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DNA MICROARRAY

DNA CHIP

Presentado por:

CAYAMPI QUISPE, Betsy J. ESPINOZA SALAZAR, Lucy E. ORMEO ANGULO, Mara del C. RAMOS PACHECO, Patricia C. SEGURA LOAYZA, Diego A.

Qu es un DNA Microarray?

Qu es un DNA Microarray?

Tambin conocido como chip de DNA.


Permite una medicin simultnea del nivel de

transcripcin para cada (expresin gentica).

gen

en

un

genoma

Detecta mRNA, o en su lugar el cDNA ms estable.

Definiciones Generales
Objetivo o Blanco es la muestra de cido nucleico (cDNA) cuya

identidad y cantidad estn siendo medidas.

Fluorforo usualmente etiquetas verde y rojo unidas al blanco

que permiten la visualizacin de la expresin.

Microarray trabaja con el mtodo de hibridacin inversa

convirtiendo el mRNA a cDNA 3-5 con TTTT terminal.

Sonda un cido nucleico unido a una secuencia conocida (el

chip de DNA).

Genes que pueden ser prendidos o apagados

Pasos Bsicos del Microarray

Obtener clulas con genes que son necesarios para el

anlisis.

Aislar el mRNA usando buffer de extraccin.

- Remover el buffer con RNA. - El mRNA ser 5-3 con una terminacin AAA.
Convertir cada mRNA en cDNA coloreados. - Los objetivos estn marcados con los fluorforos.

Con el mRNA degradado invertir el cDNA creado.


Mezclar las muestras coloreadas de cDNA. La incubacin con el cDNA mezclado y el chip de

DNA producirn algunos emparejamientos.

Quitar el cDNA no emparejado para ver cuales lo han

hecho con el microarray.

DNA microarray
Tecnologas mltiples usadas en Gentica, Biologa Molecular y en Medicina Matrices seriadas de miles de huecos microscpicos de oligonucletidos de DNA. El sondeo del objetivo de hibridacin es usualmente detectado y cuantificado por la deteccin de fluorofosfo-, plata-, o quimoluminiscenciasobre objetivos marcados.

Puede ser usado para: medir los cambios de expresin en los niveles;

detectar polimorfismo de nucletido simple (SNP);


genotipificacin o en resecuenciamiento de genomas mutantes.

Experimento de DNA microarray


1. Preparacin de la muestra Las dos muestras a ser comparadas (comparacin en parejas) son cultivadas o adquiridas.

2. Purificacin

RNA DNA DNA/RNA protena.

unido

El RNA purificado es analizado por cualidad (por electroforesis capilar) cantidad (por espectrofotmetro)

Experimento de DNA microarray


3. Transcripcin Inversa

Amplificacin (opcional)

por

PCR

4. Marcacin o etiquetado

El marcador es agregado bien en la fase RT o en una fase adicional de la amplificacin (de ser hecha).

Las muestras marcadas son luego mezcladas con una solucin de hibridacin propia. SDS, SSC, dextran sulfate, a blocking agent, Denhardt's solution and formamine.

DNA microarray experiment


5. Hibridacin

Esta mezcla es desnaturalizada y agregada en un hueco en un microarray.

6. Escaneo

Los huecos son sellados y el microarray hibridado. El microarray es secado y escaneado en una mquina especial donde el lser excita el colorante y el detector mide su emisin. Despus el resultante bruto es normalizado para su estudio.

7. Normalizacin y anlisis

El Proceso
Cells Poly-A RNA AAAA Fragment (heat, Mg2+) Labeled fragments L L L cDNA 10% Biotin-labeled Uracil Antisense cRNA IVT L L L (In-vitro Transcription)

Hybridize

Wash/stain

Scan

Usos y Aplicaciones del DNA microarray

The Colours of a Microarray

GREEN represents Control DNA, where either DNA or cDNA

derived from normal tissue is hybridized to the target DNA.

RED represents Sample DNA, where either DNA or cDNA is

derived from diseased tissue hybridized to the target DNA.

YELLOW represents a combination of Control and

Sample DNA, where both hybridized equally to the target DNA.

BLACK represents areas where neither the Control nor

Sample DNA hybridized to the target DNA.

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Codificacin por Color


Las tablas son difciles de leer.

El data es presentado en una escala de colores.

Esquema de codificacin:
Green = repressed (less mRNA) gene in experiment Red = induced (more mRNA) gene in experiment Black = no change (1:1 ratio)

Or
Green = control condition (e.g. aerobic) Red = experimental condition (e.g. anaerobic)

We only use ratio

Conclusiones

Diagnstico, por ejemplo, de enfermedades infecciosas, cncer y anormalidades genticas.

El PCR es usado para proveer medidas cuantitativas de la transcripcin gentica.

La expresin gentica de un gen particular cambia con el paso del tiempo.

Lab-On-A-Chip

Gracias