PROTENAS

CARRERA DE MEDICINA
SEMESTRE AGOSTO DICIEMBRE DEL 2006

DEFINICIN DE AMINOCIDO
Los aminocidos son
cidos carboxlicos,
con uno o ms
grupos amino unidos
covalentemente.

Amino acid structure
Different side-chain (R group)
Different chemical and physical properties
Amino
group
Carboxylic
acid group
FUNCIONES GENERALES DE UN AMINOCIDO:
Forman parte de la estructura de
las protenas.
Algunos son precursores de molculas
reguladoras de determinados procesos
Fisiolgicos, por ejemplo:
Neurotransmisores.
Hormonas.
Pueden ser usados como fuente de energa.
CLASIFICACIN DE LOS
AMINOCIDOS
1.Aminocidos con grupo R
no polar. (Grupo R
hidrfobo).

2. Aminocidos con grupo R
polar, sin carga. (Grupo R
hidroflico).

3. Aminocidos con grupo R
cargado negativamente.
(Aminocidos cidos)

4. Aminocidos con grupo R
cargado positivamente.
(Aminocidos bsicos).


Different side-chain (R group)
Different chemical and physical
properties
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
3
ALANINA
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
H
3
C CH
3
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
CH
H
3
C CH
3
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
CH
2
CH
3
CH
3
CH
COO
-
+
H
2
N
H
2
C CH
2
CH
2
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
CH
2
S
CH
3
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
C CH
NH
C C
CH
CH C
H
HC
TRIPTOFANO
VALINA
LEUCINA
ISOLEUCINA
PROLINA
METIONINA
FENILALANINA
Estructura de los aminocidos
que tienen grupo R hidrfobo.


C H
+
H
3
N
COO
-
H
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
OH
C H
+
H
3
N
COO
-
HC
CH
3
OH
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
SH
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
OH
TIROSINA
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
C O
NH
2
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
CH
2
C O
NH
2
GLICINA
SERINA
TREONINA CISTEINA
ASPARAGINA
GLUTAMINA
Estructura de los aminocidos que tienen
grupo R polar sin carga.
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
COO
-
ACIDO
ASPARTICO
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
CH
2
COO
-
ACIDO
GLUTAMICO
Estructura de los aminocidos que tienen
grupo R con carga negativa.

C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
CH
2
CH
2
CH
2
NH
3
+
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
CH
2
CH
2
NH
C
NH
2
NH
2
+
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
C NH
CH
NH
+
HC
HIS TIDINA
LISINA
ARGININA
Estructura de los aminocidos que
tienen grupo R con carga positiva.
Titration Curves of Amino Acids with Ionizing Side Chain
Figure 5-12, p. 125: Lehninger Principles of Biochemistry
+1
+0.5
-0.5
-2
-1.5
pI =3.22
0.0
+
+2
+1.5
+0.5
-0.5
-1
+
0.0
pI =7.59
Properties of Amino Acids Found in Proteins
Amino Acid M pK pK pK pI Hydropathy Occurrence in
(-COOH) (-NH3) (R-group) Index proteins (%)
Nonpolar, aliphatic
Glycine Gly G 75 2.34 9.60 5.97 -0.4 7.2
Alanine Ala A 89 2.34 9.69 6.01 1.8 7.8
Proline Pro P 115 1.99 10.96 6.48 1.6 5.2
Valine Val V 117 2.32 9.62 5.97 4.2 6.6
Leucine Leu L 131 2.36 9.60 5.98 3.8 9.1
Isoleucine Ile I 131 2.36 9.68 6.02 4.5 5.3
Methionine Met M 149 2.28 9.21 5.74 1.9 2.3
Aromatic
Phenylalanine Phe F 165 1.83 9.13 5.48 2.8 3.9
Tyrosine Tyr Y 181 2.20 9.11 10.07 5.66 -1.3 3.2
Tryptophan Trp W 204 2.38 9.39 5.89 -0.9 1.4
Polar, uncharged
Serine Ser S 105 2.21 9.15 5.68 -0.8 6.8
Threonine Thr T 119 2.11 9.62 5.87 -0.7 5.9
Cysteine Cys C 121 1.96 10.28 8.18 5.07 2.5 1.9
Asparagine Asn N 132 2.02 8.80 5.41 -3.5 4.3
Glutamine Gln Q 146 2.17 9.13 5.65 -3.5 4.2
Positively Charged
Lysine Lys K 146 2.18 8.95 10.53 9.74 -3.9 5.9
Histidine His H 155 1.82 9.17 6.00 7.59 -3.2 2.3
Arginine Arg R 174 2.17 9.04 12.48 10.76 -4.5 5.1
Negatively Charged
Aspartate Asp D 133 1.88 9.60 3.65 2.77 -3.5 5.3
Glutamate Glu E 147 2.19 9.67 4.25 3.22 -3.5 6.3
Peptide bond
Covalent bond
Connects amino acids in protein
C C
O
HO
CH
3
NH
2
H
C C
O
HO
CH
2
NH
2
H
CH
2
COOH
ALANINA
AC. GLUTAMICO
+
+ C C
O
HO
CH
2
NH
2
H
CH
2
CH
2
CH
2
NH
2
LISINA
+ C C
O
HO
CH
2
NH
2
H
C
H
C
NH
C C
CH
CH C
H
HC
TRIPTOFANO
3H
2
O
C C
O
HO
CH
3
H
C C
O CH
2
H
CH
2
COOH
C C
O CH
2
H
CH
2
CH
2
CH
2
NH
2
C C
O CH
2
NH
2
H
C
H
C
NH
C C
CH
CH C
H
HC
N
H
N
H
N
H
Formacin de un tetrapptido.

1. Al formar un pptido se usa el -
carboxilo de un aminocido, que
reacciona con el - amino de otro, de tal
forma que en una cadena polipeptdica
nicamente quedan un carboxilo terminal
en un extremo y en el otro un amino
terminal. Adems, los grupos R pueden
tener carboxilos y aminos adicionales.

1 2 3
HIDRLISIS DE UN ENLACE PEPTDICO
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
SH
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
SH
+
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
S
C H
+
H
3
N
COO
-
CH
2
S
H
2
FORMACIN DE UN PUENTE DISULFURO
HOOC ALA GLUT LIS TRPT NH
2

ALA GLUT LIS TRPT
ALA GLUT TRPT LIS
ALA LIS GLUT TRPT
ALA LIS TRPT GLUT
ALA TRPT GLUT LIS
ALA TRPT LIS GLUT
GLUT ALA LIS TRPT
GLUT ALA TRPT LIS
GLUT LIS ALA TRPT
GLUT LIS TRPT ALA
GLUT TRPT ALA LIS
GLUT TRPT LIS ALA

LIS ALA GLUT - TRPT
LIS ALA TRPT GLUT
LIS GLUT ALA TRPT
LIS GLUT TRPT ALA
LIS TRPT ALA GLUT
LIS TRPT GLUT ALA
TRPT ALA GLUT LIS
TRPT ALA LIS GLUT
TRPT GLUT ALA LIS
TRPT GLUT LIS ALA
TRPT LIS ALA GLUT
TRPT LIS GLUT ALA

4!
NMERO DE PPTIDOS QUE SE PUEDEN FORMAR
CON CUATRO AMINOCIDOS
Protenas de transporte.

Enzimas.

Protenas que sirven para almacenar energa.

Protenas contrctiles.

Protenas estructurales.

Protenas de defensa.

Protenas reguladoras.
CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS
CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS

Protenas conjugadas.

Protenas simples.


A la parte no aminoacdica de una
protena conjugada, se le conoce
con el nombre de grupo prosttico.
CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS
ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTENAS
Ya se ha visto ampliamente el concepto de que las protenas
estn hechas de secuencias especficas de 20 aminocidos;
dicho en otras palabras: todas las molculas de una determinada
protena son idnticas en cuanto al nmero de aminocidos que
las forman y por lo que respecta a la secuencia que tienen stos
en la estructuracin de la cadena polipeptdica. Una protena es
diferente de otra por el nmero de aminocidos que contiene y la
secuencia en la que stos se encuentran. Cuando se habla de la
secuencia que tienen los aminocidos que componen una
protena nos referimos a la estructura primaria de la misma.
Primary Structure


PROTEINA


PESO MOLECULAR

NUMERO DE
RESIDUOS

Insulina de bovino

5,733

51

Ribonucleasa de bovino

12,640

124

Lisozima de la clara de huevo

13,930

129

Mioglobina de corazn de caballo

16,890

153

Quimotripsina de pncreas de bovino

22,600

241

Hemoglobina de humano

64,500

574

Albmina srica de humano

68,500

550

Hexoquinasa de levaduras

96,000

800

- globulina de caballo

149,900

1250

Deshidrogenasa glutmica de bovino

1,000,000

8300

Nmero de aminocidos existentes en algunas
protenas y el peso molecular de las mismas.
AMINOACIDO

Citocromo c

Quimotripsinogeno

ALANINA

6

22

ARGININA

2

4

ASPARAGINA

5

15

ASPARTICO

3

8

CISTEINA

2

10

GLICINA

2

10

GLUTAMICO

8

5

GLICINA

13

23

HISTIDINA

3

2

ISOLEUCINA

8

10

LEUCINA

6

19

LISINA

18

14

METIONINA

3

2

FENILALANINA

3

6

PROLINA

4

9

SERINA

2

28

TREONINA

7

23

TRIPTOFANO

1

8

TIROSINA

5

4

VALINA

3

23

TOTAL

104

245

En esta tabla se encuentra la cantidad que tienen de
cada uno de los 20 aminocidos dos protenas diferentes.
La fuerza que mantiene a la estructura primaria
es el enlace peptdico.
Como resultado de todas las observaciones
que se han realizado es posible afirmar que, en
su estado nativo, las molculas de una misma
protena tienen una sola conformacin
(conformacin nativa).
An ms, cuando por un cambio fsico qumico
se pierde la conformacin nativa la protena
pierde su funcin.
ESTRUCTURA SECUNDARIA DE LAS PROTEINAS
Estructura de las - queratinas. (- hlice)
Al grupo de las - queratinas pertenecen
muchas protenas bastante conocidas: pelo,
plumas, escamas, cuernos de bovino, uas,
garras etc. Son compuestos que son sintetizados
por las clulas de la epidermis. La estructura en
el espacio que adoptan ste tipo de protenas se
conoce con el nombre de - hlice y bsicamente
es una estructura helicoidal. La hlice tiene 3.6
residuos de aminocido por vuelta por lo que
tambin se le ha llamado hlice 3.6.
ESTRUCTURA DE UNA -QUERATINA
Qu son y para que sirven los puentes de H?
Alpha-Helix
Residues per
turn: 3.6
Rise per residue:
1.5 Angstroms
Rise per turn
(pitch): 3.6 x 1.5A
= 5.4 Angstroms
amino hydrogen
H-bonds with
carbonyl oxygen
located 4 AAs
away forms 13
atom loop
Right handed
helix
Alpha-Helix
Side chain groups
point outwards from
the helix
AAs with bulky side
chains less common in
alpha-helix
Glycine and proline
destabilizes alpha-
helix

-Helix
H
|
N
C
||
O
H
|
N
C
||
O
H
|
N
C
||
O
C
||
O
H
|
N
C
||
O
H
|
N
C
||
O
H
|
N
C
||
O
C
||
O
C
||
O
H
|
N
H
|
N
H
|
N
Every amide hydrogen
and carbonyl oxygen is
involved in a hydrogen
bond.

Hair, hair, long, beautiful hair
skin too
Por qu las - queratinas adoptan la conformacin
de una hlice y no otra?

Se podra pensar que la conformacin se encuentra
almacenada en los genes, pero est ampliamente
confirmado que ellos codifican exclusivamente para
la estructura primaria de una protena. Mas bien la
respuesta correcta se orienta a afirmar que: la
conformacin de una protena es finalmente el
resultado de la abundancia de determinados
aminocidos y la poca cantidad de otros y que la
cadena polipeptdica se ordena en el espacio en la
forma en que representa el mnimo estado de energa
posible.

PERMITEN - HELICE
ESTABLE

DESESTABILIZAN LA -
HELICE

ROMPEN LA - HELICE

Alanina

Serina

Prolina

Leucina

Isoleucina

Hidroxiprolina

Fenilalanina

Treonina



Tirosina

Acido glutmico



Triptofano

Acido asprtico



Cisteina

Lisina



Metionina

Arginina



Histidina

Glicina



Asparagina





Glutamina





Valina





Aminocidos que permiten, desestabilizan o destruyen el -
hlice.
Otra caracterstica de las - hlices es su
abundancia en residuos de cistena. Este aminocido
tiene un sulfidrilo (-SH) en el grupo R y como se ha
visto en el captulo anterior, dos de estos grupos
pueden reaccionar entre s para formar un puente
disulfuro (-S-S-). Tal caracterstica permite que dos
cadenas polipeptdicas queden unidas entre s
mediante la formacin de puentes disulfuro
intercadena. Un cabello, una ua o un cuerno, en
realidad son una gran cantidad de polipptidos
unidos entre s mediante puentes disulfuro
intercadena. Mientras mayor nmero de puentes
disulfuro existan (mas cistena en la cadena
polipeptdica), la estructura formada es mas rgida.

ESTRUCTURA DE HOJAS PLEGADAS
Las cadenas polipeptdicas que
forman estas protenas tienen
muy poca cistena y son ricas
en aminocidos que
desestabilizan al - hlice por lo
que tienen que adoptar una
conformacin diferente. En este
caso se establecen puentes de
hidrgeno intercadena, es
decir, de una cadena
polipeptdica a otra, que
mantienen unidos a varias
cadenas entre s sobre un
mismo plano, pareciendo una
hoja de papel plegada. Como
ejemplo de stas protenas se
tiene a la fibrona de la seda.

Beta-Sheets
Beta-sheets
formed from
multiple side-by-
side beta-strands.
Can be in parallel
or anti-parallel
configuration
Anti-parallel beta-
sheets more stable
Beta-Sheets
Side chains point alternately above and below the
plane of the beta-sheet
2- to 15 beta-strands/beta-sheet
Each strand made of ~ 6 amino acids
b-Sheet: The polypeptide chain is held in place
by hydrogen bonds between pairs of peptide units
along neighboring backbone segments.

ESTRUCTURA DEL COLGENO
Las fibras de colgeno son
muy pobres en cistena y
muy ricas en prolina y en el
aminocido raro conocido
con el nombre de
hidroxiprolina, que como se
aprecia en la tabla 5.3 son
los que destruyen la -
hlice. Por ello las cadenas
polipeptdicas no pueden
adoptar la conformacin de
las - o b- queratinas. Al no
haber cistena tampoco se
pueden establecer puentes
disulfuro que unan cadenas
entre s mediante este
mecanismo.

Las cadenas polipeptdicas del
colgeno estn mucho ms
extendidas que en los dos grupos
estudiados anteriormente: se unen
tres cadenas, mediante puentes de
hidrgeno intercadena, para
formar una hlice de triple
trenzado.
ESTRUCTURA DEL COLGENO
ESTRUCTURA DEL COLGENO
ESTRUCTURA DEL COLGENO
ESTRUCTURA DEL COLGENO
Los genes codifican nicamente
para la estructura primaria de una
protena, la conformacin es un
producto del tipo de aminocidos
que la componen y del medio en el
que se encuentra.

ESTRUCTURA TERCIARIA
Una protena fibrosa nicamente tiene
estructura primaria y secundaria, pero
las globulares, adems, tienen
estructura terciaria, la cual se produce
plegando una estructura secundaria
hasta obtener un arreglo muy
compacto y pequeo, comparado con
la fibra original.

A diferencia de las protenas fibrosas, que
desempean un papel pasivo y esqueltico, las
globulares tienen una accin ms directa en el
funcionamiento de los sistemas vivientes, ya que
en este grupo se encuentran las enzimas, los
anticuerpos, algunas hormonas acarreadoras
etc. Por lo general estas protenas son solubles
en agua o se encuentran asociadas a las
membranas. Para ser funcionales estas
protenas tambin requieren tener una
conformacin nativa.
VAL LEU SER GLU GLY GLU TRP GLN LEU VAL LEU
HIS VAL TRP ALA LYS VAL GLU ALA ASP VAL ALA
GLY HIS GLY GLN ASP ILE LEU ILE ARG LEU PHE
LYS SER HIS PRO GLU THR LEU GLU LYS PHE ASP
ARG PHE LYS HIS LEU LYS THR GLU ALA GLU MET
LYS ALA SER GLU ASP LEU LYS LYS HIS GLY VAL
THR VAL LEU THR ALA LEU GLY ALA ILE LEU LYS
LYS LYS GLY HIS HIS GLU ALA GLU LEU LYS PRO
LEU ALA GLN SER HIS ALA THR LYS HIS LYS ILE
PRO ILE LYS TYR LEU GLU PHE ILE SER GLU ALA
ILE ILE HIS VAL LEU HIS SER ARG HIS PRO GLY
ASP PHE GLY ALA ASP ALA GLN GLY ALA MET ASN
LYS ALA LEU GLU LEU PHE ARG LYS ASP ILE ALA
ALA LYS TYR LYS GLU LEU GLY TYR GLN GLY
ESTRUCTURA PRIMARIA DE LA MIOGLOBINA
MODELO DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA DE LA
MIOGLOBINA
MODELO DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA DE LA
MIOGLOBINA
Qu fuerzas mantienen la estructura
terciaria de una protena?,

Puentes de hidrgeno intracadena.

Puentes disulfuro intracadena.

Interacciones de tipo sal.
Qu fuerzas mantienen la estructura
terciaria de una protena?
- S - S -
Salt bridge
Sulfide
Crosslink
Hydrogen
bonding
Hydrophobic
interaction
-COO
-
H
3
N
+
-
Non-covalent forces drive the folding pathway
and maintain the final 3D structure. Hydrogen bonds, ionic bonds,
and van der Waal attractions
The side chains drive the folding.
Hydrogen bonding is the most important.
While low energy, lots of em.
Aminocidos altamente hidrfilos, que
se encuentran principalmente en el
exterior de las protenas globulares.

Aminocidos altamente hidrfobos,
que se encuentran principalmente en
el interior de las protenas globulares.

Aminocidos de polaridad intermedia,
que se pueden encontrar tanto en el
interior como en el exterior de las
protenas globulares.

Acido asprtico

Fenilalanina

Prolina

Acido glutmico

Leucina

Treonina

Asparagina

Isoleucina

Serina

Glutamina

Metionina

Cisteina

Lisina

Valina

Alanina

Arginina

Triptofano

Glicina

Histidina



Tirosina

Algunas protenas estn formadas por
la asociacin de dos o ms cadenas
polipeptdicas: la hemoglobina de los
mamferos tiene cuatro sub-unidades y
un peso molecular de 64,500. El
complejo de la deshidrogenasa
pirvica posee 72 cadenas, con un peso
molecular de 4,600,000. La estructura
cuaternaria se refiere a las protenas
que tienen en su estructura mas de una
cadena polipeptdica.
MODELO DE LA ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA
MODELO DE LA ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA
Take for example: hemoglobin, four oxygen carrier, heterotetramer
4 Basic Levels of Protein Structure
En reiteradas ocasiones, durante la
discusin de los diferentes arreglos en
el espacio que adoptan las protenas,
se ha insistido en que la funcionalidad
de una protena depende de su
conformacin en el estado nativo. Si
sta se pierde, para pasar a un arreglo
al azar (se desnaturaliza), se pierde la
actividad.
Qu es la desnaturalizacin de una protena.
DESNATURALIZACIN DE UNA
PROTENA
Cuando se cambian
algunos factores del
medio ambiente, tales
como pH, temperatura o
la concentracin de
algunos compuestos en
solucin, la
conformacin nativa de
una protena se pierde y
pasa a un arreglo en el
espacio al azar, este
fenmeno recibe el
nombre de
desnaturalizacin.

Each protein has a unique 3D structure
determined by the order of the amino acids.
Determining how the order of a.a. drives folding and
determines the shape of a protein is the holy grail of
protein chemistry.
Denaturation/renaturation studies have been informative.
Take home lesson: Proteins seek structures
that have minimal free energy.
Can all denatured proteins be
renatured?
Renaturation
results in
regaining
structure and
function
1 2 3
Los cambios de pH hacia el rango alcalino o cido
pueden provocar la desnaturalizacin de una
protena.
ARBOLES GENEALOGICOS MOLECULARES
ENFERMEDES PRODUCIDAS POR
PROTEINAS ANORMALES

Sickle Cell Anemia
Sequestering hydrophobic residues in
the protein core protects proteins from
hydrophobic agglutination.
Structural Motifs
Often the individual elements of
secondary structure (-helix or b-sheet)
combine into stable functional units -
supersecondary structure or motifs

Some examples
motif helix - loop - helix
bb motif b sheet - loop - b sheet
bb motif b sheet - loop - helix -
loop - b sheet.
motif
bb motif
bb motif
These structure motifs are often associated with specific
biological functions.

For exp., motif or helix-turn-helix often exists in
transcription factors as DNA binding domain.


Domains

Some polypeptide chains may fold into
two or
more compact globular regions, which are
connected by a flexible piece of peptide
like beads on a string.

Each of these beads is called a domain
which is often a functional unit of a
protein.