BLOK

BIOMEDIK II
Tahun ajar
2016/2017
ENZYMES AND
COENZYMES

Ika Yustisia
Departement of Biochemistry
FACULTY OF MEDICINE HASANUDDIN
UNIVERSITY
Corresponding email:
 Outline and objectives
Definition
Nomenclature and classfication
Mechanism of action
Coenzyms, proenzymes, isoenzymes,
ribozymes
Enzymes in clinical diagnosis
 Definition
The enzymes - the catalysts of biological
systems
Catalyze the chemical reactions that make life
on the earth possible:
Participate in the breakdown of nutrients to
supply energy and chemical building blocks
The assembly of those building blocks into
proteins, DNA, membranes, cells, and tissues
The harnessing of energy to power cell
motility, neural function, and muscle
contraction.
 Definition
The enzymes - the catalysts of biological
systems
About a quarter of the genes in the human
genome encode enzymes
The most striking characteristics of enzymes
are their catalytic power and specificity.
The enzymes that catalyze the conversion of
one or more compounds (substrates) into
one or more different compounds (products)
generally enhance the rates of the
corresponding non-catalyzed reaction by
factors of 106 or more.
 Definition

Enzymes are specific not

simply for the type of reaction
catalyzed, but also for a
single substrate or a small set
of closely related substrates.
Enzymes are also
stereospecific catalysts that
typically catalyze reactions of
only one stereoisomer of a
given compound
Example:
D- but not L-glucose
L- but not D-amino acids
 Nomenclature and classfication
- Pada tahun 1992 tata nama enzim dibakukan yang
dikenal dengan Enzyme Nomenclatur 1992 oleh
International Union of Biochemistry (IUB) Setiap
enzim memiliki nomor tersendiri dan nama formal
yang berakhiran dengan ase.
- Setiap nomor enzim diawali dengan EC (Enzyme
Code) diikuti dengan nomor kelas, subklas, dan sub-
subklas.
- Contoh : EC. 2.7.1.2 ATP:D-glukosa 6-
fosfotransferase
- Selain penamaan baku di atas, enzim juga memiliki
nama umum/ sederhana berdasarkan aktivitas enzim
(bukan tata nama standar). Contoh : glukokinase.
- Di samping itu terdapat pula enzim-enzim yang pada
penamaannya tidak berakhiran ase. Contoh: pepsin,
tripsin, kimotripsin.
Nomenclature and classfication
Nomenclature and classfication
9
10
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
11
Nomenclature and classfication

Oxidoreductase
Example: EC 1.1.1.8glycerol-3-phosphate
dehydrogenase
 Nomenclature and classfication

DNA
polymerase I
EC. 2.7.7.7
 Mechanism of action

Coenzyme : loosely bound to enzyme (non-covalently bound).

Cofactor
Prosthetic group : very tightly or even covalently bound to
enzyme (covalently bound)
Enzyme
s Lower
a
Reactio
ns
Activati
on
Energy
 Mechanism of action
Enzymes bind substrates to their active
site and stabilize the transition state of the
reaction.
The active site of the enzyme is the place
where the substrate binds and at which
catalysis occurs.
The active site binds the substrate,
forming an enzyme-substrate(ES)
complex.
Binding
site Active site
Catalytic
site
Mechanism of action
 Mechanism of action

The Lock and Key Hypothesis

This explains
S
E
enzyme specificity
This explains the
E
E loss of activity
when enzymes
denature
Enzyme may
Enzyme-
substrate be used again
complex P

2007 Paul Billiet ODWS

Reaction coordinate
 Mechanism of action
The Induced Fit Hypothesis

Hexokinase (a) without (b) with glucose substrate

This explains the enzymes that can react

with a range of substrates of similar types
Enzymatic reaction steps

1. Substrate approaches active site

2. Enzyme-substrate complex forms
3. Substrate transformed into products
4. Products released
5. Enzyme recycled
Faktor - faktor yang mempengaruhi
kerja enzim

21
22
KOENZIM

- Koenzim adalah molekul organik non-

protein yang bersifat termostabil,
berikatan dengan enzim dalam proses
katalisis.
- Koenzim dapat memperbesar
kemampuan katalitik sebuah enzim
menjadi jauh melebihi kemampuan gugus
fungsional enzim tersebut
 Lanjutan

Koenzim + Substrat (-)

Apoenzim + Substrat ( - )

Apoenzim + Koenzim + Substrat (+)

HOLOENZIM (menghasilkan produk)
Lanjutan

Menurut jenis interaksinya dengan enzim, koenzim

dibedakan menjadi :
- Koenzim yang larut:
- Berikatan dengan enzim saat reaksi berlangsung
- Mengalami perubahan kimiawi
- Dilepaskan kembali.
- Substrat sekunder atau kosubstrat.
- Contoh : NAD dan NADP
- Gugus prostetik:
- Berikatan erat dengan enzim (ikatan kovalen dan non
kovalen)
- Tidak akan dilepaskan dari enzim setelah reaksi
berlangsung.
- Contoh: FAD, FMN, piridoksal fosfat, dan gugus hem.
Lanjutan

Koenzim berfungsi sebagai reagen pemindah

gugus. Koenzim dapat berperan sebagai
akseptor terakhir (misalnya untuk reaksi
dehidrogenasi) ataupun sebagai suatu karier
gugus antara (misalnya pada reaksi
transaminase)
Lanjutan

Koenzim dapat dibagi berdasarkan gugus

yang dipindahkannya.
1. Koenzim untuk pemindahan gugus
bukan hidrogen.
Yaitu : gula fosfat, KoA-SH, tiamin
pirofosfat (TPP), piridoksal fosfat, folat,
biotin, kobamida, asam lipoat.
2. Koenzim untuk pemindahan gugus
hidrogen.
Yaitu : NAD+, NADP+, FMN, FAD,
koenzim Q.
Sintesis Koenzim
- Sebagian besar koenzim disintesis dari
vitamin. Gejala defisiensi vitamin
mencerminkan hilangnya aktivitas enzim
spesifik yang bergantung pada bentuk
koenzim tersebut.
- Contoh: Tiamin pirofosfat (TPP)
piruvat dehidrogenase
Tiamin TPP & -ketoglutarat jalur pentosa fosfat energi
dehidrogenase
Tiamin
difosfotransferase

- Defisiensi enzim ini akan menurunkan

kemampuan sel memproduksi energi.
Peran Logam pada Katalisis
Ion logam
- Sebagai elektrofil (gugus penarik
elektron).
- Membantu pengikatan substrat
- Menerima dan memberi elektron
- Menarik elektron untuk mengubah
distribusi muatan parsial pada molekul
substrat.
 Lanjutan
Kelompok enzim
yang mempunyai
ikatan erat dengan
logam, sehingga
logam tersebut tidak
dapat dipisahkan
dengan cara-cara
fisikokimia biasa
tanpa merusak
apoenzim disebut
sebagai
metaloenzim.
PROENZIM
- Sejumlah enzim disintesis dan disekresikan
dalam bentukyang belum aktif, yang dikenal
sebagai proenzim atau zimogen.
- Diantaranya adalah enzim-enzim yang berperan
pada proses pencernaan dan pembekuan
darah.
- Produksi dan sintesis enzim dalam bentuk
zimogen ini terjadi pada enzim-enzim yang
mempunyai kemungkinan untuk menyebabkan
kerusakan sel atau jaringan yang
mensintesisnya. Misalnya enzim protease dan
enzim esterase.
Lanjutan

Zimogen Aktivator Enzim Aktif

Pepsinogen HCl lambung Pepsin

Tripsinogen Enteropeptidase Tripsin

Kimotripsinogen Tripsin Kimotripsin

Proelastase Tripsin Elastase

Protrombin Ion kalsium Trombin

Plasminogen Trombin Plasmin

Lanjutan
- Untuk mengaktifkan zimogen dibutuhkan aktivator.
- Dalam proses aktivasi zimogen, setelah aktivator bekerja
dan terbentuk enzim yang aktif, maka zimogen yang
tersisa akan diaktivasi oleh bentuk aktifnya sendiri
(otokatalisis)
ISOENZIM
- Isoenzim = isozim
- Isoenzim adalah enzim-enzim yang
memiliki urutan asam amino dan struktur
protein yang berbeda tetapi mengkatalisis
reaksi yang tepat sama.
- Isoenzim jaringan asal beda; individu sama
jaringan sama; tahap perkembangan beda
kondisi metabolisme yang berbeda
 Isoenzymes

Isoenzymes or isozymes are multiple forms of

same enzyme that catalyze the same chemical
reaction
Different chemical and physical properties:
Electrophoretic mobility
Kinetic properties
Amino acid sequence
Amino acid composition
 Lactate Dehydrogenase

Lactate dehydrogenase (LDH) is an enzyme

present in a wide variety of organisms
EC 1 = oxidoreductase.
EC 1.1 = acting on the CH-OH group of the donor.
EC 1.1.1 = With NAD or NADP as acceptor.
EC 1.1.1.27 = L-lactate dehydrogenase.
Molecular weight- 32 kD & it is tetramer
M (A) -muscle chromosome 11(basic)
H (B) -heart chromosome 12(acidic)
LDH isoenzymes
 Clinical significance of LDH

In normal serum, LDH2 (H3M) predominant

isoenzyme & LDH5 is rarely seen.
In myocardial infarction, LDH1(H4) levels are greater
than LDH2.
Megaloblastic anemia (50 times upper limit of LDH 1
and LDH 2)
Muscular dystrophy, LDH5 (M4) is increased.
Toxic hepatitis with jaundice (10 times more LDH5)
 Renal disease- tubular necrosis or pyelonephritis,
pulmonary embolism LDH 3 (massive destruction
of platelets)
Total LDH is increased in neoplastic diseases.
LDH5 is increased in breast cancer, malignancies
of CNS, prostatic carcinoma.
In leukaemias, LDH2 & LDH3 levels are increased.
In malignant tumors of testis & ovaries, LDH2,
LDH3 & LDH 5 levels are increased.
RIBOZIM
- Ribozymes (ribonucleic acid enzymes)
are RNA molecules that are capable of
catalyzing specific biochemical reactions,
similar to the action of protein enzyme
RIBOZIM
- The functional part of the ribosom
- Composed of RNA tertiary structural
motifs that are often coordinated to metal
ions such as Mg2+ as cofactors
Enzymes in clinical
diagnosis
An enzyme test is a blood test or
urine test that measures levels of
certain enzymes to assess how well
the bodys systems are functioning
and whether there has been any
tissue damage.
Principal Serum Enzymes Used in Clinical
Diagnosis.

Note: Many of the enzymes are not specific for the disease