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Introduction
Microbiologie?
Microbiologie: est une sous-discipline de la biologie base sur l'tude des
micro-organismes et des relations avec leur environnement. (du grec : mikros=
petit ; bios = vie).
Microorganismes?
Microorganismes: constitue un groupe extrmement diversifi
dorganismes microscopiques. Ils se distinguent les uns des autres par leur forme,
leur taille et leur mode de vie.
Historique
L'histoire de la microbiologie s'est clairement dveloppe en trois phases:
La premire phase-17me et 18me siclesLe drapier hollandais Antony Van Leeuwenhoek(1632-1723), est
l'homme cl de cette priode. Il est connu comme l'inventeur du microscope et le
dcouvreurdesanimalcules,
Laremiseencausedelanotiondelagnration spontane,
La deuxime phase -19me siclePasteur(1822-1895)etKoch(1843-1910)ontmisenvidencelerledesmicroorganismesappelsencoremicrobescomme:
agentsdelafermentationdesaliments(fermentationlactique,f.alcoolique,f.butyrique)
agentsdecertainesmaladiesa,
chutede la thorie de la gnration spontane),
La troisime phase-20me sicleIlyalongtemps:microbiologie=tudedesmicrobes
Actuellement:microbiologie=tudedetouslesmicro-organismes
(lesalgues,lesprotozoaires,leschampignonsetlesbactries),
lamicrobiologiesespcialisadanstroisdomainesprincipaux:
la physiologie, la biochimie et la gntique. (naissance de la gnie
gntiqueetbiotechnologie).
eucaryote
procaryote
Taille
2 - 20 m
0,3 - 2,5 m
Presque toujours prsente
Polymre caractristique :
peptidoglycane
Constituants spcifiques
Paroi
Noyau
prsence
plusieurs chromosomes
absence
un seul chromosome
Nuclole
prsence
absence
Membrane nuclaire
prsence
absence
Mitochondrie
prsence
absence
Lysosome
prsence
absence
Appareil de Golgi
prsence
absence
Rticulum endoplasmique
prsence
absence
Ribosome
prsence
association au RE rugueux
Ribosomes libres
Reproduction
Asexue (mitose)
Sexue (miose)
Asexue
Chapitre I:
Les Bactries
Chromatophore
Capsule
Grains de rserve
Paroi
....
Plasmide
Pilis communs
Ribosomes
Priplasme
Membrane
cytoplasmique
Vacuole
Pigments
Flagelle
Cocci
Bacille
virgule
hlicodale
coccobacille
(a)
paires (diplocoques)
(b)
chanettes (streptocoques)
(c)
groupe de 4 (ttrades)
(d)
groupe de 8 (sarcines)
(e)
grappes (staphylocoques)
Monotriche (a)
Amphitriche (b)
Insertion pritriche
Pritriche (d)
Lophotriche (c)
NAM: AcideN-actylmuramique
Structure du peptidoglycane
originalits:
- Maintien de la pression osmotique,
- Proprits antigniques
Acide tchoque
dunchromosomeuniqueformduneboucledADNen
suspension dans le cytoplasme. Dans le cas dEscherichia coli, la
longueura
tvalueunmillimtre(environ5001000foisplusquelalongueur
de
lacellule).
dunplasmide:matrielgntiqueextrachromosomiques,
constitudebrinscirculairesdADNbicatnaire.Ilaunerplication
autonomeetcontenientdesgnessupplmentaires(exemple:facteursde
rsistanceauxantibiotiques)
Les spores: certaines espces bactriennes sont capables de
produire
desspores(structuresdersistancelorsquelesconditionsdeviennent
dfavorables).Sporeslextrieurdelacellulevgtative(exospores),
sporeslintrieurdelacellulevgtative(endospore).
Physiologie bactrienne
physiologie
Sciencedesfonctionsetdesconstantesdu
fonctionnementnormaldesorganismesvivants,
unicellulairescommepluricellulaires
Structure antignique
Les bactries possdent diffrents antignes:
antignecommundnommECA(pourEnterobacterial
CommunAntigen)
antigneOousomatique
antigneRcorrespondaupolysaccharidesdelacore
centrale(moinspathogne)
antigneHouflagelaires
antigneKcapsulaire
Physiologie bactrienne
les principaux lments de la physiologie bactrienne.
lesconditionsdelacroissancebactrienne:
nutritionnelles
environnementales
lacroissancebactrienneproprementdite
divisionbactrienne
dynamiquedelacroissance
leurs implications :
danslaconduitedunexamencytobactriologique
danslediagnostic dune infection bactrienne
Physiologie bactrienne
Besoins nutritifs:
Les bactries se multiplient partir des aliments prsents dans les milieux de
culture.Ellesonttoutesuncertainnombredebesoinscommuns:
Source d'nergie:
lumineuse :bactriephototrophe
composs minraux ou organiques :bactriechimiotrophe
-lmentminral:bactriechimiolithotrophe
-lmentorganique:bactriechimioorganotrophe
Source de carbone:
bactrie autotrophe: utilisent leCO2commeseulesourcedecarbone
bactrie htrotrophe:exigentdescompossorganiques
Source dazote:
synthsedesprotines.
Quelquesbactriessontcapablesdefixerlazotemolculaire(casdes
Rhizobium).
dautrescompossinorganiquespeuventtreutiliss:lesnitrates,les
nitrites,lammoniac..
Physiologie bactrienne
Source de soufre
prsencedanscertainsacidesamins
Source de phosphore
faitpartiedesacidesnucliques,delATPetdenombreuxcoenzymes.
Autres lments :
Sodium,Potassium,Magnsium,Chlore
Oligo-lments:Manganse,Nickel,Zinc,
Facteurs de croissance :
Lesfacteursdecroissanceregroupenttroiscatgoriesdesubstances:
Les acides amins :synthsedesprotines
Les bases puriques et pyrimidiques:synthsedesacidesnucliques
Les vitamines:synthsedescoenzymesouprcurseursdecoenzymes
(exemple:Nicotinamide:NAD,transporteurdlectrons)
Onclasselesbactriesendeuxcatgories:
Les prototrophes:nencessitentpasunapportdefacteursdecroissance
danslemilieudeculture.
Les auxotrophes:exigentunouplusieursfacteursdecroissancedansle
milieu.
Physiologie bactrienne
Conditions physiques ncessaires la croissance bactrienne
Influence de la temprature :
- Bactries psychrophiles:Tempratureprochede0C(optimum10-15C).
-Bactries psychrotrophes:tempraturedecroissanceprochede0Cavec
optimumdesbactriesmsophiles.
- Bactries msophiles:Latempratureoptimalesesitue18/25Cpourles
saprophyteset25/37Cpourlespathognes.Latempratureminimalevoisine10Cetla
tempraturemaximale45C;
- Bactries thermophiles :sedveloppentdestempraturesleves.
Influence du pH :
Selonceparamtreondistingue
-bactries neutrophiles sedveloppentpHcomprisentre6 et 8(exemple:
Escherichia coli),
-bactries alcalinophiles ou basophilessedveloppentpHalcalin(>8)(exemple:les
vibrions).
-bactries acidophiles sedveloppentpHacide(<6)(exemple:Lactobacillus).
Physiologie bactrienne
Influence de lO2 molculaire:
Les bactries ragissent diffremment en prsence doxygne,
Pseudomonas
Clostridium
Bactries microarophiles
faible quantit dO2
Campylobacter
Bactries Arobies/anarobies
facultatives
prsence ou absence dO2
Escherichia coli
Physiologie bactrienne
Culture des bactries
-Laculturedesbactriesestralisesurdesmilieuxdeculture.
-Lesmilieuxdeculturecontiennentlessubstances nutritives indispensables
la croissance bactrienne.
Lesmilieuxdeculturesont
-liquides, bouillon nutritif
-solides (milieu liquide + lagar-agar).
Colonies
Trouble
Physiologie bactrienne
Milieux de cultures :
Lechoixdunmilieudecultureestfonction:
du butquelonveutatteindre
desbesoins de la bactrierecherche.
Physiologie bactrienne
Culture pure des bactries:
Aprslesisolerlesunesdesautresetcultiverchacunedellessparment,les
bactriesdonnentalorsnaissancedespopulationshomognes(desculturespures).
Conservation des cultures pures
Ellepermetdeconserverlaculturepurependantuntempsplusaumoinslong,
Gloseincline-4C
lazoteliquide196C
lyophilisation
Physiologie bactrienne
Mthodes de mesure de la croissance bactrienne:
mthodes directes;
Lectureaumicroscope(numrationtotale):utilisationdunhmatimtre.
Dnombrementaprsculture(numrationviable)
Dterminationdupoidssec
Mesuredutrouble
mthodes indirectes;
mesuredunparamtrelilactivitmtabolique(consommationdun
substrat,unemolculeexcrte.).
Constantes et expression mathmatique de la croissance:
Lacroissancedunebactrieplacedansdesconditionsidalesdeculturepeuttre
dfiniepardeuxconstantes;
Le Temps de gnration : Cestlintervalledetempsentredeuxdivisionssuccessives
ouceluincessaireaudoublementdelapopulation.Letempsdegnrationestdonnparla
formule:G
= t/n,
Taux de croissance:onledfiniecommetantlenombrededivisionsparunitdetemps
:=1/G
= n/t.
Physiologie bactrienne
La reproduction bactrienne
Ellesefaitdefaonasexueselonunmodededivisioncellulaireappelefission
binaire(ouscissiparit).
Physiologie bactrienne
Le temps de gnration; dpend de type et de lge de la bactrie ainsi que
des conditions de culture.
Physiologie bactrienne
Courbe de croissance:
Lareprsentationgraphiquedelacroissanceseffectueencoordonnessemilogarithmique,
Lenombreoulamassebactriennetanttraduitennombrelogarithmiquesurlordonne,
letempsennombrearithmtiquesurlabscisse.
Phase stationnaire
Nbre
Phase de ralentissement
Phase de dclin
Phase exponentielle
Phase de latence
Temps
Physiologie
bactrienne
Expression mathmatique de la croissance
OnconsidreunepopulationbactriennedeconcentrationinitialeN0,elleaugmente
chaquegnrationdelafaonsuivante:
Cette
Physiologie bactrienne
( = n/t do n = t)
donc N = 2tNo
log N= log 2tNo
log N= log 2t+logNo
logN= tlog2 + logNo
logN-logNo
tlog2
Exemple:
Espce
-lacolorationdeGram
-lamorphologie,lamobilitetlacapacitsporuler,
-latempraturedecroissance
-lesbesoinsnutritionnels
-lemoderespiratoire
-lacapacitdephotosynthse
-lutilisationdesdiffrentessourcesdecarboneoudazote
-leGC%dugnome.
Chapitre II:
Les Virus
virus?
Un virus est une particule microscopique infectieuse
possdant un seul type d'acide nuclique (ADN ou ARN)
qui ne peut se rpliquer qu'en pntrant dans une cellule et
en utilisant sa machinerie cellulaire.
Les virus sont en gnral des germes pathognes.
Virologie, science qui consiste ltude des virus.
Virus envelopps
Virus nus
Structure
dun bactriophage
Cycle lysognique
Cycle lytique
Chapitre III:
Les parasites
Dfinitions
Parasitologie?
Branche de la biologie consacre l'tude morphologique et
biologique des parasites et des affections quils entrainent ainsi
que leur diagnostic, leur prophylaxie et leur traitement. Ltude
porte galement sur les vecteurs, les htes et les rservoirs
animaux des parasites.
Parasitisme?
association de deux tres vivants, obligatoire pour le parasite,
qui seul tire bnfice de cette association, plus ou moins
prjudiciable lhte.
Parasite?
tre vivant animal ou champignon (rgne des Fungi) qui
pendant une partie ou la totalit de son existence vit aux dpens
dautres tres vivants (htes).
Dfinitions
Le saprophyte?
se nourrit de matires organiques animales ou vgtales en
dcomposition.
La vie libre?
lorganisme peut subvenir par lui-mme aux besoins de son
mtabolisme.
Rservoir?
tre vivant qui hberge et assure la survie prolonge dun agent
pathogne transmissible lhomme.
Hte?
organisme qui hberge un agent pathogne.
Vecteur?
organisme qui ne provoque pas lui-mme une maladie mais qui
disperse l'infection en transportant les agents pathognes d'un hte
l'autre.
Cycles parasitaires
Dfinitions
Cycle volutif :
reprsente lensemble des transformations que doit subir un parasite
pour assurer la prennit de son espce.
Les cycles volutifs comprennent :
des cycles directs:
(monoxne) comprennent un seul hte qui sont courts si le parasite
est immdiatement infestant ou longs si le parasite ncessite une
maturation dans le milieu extrieur;
des cycles indirects:
(htroxne): le parasite passe par plusieurs htes.
L'hte peut tre soit :
- hte dfinitif qui hberge les formes adultes ou les stades
propres la reproduction sexue du parasite ;
- hte intermdiaire qui hberge les formes larvaires ou la
reproduction asexue du parasite.
parasite
protozoaire
sanguin
Etape humaine
Amibiase (amoebose)
Amibiase
Maladie strictement humaine due au protozoaire rhizopode
Entamoeba histolytica. Lamibiase est frquente en zone tropicale et
sub-tropicale
Agent pathogene
Morphologie
Entamoeba histolytica (E. h.) existe sous 2 formes :
- le kyste : forme de rsistance prsent dans le tube
digestif et le milieu extrieur lorigine de la dissmination de la maladie.
Le kyste survit au minimum 15 jours dans l'eau, 10 jours dans les selles, il
rsiste bien aux agents chimiques.
- La forme vgtative ou trophozote sous 2 formes:
- la forme minuta (E. h. minuta), prsente dans la
lumire du tube digestif ;
- la forme hmatophage (E. h. histolytica), qui
contient des globules rouges et prsente dans les tissus.
Le sujet
porteur sain
Fatigue
stress
maladie
Virulence
Cycle pathogne
E. h. histolytica hmatophage
pathogne
Amibiase
viscrale
lsion de la muqueuse
intestinale
ulcrations
Abcs
cerveau
Amibiase
intestinale
poumons
foie
TNIASES
TNIASES
Tniase maladie provoque par un parasite appartenant
la classe des Cestodes de, appel Tnia,
Agent pathogene
Les tnias sont de longs vers parasites de l'intestin, et
couramment appels vers solitaires. Ils sont des vers plats rubans,
segments et hermaphrodites.
Deux espces de tnia sont pathognes pour lhomme : Tnia
saginata ou tnia du boeuf (hte intermdiaire) et Tnia solium ou
tnia du porc (hte intermdiaire).
Solex attach
lintestin
Tnia adulte
dans lintestin
Cysticercose
ufs ou proglottides
gravides
pseudotumeur crbral
nodules sous cutans.
La bilharziose ou schistosomiase
La bilharziose ou schistosomiase
La bilharziose ou schistosomose est une maladie parasitaire due
des trmatodes, vers plats, sexes spars, hmatophages, vivant au
stade adulte dans le systme circulatoire des mammifres et voluant au
stade larvaire chez un mollusque deau douce.
Agents pathognes
Il existe deux formes principales de schistosomiase: intestinale et
urognitale, provoques par cinq espces :
Schistosoma mansoni : bilharziose intestinale aux Antilles et en
Amrique centrale
Schistosoma haematobium : bilharziose urognitale en Afrique, Inde
et Pninsule Arabique
Schistosoma intercalatum : bilharziose rectale et gnitale en
Afrique centrale
Schistosoma japonicum : bilharziose intestinale avec complications
artrio-veineuses en Chine, Japon et Thalande
Schistosoma mekongi : bilharziose intestinale avec complications
artrio-veineuses en Chine, Japon, Cambodge et Thalande
Chapitre III:
Les champignons
Dfinitions
Les champignons?
sont des eucaryotes dpourvus de chlorophylle et ne comportent ni feuilles,
ni tiges, ni racines. Ils se nourrissent par absorption transmembranaire. Ils sont
en gnral saprophytes ou commensaux mais peuvent devenir parasites sous
diffrentes conditions. Cest le passage de la forme saprophyte la forme
parasite (opportunisme) qui gnre la pathognicit dun champignon.
La mycologie mdicale?
tudie les champignons microscopiques susceptibles de provoquer chez
lhomme linstallation dun tat pathogne.
Les mycoses?
sont des lsions provoques chez lhomme par des champignons
microscopiques.
Classification
Selon le classement de mycologie mdicale on distingue:
- les champignons filamenteux ;
- les champignons levuriformes (levures) ;
- les champignons dimorphiques.
Les champignons
dimorphiques
champignons
filamenteux
champignons
levuriformes
Les mycoses
Caractristiques cliniques des mycoses
Les mycoses se distinguent par :
- une volution lente, dallure chronique ou subaigu,
pouvant durer plusieurs semaines plusieurs mois ;
- une absence de fivre (sauf en cas de septicmie ou de
colonisation dorganes profonds) ;
- une absence de douleurs (sauf localisations nerveuses) ;
- un prurit, pour la majorit des atteintes cutanes ;
- une sensation inconstante de brlure en localisation
muqueuse.
Localisation des mycoses
- superficielles : peau, phanres, muqueuses et tube digestif
;
- profondes : viscrales, osto-articulaires, septicmiques
Exemples de mycoses
Les aspergilloses sont
des mycoses localises ou gnralises,
champignons filamenteux.
des affections opportunistes allergiques ou infectieuses frquentes.
Agents pathognes
Le genre Aspergillus
Ces champignons microscopiques, saprophytes
Spores, trs volatiles,
La principale voie de dissmination des spores dAspergillus est
arienne.
Clinique
Les aspergilloses sont des maladies cosmopolites, localisation
essentiellement respiratoire (Aspergilloses pulmonaires). On peut rencontrer
galement :
Aspergillose sinusienne
Otite aspergillaire
Exemples de mycoses
Les candidoses
Les candidoses sont des mycoses cosmopolites provoques par des champignons
levuriformes (levures) commensaux appartenant au genre Candida. L'espce la plus
courante est Candida albicans.
Agent pathogne: Les levures du genre Candida mesurent 2 15 m et se
multiplient par bourgeonnement.
Les aspects cliniques: sont nombreux et de gravit variable.
Chapitre IV:
Diffrents modes de transmission
des microorganismes
Transmission
directe
contact direct
avec individu
ou animal
infect
Transmission
verticale
Ex:
transplacentaire
Transmission
indirecte
Etre humain
Transmission
horizontale
contamination par
lintermdiaire
dobjet infect,
aliment
contamin,
contamination interhumaine
Voie digestive
Etre humain
Voie sexuelle
Voie transcutane
pntration
des micro-organismes
dans lorganisme
multiplication
des micro-organismes
dans lorganisme
pouvoir
invasif
d'une
bactrie:
sa
virulence.
Dcs de la souris
Autopsie
Isolement de la bactrie A
partir des tissus de la
souris
La bactrie A est virulente
Absence de la bactrie B au
niveau des tissus de la souris,
mais prsence de toxines
La bactrie B est toxinogne
Pseudopodes
Phagosome
Phagocyte
Fusion du lysosome
et du phagosome
Lysosome
Noyau
Phase dadhsion
Phase denglobement
Phase de digestion
Rponse humorale
Chapitre V:
Moyens de lutte contre
les microorganismes
Agents
antimicrobiens
formol
l'oxyde d'thylne
Agents
physiques
Les gaz
l'ozone
bta-propiolactone
Agents
chimiques
composs
phnoliques
Les radiations
Filtration
Chaleur humide
Chaleur sche
Alcool
ammoniums
quaternaires
Les colorants
les conservateurs alimentaires
Substances
antibactriennes
Sulfamides
Antibiotiques
Substances
antivirales
Substances
antifongiques
Log10 UFC/ml
Antibiotique A
Temps (h)
Antibiotique C
Merci de votre
attention
Et
Je
vous
souhaite une
bonne
continuation
Travaux dirigs
Exercice II (Remarque, cette donne manque au niveau de lexercice au dpart on compte dans 0,2 l 120
bactries (mth microscopique)
A 37C:
A t=0 on compte dans 0,2 l 120 bactries (mth microscopique),
cd 60 bactries par 0,1l
on a 240 bactries dans 0,1 l au bout de 2h soit
120 min. On peut calculer n selon la formule Nt = 2n. N0 en
ramenant N et N0 un nombre de bactrie par mme unit de
volume.
On peut tout ramener 0,1 l et multiplier par 2
t = 0 min, 0,1 l donne 60 bactries
t = 120 min, 0,1 l donne 240 bactries
Gnration 1: 60 x 2 = 120
Gnration 2: 120 x 2 = 240
do TG = 120 min / 2 gnrations = 60 min
La souche A msophile
La souche B thermotolrente
Exercice III
On a Nt = 2n. N0
Nt/ N0 = 2n
Log(Nt/N0) = n log2
Pour les rats traites:
log(3e8/1e4)/log(2)=n=14,8
8H/14.8=0.53h=33 min
Pour les rats non traites :
log(6e6/1e4)/log(2)=n=9,22
8h/9.22=0.86h=52 min
Competition nutritive. Competition de l'espace. La flore
normale peut produire les inhibiteurs.
Exercice I :
Les micro-organismes sont trs nombreux autour de nous. On en
trouve en grande quantit dans lair, leau, le sol, les aliments, sur notre peau
Certains, dits pathognes, font courir des risques de maladies lHomme.
Les micro-organismes pathognes peuvent se transmettre de diffrentes
faons mais les plus courantes sont les transmissions par lalimentation, leau,
lair
A la faveur dune lsion, si petite soit-elle, les micro-organismes
franchissent les
barrires naturelles de notre organisme (la peau et les muqueuses). On parle
alors de contamination.
Dans le cas des IST dont le Sida, la contamination peut se faire par le
sang. Parfois, elle peut intervenir lors des transfusions.
Exercice 2 :
Les micro-organismes, une fois entrs dans lorganisme,
trouvent des conditions favorables leur multiplication.
Leur prolifration se fait:
- dans lorganisme pour les bactries,
- dans les cellules pour les virus, qui vont dtruire les
cellules infectes et se propager pour infects dautres cellules.
La prolifration des micro-organismes peut atteindre un
rythme impressionnant (EX: une bactrie se multiplie toutes les
20 minutes).
Exercice 3:
Les risques de contamination et dinfection peuvent tre limits de
diffrentes manires.
Les rgles dhygine lmentaires (se laver les mains, utiliser un
mouchoir en papier, se laver rgulirement),
lutilisation dantiseptiques en cas de plaies avec risque de
contamination (alcool 70, btadine),
les rgles dasepsie en milieu mdical (aiguilles striles, salles
dopration dcontamines, vtements, masques, gants).
Ces moyens visent tous limiter les contacts avec les micro-organismes ou
rduire les risques dinfection en cas de contamination possible.