la enzima impidiendo la fija ion del sustrato al centro activo.

SITIO ACTIVO

Se han postulado dos hiptesis para explicar la formacin del complejo enzima sustrato, las llamadas de la llave y la cerradura, as como la de acoplamiento inducido

Los estudios por rayos-X indican que los sitios de unin del sustrato de la mayor parte de las enzimas se hallan preformados (llave y cerradura) pero que la mayor parte de ellos exhiben al menos cierto grado de acoplamiento inducido al unirse al sustrato. Despus que la reaccin se completa y se libera el producto, el sitio activo recupera su forma libre y la enzima esta dispuesta para fijar una nueva molcula de sustrato.

De acuerdo con la hiptesis de la llave y la cerradura, el sitio de unin del sustrato existe preformado en la estructura de la enzima an en ausencia del sustrato unido En el caso de la hiptesis del acoplamiento inducido, la molcula de sustrato induce un cambio conformacional en el sitio activo de la enzima de manera de quedar perfectamente acoplados. El cambio de forma de la enzima facilita la interaccin enzima-sustrato y la reaccin. La Glucocinasa es un ejemplo interesante de este tipo de mecanismo.

Hiptesis de la llave y la cerradura. El sitio de unin del sustrato existe preformado en la estructura de la enzima an en ausencia del sustrato unido

Hiptesis del acoplamiento inducido. El sitio activo de la enzima no existe como tal en ausencia del sustrato (A). La molcula de sustrato induce un cambio conformacional en el sitio activo de la enzima de manera de quedar perfectamente acoplados (B). El cambio de forma de la enzima facilita la interaccin enzima-sustrato y la reaccin (C). (D) Sustancias de estructura semejante no producen el cambio conformacional adecuado

El sitio activo de la enzima digestiva Carboxipeptidasa. (a) La enzima sin sustrato. (b) La enzima con su substrato (azul oscuro) en posicin. Los tres aminocidos cruciales (azul-verde) para la actividad de la enzima, han cambiado de posicin para acercarse al substrato y a la molcula de zinc y acoplarse a ellos para formar el sitio activo.

SACARASA

La hidrlisis se realiza porque la molcula de sacarosa se fija al sitio activo de la enzima. La configuracin de la enzima sufre una modificacin de manera que el puente de oxgeno que forma la unin entre los dos monosacridos queda expuesto al efecto de las molculas de agua del solvente. La exposicin permite que dicha molcula de agua efectivamente rompa el puente de oxgeno y fije los componentes del agua en la molcula, un OH se une a uno de los monosacridos y un H, al tomo de Oxgeno que queda fijo al otro monosacrido Esto produce el rompimiento del enlace entre los dos monosacridos y finalmente lo convierte en dos azcares separados, la glucosa y la fructosa. Los productos son liberados y la enzima regresa a su configuracin inicial, de modo que su sitio activo pueda ser ocupado po9r una nueva molcula de sacarosa para ser hidrolizada.

Acoplamiento Inducido en la Reaccin de la Hexocinasa Una vez que la molcula de Glucosa (en azul) ocupa su lugar en el centro activo de la enzima, sta sufre una modificacin conformacional, sus extremos se cierran para poner al sustrato en contacto con todos los grupos enzimticos que participarn en la reaccin

COFACTORES, COENZIMAS, PROSTTICOS

En muchos casos las enzimas pueden catalizar reacciones, slo cuando se hallan asociadas con molculas pequeas, cofactores, que actan esencialmente como los " dientes qumicos" de las enzimas. Los cofactores pueden ser:

Iones metlicos (Fe2+, Cu2+, Mg2+, entre otros), que se necesitan para la actividad cataltica de numerosas enzimas. Las enzimas que precisan de iones metlicos se llaman a veces metaloenzimas. El ion metlico puede actuar como:

Coenzimas, molculas orgnicas de tamao pequeo, tales como el NAD+, que slo se hallan asociados transitoriamente con la molcula de una enzima determinada de modo que, en efecto, funcionan como cosustratos. Grupos prostticos, los cuales se hallan asociados de modo permanente con la enzima, frecuentemente mediante enlace covalente. Tal es el caso del FMN en la enzima NADH deshidrogenasa o del FAD en la succinato deshidrogenasa.

Centro cataltico primario. Grupo puente para reunir el sustrato y la enzima, formando un complejo de coordinacin Agente estabilizante de la conformacin de la protena enzimtica en su forma catalticamente activa.

APOENZIMA - HOLOENZIMA
Las coenzimas cambian qumicamente en las reacciones enzimticas en las que participan. As, para completar el ciclo cataltico la coenzima debe ser devuelta a su estado original. Cuando se trata de coenzimas unidas de modo transitorio, tales como NAD+, la reaccin de regeneracin es usualmente catalizada por una enzima diferente. La protena que, cuando se encuentra aislada y separada de su cofactor, es inactiva enzimticamente, se designa como apoenzima El complejo enzima-cofactor, activo catalticamente, se llama holoenzima; es decir: Apoenzima (inactiva) + cofactor Holoenzima (activa)

PRINCIPALES COENZIMAS
FAD (flavn-adenn dinucletido): transferencia de electrones y protones. FMN (Flavn mononucletido): transferencia de electrones y protones. NAD+(nicotn-adenn dinucletido): transferencia de electrones y protones. NADP+ (nicotn-adenn dinucletido fosfato): transferencia de electrones y protones. Coenzima A: transferencia de grupos acetilo (por ejemplo, en la descarboxilacin del cido pirvico) y de grupos acilo en general. Coenzima Q: transferencia de electrones en la cadena respiratoria. Coenzima B12: transferencia de grupos metilo o hidrgenos entre molculas. TPP (Pirofosfato de tiamina): transferencia de grupos aldehdo; forma parte, entre otros, del complejo piruvato deshidrogenasa. Vitamina C PLP (fosfato de piridoxal): transferencia de grupos amino. PMP (fosfato de piridoxamina): transferencia de grupos amino. FH4 (cido tetrahidroflico): transferencia de grupos formilo, metenilo y metileno. Biocitina: transferencia de dixido de carbono. cido lipoico: transferencia de hidrgenos, grupos acilo y metilamina.

FACTORES GENERALES

Con muy pocas excepciones (ribozimas) todas las enzimas son protenas y por lo tanto son afectadas por todos los factores que afectan la estructura proteica. Esto significa que las enzimas sern susceptibles a cambios en las condiciones de la reaccin tales como el pH y la temperatura. La velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas es afectada fundamentalmente por: Puesto que las enzimas son catalizadores, entonces:

La concentracin de la enzima; La concentracin del sustrato.

son necesarias en concentraciones relativamente pequeas; Son recuperadas sin ningn cambio al final de la reaccin.

ARRHENIUS Y MS

La asombrosa velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas, se debe principalmente a dos factores descritos por Arrhenius.

Tal vez pueda mencionarse un tercer factor, las enzimas se hallan, dentro de la clula, restringidas en compartimentos funcionales especficos, ncleo, membrana, mitocondria, etc. donde deben realizar su accin, y/o formando grandes complejos enzimticos donde los sustratos y productos pasan de un componente del complejo a otro, facilitando su interaccin.

En primer lugar, las enzimas disminuyen considerablemente la energa de activacin, necesaria para que las molculas reaccionen. En segundo lugar las enzimas poseen un sitio cataltico o sitio activo, donde el sustrato y los cofactores y coenzimas necesarios, como molculas reaccionante, se encuentran con la estreo especificidad adecuada para que interaccionen correctamente, a diferencia de lo que ocurre en la reaccin no catalizada, en que las molculas chocan al azar en cualquier posicin.

COMPLEJO ENZIMA-SUSTRATO

Todas las reacciones enzimticas se realizan al menos en 2 etapas, una primera en la cual se forma de manera reversible la unin fsica entre la enzima (E) y el sustrato (S), que da origen al complejo enzima-sustrato (ES). Una vez formado el complejo enzima-sustrato ste puede realizar la transformacin del sustrato, dando origen al producto (P) y a la enzima libre que est en condiciones de volver a iniciar el proceso. E + S ES E + P A la etapa nmero 1 le llamamos etapa de unin, y a la nmero 2, de transformacin. Esta es una representacin simplificada. pues es posible suponer la existencia de otros complejos intermedios sobre todo cuando en la reaccin intervienen cofactores o ms de un sustrato. El punto crucial de este mecanismo bsico es la existencia del complejo enzima-sustrato, que fue propuesta por primera vez por Henry en1905. A partir de ese momento se ha reunido suficiente evidencia para demostrar su presencia.

RECONOCIMIENTO Y CATLISIS

Las enzimas presentan dentro de su estructura proteica 2 regiones o sitios importantes para la realizacin de su actividad cataltica,
Sitio de reconocimiento, reconoce y liga al sustrato Sitio cataltico, una vez unido el sustrato, cataliza la reaccin

Estos 2 sitios estn adyacentes uno al otro en la forma activa de la enzima y, en ocasiones, el sitio cataltico es parte del sitio de reconocimiento, Estas 2 regiones en conjunto reciben el nombre de centro activo de la enzima

CENTRO ACTIVO

El centro activo representa una porcin pequea del volumen total de la enzima: muchos de los residuos de aminocidos de la enzima no entran en contacto con el sustrato. El centro activo est situado superficialmente en la enzima; permite el acceso de las molculas del sustrato con relativa facilidad. El centro activo de una enzima tiene un conjunto de grupos qumicos ordenados espacialmente de forma precisa, esto hace que el sustrato quede unido al centro activo de forma tan ntima que casi ninguna otra molcula puede unirse de la misma manera. Los aminocidos de las 2 regiones del centro activo generalmente no estn adyacentes unos a otros en la cadena polipeptdica lineal; el acercamiento se produce como consecuencia del plegamiento de la cadena proteica al adquirir su estructura terciaria. El centro activo es una entidad tri-dimensional estreo especfica. Los grupos que intervienen en la formacin del centro activo realizan diferentes funciones El centro activo es una estructura dinmica

ENERGA DE ACTIVACIN

Una reaccin qumica se produce cuando las molculas reaccionantes poseen una cantidad mnima de energa llamada energa de activacin (Ea), o como es ms frecuente en bioqumica, energa libre de activacin (G). No todas las colisiones entre los reactivos resultan en una reaccin qumica porque solo una fraccin de molculas tienen suficiente energa o chocan en la orientacin correcta para reaccionar. En sistemas de molculas reaccionantes, segn se eleva la temperatura la movilidad de las molculas aumenta y por lo tanto se aumenta la posibilidad de choques efectivos. Otra manera de aumentar la frecuencia de colisiones efectivas para producir la formacin de productos es la de aumentar la concentracin de los reactivos. En los sistemas vivos ninguna de estas dos posibilidades es factible, el uso de temperaturas elevadas afectara las delicadas estructuras celulares y la concentracin de sustratos requiere ser usualmente muy baja. Por estas razones los organismos vivos han resuelto el problema mediante el uso de biocatalizadores, las enzimas.

Energa Libre de Activacin

Los catalizadores realizan su actividad disminuyendo le energa de activacin que se requiere para cualquier reaccin qumica. Es decir, los catalizadores proveen una va de reaccin que requiere menos energa Un estado de transicin ocurre en la cspide de ambas vas de reaccin, pero la energa requerida es mucho menor en la va catalizada. La energa libre de activacin, DG, se define como la cantidad de energa que se requiere para convertir una mol de sustratos (reactivos o reactantes) desde el nivel basal (el nivel de baja energa de una molcula) al estado de transicin. No existe diferencia en la energa libre de la reaccin completa G (energa libre de los reactivos minus energa libre de los productos) entre las reacciones sin catalizadores y las reacciones con catalizadores

No existe diferencia en la energa libre de la reaccin completa (energa libre de los reactivos minus energa libre de los productos) entre las reacciones sin catalizadores y las reacciones con catalizadores Energa libre de activacin (sin catalizador)

Energa Libre de Activacin

Los catalizadores realizan su actividad disminuyendo la energa de activacin que se requiere para cualquier reaccin qumica. Es decir, los catalizadores proveen una va de reaccin que requiere menos energa Un estado de transicin ocurre en la cspide de ambas vas de reaccin, pero la energa requerida es mucho menor en la va catalizada. La energa libre de activacin, DG, se define como la cantidad de energa que se requiere para convertir una mol de sustratos (reactivos o reactantes) desde el nivel basal (el nivel de baja energa de una molcula) al estado de transicin.

Energa libre de activacin (con catalizador)

Mecanismo Cataltico
A pesar de una intensa dedicacin al estudio de la catlisis

enzimtica, solo se ha podido obtener informacin detallada acerca de los mecanismos de accin de unas pocas enzimas. A pesar de ello, se ha demostrado que las enzimas utilizan los mismos mecanismos catalticos que los catalizadores no enzimticos. Las enzimas proporcionan efectos catalticos significativamente mejores porque en su sitio activo poseen una estructura que est especficamente orientada a promover el efecto cataltico. Varios factores contribuyen a la catlisis enzimtica. Los ms importantes son:
A. B. C. D. E.

Efectos de proximidad y deformacin molecular, Efectos electrostticos, Catlisis cido-base, Catlisis covalente. Estabilizacin del estado de transicin

Mecanismos
Muchas reacciones qumicas pueden ser aceleradas

utilizando grupos catalticos apropiadamente colocados. Las enzimas, a causa de su composicin de aminocidos y su estructura tridimensional, son extremadamente capaces de tener colocados los grupos funcionales apropiados, en el sitio apropiado y en el tiempo justo. La catlisis suele implicar la existencia de interacciones covalentes transitorias entre el sustrato y la enzima o transferencias de grupos desde o a la enzima, con el fin de adoptar una ruta de reaccin nueva y de menor energa.

Estabilizacin de los Estados de Transicin

El estado de transicin de una reaccin es un intermediario que posee una configuracin molecular muy inestable con enlaces que se encuentran en el momento de formarse o de romperse. Estos estados de transicin frecuentemente comprenden grandes separaciones de los residuos cargados. Las enzimas pueden proveer el arreglo ptimo para dichos grupos qumicos y producir la adecuada estabilidad de tales estados de transicin.

Las enzimas generalmente se fijan con mayor fuerza a los estados de transicin que a los sustratos. sto orienta la reaccin hacia la formacin de los productos.

Energa de Fijacin
Una parte significativa de la energa utilizada para el incremento

de la velocidad de las reacciones enzimticas procede de interacciones dbiles (enlaces de hidrgeno, interacciones hidrofbicas e interacciones inicas) entre enzima y sustrato. El sitio activo de la enzima tiene una estructura tal que hace que algunas de estas interacciones dbiles tengan lugar de modo preferente en el estado de transicin de la reaccin, con lo que lo estabilizan. Una de las razones del gran tamao de los enzimas es la necesidad de que existan mltiples interacciones. La energa de fijacin, Gb, puede utilizarse para disminuir la entropa del sustrato o para producir en la enzima un cambio conformacional (acoplamiento inducido). La energa de fijacin es tambin la responsable de la exquisita especificidad de las enzimas por sus sustratos.

Mecanismos
Entre los mecanismos catalticos adicionales empleados por los enzimas se cuentan:

la catlisis cido-base general, la catlisis covalente y la catlisis por iones metlicos.

La catlisis suele implicar la existencia de interacciones covalentes transitorias entre el sustrato y el enzima o transferencias de grupos desde o a la enzima, con el fin de adoptar una ruta de reaccin nueva y que requiera menor energa.

Proximidad y Deformacin Molecular

Este modelo de catlisis comprende la distorsin, empuje, atraccin o torcimiento de un enlace que debe ser roto o producido durante la reaccin. Las partes del sustrato que no sern involucradas directamente en la reaccin qumica interaccionan con residuos enzimticos estratgicamente colocados de manera de mantener el sustrato en la posicin distorsionada adecuada para facilitar la reaccin. La distorsin y esfuerzo a que est sometido el enlace facilitan la produccin del estado de transicin.

Catlisis Electrosttica

Veamos por ejemplo una reaccin simple, la adicin de agua a un grupo carbonilo. En esta reaccin podemos pensar en dos factores: el grupo carbonilo es reactivo sobre el agua porque el grupo carbonilo se haya parcialmente polarizado los electrones del grupo C=O no se reparten igualmente entre el carbono y el oxgeno. El tomo de oxgeno, por ser ms electronegativo retiene los electrones ms tiempo y ms cerca que el carbono. Segn el agua acta sobre el oxgeno del grupo carbonilo, los electrones del enlace que se est rompiendo (C=O) se separan y van al oxgeno dndole una carga negativa formal. Si durante la reaccin (en el sitio activo de la enzima) existe un grupo funcional positivamente cargado cercano al oxgeno del grupo carbonilo, la polarizacin agregada a este grupo lo hace ms reactivo ayudndolo ha adquirir la carga negativa segn procede la reaccin qumica Este mecanismo es llamado Catlisis Electrosttica.

Veamos por ejemplo una reaccin simple, la adicin de agua a un grupo carbonilo. En esta reaccin podemos pensar en dos factores: el grupo carbonilo es reactivo sobre el agua porque el grupo carbonilo se haya parcialmente polarizado los electrones del grupo C=O no se reparten igualmente entre el carbono y el oxgeno. El tomo de oxgeno, por ser ms electronegativo retiene los electrones ms tiempo y ms cerca que el carbono. Segn el agua acta sobre el oxgeno del grupo carbonilo, los electrones del enlace que se est rompiendo (C=O) se separan y van al oxgeno dndole una carga negativa formal. Si durante la reaccin (en el sitio activo de la enzima) existe un rea funcional positivamente cargada cercana al oxgeno del grupo carbonilo, la polarizacin agregada a este grupo lo hace ms reactivo ayudndolo ha adquirir la carga negativa segn procede la reaccin qumica Este mecanismo es llamado Catlisis Electrosttica.

Catlisis cido-Base

En la misma reaccin, veamos ahora, que podemos hacer con el

agua. Debido a que posee mayor carga negativa (una densidad electrnica mayor), OH es ms reactivo que HOH. Si en el sitio activo de la enzima radica un residuo bsico colocado de manera apropiada para que por lo menos pueda remover parcialmente uno de los protones de la molcula de agua reaccionante, podemos aumentar la reactividad del agua y acelerar de este modo la reaccin. Este mecanismo se conoce como Catlisis cido-Base y es frecuentemente utilizado en las reacciones enzimticas para facilitar la transferencia de protones durante las reacciones qumicas.

Catlisis Covalente
Otra alternativa es la formacin inestable de un enlace covalente entre la enzima y el sustrato. La enzima utiliza uno de sus grupos funcionales para reaccionar covalentemente con el sustrato. Esta participacin directa de la enzima en la formacin de un enlace covalente se denomina as, Catlisis Covalente. Este enlace covalente enzima-sustrato, debe formarse rpidamente, y los intermediarios deben ser razonablemente reactivos para que este tipo de catlisis pueda ser utilizado para acelerar adecuadamente la reaccin.

Catlisis Covalente
Muchas enzimas estabilizan un intermediario necesario de la reaccin formando con l un enlace covalente inestable. Esto sucede con mucha frecuencia entre las transferasas, las cuales utilizan un mecanismo de tipo "pingpong". Este mecanismo es muy frecuentemente utilizado por las hidrolasas, tales como las glucosidasas, las proteasas y las lipasas. Todas estas son usualmente transferasas que utilizan al agua como un aceptor.