Estrutura tridimensional de protenas

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Nveis de Estruturas Proticas

A conformao espacial das protenas

As protenas no so traos rgidos porque suas ligaes qumicas podem realizar rotao
A maioria das ligaes qumicas no so planares

Cada protena tem uma estrutura especfica que depende de

sua estrutura primria interaes qumicas resultantes entre as cadeias laterais dos aminocidos modificaes ps-traducionais condies do meio em que elas esto inseridas

Temas importantes
1. A conformao tridimensional (3D) depende da seqncia de aminocidos 2. A funo depende da estrutura 3. Cada protena existe em um ou em pequeno nmero de formas estruturalmente estveis 4. As principais foras para a estabilizao de estruturas so foras no-covalentes 5. Existem padres estruturais comuns que ajudam a organizar o entendimento

apolipoprotein A-I (PDB code 1AV1) Estrutura formada apenas por alfas-hlices

Conformao nativa
Protena dobrada em conformao funcional Dobramento espacial se d principalmente por interaes fracas principalmente hidrofbicas
Ligaes de H e inicas so otimizadas em estruturas termodinamente mais favorveis

Estabilidade estrutural
Tendncia a manter a conformao nativa Ligaes dissulfeto so incomuns, mas estabilizam protenas de organismos termfilos

Camada de solvatao: formada pela gua envolvendo uma molcula hidrofbica

Estrutura de uma treptavidina, protena modificada a partir da estreptavidina humana que funciona biotecnologicamente para ligar outras molculas, como a biotina. Formada apenas por folhas beta e loops (2Y3E)

Ligaes peptdicas e o ngulo omega

Ligaes peptdicas teem geometria rgida e planar

Trans:

= 180

ngulos torsionais, phi e psi

Responsveis pela curvatura na estrutura da protena Entre o C- e o N (do NH2) e o C (do COOH)

Omega, phi e psi

Diagrama de Ramachandran
Devido a restries espaciais, nem todos os ngulos so possveis Impedimento estrico: dois tomos no podem ocupar o mesmo lugar Azul escuro: reas sem sobreposio Assimetria do diagrama vem do fato de que os resduos das protenas so L-aminocidos Gly tem menos impedimentos estricos

Estrutura secundria de protenas

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Estruturas secundrias
Descreve o arranjo espacial dos tomos na cadeia principal Ocorre quando os ngulos diedros (phi e psi) permanecem quase iguais durante todo um segmento da protena Tipos
Hlices Conformaes Voltas Indefinida (loops, coils, turns)

Alfa-hlices
O arranjo mais simples que as protenas podem assumir um arranjo helicoidal

Esqueleto polipeptdico fica enrolado em torno de um eixo imaginrio

Cada volta contm 3,6 resduos = -57; = -47

Grupos R se voltam para fora do eixo Em mdia, 25% dos aminocidos de qualquer protena esto em
hlices

All-alpha proteins

Estabilidade da alfa hlice

A hlice comum porque nesse modelo as posies das ligaes de hidrognio esto otimizadas
Entre um H ligado ao NH2 e um O do COOH Cada ligao peptdica participa de ligao de hidrognio, conferindo estabilidade

Para isso, todos os aminocidos precisam ter o mesmo tipo de isomeria ptica (L ou D)

Tendncia dos aas em formar hlices

O grupo lateral interfere na capacidade do aminocido em formar hlices
Volume e forma de Asp, Ser, Thr e Cys desestabilizam se estiverem muito prximos Pro e Gly dificultam a formao de hlices

Relaes com o vizinho tambm so importantes Componentes amino a carbonil formam dipolo eltrico

Restries para a formao de hlice-

1951

1. Tendncia do resduo em formar hlice 2. Interaes entre os grupos R espaados 3-4 aa 3. Volumes dos grupos R adjacentes 4. Ocorrncia de Pro e Gly 5. Interaes entre resduos das extremidades com o dipolo

Conformao (beta)
Esqueleto estendido em forma de zigue-zague Folhas paralelas e antiparalelas
Paralela: = -119; = 113 Anti-par: = -139; = 135

Quanto as folhas so prximas, os grupos R devem ser pequenos

Teias e queratinas... Gly e Ala

Estruturas em folhas Beta

Beta-propeller Beta-barril

Voltas-
A presena de resduos em voltas ou alas invertem a direo da cadeia

Ramachandran para estruturas 2D

Valores de phi e psi bem definidos

Dicroismo circular (CD)

Uma assimetria estrutural em uma molcula leva a diferenas de absoro de luz polarizada A medida dessa diferena permite-nos ter uma ideia da estrutura secundria de uma protena

Estruturas tercirias e quaternrias de protenas

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Estrutura terciria (3D)

Arranjo tridimensional total de todos os tomos de uma protena Alcance mais longo e dimenso total, quando comparado com 2D Segmentos distantes na estrutura 1D podem ser atrados por interaes fracas Algumas protenas so formadas por mais de um complexo polipeptdico (quaternria) Protenas fibrosas e globulares

Protenas fibrosas
Queratina, colgeno, fibrona
Protenas estruturais: fora e elasticidade

Insolveis em gua: aas hidrofbicos (Ala, Val, Leu, Ile, Met e Phe) Alfa queratina: cabelo, pelo, unhas, garras, penas, chifres, cascos e parte externa da pele Pontes dissulfeto estabilizam e do mais resistncias s cadeias

Colgeno
Tecidos conectivos: tendes, cartilagens
Garante resistncia

Hlice especfica (phi = 51; psi = 153) Existem mais de 30 variantes do colgeno dependendo do tecido e da funo

Fibronas de seda
Folhas beta Rica em A e G
Alto empacotamento

Ligaes de H entre as cadeias B No elstica, mas flexvel

Protenas globulares
Diversidade estrutural reflete diversidade funcional
Dobramento gera estrutura compacta

Teem partes em hlices-a e partes em folhas-B Motivos estruturais

Padro identificvel Envolve elementos 2D e conexes entre eles

Classificao estrutural das protenas

Classificao estrutural das protenas

SCOP Famlias de protenas

Estrutura quaternria
Dmeros, homodmeros, heterodmeros Trmero, tetrmero Oligmero, multmero

Desnaturao de protenas
Condies diferentes das celulares levam as protenas desnaturao

Perda da estrutura leva tambm perda da funo

Calor, pHs extremos, temperatura (?), solventes orgnicos, detergentes

Renaturao de protenas
A sequncia terciria determinada pela sequncia primria, certo?

As protenas desnaturadas, portanto, podem voltar aos estados nativos atravs de renaturao, quando o estmulo retirado

Enovelamento protico
Lento e gradual Diminuio da entropia at alcanar um estado estvel Algumas protenas se dobram de forma assistida pelas protenas chaperonas

Vaca louca
A doena de CreutzfeldtJakob, causada por uma falha no enovelamento de protenas

Mecanismo no muito entendido, mas parece que as protenas em forma prinica transformam as outras tbm em protenas com esse formato

Concluses
Estrutura da protena estabilizada principalmente por interaes fracas Estrutura secundria consiste no arranjo espacial de tomos de trechos de protenas, definidas por ngulos phi e psi especficos A estrutura 3D das protenas tem dois tipos bsicos: protenas fibrosas e globulares A estrutura quaternria vem da juno de vrias subunidades tercirias oriundas de genes A estrutura das protenas pode ser destruda pela desnaturao, o que mostra que a funo depende da estrutura Enovelamento de protenas envolve mltiplos mecanismos