Biologa sinttica

La Biologa sinttica se define como la sntesis de

biomolculas o ingeniera de sistemas biolgicos con
funciones nuevas que no se encuentran en la naturaleza.

Se trata de una disciplina que, a diferencia de otras, no

se basa en el estudio de la biologa de los seres vivos,
sino que posee como objetivo el diseo de sistemas
biolgicos que no existen en la naturaleza.

La Biologa Sinttica busca la creacin de nuevos

organismos programables, es decir, la creacin de
microorganismos a la carta que se comporten como
pequeos ordenadores.
 Tecnologas de Biologa sinttica
Expansin del cdigo gentico
El ADN est compuesto por 4 pares de bases nucleotdicas:
A (adenina), T (timina), C (citosina) y G (guanina).

Mediante un proceso denominado "Transcripcin" las bases

nucleotdicas del ADN se transforman en ARN, que a su vez
est compuesto por A (adenina), C (citosina), G (guanina) y
U (uracilo) en lugar de timina.

A continuacin tiene lugar la "Traduccin" de ARN a

protenas. En este proceso, mediante combinaciones de 4
bases nucleotdicas del ARN se obtienen 64 posibles
combinaciones de tres bases llamadas codones, que son
especficos de un aminocido. 61 de estos codones se
corresponden con los 20 aminocidos naturales,
 Debido a que existen duplicaciones que provocan que
ms de un codn codifique para un mismo aminocido.
Los otros tres codones restantes se denominan
codones de terminacin y constituyen seales de
terminacin que interrumpen la sntesis de protenas.

Los primeros pasos en el diseo de nuevas formas de

vida consisten en el diseo de microorganismos que
utilizan un cdigo gentico diferente al que
actualmente emplean todas las formas de vida
existentes en la tierra.

Mediante la introduccin de nuevas unidades sintticas

en su ADN, estos organismos poseeran protenas
sintticas.
Circuitos genticos
El circuito gentico consiste en un conjunto de genes que participan en la
digestin de la lactosa en la bacteria E. coli. Un gen regulador denominado
represor se encuentra normalmente encendido, manteniendo el
metabolismo de la digestin de la lactosa inactivo. Cuando la lactosa est
presente en el medio, la bacteria apaga el represor.

Los circuitos genticos formados por genes y sus reguladores se comportan

de forma equivalente a circuitos electrnicos realizando operaciones
Booleanas o lgicas.

En concreto, los circuitos genticos se describen mediante diagramas

semejantes a los que se emplean en los circuitos elctricos, con nodos que
representan a determinados genes y flechas que indican otros genes a los
que regulan los primeros.

La activacin de estos genes oscila entre los estados de encendido y

apagado a medida que la seal se propaga por el circuito, produciendo a su
vez oscilaciones peridicas en la concentracin de las protenas que
codifican. La arquitectura de estos circuitos es cclica y en ellos cada gen
inhibe al siguiente y es inhibido por el anterior, razn por la cual a este tipo
de circuitos se les denomina osciladores
Genoma mnimo
Para lograr construir microorganismos artificiales es necesario un requisito
previo, identificar la configuracin mnima de genes necesarios para
permitir a las clulas artificiales replicarse de manera autnoma, es decir,
su genoma mnimo terico.

Estos hasta ahora hipotticos microorganismos podran derivarse de

microorganismos naturales con una mnima coleccin de genes
(microorganismos mnimos) o podran ser generados de un modo
totalmente sinttico usando un grupo de genes esenciales
(microorganismos sintticos).

El proceso necesario para identificar el genoma mnimo de los

microorganismos sintticos se puede realizar por diversos mtodos, que
van desde la identificacin de genes esenciales por mutagnesis hasta el
anlisis de homologa de secuencias gnicas mediante herramientas
bioinformticas.

Una tercera alternativa consiste en el estudio de sistemas biolgicos que,

de forma natural, han experimentado una reduccin de su material
gentico.
Evolucin dirigida
El diseo de circuitos genticos se realizaba en sus
comienzos por medio de estrategias combinatorias en las
cuales los componentes individuales del circuito se
ensamblaban in vitro, y posteriormente se introducan en
una clula para observar su comportamiento.

Un mtodo alternativo que no necesita de un conocimiento

previo acerca de los detalles de la funcin del circuito es la
evolucin dirigida.

Este es un proceso que se aprovecha de la habilidad de las

clulas para sobrevivir frente a una presin selectiva.

Una de las tcnicas que emplea esta estrategia es el

denominado DNA shuffling o molecular breeding.
 El DNA shuffling consiste en la recombinacin de secuencias
mltiples de ADN para crear libreras de genes quimricos.

Los genes quimricos posteriormente se insertan en

vectores de expresin y se transfieren a una clula husped,
con el objetivo de seleccionar aquellas secuencias
quimricas que posean las caractersticas deseadas.

La principal ventaja de esta tcnica radica en que permite

disear circuitos complejos que posean mltiples
interacciones entre s.

Esta estrategia ha sido empleada en el diseo de redes

sintticas a partir de mutaciones conocidas, que
posteriormente se mejoran mediante evolucin dirigida.
Ingeniera gentica in silico
Hasta la fecha, se ha conseguido disear circuitos
genticos simples empleando diversas estrategias
in vivo tales como la expansin del cdigo
gentico, la evolucin dirigida o la identificacin y
sntesis de genomas mnimos.

Sin embargo, el principal factor limitante de estas

estrategias radica en la imposibilidad de predecir el
comportamiento de un circuito en su medio natural.

La verdadera biologa sinttica tiene como objetivo

la construccin de modelos que puedan predecir de
forma precisa cmo se comportara este circuito
gentico en el interior de las clulas.
 Las clulas estn sujetas a cambios constantes que
incluyen estrs del medio y mutaciones genticas
que afectan a su habilidad para crecer y propagarse.

Las simulaciones realizadas mediante Ingeniera

Gentica in silico, deben tener en cuenta este tipo
de circunstancias para dotar de realismo a los
modelos que se creen.

Las simulaciones por ordenador son una

herramienta bsica de la biologa sinttica, siempre
y cuando mantengan los principios de
estandarizacin de los componentes del modelo y
optimizacin de los circuitos diseados.
Un chip de ADN (del ingls DNA microarray) es una superficie
slida a la cual se une una coleccin de fragmentos de ADN. Las
superficies empleadas para fijar el ADN son muy variables y
pueden ser de vidrio, plstico e incluso de silicio.
Los chips de ADN se usan para analizar la expresin diferencial de
genes, monitorizndose los niveles de miles de ellos de forma
simultnea.
Su funcionamiento consiste, bsicamente, en medir el nivel de
hibridacin entre la sonda especfica (probe, en ingls), y la
molcula diana (target), indicndose generalmente mediante
fluorescencia y analizndose por anlisis de imagen, lo cual nos
indicar el nivel de expresin del gen.
 APLICACIONES
Medicina
Frmacos inteligentes
Medicina personalizada
Terapia gnica
Reparacin y regeneracin de tejidos
Reprogramacin celular
Sntesis de frmacos

Energa
Produccin de hidrgeno
Biocombustibles
Pilas de combustible
Alimentacin
Medio ambiente
Explotacin de minas Materiales
Bioremediacin
Biosensores
Nuevos tejidos

Etc
 Biologa sinttica-Biologa de sistemas

Establecer una jerarqua

Establecer lmites

Reducir complejidad

Determinar conexiones

Estandarizacin
 Biologa sinttica: proyectos

Registry of Standard Biological Parts :

Construir una biblioteca de partes que puedan ser usadas

conjuntamente utilizando bioinformtica y herramientas de
simulacin para producir nuevas funciones.

Registry of Standard Biological Parts http://parts.mit.edu

Standardized part 1 + Standardized part 2 New

function
Biologa sinttica: proceso

Biotechnol. J. 2006, 1, 690699

 Biologa sinttica: tcnicas

ADN recombinante
- Tcnicas de clonaje, vectores...

Sntesis de ADN

Ingeniera de protenas
- Diseo racional, evolucin dirigidaetc.

Herramientas bioinformticas
- Previsin de estructuras, docking, redesetc.
Biologa sinttica: ejemplos
ADN sinttico
Biologa sinttica: ejemplos

ADN sinttico: deteccin

HIV y hepatitis virus

Elbeik, T. et al. J. Clin. Microbiol. 42, 31203127 (2004).

Biologa sinttica: ejemplos
Nuevos pptidos catalticos
Biologa sinttica: ejemplos
Artificial riboregulator system

Isaacs FJ et al, Nat Biotechnol 22: 841847.

Biologa sinttica: ejemplos

Protein switch

Prehoda, K. E., Scott, J. A., Mullins, R. D. & Lim, W. A. Science 290, 801806 (2000).
Biologa sinttica: ejemplos

Nuevos receptores

Looger LL et al, Nature 423: 185190

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de mecanismos

Hooshangi et al (2005)
Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de mecanismos complejos

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de mecanismos complejos

Elowitz, M. B. & Leibler, Nature 403, 335338 (2000)

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de vas metablicas

Martin, V. J, Keasling, J. D. et. al. NatureBiotech. 21, 796802 (2003).

Biologa sinttica: ejemplos
Diseo comunicacin intercelular

(You et al., 2004)

Biologa sinttica: ejemplos
Diseo comunicacin intercelular
Biologa sinttica: ejemplos
Diseo comunicacin intercelular
Genoma-Clula Mnima

485 genes codificantes

Experimentos
de mutagnesis
con transposones

100 genes no esenciales

Transcriptome Complexity in a Genome-Reduced Bacterium

Marc Gell,1 Vera van Noort,2 Eva Yus,1 Wei-Hua Chen,2 Justine
Leigh-Bell,1
Konstantinos Michalodimitrakis,1 Takuji Yamada,2 Manimozhiyan
Arumugam,2
Tobias Doerks,2 Sebastian Khner,2 Michaela Rode,2 Mikita
Suyama,2* Sabine Schmidt,2 Anne-Claude Gavin,2 Peer Bork,2 Luis
Serrano1,3

Para el estudio de los principios bsicos de la organizacin del

transcriptoma en las bacterias, se analiz uno de los ms pequeos
organismos auto-replicantes, Mycoplasma pneumoniae. Hemos
combinado captulo especfico matrices baldosas, complementados
con la secuenciacin del transcriptoma, con ms de 252 matrices
manchas . Se detectaron 117 no descritos con anterioridad, en su
mayora transcripciones no codificantes, 89 de ellos en la
configuracin antisentido de los genes conocidos. Se identificaron 341
operones, de los cuales 139 son policistrnicos, casi la mitad de
expresin decadente este ltimo de una manera similar a la escalera.
Bajo condiciones distintas, los operones se podra dividir en 447
unidades de transcripcin ms pequeas, dando lugar a muchas
transcripciones alternativas.
Genoma-Clula Mnima
Genoma-Clula Mnima
 Genoma-Clula Mnima

Slo se habian sintetizado genomas de virus.

Mycoplasma genitalium: bacteria con el genoma ms pequea de las que se han

conseguido hacer crecer en cultivo puro. (582.970bp)

Aproximadamente 100 de sus 485 de sus genes son no esenciales en condiciones

ptimas de crecimiento en el laboratorio.

No se sabe si todos estos genes pueden ser eliminados simultneamente.

Proponen la produccin de genomas reducidos de forma sinttica, introducirlos en

clulas y ver si son viables.
 Genoma-Clula Mnima

Synthetic DNA cassetes: 5-7Kb

El mtodo seguido para edificar por completo el
cromosoma a partir de elementos qumicos arranc
con la sntesis de cada uno de los nucletidos por
mtodos estandarizados.

Con ellos, se sintetizaron despus fragmentos de ADN

denominados cassettes, de entre 5 y 7 kb (kilobases o
miles de pares de bases), que luego eran ensamblados
por medio de oligonucletidos en cassettes ms
largos, de 24 kb, de 72 kb -equivalentes a un octavo
del genoma- y finalmente de 144 kb; es decir, 144.000
pares de bases, un cuarto del genoma completo.

Los cuatro segmentos obtenidos fueron clonados por

separado, ensamblados sobre la clula de una bacteria
del tipo Escherichia coli. Identificados en cada paso del
proceso por medio de los marcadores de tinta, los
Genoma-Clula Mnima
Genoma-Clula Mnima
 Futuro
Desarrollo de nuevo software para trabajar con redes
complejas.

Crecimiento de la base de datos de partes.

SintesiS de DNA / Genomas sintticos.

Aparicin de ejemplos de aplicacin interesantes.

Es posible que en 10 aos seamos capaces de redisear

totalmente clulas.