Nucleic Acids Research, 2006, Vol. 34, No.

2 659666 University of Miami School of Medicine

Degradacin del RNA RNasas Anlisis de mutantes en las rutas catablicas.

mRNA RNA estable Maduracin de RNA No contienen maquinaria especializada para la degradacin de RNAs. RNasa Especificidad del sustrato

Degradacin del RNA estable (tRNA/ rRNA )

Degradacin del RNA

Degradacin del mRNA

Metabolismo del RNA

Condiciones de estrs Control de calidad

Determinacin de RNAs

Se enfatizan las similitudes entre

la cantidad de mRNA y la eliminacin de RNAs estables durante el estrs o control de calidad, tambin como la maquinaria degradativa puede aplicarse con la maduracin de RNA.

Inestabilidad del mRNA identificado mltiples cis -que actan caractersticas estructurales dentro del propio mensaje RNasas especficos que Contribuyen a las estabilidades relativas de mRNA

La traducibilidad de un mensaje particular, determinado por la fuerza de su secuencia ShineDalgarno influyen en la extensin de la carga ribosoma tambin afectan a la rapidez con que un mRNA se degrada

Considerando el decaimiento del mRNA, este es usado para distinguir entre factores que influyen en la iniciacin de los procesos que estos ltimos guan para completar el rompimiento de los mensajes a mononucletidos, aunque desde intermediarios raramente acumulados, es probable que las dos fases de la degradacin estn estrechamente acopladas.
En Escherichia coli , el inicio de la degradacin del mRNA es principalmente debido al ataque endonucleoltico, mediada por RNasa E

La accin de RNasa E es favorecida por un trmino 5que lleva un residuo de monofosfato, y la escisin usualmente ocurre en regiones ricas en AU con estructura secundaria pequea. RNasa G Rnasa III RNasa P

Componentes:

Extraccin de mARN Exonucleasas: PNPasa RNasa II RNasa R

tRNA y rRNA

98%

No se degrada durante el crecimiento exponencial (Proteccin de ribosomas) Se degrada bajo ciertas condiciones fisiolgicas o estrs oInanicin PNPase no C oFase estacionaria o una disminucin nutricional rRNA

Mononucletidos Exonucleasa

Escisin endonucleolitica

Agentes que modifican la permeabilidad de la membrana Estabilizan el ribosoma RNAsa I en el citoplasma celular

Procesos de control de calidad que operan durante el curso del metabolismo

RNAs estables

Procesados a su forma madura

Realicen su funcin

Mltiples RNasas

En E. coli un numero de vas de maduracin son ahora bastante bien definidas.

RNAs individuales

Remover secuencias terminales extraas

Exposicin termino 5 y 3 maduros

Con que fin

Eliminacin de nucletidos Modificacin de las bases Adicin de nucletidos Escisin de diferentes secuencias de RNA

Endonucleasas- Degradan el RNA a partir de extremo 5 o 3

Exonuclesas- Cortan enlaces fosfodister en el interior de la molcula

Grupos fosfato terminales

The cell can produce adequate quantities of ribosomal RNAs because it contains multiple copies of the rRNA genes that code for ribosomal RNAs (rRNAs).

Even E. coli needs seven copies of its rRNA genes to meet the cells need for ribosomes.

Precursor tRNAs, which are then trimmed to produce the mature tRNA.

Cut-and-paste mechanism

rRNA
Precursores de cadena larga

tRNA
Contienen secuencias nucleotidicas adicionales en ambos extremos. Intrones en la regin anticodon

Corte de pre- rRNA Pequeas partculas ribonucleoprotecas nucleolares (snoRNP) Metilacin de los N del anillo de la base

Extenciones 5 y 3 ms corto Ribonucleasa P

Elimina la extencin 5 (endonuc)

Endo 5-Rnasa E yG Exo 3- Rnasa T

Eliminacin exonucleolitica del extremo 3 con sntesis del extremo CCA (nucleotidiltransferasa)
Esencial aminocidos

Exoribonucleasa

RNase II and RNase D or Rnase BN

Exoribonucleasa

Metilacin de los N del anillo de la base Endoribonucleasa

Nucleotidiltrasferasa

 En B. subtilis el procesamiento 3 los precursores de tARN es diferente. En este organismo solamente cerca de 2/3 de los tARN tienen su secuencia codificada -CCA. Precursores de estos tRNA se maduran exonucleoticamente utilizando Rnasa PH para eliminar los ltimos nucletidos adyacentes a la CCA-( B. subtilis no contiene una RNasa T). Otros exoribonucleases redundantes contribuir a la reduccin del remolque 3 ', pero al parecer no participan en los pasos finales de recorte.

 E. coli tambin posee una RNasa Z ortholog, BN Rnasa. Esta enzima es necesaria para la maduracin de la 3 'termino de cuatro precursores de ARNt bacterifago T4 que carecen de un motivo codificado-CCA pero como todas las E. coli tRNAs codificar la CCA-, su funcin en las clulas no infectadas no est claro. Como se seal anteriormente, BN RNasa puede procesar E. coli tRNA precursores in vivo cuando RNasas T, PH, D y II estn ausentes, pero es muy deficiente. E.coli RNasa BN es inusual, ya que su funcin como una exo-o endoribonuclease in vitro.

Sin embargo, es el modo de accin sobre los precursores de tRNA in vivo todava no ha sido comprobada.

 Comparison decaimiento de mRNA y dedegradacin de RNA estable

Comparacin de ARNm estable y la degradacin del ARN y la maduracin del ARN en E. coli. es iniciales durante la descomposicin de ARNm o la maduracin de ARNr y ARNt se llevan a cabo por las RNasas endoribonucleases, E, G, III y P, aunque dependiendo del proceso, una diferente enzima puede servir a la funcin principal. La enzima (s) responsable de la generacin de fragmentos de ARN estable no es (son) conocido.

Terminal degradacin de los compuestos intermedios de descomposicin de ARNm utiliza los exoribonucleases procesivas RNasas, II, I o PNPase, seguido por oligoribonuclease (ORN) para eliminar los 5 'de los oligonucletidos terminales. Estable la degradacin del ARN tambin utiliza RNasa R o PNPase, pero los papeles de RNasa II y ORN an no ha sido demostrado. Cuando se conoce, la maduracin de la 3 'terminales de tRNAs y rRNAs algunos usos RNasas T o F, pero para el ARNr 16S, la 3' maturase no ha sido identificado.

Significante relacin en las RNasas

**Endoribonucleasas RNasas E, G, III and P contribuyen al decaimiento del mRNA y la maduracin de RNAs estables. **Exoribonucleasas Degradacin PNPasa, RNasa II and RNasa R

Maduracin RNasa T, RNasa PH and RNasa D.