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UNIDAD 1
PROTENAS y NUCLETIDOS
Estructura y Funcin
Ctedra de Bioqumica
Facultad de Ciencias Veterinarias
Universidad Central de
Venezuela
2.
Concepto
de
pptidos,
nomenclatura,
representacin, ejemplos e importancia.
Evaluacin Terica
Semana 5
Aminocid
os
Compuestos orgnicos formados por
un grupo amino primario (NH2) y un
grupo carboxilo (COOH), unidos a un
mismo tomo de carbono.
Algunos aminocidos se encuentran libres
como neurotransmisores, otros se unen
entre
s
formando
pptidos
como
hormonas, o formando protenas con
mltiples funciones.
7
Estructura General
COO
H3N
C H
R
8
Formas de los
Aminocidos
COOH
H2N
C H
R
COO
+
H3N
C H
R
on hbrido
zwitterin
Predomina a pH
fisiolgico
COO
+
H3 N
R
A pH fisiolgico, el grupo Carboxilato se
encuentra en su forma de base conjugada
,
COO
H
N
3
y el grupo amino en su forma de cido conjugado
De este modo cada aminocido puede
comportarse como un cido o como una base. El
trmino ANFTERO describe esta propiedad.
10
H3N
COO
COO
CH3
L- Alanina
H
Carbono
asimtrico
NH3
CH3
D- Alanina
Clasificacin de los
aminocidos
1) Componentes o no de las
protenas
Aminocidos proteicos:
glicina,
alanina,
valina,
leucina,
isoleucina, prolina, serina, treonina,
cistena, metionina, tirosina, triptfano,
fenilalanina,
glutamato,
glutamina,
aspartato, asparagina, histidina, lisina, y
Aminocidos no proteicos:
arginina.
ornitina,
citrulina,
cido
gammaaminobutrico (GABA), etc.
12
2)
Segn
su
capacidad
interaccionar con el agua:
de
Apolares
Alifticos:glicina, alanina, valina, leucina,
isoleucina y prolina.
Aromticos:
fenilalanina, tirosina y triptfano.
Polares
Neutro
s:
aspartato.
cidosglutamato,
:
histidina, lisina y arginina.
Bsicos:
13
Metionina, Met, M
Prolina, Pro, P
Leucina, Leu, L
Valina, Val, V
Isoleucina, Ile, I
14
Prolina, Pro, P
Difiere de los otros aminocidos en que su grupo amino es
secundario, formado por un cierre en anillo entre el grupo R y el
nitrgeno amino.
La Prolina confiere rigidez a la cadena peptdica debido a que no es
posible la rotacin alrededor del carbono .
16
Fenilalanina, Phe, F
Triptofano, Trp, W
17
Serina, Ser, S
Treonina, Thr, T
Tirosina, Tyr, Y
Glutamina, Gln, Q
Cistena, Cys, C
Asparagina, Asn, N
18
Aspartato, Asp, D
Glutamato, Glu, E
19
Histidina, His, H
Lisina, Lys, K
Arginina, Arg, R
20
3) Esencialidad
nutricional
Nutricionalmente esenciales:
no sintetizados por el organismo (valina,
leucina, isoleucina, treonina, metionina, lisina,
fenilalanina y triptfano).
Nutricionalmente no esenciales:
Nutricionalmente semiesenciales:
a) Sintetizados
a
partir
de
aminocidos
esenciales (cistena, a partir de metionina y
tirosina,
a partir
fenilalanina).
b)Se
sintetizan
ende
cantidades
adecuadas para
el estado adulto pero no para el estado de
crecimiento o la preez (arginina e histidina).
21
22
cido
Base conjugada
R-COOH
R-COO + H+
R-NH3+
R-NH2
+ H+
24
pKA = - log KA
COOH
H3N+ C H
CH3
COO
H3N+ C H
CH3
COO
H 2N C H
CH3
Medio cido
pH bajo
Medio neutro
pH fisiolgico
Medio bsico
pH alto
Carga neta = +1
Carga neta = 0
Carga neta = -1
26
pH cido
pH Bsico
pKA -COOH
Carga neta= +2
pKA Imidazol
Carga neta= +1
pKA -+NH3
Carga neta=
0
Carga neta= 1
27
pKA Imidazol
pKA -COOH
Equivalentes de OH
28
1. Formacin de sales
cido + base
sal + agua
2. Formacin de steres
cido + alcohol
ster + agua
Aminocidos precursores de
H
compuestos especializados
CH2
COOH
H3 N C H
CH2
H
CN
+
Histamina
CH
HC N
H3 N C H
CH2
+
L-Dopa
COO
Derivado de L-Tirosina
precursor de la dopamina
es
H3 N C H
CH2
+
H
H3 N C H
CH2 Dopamina
+
HO
OH
HO
OH
Derivado de L-Tirosina es un
neurotransmisor
relacionado
con las funciones motrices,
emociones y sentimientos de
placer
31
Adrenalina o epinefrina
H3 N C H
H C OH
+
HO
OH
CH3- NH C H
Noradrenalina o norepinefrina
Derivado de L-Tirosina, interviene en la
relajacin intestinal, vasoconstriccin y
dilatacin de las pupilas, incrementa la
frecuencia y contractilidad cardaca, la
vasodilatacin, la broncodilatacin y la
liplisis
H C OH
HO
OH
32
Triyodotironina (T3)
Derivado de L-Tirosina es una
hormona
tiroidea
que
estimula
el
metabolismo
basal, su efecto es 80%
COO
superior
al de la T4.
+
H3 N
I
O
OH
H3 N
CH2
I
I
O
Tiroxina (T4)
CH2
I
COO
OH
I
33
Melanina
Porfirinas
Producto de la condensacin de LGlicina y Succinil~CoA, hasta formar
un anillo tetra-pirrolico, dentro del
cual se encuentra un tomo
metlico.
34
Serotonina
Derivado del Triptfano, regula el
apetito, deseo sexual, temperatura
corporal, las actividades motoras y
las
funciones
perceptivas
y
cognitivas, provoca la contraccin
del msculo liso
35
36
Pptido
s
Compuestos nitrogenados formados
por
2
ms
residuos
de
aminocidos, unidos por uno ms
enlaces peptdicos.
Enlace peptdico: Es un enlace
amida que se forma cuando el par
de e sin compartir del grupo amino de un aminocido ataca al
carbono
-carboxilo
de
otro
aminocido.
37
Formacin de un enlace
peptdico
Glicina
Alanina
Enlace
peptdi
co
Agua
Glicilalanina, Gli-Ala, GA
38
Formacin de un
dipptido
-
COO
COO
+ C
+ C
H
N
H
H
+
H3N
3
CH3
H
Glicina, Gly
Alanina, Ala
HOH
O
C
H3N +
COO -
N C H
H CH
C H
3
H
Glicil-alanina, Gly-Ala
39
Los tomos
involucrados en el
enlace peptdico son
coplanares.
Trans: El hidrgeno
del grupo amino
sustituido, est casi
siempre ubicado
opuesto al oxgeno
del grupo carbonilo.
Es un hbrido de
resonancia con
electrones
deslocalizados a lo
largo de los enlaces
(C N) y (C O).
Presenta un
carcter parcial de
doble enlace.
40
anil-seril-cisteinil-lisil-fenilalanil-histidil-treoni
Abreviaturas o smbolos separados por guiones, y
colocando entre parntesis los aminocidos
dudosos:
Ala-Ser-(Cis-Lis-Fen)-His-Tre
AS(CKF)HT
41
Representacin de los
pptidos
nil-seril-(cisteinil-lisil-fenilalanil)-histidil-treon
42
Representacin de un tripptido
ltimo aa
OH
primer aa
Amino terminal,
Grupo N terminal
H3N+
CH2
Carboxilo terminal,
Grupo C terminal
CH2
N
H
C
O
CH2
OH
COO
Asp-Tir-Ser
DYS
Aspartil-tirosil-serina
43
45
H
N
H
O
C O
H
Funciones:
Descomposicin del H2O2.
Metabolismo de sustancias txicas.
Antioxidante intracelular.
Transporte de aminocidos
48
Hormonas
pancreticas
Insulina:
Conformada por 2 cadenas, con
un total de 51 aminocidos,
responsable de la entrada de
glucosa en las clulas del tejido
muscular y adiposo.
Glucagn:
Es
una
cadena
de
29
aminocidos,
aumenta
los
niveles de glucosa en sangre,
y la movilizacin de cidos
grasos del tejido adiposo.
49
Hormonas
hipotalmicas
Hormonas
hipotalmicas
(41 amino-cidos).
Estimula
la
secrecin
de
ACTH
(adrenocorticotropa), la cual estimula la
sntesis de esteroides en la corteza
suprarrenal
(44 aminocidos).
Estimula
la secrecin GH (hormona de
crecimiento), la cual promueve efectos
anablicos generales en muchos tejidos.
51
Hormonas hipofisiarias
Vasopresina ADH :
nonapptido,
promueve
la
resorcin de agua desde los
tbulos renales distales para el
mantenimiento del equilibrio
hdrico del organismo. Regula la
presin sangunea
Oxitocina:
nonapptido,
promueve
la
expulsin de leche de las
glndulas
mamarias
y
la
contraccin del msculo liso
uterino.
52
Protenas
Cadenas polipeptdicas de mas de 100
aminocidos,
con
estructuras
primaria, secundaria y terciaria por lo
menos (algunas tambin cuaternaria).
Compuesto
orgnico
nitrogenado
formado por
aminocidos, que
cumple mltiples funciones en los
seres vivos.
53
54
55
b) Fibrosas:
Relacin longitud/ancho > 10
Insolubles en soluciones salinas acuosas.
Ejemplos: Colgeno, queratina.
56
2) Segn su funcin
a) Cataltica (enzimas)
b) Transportadoras (hemoglobina, lipoprotenas)
c) Almacenadoras (ovoalbmina, casena)
d) Protectoras o de defensa (queratina,
fibringeno y trombina , inmunoglobulinas)
e) Estructurales (colgeno, fibrona, elastina)
f) Reguladoras (hormonas insulina y glucagon))
57
3) Segn su composicin
a) Simples: formadas solamente por residuos de
aminocidos.
Ejemplo: Albmina
b) Complejas: Contienen residuos de aminocidos
y otro (s) componente
(s)
Grupo prosttico:
parte no proteica
glucoprotena (glcido)
lipoprotena (lpido)
metaloprotena (metal)
fosfoprotena (grupos
fosfatos
58
Mioglobina
b) Oligomrica:
polipeptdica
Ejemplo:
ms
de
cadena
Hemoglobina (tetramrica)
59
5) Segn su solubilidad
a) Solubles en soluciones salinas acuosas:
Protenas globulares (albmina, globulinas)
b) Insolubles en soluciones salinas acuosas:
Protenas fibrosas (colgeno, queratina)
60
Niveles
estructurales:
Estructura Primaria:
Secuencia de
aminocidos
unidos por enlaces peptdicos
Estructura Terciaria:
Se refiere a la conformacin
tridimensional resultante del
plegamiento de una cadena
polipeptdica
o ms
cadenas polipeptdicas (varias
subunidades o monmeros)
61
Estructura
primaria
Ly
s
Ly
s
Gl
y
Gl
y
Le
u
Val
Niveles
Estructura
estructurales:
secundaria
Estructura
terciaria
Estructura
cuaternaria
Al
a
His
62
Al
a
His
63
64
Puentes de hidrgenos
Entre el
grupo
hidroxilo
de un
alcohol y el
agua
Entre el
grupo
carbonilo
de una
cetona y el
agua
Entre los
enlaces
peptdicos de
polipptidos
Entre bases
complementa
rias del ADN
Timina
Adenina
66
Estructura Primaria
Estructura secundaria
Plegado local, el la conformacin que se
repite de modo regular en la cadena
polipetdica.
Los tipos de estructura secundaria que
se observan con ms frecuencia son la
- Hlice y la lmina -plegada.
Ambas conformaciones se encuentran
estabilizadas por puentes de hidrgenos
entre los grupos carbonilo (C = O) y el
imino (N H) del esqueleto plipeptdico
y por interacciones de Van der Waals.
68
Alfa-hlice (-hlice)
69
Hlice derecha
Puentes de hidrgeno
Fuerzas de Van der Waals
Longitud: entre 4 y 50
residuos (12)
3,6 residuos por vuelta
Se repite cada 18 residuos
Grupos R dirigidos hacia
afuera
70
Hlice 310
Hlice
Hlice
71
72
73
Lminas -plegadas
a) Paralelas
b) Antiparalelas
74
De importancia
El aa glicina donde el grupo R es tan pequeo (H) que la
cadena puede ser muy flexible
El aa Prolina (anillo rgido) que impide el giro del enlace N-C
y no tiene grupo N-H para formar enlaces de hidrgeno
intracadena que son cruciales en este tipo de plegamiento.
75
76
Estructuras supersecundarias
Son combinaciones de estructuras
hlices alfa y lminas beta
secundarias
de
Meandros:
77
Estructuras supersecundarias
Unidades :
Barril :
Unidades :
Meandros:
Llave Griega:
78
Estructura terciaria
Es la configuracin tridimensional nica que
asume una protena globular al plegarse sobre s
misma.
Caractersticas:
1. Aproximacin de las cadenas laterales de aminocidos
distantes en la estructura primaria.
2. Empaquetamiento
3. polipeptdica.
Presencia
de
compacto
de
la
cadena
segmentos
estructuralmente
independientes con funciones especficas.
Estabilizada por:
1. Interacciones hidrfobas
2. Interacciones electrostticas o puentes salinos
3. Puentes de hidrgenos
4. Enlaces covalentes (Puentes disulfuro)
79
Interaccio
nes
hidrofbic
as
Puente
disulfur
o
Puente de hidrgeno
80
Mezcla de Hlices
y Lminas
Predominio Lminas
81
Estructura Cuaternaria
Es el ensamble de dos o ms cadenas
polipeptdicas separadas que se unen por medio de
interacciones
no
covalentes
y
por
entrecruzamientos covalentes.
Fuerzas que la estabilizan:
1. Interacciones hidrfobas
2. Interacciones electrostticas o puentes salinos
3. Puentes de hidrgenos
4. Enlaces covalentes (Puentes disulfuro, entrecruzamientos
de desmosina y de lisinonorleucina)
82
Estructuras Cuaternarias
Hemoglobina
Inmunoglobulina
83
Estructu
ra
secunda
ria
Estructu
ra
terciaria
Estructu
ra
cuaterna
ria
84
Configuracin nativa
Protena desnaturalizada
85
4. Agentes Caotrpicos:
-mercaptoetanol, reduce
puentes disulfuros.
Urea, rompe puentes de hidrgenos e interacciones
Afectan las interacciones electrostticas
5. Concentracin
hidrfobas. salina:
7. Cambios de temperatura:
Rompen todas las interacciones dbiles
Protenas Fibrosas
Protenas
alargadas,
de
estrechamente entrelazadas.
varias
cadenas
Queratinas
-QUERATINA:
protena fibrosa estructural.
Ubicacin: pelo, lana, piel, cuernos y uas.
Estructura primaria: abundante en alanina, leucina y cistena
(puentes disulfuro).
Estructura secundaria: alfa-hlice derecha estabilizada por
enlaces de hidrgeno, puentes disulfuro y fuerzas de
Van der Waals.
Estructura terciaria: dmero (2 cadenas enrrolladas). 2 dmeros
enrrollados helicoidalmente de forma antiparalela
forman un protofilamento superenrollado (4 cadenas).
8 protofilamentos enrrollados a derecha forman un
filamento o microfibrilla (16 dmeros o 32 cadenas).
Cientos de filamentos forman una macrofibrilla.
-QUERATINA:Lminas beta. Se encuentran en plumas, escamas
(aves y reptiles).
88
-Queratina
Hlice
Dmero enrollado
Protofilamento superenrollado:
89
Colgeno
Funcin: Glucoprotena fibrosa estructural del tejido
conjuntivo.
90
91
Sntesis de Colgeno
92
Protenas Globulares
1. Forma esfrica
2. Interior hidrfobo y exterior hidrfilo
3. Solubles en agua (polares)
4. Mltiples funciones
(catlisis,
transporte,
regulacin,
proteccin), excepto
la funcin
estructural
93
Mioglobina
Hemoglobina
(monomrica)
(multimrica)
94
Mioglobina
Hemoprotena globular monomrica
Funcin: Almacena oxgeno en las mitocondrias
del msculo esqueltico y cardaco.
Estructura primaria:
153 aminocidos
Estructura secundaria:el 75% corresponde a hlices (A,B,C,D,E,F,G,H).
Estructura terciaria:Superficie polar e interior no
polar, excepto las 2 histidinas
cercanas al Hemo. Un grupo
hemo en el centro de la
molcula.
95
Estructura de la
Mioglobina
Grupo hemo
Carboxilo terminal
Amino terminal
96
Hemoglobina
Hemoprotena polimrica de los eritrocitos
Funcin: Transporte del oxgeno desde los pulmones hacia los tejidos y
del CO2 y protones desde los tejidos hacia los pulmones para
ser excretados.
Ubicacin:Eritrocitos.
Estructura primaria:
rica en todos los aminocidos
Estructura secundaria:8 alfa hlices (75%).
Estructura terciaria: globular, superficie polar e interior no polar,
excepto las 2 histidinas cercanas al grupo hemo.
Un grupo hemo en el centro de cada monmero.
Estructura cuaternaria:tetrmero, 2 cadenas alfa (141 aa) y dos
cadenas beta (146 aa) Fija 4 molculas de
oxgeno (una por cada Hemo).
Efecto cooperativo: La
Consta de un anillo
de porfirina, formado
por cuatro pirroles,
con un tomo de Fe+2
en el centro.
98
Coordinacin octadrica
del tomo de hierro
99
100
Protenas Plasmticas
Albmina
Globulinas (alfa, beta y gamma)
Fibringeno
Fibringeno
101
Albmina
Protena simple globular monomrica de 585 aa.
Ubicacin:
plasma sanguneo (la ms abundante, 4 mg/dL).
Lugar de sntesis:
hgado.
Funciones:
a) Ayuda a mantener la presin osmtica de la sangre.
b) Transporta cidos grasos libres, algunas hormonas
esteroideas por la sangre, bilirrubina y una porcin
del triptfano plasmtico y una gran variedad de
frmacos (aspirina, penicilina G, sulfonamidas, etc).
c) Fija el calcio (50%) en la sangre y
alrededor del 10% de cobre.
102
Globulinas
Protenas plasmticas globulares complejas.
Lugar de sntesis:hgado.
Clasificacin:
Alfa-1: lipoprotena de alta densidad (HDL:transporta colesterol)
Alfa-2: Haptoglobulina, ceruloplasmina (transporte
plasmtico de cobre).
Pre-beta: lipoprotena de muy
(VLDL:transporte de triglicridos).
baja
densidad
Inmunoglobulinas plasmticas
(gamma globulinas)
lminas
ligeras y 2
unidas
por
104
Fraccin amino
terminal
Fraccin amino
terminal
Dominio
variable
Dominio
constant
e
105
Tipos de Inmunoglobulinas
106
Tipos de Inmunoglobulinas
Monmeros IgD, IgE, IgG
Dmero IgA
Pentmero IgM
107
Inmunoglobulin
2 cadenas
a Gligeras y 2 cadenas
pesadas
108
Inmunoglobulina M
(pentamrica)
109
Fibringeno
Glucoprotena alargada plasmtica, soluble en
agua.
Lugar de sntesis:
hgado
Composicin:
por 6 cadenas (tres pares), unidas
por puentes disulfuro.
Cadena polipeptdica
Fibrinopptido A
Fibrinopptido B
Puente disulfuro
Lugar de corte de la Trombina
111
Actina
Polmero de doble hlice (actina F) de una protena
globular (actina G)
Ubicacin: tejido muscular, forma parte de
filamentos delgados de la miofibrilla.
los
Sitios de unin:
1. Con el ATP por un monmero de actina G,
conduciendo a la polimerizacin, hidrolizndose
el ATP.
2. Con la miosina en cada subunidad.
Funcin:contraccin muscular.
112
Estructura del
monmero de
Actina G
Miosina
Protena muscular, conforma el filamento grueso
de la miofibrilla muscular.
por
6
cadenas
Composicin: Formada
polipeptdicas (2 pesadas y 4
livianas).
Estructura terciaria:2 grandes subunidades: 1
cabeza globular y 1 cola
fibrosa.
Funcin:
contraccin muscular.
Molcula de Miosina
2 grandes subunidades
6
cadenas
polipeptdicas
(2
pesadas y 4 ligeras,
unidas
por
interacciones debiles)
Cabeza
globular
Cola
fibrosa
115
116
Nucletidos
Compuestos
nitrogenados
orgnicos, formados por una base
heterocclica
aromtica,
un
monosacrido y por lo menos un
cido fosfrico.
Cumplen funciones importantes
en la transferencia de energa, en
la regulacin metablica y/o como
sillares
estructurales
de
los
cidos nucleicos.
117
Estructura de un nucletido
Adenina
(Base aromtica nitrogenada)
Ribosa
(Azcar C5)
Grupos fosfatos
118
Purina
Pirimidina
119
Bases Nitrogenadas
Pricas
NH2
N
Adenina
N
HN
Guanina
N
CH
HC
CH
H2N
N
H
Pirimidnicas:
NH 2
HN
N
C
CH
C
CH
C
CH
N
Uracilo
N
Citosina
HN
C
C
CH
CH3
N
Timina
120
Bases
nitrogenadas
O
CH3
H3C
N
CH
C
O
Caf
CH3
H3C
HN
CH3
C
N
CH3
N
H
N
CH
C
O
CH
Cacao
Teobromina (3, 7- dimeti-xantina)
CH3
121
NH 2
CH3
CH2OH
H
H3 C
O
5-metil-citosina
H
5-hidroximetil-citosina
CH3
N
O
C
N
HN
CH
HC
N
H
Dimeti-Adenina
CH3
C
N
CH
H2 N
7-metil-guanina
122
syn-Adenosina
anti-Adenosina
123
Frmula de la Base
nitrogenada
Nombre de la Base
nitrogenada
Nombre del
nuclesido
Nombre del
nucletido
NH2
CH
HC
Adenina
Adenosina
Adenosina 5
monofosfato AMP
Guanina
Guanosina
Guanosina 5
monofosfato GMP
Uracilo
Uridina
Uridina 5
monofosfato UMP
Citosina
Citidina
Citidina 5
monofosfato CMP
Timina
Timidina
Timidina 5
monofosfato TMP
N
H
O
HN
N
CH
H2N
N
H
124
1. Nuclesidos:
2. Nucletidos:
Adenosina
Adenosina 5 monofosfato
AMP
Guanosina
Guanosina 5 monofosfato
GMP
125
Adenosina
Adenosina 5 monofosfato
AMP
Funciones:
Principal transductor
energtico.
Precursor de coenzimas.
Adenosina 5
trifosfato
ATP
El AMP es componente de
los cidos nucleicos.
126
Producto y
Sustrato en la
fosforilacin
oxidativa
127
Derivados del
Coenzima
AMP
S-Adonosilmetionina
Metionina*
Adenilatos de
aminocidos
Aminocido
Sulfato activo
SO3-2
PO3-2
3 5 AMPcclico
PO3-2
NAD+
NADP+
PO3-2
FAD+
CoA~SH
PO3-2
Guanosina
Guanosina 5
Trifosfato GTP
Guanosina 5 monofosfato
GMP
Funciones:
Succinil CoA
Succinato (ciclo
Krebs)
Regulador y fuente de energa
para la sntesis de protenas.
El GMP es componente de los
cidos nucleicos.
129
Segundos mensajeros
AMPc
GMPc
130
Funciones:
Interviene en la
sntesis de
fosfoglicridos.
Citidina 5
Trifosfato CTP
El CMP es
componente de los
cidos nucleicos.
131
Uridina 5
Trifosfato UTP
Funciones:
Intervienen en el
metabolismo de los glcidos.
Interviene en reacciones de
conjugacin del cido
glucurnico.
El UMP es componente del
ARN.
132
Timidina 5
Trifosfato TTP
Timidina
Funcin:
ACIDOS NUCLEICOS
Polmeros de nucletidos monofosfatos pricos y
pirimidnicos, unidos por enlaces fosfodiester.
ribosa
ARN
cido
ribonucleico
Desoxirribosa
ADN
cido
desoxirribonucleico
134
135
ACIDO
DESOXIRRIBONUCLEICO
(DNA)
ADN circular
136
Apareamiento de bases en
el ADN
137