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Les nmatodes des plantes: Un guide pratique des techniques de terrain et de laboratoire

D.L. Coyne, J.M. Nicol et B. Claudius-Cole Traduit par Patrick Qunherv

PM
Integrated Pest Management

Le prsent guide produit par lInstitut International dAgriculture Tropicale (IITA) et the International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT) fait partie de la stratgie du Systemwide Program on Integrated Pest Management (SP-IPM) pour amliorer la qualit et lapplicabilit de la recherche au contrle des ravageurs. LIITA, le CIMMYT et le SP-IPM sont sont soutenus par le Consultative Group on International Agricultural Research (CGIAR; www.cgiar.org). Le financement de la production du guide vient du Centre Technique de Coopration Agricole et Rurale (CTA) et de Syngenta pour les ditions prcdentes. Le SP-IPM est un programme de partenariat mondial dont le rle est dunir les efforts des centres internationaux de recherche agricole et leurs partenaires et de guider ces efforts plus clairement vers les besoins des petits paysans des pays en voie de dveloppement. Le programme sintresse aux domaines de la recherche qui envisagent de fournir des solutions aux problmes vitaux pour le dveloppement dune agriculture durable mais dont limpact est jusquici limit gnralement d aux cloisonnements des efforts entre diffrentes organisations, diffrentes rgions du monde ou d aux liens inadquats entre chercheurs et paysans. Le SP-IPM espre atteindre des progres rapides en supprimant ces contraintes, cassant les barrires de lchange dinformation, remplissant les gaps de la recherche quand ncssaire et dveloppant des modles effectifs de partenariats chercheursvulgarisateurs paysans afin de promouvoir ladoption des technologies dIPM. SP-IPM c/o IITA, PMB 5320, Ibadan, Nigeria OU SP-IPM c/o IITA, Carolyn House, 26 Dingwall Road, Croydon, CR9 3EE, UK www.spipm.cgiar.org LIITA est une organisation internationale de recherche pour le dveloppement base en Afrique, fonde en 1967 et gouverne par un groupe dadministrateurs. Sa vision est dtre lun des leaders parmi les partenaires Africains dans la recherche de solution pour la faim et la pauvret. LIITA possde plus de 100 chercheurs internationaux dans differentes stations travers le continent Africain. Ce rseau de chercheurs se consacre llaboration de technologies reduisant les risques des producteurs et consommateurs, augmentant la production locale et gnrant du bien tre. IITA, PMB 5320, Ibadan, Oyo State, Nigeria www.iita.org Le mandat du CIMMYT est dagir comme catalyseur et leader dans le rseau mondial dinnovation sur le mas et le bl au service des pauvres dans les pays en voie de dveloppement. En se basant sur une science robuste et des partenariats effectifs, le CIMMYT cre, partage et utilise des connaissances et technologies visant augmenter la scurit alimentaire, amliorer la productivit et la profitabilit des paysans ainsi que la durabilit des ressources naturelles. CIMMYT, AP 6-641, 06600 Mexico DF, Mexico www.cimmyt.org Le CTA a t cr en 1983 dans le cadre de la Convention de Lom signe entre les tats du groupe ACP (Afrique, Carabes, Pacifique) et les tats membres de lUnion Europenne. Depuis 2000, le CTA opre dans le cadre de lAccord de Cotonou ACP-UE. Le CTA a pour mission de dvelopper et de fournir des produits et des services qui amliorent laccs des pays ACP linformation pour le dveloppement agricole et rural. Le CTA a galement pour mission de renforcer les capacits des pays ACP acqurir, traiter, produire et diffuser de linformation pour le dveloppement agricole et rural. Le CTA est financ par lUnion Europenne. CTA, Postbus 380, 6700 AJ Wageningen, Pays-Bas www.cta.int

Les nmatodes des plantes: Un guide pratique des techniques de terrain et de laboratoire
D.L. Coyne, J.M. Nicol et B. Claudius-Cole Traduit par Patrick Qunherv

PM
Integrated Pest Management

Remerciements
Les auteurs sont reconnaissants envers SP-IPM et CTA pour leur gnreux soutien financier dans la production du prsent guide. Les pricipaux bailleurs de SP-IPM qui ont contribu au dveloppement et la production du prsent guide sont les gouvernements de Norvge, de Suisse et dItalie. Nous reconnaissons galement les contributions financires verses par CTA et Syngenta pour produire cette dition franaise. Dr. Braima James (Coordinateur de SP-IPM) a donn limpulsion et son soutien permanent dans la prparation du prsent guide, qui, nous lesprons, satisfera la demande de nos partenaires et sera utile la sensibilisation et la rsolution des problmes nmatologiques. Nous remercions Braima pour son soutien indfectible. Nous apprcions particulirement les conseils et diverses contributions du Dr. John Bridge dans la prparation du prsent guide. Nos remerciements vont Luma Al-Banna, John Bridge, Roger Cook, Don Dickson, Jon Eisenback, The Food and Environment Research Agency [Crown Copyright, UK], Georg Goergen, Dieter Heinicke, Sean Kelly, Sandra Mack, Mariette Marais, Alex McDonald, Hans Meerman, Edward Oyekanmi, Richard Plowright, Roger Rivoal, Richard Sikora, Paul Speijer, Hugh Wallwork, Esther van den Berg et Vivien Vanstone pour lautorisation dutiliser leurs images photographiques. Nous remercions aussi R. Esser pour nous avoir cd une de ses illustration, ainsi que Graham Stirling pour lutilisation de ses figures et des rfrences affrentes dans les annexes. Nous remercions M. Duncan Scudamore et Mme Elif Sahin pour leur assistance dans ldition du prsent guide. Notre remerciement spcial va Patrick Qunherv (Directeur de Recherche IRD, France) qui a traduit le prsent guide en franais, ainsi qu Komi Fiaboe pour son assistance dans ladite traduction.

ISBN 978-131-348-x 2010 International Institute of Tropical Agriculture Tous droits reservs. La maison ddition encourage une utilisation quitable du prsent guide tant quune citation correcte est faite. Aucune reproduction, photocopie ou transmission du present guide nest permise sans authorisation crite pralable de la maison ddition. Rimprim en 2010 Cita correcta: Coyne, D.L., Nicol, J.M. et Claudius-Cole, B. 2010. Les nmatodes des plantes: Un guide pratique des techniques de terrain et de laboratoire. Secrtariat SP-IPM, Institut International dAgriculture Tropicale (IITA), Cotonou, Benin. Une version PDF du prsent document est aussi disponible sur les sites internet de CIMMYT, IITA et SP-IPM.

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Sommaire
Prface Introduction Biologie de base des nmatodes phtyoparasites
Apparence et structure Cycle biologique Les types nmatode Les endoparasites migrateurs Les endoparasites sdentaires Les ectoparasites

v 1 3
3 3 3 7 8 9

Symptmes dattaques de nmatodes

Symptmes sur les parties ariennes Symptmes causs par les nmatodes des parties ariennes Symptmes causs par les nmatodes des racines Symptmes sur parties souterraines Galles Galles versus nodosits bactriennes Raccourcissement du systme racinaire Lsions sur racines et tubercules Pourriture des racines et tubercules Crevasses et craquelures Kystes ou racines perles Outils dchantillonnage Nombre dchantillons Schmas dchantillonnage Priode dchantillonage Collecte des chantillons de sol Collecte des chantillons de racines Collecte dchantillons de parties ariennes Soins porter aux chantillons Choix de la mthode dextraction Prparation des chantillons Etiquetage Extraction par la mthode de Baermann Mthode par broyage des racines Mthode par tamisage Mthode par incubation

11

11 11 11 14 14 18 19 19 21 23 24 25 25 26 26 27 28 28 28 31 32 32 34 40 42 48

Echantillonnage

25

Extraction des nmatodes

31

Les nmatodes des plantes iv

Observation directe des tissus vgtaux Manipulation, fixation et coloration des nmatodes
Manipulation des nmatodes La pche aux nmatodes Envoi des nmatodes pour identification Services didentification des nmatodes Comment tuer les nmatodes Fixation des nmatodes Tuer et fixer la fois Prservation des nmatodes sdentaires dans les racines ou tubercules Coloration Masses doeufs de Meloidogyne Comptage des nmatodes

51 53
53 53 55 57 57 58 59 59 60 60 61 63

Estimation de la densit de nmatodes Analyse des dgts

61 63 65

Indexation des symptmes sur les plantes

Rfrences et lectures conseilles Annexe 1. Exemples de genres et despces de nmatodes parasites dimportance agricole mondiale Annexe 2. Identification des principaux nmatodes Annexe 3. Tables dindexation pour la mesure des dgts dus aux nmatodes

67 72 75
75 77 78 79 81 82

Nmatode galles (Meloidogyne spp.) sur manioc Nmatodes galles sur carottes Nmatodes galles sur laitues Index de lsions sur racines de bananiers Table dindexation pour les nmatodes galles Table dindexation pour les nmatodes kystes sur le bl

Prface
Ce guide se veut une rfrence simple et facile suivre afin didentifier les problmes dus aux nmatodes parasites des plantes. Il fournit des instructions claires, largement illustres, sur les procdures de collecte, et dextraction des nmatodes, aussi bien que sur leurs identifications et le diagnostic ultrieur. Ce manuel sadresse en priorit aux techniciens et ingnieurs de terrains et de laboratoires, tous les professionnels intresss par les productions agricoles et la protection des plantes, particulirement tous ceux qui, dans certaines parties du monde, nont quun accs limit aux aides techniques et aux laboratoires bien quips. Il a t crit en rponse aux frquentes demandes de collgues pour un guide pratique daide au diagnostic en nmatologie. Ce guide devrait, esprons le, simplifier quelques aspects de la nmatologie et aider dissiper quelques mystres lis ces ravageurs des cultures. On entend frquemment que les nmatodes ne sont reconnus comme un problme en protection des plantes que lorsque quun nmatologiste est prsent, et que, sans la prsence de ce nmatologiste, il ny aurait sans doute pas de problme. Paradoxalement les symptmes non spcifiques lis aux attaques de nmatodes sont souvent attribus diverses causes qui semblent plus ou moins videntes. La ralit est quun grand nombre de contraintes se combinent sur une mme culture, et il est ncessaire de quantifier toutes ces principales contraintes, sans oublier les nmatodes. Toujours garder lesprit une ventuelle implication des nmatodes, en relation avec les autres maladies et ravageurs, est un vritable defi. Un defi qui devrait bnficier grandement dune meilleure valuation quantitative du problme li aux nmatodes travers des procdures amliores au laboratoire et lors des essais aux champs. Les nmatodes parasites des plantes sont toujours prsents et susceptibles dinterfrer avec la croissance des plantes et la production de la culture. Les nmatodes reprsentent des contraintes significatives en agriculture de subsistance et peuvent tre difficiles contrler. La dtermination de limportance dune espce particulire de nmatode, dune communaut de nmatodes ou de la combinaison des nmatodes avec un autre problme nest jamais une tche facile et lest encore moins en conditions tropicales. Des espces jusqualors non connues pour leur pathognicit aux cultures sont dcouvertes continuellement, particulirement lors dadaptations de nouvelles pratiques ou lors dintroduction de nouvelles cultures. La mise en oeuvre ou lamlioration de techniques de diagnostic ou danalyses en nmatologie peut conduire lidentification de nmatodes comme responsables dun problme prsent depuis de nombreuses annes, mais qui, par manque dexpertise locale, fut mal diagnostiqu.. Beaucoup reste apprendre propos des nmatodes et des dommages quils occasionnent aux cultures. Il y a par exemple un manque vident de donnes fiables sur la relation entre densit de nmatodes et perte de rcolte pour de nombreuses cultures et pour beaucoup despces de nmatodes. Dans beaucoup de pays en dveloppement, ces donnes de base nexistent mme pas. Il est cependant important que des efforts, aussi minimes soient-ils, soient ports lacquisition et lenregistrement de ces donnes de base dans le futur, travers les publications manant de socits savantes et de journaux rgionaux ou internationaux.

Les nmatodes des plantes vi

Nous esprons que ce guide contribuera une meilleure protection des vgtaux, particulirement l o lexpertise en nmatologie est encore faible comme dans les pays en dveloppement. Ltape initiale vers ce contrle, passe par la reconnaissance des nmatodes travers une collection en relation avec les symptmes en collaboration avec un expert capable didentifier les espces en cause. Ce guide se veut tre le support de cette premire tape.

Danny Coyne IITA Nematologist, Tanzania. Julie Nicol CIMMYT Int. Nematologist, Turkey. Biodun Claudius-Cole Nematologist, Department of Crop Protection and Environmental Biology, University of Ibadan, Nigeria.

Introduction
Les nmatodes sont des animaux vermiformes, les plus souvent microscopiques. On les retrouve dans pratiquement tous les milieux, la fois sous forme de parasites ou dorganismes libres. Ils sont gnralement trs petits, mais certains peuvent atteindre plusieurs mtres de longueur. Ce guide sintresse spcifiquement aux nmatodes parasites des plantes (ou phytoparasites), qui sont eux trs petits, voire microscopiques, capables doccasionner des dgts significatifs aux plantes cultives et sont extrmement rpandus (Annexe 1) Parce quils sont difficiles ou impossibles observer au champ, et parce que leurs symptmes sont le plus gnralement non spcifiques, les dommages que les nmatodes infligent aux cultures sont le plus souvent attribus dautres causes plus visibles. Agriculteurs et chercheurs souvent sousestiment leurs effets. Cependant, il est globalement reconnu que les nmatodes phytoparasites rduisent la production agricole dapproximativement 11% (Agrios, 2005), soit une perte de rcolte de plusieurs millions de tonnes chaque anne. Limportance des dgts causs par les nmatodes dpend dun grand nombre de facteurs, comme leur nombre, la virulence de lespce ou de la souche, la rsistance (capacit de la plante rduire le dveloppement de la population de nmatodes) ou la tolrance (capacit de la plante produire en dpit de lattaque des nmatodes) de la plante hte. Dautres facteurs sont galement aggravants comme le climat, la disponibilit en eau, le type de sol, la fertilit et la prsence dautres maladies et ravageurs. Cependant, bien que nous ayons dj quelques connaissances sur les relations nmatodesplantes et facteurs associs, beaucoup reste apprendre. Les seuils de nuisibilit des nmatodes sur diffrentes cultures dans diverses rgions du monde sont le plus souvent inconnus et le danger li la prsence des nmatodes demeure approximatif. Ce nest quune fois que les nmatodes sont reconnus comme causes des dommages aux cultures, que des mthodes de contrle peuvent tre envisages. Ces mthodes dpendent des espces incrimines, de la culture et des systmes de culture et des pratiques locales. Si les espces sont identifies, des pratiques culturales spcifiques peuvent tre appliques comme lutilisation de cultures ou de varits rsistantes. Cependant des options plus gnrales ou des combinaisons de celles-ci, comme les rotations, lapplication de pesticides, la lutte biologique et des pratiques culturales de prophylaxie sont le plus souvent appropries. Les objectifs de ce guide sont dassister le lecteur afin : Dobtenir une connaissance de base en biologie des nmatodes De reconnatre les diffrents groupes trophiques de nmatodes Didentifier les symptmes de dgts De collecter des chantillons en vue danalyse nmatologique De traiter les chantillons pour analyse De transfrer les nmatodes en vue didentification spcifique.

Les nmatodes des plantes 2

Observation dune diminution de croissance/ rduction du rendement dune culture Etape 1: Rechercher et observer des symptmes dattaque de nmatodes

Etape 2: Collecter des chantillons de sol et de tissus vgtaux

Etape 3: Extraire les nmatodes des chantillons

Etape 4: Identifier les nmatodes

Etape 5: Estimer la densit de nmatodes

Etape 6: Analyser les dommages dus aux nmatodes

Etape 7: Prendre les dcisions concernant les mthodes de contrle

Figure 1. Les tapes dans la reconnaissance et le contrle dun problme phytosanitaire li aux nmatodes

La figure 1 montre les diffrentes tapes dans la reconnaissance et le contrle dun problme phytosanitaire li aux nmatodes. Ce guide donne les informations ncessaires afin de conduire les tapes 1 3. Ltape 4 peut galement tre ralise, mais sans doute avec laide dun spcialiste en nmatologie. Les rfrences et les lectures conseilles (page 65) contiennent quelques publications utiles afin de conduire les recherches en nmatologie bien au-del des tches dcrites dans ce guide.

Biologie de base des nmatodes phytoparasites


Apparence et structure
Les nmatodes phytoparasites sont le plus souvent des vers ronds en forme daiguille de taille variant de 0,25 plus de 1 mm, certains atteignant 4 mm. Bien que gnralement de forme effile de la tte et la queue, ils existent avec une trs grande variabilit de formes et de tailles (Fig. 2). Chez quelques espces, les femelles perdent leur forme effile au fur et mesure de leur croissance, jusqu devenir des femelles adultes largies, en forme de poire, de citron, de rein ou sphriques. Comme les autres animaux, les nmatodes possdent des systmes circulatoire, respiratoire et digestif. (Fig. 3). Les nmatodes phytoparasites diffrent des autres nmatodes qui salimentent sur des bactries et des champignons par la prsence dune structure spcialise : le stylet (Fig. 3). Ce stylet est utilis la fois pour injecter des enzymes dans les cellules et les tissus vgtaux des plantes et pour en extraire le contenu, dune manire trs semblable aux aphids (pucerons) sur les plantes.

Cycle biologique
Le cycle de dveloppement des nmatodes est typiquement divis en 6 : le stade oeuf, 4 stades juvniles et le stade adulte (Fig. 4). La dure de chacun de ces stades et du cycle biologique complet diffre selon les espces et dpend de facteurs comme la temprature, la teneur en eau et la plante hte. En conditions favorables sous les tropiques, de nombreuses espces ont des cycles de dveloppement trs courts avec plusieurs gnrations par saison. Cela peut conduire des dveloppements trs rapides de populations partir de seulement un (auto-fertilisation) ou deux individus. Par ailleurs, les nmatodes peuvent survivre des conditions dfavorables comme la saison sche ou les hivers froids. Certaines espces survivent mieux diffrents stades, par exemple les espces du genre Heterodera survivent mieux sous formes doeufs lintrieur de kystes, le genre Ditylenchus au quatrime stade juvnile et le genre Anguina au second stade juvnile

Les types nmatode


Les nmatodes phytoparasites peuvent tre spars en deux groupes, les nmatodes des parties ariennes ceux qui salimentent sur les parties ariennes des plantes et les nmatodes des parties racinaires ceux qui salimentent sur les racines et tubercules souterrains. Ils peuvent galement tre regroups selon leur comportement alimentaire et leur mobilit en trois groupes principaux: Endoparasites migrateurs des nmatodes mobiles qui salimentent lintrieur des tissus racinaires des plantes. Endoparasites sdentaires des nmatodes qui, arrivs sur un site nourricier, cessent dtre mobiles et salimentent sur ce site nourricier. Ectoparasites des nmatodes qui salimentent la surface des tissus racinaires des plantes.

Les nmatodes des plantes 4

Pratylenchus (filiforme) [JB]

Helicotylenchus (filiforme/ spiral) [GG]

Discocriconemella (fuseau paissi)

Nacobbus (arrondie/fuseau) [JB]

Achlysiella (fuseau paissi) [JB]

Tylenchulus (en forme de poire) [JB]

Rotylenchulus (rniforme) [JB]

Heterodera (forme de citron)

Meloidogyne (forme de gourde sphrique) [JB]

Scutellonema (filiforme/forme-C) [GG]

Criconematid (annel)

Hirschmanniella (filiforme/ long) [JB] Tylenchulus apparence physique lextrieur de la racine (forme de poire) [EvB]

Ogma : structure de surface (frang/ornement) [EvB] Figure 2. Diverses formes de nmatodes, comme observes travers le microscope. (Photographies de J. Bridge [JB], G. Goergen [GG] ou E. van den Berg [EvB].)

Biologie de base des nmatodes phytoparasites 5 stylet oesophage ovaire vulve

anus

intestin

Structure typique dun nmatode (daprs R. Esser).

ovaire vulve

femelle

mle

spicule du mle avec la bursa

Mle et femelle de Scutellonema. Figure 3. (Haut) Schma de la structure dun nmatode comme observ travers un microscope. (Bas) Exemple de nmatodes mle et femelle (Scutellonema bradys) vu au microscope avec indications des organes reproducteurs mle (spicules) et femelle (vulve et ovaires). Il est noter quil nexiste pas de mles dans toutes les espces. Une bursa de protection est observe autour des spicules des mles chez quelques espces, comme ici, mais pas chez toutes les espces. (Photographie de H. Meerman.)

Les nmatodes des plantes 6

3ime stade juvnile 2ime stade juvnile (forme infestante) er 1 stade juvnile (dans loeuf ) 4ime stade juvnile

Racine de mas infeste Oeuf

Racine de mas saine Femelle adulte Mle adulte

Masse doeufs Masse doeufs et femelle adulte Figure 4. Cycle biologique dun nmatode. Meloidogyne est utilis ici comme un exemple sur mas, observ travers le microscope. Tous les stades ne sont pas la mme chelle. Le cycle biologique dun nmatode endoparasite migrateur suit les mmes tapes, cependant les femelles demeurent filiformes et ne produisent pas de masses doeufs. (Photographies de E. Oyekanmi.)

Biologie de base des nmatodes phytoparasites 7

Les endoparasites migrateurs (Fig. 5)


Chez les nmatodes endoparasites migrateurs, tous les stades sont mobiles lexception de loeuf. Les nmatodes traversent les tissus vgtaux de cellule en cellule, ou peuvent quitter les tissus vgtaux la recherche de nouvelles sources alimentaires. Au cours de leur migration et de leur alimentation, ces nmatodes pondent des oeufs soit lintrieur du cortex racinaire soit dans le sol environnant les racines. Les cellules endommages scrtent des toxines qui peuvent tuer les cellules adjacentes, conduisant la formation de petites tches ou de lsions ncrotiques. Des champignons et des bactries, agents de pourriture secondaire des racines, sont souvent associs aux dplacements et aux points dentre crs par les nmatodes endoparasites migrateurs.

Scutellonema bradys sur igname.


cortex racinaire

stle centrale

Hirschmanniella sur riz [JB]. Figure 5. Femelles et oeufs de nmatodes endoparasites migrateurs colors en rouge dans les tissus racinaires. (Photographie de J. Bridge [JB].)

Les nmatodes des plantes 8

Les endoparasites sdentaires (Fig. 6)


Les nmatodes endoparasites sdentaires sont capables denvahir les tissus vgtaux ds lclosion du second stade juvnile stade infestant vermiforme. Ils se dplacent dans le sol la recherche de racines dune plante hte, traversent les tissus vgtaux afin de trouver un site nourricier. Une fois le site trouv, le juvnile sy tablit de manire permanente jusqu la fin de son cycle de dveloppement en femelle adulte. Au fur et mesure de son dveloppement, son corps arrondi prend une forme sphrique, de citron, de rein ou ovode. Le nmatode salimente sur un trs petit nombre de cellules, rgules par le nmatode lui-mme laide de substances de croissance. Certaines espces (nmatodes kystes et nmatodes galles) conduisent la formation de cellules gantes lintrieur des racines de la plante hte. Les mles demeurent filiformes, se nourrissant la surface des racines pour quelques jours, pendant lesquels ils peuvent ou non fconder les femelles avant de migrer nouveau dans le sol pour y mourir. Les femelles de nmatodes endoparasites sdentaires produisent gnralement un trs grand nombre doeufs, qui demeurent lintrieur de leurs corps (e.g. nmatodes kystes Heterodera spp.) ou saccumulent dans des masses doeufs (e.g. nmatodes galles Meloidogyne spp.) rattaches leurs corps. Quelques autres espces sont sdentaires mais seulement semi-endoparasites, comme le nmatode rniforme (Rotylenchulus spp.) et le nmatode des citrus (Tylenchulus semipenetrans), nmatodes qui sont partiellement intgrs dans les tissus racinaires.

Nmatode kystes (Heterodera spp.) faisant clater le cortex racinaire du riz.

Nmatode galles (Meloidogyne spp.) mergeant dune racine de mas.

Nmatode galles (Meloidogyne spp.) dans une racine de courge avec une sortie extrieure des oeufs [JB].

Nmatodes kystes adultes sur crales (Heterodera filipjevi). Figure 6. Nmatodes endoparasites. (Photographies de J. Bridge [JB].)

Nmatode rniforme (Rotylenchulus spp.) avec la tte enfonce dans le cortex racinaire (semi-endoparasite) [JB].

Nmatodes galles (Meloidogyne spp.) dans des racines de patate douce [JB].

Biologie de base des nmatodes phytoparasites 9

Les ectoparasites (Fig. 7)


Les nmatodes ectoparasites salimentent de manire externe, la surface des plantes, gnralement sur les poils absorbants ou le tissu cortical externe des racines. On les retrouve souvent en trs grand nombre sans que cela soit un problme. Cependant, ils peuvent occasionner de srieux dommages aux plantes souffrant de stress dorigine biotique ou abiotique (e.g. attaque fongique ou faible disponibilit en eau). Les exemples de nmatodes ectoparasites sont : les nmatodes annels (Criconemoides spp.), les nmatodes spirals (Helicotylenchus spp.) et le nmatode agent du bout blanc sur le riz (Aphelenchoides besseyi). Il est galement bien reconnu que certains nmatodes ectoparasites sont des agents importants de transmissions de virus aux plantes (Xiphinema spp.; Longidorus spp.; Trichodorus et Paratrichodorus spp.).

Aulosphora salimentant sur une racine de riz avec un agrandissement sur la pntration du stylet dans le tissu racinaire.

Discocriconemella avec un agrandissement de la tte [GG].

Tylenchorhynchus salimentant sur une extrmit de racine [JB]. Figure 7. Nematodes ectoparasites. (Photographies de G. Goergen [GG] et J. Bridge [JB].)

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Symptmes dattaques de nmatodes


Le plus grand dfi lorsquil sagit de reconnatre les nmatodes comme responsables des dommages observs sur une culture tient au fait que la plupart dentre eux ne produisent pas de symptmes spcifiques, faciles identifier. En effet, les attaques de nmatodes sont le plus souvent non spcifiques et facilement confondues avec des symptmes dorigine abiotique ou biotique. Par exemple, les symptmes de chlorose peuvent tre dus une dficience en azote mais aussi la prsence de nmatodes, de la mme manire une faible croissance peut tre cause par un manque de fertilit du sol ou de stress hydrique mais galement par la prsence de nmatodes. Il est fortement recommand de rechercher la prsence de nmatodes lorsque les cultures souffrent de pertes de rcolte et montrent lun ou lautre des symptmes dcrits plus bas. Des informations supplmentaires sur la plante, lhistorique de la parcelle et les pratiques culturales, en complment des informations apportes par ce guide, devraient vous aider la reconnaissance des possibles nmatodes impliqus. Les symptmes dattaques de nmatodes sont observables sur les parties ariennes comme sur les parties souterraines.

Symptmes sur les parties ariennes


Les symptmes sur les parties ariennes se divisent en deux catgories : ceux qui sont causs par des nmatodes des parties ariennes qui attaquent le feuillage et ceux qui sont causs par des nmatodes du sol attaquant les racines.

Symptmes causs par les nmatodes des parties ariennes (Fig. 8)


Ce sont souvent des symptmes spcifiques associs des nmatodes plus aiss diagnostiquer. Ils comprennent: Formation de galle, ou gonflement anormal des grains (e.g. Anguina) ou des feuilles (e.g. Cynipanguina) Des stries sur feuille, blanchissement et dcoloration des feuilles (particulirement sous climat tempr) (e.g. Aphelenchoides) Epaississements, crevasses et croissance dsorganise des tissus (e.g. Ditylenchus) Ncrose interne de la tige, association avec un anneau rouge (Bursaphelenchus cocophilus) Ncrose de linorescence Chlorose/brunissement des feuilles (aiguilles de pins), possible mort de larbre (Bursaphelenchus xylophilus).

Symptmes causs par les nmatodes des racines (Fig. 9)


Les nmatodes des racines sont la cause, des degrs divers, de dfauts de croissance des parties ariennes, mais ces symptmes ne sont gnralement pas suffisants pour diagnostiquer un problme nmatologique. La plupart de ces symptmes peuvent tre le reflet ou confondus pour dautres problmes comme une alimentation insuffisante en eau ou une dficience de labsorption minrale. Ils comprennent:

Les nmatodes des plantes 12

Dformation des pis dorge et de bl en prsence du nmatode des pis Anguina tritici [RS].

Plissement/entortillement des feuilles de riz par Ditylenchus angustus [JB].

Maladie du bout blanc du riz caus par Aphelenchoides besseyi [JB].

Symptme de lanneau rouge (Bursaphelenchus cocophilus) dans un tronc de cocotier [JB].

Maladie dUfra sur riz caus par Ditylenchus angustus [JB].

Stries et dcolorations en rayures sur feuille de bananier Ensete (Musa) caus par Aphelenchoides sp. [PS].

Pieds davoine svrement attaqus par le nmatode des tiges, causant le dveloppement clairsem, le rabougrissement, la chlorose (gauche) et lpaississement du plateau de tallage (droite) associ une infestation par Ditylenchus dipsaci [HW].

Galle sur grain de bl cause par Anguina tritici (grain cras montrant lmergence doeufs et de juvniles) [JB].

Figure 8. Symptmes des parties ariennes causs par des nmatodes attaquant le feuillage. (Photographies de J. Bridge [JB], R. Sikora [RS], P. Speijer [PS] et H. Wallwork [HW].)

Symptmes dattaques de nmatodes 13

Chlorose et croissance rduite dun pied de riz (gauche) en prsence de Heterodera sacchari.

Chlorose en taches et dfaut de croissance des feuilles basses de bl en prsence Heterodera spp. [HW].

Floraison/maturit retarde et croissance rduite en tche sur des plants de pomme de terre attaqus par le nmatode kyste [DH].

Rduction de densit et defeuillage sur riz irrigu en prsence Hirschmanniella spp.

Rduction de la taille de bananiers plantains ( gauche) avec Pratylenchus coffeae.

Rduction du tallage et distribution en taches sur bl attaqu par le nmatode agent de lsions (Pratylenchus neglectus) [RR et RC].

Distribution en taches, nanisme et chlorose de pieds de mas attaqus par le nmatode galles (Meloidogyne spp.) [AM]. Dprissement dun citrus avec Radopholus similis. Chute dun plant de bananier caus par Radopholus similis.

Figure 9. Symptmes sur parties ariennes occasionns par des nmatodes attaquant les racines. (Photographies de R. Cook [RC], D. Heinicke [DH], A. McDonald [AM], R. Rivoal [RR] et H. Wallwork [HW].)

Les nmatodes des plantes 14

Chlorose (jaunissement) ou toute autre coloration anormale du feuillage Croissance ingale et rduite Feuillage fin et peu fourni Symptmes lis au stress hydrique comme fltrissement de la plante ou enroulement des feuilles Mort de plantes prennes ou ligneuses avec peu ou pas de nouvelles feuilles Rduction de la taille des fruits et des graines Faiblesse des rcoltes.

Dautres symptmes peuvent suggrer une infestation par les nmatodes: Mauvaise rponse lapplication des engrais Une tendance ragir plus rapidement au stress hydrique que des plantes saines, des difficults reprendre aprs un fltrissement Peu ou pas de dveloppement du feuillage au dbut de la nouvelle saison de croissance Problme important dadventices (fort envahissement), d une moindre comptitivit des plantes infestes par les nmatodes Plus grande susceptibilit aux maladies, en raison dune moindre rsistance des plantes infestes par les nmatodes.

Symptmes sur parties souterraines


Ils sont dus aux nmatodes et sont parfois suffisamment spcifiques pour autoriser le diagnostic dun problme nmatologique. Larrachage des plantes ou le dgagement des racines est ncessaire pour observer les symptmes. Les symptmes comprennent: Formation de galles Racines raccourcies, paissies, enfles leurs extrmits Lsions sur les racines Ncroses sur les racines et les tubercules, pourrissement et mort des racines Crevasses sur racines et tubercules Prsence de kystes ou de perles sur les racines Racines dformes Architecture racinaire altre.

Galles
Les galles racinaires sont la plupart du temps causes par les nmatodes galles (Meloidogyne spp.), bien que dautres nmatodes comme Nacobbus aberrans puisse aussi former des galles (Fig. 10). Lalimentation dautres nmatodes, comme Xiphinema spp., peut galement conduire la formation dpaississements ou de galles moins dfinies, particulirement lextrmit des racines. Les galles varient considrablement selon lespce de Meloidogyne, la culture et le cultivar, et parfois sont observables sur racines et sur tubercules (Fig. 11). Les apparences les plus typiques comprennent: Petits paississements bien individualiss en tte dpingle paississements massifs de tissus vgtaux dforms et coalescents Renflement des extrmits racinaires Renflements irrguliers tout au long de la racine Extrmits racinaires recourbes en forme dhameon Pas de forme visible dpaississements racinaires autour du site o le nmatode est fix.

Symptmes dattaques de nmatodes 15

Galles sur racines de manioc causes par Meloidogyne spp.

Meloidogyne graminicola sur riz lorigine de plantules naines et galles [RP] et extrmits de racines en forme dhameons [JB].

Dformation massive et regroupement de galles sur le systme racinaire de lgumes attaqus par Meloidogyne spp.

Epaississement terminal sur une racine de mas attaque par Meloidogyne spp.

Large dformations et galles sur racines darbre causes par Meloidogyne spp.

Figure 10 continu sur la page suivante

Les nmatodes des plantes 16

Dformation du systme racinaire dun bananier avec de nombreuses galles (gauche) et coupe longitudinale dune racine montrant des femelles de Meloidogyne spp. profondemment incluses dans le tissu cortical (droite).

Chapelet de galles en perles sur racines de laitue caus par Meloidogyne spp.

Dformation, prsence de galles et galles terminales sur des racines de mas avec Meloidogyne spp.

Galles sur racines de pomme de terre causes par Nacobbus aberrans [JB]. Figure 10. Galles sur racines et autres symptmes causs par le nmatode galles (Meloidogyne spp.) et Nacobbus sp. (Photographies de J. Bridge [JB] et R. Plowright [RP].)

Symptmes dattaques de nmatodes 17

Cest une ide fausse trs rpandue de considrer que les plantes de la famille des Gramines (adventices et crales) ne sont pas affectes par les nmatodes galles. En fait ces plantes sont galement attaques par les nmatodes galles, mais les galles sont souvent moins visibles. Cependant de petites galles sont facilement observables (Fig. 10).

Galles sur tubercule digname (Dioscorea spp.).

Coupe transversale dun tubercule digname montrant une ornementation crnele la surface du tubercule ainsi que les femelles incluses dans les tissus du cortex.

Galles sur pomme de terre.

Galles sur betteraves.

Galles sur tubercules de manioc.

Galles sur carotte.

Figure 11. Galles sur les organes de rserve causes par les nmatodes galles (Meloidogyne spp.).

Les nmatodes des plantes 18

Galles versus nodosits bactriennes (Fig. 12)


Dautres gonflements de racines peuvent tre causs par des bactries fixatrices dazote (Rhizobium). On les appelle des nodules ou nodosits et ils sont frquemment observs sur les racines des lgumineuses. Ils se distinguent des galles par leur contenu et la manire dont ils sont rattachs la racine. Les nodules frais contiendront un liquide laiteux de rose brun tandis que les galles seront composes dune matire crmeuse et glatineuse, parfois solide. Les nodules sont faiblement

Nmatodes galles sur manioc et laitue (Deux images gauche) en comparaison des nodules fixateurs dazote (Images de droite) sur soja, haricot et arachide.

Symptmes similaires aux galles causs par la maladie de lhernie du chou. Figure 12. Galles sur racines causes par les nmatodes en comparasion de symptmes similaires.

Symptmes dattaques de nmatodes 19

rattachs la racine et peuvent tres facilement dtachs; les galles dues aux nmatodes sont plus difficiles enlever sans dchirer le tissu racinaire avoisinant. Quelques maladies racinaires, telle que celle cause par le champignon des racines (Plasmodiophora brassicae), peuvent conduire la dformation des racines dune manire similaire celle observe lors dattaques de nmatodes galles. (Fig. 12).

Raccourcissement du systme racinaire


Lactivit des nmatodes peut aussi tre lorigine dun raccourcissement des racines, en consquence la biomasse racinaire est grandement rduite ou montre une apparence boudine (Fig. 13).

Nanisme et galles sur racines sur plantules de riz attaques par Meloidogyne graminicola [RP].

Sevre dprissement racinaire sur plantule dolivier rsultant de linfestation par un nmatode agent de lsions (Pratylenchus spp.).

Symptmes de racines raccourcies sur mas on maize, causs par Paratrichodorus minor [DD]. Figure 13. Raccourcissement de racines. (Photographies de D. Dickson [DD] et R. Plowright [RP].)

Lsions sur racines et tubercules


Les racines et les tubercules peuvent montrer des surfaces de tissus morts (ncross) rsultant de lactivit des nmatodes (Figures 14 et 15). Au fur et mesure que les nmatodes salimentent et migrent lintrieur des tissus vgtaux, ils dtruisent des cellules et altrent les fonctions cellulaires, causant ainsi la mort des tissus.

Les nmatodes des plantes 20

Symptmes de lsions racinaires (Pratylenchus thornei) sur bl. Racines de mas infestes par Pratylenchus (droite) compares des racines saines (gauche). Trs fortes lsions racinaires sur framboisier infest par (Pratylenchus vulnus) [JB].

Racine de bananier montrant des lsions tendues (ncroses) en prsence de Radopholus similis.

Figure 14. Symptmes de lsions sur racines. (Photographies de J. Bridge [JB].)

Lsions internes et ncroses la surface dune igname infeste par le nmatode de ligname (Scutellonema bradys).

Lsions sur patate douce causes par Scutellonema bradys.

Lsions internes sur patate douce causes par le nmatode galles (Meloidogyne incognita) [JB].

Lsions sur patate douce causes par Paratrichodorus (tubercule du milieu) [MM].

Pourriture de la pomme de terre cause par Ditylenchus dipsaci [FERA].

Pourriture du tissu interne de la pomme de terre cause par Ditylenchus destructor [FERA].

Figure 15. Ncroses et lsions sur les organes de rserve. (Photographies de The Food and Environment Research Agency [FERA], J. Bridge [JB] et M. Marais [MM].)

Symptmes dattaques de nmatodes 21

Pourriture des racines et tubercules


Les nmatodes eux seuls peuvent conduire des pourritures de racines et de tubercules travers des migrations importantes, entranant des ncroses et la mort de tissus vgtaux et de racines (Figures 16 et 17). Le nmatode du bananier Radopholus similis, les nmatodes agents de lsions Pratylenchus spp., le nmatode de ligname Scutellonema bradys, et Hirschmanniella miticausa sur le taro en sont des exemples. Frquemment, des infestations bactriennes et fongiques se dveloppent secondairement et contribuent au pourrissement. (Fig. 17).

Pourrissement, fissures (gauche) et sectionnement (droite) de racines de bananier en prsence de Radopholus similis, Helicotylenchus multicinctus et Meloidogyne spp.

Ncroses et rduction de la biomasse racinaire de patate douce en prsence de Scutellonema bradys. Figure 16. Pourrissement de racines caus par une infestation en nmatodes.

Les nmatodes des plantes 22

Ncroses superficielles sur racines tubreuses de manioc, causes par une infestation par un nmatode galles (Meloidogyne spp.), compares un tubercule sain sur la gauche.

Racine tubreuse de patate douce infeste par un nmatode galles (Meloidogyne spp.) [JB].

Pourrissement interne sur tubercule digname caus par une infection fongique, probablement secondaire une attaque par le nmatode de ligname Scutellonema bradys.

Maladie de Miti-miti sur taro cause par Hirschmanniella miticausa [JB].

Pourriture sche sur igname cause par le nmatode de ligname (Scutellonema bradys). Figure 17. Pourrissement sur tubercules suite une infestation par les nmatodes. (Photographies de J. Bridge [JB].)

Symptmes dattaques de nmatodes 23

Crevasses et craquelures
Parfois les racines et les tubercules montrent une surface crevasse et craquele aprs une attaque de nmatodes (Fig. 18). Ce symptme est souvent attribu tort un stress hydrique ou nutritionnel durant la croissance. Des craquelures sont souvent observes sur les patates douces, causes par le nmatode rniforme (Rotylenchulus reniformis). Le nmatode de ligname (Scutellonema bradys) occasionne le mme symptme sur igname.

Fissures et crevasses la surface dun tubercule digname (gauche) causes par Scutellonema bradys.

Craquelures de surface sur tubercule de pomme de terre causes par Scutellonema bradys. Crevasses sur patate douce en prsence de Rotylenchulus spp. Figure 18. Symptmes de crevasses sur tubercules.

Les nmatodes des plantes 24

Kystes ou racines perles (Fig. 19)


Les nmatodes kystes (e.g. Heterodera and Globodera spp.) sont souvent observs loeil nu sur les racines de leur plante hte, une fois le systme racinaire dbarrass du sol adhrent. Les jeunes femelles adultes sont visibles sous la forme de trs petites ttes dpingles blanches, donnant une apparence perle aux racines lorsquelles sont nombreuses. Au fur et mesure de la maturation des femelles, les kystes, qui contiennent plusieurs centaines doeufs, durcissent et se colorent en brun ou noir.

Kyste brun et femelle blanche dHeterodera oryzicola inclus dans les tissus dune racine de riz [RP].
Femelles blanches

Femelles blanches dHeterodera avenae, le nmatode kystes des crales, chacune de la taille dune tte dpingle, responsable de laspect perl des racines de bl (gauche) avant maturation en kystes bruns, remplis doeufs [HW].

Racines de pomme de terre avec des femelles blanches de Globodera rostochiensis attaches tout au long de la surface des racines et leur donnant cette apparence perle [JB]. Figure 19. Kystes ou racines perles. (Photographies de J. Bridge [JB], R. Plowright [RP] et H. Wallwork [HW].)

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Echantillonnage
Aprs avoir observ les symptmes dune possible infestation par les nmatodes, ltape suivante consiste collecter des chantillons de sol et de racines des plantes infestes. Ces chantillons sont porter au laboratoire pour analyse, afin de dterminer quels nmatodes sont prsents et quelle densit. Les spcificits locales suivantes ont des implications sur la mthode dchantillonnage et doivent tre prises en considration cette tape: Distribution agrge des nmatodes en raison du systme racinaire de la plante hte et du comportement saisonnier des nmatodes Type de culture et historique Surfaces plantes de diffrentes varits Teneur en eau du sol Compaction du sol Type de sol Temprature et changements saisonniers.

Outils dchantillonnage
Les outils et accessoires les plus utiles afin dchantillonner, quelques-uns sont montrs sur la figure 20, comprennent une pelle-bche, une truelle main, un tournevis, une gouge, des couteaux (pour couper les racines), des ciseaux, des sachets en polythylne et des tiquettes. La gouge pour le sol doit avoir une lame de 2030 cm en longueur et de 2025 mm de diamtre, cylindrique ou semi cylindrique. La terre se dtache plus facilement des gouges semi cylindriques. Des marqueurs permanents pour crire sur le sachet, un stylo et un carnet sont galement ncessaires pour noter les informations.

Figure 20. Un assortiment doutils pour lchantillonnage des nmatodes.

Nombre dchantillons
Il est prfrable de collecter assez dchantillons afin dassurer une reprsentativit suffisante de la distribution des nmatodes dans le champ. Plus grand sera le nombre de sous-chantillons (prises) combins pour former lchantillon composite pour chaque champ, plus prcise sera lestimation. Un quilibre entre temps et ressources disponibles est cependant ncessaire. La procdure dchantillonnage et le nombre dchantillons collects doivent couvrir la variabilit due aux nmatodes et leur agrgation. Pour une surface de 0.5 1 hectare, lchantillonnage

Les nmatodes des plantes 26

doit comprendre entre 10 (minimum) et 50 sous-chantillons. La combinaison de ces souschantillons conduit un chantillon composite reprsentatif de la surface de champ chantillonne. Le rassemblement de ces sous-chantillons aide prserver les nmatodes en maintenant une temprature et une humidit adquates.

Schmas dchantillonnage
Les nmatodes sont rarement distribus de manire rgulire dans un champ, en consquence lchantillonnage doit seffectuer en plusieurs parties du champ. Il peut tre intressant, titre de comparaison de collecter sparment des chantillons des les zones de bonne et de mauvaise croissances. Maintenir une procdure dchantillonnage constante en termes de collecte et de couverture au cours dune enqute faunistique ou dune exprimentation doit permettre des comparaisons significatives entre champs, parcelles, traitements, etc. Les schmas dchantillonnage peuvent tre alatoires ou systmatiques (Fig. 21). Lchantillonnage alatoires ne prend pas en compte la nature agrge de la distribution des nmatodes et nest seulement reprsentatif que pour des petites surfaces. Lchantillonnage systmatique est une voie plus structure dans la collecte des chantillons qui prend en compte le champ dans sa globalit et la distribution agrge des nmatodes.

Fig. 20. Examples of sampling patterns

A
a

B
b

Figure 21. Schmas dchantillonnage des nmatodes. (a) Echantillonnage alatoire; (bd) Echantillonnage systmatique.

Priode dchantillonnage
La priode optimale dchantillonnage varie selon les plantes cultives et est fonction des stades de dveloppement de la plante et des objectifs de lchantillonnage (diagnostic ou prvisionnel). Lchantillonnage prvisionnel (pas dans lobjet de ce guide) est souvent ralis tt dans la saison, durant ou juste avant la plantation ou la fin de la culture prcdente afin de dterminer le nombre de nmatodes prsents (densit). Beaucoup despces de nmatodes se multiplient abondamment pendant la priode de croissance des plantes et diminuent durant la mauvaise saison (saison sche); cest plus facile observer avec des cultures annuelles plutt quavec des plantes prennes ou des arbres. Dune manire idale, les chantillons devraient tre prfrentiellement collects au milieu de la priode de croissance ou la rcolte en vue dtablir le diagnostic. Les plantes prennes peuvent tre chantillonnes pendant la saison pluvieuse ou la priode de croissance vgtative afin didentifier le problme.

Echantillonnage 27

Collecte des chantillons de sol


Dune manire gnrale, il est recommand dviter de collecter des chantillons de sol trop sec ou trop humide. Cependant, lorsque les cultures sont normalement cultives en conditions trs humide (riz inond) ou trs sche (sisal), les chantillons de sol doivent tre collects dans ces conditions particulires. Il est prfrable de diviser les trs grandes surfaces (suprieures 1 hectare) en parcelles lmentaires d1 hectare pour lchantillonnage. Prendre ensuite de 10 50 sous-chantillons et les rassembler pour former un chantillon composite de 1 2 kg. Prlever le sous-chantillon au niveau de la zone racinaire laide dune truelle, dune gouge, dune pelle ou de tout autre instrument adapte la plante chantillonne. Prendre soin densacher, dtiqueter et de refermer hermtiquement le sachet contenant lchantillon (Fig. 22).

Prendre soin dchantillonner entre les rangs.

Une fois que la gouge est pleine, la retirer dlicatement du sol.

Lchantillon doit reprsenter une section diagonale de la surface du sol (0 cm) jusqu 2030 cm en dessous.

Les chantillons peuvent tre collects avec une pelle main ou tout autre outil si une gouge nest pas disponible.

Placer la gouge au dessus dun large plateau rigide (prfrablement en plastique).

Avec un instrument adapt et rigide, rcuprer tout le contenu de la gouge sur le plateau. Prendre soin dliminer tout les rsidus de sol adhrents la gouge avant de prendre un autre chantillon.

Placer les chantillons dans des sachets en plastique pais bien ferms avec un lien. Libeller clairement ltiquette cartonne avec un crayon papier (pas un stylo bille qui sefface).

Ou, encore plus simple, marquer les informations lextrieur du sachet avec un pais marqueur indlbile permanent.

Figure 22. Collecte et ensachage des chantillons.

Les nmatodes des plantes 28

Collecte des chantillons de racines


Les racines doivent tre collectes au mme moment et au mme emplacement que les chantillons de sol. En gnral les racines sont places dans le mme sachet que le sol, afin daider prserver les racines. En fonction de plantes, un prlvement de 25 100 g de racines suffit, mais une quantit moindre peut tre collecte lorsque les racines sont fines comme pour le riz, et une quantit plus importante lorsque les racines sont grosses ou charnues comme pour les bananiers ou les arbres. Quand les racines fines et grosses sont en mlange, comme pour le bananier, il est suggr de les chantillonner sparment. Il faut viter de prlever des chantillons sur des plantes mortes ou en tat de snescence avance, parce que les nmatodes ont dj souvent quitt ces plantes pour dautres sources de nourriture. Lorsque les plantes sont de petite taille, lensemble du systme racinaire peut tre considr comme le sous-chantillon. Il faut prlever la plante entire et son systme racinaire laide dune pelle-bche ou dune truelle ou pelle main, afin de soulever un bloc de sol contenant les racines sans les briser et dposer ce bloc sur le sol. Aprs avoir dlicatement secou et retir la plus grande partie de la terre adhrente, on peut alors prlever les racines avec un couteau ou des ciseaux.

Collecte dchantillons de parties ariennes


Feuille, tige, graine ou toute autre partie arienne doivent tre collectes si des symptmes sont observs ou si lon suspecte la prsence de nmatodes. Encore une fois, il est important de slectionner des plantes malades afin de faire une tude comparative avec des plantes saines.

Soins porter aux chantillons


Utiliser de solides sachets en plastique et les tiqueter clairement et systmatiquement. Des tiquettes en plastiques, crites au marqueur indlbile permanent ou au crayon, peuvent tre places dans les sachets dchantillons (Fig. 22) ou de manire alternative, le numro dchantillon et les informations peuvent tre crites directement lextrieur du sachet en plastique avec un marqueur indlbile permanent. Il est recommand dattacher les tiquettes en papier lextrieur des sachets avec un lien ou une ficelle. Si vous utilisez des tiquettes en papier, il est prfrable dcrire au crayon papier plutt quavec un stylo bille ou encre (qui seffacera ou deviendra illisible avec lhumidit). Toujours se souvenir quune tiquette en papier se dtriore trs vite en condition humide. Notez quand cest possible: La plante et son cultivar La date de plantation Le nom de lagriculteur Le lieu (et les coordonnes GPS quand cest possible) Un numro de rfrence (de parcelle ou de traitement) dans le cadre dune exprimentation Le prcdent cultural

Echantillonnage 29

Les nmatodes sont trs fragiles et prissables, et il est important de leur apporter les soins appropris pour les conserver dans de bonnes conditions. Les chantillons NE DOIVENT PAS rester exposs au soleil directement ou dans un vhicule ferm au soleil. Ils ne doivent pas non plus attendre trop longtemps avant dtre traits au laboratoire. Aprs chantillonnage, les chantillons devraient tre placs dans une glacire (un conteneur thermorsistant; Fig. 23), ou empaquets dans des boites en carton solide et placs au frais lombre. Sil est impossible de procder aux analyses immdiatement, les chantillons peuvent tre conservs dans un rfrigrateur (approximativement 10C) jusqu 2 semaines. Cependant, la survie des nmatodes dcrot avec le temps et les nmatodes des rgions chaudes peuvent souffrir du froid.

Figure 23. Glacire transportable pour la conservation des chantillons.

31

Extraction des nmatodes


Ltape suivante consiste extraire les nmatodes des chantillons. Cette extraction doit tre ralise le plus vite possible aprs la collecte des chantillons pour viter leur dtrioration dans le temps. Il existe quatre techniques de base qui sont expliques dans ce guide: Extraction par la mthode de Baermann Mthode par broyage de racines ou de feuilles Mthode par tamisage Mthode par incubation. Trois autres mthodes llutriation, la mthode de Fenwick et la mthode par centrifugationflottaison ncessitent des quipements spcialiss et ne sont pas dcrites dans ce guide. Les dtails sur ces mthodes peuvent tre retrouvs dans les publications listes en rfrences et dans les lectures conseilles. Il est galement possible dans certains cas dexaminer les nmatodes directement partir des tissus vgtaux.

Choix de la mthode dextraction


Le choix de la mthode dextraction dpend des conditions techniques et matrielles disponibles, du type dchantillon et des espces de nmatodes prsents. Quelques mthodes dextraction sont plus adaptes certaines espces de nmatodes tandis que dautres sont plus gnrales. Ce guide donne les dtails des mthodes principales, qui comprend la mthode de Baermann, la plus utile dans les conditions les plus rudimentaires. Cette mthode donne une estimation fiable des nmatodes prsents dans le sol, les racines, les graines et les tissus vgtaux tout en tant facilement rptable. Le tableau 1 montre quelle mthode est mieux adapte pour diffrents types de nmatodes (sdentaires ou migrateurs) dans des chantillons de sol, de racines ou de feuilles.

Tableau 1. Choix de la mthode dextraction en fonction des diffrents types de nmatodes et dchantillons. Echantillon de sol Nmatodes sdentaires Baermann (p. 34) Tamisage (p. 42) Broyage (p. 40) Incubation (p. 48) X Nmatodes migrateurs X X X X X X Echantillon de racine/feuille Nmatodes sdentaires Nmatodes migrateurs X

Les nmatodes des plantes 32

Si le nmatode recherch est connu tel que dans les parcelles dune exprimentation il est possible didentifier prcisment quel matriel doit tre chantillonn et comment doivent tre extraits les nmatodes (sol, racine, tubercule, feuille, etc.). Si vous ne le savez pas, sol et racines doivent tre analyss afin de rechercher les nmatodes sdentaires.

Prparation des chantillons


Les sols secs doivent tre bien mlangs avant la prise des sous-chantillons pour analyse. Brisez les mottes et liminez les pierres, les racines et autres dbris de vgtaux. Passez le sol sec travers un tamis grosse maille dapproximativement 12 mm (Fig. 26, tape 1), rcuprez le dans un conteneur adapt afin de le mlanger. Prlevez un sous chantillon laide dun bcher ou de tout autre conteneur de volume connu (Fig. 26, tape 2); un volume de 100 ml de sol est couramment utilis. De chaque chantillon composite provenant du champ, deux sous chantillons de 100 ml devraient tre analyss afin den prendre la moyenne. Pour les sols trs humides, comme les sols de rizires inondes, de petites parties ou agrgats de sol doivent tre prlevs dans diffrentes zones de lchantillon composite ou la base des racines. Le volume est alors mesur par le dplacement de leau afin dobtenir des chantillons de mme taille (Fig. 29, tapes 1 et 2). Remplir le bcher deau un volume prcis (ex. 200 ml) et complter le volume ncessaire avec lchantillon de sol, par exemple passer de 200 300 ml mesure 100 ml de sol. Pratiquez alors la mthode dextraction des nmatodes par tamisage. Les racines doivent tre spares du sol adhrent en les secouant lgrement, ou par un passage sous leau du robinet ou aprs trempage. Schez les racines avec un papier absorbant puis dcoupez les et procdez selon la mthode dextraction choisie.

Etiquetage
Il est important dtre clair, prcis et constant lors de ltiquetage des chantillons (Fig. 24). Les diffrents conteneurs doivent tre marqus laide de marqueurs indlbiles permanents. Utilisez des tiquettes qui puissent suivrent lchantillon tout au long des tapes de lextraction. Assurez vous que tous les chantillons soient correctement tiquets tout moment.

Extraction des nmatodes 33

Etiquetage des chantillons avec tiquettes de papier et crayon.

Etiquetage des chantillons avec un marqueur indlbile permanent.

Etiquetage dune extraction type Baermann avec une tiquette plastique de suivi et une numrotation permanente sur le tamis.

Etiquetage dun rcipent avec une numrotation permanente (marqueur ou crayon gras).

Crayon gras.

Figure 24. Matriels et exemples dtiquetage.

Les nmatodes des plantes 34

Extraction par la mthode de Baermann


Cette mthode (ou ses adaptations) est souvent appele mthode modie de Baermann, mthode des assiettes, ou mthode des plateaux de Whitehead. Avantages: Un quipement spcialis nest pas ncessaire Une mthode facile adapter en fonction des circonstances et des matriels Une mthode qui extrait un grand nombre de nmatodes mobiles Une technique simple. Inconvnients: Les nmatodes de grande taille, lents et peu mobiles ne sont pas aussi bien extraits Les extractions sont parfois sales (particulirement lorsque la teneur en argile du sol est leve) et par consquent difficiles compter La proportion de nmatodes extraits peut varier avec la temprature, occasionnant des variations supplmentaires entre chantillons extraits des priodes diffrentes Lextraction maximale prend 34 jours.

Equipement
Un tamis (ou passoire de mnage) maille grossire (Fig. 25) Un plateau/assiette/soucoupe de taille lgrement suprieure au tamis Du tissu de papier Des bchers ou autres conteneurs pour prparer les chantillons Une pissette deau Un marqueur indlbile Des couteaux, des ciseaux Une balance Un espace de travail large et dgag.

La plupart de ces matriels peuvent tre achets directement ou fabriqus facilement partir de matriels dj existants (Fig. 25). Les entonnoirs seront supports par une tagre ou un portoir avec leur base un tube en caoutchouc ou plastique ferm par une pince (Fig. 25, haut) ou une toile moustiquaire attache une section de tuyau de plomberie en PVC de ~10 cm ~15 cm de diamtre peut tre utilise pour fabriquer les tamis (Fig. 25, milieu). Il est trs important que la base du tamis soit lgrement surleve (~2 mm) par rapport au fond de lassiette/plateau/soucoupe utilise, grce par exemple trois ou quatre petits pieds colls la base des tamis (Fig. 25, bas). Si cela nest pas fait, les nmatodes ne peuvent pas migrer facilement dans leau.

Mthode
Il est trs important de sassurer dun bon et permanent tiquetage de tous les rcipients utiliss pour chaque chantillon car il est trs facile de faire des erreurs. Les extractions de sol et de racines doivent tre tiquetes sparment.

Extraction des nmatodes 35

Exemple de la mthode dextraction sur entonnoirs avec les tubes en caoutchouc ferms la pince et tiquets la base.

Exemples de diffrents types de tamis et de soucoupes. Le modle gauche est constitu dun tamis fait main partir de toile de moustiquaire attache une section de tuyau dvacuation en PVC. Il est trs important de surlever lgrement le tamis.

Tamis fait main partir de toile moustiquaire et de tuyau dvacuation en PVC, surlev sur cales afin de faciliter la migration des nmatodes dans leau. Figure 25. Les diffrentes faons dextraire les nmatodes dun chantillon.

Les nmatodes des plantes 36

Pour les chantillons de sol: Enlevez les racines de lchantillon et placez les dans un plateau diffrent. Etiquetez. A laide dun tamis grosse maille, enlevez les cailloux et dbris divers et brisez les mottes de terre (Fig. 26, tape 1). Dans un rcipient en plastique (bassine, seau) mlangez lchantillon de sol. Prlevez un volume de sol (e.g. 100 ml) (Fig. 26, tape 2). Placez un filtre en papier, (nappe en papier, mouchoir en papier) sur le tamis plac sur le plateau/soucoupe en plastique en sassurant que la base du tamis est entirement recouverte par le filtre (Fig. 26, tape 3). Etiquetez. Placez le volume de sol sur le papier-filtre et le tamis. Il est important que le sol ne dborde pas le papier filtre ces dbordements entranent le salissement des solutions dextraction (Fig. 26, tape 4). Rajoutez de leau aux plateaux/soucoupes dextraction (Fig. 26, tape 5). Prendre soin de verser dlicatement leau dans les soucoupes et non sur le papier-filtre ou le sol (entre le bord de la soucoupe et le tamis). Ajoutez la quantit deau ncessaire pour humidifier mais non couvrir lchantillon de sol ou de tissus vgtaux et pour viter le desschement. Les chantillons de sol ncessitent plus deau que les chantillons de racines. Si ncessaire vous pouvez toujours rajouter de leau plus tard. Laissez (de prfrence lobscurit) au calme pendant une priode dfinie (48 heures si possible) (Fig. 26, tape 6) en rajoutant de leau si ncessaire. Les nmatodes du sol ou des tissus vgtaux traverseront le filtre de papier pour se retrouver dans leau au fond du plateau/soucoupe. Aprs la priode dextraction, rcuprez lexcs deau provenant du tamis et du sol dans la solution dextraction (Fig. 26, tape 7). Retirez le tamis et jetez le sol et les tissus vgtaux. Versez leau de la soucoupe dans un bcher tiquet (ou une tasse), en utilisant une pissette pour rinser la soucoupe. (Fig. 26, tapes 8 et 9). Laissez les solutions dcanter (Fig. 26, tape 10). Afin de compter les nmatodes dans la solution dextraction, rduisez le volume en versant dlicatement ou en siphonnant lexcs deau (attention de ne pas perdre nmatodes et culots de sdimentation), ou en passant la solution dextraction travers un tamis de trs petites mailles (e.g. 2030 m) (Fig. 26, tape 11). Rcuprez les nmatodes de ce tamis laide dune pissette dans un bcher (ou tube) avant comptage ou afin de les conserver pour expdition ou comptage ultrieur (Fig. 26, tapes 12 et 13).

1. Tamisage grossier de lchantillon pour enlever les plus gros dbris et les mottes de terre.

2. Mesure standardise dun certain volume dchantillon, e.g. 100 ml.

3. Etalement du filtre de cellulose sur le tamis ou panier.

Figure 26 continue sur la page oppose

Extraction des nmatodes 37

4. Placer le sol sur le filtre de cellulose en sassurant que le sol ne dborde pas en dehors du filtre.

5. Verser leau avec prcaution dans la soucoupe, uniquement dans lespace compris entre le tamis et la soucoupe.

6. Conserver les chantillons en extraction pendant 2 jours en vrifiant que les chantillons soient toujours humides et ne schent pas avec lvaporation.

7. Egoutter le tamis avec prcaution, le retirer de la soucoupe et jeter sol et filtre.

8. Verser la suspension contenant les nmatodes dans un bcher/tasse tiquet.

9. Rincer abondemment la soucoupe dans le bcher.

10. Laisser les chantillons reposer quelques heures ou une nuit.

11. Rduire le volume de la suspension par dcantationou en passant cette suspension sur un tamis petites mailles (i.e. 28 m) afin de la concentrer dans un bcher avant lobservation des nmatodes.

12. Lchantillon peut tre conserv dans un tube pour une observation ultrieure.

13. Si lchantillon doit tre expdi pour analyse, les nmatodes, aprs dcantation, doivent tre transfrs depuis le fond du large tube vers un tube plus petit laide dune pipette.

Figure 26. Mthode dextraction par Baermann pour les chantillons de sol.

Les nmatodes des plantes 38

Pour les chantillons de racines: Les racines peuvent parfois tre divises en diffrentes catgories, telles que les grosses racines ligneuses et les fines racines. Il peut tre utile dextraire sparment les nmatodes de chacune de ces catgories, car si la structure tissulaire des racines varie, les nmatodes peuvent aussi varier en termes despces et de quantit. Lefficacit de lextraction peut galement varier, avec une extraction plus lente partir de grosses racines.

Secouez lgrement les racines ou tubercules afin de retirer la terre ou rincez-les sous un robinet deau puis schez-les lgrement avec un papier absorbant. Pelez les tubercules avec prcaution laide dun couteau ou dun pluche lgume. Dcoupez les racines (ou la peau du tubercule) de manire fine avec un couteau ou des ciseaux et placez les dans une soucoupe tiquete (Fig. 27, tape 1). Mlangez les racines ou tissus vgtaux avec soins. Retirez et pesez un sous-chantillon (e.g. 5 g) de racines dcoupes laide dune balance (Fig. 27, tape 2). Placez le sous-chantillon pes sur le papier-filtre lintrieur du tamis tiquet (Fig. 27, tape 3). Suivre le reste de la procdure comme pour lextraction de sol au-dessus (Fig. 26, tapes 513)

Ou bien:

Utilisez la mthode de broyage des racines pour les racines les plus dures (Fig. 28, pages 4041), puis suivre le reste de la procdure de Baermann (Fig. 26, tapes 513) Si vous comptez expdier les nmatodes pour identification ou comptage, il est ncessaire de les fixer suivant le protocole en pages 5760.

Extraction des nmatodes 39

1. Coupez les racines et/ou les pelures de tubercules et placez-les dans un rcipent tiquet.

2. Pesez un sous chantillon (aliquote).

3. Placez ce sous chantillon sur le tamis pour extraction.

Puis suivez les tapes 513 de la figure 26. Figure 27. Mthode dextraction par Baermann pour les chantillons de racines.

Les nmatodes des plantes 40

Mthode par broyage des racines


Cette mthode est galement connue comme mthode dextraction par broyage et incubation. Avantage: Un quipement spcialis nest pas ncessaire. Inconvnient: La dure du broyage est critique, elle doit tre suffisante pour permettre aux nmatodes de quitter facilement les tissus vgtaux sans que ces nmatodes ne soient trop endommags.

Equipement
Bchers Couteaux/ciseaux Pissette deau Marqueur indlbile permanent Balance Mixeur de mnage

Mthode
Coupez les racines ou la peau des tubercules en petits morceaux (Fig. 28, tapes 1 et 2). Mlangez les tissus vgtaux avec soins. Pesez un sous-chantillon (Fig. 28, tape 3). Placez le dans le bol du mixeur avec juste assez deau pour couvrir les lames. Mixez les fines racines et les pelures de tubercules pendant deux priodes de 5 secondes et les racines plus grosses pendant deux priodes de 10 secondes, avec une brve priode de dcantation entre les deux (Fig. 28, tape 4). Versez la suspension de racines broyes et deau dans un bcher, rincez le bcher de tout dbris vgtaux laide dune pissette deau (Fig. 28, tape 5). Versez avec prcaution la suspension de racines broyes et deau sur le papier-filtre (Fig. 28, tape 6) et suivez la mthode dextraction de Baermann (Fig. 26, tape 5 et suivantes).

Les racines peuvent tre colores avant broyage pour amliorer la visibilit des nmatodes aprs extraction (voir page 60).

Extraction des nmatodes 41

1. Aprs lavage des tubercules, pelez-les finement avec un couteau ou un pluche-lgume.

2. Coupez grossirement les pelures ou les racines laide dune paire de ciseaux ou dun couteau.

3. Pesez un sous chantillon (aliquote).

4. Broyez les racines/pelures laide dun mixer.

5. Versez la suspension dans un bcher tiquet, rincez le bol du mixer. Puis suivez les tapes 513 de la figure 26.

6. Versez cette suspension dlicatement sur le filtre de cellulose plac sur le tamis comme pour la mthode dextraction de Baermann.

Figure 28. Mthode par broyage de racines.

Les nmatodes des plantes 42

Mthode par tamisage


Avantages: Bonne extraction de tous les types de nmatodes Meilleure extraction des nmatodes de grande taille, lents et peu mobiles Utilisable pour lextraction des nmatodes sur sols humides Utilisable pour lextraction des kystes. Inconvnients: Les nmatodes peuvent sdimenter avec des particules de sol si le sol est mal dispers Les nmatodes sont facilement endommags. Ncessite un quipement lgrement plus spcialis.

Equipement
Pour les nmatodes libres du sol: Bchers et seaux Marqueur indlbile permanent Tamis mtalliques de 20 cm de diamtre maille de : 2 mm, 90 m (ou 53 m) et 38 m Equipement dextraction de Baermann Pour lextraction des kystes (e.g. Heterodera): En plus des matriels cits plus haut Tamis mtalliques de 20 cm de diamtre maille de: 2 mm, 250 m, 150 m Entonnoirs Papier-filtre (type Kleenex) Si lon ne sait rien de la prsence de nmatodes kystes, tout le matriel doit tre utilis.

Mthode
Pour les nmatodes mobiles du sol: Remplir un seau avec 6 litres deau. Tracer la ligne deau lintrieur du seau avec un marqueur afin davoir un mme volume deau entre chantillons (Fig. 29, tape 3). Placer un sous chantillon de sol sec tamis et mlang, ou de sol humide de volume connu mesur par dplacement deau dans un bcher (Fig. 29, tapes 1 et 2) dans le seau (Fig. 29, tape 4). Mlanger nergiquement la main (Fig. 29, tape 5). Laisser sdimenter pour 30 secondes les particules les plus grosses (Fig. 29, tape 6). Verser dlicatement les 3/4 de la partie suprieure de leau du seau travers la colonne de tamis: utilisez un tamis de 2 mm pour carter les plus gros dbris, ou simplement les deux tamis de 90 m et 38 m pour collecter les nmatodes sil ny a pas de gros dbris (Fig. 29, tape 7). Ceci ncessite deux personnes. Sassurer que leau ne dborde pas les tamis ni quelle ne schappe entre les tamis lorsque vous versez leau du seau, ce qui occasionnerait une perte importante de nmatodes. Verser lentement et frapper lgrement les bords et le dessous des tamis si ncessaire pour faciliter le passage de leau travers les tamis. Remplir de nouveau le seau jusqu la ligne (Fig. 29, tape 8) et rpter la procdure une deux fois (Fig. 29, tapes 5 7). Rinser le contenu des tamis de 90 et 38 m lintrieur dun bcher tiquet en vous assurant que les tamis soient correctement nettoys (Fig. 29, tapes 911) par un lger lavage du dessous. Lasser les bchers reposer pendant 23 heures afin de permettre aux nmatodes de sdimenter au fond. Si ncessaire verser lexcs deau dlicatement.

Extraction des nmatodes 43 Ligne deau

1. Mesurez un volume prcis deau dans un bcher, e.g. 200 ml.

2. Mesurez le volume des aggrgats de sol provenants de chaque partie de lchantillon par le volume deau dplac.

3. Remplir du volume deau dfini par la marque lintrieur du seau.

4. Versez le volume dchantillon de sol pralablement mesur dans le seau.

5. Mlangez vigoureusement.

6. Laissez le sol dcanter pendant 30 secondes.

7. Versez les de la suspension travers la colonne de tamis (de 90 et 38 m) avec le tamis de 90 m au dessus.

8. Remplir de nouveau le seau et rptez les tapes 5, 6 et 7.

9. Concentrez les suspensions sur le tamis en rinant dlicatement le tamis avec un jet deau, principalement sur larrire.

10. Sassurez que les tamis soient proprement lavs par larrire et que tous les dbris et les nmatodes soient bien concentrs sur la partie basse de la surface du tamis.

11. Rincez dlicatement les dbris et les nmatodes des tamis de 90 et 38 m lintrieur dun bcher tiquet.

Figure 29. Extraction de nmatodes du sol par la mthode de tamisage.

Les nmatodes des plantes 44

Les suspensions obtenues peuvent alors suivre la procdure de Baermann (Fig. 26, tapes 313, page 37). Pour la collecte des kystes:

Laisser scher lchantillon lair avant extraction (Fig. 30, tape 1). Remplir un seau avec 6 litres deau. Tracer la ligne deau lintrieur du seau avec un marqueur afin davoir un mme volume deau entre chantillons (Fig. 30, tape 2) Placer le sous-chantillon de sol mesur dans le seau (Fig. 30, tape 3). Mlanger nergiquement le contenu du seau la main, puis laisser sdimenter pour 60 secondes. Les kystes devraient flotter la surface (Fig. 30, tapes 4 et 5). Verser lentement la 1/2 suprieure de leau du seau travers la colonne de tamis: 2 mm pour carter les dbris, 250 m et 150 m pour collecter les kystes (Fig. 30, tape 6). Rinser le contenu des tamis de 250 et 150 m lintrieur dun bcher tiquet (Fig. 30, tapes 7 et 8). Remplir le seau jusqu la ligne et rpter la procdure au moins une fois (tapes 48), en rassemblant le contenu des tamis dans un mme bcher. Rpter la procdure aussi souvent que ncessaire jusqu ce quil ny ait plus de kystes dans le seau. Prparer et tiqueter un morceau de papier-filtre (ltre lait, caf, serviette en papier etc.) pour un entonnoir (i.e. dans un objet conique) sur un portoir ou un bcher (Fig. 30, tape 10). Verser le contenu du bcher travers le papier filtre sur lentonnoir (Fig. 30, tapes 11 et 12). Laisser leau scouler. Enlever dlicatement le papier-filtre de lentonnoir et placez-le sur un plateau afin de procder une observation directe sous le microscope (Fig. 30, tape 13). Ouvrir lgrement le papier-filtre, disperser le contenu sur la surface du papier avant lobservation au microscope. Ou bien: Laisser le papier scher sur lentonnoir, avant de le retirer et de le conserver, pour une observation ou un comptage ultrieur. (Fig. 30, tape 14).

Extraction des nmatodes 45 Ligne deau

1. Schez lchantillon de sol lair libre dans une soucoupe.

2. Remplir du volume deau dfini par la marque lintrieur du seau

3. Versez le volume dchantillon de sol sec pralablement mesur dans le seau.

4. Mlangez vigoureusement.

5. Laissez le sol dcanter pendant 60 secondes.

6. Versez lentement la moiti de la suspension travers la colonne de tamis de 2 mm, 250 et 150 m.

7. Rincez et concentrez les contenus des 2 derniers tamis, avec un rinage arrire si ncessaire. Figure 30 continue sur page suivante

Les nmatodes des plantes 46

8. A laide dune pissette, rcuprez les refus des tamis de 250 and 150 m lintrieur dun bcher.

9. Remplir de nouveau le seau jusqu la ligne deau et rptez les tapes 48.

10. Pliez en quatre un morceau de papier filtre ou de tissu de cellulose, puis ouvrez le en forme de cne et placez le sur lentonnoir dans un bcher ou sur un portoir.

11. Versez la solution dextraction sur le papier-filtre.

12. Laisser leau scouler travers le papier-filtre.

ou bien

13. Placer le ltre de papier avec les kystes et les dbris organiques dans une soucoupe avec un peu deau au fond avant une observation immdiate de la prsence des kystes.

14. Laisser les filtres et extraits scher sur lentonnoir pour une observation ultrieure.

Figure 30. Extraction des nmatodes kystes par tamisage du sol.

Extraction des nmatodes 47

Les kystes extraits dchantillons schs lair flotteront la surface, mais si les conditions ne permettent pas un schage de lchantillon, les kystes peuvent tre extraits des chantillons de sol frais. Beaucoup de kystes devraient flotter encore, mais pas les plus lourds ni les plus jeunes kystes, et une rduction du temps de dcantation sera peut-tre ncessaire avant le passage sur tamis. Les kystes peuvent alors tre collects sur le papier filtre directement sous la loupe binoculaire laide dun pinceau fin. La dtermination de la quantit de kystes dans un sol est utile, mais il peut tre aussi ncessaire de quantifier le nombre doeufs prsents, en crasant les kystes pour librer les oeufs. (voir les rfrences et lectures complmentaires).

Les nmatodes des plantes 48

Mthode par incubation


Cette mthode est aussi appele mthode dincubation des racines en sachets plastiques ou bocaux. Avantage: Ne ncessite pas dquipement spcialis. Inconvnients: Faible rendement de lextraction Les nmatodes sont souvent en mauvais tat en raison du manque doxygne.

Equipement
Sachets en plastiques, bocaux, flacons ou vaisselle similaire.

Mthode
Couper les tissus vgtaux finement et mlanger les (Fig. 31, tape 1). Peser un sous-chantillon. Placer le dans un sachet plastique ferm et tiquet ou dans tout autre contenant ferm (non mtallique) avec une petite quantit deau (1020 ml) (Fig. 31, tape 2). Les nmatodes closent des oeufs ou migrent en dehors des tissus vgtaux dans leau sur une priode de 2 7 jours. Retirer leau rgulirement (e.g. chaque jour) du conteneur, ce qui contribue la survie des nmatodes, et rassembler ces suspensions dans un mme bcher tiquet pour chacun des chantillons (Fig. 31, tape 3). Remplacer leau aprs chaque prlvement, couvrir et rpter la procdure sur une priode de 27 jours (Fig. 31, tape 4). Rduire ou concentrer la suspension dextraction pour chaque chantillon, observer directement ou conserver pour un usage ultrieur en suivant les tapes 1113 de la figure 26.

Extraction des nmatodes 49

1. Couper les racines et peser un sous chantillon.

2. Placer lchantillon de racines peses dans un bocal, une fiole conique ou un sachet en plastique pour une priode de 27 jours. Prendre soin de ne pas fermer hermtiquement le rcipient.

3. Chaque jour, agitez le rcipient et versez dlicatement la suspension dans un bcher, en laissant le matriel vgtal dans le rcipient.

4. Remplacez le volume rcupr par de leau fraiche.

5. Concentrez le volume de la suspension aprs dcantation ou en passant cette suspension sur un tamis petites mailles (i.e. 28 m) dans un bcher avant lobservation des nmatodes. Puis suivez la figure 26, tapes 12 et 13.

Figure 31. Mthode dextraction par incubation.

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Observation directe des tissus vgtaux


Les tissus vgtaux peuvent tre observs directement pour sassurer de la prsence de nmatodes sous une loupe binoculaire, par exemple avant denvoyer ce matriel pour expertise. Les femelles adultes sdentaires, qui sont incluses dans les racines (voir figures 10 et 11) peuvent galement tre extraites des tissus vgtaux et observes pour identification. Quand les chantillons doivent tre envoys ailleurs pour identification spcifique, le matriel vgtal (avec des galles) doit tre envoy au taxonomiste, fix dans une solution de lactoglycrol. Lobservation directe est galement utile pour la mise en vidence et lobservation des nmatodes des tissus foliaires et des semences (voir Fig. 8), et pour la collecte individus par individus de certaines espces de nmatodes afin de prparer une collection de lames, etc. Pour lobservation directe partir de matriel vgtal: Laver les tissus vgtaux sous un courant modr deau ou rincer les racines dans un rcipient avec de leau pendant quelques minutes pour liminer la terre et les dbris adhrents, en prenant soin de ne pas dplacer les nmatodes ectoparasites se nourrissant ou fixes la surface des racines. Coupez les tissus vgtaux en pices de ~2 cm avec une paire de ciseaux ou un couteau. Placer les tissus vgtaux dans le fond dune bote de Ptri avec un peu deau (Fig. 32). Pour une observation immdiate, dchirez les tissus vgtaux laide daiguilles montes et de pinces pour librer les nmatodes des tissus. Cette mthode convient aux nmatodes endoparasites sdentaires (Fig. 32). Si les tissus vgtaux contiennent des nmatodes endoparasites migrateurs, il peut tre utile de laisser reposer la bote de Ptri une nuit ou plus. Les nmatodes migreront en dehors des tissus vgtaux dans leau. Les nmatodes peuvent alors tre rcuprs pour identification ou fixs (et colors) et/ou expdis pour identification ultrieure.

Dchirement des gaines foliaires.

Enlvement de lenveloppe extrieure des grains pour librer les nmatodes.

Figure 32. Examen direct de matriel vgtal dans leau.

53

Manipulation, fixation et coloration des nmatodes


Diffrentes techniques sont adaptes la manipulation et lidentification des nmatodes. Elles sont dcrites dans cette section.

Manipulation des nmatodes


En raison de leur taille microscopique, les nmatodes sont difficiles manipuler, particulirement par les dbutants. Il est presque toujours ncessaire de les manipuler dans un milieu fluide, de leau la plupart du temps. Lutilisation dune loupe binoculaire au lieu dun microscope est galement conseille. Les nmatodes doivent tre prlevs ou pchs individuellement lorsquil sagit dtablir des cultures pures ou de prparer des lames pour identification. En cultures pures, des ensembles dindividus peuvent tre transfrs laide dune pipette en verre (voir Fig. 35). En rtrcissant suffisamment louverture de la pipette de verre la flamme laide dun bec Bunsen, il est mme possible de transfrer les nmatodes individuellement.

La pche aux nmatodes


Pour une identification prcise des nmatodes, il est souvent ncessaire de pcher individuellement les nmatodes partir de la suspension dextraction et de les disposer sur une lame de verre (Fig. 33). Cest difficile mais cela devient plus facile avec un peu de pratique. Les nmatodes sont translucides et parfois difficiles observer, une loupe binoculaire avec un clairage par dessous (diascopie) est ncessaire. (Fig. 34). Si lon pche les nmatodes partir des tissus ou de la surface racinaire, un clairage complmentaire par dessus (piscopie) peut tre utile.

Figure 33. Pche aux nmatodes laide dune canne en bambou sous une loupe binoculaire.

Les nmatodes des plantes 54

Diffrents instruments peuvent tre utiliss pour la pche aux nmatodes, par exemple une aiguille dentomologiste, une charde de bambou, un cil, une soie de porc ou un poil de pinceau coll sur une aiguille monte, un cure-dent ou une plume (Fig. 35). Verser laide dune pipette un peu de la suspension de nmatodes (ou des tissus vgtaux infests) dans une boite de Ptri, une plaque de comptage ou de verre. Garder une suspension de faible paisseur. Placer sous la loupe binoculaire au plus faible grossissement. Bouger lgrement la suspension de manire rassembler les nmatodes au centre de la plaque de comptage. Choisir un nmatode et le remonter doucement la surface avec linstrument de pche. Ajuster la mise au point de la loupe de manire garder le nmatode en vue tandis que vous vous apprtez le soulever de la suspension aqueuse. En tenant linstrument en dessous du nmatode, vous le soulevez hors de leau dune lgre pichenette. Le nmatode habituellement reste accroch lextrmit de linstrument. Vous dposez la pointe de linstrument dlicatement dans une goutte deau sur une lame, une salire en verre ou tout autre rcipient adapt avec de leau. Pour observer les nmatodes sur une lame de microscope, il est prfrable de les dtendre brivement la chaleur sur une plaque chauffante (pas trop chaud). Placer des cales en fibres de verre sur les bords de la goutte avant de dposer une lamelle. Regarder travers le microscope.

Utilisation dune loupe binoculaire avec un clairage par le fond (diascopie).

Utilisation dun microscope avec un clairage par le fond (diascopie).

Figure 34. Matriels optiques utiliss pour la manipulation des nmatodes.

Manipulation, fixation et coloration des nmatodes 55

Figure 35. Exemples dinstruments de pche aux nmatodes: une canne en bambou; une pipette en verre effile la chaleur; une aiguille monte avec un cil coll.

Envoi des nmatodes pour identification


Si, aprs chantillonnage et extraction, les nmatodes peuvent tre identifis immdiatement au niveau du genre et dnombrs, cela donne une indication rapide sur les groupes de nmatodes prsents et les potentialits de dommages aux cultures. Cependant, si cette expertise nest pas possible, ou si les nmatodes ncessitent une identification au niveau de lespce, les chantillons de nmatodes doivent tre envoys pour identification un spcialiste en taxonomie. Avant lenvoi, les nmatodes doivent tre tus (voir section suivante) et fixs, particulirement sils doivent sortir du pays dorigine. Les nmatodes peuvent tre envoys vivants sil y a un accord pralable avec le laboratoire de destination ou sils sont expdis lintrieur dun mme pays. Parfois, sol et/ou tissus vgtaux peuvent galement tre envoys, mais il y a lieu de respecter les procdures de quarantaines des pays destinataires. Les nmatodes doivent tre envoys dans de petits tubes (Fig. 36) et emballs avec prcaution dans des conteneurs bien isols pour le transport jusquau laboratoire. Les tubes doivent tre lisiblement tiquets avec un nombre ou un code. Ces nombres ou ces codes doivent tre enregistrs sur des feuilles spares (une pour accompagner les chantillons et lautre classe) avec tous les dtails concernant lchantillon conserver jusquau retour de lidentification.

Les nmatodes des plantes 56

Exemples de tubes et flacons pour la conservation ou lexpdition des nmatodes.

Petits tubes utilisables pour lexpdition des chantillons de nmatodes.

Utilisation dune salire en verre pour la fixation des nmatodes par pipetage de quelques gouttes dune solution de formaldhyde.

Transfert des nmatodes dans un microtube pour conservation ou expdition.

Figure 36. Conservation des nmatodes avant expdition.

Manipulation, fixation et coloration des nmatodes 57

Services didentification des nmatodes


De nombreux taxonomistes dans diffrents laboratoires travers le monde sont capables didentifier avec prcision les nmatodes. Cependant trs peu dentre eux offrent un service didentification en routine, particulirement au niveau de lespce. Les centres qui offrent ce service sont: Plant Disease and Diagnostic Services CABI Bioscience UK Bakeham Lane Egham Surrey TW20 9TY, UK Tel: +44 (0)1784 470111 Biosystematics ARC-PPRI P/Bag X134 Pretoria 0001, Republic of South Africa Tel: +27 (0)12 356 9830 Nematology Department of Plant Protection Faculty of Agriculture University of Jordan Amman 11942, Jordan Tel: +962 (0)6 535 50003004 Central Science Laboratory Sand Hutton York YO4 1LZ, UK Tel: +44 (0)1904 462000 Laboratrio de Nematologia (Meloidogyne spp., Bursaphelenchus xylophilus) IMAR-CMA Departamento de Zoologia Faculdade de Cincias e Tecnologia Universidade de Coimbra 3004-517 Coimbra, Portugal Tel: +351 239855760 Embrapa Recursos Genticos e Biotecnologia (Meloidogyne spp.) Parque Estao Biolgica - PqEB Av. W5 Norte Caixa Postal 02372 CEP 70770-900, Braslia - DF, Brasil Tel: +55 (61) 3403660/34484930 Laboratrio de Nematologia da ESALQ Setor de Zoologia Av. Pdua Dias, 11 Caixa Postal 9 13418-900 Piracicaba - SP, Brasil Tel: +55 (19) 34294338/34294269

Avant denvoyer des chantillons pour identification, il est indispensable de prendre contact avec ces centres et de voir avec eux dans quelle mesure ils sont disposs traiter vos chantillons et quelle est la meilleure faon de les fixer et de les transporter. Sur demande, des conseils gnraux et pratiques peuvent tre prodigus par les diffrents laboratoires de nmatologie travers le monde. Des informations peuvent galement tre recherches auprs des socits de nmatologie, listes en fin douvrage.

Comment tuer les nmatodes


Il est important de tuer les nmatodes rapidement, car chaque espce possde une forme cadavrique (habitus) particulire qui aide lidentification quand les nmatodes sont tus correctement. Une chaleur modre (5565C) est la meilleure faon de tuer les nmatodes sans les vider de leur contenu. Si la temprature est trop leve, lintrieur du corps est cuit et dtruit et rend lidentification difficile. Les nmatodes peuvent tre soit tus et fixs successivement ou tus et fixs en une procdure unique.

Les nmatodes des plantes 58

Une mthode simple et efficace pour tuer les nmatodes consiste ajouter un volume gal deau bouillante la suspension de nmatodes. Si la totalit du contenu doit tre expdie, il peut tre intressant de rduire le volume de faon ne remplir que la moiti du tube. Il peut tre galement plus facile de tuer et de fixer les nmatodes dans un tube plus grand avant den rduire le volume pour un tube plus petit (Fig. 36), ou de prlever les nmatodes au fond du tube (Fig. 26, tape 13) avec une pipette afin de les transfrer dans les tubes pour le transport. Les nmatodes peuvent galement tre tus en plongeant le tube avec la suspension de nmatodes dans une eau proche de lbullition pour 1 2 minutes, mais cela peut prendre du temps pour un grand nombre dchantillons. Cela peut tre aussi compliqu mettre en oeuvre, notamment pour sassurer que le tube dchantillon ne se renverse pas et que les nmatodes ne soient pas perdus.

Fixation des nmatodes


La plus simple mthode pour la fixation des nmatodes est lajout de quelques gouttes de formaldhyde dans des chantillons de nmatodes frachement tus la chaleur. Deux trois gouttes dans un tube de 7ml de suspension de nmatodes sont suffisantes (Fig. 37); des chantillons plus importants en ncessiteront plus. Cest une mthode rapide et facile pour prserver temporairement de la dtrioration des chantillons durant le transport et la conservation avant identification, cependant cette mthode ne permet pas une conservation de bonne qualit sur le long terme, avec des difficults didentification, particulirement si celle-ci nest pas immdiate. Prendre soin de suivre toutes les consignes de scurit avec le formaldhyde qui est un produit dangereux pour la sant.

Pipetage de la solution de formaldhyde dans une suspension de nmatodes dans un tube de 7 ml afin de fixer lchantillon.

Coloration des tissus vgtaux dans une solution de lactoglycrol-fuchsine acide sur une plaque chauffante.

Figure 37. Fixation et coloration des nmatodes.

Manipulation, fixation et coloration des nmatodes 59

Tuer et fixer la fois


Chauffer la solution de fixation jusqu bullition dans un tube essai ou dans un bcher immerg dans de leau bouillante. Verser un volume gal de la solution de fixation la suspension de nmatodes (i.e. 2 ml solution de fixation pour 2 ml de suspension = 4 ml). Ou: Rassembler les nmatodes dans une salire en verre dans une goutte deau et ajouter 23 ml de solution de fixation avec une pipette

Les solutions de fixation les plus utilises sont: TAF Triethanolamine 2 ml Formaline (formaldhyde 40%) 7 ml Eau distille 91 ml La solution de fixation reste stable pour une trs longue priode et les nmatodes gardent une apparence proche de leur vivant car ils ne se dsschent pas. FA 4:1 Formaline (formaldhyde 40%) 10 ml Acide Actic glacial (acide propionique) 1 ml Eau distille 89 ml Dans le FA 4:1 les nmatodes conservent leur structure interne bien quils puissent se dcolorer avec le temps. Formaline Glycerol Formaline (formaldhyde 40%) Glycrol Eau distille

10 ml 1 ml 89 ml

Cette solution a aussi lavantage de prserver les nmatodes du desschement mme si les tubes ne sont pas correctement ferms. Encore une fois, prendre des prcautions pendant lutilisation de ces solutions qui sont dangereuses pour la sant.

Prservation des nmatodes sdentaires dans les racines ou tubercules


Les femelles de nmatodes sdentaires sont ncessaires lidentification des espces. Il est donc important de conserver et de bien fixer les tissus vgtaux contenant ces nmatodes envoyer pour lidentification. Un petit sous-chantillon de tissu vgtal infest, plac dans un rcipient contenant du lactophenol ou du lactoglycrol peut tre suffisant. Une coloration avant la fixation peut galement aider lidentification.

Les nmatodes des plantes 60

Le lactophnol peut tre achet directement, ou fabriqu en mlangeant volume gal, glycrol, acide lactic et eau distille (lactoglycrol) et en rajoutant une petite quantit (1%) de phnol. Le phnol est trs toxique, il est donc conseill dutiliser prfrentiellement le lactoglycrol, bien que ce dernier ne prserve pas les chantillons pour aussi longtemps.

Coloration
Lobservation des nmatodes lintrieur des tissus vgtaux peut tre facilite par des colorations appropries, qui colorent les nmatodes tandis que les tissus restent relativement incolores (e.g. voir Fig. 5). Les racines paisses et charnues doivent tre minces finement avant coloration pour permettre une transmission suffisante de la lumire aprs blanchiment. Colorez dans le lactoglycerol + 0.1% bleu coton ou 0.050.1% fuchsine acide, puis dcolorez dans un bcher contenant une solution volume gal de glycrol et deau distille + quelques gouttes dacide lactique. La dcoloration est plus efficace quand elle seffectue sur plusieurs jours. Lavez dlicatement le matriel vgtal de tout reste de sol ou dbris et schez-le dans un papier absorbant. Coupez ou tranchez les plus grosses racines ou tubercules en petits morceaux. Placez les dans une pice de tissu mousseline, attachez les coins avec un lien de coton et tiquetez clairement chaque sachet de mousseline. Portez la solution de coloration bullition dans un bcher sur une plaque chauffante. Placez les sachets de mousseline dans la solution de coloration bouillante pour approximativement 3 minutes, en fonction de lpaisseur des racines. Utilisez un bcher profond moiti rempli de la solution de coloration car il risque de dborder quand les tissus vgtaux seront ajouts (Fig. 37). Enlevez les sachets de mousseline et rincez sous leau du robinet. Placez les sachets de mousseline dans la solution de blanchiment et laissez une nuit ou plus. Observez sous le microscope. Placez les racines cte cte sur une lame de microscope et crasez les dlicatement laide dune autre lame pose par dessus afin dobserver les nmatodes colors. Les nmatodes seront colors en rouge avec la fuchsine acide ou en bleu avec le bleu coton.

Masses doeufs de Meloidogyne


Le colorant Phloxine B colore la matrice glatineuse qui entoure les masses doeufs de Meloidogyne. En augmentant la visibilit de ces masses doeufs, cette coloration permet un comptage plus rapide des masses doeufs/femelles adultes prsentes. Les oeufs demeurent viables aprs coloration. La solution est fabrique en ajoutant 15 mg (une trs petite quantit) de Phloxine B 1 litre deau. Placez les racines laves dans un plateau ou une soucoupe (blanche de prfrence) contenant la solution de Phloxine B et laissez agir de 15 20 minutes. Comptez les masses doeufs colors en rouge.

61

Estimation de la densit de nmatodes


Une fois que les nmatodes ont t extraits du sol ou des tissus vgtaux, ils doivent tre identifis et dnombrs. Cest ce qui rend possible leur association ou leur potentialit causer des dommages. Ce guide nest pas un guide didentification des nmatodes parasites des plantes; pour cela voir les lectures conseilles en pages 65. (Une trs basique description des nmatodes parasites des plantes les plus communs est donne en Annexe 2). Lestimation de la densit en nmatodes ne doit tre envisage que les nmatodes sont correctement identifis. Si cette capacit et ce savoir-faire ne sont pas disponibles, il est conseill denvoyer les chantillons un expert (voir page 57).

Comptage des nmatodes


Les nmatodes extraits peuvent tre observs et dnombrs laide dune loupe binoculaire ou dun microscope (Fig. 34); laccs aux deux serait idal. Une bonne qualit dclairage par le fond (diascopie) est essentielle. Un grossissement de 40x est recommand (i.e. un objectif 4x combin un oculaire 10x), mais un microscope peut galement tre utilis (i.e. avec un objectif 10x), ce qui peut savrer utile lorsque les nmatodes sont en mauvais tat ou difficiles identifier. Les loupes binoculaires permettent une meilleure manoeuvrabilit et mise au point, particulirement lorsque les chantillons sont sales. Les nmatodes qui ne peuvent pas tre identifis dans la plaque de comptage, doivent tre pchs la main (Fig. 33) et monts sur une lame de verre pour une identification un plus fort grossissement sous le microscope. Diffrentes formes de plaques de comptage existent, mais simplement il est ncessaire de disposer dun fond de bote en plastique transparente au fond de laquelle est grave une grille (Fig. 38). Cela peut tre facilement prpar en gravant dlicatement le dessous dune petite bote de Ptri. Une petite plaque rectangulaire ouverte dapproximativement 5 ml de contenance est toujours utile; cela permet galement de dplacer les nmatodes ou les dbris dans la plaque et de pcher les nmatodes pour une identification un plus fort grossissement (Fig. 33). Des parois internes en lgre pente peuvent aider minimiser la distorsion optique cause par le mnisque, tandis quun lger relief de la grille peut rduire les mouvements de nmatodes entre les lignes. Les chantillons qui ont dj t concentrs 5 ml peuvent tre compts dans leur totalit, mais si la densit en nmatodes est leve ou si lchantillon est sale, une proportion de lchantillon (un aliquote) peut tre compte aprs dilution avec de leau. Cependant, des prcautions doivent tre prises afin de sassurer de la reprsentativit de laliquote par rapport lchantillon total en mlangeant bien lchantillon avant la prise de laliquote.

Les nmatodes des plantes 62

Extraire les nmatodes dun poids connu de tissus vgtaux ou dun volume de sol en utilisant lune des mthodes dcrites prcdemment. Concentrer la suspension dextraction un volume prcis laide dune prouvette ou dun tube gradu (e.g. 10 ml). Secouer et mlanger la suspension juste avant de prlever les aliquotes. Utiliser une pipette gros diamtre, pour viter quelle ne se bouche avec des dbris. Lextrmit des pipettes peut tre coupe si elle est trop troite. Dposer laliquote dlicatement dans la plaque de comptage en vitant les projections. Sil y a peu de nmatodes, comptez les tous dans le volume total de la suspension. Si la densit de nmatodes est leve, comptez les nmatodes partir dun aliquote (e.g. 1 ou 2 ml). La dilution de la suspension peut savrer ncessaire pour faciliter le comptage, par exemple en doublant le volume. Quelques pipettes . Comptez tous les nmatodes dans la plaque de comptage de manire systmatique en suivant la grille sur la plaque. Parfois les nmatodes peuvent flotter la surface, mais lajout de quelques gouttes de savon liquide peut rsoudre le problme. Utilisez un compteur main (encore mieux, un compteur main multiple; Fig. 38) afin de compter les diffrentes espces de nmatodes, ou utilisez le systme Romain de numrotation crite, si les compteurs ne sont pas disponibles. Reversez laliquote dans la suspension aprs comptage. Rptez le comptage sur 2 3 aliquotes par chantillon et puis calculez la moyenne par chantillon. Le nombre moyen de nmatodes, calcul partir des aliquotes, doit tre multipli par le volume total de la suspension pour avoir une estimation du nombre total de nmatodes dans les tissus vgtaux ou le sol chantillonn (e.g. par 100 ml de sol ou 5 g de racine).

Quelques plaques de comptage.

Compteurs main simple et multiple. Figure 38. Instruments de comptage.

63

Analyse des dgts


Indexation des symptmes sur les plantes
Les dgts de nmatodes peuvent tre valus au moment de lchantillonnage au champ. La quantit de racines endommages peut tre estime visuellement (en pourcentage) en utilisant une procdure dindexation (Annexe 3). Dutiles estimations de dgts peuvent tre ralises pour les nmatodes galles en particulier, mais aussi pour dautres nmatodes. Lestimation des dommages est trs souvent bien relie aux pertes de rcoltes. Lindexation des dgts lis aux nmatodes donne une premire indication des dommages. Quand les quipements de base et lexpertise ne sont pas disponibles, ce peut tre le seul moyen destimation. Cette indexation des dgts peut galement tre utile lorsquil sagit didentifier des rsistances ou des tolrances aux nmatodes dans des exprimentations de criblages varitaux. Le nombre dobservations peut aller de une deux, jusqu 25 ou plus, en fonction du type de culture, de la surface, mais aussi selon que lagriculteur accepte de prendre un risque plus ou moins lev dans lestimation des dommages. Une personne ou aussi peu de personnes que possible doivent conduire cette indexation dans un souci de cohrence. Lutilisation de tables dindexations auxquelles se rfrer est conseille pour la mme raison. Certains jugements peuvent savrer ncessaire lorsquil sagit destimer les dommages, par exemple les plantes qui prsentent des attaques trs fortes par les nmatodes galles peuvent avoir trs peu de racines observer et peu de galles restantes. Lindice de galle apparat minimal, mais en fait les dommages dus aux nmatodes sont trs levs. Il faut aussi se souvenir que la rponse aux attaques de nmatodes, en particulier les nmatodes galles, varie selon les plantes et les varits. Diffrentes espces de nmatodes occasionnent aussi diffrents symptmes, par exemple, une attaque par Meloidogyne hapla rsultera souvent par un aspect perl des galles (comme sur la laitue dans lannexe 3), tandis que Meloidogyne incognita occasionnera des galles massives et une fusion racinaire (Annexe 3). Les tables dindexations de lannexe 3 donnent des exemples et une base sur laquelle construire dautres tables pour dautres nmatodes et dautres circonstances. Les tables mesurent les dgts sur une chelle de 1 5, afin dquilibrer vitesse dindexation et prcision. Si vous disposez de plus de temps, une indexation sur une chelle de 1 10 devrait vous donner une estimation plus prcise des dgts.

65

Rfrences et lectures conseilles


Agrios, G.N. (2005). Plant Pathology, 5th edn. Academic Press, USA. 922 pp. Bridge, J. and Page, S.L.J. (1980). Estimation of root-knot nematode infestation levels on roots using a rating chart. Tropical Pest Management 26: 296298. Brown, R.H. and Kerry, B.R. (1987). Principles and Practice of Nematode Control in Crops. Academic Press, Sydney. 447 pp. Evans, D., Trudgill, D.L. and Webster, J.M. (1993). Plant Parasitic Nematodes in Temperate Agriculture. CAB International, Wallingford. 648 pp. Luc, M., Sikora, R.A. and Bridge, J. (2005). Plant Parasitic Nematodes in Subtropical and Tropical Agriculture, 2nd edn. CAB International, Wallingford. 871 pp. Mai, W.F. and Mullin, P.G. (1996). Plant Parasitic Nematodes. A Pictorial Key to Genera, 5th edn. Comstock, London and Cornell University, Ithaca. 276 pp. Moens, M. and Perry, R. (2006). Plant Nematology. CAB International, Wallingford. 447 pp. Perry, R., Moens, M. and Starr, J. (2010). Root-knot Nematodes. CAB International, Wallingford, UK. 488 pp. Southey, J.F. (1986). Laboratory Methods for Work with Plant and Soil Nematodes. Ref. Book 402. Ministry of Agriculture, Fisheries and Food. Commercial Colour Press, London. 202 pp. Speijer, P.R. and De Waele, D. (1997). Screening of Musa Germplasm for Resistance and Tolerance to Nematodes. INIBAP Technical Guidelines 1. International Network for the Improvement of Banana and Plantain, Montpellier. 47 pp. Stirling, G.R., Nicol, J. and Reay, F. (1999). Advisory Services for Nematode Pests Operational Guidelines. Rural Industries Research and Development Corporation. RIRDC Publication No. 99/41. 111 pp. Waller, J.M., Lenn, J.M. and Waller, S.J. (2002). Plant Pathologists Handbook, 3rd edn. CAB International, Wallingford. 516 pp. Wallwork, H. (2000). Cereal Root and Crown Diseases. Grains Research Development Corporation Publications, Canberra, Australia. 58 pp. Whitehead, A.G. (1997). Plant Nematode Control. CAB International, Wallingford. 400 pp. Zuckerman, B.M., Mai, W.F. and Krusberg, L.R. (eds) (1990). Plant Nematology Laboratory Manual. University of Massachusetts Agricultural Experiment Station, Massachusetts. 252 pp.

67

Annexe 1. Exemples de genres et despces de nmatodes parasites dimportance agricole mondiale


Nmatodes et symptmes
Achlysiella Ncroses des racines Achlysiella williamsi Anguina Galles sur grains et feuilles, dformation des feuilles A. tritici Aphasmatylenchus Faible dveloppement des racines, chlorose Aphasmatylenchus straturatus

Principales cultures affectes Distribution gographique

Canne sucre Crales et pturages Crales de climat tempr, principalement bl

Australasie Tempre: mondiale Tempre: Chine, Europe de lest, Inde, Afrique du nord, Ouest Asiatique

Arachide

Tropicale: Afrique de louest

Aphelenchoides Ncroses et dformation des feuilles et grains, destruction du mycelium fongique A. arachidis (nmatode de larachide Arachide A. besseyi (maladie du bout blanc) Riz A. fragariae Framboisier A. ritzemabosi (nmatode des feuilles) Chrysanthme

A. composticola (nmatode des champignons) Champignons de couche Belonolaimus Ncroses des racines, chlorose, fltrissement B. longicaudatus Mas doux, lgumes, arachide, citrus, cotonnier Bursaphelenchus Chlorose et mort des arbres B. xylophilus (nmatode du pin) B. cocophilus (nmatode de lanneau rouge) Ncrose (anneau rouge) du pied et de linflorescence, chute des fruits

Tropicale: Afrique de louest Tropicale: rgions productrices de riz Tempre: Europe, Amrique du nord, Japon Tempre: Europe, Amrique du nord et du sud, Afrique de lest et du sud, Australie Rgions productrices de champignons de couche

Subtropicale: sud-est des USA

Pin Cocotier, palmier huile

Tempre: Chine, Cor, Amrique du nord, Taiwan, Europe (Portugal) Amrique centrale et du sud, Carabe

Criconemella Chlorose, ncroses des racines et des gousses, fltrissement C. onoensis Riz C. ornata C. xenoplax Arachide Arbres fruitiers

Tempre et tropicale Tropicale: USA, Afrique de louest, Amrique du sud et centrale Subtropicale: USA Subtropicale: USA

Les nmatodes des plantes 68

Nmatodes et symptmes

Principales cultures affectes Distribution gographique

Ditylenchus (nmatode des tiges et bulbes) Lsions des tiges et des feuilles, dformation des fleurs et du feuillage, pourriture des bulbes et des tubercules D. africanus (nmatode de larachide) Arachide D. angustus Riz D. dipsaci D. myceliophagus Helicotylenchus (nmatodes spirals) Ncroses des racines H. multicinctus Hemicriconemoides Destruction des racines, chlorose, mort des rameaux H. mangiferae Haricots, oignons de tulipes et autres plantes bulbes, crales Champignons de couche Trs rpandu sur beaucoup de cultures Bananiers et plantains

Subtropicale: Afrique du sud Tropicale: Bangladesh, Inde, Birmanie, Vietnam Europe, Amrique du nord et du sud, Est de lAustralie Tempre: Rgions productrices de champignons de couche Tempre et tropicale: ubiquiste Tropicale/subtropicale: Rgions productrices de bananes

Arbres fruitiers

Subtropicale: Asie du sud-est, Afrique, Amrique centrale et du sud, Carabe

Heterodera (nmatode kystes) Kystes sur racines, faible croissance racinaire, chlorose, fltrissement H. avenae (nmatode kystes des crales) Crales petits grains (bl, orge, Monde: Asie du centre ouest, Afrique du avoine) nord, Nord de lEurope, Chine, Inde, Australie, nord-ouest des USA H. cajani Pois Cajan Inde H. ciceri Pois chiche, lentilles Mditerrane H. filipjevi Crales petits grains (bl, orge, Asie du centre ouest, Inde, Chine, Europe du avoine) nord H. glycines (nmatode kystes du soja) Soja, haricots Subtropicale: Amrique du nord et du sud, Japon, Chine H. latipons Crales petits grains (bl, orge, Asia occidental avoine) H. mani Crales petits grains (bl, orge, Asia occidental avoine) H. oryzae (nmatode kystes du riz) Riz Tropicale: Inde, Bangladesh H. sacchari (nmatode kystes de la canne Canne sucre, riz Tropicale: Afrique de louest, Inde sucre) H. schachtii (nmatode kystes de la Betteraves, choux et brassices Tempre/subtropicale: Europe, Amrique betterave) du nord, Afrique de louest et du sud, Australie H. zeae (nmatode kystes du mas) Mas Tropicale: Inde

Annexe 1. Exemples de genres et despces de nmatodes 69

Nmatodes et symptmes

Principales cultures affectes Distribution gographique

Hirschmanniella (nmatodes du riz et maladie de mitimiti) Lsions racinaires et pourriture du tubercule (maladie de mitimiti) H. gracilis Riz H. imamuri Riz H. oryzae Riz H. spinicaudata Hoplolaimus Ncroses des racines H. columbus H. pararobustus H. seinhorsti Riz

Tropicale Tropicale Tropicale: Afrique de louest, Amrique du sud et du nord, Sud et Sud-est asiatique Tropicale: Afrique, Amrique du sud et du nord

Coton Bananier Coton, lgumes

Tropicale: USA, Egypte Tropicale: Afrique Tropicale: Afrique, Asie du sud, Amrique du sud

Longidorus Galles lextrmit des racines. Transmission de virus L. elongatus Framboisier, betterave sucre Meloidogyne (nmatode galles) Galles des racines et des tubercules, chlorose, fltrissement M. acronea M. africana M. arenaria M. artiellia M. chitwoodi M. coffeicola M. exigua M. graminicola M. hapla M. incognita M. javanica M. oryzae M. mayaguensis M. naasi

Tempre: Europe, Canada

Coton, sorgho Cafier Arachide Bl, orge et lgumes

Tropicale: Afrique du sud Tropicale: Afrique Tropicale: mondiale Mditerrane: Italie, France, Grce et Espagne, Ouest Asiatique, Isral et Ouest de la Sibrie Pomme de terre, betterave sucre, Tempre: Amrique du nord, Mexique, crales Afrique du sud, Europe Cafier Tropicale: Amrique du sud Cafier Tropicale: Amrique du sud Riz Tropicale: Sud et Sud-est asiatique Chrysanthme, lgumes, clou de Tempre/subtropicale: mondiale girofle Lgumes, coton, tabac, Tropicale: mondiale trs large gamme dhtes Lgumes, coton, tabac, Tropicale: mondiale trs large gamme dhtes Riz Tropicale: Asie du sud Lgumes, papayer, trs large Tropicale: mondiale gamme dhte Bl, orge Europe du nord, Nouvelle Zlande, Chili, USA, Iran et ex-URSS

Les nmatodes des plantes 70

Nmatodes et symptmes
Nacobbus (faux nmatode galles) Galles sur racines N. aberrans Paralongidorus Galles lextrmit des racines. Transmission de virus P. australis Paratrichodorus Racines rabougries et noires. Transmission de virus P. minor Pratylenchus (nmatode de lsions) Ncroses des racines, tronc et tubercules P. brachyurus P. coffeae P. goodeyi P. loosi P. neglectus P. penetrans P. thornei P. zeae

Principales cultures affectes Distribution gographique

Lgumes, pomme de terre, betterave sucre

Tempre/subtropicale: Amrique du nord, sud et centrale, Europe (en serres)

Riz

Subtropicale: Australie

Lgumes

Tempre/subtropicale: Europe, USA

Arachide, ananas, manioc Tropicale: mondiale Bananier, igname, cafier, citrus, Tropicale: mondiale plantes pices, Trs large gamme dhtes Bananier Subtropicale: Afrique de lest et de louest, Iles Canaries Thier Subtropicale: Asie du sud et de louest Pomme de terre, lgumes, crales Australie, Afrique du nord, USA, Canada petits grains (bl, orge, avoine) Arbres fruitiers et amandes, Tempre: mondiale lgumes, petits fruits, fleurs Crales petits grains (bl, orge, Australie, Ouest Asiatique, Asie, Afrique du avoine) nord, Isral, Mexique, USA Mas, riz de plateau Tropicale: Asie du sud et de louest, Afrique

Radopholus Ncroses des racines et tubercules, pourriture et sectionnement des racines, chute des plants R. citri Citrus R. similis (nmatode du bananier) Bananier, citrus, racines et tubercules, cocotier, thier, poivrier et autres pices R. nativus Crales et lgumes graines Rotylenchulus (nmatode rniforme) Faible croissance racinaire, chlorose, nanisme R. parvus Pois cajan, patate douce R. reniformis Ananas, lgumes R. variabilis Patate douce

Tropicale: Indonsie Tropicale: mondiale Tempre: Australie

Tropicale: Afrique Tropicale: mondiale Tropicale: Afrique

Annexe 1. Exemples de genres et despces de nmatodes 71

Nmatodes et symptmes
Rotylenchus Mauvaise croissance R. robustus Scutellonema Pourriture sche des tubercules, mauvaise croissance racinaire S. bradys (nmatode de ligname) S. cavenessi

Principales cultures affectes Distribution gographique

Lgumes, plantules darbres

Tempre: Europe, Amrique du nord, Inde Principalement en Afrique et sous les tropiques

Igname, manioc Arachide

Tropicale: Afrique de louest, Carabe Tropicale: Afrique de louest

Trichodorus Racines rabougries et noires. Transmission de virus T. primitivus T. viruliferus Betterave sucre, pomme de terre Tempre/subtropicale: Europe, Amrique du nord Trophotylenchulus Rduction de croissance racinaire T. obscurus Tylenchorhynchus Raccourcissement des racines Tylenchulus Mauvaise croissance racinaire, lent dprissement des arbres T. semipenetrans (nmatode des citrus) Xiphinema Galles lextrmit des racines. Transmission de virus X. americanum X. diversicaudatum X. index

Cafier Crales, lgumes

Tropicale: Afrique Tempre et tropicale

Citrus

Subtropicale/tropicale: rgions productrices de citrus

Arbres, vigne, Rosiers, vigne, petits fruitiers Vigne, fruitiers, rosiers

Tempre/subtropicale: mondiale Tempre: Europe, Amrique du nord, Australie, Nouvelle Zlande Tempre: Europe, Amrique du sud, Mditerrane, Afrique du sud, Est de lAustralie

Adapt du tableau 13.1 de J. Bridge et T.D. Williams, Plant parasitic nematodes, pp.140162, in Waller et al. (2002) (avec lautorisation de CABI Publishing).

Les nmatodes des plantes 72

Annexe 2. Identification des principaux nmatodes


Ce guide nest pas un guide de taxonomie des nmatodes phytoparasites, pour cela voir la partie consacre aux rfrences et lectures conseilles. Une description trs basique des principaux nmatodes phytoparasites est cependant donne plus bas. La figure 39 montre les principales diffrences entre nmatodes phytoparasites et nmatodes libres. Meloidogyne nmatode galles La femelle adulte est en forme de poire ou sphrode avec un cou allong tandis que les mles restent vermiformes. Les juvniles et les femelles sont endoparasites et occasionnent les galles. Le stylet est fin avec des boutons basaux. Les oeufs sont pondus dans une matrice glatineuse. Pratylenchus nmatode agent de lsion Nmatode vermiforme. Femelle avec un seul ovaire. Relativement fort, tte aplatie et queue arrondie. Rgion labiale plate avec un stylet bien visible de 1419 m de longueur avec des boutons basaux pais. Cause de lsions sur les racines des plantes. Endoparasite migrateur, tous les stades sont infectieux. Heterodera nmatode kystes Femelle adulte en forme de citron devenant un kyste maturit. Femelle semi-endoparasite avec seulement la partie antrieure du corps enfonce dans les tissus vgtaux. Oeufs retenus lintrieur du kyste mais parfois aussi dans une masse glatineuse. Stylet des juvniles bien visible avec des boutons basaux pais. Helicotylenchus nmatode spiral Rgion labiale haute, arrondie et conique. Nmatode gnralement enroul en spirale ou en forme de C. Femelle avec 2 ovaires et une queue incurve dorsalement. Ce sont des nmatodes semi-endoparasites ou ectoparasites, gnralement retrouvs dans le sol. Scutellonema Mme description de base que Helicotylenchus, mais: Le stylet est plus court et les boutons basaux sont plus forts. La forme relche est droite ou en C ouvert. Ce sont des nmatodes le plus souvent ectoparasites. Xiphinema et Longidorus Trs long nmatodes Le stylet la forme dune longue aiguille avec des boutons basaux pais. La forme relche est droite le plus souvent. Ce sont des nmatodes ectoparasites.

Annexe 2. Identification des principaux nmatodes 73

Nmatodes parasites de plantes:

Paratrichodorus [JB]

Heterodera [JB]

Scutellonema [JB]

Hemicriconemoides [JB]

Hemicycliophora [JB]

Hoplolaimus [JB]

Tylenchorhynchus [JB]

Plectus [JB]

Meloidogyne tte de juvnile [SM]

Xiphinema [LA-B]

Filenchus [LA-B]

Meloidogyne partie antrieure de la tte [LA-B]

Xiphinema [SM]

Helicotylenchus [SM] Pratylenchus [SK]

Longidorus partie antrieure de la tte [LA-B] Figure 39 continue sur page suivante

Les nmatodes des plantes 74

Nmatodes libres:

Mononchus [JB]

Discolaimus [JB]

Figure 39. Comparaison de la rgion antrieure des nmatodes parasites des plantes et des nmatodes libres. (Photographies de J. Bridge [JB], S. Mack [SM], L. Al-Banna [LA-B] et S. Kelly [SK].)

75

Annexe 3. Tables dindexation pour la mesure des dgts dus aux nmatodes
Nmatode galles (Meloidogyne spp.) sur manioc
A utiliser la fois sur racines et tubercules pour une estimation la rcolte ou sur racines en cours de vgtation. Racines de Manioc

1. Pas de galles, racines nourricires intactes.

2. Au moins une galle observe.

3. Galles nombreuses, environ 50% des racines affectes.

4. Galles nombreuses, la plupart des racines affectes.

5. Galles nombreuses sur toutes les racines, ncroses, racines nourricires fortement galles ou dtruites.

Les nmatodes des plantes 76

Tubercules de Manioc

1. Pas de galle, tubercules et racines nourricires sains.

2. Au moins une galle sur les racines.

3. Galles videntes sur les racines, moins de racines nourricires, rduction de la taille des tubercules.

4. Galles nombreuses, racines ncroses, rduction de la taille des tubercules.

5. Galles svres sur la plupart des racines, racines nourricires absentes, peu de tubercules.

Appendix 3. Tables dindexation pour la mesure des dgts dus aux nmatodes 77

Nmatodes galles sur carottes

1. Pas de galle.

2. Peu de galles.

3. Galles modrment importantes.

4. Galles assez importantes

5. Galles trs importantes.

Les nmatodes des plantes 78

Nmatodes galles sur laitues

1. Pas de galle.

2. Quelques galles.

3. Galles modremment importantes.

4. Galles assez importantes.

5. Galles svres.

Appendix 3. Tables dindexation pour la mesure des dgts dus aux nmatodes 79

Index de lsions sur racines de bananiers


Adapt de Paul Speijer et Dirk De Waele (1997).

0%

5%

10%

25%

50%

75%

100%

Les nmatodes des plantes 80

Indexation sur Musa


Exemple de notation de cinq moitis de racines en pourcentage de racines ncroses en prsence de nmatodes endoparasites migrateurs (Daprs Paul Speijer et Dirk De Waele, 1997). 10 cm
% racine ncrose de chaque moiti de racine
0% 1% 2% 17% 12% 0% 5% 10% 15% 20%

% proportion de chaque moiti de racine (5 20% = 100%)

Choisir au hasard 5 racines fonctionnelles par bananier. Chacune dau moins 10 cm de longueur. Couper chaque racine dans le sens de la longueur et carter une des moitis. Noter lautre moiti sur le pourcentage de cortex racinaire prsentant des ncroses. Chaque racine contribue pour 20% de lchantillon total ce qui donne 100% pour les 5 racines. Si la moiti de la racine est ncrose alors comptez 10%. Sil ny a pas de ncrose comptez 0% (voir la gure ci-dessus). Une fois que vous avez index chaque racine parmi 20, additionnez les 5 pourcentages pour avoir le pourcentage total de ncroses pour lensemble de lchantillon.

Appendix 3. Tables dindexation pour la mesure des dgts dus aux nmatodes 81

Table dindexation pour les nmatodes galles


Daprs John Bridge et Sam Page (1980)

0 Pas de galle sur les racines.

1 Quelques galles, difficiles voir.

2 Quelques galles, bien visibles, racines principales saines.

3 Quelques grosses galles, bien visibles, racines principales saines.

4 La prsence de grosses galles prdomine mais les racines principales restent saines.

5 50% des racines sont affectes. Quleques galles sur les racines principales. Rduction du systme racinaire.

6 Galles sur les racines principales.

7 Majorit des racines principales avec des galles.

8 Toutes les racines avec des galles, y compris la racine pivot, peu de racines saines visibles.

9 Toutes les racines svrement galles, gnralement la plante meure.

10 Toutes les racines svrement galles, plus de systme racinaire, gnralement plante morte.

Les nmatodes des plantes 82

Table dindexation pour les nmatodes kystes sur le bl


Adapt de A.D. Rovira dans Brown and Kerry (1987).

1 Pas de dommage, racines saines.

2 Dommages superficiels.

3 Dommages lgers.

4 Dommages modrs.

5 Dommages svres.

Rseaux utiles et organisations


Afro-Asian Society of Nematologists (http://www.ifns.org/membership/aasn.html) Australasian Association of Nematologists (http://nematologists.org.au) Brazilian Nematological Society (http://www.ciagri.usp.br/~sbn/sbn_i.htm) Cereal Nematodo Network Chinese Society of Plant Nematologists (http://www.ifns.org/membership/cspn.html) Nematology Initiative in East and Southern Africa Egyptian Society of Agricultural Nematology (http://www.ifns.org/membership/esan.html) European Society of Nematologists (http://esn.boku.ac.a) International Federation of Nematology Societies (http://www.ifns.org/) Japanese Nematological Society (http://www.ifns.org/membership/jns.html) Nematological Society of India (http://www.ifns.org/membership/nsi.html) Nematological Society of Southern Africa (http://www.ifns.org/membership/nssa.html) Organization of Nematologists for Tropical America (http://www.ontaweb.org) Society for Invertebrate Pathology (http://www.sipweb.org/) Society of Nematologists (http://www.nematologists.org) West and Central African Nematology Network

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Les nmatodes parasites des plantes sont toujours prsents dans les parcelles des agriculteurs, mais les dommages quils occasionnent sont souvent attribus dautres ravageurs ou maladies ou problmes lis la culture. En particulier dans les pays en voie de dveloppement, o les ressources et les facilits dinvestigations sont rares, il est souvent difficile didentifier et de quantifier le problme des nmatodes. Ce guide a pour objectif daider surmonter ces limitations en fournissant une rfrence facile suivre pour identifier les problmes dus aux nmatodes. Ce guide fournit des instructions claires, avec de nombreuses illustrations, sur les procdures de collecte dchantillons et dextraction des nmatodes, aussi bien que des informations sur des identifications approfondies et une aide au diagnostic. Ce manuel est destin aux techniciens, aux agriculteurs, aux agents des services agricoles et tous ceux qui sont intresss par la production agricole et la protection des cultures, particulirement dans ces parties du monde ou laccs une expertise et des laboratoires reste limite. Ce guide, esprons le, devrait simplifier certains aspects de la nmatologie et faciliter la comprhension de ce problme phytosanitaire souvent mystrieux.

ISBN 978-131-348-x

D.L. Coyne, J.M. Nicol et B. Claudius-Cole

Les nmatodes des plantes : Un guide pratique

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