CURSO ENGENHARIA AGRONMICA UNIPAR INTRODUO AO CURSO AULA 02 Professor: Joo Valdir Miranda

Bioqumica
INTRODUO AO ESTUDO DA BIOQUMICA AULA 01

Professor: Joo Valdir Miranda

1 INTRODUO AO CURSO
- O que a Bioqumica estuda? - A Bioqumica estuda como as molculas que compem os organismos vivos Interagem para manter e perpetuar a vida .
- Caractersticas dos organismos vivos: - Possuem um alto grau de complexidade qumica e organizao microscpica; -Sistemas para extrair, transformar, e utilizar a energia do meio ambiente; -A capacidade precisa de auto-replicao ou auto-reproduo; -Mecanismos de perceber e responder s alteraes no meio que os circundam; -Funes definidas para cada um de seus componentes e regulao das interaes entre eles; - Uma histria de mudanas evolutivas.

Algumas Caractersticas dos organismos vivos A complexidade microscpica e organizao. Ex: fibra muscular

B Um falcon adquire nutrientes se alimentando de um pssaro menor

C A reproduo biolgica ocorre com quase perfeira fidelidade.

Uma diversidade de organismos vivos Compartilham caractersticas em comum Os diferentes organismos possuem uma mesma base estrutural (a clula) e os mesmos tipos de macromolculas, (DNA, RNA, protenas, etc.) as quais so constitudas pelas mesmas subunidades (nucleotdeos, aminocidos). Os organismos vivos utilizam os mesmos passos para a sntese dos componentes celulares, compartilham o mesmo cdigo gentico e derivam dos mesmos ancestrais evolutivos.

O jardim do demde Jan van Kessel (1626-1679)

 Portanto

a Bioqumica descreve em termos moleculares as estruturas, mecanismos, e processos qumicos compartilhados por todos os organismos vivos e fornece um conhecimento sobre os princpios de organizao que fundamentam a vida em todas as suas diversas formas, denominado de lgica molecular da vida.

Clulas

A unidade e diversidade de organismos se torna aparente, mesmo ao nvel celular; O menor organismo consiste de uma nica clula (ex. bactrias), o qual microscpico; Os organismos multicelulares possuem diferentes tipos de clulas, as quais variam em tamanho, forma, e funes especializadas; A despeito das diferenas obvias, todas as clulas, de um organismo mais simples ao mais complexo, compartilham propriedades fundamentais, as quais podem ser vistas ao nvel bioqumico.

As clulas so as unidades estruturais e funcionais de todos os organismos vivos

Caractersticas universais das clulas Todas as clulas (eucariontes) possuem um ncleo , uma membrana plasmtica e um citoplasma.

CARACTERSTICAS GERAIS DAS CLULAS Clulas procariontes

Procariotos atuais: Arqueobactria e Bactria (Eubactria e Cianobactria) Modelo de clula bacteriana: Escherichia coli Gram-negativa

1 mm = 103 m 1 m = 106 m 1 nm = 109 m

Clula Eucarionte
grego (eu) verdadeiro (Karyon) ncleo

Caracterstica:
Presena de organelas subcelulares circundadas por membranas

1 mm = 103 m 1 m = 106 m 1 nm = 109 m

1. As clulas constituem as unidades morfolgicas e fisiolgicas de todos os organismos vivos; 2. As propriedades de um determinado organismo dependem das propriedades das suas clulas isoladas; 3. As clulas se originam unicamente de outras clulas e sua continuidade se mantm atravs do seu material gentico; 4. A menor unidade de vida a clula.
REFERNCIA:

LIVRO - PRINCPIOS DE BIOQUMICA (LEHNINGER) - 4 EDIO LEHNINGER, ALBERT L. , COX , NELSON, KAY YARBOROUGH. Ed. Sarvier.
Cap. 1

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A lgica Molecular da Vida Biomolculas - Todos os organismos vivos (animais, vegetais, microrganismos) e as clulas das quais so constitudos apresentam diferentes nveis de complexidade e diversidade; - No entanto, todos os organismos so compostos por molculas, denominadas de Biomolculas.

A lgica Molecular da Vida Biomolculas

- As biomolculas, so as molculas consideradas como responsveis pela vida; - Normalmente so grandes e por isso denominadas de macromolculas; - As biomolculas so constitudas por um nmero reduzido de elementos qumicos, e os principais so carbono, oxignio, nitrognio e hidrognio, onde representam cerca de 97% da massa viva; - Estes elementos se organizam para formar longas cadeias de tomos de carbono, constituindo macromolculas como as protenas, lipdios e carboidratos.

- O Conjunto de macromolculas diferentes, ou seja, protenas, carboidratos, lipdios, cidos nuclicos, etc. iro constituir a clula, os tecidos, os rgos e toda a constituio do organismo (como as plantas e animais).

Figura Exemplos de estruturas macromoleculares: Os filamentos de actina (a), microtbulos (b), e os filamenos intermedirios (c), que compem o citoesqueleto de diferentes tipos celulares.

- As macromolculas como as protenas, lipdios, carboidratos (acares) e cidos nuclicos (DNA e RNA) so constitudos de subunidades estruturais:

Macromolcula Protena

Subunidade estrutural Aminocidos (20 tipos diferentes)

Carboidratos (ex. acares)

Monossacardeos ex. glicose

cidos nuclicos (DNA e RNA) Nucleotdeos adenina, timina, guanina, citosina e uracila (RNA) Lipdios cidos graxos: Oleato, palmitato, Colina

Figura Componentes estruturais de algumas macromolculas: (a) aminocidos, componentes estruturais das protenas; (b) nucleotdeos, componentes estruturais dos cidos nuclicos (DNA e RNA); (c) cidos graxos, componentes estruturais dos lipdeos.

- As diferentes macromolculas, como as protenas, lipdios, carboidratos e cidos nuclicos, se organizam formando uma hierarquia estrutural para constituir as estruturas celulares:

Figura Diferentes nveis de organizao celular: Nvel 1 Unidades monomricas; Nvel 2 Macromolculas; Nvel 3 Complexos supramoleculares; Nvel 4 A clula e suas organelas.

Figura Diferentes molculas e macromolculas que compem a clula.

Figura Exemplo da organizao das macromolculas para compor componentes celulares, por exemplo, a membrana plasmtica.

As biomolculas so compostas de tomos de carbono com uma variedade de grupos funcionais.

- A qumica dos organismos vivos est organizada em torno dos tomos de carbono (C), os quais compreendem mais do que a metade do peso seco das clulas; - Os tomos de carbono podem formar pontes simples com tomos de hidrognio e, pontes simples ou duplas com tomos de oxignio e nitrognio:

Figura Versatilidade do tomo de carbono em estabelecer ligaes. O tomo de carbono pode estabelecer ligaes covalentes simples, duplas ou triplas, particularmente com outros tomos de carbono.

- A propriedade dos tomos de carbono de formarem pontes muito estveis entre si, formando longas cadeias de carbono de grande importncia na biologia.
- Na composio das biomolculas, os tomos de carbono esto ligados covalentemente entre si formando cadeias lineares, ramificadas ou estruturas cclicas.

- Aos esqueletos de carbono so adicionados grupos de outros tomos, denominados de grupos funcionais, os quais conferem propriedades qumicas s diferentes macromolculas. - Os grupos funcionais conferem caractersticas especficas s biomolculas, como solubilidade e diferenas no pH em solues aquosas;

Muitas biomolculas so polifuncionais, contendo dois ou mais diferentes tipos de grupos funcionais, cada um com sua caracterstica qumica e reaes.

A personalidade qumica de uma biomolcula determinada pela qumica de seus grupos funcionais e sua disposio no espao tridimensional.

Figura Relao entre os grupos funcionais e as propriedades qumicas das protenas. Ex. A conformao das estruturas primria, secundria e terciria das protenas e determinada em grande parte pela interao entre os diferentes grupos funcionais existentes ao longo da cadeia peptdica das protenas.

A estrutura tridimensional definida pela configurao e conformao

- Alm das ligaes covalentes e grupos funcionais das molculas, a conformao tridimensional dos tomos (esterioisomeria) tambm importante para funo que elas exercem. - Uma mesma molcula pode assumir diferentes configuraes, dependendo do arranjo espacial dos tomos que a compes. Estas diferentes configuraes de uma mesma molcula denominada de ismeros.

Figura Diferentes formas de representar as molculas

Figura Alguns grupos funcionais em biomolculas. (R) qualquer substituinte, desde um tomo de hidrognio at uma cadeia de hidrocarboneto.

-As interaes entre as biomolculas so invariavelmente esteroespecficas, requerendo uma esteroqumica especfica entre as molculas. REFERNCIA BIBLIOGRFICA: LIVRO - PRINCPIOS DE BIOQUMICA (LEHNINGER) - 4 EDIO LEHNINGER, ALBERT L. , COX , NELSON, KAY YARBOROUGH. Ed. Sarvier. Cap. 1

Figura Exemplos de tipos de esteroismeros.

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A GUA A GUA O Solvente das Reaes Bioqumicas - Praticamente todas as reaes qumicas da clula envolvem gua; - A gua o principal componente da maioria das clulas.

- A gua uma molecular polar.

Propriedades Solventes da gua.

- A natureza polar da gua determina amplamente suas propriedades solventes. Os compostos inicos, como o cloreto de potssio (KCl, K+ e Cl- em soluo), e os compostos polares com cargas parciais (isto , dipolos), como o etanol (C2H5OH) ou a acetona [(CH3)2C=O], tendem a se dissolver em gua.; - O princpio fsico envolvido a atrao eletrosttica entre cargas opostas.

- Substncias inicas polares so chamadas de hidroflicas (afinidade por gua) ex: lcoois, aminas e cidos carboxlicos; - Molculas apolares no se dissolvem em gua e so chamadas de hidrofbicas ex: molculas de lipdeos, hidrocarbonetos apolares; - Uma nica molcula pode ter pores polares (hidroflicas) e apolares (hidrofbicas). As substncias deste tipo so chamadas de anfipticas; - Um cido graxo de cadeia longa com um grupo de cido carboxlico polar e uma longa poro apolar de hidrocarboneto um timo exemplo de substncia anfiptica.

- As molculas anfipticas, como muitos lipdeos, tendem a formar, ma presena de gua, estruturas chamadas micelas, nas quais os grupos de cabeas polares esto em contato com o meio aquoso e as caudas apolares so isoladas em contato com a gua.

- Pontes de Hidrognio: - uma interao covalente que tem origem eletrosttica e pode ser considerada um caso especial de interao dipolo-dipolo;
- As pontes de hidrognio so muito mais fracas que as ligaes covalentes normais.

Outras pontes de hidrognio biolgicamente daquelas com as molculas de gua):

importantes (alm

- As pontes de hidrognio tm um envolvimento essencial na estabilizao da estrutura tridimensional de molculas biologicamente importantes, incluindo o DNA, RNA e as protenas.

- As pontes de hidrognio entre as bases complementares so uma das caractersticas mais marcantes da estrutura da dupla hlice do DNA;
- O RNA transportador tambm tem uma estrutura tridimensional complexa caracterizada por regies com pontes de hidrognio; - A ponte de hidrognio em protenas origina duas estruturas importantes, as conformaes de -hlice e folha pregueada, sendo ambas as conformaes amplamente encontradas nas protenas.

cidos e Bases:
- O comportamento bioqumico de diversos compostos importantes depende de suas propriedades cido-bsicas;
- Um cido pode ser definido como uma molcula que age como doador de eltrons (ons de hidrognio); - Uma base semelhantemente definida como um aceptor de prtons; - A velocidade com que cidos ou bases doam ou recebem prtons depende da natureza qumica dos compostos envolvidos; - O grau de dissociao dos cidos na gua, por exemplo, varia entre a dissociao completa para um cido forte e praticamente nenhuma dissociao para um cido muito fraco, e qualquer valor intermedirio possvel;

- muito til ter uma medida numrica para indicar a fora de um cido, que a quantidade de ons de hidrognio liberada por um cido quando uma determinada quantia dele dissolvida em gua. Tal expresso, chamada de constante de dissociao de cido, ou Ka, pode ser escrita para qualquer cido, HA, que reaja de acordo com a equao:

- Nessa expresso os colchetes se referem concentrao molar isto , a concentrao em moles por litro;

- Para cada cido, a quantidade Ka tem um valor numrico fixo a uma dada temperatura. Tal valor maior para os cidos mais completamente dissociados: quanto maior o valor de Ka, mais forte ser o cido. - Rigorosamente falando, a reao cido-bsica uma reao de transferncia de prtons, na qual a gua atua como uma base e tambm como solvente:

- (aq) solutos em soluo aquosa; - (l) gua em estado lquido.

pH e sua relao com as propriedades da gua: - As propriedades cido-bsicas da gua tm um papel importante nos processos biolgicos, graas funo fundamental da gua como solvente; - O grau de autodissociao da gua em ons de hidrognio e hidroxila pequeno, mas o fato de que ela ocorre determina as importantes propriedades de diversos solutos.

- Tanto o on de hidrognio (H+) como a hidroxila (OH-) esto associados a vrias molculas de gua, assim como todos os ons em soluo aquosa, e a prpria molcula de gua na equao faz parte de um agrupamento de tais molculas:

H uma ampla gama de concentraes possveis de ons hidrognio e ons hidroxila em soluo aquosa, o que torna desejvel definir um valor para expressar tais concentraes. Essa quantidade chamada de pH e definida como:

pH = - log10[H+]
A gua pura com pH 7 neutra, as solues cidas tm valores de pH inferiores a 7 e as solues bsicas tm valores de pH superiores a 7. Uma quantidade semelhante, o

pKa= - log10Ka

O pKa uma outra medida que indica a fora do cido quanto menor seu valor, mais forte ser o cido. A situao o reverso da observada em ka, em que maiores valores implicam cidos mais fortes.

Monitorando o pH em solues biolgicas:

Muitas reaes no ocorrem se o pH no estiver no seu valor ideal. As macromolculas biolgica importantes perdem atividade em extremos de pH. Alm disso, algumas conseqncias fisiolgicas drsticas podem ser resultantes de flutuaes do pH no organismo.

Equao de Henderson-Hasselbalch

Curvas de Titulao: Titulao o processo empregado em Qumica para se determinar a quantidade de substncia de uma soluo pelo confronto com outra espcie qumica, de concentrao e natureza conhecidas. A substncia de interesse em qualquer determinao recebe o nome de analito. A espcie qumica com concentrao definida recebe o nome de titulante, que , em geral, uma soluo obtida a partir de um padro primrio, podendo ser um sal ou uma substncia gerada na soluo que se deseja valorar. A soluo a ter sua concentrao determinada recebe o nome de titulado.

Existem vrios tipos de titulao, entre elas destacam-se a titulao cidobase, titulao de oxidao-reduo e titulao de complexao
Titulao cido base: Neste processo faz-se reagir um cido com uma base para que se atinja o ponto de equivalncia. medida que adicionado o titulante ao titulado, o pH da soluo (titulante+titulado) vai variar, sendo possvel construir um grfico desta variao, ao qual se d o nome de curva de titulao. O ponto de equivalncia pode variar dependendo da concentrao incial do titulante e do titulado.

Tampes e sua importncia: Uma soluo-tampo consiste em uma mistura de cido fraco e sua base conjugada; As solues-tampo tendem a resistir a mudanas no pH na adio de pequenas quantias de cido ou base fortes.

Tampes Biolgicos - Os seres vivos mantm constante o seu pH interno;

- Os tampes biolgicos so aqueles encontrados nos seres vivos; na espcie humana, por exemplo, h tampes capazes de manter o pH do sangue muito prximo de 7,4. Sendo os principais o tampo fosfato, as protenas e o bicarbonato;
- O sistema tampo fosfato (H2PO4-/HPO42-) tem pKa igual a 6,8, constituindo um tampo apropriado para valores de pH entre 5,8 e 7,8. No plasma, entretanto, a concentrao deste tampo muito baixa, tornando sua eficincia muito reduzida. Intracelularmente (pH do citosol em torno de 7), sua concentrao maior e sua eficcia considervel;

- O efeito tamponante das protenas devido a grupos ionizveis dos aminocidos (-COO-, -NH3+ etc.), que so cidos fracos. Entretanto, os valores de pKa da maioria desses grupos esto muito distantes de 7,4, tornando-os ineficazes como tampes neste pH

- O bicarbonato (HCO3-): o sistema mais eficiente na manuteno do pH plasmtico.

REFERNCIAS: Livros: Bioqumica - volume 1 (bioqumica bsica). Autores: Mary K. Campbell e Shawn Farrel. Editora Thomson. Ano 2007. Quinta edio. Captulo 2 gua: O Solvente das Reaes Qumicas. Bioqumica Bsica Autores: Anita Marzzoco e Bayardo B. Torres. Editora Guanabara Koogan. Terceira Edio. Ano 2007. Captulo 1 Sistemas Tampo.

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AMINOCIDOS E PEPTDEOS INTRODUO: - As protenas so macromolculas contendo um nmero varivel de L-aminocidos, unidos por ligaes peptdicas.

As protenas so, portanto, polmeros de aminocidos. As cadeias assim constitudas chamam-se cadeias polipeptdicas e, ao atingirem certa dimenso, recebem o nome de protena; comum considerar protenas os polipeptdeos com peso molecular a partir de 6.000 dltons (6 kDa). Embora existam mais de 150 aminocidos, somente 20 tipos so encontrados nas protenas:

ESTRUTURA DOS AMINOCIDOS: A estrutura tridimensional dos aminocidos inclui um grupo amina e um grupo carboxila, ambos ligados ao carbono :

O grupo R determina a identidade do aminocido especfico;

Forma tridimensional ou esterioqumica: Formas esteroisomricas dos aminocidos: (L) esquerda ou (D) direita; Os dois esteroismeros de cada aminocido so designados de L- e Daminocidos.

Classificao dos aminocidos: - Os aminocidos so classificados de acordo com a polaridade do grupo R, em duas grandes categorias: aminocidos apolares (grupo R hidrofbico) e aminocidos polares (grupo R hidroflico). - Os aminocidos apolares tm grupos R constitudos por cadeias com carter de hidrocarboneto, que no interagem com a gua. Tm geralmente uma localizao interna na molcula de protena. Pertencem a este grupo: glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina, metionina, prolina, fenilalanina e triptofano.

- Os aminocidos classificados como polares so os que tm, nas cadeias laterais, grupos com carga eltrica lquida ou grupos com cargas residuais, que os capacitam a interagir com a gua. So geralmente encontrados na superfcie da molcula protica.
- Os aminocidos polares so subdivididos em trs categorias, segundo a carga apresentada pelo grupo R em pH7: aminocidos bsicos (lisina, arginina e histidina), se a carga for positiva; aminocidos cidos (aspartato e glutamato), se a carga for negativa; e aminocidos polares sem carga (serina, treonina, tirosina, asparagina, glutamina e cistena), se a cadeia lateral no apresentar carga lquida.

LIGAO PEPTDICA: Aminocidos individuais podem ser unidos uns aos outros pela formao de ligaes covalentes;

A ligao formada entre o grupo -carboxila de um aminocido e o grupo amina do seguinte;

Uma molcula de gua eliminada no processo e os resduos do aminocido ligado permanecem aps essa eliminao:

- Os peptdeos so compostos formados pela unio de um pequeno nmero de aminocidos, que podem variar de dois a vrias dezenas; - Em uma protena, muitos aminocidos (normalmente mais de cem) so unidos por ligaes peptdicas para formar uma cadeia polipeptdica.

REFERNCIAS: Livros: - Bioqumica - volume 1 (bioqumica bsica). Autores: Mary K. Campbell e Shawn Farrel. Editora Thomson. Ano 2007. Quinta edio. Captulo 3 Aminocidos e Peptdeos. - Bioqumica Bsica Autores: Anita Marzzoco e Bayardo B. Torres. Editora Guanabara Koogan. Terceira Edio. Ano 2007. Captulo 2 Aminocidos e Protenas.

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