The Microbial World

Bacterial Cell Structure and Function

08129677841 ysmaniar@yahoo.co.id

PROKARYOTES VS. EUKARYOTES

Cell Structure: Organization Multicellular Cell Membrane: oxidative phosphorylation, DNA replication Endocytosis/Exocytosis Intracellular Membranes: Nucleus, Golgi, Mitochondria, Endoplasmic Reticulum Prokaryotic Unicellular transport, motility, Eukaryotic Unicellular/ transport

+ +

Cytoskeletal: Microfilaments Microtubules Cell wall Genetics: Chromosomes Topology Segregation Transcription/ Translation mRNA capping, poly-A Introns Cistron structure
Ribosome Genetic Exchange Conjugation

Peptidoglycan 1 Circular Cell membrane coupled in cytoplasm (-) Polycistronic 70S (50S + 30S) Transformation, Transduction,

+ + >1 Linear Mitotic spindle Transcription - nucleus Translation - cytoplasm + + Monocistronic 80S (60S + 40S) Meiosis, Zygote fusion

Komponen utama sel bakteri

kromosom Ribosom Protein-2 sitoplasma Membran sitoplasma Dinding sel Kapsul or lapisan luar

 Komponen bakteri merupakan makromolekul , DNA adalah makromolekul yang terdiri dari basa nukleotida proteins terdiri dari asam amino

Enterococcus faecalis

The macromolecules that make up cell material

Macromolecule DNA/RNA Primary subunit Nucleotides Where found in cells DNA- chromosome and plasmids; RNA- ribosomes and cytoplasm flagella, fimbriae, membranes, cytoplasm

Protein

Amino acids

Polysaccharides

Sugars (carbohydrates) Fatty acids

capsules, cell walls, storage

Phospholipids

membranes

Size of bacteria: a typical bacterial cell is about 1 micrometer (1/1,000,000 of a meter) in diameter

The bacterium Staphylococcus mixed with red blood cells. Staph cells are 1 micrometer in diameter; RBCs are 10 micrometers in diameter.

Bacterial Shapes: coccus (cocci): spherical

Staphylococcus aureus coccus means berry or grape; staphylococcus refers to grape-like clusters of cells

Bacterial Shapes: coccus (cocci) spherical

Streptococcus pyogenes streptococcus refers to cocci in chains

Bacterial Shapes: Bacillus (bacilli): rod-shaped

Bacillus anthracis

bacillus means stick or rod

Bacterial Shapes: curved rods and spirals

Vibrio cholerae Vibrios are comma-shaped

Rhodospirillum rubrum Spirilla are spiral-shaped

Treponema pallidum, the agent of syphilis Spirochetes are also spiral-shaped

Anatomi Bakteri
I. Organ tambahan: Flagellum, Pilus II. Cell Envelope: Capsule, Cell wall, Cytoplasmic membrane III. Cytoplasm: Chromosome, Plasmid, Ribosomes, Inclusions

1um

Schematic Drawing of a typical bacterial cell

Flagel

Organ tambahan

Merupakan alat gerak bakteri. Umumnya flagel dipunyai oleh bakteri yang berbentuk lengkung dan sebagian bakteri yang berbentuk batang. Ukurannya sangat kecil, lebar 0,02 0,1 m, dan panjangnya biasanya melebihi panjang sel. Terdiri dari protein elastik flagelin. Berasal dari membran sel bukan dari dinding sel

Organ tambahan

Organ tambahan

Berdasarkan letak dan jumlah flagelnya, bakteri dapat dibagi menjadi 5 golongan :

Atrik, bakteri yang tidak mempunyai flagela Monotrik, bakteri dengan satu flagel tunggal di bagian polar bakteri Lopotrik, bakteri dengan lebih dari satu flagel di satu bagian polar bakteri Amfitrik, bakteri dengan satu flagel tunggal atau lebih di kedua polar bakteri Peritrik, bakteri dengan flagel tersebar merata di sekeliling sel bakteri

Flagella
Flagella are long whiplike filaments composed of protein that originate in the cell membrane.

Salmonella enterica, like most enteric bacteria, is capable of swimming movement by means of flagella.

Flagella rotate and impart swimming movement on the cells

Flagella are for swimming movement

Peritrichous flagella are distributed all over the cell surface
Proteus mirabilis swims by means of peritrichous flagella

Polar flagella originate at the pole of a cell

Vibrio cholerae has a single polar flagellum

Ecological Advantages to Swimming

1. 2. 3. 4. 5. Survival menghindar predator protozoa dan fagositosis dari sel darah putih--leukosit Dapat bergerak kearah nutrisi yang dibutuhkan dan menghindar dari susbtansi yang berbahaya (chemotaxis) Bergerak ke arah O2 atau sebaliknya (aerotaxis) Bergerak menuju cahaya (phototaxis) Bergerak kearah kutub utara atau selatan (magnetotaxis)

Pili

Organ tambahan

Merupakan benang halus yang menonjol keluar dari dinding sel, umumnya pada bakteri gram negatif Garis tengah pili antara 30A - 85A, panjangnya 0,5 20 m Tersusun peritrik dan berpangkal pada protoplas Mengandung protein pilin, heteropolimer yang terdiri dari 18 asam amino, bersifat antigenik Berfungsi untuk melekatkan satu sel dengan sel lain dan berperan dalam proses konjugasi (pili sex) yang membantu transfer materi genetik antar sel

Organ tambahan

Functions of Pili and Fimbriae

Attachment to a surface or substrate

Shigella dysenteriae uses its fimbriae to attach to the intestine and then produces a toxin that causes diarrhea.

Neissera gonorrhoeae, the cause of the STD gonorrhea, uses pili to attach to the urogenital and cervical epithelium when it causes disease

Functions of Pili and Fimbriae

A special type of pilus called the sex pilus is used in mating between bacteria

E. coli uses its sex pilus (called the F-pilus) to transfer DNA between mating bacteria during congugation.

Envelope cell

Capsules - for adherence, resistance to engulfment, storage Cell wall - protection against lysis or rupture of the cell Cytoplasmic membrane - transport of nutrients, energy generation, ATP production, special functions

Capsule (slime layer), K antigen Bakteri gram-positive and gram-negative dapat membuat kapsul polysaccharide (exception: Bacillus anthracis (anthrax) poly-glutamate)

virulence memghambat fagositosis

glycocalyx polisakarida ektrasel; biofilm technically not a capsule

Capsules
Terdiri dari polisakarida yang tersimpan diluar dinding sel (occasionally polypeptides)
Bacterial cell

Capsular material

Dengan teknik pewarnaan kapsul dapat diluhat senagai daerah halo yang mengelilingi sel bakteri

Types of Capsules
True capsuleskapsul sejati kapsul yang menutupi sel ataupun sekelompol sel -- dapat dilihat dengan mikroskop

Negative stain of Streptococcus pneumoniae outlining its notorious polysaccharide capsule

Usually, if a bacterium forms a capsule, it will grow on certain media with a gummy or mucoid type of colony, such as these colonies of Bacillus anthracis.

Types of Capsules
Microcapsules, or glycocalyx, are molekul karbohidrat yang menutupi sel dan tidak dapat dilihat dengan mikroskop cahaya.

The hyaluronic acid capsue of Streptoccus pyogenes is a microcapsule

Types of Capsules
A slime layer or biofilm is suatu matriks polisakarida yang mengandung satu atau lebih jenis bakteri

Various bacteria growing in a slime layer or biofilm

Functions of Capsules
Protection against phagotrophic engulfment Mediate adherence to surfaces Protection against drying Reserve of nutrients Biofilms for protection against antimicrobial agents and effects

Functions of Capsules

Protection against phagotrophic engulfment

Three bacteria that use capsules to protect themselves from attack by phagocytes during infections. L to R. Streptococcus pneumoniae - pneumonia; Bacillus anthracis anthrax; Streptococcus pyogenes - strep throat.

Functions of Capsules

Mediate adherence to surfaces

Oral streptococci use their capsular slime to adhere to the the surfaces of the teeth and gums.

Functions of Capsules

Protection against drying

Old cells of Azotobacter, a soil bacterium, form thick-walled, optically refractile cysts, which have capsules consisting largely of alginates and other polysaccharides, enhancing their resistance to heat, desiccation and adverse environmental conditions.

Functions of Capsules

Reserve of nutrients

Colonies of oral streptococci growing on mitis-salivarius agar. The medium contains 5% sucrose. Streptococcus salivarius (left) stores excess sugar as levan polymer; Streptococcus mutans (right) stores the carbohydrate as a dextran polymer. The polysaccharide polymers give the colonies there glistening, sugary appearance.

Functions of Capsules
Biofilms for protection against antimicrobial agents and effects

Biofilm development. After the bacteria form the biofilm, they are protected from antibiotics, detergents, disinfectants, antibodies, white blood cells etc. which cannot penetrate the slime.

DINDING SEL
dinding sel struktur yang mengelilingi membran sel - fungsi mencegah lisis, melindungi sel dari tekanan eksternal, meningkatkan virulensi, sebagai target antibiotika - dapat dilihat dengan teknik pewarnaan Gram dan pewarnaan tahan asam i. gram-positive (blue) ii. gram-negative (pink) iii. acid fast (red on blue) iv. wall-less (cant stain)

Escherichia coli -- kokobasil Gram negatif

Staphilococcus aureus -- kokus Gram positif

Mycobacterium tuberculose -- basil tahan asam

DINDING SEL Struktur Gram-positive Dinding sel peptidoglycan tebal (40+ lapisan ) Resisten terhadap lisis tetapi masih dapat diopsonisasi teichoic acids and lipoteichoic acids (polymer of ribitol or glycerol phosphates, antigenic classification Protein dan carbohydrates (e.g., M protein fibrillar layer and Group A carbohydrate capsule of Streptococcus pyogenes contribute to virulence).

DINDING SEL

Struktur Gram-negative
the outer membrane - dwilapis lipid periplasmic space diantara sitoplasma dan outer membrane single layer of peptidoglycan dalam periplasmic space porins) enable diffusion across outer membrane lipopolysaccharide (LPS), important in pathogenesis

DINDING SEL Struktur Tahan asam--Acid fast structure - (Mycobacteria) Mirip dengan bakteri gram positif Dinding sel terdiri dari fatty acids and waxes contribute to virulence

Komponen hydrophobic sukar diwarnai, tetapi sekali terwarnai akan bertahan (resistant to acid decolorization)
mycolic acid, Wax D, cord factor, arabinogalactans, and sulfolipids (mycobacterial virulence factors)

Peptidoglycan = murein layer 1. Hanya ada pada prokaryotes 2. komposisi struktur mureinasam muramat dengan rantai peptida - N-acetyl glucosamine - N-acetyl muramic acid - pentapeptide with L and D amino acids 3. synthesis - Dibuat dalam cytoplasm - transport melalui membran sitoplasma

Lipopolysaccharide (LPS) Endotoxin Bagian terpenting dari bakteri gram-negatif - lipid A i. Tertanam pada membran = endotoxin activity ii. unique C14 fatty acid - -hydroxy myristic acid, - oligosaccharide - O antigen i. may be present or not, depending on species ii. repeating units of 3 to 4 sugars iii. smooth with O antigen; rough without (ending at core)

DINDING SEL

Perwarnaan Gram
Berdasarkan reaksi pewarnaan Gram, Bakteri dapat ditentukan menjadi satu atau dua grup utama:

1. Bakteri Gram positif 2. Bakteri Gram negatif

Faktor yang mempengaruhi reaksi pewarnaan Gram adalah:

1.Perbedaan struktur dan komposisi dinding sel. 2.Perbedaan ultrastruktur bakteri bertanggung jawab terhadap reaksi (- atau +).

Pewarnaan Gram
Pewarna dan urutan penggunaan
Bakteri Gram Positif 1. Kristal Ungu. 2. Larutan Yodium Sel berwarna ungu Kompleks kristal ungu dan yodium terbentuk didalam sel ; sel tetap berwarna ungu Dinding sel mengalami dehidrasi pori-pori menciut; daya resap dinding sel dan membrane menurun, kompleks kristal ungu dan yodium tidak dapat keluar dari sel; sel tetap ungu Sel tidak terpengaruh; warna tetap ungu

Karakteristik
Bakteri Gram Negatif Sel berwarna ungu Kompleks kristal ungu dan yodium terbentuk didalam sel ; sel tetap berwarna ungu Lipid terekstraksi dari dinding sel, pori-pori menggembung, kompleks kristal ungu dan yodium keluar dari sel; sel menjadi tidak berwarna

3. Alkohol

4. Safranin

Sel menyerap safranin menjadi merah

In Gram-positive bacteria, the purple crystal violet stain is trapped by the layer of peptidoglycan which forms the outer layer of the cell. In Gram-negative bacteria, the outer membrane prevents the stain from reaching the peptidoglycan layer in the periplasm. The outer membrane is then permeabilized by acetone treatment, and the pink safranin counterstain is trapped by the peptidoglycan layer.

DINDING SEL L form (L-phase, L-phase variant) L-forms bakteri tanpa dinding sel bakteri sferoplast dan protoplast Spheroplasts bakteri yang kehilangan sebagian dinding selnya ( umumnya bakteri Gram negatif) protoplasts bakteri yang kehilangan dinding selnya (umumnya bakteri Gram positif)

Pembentukan L-forms dapat terjadi secara spontan pada fase pertumbuhan tertentu artifisial merusak dinding sel dengan enzim, heat-shock ataupun media khusus untuk menginduksi pembentukan L-forms)
Bacterial genera from which L-forms have been derived include: Agrobacterium, Bacillus, Bacteroides, Bordetella, Brucella, Clostridium, Corynebacterium, Erysipelothrix, Escherichia, Haemophilus, Listeria, Neisseria, Proteus, Pseudomonas, Salmonella, Serratia, Shigella, Staphylococcus, Streptobacillus, Streptococcus, and Vibrio.

Membran Sitoplasma 1. mirip dengan struktur membran plasma eukariot dan membran mitokondria 2. sedikit digunakan untuk target for antibiotics 3. carries out many functions a. transport: facilitated diffusion, active transport, group translocation (phosphotransferase carbos) b. electron transport and oxidative phosphorylation c. energy production d. motility e. replication

SITOPLASMA

Cytoplasmic Constituents: Chromosome and plasmid - DNAgenetic control center Ribosomes - sites of protein synthesis Inclusions - storage centers Cytoplasm - water containing nutrients, precursors, intermediates and enzymes

Asam nukleat 1. Single, circular structure (haploid genome)

2. lebih kecil dari eukaryotic chromosomes, mengkode sekitar 3,500 genes 3. tidak dikelilingi nuclear membrane. Transcription in cytoplasm with translation 4. Supercoiling - DNA gyrase involved in DNA replication Nalidixic acid and other quinolones inhibit gyrase and DNA replication Metronidazole - binds to DNA after metabolism by anaerobes, inhibiting DNA replication

Plasmids - Non-chromosomal DNA a. Umumnya sirkular b. Dapat dipindahkan diantara sel oleh genetic exchange (conjugation) c. some encode virulence properties, antibiotic resistance

Ribosomes - similar but different 1. 70S ribosomes composed of 50S and 30S subunits 2. co-transcription-translation 3. target of many useful antimicrobials: aminoglycosides, tetracyclines, chloramphenicol, macrolides - erythromycin

Taksonomi Klasifikasi, nomenklatur, identifikasi laboratorium

bakteri
Bakteri anaerob
Bakteri anaerob Gram negatif Bakteri anaerob Gram positif

Bakteri aerob

Gram positif

Gram negatif

bacilli

coccus
enterik

coccus

Gram (-) pleomorf

Basil miscelaneus

Non fermenter

GRAM Positif

bakteri anaerob Negatif

Batang

Kokus
Peptostreptococcus Peptococcus

Batang
Bacteroides Fusobacterium Prevotella Porphyromonas

Kokus
Veillonella

Spora (+)
Clostridium

Spora (-)
Lactobacillus Bifidobacterium Propionibacterium Actinomyces

back back

II. Bakteri Gram-positif 1. Aerobic cocci

Bakteri Gram-positif cocci dikelompokkan berdasarkan reaksi pewarnaan Gram, komposisi ketebalan dinding sel dan bentuk spherik. Sebagian besar bakteri adalah anggota famili Micrococcaceae yang non-endospore membentuk chemosynthetic heterotrophs. Contoh: Micrococcus dan Staphylococcus

back

2. Aerobic bacilli
Bakteri Gram-positive bacilli dibagi ke dalam tiga varietas berdasarkan kemampuan bakteri menghasilkan endospores dan morfologi: Endospore forming: Bacillus Regular, non-endospore-forming: Listeria, Erysipelothrix Irregular, non-endospore-forming: Corynebacterium

Bakteri ini terdapat di mana-mana di alam dan sebagian besar bersifat aerob atau fakultatif anaerob. back back

III. Bakteri Gram-negatif

1. Aerobic cocci
Bakteri dapat tumbuh pada atmosfir yang mengandung oksigen 21%.

2. Enteric bacteria
Merupakan famili Enterobacteriaceae, sebagian besar bakteri bersifat patogen dan dimasukkan sebagai organisme mikrobiologi klinik. Bakteri Gram-negatif rod sering dihubungkan dengan infeksi intestinal, tetapi dapat ditemukan habitatnya di alam. Bakteri ini menyebabkan penyakit seperti meningitis, bacillary dysentery, typhoid, dan keracunan makanan. Dalam banyak kasus, patogenitas enteric bacterium dapat ditentukan oleh kemampuan metobolisme laktosa. Contoh: Escherichia coli, Shigella, Salmonella, Citrobacter edwardsiella, Klebsiella, Enterobacter

3. Gram (-) Pleomorphic bacteria

Contoh: Haemophilus, Bordetella, Brucella, Pasteurella, Legionella

4. Miscellaneous Gram (-) bacilli (rod)

Contoh: Vibrio, Campylobacter, Helicobacter

5. Non-fermenter
Diklasifikasikan sebagai nonfermenters karena cara metabolsme glukosa dan karbohidrat lain. Contoh: Pseudomonas, Acinobacter.

 Gambar dan jelaskan perbedaan sel eukariot dan prokariot Jelaskan perbedaan struktur dinding sel bakteri gram negatif dan gram positif Sebutkan contoh bakteri gram negatif anaerob Gram positif anaerob Kokus gram postif Batang gram positif Batang gram negatif Bakteri tahan asam Bakteri pembentuk spora Sebutkan contoh bakteri dengan flagel
Amfitrik, lopotrik, peritrik, atrik