Biologa sinttica

Adri Martn Mayor

Introduccin
 Biologa Sinttica: definicin

Synthetic biology is the engineering of biology: the

synthesis of complex, biologically based (or inspired)
systems, which display functions that do not exist in
nature.

Ingeniera + biologa Nuevas funciones

(Synthetic Biology: Applying Engineering to Biology: Report of a NEST High Level Expert Group).
 Biologa sinttica: Aplicaciones

Medicina
Frmacos inteligentes
Medicina personalizada
Terapia gnica
Reparacin y regeneracin de tejidos
Reprogramacin celular
Sntesis de frmacos

Energa
Alimentacin
Produccin de hidrgeno
Biocombustibles
Pilas de combustible Materiales

Medio ambiente Nuevos tejidos

Explotacin de minas
Bioremediacin
Biosensores Etc
 Biologia sinttica-Biologa de sistemas

Systems Biology:
Attempts to obtain a quantitative understanding of existing
biological systems.

Synthetic Biology:
Is focused on the rational engineering of these systems.

Biologia sinttica Biologa de sistemas

 Biologia sinttica-Biologa de sistemas

Establecer una jerarqua

Establecer lmites

Reducir complejidad

Determinar conexiones

Estandarizacin
 Biologa sinttica: proyectos

Registry of Standard Biological Parts :

Construir una biblioteca de partes que puedan ser usadas

conjuntamente utilizando bioinformtica y herramientas de
simulacin para producir nuevas funciones.

Registry of Standard Biological Parts http://parts.mit.edu

Standardized part 1 + Standardized part 2 New function

Registry of Standard Biological Parts
Registry of Standard Biological Parts
Registry of Standard Biological Parts
Registry of Standard Biological Parts
 Biologa sinttica: proyectos

Genoma-Clula mnima:

Encontrar los genes mnimos necesarios para

la vida y generar un sistema celular lo ms sencillo
posible para posteriormente generar nuevas
Craig Venter
funciones.

Standardized part 1 + Standardized part 2 New function

Minimal Cell
Biologia sinttica: proceso

Biotechnol. J. 2006, 1, 690699

 Biologia sinttica: tcnicas

DNA recombinante
- Tcnicas de clonaje, vectores...

Sntesi de DNA

Ingeniera de protenas
- Diseo racional, evolucin dirigidaetc.

Herramientas bioinformticas
- Previsin de estructuras, docking, redesetc.
 Biologia sinttica bsica
Vs.
Biologa sinttica aplicada

Gran parte de la investigacin en biologa sinttica es bsica

Las aplicaciones reales obtenidas con biologa sinttica no han

hecho uso del Registry of Standard Biological Parts

Elowitz, M. B. & Leibler, Nature 403, 335338 (2000) M. W. W. Adams et. al, PlosOne, 2007
Ejemplos
Biologa sinttica: ejemplos

DNA sinttico
Biologa sinttica: ejemplos

DNA sinttico: deteccin HIV

y hepatitis virus

Elbeik, T. et al. J. Clin. Microbiol. 42, 31203127 (2004).

Biologa sinttica: ejemplos

Nuevos pptidos catalticos

Biologa sinttica: ejemplos

Artificial riboregulator system

Isaacs FJ et al, Nat Biotechnol 22: 841847.

Biologa sinttica: ejemplos

Protein switch

Prehoda, K. E., Scott, J. A., Mullins, R. D. & Lim, W. A. Science 290, 801806 (2000).
Biologa sinttica: ejemplos

Nuevos receptores

Looger LL et al, Nature 423: 185190

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de mecanismos

Hooshangi et al (2005)
Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de mecanismos complejos

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de mecanismos complejos

Elowitz, M. B. & Leibler, Nature 403, 335338 (2000)

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo de vas metablicas

Martin, V. J, Keasling, J. D. et. al. NatureBiotech. 21, 796802 (2003).

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo comunicacin intercelular

(You et al., 2004)

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo comunicacin intercelular

Biologa sinttica: ejemplos

Diseo comunicacin intercelular

Clula mnima
Genoma-Clula Mnima

485 genes codificantes

Experimentos
de mutagnesis
con transposones

100 genes no esenciales

Genoma-Clula Mnima
Genoma-Clula Mnima
 Genoma-Clula Mnima

Slo se habian sintetizado genomas de virus.

Mycoplasma genitalium: bacteria con el genoma ms pequea de las que se han

conseguido hacer crecer en cultivo puro. (582.970bp)

Aproximadamente 100 de sus 485 de sus genes son no esenciales en condiciones

ptimas de crecimiento en el laboratorio.

No se sabe si todos estos genes pueden ser eliminados simultneamente.

Proponen la produccin de genomas reducidos de forma sinttica, introducirlos en

clulas y ver si son viables.
 Genoma-Clula Mnima

Synthetic DNA cassetes: 5-7Kb

Genoma-Clula Mnima
Genoma-Clula Mnima
Futuro
 Futuro

Desarrollo de nuevo software para trabajar con redes complejas.

Crecimiento de la base de datos de partes.

Sintesi de DNA / Genomas sintticos.

Aparicin de ejemplos de aplicacin interesantes.

Es posible que en 10 aos seamos capaces de redisear totalmente

clulas.
 tica

Problemas ticos: creacin de vida / jugar a ser dioses

Equilibrio entre beneficios y riesgos?

Problemas:

- Utilizacin militar
- Control de la tecnologa (patentes)
- biodiversidad Synbiosafe (Europa)
- salud
SyntheticBiology.org
- Terrorismo
- democrcia Etc. group
 Bibliografa
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