cole Doctorale dInformatique de Paris-Sud (edips)

Jean Simard

Collaboration haptique troitement couple pour la manipulation molculaire interactive

Thse soutenue le 12 mars 2012
pour lobtention du grade de

Docteur en informatique de lUniversit Paris-Sud

en prsence de

Directeur de recherche Jean-Daniel Fekete Directeur de recherche Jean-Marie Burkhardt Professeur Indira Thouvenin Charg de recherche Marc Baaden Matre de Confrence

(prsident) (rapporteur)

Universit de Paris-Sud Ple Commun de Recherche en Informatique (pcri)

Institut Franais des Sciences et Technologies des Transports, de lAmnagement et des Rseaux (ifsttar) Universit de Technologie de Compigne Heuristique et Diagnostic des Systmes Complexes (Heudiasyc) Laboratoire de Biochimie Thorique (lbt)

(rapporteur)

(examinateur)

Paul Richard

(examinateur) (examinateur) (directeur)

Professeur Abdulmotaleb el Saddik Professeur Philippe Tarroux Matre de Confrence Mehdi Ammi

Universit dAngers Laboratoire dIngnierie des Systmes Automatiss (lisa) Universit dOttawa Multimedia Communications Research Laboratory (mcrLab)

cole Normale Suprieure dUlm Laboratoire dInformatique, de Mcanique et de Sciences de lIngnieur (cnrs-limsi) Universit de Paris-Sud Laboratoire dInformatique, de Mcanique et de Sciences de lIngnieur (cnrs-limsi)

(encadrant)

Thse prpare au Laboratoire dInformatique, de Mcanique et de Sciences de lIngnieur (cnrs-limsi)

Rsum
Le docking molculaire consiste assembler deux molcules pour former une structure stable. Les approches existantes de ce problme complexe ncessitent des temps de traitement importants pour des rsultats peu robustes. Rcemment, les biologistes introduisent lhumain dans le processus de recherche grce la ralit virtuelle pour rpondre ces problmatiques. Par la suite, des solutions collaboratives permettent dassocier plusieurs partenaires dans un mme environnement de travail. Cependant, ces congurations collaboratives prsentent un faible niveau dinteraction entre les partenaires. Ces travaux de thse ont pour but dtudier la collaboration troitement couple dans ce contexte de travail. La plateforme modulaire Shaddock a t dveloppe dans ce but. Base sur des modules logiciels utiliss par les biologistes, cette plateforme synchrone et colocalise immerge plusieurs utilisateurs dans une simulation molculaire interactive. Dans un premier temps, nous tudions direntes congurations de travail collaboratif troitement coupl travers trois exprimentations. Nous identions les apports et les contraintes de cette conguration de travail an de caractriser des stratgies de travail. Les rsultats mettent en avant de nombreux problmes de communication lis des conits de coordination. Sur la base de ces rsultats, une nouvelle conguration de travail a t propose pour favoriser et amliorer la communication et la coordination haptique. Une dernire exprimentation faisant intervenir des biologistes, montre la pertinence de la communication haptique pour amliorer la collaboration. Ce travail de thse apporte des rsultats sur les apports, les contraintes et les stratgies de travail dune collaboration troitement couple. Nous montrons galement que le canal haptique est une solution approprie pour les problmes de coordination qui peuvent survenir. Mots-clefs docking molculaire communication haptique collaboration troite interaction haptique iii

Rsum

iv

Abstract
Molecular docking is the bind of two molecules in a stable structure. Existing approach of this complex problem require long process with not very robust results. Recently, the biologists introduce human into the research process using virtual reality, trying to improve these issues. Then, collaborative solutions can involve several partners in a same working space. However, the proposed collaborative congurations have a low interaction level between partners. This thesis aims to study the closely-coupled collaboration in this work context. The Shaddock platform has been developed for this purpose. Based on software modules used by biologists, this synchronous and colocated platform immerses users in an interactive molecular simulation environment. First of all, we study dierent closely-coupled collaborative congurations through three experiments. We indentify the contributions and constraints of such a conguration and then characterize the working strategies. The results highlights many communication issues related to coordination conicts. Based on these results, a new work conguration has been proposed to facilitate and improve communication and haptic coordination. The last experiment, involving biologists, shows the relevance of haptic communication to enhance collaboration. This thesis provides the results of contributions, constraints and strategies for working with a closely-coupled collaboration. We also show that the haptic is an appropriate solution to coordination problems that may arise. Keywords molecular docking haptic communication closely collaboration haptic interaction

Abstract

vi

Publications
Journaux internationaux avec comit de relecture
[Girard et al. 2012a] Girard, Adrien, Mehdi Ammi, Jean Simard et Malika Auvray (2012a). Collaborative metaphor for haptic designation in complex 3D environments . Dans IEEE Transaction on Haptics. ieeetoh. [Simard et Ammi 2011] Simard, Jean et Mehdi Ammi (nov. 2011). Haptic interpersonal communication : gesture coordination for collaborative virtual assembly task . Dans Springer on Virtual Reality. Springer vr, pages 114. [Simard, Ammi et Auvray 2012] Simard, Jean, Mehdi Ammi et Malika Auvray (2012). Collaborative strategies for 3D targets search during the molecular design process . Dans IEEE Transaction on Systems, Man and Cybernetics. ieeetosmc. [Simard, Ammi et Mayeur 2012] Simard, Jean, Mehdi Ammi et Anas Mayeur (2012). Comparative study of the bimanual and collaborative modes for closely coupled manipulations . Dans Elsevier International Journal of Human-Computer Studies. Elsevier ijhcs.

Confrences internationales avec comit de relecture

[Albert et al. 2010] Albert, Pierre, Flora Badin, Maxime Delorme, Nadge Devos, Sophie Papazoglou et Jean Simard (juil. 2010). Dcennie dun article de journal par analyse statistique et lexicale . Dans Proceedings of Traitement Automatique des Langues Naturelles. taln. [Girard et al. 2012b] Girard, Adrien, Mehdi Ammi, Jean Simard et Malika Auvray (mar. 2012b). Improvement of collaborative selection in 3D complex environments . Dans IEEE Haptics Symposium. Haptics Symp. Pages 281 288. vii

Publications [Simard et Ammi 2010] Simard, Jean et Mehdi Ammi (sept. 2010). Gesture coordination in collaborative tasks through augmented haptic feedthrough . Dans Proceedings of Joint Virtual Reality Conference. jvrcegve, pages 43 50. [Simard et Ammi 2012] (juin 2012). Haptic communication tools for collaborative deformation of molecules . Dans Proceedings of Eurohaptics. EuroHaptics. [Simard, Ammi et Auvray 2010a] Simard, Jean, Mehdi Ammi et Malika Auvray (sept. 2010a). Study of synchronous and colocated collaboration for search tasks . Dans Proceedings of Joint Virtual Reality Conference. jvrcegve, pages 5154. [Simard, Ammi et Auvray 2010b] (nov. 2010b). Closely coupled collaboration for search tasks . Dans Proceedings of the 17th ACM symposium on Virtual Reality Software and Technology. acmvrst, pages 181182. [Simard, Ammi et Mayeur 2011] Simard, Jean, Mehdi Ammi et Anas Mayeur (sept. 2011). How to improve group performances on collocated synchronous manipulation tasks ? Dans Proceedings of Joint Virtual Reality Conference. jvrc egve. [Simard, Ammi, Picon et al. 2009] Simard, Jean, Mehdi Ammi, Flavien Picon et Patrick Bourdot (mai 2009). Potential eld approach for haptic selection . Dans Proceedings of Graphics Interface. gi, pages 203206.

viii

Remerciements
Facile, me direz vous, de se souvenir et de remercier un ensemble de collgues et damis avec lesquels jai travaill, jai chang voire mme dbattu ? Sans nul doute ! Mais comment remercier les tmoins de cette aventure avec la gnrosit et lattention quils ont eu pour moi. Vaguement impliqu 1 , Mehdi Ammi a, avec une grande dtermination, un engagement certain et une persvrance inbranlable, encadr ce projet avec un optimisme toute preuve. Malgr un rythme de travail plutt asphyxiant, le rsultat est la hauteur de lambition. Merci. Toutefois, restreindre ces remerciements mon encadrant scientique serait une erreur. Rares sont les doctorants qui ont pu se trouver dans une situation de travail exceptionnelle comme celle qua t la mienne. Un laboratoire traitant de spcialits aussi diverses et varies est une chance. Cest avec plaisir que jai tiss des liens et crer des collaborations avec ces autres chercheurs qui mont enseign (ou tent) leur discipline. Ce sont ces collgues qui mont permis de russir mon travail. Merci Sonia, Maxime, Malika, Anas, Cline, Nicolas. . . Avec presque quatre ans passs au laboratoire du cnrslimsi, ce sont de vrais amis que jai aussi rencontr. Les liens durables se sont vraiment forgs en travaillant mais aussi lors de soires ou encore de weekends entier de camping alpin ou de villgiature en Normandie. Musicovore barbu, chevelu rvolutionnaire, dramaphile japonisante, ternel optimiste multicolore, chauve dynamique 2 , dfenseur des pythons, casse-cou invtr, danseuse de tradition, merci vous. Pour terminer, cest lensemble de mes proches et la famille que je souhaite ouvertement remercier. Leur prsence et leur soutien se sont rvls autant utile ce projet que le travail accompli. Mes parents, mon frre et sa moiti restent les principaux acteurs de ces encouragements. Merci.
1. Humour, videmment. 2. . . . des uides !

ix

Remerciements Les dernires lignes de ces remerciements sont adresses ma tendre bienaime pour un soutien sans faille malgr un quotidien parfois dicile. Vritable pilier de mon quilibre instable li une charge de travail trop importante, elle a toujours su quand me rconforter ou quand me bousculer en fonction des situations mais toujours avec justesse.

Table des matires

Rsum Abstract Publications Remerciements Table des matires Table des gures Liste des tableaux Introduction gnrale 1 tude bibliographique 1.1 1.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Contexte de travail : la modlisation molculaire . . . . . . . . 1.2.1 1.2.2 1.2.3 1.2.4 1.3 Le docking molculaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . Recherche de solutions de docking molculaire . . . . . Docking molculaire en environnement virtuel . . . . . Plateformes collaboratives pour la biologie molculaire iii v vii ix xi xvii xxiii 1 3 4 4 4 6 8 13

Conguration collaborative pour la rsolution des tches complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 1.3.1 La distribution cognitive des charges de travail . . . . . 17 xi

Table des matires 1.3.2 1.3.3 1.4 1.4.1 1.4.2 1.4.3 1.5 La facilitation sociale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 La paresse sociale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 Communication en environnement virtuel . . . . . . . . 26 Mcanismes de la communication de groupe . . . . . . 27 Stratgies de collaboration . . . . . . . . . . . . . . . . 31

Collaboration en environnement virtuel . . . . . . . . . . . . . 25

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

2 Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules 39 2.1 2.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 Architecture matrielle et logicielle . . . . . . . . . . . . . . . 40 2.2.1 2.2.2 2.3 2.3.1 2.3.2 2.4 2.4.1 2.4.2 2.4.3 Travail collaboratif synchrone et colocalis . . . . . . . 40 Architecture logicielle adopte . . . . . . . . . . . . . . 43 Module de visualisation molculaire . . . . . . . . . . . 46 Module de simulation molculaire . . . . . . . . . . . . 48 Outil dinteraction utilis . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 Outils existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 Outils de manipulation avancs . . . . . . . . . . . . . 51 55

Plateforme de simulation et de visualisation . . . . . . . . . . 45

Les outils dinteraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

3 Recherche collaborative de rsidu sur une molcule 3.1 3.2

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 Exploration et slection collaborative . . . . . . . . . . . . . . 56 3.2.1 3.2.2 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 Spcicits du protocole exprimental . . . . . . . . . . 62

3.3

Prsentation de lexprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . 59 3.3.1 3.3.2

3.4

Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 xii

Table des matires 3.4.1 3.4.2 3.4.3 3.5 3.5.1 3.5.2 Amlioration des performances en binme . . . . . . . 67 Stratgies de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 Rsultats qualitatifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 83

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

4 Dformation collaborative de molcule 4.1 4.2

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Dformation collaborative dans un environnement virtuel . . . 84 4.2.1 4.2.2 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 Spcicits du protocole exprimental . . . . . . . . . . 89 Amlioration des performances en binme . . . . . . . 95 volution des performances en fonction des critres de complexit de la tche . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 Amlioration de lapprentissage pour les binmes . . . 105 Rsultats qualitatifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . 112 113

4.3

Prsentation de lexprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . 86 4.3.1 4.3.2

4.4

Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 4.4.1 4.4.2 4.4.3 4.4.4

4.5

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 4.5.1 4.5.2

5 La dynamique de groupe 5.1 5.2

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 Collaboration de groupe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 5.2.1 5.2.2 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115

5.3

Prsentation de lexprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . 116 xiii

Table des matires 5.3.1 5.3.2 5.4 5.4.1 5.4.2 5.4.3 5.5 5.5.1 5.5.2 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116 Spcicits du protocole exprimental . . . . . . . . . . 117 Amlioration des performances . . . . . . . . . . . . . 121 Utilit du brainstorming pour la collaboration . . . . . 125 Dnition dun meneur . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . 134 137

Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133

6 Travail collaboratif assist par haptique 6.1 6.2

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 Assistance haptique pour la communication . . . . . . . . . . 138 6.2.1 6.2.2 6.2.3 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 Outils haptiques pour la collaboration . . . . . . . . . 139 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 Spcicits du protocole exprimental . . . . . . . . . . 143 Amlioration des performances . . . . . . . . . . . . . 149 Amlioration de la communication . . . . . . . . . . . 154 valuation qualitative . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . 162 163 167 201 xiv

6.3

Prsentation de lexprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . 141 6.3.1 6.3.2

6.4

Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 6.4.1 6.4.2 6.4.3

6.5

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 6.5.1 6.5.2

Conclusion et perspectives Bibliographie Glossaire

Table des matires Acronymes Annexes A Dispositif exprimental A.1 Matriel exprimental 203 207 207 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208

A.2 Prsentation des molcules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209 A.2.1 Liste des molcules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209 A.2.2 Reprsentation des molcules . . . . . . . . . . . . . . 209 A.3 Outils de manipulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212 B Mthode exprimentale 213

B.1 Premire exprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214 B.1.1 Hypothses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214 B.1.2 Sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214 B.1.3 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215 B.1.4 Procdure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217 B.2 Seconde exprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217 B.2.1 Hypothses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217 B.2.2 Sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218 B.2.3 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219 B.2.4 Procdure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 B.3 Troisime exprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 B.3.1 Hypothses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 B.3.2 Sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221 B.3.3 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222 B.3.4 Procdure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223 B.4 Quatrime exprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223 B.4.1 Hypothses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223 B.4.2 Sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224 B.4.3 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224 B.4.4 Procdure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226 xv

Table des matires C Questionnaires 229

C.1 Premire exprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230 C.2 Seconde exprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236 C.2.1 Questionnaire pour les monmes . . . . . . . . . . . . . 236 C.2.2 Questionnaire pour les binmes . . . . . . . . . . . . . 236 C.3 Quatrime exprimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237 C.3.1 Le questionnaire sus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 243

xvi

Table des gures

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 1.9 Complexe de molcules assembl partir de deux molcules . Mesures pour lvaluation du docking molculaire . . . . . . . Illustration dune molcule avec ces hlices- et ces feuillets- 5 6 8

Reprsentation avance propose par Bergman et al. [1993] . 10 Visualisation multimodale propose par Davies et al. [2005] . 11 Potentiel de Lennard-Jones [1924a] . . . . . . . . . . . . . . 12 Docking molculaire laide dune interface cinq Degrs de Libert (ddl) [Lai-Yuen et Y.-S. Lee 2006] . . . . . . . . . . 13 Docking molculaire rigide avec le VirtuoseTM 6d3545 [Daunay et Rgnier 2009] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 Plateforme pour la collaboration entre universits propose par [Dove et al. 2005] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

1.10 Manipulation collaborative de molcule avec reprsentation des mains des participants [Chastine, J. C. Brooks et al. 2005] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 1.11 Reprsentation dun systme cognitivement distribu . . . . . 19 1.12 Rsultats obtenus par Triplett [1898] avec des cyclistes . . . 21 1.13 Loi de Yerkes et Dodson [1908] sur le lien entre la stimulation des individus et les performances . . . . . . . . . . . . . . 22 1.14 Rsultats obtenus par Ringelmann [1913] et prsents par Kravitz et Martin [1986] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 1.15 Synthse des eets de la collaboration selon Suleiman et Watson [2008] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 xvii

Table des gures 1.16 Inter-rfrencement visuel propos par Chastine, Nagel, Zhu et Yearsovich [2007] laide de techniques de ralit augmente . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 1.17 Collaboration plusieurs utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . 32 1.18 Collaboration plusieurs experts . . . . . . . . . . . . . . . . 33 1.19 Collaboration par manipulateur et observateur . . . . . . . . . 34 1.20 Processus de dformation molculaire en quatre tapes . . . . 37 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 Diagramme de dploiement uml de la plateforme Shaddock . 41

Diagramme de composant uml du nud vmd . . . . . . . . . 42 Classication des tches collaboratives selon Ellis et al. [1991] 42 Illustration des rendus graphiques de molcules sur vmd (Visual Molecular Dynamics) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 Dirence visuelle entre les lments points et slectionns . . 52 Les quatre tapes de la dsignation (utilisateur A en rouge et utilisateur B en jaune) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 Rpartition des rsidus sur les molcules . . . . . . . . . . . . 61 Schma du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . . . . . 65 Photographie du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . 65 Temps de ralisation par rsidu . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 Temps de ralisation compars (monme ou binme) par rsidu 68 Temps de recherche et de slection compars par rsidu . . . . 69 Distance moyenne entre les sujets pour chaque binme sur les rsidus R6 , R9 et R10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 Anit entre les sujets pour chaque binme . . . . . . . . . . 72 Temps de ralisation entre les sujets pour chaque binme . . . 72

3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9

3.10 Temps de communication verbale entre les sujets pour chaque binme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73 3.11 Pourcentage de temps de communication verbale pendant la recherche et la slection entre les sujets pour chaque binme . 73 3.12 Force moyenne et dirence de force entre les sujets pour chaque binme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 xviii

Table des gures 3.13 Couplage physique et structure entre les rsidus . . . . . . . . 76 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 4.7 4.8 4.9 Achage de la molcule dformer et de la molcule cible . . 87 Schma du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . . . . . 90 Photographie du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . 90 Reprsentation de la molcule trp-zipper pour le scnario 1A 91 Reprsentation de la molcule trp-cage pour le scnario 1B Reprsentation de la molcule trp-cage pour le scnario 2B 92 93 Reprsentation de la molcule trp-zipper pour le scnario 2A 92 Illustration des rendus pour lachage de la molcule . . . . . 95 Temps de ralisation en fonction du nombre de sujets . . . . . 96

4.10 Distance passive et active entre les eecteurs terminaux en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 4.11 Nombre de slections par main dominante/domine en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 4.12 Vitesse moyenne de la main dominante et domine en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 4.13 Temps de ralisation des scnarios . . . . . . . . . . . . . . . . 100 4.14 Temps de ralisation des scnarios en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 4.15 Nombre de slections pour chaque scnario en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 4.16 Distance passive et active entre les eecteurs terminaux sur chaque scnario en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . 102 4.17 Vitesse moyenne sur chaque scnario en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 4.18 Temps de ralisation de chaque essai . . . . . . . . . . . . . . 105 4.19 Temps de ralisation de chaque essai en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106 4.20 Nombre de slections de chaque essai en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106 4.21 Distance active entre les eecteurs terminaux pour chaque essai en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . 107 xix

Table des gures 4.22 Vitesse moyenne pour chaque essai en fonction du nombre de sujets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108 5.1 5.2 5.3 5.4 5.5 5.6 5.7 5.8 5.9 Schma du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . . . . . 118 Photographie du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . 118 Reprsentation de la molcule Prion pour le scnario 1 . . . . 119 Reprsentation de la molcule Ubiquitin pour le scnario 2 . . 121 Temps de ralisation des scnarios . . . . . . . . . . . . . . . . 122 Temps de ralisation des scnarios en fonction du nombre de participants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 Frquence des slections pour les scnarios en fonction du nombre de participants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 Vitesse moyenne sur les scnarios en fonction du nombre de participants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123 Nombre dchanges verbaux sur les scnarios en fonction du nombre de participants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 . . . . . . . 126

5.10 Temps de ralisation avec ou sans brainstorming

5.11 Temps de ralisation des scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 5.12 Frquence des slections pour les scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming . . . . . . . . . . . . . . . 127 5.13 Vitesse moyenne sur les scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 5.14 Nombre dordres verbaux sur les scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming . . . . . . . . . . . . . . . 128 5.15 Nombre dordres donns par chacun des sujets de G1 . . . . . 130 5.16 Vitesse moyenne des eecteurs terminaux pour chacun des sujets de G1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 5.17 Prol de force du groupe G1 sur la molcule Prion . . . . . . . 132 6.1 6.2 6.3 6.4 Schma du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . . . . . 144 Photographie du dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . 144 Reprsentation de la molcule Ubiquitin pour le scnario 1 . . 145 Reprsentation de la molcule NusE :NusG pour le scnario 2 146 xx

Table des gures 6.5 6.6 6.7 6.8 6.9 Score Root Mean Square Deviation (rmsd) minimum atteint avec et sans haptique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 Temps pour atteindre le score rmsd minimum avec et sans haptique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150 Temps pour atteindre le score rmsd minimum avec et sans haptique pour chaque scnario . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150 Nombre de slections par seconde eectues par un oprateur pour la dformation avec et sans haptique . . . . . . . . . . . 151 Temps moyen dune slection eectue par un oprateur pour la dformation avec et sans haptique . . . . . . . . . . . . . . 151

6.10 Temps moyen pour atteindre une cible dsigne lors dune dsignation avec et sans haptique . . . . . . . . . . . . . . . . . 152 6.11 Temps moyen dacceptation dune dsignation avec et sans haptique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154 6.12 Nombre de dsignations acceptes au cours du processus de dsignation avec et sans haptique . . . . . . . . . . . . . . . . 155 6.13 Vitesse moyenne du coordinateur avec et sans haptique . . . . 155 6.14 Temps de parole des sujets avec et sans haptique . . . . . . . . 155 6.15 Temps de parole des sujets en fonction de lordre de passage de lassistance haptique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156 A.1 Reprsentation des atomes avec cpk . . . . . . . . . . . . . . 210 A.2 Reprsentation de la structure principale de la molcule avec NewRibbon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211 A.3 Reprsentation des atomes xs en gris . . . . . . . . . . . . . 211 B.1 tapes de la communication verbale pour la recherche dun rsidu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216

xxi

Table des gures

xxii

Liste des tableaux

1.1 1.2 3.1 3.2 3.3 4.1 4.2 5.1 6.1 Liste non-exhaustive de solutions logicielles de docking molculaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Synthse des stratgies collaboratives . . . . . . . . . . . . . . 35 Liste des rsidus recherchs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

Critres de complexit des rsidus Carbone en cyan, Azote en bleu, Oxygne en rouge et Soufre en jaune . . . . . . . . . . 63 Synthse de la mthode exprimentale . . . . . . . . . . . . . 66 Paramtres de complexit des tches . . . . . . . . . . . . . . 89 Synthse de la procdure exprimentale . . . . . . . . . . . . . 94 Synthse de la procdure exprimentale . . . . . . . . . . . . . 120 Synthse de la procdure exprimentale . . . . . . . . . . . . . 148

xxiii

Liste des tableaux

xxiv

Introduction gnrale
En biologie molculaire, il est un problme vieux de plus dun sicle qui na toujours pas trouv de solution optimale. Ce problme, le docking molculaire, consiste comprendre comment des molcules peuvent sassembler an den former une nouvelle. Lavnement de linformatique a permis de nombreux chercheurs de proposer des algorithmes, de plus en plus optimiss mais sans jamais parvenir obtenir une solution robuste et able dans un temps raisonnable. Pour rpondre ces problmatiques de temps, de robustesse et de abilit, les biologistes ont associ lintelligence de lhumain la puissance de traitement des algorithmes au sein du processus de recherche. Cest avec la ralit virtuelle que les biologistes accdent la manipulation des molcules avec laide de logiciels de visualisation, de moteurs de simulations ou encore de priphriques dinteraction. Puis, la complexit du docking molculaire amne les biologistes proposer des solutions collaboratives. La collaboration permet de distribuer la charge de travail ou de tirer parti de direntes expertises. Des Environnements Virtuels Collaboratifs (evc), distants ou colocaliss, ont t proposes mais ce sont principalement les aspects techniques ou technologiques qui sont prsents ; laspect social de la collaboration est peu abord. De plus, la grande majorit des evc tudis proposent des collaborations faiblement couples limitant ainsi une partie du potentiel collaboratif (communication instantane, interaction immdiate, etc.). Sur la base de ces lments, nous avons souhait tudier dans ce travail de thse, les apports, les limites et les contraintes de dirents congurations de collaboration troitement couple an de fournir des solutions haptiques appropries. Nous dnissons la collaboration troitement couple comme la Collaboration durant laquelle chaque action dun membre du groupe modie la zone de travail des autres membres avec pour consquence un fort besoin de communication et de coordination. 1

Introduction gnrale Le mmoire qui va suivre sorganise de la manire suivante. Dans un premier temps, nous prsenterons de manire prcise dans le chapitre 1 page ci-contre, le contexte dans lequel sinscrit notre travail. Nous commencerons par y prsenter le docking molculaire et la complexit que reprsente ce problme ainsi que les direntes plateformes, collaboratives ou non, qui ont contribu faire avancer le domaine. Puis nous nous intresserons la psychologie sociale du travail collaboratif en soulignant les avantages et les limites dune telle approche. Enn, nous reviendrons sur les particularits de la collaboration en environnement virtuel. Dans le chapitre 2 page 39, nous prsenterons la plateforme Shaddock dveloppe dans le cadre de cette thse pour rpondre aux contraintes identies au cours de ltude bibliographique. Nous justierons les choix architecturaux et les modules utiliss pour la cration de cette plateforme de dformation molculaire en temps-rel. Les outils haptiques dvelopps pour rpondre aux direntes contraintes de manipulation identies seront galement exposs. Sur la base de la plateforme Shaddock, nous prsentons ensuite trois tudes de cas an dtudier la collaboration troitement couple. Le chapitre 3 page 55 sintresse aux processus dexploration et de slection collaborative de structures molculaires an didentier des stratgies de groupe et dtudier lvolution des performances. Puis, le chapitre 4 page 83 propose de comparer les performances de direntes rpartitions des ressources entre les utilisateurs sur une tche de dformation molculaire. Enn, la dernire tude expose dans le chapitre 5 page 113 tudie direntes congurations collaboratives pour observer les phnomnes de groupe apparaissant lors dune dformation coordonne de molcule. Sur la base des rsultats de ces trois tudes de cas, le chapitre 6 page 137 expose une nouvelle conguration de travail assiste par de nouveaux outils haptiques destins amliorer le processus de coordination et de communication. Une exprimentation, laquelle des biologistes ont particip, a t mise en place an dvaluer ces solutions innovantes. Pour nir, nous prsenterons la synthse des travaux eectus dans le cadre de cette thse. Puis nous proposerons des perspectives court et moyen terme.

Chapitre

1
4 4 4 6 8 13 16 17 20 23 25 26 27 31 35

tude bibliographique
Sommaire
1.1 1.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Contexte de travail : la modlisation molculaire 1.2.1 Le docking molculaire . . . . . . . . . . . . . . . . 1.2.2 Recherche de solutions de docking molculaire . . . 1.2.3 Docking molculaire en environnement virtuel . . . 1.2.4 Plateformes collaboratives pour la biologie molculaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.3 Conguration collaborative pour la rsolution des tches complexes . . . . . . . . . . . . . . . . 1.3.1 La distribution cognitive des charges de travail . . 1.3.2 La facilitation sociale . . . . . . . . . . . . . . . . 1.3.3 La paresse sociale . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.4 Collaboration en environnement virtuel . . . . . 1.4.1 Communication en environnement virtuel . . . . . 1.4.2 Mcanismes de la communication de groupe . . . . 1.4.3 Stratgies de collaboration . . . . . . . . . . . . . . 1.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Chapitre 1. tude bibliographique

1.1

Introduction

Ce travail de thse aborde de nombreux concepts, de la biologie molculaire au systme interactif temps-rel en passant par la psychologie sociale. Il est ncessaire de xer le contexte dans lequel se place nos travaux : le docking molculaire. Ce dernier ore un contexte de travail extrmement complexe, idal pour justier une approche par le travail collaboratif. Cette tude bibliographique permettra dans un premier temps de comprendre les contraintes de complexit qui sappliquent au docking molculaire ainsi que les solutions actuellement proposes. Dans un second temps, nous verrons les apports de la collaboration pour la rsolution de problmes complexes en soulignant les avantages et les inconvnients dune telle approche. Pour terminer, nous nous intresserons plus prcisment la collaboration au sein dun environnement virtuel, la manire dont elle sorganise et les concepts essentiels la mise en place dune plateforme.

1.2

Contexte de travail : la modlisation molculaire

Dans le cadre de ce travail de thse, nous allons nous intresser la modlisation molculaire et plus prcisment au docking molculaire 1 . Cette section a pour objectif de prsenter le docking molculaire puis expose les direntes solutions existantes pour traiter ce problme.

1.2.1

Le docking molculaire

En modlisation molculaire, le docking molculaire consiste prdire la conformation optimale entre deux molcules an de crer un complexe de molcules stable (voir gure 1.1 page ci-contre). Le docking molculaire permet soit de dcouvrir de nouvelles molcules (par assemblage de deux ou plusieurs molcules), soit de comprendre la nature dun complexe de molcules obtenu par cristallographie 2 . Fischer et Beensch [1894] illustrent le
1. Pour la suite des dveloppements, lexpression docking molculaire sera utilise plutt que sa traduction amarrage molculaire [Nurisso 2010] qui est peu cite dans la littrature franaise. 2. La cristallographie permet de dterminer les molcules prsentes dans un complexe de molcules mais ne permet pas de dterminer avec prcision comment elles sont assembles.

1.2. Contexte de travail : la modlisation molculaire docking molculaire avec le modle clef-serrure dcrit de la faon suivante. Um ein Bild zu gebrauchen, will ich sagen, da Enzym und Glycosid wie Schlo und Schlssel zueinander passen mssen, um eine chemische Wirkung aufeinander ausben zu knnen. On trouve une traduction en franais de cette citation dans [Hasenknopf 2005]. Pour utiliser une image, je dirais que lenzyme et le glucoside doivent tre ajusts comme la serrure et la clef, pour exercer une action chimique lun sur lautre.

+
A B

Figure 1.1 Complexe de molcules assembl partir de deux molcules La mtaphore sarrte ici. En eet, si pour vrier la concordance dune clef avec une serrure, il sut de tester louverture de la serrure, lvaluation dun complexe de molcules est moins vidente. La stabilit dun complexe de molcules est principalement value selon deux critres : la complmentarit 5

Chapitre 1. tude bibliographique gomtrique et la complmentarit chimique (voir gure 1.2). La complmentarit gomtrique, parfois nomme complmentarit structurelle [Church et al. 1977], consiste trouver les parties de chaque molcule qui simbriquent le mieux lune avec lautre, comme un puzzle en 3d. Jiang et al. [2003] montre limportance de la complmentarit gomtrique dans le docking molculaire dans lvaluation dun complexe de molcules. La gure 1.2a illustre la complmentarit gomtrique dans une reprsentation simplie en 2d. Cependant, la stabilit dun complexe de molcule saccompagne galement dune valuation de la complmentarit chimique comme dcrit par Kessler et al. [1999]. Cette complmentarit tient compte des interactions chimiques entre les molcules comme les charges lectrostatiques [McCoy et al. 1997], les ponts hydrognes [Arunan et al. 2011] ou encore les rgions hydrophiles et hydrophobes [Blalock et Smith 1984]. La gure 1.2b illustre la complmentarit lectrostatique.

+
(a) Complmentarit gomtrique

(b) Complmentarit lectrostatique

Figure 1.2 Mesures pour lvaluation du docking molculaire Le nombre de combinaisons gomtriques et le nombre de contraintes chimiques font du docking molculaire une tche de recherche trs complexe. Une exploration exhaustive de lespace de recherche est impossible. La section suivante prsente les direntes solutions logicielles existante pour tenter de trouver des solutions de docking molculaire.

1.2.2

Recherche de solutions de docking molculaire

La recherche de solutions de docking molculaire consiste trouver les zones de liaisons entre les molcules. Les algorithmes de recherche se basent principalement sur deux lments : lvaluation et loptimisation. Lvaluation consiste calculer un score pour la conformation trouve. Loptimisation sintresse lamlioration et lanage des conformations. 6

1.2. Contexte de travail : la modlisation molculaire Schulz-Gasch et Stahl [2004] ou encore Leach et al. [2006] proposent un tat de lart sur les moyens dvaluer un docking molculaire. Les algorithmes de recherche commencent par identier les dirents sites de liaisons potentiels par complmentarit gomtrique. Cette premire valuation permet de ltrer lespace des solutions. Puis une valuation chimique partielle ou complte est ventuellement eectue. Parmi les algorithmes doptimisation les plus utiliss, on peut citer les algorithmes gntiques, les icm (Iterated Conditional Modes), la mthode de Monte-carlo ou encore la reconstruction incrmentale autour dune base protinique. chaque algorithme est associ une ou plusieurs solutions logicielles dont les plus rfrences selon Grosdidier [2007] sont AutoDock (27 %), gold (15 %), FlexX (11 %), dock (6 %) ou encore icmDocking (6 %). La table 1.1 page 9 propose une liste de solutions logicielles de docking molculaire. Cependant, les solutions prsentes ci-dessus se basent sur une approximation importante de lenvironnement molculaire : les molcules sont considres comme des corps rigides. En eet, une molcule est constitue dun ensemble datomes possdant chacun une mobilit par rapport ces voisins ; une molcule sapparente plutt un corps exible. La exibilit dune molcule peut tre vue dirents niveaux de granularit, de latome aux molcules en passant par les structures secondaires (hlices- et feuillets-). On peut distinguer trois niveaux de exibilit direntes : Niveau inter-molculaire Cette dformation macro-molculaire concerne des transformations de grande amplitude sur chaque molcule. Elle permet de trouver la meilleure concordance entre les molcules en terme de position et dorientation. Niveau intra-molculaire Cette dformation est au niveau molculaire. Lamarrage de deux molcules (ou plus) permet dobtenir de nombreux sites de liaison qui doivent tre optimises en fonction de critres varis (la complmentarit gomtrique, les forces lectrostatiques, etc.). La exibilit sorganise alors autour de macro-structures telles que les structures secondaires qui font de la molcule une sorte de chane articule (voir gure 1.3 page suivante). Niveau atomique Cette dformation trs ne va optimiser la position des atomes au niveau du site de liaison en modiant ltat des rsidus (groupement datomes). Lintrt de cette tape sera porte sur plusieurs types dinteractions chimiques chelle rduite (les ponts hydrognes, les zones hydrophobiques et hydrophylliques, les ponts salins, les forces de van der Waals [P. Mller 1994], etc.). 7

Chapitre 1. tude bibliographique

Figure 1.3 Illustration dune molcule avec ces hlices- et ces feuillets- La complexit induite par la exibilit rend lexploration de lespace de recherche encore plus complexe par rapport aux corps rigides considrs prcdemment. An de rpondre cette problmatique supplmentaire, direntes approches, bases sur des plateforme de docking molculaire (voir table 1.1 page ci-contre), ont t proposes an de rduire lespace de recherche : Rendre rigide une partie du complexe de molcules tudi ; Utiliser direntes conformations rigides dune molcule [Meagher et Carlson 2004] ; Dcouper lespace de recherche avec une granularit plus grossire pour amliorer les performances dvaluation [sterberg et al. 2002]. La exibilit introduit une complexit importante dans la recherche de solutions en docking molculaire. Cependant, nous allons voir dans la section suivante que lutilisation des capacits combines de lhumain et de la machine permet une approche dirente face ce problme complexe.

1.2.3

Docking molculaire en environnement virtuel

Malgr une communaut scientique trs active pour amliorer les solutions de docking molculaire existantes et se rapprocher toujours plus prs de conditions biologiques ralistes, la complexit du problme rend dicile la dcouverte de solutions robustes. Devant cette complexit, une approche alternative base sur lintroduction de lhumain et de ses capacits de dcisions au 8

1.2. Contexte de travail : la modlisation molculaire Logiciel AutoDock dock icmDocking gold FlexX Glide BoxSearch Algorithme Algorithme gntique Reconstruction incrmentale Mthode icm Algorithme gntique Reconstruction incrmentale Mthode de Monte-carlo Mthode de Monte-carlo Rfrences [G. M. Morris et al. 1998] [sterberg et al. 2002] [Ewing et al. 2001] [Abagyan et Totrov 1994] [Abagyan, Totrov et Kuznetsov 1994] [Jones et al. 1997] [Rarey et al. 1997] [Rarey et al. 1999] [Friesner et al. 2004] [Halgren et al. 2004] [Hart et Read 1992] [Cummings et al. 1995]

Table 1.1 Liste non-exhaustive de solutions logicielles de docking molculaire sein du processus de recherche. En eet, bien que moins rapide pour traiter un grand nombre de donnes, un expert est capable de classer plus intelligemment les solutions pertinentes et les solutions aberrantes. Lide dimmerger un humain au sein du processus de docking molculaire date de 1967 avec le projet grope comme lexplique Grnwald [2008]. Lintervention dun expert durant le processus de recherche est eectue par limmersion dans des environnements de ralit virtuelle. Batter et Brooks Jr. [1972] proposent les premires solutions dimmersion visuelle dans le cadre du projet grope. Avec limmersion dans un environnement virtuel, le problme de la reprsentation des molcules se pose rapidement. Bergman et al. [1993] proposent la plateforme view avec direntes possibilits de rendus graphiques pour reprsenter une molcule (voir gure 1.4 page suivante). Les environnements virtuels orent une certaine souplesse dans la reprsentation des molcules ce qui a permis dimaginer direntes manires dacher une molcule en fonction des informations mettre en vidence. Des logiciels ddis ce genre de tche ont alors pu voir le jour comme vmd [Humphrey et al. 1996] ou pymol [DeLano 2002]. 9

Chapitre 1. tude bibliographique

Figure 1.4 Reprsentation avance propose par Bergman et al. [1993] Cependant, la nature statique des visualisations ne permet pas de comprendre la dynamique molculaire (interactions chimiques, forces lectrostatiques, etc.). Huitema et Liere [2000] proposent un outil pour visualiser des trajectoires datomes an dapprhender la dynamique des protines. Puis Klosowski et al. [2002] franchissent une tape supplmentaire en proposant une visualisation temps-rel de la dynamique dune molcule laide du moteur de simulation Gromacs [Berendsen et al. 1995 ; Hess et al. 2008]. Enn, Kenek et al. [1999] puis Davies et al. [2005] apporte une visualisation multimodale avec la combinaison des retours visuels et haptiques pour percevoir les champs de force lectriques dune molcule (voir gure 1.5 page ci-contre). Lutilisation de lhaptique dans ce contexte nest dailleurs pas nouveau. En eet, les biologistes ont galement prouv le besoin dinteragir avec les champs de force en action au sein dune molcule (forces lectrostatiques, forces de van der Waals, etc.). Le projet gropeHaptic 3 se propose dutiliser la modalit haptique pour interagir avec les molcules [Brooks Jr. et al. 1990 ; Ouh-Young et al. 1988]. Des plateformes immersives modulables pour la modlisation molculaire sont apparues telle que himm (Highly Immersive Molecular Modeling) [Drees, Pleiss et Schmid 1996 ; Drees, Pleiss, Schmid et Roller 1998] ; cette plateforme permet entre autre de connecter
3. Le projet gropeHaptic a t ralis dans le prolongement du projet grope.

10

1.2. Contexte de travail : la modlisation molculaire

Figure 1.5 Visualisation multimodale propose par Davies et al. [2005] des interfaces haptiques. Certains proposent mme des interfaces tangibles se substituant aux molcules manipuler comme Weghorst [2003] et J.-I. Kim et al. [2004]. En tenant compte de la exibilit des molcules, les besoins en interaction se sont ans ; il nest plus question de modier la position dune molcule, on cherche prsent modier la position dun atome ou dun groupe datomes dans la molcule. Le modle dinteraction propos est la traction des atomes par un simple modle masse-ressort [Haan et al. 2002 ; Koutek et al. 2002] ce qui permet une dformation des atomes de manire locale. Puis Y.-G. Lee et Lyons [2004] proposent de baser les modles dinteractions haptiques sur lapproximation du champ de force dcrit dans [Lennard-Jones 1924a,b] (voir quation 1.1) ; ce modle de force a lavantage de permettre une bonne stabilit du retour haptique (voir gure 1.6 page suivante). VLJ = 4 VLJ = r rm r
12

12

(1.1)
6

rm r

(1.2) 11

Chapitre 1. tude bibliographique 2 nergie potentielle

1 rm = 2 6 1 2 3 4
1

distance

1 Figure 1.6 Potentiel de Lennard-Jones [1924a] Les dirents outils de manipulation molculaire se mettant en place, les chercheurs se sont de nouveau orients vers lune de leur premire problmatique : le docking molculaire. Aprs les projets comme grope, dautres projets de docking molculaire comme stalk [Levine et al. 1997] voient le jour. La communaut haptique commence galement sintresser cette problmatique [Suba 2006 ; Suba et Badoan 2006, 2008]. Par exemple, LaiYuen et Y.-S. Lee [2005] proposent une interface haptique avec cinq ddl (voir gure 1.7 page suivante) an de manipuler et dinteragir avec des molcules durant un processus de docking molculaire [Lai-Yuen et Y.-S. Lee 2006]. Puis, laide dinterfaces haptiques comme le VirtuoseTM 6d3545 (six ddl), Daunay, Micaelli et al. [2007] proposent de faire de la manipulation molculaire puis du docking molculaire [Daunay et Rgnier 2009] avec une valuation temps-rel de lquilibre du complexe de molcules. Le docking molculaire faisant intervenir des champs de force spciques, Hou et Sourina [2010] proposent des modles haptiques permettant de ressentir les moments 4 que subit le ligand au niveau des liaisons intra-molculaires ou inter-molculaires. Plus rcemment, deux approches direntes ont permis daboutir des plateformes de manipulation haptiques de molcules avec un moteur de simulation en temps-rel. Dun ct, Redon et al. [2005] dveloppent des algorithmes pour la simulation en temps-rel de corps articuls avec un grand nombre de ddl. partir de ce travail, il cr un moteur de simulation molculaire permettant dobtenir des simulations temps-rel [Rossi et al. 2007], utilisable pour la manipulation haptique [Bolopion et al. 2009]. Paralllement ces travaux, Delalande, Frey, Grasseau et al. [2009] proposent un
4. Utilis ici dans le sens mcanique, force autour dun pivot (moment ou couple).

12

1.2. Contexte de travail : la modlisation molculaire outil permettant dobtenir des simulations molculaires en temps-rel en utilisant les moteurs de simulation existants. Delalande, Frey, Laurent et al. [2010] utilisent cette plateforme pour la manipulation haptique temps-rel de molcules en proposant la dformation des structures au niveau atomique.

Figure 1.7 Docking molculaire laide dune interface cinq ddl [LaiYuen et Y.-S. Lee 2006] Les direntes briques techniques et logicielles permettant deectuer du docking molculaire exible interactif existent. En fournissant tous ces outils de visualisation et dinteraction avec des environnement molculaires virtuels, les biologistes peuvent prsent interagir en temps-rel avec des molcules [Stone et al. 2010]. Cependant, la complexit du problme de docking molculaire est susamment importante pour ncessiter la prsence de plusieurs collaborateurs au sein de lenvironnement de travail ; on parle de travail collaboratif.

1.2.4

Plateformes collaboratives pour la biologie molculaire

Les applications collaboratives en biologie molculaire ont commenc tre dveloppes pour principalement rpondre deux contraintes : le travail distance et la multi-expertise que ncessite le problme de docking molculaire. Lune des premires applications a t propose par Casher et Rzepa [1995] sous le nom de EyeChem. Cette application constitue dun nud serveur et de nuds clients sur un rseau interne, permet plusieurs utilisateurs 13

Chapitre 1. tude bibliographique

Figure 1.8 Docking molculaire rigide avec le VirtuoseTM 6d3545 [Daunay et Rgnier 2009] dditer et de manipuler une molcule de manire synchrone. Comme les plateformes qui vont tre prsents par la suite, EyeChem permet seulement de manipuler des molcules statiques contenant quelques dizaines datomes. Sur le mme principe, Bourne et al. [1998] dveloppent mice (Molecular Interactive Collaborative Environment), permettant de visualiser des molcules en collaboration distante et dditer textuellement les chiers de description. Cette application se distingue par lutilisation dInternet comme support rseau ce qui permet une plus grande souplesse dans le dploiement. Tate et al. [2001] tendent les possibilits de mice en permettant ldition, la manipulation et linteraction de molcules par restriction des accs concurrents entre les utilisateurs. Avec Chimera, Pettersen et al. [2004] permet ldition des paramtres dachage 3d pour des molcules de quelques centaines datomes par plusieurs utilisateurs de manire simultane ; les modications eectues par un utilisateur sont immdiatement reportes vers les autres, lobjectif tant dexplorer une molcule. Sur la base de la plateforme de J.-I. Kim et al. [2004] utilisant les gestes pour manipuler les structures molculaires, Park et al. [2006] proposent un systme distribu de collaboration distante. Cest lune des premires applications qui aborde le problme du docking molculaire en collaboration. La manipulation des molcules est eectue avec des haptic eggs, deux petites interfaces tangibles places dans chaque main de lutilisateur, chaque haptic egg tant labstraction dune molcule. Cependant, un seul utilisateur eectue les manipulations dans lenvironnement virtuel en communiquant 14

1.2. Contexte de travail : la modlisation molculaire avec les autres utilisateurs par lintermdiaire dun systme de messagerie instantane. Plus rcemment, le projet eMinerals de Dove et al. [2005] fournit une solution pour la collaboration entre biologistes (messagerie instantane, vido-confrence, serveur centralis, etc.) comme on peut le voir sur la gure 1.9. Cependant, cette plateforme permet une collaboration distante suivant un mode synchrone ou asynchrone.

Figure 1.9 Plateforme pour la collaboration entre universits propose par [Dove et al. 2005] Chastine, J. C. Brooks et al. [2005] sont parmi les premiers identier les problmatiques de communication entre les sujets au sein des applications collaboratives et interactives (voir section 1.4.2 page 27). travers lapplication ammp-Vis, ils proposent des outils pour dsigner des zones dintrt sur des molcules. An damliorer la communication, les mains de chaque utilisateur sont reprsentes dans lenvironnement virtuel pour que chacun ait conscience des actions des partenaires (voir gure 1.10 page suivante). Une version amliore ammp-extn de la plateforme a t dveloppe par la suite en intgrant des procdures de contrle daccs. Pour viter les conits entre les utilisateurs (accs simultan, modication dun mme lment, etc.), les direntes strates dinformations (paramtres de visualisation, modlisation, modication des donnes) ont t soumises dirents droits de visualisation et de modication [Ma 2007 ; Ma et al. 2007]. Lensemble des travaux prsents jusqu prsent concerne essentiellement des plateformes de collaboration distante. Pourtant, quelques recherches se sont intresses la collaboration colocalise an de crer un environnement de travail plus social. Lapplication PaulingWorld [Su et Loftin 2001 ; Su, 15

Chapitre 1. tude bibliographique

Figure 1.10 Manipulation collaborative de molcule avec reprsentation des mains des participants [Chastine, J. C. Brooks et al. 2005] Loftin et al. 2000] propose une des premires applications de collaboration colocalise pour la visualisation de molcules et linteraction laide de menus. La visualisation seectue sur un Workbench ce qui permet aux utilisateurs davoir des niveaux dinteraction similaires dans lapplication (mme accs aux ressources, mme outil de visualisation, etc.). Pour amliorer limmersion, Kriz et al. [2003] proposent avec leur application diverse dimmerger plusieurs utilisateurs dans cave pour explorer des molcules. Nous venons de prsenter plusieurs plateformes logicielles et matrielles permettant de crer un espace de collaboration pour la modlisation molculaire et le docking molculaire. Cependant, ces travaux abordent surtout les contraintes techniques ncessaires la mise en place de tels systmes sans voquer les facteurs sociaux de la collaboration. La prochaine section va nous permettre daborder cette problmatique.

1.3

Conguration collaborative pour la rsolution des tches complexes

Commenons par dnir le terme collaboration pour le distinguer du terme coopration avec lequel il est souvent substitu. Pour distinguer ces deux termes, nous nous appuierons sur la dnition propose par Roschelle et Teasley [1995]. 16

1.3. Conguration collaborative pour la rsolution des tches complexes Cooperative work is accomplished by the division of labour among participants, as an activity where each person is responsible for a portion of the problem solving. We focus on collaboration as the mutual engagement of participants in a coordinated eort to solve the problem together. dont on trouve une traduction en franais dans les travaux de Knauf [2010] Le travail coopratif implique une division du travail entre les participants, chaque participant tant responsable dune partie du problme rsoudre. Dans la collaboration, les participants sengagent tous dans les mmes tches, en se coordonnant, an de rsoudre le problme ensemble. Les travaux prsents ici concernent la collaboration et ne traitera pas de coopration sauf mention contraire. Cette section a pour but de comprendre pourquoi la conguration collaborative est particulirement pertinente dans le cas de la rsolution dune tche complexe telle que le docking molculaire. Cependant, les nombreux travaux sur la collaboration montrent que cette conguration de travail permet de gnrer des eets de groupe trs dirents ; la facilitation sociale est un phnomne social stimulant les groupes et amliorant ainsi les performances ; la paresse sociale a tendance provoquer les eets inverses. Ces deux phnomnes apparaissent en fonction de critres dirents que nous dcrirons dans un second temps.

1.3.1

La distribution cognitive des charges de travail

Bandura [1986] puis Foushee et Helmreich [1987] sont parmi les premiers avoir constater que le travail collaboratif apporte plus quune simple multiplication des ressources : les interactions entre les individus font merger des comptences propre au groupe. Par exemple, Wegner [1987] sintresse la distribution de mmoire dans un groupe : chaque individu ne dtient quune partie de linformation mais la capacit mmorielle du groupe dans son ensemble est plus importante. George [1990] souligne galement la distribution de ltat motionnel de chaque participant sur tous les membres du groupe 5 .
5. Yammarino et Markham [1992] ont remis en cause les conclusions obtenues mais le travail de George [1990] a t de nouveau conrm par George et L. R. James [1993].

17

Chapitre 1. tude bibliographique Dnition Hollan et al. [2000] proposent de dnir la distribution cognitive de la faon suivante Unlike traditional theories, however, [the theory of distributed cognition] extends the reach of what is considered cognitive beyond the individual to encompass interactions between people and with resources and materials in the environment. pour laquelle Conein [2004] propose une traduction On peut dplacer la frontire de lunit cognitive danalyse audel de lenveloppe corporelle de lindividu de faon inclure le matriel et lenvironnement social comme composant dun systme cognitif plus tendu. Cest Hutchins [1995] qui met en vidence la notion de distribution cognitive des charges de travail avec une tude des interactions qui ont lieu dans un cockpit davion. Des observations en terme de psychologie sociale et les connaissances en anthropologie de Hutchins [1996] ont permis de faire une distinction entre les proprits cognitives dun individu et les proprits cognitives dun groupe. Ces travaux donnent lieu la cration de deux communauts ; ceux qui considrent que le travail cognitif dun groupe dindividus est une somme des proprits cognitives de chaque individu ; et ceux qui considrent que certains aspects cognitifs dun groupe dindividus sont propres la collaboration. Modlisation de la distribution cognitive des charges de travail Pour justier le rejet de lapproche individualiste, A. Clark [1998] explique que lorsque notre cognition sappuie sur une aide externe, elle devient interactive et relationnelle, cest--dire non dtachable dun composant externe prsent dans lenvironnement. De plus, A. Clark [2001] voque le lien troit entre la notion dextension cognitive et les processus cognitifs complexes : les problmes de nature complexe stimule cette extension cognitive. Plus rcemment, Zhang et Patel [2006] synthtisent la distribution cognitive comme des systmes ayant des interactions externes (avec des matriels) [Zhang et D. A. Norman 1994] et des interactions internes (avec des collaborateurs) comme illustr sur la gure 1.11 page suivante. Ces lments externes sont inclus dans le processus de distribution cognitive puisquil permettent galement de soulager la charge cognitive des individus. Dailleurs, une liste des proprits cognitives auxquelles peuvent rpondre ces lments externes est dresses par Zhang [1997] : 18

1.3. Conguration collaborative pour la rsolution des tches complexes fournir une aide mmorielle court ou long terme an de rduire la charge cognitive ; amliorer et simplier la perception de linformation pour la rendre rapidement accessible et apprhendable ; fournir des connaissances et des comptences qui ne sont pas disponibles en interne ; aider les oprateurs pour la perception an quils identient facilement les caractristiques et puisse eectuer des dductions ; structurer et xer les comportements cognitifs de manire inconsciente ; changer la nature de la tche en gnrant des squences dactions plus ecaces ; arrter le temps ou permettre des rptitions an de rendre visible et durables des informations qui ne le sont pas ; limiter labstraction ; maximiser la prcision et minimiser leort dans la prise de dcisions pour dterminer une stratgie.

Espace interne Individu 1

Espace externe

Artefact 1 Individu 2 Artefact 2 Individu 3

Tche Abstraction de lespace de travail Figure 1.11 Reprsentation dun systme cognitivement distribu

19

Chapitre 1. tude bibliographique Les artefacts Les lments externes de la distribution cognitive, que D. A. Norman [1991] et Kirsh [1999] appellent artefact, rpondent au besoin daordance. Le concept daordance a t identi par Gibson [1977]. Laordance est lensemble des possibilits dinteraction dun acteur sur et avec un artefact [Gibson 1979] mais cette dnition sest par la suite rduite aux seules possibilits dont lacteur est conscient. Cest D. A. Norman [1988] qui utilise ce terme pour la premire fois dans le contexte de la distribution cognitive. Il en fait une description trs prcise lorsquil se rend compte que ce terme est parfois mal utilis par la communaut [D. A. Norman 1999]. Le terme est ensuite utilis par les fondateurs de la psychologie cognitive sociale [Patel, Cytryn et al. 2000]. Il est donc ncessaire de prendre en compte laordance au sein de la conception de plateformes collaboratives. Nous venons de voir que la collaboration permet de crer une intelligence de groupe mais cette intelligence permet-elle daugmenter les performances dun groupe ? Foushee et Helmreich [1987] montrent quune conguration de travail collaboratif peut amener un gain en ecacit mais peut galement amener une perte decacit. Par exemple, Patel, Kaufman et al. [1999] montrent une perte decacit sur une application permettant la collaboration distante pour le partage de connaissances mdicales entre groupes de spcialits direntes. Zhang [1998] esquisse une explication dpendant de la rpartition des connaissances dans un groupe : si les connaissances sont complmentaires, il y a un gain en ecacit. Nous allons voir dans les sections suivantes que dirents phnomnes inuent sur les performances dun groupe comme la facilitation sociale qui stimule les groupes ou la paresse sociale qui provoque quasiment leet inverse.

1.3.2

La facilitation sociale

La facilitation sociale est un phnomne qui a t mis en vidence par Triplett [1898]. Il sest intress aux rsultats de coureurs cyclistes ayant concouru dans trois conditions direntes : 1. Course seul ; 2. Course avec un meneur (galement appel livre) ; 3. Course dans des conditions de comptition. Les rsultats (voir gure 1.12 page ci-contre), largement tudis par Seashore [1899], montrent que les coureurs en prsence dautres individus sont plus rapides que les coureurs eectuant lpreuve seuls. 20

1.3. Conguration collaborative pour la rsolution des tches complexes 60 50 40 30 20 10 0

vitesse (km/h)

50 km/h 39 km/h

52 km/h

Seul

Livre condition

Comptition

Figure 1.12 Rsultats obtenus par Triplett [1898] avec des cyclistes Suite ces rsultats, des exprimentations ont t menes sur des tudiants par Mayer [1903] puis par Meumann [1904]. Mayer [1903] confronte les tudiants la ralisation dune tche (rdaction de dicte ou rsolution de problme arithmtique) sous le regard dun observateur. Il constate que les tudiants sont plus performants lorsquils sont en prsence dun autre individu. Meumann [1904] ajoute une pierre ldice en conrmant avec des tests plus pousss (tests de mmoire, ergographe et dynamomtre) que les tudiants sont toujours moins performants lorsquils sont seuls. Daprs Strauss [2002] qui propose un tat de lart sur le sujet, le terme facilitation sociale est utilis pour la premire fois par Allport [1924]. Il en donne la dnition suivante. The action prepared or in progress is some response participated in by all, and the social stimuli releasing or augmenting such response are the sight and sound of others doing the same thing. qui peut-tre traduite par Une action collaborative prpare ou en progression possde une rponse et la stimulation sociale provoque une augmentation de cette rponse uniquement la vue et au son provoqu par dautres eectuant les mmes mouvements. Allport [1924] aborde ce phnomne par une collaboration o chaque individu eectue la mme tche. Dans ce mme contexte, Roethlisberger et al. [1939] 6 constate que le travail en groupe gnre une stimulation qui augmente les performances du groupe : les performances du groupe sont meilleures que la somme des performances individuelles de chacun des
6. Roethlisberger et al. [1939] basent leurs conclusions sur les travaux non-publis de Elton Mayo connus sous le nom de ltude Hawthorne , du nom de lentreprise Hawthorne Works dans laquelle ltude a t ralise.

21

Chapitre 1. tude bibliographique membres. La facilitation sociale a galement t observe sur des animaux comme les cafards [Zajonc 1969] ou les singes [Dindo et al. 2009]. Cependant, des nuances de ce phnomne commencent tre observes. Par exemple, des dirences de performances sont observes en fonction de la nature de la tche. Dj, Yerkes et Dodson [1908] avaient constat, dans un contexte non-collaboratif, que les performances dun individu pouvait dpendre de la complexit de la tche et du niveau de stimulation. Une trop faible ou une trop forte stimulation diminue les performances de lindividu lors de la ralisation dune tche complexe (voir gure 1.13). Une trop faible stimulation dsintresse lindividu de la tche alors quune stimulation trop importante gnre un stress diminuant les capacits de lindividu. Zajonc [1965] fait le lien entre la loi de Yerkes et Dodson [1908] et la facilitation sociale. En eet, la prsence de partenaires dans la ralisation dune tche permet une stimulation globale du groupe. Dans le cadre dune tche simple, chacun des membres est conant dans ses propres capacits raliser la tche et la prsence dobservateurs va stimuler son besoin de bien russir la tche. Les individus ne craignent pas dtre valu par les collaborateurs sur le travail ralis. Cependant, lvaluation par les collaborateurs dans le cadre dune tche complexe est dirente : la tche ntant ni habituelle, ni facile, les membres du groupe perdent leur conance et craignent un jugement dprciatif. bonne Tche simple

performance

mauvaise

Tche complexe faible stimulation leve

Figure 1.13 Loi de Yerkes et Dodson [1908] sur le lien entre la stimulation des individus et les performances Malgr cela, Castro [1994] montre que la stimulation sociale est meilleure lorsque les participants se connaissent entre eux. En eet, les participants qui se connaissent dj vont saranchir de la peur dtre valu. 22

1.3. Conguration collaborative pour la rsolution des tches complexes Dans cette section, nous avons prsent la facilitation sociale. Ce phnomne permet, par la simple prsence ou la participation de plusieurs collaborateurs, de stimuler un groupe et den augmenter les performances. Cependant, nous allons voir dans la section suivante quune autre thorie vient complter celle de la facilitation sociale : la paresse sociale.

1.3.3

La paresse sociale

Ringelmann [1913] est le premier constater le phnomne de paresse sociale 7 dans un rapport technique qui sera signal quelques annes plus tard par Moede [1927] puis reprit de manire dtaille dans la littrature scientique par Kravitz et Martin [1986]. Il propose une exprience de traction de corde plusieurs individus et observe la traction totale exerce par le groupe en faisant varier la taille des groupes. La traction totale observe pour un groupe est infrieure la somme des eorts individuels (voir gure 1.14). Schermerhorn et al. [2009] dnit la paresse sociale de la manire suivante The tendency of group members to do less that they are capable of as individuals. qui peut tre traduite par Tendance fournir un eort moindre lorsquune tche est eectue en groupe plutt quindividuellement. 1.0 performance 0.8 0.6 0.4 0.2 0 1 2 3 4 5 taille du groupe 6 7 8 100 % 93 %

85 %

77 %

70 %

63 %

56 %

49 %

Figure 1.14 Rsultats obtenus par Ringelmann [1913] et prsents par Kravitz et Martin [1986] Cependant, les rsultats de Ringelmann [1913] ne permettent pas de dterminer si la perte decacit est lie un eort individuel plus faible ou
7. Ce phnomne de paresse sociale est dailleurs parfois nomm eet de Ringelmann [1913] .

23

Chapitre 1. tude bibliographique un manque de coordination entre les membres du groupe [Steiner 1972]. Entre temps, Latan et al. [1979] ont recr lexprience propose par Ringelmann [1913] en modiant le protocole exprimental an de rduire les erreurs de mesure lies aux conits de coordination. Bien que les rsultats varient lgrement, les conclusions sont les mmes que celles avances prcdemment. Les travaux de Kerr et Bruun [1981] permettent dapporter des prcisions pour dnir les raisons de cette paresse sociale. Chaque membre eectuant strictement la mme tche que ses partenaires, il considre que le travail sera eectu par les autres et quil na pas besoin de sinvestir autant que sil tait seul. Par la suite, dautres travaux de recherche ont tent de modliser lvolution de la paresse sociale en fonction du nombre de participants. Ingham et al. [1974] puis Karau et Williams [1993] montrent que lajout dun premier puis dun deuxime collaborateur a des consquences importantes sur la paresse sociale mais que lajout de collaborateurs supplmentaires provoque une baisse plus modre. [Suleiman et Watson 2008] proposent une synthse de la collaboration, illustre sur la gure 1.15. 100 75 rponse 50 25 0

Eort individuel rduit

paresse sociale

Problme de coordination

Rponse obtenue

3 4 taille du groupe

Figure 1.15 Synthse des eets de la collaboration selon Suleiman et Watson [2008] Cependant, direntes tudes proposent des solutions pour contrer les eets de la paresse sociale. Deux propositions ressortent particulirement : lidentication et lauto-valuation. Selon Kerr et Bruun [1981], lidentication a pour objectif de donner un rle dni et unique chaque participants. 24

1.4. Collaboration en environnement virtuel Cette identication permet de responsabiliser chaque participant. Latan et al. [1979] en avaient dj eu lintuition puisquils proposent une telle solution dans leurs perspectives. Karau et Williams [1993] repris par Kraut [2003] mettent en avant cette ide didentication la suite dexprimentations. Dailleurs, Karau et Williams [1993] ont galement propos le principe dauto-valuation pour neutraliser les eets de la paresse sociale. De cette manire, les utilisateurs peuvent sauto-valuer et valuer leurs collaborateurs ce qui gnre une pression sociale pour favoriser la facilitation sociale [Harkins et Szymanski 1988 ; Szymanski et Harkins 1987]. Dans une tude dans laquelle sont compars entre autre une conguration de travail collaboratif distribue avec une conguration colocalise, Chidambaram et Tung [2005] montrent quun travail colocalis permet de faciliter lautovaluation et augmente cette pression sociale. En eet, le travail colocalis permet davoir une meilleur perception des actions de chacun des membres et ainsi dvaluer de faon plus prcise le travail des collaborateurs. Cependant, Chidambaram et Tung [2005] constatent un eet parallle : certains membres du groupe donnent simplement limpression quils travaillent sans tre rellement ecaces. On trouve galement les rcents travaux de Buisine et al. [2011] qui montrent que loccupation spatiale de lenvironnement est importante : un accs limit lespace de travail provoque de la paresse sociale. En eet, si laccs une ressource externe ne permet que la prsence dun seul membre du groupe, les autres membres ne pouvant pas lutiliser peuvent gnrer le phnomne de paresse sociale. Il est donc prfrable davoir un accs quitable lespace de travail pour tous les membres du groupe (une table ronde par exemple). La paresse sociale est un phnomne qui apporte des contraintes importantes au travail de groupe. Cependant, nous avons caractriser deux solutions ce phnomne : lauto-valuation et lidentication des rles. Comme la montr Chidambaram et Tung [2005], la collaboration colocalise est une solution approprie pour lauto-valuation. De plus, la mise en place dune plateforme collaborative doit permettre chaque utilisateur davoir un rle bien dni au sein du processus collaboratif pour quil puisse sidentier par rapport ses partenaires.

1.4

Collaboration en environnement virtuel

Dans la section prcdente, nous avons identi deux types dlments qui vont interagir au sein dun systme collaboratif : 25

Chapitre 1. tude bibliographique Les participants qui sont les individus qui vont contribuer directement ou indirectement la ralisation dune tche en collaboration ; Les artefacts qui sont les dirents composants ou matriels avec lesquels ou sur lesquels la collaboration peut sappuyer. Dans cette section, nous allons dcrire les dirents types de communication qui ont lieu entre les dirents acteurs dun systme collaboratif. Puis, aprs avoir dtaill les eets inhrents aux modes de communication, nous prsenterons dirents scnarios possibles de collaboration.

1.4.1

Communication en environnement virtuel

La communication en environnement virtuel est constitue de direntes composantes. Elle inclut la communication entre les collaborateurs et la communication avec ou travers lenvironnement. Dix [1997] a propos de classier la communication en quatre catgories direntes. Communication directe Cest le moyen de communication le plus naturel. La communication se fait de manire orale ou gestuelle principalement. Elle est consciente la plupart du temps mais peut contenir une part de communication inconsciente daprs Gutwin et Greenberg [2000]. Contrle et retour sensoriel Cest linteraction entre un participant et un artefact. Cette interaction est bidirectionnelle car le participant agit sur lartefact qui produit un retour sur un ou plusieurs des modalits du participants (vue, oue, toucher, etc.). Feedthrough Cest un canal de communication indirect o les participants communiquent entre eux par lintermdiaire des artefacts [Dix et al. 2003]. Les actions eectues par un participant laide et sur lartefact modient lenvironnement ce qui donne des informations sur les actions et les intentions au collaborateur. Junuzovic et Dewan [2009] utilisent mme le terme feedthrough pour une communication indirecte avec un participant en intermdiaire. 26

1.4. Collaboration en environnement virtuel Grounding Selon Dix et al. [2003], les participants doivent possder un niveau de comprhension commun (mme langue parle, mme base culturelle, mme jargon, etc.) an de se comprendre. Cette aspect de la communication est inconscient mais ncessaire pour la collaboration (voir section 1.4.2 page 30).

1.4.2

Mcanismes de la communication de groupe

Certains mcanismes de la communication sont relativement implicites et dicilement observables. Dautres sont plus concrets mais apportent galement leurs contraintes et leurs limites. Cette section a pour but de dcrire les mcanismes que sont la conscience priphrique et le grounding. La conscience de groupe La conscience de groupe, galement nomme awareness, a t dnie par Dourish et Bellotti [1992]. Awareness is an understanding of the activities of others, which provides a context for your own activity. traduit en franais par Betbeder et Tchounikine [2004] [La conscience de groupe est une] comprhension des activits des autres, qui permet de donner un contexte sa propre activit. La conscience des autres partenaires peut concerner aussi bien la position spatiale (relle ou virtuelle), des informations durables sur un collaborateur (ge, sexe, spcialit, culture, etc.) ou encore laction ralise par celui-ci [Cockburn et Weir 1999]. Cette conscience est bien souvent constitue implicitement et de nombreux vnements peuvent survenir autour dun participant sans quil ny prte attention. Parfois, ce manque dattention permet un gain de temps dans lachvement de la tche (par exemple, si le collaborateur ternue, cela na pas dinuence sur la ralisation de la tche). Cependant, le fait de savoir quun collaborateur sest absent (pour aller aux toilettes par exemple) est beaucoup plus pertinent car il nest alors plus question de compter sur son aide pendant quelques minutes. Cahour et Pentimalli [2005] identient trois avantages davoir une bonne conscience du groupe en tudiant la coopration entre serveurs et cuisiniers dun caf-restaurant : lconomie collective de dplacements et actions, grce une vision priphrique des mouvements des collgues ; 27

Chapitre 1. tude bibliographique le besoin de communications rapides et non intrusives en coutant sur un mode priphrique les messages oraux adresss dans le brouhaha du caf ; le besoin dviter des collisions dans un petit espace partag grce des modalits visuelles et kinesthsiques. Gutwin, Greenberg et Roseman [1996] propose quatre catgories pour segmenter les dirents aspects de la conscience priphrique 8 : Conscience informelle Ce sont les informations gnrales sur les collgues, le type dinformations que les gens connaissent lorsquils travaillent dans le mme bureau (ge, origines culturelles, situation familiale, etc.) ; Conscience sociale Ce sont les informations que chacun tabli dans nimporte quelle relation sociale comme ltat motionnel de linterlocuteur, son niveau dattention ou encore son niveau dintrt ; Conscience de la structure du groupe Cest la connaissance de la hirarchie du groupe, les rles et responsabilits de chacun, leurs assignation sur une tche ou leur statut ; Conscience de lespace de travail Cest la conscience des actions et interactions des autre membres du groupe sur et avec lespace de travail et les artefacts. Parmi tous ces types de conscience, seule la conscience de lespace de travail ncessite que les membres du groupe actualise continuellement les informations environnantes, surtout dans le cadre dune collaboration synchrone. Chaque collaborateur met des informations (action en cours, position du curseur, etc.) de manire consciente ou inconsciente. Pour les informations mises de manire inconsciente, elles seront plus ou moins visibles des autres collaborateurs en fonction de leur attention. Cependant, lorsquun utilisateur souhaite mettre une information, il doit galement tre sr que linformation a t comprise correctement. Cette notion dinter-rfrencement, rcemment mise en vidence travers la plateforme ammp-Vis [Chastine, J. C. Brooks et al. 2005 ; Chastine, Zhu et al. 2006], a t dnie par Chastine [2007] de la manire suivante The ability for one participant to refer to a set of artifacts in the environment, and for that reference to be correctly interpreted by others. quon traduira par La capacit pour un des participants de dsigner un ensemble dartefacts dans lenvironnement et que cette dsignation soit correctement comprise par les autres collaborateurs.
8. Les catgories en anglais sont les suivantes : informal awareness, social awareness, group-structural awareness et workspace awareness.

28

1.4. Collaboration en environnement virtuel Au travers de ces travaux de thse, Chastine [2007] aborde en dtail la notion dinter-rfrencement. Un utilisateur initie une dsignation dun lment de lenvironnement puis un (ou plusieurs) utilisateur(s) reoit(reoivent) cette dsignation. Cette dsignation est caractrise par plusieurs paramtres : une technique de slection ; un groupe dlments slectionns ; une technique de reprsentation ; une relation entre linitiateur et llment slectionn ; une relation entre le (ou les) receveur(s) et llment slectionn ; un contexte entre linitiateur et le (ou les) receveur(s) ; un moyen daccuser rception du rfrencement (optionnel). An de rpondre cette problmatique, Chastine, Nagel, Zhu et Yearsovich [2007] se proposent, dans un contexte de collaboration distante, dutiliser des techniques de ralit augmente pour dsigner les lments (voir gure 1.16). Par la suite, Chastine, Nagel, Zhu et HudachekBuswell [2008] montrent que les techniques quils proposent pour amliorer linter-rfrencement permettent de limiter les ambiguts et damliorer les performances globales du groupe.

Figure 1.16 Inter-rfrencement visuel propos par Chastine, Nagel, Zhu et Yearsovich [2007] laide de techniques de ralit augmente Linter-rfrencement fait partie du processus dchange et de communication au sein dune collaboration synchrone (distante ou colocalise). An de dsigner un objectif un partenaire, il est ncessaire de savoir si le collaborateur est attentif. Il est galement ncessaire dadapter la manire de procder en fonction des connaissances et des comptences de ce collabo29

Chapitre 1. tude bibliographique rateur. La conscience de groupe prend donc une place importante dans ce processus dinter-rfrencement. Le grounding Cette notion, mise en vidence par Herbert H. Clark et Schaefer [1989], est ncessaire la collaboration. Herbet H. Clark et Brennan [1991] expliquent ce besoin de grounding par la dnition suivante. [A group] cannot even begin to coordinate on content without assuming a vast amount of shared information or common ground that is, mutual knowledge, mutual beliefs, and mutual assumptions. quon pourrait traduire par Un groupe ne peut mme pas commencer se coordonner sur une tche sans supposer une quantit importante dinformations partages ou dune base commune cest--dire des connaissances mutuelles, des convictions communes et des hypothses communes. Le grounding est ncessaire la communication. En eet, un locuteur qui souhaite transmettre une information doit savoir quel jargon il peut utiliser avec son interlocuteur ; il faut galement que les deux interlocuteurs aient accs aux mmes donnes concernant lenvironnement sur lequel ils travaillent. Dillenbourg et al. [1996] tudient ce partage dinformations sur une enqute ctive propos dun meurtre. Il constate que chaque membre du groupe se construit sa propre reprsentation de lenvironnement dans lequel il se trouve et volue en fonction des informations que chacun trouve et de sa culture existante [Baker et al. 1999]. Lors dun travail de collaboration, chaque membre possde dj sa propre base de connaissances qui peut tre complmentaire ou recouvrir partiellement celle des autres membres. Cependant, durant la ralisation de la tche, une base de connaissance commune va se crer. Hertzum [2008] lie les processus de recherche dinformations et de grounding. En eet, la recherche dinformations mne les membres du groupe dcouvrir lenvironnement dans lequel ils voluent ensemble pour toer leur base de connaissance commune. Cependant, en observant le travail dun hpital o plusieurs mdecins sont la recherche de symptmes pour diagnostiquer un patient et fournir un traitement appropri, Hertzum [2010] sest rendu compte que chaque mdecin est capable individuellement de dcouvrir des symptmes mais que le manque dchanges entre les dirents mdecins ne permettait pas toujours dtablir le bon diagnostic. 30

1.4. Collaboration en environnement virtuel An de constituer correctement une base de connaissance commune, les membres du groupe doivent communiquer. En particulier, ils doivent continuellement tre sr que les lments dont ils parlent sont bien les mmes an de transmettre linformation. Fournir des outils appropris pour linterrfrencement devrait permettre damliorer la constitution de cette base commune de connaissance.

1.4.3

Stratgies de collaboration

Avec les dirents canaux de communication dcrits dans la section 1.4.1 page 26, conscients pour certains (communication directe, contrle et retour sensoriel) et inconscients pour dautres (feedthrough et grounding), il est possible de dnir trois scnarios de collaboration dirents bass sur les travaux de Dix et al. [2003] et de Grasset [2004]. Les trois scnarios exposs dans les sections qui suivent sont rsums dans la table 1.2 page 35. Collaboration plusieurs utilisateurs Illustr sur la gure 1.17 page suivante, ce scnario place tous les utilisateurs au mme niveau, sans distinction hirarchique lie la conguration. Chaque membre peut ainsi explorer lenvironnement ou interagir avec lenvironnement sur un mme niveau daccs que ses partenaires. Illustr sur la gure 1.17 page suivante, cest laspect le plus naturel de la distribution cognitive des charges que nous avons dj dcouvert dans la section 1.3.1 page 17 : on souhaite diviser la tche raliser entre plusieurs utilisateurs car elle trop complexe ou trop fastidieuse. Cette conguration permet de rpartir quitablement le travail entre les membres du groupe. De plus, les utilisateurs ont accs aux mmes informations ce qui facilite la constitution du grounding. Cependant, deux inconvnients sont relever avec cette conguration. Tout dabord, nous avons vu dans la section 1.3.3 page 23 sur la paresse sociale quune identication des rles tait prfrable pour tirer prot dune conguration collaborative. En proposant des rles strictement identiques aux utilisateurs, ce type de scnario tend favoriser la paresse sociale en ne fournissant pas dlment pour une identication distincte de rles dirents. De plus, on notera que tous les participants accdent aux mmes artefacts. Si deux collaborateurs accdent, modient ou manipulent en mme temps un mme artefact, cela peut poser des problmes de cohrence de lenvironnement virtuel ou de scurit de linformation comme lexplique Dewan et 31

Chapitre 1. tude bibliographique Grounding Communication directe

Sujet 1
ug ro th ed Fe h

Sujet 2
Fe ed th ro ug h
Contrle et retour sensoriel

Contrle et retour sensoriel

Artefact

Figure 1.17 Collaboration plusieurs utilisateurs H. Shen [1998]. Dewan et H. Shen [1998] noncent une liste de conditions respecter (automatisation, gnralisation, mdiation totale, privilge minimum, facilit dutilisation, ecacit) pour limiter les problmes de concurrences daccs aux codes sources dans le dveloppement de programmes informatiques. Grasset et Gascuel [2002] sont galement confronts ce problme daccs aux ressources sur sa plateforme multi-utilisateurs mare et propose un systme de contrle daccs aux informations. Toutefois, Buisine et al. [2011] soulignent quun accs aux artefacts quitablement distribus entre les utilisateurs permet de rduire la paresse sociale en vitant lisolement dun des membres du groupe. Collaboration plusieurs experts Dans cette conguration illustre sur la (voir gure 1.18 page ci-contre), chaque utilisateur est expert dun domaine de comptence dirent de ses collaborateurs. Chaque expert dispose dartefacts adapts ses comptences et les artefacts sont synchroniss par la plateforme. On trouve par exemple ce type de scnarios en mdecine o de nombreuses spcialits direntes peuvent tre amenes collaborer [Althoff, Bach et al. 2007 ; Althoff, Reichle et al. 2007]. Lavantage est de rpondre aux problmatiques didentication des rles et de limiter ainsi la paresse sociale ; 32

1.4. Collaboration en environnement virtuel Grounding Communication directe

Expert 1
Spcialit a Contrle et retour sensoriel

Expert 2
Spcialit b Contrle et retour sensoriel

Artefact 1

Feedthrough Synchronization

Artefact 2

Figure 1.18 Collaboration plusieurs experts

chaque utilisateur doit se er lui-mme puisquil est le seul possder les comptences et les artefacts ncessaires pour raliser la tche. Ce scnario apporte galement une rponse laccs concurrentiel aux artefacts, problmatique identie dans la collaboration plusieurs utilisateurs. Cependant, une synchronisation entre les artefacts est ncessaire an de conserver une cohrence de lenvironnement virtuel pour lensemble des utilisateurs ce qui peut poser quelques dicults techniques. Par exemple, Barbi et D. L. James [2007] ainsi que Gautier et al. [2008] abordent les problmatiques de synchronisation en temps-rel pour des simulations dobjets dformables. Dans les scnarios plusieurs experts, les bases de connaissances sont plutt complmentaires. Selon Bach et al. [2010], la dicult de cette conguration est lidentication des connaissances communes, notion dj identie comme le grounding dans la section 1.4.2 page 30. Par exemple, le jargon utilis entre deux experts de spcialits direntes peut devenir une contrainte importante la communication directe. Cette dicult peut alors crer des problmes de coordination menant des actions incompatibles entre elles. 33

Chapitre 1. tude bibliographique Collaboration avec accs exclusif aux artefacts Dans cette conguration, tous les utilisateurs ont un retour sensoriel de ltat des artefacts. Cependant, un seul utilisateur (le manipulateur) est choisi pour eectuer les manipulations sur ces artefacts. Les autres membres (les observateurs) agissent alors sur les artefacts par lintermdiaire du manipulateur. La gure 1.19 illustre cette conguration asymtrique. Grounding Communication directe

Sujet 1
Contrle et retour sensoriel

Sujet 2

ugh hro dt Fee

Retour sensoriel

Artefact

Figure 1.19 Collaboration par manipulateur et observateur Ce scnario permet de saranchir des contraintes daccs concurrent aux artefacts ou de synchronisation entre les artefacts. De plus, les utilisateurs restreints au rle dobservateur possdent une charge de travail plus faible ; ils peuvent ainsi se consacrer de manire plus importante lanalyse des donnes disponibles et la proposition de solutions pertinentes. Cependant, en cherchant caractriser le quotient intellectuel de groupe, Woolley et al. [2010] concluent que le principal facteur dintelligence de groupe est une rpartition quitable des charges de travail entre les membres du groupe. Dans ce scnario, lasymtrie entre les dirents rles (manipulateur et observateur) semble favoriser un dsquilibre important des charges de travail ce qui nest pas idal pour la collaboration. De plus, une grande partie de lattention des observateurs est reporte sur le canal de communication directe avec le manipulateur. Cest travers ce canal quil va pouvoir dsigner des objectifs, renvoyant ainsi aux problmatiques dinter-rfrencement 34

1.5. Conclusion abords dans la section 1.4.2 page 27. Table 1.2 Synthse des stratgies collaboratives Multi-utilisateurs Niveau dinteraction identique Accs concurrentiel aux artefacts Rles identiques Communication normale Artefact unique Multi-experts Niveau dinteraction quivalent Accs libre aux artefacts Identication des rles Communication dicile entre experts Synchronisation des artefacts Accs exclusif Niveau dinteraction asymtrique Accs libre aux artefacts Identication des rles Communication massive et inter-rfrencement Artefact unique

1.5

Conclusion

travers ce chapitre, nous avons exposer la complexit que reprsente la tche de docking molculaire. En proposant des plateformes collaboratives, les scientiques ont permis une approche dirente pour traiter cette problmatique. Les tches tudies prsentent toutefois un couplage faible entre les partenaires (messages textuels ou verbaux, vido-confrence, etc.). Cependant, les dveloppements les plus rcents permettent aux biologistes dinteragir en temps-rel avec des simulations molculaires. Nous souhaitons utiliser ces possibilits pour proposer une plateforme collaborative synchrone et colocalise pour le docking molculaire interactif et temps-rel. Dans ce chapitre, nous avons galement mis en vidence les avantages et les contraintes de la collaboration. La distribution cognitive des charges de travail permet dapporter une rponse pertinente la ralisation dun problme extrmement complexe tel que le docking molculaire. Cependant, de nombreux facteurs (facilitation sociale, paresse sociale, grounding, conscience de groupe, etc.) interviennent et inuent la communication et les interactions entre les acteurs de la collaboration. Nous souhaitons utiliser la modalit haptique an damliorer la communication et la coordination entre les utilisateurs. En eet, cette modalit ore des possibilits de communication 35

Chapitre 1. tude bibliographique direntes des canaux habituels (communication orale ou gestuelle) et plus adapte dans certains cas comme la dsignation ou lamlioration de la prsence par exemple. Un tel contexte de travail (collaboration synchrone et colocalise, manipulation molculaire temps-rel, interaction avec retour haptique) na encore jamais t tudi. Les thories sur la collaboration, dtailles tout au long de ce chapitre, ne peuvent tre ni inrmes, ni conrmes dans ce contexte de travail original. Cependant, des hypothses peuvent tre formules. Le docking molculaire peut tre vu comme la succession dune tape de dformation molculaire et dune tape dassemblage des molcules. Nous nous intresserons principalement au processus de dformation, ltape dassemblage tant brivement aborde au cours de la dernire exprimentation (voir chapitre 6 page 137). Nous proposons de dcomposer le processus de dformation molculaire en tape lmentaire an dtudier la collaboration troitement couple dans chacune des tapes lmentaires. Pour fragmenter ce processus, nous nous basons sur les travaux de Bowman [1999] qui identie quatre tches lmentaires pour segmenter une interaction en environnement virtuel, nommes Primitives Comportementales Virtuelles (pcv) par Fuchs et al. [2006]. Ces quatre pcv, illustre dans la gure 1.20 page suivante, sont expliques ci-dessous : Exploration Cette tche concerne la recherche et lidentication dune cible (atome, rsidu, structure secondaire, etc.) en fonction de critres multiples (articulations, bilan nergtique, rgions hydrophobique, etc.). Slection Une fois la cible trouve, la tche consiste accder puis slectionner la cible par lintermdiaire dun priphrique dentre (une souris, une interface haptique, etc.). Dformation Cette tape consiste manipuler la cible prcdemment slectionne pour dformer la structure molculaire au niveau atomique, intra-molculaire ou inter-molculaire. Lobjectif inhrent cette tche est datteindre lobjectif x (par exemple, minimiser lnergie totale du systme). valuation Cette dernire partie concerne lvaluation du travail prcdemment ralis en observant dirents indicateurs (nergie potentielle, nergie lectrostatique, complmentarit des surfaces, etc.). En fonction de la synthse des rsultats de cette dernire phase, un nouveau cycle de dformation pourra recommencer (recherche, slection, dformation, valuation, etc.). Sur la base de ces pcv, nous avons dcompos notre tude en trois parties distinctes. Tout dabord, nous tudierons lvolution des performances et les 36

1.5. Conclusion

Exploration Slection Manipulation valuation Objectif atteint

1 2 3 4

Figure 1.20 Processus de dformation molculaire en quatre tapes stratgies qui se dgagent entre un monme et un binme sur une tche dexploration et de slection (voir chapitre 3 page 55). Puis nous tudierons direntes rpartitions des ressources entre les individus sur une tche de manipulation et dvaluation (voir chapitre 4 page 83). Enn, nous proposerons danalyser linuence de la taille du groupe sur les performances et sur la communication (voir chapitre 5 page 113). Sur la base de ces trois tudes, des outils dassistance haptique ont t dvelopps. Ils seront valus dans la dernire exprimentation (voir chapitre 6 page 137).

37

Chapitre 1. tude bibliographique

38

Chapitre

Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules

Sommaire
2.1 2.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Architecture matrielle et logicielle . . . . . 2.2.1 Travail collaboratif synchrone et colocalis . . 2.2.2 Architecture logicielle adopte . . . . . . . . 2.3 Plateforme de simulation et de visualisation 2.3.1 Module de visualisation molculaire . . . . . 2.3.2 Module de simulation molculaire . . . . . . . 2.4 Les outils dinteraction . . . . . . . . . . . . . 2.4.1 Outil dinteraction utilis . . . . . . . . . . . 2.4.2 Outils existants . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.4.3 Outils de manipulation avancs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 40 40 43 45 46 48 50 50 51 51

39

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules

2.1

Introduction

Le chapitre 1 page 3 nous a permis didentier des problmatiques de recherche : nombre important datomes, multiple connaissances ncessaires, exibilit des molcules, etc. Cest autour de ces problmatiques que la plateforme Shaddock a t labore. Nous commencerons par prsenter les choix de matriels et darchitecture logicielle (voir section 2.2). Lensemble des lments de la plateforme sont organiss selon une architecture client/serveur ; les raisons de ce choix sont expliques dans la section 2.2.2 page 43. Ensuite, la plateforme de simulation molculaire en temps-rel est prsente (voir section 2.3 page 45). Tout dabord, un module de visualisation est ncessaire pour obtenir des visualisations dtailles et compltes de molcules ; le module est prsent dans la section 2.3.1 page 46. Puis un module de simulation molculaire est ajout au module visualisation ; plusieurs solutions sont possibles et le module retenu est prsent dans la section 2.3.2 page 48. Cependant, an dobtenir une simulation molculaire interactive temps-rel, un module spcique doit tre ajout ; il sera prsent dans la section 2.3.2 page 49. Le module de visualisation molculaire utilis propose dj des outils permettant dinteragir avec les molcules. Ces outils sont prsents dans la section 2.4.2 page 51. Cependant, notre tude du travail collaboratif nous a amen proposer des outils de manipulation avancs qui seront prsents dans la section 2.4.3 page 51. Les dirents lments de cette plateforme sont rsums dans deux diagrammes uml (Unied Modeling Language). Un diagramme de dploiement uml de la plateforme Shaddock est prsent sur la gure 2.1 page suivante. Lapplication vmd est dtaille dans un diagramme de composant uml sur la gure 2.2 page 42.

2.2
2.2.1

Architecture matrielle et logicielle

Travail collaboratif synchrone et colocalis

Ellis et al. [1991] a propos une classication des direntes congurations de travail collaboratif dans le temps et dans lespace. Il distingue quatre classes principales quon peut reprsenter sur un graphique (voir gure 2.3 page 42). 40

Simulation

Visualisation

Interaction
Serveur : Nud vrpn 1
Linux, Mac os ou Windows programme

Figure 2.1 Diagramme de dploiement uml de la plateforme Shaddock

vrpn_server Serveur : Nud namd

Linux et cuda programme
Transmission des donnes de simulation Transmission des donnes dinteraction

tcp/ip

namd2
tc p/ ip

Client : Nud principal

Linux et cuda application

Priphrique : Interface 1
phantom Omni R

vga

41

2.2. Architecture matrielle et logicielle

chier

vmd
tcp/ip

. .
Serveur : Nud vrpn n
Linux, Mac os ou Windows programme

Donnes de simulation
Transmission des donnes dachage

Transmission des donnes dinteraction

vrpn_server Achage : Vidoprojecteur

vue partage

Priphrique : Interface n
phantom Omni R

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules

application

vmd
extension fonction

imd

Client vrpn

Chargement des donnes de simulation

fonction

Moteur de rendus
Achage de la scne

Communication avec les outils de manipulation

Figure 2.2 Diagramme de composant uml du nud vmd

asynchrone

Collaboration asynchrone

temps

Collaboration asynchrone distribue Collaboration synchrone distribue

distant

synchrone

Collaboration face--face
colocalis

distance Figure 2.3 Classication des tches collaboratives selon Ellis et al. [1991]

42

2.2. Architecture matrielle et logicielle Nous avons choisi de nous placer dans une conguration de collaboration synchrone et colocalise, ou collaboration face--face. En eet, an de pouvoir faire interagir en temps-rel les utilisateurs les uns avec les autres, la synchronisation dans le temps est ncessaire. En ce qui concerne la collaboration dans lespace, une collaboration pourrait tre envisageable. Cependant, cette solution de collaboration distante na pas t retenue pour direntes raisons. Tout dabord, la section 1.4.2 page 27 voque les problmatiques lies la conscience priphrique des partenaires dans la ralisation dune tche collaborative. tant donn que plusieurs tudes ont montr que les performances collaboratives sont meilleures lorsque la conscience priphrique est bonne, il nous parat ncessaire de se placer dans des conditions optimales pour augmenter cette conscience priphrique. La prsence physique au mme endroit de tous les collaborateurs est la faon la plus naturelle de crer cette conscience de manire optimale. Dans une solution de collaboration distante, de nombreuses informations doivent tre enregistres puis transmises numriquement avec les problmatiques de reprsentations de linformation qui peut se poser. De plus, la collaboration distante introduit des problmatiques techniques. Par exemple, la latence dun rseau peut poser problme pour la synchronisation de la simulation entre les dirents postes de travail. Pour nir, la conguration de collaboration colocalise permet davoir un environnement virtuel commun par lintermdiaire dun achage partag. Lachage est eectu par lintermdiaire dun vido projecteur et projet sur un grand cran.

2.2.2

Architecture logicielle adopte

Deux types darchitectures ont t explors pour les evc : client/serveur ou pair--pair 1 . Architecture pair--pair Larchitecture pair--pair consiste faire communiquer chaque nud du rseau avec chacun des autres nuds : le rseau forme un graphe complet. Lavantage dune telle architecture et la rapidit de transfert de linformation puisquil ny a pas dintermdiaire. Cependant, plus le rseau est grand et plus ce type de solutions est dicile mettre en place.
1. Peer-to-peer en anglais, parfois abrg en p2p.

43

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules Actuellement, les travaux concernant lutilisation de ce type darchitecture pour la synchronisation dune manipulation virtuelle laide de lhaptique sont peu nombreux. Par exemple, J. Kim et al. [2004] constatent que la latence des rseaux est une problmatique importante pour les retours haptiques gnrs. En eet, la frquence de traitement ncessaire pour lhaptique est nettement plus leve que pour le retour visuel ( 1 000 Hz contre 60 Hz). Cest pourquoi il utilise une architecture pair--pair. En eet, en dehors dtre une communication directe entre les nuds, cest surtout une architecture qui ncessite davoir une instance du programme excute sur chaque nud : ainsi, il nest pas ncessaire davoir un rseau pour supporter une frquence de 1 000 Hz, il sut davoir des nuds qui le supportent. Cependant, Iglesias et al. [2008] explique, travers une tche dassemblage collaboratif, quil est ncessaire que les simulations entre les nuds du rseau se synchronisent pour rester cohrentes entre elles. Cest linconvnient majeur de larchitecture pair--pair : les environnements virtuels prsents aux dirents collaborateurs peuvent diverger et ne pas tre cohrents les uns avec les autres.

Architecture client/serveur Pour contrer les incohrences de simulation, larchitecture client/serveur est nettement plus adapte. La simulation principale nest excute quune seule fois sur un nud du rseau appel serveur. Les collaborateurs utilisent des nuds clients qui communiquent avec le serveur pour rcuprer les informations. Bien videmment, dans ce cas, la latence du rseau a beaucoup plus dinuence sur la qualit des retours haptiques. Cependant, nous nous plaons dans un contexte de collaboration colocalise ce qui veut dire que des rseaux internes peuvent tre utiliss ce qui devrait limiter grandement les problmes de latence. Huang et al. [2010] montrent la faisabilit dune telle conguration en proposant la manipulation dun jeu de construction par blocs. La simulation est centralise sur un serveur et les interactions haptiques sont produites par lintermdiaire de clients. Il ne souligne aucune instabilit dans les interactions haptiques. Marsh et al. [2006] ou encore J. Norman et Hamza-Lup [2010] sintressent particulirement aux inuences du rseau sur les interactions visuo-haptiques. Daprs eux, larchitecture client/serveur est la plus adapte pour la gestion de simulation. Cependant, il conclue sur la ncessit davoir 44

2.3. Plateforme de simulation et de visualisation une information qui transite rapidement an dobtenir un rendu haptique le plus dle possible. tant donn que nous nous plaons dans un contexte de simulation molculaire, il nous est ncessaire de maintenir un environnement virtuel cohrent tout au long de la simulation. La plateforme Shaddock est pourvue dune architecture client/serveur comme on peut le voir sur la gure 2.1 page 41. Serveur de priphriques An de grer les connexions client/serveur pour les interfaces haptiques, nous utilisons le logiciel vrpn (Virtual Reality Protocol Network) dvelopp par Taylor II et al. [2001]. La connexion avec le moteur de simulation est gre par un autre module qui sera dtaill plus tard dans la section 2.3.2 page 49. vrpn ore un moyen simple et relativement universel de connecter des priphriques principalement utiliss en ralit virtuelle. En eet, il fournit un serveur pour chaque priphrique. Ensuite, lapplication cliente peut envoyer et recevoir les informations ncessaires la communication avec chacun des priphriques. Dans notre cas, linterface haptique est connecte physiquement un ordinateur 2 et un serveur vrpn commande cette interface haptique. Cest seulement par lintermdiaire de ce serveur vrpn et travers le rseau que le client (vmd dans notre cas) va interagir avec linterface haptique. La compilation de vrpn en tant que serveur de phantom Omni R sous le systme dexploitation Linux (Ubuntu v10.04) a ncessit quelques modications dans le code source qui navait pas t prvu pour ce cas dutilisation. Ces modications ont t soumises aux dveloppeurs de vrpn qui les ont intgres dans les versions les plus rcentes.

2.3

Plateforme de simulation et de visualisation

Shaddock permet deectuer la visualisation de lenvironnement molculaire manipul. La visualisation est un processus complexe qui ncessite des rendus dtaills et complets des lments virtuels de lenvironnement. En eet, devant le nombre important dinformations que possde une molcule (atomes,
2. Cela suppose davoir un ordinateur par interface haptique ce qui peut considrablement complexier la logistique avec un grand nombre de participants.

45

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules exibilit, chimie, champs de forces, etc.), il est primordial davoir des rendus graphiques permettant dacher un maximum dinformations pour un minimum de charge visuelle. Cette tche est eectue par un module de visualisation prsent dans la section 2.3.1. Ensuite, Shaddock simule une dynamique molculaire. Un module de simulation est ncessaire pour raliser cette tche. Il faut que ce module puisse interagir avec le module de visualisation. De plus, il est ncessaire de pouvoir paramtrer nement la simulation. Le module de simulation choisi est prsent dans la section 2.3.2 page 48. Cependant, les moteurs de simulation ne sont pas conus pour eectuer des simulations en temps-rel, et encore moins des simulations interactives en temps-rel. An de proposer une dynamique molculaire interactive et tempsrel aux utilisateurs, un module prsent dans la section 2.3.2 page 49 permet de faire communiquer le module de visualisation avec le module de simulation.

2.3.1

Module de visualisation molculaire

Les outils de visualisation molculaire disponibles sont relativement nombreux. Parmi les plus populaires, on peut citer pymol [pymol 2011], vmd [Humphrey et al. 1996], Chimera [Pettersen et al. 2004], RasMol [Sayle et Milner-White 1995] sans compter les nombreux drivs permettant un achage en ligne tel que Jmol [Jmol 2011] pour ne citer que le plus connu. pymol et vmd se distinguent particulirement par leurs nombreuses fonctionnalits et leur large utilisation dans le milieu spcialis. pymol est probablement le logiciel de visualisation le plus utilis par les experts du domaine car cest le plus abouti en ce qui concerne les performances dachage. Cependant, pymol ne permet pas lachage de simulations temps-rel 3 , ni la manipulation interactive de molcules. vmd possde galement une large gamme de rendus graphiques. De plus, depuis maintenant quelques mois, vmd utilise galement des optimisations gpu pour lachage laide de la bibliothque cuda. Contrairement pymol, vmd permet le rendu graphique en temps-rel de donnes de simulation. La possibilit davoir accs des rendus graphiques dtaills et complets de la molcule est primordiale pour la visualisation. La complexit des molcules, le nombre important datomes, les nombreuses meta-informations, les struc3. Les travaux rcents de Baugh et al. [2011] semblent proposer la visualisation en temps-rel dune simulation molculaire avec pymol.

46

2.3. Plateforme de simulation et de visualisation tures particulires ncessitent davoir sa disposition des rendus graphiques spciques. Le rendu graphique cpk a t retenu pour un achage complet de la molcule avec tous ces atomes et ces liaisons covalentes. Cependant, dans certains cas, lachage explicite des atomes (une sphre) surcharge lenvironnement visuel. Cest pourquoi, le rendu complmentaire Licorice a galement t retenu pour un simple achage des liaisons covalentes. On notera toutefois que les couleurs informent tout de mme sur la natures des atomes. Ensuite, la chane carbone principale de la molcule est une structure tout fait particulire mais primordiale dans la comprhension des dformations et de la dynamique de la molcule. Cest le rendu NewRibbon qui permet de reprsenter cette chane carbone. Enn, les liaisons hydrognes ajoutent des informations supplmentaires pertinentes sur la dynamique des atomes et sont reprsents par le rendu HBonds. Les quatre reprsentations direntes (voir gure 2.4 page suivante) slectionnes sur la plateforme Shaddock sont prsentes ici : cpk ache tous les atomes de la molcule sous forme de sphres en les reliant par des cylindres ; cest un achage trs charg lorsque le nombre datomes est important mais la taille des sphres et des cylindres peut tre modie (voir gure 2.4a page suivante) ; Licorice reprsente tous les liens entre les atomes par des cylindres, sans reprsenter les atomes ; la taille des cylindres peut tre modie (voir gure 2.4b page suivante) ; NewRibbon produit une courbe sur les atomes C reprsentant larmature principale de la molcule ; la courbe est reprsente sous forme de ruban (voir gure 2.4c page suivante) ; HBonds ache les potentielles liaisons hydrogne sous forme de traits en pointills ; les seuils physiques ainsi que les paramtres dachage de la ligne (couleur, largeur, etc.) sont modiables (voir gure 2.4d page suivante). Chacune de ces reprsentations visuelles peut tre aecte tout ou partie de la molcule comme par exemple le rsidu 13 , seulement les atomes de carbone ou tous les rsidus entre 1 et 16 sauf les atomes dhydrogne . De plus, pour chacune des reprsentations prcdentes, direntes colorations sont possibles permettant de mettre en vidence ou au contraire de rendre discrtes certaines parties de la molcule : Couleur xe donne une couleur unie prdnie (la couleur du curseur par exemple) ; 47

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules

(a) cpk

(b) Licorice

(c) NewRibbon

(d) HBonds

Figure 2.4 Illustration des rendus graphiques de molcules sur vmd Couleur des atomes donne une couleur dirente chaque atome selon un code couleur standard dpendant de sa nature (rouge pour oxygne, blanc pour hydrogne, etc.) ; Couleur des rsidus donne une couleur dirente pour chaque atome selon une palette de couleurs prdnie par vmd ; Transparence rend transparent les objets tout en conservant la teinte ; GoodSell accentue les contours des objets sous le principe du cell shading.

2.3.2

Module de simulation molculaire

Les trois principaux modules de simulation molculaire existants sont Gromacs [Berendsen et al. 1995], namd (Scalable Molecular Dynamics) [Phillips et al. 2005] et amber [Case et al. 2005]. Hess et al. [2008] montrent que Gromacs est plus performant que namd. Un rapport technique de Loeffler et Winn [2009a] a galement permis de montrer que Gromacs domine en terme de performances de calculs. Une comparaison plus dtaille montre que chaque moteur de simulation ore de bons rsultats en fonction des problmes auquel il est confront et du matriel utilis [Loeffler et Winn 2009b]. 48

2.3. Plateforme de simulation et de visualisation Cependant, namd est dvelopp par la mme universit que vmd ce qui fait que la connexion entre les deux logiciels est facilite. Enn, linteraction en temps-rel avec le moteur de simulation est possible avec namd mais pas avec Gromacs. Cest pourquoi le moteur de simulation molculaire namd a t retenu pour notre plateforme. Une des fonctionnalits de namd utilise est la possibilit de xer des atomes. En eet, la restriction de la simulation molculaire certaines rgions de la molcule permet dexclure certains atomes de la dformation. Ces atomes interviennent dans le calcul des forces de la simulation mais eux-mmes ne sont pas soumis aux forces de lenvironnement. Cette fonctionnalit nous permet de crer un point dancrage pour la molcule avant dviter toute drive. Simulation molculaire interactive et temps-rel Les logiciels de simulation molculaire existants ne sont pas prvus pour des simulations interactives en temps-rel. Cependant, lInstitut fr Theoretische und Angewandte Physik (itap) a dvelopp le protocole imd (Interactive Molecular Dynamics) permettant dutiliser namd coupl vmd pour des simulations en temps-rel [Stadler et al. 1997]. Lextension imd connect permet de connecter rapidement le logiciel vmd avec la simulation oerte par namd. Cependant, le protocole imd a rcemment t port par lInstitut de Biologie Physico-Chimie (ibpc) pour une utilisation avec Gromacs. En eet, mdDriver [Delalande, Frey, Grasseau et al. 2009] est une interface permettant dutiliser le protocole imd avec dautre module de simulation comme Gromacs. Cette nouvelle solution pourrait permettre damliorer les capacits de simulation de notre plateforme mais elle na pas encore t implmente. La gnration automatique de chier de simulation La conguration de la simulation ncessite un grand nombre dinformations. Une partie de ces informations dcoule directement de la molcule ltat dquilibre ; ces informations sont les suivantes : lensemble des liaisons entre atomes ; des angles simples ; des angles dihdraux ; des angles de torsion. 49

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules La simple description des atomes et de leurs positions ltat dquilibre (chier pdb) couple aux donnes gnres par charmm [B. R. Brooks et al. 1983] permet de gnrer les chiers ncessaires au module de simulation. vmd fournit loutil permettant de gnrer le chier ncessaire la simulation (chier psf) par lintermdiaire dune extension : Automatic psf builder.

2.4
2.4.1

Les outils dinteraction

Outil dinteraction utilis

Pour cette plateforme de manipulation de molcules interactive et temps-rel, loutil dinteraction doit rpondre plusieurs contraintes. Tout dabord, la manipulation de molcules intervient dans un environnement virtuel en 3d. Bien que la simple souris soit dj utilise dans de nombreuses applications pour interagir avec des environnement virtuels en 3d (modlisation, jeux vidos, cao, etc.), ce nest pas loutil le plus adapt, notamment pour la slection en profondeur. Loutil doit permettre la manipulation et la slection dans cet environnement virtuel 3d avec six ddl. Nous souhaitons proposer une plateforme pouvant tre facilement dploye. En eet, les biologistes, public potentiel de ce type de plateforme, sont plus habitus travailler sur des ordinateurs de bureau que dans les environnement immersifs utiliss en ralit virtuelle. Cest pourquoi nous orientons notre choix de matriel sur des outils de bureau. Cependant, Sallns et al. [2000] a montr lintrt dun retour haptique pour lamlioration des performances dans les congurations de travail collaboratif ; cest donc naturellement que nous nous sommes orientes vers des interfaces haptiques de bureau. Parmi les interfaces haptiques disponibles sur le march, le phantom Omni R rpond lensemble de ces contraintes avec un rapport qualit/prix correct. Le phantom Desktop R , qui rpond galement aux contraintes, aurait permis des retours haptiques plus dles mais son prix lev ne convient pas notre plateforme collaborative o il faudra en dployer plusieurs. De plus, sa connectique (port parallle) quasiment obsolte, est de plus en plus dicile trouver sur les ordinateurs rcents 4 .
4. Un convertisseur vers une connectique FireWire vendu par SensAble existe mais ncessite une dpense supplmentaire signicative.

50

2.4. Les outils dinteraction

2.4.2

Outils existants

Vmd dispose de dirents outils permettant deectuer diverses manipulations sur les molcules (slection, orientation, dplacement, etc.). Une des fonctions lmentaires propose par vmd est la possibilit dorienter la scne sur trois ddl an dobserver la molcule sous dirents angles. Cest la souris qui tient ce rle et elle peut galement tre congure pour translater la molcule ou obtenir diverses informations sur la molcule et sur les atomes. Il est galement possible dutiliser une souris 3d permettant de regrouper les fonctions de translation et dorientation de la scne. La souris 3d SpaceNavigator R est utilise dans le cadre de notre seconde exprimentation (voir chapitre 4 page 83). Ces fonctionnalits de navigation sont compltes par des fonctionnalits de manipulations lmentaires. Il est possible de dplacer des atomes ou des groupes datomes laide des priphriques prcdemment cits. Cependant, la fonctionnalit qui nous intresse est la possibilit deectuer ces manipulations laide dinterfaces haptiques par lintermdiaire dune connexion vrpn (voir section 2.2.2 page 45). La connexion de telles interfaces permet vmd de proposer deux outils : un outil de navigation et un outil de manipulation. Ils sont les suivants : grab qui permet de slectionner une molcule dans son intgralit et de la dplacer dans la scne ; tug qui permet de slectionner un atome de la molcule et de lui appliquer une force (qui sera transmise au moteur de simulation) pour dformer la molcule. Ces outils ont t utiliss dans la premire exprimentation (voir chapitre 3 page 55). Cependant, de nombreux outils supplmentaires ont t dvelopps au-fur-et--mesure des besoins identis durant les exprimentations. Ces nouveaux outils sont dtaills dans la section 2.4.3.

2.4.3

Outils de manipulation avancs

Durant les direntes tudes menes dans la suite de ce document, les analyses et les remarques dutilisateurs ont permis de mettre en vidence les limites et les contraintes des outils existants. De nouveaux outils ont t dvelopps pour rpondre ces besoins, notamment en terme de collaboration. Le dveloppement de ces nouveaux outils a ncessit la modication de vmd par extension des outils dj existants. Les fonctionnalits ajoutes sont prsentes dans les sections suivantes. 51

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules Outil de slection collaboratif An deectuer correctement une slection, il est prfrable de connatre a priori quelle cible sera slectionne en fonction de la position actuelle du curseur. Cest pourquoi, cet outil de slection amlior met continuellement en surbrillance la cible la plus proche du curseur. An de distinguer une cible slectionne dune cible non-slectionne , ces dernires sont simplement surlignes de manire transparente alors que les cibles slectionnes sont de couleurs opaques (voir gure 2.5). Cependant, dans un contexte de travail collaboratif, il doit tre possible pour chacun des collaborateurs de distinguer sa slection de la slection des autres. Les curseurs de chacun des participants tant de couleur dirente, le surlignage est eectu en utilisant cette couleur. Il est galement possible de slectionner des groupes datomes (dispositif mis en place sur certaines des exprimentations). Cependant, plutt que de considrer un centre virtuel de ce groupe datomes (barycentre par exemple) qui ne serait pas ach, les interactions haptiques sont eectues par rapport un atome. Pour que les utilisateurs aient une indication prcise concernant les interactions haptiques, cet atome est agrandi par rapport au reste du groupe datome (voir gure 2.5).

(a) lment point

(b) lment slectionn

Figure 2.5 Dirence visuelle entre les lments points et slectionns

Dformation par groupe datomes Loutil tug permet de dformer la molcule en appliquant un eort latome slectionn. Cependant, la dformation par lintermdiaire dun seul atome possde deux dsavantages : la dformation dune molcule atome par atome est un processus trs fastidieux ; il serait plus ecace de dplacer un groupe datomes dun bloc. 52

2.4. Les outils dinteraction la molcule se trouve la plupart du temps dans un tat relativement stable et le dplacement dun atome perturbe cet tat de stabilit par un tirement des structures ; le dplacement dun groupe datomes en un bloc permettrait dviter cet tirement et de conserver une meilleure stabilit. Cest pourquoi nous proposons un outil appliquant une force un groupe datomes pour le dplacer tout en conservant la stabilit intrinsque de ce groupe. Les groupes datomes dignes dintrt sont les rsidus (quelques dizaines datomes), les hlices- ou feuillets- (quelques dizaines de rsidus) et les molcules (enchanement de hlices- et de feuillets-). Loutil de dformation a t gnralis aux rsidus et aux molcules. Cependant, la gnralisation aux hlices- et aux feuillets- a t laisse de ct pour deux raisons : la forme allonge de ces structures ncessite de repenser partiellement voire compltement loutil de dformation car la translation seule ne peut plus tre utilise ; les informations concernant ces structures ne sont pas toujours bien renseignes dans les bases de donnes de molcules. Cependant, appliquer le mme eort lensemble des atomes dun rsidu ou dune molcule produit un eort total trs important. Si leort total est trop lev, les perturbations envoyes la simulation sont trop importantes et peuvent produire des incohrences dans la simulation voire mme un arrt de la simulation 5 . An de conserver un eort total de dformation constant quelque soit le nombre datomes slectionns, la force applique chaque atome est divise par le nombre totale datomes slectionns. Outil de dsignation Loutil de dsignation a t cr pour rpondre au besoin dindiquer des rgions dintrt aux partenaires. Il se dcoupe en quatre tapes lmentaires : Recherche dune cible Cette tape consiste pour un utilisateur A identier une cible dsigner digne dintrt ; cette cible est choisie en fonction des objectifs de la tche raliser (voir gure 2.6a page suivante). Dsignation dune cible Une fois la cible trouve, lutilisateur A la dsigne son partenaire B ; la cible est alors mise en surbrillance de faon tre vue des autres utilisateurs (voir gure 2.6b page suivante).
5. namd sarrte automatiquement lorsquil estime que les perturbations produisent trop dincohrences.

53

Chapitre 2. Shaddock Plateforme de manipulation collaborative de molcules Acceptation dune cible Lutilisateur B peut alors accepter ou non cette dsignation ; sil accepte la dsignation, la cible est colore de la couleur du curseur de lutilisateur B (voir gure 2.6c) ; tant quelle nest pas accepte, la rsidu reste en surbrillance jusqu ce que la requte soit accept ou modie par lutilisateur A. Slection dune cible Lutilisateur B ayant accept doit maintenant slectionner la cible pour achever le processus de dsignation ; tant que lutilisateur B na pas slectionn le rsidu cibl, le processus ne peut pas tre considr comme termin et leet de surbrillance reste actif ; lorsque la cible est slectionne, le processus de manipulation reprend normalement (voir gure 2.6d).

(a) Recherche dune cible

(b) Cible dsigne

(c) Cible accepte

(d) Cible slectionne

Figure 2.6 Les quatre tapes de la dsignation (utilisateur A en rouge et utilisateur B en jaune)

54

Chapitre

3
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 56 56 58 59 59 62 67 67 71 79 80 80 81

Recherche collaborative de rsidu sur une molcule

Sommaire
3.1 3.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Exploration et slection collaborative . . . . 3.2.1 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.2 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.3 Prsentation de lexprimentation . . . . . . 3.3.1 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . 3.3.2 Spcicits du protocole exprimental . . . . 3.4 Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.4.1 Amlioration des performances en binme . . 3.4.2 Stratgies de travail . . . . . . . . . . . . . . 3.4.3 Rsultats qualitatifs . . . . . . . . . . . . . . 3.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.5.1 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . 3.5.2 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

55

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule

3.1

Introduction

Ltat de lart du premier chapitre nous a permis didentier les principales tches lmentaires concernant linteraction en environnement virtuel : les pcv. Dans cette premire tude, nous souhaitons tudier les premires pcv qui sont lexploration et la slection (voir gure 1.20 page 37) dans un contexte de manipulation molculaire collaborative. Le processus dexploration et de slection est primordial toute manipulation ultrieure. Dans ce chapitre, nous commencerons par prsenter les travaux existants en matire dexploration et de slection en environnement virtuel. Puis nous prsenterons les objectifs de cette tude pour aboutir sur un protocole exprimental. Les rsultats de lexprimentation seront analyss et discuts dans la dernire partie.

3.2
3.2.1

Exploration et slection collaborative

Travaux existants

Lexploration et la slection en environnement virtuel sont des tches lmentaires relativement peu explores en environnement virtuel, notamment dans le domaine de la biologie molculaire. Pourtant, des travaux en biologie molculaire existent dans les environnements rels mais les contraintes techniques sont trs direntes de celles en environnement virtuel ; nous ne nous tendrons pas sur ce sujet. Actuellement, les tches dexploration et de recherche collaborative sont principalement destines aux applications pour les moteurs de recherche. M. R. Morris [2007] souligne que la coopration dans ce domaine existe dj sur Internet mais que les changes entre les utilisateurs sont encore trop peu exploits. Sur cette base, Pickens et Golovchinsky [2007] propose un systme pour la recherche collaborative o des utilisateurs la recherche dinformations peuvent changer de manire synchrone les rsultats intermdiaires an de progresser plus rapidement. En environnement virtuel, Wernert et Hanson [1999] propose simplement une exploration collaborative de lenvironnement virtuel ; un guide permet lutilisateur dexplorer plus ecacement un environnement quil ne connait pas. partir de ce travail, Hughes et Lewis [2002] proposent une tche de recherche base sur le principe du guidage mais en supprimant la col56

3.2. Exploration et slection collaborative laboration ; le guide est un algorithme qui suggre lutilisateur les zones dintrt. Lobjectif premier de lexploration dans notre cas est de pouvoir slectionner une zone dintrt aprs lavoir identie. En biologie molculaire, les logiciels les plus utiliss tel que pymol ou vmd proposent des moteurs de slection base de chane de caractres. Par exemple, pour slectionner tous les atomes de type C, O, N ou CA, on utilisera les commandes suivantes dans pymol pymol > select mysel , name c + o + n + ca

ou dans vmd vmd > set mysel [ atomselect " top " " name C or name O \ or name N or name CA "]

Cependant, ces mthodes de slection ne sintgrent dans aucun processus dexploration : les zones dintrt doivent dj tre identies avant de procder ce type de slection. vmd propose ce type dexploration avec une souris et permet la slection laide dune mthode de picking 1 . Cependant, la slection par picking est limite par les problmes de perception de la profondeur. Direntes approches non collaboratives ont t tudies pour la slection en environnement molculaire virtuel. Par exemple, Pavlovi et al. [1996] propose une plateforme permettant dinteragir avec les molcules en utilisant la voix et les gestes. Cependant, les techniques de segmentation de la parole et des gestes sont encore imprcises. On trouve galement les travaux de Polys et al. [2004] qui proposent une interaction avec une wand 2 ou encore les travaux de Obeysekare et al. [1996] permettant linteraction gestuelle avec un gant sur un Workbench 3 . Ces dispositifs sont relativement diciles dployer pour des applications collaboratives (multiplication de matriel, accs aux ressources matrielles, etc.). De plus, les tches de manipulation tudies sont extrmement simplies et nont pas dapplication relle en biologie molculaire. Cependant, certains travaux se sont consacrs la mise en place dune plateforme pour des tches pertinentes. Par exemple, Levine et al. [1997] proposent une plateforme dinteraction avec un environnement molculaire virtuel an dexplorer un complexe ligand-protine pour raliser un docking
1. Le picking consiste identier llment point par la souris (2d) dans lenvironnement virtuel (3d). 2. Dispositif dinteraction en ralit virtuelle permettant la manipulation sur 6 ddl et disposant de boutons comme une souris. 3. Dispositif dachage permettant lachage en 3d stroscopique sur deux crans.

57

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule molculaire. Cependant, le docking molculaire seectue ici sur des corps rigides pour simplier la complexit de lexploration. On trouve galement les travaux de Frey et al. [2008] mais l encore, il sagit de corps rigides. Cependant, Delalande, Frey, Laurent et al. [2010] proposent une plateforme en utilisant des priphriques haptiques pour aider la localisation de ponts ioniques au sein dune simulation molculaire en temps-rel sur des corps exibles. Cependant, les travaux ont volu vers des corps exibles avec Delalande, Frey, Laurent et al. [2010] qui utilisent les priphriques haptiques pour aider la localisation de ponts ioniques au sein dune simulation molculaire en temps-rel. Linterface haptique utilise permet de ressentir les forces en action dans la simulation et ainsi amliorer le processus dexploration et de slection. Cette brve bibliographie montre que les tudes manquent concernant les processus dexploration et de slection en evc. Ce chapitre a pour but de proposer une tche de recherche collaborative dans un environnement molculaire virtuel an didentier les avantages et les limites de cette approche.

3.2.2

Objectifs

Dans ce chapitre, nous abordons les tches dexploration et de slection dans un evc. La recherche au sein dune simulation molculaire est une tche trs complexe en raison du grand nombre datomes et de la exibilit de la molcule. Nous proposons dtudier la distribution des charges de travail pour la ralisation de cette tche. Les objectifs de cette premire tude sont multiples. Tout dabord, nous souhaitons observer les performances compares dun travail autonome face une conguration de travail collaborative. Notre hypothse va dans le sens dune amlioration des performances pour les congurations de travail collaboratives sur des tches de nature complexe. De plus, nous souhaitons observer les stratgies de travail qui pourraient merger de cette collaboration. Nous supposons que les stratgies vont varier dun groupe lautre en fonction des anits et des connaissances intrinsques du groupe. Ensuite, nous nous intressons plus prcisment aux avis des utilisateurs. Nous supposons que la conguration collaborative est plus apprci des utilisateurs grce lmulsion sociale qui nat des interactions et de la communication entre les manipulateurs. 58

3.3. Prsentation de lexprimentation Enn, nous souhaitons valider lutilisabilit de la plateforme de manipulation propose an damliorer lergonomie des outils proposs. Lvaluation sera cone aux sujets. Lobjectif est didentier les faiblesses pour proposer des solutions dans les versions ultrieures Shaddock. Les objectifs sont rsums sous forme dhypothses dans la section B.1.1 page 214.

3.3

Prsentation de lexprimentation

An de rpondre nos hypothses de travail rsumes dans la section B.1.1 page 214, nous dcrivons ici la tche propose aux sujets pour rpondre aux objectifs xs.

3.3.1

Description de la tche

La tche propose consiste trouver des rsidus au sein dune molcule puis les extraire hors de la molcule. Les rsidus sont des groupes datomes sassociant les uns aux autres le long dune chane carbone pour former une molcule. Trois molcules sont proposes dans le cadre de cette exprimentation. La molcule trp-zipper sera utilise pour la procdure dapprentissage. Les molcules trp-cage et Prion sont utilises pour la tche de recherche et dextraction de rsidus : 5 rsidus rechercher et extraire sont proposs sur chaque molcule. Les molcules trp-cage et Prion sont utilises pour la tche de recherche et dextraction de rsidus : chaque molcule possde 5 rsidus extraire. Tous les rsidus rechercher sont achs dans la table 3.1 page suivante. Pour une description prcise des molcules, se reporter la section A.2 page 209. La gure 3.1 page 61 montre la rpartition des rsidus sur les deux molcules. Chaque rsidu possde ses propres caractristiques (position, couleur, etc.) orant des niveaux de complexit dirents comme on peut le voir dans la table 3.2 page 63. Les critres de complexit utiliss sont les suivants : Nombre de rsidus Le nombre total de rsidus prsents dans la molcule. Un nombre important de rsidus surcharge visuellement lenvironnement virtuel et augmente le nombre de cibles potentielles. Position Le rsidu peut se trouver soit la priphrie de la molcule (position externe) ou au centre de la molcule (position interne). Un rsidu 59

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule

Table 3.1 Liste des rsidus recherchs

(a) Residus sur la molcule trp-cage (b) Residus sur la molcule Prion

Rsidu R1

Image

Rsidu R6

Image

R2

R7

R3

R8

R4

R9

R5

R10

60

3.3. Prsentation de lexprimentation

Figure 3.1 Rpartition des rsidus sur les molcules

trp-cage
R1 R3 et R8

R4 et R9

R2 et R7

Prion

R5 et R10

R6

61

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule en position externe ne ncessite pas de dformer la molcule pour lidentier et latteindre contrairement un rsidu en position interne dont laccs sera plus complexe. Forme La forme du rsidu est un motif graphique plus ou moins complexe identier. On distingue trois formes direntes : Chane Une chane datomes (la plupart du temps carbons) avec des atomes dhydrogne de chaque ct ; dicile identier par sa forme relativement neutre. Cycle Une chane ferme datomes de carbone ou dazote ; facile identier par sa forme trs spcique. toile Sries de chanes datomes toutes relies sur un atome central (la plupart du temps, un atome de carbone) ; assez facile identier. Couleurs Les atomes sont colors en fonction de leur nature (rouge pour loxygne, blanc pour lhydrogne, etc.). Les atomes rares sont donc facilement identiables grce leur couleur singulire. Par contre, les atomes nombreux (comme les hydrognes ou les carbones) seront plus diciles identier cause de leur frquence dapparition leve. Similarit Certains rsidus cherchs sont trs similaires dautres rsidus galement prsents sur la molcule. Les rsidus similaires possdent un atome de moins ou de plus par rapport au rsidu recherch. cause de cette similarit, les sujets vont mobiliser une partie du temps identier des rsidus incorrects. La tche propose ncessite deux tapes. Selon Bowman [1999], on distingue tout dabord ltape dexploration. Pour explorer la molcule an didentier la cible recherche, les sujets disposent de loutil grab. Lorsque la cible recherche est identie, les sujets commencent la seconde tape : la slection. Pour eectuer cette tape de slection, les sujets disposent de loutil tug. Les outils grab et tug sont dcrits dans la section 2.4.2 page 51.

3.3.2

Spcicits du protocole exprimental

Lexprimentation est base sur le dispositif exprimental dcrit dans le chapitre A page 207. Cependant, certains choix exprimentaux concernant cette exprimentation sont dtaills dans les sections suivantes. La mthode exprimentale, prsente dans la section B.1 page 214, est rsume dans la table 3.3 page 66. 62

3.3. Prsentation de lexprimentation

Table 3.2 Critres de complexit des rsidus Carbone en cyan, Azote en bleu, Oxygne en rouge et Soufre en jaune Rsidu R1 R2 R3 R4 R5 R6 R7 R8 R9 R10 Nombre de rsidus 20 20 20 20 20 112 112 112 112 112 Position Interne Interne Interne Externe Externe Interne Externe Externe Interne Interne Forme Cycle toile Cycle Chane Chane Chane toile Cycle Chane Chane Couleurs 8 C, 1 A 1 C, 3 A 6 C, 1 O 4C 4 C, 1 A 2 C, 2 S 1 C, 3 A 6 C, 1 O 4C 4 C, 1 A Similarit prsente Non Non Non Non Non Non Non Non Oui Oui

63

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule Matriel utilis Cette premire exprimentation propose aux sujets deectuer une recherche de rsidus au sein dune molcule de taille importante. Les sujets disposent de deux outils de dformation tug. Cependant, un outil dorientation de la molcule est mis disposition pour des raisons dtailles dans la section 3.3.2. Un outil supplmentaire ncessite quelques modications logistiques. Loutil dorientation de la molcule est assur par un phantom Omni R associ loutil grab (voir section 2.4.2 page 51). Lajout dun outil ncessite galement lajout dun ordinateur comme serveur vrpn. Linterface est place devant le sujet en charge de cet outil. Durant lexprimentation, le rsidu rechercher est ach aux sujets pendant toute la dure de la tche. An de ne pas perturber la scne virtuelle, le rsidu est ach sur un cran lcd 17 pouces plac sur la table devant les sujets. Pour terminer, cette exprimentation doit nous permettre galement didentier les contraintes en communication dune tche collaborative. Cest pourquoi nous enregistrons tous les changes oraux entre les sujets laide dun microphone install sur la table, face aux sujets. Lenregistrement est assur par le logiciel Audacity R . Un ltrage du bruit de fond est eectu a fortiori an de rendre les enregistrements plus audibles. La gure 3.2 page ci-contre est un schma rcapitulatif de la disposition des tous les lments dans la salle dexprimentation. La gure 3.3 page suivante est une photographie de la salle dexprimentation. Visualisation et reprsentation La reprsentation des molcules utilises dans cette exprimentation est la reprsentation classique dcrite dans la section A.2.2 page 209. Lillustration des molcules trp-cage et Prion telles quelles taient reprsentes durant lexprimentation sont aches sur la gure 3.1 page 61. Outils de manipulation Durant cette tche de recherche, nous donnons aux utilisateurs la possibilit de dformer la molcule laide de loutil tug. Cependant, an de fournir un moyen dexplorer la molcule sous tous les angles, nous proposons galement un outil dorientation de la molcule. Sans un tel outil, laccs tout rsidu qui se trouverait derrire la molcule ncessiterait une longue et fastidieuse dformation. 64

3.3. Prsentation de lexprimentation

Figure 3.2 Schma du dispositif exprimental

Figure 3.3 Photographie du dispositif exprimental 65

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule Cet outil, concrtis par une interface haptique associ loutil grab, permet de slectionner la molcule puis de la dplacer et de lorienter. Aucune modication de loutil propos par vmd na t apporte. Cependant, loutil nest pas partag entre les utilisateurs ; au dbut de lexprimentation, il est demand aux sujets de choisir celui qui sera en charge de cet outil de manipulation et ceci, tout au long de lexprimentation. Ce choix a t fait pour limiter les conits entre les deux utilisateurs pendant la phase de recherche et de slection. Il est noter que pour les monmes, le sujet na accs qu un seul outil de dformation et un outil de manipulation.

Table 3.3 Synthse de la mthode exprimentale Tche Hypothses Variables indpendantes Recherche et slection de motifs H1 H2 H3 H4 Amlioration des performances en binme Stratgies variables en fonction des binmes Les sujets prfrent le travail en binme Bonne utilisabilit de la plateforme

Vi1 Nombre de sujets Vi2 Rsidu chercher Vd1 Vd2 Vd3 Vd4 Vd5 Vd6 Temps de ralisation Distance entre les espaces de travail Communication verbales Anits entre les sujets Force moyenne applique par le sujet Rponses qualitatives
Conditions C5 C8 Sujet A 10 rsidus Binme AB 10 rsidus Sujet B 10 rsidus Conditions C9 C10 Binme AB 10 rsidus Sujet A 10 rsidus Sujet B 10 rsidus

Variables dpendantes

Conditions C1 C4 Sujet A 10 rsidus Sujet B 10 rsidus Binme AB 10 rsidus

66

3.4. Rsultats

3.4

Rsultats

Cette section prsente et analyse lensemble des mesures exprimentales de cette premire tude concernant la recherche et la slection sur une tche complexe de collaboration. Les donnes, confrontes un test de Shapiro et Wilk [1965], ne sont pas distribues selon une loi normale. Cependant, un test de Brown et Forsythe [1974] permet de conrmer lhomoscedasticit. Lanalyse de la variance est alors pratique laide dun test de Friedman [1940] adapt pour les variables intra-sujets non-paramtriques. Il est noter que les donnes compares entre les monmes et les binmes ne sont pas du mme ordre de grandeur (24 monmes face 12 binmes). An de pouvoir eectuer une comparaison du mme ordre de grandeur, les donnes des sujets ayant fait partie dun mme binme ont t moyennes. Ainsi, pour chaque variable correspond une donne en monme et une donne en binme.

3.4.1

Amlioration des performances en binme

Dans cette section, nous tudions lvolution des performances en prsentant les donnes et les analyses statistiques dans un premier temps, puis une discussion critique de ces rsultats dans un second temps. Donnes et statistiques 400 temps (s) 300 200 100 0 R1 R2 R3 R4 R5 R6 rsidus R7 R8 R9 R10

Figure 3.4 Temps de ralisation par rsidu La gure 3.4 prsente le temps de ralisation Vd1 pour lidentication et lextraction de chaque rsidu Vi2 . Lanalyse montre quil y a un eet signi67

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule catif des rsidus Vi2 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 163.1, df = 9, p 0.05). Un test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] permet de dterminer que les rsidus R6 , R9 et R10 obtiennent des temps de ralisation signicativement plus longs de 263.4 % que les autres rsidus. x Monme x Binme

400 temps (s) 300 200 100 0 R1 R2

R3

R4

R5 R6 rsidus

R7

R8

R9

R10

Figure 3.5 Temps de ralisation compars (monme ou binme) par rsidu

La gure 3.5 prsente les temps de ralisation Vd1 de chaque rsidu Vi2 en fonction du nombre de participants Vi1 . Lanalyse ne montre pas deet signicatif du nombre de participants Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 3, df = 1, p = 0.082). Cependant, en se limitant aux groupes des trois rsidus R6 , R9 et R10 identis prcdemment comme signicativement plus longs trouver et extraire, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de participants Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 7.7, df = 1, p = 0.006) ; le temps de ralisation pour ces rsidus est infrieur de 24.3 %. La gure 3.6 page ci-contre prsente les temps de recherche et de slection par rsidu Vi2 . Lanalyse montre un eet signicatif des rsidus Vi2 sur les temps de recherche (2 = 97.6, df = 9, p 0.05). Un test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] permet de dterminer que les rsidus R9 et R10 obtiennent des temps de recherche signicativement plus longs de 825.8 % que les autres rsidus. Lanalyse montre galement un eet signicatif des rsidus Vi2 sur les temps de slection (2 = 72.8, df = 9, p 0.05). Un test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] permet de dterminer que le rsidu R6 obtient un temps de slection signicativement plus long de 430.2 % que les autres rsidus. 68

3.4. Rsultats x Recherche x Slection

400 temps (s) 300 200 100 0 R1 R2

R3

R4

R5 R6 rsidus

R7

R8

R9

R10

Figure 3.6 Temps de recherche et de slection compars par rsidu Analyse et discussion Les cinq rsidus R1 , R2 , R3 , R4 et R5 sont au sein de la molcule trp-cage qui en compte un nombre total relativement limit (20 rsidus). Durant la phase dexploration, les sujets construisent rapidement une carte mentale de la molcule ce qui leur permet didentier rapidement les rsidus recherchs. De plus, les faibles contraintes physiques de la molcule (nergie totale du systme peu leve cause du faible nombre datomes) la rende facile dformer et permet un accs rapide aux structures internes. Cela facilite la recherche des rsidus qui sont dans une position interne la molcule et qui ncessitent une dformation plus importante an de pouvoir lextraire. Tous ces facteurs rendent les tches de recherche et de slection peu complexes sur la molcule trp-cage ce qui explique des temps de ralisation de la tche trs courts, aussi bien pour les monmes que pour les binmes. Les cinq rsidus R6 , R7 , R8 , R9 et R10 sont au sein de la molcule Prion qui en compte un nombre total relativement important (112 rsidus). La construction complte dune carte mentale est trs complexe cause du nombre importants datomes qui sont continuellement en mouvement (d la simulation en temps-rel). Les sujets ntant jamais confronts plus de deux fois la mme tche (une fois en monme et une fois en binme), le phnomne dapprentissage ne peut pas tre eectu. En eet, les sujets ne se souviennent pas de la position dun rsidu dune confrontation lautre (contrairement la molcule trp-cage pour certains cas). Les sujets adoptent une stratgie en plusieurs tapes en fonction de la caractristique de la tche et du rsidu trouver. Tout dabord, une recherche exploratoire permet didentier les rsidus R7 et R8 qui se trouvent en position externe. 69

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule Ensuite, lorsque cette premire tape exploratoire ne permet pas didentier le rsidu recherch, les sujets dforment la molcule an daccder aux rsidus R6 , R9 et R10 qui se trouvent en position interne. Le travail en binme compar au travail en monme ne montre pas damlioration signicative bien que la p-value soit trs proche du seuil de signicativit. Cependant, un test post-hoc a permis de didentier les rsidus R6 , R9 et R10 comme ayant un temps de ralisation signicativement plus long. Sur ce groupe de rsidus plus complexes, les binmes obtiennent une amlioration signicative des performances par rapport aux monmes. Ce rsultat conrme notre hypothse H1 exclusivement sur des tches de fortes complexit. Comme dvelopp dans la procdure exprimentale, le temps de ralisation de la tche peut tre spar en deux parties : le temps de recherche et le temps de slection (voir gure B.1 page 216). Les rsidus R9 et R10 se distinguent par un temps de recherche signicativement plus long que les autres rsidus (except R6 ). En eet, ces deux rsidus sont en prsence dautres rsidus similaires au sein de la mme molcule (voir table 3.2 page 63). Ces similarits ont pour eet de monopoliser lattention des sujets ce qui provoque une hausse signicative du temps de recherche du rsidu au sein de la molcule. De la mme faon, le rsidu R6 se distingue par un temps de slection signicativement plus long que les autres rsidus (except R9 et R10 ). Ce rsidu possde deux atomes de Soufre de couleur jaune. Cette particularit aisment identiable malgr le nombre important datomes de la molcule. Le temps de recherche est alors extrmement court. Cependant, ce rsidu est positionn au centre de la molcule. Laccs au rsidu ncessite de dplier en grande partie la molcule an de pouvoir le slectionner et lextraire. Lanalyse du rapport entre les temps de recherche et de slection met en vidence trois congurations en fonction des dirents rsidus : Temps de recherche et de slection gaux Les sujets ont un temps similaire allou ltape de recherche et de slection. Les rsidus concerns ne prsentent pas de forte complexit (tous les rsidus de la molcule trp-cage et les rsidus R7 et R8 de la molcule Prion) et sur lesquels, le travail collaboratif namliore pas les performances. Temps de recherche prdominant Les sujets ont un temps important allou lidentication du rsidu recherch. Une fois identi, le rsidu est facile slectionner puis extraire. Les rsidus R9 et R10 sont concerns. Dans cette conguration, le travail collaboratif amliore signicativement les performances. En eet, ltape de recherche est fortement paralllisable : lespace de recherche est spar entre les sujets 70

3.4. Rsultats (stratgie diviser pour rgner). Temps de slection prdominant Les sujets ont un temps important allou la slection et lextraction du rsidu recherch. Le rsidu est rapidement identi mais il est dicile dy accder directement. Une phase de dformation est ncessaire pour le slectionner. Le rsidu R6 est concern. Dans cette conguration, le travail collaboratif amliore signicativement les performances. En eet, ltape de dformation bncie dune action coordonne entre les sujets : leort dploy est alors plus important et le contrle sur la dformation meilleur ce qui permet une ralisation de la tche plus rapide.

3.4.2

Stratgies de travail

Dans cette section, nous mettons en avant les direntes stratgies adoptes par les sujets laide dune analyse statistiques des donnes. Donnes et analyses Dans cette section, les donnes concernent exclusivement les binmes. Une numrotation des binmes a t eectue an de pouvoir comparer les mesures eectues et ainsi, tudier les direntes stratgies. 20 16 12 8 4 0 distance (mm)

G1

G2

G3

G4

G5

G6 G7 binmes

G8

G9

G10

G11

G12

Figure 3.7 Distance moyenne entre les sujets pour chaque binme sur les rsidus R6 , R9 et R10 La gure 3.7 prsente la distance moyenne entre les espaces de travail Vd2 de chaque binme. Les binmes peuvent tre classs en trois catgories : espace distant, espace voisin et espace proche. La gure 3.8 page suivante prsente les anits Vd4 de chaque binme. Les notes, comprises entre un et cinq, montrent que les binmes choisis ont des 71

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule 5 4 3 2 1 0

anit (15)

G1

G2

G3

G4

G5

G6 G7 binmes

G8

G9

G10

G11

G12

Figure 3.8 Anit entre les sujets pour chaque binme anits relativement varies. Lanit entre les sujets du binmes G1 est trs basse contrairement aux binmes G8 et G12 pour lesquelles lanit est trs leve. 300 250 200 150 100 50 0

temps (s)

G1

G2

G3

G4

G5

G6 G7 binmes

G8

G9

G10

G11

G12

Figure 3.9 Temps de ralisation entre les sujets pour chaque binme La gure 3.9 prsente les temps de ralisation Vd1 de chaque binme. Le temps de ralisation de G1 est particulirement important (plus dune fois et demi les binmes les plus longs). loppos, on note que G2 , G3 et G4 obtiennent des temps de ralisation extrmement bas. La gure 3.10 page ci-contre prsente les temps de communication verbale Vd3 de chaque binme. G2 , G3 et G4 ont des temps infrieurs 20 s. loppos, G1 , G5 et G11 ont des temps qui approche les 60 s. La gure 3.11 page suivante prsente les pourcentages des temps de communication verbale durant la phase de recherche et durant la phase de slection de chaque binme par rapport au temps total de ralisation de la tche. Le pourcentage reprsente le rapport du temps de communication verbale durant la phase recherche ou de slection rapport respectivement au temps total de la phase de recherche ou de slection. Les binmes G1 G4 ainsi que G9 communiquent plus durant la phase de slection. Les binmes G5 G8 et 72

3.4. Rsultats

70 60 50 40 30 20 10 0

temps (s)

G1

G2

G3

G4

G5

G6 G7 binmes

G8

G9

G10

G11

G12

Figure 3.10 Temps de communication verbale entre les sujets pour chaque binme

100 temps (%) 75 50 25 0 G1 G2

x Recherche

x Slection

G3

G4

G5

G6 G7 binmes

G8

G9

G10

G11

G12

Figure 3.11 Pourcentage de temps de communication verbale pendant la recherche et la slection entre les sujets pour chaque binme

73

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule G10 G12 communiquent plus durant la phase de recherche. Notons galement que G1 communique assez peu par rapport aux autres binmes. 3 force (N) 2 1 0 G1 G2 G3 G4 G5 G6 G7 binmes G8 G9 G10 G11 G12 x Force moyenne x Dirence de force

Figure 3.12 Force moyenne et dirence de force entre les sujets pour chaque binme La gure 3.12 reprsente la force moyenne applique par les sujets Vd5 et la dirence de force entre les sujets. La dirence de force est la dirence entre les forces moyennes de chaque sujet. G9 et G11 apporte un eort moyen trs important par rapport aux autres binmes. G2 , G3 et G4 apporte un eort moyen important galement tout en ayant une dirence de force quasiment nulle entre les deux membres du binme. Lensemble des rsultats et analyses prcdentes permet de direncier les binmes ce qui conrme notre hypothse H2 . Les binmes se direncient pas des stratgies de travail variables. Les sections suivantes caractrisent les direntes stratgies de travail en fonction de plusieurs paramtres (distance entre les espaces de travail, anits, temps de ralisation de la tche, communication verbale, forces moyennes appliques). Trois stratgies sont dcrites, distingues en fonction des distances entre les espaces de travail. Collaboration en champ proche pour les distances infrieures 8 mm ; Collaboration en champ voisin pour les distances comprises entre 8 mm et 14 mm ; Collaboration en champ distant pour les distances suprieures 14 mm. Les mesures de distances sont donnes dans le rfrentiel du monde rel. Collaboration en champ proche Caractristiques La collaboration en champ proche, infrieures 8 mm, correspond, dans lenvironnement virtuel, des distances infrieures 10 74

3.4. Rsultats ce qui est environ lenvergure dun rsidu 4 . 8 binmes sur 12 sont concerns par cette catgorie (binmes G5 , G6 , G7 , G8 , G9 , G10 , G11 et G12 ). tant donn la distance infrieure 10 , les binmes concerns manipulent en collaboration troite sur les mmes rsidus. Ces binmes se caractrisent par une forte anit ( = 4) : ce sont des collgues ou des amis (voir gure 3.8 page 72). Daprs la gure 3.9 page 72, ces binmes obtiennent des temps de ralisation de la tche moyens.

Partage de la tche La gure 3.12 page prcdente montre de fortes disparits entre les binmes concernant la force moyenne applique pendant la manipulation. Des observations pendant lexprimentation ont permis didentier deux stratgies adoptes par les sujets : par contrle o les deux sujets eectuent la mme action pour obtenir un meilleur contrle sur les structures manipules ; par guidage o un des deux sujets indique son partenaire la dformation eectuer ou la position atteindre. Le partage des tches est donc trs dirent selon les initiatives de chacun des sujets. Cependant, les binmes se distribuent mal la charge de travail comme le montre les dirences importantes entre les forces appliques par les deux sujets (voir gure 3.12 page ci-contre). En eet, seul un des deux sujets ralise une grande partie de la tche raliser. Le second sujet joue plutt le rle du suiveur.

Communication Les temps de communication verbale sur la gure 3.11 page 73 montrent une disparit entre les sujets. Les binmes passent plus de temps communiquer pendant la phase de recherche que pendant la phase de slection (except pour G9 ) ce qui met en vidence les dicults du travail en champ proche lies aux nombreux conits de coordination pendant la phase de recherche. En eet, les binmes doivent coordonner leurs mouvements de manipulation pour dplacer un rsidu et cette coordination ncessite une communication verbale importante. La collaboration est alors troitement couple mais il en rsulte une perte de temps cause du temps allou la communication. Dailleurs, lanalyse des communications verbales a permis de mettre en vidence de nombreuses incomprhensions dans linter-rfrencement ( Pas dans cette direction , Pas ici mais ici , Cest juste derrire , etc.). En eet, la grande complexit des tches ainsi quune conscience incomplte de lenvironnement et de ltat de son partenaire provoque des inter-rfrencements imprcis entrainant une mauvaise
4. dsigne lngstrm qui est une unit de mesure telle que 1 = 1010 m

75

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule coordination. Ces conits de coordination et ces incomprhensions diminuent les performances globales du binme. Collaboration en champ voisin Caractristiques La collaboration en champ voisin, comprises entre 8 mm et 14 mm, correspond, dans lenvironnement virtuel, des distances de lordre de rsidus voisins (entre 10 et 20 ). 3 binmes sur 12 se trouvent dans cette catgorie (binmes G2 , G3 et G4 ). Ces binmes travaillent en collaboration relativement troite sur des rsidus voisins. La gure 3.13 montre la dpendance physique ou structurelle entre les rsidus voisins. En eet, les rsidus interagissent entre eux travers diverses forces physiques : plus les distances sont courtes, plus les contraintes physiques sont fortes. La gure 3.8 page 72 montre que les binmes concerns ont des anits moyennes ( = 3) : ce sont des collgues de bureau ou dquipe ne travaillant pas forcment sur les mmes projets. Ces binmes obtiennent de trs bonnes performances sur les temps de ralisation de la tche gure 3.9 page 72.

Close macrostructures
Physical dependencies

Connected residues
Structural dependencies

Figure 3.13 Couplage physique et structure entre les rsidus

Partage de la tche La gure 3.12 page 74 illustre une bonne rpartition des eorts entre les deux membres du binme. En eet, la force moyenne est assez leve par rapport la plupart des autres binmes ce qui montre quaucun des deux sujets nest moins actif (ce qui entranerait une force moyenne moins leve). La dirence des forces moyennes quasi-nulle entre les deux sujets conrme ce rsultat. Ceci sexplique par une bonne coordination entre les sujets pendant laquelle les deux membres du binme vont eectuer des actions complmentaires mais de mme intensit. La stratgie adopte peut tre dnie comme une stratgie par manipulation complmentaire : les deux 76

3.4. Rsultats sujets sont attentifs aux actions de leur partenaire an davoir un meilleur contrle du processus de dformation par une coordination amliore.

Communication La communication verbale est faible comme le montre la gure 3.10 page 73. La manipulation en champ voisin permet dtre continuellement conscient des actions du partenaire (grce la vision priphrique) ce qui limite les communications verbales. Cependant, les sujets manipulent des rsidus dirents restreignant ainsi les conits de coordination par rapport la collaboration en champ proche. De plus, la gure 3.11 page 73 montre un nombre de conits de coordination plus faible pendant la phase de recherche. En eet, la communication verbale est nettement moins importante pendant la phase de recherche que pendant la phase de slection. Lanalyse des communication verbales met en vidence des phases de communication de coordination ( Maintenant, prends a , peux-tu maider ici ? , Bien ! , etc.). Les performances des binmes travaillant en champ voisin sont relativement leves bien que quelques conits de coordination similaires ceux rencontrs dans une collaboration en champ proche soient prsents. Cependant, le nombre de conits de coordination est plus limit.

Collaboration en champ distant Caractristiques La collaboration en champ voisin, suprieures 14 mm, correspond, dans lenvironnement virtuel, des rsidus sans interaction physique (suprieur 20 ). 1 binme sur 12 est concern par cette catgorie (binme G1 ). Ce binme travaille de faon faiblement couple. En eet, les membres de ce binme travaillent de faon compltement indpendante, en limitant au maximum le nombre dinteractions. Les anits des membres de ce binme sont trs faibles (voir gure 3.8 page 72) : les membres ne se connaissent presque pas. Le binme obtient de trs mauvaises performances en ce qui concerne le temps de ralisation de la tche comme le montre la gure 3.9 page 72.

Partage de la tche La gure 3.12 page 74 montre un eort moyen appliqu par les binmes peu lev (compar aux stratgies de collaboration en champ voisin). De plus, les forces moyennes appliques par chacun des deux sujets sont trs ingales. Il y a une mauvaise rpartition de la charge de travail au sein du binme. 77

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule Communication La gure 3.10 page 73 montre que le temps de communication verbale est assez important. Cependant, le temps de ralisation tant nettement plus important, le taux de communication verbale est beaucoup plus faible que les autres binmes (voir gure 3.11 page 73). En eet, les membres du binme travaillent distance et ont peu dinteractions entre eux. Le peu dinteraction permet de limiter le nombre de conits de coordination ce qui implique le peu de communication verbale comme on peut le voir sur la gure 3.11 page 73. Cette gure montre galement que ce binme communique plus dans les phases de slection que dans les phases de recherche. En eet, les phases de slection forcent une collaboration troite (spcicit de la tche propose) et favorisent les conits de coordination. Cependant, les phases de recherche permettent aux sujets de manipuler de manire distante. Ainsi, ils se dnissent leur propre espace de travail mais galement leur propre stratgie en fonction des vnement locaux leur espace de travail. Pourtant, la phase de slection ncessite une collaboration troite et si les stratgies sont direntes, il en rsulte de mauvaises performances d au temps important pour se coordonner nouveau.

Synthse des stratgies de travail Les binmes sont susceptibles dadopter une des trois stratgies de travail vues dans les sections prcdentes. Pour certaines, les interactions en champ distants semblent convenir mais au dtriment des performances : la collaboration est quasiment inexistante. Dautres binmes interagissent en champ proches et obtiennent des performances moyennes : la collaboration est troitement couple mais soure des nombreux conits de coordination. Cependant, ce sont les interactions en champs voisins qui produisent les meilleures performances. En eet, les conits de coordination sont plus limits que pour des interactions en champ proche mais la collaboration est tout de mme couple. Les rsultats montrent la fois de bonnes performances en terme de temps de ralisation mais aussi en terme de rpartition des charges de travail tout en limitant les communication verbales. La plupart du temps, les communications verbales sont destines la rsolution de conits de coordination : elles sont trs chronophages et peuvent tre vites. Cest pour cette raison que nous proposerons des outils haptiques pour amliorer cette gestion des conits de coordination (voir chapitre 6 page 137).

78

3.4. Rsultats

3.4.3

Rsultats qualitatifs

Les rsultats qualitatifs sont constitus de deux parties. La premire permet de dterminer les impressions des sujets concernant la collaboration, les rles et ecacit de chacun pendant la tche. La seconde partie a pour but dvaluer la plateforme 5 .

valuation du travail en collaboration Les rsultats du questionnaire montre quune majorit des sujets de cette exprimentation ont apprci et prfr la ralisation de la tche en conguration collaborative ( = 3.6, = 0.5). De plus, le sentiment deectuer une tche en collaboration est fort. Lhypothse H3 est conrme par les sujets qui prfrent le travail en collaboration que le travail en monme. Durant les tches collaboratives, les sujets considrent quils ont eectivement contribus la ralisation de la tche ( = 3.1, = 0.9). Cependant, les sujets considrent quils ne se sont imposs ni en meneur ou ni en suiveur ( = 2, = 0.5). En eet, des questions supplmentaires ont permis de mettre en vidence que chaque sujet a tendance surestimer le rle du partenaire ( 70 %). propos de la communication, les participants estiment quils exploitent principalement la communication verbale ( = 3.5, = 0.6) et, dans une proportion plus faible mais tout de mme importante, virtuelle ( = 2.5, = 0.8). En ce qui concerne la communication gestuelle, ils la considrent quasiment inexistante ( = 0.5, = 1). La communication gestuelle nest pas ou peu utilise. La principale raison est la dicult de communiquer avec des gestes lorsque les mains sont occupes par la manipulation. Les sujets ont rapidement adopt la dsignation virtuelle qui est plus prcise et plus adapte dans les phases de dsignation qui constituent la plupart des besoins de communication. La communication verbale reste le principal moyen de communication : cest la manire la plus naturelle de communiquer. Cependant, il vient aussi en soutien de la dsignation virtuelle. En eet, aucun outil visuel ou haptique na t fourni pour eectuer des dsignations et le curseur ne sut pas toujours remplir cette mission.
5. Lchelle de notation est comprise entre 1 et 5 mais les moyennes ont t normalises entre 0 et 4.

79

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule valuation du systme Lvaluation du systme en terme dutilisabilit est relativement satisfaisante. En eet, en ce qui concerne les graphismes et les eets visuels, les participants les ont trouv accessibles ( = 2.8, = 0.8). De la mme faon, lutilisabilit des moyens dinteraction avec le systme sont bien nots ( = 2.9, = 0.8). En terme de confort dutilisation, les eets visuels ( = 2.7, = 0.7) et les interactions ( = 2.7, = 0.8) sont bien valus galement. L encore, les rsultats permettent de valider lhypothse H4 . La plateforme est relativement bien value. Il semble cependant ncessaire dapporter encore des amliorations an de rpondre au mieux aux attentes des utilisateurs. Ces rsultats sont cependant nuancer. Les cart-types sont relativement levs ce qui veut dire quil y a de fortes disparits dans ces notations entre les dirents sujets : certains sujets se sont dclars plutt insatisfaits concernant le confort (visuel : 2, interaction : 2). De plus, les outils proposs pendant cette exprimentation sont relativement simples et peu envahissants. Des outils plus complexes, plus informatifs seraient peut-tre moins intuitifs au premier abord et pourrait mener un inconfort.

3.5
3.5.1

Conclusion
Rsum des rsultats

Dans ce chapitre, nous avons observ et compar les performances de monmes et de binmes pendant une tche dexploration et de slection sur une simulation molculaire en temps-rel. Lobjectif tait de montrer lintrt de la distribution des charges de travail pour lamlioration des performances puis didentier les direntes stratgies de travail. De plus, il fallait valider la pertinence de la plateforme mise en place. Les approches collaboratives ont prouv leur intrt, notamment sur les tches les plus complexes. Cependant, la complexit dune tche est relativement dicile tablir. Au-del des facteurs de position, de couleur ou de forme, le nombre datomes de la molcule (et donc le nombre de rsidus) semble jouer un rle important dans cette complexit. Un grand nombre datomes surcharge lenvironnement virtuel qui est dicile apprhender. Un deuxime facteur de complexit constat durant lexprimentation, est lamplitude des contraintes physiques de la molcule. Certaines parties de la 80

3.5. Conclusion molcule sont dans un tat de stabilit susamment dense pour quil soit dicile den dformer les rsidus. En observant et en analysant les direntes stratgies de travail, il ressort que les interactions en champ proche et les interactions en champ distant ne sont pas des stratgies trs ecaces. En eet, le nombre de conits de coordination durant les interactions en champ proche est trop important alors que le potentiel de la collaboration est perdu dans les interactions en champ distant. Ce sont les interactions en champ voisin qui ore les meilleures performances, gnrant un bon compromis en terme de communication et de gestion des conits de coordination. Enn, les relations sociales entre les dirents membres du binme tiennent une place importante. Les rsultats montrent que tout dsquilibre dans le binme mne des performances dgrades ce qui rejoint les conclusions de Woolley et al. [2010].

3.5.2

Synthse et perspectives

Bass sur les rsultats prcdents, certaines perspectives assez videntes simposent et ont guid les exprimentations qui suivent. Tout dabord, pour observer en dtail le travail collaboratif et ses avantages, il semble ncessaire de proposer des tches susamment complexes ; soit des tches fortes zones de contraintes (voir chapitre 4 page 83) ; soit la manipulation de molcules de taille importante (voir chapitre 5 page 113). Les direntes stratgies observes ont permis de mettre en vidence lintrt de la collaboration en champ voisin. Il semble ncessaire de favoriser ce type de collaboration par des tches stimulantes et des outils dinteraction adapts. Lvaluation qualitative par questionnaire apporte galement de nombreuses rponses intressantes. Tout dabord, les sujets ont mis en avant la communication visuelle dans levc au dtriment de la communication gestuelle. Des observations durant les phases exprimentales nous ont permis de constater que ce moyen de communication est principalement utilis pour eectuer des dsignations. Proposer des outils adapts aux contraintes de la dsignation en environnement complexe semble tre une rponse pertinente. Enn, ces valuations qualitatives ont permis de conrmer une utilisabilit acceptable de levc Shaddock. Des amliorations sont cependant ncessaires en ce qui concerne le rendu visuel et les interactions. De nombreux sujets ont par exemple demand une mise en surbrillance du rsidu survol avec le curseur. Une assistance haptique pour la slection (en percevant les cibles de manire haptique) est galement une des amliorations possibles. 81

Chapitre 3. Recherche collaborative de rsidu sur une molcule

82

Chapitre

4
84 84 84 85 86 86 89 95 95

Dformation collaborative de molcule

Sommaire
4.1 4.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Dformation collaborative dans un environnement virtuel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.2.1 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.2.2 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3 Prsentation de lexprimentation . . . . . . . . 4.3.1 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . . . 4.3.2 Spcicits du protocole exprimental . . . . . . 4.4 Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.4.1 Amlioration des performances en binme . . . . 4.4.2 volution des performances en fonction des critres de complexit de la tche . . . . . . . . . . 4.4.3 Amlioration de lapprentissage pour les binmes 4.4.4 Rsultats qualitatifs . . . . . . . . . . . . . . . . 4.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.5.1 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . 4.5.2 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . . . .

. . . . .

. 100 . 105 . 110 111 . 111 . 112

83

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule

4.1

Introduction

La prcdente exprimentation nous a permis dtudier les premires pcv que sont lexploration et la slection. An de complter notre tude, nous souhaitons prsent nous intresser au processus de dformation. En eet, la dformation est une tche permettant de stimuler les actions coordonnes pour une collaboration troitement couple. Actuellement, des environnements virtuels existent pour manipuler des molcules rigides pour eectuer un docking molculaire comme les travaux de Levine et al. [1997] ou encore de Frey et al. [2008]. Cependant, an deectuer un docking molculaire avanc, il est ncessaire de pouvoir dformer la molcule. Ceci est rendu possible par lavnement des simulations molculaires interactives en tempsrel, notamment avec imd dvelopp par Stadler et al. [1997] ou encore Rossi et al. [2007]. Plus rcemment, Delalande, Frey, Grasseau et al. [2009] ont galement amen une pierre ldice avec mdDriver pour permettre une simulation molculaire en temps-rel base sur dirents moteurs de simulation (namd ou Gromacs). Puis, Delalande, Frey, Laurent et al. [2010] amliorent la manipulation et la dformation interactive par lutilisation dune interface haptique. Dans ce chapitre, nous souhaitons tudier la pertinence dune conguration collaborative pour apprhender la dformation dune molcule. De plus, nous aborderons la question de lapprentissage au sein dun binme. En eet, certains lments de la premire exprimentation semblent indiquer quune conguration collaborative stimule lapprentissage, que ce soit pour lutilisation des outils, de la plateforme ou encore pour la tche raliser.

4.2
4.2.1

Dformation collaborative dans un environnement virtuel

Travaux existants

Lutilisation de retours haptiques pour la dformation dobjets exibles nest pas une ide nouvelle. Par exemple, W. Shen et al. [2006] proposent une solution pour dformer des objets non-rigides laide de retour haptique. Les objets concerns sont de faible complexit, comme des sphres par exemple. Puis, les travaux de thse Peterlk [2009] abordent les dformations de tissus cellulaires. L encore, les tche proposes sont de faible complexit et nont pas dapplication concrte. 84

4.2. Dformation collaborative dans un environnement virtuel Cependant, an deectuer des dformations complexes, certains chercheurs se sont intresss aux processus de dformation collaboratifs dans les evc. Smengen et al. [2007] proposent une plateforme permettant la dformation de maillages destins des simulations dobjets dformables (tissus, organes, etc.) dans un evc ; la simulation de lobjet dformable est partitionne en fonction des zones de travail des dirents utilisateurs. De son ct, Tang et al. [2010] proposent une plateforme client/serveur de dformation collaborative de maillages. La prsentation de ces deux plateformes de collaboration distante se focalisent principalement sur les contraintes techniques sans aborder les contraintes de la collaboration. J. Mller et al. [2006] dveloppent le logiciel Clayworks, complt plus tard par Gorlatch et al. [2009], permettant la sculpture virtuelle sur glaise. Dans cette tude, les problmatiques daccs exclusif certains objets ou certaines parties dun objet sont brivement voques an de faciliter la coordination des dirents acteurs. Tous les travaux prsents ci-dessus proposent une dformation collaborative distante o chaque utilisateur eectue une dformation dans une rgion restreinte o lui seul peut agir. De cette manire, les contraintes lies la collaboration entre les acteurs sont en grande partie vites. Pour cette raison, ce sont principalement les contraintes techniques de la collaboration qui sont abordes mais ni les conits entre utilisateurs, ni les aspects de communication ne sont voqus.

4.2.2

Objectifs

Ce chapitre nous permettra daborder les problmatiques de dformation collaborative. La dformation dune molcule ncessite de positionner certains lments de manire prcise. Cette tche ncessite plus de prcision que lexploration et la slection car les cibles doivent tre dplaces vers un endroit dni. Nous souhaitons comparer les performances sur une tche ncessitant de la coordination pour les tapes de dformation. Ltude met en jeu un nombre de ressources xe pour la tche de dformation pour comparer une distribution des ressources (conguration monomanuelle en binme) une mutualisation des ressources (conguration bimanuelle en monme). En eet, la premire tude nous a permis de mettre en avant les contraintes dune conguration collaborative en terme de temps de communication. Paradoxalement, les utilisateurs qui manipulent seuls sont confronts une charge de travail importante. En fournissant un nombre de ressources xe (deux outils de dformation), nous souhaitons comparer la capacit de coordination dun binme, aux capacits de traitement dun monme face 85

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule une importante charge de travail. Dans notre hypothse, nous pensons que les binmes en conguration monomanuelle sont plus performants que les monmes en conguration bimanuelle. Dans un second temps, nous souhaitons dnir un lien entre la complexit de la tche et le nombre de sujets impliqus. En eet, les tches complexes fournissent une charge de travail trs importante ; plus cette charge de travail est importante et plus les monmes devraient prouver des dicults traiter lensemble de cette charge. Nous mettons lhypothse que les tches les plus complexes, reprsentant la plus grande charge de travail, obtiendront de meilleures performances avec la conguration collaborative. Enn, cette seconde tude va nous permettre dobserver leet du travail collaboratif sur lapprentissage. Nous comparons les performances des monmes et des binmes concernant la ralisation dune mme tche rpte plusieurs fois. Nous supposons que la facilitation sociale (voir section 1.3.2 page 20) et la communication qui a lieu lors dun travail collaboratif va permettre aux binmes dapprhender plus rapidement la plateforme, les outils ou encore la tche. Les objectifs sont rsums sous forme dhypothses dans la section B.2.1 page 217.

4.3
4.3.1

Prsentation de lexprimentation
Description de la tche

La tche propose est la dformation de molcules complexes dans un evc. Lobjectif est de modier la conformation initiale dune molcule pour atteindre une conformation stable, une tche relativement proche du docking molculaire. Trois molcules sont utilises dans le cadre de cette exprimentation. Prion est une molcule trs complexe et sera simplement utilis dans la phase dentranement. trp-zipper et trp-cage seront chacune utilises dans deux scnarios distincts. Ces molcules sont dtailles dans la section A.2.1 page 209. An de pouvoir valuer la dformation eectue, un score est ach en tempsrel en haut de lcran (voir gure 4.1 page ci-contre). Le score ach est le rmsd (voir quation 4.1 page suivante) qui mesure lcart gomtrique entre 86

4.3. Prsentation de lexprimentation deux conformations dune mme molcule. RMSD (c, m) = 1 N
N

ci mi
i=1

(4.1)

o N est le nombre total datomes et ci , mi sont respectivement les atomes i de la molcule comparer c et de la molcule modle m.

Score RMSD

Figure 4.1 Achage de la molcule dformer et de la molcule cible Les scnarios de distinguent par dirents critres de complexit : Niveau de dformation Deux niveaux dirents de dformation sont proposs : inter-molculaire et intra-molculaire (voir section 1.2.2 page 6) ; Nombre datomes Cest le nombre total datomes que contient la molcule manipuler ; Rsidu libre Cest le nombre de rsidus de la molcules non xs dans la simulation qui sont dformables ; Cassure Elles reprsentent les jointures entre les structures secondaires, formant des courbures prononces diciles maintenir en place ; 87

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule Champ de force Cest lintensit des forces dans les zones de dformation ; il exprime lnergie minimum ncessaire dployer pour atteindre lobjectif et se traduit par trois niveaux (faible, moyen et fort). Bas sur ces dnitions, quatre scnarios sont proposs dont les critres de complexit sont rsums dans la table 4.1 page suivante : Scnario 1a Cette tche concerne la manipulation de la molcule trpzipper lchelle inter-molculaire. Un rsidu lextrmit de la chane carbone 1 est x an dancrer la molcule dans la scne virtuelle et viter que la molcule sorte du champ de vision. Les onze autres rsidus de cette molcule sont libres de mouvement ce qui en fait une molcule assez exible avec un champ de force contrainte moyenne. La forme gnrale de la molcule peut tre compare un V : la chane de rsidus de la molcule contient une cassure. La dicult de ce scnario rside dans la ncessit de maintenir les rsidus dj placs pendant que le reste de la molcule est dforme. Scnario 1b Cette tche concerne la manipulation de la molcule trpcage lchelle inter-molculaire. Comme le scnario 1a, elle contient un rsidu xe une extrmit. Les dix-neuf autres rsidus sont libres de mouvement ce qui en fait une molcule assez exible avec un champ de force moyennement contraint. La forme gnrale de la molcule peut tre compare un W : la chane de rsidus de la molcule contient deux cassures. Ce scnario est plus dicile que le scnario 1a car le nombre datomes placer est plus lev et quil est ncessaire de maintenir en place deux cassures. Scnario 2a Cette tche concerne la manipulation de la molcule trpzipper lchelle intra-molculaire. Seulement trois rsidus sont laisss libres et les autres rsidus sont xs. Le champ de force au sein de la zone de dformation pour cette molcule est trs faible et aucune cassure nest former. Cependant, la dicult de ce scnario rside dans la prcision de la dformation ncessaire. En eet, plutt que de modier la position des rsidus, ce scnario ncessite la modication de lorientation dun rsidu avec une prcision accrue dans la slection et la dformation des atomes. Scnario 2b Cette tche concerne la manipulation de la molcule trpcage lchelle intra-molculaire. Seulement six rsidus sont laisss libres et les autres rsidus sont xs. Le champ de force au sein de la zone de dformation est trs important et lnergie quil est ncessaire
1. La molcule forme une chane carbone ; il sagit ici dune des extrmits de cette chane carbone.

88

4.3. Prsentation de lexprimentation de dployer est importante. Cette dformation ne peut tre ralise quavec la manipulation simultane et coordonne de deux rsidus an de recrer la cassure. Table 4.1 Paramtres de complexit des tches Scnario Niveau de dformation Nombre datomes Rsidus libres Cassure Champ de force 1a inter 218 11 1 Moyen 1b inter 304 19 2 Moyen 2a intra 218 3 0 Faible 2b intra 304 7 1 Fort

4.3.2

Spcicits du protocole exprimental

Lexprimentation, base sur le dispositif exprimental prsent dans le chapitre A page 207, a subi quelques modications qui seront dtailles dans les sections suivantes. Un rsum de la methode exprimentale se trouve dans la table 4.2 page 94 quon pourra retrouver de manire dtaille dans la section B.2 page 217.

Matriel utilis Pour cette seconde exprimentation, une unique modication a t eectue par rapport la plateforme de base prsente dans la section A.1 page 208. Loutil grab qui tait assur par un phantom Omni R et permettant dorienter la molcule a t remplace par une souris 3d SpaceNavigator R . Cette souris ne ncessite pas dordinateur supplmentaire et peut tre connecte directement la machine principale sur laquelle vmd est excut. Elle est place sur la table entre les deux sujets et chaque sujet peut lutiliser comme il le souhaite : nous crons ainsi articiellement un point de conit pour laccs cet outil. Lobjectif est de stimuler les interactions. Les gure 4.2 page suivante et gure 4.3 page suivante illustrent par un schma et une photographie le dispositif exprimental. 89

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule

Figure 4.2 Schma du dispositif exprimental

Figure 4.3 Photographie du dispositif exprimental 90

4.3. Prsentation de lexprimentation Visualisation et reprsentation Dans cette seconde exprimentation, quatre scnarios sont proposs et prsents dans la section 4.3.1 page 86. Les rendus graphiques de base sont utiliss pour acher les molcules correspondantes (voir section A.2.2 page 209). Cependant, les sujets doivent galement avoir accs aux informations concernant lobjectif : la molcule dans son tat stable. Cette molcule est ache avec un rendu NewRibbon transparent et les atomes ne sont pas achs. Cet achage trs synthtique permet de ne pas surcharger la scne. La gure 4.4, la gure 4.5 page suivante, la gure 4.6 page suivante et la gure 4.7 page 93 reprsentent respectivement les scnarios 1a, 1b, 2a et 2b tels quils sont achs pour la ralisation de la tche.

Structure xe

Structure stable

Structure dformer

Figure 4.4 Reprsentation de la molcule trp-zipper pour le scnario 1A Pour nir, an daider les sujets trouver lemplacement nal du rsidu slectionn, un achage du rsidu correspondant est eectu sur la molcule stable. Ce rsidu est reprsent par un rendu cpk color de la couleur du curseur du sujet concern comme on peut le voir sur la gure 4.8 page 95. Outils de manipulation Suite la premire exprimentation, nous avons remis en cause la prsence de loutil dorientation de la molcule. En eet, bien que ncessaire dans 91

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule

Structure xe

Structure stable

Structure dformer

Figure 4.5 Reprsentation de la molcule trp-cage pour le scnario 1B

Structure dformer Rsidu xe

Structure stable Figure 4.6 Reprsentation de la molcule trp-zipper pour le scnario 2A

92

4.3. Prsentation de lexprimentation Rsidu xe

Structure dformer Structure stable Figure 4.7 Reprsentation de la molcule trp-cage pour le scnario 2B

certains cas, certains sujets nont pas russi sapproprier rapidement loutil grab. Un bio-informaticien nous a suggr lutilisation dune souris 3d, outil plus appropri pour lorientation dune molcule. En eet, les contraintes mcaniques de linterface haptique provoquait une problmatique dinteraction connue sous le nom de dbrayage [Dominjon 2006]. La souris 3d ne soure pas dune telle contrainte mcanique. Cet outil permettant de direncier facilement les translations et les rotations, nous avons choisi de ne conserver que les ddl en rotation. Cela vite que les sujets puisse sortir la molcule de lcran tout en conservant la possibilit de lobserver sous tous les points de vue. Les binmes tant dans une conguration monomanuelle, ils peuvent accder loutil dorientation de la molcule sans relcher loutil de dformation ; ce nest pas le cas des monmes en conguration bimanuelle. An de compenser ce dsavantage et de conserver une quit entre les monmes et les binmes, une dformation ne peut pas tre eectue lorsque loutil dorientation est utilis ; toutes les slections en cours sont dsactives. 93

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule

Table 4.2 Synthse de la procdure exprimentale Tche Hypothses Dformation dune molcule H1 H2 H3 H4 Amlioration des performances en binme binmes plus performants sur les tches complexes Apprentissage plus performant en binme Les sujets prfrent le travail en collaboration

Variables indpendantes

Vi1 Nombre de sujets Vi2 Complexit de la tche Vi3 Niveau dapprentissage Vd1 Vd2 Vd3 Vd4 Vd5 Vd6 Temps de ralisation Nombre de slections Distance passive entre les espaces de travail Distance active entre les espaces de travail Vitesse moyenne Rponses qualitatives
Conditions C4 C6 1 sujet Bimanuel Scnario Scnario Scnario Scnario 1b 1a 2b 2a Conditions C7 C9 2 sujets Monomanuel Scnario Scnario Scnario Scnario 1a 1b 2a 2b Conditions C10 C12 2 sujets Monomanuel Scnario Scnario Scnario Scnario 1b 1a 2b 2a

Variables dpendantes

Conditions C1 C3 1 sujet Bimanuel Scnario Scnario Scnario Scnario 1a 1b 2a 2b

94

4.4. Rsultats Rsidu xe Rsidu slectionn

Molcule cible

Rsidu cible

Molcule dformer

Figure 4.8 Illustration des rendus pour lachage de la molcule

4.4

Rsultats

Cette section prsente et analyse lensemble des mesures exprimentales de cette seconde tude concernant la dformation de molcules complexes en conguration collaborative. Les donnes, confrontes un test de Shapiro et Wilk [1965], ne sont pas distribues selon une loi normale. Cependant, un test de Brown et Forsythe [1974] permet de conrmer lhomoscedasticit. Lanalyse de la variance est alors pratique avec dirents tests statistiques suivant les cas : test de Friedman [1940] sur les variables intra-sujets non-paramtriques ; test de Kruskal et Wallis [1952] sur les variables inter-sujets nonparamtriques.

4.4.1

Amlioration des performances en binme

Tout dabord, nous prsentons les donnes accompagnes des analyses statistiques. Puis nous discuterons lvolution des performances entre les monmes et les binmes pour la ralisation de cette tche. 95

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule Donnes et statistiques 200 temps (s) 150 100 50 0 monme binme nombre de sujets

Figure 4.9 Temps de ralisation en fonction du nombre de sujets La gure 4.9 prsente le temps de ralisation Vd1 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil y a un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 4.9, df = 1, p = 0.027) avec une diminution de 11.7 %. 3 distance (mm) 2 1 0 x monme x binme

passive distance

active

Figure 4.10 Distance passive et active entre les eecteurs terminaux en fonction du nombre de sujets La gure 4.10 prsente la distance passive Vd3 et active Vd4 entre les eecteurs terminaux en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la distance passive Vd3 (2 = 2.8, df = 1, p = 0.092). Cependant, lanalyse montre quil y a un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la distance active Vd4 (2 = 21.6, df = 1, p 0.05) ; la distance active est suprieure de 37 % pour les binmes. 96

4.4. Rsultats On peut galement comparer les distances passives et active en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil y a un eet signicatif de la nature de la distance (passive ou active) au sein dun monme (2 = 42.6, df = 1, p 0.05) ; la distance active est infrieure de 36.6 %. Par contre, lanalyse ne montre pas deet signicatif de la nature de la distance (passive ou active) au sein dun binme (2 = 2.5, df = 1, p = 0.114). nombre de slections (nb) 50 40 30 20 10 0 monme binme nombre de sujets x main dominante x main domine

Figure 4.11 Nombre de slections par main dominante/domine en fonction du nombre de sujets La gure 4.11 prsente le nombre de slections par main dominante/domine Vd2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Les binmes nutilisant que leur main dominante, il ny a pas de rsultat pour la main domine ; le rsultat utilis est donc la somme des slections par main dominante des membres du binme. On constate un dsquilibre du nombre de slections entre la main dominante et la main domine pour les monmes. En comparant la somme des mains domine et dominante des monmes avec le nombre de slections total des binmes, lanalyse montre quil y a un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre total de slections Vd2 (2 = 6.3, df = 1, p = 0.012) ; le nombre de slections est suprieur de 37.6 % pour les binmes. Le nombre de slections pour la main dominante comptabilise les slections des deux sujets du binme contrairement aux monmes : ceci explique le nombre plus lev de slections en binmes. Cependant, si on compare le nombre moyen de slections par sujet seulement pour la main dominante, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre de slections Vd2 (2 = 0, df = 1, p = 0.912). La gure 4.12 page suivante prsente la vitesse moyenne des eecteurs terminaux Vd5 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la vitesse moyenne Vd5 (2 = 122.6, 97

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule x main dominante x main domine

1.5 vitesse (mm/s) 1.0 0.5 0

monme binme nombre de sujets

Figure 4.12 Vitesse moyenne de la main dominante et domine en fonction du nombre de sujets df = 1, p 0.05) avec une augmentation de 56.6 %. Lanalyse montre un dsquilibre de vitesse entre la main dominante et domine des monmes avec un eet signicatif (2 = 51.1, df = 1, p 0.05) ; la vitesse moyenne de la main dominante est suprieure de 40.4 % celle de la main domine. Lanalyse montre galement un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la vitesse moyenne Vd5 de la main dominante (2 = 23, df = 1, p 0.05) ; la vitesse moyenne de la main dominante est suprieure de 25 % chez les binmes. Analyse et discussion Le premier rsultat sur la gure 4.9 page 96 nous permet de conrmer notre hypothse H1 : les binmes sont plus performants que les monmes. La suite de lanalyse va mettre en avant les paramtres qui amnent un gain de performances ainsi que les scnarios les plus adapts la conguration de travail collaborative. Pour commencer, les distances moyennes entre les eecteurs terminaux nous permettent de constater un dsequilibre de performances entre les monmes et les binmes (voir gure 4.10 page 96). En eet, la distance passive entre les eecteurs terminaux est plus importante pour les monmes que pour les binmes. Cependant, la distance active montre un eet inverse. En eet, la manipulation bimanuelle (pour les monmes) constitue une charge de travail importante. Le sujet doit alors tre capable de grer deux eecteurs terminaux simultanment. Cette conguration a amen la plupart des sujets en monme utiliser un seul eecteur terminal en laissant le second sur le ct 98

4.4. Rsultats an que le curseur ne gne pas lcran. La main domine nest utilise que dans les cas o le sujet estime que cest absolument ncessaire pour achever la tche. Le second outil de dformation tant plac sur le ct de lcran, la mesure de distance passive mesure nest pas reprsentative de lespace de travail o le sujet est actif. La distance active permet dviter ce biais de mesure. En eet, cette mesure ne prend en compte que les phases dactivit dun eecteur terminal. On constate alors que les binmes couvrent un plus grand espace de travail (voir gure 4.10 page 96). Les monmes couvrent un espace de travail plus restreint car ils ne peuvent pas focaliser visuellement sur plusieurs zones de travail simultanment. Par consquent, les deux eecteurs terminaux se trouvent toujours proche de la zone de manipulation, dans la zone de focus visuel du sujet. La gure 4.11 page 97 conrme ce dsquilibre. En eet, on constate un nombre total de slections plus grand pour les binmes (19.4 slections) que pour les monmes (14.1 slections). L encore, le sujet eectuant la tche en monme nexploite pas pleinement les deux outils en sa possession : la charge de travail est trop importante. En eet, la Thorie des Ressources Multiples (trm), propose par Wickens [1984], considre que la gestion de plusieurs ressources pour la mme modalit est impossible. Cependant, les analyses statistiques montre que loutil utilis par la main dominante obtient un taux dutilisation identique entre les monmes et les binmes. Les binmes en conguration monomanuelle rpartissent correctement la charge de travail entre les deux ressources disponibles ce qui nest pas le cas des monmes. Cependant, on constate tout de mme que loutil utilis par la main dominante nest pas tout fait aussi performant chez les monmes que chez les binmes. En eet, lanalyse montre une dirence signicative sur la mesure de la vitesse. La conguration bimanuelle provoque une squentialit dans les actions du sujet : il manipule avec un outil, puis avec lautre mais rarement les deux en mme temps. Cette squentialit a pour eet des pauses rgulires pour chaque outil ce qui explique une vitesse moyenne moins leve. Cette section nous a permis de constater que le travail en binme permet de meilleures performances que le travail en monme. Une analyse plus dtaille a mis en avant la dicult du travail en conguration bimanuelle : la charge de travail assumer avec deux outils est trop importante. Cette dicult a pour eet de fortement dgrader le taux dutilisation de loutil associ la main domine. On constate galement une lgre baisse de lutilisation de loutil associ la main dominante. Pour rsumer, il est prfrable de distribuer les ressources disponibles (outil de dformation dans notre cas) 99

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule entre plusieurs sujets.

4.4.2

volution des performances en fonction des critres de complexit de la tche

Dans cette section, nous nous intressons plus prcisment la complexit de la tche et son inuence sur le nombre de sujets. Les donnes et les analyses statistiques, prsentes en premier, sont discutes par la suite. Donnes et statistiques

250 200 temps (s) 150 100 50 0 1a 1b scnario Figure 4.13 Temps de ralisation des scnarios La gure 4.13 prsente le temps de ralisation Vd1 (temps cumul des monmes et des binmes) en fonction de la complexit de la tche Vi2 . Lanalyse montre un eet signicatif de la complexit de la tche Vi2 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 59.2, df = 3, p 0.05). Un test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] permet de trier les scnarios en deux classes de complexit : {1a, 2a} et {1b, 2b}. La gure 4.14 page ci-contre prsente le temps de ralisation Vd1 des dirents scnarios Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . En regroupant les scnarios par classe de complexit, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 pour les scnarios 1a et 2a (2 = 0.1, df = 1, p = 0.713). Cependant, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 pour les scnarios 1b et 2b (2 = 10.4, df = 1, p = 0.001) ; le temps de ralisation des binmes est infrieur de 18.4 %. 100 2a 2b

4.4. Rsultats

250 200 150 100 50 0

x monme

x binme

temps (s)

1a

1b scnario

2a

2b

Figure 4.14 Temps de ralisation des scnarios en fonction du nombre de sujets

nombre de slection (nb)

100 75 50 25 0 1a

x monme

x binme

1b scnario

2a

2b

Figure 4.15 Nombre de slections pour chaque scnario en fonction du nombre de sujets

101

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule La gure 4.15 page prcdente prsente le nombre de slections Vd2 des diffrents scnarios Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . En regroupant les scnarios par classe de complexit, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre de slections Vd2 pour les scnarios 1a et 2a (2 = 11.5, df = 1, p 0.05) ; le nombre de slections est suprieur de 62.2 % pour les binmes. Cependant, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre de slections Vd2 pour les scnarios 1b et 2b (2 = 0.4, df = 1, p = 0.504). 2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 0 x monme x binme

distance (mm)

1a

1b scnario
(a) Distance passive

2a

2b

2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 0

x monme

x binme

distance (mm)

1a

1b scnario
(b) Distance active

2a

2b

Figure 4.16 Distance passive et active entre les eecteurs terminaux sur chaque scnario en fonction du nombre de sujets La gure 4.16 prsente les distances passives Vd3 et actives Vd4 des dirents scnarios Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . En regroupant les scnarios par classe de complexit, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la distance passive Vd3 pour les scnarios 1a et 2a (2 = 6.3, df = 1, p = 0.012) ; la distance passive des binmes est infrieure de 13.8 % On nobserve pas deet signicatif sur les scnarios 1b et 2b (2 = 1.6, 102

4.4. Rsultats df = 1, p = 0.207). Cependant, on constate un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la distance active Vd4 pour les scnarios 1a et 2a (2 = 17.3, df = 1, p 0.05), avec une augmentation de la distance active pour les binmes de 57.9 %, ainsi que sur les scnarios 1b et 2b (2 = 9.7, df = 1, p = 0.002) avec une augmentation de 23.6 %. 2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 0 x monme x binme

vitesse (mm/s)

1a

1b scnario

2a

2b

Figure 4.17 Vitesse moyenne sur chaque scnario en fonction du nombre de sujets La gure 4.17 prsente la vitesse moyenne Vd5 des dirents scnarios Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . En regroupant les scnarios par classe de complexit, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la vitesse moyenne Vd5 pour les scnarios 1a et 2a (2 = 32.2, df = 1, p 0.05) ; la vitesse moyenne des binmes est suprieure de 44.8 %. De mme, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la vitesse moyenne Vd5 pour les scnarios 1b et 2b (2 = 72.5, df = 1, p 0.05) ; la vitesse moyenne des binmes est suprieure de 69.2 %. Analyse et discussion Lanalyse du temps de ralisation des direntes tches ainsi que la table 4.1 page 89 nous permet de classier ces tches par niveau de complexit : les scnarios 1a et 2a sont relativement simples alors que les scnarios 1b et 2b sont complexes. En eet, les scnarios 1a et 2a concernent la molcule trp-zipper contenant peu datomes et de rsidus dformer. Par contre, les scnarios 1b et 2b, dont le nombre datomes et de rsidus libres est plus important, est constitu de champ de force fortes contraintes physiques et ncessit la formation de plusieurs cassures. En observant les dirences de performances entre les monmes et les binmes sur la gure 4.14 page 101, on constate que la conguration collaborative na 103

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule amlior ses performances que dans le cas des tches complexes. Ces tches ont la particularit de ncessiter une coordination entre les deux outils de dformation. En eet, en observant la gure 4.16a page 102, lanalyse de la distance active montre une dirence signicative entre les monmes et les binmes pour les scnarios simples. Selon les rsultats de la section prcdente (voir section 4.4.1 page 95), les monmes ont tendance dlaisser le deuxime outil. Loutil dlaiss augmente ainsi la valeur de la distance passive mesure en tant mis lcart. En observant seulement les scnarios simples 1a et 2a, on constate que la distance passive des monmes est plus importante que celle des binmes. On en conclue que la complexit de ces scnarios noblige pas eectuer une manipulation bimanuelle et que la tche peut tre acheve avec un seul outil. Il y a donc peu dintrt eectuer ces tches peu complexes en conguration collaborative puisquaucune amlioration signicative des performances nest constate. Pour les scnarios complexes, lanalyse ne montre pas de dirence signicative de la distance passive entre les monmes et les binmes. Pour ces scnarios, lutilisation du deuxime outil est ncessaire et malgr la charge de travail importante que cela reprsente pour les monmes, la tche est ralise laide des deux outils (conguration bimanuelle). La conguration monomanuelle adopte dans ce cas par les binmes permet de meilleures performances (voir gure 4.14 page 101) pour une distance active similaire (voir gure 4.16b page 102). En eet, lespace de travail couvert par les monmes est identique celui des binmes mais leur incapacit traiter cette charge de travail supplmentaire les rend moins performants. Lanalyse du nombre de slections vient appuyer ces conclusions. En eet, les monmes eectuent moins de slections que les binmes dans la ralisation des scnarios simples. Cependant, on comptabilise un nombre de slections similaire entre les monmes et les binmes sur les scnarios complexes avec des performances moins leves pour les monmes. Dans cette section, nous avons montr que les amliorations de performances des binmes par rapport aux monmes taient trs lies la complexit de la tche. En eet, sur des tches de faible complexit, les monmes obtiennent de bonnes performances (malgr une manipulation monomanuelle) pendant que les binmes sourent de conits de coordination : les performances sont similaires. Cependant, dans le cas de tches complexes, les conits de coordination ne sont pas susamment prjudiciables et la collaboration permet dobtenir de meilleures performances que le travail individuel. Dans la section prcdente, nous avons montr que la conguration bimanuelle ne permet 104

4.4. Rsultats pas dgaler les performances dun travail en collaboration. Compltons cette conclusion par le fait quelle est surtout vraie pour les scnarios complexes.

4.4.3

Amlioration de lapprentissage pour les binmes

Nous tudions leet du nombre de sujets sur lapprentissage dans cette section. Les graphiques accompagns danalyses statistiques sont prsents puis discuts dans un second temps. Donnes et statistiques

200 150 100 50 0

temps (s)

2 essai

Figure 4.18 Temps de ralisation de chaque essai La gure 4.18 prsente le temps de ralisation Vd1 des dirents essais Vi3 . Lanalyse montre un eet signicatif du numro de lessai Vi3 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 20.2, df = 2, p 0.05). Un test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] montre une volution signicative entre le premier essai et le deuxime essai (diminution de 19 %) ainsi quentre le deuxime essai et le troisime (diminution de 18.7 %). La gure 4.19 page suivante prsente le temps de ralisation Vd1 des dirents essais Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 pour le premier essai (2 = 1.3, df = 1, p = 0.263), le deuxime essai (2 = 1.2, df = 1, p = 0.276) ou le troisime essai (2 = 2.5, df = 1, p = 0.115). Cependant, lanalyse montre un eet signicatif du numro de lessai Vi3 sur le temps de ralisation Vd1 pour les monmes (2 = 7.1, df = 2, p = 0.028) et pour les binmes (2 = 19.8, df = 2, p 0.05). Un test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] montre une 105

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule x monme x binme

200 150 100 50 0

temps (s)

2 essai

Figure 4.19 Temps de ralisation de chaque essai en fonction du nombre de sujets volution signicative pour les monmes partir de dernier essai avec une diminution de 23.9 % alors que lvolution est signicative ds le deuxime essai pour les binmes avec une diminution de 24.6 %. nombre de slections (nb) 100 75 50 25 0 1 2 essai 3 x monme x binme

Figure 4.20 Nombre de slections de chaque essai en fonction du nombre de sujets La gure 4.20 prsente le nombre de slections Vd2 des dirents essais Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre de slections Vd2 pour le premier essai (2 = 3.3, df = 1, p = 0.068) ou le troisime essai (2 = 0.1, df = 1, p = 0.715). Cependant, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre de slections Vd2 pour le deuxime essai (2 = 3.8, df = 1, p = 0.05) suprieur de 29.7 %. De plus, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du numro de lessai Vi3 sur le nombre de slections Vd2 pour les monmes (2 = 0.5, df = 2, 106

4.4. Rsultats p = 0.763). Cependant, lanalyse montre un eet signicatif du numro de lessai Vi3 sur le nombre de slections Vd2 pour les binmes (2 = 9.1, df = 2, p = 0.011). Le test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] montre une diminution signicative du nombre de slections pour les binmes entre le premier et le dernier essai avec une diminution de 33.3 %. 2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 0 x monme x binme

distance (mm)

2 essai

Figure 4.21 Distance active entre les eecteurs terminaux pour chaque essai en fonction du nombre de sujets La gure 4.21 prsente la distance active Vd4 des dirents essais Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . tant donn le biais de mesure dcrit dans la section 4.4.1 page 95, la distance passive na pas t prise en considration. Lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la distance active Vd4 pour le premier essai (2 = 21.4, df = 1, p 0.05), suprieur de 74.7 % pour les binmes et pour le deuxime essai (2 = 8.5, df = 1, p = 0.004) suprieur de 32.7 % pour les binmes mais pas pour le troisime essai (2 = 0.8, df = 1, p = 0.362). De plus, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du numro de lessai Vi3 sur la distance active Vd4 pour les binmes (2 = 2.6, df = 2, p = 0.275). Cependant, lanalyse montre un eet signicatif du numro de lessai Vi3 sur la distance active Vd4 pour les monmes (2 = 7.3, df = 2, p = 0.025). Un test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] montre une augmentation signicative de 50.9 % entre le premier essai et le troisime essai. La gure 4.22 page suivante prsente la vitesse moyenne Vd5 des dirents essais Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la vitesse moyenne Vd5 pour le premier essai (2 = 50, df = 1, p 0.05) suprieur de 77.6 % pour les binmes, le second essai (2 = 25.6, df = 1, p 0.05) suprieur de 41.5 % pour les 107

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule x monme x binme

2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 0

vitesse (mm/s)

2 essai

Figure 4.22 Vitesse moyenne pour chaque essai en fonction du nombre de sujets binmes et le troisime essai (2 = 33.1, df = 1, p 0.05) suprieur de 55.8 % pour les binmes. De plus, lanalyse montre un eet signicatif du numro de lessai Vi3 sur la vitesse moyenne Vd5 pour les monmes (2 = 40.5, df = 2, p 0.05) et les binmes (2 = 9, df = 2, p = 0.011). Le test post-hoc de Mann et Whitney [1947] avec une correction de Holm [1979] montre dans chaque cas (monme et binme) une augmentation signicative aprs le premier essai (augmentation de 43.6 % pour les monmes et de 14.4 % pour les binmes). Analyse et discussion Lobservation des temps de ralisation de la tche (voir gure 4.18 page 105) nous permet de caractriser un apprentissage rel sur lensemble des trois ralisations de la tche. Le dtail de lapprentissage en fonction du nombre de sujets sur la gure 4.19 page 106 apporte cependant un point important : les binmes amliorent plus rapidement leurs performances que les monmes. En eet, on constate une amlioration signicative des performances ds le second essai dans le cas des binmes alors que ce nest que sur le dernier essai que les monmes montrent une volution. Lamlioration plus rapide des performances chez les binmes suggre un apprentissage plus ecace de la tche, des outils ou de la molcule 2 . En observant lvolution des variables Vd1 (temps de ralisation) et Vd2 (nombre de slections), on constate que les binmes ont un apprentissage rapide. Le temps de ralisation dcrot ainsi que le nombre de slections ce qui
2. On observe une amlioration des performances par apprentissage mais rien ne permet de distinguer sur quelles notions de lexprimentation lapprentissage a lieu.

108

4.4. Rsultats nest pas le cas des monmes. En eet, le temps de ralisation des monmes dcrot alors que le nombre de slections ne dcrot pas. Au-fur-et--mesure des essais, les monmes apprennent et intgre la manipulation en conguration bimanuelle : ils augmentent ainsi leurs performances (diminution du temps de ralisation et du nombre de slections de la main dominante) tout en conservant un nombre de slections relativement constant (par une augmentation du nombre de slections de la main domine). On observe clairement lapprentissage progressif du deuxime outil mis disposition des monmes dans la gure 4.21 page 107. Alors que lespace de travail des binmes reste stable sur lensemble des essais, celui des monmes stend au-fur-et--mesure des essais jusqu atteindre une valeur similaire celle des binmes. En eet, seul lapprentissage permet de saranchir en partie de la charge de travail importante que reprsente la manipulation bimanuelle [Wickens 1984] : avec lapprentissage, les monmes sont capables de grer un espace de travail de plus en plus grand. Le potentiel du deuxime outil nest pas ignor et est utilis (avec la main domine) comme un moyen de xer un rsidu dj plac pendant que lautre outil dforme. Ceci permet de dformer une partie de la molcule tout en conservant la stabilit de la partie dj dforme. En ce qui concerne les vitesses moyennes, les monmes comme les binmes samliorent en manipulant de plus en plus rapidement. Cependant, les binmes restent nettement plus rapides que les monmes. Cette donne est mettre en corrlation avec lvolution des temps de ralisation : plus les sujets dforment rapidement, plus la tche est ralise rapidement.. Dans cette section, nous avons mis en vidence les amliorations en terme dapprentissage pour les congurations collaboratives sans distinguer les notions sur lesquelles sappliquait lapprentissage (molcule, outils, tche, etc.). En eet, les binmes atteignent des performances optimales ds le second essai tandis que les monmes ont besoin de plus dapprentissage pour converger vers de bonnes performances. La capacit des binmes communiquer, changer et conseiller permet de mutualiser lapprentissage et de lacclrer. De plus, un binme peut bncier des connaissances spciques ou de lexprience dun des membres du binme et ainsi, la mutualisation des aptitudes de chacun cre une dynamique de groupe. La conguration bimanuelle ore une alternative de manipulation aux monmes avec une surcharge de travail importante : lapprentissage est plus long. 109

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule

4.4.4

Rsultats qualitatifs

Le questionnaire est destin valuer la collaboration du point du vue de lutilisateur. La majorit des sujets travaillant en binme se sont trouvs utiles dans cette tche de collaboration ( = 3.1, = 0.8) 3 . Ce rsultat lev permet de vrier que les sujets ne se sentent pas carts et participent activement la ralisation de la tche. La collaboration peut se traduire soit par une participation active la dformation, soit par une participation plutt passive (changes verbaux, conseils, remarques, etc.). Dans un cas comme dans lautre, les sujets ne sont pas isols ce qui permet dviter les phnomnes de paresse sociale. Le sentiment davoir t meneur durant la ralisation de la tche est relativement neutre ( = 2, = 0.6). Cependant, cette question semble avoir t pose de manire incorrecte. En eet, les sujets ne souhaitent pas prtendre avoir t meneur ou chef des oprations par modestie. Paradoxalement, ils ne souhaitent pas non plus avouer avoir t dirig par quelquun dautre par ert. Dailleurs, on observe un cart-type relativement bas concernant cette note ce qui signie que la majorit des sujets ont rpondu de faon neutre. Lvaluation de la communication conrme ce qui a t observ dans la prcdente exprimentation (voir section 3.4.3 page 79). Tout dabord, limportance de la communication verbale a t mise en avant ( = 2.4, = 1.2). Par opposition, les sujets ont considr quils ne communiquaient pas par le virtuel ( = 0.9, = 1) et encore moins par la gestuelle ( = 0.3, = 0.6). La communication verbale tant la plus naturelle, il nest pas tonnant dobtenir de tels scores. La communication gestuelle est dicile tant donn que les sujets sont dj en train de manipuler avec leurs mains. De plus, leur vision se focalise principalement sur le droulement de la tche lcran mais pas sur le partenaire ce qui laisse peu de place la communication gestuelle. Pour nir, lexprimentation ne proposant aucun outil permettant dexploiter la modalit de communication virtuelle, cela explique probablement le faible taux dinvestissement dans les communications par le virtuel. La dernire exprimentation (voir chapitre 6 page 137) propose des outils de dsignation qui vont permettre dexploiter le potentiel de ce canal de communication. Pour nir, les sujets ont t interrogs sur leur conguration de travail prfre. Le questionnaire propose aux sujets de donner leur avis sur une conguration pour laquelle ils nont pas t tests. La conguration monomanuelle
3. Lchelle de notation est comprise entre 1 et 5 mais les moyennes ont t normalises entre 0 et 4.

110

4.5. Conclusion en monme (qui na t teste par aucun sujet) a t relativement peu choisie ( = 0.8, = 1). Les sujets valus en monme sont mitigs sur lintrt dune conguration monomanuelle en binme ( = 2.2, = 1.2). De la mme faon, les sujets valus en binme sont mitigs sur lintrt dune conguration bimanuelle en monme ( = 1.9, = 1.3). Quoiquil en soit, ils ont t seulement 41.7 % prfrer la conguration bimanuelle en monme alors quils ont t 58.3 % opter pour la conguration monomanuelle en binme. Une petite majorit des sujets semble prfrer la conguration collaborative.

4.5
4.5.1

Conclusion
Rsum des rsultats

Dans cette seconde exprimentation, nous avons compar et tudi les performances de monmes et de binmes, possdant un nombre de ressources identiques, sur une tche de dformation. De plus, nous avons cherch observer lapport de la conguration collaborative sur lapprentissage. Il a t montr quavec un nombre de ressources dtermin (un outil dorientation et deux outils de dformation dans notre cas), il est prfrable de rpartir les ressources sur plusieurs sujets. Cette rpartition des ressources permet une meilleure distribution des charges de travail. En eet, la charge de travail est trop importante pour un utilisateur seul. La conguration collaborative, bien que sourant de conits de coordination, obtient tout de mme des meilleures performances. Deuximement, nous avons montr que la conguration collaborative est particulirement performante pour les scnarios forte complexit. En ce qui concerne les scnarios faible complexit, les performances dune conguration collaborative ne sont ni meilleures, ni moins bonnes que celle dun manipulateur seul en conguration bimanuelle. On notera tout de mme que les sujets semblent lgrement prfrer la conguration collaborative. Le troisime rsultat important concerne lapprentissage. Nous avons montr que le travail en collaboration a une inuence sur lvolution de lapprentissage. Lapprentissage semble tre catalys par la communication et les changes entre les sujets. 111

Chapitre 4. Dformation collaborative de molcule

4.5.2

Synthse et perspectives

Nous avons vu les avantages dune conguration collaborative sur les binmes. Ltape suivante sera ltude du travail collaboratif sur des groupes (plus de deux sujets). Ceci devrait permettre daugmenter encore le potentiel du groupe pour la gestion de charges de travail importantes. Pour mener une telle tude, il va falloir proposer des scnarios plus complexes. Cette deuxime exprimentation a montr une nouvelle fois le rle prpondrant de la taille de la molcule dans la complexit de la tche. Nous verrons que les molcules proposes dans la prochaine tude sont plus importantes en taille que celle utilises jusqu prsent. Cette deuxime exprimentation a galement permis de remettre en cause la pertinence dune manipulation en conguration bimanuelle. Daprs les analyses, la charge de travail quapporte la gestion dun deuxime outil de dformation est trop importante ; loutil de dformation est relativement complexe apprhender. Il ne faut donc pas exclure la possibilit dobtenir des performances acceptables en fournissant un outil simple et un outil complexe pour une manipulation bimanuelle. Nous verrons que la conguration de la dernire tude (voir chapitre 6 page 137) propose une conguration bimanuelle avec un outil simple de dplacement et un outil plus complexe de dsignation. Le questionnaire nous a galement permis de mettre en avant les lacunes en ce qui concerne lutilisation de lenvironnement virtuel pour la communication. La dernire exprimentation sera loccasion dintroduire des outils adapts an de permettre lutilisation de cet environnement pour assister la communication.

112

Chapitre

5
. . . . . . . . . . . . . . 114 114 . 114 . 115 116 . 116 . 117 121 . 121 . 125 . 130 133 . 133 . 134

La dynamique de groupe
Sommaire
5.1 5.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Collaboration de groupe . . . . . . . . . . . . . 5.2.1 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.2.2 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.3 Prsentation de lexprimentation . . . . . . . 5.3.1 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . . 5.3.2 Spcicits du protocole exprimental . . . . . 5.4 Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.4.1 Amlioration des performances . . . . . . . . . 5.4.2 Utilit du brainstorming pour la collaboration . 5.4.3 Dnition dun meneur . . . . . . . . . . . . . 5.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.5.1 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . . 5.5.2 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . . .

113

Chapitre 5. La dynamique de groupe

5.1

Introduction

Aprs avoir tudi les direntes pcv sur des binmes, nous souhaitons largir notre tude des groupes. Le terme groupe est dni par Bales [1950] comme un ensemble dau moins trois individus . Ce travail en groupe implique des processus de communication dirents que nous souhaitons tudier. Laugmentation du nombre de manipulateur nous permet galement de confronter les utilisateurs des tches plus complexes que celles proposes dans les tudes prcdentes. Selon la littrature en psychologie sociale, le travail en groupe provoque des modications sur lorganisation et la structure (voir section 1.3 page 16) quon nomme dynamique de groupe . Cependant, les tudes sur ce sujet manquent en ce qui concerne la collaboration troitement couple. Le but de lexprimentation expose dans ce chapitre est didentier les contraintes et les stratgies de travail lies ce type de collaboration. De plus, Osborn [1963] montre limportance du brainstorming 1 pour amliorer les performances dun groupe. Nous souhaitons valuer la mise en place dun dispositif de brainstorming dans le cadre dune collaboration troitement couple an dobserver lvolution des performances de groupe.

5.2
5.2.1

Collaboration de groupe
Travaux existants

Nous avons dj vu, dans la section 1.3 page 16, les dynamiques de groupe qui se mettent en place lors dun travail en collaboration. Pour mmoire, nous avons abord les phnomnes de facilitation sociale [Ringelmann 1913] et de paresse sociale [Roethlisberger et al. 1939]. La facilitation sociale est la tendance des collaborateurs amliorer les performances lors dun travail de groupe (motivation, change de connaissances, partage de mmoire, etc.). La paresse sociale est la tendance des collaborateurs ne pas simpliquer activement dans le travail de groupe (isolation, peur de lvaluation, etc.). Mugny et al. [1995] propose un tat de lart intressant concernant la dynamique des groupes. Cependant, Bales [1950] identie une dirence entre les groupes de taille
1. Pour la suite des dveloppements, le mot brainstorming sera utilis la place de sa traduction remue-mninges qui est peu utilise dans la littrature scientique.

114

5.2. Collaboration de groupe importante et les groupes dune vingtaine dindividus ou moins 2 , quil nomme groupe restreint . Ltude quil mne sur ces groupes restreints montre que quelque soit la taille du groupe, le groupe sera toujours domin par un voire deux meneurs. Osborn [1963] propose de mettre en place une sance de brainstorming an damliorer les performances de ces groupes restreints. Lide est de crer une priode de temps o tous les collaborateurs peuvent laborer une stratgie sur la tche raliser. Selon Tuckman [1965], le brainstorming permet de renforcer la cohsion sociale et damliorer les performances du groupe long terme. Cependant, Diehl et Stroebe [1987] temprent les avantages du brainstorming en groupe. En eet, ils montrent que cette rexion pr-opratoire peut galement tre eectue de manire individuelle et que les individus seuls protent plus de cette rexion. De plus, Poole et Hollingshead [2005] explique que le brainstorming nest pas toujours utilis bon escient. Selon ltude quil propose, les groupes ont tendance se focaliser sur les connaissances communes tous les membres du groupe et naborde pas les connaissances spciques de chacun des membres ; de cette manire, le partage des connaissances ne se ralise pas correctement. Comme le montre ltat de lart, les tudes sur la dynamique de groupe concernant les tches faiblement couples sont nombreuses. Cependant, la gnralisation de ces rsultats des tches troitement couples doit donner lieu des tudes plus approfondies. Cest lobjectif de ce chapitre.

5.2.2

Objectifs

Dans cette troisime tude, nous souhaitons tudier le travail collaboratif troitement coupl au sein de groupes restreints. Lobjectif est didentier les nouvelles contraintes lies ces groupes et de caractriser les stratgies qui se mettent en place. Dans un premier temps, nous allons tudier lvolution des performances en fonction du nombre de sujets. Selon le principe de la distribution des charges de travail, nous supposons que les performances dun groupe seront meilleures que celle dun binme, malgr une augmentation du nombre de conits de coordination.
2. Selon les direntes sources, la dnition dun groupe restreint varie dune douzaine une vingtaine dindividus.

115

Chapitre 5. La dynamique de groupe De plus, en se basant sur les conclusions de Bales [1950], nous supposons quau moins un meneur va merger durant la ralisation des tches de lexprimentation. Nous allons observer ce phnomne en essayant didentier des stratgies de travail direntes entre les membres du groupes. Bales [1950] avait galement not que les participants prouvent le besoin de discuter pour se connatre avant de commencer la tche. Cest pourquoi, nous souhaitons mettre en place une priode de brainstorming pour amliorer les performances du groupe, en accord avec les conclusions obtenues par Osborn [1963]. Nous supposons que cette priode de temps sera mise contribution pour faire merger les meneurs rapidement. Les objectifs sont rsums sous forme dhypothses dans la section B.3.1 page 220.

5.3
5.3.1

Prsentation de lexprimentation
Description de la tche

La tche propose est de nature similaire celle expose dans la seconde exprimentation, il faut modier la conformation initiale dune molcule pour atteindre une conformation stable (voir section 4.3.1 page 86). Cependant, les scnarios proposs dans cette exprimentation sont plus complexes an de gnrer plus de dicults dans la ralisation. Dans cette exprimentation, la molcule trp-cage est utilise pour la phase dentranement. Des molcules de taille importante (Prion et Ubiquitin) sont utilises pour les scnarios de dformation collaborative. Ces molcules sont dtailles dans la section A.2.1 page 209. Le mcanisme de slection et dachage est strictement identique la seconde exprimentation (voir section 4.3.2 page 89). De la mme faon, le systme dvaluation bas sur le score rmsd est identique. On pourra trouver la description de ces lments dans la section 4.3.1 page 86. Deux scnarios sont proposs : Scnario 1 Bas sur la molcule Prion, il ncessite de replacer correctement une chane de 16 rsidus par rapport un tat stable. Cette chane se trouve en priphrie de la molcule et est soumise de faibles contraintes physiques. Ce scnario permet une division en sous-tches lmentaires prsentant de faibles interactions. Lobjectif est de proposer un niveau de collaboration faiblement couple. 116

5.3. Prsentation de lexprimentation Scnario 2 Bas sur la molcule Ubiquitin, il ncessite de replacer correctement une chane de 19 rsidus par rapport un modle. Cette chane se trouve au centre de la molcule o elle est soumise de fortes contraintes physiques, notamment le milieu de la chane ; le contrle prcis de cette dformation est complexe. La ralisation de ce scnario ncessite plusieurs points de contrle et une coordination de lensemble des sujets. Lobjectif est de proposer un niveau de collaboration troitement couple.

5.3.2

Spcicits du protocole exprimental

Le dispositif exprimental utilis, bas sur celui prsent dans le chapitre A page 207, a t adapt pour les besoins de lexprimentation. Les modications sont prsentes dans les sections qui vont suivre. Le protocole exprimental est dtaill dans la section B.3 page 220 avec un rsum dans la table 5.1 page 120. Matriel utilis Dans cette exprimentation, des quadrinmes vont tre amens manipuler les molcules. tant donn que la plateforme de base nest constitue que de deux outils de dformation, nous avons ajout deux outils de dformations supplmentaires. Ces deux outils sont matrialiss par des phantom Omni R connects des serveurs vrpn. Les outils de dformations sont placs sur la table face aux sujets. Dans le cas des binmes, les sujets seront amens manipuler deux outils chacun (conguration bimanuelle). Pour les quadrinmes, chaque sujet aura un outil sa disposition (conguration monomanuelle). Les outils peuvent tre dplacs pour que la position de travail des sujets soit la meilleure possible. An denregistrer les communications, une camra vido sony R (pj50v hd) a t place derrire les sujets an de lmer les sujets de dos et lcran de vidoprojection dans un mme plan. La camra enregistre galement toutes les communications orales. Ces vidos sont exportes et squences a fortiori laide du logiciel iMovie. La gure 5.1 page suivante illustre le dispositif exprimental par un schma. La gure 5.2 page suivante est une photographie de la salle dexprimentation. 117

Chapitre 5. La dynamique de groupe

Figure 5.1 Schma du dispositif exprimental

Figure 5.2 Photographie du dispositif exprimental 118

5.3. Prsentation de lexprimentation Visualisation et reprsentation La visualisation et la reprsentation des molcules sont identiques lexprimentation prcdente (voir section 4.3.2 page 91). La molcule Prion est utilise pour le scnario 1 (voir gure 5.3) ; la molcule Ubiquitin est utilise pour le scnario 2 (voir gure 5.4 page 121). Structure dformer Structure stable

Structure xe Figure 5.3 Reprsentation de la molcule Prion pour le scnario 1

Outils de manipulation Cette exprimentation faisant intervenir des quadrinmes, nous avons dcid denlever loutil dorientation qui tait propos jusqu prsent. En eet, tant donn la conguration de la salle dexprimentation, il est physiquement impossible de placer un outil dorientation qui soit accessible par tous les sujets comme le prconise Buisine et al. [2011]. Les scnarios ont t conus en tenant compte de cette contrainte et sont ralisables sans avoir besoin de modier le point de vue. Les outils de dformation sont identiques ceux prsents dans la seconde exprimentation (voir section 4.3.2 page 91). Chaque rsidu quun sujet slectionne est mis en surbrillance sur la molcule dformable et sur la molcule stable. 119

Chapitre 5. La dynamique de groupe

Table 5.1 Synthse de la procdure exprimentale Tche Hypothses Variables indpendantes Dformation dune molcule en groupe H1 Amlioration des performances en quadrinme H2 Un meneur merge dans les quadrinmes H3 Les quadrinmes se structurent par le brainstorming Vi1 Nombre de sujets Vi2 Complexit de la tche Vi3 Temps allou pour le brainstorming Vd1 Vd2 Vd3 Vd4 Vd5 Temps de ralisation Frquence des slections Vitesse moyenne Force moyenne Communications verbales
Condition C3 4 sujets Monomanuel Pas de brainstorming Scnario 1 Condition C7 4 sujets Monomanuel Pas de brainstorming Scnario 2 Condition C4 4 sujets Monomanuel 1 mn de brainstorming Scnario 1 Condition C8 4 sujets Monomanuel 1 mn de brainstorming Scnario 2 2 sujets Bimanuel 1 mn de brainstorming Scnario 1 Condition C6 2 sujets Bimanuel 1 mn de brainstorming Scnario 2

Variables dpendantes

Condition C1 2 sujets Bimanuel Pas de brainstorming Scnario 1 Condition C5 2 sujets Bimanuel Pas de brainstorming Scnario 2

Condition C2

120

5.4. Rsultats

Structure stable

Structure xe

Structure dformer Figure 5.4 Reprsentation de la molcule Ubiquitin pour le scnario 2

5.4
5.4.1

Rsultats
Amlioration des performances

Dans cette section, nous cherchons tudier lvolution des performances en fonction du nombre de sujets impliqus dans la collaboration en commenant par prsenter les graphiques et les analyses statistiques.

Donnes et tests statistiques La gure 5.5 page suivante prsente le temps de ralisation Vd1 de chaque scnario Vi2 . Lanalyse montre un eet signicatif des scnarios Vi2 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 33.3, df = 1, p 0.05) suprieur de 95.4 %. La gure 5.6 page suivante prsente le temps de ralisation Vd1 de chaque scnario Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 du scnario 1 (2 = 0, df = 1, p = 1). De la mme faon, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le temps de ralisation Vd1 du scnario 2 (2 = 2, df = 1, p = 0.157). 121

Chapitre 5. La dynamique de groupe

600 500 400 300 200 100 0

temps (s)

Prion scnario

Ubiquitin

Figure 5.5 Temps de ralisation des scnarios

600 500 400 300 200 100 0

x binme

x quadrinme

temps (s)

1 scnario

Figure 5.6 Temps de ralisation des scnarios en fonction du nombre de participants

x binme 0.30 0.25 0.20 0.15 0.10 0.05 0 slections (nb/s)

x quadrinme

1 scnario

Figure 5.7 Frquence des slections pour les scnarios en fonction du nombre de participants

122

5.4. Rsultats La gure 5.7 page ci-contre prsente la frquence de slection Vd2 de chaque scnario Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la frquence de slection Vd2 du scnario 1 (2 = 1.6, df = 1, p = 0.209). De la mme faon, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la frquence de slection Vd2 du scnario 2 (2 = 0.1, df = 1, p = 0.724).

1.25 vitesse (mm/s) 1.00 0.75 0.50 0.25 0

x binme

x quadrinme

1 scnario

Figure 5.8 Vitesse moyenne sur les scnarios en fonction du nombre de participants

La gure 5.8 prsente la vitesse moyenne Vd3 de chaque scnario Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la vitesse moyenne Vd3 du scnario 1 (2 = 4.5, df = 1, p = 0.034) ; la vitesse des quadrinmes est suprieure de 27.6 %. De la mme faon, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur la vitesse moyenne Vd3 du scnario 2 (2 = 8, df = 1, p = 0.005) ; la vitesse des quadrinmes est suprieure de 46.9 %. La gure 5.9 page suivante prsente le nombre dchanges verbaux Vd5 de chaque scnario Vi2 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre dchanges verbaux Vd5 du scnario 1 (2 = 11.8, df = 1, p 0.05) ; le nombre dchanges est infrieur de 54.5 % pour les quadrinmes. De la mme faon, lanalyse montre un eet signicatif du nombre de sujets Vi1 sur le nombre dchanges verbaux Vd5 du scnario 2 (2 = 4.3, df = 1, p = 0.039) ; le nombre dchanges est infrieur de 12 % pour les quadrinmes. 123

Chapitre 5. La dynamique de groupe changes verbaux (nb) x binme x quadrinme

30 25 20 15 10 5 0

1 scnario

Figure 5.9 Nombre dchanges verbaux sur les scnarios en fonction du nombre de participants Analyse et discussion Les deux tches proposes sont de natures trs direntes. Malgr lapprentissage, la gure 5.5 page 122 montre que la molcule Ubiquitin a t la plus longue raliser malgr lapprentissage : la tche collaborative troitement couple (scnario 2) est plus complexe que la tche faiblement couple (scnario 1). De plus, de nombreux groupes ont atteint la limite de 10 mn lors de la ralisation du scnario 2 (Ubiquitin). Nous pouvons en dduire que la collaboration troitement couple est plus complexe apprhender. Ltude prcdente prsente dans le chapitre 3 page 55 a montr que les performances sont meilleures lorsque les ressources disponibles (outils de dformation) sont distribues entre plusieurs utilisateurs et quil est prfrable que les utilisateurs manipulent de manire monomanuelle. Pourtant, on constate sur la gure 5.6 page 122 que les quadrinmes obtiennent des performances similaires aux binmes, indpendamment du scnario. Les binmes et les quadrinmes ont galement eectu des frquences de slections similaires ce qui appuie ce rsultat (voir gure 5.7 page 122). Pourtant, la gure 5.8 page prcdente montre des dirences signicatives, en terme de vitesse, entre les binmes et les quadrinmes. Ltude expose par Roethlisberger et al. [1939] a mis en vidence ce phnomne de facilitation sociale : les utilisateurs se motivent entre eux pour raliser la tche. Il permet aux quadrinmes de gnrer une activit intense avec peu de phases de relchement. La vitesse moyenne est ainsi augmente de manire signicative sur toute la dure de la tche. Dans ltude prcdente, nous avons galement mis en vidence la prsence de conits de coordination chez les binmes. Ces conits de coordination entravent la progression de la tche. Cependant, nous avions constat que les 124

5.4. Rsultats sujets parviennent rsoudre ces conits grce la communication verbale. Dans cette troisime exprimentation, la gure 5.9 page ci-contre montre que le nombre dchanges verbaux en quadrinme est infrieur celui en binme. Ce rsultat est surprenant tant donn que le nombre dinteractions possibles entre les sujets (et donc les conits de coordination potentiels) sont plus nombreux chez les quadrinmes. En eet, un conit de coordination intervient lorsquau moins deux collaborateurs manipulent sur la mme zone de travail. Les combinaisons possibles de conits dans un quadrinme sont donc plus nombreuses que dans un binme. partir dobservations eectues durant la phase exprimentale, nous avons pu constater que certains sujets se montrent relativement silencieux, mme en situation de conit de coordination. La section 5.4.3 page 130 montre que la prsence dun meneur modie les processus de communication verbale au sein dun groupe. Dans cette section, nous navons constat aucune volution des performances entre les binmes et les quadrinmes. Cette conservation des performances est prsente malgr un nombre potentiel de conits de coordination important et une communication verbale faible chez les quadrinmes. Laugmentation de la vitesse moyenne, provoque par le phnomne de facilitation sociale dj remarqu par Roethlisberger et al. [1939], permet dexpliquer ces performances. En eet, la facilitation sociale permet de rduire les phases dinaction en stimulant lintrt des sujets pour la tche raliser. An damliorer les performances dun quadrinme, il faudrait faciliter les communications pour une gestion optimale des conits de coordination.

5.4.2

Utilit du brainstorming pour la collaboration

Cette section nous permettra dtudier leet du brainstorming sur les performances des sujets. Nous prsentons tout dabord les analyses statistiques accompagnes de graphiques puis nous discuterons ces rsultats. Donnes et tests statistiques La gure 5.10 page suivante prsente le temps de ralisation Vd1 en fonction des groupes avec ou sans brainstorming Vi3 . Lanalyse montre un eet signicatif du brainstorming Vi3 sur le temps de ralisation Vd1 (2 = 11.2, df = 1, p 0.05) infrieur de 36.6 %. La gure 5.11 page suivante prsente le temps de ralisation Vd1 pour les groupes avec ou sans brainstorming Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . 125

Chapitre 5. La dynamique de groupe

600 500 400 300 200 100 0

temps (s)

sans brainstorming

avec

Figure 5.10 Temps de ralisation avec ou sans brainstorming

600 500 400 300 200 100 0

x binme

x quadrinme

temps (s)

sans brainstorming

avec

Figure 5.11 Temps de ralisation des scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming

126

5.4. Rsultats Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du brainstorming Vi3 sur le temps de ralisation Vd1 des binmes (2 = 0.9, df = 1, p = 0.333). Cependant, lanalyse montre un eet signicatif du brainstorming Vi3 sur le temps de ralisation Vd1 des quadrinmes (2 = 13.1, df = 1, p 0.05) ; le temps de ralisation est diminu de 68.6 % avec le brainstorming. x binme 0.30 0.25 0.20 0.15 0.10 0.05 0 slections (nb/s) x quadrinme

sans brainstorming

avec

Figure 5.12 Frquence des slections pour les scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming La gure 5.12 prsente la frquence de slection Vd2 pour les groupes avec ou sans brainstorming Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du brainstorming Vi3 sur la frquence de slection Vd2 des binmes (2 = 1.2, df = 1, p = 0.265). Cependant, lanalyse montre un eet signicatif du brainstorming Vi3 sur la frquence de slection Vd2 des quadrinmes (2 = 11, df = 1, p 0.05) ; la frquence des slections est diminue de 54.5 % avec le brainstorming. 1.25 vitesse (mm/s) 1.00 0.75 0.50 0.25 0 sans brainstorming Figure 5.13 Vitesse moyenne sur les scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming 127 avec x binme x quadrinme

Chapitre 5. La dynamique de groupe La gure 5.13 page prcdente prsente la vitesse moyenne Vd3 pour les groupes avec ou sans brainstorming Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du brainstorming Vi3 sur la vitesse moyenne Vd3 des binmes (2 = 0.1, df = 1, p = 0.727). De la mme faon, lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif du brainstorming Vi3 sur la vitesse moyenne Vd3 des quadrinmes (2 = 1.5, df = 1, p = 0.228). 50 40 30 20 10 0 sans brainstorming Figure 5.14 Nombre dordres verbaux sur les scnarios en fonction des groupes avec ou sans brainstorming La gure 5.14 prsente le nombre dordres verbaux Vd5 pour les groupes avec ou sans brainstorming Vi3 en fonction du nombre de sujets Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif du brainstorming Vi3 sur le nombre dordres verbaux Vd5 des binmes (2 = 12.9, df = 1, p 0.05) ; le nombre dordres est diminu de 46.8 % avec le brainstorming. De la mme faon, lanalyse montre un eet signicatif du brainstorming Vi3 sur le nombre dordres verbaux Vd5 des quadrinmes (2 = 4.1, df = 1, p = 0.042) ; le nombre dordres est diminu de 75 % avec le brainstorming. Analyse et discussion La gure 5.14 nous permet de constater une baisse signicative du nombre dchanges verbaux pour les sujets ayant eu une priode de brainstorming. Le brainstorming permet une rexion pralable sur la tche an daboutir une stratgie de travail concernant dirents lments : rpartition et distribution du travail ; organisation du travail dans lespace ; organisation du travail dans le temps ; 128 avec x binme x quadrinme

communication (nb)

5.4. Rsultats identication des rles de chaque manipulateur ; prvisions sur lvolution de lenvironnement. Cependant, la gure 5.11 page 126 et la gure 5.12 page 127 montrent que le brainstorming est surtout protable aux quadrinmes. En eet, les binmes nobtiennent aucune volution signicative des performances avec brainstorming. De mme, la gure 5.13 page 127 montre que la vitesse moyenne de leecteur terminal des binmes nvolue pas. Deux raisons expliquent pourquoi le brainstorming ne permet pas aux binmes damliorer leurs performances. Le brainstorming tant utilis pour dnir une stratgie de travail, il permet de rduire le nombre de conits de coordination. Le nombre de conit de coordination pour les binmes tant potentiellement plus faible que celui des quadrinmes, lintrt du brainstorming est amoindri. De plus, nous avons vu que la gestion des conits de coordination seectue par une communication verbale. La communication en binme est relativement naturelle (simple conversation) alors que la communication dans un groupe de plus de trois sujets savre plus complexe : problme de prise de parole, conversation entre deux sujets monopolisant la parole, etc. Sur ce point, les binmes ont peu de marge damlioration possible lie au brainstorming contrairement aux quadrinmes. La gure 5.11 page 126 et la gure 5.12 page 127 mettent en vidence lamlioration des performances pour les quadrinmes. Nous avons vu dans la section 5.4.1 page 121 que les quadrinmes prouvent des dicults dans la rsolution des conits de coordination. Daprs les gures observes, le brainstorming permet llaboration dune stratgie et la dnition des rles de chacun des sujets. Llaboration dune stratgie rduit de faon importante le nombre de conits de coordination pendant la ralisation de la tche et ainsi amliore les performances. De plus, la dnition des rles de chacun avant le dbut de la tche permet de partager la tche an dviter le phnomne de paresse sociale. Cette conclusion rejoint la suggestion eectue par Latan et al. [1979] concernant lidentication des rles. Dans le cas du scnario 1 (Prion), la tche comporte un faible niveau dinteraction entre les zones dformer ; elle peut aisment tre subdivise en quatre tches lmentaires. Dailleurs, lanalyse des communications verbales lors des brainstorming a montr que ctait la stratgie choisie par tous les groupes. Le scnario 2 (Ubiquitin) comportant un fort niveau dinteraction, ncessite plus de coordination mais peut tre subdivise en deux tches lmentaires. Dans ce cas, le brainstorming aboutit une scission du groupe en deux binmes qui raliseront chacun une partie de la dformation. Ceci permet 129

Chapitre 5. La dynamique de groupe davoir des gestions de conits de coordination locaux et restreints deux binmes. La priode de brainstorming permet de partitionner le temps de rexion et le temps de manipulation. En eet, lanalyse des communications verbales permet de constater que les groupes nayant pas eu de priode de brainstorming tentent dlaborer une stratgie de travail pendant la manipulation. Cependant, la manipulation cr une charge de travail importante. Les capacits de travail des sujets sont alors partages entre la manipulation et llaboration dune stratgie. Les sujets ne sont pas pleinement attentifs llaboration de la stratgie et peuvent ne pas tre attentifs au mme instant que leurs collgues. La stratgie labore est alors de qualit infrieure. Cette section montre lintrt dun brainstorming pour structurer les groupes. En eet, elle permet dviter les problmes de paresse sociale en stimulant lidentication de rles pour chaque utilisateur. Nous verrons dans la section suivante que le groupe va sorganiser autour dun meneur et que les collaborateurs seront plutt dans un rle de suiveurs.

5.4.3

Dnition dun meneur

Cette section va dnir les caractristiques dun meneur. Nous utiliserons les donnes dun groupe reprsentatif pour alimenter notre propos. Cependant, tant donn le peu de donnes que reprsente un seul groupe, aucune analyse de la variance nest prsente.

Donnes et statistiques 12 ordres (nb) 8 4 0 S1 S2 sujets de G1 Figure 5.15 Nombre dordres donns par chacun des sujets de G1 130 S3 S4

5.4. Rsultats La gure 5.15 page ci-contre prsente le nombre dordres donns Vd5 en fonction des sujets du groupe G1 . On observe que le sujet S1 donne plus dordres que la moyenne (65.8% de plus que la moyenne). vitesse (mm/s) 1.00 0.75 0.50 0.25 0 S1 S2 sujets de G1 Figure 5.16 Vitesse moyenne des eecteurs terminaux pour chacun des sujets de G1 La gure 5.16 prsente la vitesse moyenne des eecteurs terminaux Vd3 en fonction des sujets du groupe G1 . On observe que la vitesse du sujet S1 est plus leve que la moyenne (16.2% de plus que la moyenne). La gure 5.17 page suivante prsente les prols de force Vd4 des sujets S1 et S2 du groupe G1 . Chaque priode o la force est maintenue constante reprsente une slection (voir gure 5.17b page suivante). On constate un prol trs chaotique pour le sujet S1 avec un grand nombre de slections (11 slections). Par opposition, le prol du sujet S2 est trs peu chaotique avec un petit nombre de slections (4 slections dun temps suprieur 10 s). De plus, les eorts maximaux produits par le sujet S2 sont plus importants que ceux du S1 (5 N pour S2 contre 4 N pour S1 ). Analyse et discussion Le meneur est celui qui dirige les oprations. Dans notre population, les groupes ne possdent a priori pas de meneur : ils sont appels structures informelles [Roethlisberger et al. 1939]. Dans la prcdente section, nous avons identi lmergence de rles, en particulier grce au brainstorming. Parmi les rles, on distingue le rle du meneur, dj identi dans les travaux de Bales [1950] et les rles de suiveurs. La gure 5.16 et la gure 5.17a page suivante nous permet de dterminer la stratgie de travail du meneur. En eet, on constate un grand nombre de slections ainsi quune vitesse leve. Le meneur explore lenvironnement 131 S3 S4

Chapitre 5. La dynamique de groupe

5 4 force (N) 3 2 1 0 0 25 50 temps (s)

(a) Prol de force de S1

75

100

125

5 4 force (N) 3 2 1 0 0 25 50 temps (s)

(b) Prol de force de S2 selection

75

100

125

Figure 5.17 Prol de force du groupe G1 sur la molcule Prion

132

5.5. Conclusion pour prendre des dcisions. Il eectue des slections de courte dure avec une force relativement faible. Ces nombreuses slections ont pour objectif dexplorer direntes zones de la molcule pour valuer le travail eectuer. Ainsi, il distribue des tches lmentaires de dformation aux autres sujets en fonction de son analyse. Par opposition, les suiveurs nexplorent pas lenvironnement. En eet, la gure 5.17b page ci-contre montre un nombre de slections peu leves mais des slections maintenues sur une longue priode de temps. Cette longue priode de temps correspond une dformation dune cible vers un objectif xe. La dformation a pu tre propose par le meneur. Les manipulations des suiveurs sont plutt longues et lentes (voir gure 5.16 page 131) car les dformations ncessitent une manipulation prcise. De plus, leort dploy est plus important car toute lattention du suiveur est porte sur la dformation. Le meneur ne dploie pas autant de force car son objectif est dexplorer lenvironnement, pas de dformer. Pour conclure cette section, le meneur a un rle crucial dans la dynamique du groupe. Cest lui qui va dnir et rpartir les tches : il labore la stratgie du groupe. Cette rpartition permet chaque sujet de se faire attribuer une tche bien identie. Cette identication est ncessaire pour viter le phnomne de paresse sociale (voir section 5.4.2 page 125) et permet ainsi damliorer les performances.

5.5
5.5.1

Conclusion
Rsum des rsultats

Cette exprience a permis dtudier et de comparer des binmes en conguration bimanuelle avec des quadrinmes en conguration monomanuelle. Lobjectif tait dobserver lvolution des performances en fonction du nombre de participants ainsi que les nouvelles contraintes lies aux dynamiques de groupe. Les rsultats ont montr que laugmentation du nombre de sujets ne permettait pas systmatiquement damliorer les performances du groupe. En eet, les quadrinmes, bien que plus rapides dans leurs mouvements grce au phnomne de facilitation sociale, obtiennent des performances identiques aux binmes. Les quadrinmes perdent du temps dans la rsolution des conits de coordination qui sont plus nombreux que chez les binmes. 133

Chapitre 5. La dynamique de groupe Cependant, le brainstorming permet une organisation pralable du groupe permettant de meilleures performances tout en rduisant le nombre de conits de coordination. Llaboration dune stratgie de travail est surtout protable aux quadrinmes qui sont potentiellement confronts de nombreux de conits de coordination. De plus, ce brainstorming permet de faire rapidement merger les rles au sein de cette structure informelle. Lmergence dun meneur est ncessaire pour structurer le groupe, diviser le travail et rpartir les tches. Dun autre ct, les suiveurs acceptent la prsence de ce meneur et lassistent dans la ralisation de la tche. Le meneur cherche tablir une stratgie globale en explorant continuellement lenvironnement. Les suiveurs eectuent plutt des dformations locales sur des dures plus importantes. Cette exprimentation montre que laugmentation du nombre dutilisateurs est bnque sous certaines rserves concernant la structure du groupe. Par exemple, un brainstorming, pralable la ralisation de la tche, permet de structurer un groupe.

5.5.2

Synthse et perspectives

Nous venons de montrer lintrt de structurer les groupes pour eectuer des tches collaboratives troitement couple. Sur la base des rsultats obtenus, nous allons pouvoir proposer une conguration de travail intgrant lensemble des facteurs identis. Pour commencer, nous avons mis en avant la ncessit de faire merger rapidement les rles de meneurs et de suiveurs. Le groupe est ainsi coordonn par le meneur ce qui permet de limiter les conits de coordination. Cependant, la manire de travailler du meneur et trs dirente de celle dun suiveur. Des outils haptiques adapts aux besoins de chaque rle seront proposs an damliorer les moyens dinteraction de chacun. En loccurence, le meneur na pas rellement besoin dun outil de dformation mais plutt dun outil dexploration. En ce qui concerne le suiveur, il est principalement aect la ralisation de dformations locales. Il faut lui fournir un outil permettant deectuer des dformations locales et prcises. Cependant, il faut galement lui faciliter la communication avec le meneur et lui permettant daccder rapidement aux consignes. La majorit de ces fonctionnalits seront implmentes dans la dernire version de la plateforme puis testes, notamment pas des biologistes. Ces outils 134

5.5. Conclusion seront valus la fois en terme damlioration sur les performances mais galement en terme dutilisabilit.

135

Chapitre 5. La dynamique de groupe

136

Chapitre

6
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 138 . 138 . 139 . 141 141 . 141 . 143 148 . 149 . 154 . 158 160 . 160 . 162

Travail collaboratif assist par haptique

Sommaire
6.1 6.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Assistance haptique pour la communication 6.2.1 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . 6.2.2 Outils haptiques pour la collaboration . . . . 6.2.3 Objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6.3 Prsentation de lexprimentation . . . . . . 6.3.1 Description de la tche . . . . . . . . . . . . . 6.3.2 Spcicits du protocole exprimental . . . . 6.4 Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6.4.1 Amlioration des performances . . . . . . . . 6.4.2 Amlioration de la communication . . . . . . 6.4.3 valuation qualitative . . . . . . . . . . . . . 6.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6.5.1 Rsum des rsultats . . . . . . . . . . . . . . 6.5.2 Synthse et perspectives . . . . . . . . . . . .

137

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique

6.1

Introduction

Sur la base des rsultats obtenus dans les trois tudes prcdentes, nous avons dvelopp des outils haptiques an damliorer la communication et la coordination des actions entre les utilisateurs durant la ralisation dun docking molculaire collaboratif. Nous avons galement identi un certain nombre de facteurs permettant damliorer les performances dun groupe (identication des rles, brainstorming, prsence dun meneur, etc.). Ce chapitre a pour but de proposer et dvaluer une conguration de travail ainsi que des outils permettant damliorer la communication et la coordination durant une tche de dformation molculaire. Ce dernier chapitre sera galement loccasion de confronter la plateforme Shaddock des experts en biologie molculaire. En eet, il est ncessaire pour cette dernire tape davoir lavis de spcialistes an dvaluer lutilisabilit de la plateforme et de conrmer la validit de ce processus de travail.

6.2

Assistance haptique pour la communication

Dans cette section, nous commencerons par prsenter les travaux existants en terme de communication haptique. Puis nous exposerons les choix qui ont guids le dveloppement des outils haptiques proposs. Enn, nous prsenterons les objectifs de cette quatrime et dernire exprimentation.

6.2.1

Travaux existants

Le concept de communication haptique apparat dans les travaux de Sallns et al. [2000] avec une tude sur la manipulation synchrone dobjets 3d dans environnement virtuel. Les utilisateurs disposent dun outil haptique leur permettant dexercer une pression sur les objets 3d virtuels ; il faut alors deux utilisateurs pour soulever un objet en exerant une pression de chaque ct de lobjet. Sur le mme principe de manipulation synchrone, Badoan et al. [2000] proposent le dplacement dun anneau par une manipulation en binme coordonne ; lanneau doit passer autour dun l sans le toucher. Les rsultats de ces deux tudes montrent clairement que lutilisation de la modalit haptique permet des amliorations signicatives pour la coordination entre les partenaires. Sur la base de ces rsultats, Oakley et al. [2001] proposent de crer des outils haptiques pour la cration de diagrammes uml en environnement 2d. 138

6.2. Assistance haptique pour la communication Il fournit aux utilisateurs dirents outils haptiques permettant dinteragir avec le partenaire : ressentir le curseur du partenaire avec la possibilit de le pousser ; attraper et guider le curseur du partenaire vers une position choisie ; activer distance un guidage du partenaire vers son propre curseur ; activer distance un guidage de son propre curseur vers celui de son partenaire ; ressentir une viscosit plus importante par la proximit du curseur du partenaire. Dans la continuit de Oakley et al. [2001], Moll et Sallns [2009] exprimentent des outils haptiques similaires dans un environnement virtuel de construction par bloc en 3d. Ces deux dernires tudes prouvent que la communication entre deux partenaires par lintermdiaire de la modalit haptique est possible. Dailleurs, Moll et Sallns [2009] soulignent la pertinence des retours haptiques pour la dsignation de cibles en environnement virtuel. Le terme communication haptique a pris tout son sens avec les premires tentatives de langages haptiques. Tout dabord, Chang et al. [2002] proposent daugmenter linformation dune communication par talkies-walkies avec diffrents types de vibrations. Puis, Enriquez et al. [2006] crent une liste de phonmes haptiques permettant la communication. Il constate cependant quune telle solution ncessite un fort apprentissage ( 45 mn) pour une utilisation persistente. Chan et al. [2008] utilise galement des mots haptiques pour aider et assister la prise de contrle dun systme lors de la ralisation dune tche collaborative. Rcemment, Ullah [2011] sest intress linuence de la communication haptique sur le sentiment de prsence et sur la conscience priphrique (voir section 1.3 page 16). Tout dabord avec une tude sur la manipulation collaborative dun bras articul en environnement virtuel, il montre une amlioration de la conscience priphrique [Naud et al. 2009]. Puis, en proposant une tche de dplacement dobjet virtuel coordonn (une cheville dplacer dans un trou), Ullah et al. [2010] montre une amlioration signicative du sentiment de prsence et de la conscience priphrique.

6.2.2

Outils haptiques pour la collaboration

Sur la base de cet tat de lart et des conclusions obtenues au l des trois tudes prcdentes, plusieurs propositions simposent pour le dveloppement doutils haptiques de collaboration. 139

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique Conguration collaborative Pour commencer, la prsence dun coordinateur rpond deux contraintes identies lors de la troisime exprimentation : lidentication des rles et la coordination des tches (voir section 5.4.3 page 130). En eet, nous avons identi le rle du meneur dans la prcdente exprimentation qui permettait de coordonner les actions du groupe. An de rpondre ce besoin, nous allons proposer des outils spciques aux dirents membres du groupe qui seront soit coordinateur, soit oprateur an de crer naturellement une identication de rles distincts. Nous avons vu que le meneur labore surtout une stratgie grce une exploration de lenvironnement virtuel puis quil expose sa stratgie aux suiveurs. Dans cette exprimentation, le coordinateur est dot doutils dexploration et de dsignation alors que les oprateurs sont dots doutils de dformation. De plus, la prcdente exprimentation nous a permi de constater lutilit dun brainstorming pour amliorer les performances. Nous introduisons une priode de brainstorming dans cette exprimentation durant laquelle nous donnons la possibilit dexplorer, mais pas de dformer, les structures molculaires ; cest le coordinateur qui est en charge de cette tche. Outils pour le coordinateur Durant le brainstorming, un outil dorientation est mis la disposition du coordinateur. Cet outil, dcrit dans la section 6.3.2 page 147, lui permet dobserver la molcule avec dirents points de vue an dlaborer une stratgie avec laide des oprateurs. Puis, le coordinateur va dsigner des cibles durant la ralisation de la tche an dappliquer la stratgie labore. Nous avions soulign ce point lors de la premire exprimentation et Moll et Sallns [2009] mettent en avant la pertinence de la modalit haptique pour eectuer une dsignation. Loutil de dsignation, prsent dans la section 6.3.2 page 146, a t dvelopp an de permettre au coordinateur dindiquer des cibles aux oprateurs. Outils pour les oprateurs La premire exprimentation avait galement permis didentier une stratgie orant un bon compromis entre la collaboration et les conits de coordination : linteraction en champs voisins. Pour mmoire, les interactions en champs voisins correspondent la manipulation de deux zones distantes 140

6.3. Prsentation de lexprimentation denviron un rsidu. An de favoriser ce type de stratgie, les outils proposs agiront de prfrence lchelle des rsidus en laissant la possibilit le cas chant, de manipuler au niveau atomique an davoir accs un niveau de dformation n. Pour nir, la seconde exprimentation a mis en avant la dicult dutiliser deux outils de dformation en conguration bimanuelle. Cest pourquoi, les oprateurs qui seront chargs deectuer la dformation seront en conguration monomanuelle avec leur disposition un unique outil de dformation.

6.2.3

Objectifs

Dans cette exprimentation, nous proposons des outils haptiques pour assister la communication entre les partenaires et souhaitons les valuer dans le cadre dune tche de dformation collaborative de molcule. Sur la base de la conguration collaborative dtaille prcdemment (voir section 6.2.2 page 139), nous souhaitons tudier la contribution des outils haptiques proposs pour lamlioration des performances puis de la communication dans le groupe. Notre hypothse lie ces outils est double : nous pensons que lassistance haptique permettra damliorer les performances et que cette amlioration sera due une amlioration de la communication. De plus, cette dernire exprimentation est loccasion de confronter la plateforme et les mthodes de travail proposes des experts susceptibles dutiliser un tel environnement de travail. Nous supposons que la plateforme sera value positivement par les utilisateurs. Les objectifs sont rsums sous forme dhypothses dans la section B.4.1 page 223.

6.3
6.3.1

Prsentation de lexprimentation
Description de la tche

La tche tudie est constitue dune tche de dformation, telle que celle aborde dans les exprimentations prcdentes (voir section 4.3.1 page 86), et dune tche dassemblage ; les deux tches abordes permettent de crer un scnario de docking molculaire complet. 141

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique La tche est propose des groupes de trois sujets appels trinmes. Dans ces trinmes, un coordinateur et deux oprateurs ont leur disposition dirents outils pour lorientation, la dformation, la dsignation ou la manipulation qui seront dcrits dans la section 6.3.2 page 145. Les sujets ont la possibilit de communiquer sans restriction par dirents canaux : oral, gestuel ou virtuel ( travers lutilisation des curseurs et de lenvironnement virtuel). Durant cette exprimentation, nous prsentons aux sujets cinq molcules ; trois dentre elles sont utilises pour lentranement. Chaque molcule est prsente dans la section A.2.1 page 209. Les cinq molcules sont utilises pour les dirents scnarios dcrits ci-dessous. tape dentranement 1 Le premier entranement est destin familiariser les sujets avec loutil de dsignation ainsi quavec la structure du groupe. Cet entranement se droule sur la molcule trp-cage. La tche est volontairement peu complexe. Elle est destine enseigner aux sujets les tapes du processus de dsignation (voir section 2.4.3 page 53). tape dentranement 2 La seconde phase dentranement seectue sur la molcule Prion qui est de taille plus importante. Cest dans cette phase que sont introduits les outils de communication haptique pour les phases de dsignation. Cet entranement permet de renforcer lapprentissage du processus de dsignation sur une tche plus complexe en ajoutant la modalit haptique. tape dentranement 3 La dernire phase dentranement sadresse au coordinateur puisquelle introduit loutil de manipulation qui jusqu prsent na pas t utilis. La molcule trp-zipper, de petite taille, a t choisie. La molcule est rendue solidaire de loutil de manipulation pour que le coordinateur puisse dcouvrir ce nouvel outil. Scnario 1 La premire tche raliser est la dformation de la molcule Ubiquitin. La dformation propose est identique la dformation propose dans la troisime exprimentation. En eet, cette tche sest rvle trs intressante pour stimuler une collaboration troite. Dans cette tche, seuls les outils de dsignation, de dformation et dorientation sont activs ; la molcule Ubiquitin est ancre dans lenvironnement virtuel laide datomes xes. Scnario 2 La seconde tche consiste reconstituer le complexe de molcules NusE:NusG. La molcule NusG est laisse libre de mouvement (pas datome xes) et doit tre amarre la molcule NusE : cest une tche de docking molculaire simplie. On distingue deux phases dans 142

6.3. Prsentation de lexprimentation cette tche ; il faut approcher la molcule NusG ; puis il faut aner lamarrage par une dformation interne de NusG. Tous les outils (dsignation, dformation, orientation et manipulation) sont activs dans ce scnario ; la molcule NusG est solidaire de loutil de manipulation. La molcule NusE est ancre dans lenvironnement virtuel laide datomes xes (sa chane carbone). Durant lexprimentation, les sujets disposent de deux informations calcules en temps-rel. La premire mesure est le score rmsd, dj dcrit dans la section 4.3.1 page 86. La seconde mesure est lnergie totale du systme, valeur calcule par namd et reprsentant la synthse des nergies lectriques et des nergies de van der Waals.

6.3.2

Spcicits du protocole exprimental

Les sections suivantes dcrivent lensemble des modication apportes la plateforme de base (voir chapitre A page 207) et principalement aux outils dinteraction. La mthode exprimentale est expose dans la section B.4 page 223. Un rsum de cette mthode se trouve dans la table 6.1 page 148.

Matriel utilis Dans cette exprimentation, nous introduisons de nouveaux outils destins amliorer les interactions entre les membres dun trinme. Les deux oprateurs auront leur disposition deux outils de dformation matrialiss par des phantom Omni R . Le coordinateur aura sa disposition trois outils : une souris usb pour loutil dorientation ; un phantom Omni R pour loutil de dsignation (li un serveur vrpn) ; un phantom Desktop R pour loutil de manipulation (li un serveur vrpn). De la mme manire que dans la troisime exprimentation, une camra vido sony R (hdr-cx550) a t installe derrire les sujets an de lmer la fois les sujets et lcran de vidoprojection. Le son est galement enregistr. L encore, les vidos sont exportes et squences a fortiori laide des logiciels iMovie et ffmpeg. La gure 6.1 page suivante illustre le dispositif exprimental par un schma. La gure 6.2 page suivante est une photographie de la salle dexprimentation. 143

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique

Figure 6.1 Schma du dispositif exprimental

Figure 6.2 Photographie du dispositif exprimental 144

6.3. Prsentation de lexprimentation Visualisation et reprsentation Lachage des molcules est similaire celui de la troisime exprimentation prsent dans la section 5.3.2 page 119 : la molcule dformable est reprsente en cpk et NewRibbon alors que la molcule cible est en NewRibbon transparent. Cependant, les molcules tant de taille importante, nous avons dcid de reprsenter les atomes en transparence et sans couleur an dviter une surcharge visuelle, surtout dans le cas du complexe de molcules NusE:NusG. Cependant, nous verrons dans la section suivante que loutil de dsignation permet de mettre en vidence les atomes des rsidus dsigns par une mise en couleur. La gure 6.3 reprsente la molcule Ubiquitin et la gure 6.4 page suivante reprsente le complexe de molcules NusE:NusG.

Structure stable

Structure xe

Structure dformer Figure 6.3 Reprsentation de la molcule Ubiquitin pour le scnario 1

Outils dinteraction Pour cette exprimentation, nous avons dvelopp de nouveaux outils hritant des outils de base proposs par vmd. En eet, nous souhaitons apporter une assistance haptique an daugmenter la communication sensorielle entre les sujets. Quatre outils sont proposs dont les fonctionnalits sont rsumes 145

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique NusG dformer

NusE stable

NusG stable Figure 6.4 Reprsentation de la molcule NusE:NusG pour le scnario 2 ci-aprs. Pour une description technique dtaille de ces outils, se reporter la section 2.4.3 page 51. Outil de dsignation Utilisateur Coordinateur. Matriel phantom Omni R . Fonction Permet de dsigner un rsidu aux oprateurs. Fonctionnement Un des rles du coordinateur est de dsigner des structures (des rsidus) dformer aux oprateurs. Loprateur pourra accepter ou non cette dsignation. Tant que la cible dsigne par le coordinateur naura pas t accepte, le coordinateur pourra modier la cible courante. Rendu haptique Lorsque le coordinateur eectue une dsignation, une vibration est gnre sur son outil. Cette vibration sinusodale sarrte ds quun oprateur a accept la dsignation ce qui permet au coordinateur dtre inform que la dsignation a t accepte. Outil de dformation Utilisateur Oprateur. 146

6.3. Prsentation de lexprimentation Matriel phantom Omni R . Fonction Permet de dformer un ou plusieurs atomes. Fonctionnement Le rle principal de loprateur est de dformer les structures molculaire en manipulant un ou plusieurs atomes de la molcule selon deux niveaux de dformation. Soit il choisit de dformer de manire autonome ; dans ce cas, il ne peut manipuler quun atome la fois. Soit il accepte une dsignation propose par le coordinateur ; dans ce cas, il peut manipuler un rsidu. Dans ce dernier cas, une force de dformation plus importante est fournie loprateur, lobjectif tant de favoriser lutilisation de cet outil. Rendu haptique Lorsque le coordinateur eectue une dsignation, loprateur est soumis une vibration sinusodale sauf si ce dernier est dj en train de dformer. Sil dcide daccepter la dsignation, la vibration sarrte et loprateur est alors attir directement vers la cible par une attraction de type masse-ressort. Outil de manipulation Utilisateur Coordinateur. Matriel phantom Desktop R . Fonction Permet de dplacer une molcule. Fonctionnement Cet outil est attach une molcule (le ligand ou le rcepteur) prdnie pour chaque scnario. Le coordinateur peut ainsi translater la molcule an de lamarrer correctement avec la seconde molcule. Tout mouvement de cet outil permet de dplacer lensemble des atomes de la molcule attache. Rendu haptique Le retour haptique est un systme masse-ressort contraignant le coordinateur rester li linertie de la molcule attache. De plus, an damliorer la coordination entre les oprateurs et le coordinateur, nous proposons de communiquer les dformations eectues par les oprateurs au mouvement global de la molcule, dans une proportion relativement faible. Concrtement, lorsquun oprateur eectue une dformation, la molcule aura tendance se dplacer faiblement dans la mme direction ; cette fonctionnalit est additionne au mouvement du coordinateur. Outil dorientation Utilisateur Coordinateur. 147

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique Matriel Souris usb. Fonction Permet de modier le point de vue de la scne. Fonctionnement Il permet de modier lorientation de la scne. Cependant, les curseurs ne sont pas soumis cette transformation ce qui peu crer des incohrences visuelles, surtout pour les oprateurs qui ne sont pas en charge de cet outil. Cest pourquoi ce troisime outil est prsent comme secondaire au coordinateur an quil ne soit utilis que lorsque cest vraiment ncessaire. Rendu haptique Cet outil ne permet de retour haptique. Table 6.1 Synthse de la procdure exprimentale Tche Hypothses Variables indpendantes Dformation de molcule ou de complexe de molcule H1 Performances amliores par lassistance haptique H2 Lassistance haptique amliore la communication H3 La plateforme est apprcie des experts Vi1 Prsence de lassistance Vi2 Molcules dformer Vd1 Score rmsd minimum Vd2 Temps du score rmsd minimum Vd3 Nombre de slections Vd4 Temps moyen dune slection Vd5 Temps moyen pour accepter une cible Vd6 Temps moyen pour atteindre une cible accepte Vd7 Nombre de dsignations acceptes Vd8 Vitesse moyenne Vd9 Temps des communication verbale par sujet Vd10 Questionnaire dutilisabilit et sur la conscience
Condition C2 Avec assistance Ubiquitin Condition C3 Sans assistance NusE:NusG Condition C4 Avec assistance NusE:NusG

Variables dpendantes

Condition C1 Sans assistance Ubiquitin

6.4

Rsultats

Cette section prsente et analyse lensemble des mesures exprimentales de cette quatrime tude. Les donnes, qui sont appareilles et en faible nombre, ont t analyses par le test des rangs signs de Wilcoxon [1945]. 148

6.4. Rsultats

6.4.1

Amlioration des performances

Nous abordons ici les performances des groupes an dobserver les volutions lies la prsence de lassistance haptique. Nous commenons par prsenter les graphiques accompagns de leurs analyses statistiques puis nous discuterons ces rsultats. Donnes et tests statistiques 6 5 score rmsd 4 3 2 1 0 Sans haptique Figure 6.5 Score rmsd minimum atteint avec et sans haptique La gure 6.5 prsente le score rmsd minimum atteint Vd1 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur le score rmsd minimum atteint Vd1 (W = 87, p = 0.348). La gure 6.6 page suivante prsente le temps du score rmsd minimum atteint Vd2 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur le temps du score rmsd minimum atteint Vd2 (W = 81, p = 0.528). La gure 6.7 page suivante prsente le temps du score rmsd minimum atteint Vd2 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 et des scnarios Vi2 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur le temps du score rmsd minimum atteint Vd2 pour la molcule Ubiquitin (W = 13, p = 0.547). Lanalyse montre un eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur le temps du score rmsd minimum atteint Vd2 pour le complexe de molcules NusE:NusG (W = 36, p = 0.008) ; le temps est infrieur de 48.3 % avec lassistance haptique. 149 Avec

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique

500 400 temps (s) 300 200 100 0 Sans haptique Figure 6.6 Temps pour atteindre le score rmsd minimum avec et sans haptique Avec

500 400 temps (s) 300 200 100 0

x Sans assistance x Avec assistance

1 scnario

Figure 6.7 Temps pour atteindre le score rmsd minimum avec et sans haptique pour chaque scnario

150

6.4. Rsultats 0.150 frquence (nb/s) 0.125 0.100 0.075 0.050 0.025 0 Sans haptique Figure 6.8 Nombre de slections par seconde eectues par un oprateur pour la dformation avec et sans haptique La gure 6.8 prsente le nombre de slections par seconde eectues par les oprateurs pour une dformation Vd3 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur le nombre de slections Vd3 (W = 401, p = 0.009) ; le nombre de slections est infrieur de 12.8 % avec lassistance haptique. 25 20 temps (s) 15 10 5 0 Sans haptique Figure 6.9 Temps moyen dune slection eectue par un oprateur pour la dformation avec et sans haptique La gure 6.9 prsente le temps moyen dune slection eectue par un oprateur pour une dformation Vd4 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur le temps moyen dune slection Vd4 (W = 140, p = 0.019) ; le temps de slection est suprieur de 28.1 % avec lassistance haptique. 151 Avec Avec

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique 40 temps (s) 30 20 10 0 Sans haptique Figure 6.10 Temps moyen pour atteindre une cible dsigne lors dune dsignation avec et sans haptique La gure 6.10 prsente le temps moyen mis par un oprateur pour atteindre une cible accepte lors du processus de dsignation Vd6 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur ce temps moyen Vd6 (W = 473, p 0.05) ; le temps moyen pour atteindre une cible est infrieur de 64.3 % avec lassistance haptique. Analyse et discussion En observant le meilleur score rmsd obtenu par les participants avec et sans assistance haptique, on constate quil ny a pas damlioration signicative des performances (voir gure 6.5 page 149). Lassistance haptique propose ne semble pas permettre damliorer les performances et ne conrme pas lhypothse H1 . Dailleurs, la gure 6.6 page 150 montre que le temps mis pour atteindre ce score nest galement pas amlior. Cependant, une analyse en fonction des scnarios montre que les outils dassistance haptique permettent une amlioration sur le complexe de molcules NusE:NusG (scnario 2) mais pas sur la molcule Ubiquitin (scnario 1). Le complexe de molcules NusE:NusG est la tche la plus complexe raliser notamment cause du nombre important de rsidus dformer. Dailleurs, les annotations vidos ont permis de constater plusieurs reprises que les groupes abandonnaient avant la n des 8 mn face la complexit de cette tche : On ne fera pas mieux , On narrivera jamais amliorer le score , Cette molcule est trop dicile , etc. Confronts ces dicults, les sujets ont t plus performants lorsquils taient assists par les outils dassistance 152 Avec

6.4. Rsultats haptique. Le coordinateur est le seul sujet qui ne peut pas eectuer de dformation. Il se consacre la planication des tches raliser. Grce aux outils dassistance haptique mis sa disposition, il peut communiquer plus facilement et plus rapidement ces directives comme expliqu dans la section 6.4.2 page suivante. Ces outils permettent daugmenter lattention des oprateurs qui vont eectuer moins dactions autonomes. Une action autonome est une action que loprateur dcide de raliser sans concertation avec les autres membres du groupe et potentiellement, en dsaccord avec la stratgie globale adopte par ses partenaires. Elles sont en gnral relativement brves dans le temps par rapport aux actions proposes et dsignes par le coordinateur car elle peut tre interrompue tout moment par une requte du coordinateur. Ces actions peuvent ainsi tre relativement improductives. La gure 6.8 page 151 et la gure 6.9 page 151 montrent que ces actions autonomes diminuent avec la prsence des outils dassistance haptique. En eet, on constate sur la gure 6.8 page 151 que la frquence des slections eectues par les oprateurs diminue avec la prsence dune assistance haptique. Cependant, cette diminution peut tre due deux raisons direntes. Soit les oprateurs ont une tendance travailler moins ce qui diminue le nombre total de slections (et donc la frquence) ; soit ils eectuent des dformations plus longues (ce qui diminue la frquence). La gure 6.9 page 151 montre que la prsence des outils dassistance haptique allonge la dure des slections ce qui nous permet de dduire que les oprateurs produisent des dformations plus longues dans le temps. Les outils haptiques proposs ont eu pour eet de diminuer le nombre dactions autonomes. Si les actions autonomes sont moins nombreuses, alors les oprateurs sont plus disponibles pour respecter la stratgie globale mise en place par le coordinateur. Les squences de slection et donc de dformation sont alors plus longues et moins nombreuses. Dailleurs, la gure 6.10 page ci-contre montre que les oprateurs sont plus rapides atteindre la cible dsigne grce lassistance haptique ce qui leur permet de passer plus de temps dformer mais moins de temps eectuer la slection. Nous avons vu que les outils dassistance haptique pour la dsignation aident le coordinateur imposer une stratgie globale ce qui a pour eet damliorer les performances du groupe, surtout sur les tches les plus complexes. Lhypothse H1 est donc partiellement conrme pour la tche la plus complexe. 153

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique

6.4.2

Amlioration de la communication

Dans cette section, nous nous intressons plus prcisment aux volutions de la communication lies la prsence de lassistance haptique. Les analyses statistiques et les graphiques sont suivis dune discussion. Donnes et tests statistiques 10 8 temps (s) 6 4 2 0 Sans haptique Figure 6.11 Temps moyen dacceptation dune dsignation avec et sans haptique La gure 6.11 prsente le temps moyen mis par un oprateur pour accepter une dsignation Vd5 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur ce temps moyen Vd5 (W = 404, p = 0.008) ; le temps moyen pour accepter une dsignation est infrieur de 51.5 % avec lassistance haptique. La gure 6.12 page ci-contre prsente le nombre de dsignations acceptes au cours du processus de dsignation Vd7 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur ce nombre de slections Vd7 (W = 93.5, p = 0.004) ; le nombre de slections est suprieur de 25.7 % avec lassistance haptique. La gure 6.13 page suivante prsente la vitesse moyenne du coordinateur Vd8 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre un eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur cette vitesse Vd8 (W = 15, p = 0.004) ; la vitesse moyenne est suprieure de 25.7 % avec lassistance haptique. 154 Avec

6.4. Rsultats 15 slections (nb) 10 5 0

Sans haptique

Avec

Figure 6.12 Nombre de dsignations acceptes au cours du processus de dsignation avec et sans haptique 1.0 vitesse (mm/s) 0.8 0.6 0.4 0.2 0 Sans haptique Figure 6.13 Vitesse moyenne du coordinateur avec et sans haptique 250 200 temps (s) 150 100 50 0 Sans haptique Figure 6.14 Temps de parole des sujets avec et sans haptique 155 Avec Avec

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique La gure 6.14 page prcdente prsente le temps de parole des sujets Vd10 en fonction de la prsence de lassistance haptique Vi1 . Lanalyse montre quil ny a pas deet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur le temps de parole Vd10 (W = 871, p = 0.554). 300 250 temps (s) 200 150 100 50 0 Sans/Avec haptique Avec/Sans

Figure 6.15 Temps de parole des sujets en fonction de lordre de passage de lassistance haptique La gure 6.15 prsente le temps de parole des sujets Vd4 en fonction de lordre de passage de lassistance haptique. Lanalyse montre un eet signicatif de lordre de passage de lassistance haptique sur le temps de parole Vd4 (W = 849, p 0.05) avec une augmentation de 81.4 % lorsque les sujets commencent avec lassistance haptique. Analyse et discussion Dans le cas sans assistance haptique, les oprateurs ragissent une dsignation pour deux raisons : soit ils ont vu une nouvelle cible dsigne, soit le coordinateur a indiqu oralement la prsence dune nouvelle cible. Dans le premier cas, le temps de rponse de loprateur pour accepter la dsignation dpend de son degr dattention et de la visibilit de la cible (cible masque par des atomes ou cible trop loigne du champ de vision). Dans le second cas, cest le temps utilis pour les changes verbaux et la qualit des explications qui va dterminer le temps de rponse. Dans le second cas, le temps de rponse dpend de la quantit et de la qualit des changes verbaux changs. Ces deux congurations ncessitent que loprateur soit attentif concernant toute nouvelle dsignation ce qui rduit son attention pour les autres vnements (conscience priphrique). 156

6.4. Rsultats La gure 6.11 page 154 nous montre que lutilisation dun retour haptique au sein de ce processus de dsignation amliore considrablement le temps de rponse. Loutil dassistance haptique signale aux oprateurs quune nouvelle cible a t dsigne par le coordinateur. Ce moyen de communication permet dobtenir une ractivit qui ne dpend plus ni du degr dattention de loprateur, ni des interventions verbales du coordinateur. Cela permet de rduire la charge de travail des oprateurs et du coordinateur quils peuvent consacrer la ralisation dautre tches. Lutilisation du canal haptique permet dinformer seulement le ou les sujets concerns par la dsignation. Notre exprimentation utilisant un cran partag, le canal visuel ne permet pas dadresser linformation de manire aussi cible. De plus, on constate sur la gure 6.12 page 155 que le nombre de requtes acceptes par les oprateurs est signicativement suprieur avec lassistance haptique. Les dsignations sont mieux perues avec lassistance haptique ce qui permet aux oprateurs dtre plus ractifs. Ainsi, la stratgie propose par le coordinateur est mieux adopte par les oprateurs. Les oprateurs tant plus rapides pour accepter une dsignation avec lassistance haptique, le temps dattente du coordinateur entre chaque dsignation est rduit. De cette manire, la frquence laquelle il eectue des dsignations est augmente et sa vitesse moyenne de travail est augmente (voir gure 6.13 page 155). Les tapes du processus de dsignation tant plus rapides, les oprateurs attendent moins que le coordinateur leur donne une nouvelle tche eectuer. La gure 6.14 page 155 ne montre pas dvolution du temps de parole li la prsence ou labsence dune assistance haptique. Les canaux visuels et haptiques ne semblent pas substituables mais plutt complmentaires. Cependant, la gure 6.15 page ci-contre montre que lordre de passage a une inuence forte sur la communication verbale. En eet, les sujets qui commencent par lutilisation des outils haptiques produisent signicativement plus dchanges verbaux que les sujets qui commencent sans assistance haptique. En ce qui concerne les sujets qui commencent sans assistance haptique, ils prouvent ds le dbut le besoin de communiquer verbalement puisque quaucun autre moyen de communication ou dassistance la communication nest mis leur disposition. Lorsquon ajoute lassistance haptique dans la seconde tape de lexprimentation, les sujets ont dj pu identier les problmatiques dinteraction et utilisent lassistance haptique bon escient qui se substitue aux communications verbales. 157

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique Par opposition, les sujets commenant par lutilisation de lassistance haptique apprennent utiliser les outils et dcouvrent les tches raliser dans le mme temps. Lorsquon supprime lassistance haptique dans la seconde tape de lexprimentation, ils doivent rednir les mthodes de travail et compensent ce manque par une augmentation des communications verbales. On constate dans cette section que les outils dassistance la communication remplissent leur rle en amliorant lecacit et la qualit de la communication. Ceci nous permet de valider lhypothse H2 . En eet, en amliorant la qualit de linformation signaler directement aux oprateurs quune dsignation est en cours le temps mis par un oprateur pour tre oprationnel sur cette dsignation est rduit et lecacit globale du processus de dsignation est augmente. De plus, lutilisation de ces outils haptiques se substitue en partie aux changes verbaux ce qui rend les canaux de communication verbaux et haptiques complmentaires.

6.4.3

valuation qualitative

Lors de cette exprimentation, un questionnaire a t propos aux sujets abordant deux points essentiels : la conscience et lutilisabilit. Les rsultats de ces questionnaires sont discuts dans cette section. Questionnaire sur la communication et la conscience priphrique Les utilisateurs pensent que la plateforme collaborative leur permet dtre relativement conscients des actions de leurs partenaires puisquils estiment comprendre les requtes et consignes de leurs collgues rapidement ( = 2.3, = 0.6) et quils considrent, chaque instant, tre conscients de la position spatiale virtuelle des autres collaborateurs ( = 2.2, = 0.8) 1 . Dailleurs, les sujets nestiment pas ncessaire de signaler leurs actions aux partenaires ( = 0.8, = 0.7). Avec cette communication sens unique, cest la plateforme et ses outils (systme de visualisation, assistance haptique) qui permet aux sujets davoir une conscience de groupe. Pourtant, les sujets participent inconsciemment au processus de communication pour supporter la conscience de groupe ( = 2.3, = 0.8). En eet, les annotations vidos ont permis de relever, plusieurs reprises, le besoin dinformer les partenaires sur ltat actuel de lenvironnement virtuel (les dsignations en cours, les dformations eectuer, lvolution du score rmsd,
1. Lchelle de notation est comprise entre 1 et 5 mais les moyennes ont t normalises entre 0 et 4.

158

6.4. Rsultats etc.). Nous pouvons citer par exemple les cas o un coordinateur indique oralement une cible dsigne un oprateur qui ne laurait pas vu ou encore un oprateur qui indique au coordinateur un rsidu ncessitant une dformation. Les sujets participent et soutiennent, par leurs actions, la conscience de groupe. Cependant, ce soutien est souvent inconscient car les sujets ne font pas souvent leort de signaler explicitement leurs propres actions ou leur propre situation dans lenvironnement virtuel. Seuls les cas dincomprhension ou de litiges donnent lieu des prcisions verbales des sujets concerns. Il semble que lassistance haptique ne soit pas utilise dans ce cas. En eet, un test de Wilcoxon [1945] montre quil ny a aucun eet signicatif de lassistance haptique Vi1 sur : la comprhension rapide des actions eectues par les collgues (W = 18.5, p = 0.669) ; le besoin de signaler ses propres actions (W = 59, p = 0.236) ; le besoin dinformer les partenaires lors de lacceptation dune requte du coordinateur (W = 27, p = 0.109). Cependant, les sujets estiment que les outils dassistance haptique permettent souvent de se passer de communication verbale ( = 1.6, = 0.7). Un test de Wilcoxon [1945] montre un eet signicatif de lassistance haptique sur le besoin des sujets utiliser la communication verbale (W = 39, p = 0.068). Les outils dassistance haptique ont t dvelopps pour amliorer la communication pour le processus de dsignation. travers le questionnaire, les sujets pensent, de manire modre, avoir une meilleure communication entre eux avec lassistance haptique ( = 1.8, = 0.7) que sans assistance haptique ( = 1.5, = 0.7). On peut expliquer ce rsultat mitig par le fait que le processus de dsignation noccupe quune portion du temps total de ralisation de la tche ; le reste du temps, les moyens habituels de communication sont utiliss par les sujets. De plus, le rle de lassistance haptique sest montr particulirement utile dans la conscience de la position spatiale virtuelle des partenaires (W = 23.5, p = 0.039). Les sujets estiment mieux connatre la position spatiale virtuelle de leurs partenaires avec lassistance haptique ( = 2.5, = 0.7) que sans lassistance haptique ( = 2, = 0.8). Pourtant, les outils dassistance haptique nindique en rien la position mais plutt le statut des partenaires (en cours dacceptation, en cours de dformation, etc.). On peut supposer que les sujets souhaitent parfois connatre le statut (en cours de dformation, en recherche dune tche eectuer, etc.) de leur partenaire et que cette information ne ncessite pas dtre accompagne de la position spatiale virtuelle des partenaires concerns ; les sujets cherchent seulement les informations dont ils ont besoin pour obtenir une conscience de groupe adapte la situation. 159

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique Questionnaire dutilisabilit Cette dernire exprimentation a t loccasion dvaluer lutilisabilit de la plateforme Shaddock laide du score sus (System Usability Scale) dcrit dans la section C.3.1 page 243. Cette valuation, mene sur des sujets dont un quart de biologistes, permet dobtenir un score dutilisabilit de lapplication ( = 51.1, = 16.8) 2 . Bangor et al. [2009] a conduit une tude sur 3 500 enqutes menes avec ce test pour obtenir une moyenne : le score moyen est de 68. Cependant, si on restreint notre tude de lutilisabilit aux sujets biologistes, le score augmente ( = 61.2, = 16.7). Daprs les utilisateurs, notre plateforme est encore considre comme incomplte. Bangor et al. [2009] propose galement de noter les applications values avec le score sus sur une chelle sept niveaux : Worst imaginable, Awful, Poor, Ok, Good, Excellent et Best imaginable. Selon ce score, Shaddock se place dans la catgorie Ok ce qui en fait un application utilisable en ltat mais pour laquelle des amliorations sont ncessaires. Lhypothse H3 nest pas valide avec ces rsultats mitigs. Une limite importante de la plateforme concerne le systme de visualisation. En eet, une proportion importante des utilisateurs se sont plaint dune grande dicult percevoir la dimension de profondeur dans lenvironnement virtuel. Plusieurs utilisateurs ont voqu le besoin davoir un systme de visualisation en 3d stroscopique. La prsence de biologistes dans le panel de sujets a galement permis de mettre en vidence dirents points critiques prendre en compte pour les dveloppements futurs. En particulier, ils auraient souhait pouvoir stabiliser un rsidu dans sa position nale ou encore pouvoir dformer des structures molculaires de taille plus importante que les rsidus tels que les structures secondaires (hlices- et feuillets-). Ce dernier point a t abord dans la section 2.4.3 page 52.

6.5
6.5.1

Conclusion
Rsum des rsultats

Cette exprimentation avait pour objectif dvaluer de nouveaux outils de communication entre les membres dun groupe sur une tche collaborative
2. Pour rappel, les tests dutilisabilit sus fournissent des scores compris entre 0 et 100.

160

6.5. Conclusion troitement couple. De plus, nous avons pu confronter la plateforme Shaddock des bio-informaticiens, ayant une expertise dans le domaine du docking molculaire. Il ressort de cette exprimentation que les outils dassistance la communication permettent damliorer signicativement la communication entre les membres du groupe avec pour consquence une amlioration des performances, notamment dans les tches les plus complexes. Lutilisation de lhaptique bon escient permet de diminuer les temps de rponse lors des communications tout en adressant directement les informations transmettre aux membres concerns. De plus, la rpartition de la communication sur diffrents canaux sensoriels permet de soulager de la charge cognitive de travail pour chaque utilisateur. Avec le questionnaire portant sur la conscience de groupe, on constate que la conscience repose principalement sur les outils fournis par la plateforme, savoir les retours visuels et les retours haptiques, lorsquils sont disponibles. En ce sens, la communication haptique est pertinente puisquelle permet damliorer les performances en augmentant la conscience priphrique. Par exemple, elle permet dindiquer rapidement laction dun partenaire ou elle guide rapidement les utilisateurs les uns vers les autres. Les questionnaires dutilisabilit ont galement permis de montrer que la plateforme soure dun dfaut important : la visualisation, notamment les problmes lis la perception de la profondeur. Cependant, un systme de visualisation stroscopique devrait permettre de rsoudre en grande partie ce problme. En ce qui concerne les autres aspects de la plateforme Shaddock, les biologistes ont comments la plateforme de manire relativement positive except pour les problmes de visualisation. Ils ont tout de mme suggr des outils qui, selon leur propre exprience, seraient ncessaires une utilisation plus pertinente de cette plateforme. En particulier, ils ont mis le dsir de pouvoir stabiliser la position des atomes aprs les avoir placs dans une position nale. Le second outil dont ils auraient aim disposer est la dformation de blocs tels que les structures secondaires. Cependant, les contraintes de manipulation dun tel ensemble datomes, expose dans la section 2.4.3 page 52, entranerait des modications importantes sur les mtaphores de manipulation. Globalement, la plateforme a sduit les utilisateurs mais a montr quelques faiblesses importantes qui la rende encore trop instable dans ltat actuel. 161

Chapitre 6. Travail collaboratif assist par haptique

6.5.2

Synthse et perspectives

Cette dernire exprimentation nous a permis de mettre en avant la pertinence de la communication haptique dans le cadre dune tche de collaboration troitement couple. Loutil haptique propos ne concerne que le processus de dsignation mais dautres aspects de la communication peuvent tre explors. On peut se reporter aux travaux de Oakley et al. [2001] qui proposent plusieurs mtaphores sur le sujet qui devrait permettre damliorer la conscience de groupe comme lajout de la perception haptique entre les utilisateurs au sein de lenvironnement virtuel ou encore la possibilit demmener le curseur dun partenaire pour le guider vers une cible. En ce qui concerne les amliorations de la plateforme Shaddock, de nombreuses propositions ont t suggres par les bio-informaticiens. Quelquesunes seront intgres dans un futur proche, dautres ncessitent une rexion plus approfondie sur la pertinence et sur la faisabilit. Quoiquil en soit, devant lenthousiasme des sujets pour cette exprimentation relativement longue ( 75 mn), Shaddock semble fournir les bases susantes pour une plateforme pertinente de docking molculaire en temps-rel.

162

Conclusion et perspectives
Durant ce travail de thse, nous avons tudi direntes congurations collaboratives dans le contexte particulier de la collaboration troitement couple pour la rsolution de tches complexes, en loccurence, le docking molculaire. Dans cette conclusion, nous allons confronter les travaux existants (voqus dans ce mmoire) avec notre contribution an de mettre en avant les apports de notre travail. Tout dabord, nous avons pu constater un gain en performances li la distribution des charges de travail, notamment dans la seconde tude (voir chapitre 4 page 83) dans laquelle nous comparons deux distributions direntes des ressources ; ces conclusions vont dans le mme sens que les tudes de Bandura [1986] ou de Foushee et Helmreich [1987] sur la collaboration. Cependant, la collaboration troitement couple provoque des conits de coordination entre les utilisateurs (accs concurrent une zone, besoin de coordination, etc.) comme expliqu par Latan et al. [1979]. La troisime tude nous a permis de constater que ces conits de coordination sont nombreux dans une collaboration troitement couple avec pour eet de rduire considrablement les gains en performances. Nous avons galement pu observer les eets de la facilitation sociale au cours des direntes congurations collaboratives values. Pourtant, Zajonc [1965] avait voqu une dcroissance des performances sur des tches complexes. Les travaux de Zajonc [1965] voquaient des collaborations faiblement couples contrairement notre contexte de collaboration. Il semblerait quun couplage fort stimule et motive le groupe par un lien social de nature dirente (proximit, interaction coordonne, modication simultane, etc.). Cependant, modrons ce propos pour deux raisons. Tout dabord, il nexiste pas actuellement de mesure objective de la complexit dune tche, quelque soit la nature de la tche. De plus, le cadre exprimental dans lequel se placent nos tudes proposent toujours des tches avec des objectifs atteignables (il faut atteindre un seuil). Dans le cadre du docking molculaire, les objectifs ne sont pas forcment atteignables et il est possible que cela entrane 163

Conclusion et perspectives un niveau de motivation du groupe dirent. Au cours de la troisime tude (voir chapitre 5 page 113), nous avons pu arriver des conclusions similaires celles obtenues par Bales [1950] concernant lapparition de membres dominants au sein dun groupe. Ce point avait besoin dtre valid dans le contexte particulier de la collaboration troitement couple car les mcanismes de communication et les interactions entre les utilisateurs sont dirents. Lensemble de ces conclusions nous a men ltablissement dune nouvelle conguration de travail (meneur et suiveurs) et fournir des outils haptiques adapts chacun des rles pour amliorer la coordination et la communication. Cette nouvelle conguration de travail a montr son ecacit dans la dernire exprimentation (voir chapitre 6 page 137) dans laquelle des volutions signicatives en terme de communication ont t observes. Dailleurs, cette exprimentation nous a permis de conrmer les hypothses non-values de Moll et Sallns [2009] concernant lutilit de la modalit haptique pour assister le processus de dsignation. Plus gnralement, cette exprimentation montre la pertinence du canal haptique dans le processus de coordination et de communication (avertissement, validation, indication, etc.) pour les collaborations troitement couples en environnements complexes. Ltude et lamlioration des interactions en environnement collaboratifs a dj donn lieu quelques travaux. Par exemple, les travaux de thse de Ullah [2011] sintressent lutilisation dune assistance multi-modale en environnement collaboratif. Puis, sur la base de mes travaux de thse, Adrien Girard se propose dtudier le potentiel de la modalit haptique pour la communication et la conscience priphrique sur des tches lmentaires de dformation collaborative. Dans ce travail de thse, nous navons pas abord certains aspects du travail collaboratif qui seraient galement pertinents tudier. Par exemple, nous ne nous sommes pas intresss la collaboration de plusieurs experts provenant de spcialits direntes. En eet, nous avons pu voir que le docking molculaire fait appel des spcialits diverses. La collaboration multi-experts amnera probablement de nouvelles contraintes de collaboration quil faudrait identier. Notre dernire exprimentation na fait queeurer le sujet en proposant des niveaux de collaboration dirents (coordinateur ou oprateur) mais lintervention de dirents experts pourrait ncessiter des modications plus profondes de lenvironnement de travail (environnements de visualisation privs, outils adapts la spcialit des experts, etc.). La collaboration distante na galement pas t aborde dans ce travail de thse. Ce choix a t pris en dbut de thse an de limiter les contraintes 164

Conclusion et perspectives de communication (audio, visuel, gestuel, haptiques, etc.) ainsi que direntes contraintes techniques (latence des rseaux, stabilit de linteraction, cohrence de la scne, etc.). Ces contraintes doivent faire lobjet dtudes approfondies an den faire une identication prcise et de trouver des solutions appropries. La communaut a visiblement un rel besoin de ce type de plateforme au regard de ltude bibliographique chapitre 1 page 3 o la plupart des plateformes prsentes permettent des collaborations distantes. Un aspect plus exprimental de notre travail doit galement tre abord. Tout au long de notre travail, nous avons pu mettre en vidence dirents conits de coordination. Cependant, nous avons eu des dicults pour mesurer, quantier ou mme qualier ces conits de coordination et de la mme faon, les conits de communication. Il est ncessaire de dnir des mesures objectives permettant de rpondre cette problmatique. De nombreux champs restent explorer en ce qui concerne les congurations collaboratives troitement couples. Cependant, ce travail de thse permet de fournir les premires pistes pour la communication haptique en environnement complexe.

165

Conclusion et perspectives

166

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199

Bibliographie

200

Glossaire
bimanuel deux mains. 85, 93, 98, 99, 104, 108112, 117, 119, 133, 139 binme Entit constitue de 2 personnes (voir monme, trinme et quadrinme). xviii, 36, 64, 6772, 7478, 80, 81, 8486, 93, 95100, 102111, 114, 115, 117, 121, 123125, 127129, 133, 136, 198, 210216, 218, 219, 226, 231, 232 conit de coordination Conit entre deux sujets qui peut survenir lorsque les deux sujets tente daccder ou dagir sur un mme espace de travail. iii, 23, 75, 77, 78, 81, 104, 111, 115, 124, 125, 129, 133, 134, 138, 161, 163 curseur lment virtuel associ leecteur terminal que le sujet manipule. 197 docking molculaire Mthode permettant de dterminer lorientation et la dformation optimale de 2 molcules an quelles sassemblent pour former un complexe de molcules stable. iii, xvii, xxiii, 1, 49, 1214, 16, 17, 35, 36, 57, 84, 86, 136, 139, 140, 158, 160162 eecteur terminal lment physique manipul par un sujet li un lment virtuel (voir curseur). xix, xx, 9699, 102, 107, 128, 130, 211, 215, 218, 221, 222 facilitation sociale En anglais, social facilitation, phnomne de groupe dni dans la section 1.3.2 page 20. 17, 2022, 25, 35, 86, 114, 124, 125, 133, 161 homoscedasticit quivalent homognit des variances ; dni si la variances de plusieurs population sont de mme ordre et donc comparables. 66, 93 meneur En anglais, leader, personne qui prend les dcisions dans un groupe an 201

Glossaire datteindre des objectifs communs (voir suiveur). 79, 110, 114116, 119, 125, 130, 131, 133, 134, 136138, 162, 198, 217, 232 monomanuel une main. 85, 93, 99, 104, 110, 117, 119, 124, 133, 139 monme Entit constitue dun unique individu (voir binme, trinme et quadrinme). xviii, 36, 64, 6770, 79, 80, 85, 86, 93, 95100, 102111, 197, 198, 210, 211, 213216, 226, 231, 232 paresse sociale En anglais, social loang, phnomne de groupe dni dans la section 1.3.3 page 23. 17, 20, 2225, 31, 32, 35, 109, 114, 129, 130, 133 quadrinme Entit constitue de 4 personnes (voir monme, binme et trinme). 117, 119, 121, 123125, 127129, 133, 197, 198, 216219 ralit virtuelle Simulation informatique interactive qui immerge un ou plusieurs utilisateurs dans un environnement multimodal. 9 rsidu Groupe datomes constituant un des blocs lmentaires dune molcule. xviii, xxi, xxiii, 7, 36, 47, 48, 53, 54, 59, 62, 64, 6771, 7477, 80, 81, 8789, 91, 93, 103, 109, 116, 119, 138, 141, 144, 145, 150, 156, 158, 205, 211213, 215, 221 structure informelle Groupe de personnes sans structure ni hirarchie. 131, 133, 222 suiveur En anglais, follower, personne qui se laisse diriger dans un groupe an datteindre des objectifs communs (voir meneur). 79, 130, 131, 133, 134, 138, 162, 197 trinme Entit constitue de 3 personnes (voir monme, binme et quadrinme). 139, 141, 197, 198 variable inter-sujets Variables pour lesquelles les sujets sont confronts une et une seule des modalits de la variable. 95, 215, 218 variable intra-sujets Variables pour lesquelles les sujets sont confronts toutes les modalits de la variable. 66, 95, 211, 215, 218, 220, 221 202

Acronymes
cuda Technologie utilisant lunit graphique dun ordinateur pour eectuer des calculs hautes performances. 40 ddl Mouvements relatifs indpendants dun solide par rapport un autre. xvii, 12, 13, 50, 51, 57, 93 evc Ensemble logiciel et matriel permettant de faire interagir plusieurs utilisateurs au sein dun mme environnement ; ces environnements jouent un rle essentiel dans le dveloppement de nouvelles mthodes de travail collaboratives. 1, 43, 58, 81, 84, 86, 204 ibpc Institut de recherche, gr par la fdration de recherche frc 550, tudiant les bases structurales, gntiques et physico-chimiques leur diffrents niveaux dintgration. 49, 220 icm Mthode de recherche dans un espace de solutions, similaire une descente de gradient. 7, 8 imd Logiciel permettant de connecter le logiciel de visualisation molculaire vmd avec le logiciel de simulation namd pour une simulation interactive en temps-rel [Stadler et al. 1997]. 40, 49, 84, 199 itap Institut de Physique Thorique et Applique de Stuttgart lorigine du dveloppement du logiciel imd. 49 cnrslimsi Unit Propre de Recherche du cnrs (upr 3251) associ aux universits Paris Sud et Pierre et Marie Curie. ix, 210, 214, 217 203

Acronymes namd Logiciel de simulation pour la dynamique molculaire [Phillips et al. 2005]. 40, 48, 49, 53, 84, 141, 199, 204 pcv Dans une application de ralit virtuelle, les activits dun sujet peuvent tre dcomposes en quatre comportements de base, appels Primitive Comportementale Virtuelle (pcv), qui sont : observer, se dplacer, agir et communiquer [Fuchs et al. 2006]. 36, 56, 84, 114, 200 rmsd Appel cart Quadratique Moyen en franais, il permet dans le cadre de la biologie molculaire de mesurer la dirence entre deux conformations dune mme molcule. xx, xxi, 86, 116, 141, 146, 147, 150, 156, 216, 219, 221223 sus chelle de notation entre 0 et 100 propose par Brooke [1996] permettant dvaluer lutilisabilit dun systme. 157, 158, 220, 222, 233, 238, 239 trm La thorie mrt (pour Multiple Resource Theory), labore par Wickens [1984], propose un modle pour la gestion des charges de travail dun humain. 99 uml Langage graphique de modlisation utilis principalement en gnie logiciel. xviii, 40, 136 vmd Logiciel de visualisation molculaire [Humphrey et al. 1996]. xviii, 9, 40, 4551, 57, 64, 89, 143, 180, 199, 204, 205 vrpn Logiciel permettant de connecter dirents priphriques de ralit virtuelle une mme application sous forme dune architecture client/serveur [Taylor II et al. 2001]. 40, 45, 51, 64, 117, 141, 204

204

Annexes

205

Annexe

A
. . . . . . . . . . 208 209 . 209 . 209 212

Dispositif exprimental
Sommaire
A.1 Matriel exprimental . . . . . . . . . . . . . . A.2 Prsentation des molcules . . . . . . . . . . . A.2.1 Liste des molcules . . . . . . . . . . . . . . . A.2.2 Reprsentation des molcules . . . . . . . . . A.3 Outils de manipulation . . . . . . . . . . . . .

207

Annexe A. Dispositif exprimental

A.1

Matriel exprimental

Les exprimentations se basent sur levc prsent dans le chapitre 2 page 39. Dans cette section, nous allons prsenter le matriel utilis et sa disposition. Tout dabord, voici le matriel de base utilis pour les direntes exprimentations : 2 ordinateur quatre curs Intel R CoreTM 2 q9450 (2.66 GHz) avec 4 Go de ram ; 2 interfaces haptiques phantom Omni R ; 1 vidoprojecteur acer (p5 series) 1 ; 1 grand cran de vidoprojection. Un premier ordinateur A est celui do lexprimentateur va commander lensemble de lexprimentation. Cet ordinateur est destin lapplication cliente vmd : cest donc cette machine qui soccupe du calcul pour les rendus visuels. La seconde machine B est ddie au moteur de simulation namd : elle communique avec la machine A par une connexion tcp/ip. Lachage de la scne virtuelle est assur par un vidoprojecteur connect lordinateur A. Le vido projecteur est plac derrire les sujets et projette la scne virtuelle sur un grand cran de 2.2 m par 2 m. Lcran est plac face aux sujets et tous les sujets percoivent la mme scne virtuelle. An que la communication entre les sujets soit optimale, aucune contrainte de communication ne leur est donne et ils sont libres dutiliser tous les moyens de communication possibles (verbaux, gestuels, virtuels, etc.). Les ordinateurs A et B sont galement utiliss en tant que serveur vrpn. Un phantom Omni R est connect sur chacune des deux machines. Ces interfaces haptiques sont places sur une table devant les sujets. Les sujets ont la possibilit de dplacer les interfaces haptiques (avec laide de lexprimentateur) an de sinstaller confortablement et dutiliser la main quils dsirent pour la manipulation du priphrique. Ce qui vient dtre dcrit est la plateforme de base qui est utilise au cours des direntes exprimentations. Cependant, des spcicits lies aux tches proposes durant les direntes exprimentations sont dtailles au-fur-et-mesure.
1. Pour la premire exprimentation, cest un vidoprojecteur Casio xj qui a t utilis.

208

A.2. Prsentation des molcules

A.2

Prsentation des molcules

Durant les direntes exprimentations, plusieurs molcules ou complexe de molcules ont t utilises. partir de ces molcules, dirents scnarios ont t conus et les dicults sont dcrites au-fur-et--mesure de la prsentation des direntes exprimentations. Tout dabord, nous prsenterons la liste des molcules utilises. Puis nous expliquerons le rendu visuel utilis dans tous les exprimentations.

A.2.1

Liste des molcules

Chaque molcule utilise est rfrence sur la Protein DataBase 2 par un identiant pdb. Voici la liste des molcules utilises : trp-zipper La molcule trp-zipper [Cochran et al. 2001] a pour identiant pdb 1le1. Cette molcule contient 218 atomes dont 12 rsidus. trp-cage La molcule nomme trp-cage [Neidigh et al. 2002] a pour identiant pdb 1l2y. Cette molcule contient 304 atomes dont 20 rsidus. Prion La molcule nomme Prion [Christen et al. 2009] avec lidentiant pdb 2kfl. Cette molcule contient 1 779 atomes dont 112 rsidus. Ubiquitin La molcule nomme Ubiquitin [Vijay-Kumar et al. 1987] avec lidentiant pdb 1ubq. Cette molcule contient 1 231 atomes dont 76 rsidus. NusE:NusG Le complexe de molcules NusE:NusG [Burmann et al. 2010] a pour identiant pdb 2kvq. Il est constitu de deux molcules NusE et NusG possdant respectivement 1 294 atomes pour 80 rsidus et 929 atomes pour 59 rsidus. On notera la prsence de molcule de taille relativement petite comme trpzipper et trp-cage. On trouve galement des molcules de taille assez importante comme Prion et Ubiquitin. Enn, pour la dernire exprimentation, un complexe de molcules a t utilis avec NusE:NusG.

A.2.2

Reprsentation des molcules

La reprsentation des molcules est un domaine de recherche part entire toujours dactualit [Chavent et al. 2011]. En eet, la complexit et labondance dinformations visualiser ncessite des rendus graphiques avancs
2. http://www.pdb.org/

209

Annexe A. Dispositif exprimental et complmentaires. De plus, la quantit importante dinformations reprsenter peut ncessiter une machine puissante an de gnrer un rendu en temps-rel. Heureusement, vmd possde un moteur de rendu graphique avanc (voir section 2.3.1 page 46), aussi bien en terme de choix de rendu quen terme dacclration graphique. An dobtenir un rendu de molcule pertinent, nous avons bnci des conseils dun biologiste. Ensuite, nous avons pu adapter les rendus de molcules en fonction de nos besoins pour les dirents scnarios proposs. Cependant, une base commune a t utilise. Tout dabord, les atomes tant llment constituant de la molcule, il est ncessaire de les reprsenter en intgralit. Cependant, ils sont trs nombreux et produisent rapidement une surcharge de la scne donc le choix de leur taille est primordial. Une premire solution est de saranchir, partiellement, des atomes dhydrogne. En eet, ces derniers ne constituent pas une information importante et peuvent tre dduits partir du reste de la structure de la molcule. Les atomes dhydrognes peuvent donc tre reprsents avec une taille rduite par rapport aux autres atomes. Le rendu cpk est utilis pour eectuer un rendu des atomes (voir gure A.1).

Figure A.1 Reprsentation des atomes avec cpk Cependant, la reprsentation de la molcule exclusivement avec les atomes et les liaisons entre les atomes ne permet pas dapprhender la structure globale. En eet, on peut voir une molcule comme un long brin qui se replie sur lui-mme avec des feuilles tout le long du brin. Il est donc pertinent de reprsenter cette structure principale. Cest la reprsentation NewRibbon qui tient ce rle (voir gure A.2 page suivante). Pour nir, pour des raisons physiques dinteraction, certains atomes sont xs au niveau de la simulation an dviter des drives de la molcule. Ces atomes 210

A.3. Outils de manipulation

Figure A.2 Reprsentation de la structure principale de la molcule avec NewRibbon sont signals visuellement par une reprsentation en gris (voir gure A.3 page ci-contre).

Figure A.3 Reprsentation des atomes xs en gris

A.3

Outils de manipulation

La plateforme de base propose deux interfaces haptiques. Ces deux interfaces haptiques sont utilises comme interfaces de dformation de la molcule : des outils tug. Pour comprendre ce que sont des outils de dformation, on peut se reporter la section 2.4.2 page 51. Au cours des trois premires exprimentations, seules quelques modications du rendu visuel associs ces outils sont eectues. Cependant, la quatrime exprimentation apporte des modications plus lourdes de cet outil que ce soit au niveau visuel ou au niveau haptique. On pourra se reporter aux chapitres respectifs pour plus de dtails. 211

Annexe A. Dispositif exprimental De plus, un outil de manipulation et dorientation de la molcule sera propos sous direntes formes au cours des direntes exprimentations. Ce sera par lintermdiaire dun outil grab dans la premire exprimentation (voir section 3.3.2 page 64), par une souris 3d dans la seconde (voir section 4.3.2 page 89) puis par une simple souris usb dans la dernire exprimentation (voir section 6.3.2 page 143).

212

Annexe

B
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214 . 214 . 214 . 215 . 217 217 . 217 . 218 . 219 . 220 220 . 220 . 221 . 222 . 223 223 . 223 . 224 . 224 . 226

Mthode exprimentale
Sommaire
B.1 Premire exprimentation . B.1.1 Hypothses . . . . . . . . B.1.2 Sujets . . . . . . . . . . . B.1.3 Variables . . . . . . . . . B.1.4 Procdure . . . . . . . . . B.2 Seconde exprimentation . . B.2.1 Hypothses . . . . . . . . B.2.2 Sujets . . . . . . . . . . . B.2.3 Variables . . . . . . . . . B.2.4 Procdure . . . . . . . . . B.3 Troisime exprimentation . B.3.1 Hypothses . . . . . . . . B.3.2 Sujets . . . . . . . . . . . B.3.3 Variables . . . . . . . . . B.3.4 Procdure . . . . . . . . . B.4 Quatrime exprimentation B.4.1 Hypothses . . . . . . . . B.4.2 Sujets . . . . . . . . . . . B.4.3 Variables . . . . . . . . . B.4.4 Procdure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

213

Annexe B. Mthode exprimentale

B.1
B.1.1

Premire exprimentation
Hypothses

Nous mettons plusieurs hypothses concernant cette premire exprimentation. Les hypothses concernent les performances des binmes ainsi que leurs stratgies de travail. Nous souhaitons galement recueillir les avis des sujets sur lintrt quils portent la collaboration ainsi que sur lutilisabilit de la plateforme Shaddock. H1 Amlioration des performances en binme Nous mettons lhypothse que les performances des binmes seront meilleures que les performances des monmes grce la distribution des charges de travail. Les performances seront values en terme de temps de ralisation de la tche mais aussi en terme de ressources utilises comme le nombre de slections eectues. H2 Stratgies variables en fonction des binmes Nous mettons lhypothse que les binmes adopteront des stratgies de collaboration direntes en fonction des anits entre les sujets et de leurs connaissances respectives. Lidentication des direntes stratgies permettra didentier celles qui obtiennent les meilleures performances. H3 Les sujets prfrent le travail en binme Nous mettons lhypothse que les sujets prfrent le travail en collaboration grce laspect social que celui-ci implique. H4 Bonne utilisabilit de la plateforme La dernire hypothse que nous mettons est que notre plateforme est utilisable dans la forme sous laquelle elle est propose (intuitivit, ergonomie, etc.). Cependant, nous souhaitons identier les faiblesses laide dun questionnaire soumis aux sujets.

B.1.2

Sujets

24 sujets (4 femmes et 20 hommes) avec une distribution dge de = 27.8, = 7.3 ont particip cette exprimentation. Ils ont tous t recruts au sein du Laboratoire pour lInformatique, la Mcanique et les Sciences de lIngnieur (cnrslimsi) et sont chercheurs, assistants de recherche, tudiants en thse ou stagiaires dans les domaines suivants : 214

B.1. Premire exprimentation linguistique et traitement automatique de la parole ; ralit virtuelle et systme immersifs ; audio-acoustique. Tous les sujets sont francophones. Aucun participant na de dcience visuelle (ou corrige le cas chant), de dcience audio ou de dcience moteur du haut du corps. Les sujets ne sont pas rmunrs pour lexprimentation. Chaque participant est compltement naf concernant les dtails de lexprimentation. Une explication dtaille de la procdure exprimentale leur est donne au commencement de lexprimentation. Cependant, lobjectif de lexprimentation nest pas rvl.

B.1.3

Variables

Variables indpendantes Vi1 Nombre de sujets Cest une variable intra-sujets. Vi1 possde deux modalits : un sujet (c.f. monme) ou deux sujets (c.f. binme). 24 monmes et 12 binmes ont t tests. Vi2 Rsidu recherch Cest une variable intra-sujets. Vi2 concerne les rsidus recherchs qui sont au nombre de 10 rpartis part gale dans deux molcules (voir table 3.1 page 60). Dirents niveaux de complexit caractrisent chaque rsidu (voir table 3.2 page 63). Variables dpendantes Vd1 Temps de ralisation Ce temps est le temps total pour raliser la tche demande, cest--dire trouver le rsidu et lextraire de la molcule. Il ny a pas de limite de temps pour raliser la tche. Ce temps est divis en deux phases bien distinctes : Lexploration Cest la phase pendant laquelle les sujets cherchent le rsidu. Cette exploration peut se limiter une exploration visuelle en orientant et en dplaant la molcule. Elle peut aussi seectuer par la dformation de la molcule an datteindre les rsidu inaccessibles (derrire ou au centre de la molcule). La slection La phase de slection dbute ds linstant o un des deux sujets a identi visuellement le rsidu. Elle est constitue dune tape de slection puis dune tape dextraction hors de la molcule. 215

Annexe B. Mthode exprimentale Vd2 La distance entre les espaces de travail Cette mesure est la distance moyenne entre les deux eecteurs terminaux correspondant aux outils tug. Elle est mesure dans le monde rel mais peut tre convertie dans lenvironnement virtuel ( lchelle de la molcule). Lordre de grandeur de cette mesure est le centimtre. Vd3 Communications verbales Lenregistrement des communications verbales permet de mesurer la dure de parole de chaque sujet pour chaque tape de lexprimentation. Ces mesures segmentent la phase dexploration et la phase de slection (voir Vd1 ) comme indiqu plus prcisment sur la gure B.1. Temps de recherche Temps de slection

temps
Communication verbale Figure B.1 tapes de la communication verbale pour la recherche dun rsidu Vd4 Anit entre les sujets Le degr danit concernant uniquement les binmes est compris entre 1 et 5 selon les critres suivants : 1. Les sujets ne se connaissent pas ; 2. Les sujets travaillent dans la mme entreprise, le mme laboratoire ; 3. Les sujets travaillent dans la mme quipe, sur les mmes projets ; 4. Les sujets travaillent ensemble, sont dans le mme bureau ; 5. Les sujets sont amis proches. Vd5 Force moyenne applique par les sujets La force applique par chaque sujet sur les atomes pendant la simulation est mesure en Newton. Une valeur moyenne de cette force est calcule pour tre analyse. Vd6 Rponses au questionnaire Un questionnaire est propos tous les sujets. Il est constitu de trois sections, avec une section supplmentaire pour les binmes (voir section C.1 page 230). 216

B.2. Seconde exprimentation

B.1.4

Procdure

Lexprimentation dbute par une phase dapprentissage avec la molcule trp-zipper. Un rsidu est propos et doit tre identi et extrait. Lapprentissage est destin familiariser les sujets avec la plateforme, les outils de manipulation et la tche raliser. Cette phase dure maximum 5 mn. Lexprimentateur est disponible pour rpondre aux questions des sujets. Lorsque ltape dapprentissage est termine, nous prsentons aux sujets une srie de 10 rsidus selon la procdure suivante. Le premier rsidu est ach sur lcran lcd et les sujets dbutent la phase de recherche. Lorsque le rsidu est identi, slectionn puis extrait hors de la molcule, lapplication est arrte. Ensuite, un second rsidu est ach, lapplication est de nouveau dmarre et ainsi de suite pour les 10 rsidus identier. Lenregistrement audio est dmarr la n de ltape dapprentissage. Lensemble des rsidus est propos dans un ordre alatoire an dviter un biais li lapprentissage de la plateforme et de la tche. Les sujets sont tenus de trouver et extraire dix rsidus en monme et dix rsidus en binme. Toujours pour viter un biais li lapprentissage, les sujets sont soumis aux tches en monme et en binme de faon alterne selon les trois combinaisons suivantes : 1. Le monme A, puis le monme B, puis le binme AB ; 2. Le monme A, puis le binme AB, puis le monme B ; 3. Le binme AB, puis le monme A, puis le monme B. Lorsque les sujets ont ralis toutes les tches dans les deux congurations possibles (monme et binme), un questionnaire leur est soumis. Chaque sujet rpond au questionnaire de manire autonome, sans communication avec son partenaire.

B.2
B.2.1

Seconde exprimentation
Hypothses

Les hypothses de cette nouvelle tude sont en grande partie base sur ltude prcdente. Nous souhaitons conrmer lintrt du travail collaboratif dans ce contexte de dformation molculaire, notamment sur les tches de forte complexit. De plus, cette exprimentation propose dtudier lapprentissage dans le travail collaboratif et den observer lvolution. 217

Annexe B. Mthode exprimentale H1 Amlioration des performances en binme Nous mettons lhypothse que les performances des binmes seront meilleures que les performances des monmes sur cette tche de dformation. Cette hypothse est base sur les conclusions obtenues dans la premire tude. H2 binmes plus performants sur les tches complexes Nous mettons lhypothse que plus la tche est complexe et plus la conguration collaborative produira un gain signicatif de performances par rapport la conguration individuelle. H3 Apprentissage plus performant en binme Nous mettons lhypothse que le travail en collaboration augmente la vitesse dapprentissage de la tche. En eet, nous supposons que linteraction sociale entre les partenaires va stimuler lapprentissage et permettre lchange et le partage de connaissances.

H4 Les sujets prfrent le travail en collaboration Nous souhaitons valuer auprs des utilisateurs lintrt vis--vis du travail collaboratif dans ce contexte de collaboration troite, notre hypothse tant que les utilisateurs prfrent le travail en collaboration. Rappelons que les sujets ne sont passs que dans une des conditions (monme ou binme) ; leur valuation est eectue laveugle.

B.2.2

Sujets

36 sujets (8 femmes et 28 hommes) avec une moyenne dge de = 25.9, = 4.8 ont particip cette exprimentation. Ils ont tous t recruts au sein du laboratoire cnrslimsi et sont chercheurs ou assistants de recherche dans les domaines suivants : linguistique et traitement automatique de la parole ; ralit virtuelle et systme immersifs ; audio-acoustique. Ils ont tous le franais comme langue principale. Aucun participant na de dcience visuelle (ou corrige le cas chant) ni de dcience audio. Les sujets ne sont pas rmunrs pour lexprimentation. Chaque participant est compltement naf concernant les dtails de lexprimentation. Une explication dtaille de la procdure exprimentale leur est donne au commencement de lexprimentation. Cependant, lobjectif de lexprimentation nest pas rvl. 218

B.2. Seconde exprimentation

B.2.3

Variables

Variables indpendantes Vi1 Nombre de sujets Cest une variable inter-sujets. Vi1 possde deux modalits : un sujet (c.f. monme) ou deux sujets (c.f. binme) . 12 monmes et 12 binmes sont tests. Vi2 Complexit de la tche Cest une variable intra-sujets. Quatre scnarios sont proposs, bass sur dirents critres de complexit (voir section 4.3.1 page 86). Vi3 Le niveau dapprentissage Cest une variable intra-sujets. Tous les sujets sont confronts trois fois la mme srie de tches (les scnarios 1a, 1b, 2a et 2b) sur trois jours successifs an dobserver leet de lapprentissage en monme et en binme. Variables dpendantes Vd1 Temps de ralisation Cest le temps total pour raliser la tche demande, cest--dire manipuler et dformer la molcule an datteindre la conformation stable. Le temps est limit 10 mn ; au-del de cette limite, lapplication est arrte Vd2 Nombre de slections Cest le nombre de slections ralises durant chaque tche. Une slection est comptabilise lorsquun atome ou un rsidu est slectionn par un des deux eecteurs terminaux. Vd3 Distance passive entre les espaces de travail Durant chaque tche, la distance moyenne entre les deux eecteurs terminaux est mesure. Elle est de lordre du centimtre. Vd4 Distance active entre les espaces de travail Base sur la mme mesure que Vd3 , elle nest mesure que lorsque les deux eecteurs terminaux sont en phase de slection. Lorsquau moins un des deux eecteurs terminaux ne possde pas de slection active, la distance nest pas mesure. 219

Annexe B. Mthode exprimentale Vd5 Vitesse moyenne Elle mesure la vitesse moyenne de chaque eecteur terminal. Elle est calcule par intgration numrique des positions successives en fonction du temps.

Vd6 Rponses qualitatives Un questionnaire est propos tous les sujets (dirent pour les monmes et les binmes). Le questionnaire soumis aux sujets est prsent dans la section C.2 page 236.

B.2.4

Procdure

Lexprimentation dbute par une tape dentranement pendant laquelle les sujets doivent dformer la molcule Prion vers son tat stable (deux zones dformer). Pendant cette phase, les outils sont introduits et expliqus un par un. Cette phase dure entre 5 mn et 10 mn. Chaque sujet a la possibilit de tester les outils et peut questionner lexprimentateur. Lorsque la phase dentranement est termine, les sujets sont confronts aux scnarios 1a et 1b. Les scnarios sont alterns entre les groupes de sujets an dviter les biais dapprentissage. Lapplication sarrte automatiquement lorsque le seuil rmsd dsir est atteint. Ds que les scnarios 1a et 1b ont t achevs, les sujets sont confronts aux scnarios 2a et 2b galement de manire alterne. De la mme faon, lapplication sarrte automatiquement lorsque le seuil rmsd dsir est atteint ou lorsque les 10 mn sont atteintes. Tous les sujets sont confronts trois fois lensemble des quatre scnarios avec un jour dintervalle entre chaque confrontation. Lobjectif de cette multiple confrontation est ltude de lapprentissage en conguration collaborative.

B.3
B.3.1

Troisime exprimentation
Hypothses

Cette nouvelle tude pour objectif didentier les dynamiques de groupe. Nous allons observer lvolution des performances en fonction du nombre de participants. 220

B.3. Troisime exprimentation H1 Amlioration des performances en quadrinme Nous mettons lhypothse que les performances des quadrinmes seront meilleures que les performances des binmes. Cette hypothse est base sur les conclusions obtenues dans la seconde tude propos de la distribution des ressources.

H2 Un meneur merge dans les quadrinmes Daprs Bales [1950], les groupes restreints voient merger au moins un meneur, quelque soit la taille du groupe. Nous mettons lhypothse quun meneur mergera durant une collaboration troitement couple.

H3 Les quadrinmes se structurent par le brainstorming Dans cette exprimentation, nous tudions la mise en place dune priode de brainstorming avant le dbut de la tche. Nous mettons lhypothse que cette priode de rexion sera surtout mise prot par les quadrinmes.

B.3.2

Sujets

16 sujets (4 femmes et 12 hommes) avec une moyenne dge de = 26.1, = 5.5 ont particip cette exprimentation. Ils ont tous t recruts au sein du laboratoire cnrslimsi et sont tudiants, chercheurs ou assistants de recherche dans les domaines suivants : linguistique et traitement automatique de la parole ; ralit virtuelle et systme immersifs ; audio-acoustique. Ils ont tous le franais comme langue principale. Aucun participant na de dcience visuelle (ou corrige le cas chant) ni de dcience audio. Les sujets ne sont pas rmunrs pour lexprimentation. Tous les participants de cette exprimentation ont t choisis car ils ont dj une exprience sur la plateforme : les participants connaissent dj les outils de dformation et lenvironnement virtuel. Lobjectif est de limiter les volutions lies lapprentissage an de pouvoir observer les volutions de la dynamique de groupe. Chaque participant est compltement naf concernant les dtails de lexprimentation. Une explication dtaille de la procdure exprimentale leur est donne au commencement de lexprimentation mais en omettant lobjectif de ltude. 221

Annexe B. Mthode exprimentale

B.3.3

Variables

Variables indpendantes Vi1 Nombre de sujets Cest une variable intra-sujets. Vi1 possde deux modalits : deux sujet (c.f. binme) ou quatre sujets (c.f. quadrinme) . 8 binmes et 4 quadrinmes sont tests. Vi2 Complexit de la tche Cest une variable intra-sujets. Deux tches de dformation sont proposes et dcrites dans la section 5.3.1 page 116. Vi3 Temps allou pour le brainstorming Cest une variable inter-sujets. Vi3 possde deux modalits : pas de brainstorming ou 1 mn de brainstorming . Cette priode de brainstorming est alloue avant le dbut de chaque tche et permet une rexion pralable au commencement de la tche. Variables dpendantes Vd1 Temps de ralisation Cest le temps total que les sujets mettent pour raliser la tche demande, cest--dire manipuler et dformer la molcule an datteindre lobjectif x. Le temps est limit 10 mn. Vd2 Frquence des slections Cest la frquence des slections ralises durant chaque tche. Une slection est comptabilise lorsquun atome est slectionn par un des eecteurs terminaux, pour chacun des sujets. La frquence des slections est le rapport du nombre de slections par le temps de ralisation. Vd3 Vitesse moyenne Cette variable est une mesure de la vitesse moyenne de chaque eecteur terminal. Elle est calcule par intgration numrique des positions successives en fonction du temps. Vd4 Force moyenne La force applique sur les atomes durant la simulation est mesure. Cest la force moyenne applique par un sujet lorsquun atome est slectionn. Elle est exprime en Newton. 222

B.4. Quatrime exprimentation Vd5 Communications verbales Lenregistrement des communications verbales permet de mesurer le nombre dinterventions verbales de chacun des sujets. Deux catgories dinterventions sont distingues : Les observations indiquent aux autres sujets une intention daction ou informent sur ltat actuel de lenvironnement ; Les ordres sont donns aux autres sujets an quils ralisent une action dtermine.

B.3.4

Procdure

Lexprimentation dbute par une tape dentranement avec pour objectif de dformer la molcule trp-cage vers un tat stable. Pendant cette phase, les outils sont introduits et expliqus un par un. Les sujets ayant dj ralis une exprience sur la plateforme, cette phase est eectue pour remmorer lenvironnement et les outils. Cette phase dure entre 5 mn et 10 mn. Chaque sujet a la possibilit de tester les outils et peut questionner lexprimentateur. Lorsque la phase dentranement est termine, les sujets sont confrontes au scnario 1. Puis dans un second temps, le scnario 2 leur est propos. Pour chaque scnario, lapplication sarrte automatiquement lorsque le seuil rmsd (voir section 4.3.1 page 86) dsir est atteint. Lordre de ces deux scnarios nest pas contre-balanc sur les dirents groupes de sujets. Tous les sujets sont confronts aux deux scnarios deux fois. Une premire fois en binme et une seconde fois en quadrinme. Lordre de passage en binme et en quadrinme est altern selon les groupes. Lenregistrement vido est dmarr au dbut de la phase dapprentissage pour chaque groupe. Il est arrt la n du second scnario.

B.4
B.4.1

Quatrime exprimentation
Hypothses

H1 Performances amliores par lassistance haptique Nous mettons lhypothse que les performances de groupe seront meilleures lorsque les outils dassistance haptique seront mis disposition des utilisateurs. Les performances sont values sur la qualit de la solution fournie. 223

Annexe B. Mthode exprimentale H2 Lassistance haptique amliore la communication Nous mettons lhypothse que la communication et la coordination sera amliore grce aux nouveaux outils dassistance haptique. H3 La plateforme est apprcie des experts Lors de cette exprimentation, nous eectuons une analyse de lutilisabilit du systme. Nous mettons lhypothse que cette plateforme rpondra des critres minimum dutilisabilit. Le test dutilisabilit est bas sur lchelle de notation sus propose par Brooke [1996].

B.4.2

Sujets

24 sujets (1 femme et 23 hommes) avec une moyenne dge de = 27.4, = 3.8 ont particip cette exprimentation. Ils ont t recruts au sein du cnrs-limsi et de libpc ; ils sont tudiants, chercheurs ou assistants de recherche dans les domaines suivants : bio-informatique ; linguistique et traitement automatique de la parole ; ralit virtuelle et systme immersifs ; audio-acoustique. Ils ont tous le franais comme langue principale lexception dun sujet nerlandais qui parle un franais courant. Aucun participant na de dcience visuelle (ou corrige le cas chant) ni de dcience audio. Les sujets ne sont pas rmunrs pour lexprimentation. Chaque participant est compltement naf concernant les dtails de lexprimentation. Cependant, tous les sujets sont familiers avec la plateforme Shaddock ou ont dj eu loccasion de manipuler des plateformes de manipulation interactive de molcules. Une explication dtaille de la procdure exprimentale leur est donne au commencement de lexprimentation mais lobjectif de ltude nest pas rvl.

B.4.3

Variables

Variables indpendantes Vi1 Prsence de lassistance Cest une variable intra-sujets. Vi1 possde deux modalits : sans assistance haptique ou avec assistance haptique . Lassistance haptique est ajoute aux outils de manipulation, de dsignation 224

B.4. Quatrime exprimentation et de dformation an damliorer linteraction et la communication entre les sujets pendant la tche. Vi2 Molcules dformer Cest une variable intra-sujets. Vi2 concerne les cinq molcules ou complexes de molcules assembler : trp-cage , Prion , Ubiquitin , trp-zipper et NusE:NusG . Parmi ces molcules, seules Ubiquitin et NusE:NusG sont utilises pour les mesures exprimentales. Les autres molcules sont utilises au cours de lentranement.

Variables dpendantes Vd1 Score rmsd minimum Un score rmsd est calcul en temps-rel de la mme faon que dans la seconde et la troisime exprimentation. Le score minimum atteint est tudi : il reprsente la meilleure solution trouv au cours de la manipulation. Vd2 Temps du score rmsd minimum Les sujets ont 8 mn pour raliser le meilleur score rmsd possible. Cette variable reprsente le temps mis pour atteindre ce score minimum. Vd3 Nombre de slections Vd3 reprsente le nombre de slections ralises par les sujets. Une slection est comptabilise lorsque un atome est slectionn par un des deux eecteurs terminaux. Vd4 Temps moyen dune slection Cest le rapport entre le temps total et le nombre total de slections ralises durant la tche. Il reprsente le temps moyen que dure une slection eectue par un oprateur. Vd5 Temps moyen pour accepter une cible Cest le temps mesur entre le moment o le coordinateur eectue une dsignation et le moment o loprateur accepte la dsignation. Vd6 Temps moyen pour atteindre une cible accepte Lorsquune cible est accepte par un oprateur, cette mesure reprsente le temps que met loprateur pour atteindre et slectionner le rsidu dsign. 225

Annexe B. Mthode exprimentale Vd7 Nombre de dsignations acceptes Parmi toutes les dsignations proposes par le coordinateur, cette mesure comptabilise seulement celles qui ont donn lieu une acceptation et donc une dformation. Vd8 Vitesse moyenne Cette variable est une mesure de la vitesse moyenne de chaque eecteur terminal. Elle est calcule par intgration numrique des positions successives en fonction du temps. Vd9 Temps des communications verbales par sujet Lenregistrement audio permet de mesurer la quantit de temps de parole pendant chaque tche de lexprimentation. Vd10 Questionnaire dutilisabilit et sur la conscience Un questionnaire sus est propos tous les sujets (voir section C.3 page 237). Il nous permet dobtenir un score dutilisabilit compris entre 0 et 100. De plus, un questionnaire sur la conscience priphrique est propos aprs chaque modalit de la variable Vd1 .

B.4.4

Procdure

La procdure exprimentale se droule en neuf phases bien distinctes. Phase 1 : rpartition des rles Pour commencer, avant de pntrer dans la salle dexprimentation, il est demand aux sujets de choisir leurs rles. Ce groupe qui est au dbut, une structure informelle, doit se structurer avec un coordinateur et deux oprateurs. Les rles sont expliqus de manires claires mais concise ce stade de lexprimentation. Chaque rle est important et lexprimentateur insiste sur ce point pour quaucun des rles ne soit choisi par dpit. Puis les sujets sont amens se rpartir les rles entre eux. Une fois cette phase termine, les sujets sont invits pntrer dans la salle dexprimentation et sinstaller : le coordinateur se trouve au milieu et les oprateurs se trouvent de part et dautre du coordinateur. Phase 2 : prsentation des outils Avant de commencer cette phase, lenregistrement vido est activ. La seconde phase est une phase dentranement sur la molcule trp-cage. Elle a pour objectif de prsenter les outils de dsignation et de dformation. Cette tche relativement simple permet aux 226

B.4. Quatrime exprimentation sujets de se familiariser avec les outils, la tche eectuer, les direntes informations visuelles ainsi que les outils dvaluation (score rmsd). Phase 3 : introduction de lhaptique Cette troisime phase est une phase dentranement sur la molcule Prion. Lentranement porte sur lintroduction des assistances haptiques (prsentes dans la section 6.3.2 page 145) pour les outils de dsignation et de dformation. De plus, cette seconde molcule dentranement permet de familiariser les sujets avec une tche de nature plus complexe que la prcdente. Phase 4 : outil de manipulation Cette nouvelle phase dentranement sur la molcule trp-zipper est destine introduire loutil de manipulation qui sera utilis par le coordinateur. Phase 5 : premire tape dvaluation Cette premire tape dvaluation concerne les deux scnarios raliser (scnario 1 et scnario 2) sur la molcule Ubiquitin et le complexe de molcules NusE:NusG. En fonction des groupes et an de contrebalancer la variable Vi1 , la premire tape dvaluation seectue avec ou sans assistance haptique. On prsente le scnario 1 puis le scnario 2 toujours dans cet ordre. Pour le scnario 1, seuls les outils dorientation, de dsignation et de dformation sont prsents. Tous les outils sont proposs pour le scnario 2. Au dbut de chaque scnario, une priode de 1 mn de brainstorming est propose aux sujets pendant laquelle ils peuvent visualiser et explorer la molcule non soumise la simulation. Ensuite, la phase de dformation avec simulation est excute. Lobjectif est datteindre le score rmsd le plus petit possible dans un temps limit 8 mn. Les sujets peuvent dcider de sarrter avant les 8 mn sils estiment ne pas pouvoir obtenir un meilleur score. Phase 6 : premire partie du questionnaire Lorsque la premire tape dvaluation est termine, une premire partie du questionnaire est propose aux sujets (voir section C.3 page 237). La section remplir dpend du premier passage : avec ou sans assistance haptique. Durant cette phase, il est demand aux sujets de ne pas communiquer entre eux. Phase 7 : deuxime tape dvaluation La deuxime tape dvaluation est identique la premire except pour la variable Vi1 . Si les sujets ont t 227

Annexe B. Mthode exprimentale confronts une assistance haptique dans la premire tape, alors la seconde tape seectuera sans assistance haptique et rciproquement. Durant cette deuxime tape, il ny a pas de phase exploratoire tant donn que les sujets connaissent dj la molcule. Seules les phases de dformation de 8 mn sont proposes (Ubiquitin puis NusE:NusG). Phase 8 : deuxime partie du questionnaire La seconde partie du questionnaire est similaire la premire partie (voir section C.3 page 237). Les mmes questions sont abordes mais adaptes pour cette deuxime tape de lvaluation. Durant cette phase, il est demand aux sujets de ne pas communiquer entre eux. Phase 9 : questionnaire dutilisabilit Pour terminer lexprimentation, les sujets sont invits remplir un questionnaire dutilisabilit (voir section C.3 page 237). Durant cette phase, il est demand aux sujets de ne pas communiquer entre eux. Des informations permettant de caractriser le sujet (ge, sexe, main dominante, etc.) sont galement demandes la n du questionnaire. Lenregistrement vido est arrt la n de cette phase.

228

Annexe

C
. . . . . . . . . . . . 230 236 . 236 . 236 237 . 243

Questionnaires
Sommaire
C.1 Premire exprimentation . . . . . . . . . . . C.2 Seconde exprimentation . . . . . . . . . . . . C.2.1 Questionnaire pour les monmes . . . . . . . C.2.2 Questionnaire pour les binmes . . . . . . . . C.3 Quatrime exprimentation . . . . . . . . . . C.3.1 Le questionnaire sus . . . . . . . . . . . . . .

229

Annexe C. Questionnaires

C.1

Premire exprimentation

Le questionnaire propos durant cette exprimentation est constitu de deux parties. La deuxime partie est exclusivement rserve aux binmes et ntait pas propose au monmes. Ce questionnaire contient 5 pages (3 pages pour les monmes). Les questions sont values selon une chelle de Likert [1932] cinq niveaux.

230

t tr tt

q tr tq s s st s srsr s s s r ts q st r s st s tr q rsr t srt s ts q rt s sr r tr tt

tr

s s ts srt s st rs t tsq s t s ttrs ts rtsq tr r r strrt s s s s q q r r s q tr q r r tr rtr rt q rs tss stsq s r rtr rt tr q stsq s t tr s q stsq s ts t r ss ttsr s stsq s sssr s rt rtsq r r tt t s ttr tt tr r r

231
tt tr sr rt t r r t

C.1. Premire exprimentation

 r r s tr tr t s r ts s st s srtr t s ssr sr srrt st s q ts r t r ss s st s rt r t s

rsr tt rr ts s t s q t rt r t t tt tr tr tt sr t tt t str s tr sqt srt s t r trt

Annexe C. Questionnaires

232

str st s t rsr rt t s s s sr rt sr s s s t strt s st s ssr s t rtr rt rq r s s t t r

r rt ssr tt s t r t ts sst s str s

s t r r rtr rt r str s s trtr

t t tr r tt ss rtr rt rtr s r

rtr rt sr ts s t rt r s ts s st s

233
tr ts r

C.1. Premire exprimentation

q q q q

q q

q q t s t rtr rt

Annexe C. Questionnaires

234
q

str st s t rsr s t s s s sr s sr ss s ss t strt s st s ssr s s t s rq r sst rtr rt q s s t t s r

r rt ssr tr q ttr t sr rt ts s q ss

235
tr ts r

C.1. Premire exprimentation

Annexe C. Questionnaires

C.2

Seconde exprimentation

Le questionnaire propos durant la seconde exprimentation est dclin en deux versions : une version pour les monmes et une version pour les binmes. Le questionnaire est soumis aux sujets oralement par lexprimentateur et les rponses sont directement reportes dans une tableau. Il est constitu de plusieurs questions notes sur chelle de Likert [1932] cinq niveaux.

C.2.1

Questionnaire pour les monmes

Pour les monmes, le questionnaire est le suivant : 1. Vous tes-vous senti ecace ? 2. Pensez-vous que vous auriez t plus laise seul avec un seul outil de dformation ? 3. Pensez-vous que vous auriez t plus laise avec un partenaire ? 4. Quelle solution choisiriez-vous entre les trois congurations ?

C.2.2

Questionnaire pour les binmes

Chaque sujet dans un binme est interrog sparement pour viter que les rponses de lun ninuence pas les rponses de lautre. Pour les binmes, le questionnaire est le suivant : 1. Vous tes-vous senti ecace ? 2. Comment valueriez-vous votre taux de communication. . . verbale ? gestuelle ? virtuelle ? 3. Vous sentez-vous utile dans le groupe (par opposition pnalisant) ? 4. Pensez-vous avoir une position de meneur dans le groupe ? 5. Pensez-vous que vous auriez t plus laise seul avec votre outil de dformation ? 6. Pensez-vous que vous auriez t plus laise seul avec deux outils de dformation ? 7. Quelle solution choisiriez-vous entre les trois congurations ? 236

C.3. Quatrime exprimentation Les taux de communication mesurs sont toutes les conversations verbales changes. La communication gestuelle reprsente les gestes que les sujets peuvent eectuer dans le monde rel pour expliquer, dsigner ou pour tout autre explication son partenaire. Enn, la communication virtuelle concerne les informations donnes au partenaire par lintermdiaire de lenvironnement virtuel (par exemple, une dsignation avec le curseur).

C.3

Quatrime exprimentation

Le questionnaire propos durant la quatrime exprimentation contient une traduction en franais du questionnaire sus propos par Brooke [1996]. Une explication dtaill de ce questionnaire se trouve dans la section C.3.1 page 243. Le questionnaire est soumis sous un format papier et chaque utilisateur est invit y rpondre seul, sans laide de ces partenaires. Il est constitu de plusieurs questions notes sur chelle de Likert [1932] cinq niveaux.

237

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Annexe C. Questionnaires

238

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239

C.3. Quatrime exprimentation

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Annexe C. Questionnaires

240
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241
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C.3. Quatrime exprimentation

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Annexe C. Questionnaires

242

C.3. Quatrime exprimentation

C.3.1

Le questionnaire sus

Les questions Le questionnaire sus est constitu de 10 questions. Chaque question donne lieu une rponse sur une chelle de Likert [1932] cinq niveaux allant de Fortement en dsaccord (score de 1) Fortement en accord (score de 5) . Les questions sont les suivantes : Q1. Je pense que jutiliserai ce systme frquemment Q2. Jai trouv ce systme inutilement complexe Q3. Jai pens que ce systme tait facile utiliser Q4. Je pense quil me faudrait laide dun technicien pour tre capable dutiliser ce systme Q5. Jai trouv que les direntes fonctions de la plateforme taient bien intgres Q6. Jai trouv quil y avait trop dincohrences dans cette plateforme Q7. Je pense que la plupart des gens apprendraient rapidement utiliser cette plateforme Q8. Jai trouv le systme trs lourd utiliser Q9. Je me sentais trs conant en utilisant cette plateforme Q10. Jaurai besoin dapprendre beaucoup de choses avant de pouvoir utiliser cette plateforme valuation du score sus An dvaluer le score sus partir du questionnaire, chaque question doit avoir une note comprise entre 0 et 4. Concernant les questions 1, 3, 5, 7 et 9, on prend le score compris en 1 et 5 auquel on enlve 1. Concernant les questions 2, 4, 6, 8 et 10, on soustrait de 5 le score compris en 1 et 5. Pour terminer, on multiplie par 2.5 la somme de lensemble des scores. Le score nal obtenu est une note comprise entre 0 et 100. Exemple de score sus Imaginons un questionnaire rempli de la faon suivante : Q1. rponse 5 score 5 1 = 4 Q2. rponse 4 score 5 4 = 1 243

Annexe C. Questionnaires Q3. rponse 2 score 2 1 = 1 Q4. rponse 1 score 5 1 = 4 Q5. rponse 2 score 2 1 = 1 Q6. rponse 3 score 5 3 = 2 Q7. rponse 2 score 2 1 = 1 Q8. rponse 4 score 5 4 = 1 Q9. rponse 5 score 5 1 = 4 Q10. rponse 2 score 5 2 = 3 Le score total peut maintenant tre calcul. (4 + 1 + 1 + 4 + 1 + 2 + 1 + 1 + 4 + 3) 2.5 = 22 2.5 = 55

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