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Tema X

AMINOCIDOS, PPTIDOS Y PROTENAS

ndice

1.
2.
3.
4.
5.
6.

Introduccin
Clasificacin de los aminocidos
Estereoqumica
Propiedades
Algunas reacciones biolgicas
Pptidos y protenas
6.1. Introduccin
6.2. Secuenciacin de pptidos y
protenas
6.3. Estructura de pptidos y
protenas

1. Introduccin

1. Introduccin
- Los aminocidos son cidos carboxlicos que contienen una funcin amina. En
determinadas condiciones el grupo amina de una molcula y el carboxilo de otra
reaccionan uniendo ambos aminocidos mediante un enlace amida.

-Los enlaces amida entre aminocidos se conocen como enlaces petdicos y el


producto formado por la unin de dos aminocidos se llama dipptido.
-La cadena peptdica puede extenderse mediante la incorporacin de otros
aminocidos (tripptidos, tetrapptidos, etc.). Los polipptidos contienen muchas
unidades de aminocidos.
-Las protenas son polipptidos que contienen ms de 50 aminocidos, son
polmeros formados por 100-300 aminocidos.
-Las protenas ejercen muy diversos papeles en los seres vivos: la seda, el pelo, los
msculos, el tejido conectivo y casi todos los enzimas son protenas.

2. Clasificacin de los aminocidos

2. Clasificacin de los aminocidos


- Se clasifican como , , , etc. De acuerdo con la localizacin del grupo amino
en la cadena carbonada que contiene el cido carboxlico.
NH3

cido 1-aminociclopropanocarboxlico: es un -aminocido y es el precursor


biolgico del etileno en la plantas.

CO2

CO2

H3N

cido 3-aminopropanoico: conocido como -alanina. Es un -aminocido que


constituye una de la unidades estructurales de la coenzima A .

H3 N

CO2

cido -aminobutanoico: Conocido como cido -aminobutrico (GABA). Es


un -aminocido y es el principal neurotransmisor inhibitorio cerebral.

-Aunque se conocen ms de 700 aminocidos naturales diferentes, hay un grupo de


20 -aminocidos que se encuentran normalmente presentes en las protenas.
Todos ellos, excepto la prolina, responden a la misma estructura general:

H3N

CH C
R

H2N

CO2

Prolina

2. Clasificacin de los aminocidos


Nombre

Abreviacin

Estructura

Aminocidos con extremos de cadenas non polares


Glicina

Abreviacin

Prolina

Pro(P)

Estructura
O

Gly(G)
H2N

Alanina

Nombre

fenilalanina

OH

N
H

Phe (F)

OH
O

Ala (A)

OH

NH

NH

Valina

OH
O

Val(V)

Triptfano

Trp(w)

H2N

OH

HN
O

OH

Leucina

NH2

Leu(L)

Aminocidos con extremos de cadenas polares pero no


ionizados

OH

Isoleucina

NH2

Ile(I)

Asparagina

Asn(N)

H2N

OH

OH

Metionina

Met(M)

NH2

Glutamina

S
OH
NH2

NH2

Gln (Q)

H2N

OH
NH2

2-Clasificacin de los aminocidos


Nombre

Abreviacin

Estructura

Aminocidos con extremos de cadena polares pero no


ionizados
Serina

Abreviacin

Cistena

Cys(C)

Estructura
O

HS

Ser (S)

OH
NH2

HO

Treonina

Nombre

OH

Thr(T)

Aminocidos con extremos de cadena bsicos

OH
NH2

Lisina

Lys(K)

O
H2N

OH

OH

NH2

Arginina

NH2

Aminocidos con extremos de cadenas cidos


cido
aprtico
cido
glutmico
Tirosina

Asp(D)

H2N

Histidina
O

Glu (E)

Tyr(Y)

OH
O

OH

HO

NH2

His (H
N

HN

HO
NH2

OH
NH2

OH
NH2

N
H

HO

NH

Arg (R)

OH
NH2

3. Estereoqumica

3. Estereoqumica
- La glicina es el aminocido ms sencillo y es aquiral.
-En los dems -aminocidos el carbono es un centro estereognico.
- Las configuraciones se especifican mediante la notacin D y L. Todos los
aminocidos que provienen de protenas tienen configuracin L, aunque se conocen
-aminocidos naturales de la serie D.
CO2
CO2

Glicina
(Aquiral)

H3N

H3N
H

CO2

H
R

NH3

L-aminocido
(Proyeccin de Fischer y en perspectiva)

3. Estereoqumica
- El cambio de la configuracin en aquellos aminocidos que poseen slo un centro
estereognico conduce a la obtencin de su enantimero. Para un aminocido con
ms de un centro estereognico el cambio de configuracin del carbono de L a D da
lugar a un diastereoismero.

CO2

CO2
H3N

L-Isoleucina

H3C

H3C

CH2CH3

NH3
H

CH2CH3

D-Allo-Isoleucina

4. Propiedades

4. Propiedades
- Los aminocidos son sustancias mucho ms polares de lo que uno esperara de
acuerdo con su frmula molecular.
- Las propiedades que presentan, slidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al
hecho de que la forma estable es un zwitterin o sal interna.
O
H2N

CH C

O
OH

H3N

CH C

Formas zwitterinicas de un aminocido


- Los aminocidos son anfteros, contienen un grupo cido y uno bsico.
O
H3N

CH C

O
OH

R
Especie presente
en medio cido

H+
+H+

H3N

CH C

R
Zwitterin
Especie presente
en medio neutro

H+
+H+

H2N

CH C

R
Especie presente
en medio bsico

4. Propiedades
O
H3N

CH C
R

O
OH

H+
+H+

H3N

CH C
R

H+
+H+

H2N

CH C
R

Curva de valoracin de la glicina.


- Valores de pH menores que pKa1: la especie a es la mayoritaria.
- Valores entre pKa1 y pKa :la principal especie es el zwitterin (b). La concentracin
del zwitterin es mxima en el punto isoelctrico pI.
- Valores superiores a pKa2: la especie c es la presente en mayor concentracin.

4. Propiedades
-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posicin ms cida
(pKa1) y el otro a la menos cida (pKa2). Otros aminocidos con cadenas laterales
neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.
- El punto isoelctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminocido no
tiene carga neta, corresponde a un mximo en la concentracin del zwitterin.
Aminocido

pKa1

pKa2

pI

Glicina

2.34

9.60

5.97

Alanina

2.34

9.69

6.00

Valina

2.32

9,62

5.96

Leucina

2.36

9,60

5.98

Isoleucina

2.36

9,60

6.02

Metionina

2.28

9,21

5.74

Prolina

1.99

10.60

6.30

fenilalanina

1.83

9,13

5.48

Triptofan

2.83

9,39

5.89

Asparagina

2.02

8,80

5.41

Glutamina

2.17

9,13

5.65

Serina

2.21

9,15

5.68

Treonina

2.09

9,10

5.60

pKa1:ionizacin del grupo carboxlico; pKa2: deprotonacin del in amonio

4. Propiedades
- Aquellos aminocidos que poseen cadenas laterales que contienen grupos cidos o
bsicos se caracterizan mediante tres valores de pKa. El valor del pKa extra (puede
ser pKa2 o pKa3) refleja la naturaleza de la funcin presente en la cadena lateral.
- Los puntos isoelctricos de estos aminocidos se encuentran a medio camino entre
los valores de los pKa del monocatin y del monoanin.
Aminocido

pka1

pKa2

pKa3

pI

cido Asprtico

1.88

3.65

9.60

2.77

cido Glutmico

2.19

4.25

9.67

3.22

Tirosina

2.20

9.11

10.07

5.66

Cistena

1.96

8.18

10.28

5.07

Lisina

2.18

8.95

10.53

9.74

Arginina

2.17

9.04

12.48

10.76

Histidina

1.82

6.00

9.17

7.59

- Las propiedades cido-base de la cadena lateral de los aminocidos son


importantes tanto para las propiedades de las protenas que los contienen como
para el anlisis de mezclas de aminocidos que pueden ser separados en base a su
capacidad para dar o aceptar protones.

5. Algunas reacciones biolgicas

5. Algunas reacciones biolgicas


- El cido glutmico se forma en la mayora de los organismos por reaccin de cido
-cetoglutrico y amonaco. El cido -cetoglutrico, intermedio del ciclo de Krebs, se
forma a partir de la rotura metablica de carbohidratos, grasas y protenas
provenientes de los alimentos.
- El proceso es una aminacin reductora (formacin de imina y reduccin de sta)
catalizada por un enzima y por accin de un agente reductor (un coenzima). La
reduccin de la imina intermedia tiene lugar de forma estereoselectiva dando lugar
nicamente al cido L-glutmico.
O

HO

OH
O

cido -cetoglutrico

NH3

Enzima
Agenteredutor

HO

OH
NH2

cido L-glutmico

- El cido L-glutmico no es, por tanto, un aminocido esencial. No es necesario


tomarlo en la dieta ya que los animales pueden sintentizarlo.

5. Algunas reacciones biolgicas


-El cido L-glutmico es un intermedio clave en la sntesis de otros aminocidos, por
ejemplo la L-alanina, mediante un proceso conocido como transaminacin.
O

O
OH

HO

cido pirvico

HO
O
1etapa

cido -cetoglutmico

2 etapa: Un enzima cataliza la transferencia de l protn para


obtener un nuevo ismero de la imina

HO
NH2

OH

L-Alanina

1era etapa: la formacin de la imina

HO

O
NH3

cido L-glutmico

HO

Enzimas

NH3

Hcido

base

HO

HO
H

O
N

2etapa

HO
O

O
O
O

cido L-glutmico

cido pirvico

Imina

Imina reordenada

3 etapa: La hidrlisis de la iminia reordenada conduce al formacin del anilina y cido -cetoglutmico
HO

HO

HO
O

O
O

Imina reordenada

+H2O

HO
O

O
O

cido -cetoglutrico

H2N

L-Alanina

5. Algunas reacciones biolgicas


- La L-fenilalanina se clasifica como un aminocido esencial que sirve como
precursor biolgico de su derivado p-hidroxilado, la L-tirosina.
- Algunas personas carecen del enzima necesario para dicha transformacin y la Lfenilalanina que toman en su dieta sufre un proceso metablico diferente formando
cido fenilpirvico:
O
O
Enzimas

OH

OH

NH2

Lfenilanlanina

cidofenilpirvico

-El cido fenilpirvico puede provocar retraso mental en nios (fenilcetonuria).


-La descarboxilacin de la histidina, por ejemplo, produce histamina, un potente
vasodilatador presente normalmente en los tejidos. La histamina es responsable de
muchos sntomas asociados con alergias, los antihistamnicos reducen los sntomas
mediante el bloqueo de la accin de la histamina.
O

HN

OH
NH2
Histidina

N
Enzimas
CO2

HN
Histamina

H2N

5. Algunas reacciones biolgicas


La qumica del cerebro y del sistema nervioso central se ve afectada por la presencia
de los neurotransmisores, algunos de ellos formados a partir de tirosina.
O

O
HO

OH

OH
NH2

HO

NH2

HO

Tirosina

3,4dihidroxifenilalanina

HO

HO

NH2

Dopamina
HO

HO

HO

NH2

HO

N
H

OH

norepinefrina
(Noradrenalina

OH

Epinefrina
(Adrenalina)

6. Pptidos y protenas

6.1. Introduccin
En pptidos, polipptidos y protenas los aminocidos se unen unos a otros
mediante enlaces amida. El enlace amida entre un grupo amino de una aminocido
y el carboxilo de otro se denomina enlace peptdico.
AminocidoNterminal

Glicina
NH2

O
H
N

Alanina

AminocidoCTerminal
OH

Alanilglicina

- Por acuerdo las estructuras peptdicas se escriben de manera que el grupo amino
se escribe a la izquierda y el carboxilo a la derecha. As los extremos izquierdo y
derecho de los pptidos corresponden al extremo amino y al carboxlico,
respectivamente. La alanina es el aminocido N-terminal en la alanilglicina y la
glicina es el aminocido C-terminal.
- El orden preciso de enlace en un pptido es su secuencia de aminocidos y se
especifica usando las abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminocido
conectadas por guiones.
- Los aminocidos individuales que componen un pptido son llamados residuos.

6.1. Introduccin

Hechos estructurales importantes:


- El enlace peptdico muestra una geometra plana.
- La conformacin ms estable con respecto a dicho enlace tiene los dos carbonos
en anti, uno con respecto al otro.
- La rotacin en torno al enlace amida es lenta debido a la deslocalizacin del par
electrnico sin compartir del nitrgeno en el grupo carbonilo, lo que da al enlace CN cierto carcter de enlace doble.

6.1. Introduccin
La encefalina es un pentapptido.

6.1. Introduccin
Algunos pptidos presentan modificaciones estructurales, un ejemplo es la
oxitocina.

6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas


ANLISIS DE AMINOCIDOS EN PPTIDOS Y PROTENAS
-Existen distintos niveles en la estructura peptdica, uno de ellos es la estructura
primaria, que consiste en la secuencia ordenada de aminocidos que forman la
cadena completa y que resulta, en gran medida, determinante del resto de los
niveles estructurales del pptido o la protena.
- La determinacin de sta, por tanto, ha resultado un enorme avance para la
bioqumica (F. Sanger, premio Nobel de Qumica 1958). La estrategia bsica consiste
en :
1.Determinar qu aminocidos estn presentes y en qu relacin molar.
2. Romper el pptido en pequeos fragmentos, separarlos y determinar su
composicin en aminocidos.
3. Identificar los aminocidos de N y C terminales del pptido original y de cada
fragmento.
4. Organizar la informacin de manera que los fragmentos puedan unirse para
revelar la secuencia completa.

6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas


1. Anlisis de aminocidos.
Se lleva a cabo la hidrlisis completa de los enlaces peptdicos mediante el
tratamiento con disolucin acuosa de HCl 6M y calefaccin durante 24 h.
La mezcla de aminocidos se separa mediante cromatografa de intercambio inico
(basada en las diferentes propiedades cido-base) y se establece la proporcin
coloreando los residuos (con ninhydrina).
El proceso se encuentra totalmente automatizado y slo requiere del orden de 10 -510-7 g de pptido.

6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas


2. Hidrlisis parcial del pptido.
-

La hidrlisis enzimtica (petidasas, proteasas o enzimas proteolticas) es una


hidrlisis selectiva que permite convertir el pptido en fragmentos ms
pequeos.

Por ejemplo, un grupo de enzimas pancreticas, conocidas como


carbopeptidasas, catalizan slo la hidrlisis del enlace peptdico del
aminocido C-terminal. La tripsina, enzima digestivo del intestino, cataliza
slo la hidrlisis de los enlaces peptdicos que involucran al grupo carboxilo de
la lisina o arginina. As, otras muchas enzimas digestivas se usan en al
hidrlisis selectiva de pptidos.
O
H
N

CH
R

O
H
N

CH
R'

O
H
N

CH
R''

El sitio catalizado de la Quimotripsina


cuando R es un grupo aromtico

6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas


3. Anlisis de los residuos terminales.
-

Una secuencia de aminocidos es ambigua a no ser que se conozca el sentido


en que debe leerse. Es necesario conocer cul es el extremo N y C- terminal.

Como vimos antes, la hidrlisis catalizada por carbopetidasas rompe el


aminocido C-terminal, lo que permite identificarlo.

Para identificar el aminocido N-terminal se suele aprovechar que el grupo


amino puede actuar como nuclefilo (frente a la menor nucleofilia de los N que
forman parte de los enlaces amida).

6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas


NO2
O
F

O 2N

H 2N

CH

O
H
N

CH

CH(CH3)2

O
H
N

CH2 C

O
H
N

CH2C6H5

CH

OH

CH3

ValPheGlyAla

1fluoro2,4dinitrobenceno
NO2
O
CH

O 2N

O
H
N

CH

CH(CH3)2

O
H
N

O
H
N

CH2 C

CH2C6H5

CH

OH

CH3

DNPValPheGlyAla
NO2
O

O
CH

O 2N

COH

CH(CH3)2

DNPVal

+ H2N

CH

COH

+ H 2N

CH2 COH +

CH2C6H5

Phe

Gly

O
H2N

CH
CH3

Ala

OH

6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas


Un ejemplo: la cadena B de la insulina
- La reaccin de la cadena peptdica con 1-fluoro-4-nitrobenceno determina el
extremo N-terminal.
- La hidrlisis catalizada por pepsina dan cuatro pptidos (en azul) pero sin
puntos de solapamiento entre ellos.
- Los pptidos en rojo llenan los espacios entre los representados en azul.
- La secuencia en amarillo se asla mediante la hidrlisis catalizada por tripsina.

6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas


Mejora en la secuenciacin de ptidos: degradacin
de Edman y secuenciacin automatizada.
La degradacin de Edman (P. Edman) permite el anlisis secuencial y
automatizado de pptidos basada en un mtodo estndar para analizar el residuo
N-terminal, simplemente empezando por el extremo N-terminal y continuando
hacia el C-terminal, identificando un aminocido detrs de otro.
S

O
N

+ H2N

CH

H
N

HN

CH

C
N

H
N

H
N

PPTIDO

HCl

S
C
CH
R

PPTIDO

H2N

PPTIDO

CH
R

H
N

S
C

CH

H
N

PPTIDO

O
H
N

fenilisotiocyanato

Cl

H
N

Cl

H
N

C
HN

N
C

CH
R

Cl

C
HN

O
C
CH
R

S
Cl

C
HN

C
CH
R

6.3. Estructura de pptidos y protenas


ESTRUCTURA SECUNDARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS
- La estructura secundaria de un pptido consiste en la relacin conformacional
del aminocido vecino ms cercano con respecto a otro.
- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptdicas eran
ms estables que otras.
- Dos disposiciones especialmente estables son: la hlice y la hoja plegada .
- Ambas conformaciones se basan en:
- La geometra del enlace peptdico es plana y la cadena principal se dispone en
conformacin anti.
- Se pueden formar enlaces de hidrgeno cuando el grupo N-H de un residuo y el
grupo C=O de otro se encuentran prximos en el espacio. Aquellas
conformaciones que maximizan el nmero de estos enlaces se encuentran
particularmente estabilizadas.

6.3. Estructura de pptidos y protenas


Hlice
Se

forma

al

enrollarse

la

estructura

primaria

helicoidalmente sobre s misma. Se debe a la


formacin de enlaces de hidrgeno entre el -C=O de
un aminocido y el -NH- del cuarto aminocido que le
sigue. Ej: queratina del pelo, cuernos, uas, lana.

Hoja plegada o lmina


En esta disposicin los aminocidos forman una
cadena en forma de zigzag, mediante la formacin de
enlaces de hidrgeno entre los grupos N-H y los C=O
de cadenas adyacentes antiparalelas. Ej: fibrona de la
seda.

6.3. Estructura de pptidos y protenas


ESTRUCTURA TERCIARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS
- La estructura terciaria de una protena consiste en el plegamiento de la cadena.
La forma en que se pliega la cadena afecta tanto a sus propiedades fsicas como a su
funcin biolgica.
- Las protenas estructurales, tales como las presentes en la piel, el pelo, los
tendones, la lana o la seda, pueden tener una estructura secundaria tanto de hlice
como de hoja plegada , pero en general tienen una forma alargada de longitud
varias veces el dimetro de la cadena. Se denominan protenas fibrosas y tienden a
no ser solubles en agua.
- Otras protenas, incluyendo la mayora de los enzimas, operan en agua. stas se
denominan globulares y tienen una forma ms o menos esfrica:

Mioglobina

6.3. Estructura de pptidos y protenas


La estructura terciaria de una protena depende de diversos factores:
- Su estructura primaria y secundaria.
- Su entorno. En protenas globulares la parte lipoflica se sita hacia el interior y los
grupos polares en la superficie. El estado nativo de una protena es la estructura
terciaria en la cual expresan su actividad biolgica.
- Conocer el plegamiento de la protena permite entender el mecanismo por el que
un enzima cataliza las reacciones. Ej: carboxipeptidasa.
Zn2+
O
H3N

Pptido

CH
CH3

NH
O

CH
R

H2N

H2N

Arg-145

- La regin interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que
participan en la actividad cataltica se conoce con el nombre de sitio activo.

6.3. Estructura de pptidos y protenas


COENZIMAS

- Los coenzimas, cofactores o grupos prostticos interaccionan tanto con los enzimas
como con el sustrato para producir los cambios qumicos correspondientes que la
protena no puede hacer por s misma (ej: reacciones de oxidacin o reduccin).
- El grupo prosttico hemo (una porfirina) se encuentra rodeado por la mioglobina
(protena del msculo). Esta protena es capaz de almacenar el oxgeno gracias a que
ste se coordina al Fe2+ del grupo hemo, que no se oxida a Fe3+ (incapaz de unirse a
oxgeno) porque se encuentra protegido por esta protena.

6.3. Estructura de pptidos y protenas


ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTENAS: HEMOGLOBINA
- Algunas protenas estn formadas por ensamblaje de dos o ms cadenas. La forma
en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura
cuaternaria.
- La hemoglobina es una protena de la sangre encargada del transporte de oxgeno,
unindose a ste y transportndolo hasta los msculos donde se almacena en la
mioblobina. La hemoglobina se une a oxgeno de la misma forma que la mioglobina,
a travs del grupo hemo, pero es mucho ms grande que sta. La hemoglobina es un
ensamblaje de cuatro grupos hemo y cuatro cadenas proticas, dos llamadas y dos
.
- Algunas sustancias, por ejemplo CO, mucho ms fuertemente al Fe que el oxgeno
por lo que interfieren con el transporte y almacenamiento de oxgeno pudiendo
provocar resultados letales.
hemoglobin protease,
Escherichia coli
(http://www.pdb.org/)
DOI:10.1074/jbc.M412885200