Mapas de ligamiento

1
 Mapas de ligamiento

Puntos a tratar

Importancia mapas de recombinacin

Conceptos bsicos de recombinacin y ligamiento
La frecuencia de recombinacin
Unidad de mapa
Interferencia
Funciones de mapa
Cartografa gentica en humanos
Ligamiento y puntuacin LOD
Mapas genticos con mltiples marcadores
El mapa de ligamiento humano de Genethon

2
Ligamiento: Asociacin de genes en el
mismo cromosoma formando grupos de
ligamientos
Ligamiento total
A B
A B
A
A B
B

a b
a b
a a
b b
Gametos (100% gametos
Genotipo F1
parentales)
50 % AB
AB / ab
50 % ab 3
Segregacin independiente (no ligamiento,
2a ley de Mendel) gametos
Genotipos F1 A B
AB A
A B B
-- --
a b b
A
Ab
A b 50%
A B recom-
A binan-
B a B tes
a b aB
a
a B
b

a b
ab a
b

Proporcin 1:1:1:1
4
Recombinacin: la generacin durante la
meiosis de genotipos haploides (haplotipos)
distintos de los genotipos parentales

Gametos P AB ab

F1 Aa Bb

AB Gametos parentales
ab
Gametos
Ab
Gametos recombinantes
aB
5
Recombinacin:
Recombinacin intercromosmica: genes (loci)
en diferentes cromosomas (leyes de Mendel)
A B
Genotipos F1 AB A
A B B
-- --
A b
a b Ab 50%
A b
A B recom-
A binan-
B a B tes
a b aB a
a B
b
a b
ab a
b

Proporcin 1:1:1:1
Recombinacin intracromosmica: genes
situados en el mismo cromosoma --->
Entrecruzamiento 6
 Entrecruzamiento (Crossover):El intercambio
de cromtidas no hermanas entre cromosomas
homlogos durante la meiosis por un proceso de
rotura y reunin del DNA
Cromosomas en la meiosis Productos meiticos
Meiosis A B A B
sin
A B A B
entrecru
zamiento a b a b
entre los
a b a b
genes

Meiosis A B A B
con b
A B A
entrecru Recombi-
zamiento a b a B nantes
entre los
a b a b
genes
7
 Meiosis y entrecruzamiento
Entrecruzamiento y recombinacin

Entrecruzamiento recombinacin

Entrecruzamiento -> recombinacin

8
El problema estadstico del ligamiento:

Fenotipos F 2 La capacidad de detectar

ligamiento depende:
pr+ vg+ 1339
pr vg 1195 Tamao muestra
pr+ vg 151 305
pr vg+ 154 Distancia entre genes.
____ Cuanto ms cerca ms
2839 potencia
Proporcin no 1:1:1:1. Un La improbabilidad inherente
test de 2 es muy de que dos loci, cogidos al
significativo azar, estn ligados

9
Cartografa gentica:

A. Sturtevant (1913). La distribucin y el orden

lineal de los genes se pueden establecer
experimentalmente mediante el anlisis gentico

10
 Supuesto: las frecuencias de
entrecruzamiento, y por tanto la
frecuencia de recombinacin, depende de
la distancia entre genes

A B C

Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.m.) o el

centimorgan (cM) --> La distancia entre genes (loci) en los
que la frecuencia de recombinacin es del 1%
11
Meiosis A C B C

4
12
Mayor distancia entre loci --> Mayor nmero de
entrecruzamientos

Ms Entrecruzamientos ---> Ms Recombinacin

A mayor frecuencia de recombinacin

mayor la distancia entre loci

13
Mapa a partir de cruzamientos prueba de
dos puntos (dos loci en el mismo
cromosomas)

Se determina la distancia 2 a 2 entre loci y stas

se suman para estimar la distancia gentica total
de un cromosoma

A B

14
 Fenotipos F 2

pr+ vg+ 1339

pr vg 1195
pr+ vg 151 305
pr vg+ 154
____
2839

FR = 305/2839 = 0,107 = 10,7 cM

pr vg

10,7 cM

15
Las distancias de mapa no son completamente
aditivas
A B C

FR = x FR = y
A C

FR < x + y
La mejor estima distancia,
25,4
suma (b-pr) + (pr-c)
b 5,9 pr 19,5 c

23,7 Distancia experimento dos puntos

16 b-c
 Relacin entre frecuencia de recombinacin y
entrecruzamiento (o distancia real de mapa)

Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los

dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan
en un cruce de dos puntos, subestimndose la distancia A y C

A B C A B C
A b C

a B c
a b c a b c
La relacin entre la distancia real de mapa (nmero de
entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinacin entre dos
marcadores o loci no es lineal. Cuanto ms lejos estn los marcadores
peor es la estima
La frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede
superar el 50%
FR 0,5
17
 Por qu la frecuencia de recombinacin (FR)
entre dos marcadores no puede superar el 50%?
Demostracin 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b

Es igual de probable cualquier combinacin,

++,
ab,
a+,
+b,
es como si segregaran independientemente ambos
loci. Luego, la FR mxima es 50% 18
 Por qu la frecuencia de recombinacin (FR)
entre dos marcadores no puede superar el 50%?
Demostracin 2: caso completo para 1 2 entrecruzamientos

FR promedio de un doble
entrecruzamiento = 8/16 = 50%

19
Interferencia: mide si los entrecruzamientos son
independientes entre s

Si los mltiples entrecruzamientos suceden

independiemente los unos de los otros, la frecuencia de
los dobles entrecruzamientos ser al producto de la
frecuencia de los intercambios sencillos

Mapa gentico de tres marcadores

La mejor estima distancia

entre los extremos es la
25,4 suma (b-pr) + (pr-c)
b 5,9 pr 19,5 c

23,7 Distancia b-c sin considerar los

dobles recombinantes 20
Tipos de Interferencia:

Interferencia cromosmica

Interferencia cromtida

21
 Funciones de Mapa
Es una funcin que permite estimar la distancia de mapa mejor
que empleando solamente la frecuencia de recombinacin, pues
corrige los intercambios (entrecruzamientos) no detectados y
adems en algunos casos tiene en cuenta la interferencia

Modelo de Poisson (Haldane 1919)

El nmero de entrecruzamientos por meiosis y por

cromosoma se puede representar por una distribucin
i

aleatoria de Poisson, con media .

Supuestos: No interferencia f (i )
e
i!
22
 Funcin de mapa
Modelo de Poisson (Haldane 1919)

50
FR 40
1
observada
(%)
30 FR (1 e )
20 2
10 ln( 1 2 FR)
=1 =2 =3 =4
Nmero medio de entrecruzamientos por meiosis
50 100 150 200
Zona de linealidad Unidades de mapa reales (cM) = /2 x 100
23
 Funciones de Mapa
Funcin de Kosambi

Una aproximacin que introduce interferencia

4
1 (e 1)
FR 4
2 e 1
1 1 2 FR
ln
4 1 2 FR

24
 Example
If the recombination fraction between two loci is 0.185, then the
Kosambi map distance is m= -(1/4) ln[ (1+2* 0.185) / (1-2* 0.185) ] = 0.194
25
 Funciones de Mapa
Modelo de contaje (Counting model; Foss et al. 1992)

Considera la interferencia como si fuera un mquina de

contaje. Tres sucesos:
C Suceso de entrecruzamiento potencial
CX Suceso de entrecruzamiento real
C0 Suceso que no acaba en entrecruzamiento

C sigue una distribucin de Poisson con parmetro

Si se da CX hay una interferencia dada por m C0

C
seguidos.

...Cx(C0)mCx(C0)m...
Cx C0
26
 Funcin de Mapa modelo contaje

FR
De m = 1 a 5

(Distancia de mapa en Morgans)

1 m
y i
i
FR 1 e (1
y
)
2 i 0 i! m 1
y (m 1) 27
 Grupos de
ligamiento en
Drosophila

28
 Mapas genticos

Especies Tamao haploide Unidades de mapa Tamao de la unidad mapa Distancia media
del genoma entrecruzamien-
tos consecutivos

Fago T4 1.6 x 105 pb 800 200 pb 1.0 x 104 pb

E. coli 4.2 x 106 pb 1750 2400 pb 1.2 x 105 pb
Levadura 2.0 x 107 pb 4200 5000 pb 2.5 x 105 pb
Hongo 2.7 x 107 pb 1000 27000 pb 1.3 x 106 pb
Nemtodo 8.0 x 107 pb 320 250000 pb 1.2 x 107 pb
Mosca de la
fruta 1.4 x 108 pb 280 500000 pb 2.5 x 107 pb
Ratn 3.0 x 109 pb 1700 1800000 pb 9.0 x 107 pb
Humanos
Varn 3.3 x 109 pb 2809 1200000 pb 6.0 x 107 pb
Mujer 3.3 x 109 pb 4782 700000 pb 3.5 x 107 pb

29
Mapas genticos

vs

Mapas fsicos

30
31
 Cartografa en humanos

Mapas genticos (de recombinacin)

Estudios familias
Herencia ligada al cromosoma X marcadores
clsicos
Autosmicos marcadores clsicos
Estudios marcadores polimrficos asignados a
colecciones de familias (CEPH).
DNA (Microsatlites, RFLPs RAPDs,...)
La caza de genes asociados a enfermedades

32
Cartografa a travs de la herencia ligada al cromosoma X

Xg Protena grupo sanguneo

Ictiosis (un efermedad de la piel)

Albinismo ocular

Angioqueratoma (crecto celular)

Centrmero
Fosfoglicerato-quinasa
Alfa-galactosidasa
Xm

Deutan (ceguera color rojo-verde)

G6PD
Protano (ceguera color rojo-verde)
Hemofila A

33
Mapas de dos puntos en humanos
Seleccin y anlisis de familias

Evidencia de ligamiento

Estima distancia

34
Mapas de dos puntos en humanos
Meiosis informativa

A1A1 A2A2 A1A2 A2A2

A1A2 A1A1

A1A2 A1A2 A1A2 A3A4

A1A1 A1A4
35
 Lod Score, Z (Morton 1955)

Probabilidad del resultado observado si = x

Zx =
Probabilidad del resultado observado si = 1/2

LOD = x = log10 Zx

36
Clculo Bayesiano del umbral de ligamiento

Hiptesis: Ligados No ligados

loci estn (FR = 0) (FR = 0,5)
Probabilidad 1/50 49/50
a priori

Probabilidad 1000 1
condicional:
1000:1
Probabilidad 20 ~1
conjunta
(a priori x
condicional)
37
Ejemplo de asignacin ambiguo

38
Ejemplo de estimacin del Lod score

39
Ejemplo de estimacin del Lod score

40
Curva puntuacin Lod

41
Cartografa mltiples puntos

42
Mapa de ligamiento de alta resolucin del
genoma humano

El mapa ha sido confeccionado por el Centre pour

ltude des Polimorphismes Humaines (CEPH)
Conjunto de familias completas cuyos miembros
comprenden tres generaciones.
Se estudiaron los haplotipos recombinantes de
secuencias microsatlites en clulas
inmortalizadas de cada miembro de las familias.
El mapa se encuentra en el sitio Web del
Cooperative Human Linkage Center (CHLC)
CHLC Web site: http://lpg.nci.nih.gov/CHLC/

43
Mapa gentico
del
Cromosoma 1
Homo
sapiens.

44
 Asociacin allica en fibrosis qustica

Alelos Cromosomas Cromosomas

marcadores con FQ normales
X1,K1 3 49

X1,K2 147 19

X2,K1 8 70

X2,K2 8 25

Datos de Ivinson et al. (1989)

45
46
|A |a |a |a
|B |b |b |b

|A |a |a |a
|B |b |B |B

|A |a |A |a |a |a
|B |B |B |B |B |b

47