Bioqumica para Qumicos BC.

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Trimestre: Enero-Marzo 2014 Horario de Clases: Martes y Jueves de 7:30 a 9:30 a.m. Aula: P4-12-0, Pabelln 4
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 Jos Bubis

Departamento de Biologa Celular Pabelln 4A Laboratorio P4A-115

E-mail: jbubis@usb.ve Telfono: 9064219

Profesores: Jose Bubis (Coordinador) Yenis Gladinex Perez Maritza Calabokis Deisy Perdomo
Ayudante Academico: Gerardo Moncada (Lunes)

Presentacion del programa, cronograma y forma de evaluacion de la asignatura

OBJETIVOS: Examinar cuidadosamente las estructuras, caractersticas, funciones, y metodologas de estudio de las protenas, carbohidratos, lpidos y cidos nucleicos. Considerar los procesos de replicacin, transcripcin y traduccin de la informacin gentica. Estudiar los mecanismos de catlisis enzimtica. Analizar el metabolismo intermediario.
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PROGRAMA

Unidad I. Introduccin. Prof. J. Bubis Unidad II. Protenas. Prof. J. Bubis Unidad III. Carbohidratos. Prof. J. Bubis Unidad IV. Lpidos. Prof. J. Bubis Unidad V. Estructura, Replicacin, Transcripcin y Traduccin de cidos Nucleicos. Prof. Y. G. Perez Unidad VI. Enzimas. Prof. M. Calabokis Unidad VII. Metabolismo Intermediario. Prof. D. Perdomo

CRONOGRAMA

METODOLOGA:
Clases magistrales Sesiones de ejercicios y/o problemas

AULA VIRTUAL

EVALUACIN:
Actividad a evaluar
Examen Temas I y II

Ponderacin
32 %

Semana
4

Examen Temas III, IV y V

Examen Temas VI y VII

26 %
42 %

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Asistencia y participacin en clases de 5% Extra problemas y tareas

Todo trimestre

el

Bibliografia:

Berg, J. M., Tymoczko,J. L. y Stryer, L. (2007) Biochemistry, Sixth Edition, W.H. Freeman and Company.New York, USA. Nelson, D., y Cox, M. (2008) Lehninger Principles of Biochemistry, Fifth Edition, W.H. Freeman and Company, New York, USA. Mathews, C. K., van Holde, K. E., y Ahern, K. G. (2002) Bioqumica, 3 Edicin, Addison Wesley, Espaa. Segel, I.H. (1976) Biochemical Calculations, John Wiley & Sons, New York, USA.

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Tema I. Introduccin a la Bioqumica. Definicin de la clula. Clulas procariotas y eucariotas. Los componentes qumicos de la clula. Las fuerzas no covalentes que determinan las estructuras tridimensionales de las macromolculas biolgicas. La molcula de agua. (2 hrs.)

Qu es la Bioqumica?
La

bioqumica pretende describir la estructura, organizacin y funciones de la materia viva en trminos moleculares.

Molculas inanimadas ? organismos vivos Qumica Bioqumica Biologa

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La Bioqumica estudia:

La qumica estructural de los componentes de la materia viva y la relacin entre estructura qumica y funcin biolgica.
Metabolismo la totalidad de las reacciones qumicas que ocurren en la materia viva.

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Tamao de los objetos estudiados por los bioqumicos y los bilogos

Elementos que se encuentran en los organismos vivos

Elementos presentes en los seres vivos

Composicin del universo, la corteza terrestre y el cuerpo humano

Diferencias entre clulas procariotas y eucariotas

Organismos unicelulares Bacteria + Arquea= Procariotas

Eucariotas: uni y milticelulares

Las bacterias viven en suelo, superficies con agua y tejidos de otros organismos vivos o en descomposicin. Los Organismos arquea viven en condiciones extremas-lagos salados, aguas termales, profundidades del ocano, etc. 19

Celula Procariota

Caractersticas estructurales de una clula procariota: bacteria Gram +, bacteria Gram -, cianobacteria o arquea.
El citoplasma de una E. coli contiene unos 15.000 ribosomas, enzimas, metabolitos, cofactores.

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Celulas Eucariotas Clula animal y vegetal

Clulas eucariotas: animal y vegetal

Ncleo contiene genes (cromatina= DNA+ protenas) Nuclolo: sitio de sntesis de rRNA Lisosoma: degrada restos intracelulares Mitocondria: oxidacin de combustible para producir ATP RER: (rough endoplasmic reticulum) ribosomas unidos a ER. sntesis de protenas SER: (smooth). Sntesis de lpidos y metabolismo de drogas Complejo de Golgi: procesa, empaqueta y dirige a protenas a otros organelos para exportacin Vacuola: degrada y recicla macromolculas, almacena metabolitos Plasmodesma: comunicacin entre dos clulas vegetales Cloroplasto: capta luz solar, produce ATP y carbohidratos
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Enlaces covalentes y no covalentes

La arquitectura y arreglo espacial de las protenas, cidos nucleicos y polisacridos depende de dos tipos de enlaces: covalentes: en los cuales dos tomos comparten electrones no covalentes: interacciones ms dbiles, tales como enlaces de H, enlaces ionicos (interacciones electrostaticas), interacciones de van der Waals, e interacciones hidrofbicas
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Energas de los enlaces covalentes y no covalentes

Las macromolculas de inters biolgico, son estructuras enormes que se mantienen unidas mediante enlaces covalentes fuertes y que adems presentan interacciones/enlaces mas dbiles, no covalentes, que se producen entre partes de la molcula y que son responsables del arquitectura y arreglo espacial de estas macromolculas.

A medida que las protenas son sintetizadas en los ribosomas, partes de la molcula interactan mediante enlaces no covalentes y forman estructuras 2rias estructuras plegadas y estables.
Cadena lineal No plegada Plegamiento de la protena vilina

Protena Vilina plegada

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SUBTILISINA

Enzima del grupo de las proteasas usada industrialmente en la formulacin de detergentes.

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Interacciones no-covalentes

Molculas dipolares

Momentos dipolares de algunas molculas

Dipolos inducidos y fuerzas de dispersin

El enlace de hidrgeno

Principales clases de enlaces de hidrgeno en molculas con importancia biolgica.

Los enlaces de hidrgeno en la estructura biolgica.

Energa de interaccin no covalente de dos partculas que se aproximan

Radios de van der Waals de algunos tomos y grupos de tomos

EL AGUA

El agua es la sustancia mas abundante en los sistema vivos y constituye alrededor de un 70% del peso de la mayora de los organismos.

Propiedades del agua en comparacin con otros compuestos de bajo peso molecular.

EL AGUA
Las propiedades del H20 se derivan de su alto potencial para formar enlaces de H y de su naturaleza polar. Enlaces de H: son responsables de la alta cohesin interna, de los altos puntos de fusin y ebullicin, de la elevada tensin superficial y de la viscosidad del agua.

a.Estructura electrnica del agua

b.Enlaces de hidrgeno en el agua.

Hidratacin de los iones en solucin - NaCl disuelto en agua

INTERACCIONES HIDROFOBICAS

Qu son molculas anfipticas?

Las que poseen una regin hidroflica y una hidrofbica

Conformacion versus Configuracion

Conformacion : arreglos espaciales producidos por libre rotacion de enlaces