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Estructura de
protenas, 1
Estructura primaria
5-AAGGGTACCCAACATTTAGTT-3
3-TTCCCATGGGTTGTAAATCAA-5
DNA
5-AAGGGUACCCAACAUUUAGUU-3
RNA
Lys.Gly.Ser.Gln.His.Leu.Val C
Protena
GIVEQCCASVCSLYQLENYCN
S
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKA
N H C
C
N H C
C
CH2
CH2
S
SO3H
HCO3H
S
SO3H
CH2
C
N H C
H
CH2
C
N H C
H
N H C
C
H
N H C
C
N H C
C
CH2
CH2
CH2
COOCOO-
SH
CH2
CH2
C
N H C
C
N H C
ICH2 COOH
SH
DTT
CH2
CH2
S
CH2
C
N H C
H
H 2N
C
R1
NO2
O
HN
O2N
NO2
O2N
HN
C
R1
R1
R2
N
R3
N
R3
R2
COOH
+
NO2
R2
H 2N
COOH
+
H 2N
COOH
R3
Tripsina
---.---.---.Lys.---.---.---
---.---.---.Arg.---.---.---
---.---.---.Phe.---.---.-----.---.---.Tyr.---.---.-----.---.---.Trp.---.---.-----.---.---.Leu.---.---.---
Quimotripsina
Rotura enzimtica
de polipptidos
C
R
R
N
C
CH2
R
N
C
R
R
N
C
R
CH2
BrCN
S
CH3
C
R
N
O
H2N
C
O
C
R
R
N
C
R
H 2N
C
R1
Feniltioisocianato
R2
N
C
R3
R4
N
Pptido (n)
S H
N C N
C
R1
PTC-pptido
R2
N
C
R3
R4
N
cido diludo
R2
S
NH
N
PTH-aminocido
+
R1
H 2N
C
O
C
R3
R4
N
Pptido (n-1)
10
20
30
40
50
60
|
|
|
|
|
|
PYQYPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ
70
80
90
100
110
120
|
|
|
|
|
|
LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADDG RPFPQVIKSK GGVVGIKVDK GVVPLAGTNG
130
140
150
160
170
180
|
|
|
|
|
|
ETTTQGLDGL SERCAQYKKD GADFAKWRCV LKIGEHTPSA LAIMENANVL ARYASICQQN
190
200
210
220
230
240
|
|
|
|
|
|
GIVPIVEPEI LPDGDHDLKR CQYVTEKVLA AVYKALSDHH IYLEGTLLKP NMVTPGHACT
250
260
270
280
290
300
|
|
|
|
|
|
QKFSHEEIAM ATVTALRRTV PPAVTGITFL SGGQSEEEAS INLNAINKCP LLKPWALTFS
310
320
330
340
350
360
|
|
|
|
|
|
YGRALQASAL KAWGGKKENL KAAQEEYVKR ALANSLACQG KYTPSGQAGA AASESLFVSN
HAY
(A)
(R)
(N)
(D)
(C)
(Q)
(E)
(G)
(H)
(I)
(L)
(K)
(M)
(F)
(P)
(S)
(T)
(W)
(Y)
(V)
42
15
14
14
8
17
24
30
9
20
34
26
3
8
19
20
22
3
13
22
11.6%
4.1%
3.9%
3.9%
2.2%
4.7%
6.6%
8.3%
2.5%
5.5%
9.4%
7.2%
0.8%
2.2%
5.2%
5.5%
6.1%
0.8%
3.6%
6.1%
Asx (B)
Glx (Z)
Xaa (X)
0
0
0
0.0%
0.0%
0.0%
Atomic composition:
Carbon
Hydrogen
Nitrogen
Oxygen
Sulfur
C
H
N
O
S
1741
2780
486
526
11
Formula: C1741H2780N486O526S11
Total number of atoms: 5544
Molecular weight: 39288.8
ProtParam, 1
http://www.expasy.ch
Extinction coefficients:
Conditions: 6.0 M guanidium hydrochloride
0.02 M phosphate buffer
pH 6.5
Extinction coefficients are in units of
M-1 cm-1 .
Ext. coefficient
Abs 0.1% (=1 g/l)
276
nm
35630
0.907
278
nm
35508
0.904
279
nm
34945
0.889
280
nm
34190
0.870
282
nm
32880
0.837
Ext. coefficient
Abs 0.1% (=1 g/l)
276
nm
35050
0.892
278
nm
35000
0.891
279
nm
34465
0.877
280
nm
33710
0.858
282
nm
32400
0.825
ProtParam, 2
http://www.expasy.ch
Estimated half-life:
The N-terminal of the sequence considered is P (Pro).
The estimated half-life is: >20 hours (mammalian reticulocytes, in vitro).
>20 hours (yeast, in vivo).
? (Escherichia coli, in vivo).
Instability index:
The instability index (II) is computed to be 34.82
This classifies the protein as stable.
ProtParam, 3
http://www.expasy.ch
- Mutabilidad
Ala:
Arg:
Asn:
Asp:
Cys:
Gln:
Glu:
Gly:
His:
Ile:
Leu:
Lys:
Met:
Phe:
Pro:
Ser:
Thr:
Trp:
Tyr:
Val:
1.800
-4.500
-3.500
-3.500
2.500
-3.500
-3.500
-0.400
-3.200
4.500
3.800
-3.900
1.900
2.800
-1.600
-0.800
-0.700
-0.900
-1.300
4.200
PYQYPALTPEQKKELSDIAH
Valor de hidrofobicidad para la
posicin n (en este caso, 8):
n+4
S bi
= -10.5
i = n-4
Escala de hidrofobicidad
(segn Kyte y Doolittle)
LLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQXXXXXXXXXXXXXXXXXXPLAGTNGE 121
L T D ++
I GVI +HETL+Q+ DDG PF +
PL G+ E
LFTTDPKIAENISGVIFYHETLHQRTDDGLPFVEALRKKGILTGIKVDKHFSPLFGSEDE 122
N-Glicosilacin
Unin a glicosaminoglicano
Fosforilacin dependiente de cAMP
Fosforilacin, protein kinasa C
Fosforilacin, tirosin kinasa
N-miristilacin
Amidacin C-terminal
-carboxilacin de cido glutmico
Prenilacin
N-{P}-[ST]-{P}
S-G-x-G
[RK]-(2)-[ST]
[ST]-x(2)-[RK]
[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y
G- {EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}
x-G- [RK]-[RK]
x(12)-E-x(3)-E-x-C-x(6)-[DEN]-x-[LIVMFY]
C-{DENQ}-[LIVM]
Invariantes en citocromo c
Aminocidos
13
Arg, Lys
40
Ser, Thr
46
Phe, Tyr
49
Ser, Thr
81
85
Leu, Ile
90
Asp, Glu
94
Leu, Ile
95
Ile, Val
97
Phe, Tyr
Aminocidos
33
44
54
60
65
83
88
89
92
2. Maccaca mulata
3. Sus scrofa
10
4. Gallus domesticus
13
12
5. Rana pipiens
18
17
11
11
6. Musca domestica
27
26
22
23
22
7. Bombyx mori
31
30
27
28
29
14
8. Triticum vulgare
43
43
45
46
48
45
45
9. Neurospora crassa
48
47
46
47
49
41
47
54
Y
ngulos de
conformacin
Representacin de Ramachandran
a-Hlice
F = -57
Y= -47
Hlice 310
F = -49
Y = -26
Mioglobina
Fibringeno
Protena fibrosa
con alto contenido
en a-hlice
Estabilizan
Indiferentes
Desestabilizan
Ala:
Gln:
Glu:
Leu:
Lys:
Met:
Phe:
Arg: 0.980
Asp:1.010
His: 1.000
Ile: 1.080
Trp: 1.080
Val: 1.060
Asn: 0.670
Cys: 0.700
Gly: 0.570
Pro: 0.570
Ser: 0.770
Thr: 0.830
Tyr: 0.690
1.420
1.110
1.510
1.210
1.160
1.450
1.130
Prolina y
a-hlices
Hlice de poliprolina
Colgeno
Estructura b
F = -119
Y = 113
Lmina b paralela
O
C
O
H
C
H
O
C
O
H
H
N
N
H
O
C
O
H
H
N
O
C
N
H
H
N
O
C
H
N
Lmina b paralela
Barril b paralelo
N
C
H
N
C
N
C
O
Lmina b antiparalela
N
C
N
H
Lmina b antiparalela
Lmina antiparalela
Estabilizan
Indiferentes
Desestabilizan
Ile: 1.600
Cys: 1.190
Gln: 1.100
Leu: 1.300
Phe: 1.380
Thr: 1.190
Trp: 1.370
Tyr: 1.470
Val: 1.700
Arg: 0.930
Met: 1.050
Ala: 0.830
Asn: 0.890
Asp: 0.540
Glu: 0.370
Gly: 0.750
His: 0.870
Lys: 0.740
Pro: 0.550
Ser: 0.750
Protena globular
con estructura b:
Concanavalina A
Giro b
Estabilizan
Indiferentes
Desestabilizan
Asn: 1.560
Asp: 1.460
Cys: 1.190
Gly: 1.560
Pro: 1.520
Ser: 1.430
Arg:
Gln:
His:
Lys:
Thr:
Trp:
Tyr:
Ala: 0.660
Glu: 0.740
Ile: 0.470
Leu: 0.590
Met: 0.600
Phe: 0.600
Val: 0.500
0.950
0.980
0.950
1.010
0.960
0.960
1.140
1ntr
Protena
regulatoria
Estructuras suprasecundarias
- Hlice-vuelta-hlice
- Siete hlices transmembrana y hlice anfiptica
- Cremallera de leucina
- Unidad bab
- Meandro b
- Dedo de Zn
- Mano EF
Hlice-vuelta-hlice
a-hlice
anfiptica
Lado
hidrofbico
Lado polar
Cremallera de leucina
Motivo bab
Meandro b
Dedo de Zn
Mano EF
1. Mtodos fsicos:
Cristalografa Rayos X, Resonancia Magntica Nuclear
(RMN, NMR) en tanto en cuanto resuelven la estructura
terciaria
Otras tcnicas: dicrosmo circular
2. Mtodos predictivos a partir de la estructura primaria
282
5507
a-hlice
132
1715
Estr. b
Giro b
29
1555
43
1121
0.470
0.311
0.104
0.282
Giro b
0.151
0.204
Ala:
Arg:
Asn:
Asp:
Cys:
Gln:
Glu:
Gly:
His:
Ile:
Leu:
Lys:
Met:
Phe:
Pro:
Ser:
Thr:
Trp:
Tyr:
Val:
1.420
0.980
0.670
1.010
0.700
1.110
1.510
0.570
1.000
1.080
1.210
1.160
1.450
1.130
0.570
0.770
0.830
1.080
0.690
1.060
PYQYPALTPEQKKELSDIAH
Valor de propensin hacia
a-hlice para la posicin n
(en este caso, 8):
n+4
S bi
= 9.07
i = n-4
Ala:
Arg:
Asn:
Asp:
Cys:
Gln:
Glu:
Gly:
His:
Ile:
Leu:
Lys:
Met:
Phe:
Pro:
Ser:
Thr:
Trp:
Tyr:
Val:
0.830
0.930
0.890
0.540
1.190
1.100
0.370
0.750
0.870
1.600
1.300
0.740
1.050
1.380
0.550
0.750
1.190
1.370
1.470
1.700
PYQYPALTPEQKKELSDIAH
Valor de propensin hacia
estructura b para la posicin n
(en este caso, 8):
n+4
S bi
= 8.1
i = n-4
Ala:
Arg:
Asn:
Asp:
Cys:
Gln:
Glu:
Gly:
His:
Ile:
Leu:
Lys:
Met:
Phe:
Pro:
Ser:
Thr:
Trp:
Tyr:
Val:
0.660
0.950
1.560
1.460
1.190
0.980
0.740
1.560
0.950
0.470
0.590
1.010
0.600
0.600
1.520
1.430
0.960
0.960
1.140
0.500
PYQYPALTPEQKKELSDIAH
Valor de propensin hacia
giro b para la posicin n
(en este caso, 8):
n+4
S bi
= 9.12
i = n-4