Traitement des signaux physiologiques

F.KOHLER

Traitement des signaux physiologiques

Objectifs

Citer les principes de la numrisation des signaux physiologiques Connatre l'aide apporte par les techniques de traitement du signal la pratique clinique courante. Argumenter partir d'exemple Expliquer la ncessit d'intgrer les donnes en provenance de plusieurs sources pour aider la dcision

Traitement des signaux physiologiques

Situations Mesures rptitives et rapproche de paramtres physiologiques : enregistrement des signaux lectriques (ECG, EEG, potentiel voqus...), de meurer des pressions (TAS, TAD...), des frquences (FC, FR), des dbits ou des tempratures. D'une faon gnrale, les signaux physiologiques varient de manire continue au cours du temps. Le recueil s'effectue grce un capteur d'entre qui transforme le signal d'entre (pression, temprature...) en un signal lectrique qui peut tre amplifi et visualis sur un cran cathodique.

Traitement des signaux physiologiques

Principes de la numrisation

Le signal lectrique issu du capteur fait l'objet d'un traitement analogique (amplification, filtrage...) puis subit une conversion analogique->digitale qui consiste chantillonner frquence fixe le signal pour en donner une valeur comprise entre un minimum et un maximum avec un nombre de valeurs possibles fini (256 si on utilise une conversion A/D sur 8 bits)
Capteur Appareillage Biomdical classique Signal analogique Traitement Analogique Conversion Analogique/Digitale Traitement Numrique

Patient
Amplitude

Micro-ordinateur Valeurs des points acquis

Conversion analogique->numrique

La transformation analogique-> numrique est imparfaite. La perte d'information due la transformation peut tre contrle par le choix de la frquence d'chantillonnage et par le nombre de bits affect chaque mesure. Pour N bits affect la mesure, on peut distinguer 2 puissance N valeurs. La frquence d'chantillonnage doit tre au moins du double de la frquence du signal chantillonn. Par exemple pour le traitement de l'lectrocardiogramme, on chantillonne une frquence de 500 HZ.

D'aprs "Informatiqu e mdicale P. Degoulet, M. Fieschi" Masson

Techniques de base

Amlioration du signal recherch

Augmentation du rapport signal/bruit par des techniques de moyennage de signal et d'autocorrlation ou par des techniques de filtrage numrique. Analyse de Fourier pour l'EEG quantifi par exemple Reconnaissance d'extrasystoles auriculaires ou ventriculaires

Extraction de traits pertinents

Reconnaissances de formes

Applications mdicales

Analyse de l'ECG

Aux USA 50% des tracs ECG sont analyss de manire automatique par un ordinateur. Les enregistrements peuvent tre stocks sous forme numrique. A partir des squence ECG, les programmes permettent la mesure des diffrents paramtres (P-R, Q-T, R-R...) mais galement l'interprtation des tracs pathologiques (extrasystole, trouble de la repolarisation) La technique de Holter d'enregistrement continu de l'lectrocardiogramme en ambulatoire aboutit une cassette magntique lue et interprte par un ordinateur.

Applications mdicales

Analyse de l'EEG

Il s'agit essentiellement d'une quantification et d'une aide l'interprtation. Utilis pour le PEV et PEA mais aussi pour l'analyse du sommeil Comme pour le signal ECG, la pression artrielle est mesure priodiquement (la frquence est dtermine par le clinicien : toutes les 5, 10,... minutes) l'aide d'un brassard et d'un enregistrement sur une cassette magntique qui est ensuite analyse par un ordinateur.

Mesure ambulatoire de la tension artrielle

Surveillance en soins intensifs

Certains systmes commercialiss (HP notamment) permettent d'intgrer la plupart des paramtres physiologiques qui sont surveills en ranimation (pression artrielle, ECG, frquence cardiaque, dbit urinaire, dbits de perfusion, paramtres biologique fondamentaux (PO2, glycmie...) Les fonctions disponibles permettent :

La multiplicit des sources de saisie de signaux physiologiques ncessite le dveloppement d'interfaces standards tant matriels que logiciels tels le medical information bus Ces systmes peuvent s'intgrer dans les SIH

De prsenter les rsultats sous forme approprie (graphique) D'interprter les informations (calculs instantans, calcul de tendances sur des priodes prolonges... D'interprter des profils d'volutions De dclencher des alarmes de plus en plus "intelligentes" sachant distinguer artefacts (dplacement d'une lectrode par exemple) de phnomnes rels d'effectuer des rtrocontrles automatiques

Conclusions

La numrisation des signaux amliore la qualit par les traitements qu'elle permet facilite la transmission sur longues distances facilite l'interprtation (analyse automatique, tendance) apporte une aide la dcision permet la surveillance automatique L'intgration dans un SIH permet de tenir compte des autres informations quelque soit la nature et l'origine des donnes facilitant la conception de systmes globaux d'aide la dcision.

Traitement des images mdicales

Objectifs

Connatre les principes de la numrisation des images mdicales Dcrire la chane de traitement des images Citer les avantages de la numrisation des images mdicales Connatre quelques traitements de base pratiqus sur les images numriques Savoir dfinir un systme de communication et d'archivage d'images (PACS) dans un SIH

Traitement des images mdicales

L'image en mdecine

Occupe une place prpondrante et vient juste aprs l'interrogatoire et l'examen clinique. Provient soit d'une observation directe : lsion cutane, lame d'histologie, endoscopie, soit de systme biophysique : radiographie, chographie, soit enfin d'une reconstruction mathmatique scintigraphie, TDM, IRM... Peut tre statique : RP, ou dynamique coronarographie

Traitement des images mdicales

La numrisation primaire (scintigraphie) ou secondaire (histologie) des images :

Les traitement des images

Facilite leur traitement Permet un stockage aise (place, indexation, recherche...) Permet la transmission distance

Ncessite des stations de travail puissantes tant en terme de capacit de calcul que de mmoire de masse Reprsente tout une branche de l'informatique mdicale rattache la biophysique

L'informatique et le traitement des images

L'informatique intervient

Directement dans la gnration de certains types d'images qui ne peuvent tre obtenues autrement TDM, Scintigraphie... Dans le traitement de tous types d'images pour

Le stockage des images numrises sur des priphriques adapts (disques magntiques, CD-ROM, CD-photo facilite la gestion des images et leur accessibilit La tltransmission des images aussi bien l'intrieur d'un hpital qu'entre hpitaux est la base de la tlmdecine en permettant plusieurs experts distants d'mettre un avis pour une meilleure prise en charge du patient

Amliorer la qualit de l'image : luminosit, contraste, filtrage... Dterminer des paramtres quantitatifs d'intrt clinique : taille d'une tumeur, densit osseuse... Proposer des interprtations : reconnaissance de forme, calcul de doses de radiothrapie, calcul de trajets... Etablir des boucles de rtrocontrle : gestes chirurgicaux assists par ordinateur

Numrisation des images

Les trois codages

Codage spatial Codage en intensit Codage temporelle

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Codage spatial

Les images sont traites sous la forme d'un tableau de chiffres. Un tableau 2 dimensions (x,y) permet de reprsenter une image simple dite 2D. Chaque lment du tableau (cellule) correspond une surface carre lmentaire ou pixel. Si l'on considre un volume, un tableau 3 dimensions est ncessaire (x,y,z). Chaque lment reprsente alors un volume lmentaire ou voxel. La taille d'un pixel reprsente la rsolution spatiale. Plus la taille est petite (donc plus le nombre de pixel par unit de surface est grand) moins la numrisation fait perdre d'information par rapport l'image source. Pour une radiographie standard on considre que la taille maximale d'un pixel doit tre de 0,2*0,2 mm.

Numrisation des images

Codage en intensit

La densit (sombre ou claire) de chaque pixel est code sur un nombre d de bits. Si d =1, on ne sait par pixel que coder du noir ou du blanc. A partir d'un certain seuil, on dcide que c'est noir, avant c'est blanc. Si d = 8, on sait reprsenter 256 (2 la puissance d) niveaux de gris. Ce nombre dtermine la rsolution de contraste. Ainsi, si N et M reprsente le nombre de lignes et de colonnes d'un tableau de pixel et d le nombre de bits ncessaire pour coder un pixel, il faut N * M * d bits pour coder la totalit de l'image. Exemple une radio 300 mm * 400 mm (RP) reprsente un tableau de 300 * 400 * 5 pixels = 600 000 pixel. Si l'on dsire obtenir 256 niveaux de gris on aura une taille de 600 000 * 8 = 4 800 000 bits ou 600 000 octets soit environ 586 Ko. Ainsi, vous stockez environ 2 RP sur une disquette !!!

Codage temporelle

Il s'applique pour les images dynamiques. La rsolution temporelle mesure le temps ncessaire pour crer une image. Une application temps relle peut ncessiter la gnration de 30 images par seconde pour obtenir une image nette de l'organe (coeur par exple).

Dans la pratique

Les systmes d'acquisition d'image (comme les scanner utiliss en PAO) utilisent des matrices de puissance de 2. Le codage de la couleur se fait sur chaque pixel par un certains nombres de bits pour les 3 couleurs Rouge, Vert, Bleu Devant la taille gigantesque que peuvent atteindre certaines images, des techniques de compression des images ont t proposes

Sources d'acquisition des images mdicales

La radiographie conventionnelle

Utilise les rayons X. L'image est enregistre sur un film radiographique. La digitalisation est faite partir du film l'aide d'un scanner. La digitalisation peut galement tre faite directement grce l'utilisation de systmes spcifiques (plaques au phosphore en remplacement des films traditionnels). Visualise la vascularisation en sous-trayant de l'image les structures indsirables (os, tissus mous)

L'angiographie numrise

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Sources d'acquisition des images mdicales

La tomodensitomtrie

L'imagerie par rsonance magntique nuclaire

Utilise les rayons X. Mais l'image est reconstruite partir de l'attnuation des rayons dans diffrentes directions et n'est pas une observation directe.

Permet de crer une image reconstruite partir des missions radio ralises par le retour l'tat initial des atomes soumis un champs magntique intense. L'image dpend de la nature du tissus et du mtabolisme.

Sources d'acquisition des images mdicales

L'chographie

La scintigraphie

Est base sur l'mission partir d'une sonde acoustique d'ultrasons et l'analyse de leurs rflexions. Est obtenue partir de l'injection d'un traceur radio-actif dont la gamma camra permet de capter les missions.

L'endoscopie, l'examen du fond d'oeil, les images issues de l'examen au microscope... peuvent galement donner lieu numrisation.

Principes de base du traitement des images

Chane de traitement des images

Numrisation
Image source analogique Image numrise (digitale)

Traitement
Image restaure

d=2 cm l=5 L = 10 Segmentation Extraction de contours... Calcul de paramtres

Interprtation

Propositions diagnostiques ....

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Traitements des images

Traitements

Liaison avec des systmes base de connaissances

Augmentation du rapport signal / bruit par des techniques de filtrage Modification du contraste et de la luminosit Mise en pseudo-couleurs Extraction de contours Calculs de paramtres : surface, densit, volume... Interprtation automatique par exemple des frottis cervicovaginaux La liaison avec des systmes base de connaissances peut intervenir dans toutes les phases du traitement pour amliorer les performances du systme

Exemples

Quantification du degr d'une stnose coronaire Identification des chromosomes Guidage robotis en chirurgie strotaxique Interprtation automatique en anatomie pathologique

Intgration dans le SIH : PACS

Pour archiver, communiquer et transmettre des images produites par un hpital des systmes spcifiques ont t dvelopps : Picture Archiving and Communication System (PACS). Il permettent :

D'assurer la conservation des images numriques sans dtrioration de leur contenu Un accs rapide et facile aux personnes autorises Un traitement local au niveau des centres producteurs et utilisateurs D'intgrer des images venant de diffrentes sources : scintigraphie, radiologie traditionnelle avec numrisation secondaire...

PACS

Volumes de stockage et dbit de transmission

Les volumes de stockage sont trs importants et ncessitent la mise en place de serveurs d'images adapts comme des juke box de disques opto-numriques. La taille d'une image elle mme ncessite pour la transmission des rseau haut dbit pour que la transmission puisse se raliser dans des dlais raisonnables (moins de 5 minutes pour les transmissions grandes distances).

PACS

Les postes de travail

Il faut distinguer :

Les stations de traitement et d'interprtation dotes d'cran haute rsolution elles sont quipes de capacit de traitement numrique spcifique (processeur spcialis...) Les stations de visualisation dotes elles aussi d'cran haute dfinition elles ont des capacits de traitement rduites et sont le plus souvent des micro-ordinateurs standards.

Discussion

Perpectives intressantes pour : La prise en charge quotidienne des patients La recherche et l'amlioration des connaissances mdicales Secteurs en pleine effervescence Intgration dans le SIH Autoroutes de l'information Tlmdecine Dcloisonnement Equipes pluridisciplinaires : Imagistes (radiologues....); Cliniciens et informaticiens Mise disposition de systmes d'change et de communication et praticiens