ENZIMAS

LAS REACCIONES CELULARES BSICAS

Todas las clulas llevan a cabo funciones vitales:
Ingestin de nutrientes Eliminacin de desperdicios Crecimiento Reproduccin

Las clulas obtienen del alimento la energa para cada una de estas funciones bsicas.

Organismos auttrofos y hetertrofos

Los seres vivientes que sintetizan su propio alimento se conocen como auttrofos:
Plantas verdes

Los seres vivientes que no pueden sintetizar su propio alimento se conocen como hetertrofos:
Animales

 Una vez que el alimento sea ingerido, la mayor parte se degrada para producir la energa que necesitan las clulas.
Los procesos que ocurren en las clulas son fsicos y qumicos.

Metabolismo El total de las reacciones que ocurren en una clula.

Reacciones anablicas y catablicas

Las reacciones donde sustancias simples se unen para formar sustancias ms complejas se llaman reacciones anablicas. Sntesis de protenas

Reacciones anablicas y catablicas

Las reacciones en las cuales sustancias complejas se degradan para convertirse en sustancias ms simples se llaman reacciones catablicas.

Degradacin de almidn

Sntesis por deshidratacin

Las reacciones anablicas que comprenden la remocin de agua se conocen como sntesis por deshidratacin:
Se forma una molcula al unir sus partes y se pierde agua durante el proceso.

Hidrlisis
Las reacciones catablicas, en las cuales se aade agua, se conocen como hidrlisis. Al aadir agua, la molcula grande se rompe en sus partes.

El control de las reacciones celulares

Reacciones endergnicas y exergnicas

Una reaccin endergnica es una reaccin qumica que necesita o utiliza energa.
Fotosntesis.

Una reaccin que libera energa se conoce como una reaccin exergnica.
Respiracin celular.

Energa de activacin
Muchas reacciones exergnicas necesitan calor (energa) para comenzar.
Ej.: Combustin de madera.

Esta energa se conoce como energa de activacin.

La cantidad de energa de activacin es, generalmente, mucho menor que la energa que libera la reaccin.

Las clulas realizan reacciones exergnicas? Cmo lo hacen sin sufrir daos?

Catalizadores
Las clulas poseen compuestos qumicos que controlan las reacciones que ocurren en su interior. La sustancia que controla la velocidad a la que ocurre una reaccin qumica sin que la clula sufra dao alguno ni se destruya se conoce como un catalizador. Las enzimas son protenas que actan como catalizadores.

Enzimas
Hacen posibles las reacciones, disminuyendo la cantidad de energa de activacin que se necesita. Controlan la velocidad a la que ocurre la reaccin. Permiten que las reacciones ocurran a unas temperaturas que no hagan dao al organismo.

Cuntas enzimas habrn en un organismo?

ASPECTOS GENERALES
Prcticamente todas las reacciones qumicas que tienen lugar en los seres vivos estn catalizadas por enzimas.
Las enzimas son catalizadores especficos: cada enzima cataliza un solo tipo de reaccin.

ASPECTOS GENERALES
sustrato

centro activo
El centro activo comprende un sitio de unin formado por los aminocidos que estn en contacto directo con el sustrato y un sitio cataltico, formado por los aminocidos directamente implicados en el mecanismo de la reaccin Una vez formados los productos el enzima puede comenzar un nuevo ciclo de reaccin

Enzima

Sustrato
Sitio activo

La unin del sustrato es muy especfica

Complementariedad geomtrica Complementariedad de cargas, uniones inicas Modelos:

Encaje inducido
Llave cerradura. Estado de transicin

Cintica Enzimtica
La cintica enzimtica es el anlisis cuantitativo del efecto de cada uno de los factores que intervienen en la actividad enzimtica, que se evala a travs de la velocidad de la reaccin catalizada. Las variables ms importantes son: Concentracin de enzima, sustratos y productos (incluyendo inhibidores y/o activadores)

pH
Temperatura

pH SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

Las enzimas poseen grupos qumicos ionizables (carboxilos -COOH; amino -NH2; tiol -SH, etc.) en las cadenas laterales de sus aminocidos. Segn el pH del medio, estos grupos pueden tener carga elctrica positiva, negativa o neutra. Como la conformacin de las protenas depende, en parte, de sus cargas elctricas, habr un pH en el cual la conformacin ser la ms adecuada para la actividad cataltica. Este es el llamado pH ptimo.

Enzima Pepsina Tripsina Catalasa Arginasa Fumarasa

pH ptimo 1.5 7.7 7.6 9.7 7.8

Ribonucleasa 7.8

TEMPERATURA SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

La temperatura a la cual la actividad cataltica es mxima se llama temperatura ptima. Por encima de esta temperatura, el aumento de velocidad de la reaccin (actividad enzimtica) decrece rpidamente hasta anularse.

Enzima

Temp. pt. (oC)

Mamferos
Bacterias y algas Bacterias rticas
aprox. aprox.

37
100 0

Bacterias en muestra de hielo antigua

CONCENTRACIONES SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

La Figura muestra la velocidad de una reaccin enzimtica a 6 concentraciones distintas de sustrato.

Adems, la presencia de los productos finales puede hacer que la reaccin sea ms lenta, o incluso invertir su sentido

Ella est basada en la medicin de la velocidad de reaccin. As en la reaccin:

E

Se tendr:

dp ds v dt dt

Como se observa en la figura, la velocidad de reaccin (pendiente) disminuye continuamente a partir de un valor mximo inicial. Esto se puede deber a: Desaturacin de la enzima con sustrato, por disminucin de la concentracin del sustrato Inactivacin de la enzima por su inherente inestabilidad Inhibicin por el producto Desplazamiento del equilibrio, si la reaccin es reversible

Baja concentracin de sustrato

ALTA concentracin de sustrato SATURACION

Efecto de la concentracin de substrato

. .
.

. . . . .

[s]

Concepto de velocidad inicial

[ ]

d[P] v= dt ,t 0

s t

Increase Substrate Concentration

80 60

S + E P
(in a fixed period of time)

Product

40

20
0 0 2 4 6 8

Substrate (mmole)

Juang RH (2004) BCbasics

INHIBIDORES SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

Estos inhibidores bien pueden ocupar temporalmente el centro activo por semejanza estructural con el sustrato original (inhibidor competitivo) o bien alteran la conformacin espacial del enzima, impidiendo su unin al sustrato (inhibidor no competitivo) .

Significado de la constante Km
1. Constante de equilibrio de disociacin del complejo ES (en condiciones de equilibrio rpido) 2. Medida inversa de la afinidad de la enzima por el substrato (en condiciones de equilibrio rpido) 3. Mide la funcin de fijacin (en cond.de equilibrio rpido) 4. Concentracin de substrato para la que la velocidad se hace igual a la mitad de la mxima (s0.5) 5. Se define para una pareja enzima-substrato 6. Se mide en unidades de concentracin

Inhibidores Competitivos
Compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima Se une solo a la enzima libre V mx no se altera y K M cambia

Inhibicin competitiva

Al aumentar la cantidad de SUSTRATO el inhibidor competitivo es desplazado y se forma producto

Inhibidor No Competitivo
Se une a un lugar diferente del sitio activo la enzima Se une a la enzima libre y tambin al complejo enzima-sustrato Por accin del inhibidor disminuye la Vm pero el valor de Km no se altera

Inhibicin NO competitiva

Inhibidor NO competitivo
El inhibidor NO competitivo se une a la enzima en un sitio diferente del sitio activo

Estructura globular Hervir con HCl Tripsina Temperatura elevada

pH extremo
Funcionalidad Inactiva

COFACTORES SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

Cofactores:
Sustancias no proteicas que colaboran en la catlisis.

Pueden ser iones inorgnicos como el Fe++, Mg++, Mn++, Zn++, etc. Cuando el cofactor es una molcula orgnica se llama coenzima.

Enzimas que requieren elementos inorgnicos

Citocromo oxidasa Catalasa, peroxidasa
Citocromo oxidasa DNA polimerasa Anhdrasa carbnica Alcohol deshidrogensa Hexoquinasa Glucosa 6-fosfatasa

Fe2+, Fe+,
Cu2+ Zn2+ Mg2+

Arginasa
Piruvato quinasa Ureasa Nitrato reductasa

Mn2+
K+, Mg2+ Ni2+ Mo2+

COENZIMA
En algunas reacciones, pequeas molculas, llamadas coenzimas, se unen a las enzimas para controlar las reacciones. Las coenzimas no son protenas y no sufren cambios durante las reacciones. Algunas vitaminas son coenzimas. B1, B2, B6, K. Una reaccin no ocurrir si la coenzima no est presente.

El NAD es una coenzima aceptora de H

Sustrato oxidado

VITAMINAS
C (cido ascrbico) B1 (tiamina) B2 (riboflavina) B3 (cido pantotnico)

FUNCIONES
Coenzima de algunas peptidasas. Interviene en la sntesis de colgeno Coenzima de las descarboxilasas y de las enzima que transfieren grupos aldehdos Constituyente de los coenzimas FAD y FMN Constituyente de la CoA

Enfermedades carenciales
Escorbuto

Beriberi Dermatitis y lesiones en las mucosas Fatiga y trastornos del sueo

B5 (niacina)
B6 (piridoxina) B12 (cobalamina) Biotina

Constituyente de las coenzimas NAD y NADP

Interviene en las reacciones de transferencia de grupos aminos. Coenzima en la transferencia de grupos metilo. Coenzima de las enzimas que transfieren grupos carboxilo, en metabolismo de aminocidos.

Pelagra
Depresin, anemia Anemia perniciosa Fatiga, dermatitis

NOMBRAMIENTO DE LAS ENZIMAS

Una enzima recibe el nombre del sustrato sobre el cual acta. A una parte del nombre del sustrato se le aade el sufijo asa. Cul ser el sustrato de una proteasa?

Substrato Urea Arginina

Enzima Ureasa

Arginasa
Pepsina

Lis, Arg

Tripsina Amilasa Rec A rec A

Protena de choque trmico

gen

HSP70

Caract.

Comit de la Unin Internacional de Bioq. y Biol. Mol. (IUBMB)

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

http://www.enzyme-database.org/

http://us.expasy.org/enzyme/

CLASIFICACION DE LAS ENZIMAS

Enzimas:
No.

Clase

Tipo de reaccin que catalizan

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas

Oxidorreductasas De xido reduccin (transferencia de e-)

Reduccin: ganancia de electrones (hidrgeno o prdida de oxgeno)

Oxidacin: prdida de electrones (hidrgeno o ganancia de oxgeno).

La Oxidacin y la Reduccin son reacciones acopladas (REDOX)

1. Oxido-reductasas ( Reacciones de oxido-reduccin).

Si una molcula se reduce, tiene que haber otra que se oxide

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas

Oxidorreductasas

Transferasas

Transferencia de grupos

Kinasas Transaminasas

2. Transferasas

(Transferencia de grupos funcionales)

grupos aldehdos

gupos acilos
grupos glucosilos grupos fosfatos (kinasas)

Succinato Deshidrogenasa Citocromo c oxidasa.

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas

Oxidorreductasas

Transferasas

Transferencia de grupos

Hidrolasas

Hidrlisis, con transferencia Pirofosfatasa de grupos funcionales del Tripsina agua Aldolasa

3. Hidrolasas (Reacciones de hidrlisis)

Transforman polmeros en monmeros. Actan sobre: enlace ster enlace glucosdico enlace peptdico enlace C-N

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas Pirofosfatasa Tripsina Aldolasa

Oxidorreductasas

2 3

Transferasas Hidrolasas

Transferencia de grupos Hidrlisis, con transferencia de grupos funcionales del agua

Liasas

Lisis de un substrato, (Sintasas) generando un doble enlace, o Adicin de un substrato a un Descarboxilasa doble enlace de un 2o. pirvica substrato

4. Liasas (Adicin a los dobles enlaces)

Entre C y C
Entre C y O Entre C y N

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas Pirofosfatasa Tripsina Aldolasa (Sintasas) Descarboxilasa pirvica

Oxidorreductasas

2 3

Transferasas Hidrolasas

Transferencia de grupos Hidrlisis, con transferencia de grupos funcionales del agua Lisis de un substrato, generando un doble enlace, o Adicin de un substrato a un doble enlace de un 2o. substrato (Sintasa)

Liasas

Isomerasas

Transferencia de grupos en el interior de las molculas para dar formas ismeras

Mutasas Epimerasas Racemasas

5. Isomerasas (Reacciones de isomerizacin)

Enzimas:
No.
1

Clase
Oxidorreductasas

Tipo de reaccin que catalizan

De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas Pirofosfatasa Tripsina Aldolasa (Sintasas) Descarboxilasa pirvica

2 3

Transferasas Hidrolasas

Transferencia de grupos Hidrlisis, con transferencia de grupos funcionales del agua Lisis de un substrato, generando un doble enlace, o Adicin de un substrato a un doble enlace de un 2o. substrato (Sintasa)

Liasas

Isomerasas

Transferencia de grupos en el interior de las molculas para dar formas ismeras Formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N. Mediante reacciones de condensacin, acopladas a la ruptura del ATP

Mutasas Epimerasas Racemasas Sintetasas

Ligasas

6. Ligasas (Formacin de enlaces, con aporte de ATP)

Entre C y O Entre C y S

Entre C y N
Entre C y C

Los modelos de enzimas

La estructura de una enzima determinan la reaccin que puede catalizar.
La enzima se une al sustrato (S) mediante el sitio activo, para formar un complejo enzima-sustrato o E-S.

En el sitio activo, la enzima y el sustrato se ajustan perfectamente.

Teoras de la accin enzimtica, 1

Modelo de Llave y Cerradura (Emil Fischer)

Substrato y enzima se acoplan de forma estereospecfica, de la misma manera que una llave se ajusta a su cerradura.
Modelo aceptado durante mucho tiempo; hoy se considera insuficiente al no explicar algunos fenmenos de la inhibicin enzimtica

Teoras de la accin enzimtica, 2

Modelo de Ajuste Inducido (Koshland)

Tanto la enzima como el substrato sufren una alteracin en su estructura por el hecho fsico de la unin. Est mucho ms de acuerdo con todos los datos experimentales conocidos hasta el momento.

Una enzima puede unir dos sustratos en su sitio activo

Los modelos de enzimas

A. Modelo de la llave y la cerradura. B. Modelo del ajuste inducido.

IMPORTANCIA DE LAS ENZMAS

RESUMEN
Las enzimas son protenas que catalizan las reacciones biolgicas Presentan especificidad por su sustrato Cada enzima presenta dos parmetros importantes Vmax (saturacin de la enzima) y la Km (medida de la afinidad por el sustrato)

RESUMEN
La actividad enzimtica puede ser inhibida, por inhibidores competitivos (similares al sustrato) o por inhibidores no competitivos. La temperatura y el pH afectan a la enzima en su actividad cataltica. Algunas enzimas requieren de coenzimas y/o cofactores para su actividad.

70

Stickase
Substrate Transition state Product

If enzyme just binds substrate then there will be no further reaction

Enzyme not only recognizes substrate, but also induces the formation of transition state
Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252