Introduction to Biochemistry I—BCH 227

Summer session I
MTWRF 9:30­10:45
143 Jones Building

Instructor:  Dr. Teresa A. Garrett
Office:  246 Nanaline Duke Building
Phone:  668­3701
Email:  tag4@duke.edu
Office hours:  by appointment

Teaching Assistants
Morgan Bomer Kenny Kuo
Office: 1045 MBRB II Office:  1045 MBRB II
Phone:  684­2566 Phone:  684­2566
Email:  morgan.bomer@duke.edu Email:  hk21@duke.edu

Prerequisites:  Two semesters of organic chemistry

Text:  Nelson, D. L., and Cox, M. M. Lehninger Principles of Biochemistry (4th Edition). 2005. 
W. H.  Freeman and Company.

Team­Based Learning:  I will be using this active learning approach intermittently throughout the 
class.  This teaching strategy involves dividing the class into 6 member teams.  The teams will be 
formed the first day of class and remain the same for the entire course.   Before a given Team­
based learning (TBL) session you will be given an out of class reading assignment.  At the 
beginning of the TBL session a short individual assessment will be given in class.  This is 
designed to assess your individual preparedness for the TBL session.  Following the individual 
assessment, the same assessment will be done as a team.  Following the team assessment, we will 
discuss the assessment and any issues with the content will be dealt with.  Next a group learning 
problem will be given to each team followed by a class discussion of the problem.  Your 
performance in TBL will be 12.5 % of your grade and will be based on your performance on the 
individual assessments, group assessments, group learning problem and a peer evaluation of each 
team member at the end of the semester.  This teaching strategy is designed to help you apply the 
course concepts in thinking and problem­solving. Please feel free to contact me with any 
questions, concerns or comments you have about this teaching strategy and your individual 
learning style. 
Reading Assignments:  Designated chapters are designed to reinforce, reiterate and supplement 
lecture material.  Reading assignments for TBL sessions are required.  

Attendance and Participation:  Attendance in class is strongly suggested.  Exams will be based 
on material covered in class and the content of the TBL sessions.  A portion of your grade will be 
based on your participation in the TBL sessions.  If you miss a TBL you will be allowed to make­
up your individual assessment but you will receive the grade for the performance of your team in 
your absence.   

Problem Sets:  Six problem sets will be assigned and are due on Tuesday of each week.  The 
problem sets will be written by me and graded by the TAs.  You may discuss these problems with 
others and during TA led discussion sections but what you turn in MUST BE YOUR OWN 
WORK.  Problem sets must be turned in by 11:00 am on the day they are due.  A late assignment 
will lose 10 points for each day (or portion of day) that it is late.  

Exams:  Three 60­minute exams will be given as indicated on the attached schedule.  The exams 
will NOT be multiple choice but consist of a mixture of problems, short answer, essay, matching, 
and definitions.  The exams will be based on material covered in class and will be written by me 
and graded by me and the TAs.  Note that the third 60 minute exam will be given during the final 
examination period on June 28th from 9:00­12:00.  

Make­up exams/homework:  Make­ups for exams will only be given for extreme 
circumstances/emergencies.  Every effort should be made to contact me as soon as a situation 
arises.  

Grading:
Exams I­III 75%
Problem Sets 12.5%
TBL 12.5%

Final grades will be given as follows:  90­100% = A­ and up, 80­89% = B­ and up, 70­79 % = C­ 
and up, 60­69% = D­ and up, < 60% = F.  I will determine the final grade distributions at the end 
of the semester.  

Blackboard:  I will use Blackboard to post homework solutions, grades, course documents, etc. 
You should all have access to Blackboard.  Direct your browser to https://courses.duke.edu and 
login using your NetID.  If there are any problems accessing this course with Blackboard please 
let me know immediately.   

TA Help Sessions:  Help sessions will be held from 4:00 pm­5:00 pm on Mondays, Wednesday 
and Fridays in room 1009 Medical Science Research Building II (MSRB II).  If no one has 
shown up by 20 minutes after the start time, the session will be cancelled. The help sessions are 
to help you understand the concepts discussed in class.  The material will not be re­lectured nor 
will answers to the homework given.  Please come to the help session with specific questions 
pertaining to the lecture or homework prepared.  If you cannot attend the help sessions as 
scheduled please see me or one of the TAs to arrange an alternative time for help.  The TAs will 
alternate the help sessions as indicated on the course schedule.
 Course Schedule

Date Topic Reading Help 

(Bold = required) Session
R May 17 Introduction, Chemical Bonding Chapter 1, Pg 481­488,
F 18 Water, pH, and Buffers Chapter 2 Morgan
TBL – Amino Acids Chapter 3.1­3.2

M 21 Protein 1°, 2°, 3°, 4° structure Chapter 3.4, 4 Kenny

T 22 Visualization of Protein Structure Chapter 4
Homework #1 Due
W 23 TBL­Studying Protein Structure and Function Chapter 3.3, Box 3­2, 4­4 Morgan
R 24 Enzymes Chapter 6.1­6.3, 13.1
F 25 Enzymes /Catalytic Strategies Chapter 6.1­6.4 Kenny

M 28 Catalytic Strategies Chapter 6.4 Morgan

T 29 Regulation of Catalysis and Protein Function* Chapter 5.1, 6.5
Homework #2 Due
W 30 Lipid and Carbohydrate Structure Chapter 7.1­7.2, 10.1­10.2 Kenny
R 31 Exam #1 (Material covered through May 29)
F June 1 Introduction to Metabolism Chapter 13 Morgan

M 4 Glycolysis Chapter 14.1­14.3 Kenny

T 5 Gluconeogenesis/Pentose Phosphate Shunt Chapter 14.4­14.5
Homework #3 Due
W 6 Citric Acid Cycle Chapter 16.1­3 Kenny
R 7 TBL­Oxidative Phosphorylation Chapter 19.1­19.5
F 8 Amino Acid Catabolism/Urea Cycle* Chapter 18, pg 1075­1077 Morgan

M 11 Fatty Acid Oxidation Chapter 17 Morgan

T 12 Fatty Acid Synthesis Chapter 21.1
Homework #4 Due
W 13 Gycogen Metabolism  Chapter 15 Morgan
R 14 Exam #2 (Material covered May 30­June 12)
F 15 Integration of Metabolism Chapter 23 Kenny

M 18 TBL­Exercise and Metabolism TBA Morgan

K­Lab 11:15
T 19 DNA Structure,Genetic Engineering, and  Chapter 25.1
Chromosome structure 
Homework #5 Due
W 20 DNA Replication, DNA Repair and  Chapter 25.2­25.3 Kenny
Recombination
R 21 Transcription Chapter 26.1­26.2
F 22 TBL – Gene to Protein Chapter 27.1­27.2 Kenny

M 25 Regulation of Gene expression Chapter 28.1 Kenny

Homework #6 Due
T 26 Reading Day
W 27 Morgan
R 28 Final Exam­9am­12pm, Rm 147 Nanaline 
Duke (material covered June13­June 25)
*Dr. Mike Reynolds will be giving these lectures