Biochemistry of Metabolism

Energtica bioqumicos

Copyright 1999-2007 by Joyce J. Diwan.

All rights reserved.

Free energy of a reaction

El cambio de energa libre (G) de una reaccin
determina su espontaneidad. Una reaccin es
espontnea si G es negativa (si la energa libre de los
productos es menor que la de los reactivos).
For a reaction A + B C + D
G =

Go'

[C] [D]
+ RT ln
[A] [B]

Go' = el cambio de energa libre estndar (a pH 7, 1M

reactivos y productos), R = constante de los gases, T =

For a reaction A + B C + D
[C] [D]
G = G' + RT ln
[A] [B]

Go' de una reaccin puede ser positiva, y G negativo,

dependiendo de las concentraciones celulares de los
reactivos y productos.
Muchas reacciones para la cual Go' es positivo porque
las reacciones son espontneas causar el agotamiento de
otros productos o mantenimiento de altas
concentraciones de sustrato.

en el equilibrio
G = 0.
K'eq, la relacin

[C] [D]
G = G' + RT ln
[A] [B]
[C] [D]
= G' + RT ln
[A] [B]

[C][D]/[A][B] en el
equilibrio, es la constante
de equilibrio.

[C] [D]
G' = - RTln
[A] [B]

Unaconstantedeequilibrio

[ C] [ D]
defining K'eq =
[A] [B]

(K'eq) mayor de uno

indica una reaccin
espontnea(negativoG)

G' = - RT ln K'eq

Go' = RT ln K'eq
Variacin de la constante de equilibrio con Go (25 oC)

K'eq

G '
kJ/mol

104

- 23

proceeds forward (spontaneous)

102

- 11

proceeds forward (spontaneous)

100 = 1

Starting with 1 M reactants &

products, the reaction:

is at equilibrium

10

-2

+ 11

reverses to form reactants

10

-4

+ 23

reverses to form reactants

acoplamiento de energa
Una reaccin espontnea puede conducir una reaccin no
espontnea.
Cambios de energa libre de las reacciones acopladas son
aditivos.
A. Algunas reacciones catalizadas por enzimas se pueden
interpretar como dos medias reacciones acopladas, un
espontneo y el otro no espontneo.
En el sitio activo de la enzima, la reaccin acoplada est
cinticamente facilitado, mientras individuales medias
reacciones se impide.
Cambios de energa libre de las reacciones medio puede
resumirse, para producir la energa libre de la reaccin
acoplada.

Por ejemplo, en la reaccin catalizada por la hexoquinasa

enzima glicoltica, las semirreacciones son:
ATP + H2O ADP + Pi

Go' = 31 kJ/mol

Pi + glucose glucose-6-P + H2O

Go' = +14 kJ/mol

Reaccin de acoplamiento:
ATP + glucose ADP + glucose-6-P Go' = 17 kJ/mol
La estructura del sitio activo de la enzima, de la que se
excluye H2O, evita las reacciones hidrolticas individuales,
al tiempo que favorece la reaccin acoplada.

B. Dos reacciones separadas, que se producen en el mismo

compartimento celular, uno no espontneo y la otra, puede estar
acoplado por un intermedio comn (reactivo o producto).
Un hipottico, pero es tpico, por ejemplo la participacin de
PPi:
Enzima 1:
A + ATP B + AMP + PPi
Go' = + 15 kJ/mol
Enzyme 2:
PPi + H2O 2 Pi
Go' = 33 kJ/mol
Reaccin espontnea general:
A + ATP + H2O B + AMP + 2 Pi Go' = 18 kJ/mol
Pirofosfato (PPi) es a menudo el producto de una reaccin que
requiere una fuerza impulsora.
Su hidrlisis espontnea, catalizada por la enzima pirofosfatasa,
conduce la reaccin para la cual es un producto de PPi.

Acoplamiento de energa en el
transporte de iones
Transporte de iones puede estar
acoplado a una reaccin
qumica, por ejemplo, la
hidrlisis o la sntesis de ATP.
En este diagrama y a
continuacin, el agua no se
muestra. Cabe recordar que la
hidrlisis de ATP / sntesis
reaccin es :
ATP + H2O ADP + Pi.

ADP + Pi

S2

S1
ATP
Side 1

Side 2

S1

S2
Side 1

Side 2

El cambio de energa libre (diferencia de potencial

electroqumico) asociados con el transporte de un ion S
a travs de una membrana de un lado a 1 lado 2 es:

[S]2
+ Z F
G = R T ln
[S]1
R = gas constant, T = temperature, Z = charge on the ion,
F = Faraday constant, = voltage.

Dado que los cambios de

energa libre son aditivos,
la direccin espontnea
para la reaccin acoplada
depender de magnitudes
relativas de:

ADP + Pi

S2

S1
ATP
Side 1

Side 2

Direccin General de ion flux - vara con el gradiente de iones y de

tensin.
Direccin General de reaccin qumica - negativo Go' para la
hidrlisis de ATP; G depende tambin[ATP], [ADP], [Pi].

ADP + Pi

ADP + Pi

S2

S1
active
transport

ATP

H+2

H+1
ATP
synthesis

ATP

Dos ejemplos:
Transporte activo: Espontnea hidrlisis de ATP (negativo
G) est acoplado a (unidades) flujo de iones en contra de
un gradiente (positivo G).
La sntesis de ATP: espontneo H + flujo (negativo G)
est acoplado a (unidades) la sntesis de ATP (positivo
G).

De alta energa "bonos

NH2

ATP
adenosine triphosphate
O
-O

P
O-

O
O

P
O-

O
O

phosphoanhydride
bonds (~)

adenine

CH2

O-

OH

H
OH

ribose

Bonos fosfoanhdrido (formadas por la divisin a cabo entre

2 H2O cidos fosfricos o entre cidos carboxlicos y
fosfrico) tienen un gran negativo G de hidrlisis.

ATP
adenosine triphosphate

O
-O

P
O-

O
O

P
O-

adenine
N

phosphoanhydride
bonds (~)

O
O

NH2

CH2

OH

OH

H
OH

ribose

Vnculos fosfoanhdrido se dice que son de "alta energa"

bonos. Energa Bond no es alta, slo G de hidrlisis.
"Alta energa" bonos estn representados por el smbolo "~".
~ P representa un grupo fosfato con un gran negativo G de
hidrlisis.

De alta energa "bonos

Los compuestos con "bonos de alta energa", se dice
que tienen un alto potencial de transferencia de
grupo.
Por ejemplo, Pi puede ser espontneamente escinde
de ATP para la transferencia a otro compuesto (por
ejemplo, a un grupo hidroxilo en la glucosa).

Potencialmente, 2 ~ bonos P puede ser escindido, como 2

fosfatos se libera por hidrlisis de ATP.
AMP~P~P AMP~P + Pi

(ATP ADP + Pi)

AMP~P AMP + Pi

(ADP AMP + Pi)

alternativamente :
AMP~P~P AMP + P~P

(ATP AMP + PPi)

P~P 2 Pi

(PPi 2Pi)

 ATP a menudo sirve como una fuente de energa.

Escisin hidroltica de una o ambas de las "alta energa"
lazos de ATP est acoplada a una que requiere energa (no
espontnea) de reaccin. (Los ejemplos presentados
anteriormente.)
Funciones de AMP como un sensor de energa y regulador
del metabolismo.
Cuando la produccin de ATP no va a la par con las
necesidades, una parte superior de la piscina de nucletidos
de adenina de una clula es AMP.
AMP estimula las vas metablicas que producen ATP.
Algunos ejemplos de esta funcin implica la activacin
directa alostrica de enzimas de la ruta por AMP.
Algunos efectos reguladores de AMP estn mediadas por la
enzima protena quinasa activada por AMP.

NH2

Artificiales
anlogos de ATP
han sido
diseados de
forma que son
resistentes a la
escisin del
fosfato terminal
por hidrlisis.

-O

O-

O-

O
O

CH2

OH

N
N

OH

H
OH

AMPPNP (ADPNP) ATP analog

Ejemplo: AMPPNP.
Tales anlogos se han utilizado para estudiar la dependencia de
reacciones acopladas sobre la hidrlisis de ATP.
Adems, han hecho posible cristalizar una enzima que cataliza
la hidrlisis de ATP con un anlogo de ATP en el sitio activo.

Una reaccin importante para equilibrar ~ P entre los nucletidos

de adenina dentro de una clula que es catalizada por la adenilato
quinasa:
ATP + AMP 2 ADP
La reaccin de la adenilato quinasa tambin es importante porque
el sustrato para la sntesis de ATP, por ejemplo, por la ATP sintasa
mitocondrial, es ADP, mientras que algunas reacciones celulares
dephosphorylate ATP todo el camino a AMP.
El nuclesido difosfato quinasa enzima (NuDiKi) equilibra ~ P
entre los nucletidos diferentes que se necesitan, por ejemplo,
para la sntesis de ADN y ARN.
NuDiKi cataliza reacciones reversibles tales como:
ATP + GDP ADP + GTP,
ATP + UDP ADP + UTP, etc.

polifosfato inorgnico
Muchos organismos almacenan energa como polifosfato
inorgnico, una cadena de residuos de fosfato muchos
unidos por enlaces fosfoanhdrido:
P~P~P~P~P...
La hidrlisis de los residuos de polifosfato Pi puede
estar acoplado a la energa de reacciones dependientes.
Dependiendo del organismo o tipo de clula, polifosfato
inorgnico pueden tener funciones adicionales.
-Por ejemplo, puede servir como un depsito para Pi, un
quelante de iones metlicos, un tampn o un regulador.

Por qu vnculos fosfoanhdrido tienen un alto G de

hidrlisis? Los factores que contribuyen para la ATP y
de PPi son:

* Estabilizacin de resonancia de los productos

de hidrlisis superior a la estabilizacin de
resonancia del propio compuesto.
* Repulsin electrosttica entre los tomos de
fosfato cargados negativamente de oxgeno
favorece la separacin de los fosfatos.

La fosfocreatina (fosfato de
creatina), otro compuesto con
una "alta energa" enlace
fosfato, se utiliza en nervio y
msculo para el
almacenamiento de bonos P ~.

H
N

P
O

CH3
C
NH2

O
CH2

C
O

phosphocreatine

La creatina cinasa cataliza:

Phosphocreatine + ADP ATP + creatine
Esta es una reaccin reversible, aunque la constante de equilibrio
ligeramente favorece la formacin de fosfocreatina.
La fosfocreatina se produce cuando los niveles de ATP son altos.
Cuando el ATP se agotan durante el ejercicio en los msculos,
fosfato se transfiere de fosfocreatina a ADP, para reponer el ATP.

O
C
C

CH2

PEP

O
ADP ATP

OPO32
H+

C
C

OH

CH2

enolpyruvate

CH3

pyruvate

Fosfoenolpiruvato (PEP), que participan en la sntesis de ATP

en la gluclisis, tiene una muy alta G de la hidrlisis de PI.
La eliminacin del Pi de enlace ster en PEP es espontnea
porque el enol convierte espontneamente a una cetona.
El enlace ster en PEP es una excepcin.

NH2
N

ester linkage
O
-O

P
O-

O
O

P
O-

O
O

CH2

O-

ATP (adenosine triphosphate)

adenine
O

OH

H
OH

ribose

steres de fosfato, generalmente formados por

escupiendo agua entre un cido fosfrico y un grupo OH,
tienen un bajo pero negativo G de hidrlisis. Ejemplos:
el enlace entre el primero y el fosfato de ribosa hidroxilo
de ATP.

O
6 CH

OH

P
OH
O

H
OH
3

OH
H
1

H
2

OH

CH2

OH

glucose-6-phosphate

HO

OH

CH
CH2

O
O

glycerol-3-phosphate

Otros ejemplos de steres de fosfato con bajo pero

negativo G de hidrlisis:
la vinculacin entre el fosfato y un grupo hidroxilo en
la glucosa-6-fosfato o glicerol-3-fosfato.

Protein Kinase
OH + ATP

Protein

Protein

O + ADP

O
Pi

H2O

Protein Phosphatase

la vinculacin entre el fosfato y el grupo hidroxilo

de un residuo de aminocido en una protena
(serina, treonina o tirosina).
Regulacion de protenas por fosforilacin y
desfosforilacin se discutir ms adelante.

ATP tiene funciones especiales en el acoplamiento de

energa y transferencia de Pi.
G hidrlisis de fosfato desde el ATP es intermedio entre
los ejemplos a continuacin.
ATP por lo tanto puede actuar como un donante de Pi, y
ATP puede ser sintetizado por Pi transferencia, por
ejemplo, a partir de PEP.
Compound

Go' of phosphate
hydrolysis, kJ/mol

Phosphoenolpyruvate (PEP)

Phosphocreatine

Pyrophosphate

ATP (to ADP)

Glucose-6-phosphate

Glycerol-3-phosphate

Algunos otros
de "alta
energa"
bonos:

O
Coenzyme A-SH + HO

O
Coenzyme A-S

+ H2O

Se forma un tioster entre un cido carboxlico y un

ejemplo tiol (SH), el tiol de la coenzima A (CoA-SH
abreviado).
Tiosteres son vnculos ~. En contraste con los steres de
fosfato, tiosteres tienen un gran negativo G de hidrlisis.

O
C CH3
Coenzyme A-SH + HO
acetic acid
O
Coenzyme A-S C
acetyl-CoA

CH3 + H2O

El tiol de la coenzima A puede reaccionar con un grupo

carboxilo del cido actico (produciendo acetil-CoA) o
un cido graso (produciendo acil-CoA).
La espontaneidad de escisin tioster es esencial para la
funcin de la coenzima A como un portador de grupo
acilo.
Como ATP, CoA tiene un potencial de transferencia del

SH

Coenzima A incluye bmercaptoetilamina, en

unin amida al grupo
carboxilo de la vitamina
B pantotenato.
El hidroxilo de
pantotenato es en enlace
ster a un fosfato de
ADP-3'-fosfato.
El grupo funcional es el
tiol (SH) de
b-mercaptoetilamina.

CH2

-mercaptoethylamine

CH2
NH
C

CH2

pantothenate

CH2
NH
C

NH2
O

HO

H3C

CH3 O

H2C

P
O

O
O

CH2

ADP-3'-phosphate

Coenzyme A

H
OH

P
O

3 ', 5'-AMP cclico (cAMP), es utilizada por

las clulas como una seal transitoria.
La adenilato ciclasa cataliza la sntesis de
cAMP:

NH2

cAMP

ATP cAMP + PPi.

La reaccin es altamente espontnea
debido a la produccin de IPP, que
hidroliza espontneamente.
Fosfodiesterasa cataliza la escisin
hidroltica de un ster Pi (rojo), la
conversin de cAMP 5'-AMP.

N
H2
5' C 4'
O
O

O
H

H 3'
P
O

1'

2' H

OH

O-

Esta es una reaccin muy espontnea, porque cAMP est

estricamente limitado por tener un fosfato con enlaces ster
a 2 hidroxilos de la ribosa mismo. La labilidad de cAMP a la
hidrlisis hace que sea una seal transitoria excelente.

Lista de compuestos que ejemplifican los

siguientes roles de "alta energa" bonos:
Transferencia de energa o almacenamiento
ATP, PPi, polifosfato, fosfocreatina
Traslado en grupo
ATP, Coenzima A
Seal transitoria
AMP cclico

Cinetica vs Termodinmica:
Una barrera de energa de activacin alta por lo general
provoca la hidrlisis de una "alta energa" enlace a ser muy
lenta en ausencia de un catalizador enzimtico.
Esta estabilidad cintica es esencial para la funcin de ATP
y otros compuestos con enlaces ~.
Si se hidrolizan ATP rpidamente en ausencia de un
catalizador, que no poda servir a sus papeles importantes
en el metabolismo de la energa y de transferencia de
fosfato.
Fosfato se elimina del ATP slo cuando la reaccin se
acopla a travs de la catlisis enzimtica a alguna otra
reaccin til para la clula, tales como el transporte de un
ion, la fosforilacin de la glucosa, o la regulacin de una
enzima por fosforilacin de un residuo de serina.

Oxidation & reduction

Oxidacin y reduccin se explica con ms detalle ms

adelante.
La evolucin de la fotosntesis, y la generacin del
oxgeno que ahora es abundante en nuestro medio
ambiente, permiti el desarrollo de las vas metablicas
que derivan energa de la transferencia de electrones desde
varios reductores en ltima instancia al oxgeno molecular.

La oxidacin de un tomo de hierro consiste en la prdida de

un electrn (a un aceptor):
Fe++ (reducido) Fe+++ (oxidado) + ePuesto que los electrones en un enlace CO se asocia ms con
O, aumento de la oxidacin de un tomo de C significa
aumento del nmero de enlaces de CO.
H
H

C
H

H
H H

OH

H H

OH

Increasing oxidation of carbon

La oxidacin del carbono es espontnea (energa rendimiento).

Dos importantes compaas electrnicas en el metabolismo:
NAD + y FAD.

NAD +, nicotinamida
adenina dinucletido, es
un aceptor de electrones
en las vas catablicas.
El anillo de
nicotinamida, derivado
de la vitamina niacina,
acepta 2 e- y 1H + (un
hidruro) en ir al estado
reducido, NADH.
NADP + / NADPH es
similar, excepto por Pi.
NADPH es el correo de
los donantes en las vas
sintticas.

Nicotinamide
Adenine
Dinucleotide

+
N

CH2

OH
NH2

N
P

nicotinamide

H
OH

NH2

CH2

N
O

adenine

esterified to
Pi in NADP+

H
OH

OH

NAD+/NADH
H

O
C

+
N

NH2
2 e + H+

O
NH2

NAD+

NADH

La reaccin de transferencia de electrones se pueden

resumir como: NAD+ + 2e + H+ NADH.
Tambin se puede escribir como:
NAD+ + 2e + 2H+ NADH + H+

dimethylisoalloxazine
H 3C

H 3C

H
C

C
H

FAD

C
C

C
C

O
C

2e +2H

NH
C

CH2
HC

OH

HC

OH

HC

OH O

H2C

P
O-

Adenine

O
O

P
O-

Ribose

H3C

H3C

H
C

C
H

C
C

FADH2

H
N

O
C
C

CH2

N
H

HC

OH

HC

OH

HC

OH O

H2C

P
O-

NH
C

Adenine

O
O

Ribose

O-

FAD (Flavin adenina dinucletido), derivado de la vitamina

riboflavina, funciona como un e-aceptor.
El anillo dimethylisoalloxazine sufre de reduccin /
oxidacin.
FAD acepta 2 e-+ 2 H + en ir a su estado reducido:
FAD + 2 e + 2 H+ FADH2

 NAD + es una coenzima, que se une reversiblemente

a las enzimas.
FAD es un grupo prosttico, que se mantiene
fuertemente unido al sitio activo de una enzima.