Dinorah A .

Duarte
Gracia M. Zapata
Luca I. Zapata

Qumica computacional
Es simplemente la aplicacin de
conocimientos qumicos, matemticos y la
informtica a la solucin de problemas
qumicos de inters.
Se utiliza una computadora para generar
informacin, tales como:
propiedades de las molculas
simulado de los resultados experimentales.
la qumica computacional se ha convertido
en una forma til para investigar los
materiales que son muy difciles de
encontrar o muy caros para comprar.

Tambin ayuda a los qumicos hacer
predicciones antes de ejecutar los
experimentos reales para que puedan estar
mejor preparados para hacer observaciones.
La ecuacin de Schroedinger es la base
para la mayor parte de la qumica
computacional de uso cientfico. .
Esto se debe a los modelos de ecuacin
de Schroedinger los tomos y las
molculas con las matemticas.
Por ejemplo, se puede calcular:
determinaciones de estructura electrnica
optimizaciones de geometra
clculos de frecuencia
estructuras de transicin
clculos de la protena, es decir, de
acoplamiento electrn y la distribucin de
carga.

superficies de energa potencial (PES)
constantes de velocidad de las reacciones
qumicas (cintica)
clculos termodinmicos de calor de las
reacciones, la energa de activacin
Existen programas disponibles en
diferentes sitios de Internet que
permiten elaborar modelos
moleculares y efectuar su
visualizacin. Entre ellos debido a
su nivel de aplicacin y facilidad de
uso se mencionan:



a)ChemSketch: Se utiliza para poder
construir ecuaciones qumicas,
estructuras moleculares y diagramas de
laboratorio Es una aplicacin para
crear en forma sencilla molculas de
compuestos orgnicos; experimentar
con algunos instrumentos de
laboratorio; resolver ejercicios y
visualizar u ocultar enlaces.



b) RasMol es un programa para
representacin grfica de molculas,
grandes (protenas y cidos nucleicos) y
pequeas (carbohidratos,etc). Es una
herramienta muy poderosa que permite
visualizar imgenes que sera
imposible dibujar en un plano por su
complejidad, tales como estructuras de
ADN y protenas.
d) 3D Angles: Es un programa visualizador de
estructuras tridimensionales muy fcil de utilizar
sobre todo para temas como hibridacin.
La rotacin de las molculas facilita su visualizacin
desde diferentes ngulos; y los permiten la
identificacin de estreoismeros.

Una simulacin: es un conjunto de
ecuaciones matemticas que modelan en
forma ideal situaciones del mundo real, ya
sea por su dificultad para experimentar o
comprender un fenmeno. La tecnologa ha
proporcionado las herramientas y mtodos
para que el ambiente de simulacin se
transforme en un ambiente donde pueden
convivir vdeos, animaciones, grficos
interactivos, audio, narraciones, etc.
(Casanovas, 2005).

Aplicaciones de los Mtodos
Computacionales al Estudio
de la Estructura y Propiedades de
Polmeros





Carlos Alemn, Sebastin Muoz-Guerra
Departament dEnginyeria Qumica, Universitat
Politcnica de Catalunya, Espaa
En este trabajo se revisan las tcnicas de
simulacin molecular ms habituales y
potentes para la descripcin de
los polmeros a escala atmica y molecular.
1.Determinacin de la estructura
cristalina de poliamidas no
convencionales

Entre los polmeros estudiados en el
laboratorio destacan los poli(-alquil-,L-
aspartato)s, abreviados PAALAs, que
pueden considerarse como derivados del
nylon 3 sustituidos estereorregularmente.
La caracterstica estructural ms
importante de esta familia de
poliamidas es su tendencia a adoptar
conformaciones helicoidales similares a
las de las protenas.
2.Determinacin de la estructura y
plegamiento lamelar en poliamidas
convencionales (nylons)
Modelos posibles para la estructura cristalina del
nylon 4,6: (a)esquemas de puentes de hidrgeno
normal (n) y oblicuo (o);
(b) modelos paralelo (I) y antiparalelo (II);
(c) modelos alternado () y progresivo ().
Que es la informtica qumica?


Es el uso de la computadora y de
informacin tcnica, aplicada a una
serie de problemas en el campo de la
qumica.
Historia de la Informtica Qumica
El neologismo fue introducido por F.K. Brown en el
ao 1998:
La quimioinformtica es la mezcla de aquellos
recursos informticos para transformar datos en
informacin e informacin en conocimiento, con el
propsito hacer ms rpidas mejores decisiones en el
mbito de la identificacin de los frmacos cabeza de
serie (o de molcula inicial) y la optimizacin de
frmacos.
El trmino fue registrado en el ao 2006 por la
Academia Europea.

APLICACIONES DE LA
INFORMTICA QUMICA



1. Almacenamiento y recuperacin
La aplicacin principal de quimioinformtica est en el
almacenamiento de la informacin relativa a los
compuestos.

2.Representacin in silico
De estructuras qumicas utiliza formatos
especializados tales como el XML basado en lenguaje
de marcado de productos qumicos o SMILES.




3.Bibliotecas Virtuales
pueden generar de varias maneras para explorar el
espacio qumico y la hiptesis de nuevos
compuestos con propiedades deseadas.

4.Estructura-actividad cuantitativas (QSAR)
Este es el clculo de los valores, que se utiliza para
predecir la actividad de los compuestos de sus
estructuras.







5.Cribado Virtual
En contraste con la investigacin del alto-rendimiento
de procesamiento , cribado virtual implica cmputo de
cribado in silico bibliotecas de compuestos, por medio
de diversos mtodos, tales como de acoplamiento ,
para identificar a los miembros puedan poseer
propiedades deseadas, como la actividad biolgica
frente a un objetivo determinado.



6.Laboratorios virtuales en qumica:

a)ChemLab: Requiere equipos y procedimientos,para
realizar experimentos de laboratorio.

b) Virtual Laboratory:
Herramienta til para ensear soluciones molares,
obtener con exactitud soluciones Buffer, identificar
cidos y bases con indicadores.

Conclusiones
- Incentivar en los estudiantes, con el autoaprendizaje y
a desarrollar su capacidad de anlisis, sntesis y
evaluacin.
- Fomentar el pensamiento crtico, realizando
laboratorios virtuales y la estrategia de aprendizaje
basado con problemticas semejantes a las reales.
-Promover en el estudiante, la comprensin de
mecanismos de reacciones qumicas y la motivacin
e inters en experimentos de qumica.
Bibliografa
Carlos Alemn, Sebastin Muoz-Guerra
Departament dEnginyeria Qumica, Universitat
Politcnicade Catalunya, Espaa.Aplicaciones de los
Mtodos Computacionales al Estudio de la Estructura y
Propiedades de Polmeros. Polmeros: Cincia e Tecnologia,
vol. 13, n 4, p. 250-264, 2003

Zulma Cataldi , M. Cristina Donnamara, Fernando J. Lage,
Didctica de la qumica y TICs: Laboratorios virtuales,
modelos y simulaciones como agentes de motivacin y de
cambio conceptual , ARGENTINA pag 80-89


Benjamin Lynch and Patton Fast, Introduction to
Computational Chemistry
June , 2005