METAGENOMICA

INTRODUCCION

Que es?

Campo de la biologa molecular que se centra en el estudio del

ADN de las comunidades de microorganismos (microbioma)
que se encuentran en muestras de distintos ambientes (aguas,
superficies, alimentos, etc).

Se puede obtener secuencias del genoma

EXTRACCION SECUENCIACION ANALISIS DEL ADN

Sin necesidad de aislarlo y cultivarlos como en mtodos

tradicionales
TCNICA DE ANLISIS QUE MEJORA LA GESTIN DE LOS RIEGOS ALIMENTARIOS
Primer trabajo realizado tipo genoma

Describe una librera de clonas en BACs (Bacterial Artificial

Chromosomes) que contenia fragmentos de ADN relativamente grandes
obtenidos directamente de muestras de suelos agrcolas de la Estacin
de Investigacin Agrcola de West Madison, Wisconsin.
 Anlisis diferenciales para
Identificacin de nuevas protenas
ACTIVIDADES Hemolticas, lipoliticas y amiloliticas,
demostrando as su potencial en el descubrimiento
de nuevos genes.

Identificacin de nuevas protenas Potencial para descubrimiento en

nuevos genes.
 FUNDAMENTACIN TEORICA

METAGENMICA: es el estudio de todo el bioma del alimento (el material

gentico propio de vegetal o la carne, as como el de la flora microbiana que lo
acompaa). La metagenmica nos dar un alto nivel de informacin de la vida
del alimento a lo largo de todo el conjunto de la cadena alimentaria.

ADN genmico : ADN cromosmico nuclear que ha sido aislado directamente de

clulas o tejidos.

La principal tarea de la metagenmica basado en la secuenciacin es reconstruir

el metabolismo de los organismos que componen la comunidad y predecir sus
roles funcionales en el ecosistema, mediante las llamadas etiquetas de genes
ambientales, es decir, fragmentos de genes que codi can dominios conservados
o motivos de familias de protenas (Davenport y Burkhard, 2013; Vietes et al.,
2009).
 Ciclos Interaccin
Biogeoqumicos
Hospedero-Microorganismo

Microbiota
APLICACIN EN ALIMENTOS

Los estudios realizados hasta la fecha han empleado fundamentalmente la

pirosecuenciacin con el equipo 454 de LifeScience (Roche), y la plataforma de
secuenciacin Illumina. La pirosecuenciacin ha sido la opcin mayoritaria para el
estudio de la diversidad microbiana y la dinmica de poblaciones en ecosistemas
alimentarios. Se ha empleado para diversos alimentos fermentados orientales como
arroz y pescado fermentado, licor chino fermentado y varios productos coreanos
fermentados como el kimchi.

Tomado de Tomado de: http://www.umami- Tomado de:

:http://www.curiosfera.com/que-es- madrid.com/2014/07/22/bagoong- https://www.chowhound.com
el-arroz-propiedades-tipos-y- isda-boquerones-fermentados-al- /recipes/basic-napa-cabbage-
cultivo/ estilo-filipino/ kimchi-kimchee-29505
TECNOLOGIAS DEL ADN RECOMBINANTES UTILIZADAS
SHOTGUN

Clonacin : En
Rompe ADN total
E.coli para
en fragmentos.
amplificacin

Secuenciacin:
Separacin por Fragmentos
3kb, 8kb y 40 kb extrados y
purificados

Fragmentos
pequeos: Insertar Secuencias de
en cromosomas BAC: No pueden
bacterianos ser ensambladas.
artificiales (BAC).

Buscar en fosmidos
Fragmentos Grandes: secuenciacin
Insertar en fosmidos. completa.
 Un genoma menor a
Estos adaptadores 5Mb, desde su
fijan la secuencia a preparacin hasta la
Nebuliza el ADN
una superficie solida recuperacin de datos,
en fragmentos de
donde duplica cada toma alrededor de 3
900bp. das con una cobertura
fragmento a partir
del primer aproximada de 5-8x
(cada corrida de 4hrs
adaptador.
produce 5 millones de
bases).

Toma una sola Un lector ptico lee los

hebra de ADN de fotones producidos Sin embargo, la
cada fragmento y por la hidrolisis de longitud promedio
aade adaptadores cada uno de los de las secuencias
nucletidos aadidos, producidas es de
a cada extremo de
generando la
la secuencia (un secuencia de ADN.
100-200 bp.
primer de 44 bp).
VENTAJAS DESVENTAJAS

1) un menor sesgo taxonmico en la Este mtodo es caro y lleva mucho

secuenciacin.
2) la capacidad de analizar
simultneamente el complemento
taxonmico y funcional de una misma
comunidad.
tiempo construir y purificar las libreras, y
es posible que regiones enteras no
puedan ser clonables por contener genes
letales.

El mtodo prescinde de la
construccin de librera de clonas,
reduciendo drsticamente el precio
y el tiempo de secuenciacin.
EJEMPLOS DE
APLICACIN
 DESCRIPCIN
MICROBATA BACTERIANA
Se somete a un proceso de
maduracin que dura al menos 3 QUESO COTIJA
meses y que da como resultado un
queso con caractersticas
sensoriales distintivas y
microbiolgicamente inocuo, lo que
se asocia con la actividad
bioqumica microbiana durante este
periodo.
OBJETIVO DE ANALISIS
Explorar la diversidad bacteriana en una muestra representativa de
queso Cotija artesanal madurado, a travs del anlisis de informacin
metagenmica, enfocado a elucidar su potencial metablico en relacin
con la produccin de compuestos asociados al perfil sensorial del
alimento y la posible produccin de bacteriocinas.
Obtencin de
enzimas a partir de
fuentes no
cultivables
 Hoy en da, se han comenzado a
explorar ambientes extremos:
zonas geotrmicas, ambientes
hipersalinos y zonas polares con
el fin de encontrar enzimas con
actividades a la temperatura y el
pH de estos sitios Incluso anlisis
metagenmicos del intestino
humano han revelado una gran
diversidad de enzimas, sobre
todo aquellas relacionadas con la
hidrlisis de carbohidratos
 BIBLIOGRAFIA

http://grampositivo.es/2016/08/01/metagenomica-estudiando-adn-microbiano/

http://www.redalyc.org/pdf/432/43211943005.pdf

ZAK, J., WILING, M., MOORHEAD, D., AND WILDMAN, H. 1994. Functional diversity
of microbial communities: A quantitative approach. Soil Biology and Biochemestry.
26: 1101-1108

http://www.colvema.org/WV_descargas/metagenweb-15022012152421.pdf

http://hipotesis.uniandes.edu.co/hipotesis/images/stories/ed12pdf/Metagenomic
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https://revistas.unc.edu.ar/index.php/Bitacora/article/viewFile/5573/6031