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La conducta de

las protenas:
Enzimas
Catlisis enzimtica
Enzima: catalizador biolgico
Con la excepcin de algunos RNAs que catalizan su
propio corte y empalme (splicing), todas las enzimas son
protenas
Las enzimas pueden incrementar la velocidad de la
reaccin por un factor de hasta 10
20
sobre una reaccin
sin catalizar
Algunas enzimas son tan especficas que catalizan la
reaccin de solamente un estereoismero; otras son
capaces de catalizar una familia de reacciones similares
La velocidad de una reaccin depende de su
energa de activacin, DG
Una enzima proporciona una va alterna con una
energa de activacin ms baja
Catlisis enzimtica
Para que una reaccin tenga lugar a presin y
temperatura constantes, por ejemplo, en el cuerpo

el cambio en energa libre es


El cambio en energa libre se relaciona a la
constante de equilibrio, K
eq
, mediante la ecuacin


A B
DG = DH - T DS
DG = RT ln K
eq
Perfil de energa de activacin
Figura 1: Una enzima altera la velocidad de una reaccin,
pero no su cambio de energa libre o la posicin del
equilibrio
Catlisis enzimtica
Considere la reaccin y observe la velocidad
relativa

H
2
O
2
H
2
O + O
2
No catalyst
Platinum surface
Catalase
75. 2 18. 0
48. 9 11. 7
23. 0 5. 5
Activation e nergy
(kJ/mol)
(kcal/mol)
Relative
rate*
1
2. 77 x 10
4
6. 51 x 10
8
Reaction
Conditions
* Rates are given in arbitrary units relative to
a value of 1 for the uncatalyzed reaction at 37C
La tercera columna nos habla del nmero de molculas de sustrato
transformadas a producto por segundo de actividad enzimtica.
Observe ahora el cambio de energa libre. Mientras ms
bajo sea el valor de la energa de activacin, ms rpida
ser la reaccin.
Catlisis enzimtica
En una reaccin catalizada por enzima
substrato, S: es la sustancia sobre la cual acta
la enzima para transformarla en producto
Sitio activo: pequea porcin de la superficie de
la enzima donde el o los sustratos se enlazan
mediante fuerzas no covalentes, por ejemplo,
puentes de hidrgeno, atracciones
electrostticas, atracciones de van der Waals
E + S
ES
enzyme-substrate
complex
Nomenclatura:
En la terminologa de enzimas, el sufijo o
terminacin asa indica una enzima
Clasificacin:
Existen seis clases principales de enzimas,
segn el tipo de reaccin que catalizan
Clase 1
Clase 2
Clase 3
Clase 4
Clase 5 y Clase 6
Las enzimas son
altamente
estereoespecficas.
Con esto nos
referimos a que son
capaces de
reconocer entre
estereoismeros.
Algunas enzimas requieren de molculas
orgnicas pequeas o de iones metlicos
como cofactores para llevar a cabo su
funcin.

Cuando se trata de la porcin proteica sola,
reciben el nombre de apoenzimas

Cuando la porcin proteica tiene unido su
cofactor, se llaman holoenzimas

Ahora veamos algunos tipos de cofactores.
Catlisis enzimtica
Se han desarrollado tres modelos para describir la
formacin del complejo enzima-sustrato
Modelo de la llave y la cerradura (modelo de Fischer): el
sustrato se enlaza a aquella porcin de la enzima con
una forma complementaria

Modelo del ajuste inducido (modelo de Koshland): el
enlace del sustrato induce un cambio en la
conformacin de la enzima que resulta en un ajuste
complementario

Modelo actual: Ocurren cambios conformacionales tanto
en la enzima como en el sustrato los cuales resultan en
ajustes complementarios.
Modelo de
Fischer de la
llave y la
cerradura.
Observa que
la estructura
propuesta del
sustrato es
complementa
ria a la
conformacin
del sitio
activo de la
enzima.
Modelo de
Koshland o del
ajuste inducido.
Observa que la
conformacin del
sitio activo de la
enzima
aparentemente
no es
complementaria
a aquella del
sustrato, pero
una vez que
ambos se
reconocen, la
forma del sitio
activo de la
enzima se ajusta
al sustrato.
Es el estudio de la velocidad de las
reacciones catalizadas por enzimas.

Se determinan parmetros cinticos
importantes como: pH y temperatura
ptimas, concentracin de enzima y
concentracin de sustrato, donde sta
ltima sirve para determinar la K
M
y la V
mx
,
y tambin se estudia el efecto de los
inhibidores sobre la velocidad de la
reaccin enzimtica.
La ecuacin de Michaelis-Menten es:




Donde V= velocidad inicial
V
mx
= velocidad mxima
K
M
= constante de Michaelis-Menten
[S]= concentracin de sustrato
Si se realiza una representacin grfica se
obtiene:
V
max
[S]
V =
K
M
+ [S]
=
V
max
[S]
[S] + [S]
=
V
max
2
Hay que observar que K
M
es la concentracin de sustrato que produce la
mitad de V
mx
y que tiene unidades de [S] (moles/L).
Pero, cmo llegamos experimentalmente a esto?
Preparamos una serie
de tubos que
contendrn
concentraciones
conocidas cada vez
mayores, de sustrato
y mediremos la
velocidad de
formacin del
producto de la
reaccin enzimtica.
Obviamente, hay que
preparar un tubo
testigo.
Hay que tomar muy
en cuenta que lo que
se est evaluando
aqu es la velocidad
de la reaccin
catalizada por la
enzima.
De la grfica anterior
podemos obtener dos
parmetros cinticos
muy importantes: V
mx

y K
M
.
La V
mx
nos servir
para determinar el
valor medio de la
misma y tiene
unidades de velocidad.
El otro parmetro, K
M
,
tiene unidades iguales
a las de [S].


Si K
M
es la
concentracin de
sustrato que produce
V
mx
pero tambin
nos indica la afinidad
de la enzima por su
sustrato, tenemos que
mientras menor sea el
valor de K
M
mayor ser
la afinidad de la
enzima por su
sustrato.
Es difcil determinar experimentalmente a V
mx
La ecuacin para una hiprbola



Puede ser transformada en una ecuacin para una lnea
recta tomando el recproco de cada lado de la igualdad

V
1
=
K
M
+ [S]
V
max
[S]
=
K
M
[S]
V
max
[S] V
max
[S]
+
V
1
=
K
M
V
max
[S] V
max
+
1
V
max
[S]
V =
K
M
+ [S]
(an equation for a hyperbola)
Representacin deLineweaver-Burk
La cual tiene la forma y = mx + b, que es la ecuacin de
una lnea recta




una representacin de 1/V versus 1/[S] nos dar una
lnea recta con pendiente K
M
/V
mx
y un intercepto en el
eje y de 1/V
mx

Tal representacin se conoce como del doble recproco
de Lineweaver-Burk
V
1
=
V
max
+
1
V
max
[S]
1
y
m x +
b
V
1
=
K
M

Representacin de Lineweaver-Burk
V
1
[S]
1
x intercept =
y intercept =
1
V
max
-1
K
M
slope =
K
M
V
max
K
M
es la constante de disociacin para ES; mientras
mayor sea el valor de K
M
, ms dbilmente se une S a E
V
mx
es el nmero de recambio
Nmeros de recambio y K
M
Tabla 2: Valores para algunas enzimas tpicas
Enzyme
Function
Catalase Conve rsion of
H
2
O
2
to H
2
O + O
2
4 x 10
7
25
Carbonic
anhydrase
Hydration of CO
2
1 x 10
6
12
Acetylcholin-
esterase
Regeneration
of acetylcholine
1. 4 x 10
4
9. 5 x 10
-2
Chymotrypsin Proteolytic enzyme 1. 9.x 10
2
6. 6 x 10
-1
Lysozyme Hydrolysis of
bacterial cell wall
polysaccharides
0. 5
6 x 10
-3
K
M
(mmol liter
-1
)
Turnover numbr
[(mol S) (mol E)
-1
s
-1
]
Inhibicin enzimtica
Inhibidor reversible: una sustancia se une a una
enzima para inhibirla, pero se puede liberar
Inhibidor competitivo: se enlaza al sitio activo (cataltico)
y bloquea el acceso del sustrato a l
Inhibidor no competitivo: se enlaza a un sitio diferente al
activo; inhibe a la enzima al cambiar su conformacin

Inhibidor irreversible: sustancia que causa
inhibicin que no puede ser revertida
Usualmente involucra la formacin o ruptura de enlaces
covalentes en o sobre la enzima
Inhibicin competitiva
V
1
[S]
1
x intercepts
y intercept =
1
V
max
slope =
K
M
V
max
No inhibition
Competitive
inhibition
-1
K
M
-1
K
M
1 +
[I]
K
I
K
M
V
max
1 +
[I]
K
I
slope =
Inhibicin no competitiva
V
1
[S]
1
x intercept
y intercept =
1
V
max
slope =
K
M
V
max
No inhibition
Noncompetitive
inhibition
-1
K
M
K
M
V
max
1 +
[I]
K
I
slope =
y intercept =
1
V
max
1 +
[I]
K
I
Inhibicin acompetitiva
A continuacin se muestra una tabla con un resumen de las
caractersticas cinticas de la inhibicin reversible.
Una enzima
acelera la
velocidad de una
reaccin, pero es
importante
evaluar la V
o
o
velocidad inicial
de la misma para
que esta sea
directamente
proporcional a la
[E].

El pH afecta a las
enzimas en la
misma forma en
que lo hace con
cualquier protena.
Puedes recordar
cmo es esto?

En la grfica
siguiente
observars que a
pHs extremos la
enzima pierde su
actividad. Por qu?
Explcalo.
Ya te quedaste picado? Pues entonces explica las caractersticas de los
aminocidos que forman los sitios activos de las enzimas cuyas grficas se muestran
arriba y tambin algo respecto a la altura del tracto digestivo en el cual tienen su
funcin, as como por qu se inactivan al cambiar de su sitio de accin.
Si sigues
sintindote el
non plus
ultra de la
bioqumica,
entonces
explica la
siguiente
grfica:
Enzimas alostricas
Son enzimas que no siguen la cintica de Michaelis-
Menten, pues su cintica es sigmoidal (ver figura
siguiente).

Normalmente son enzimas reguladoras de la
velocidad de las vas metablicas.

Tienen efectores (+) que las activan.

Tienen efectores (-) que las inactivan.
Conce ntration of aspartate (S)
R
e
a
c
t
i
o
n

v
e
l
o
c
i
t
y

(
V
)
maximum velocity
Note sigmoidal shape,
which, as we will see ,
is one characteristic of
allosteric enzyme s
Cintica sigmoidal caracterstica de una enzima
alostrica
Recuerda que las
enzimas alostricas
tienen efectores (+)
y (-) que se unen
en sitios sobre la
enzima que no son
el sitio activo y por
lo tanto, pueden
regular la actividad
de la enzima.
Esta es la representacin
de una enzima.
Observa que hay
aminocidos muy lejanos
en la secuencia lineal del
polipptido, pero que al
plegarse ste quedan
uno frente a otro para
formar el sitio activo o
bolsillo de
especificidad, que es el
lugar en la enzima en el
que se une el sustrato
para ser transformado a
producto