Facultad de Ingeniería y Ciencias Agropecuarias

Carrera Ingeniería en Biotecnología

PRINCIPIOS DE GENÉTICA MOLECULAR

Trancripción del DNA en

procariontes y eucariontes

Ing. Isabel Baroja Oviedo, M.Sc.

 SUMARIO
• Transcripción del DNA en procariontes y eucariontes:
– RNA polimerasas

– Promotores y proteínas requeridas

• Etapas de la transcripción

• Comparación final entre Procariontes y eucariontes

Bibliografía:
Capítulo 13: Mechanisms of Transcription. Molecular Biology of the Gene.
Watson et al., 2013. Pág. 429.
 RNA polimerasas

La burbuja de transcripción
Girasa-procariontes
tiene varios sitios activos: (introduce
1.Punto de desenrollamiento superenrollamientos
negativos)
2.Sitio para la cadena
codificadora del DNA
3.Sitio para la cadena molde
del DNA
4.Sitio de unión del RNA
5.Sitio catalítico
6.Punto de enrollamiento Topoisomerasa I
(elimina
superenrollamientos
negativos)
RNA polimerasas
Bacterias: 1 RNA polimerasa
Eucariontes: 3 RNA polimerasas

En eucariontes Los genes nucleares son transcritos por tres tipos de

RNA polimerasas que transcriben grupos de genes diferentes en
lugares específicos del núcleo:

Una característica de las tres enzimas es que sus productos necesitan ser
procesados o modificados para que sean funcionales.
RNA polimerasas
• Una característica diferencial de las polimerasas eucariotas es que
no se fijan directamente al DNA para transcribirlo, sino que lo hacen
mediante factores de transcripción.
– Debido a la compactación del DNA, éstos no son suficientes para unirse a las
secuencias del promotor e inducir una adecuada expresión.

La pol II tiene una

subunidad grande
en el dominio
carboxilo terminal
(CTD) denominada
«cola».
Promotores y proteínas requeridas
PROCARIONTES

• En los promotores bacterianos hay cuatro secuencias

conservadas:
– Sitio de iniciación (+1, Nt que marca el comienzo del la cadena de RNA)
– Dos secuencias conservadas: Secuencia -10 y Secuencia -35
– Secuencia no específica que separa las conservadas: 16-19 pb.

+1
Promotores y proteínas requeridas
PROCARIONTES
– Sitio de iniciación: generalmente es una purina. Es frecuente que sea
la base central de la secuencia CAT, pero no es muy conservada.
– Secuencia -10 (conocida también como caja TATA o secuencia
Pribnow): Comprende una secuencia de 6 bp reconocible en casi
todos los promotores. facilita el proceso de apertura del DNA.
– Secuencia -35: Proporciona la señal para el reconocimiento por la
RNA polimerasa.
– Secuencia no específica: la distancia entre las secuencias -10 y -35 (no
específica). Es crítica para la estructura que adquiere la RNA
polimerasa.
 Promotores y proteínas requeridas
PROCARIONTES

• Promotores con
secuencias más
cercanas a la
consenso son
generalmente
“fuertes”.
• Genes que necesitan
ser más expresados
que otros.

Figure 6-12a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Promotores y proteínas requeridas
PROCARIONTES

Comparison of many E. coli DNA gene sequences shows two common promoter motifs [yellow
boxes] with similar sequences, which are located approximately -10 [the TATA Box] & -35 [the CAT
Box] bases 5' ('upstream') from the startpoint of RNA transcription [blue box].
Promotores y proteínas requeridas
PROCARIONTES
Elementos extra:
•Elementos UP: presente el algunos promotores fuertes en la expresión de
RNAr.
•Promotores que pierden -35 y tienen elementos -10 extendidos: esta
compensa la ausencia de -35.
Promotores y proteínas requeridas
Promotores y proteínas requeridas
PROCARIONTES

Sólo la holoenzima puede

iniciar la transcripción.

¿De qué depende?

Promotores y proteínas requeridas
EUCARIONTES

• RNA pol II y los factores generales de transcripción.

• Los promotores son muy diversos y difíciles de caracterizar.

Núcleo NP típico Secuencia

promotor (NP) contiene consenso

• Conjunto • 40-50 nt que • Contiene la

mínimo de se extiende caja TATA o
elementos de corriente elementos
secuencias arriba y reguladores
requeridos corriente corriente
para RNApol abajo del abajo,
II. sitio de inicio. además de
sitios de
unión a los
GTF u otros.
Promotores y proteínas requeridas
BRE y DPE: Sitios de
EUCARIONTES reconocimiento para
Factores de Transcripción

Núcleo
promotor

Más allá del núcleo promotor, típicamente corriente arriba, existen otros
elementos reguladores requeridos para la transcripción in vivo.
Promotores y proteínas requeridas
EUCARIONTES
 Todos en conjunto constituyen las secuencias reguladoras y
se dividen en categorías:
 Elementos próximos al promotor
 Secuencias reguladoras corriente arriba
 Enhancers
 Una serie de elementos represores llamados silenciadores

 A todos estos elementos reguladores se les unen proteínas

reguladoras
 Promotores y proteínas requeridas
EUCARIONTES

https://www.youtube.com/watch?v
=qOA25GbUkdA
Promotores y proteínas requeridas
EUCARIONTES
Funciones de los factores de transcripción:
1.Unión al DNA
2.Un factor puede reconocer la RNA polimerasa
3.Un factor puede reconocer otro factor
4.Un factor puede estar incorporado en un complejo de iniciación solamente en
presencia de diversas otras proteínas
Tipos:
1.Factores generales (TF IIX): se unen con la RNA polimerasa para formar un
complejo que rodea el punto de inicio y determinan el sitio de iniciación.
2.Factores anteriores (upstream): proteínas de unión al DNA que reconocen
elementos consenso cortos y específicos que se encuentran antes del punto de
inicio.
3.Factores inducibles: tienen un papel regulador. Se sintetizan o activan en
momentos específicos o en tejidos específicos
Promotores y proteínas requeridas
PROCARIONTES Vs. EUCARIONTES
Etapas de la Transcripción
• Reconocimiento del promotor por la RNA polimerasa en
DNA. Se separan las cadenas: Burbuja de transcripción y
Iniciación síntesis de los primeros enlaces nucleotídicos en el RNA.

• La enzima se mueve a lo largo del DNA y extiende la

cadena creciente de RNA. Tiene que desarrollar todas sus
Alargamiento funciones.

• Reconocimiento del terminador. Debe cesar la formación

de enlaces fosfodiéster y el complejo de transcripción
Terminación debe desintegrarse.
 http://www.dnalc.org/resources/3d/13-transcription-advanced.html

http://www.youtube.com/watch?feature=player_embedded&v=smQDhJS667o
Etapas de la Transcripción
Iniciación- PROCARIONTES
Etapas de la Transcripción
Iniciación- PROCARIONTES

• La secuencia -35 constituye la señal de reconocimiento para la RNA polimerasa

y la -10 permite que el complejo se convierta a una forma activa.
• La secuencia -35 pudiera verse como un "dominio de reconocimiento“ y a -10
como el "dominio de desenrollamiento" del promotor.

Animación Cap.12:
Transcription
Etapas de la Transcripción
Iniciación- PROCARIONTES

Cuando la iniciación finalmente

tiene éxito, la enzima libera a sigma
y hace la transición al complejo
ternario de elongación compuesto
por la polimerasa mínima-DNA-
RNA naciente.

• El parámetro crítico aquí es el tiempo que demora la polimerasa en dejar el

promotor de manera que otra polimerasa pueda iniciar. Este parámetro se
llama tiempo de despeje del promotor.
 El factor sigma (σ) es
quien media la unión de
la polimerasa al promotor

¿Qué pasa si requiere de

un activador?
Etapas de la Transcripción El primer paso es la unión del
factor TFIID a una región de la
Iniciación- EUCARIONTES secuencia TATA y es el único
responsable del
reconocimiento de un
promotor por la RNA
polimerasa II.

Se requiere que los factores

de transcripción actúen en
un orden definido, para
El proceso general de la
construir un complejo al iniciación es similar al
cual se una la RNA catalizado por la RNA
polimerasa. polimerasa bacteriana.
Etapas de la Transcripción
Iniciación- EUCARIONTES

Similar a como ocurre en bacterias, en Eucariontes puede haber iniciación

abortiva.
Esta ocurre por un proceso diferente:
-Requiere hidrólisis del ATP
-Require la fosforilación de la polimerasa en la “cola”.
-La cola tiene una gran número de repeticiones peptídicas de 7
péptidos bien definidos.
Etapas de la Transcripción
Iniciación- EUCARIONTES
• Las especies que unen en el
complejo traen múltiples
grupos fosforilos a la cola.
• Para que inicie la elongación
debe fosforilarse.
• Esto permite que escape del
promotor.

Importancia de la fosforilación de la cola:

1.Permite completar el inicio de la transcripción.
2.Controla la elongación.
3.Controla el procesamiento y maduración del RNAm
Etapas de la Transcripción
Iniciación- EUCARIONTES
In vivo para que inicie la transcripción se requiere de
proteínas adicionales.

Requiere:
•El complejo mediador: Consiste de
muchas proteínas conservadas
desde levaduras hasta humanos
•Proteínas reguladoras
transcripcionales (activadores)
•Enzimas modificadoras del
nucleosoma.
•Todos forman un gran complejo.
Etapas de la transcripción
INICIACIÓN

Complejo mediador: Consiste de muchas proteínas conservadas

desde levaduras hasta humanos.
Etapas de la Transcripción
Elongación: SIMILAR EN EUCARIONTES Y PROCARIONTES
en cuanto al funcionamiento de la enzima
• Participan los Factores de Elongación (proteínas).

• El alargamiento de la cadena es un proceso monótono donde la enzima se

mueve un par de bases sobre el DNA por cada nucleótido añadido.

• La enzima hace pausas en secuencias ricas G-C.

• El frente de la enzima permanece estacionario mientras que la cola

continúa moviéndose, luego de un movimiento de algunos bp el frente de
la enzima se libera y se restaura la huella correspondiente a la longitud
total del fragmento, este modelo se conoce como transcripción de
gusano.

• La RNA pol también puede corregir errores en el RNA recién sintetizado

Etapas de la transcripción
Elongación- PROCARIONTES
La RNA pol también puede corregir errores en el RNA recién sintetizado:

I.Edición pirofosfolítica: La enzima usa su sitio activo para catalizar la

eliminación del ribonucleótido incorrecto, una reacción simple, por
reincorporación de pirofosfato.

II.Edición Hidrolítica: La polimerasa vuelve atrás 1 ó más nt removiendo la

secuencia que contiene el error. Estimulada por los factores Gre.
Etapas de la Transcripción
Elongación- EUCARIONTES
• La polimerasa está asociada a los factores requeridos para el
procesamiento del RNAm, dependiendo del patrón de fosforilación de la
cola.
Etapas de la transcripción
ELONGACIÓN
• Hay un solapamiento entre las proteínas que participan en la
elongación, las que procesan el RNA y terminan la
transcripción.
• Son eventos muy coordinados.
• Lo primero que se estimula es la actividad de la enzima que
agrega la caperuza en el extremo 5’.
• Todos estos se consideran eventos post-transcripcionales y los
veremos más adelante.
Etapas de la transcripción en eucariontes
Elongación- EUCARIONTES

• Se debe resolver la presencia de las histonas a su paso por el

DNA pues impiden la transcripción.
– Factor FACT (facilita la transcripción de la cromatina):
• Interactúa directamente con TSIIS.

• Desmantela el octámero de histonas.

• Luego los ensambla nuevamente.

• Permite el avance de la polimerasa y mantiene la integridad de la

cromatina.
Etapas de la transcripción en eucariontes
Elongación- EUCARIONTES

FACT:
heterodímero de
dos protíenas:
Spt16 y SSRP1
Transcripción en procariontes
Terminación- PROCARIONTES
Puede ocurrir por dos motivos:
Daños en la cadena de DNA
• Causa común de detención de
la transcripción.
• Maquinaria que remueve la
polimerasa detenida y al
mismo tiempo recluta enzimas
de reparación.
• Este es el mecanismo
acoplado a la transcripción
(Escisión de nucleótidos).
Secuencias terminadoras
• Secuencia que detiene la
enzima, se libera el producto
terminado y se disocia del
molde de DNA.
• In vitro se ha determinado que
varían en su eficiencia de
terminación, como en su
dependencia por proteínas
auxiliares.
Etapas de la transcripción

Reparación por escisión de nucleótidos

El factor de acoplamiento de reparación de la transcripción
(TRCF ) está implicado en vincular la transcripción con la
reparación del DNA.
Etapas de la transcripción
Terminación
Secuencias terminadoras
Terminadores intrínsecos o ρ
independientes:
• El núcleo de la enzima puede
terminar en sitios específicos en
ausencia de cualquier otro factor.
• La terminación aquí depende de
la estructura que adquiere el
transcrito primario.
Terminadores dependientes
de Rho (ρ):
• Estos terminadores necesitan in
vitro la adición de un factor ρ.
• Se han encontrado mutaciones
que demuestran que está
implicado in vivo.
• factor ρ: Proteína con forma de
anillo que se une al RNA y esto
libera la RNA pol.
 Transcripción en procariontes
Terminación- PROCARIONTES
Terminadores intrínsecos o ρ independientes:

• Secuencias
palindrómicas, las
cuales son
generalmente ricas
Las mutaciones puntuales
en G+C.
que evitan la terminación
• Estructura ocurren dentro de la
secundaria de región del tallo de la
horquilla que se horquilla.
forma en el RNA.
Etapas de la transcripción

• Esta estructura
causa que el RNA se
disocie del DNA
molde.

• En este caso, la
terminación es una
función del RNA,
más que del DNA.
Etapas de la transcripción
Terminación- PROCARIONTES
Terminadores ρ dependientes:
factor ρ:
•Funciona exclusivamente en la
etapa de terminación.
•Tiene actividad ATPasa.
•Una vez unido al transcripto, usa
la energía de la hidrólisis para
inducir la terminación.
•El mecanismo preciso no ha sido
determinado.
Terminación
Terminadores ρ
dependientes:
Animación Cap.12:
Transcription
Etapas de la transcripción en eucariontes
Terminación- EUCARIONTES
• El modo de terminación por la RNA polimerasa II no
se ha aclarado aún.

• Se plantean dos modelos:

– Modelo de Torpedo: Una enzima corta el RNA y empuja la
polimerasa fuera (similar a rho dependiente en bacterias)
– Modelo Alostérico: la terminación depende un cambio
conformacional en la Pol II que reduce su procesatividad y
termina de manera espontánea.
Comparación entre Procariontes y
eucariontes
Comparación entre Procariontes y eucariontes
RNA polimerasas
Procariontes
• Una sola enzima RNA pol.
• Sus productos de RNAm no
necesitan ser procesados o
modificados para que sean
funcionales.
• La enzima se une directamente al
promotor en el DNA para iniciar
la transcripción.
Eucariontes
• Tres enzimas nucleares.
• Una característica de las tres
enzimas es que sus productos
necesitan ser procesados o
modificados para que sean
funcionales.
• Las enzimas NO se fijan
directamente al DNA para
transcribirlo, sino que lo hacen
mediante factores de
transcripción.
Comparación entre Procariontes y eucariontes
Comparación entre Procariontes y eucariontes
Unidad de transcripción:

Figure 6-22a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Comparación entre Procariontes y eucariontes
Comparación entre Procariontes y eucariontes
Característica PROCARIONTES EUCARIONTES
Sitio donde ocurre la Citoplasma Núcleo
transcripción
Relación con la Acoplada a la El RNAm sale al citoplasma para ser
traducción traducción traducido
Accesibilidad del DNA Más accesible a la Menos accesible a la RNA polimerasa,
RNA polimerasa requiere proteínas reguladoras y
modificadoras de la cromatina
Requerimientos de la UN factor adicional VARIOS factores adicionales para
RNA polimerasa para reconocer el reconocer el promotor (Factores
promotor (sigma) generales de transcripción, GTFs)
Proceso de El proceso en sí es idéntico en ambos casos
transcripción
Procesamiento del RNA ARNm producido Modifican ARNhn mediante corte y
resultante como resultado de la empalme de ARN, adición de caperuza
transcripción no se y adición de una cola poliA para dar el
modifica RNAm