Ciclo de Krebs y Bioenergtica

BIOQUMICA Ao 2013
GLS

Las 3 Etapas de la Respiracin

Oxidacin metablica de sustratos orgnicos
1. Generacin de grupo acetilo del ACETIL~CoA, desde PIRUVATO, CIDOS GRASOS (mitocondria), o AMINOCIDOS (citoplasma/mitocondria). 2. Oxidacin de los carbonos del acetilo en el CICLO DE KREBS(mitocondria). 3. Pasaje de electrones de la oxidacin en un segundo paso a travs del sistema de TRANSPORTE DE ELECTRONES para obtener ATP en la FOSFORILACIN OXIDATIVA.

PROTENAS 1 Etapa AMINOCIDOS

POLISACRIDOS

GLICRIDOS

GLUCOSA

GLICEROL + AG

2 Etapa

PIRUVATO

ACETIL-CoA

CO2 3 Etapa O2 H2O H+

(NADH, FADH2)

ADP + Pi

Oxidacin Fosforilativa ATP

Grupo alimenticio Carbohidratos Grasas (Lpidos) Protenas

Unidad metabolizada Transformacin convergente Glucosa Acidos grasos Aminocidos

ENERGA en ATP

- O2 + O2
Fermentacin a Alcohol en levaduras

- O2
Fermentacin a Lactato en esfuerzos musculares, eritrocitos, otras clulas y algunos microorganismos

Animales, plantas y muchos microorganismos en condiciones aerbicas

CICLO DE LOS ACIDOS TRICARBOXILICOS

Papel central en el metabolismo.

Reacciones individuales.
Estequiometra y rendimiento energtico.

Regulacin.

Transaminaciones, etaoxidacin, Ciclo de Krebs, Cad. Respiratoria y Sntesis de ATP

Gluclisis, Pentosas-P, Transaminaciones

Snt. cs Nucleicos y regulacin de la expresin

Snt. y secrecin de Protenas

Glicosilacin Acilacin
1. 2. 3. 4. 5.

Nucleolo Ncleo Ribosoma (snt. Prots.) Vescula RER

Golgi 7. Citoesqueleto 8. RELiso 9. Mitocondria 10. Vacuola

6.

Citoplasma 12. Lisosoma 13. Centrolo

11.
Imagen de Magnus Manske

TRENES DE H+ para NADH CITOPLASMTICO

NADH+H+ NAD+ Di-HO-ACETONA-P---------------> GLICEROL-3P Glicerol-3P-DH (Citosol) Di-HO-ACETONA-P FAD+ Gli-3-P-DH (Mitocondrial) FADH2 NADH + H+

Malato Oxalacetato Aspartato

ADP ATP

Ca++ [200mM] +K+ Acil-S-CoA (+)

(-)

AA, Malato, Succinato,

Piruvato

Translocasas

NAD+, NADH, FAD HS-CoA

Es el final de la glucolisis Es un punto de inicio para la gluconeognesis. En la fermentacin es convertido a lactato , etanol, AGV. Algunos AA se degradan a Piruvato, y a estos les da origen: alanina, cisteina, glicina, serina, treonina, y triptofano.
Las Enzs que actan s/ el Piruvato son:

Piruvato Quinasa
Piruvato Descarboxilasa Piruvato Deshidrogenasa

Lactato Deshidrogenasa

Piruvato

Piruvato Carboxilasa Transaminasas

Descarboxilacin Oxidativa del Piruvato

1) Descarboxilacin exergnica y fijacin del resto acilo a la TPP-Enz 2) Formacin de sulfoester de alta Energa con Lipoato 3) Transtiolacin isoergnica del acetilo desde el Lipoato a la HS-CoA

Enzima Piruvato deshidrogenasa Pir. descarboxilasa

Cosustrato prosttico

Sustrato soluble

E1 TPP = Tiamina pirofosfato Dihidrolipoil transacetilasa E2 Lipoamida Dihidrolipoil deshidrogenasa E3 FAD

Otras enzimas con igual mecanismo: a)Alfa-cetoglutarato DH, b)Alfa-cetobutirato DH, c)cadena ramificada cetocido DH
TIAMINA

Coenzima A NAD+
CH2 CH2OH
+

H3C S CH2 N N

N H3C

Complejo Piruvato deshidrogenasa

Piruvato Deshidrogenasa
Fuente de acetil-CoA para el ciclo del cido ctrico

Cataliza la descarboxilacin oxidativa del piruvato.

Se usan 4 Vitaminas diferentes como coenzimas

Piruvato + NAD

+ CoA-SH <-> Acetyl~CoA + NADH + CO2

Energticamente muy favorable ( G = -33.5 kJ/mol) y esencialmente irreversible in vivo.

Todo el complejo puede inactivarse con compuestos con arsnico que se unen a sulfhidrilos (como en dihidrolipoamida)

-O

As

OH OH

HS

-O

As

S S R

Arsenito

HS
HS R R As R

R-As=O
Arsenical orgnico

S S

HS

La actividad del complejo Pir-DH es coordinada por la proporcin de Coenzima A acetilada y libre.

E2 (componente transacetilasa)
Es inhibida por acetil-CoA y activada por CoA-SH.

Regulacin

En mamferos, E1 del complejo piruvato dehidrogenasa es susceptible de modificacin covalente. + Fosforilacin de Ser en eucariotas
Pir-DH-kinasa (+) y Pir-DH-Fosfatasa (-)

E3 (componente Dihidrolipoamida-DH)
Es inhibida por NADH y activada por NAD+.

La actividad del complejo es coordinada por las relaciones

[NADH]/[NAD] y [acetil-CoA]/[CoA]

ATP es un inhibidor alostrico del complejo.

Acetil-CoA
El enlace tioester posee una alta energa libre de hidrlisis

Se origina en: Glucosa, cidos grasos y aminocidos. Es precursor de: cidos grasos, colesterol, aminocidos y se oxida en el Ciclo de KREBS
Aporta los dos C que se van a oxidar en el ciclo

del cido ctrico.

Acetil~CoA + H2O acetato + HS-CoA + H+ G = -32,2 kJ/mol

Respiracin aerobia y anaerobia

ORIGEN DEL ACETIL~CoA - Descarboxilacin del Piruvato.

- Oxidacin de cidos Grasos.

- A partir de Aminocidos cetognicos.

Bicarbonato

Piruvato

OTRO DESTINO DEL PIRUVATO

Piruvato Carboxilasa

Estrategia General y objetivos del Ciclo del Acido Ctrico (C. de Krebs) En cada vuelta se introducen 2 carbonos (Acetil-CoA), y su equivalente ser totalmente oxidado. Se liberan 2 molculas de CO2. La energa libre de la oxidacin se conserva en forma de coenzimas reducidas (NADH y FADH2) y GTP. Los intermediarios se reciclan y pueden dar AA, AG, Colesterol, Glc, Porfirinas, oxidar esqueletos de AA.

Ciclo de Krebs de los cidos tricarboxlicos

En el ciclo entra una molcula de acetato (dos tomos de C) salen dos molculas de CO2 y cuatro pares de hidrgenos. 1 molcula de glucosa -> 2 de acetato (4 C), que se degrada en un proceso cclico. Una serie de sustancias del ciclo ceden H por pares (2H) a otra (NAD, FAD) reducindola (a NADH, FADH2).
En cierta forma, el proceso equivale a tener tomos de H que se pueden unir con el O durante la respiracin para formar agua.

1 - CITRATO SINTASA
Adicin de un grupo acetilo (transportado por HS-CoA) al Oxalacetato = Citrato

2 - ACONITASA
Cambio de un grupo -OH del Citrato de la posicin 3 a la 2, dando Isocitrato

3 - ICDH + NAD+:
Deshidrogenacin y descarboxilacin. Oxidacin del -OH del Isocitrato de la posicin 2, debilitacin y prdida del -COO- central, dando Oxalosuccinato (alfa-cetoglutarato)

4 - -CETOGLUTARATO DH + NAD+:
Deshidrogenacin , descarboxilacin y sntesis (Similar a reaccin de Piruvato-DH) Por la oxidacin se debilita y pierde el COO- . Ingresa 1 HS-CoA que transporta el Succinato, central, dando Oxalosuccinato (alfa-cetoglutarato)

5 - SUCCINIL-CoA SINTETASA:
Hidrlisis del Succinil-CoA, c/liberacin de suficiente E p/sntesis de GTP

6 - SUCCINATO DH + FAD+:
Oxidacin con insaturacin del Succinato

7 - FUMARASA + H2O:
Hidratacin del Fumarato

8 - MALATO DH + NAD+:
Oxidacin del Malato en su grupo alcohol (a carbonilo) reconstituyendo Oxalacetato.

EC 2.3.3.1. EC 4.2.1.3.

[[Cis-Aconitato]

EC 1.1.1.37.

EC 1.1.1.41/42.

EC 4.2.1.2.

E1- 1.2.4.2. E1- 2.3.1.12. E1- 1.6.4.3.

EC 6.2.1.4. EC 1.3.99.1.

Molculas: Simtrica

Asimtricas (quiral)

Balance

Glucosa + 2ATP + 4ADP + 2Pi + 2NAD+

2 cido pirvico + 2ADP + 4ATP + 2NADH + 2H+ + 2 H2O

2 Piruvatos + 2 HS-CoA + 2 NAD +

2 cetil~S-CoA + 2CO2 + 2NADH + 2H+ +

180 g (1 mol) Glucosa son oxidados por 192 g (6 moles) de oxgeno y se forman 264 g (6 moles) de CO2

Glucosa + Oxgeno => Dixido de Carbono + Agua + Energa o bien, C6H12O6 + 6O2=> 6CO2 + 6H2O G = -686 kcal/mol

Formacin de ATP en la Gluclisis, descarboxilacin oxidativa del Piruvato, Ciclo de Krebs y Sistema acoplado de Cadena Respiratoria-Fosforilacin Oxidativa.

Sustratos
Glucosa Fructosa-6-P 2 Gliceraldehidos-1,3-diP 2 1,3-diP-Gliceratos 2 PEP 2 Piruvatos 2 Isocitratos Glc-6-P Fru-1,6-diP

Productos
-1ATP -1ATP 2NADH 2 ATP 2 ATP 2 NADH 2 NADH

*ATP
-1 -1 3,5 2 2 5 5

2 1,3-diP-Gliceratos 2 3-P-Gliceratos 2 Piruvatos 2 Acetil-CoA 2 -Cetoglutaratos

2 -Cetoglutaratos 2 Succinil-CoA
2 Succinatos 2 Malatos TOTAL

2 Succinil-CoA 2 Succinatos
2 Fumaratos 2 Oxaloacetatos

2 NADH 2 ATP (2 GTP)

2 FADH2 2 NADH

5 2
3 5 30-32

Calculando segn: 2,5 ATP por NADH y 1,5 ATP por FADH2.

La metabolizacin de la Glc libera E que es

capturada en molculas de ATP

2 ATP

36-38 ATP ( 30-32)

La velocidad de la Gluclisis y la del Ciclo de Krebs (que consume AcetilCoA) estn integrados (bajo condiciones normales) por:

a) Inhibicin por altos niveles de ATP y NADH (componentes comunes de ambas vas); y b) Por la concentracin de Citrato (producido en Krebs que inhibe la Fosfofructoquinasa de la Gluclisis) Se metaboliza tanta Glc requiera el Ciclo de Krebs

Carcter Anfiblico del Ciclo del Acido Ctrico

Algunos intermediarios del ciclo son precursores y/o derivados de otros compuestos

Retiro de intermediarios hacia vas anablicas

Reposicin anaplertica de intermediarios agotados.

Las reacciones de transaminacin y desaminacin de AA son reversibles, por lo que su direccin vara en funcin de la demanda metablica.

Tips del Ciclo de Krebs

biosinttico
ahorro de energa Remocin de intermediarios puede saturarse. nica va enzimtica saturable azcares cidos grasos

En la respiracin aerbica se conserva aprox. el 42 % de la energa de la glucosa en forma de ATP.

288 Kcal * mol-1 (1205 KJ* mol-1 ) Es una reaccin fuertemente exergnica, con una energa libre ( G) negativa. Se puede calcular el rendimiento de la siguiente forma: 288/ 686 x 100= 42 %.

TERMODINAMICA Y BIOENERGTICA

Bioenergtica: leyes de la termodinmica -Estudia las transformaciones de energa que tienen lugar en la clula.

-Naturaleza y funcin de los procesos qumicos en los que se transforma la

energa en seres vivos.

CLULAS Necesitan de energa p/sus actividades

(desarrollo, crecimiento, renovacin de estructuras, sntesis de molculas, etc). Segn la fuente de carbonos:

Auttrofos: Pueden utilizar el CO2 como fuente de C (bacterias, vegetales). Hetertrofos: obtienen C de molculas orgnicas complejas (animales,
microorganismos).

CLULA ANIMAL
Energa qumica para realizar trabajo proviene de la oxidacin de sustancias incorporadas como alimentos (carbohidratos, grasas).

Metabolismo:
suma de las reacciones qumicas que ocurren en la clula
(organizadas en series de reacciones catalizadas) =

rutas metablicas
Fase de degradacin

Fase de sntesis
ATP ADP NADPH+H+ NADP+

Catabolismo:

Anabolismo:

Las molculas nutrientes se convierten en otras mas pequeas y simples.

molculas pequeas reaccionan para convertirse en otras ms grandes y complejas.

En una transformacin qumica, gralmente se rompen enlaces y el contenido de energa (E) de las molculas aumenta o disminuye (G aumenta o disminuye).

Moneda de intercambio de Energa en los procesos biolgicos = ATP

A n a l o g a s
N a t u r a l e s

Beta-Oxidacin y Krebs
NADH, NADPH y FADH2
son los principales transportadores de electrones, ya que sufren oxidaciones y/o reducciones reversibles.

Sus reducciones, permiten la conservacin de la Energa Libre que se produce en la oxidacin de los sustratos

DEFINICIONES

ENERGA: Es la capacidad para producir un trabajo. SISTEMA: toda porcin del universo que se somete a estudio MEDIO: es lo que rodea al sistema

UNIVERSO = SISTEMA + MEDIO

EQUILIBRIO QUMICO

Keq = [C][D] / [A][B]

Para cada reaccin qumica, el valor de la Keq es caracterstico a una T dada. Si Keq >1, la reaccin se encuentra desplazada hacia

Si Keq <1, la reaccin se encuentra desplazada hacia

si Keq =1, la reaccin se encuentra en Equilibrio y no hay desplazamiento neto. En seres vivos las reacciones se desplazan del equilibrio.

PRINCIPIOS DE LA TERMODINMICA

PRIMER PRINCIPIO: LA ENERGA TOTAL DEL UNIVERSO PERMANECE CONSTANTE Equivale a decir: la energa del universo no se crea ni se destruye, permanece invariante. Solo se transforma.

SEGUNDO PRINCIPIO: LA ENTROPA DEL UNIVERSO AUMENTA Equivale a decir que el grado de desorden en el universo aumenta.

DEFINICIONES

ENTALPA (H): es la energa en forma de calor, liberada o consumida en un sistema a ,T y P constantes. ENTROPA (S): energa no degradada, no utilizada para realizar trabajo. ENERGA LIBRE (G): Representa la energa intercambiada en una reaccin qumica. Es la energa disponible para realizar trabajo.

Direccin de una reaccin

A una temperatura dada la espontaneidad de una reaccin depender del balance entre dos tendencias, pudiendo determinarse relacionando las propiedades termodinmicas de entalpia (H) y entropa (S). H = est en relacin a la energa requerida para romper enlaces qumicos (tendencia a formar los enlaces ms fuertes posible). S = est relacionado con el grado de dispersin de la materia y la energa (tendencia a dispersarse, al mayor desorden).

De acuerdo a la termodinmica, la direccin preferencial para una reaccin est determinada por el compromiso entre las tendencias hacia enlaces ms fuertes y mayor desorden.
Se dice, entonces, que la diferencia entre H y TS equivale a una cierta cantidad de energa til para hacer trabajo, la que se denomina como energa libre y se simboliza con la letra G. Esta propiedad del sistema se conoce comnmente como la energa libre de Gibbs.

CAMBIOS DE ENERGA LIBRE EN LAS REACCIONES QUMICAS

Fundamentalmente slo hay dos razones por la que ocurre una reaccin qumica: (1) la tendencia a lograr el mnimo de energa (2) la tendencia a lograr el mximo desorden Medir el contenido de energa de un sistema es muy difcil, generalmente se mide el cambio de energa entre dos estados.

La variacin de energa (G) para ir de A hacia B es: GBA = GB - GA

Para ir de B hacia A: GAB = GA GB = - GBA

1 A 2 B

Matemticamente: G = H -TS

CAMBIOS DE ENERGA LIBRE EN LAS REACCIONES QUMICAS

G es la variacin de Energa Libre en condiciones estndar (T= 298K,[ ] = 1M,P = 1atm) G es la variacin de energa libre estndar a un pH prximo al fisiolgico (pH = 7) R = 1,987 cal/mol grado

 PROCESO

EXOTRMICO: es aquel que

transcurre con liberacin de calor al medio.

PROCESO

ENDOTRMICO: el que transcurre

tomando calor del medio.

PROCESO PROCESO

EXERGNICO: libera energa. ENDERGNICO: absorbe energa.

(ESPONTANEO) (NO ESPONTANEO)

E libre E de Gibbs (G)

Funcin ms importante en Bioqumica Proceso real o factible = cambio de E libre de Gibbs negativo (-G)

G = Gfinal Ginicial
G < 0 (FACTIBLE y EXERGNICO) G = 0 (ISOERGNICO-en equilibrio) G > 0 (NO FACTIBLE y ENDERGNICO)
REACCIONES CON:

-G = son exergnicas y espontneas a derecha

+G = endergnicas e inviables a derecha pero pueden ser viables por acoplamiento energtico con las exergnicas

COMPUESTOS DE ALTA ENERGA

Compuestos c/Patos Fosfoenolpiruvato 1,3-bifosfoglicerato Fosfocreatina ATP ADP Glucosa-1-fosfto G de hidrlisis, en kJ/mol (-61.9) (-49.3) (-43.0) (-30.5) (-30.5) (-20.9)

Glucosa-6-fosfto

(-13.8)

Es el compuesto de alta energa de mayor importancia en la clula. El ATP a pH fisiolgico se encuentra como ATP4-. Las 4 cargas negativas se encuentran prximas y originan tensiones intramoleculares que desaparecen al hidrolizarse en ADP+Pi o AMP+PPi.

ATP

Adems los productos de la hidrlisis se solvatan mejor y se estabilizan por resonancia contribuyendo a disminuir G y desplazando la reaccin hacia

Transferencia de energa en el metabolismo celular

P (grupos fosfato) = conservacin y transferencia de E
1,3-Bis-P-Glicerato y 2P-PEP ceden E al ADP->ATP Creatn-P y Arginn-P = reservas de E p/cederla al ATP (en tejidos con mayores requerimientos temporales
como el msculo)

Fosforilacin oxidativa: transforma ADP en ATP (c/E

liberada por oxidacin de coenzimas reducidas)

Desde el punto de vista energtico, una reaccin con un G positivo no podra ocurrir a no ser que exista un aporte de energa que la haga posible. Dicho aporte, lo proveen compuestos de alto contenido energtico, que se caracterizan por tener enlaces que al romperse liberan una alta cantidad de energa. Este proceso se llama acoplamiento.

MOLECULAS DE ALTA ENERGIA : ATP, Acetil-CoA, Creatina Fosfato, Fosfoenol Piruvato, por ejemplo.

Las Enzimas pueden combinar reacciones exergnicas con endergnicas para resultar en una reaccin acoplada que en conjunto es exergnica (reaccin espontnea).

REACCIONES ENERGTICAMENTE ACOPLADAS

Una reaccin altamente exergnica puede hacer que otra endergnica ocurra si ambas se acoplan.

nombre ATP ADP + P ADP

AMP

G(kcal/mol)

-7,3

AMP + P
adenosina

-7,7
-3,4

+ P

Los valores de G de reacciones secuenciales son aditivos

Este principio explica por que una reaccin termodinmicamente desfavorable puede ocurrir, si se acopla a otra reaccin que sea exergnica, a travs de un intermediario comn

GLUCOSA + ATP GLUCOSA-6-P + ADP G = -7,3 + 3,3 = -4,0 Kcal/mol

ACTIVACION

Es la unin de molculas biolgicas de modo tal que, la ruptura de ese enlace qumico formado, tiene un G <0

Ejs: 1) A + COENZIMA
A-COENZIMA + B
2) FOSFORILACION

A-COENZIMA
AB + COENZIMA

G<0

Estructura qumica de la Acetil CoA. El grupo acetilo aparece a la izquierda de la figura, unido al azufre (S)

ADENOSINA CIDO PANTOTNICO CISTENA

 La Al

Coenzima A es un transportador de grupos acilo. grupo sulfhidrilo terminal, se unen los grupos acilo mediante un enlace tioester.

La

hidrlisis de un tioester es muy favorable termodinmicamente, lo que hace que esta molcula tenga un alto potencial de transferencia de grupos acilo.
CoA es un transportador de acilos activado igual que el ATP es un transportador de P activado.

La