BIOINFORMTICA

HISTORIA

En realidad son los bilogos y los bioqumicos quienes hacen su primer acercamiento a la tecnologa computacional como elemento fundamental para su trabajo diario. La biocomputacin ha sido la base para ayudar en las grandes investigaciones sobre la vida; el diagnostico gentico por ejemplo tiene mucha influencia en la vida de todas las personas pero la mayora de la gente no est enterada de ello.

La tecnologa proporciona un elemento terico y proporciona las herramientas prcticas, para que los cientficos puedan explorar las protenas y el DNA.

BIOINFORMTICA
El objetivo de la Bioinformtica es el de facilitar el descubrimiento de nuevas ideas biolgicas as como crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan discernir principios unificadores en biologa.

Dentro de la bioinformtica existen otras sub-disciplinas importantes como:

- El desarrollo de implementacin de herramientas que permitan el acceso, uso y manejo de varios tipos de informacin. - El desarrollo de nuevos algoritmos (frmulas matemtivas) y estadsticos con los cuales se pueda relacionar partes de un conjunto enorme de datos, como por ejemplo mtodos para localizar un gen dentro de una secuencia, predecir estructura o funcin de poder y agrupar secuencias de protenas en familias relacionadas.

 La Bioinformtica es capaz de utilizar la tecnologa para organizar y analizar la informacin biolgica en un mbito multidisciplinario para una nueva era sobre la investigacin genmica que ayudar a mejorar las condiciones y la calidad de vida humana. La Bioinformtica se orienta hacia la investigacin y desarrollo de herramientas tiles para llegar a entender el flujo de informacin desde los genes a las estructuras moleculares, a su funcin bioqumica, a su conducta biolgica y, finalmente, a su influencia en las enfermedades y en la salud.

 La bioinformtica ofrece tambien la capacidad de comparar y relacionar la informacin gentica con una finalidad deductiva, siendo capaz de ofrecer unas respuestas que no parecen obvias a la vista de los resultados de los experimentos
Todas estas tecnologas vienen justificadas por la necesidad de tratar informacin masiva, no individual, sino desde enfoques celulares integrados (genmica funcional, protemica, expresin multignica,...). Los sistemas LIMS permiten la integracin y gestin de los datos de laboratorio.

 Muchos cientficos se quejan de la creciente complejidad que representa encontrar informacin til en este "laberinto de datos. Para mejorar esta situacin, se desarrollan tcnicas que integran la informacin dispersa, gestionan bases de datos distribuidas, las seleccionan automticamente, evalan su calidad, y facilitan su accesibilidad para los investigadores.

 Bioinformtica Integradora. En ella no deben faltar ayudas para la navegacin por la informacin, que cada vez, con ms nfasis, reside en Internet y no en bases de datos locales.

 La explotacin de la informacin genmica individual va a posibilitar nuevas tcnicas tiles para la investigacin de enfermedades y el diagnstico clnico, esta faceta representa otro carcter diferencial de la nueva Bioinformtica, su clara orientacin hacia la resolucin de problemas de Salud, de donde recibe el adjetivo de Bioinformtica Aplicada.

reas de inters para la nueva bioinformtica aplicada a la Salud

BASE DE DATOS
La Bioinformtica crea y mantiene bases de datos donde se almacena informacin biolgica, tales como secuencias de nucletidos y aminocidos. El desarrollo de este tipo de base de datos no solamente significaba el diseo de la misma sino tambin el desarrollo de interfaces complejas donde los investigadores pudieran acceder los datos existentes y suministrar o revisar datos.

Luego toda esa informacin deba ser combinada para formar una idea lgica de las actividades celulares normales, de tal manera que los investigadores pudieran estudiar cmo estas actividades se vean alteradas en estados de una enfermedad.

 Secuencia de biomolculas determina su estructura tridimensional y su funcin.

Secuencia de fragmento de ADN => Replicacin (Sanger). Secuencia de cadena polipepdtica => Edman.

 Tcnicas han ayudado al desarrollo de mtodos automticos de secuenciacin (genomas).

Bases de datos de secuencias: repositorios de datos de secuencias de cidos nucleicos y protenas de comunidad cientfica internacional (disponibles al pblico). Datos heterogneos: varan por fuente, calidad; toda la informacion se unificar en bancos de informacin.

 3 recursos fundamentales de secuencias nucleotdicas: Banco de datos de EMBL, GENBANK, Japn. Secuencias Aminoacdicas: PIR y SWISS PROT.

Bsqueda a travs de palabras claves (basada en texto: SRS, ENTREZ), elementos como el nombre de gen o protena, secuencias.

OTRAS HERRAMIENTAS:
Establecimiento de interferencias evolutivas.

Prediccin de estructura secundaria de protenas.

Prediccin de caractersticas estructurales y funcionales (reconocimiento de motivos).

OTRAS HERRAMIENTAS:
Estudiar secuencias completas o parciales de genomas (id. polimorfismos, prediccin de genes). Oligo: disear y oligonucletidos cebadores. optimizar

Vector NTI: Paquete de invitrogen diseo de construcciones y protocolos de ingeniera gentica y tecnologa de ADN recombinante.

 Segmentos de ADN que se heredan, diferencian a los individuos entre s. Pueden ser: Fenotpicas (rasgos fsicos). Genotpicas (ADN).

 Si caractersticas causadas por diferentes genes son heredados conjuntamente por muchos miembros de la familia, genes estn cerca unos de otros en cromosoma.

Paternidad
Antes: Estudios antropomtricos. Ahora: Anlisis de grupos sanguneos, variantes proteicas, heteromorfismos cromosmicos, histocompatibilidad por microlinfocitotoxicidad, estudio de ADN (polimorfismo de fragmento de restriccin generados por enzimas, sondas unilocus, multilocus).

No es posible analizar o disponer de todos los marcadores genticos:

Modo de herencia: Marcadores deben ser heredados segn leyes Mendel (estudios familiares, gentica de poblaciones). Sistemas polimrficos: variedad de marcador en poblacin; Si ms amplia es variedad de marcador (ms alelos presentes), es ms til.

 Marcadores no se alterarn por interaccin con otros genes, edad, factores externos o ambientales.
Aceptacin en medios cientficos y acadmicos reconocidos en el mbito cientfico universal. Tcnicas confiables, disponer de reactivos utilizables con bajas cantidades de sangre, fcil aplicacin, interpretacin objetiva, iguales resultados en otros lab.

 Modo de observacin de la emparentacin de organismos vivos (parecido a rbol genealgico) .

Esquema representativo de linaje familiar de especies, muestra conexin y relacin que une a todos los seres vivos la expresin grfica, muestra que la mayora del legado de ciencias biolgicas ha enfocado un pequeo fragmento de diversidad biolgica.

 Se usa informacin de fsiles y comparacin estructural y molecular de organismos.

Como genealgicos, tiene tronco y ramas (se muestra relacin entre especies). Construccin: Teora de Evolucin: todos los organismos son descendientes de un ancestro comn: la protoclula. Todos los organismos estn emparentados en algn grado.