ASAM AMINO DAN

PROTEIN
PERTEMUAN KE-4

ASAM AMINO
merupakan unit penyusun
protein
Struktur:
satu atom C sentral yang
mengikat secara kovalent:

gugus amino,

gugus karboksil,

satu atom H dan

rantai samping (gugus R)

 Gugus R rantai samping yang berbeda-beda pada setiap

jenis asam amino
Gugus R yang berbeda-beda tersebut menentukan:
-. Struktur
-. Ukuran
-. Muatan elektrik
-. Sifat kelarutan di dalam air

ASAM AMINO AMFOTER

Asam amino dapat berperan sebagai asam
(mendonorkan proton pada basa kuat) dan dapat
berperan sebagai basa (menerima proton dari asam
kuat)
Bentuk kesetimbangan :
HO
RCHCOOH

H
NH3+

pH rendah

RCHCOO

HO
H

RCHCOO

NH3+

NH2

pH netral

pH tinggi

JENIS-JENIS ASAM AMINO YANG MEMILIKI

KODE GENETIK
Alanine A, Ala
Arginine R, Arg
Asparagine N, Asn
Aspartic acid D, Asp
Cysteine C, Cys
Glutamine Q, Gln
Glutamic Acid E, Glu
Glycine G, Gly
Histidine H, His
Isoleucine I, Ile

Leucine L, Leu
Lysine K, Lys
Methionine M, Met

Phenylalanine F, Phe
Proline P, Pro
Serine S, Ser

Threonine T, Thr
Tryptophan W, Trp
Tyrosine Y, Tyr
5

Valine V, Val

Essential Amino Acids:

20 asam amino tersebut sangat

penting bagi sintesis protein.

Isoleucine

Hanya 10 jenis asam amino yang

dapat disintesis oleh sistem tubuh
manusia dan sisa harus diperoleh
dari
makanan
(asam
amino
esensial).

Methionine

Leucine
Lysine
Phenylalanine

Threonine
Tryptophan a
Valine
Arginine b

Histidine b
a

Biochemistry 3070 Amino Acids & Proteins

Aromatic

Probably essential

KLASIFIKASI ASAM AMINO

Diklasifikasikan berdasar gugus R (rantai samping)
Biasanya sifat-sifat seperti: hidrofobik/hidrofilik, polar/non
polar, ada/tidaknya gugus terionisasi
AROMATIK
NON
POLAR

Asam amino

BASIC (+)

ACIDIC (-)

POLAR

ASAM AMINO NON POLAR

Memiliki gugus R alifatik
Glisin, alanin, valin, leusin, isoleusin dan prolin
Bersifat hidrofobik. Semakin hidrofobik suatu asam amino seperti Ile (I)
biasa terdapat di bagian dalam protein.
Prolin berbeda dgn asam amino siklis. Tapi mempunyai byk
kesamaan sifat dgn kelompok alifatis ini.
Umum terdapat pada protein yang berinteraksi dengan lipid

ASAM AMINO POLAR

Memiliki gugus R yang tidak bermuatan

Serin , threonin, sistein, metionin, asparagin, glutamin
Bersifat hidrofilik mudah larut dalam air
Cenderung terdapat di bagian luar protein
Sistein berbeda dgn yg lain, karena ggs R terionisasi pada
pH tinggi (pH = 8.3) sehingga dapat mengalami oksidasi
dengan sistein membentuk ikatan disulfide

ASAM AMINO DENGAN GUGUS R

AROMATIK

Fenilalanin, tirosin dan triptofan

Bersifat relatif non polar hidrofobik
Fenilalanin bersama dgn V, L & I a.a plg hidrofobik
Tirosin gugus hidroksil , triptofan cincin indol
Sehingga mampu membentuk ikatan hidrogen penting untuk
menentukan struktur ensim
Asam amino aromatik mampu menyerap sinar UV 280 nm sering
digunakan utk menentukan kadar protein

ASAM AMINO DENGAN GUGUS R BERMUATAN

POSITIF
Lisin, arginin, dan histidin
Mempunyai gugus yg bersifat basa pada rantai
sampingnya
Bersifat polar terletak di permukaan protein dapat
mengikat air.
Histidin mempunyai muatan mendekati netral (pada
gugus imidazol) dibanding
lisin gugus amino
arginin gugus guanidino

Karena histidin dapat terionisasi pada pH mendekati pH

fisioligis sering berperan dalam reaksi enzimatis yang
melibatkan pertukaran proton

ASAM AMINO DENGAN GUGUS R BERMUATAN

NEGATIF
Aspartat dan glutamat
Mempunyai gugus karboksil pada rantai sampingnya
bermuatan (-) / asam

 Pada asam amino yang gugus R (rantai samping)

bermuatan menyebabkan asam amino-asam amino
ini pada pH 7,4 berada dalam bentuk ionik
L - aspartat
bermuatan - 1
L - glutamat
L - lysin
bermuatan + 1
L - arginin

 Muatan total asam amino dalam larutan akan

menentukan kelarutannya, sebagai fungsi pH.
pH dimana asam amino mempunyai muatan = 0 (tidak
bermuatan) disebut pH isoelektrik (pI).

Pada pI, kelarutan asam amino <<<, oleh karena itu

pada pI asam amino akan mengendap.

PH ISOELEKTRIK ASAM AMINO

Asam Amino

Gugus Terionisasi

pH Isoelektrik

As. Aspartat

Karboksil

2,98

As. Glutamat

Karboksil

3,08

Histidin

Imidazol

7,64

Sistein

Tiol

5,05

Tirosin

Fenol

5,63

Lisin

Amino

9,47

Arginin

Amino

10,76

FUNGSI PH ISOELEKTRIK (PI)

Untuk mengkristalkan asam amino/protein pengendapan

isoeletrik

Dengan mengetahui titik isoelektrik dapat meramalkan proses

migrasi protein dalam medan elektrik sebagai dasar untuk
pemisahan asam amino dengan elektroforesis.

Asam Amino Test

1.Solubility test.
2. Ninhydrin test: for -L amino acids.
3. Xanthoproteic test: for Aromatic amino acids.
4. Millon's test: for amino acids containing hydroxy phenyl group
5.Sakaguchi Test.
6. Lead sulfite test: detection of amino acids containing sulfhydral
group (- SH)

IKATAN PEPTIDA
Ikatan yang menghubungkan 2 asam amino melalui gugus
karboksil dari satu asam amino dengan gugus amino dari asam
amino yang lain.
O
C O- + +H3N

+H3N CH2

O
CH

CH3
alanin O

glysin
O
+H3N

C
H2

N-terminal

H
N

C
CH3

ikatan peptida

gly - ala
(glysinalanin)

+ H2O

C-terminal

IKATAN PEPTIDA
Berdasarkan konvensi ikatan peptida ditulis dengan asam amino yg
mempunyai NH3+ bebas (sebelah kiri) dan as. Amino dg gugus
COO- bebas (sebelah kanan)
Molekul yang mengandung 2 asam amino dg 1 ikatan peptida
disebut dipeptida
Molekul mengandung 3 asam amino disebut tripeptida. Ada
tetrapeptida, pentapeptida, dst.
Uji protein yaitu Biuret dan Lowry berdasarkan ada atau tidaknya
ikatan peptida.

IKATAN SULFIDA
Disamping ikatan peptida, ikatan kovalen lain
diantara as. Amino dlm peptida dan protein adalah
ikatan disulfida.
Ikatan disulfida adalah ikatan tunggal -SS-.
Ikatan disulfida menghubungkan 2 unit sisteina.
Senyawa peptida alam yang mengandung ikatan
disulfida : Oksitosin, vasopresin.
Oksitosin: hormon yang mengatur kontraksi uterus
dan laktasi untuk merangsang kelahiran bayi

STRUKTUR PROTEIN
1. Struktur primer : urutan linear asam amino dalam rantai polipeptida
2. Struktur sekunder (mencakup heliks- dan lembar-) : terdiri atas
daerah-daerah lokal rantai polipeptida yg mpy konformasi reguler yg
distabilkan oleh ikatan hidrogen
3. Struktur tersier : konformasi 3 dimensi total dr keseluruhan rantai
polipeptida (mencakup heliks-, lembar- dan daerah berbtk
globuler)

4. Struktur kuartener : konformasi 3 dimensi suatu protein

multisubunit yg terdiri atas sejumlah rantai polipeptida disatukan
oleh interaksi nonkovalen berupa interaksi elektrostatik, hidrofobik,
dan ikatan hidrogen.

STRUKTUR SEKUNDER -HELIKS

STRUKTUR SEKUNDER B-SHEET

STRUKTUR TERSIER

Jembatan disulfida
Terbentuk oleh 2 residu cystein
Bisa dalam satu polipetida atau
antar polipeptida

STRUKTUR TERSIER
Interaksi antar rantai samping residu asam amino juga berperan dalam
terbentuknya struktur tersier

STRUKTUR KUARTERNER

Haemoglobin (4 polipeptida)

MACAM DAN FUNGSI PROTEIN

1. Protein Regulator / Bioregulator( Hormon)
2. Biokatalisator ( Enzim )
3. Protein Transport: Hb, Alb, Lipoprotein, Transferin, protein

4.
5.
6.
7.

integral membran
Protein Kontraktil: aktin dan miosin
Protein Struktural: kolagen,tubulin,keratin,glikoprotein
Protein Pelindung dan pertahanan:
antibody/Immunoglobulin (Ig), interferon, perforin,
interleukin (IL), fibrinogen
Protein Reseptor

METHODS IN PROTEIN
BIOCHEMISTRY

GEL ELECTROPHORESIS

TWO-DIMENSIONAL GEL
ELECTROPHORESIS
Separate proteins based on isolectric point in 1st dimension

Separate proteins based on molecular weight in 2nd dimension

SALTING OUT: AMMONIUM SULFATE

PRECIPITATION IN PROTEIN
FRACTIONATION

CENTRIFUGATION
Centrifugation Methods

Differential (Pelletting) simple

method for pelleting large
particles using fixed-angle rotor
(pellet at bottom of tube vs.
supernatant solution above)
Zonal ultracentrifugation (e.g.,
sucrose-gradient) swingingbucket rotor
Equilibrium-density gradient
ultracentrifugation (e.g., CsCl)
swinging-bucket or fixed-angle
rotor

SUCROSE-GRADIENT PREPARATIVE
ULTRACENTRIFUGATION

COLUMN CHROMATOGRAPHY

Flow-through

Eluate

DIFFERENT TYPES OF CHROMATOGRAPHY

Gel filtration/size exclusion/molecular sieve - separates by size (molecular weight) of proteins
Ion exchange (cation exchange and anion exchange) - separates by surface charge on proteins

Cation exchange: separates based on positive charges of solutes/proteins, matrix is

negatively charged
Anion exchange: separates based on negative charges of solutes/proteins, matrix is
positively charged

Hydrophobic interaction - separates by hydrophobicity of proteins

Affinity - separates by some unique binding characteristic of protein of interest for affinity
matrix in column

ION-EXCHANGE
CHROMATOGRAPHY

GEL FILTRATION
CHROMATOGRAPHY

AFFINITY CHROMATOGRAPHY