Disciplina: Qumica de Biomolculas Professor: Dr.

Edson Rodrigues Filho

Alunas: Natlia Stranghetti Ktia Carnier Heloisa B. R. Asenha

So as unidades fundamentais das protenas; Existem 22 aminocidos diferentes, que so obtidos partir da hidrlise das protenas naturais.

Todos Possuem:
Um carbono central (alfa), quase sempre

assimtrico; Ligados a este carbono central, um grupamento carboxila, um grupamento amina e um tomo de hidrognio; O quarto ligante um radical chamado genericamente de "R", responsvel pela diferenciao entre os 20 AA. a cadeia lateral dos aminocidos.

Frmula geral da estrutura de um AA.

Exemplo: AA Glutamina

So agrupados em famlias, segundo as propriedades do Grupo R; A principal propriedade a polaridade;

Em sua maioria possuem um Carbono assimtrico

Um centro quiral;

Centro quiral ocorre em duas diferentes formas ismericas:

Levgiro e Dextrgiro (CONFIGURAO);

Uma soluo de AA que desvia a luz plano polarizada para a esquerda um L-AA

Os aminocidos so ANFTEROS:
Em soluo aquosa, comportam-se como cido e

como base, formando ons dipolares;

O grupamento carboxila ioniza-se em soluo aquosa liberando prton, e adquirindo carga negativa; O grupamento amina ioniza-se em soluo aquosa aceitando prton e adquirindo carga positiva.

Este comportamento depende do pH do meio aquoso em que o aminocido se encontra:

Em meio cido tendem a aceitar prtons,

adquirindo carga positiva; Em meio bsico, tendem a doar prtons, comportando-se como cidos e adquirindo carga negativa.

O valor de pH onde as cargas eltricas do aminocido se igualam e se anulam chama-se ponto isoeltrico ou pH isoeltrico.

As Macromolculas mais importantes;

Representam 20% do peso de uma clula; Existem protenas extremamente raras!
Ex: receptores de insulina [ hormnio protico] Apenas 20 mil por clula;

J outras protenas so abundantes!

Ex:Actina- 5x108 unidades por clula ;

Exemplo:
Toxina Diftrica- protena obtida de uma bactria- Corynebacterium
diphteriae ( que causa difteria);

58 kD (D= unidade de medida da massa molecular de uma partcula

definida como 1/12 da massa do tomo do 12C unidade de massa atmica- ou seja, 1D= 1 unidade da massa molecular); Cadeia polipeptdica de 535 aminocidos, constituda por duas subunidades ligadas por pontes de dissulfeto;

- Toxina Diftrica-modelo atmico retirado do Software *

-modelo molecular retirado do software*

-Modelo atmico colorido dos aminocidos da protena

Apenas 20 aminocidos constituem todas as as protenas que existem nos organismos vivos!

Polmeros de aminocidos menores, no so chamados de protenas , so chamados de peptdeos!

2 aminocdos - dipeptdeo 3 aminocdos - tripeptdeo 4 aminocidos - tetrapeptdeo N aminocidos -oligo ou polipeptdeo

Geralmente, usamos o termo protena para designar certas molculas com um nmero superior a 100 aminocidos. Uma protena pode ter at centenas de aminocidos, chegando mdia de 400 kD!! !

Vamos isolar um peptdeo da toxina Diftrica? Conformao espacial

Estrutura plana

Representao atmica

Representao atmica

Vamos isolar os dois ltimos aminocidos da cadeia e completar os Hidrognios!

Achando os carbonos alfa!

Quais desses grupos esto envolvidos na ligao peptdica?

Para que acontea os aminocidos devem se ligar a uma molcula que se chama RNA transportador

Ativa o aminocido , perde-se a Hidroxila, N (da amina) ataca o C (da carboxila) e a ligao acontece!

Em nossa estrutura, a amino-t a Glicina e o carboxi-t a Serina ( tem a carboxila livre). L-se a protena sempre do N-terminal para o C-terminal!

Agora entende-se que estas unidades se ligam pela ligao peptdica!

Muitos peptdeos ocorrem em forma livre na matria viva, no associados protenas e tm intensa atividade biolgica!

Esto envolvidos em um grande nmero de processos fisiolgicos!

Definio:Peptdeos Bioativos (PBA)

So fragmentos de protenas que exercem uma

determinada atividade ao interagirem com clulas especficas no organismo, desencadeando respostas bioqumicas e fisiolgicas.
Tm sido isolados de diversos alimentos de

origem animal e vegetal como: carnes, ovos, algas e soja, em diversas reas da pesquisa.

Hormnios:
Insulina= 2 cadeias peptdicas, uma

com 30 resduos de aminocidos outra com 21. A sequncia de aminocidos nos peptdeos e polipeptdeos que confere a ao e os efeitos biolgicos destes.

Antibiticos
Ex: Gramicidina S.- um antibitico

eficaz contra algumas bactrias. um ciclodecapeptdeo: uma estrutura de anel composto por cinco aminocidos diferentes, cada um usado duas vezes dentro da estrutura.

Antibitico polipeptdico isolado de culturas do Bacillus brevis, empregado contra bacilos gram-positivos, pneumococos, estreptococos. Age como detergente catinico, alterando a permeabilidade da membrana citoplasmtica bacteriana, produzindo alteraes na concentrao intracelular dos ctions, especialmente de potssio.

Primria Secundria Terciria Quaternria

Sequencia de AAs ao longo da cadeia peptdica que determinada geneticamente.

Sentido da escrita : amino terminal carboxila terminal.

Conformao local de um poro do polipeptdio. Duas organizaes estveis Enrolamento da cadeia ao

redor do eixo e a interao lateral de segmentos de uma cadeia polipeptdicas ou outras cadeias.

Estabilizao de ambas por Ligaes de Hidrognio - Alta estabilidade destas estruturas.

- hlice
H de um Aa liga-se a carbonila da 4 unidade peptdica

subsequente Restries:

Repulso ou atrao eletrosttica entre os Aas sucessivos e os grupamentos Rs; Volume dos grupos Rs; Interao entre as cadeias laterais dos Aas; Ocorrncia de resduos de Prolina e Glicina
Prolina : Nitrognio em anel no rotacionvel, Nitrognio sem capacidade para participar de uma ligao de H com ou AA devido a falta de um H Glicina: possui flexibilidade conformacional maior do que a dos demais residuos de Aas cidos, podendo assumir diversos tipos de enovelamento

Folha pregueada Ligao de H entre unidades peptdicas entre segmentos distantes de uma mesma cadeia

Descreve o desdobramento final da cadeia polipeptdica por interao de regies com estrutura regular (Folha pregueada e - hlice ou sem estruturas definidas)
Estruturas distantes de uma mesma cadeia podem aproximar-se e

interagirem atravs de ligaes no covalentes entre as cadeias laterais de resduos de AAs

Ligaes de Hidrognio - estabelecidas pelos grupos R de AAs polares com ou sem carga Interaes Hidrofbicas formam entre as cadeias laterais hidrofbicas dos AAs reduzindo a rea apolar exposta ao solvente e repelindo molculas de gua Interaes Salinas e Inicas interao entre grupos de cargas opostas aminocidos cidos ( Glu e Asp) e bsicos (Arg, His e Lis) Ligaes Dissulfeto formadas por duas ligaes de Cistena por uma reao de oxidao

Domnio uma seco da protena com uma determinada estrutura terciria o que confere a capacidade de realizao de uma tarefa qumica/ fsica especifica ou para a ligao ao um dado substrato em outra funo
Interior hidrofbico e superfcie externa polar

Dois tipos: Ligado por um segmento flexvel de cadeia polipeptdica Domnios separados por fenda estreita Flexibilidade importante para que a

protena ligue-se eficientemente a outros compostos

Perante sua forma:

Globulares Uma ou mais cadeias polipeptdicas organizadas numa forma final semelhante a uma esfera Funes dinmicas (ex: transporte) e geralmente solveis Fibrosas Apresentam forma alongada Geralmente insolveis com papel estrutural Formadas por associaes de repetidas de estruturas proticas , possibilitando a construo de grandes estruturas Ex: -queratina

Associao de duas ou mais cadeias polipeptdicas para compor uma protena funcional mantida por ligaes no covalentes entre subunidades que podem ser iguais ou diferentes

Mudanas menos drsticas do que a desnaturao Inativam as protenas Mutao atravs da substituio de AA em uma posio critica na molcula

Ex: Substituio nas cadeias da Hemoglobina, de um resduo de Glutamato, por Valina = Distoro das Hemcias (Anemia Falciforme)

Passo Inicial:
Liberao da protena do material biolgico onde ela ocorre

Rompimentos destas estruturas Diversas Metodologias

Fracionamento celular - centrifugao do extrato celular em diversas velocidades (progressivamente maior) - menor estrutura maior a fora centrfuga Quando a protena localiza-se apenas em uma das fraes obtidas fracionamento celular - purificao inicial Uma vez conseguido um extrato contendo a protena esta pode ser separada de outras substancias e protenas por combinao de diversos mtodos - solubilidade, tamanho, carga eltrica, ...

Prximos Passos
Cromatografia
Solubilidade precipitao pela adio de sais ou solvente orgnicos

Tipos
Coluna Excluso (filtrao em gel) Dilise Troca inica Afinidade

HPLC

Principal tcnica

Diferena de cargas, Tamanho, Afinidade de ligao Outras propriedades;

Fase mvel soluo tamponada

Excluso de tamanho
Filtrao em gel

Fase estacionaria: polmero que tm ligaes

cruzadas com poros de um determinado tamanho ;

Protenas maiores migram mais rapidamente do

que as menores
Grandes demais para penetrar nos poros

Separa protenas de solvente atravs da diferena de tamanho destas

Bolsa - membrana semipermevel Soluo tamponada Membrana passagem de sais

e tampo mas reteno das protenas

Troca catinica
Matriz solida possui grupos carregados negativamente Protenas de carga liquida positiva migram mais

lentamente do que as de cargas inicas negativas Interao com a fase estacionaria

Troca catinica
Processo inverso

Separao de acordo com a especificidade de ligao; Protenas retidas ligam-se a ligantes da matriz;
Ficam retidas; Remoo atravs de ligante livre.

Cromatografia liquida de alta eficincia

Bombas de alta presso; Acelerao do movimento das molculas;

Espalhamento da difuso de bandas proteicas;

Aumento da resoluo.

 Em um mesmo pH protenas apresentam cargas liquidas

diferentes velocidade de migraes diferentes quando submetidas a um campo eltrico Suporte slido (papel ou gel) evita a mistura das protenas por conveco - utilizao de pequenas quantidades de material

No caso de heteromultmeros, as subunidades sempre so unidas por ligaes de hidrognio. So dissociadas pela exposio pH extremos ou solues salinas com alta concentrao. Em seguida as cadeias polipeptdicas so separadas com base no tamanho ou carga;

Clivagens de pontes S-S intracadeia (Cys-Cys). Se for intercadeia, elas so eliminadas no primeiro passo com cido perfrmico ou 2betamercaptoetanol;

Clivagem da cadeia polipeptdica em pequenos fragmentos e determinao da composio e sequencia de AA (mtodo de Edman);

Espectrometria de massa
Determinao

das massas de fragmentos correspondendo a aminocidos, retirados sequencialmente da protena.

MALDI, TOF, Massas Tandem

Detecta modificaes covalentes:

Espectrometria de Massas

Modificao Fosforilao Hidroxilao Metilao Acetilao

Aumento de Massa (Da) 80 16 14 42

Glicosilao

162

Alm dos laos no covelentes, uma protena pode ter pontes dissulfeto formada a partir de dois resduos do aminocido Cys (cistena). Pontes dissulfeto so covalentes e s podem ser rompidas por agentes redutores, como 2-mercapto-etanol.

A sntese de protenas um processo que ocorre em todas as clulas do organismo, mais precisamente, nos ribossomos.

Uma variedade de mtodos tm sido desenvolvidos para sintetizar protenas, entre eles: Ativao do grupo Carboxila; Sntese de Peptdeo Automatizado;
Vantagens em comparao com outros mtodos.

Protenas conjugadas ou heteroprotenas so aquelas que liberam por hidrlise outros componentes qumicos em adio aos aminocidos. A poro da molcula que no contm um AA chamada de Grupo Prostico.

As protenas conjugadas so classificadas de acordo com a natureza qumica de seus grupos proticos.
Lipoprotenas contm lipdios;
Glicoprotenas contm acares.

Conformao nativa = molcula mais estvel

Equilbrio das interaes no interior da molcula e entre

esta e seu meio

Ao adicionar alteraes fsicas/qumicas = desnaturao

Destruio da configurao nativa (quebra das ligaes no covalentes) cadeia polipeptdica fica distendida

Principal = Temperatura Outros

pH Sabes e detergentes Solventes Orgnicos polares (ligao de H)

Irreversvel
Quando as protenas se tornam insolveis

Renaturao reassumem a conformao nativa Exemplos

Chaperoninas catlise da hidrlise de ATP

A Ptialina (ou Amilase salivar)

99% dos catalisadores biolgicos so enzimas!

Isso conseguido atravs do abaixamento

da energia de ativao necessria para que se d uma reao qumica, resultando no aumento da velocidade da reao e possibilitando o metabolismo dos seres vivos.

As enzimas so protenas Podem ter um tamanho desde 62 resduos* de aminocidos, at um tamanho de 2.500 resduos! So extremamente regioseletivas e estereoseletivas com os substratos que iro atuar. Os aminocidos numa estrutura peptdica so normalmente chamados resduos, uma vez que perderam um hidrognio do amino-terminal (N-terminal);

Hidrolases So aquelas enzimas que se associam a molculas de gua para promoverem a quebra das ligaes covalentes. Ex: Peptidases Ligases So responsveis por formar novas molculas atravs da unio de duas j pr-existentes.Ex: Sintetases; Oxidoredutases So responsveis por efetuar a transferncia de eltrons, o que podemos definir como oxi-reduo. Ex: Desidrogenases; Transferases So aquelas enzimas que tem como finalidade realizar a translocao de grupos funcionais como grupamento amina, carbonila, carboxila, fosfato, de uma molcula para outra. Ex: Quinase. Liases Atuam na remoo de molcula de gua, gs carbnico e amnia, a partir da ruptura de ligaes covalentes. Ex: Descarboxilase;

So pequenas molculas orgnicas ou inorgnicas que podem ser necessrias para a funo de uma enzima Associao Estes no esto ligados permanentemente molcula da enzima mas, na ausncia deles, a enzima inativa

 So compostos orgnicos, quase sempre derivados de vitaminas,

que atuam em conjunto com as enzimas. Podem atuar segundo 3 modelos:

Ligando-se enzima com afinidade semelhante do substrato. Ligando-se covalentemente em local prximo ou no prprio stio cataltico da apoenzima. Atuando de maneira intermediria aos dois extremos acima citados.

Reaes extremamente rpidas Ocorre no interior dos limites de uma cavidade na enzima - Stio Ativo O Substrato liga-se a este stio Centro ativo contornado por resduos de Aas cujos grupos Rs ligam-se ao substrato e catalisam a sua transformao

Enzimas
catalisadores extraordinrios e especficos .

De onde vem a energia que diminue drasticamente a Ea?

Reaes S- grupos funcionais de E
Formao de ligaes covalente com o substrato ativando para reao; Transferncia de um grupo do substrato para a enzima.

Interaes no-covalentes E-S

Formao de interaes fracas do complexo ES Liberao de energia - diminuio da Ea

Fatores que afetam a velocidade de reao:

Concentrao do substrato (Michaelis-Menten)

pH
Enzimas s funcionam em um pH timo;
Fora desse pH a atividade diminui.

Diminuem a atividade enzimtica; So constituintes normais ou no das clulas e, cumprem um papel importante na regulao de reaes;
Campo aberto para farmacologia Inseticidas inibidores enzimtico como principio ativo

Podem ser de dois tipos: Reversveis

Competitivos No competitivos

Irreversveis
Inativao definitiva da enzima compostos organofosforados (inespecificidade)

Inibidores Enzimticos

Aspirina (inibidor irreversivel)

Transfere seu grupo acetil para o grupo OH de um resduo de

seria da molcula de cicloxigenase, inativando-a; Enzima responsvel pela catalise da primeira reao da via de sntese de prostaglandinas (regulao de processos fisiolgicos); Sem prostaglandinas processos de inflamao acentuados.

Inibio competitiva -

O inibidor e o substrato competem pela enzima, isto , no se podem ligar ao mesmo tempo enzima. Os inibidores so muitas vezes semelhantes ao substrato da enzima! Ligam-se enzima ao mesmo tempo que o substrato, ou seja, nunca se ligam ao stio ativo. Neste caso, o inibidor no pode ser desligado da enzima por aumento da concentrao de substrato (em contraste com o que acontece na inibio competitiva).
Os inibidores podem agir como parte do mecanismo de retroalimentao. Se uma enzima produz um determinada substncia em demasia, essa substncia poder agir como inibidor da enzima, no incio da via que a produz, causando a reduo ou paragem da produo da substncia quando esta se acumula.

Inibio no-competitiva -

Inibio mista -

So molculas que unem enzimas e aumentam sua atividade! Podem tambm ser definidos como substncias, mas que no sejam o catalisador de uma reao enzimtica ou uma das substncias do substrato que aumente a taxa de reao enzimtica. Estas molculas esto freqentemente envolvidas na regulao alostrica* de enzimas no controle do metabolismo.

* Regulao alostrica a forma mais rpida de regulao especfica de apenas determinadas enzimas, as chamadas enzimas regulatrias. Esta forma de regulao requer a presena de molculas (moduladores alostricos) que vo interagir com as enzimas, levando a alteraes estruturais que podem tornar a enzima mais rpida ou mais lenta (moduladores positivos e negativos, respectivamente).

No realizam transformaes qumicas e sim regulam as atividades de outras protenas. Como exemplo, a insulina, que regula o metabolismo da glicose.

Pantogar
Queratina, cistina e associaes - Uso adulto ou peditrico (crianas maiores de 12 anos) - Via oral

Indicaes Pantogar Perda difusa de cabelos (perda de cabelo por razes desconhecidas). Alteraes degenerativas na estrutura de cabelo (cabelo enfraquecido, fino, no-malevel, quebradio, sem vida, opaco e sem cor); cabelos danificados pela luz do sol e radiao UV; preveno do aparecimento de fios brancos. Desordens no crescimento das unhas (unhas quebradias, rachadas e pouco maleveis).

Influncia de albumina no comportamento eletroqumico do ao UNS S31254 por Espectroscopia de Impedncia Eletroqumica Monica L.C.A Afonso; Ruth F.Villamil; Zehbour Panossian; Elizabeth P.G Aras; Silvia M.L.Agostinho.

Resumo
bem aceito quando um metal imerso em ambiente fisiolgico, se forma uma camada de protenas adsorvidas na sua superfcie [1,2]. Entender a interao destas macromolculas com as superfcies metlicas de suma importncia para prever o sucesso ou insucesso de um dado material utilizado em implantes ortopdicos. A albumina , por ser uma protena plasmtica de relevncia, tem despertado grande interesse. Objetivo: estudar o comportamento eletroqumico por impedncia e cronoamperometria do ao UNS S31254 (desenvolvido especialmente para resistir a meios contendo alto teor de ons cloreto) em meio de NaCI 0,11 mol.L contendo diferentes concentraes de soro albumina bovina (0,2,20 e 200 mg.L), com intuito de verificar a viabilidade de aplicao deste ao em prteses ortopdicas.

1. 2.

3.
4.

5.

http://www.slideshare.net/lnribeiro/aminocidos-e-protenas MARZZOCO, Anita; TORRES, Bayardo Baptista. Bioqumica bsica. Rio de Janeiro: Guanabara, c1990. 232 LEHNINGER, Albert Lester, 1917-. Principios de bioquimica. W.R. Lodi (Trad.). Sao Paulo: Sarvier, 1984. MURRAY, Robert K. ...et Al. Harper: Bioquimica. [Harper's biochemistry]. Tomoko Higuchi (Coord.). Ezequiel Weisbich (Trad.). 7 ed. Sao Paulo: Atheneu, 1994. 763 p. COLLINS, Carol H. et.al. Introduao a Mtodos Cromatogrficos Gilberto Braga, Carol, H. Collins Pierina S. Bonato (Coord.). Editora Unicamp, 1993. 279p.